Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-3713/2008


Arrêt du 15 juin 2011

Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),

Composition Kathrin Dietrich, Beat Forster, juges,

Myriam Radoszycki, greffière.

A._______ (A-4233/2008), recourantes 1

B._______ (A-3757/2008), recourante 2

C._______ et consorts (A-3758/2008), recourants 3

D._______ et E._______ (A-3759/2008), recourants 4

F._______ SA (A-3760/2008), recourante 5

Tous quatre représentés par Me Pascal Marti, 8, Place des Philosophes 1205 Genève

G._______ (A-3679/2008), recourante 6

H._______ (A-3705/2008), recourants 7

I._______ (A-3706/2008), recourante 8

J._______ (A-3707/2008), recourants 9

K._______ (A-3708/2008), recourants 10

L._______ SA (A-3710/2008), recourante 11

M._______ (A-3745/2008), recourante 12

tous représentés par Me Mauro Poggia, rue de Beaumont 11, 1206 Genève
Parties
N._______ (A-3801/2008), recourants 13

représentés par Me Pascal Pétroz, rue de la Coulouvrenière 29, Case postale 5710, 1211 Genève 11

O._______ (A-3807/2008), recourante 14

P._______ (A-3808/2008), recourante 15

Toutes deux représentées par Mes Enrico Scherrer et Eric Hess, rue de Beaumont 3, 1206 Genève

Q._______ (A-3833/2008), recourant 16

R._______ et consorts (A-3743/2008), recourants 17

S._______, T._______ et U._______ (A 3747/2008), recourants 18

V._______ et W._______ (A-3749/2008), recourants 19

X._______ (A-3750/2008), recourant 20

Y._______ (A-3753/2008), recourants 21

Tous représentés par Me François Bellanger, avenue Léon-Gaud 5, 1206 Genève

Z._______ (A-3763/2008), recourants 22

Représentés par Me Lucien Lazzarotto, quai des Bergues 23, 1201 Genève

contre

Les Chemins de fer fédéraux suisses (CFF)
Service juridique infrastructure, avenue de la Gare 43 1001 Lausanne

La République et canton de Genève, 1200 Genève

Intimés,

Tous deux représentés par Me Bernard Ziegler, Cours des Bastions 14, case postale 401, 1211 Genève 12

Office fédéral des Transports (OFT)
Palais fédéral Nord, 3003 Berne

Autorité inférieure

Objet Approbation de plans ferroviaire (CEVA)


Faits :

A.
Par requête du 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses (ci après CFF) et l'Etat de Genève ont soumis pour approbation de l'Office fédéral des transports (ci-après l'OFT) les plans du projet ferroviaire Cornavin - Eaux-Vives - Annemasse (ci-après CEVA). Ce projet d'une longueur totale de 13,760 km s'étend sur les communes de Genève, Lancy, Carouge, Veyrier, Cologny, Chêne-Bougeries, Chêne-Bourg et Thônex. Il présente, sur 77% de son tracé, des installations en sous-sol et pour le reste (à l'exception de deux ponts à construire) des aménagements sur des lignes existantes.

B.
En date du 15 juin 2006, l'OFT a ouvert la procédure, demandant au canton de Genève de mettre le projet à l'enquête et lançant la procédure de consultation des divers offices fédéraux et services cantonaux concernés. L'OFT a également notifié le dossier à diverses autorités françaises dans le cadre de la mise en oeuvre de la Convention sur l'évaluation d'incidences sur l'environnement dans un contexte transfrontalier (convention d'Espoo).

Les services cantonaux de l'Etat de Genève ont transmis leurs préavis en date du 4 août 2006.

Du 11 septembre au 10 octobre 2006, le projet a été mis à l'enquête dans les communes de Genève, Lancy, Carouge, Veyrier, Cologny, Chêne-Bougeries, Chêne-Bourg et Thônex. De nombreuses oppositions ont été interjetées par des particuliers, des communes et diverses associations.

Du 13 octobre 2006 au 13 juillet 2007, diverses autorités fédérales ont déposé leurs préavis au projet. Tous les opposants ont eu la faculté de consulter les divers préavis et réponses des maîtres de l'ouvrage et de formuler d'éventuelles observations à ce propos.

C.
Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé les plans du CEVA, prenant acte du retrait de certaines oppositions, déclarant irrecevables certaines d'entre elles, admettant partiellement ou en rejetant d'autres. La décision de l'OFT accorde aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprises et les tableaux des droits à exproprier et prescrit que les demandes d'indemnités présentées au cours de la mise à l'enquête seront transmises à la Commission fédérale d'estimation.

L'OFT a également accordé diverses dérogations et octroyé les autorisations découlant de l'application du droit fédéral. Il a également assorti son approbation de nombreuses charges et conditions.

Enfin, l'OFT a statué sur les indemnités de dépens éventuellement formulées par les opposants.

D.
Du 3 au 23 juin 2008, 64 recours ont été interjetés devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après TAF) par diverses personnes physiques ou morales, des associations et deux communes. Parmi ceux-ci, un recours a été déclaré mal fondé et deux irrecevables entre septembre et octobre 2008.

Du 25 juin 2008 au 2 février 2011, 39 de ces recours ont été radiés ensuite de retrait; un recours a été radié en raison de la disparition des recourants (A-3756/2008) et un recours a été radié s'agissant de tous les copropriétaires concernés à l'exception d'une seule recourante restée en procédure (recourante 12 [A-3745/2008], laquelle a ensuite changé de mandataire en date du 4 octobre 2010).

Les recourantes 1 (qui étaient à l'époque des recourants; dans la mesure, toutefois, où M. A._______ est décédé en date du 25 janvier 2009; il a été remplacé par sa fille, membre de l'hoirie avec Mme A._______ mère) ont conclu à l'annulation de la décision attaquée.

Les recourants 2 à 5, après avoir formulé diverses conclusions en matière d'administration de preuve, ont conclu principalement à l'annulation de la décision attaquée et au "refus de l'approbation des plans", subsidiairement à l'annulation de la décision et à ce que la cause soit renvoyée à l'OFT pour rectification du tracé du tunnel de Champel et nouvelle mise à l'enquête, plus subsidiairement à ce que la décision soit annulée et qu'il soit ordonné un constat contradictoire sur les immeubles, à ce qu'une expertise soit ordonnée sur les risques et les nuisances à craindre pour les immeubles, à ce que les éventuelles mesures préconisées par dite expertise soient une condition à l'approbation des plans, le tout sous suite de frais et dépens.

Les recourants 6 à 11 ont conclu - également après avoir pris diverses conclusions en matière de complément d'écritures et d'administration de preuves - principalement à l'annulation de la décision attaquée, subsidiairement à l'annulation de cette décision en tant qu'elle approuve les plans pour le tronçon La Praille-Annemasse par les Eaux-Vives, plus subsidiairement à ce que soit imposé le respect "des normes de la future Ordonnance fédérale quant aux valeurs de planification et d'immission en matière de vibrations et de sons solidiens", que des exigences soient imposées en matière de tassement selon le résultat d'expertises à ordonner, que le respect des normes qui résulteront des travaux du groupe de travail transfrontalier soit imposé et qu'en tout état de cause soient réservées les éventuelles prétentions pour expropriation formelle ou matérielle.

Les recourants 13 concluent à l'annulation de la décision attaquée en tant qu'elle concerne les emprises définitive et provisoire sollicitées sur leur parcelle et qu'il soit ordonné aux Chemins de fer fédéraux d'y renoncer.

Les recourants 14 à 16 concluent - après avoir formulé diverses réquisitions en matière d'administration de preuves - principalement à l'annulation de la décision attaquée et à ce qu'elle soit assortie de charges et conditions portant sur la nature des protections à poser dans les tunnels du tracé et les techniques de construction (voies) et d'exploitation, subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée et à ce que la cause soit renvoyée pour limiter le tracé du CEVA en tenant compte notamment de la variante dite du Barreau Sud, en tout état de cause, en donnant acte aux recourants qu'ils s'opposent à toute expropriation et persistent dans leurs prétentions en indemnités et à l'octroi d'une indemnité de dépens pour la procédure d'opposition.

Les recourants 12 et 17 à 21 concluent pour leur part principalement à l'annulation de la décision entreprise, au renvoi du dossier à l'autorité de première instance et à ce qu'un complément de l'étude d'impact soit ordonné; subsidiairement à l'annulation de la décision et au rejet de la demande d'approbation des plans; plus subsidiairement à ce que la décision entreprise soit modifiée en ce sens que le gabarit des tunnels laisse un espace libre pour des protections contre les vibrations et le son solidien de 1,55 mètre au minimum, que dite décision soit complétée par des prescriptions en matière d'exploitation portant sur l'âge du matériel roulant, la nature dudit matériel roulant, la vitesse maximale des convois (100 km/h) et que toutes les mesures nécessaires et envisageables soient prises pour éviter les tassements; et en tout état de cause qu'il soit donné acte aux recourants de leurs prétentions en expropriation, qu'il soit dit qu'ils sont admis à faire valoir de telles prétentions à raison de l'expropriation de leurs droits de voisinage en cas de dépassement des valeurs limite d'immission et à raison de leurs droits de voisinage durant la période des travaux, que l'atteinte faite aux droits des recourants soit constatée et
enfin qu'il soit dit que ces recourants sont admis à faire valoir leurs prétentions devant la Commission fédérale d'estimation.

Les recourants 22 concluent à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi du dossier à l'autorité de première instance afin que cette dernière impose la couverture du Pont sur la Seymaz, ainsi qu'à l'octroi d'une indemnité de dépens à raison de la procédure d'opposition, indemnité omise selon elle dans la décision attaquée, subsidiairement à la modification de la décision attaquée s'agissant de la couverture du Pont sur la Seymaz et à ce qu'il soit imposé à l'OFT de rendre une décision sujette à recours constatant le respect des charges par le maître d'ouvrage.

Tous les recourants présentent leurs conclusions susmentionnées sous suite de frais et ceux représentés par des mandataires professionnels sous suite de dépens.

E.
En date du 24 juillet 2008, les maîtres d'ouvrage ont présenté une requête partielle de retrait de l'effet suspensif, du km 60.630 au km 65.800 (projets partiels 12, 22 et 23), du km 67.887 au km 68.393 (projet partiel 24) et du km 70.050 au km 74.390 (projets partiels 26, 27 et 37). Après avoir joint les procédures et entendu les divers recourants sur la requête précitée, le TAF l'a rejetée en date du 23 janvier 2009. En date du 31 août 2009, cette décision incidente a été confirmée par arrêt du Tribunal fédéral.

F.
Du 29 juillet 2008 au 13 janvier 2009 et sans y avoir été invités, les maîtres d'ouvrage (ci-après également les intimés) ont produit leurs réponses aux divers recours. L'OFT (ci-après également l'autorité inférieure) a quant à lui déposé ses observations en date du 3 mars 2009.

Les intimés concluent au rejet de tous les recours dans la mesure de leur recevabilité, sous suite de frais et dépens. L'autorité de première instance, pour sa part, conclut au rejet des recours sous suite de frais.

G.
En date du 18 août 2009, l'Office fédéral de l'environnement (ci-après OFEV) a livré une prise de position sur les recours et réponses des intimés.

H.
Par écriture du 2 octobre 2009, les maîtres d'ouvrage ont demandé que la faculté de déposer des répliques soit laissée aux recourants. Celles-ci ont été déposées les 10 et 11 décembre 2009, à l'exception des recourants 13 et 20 qui y ont renoncé. Tous les recourants ont maintenu leurs conclusions.

En date du 4 février 2010, les intimés ont produit une duplique, maintenant également leurs conclusions.

I.
Les recourantes 1 ont produit une prise de position sur la duplique par écriture reçue le 25 mars 2010.

J.
Les répliques et duplique ayant été transmises à l'OFEV pour prise de position complémentaire, ce dernier a livré sa prise de position en date du 7 juillet 2010. Les recourants et les intimés ont ensuite eu la faculté de se prononcer également au sujet de cette prise de position complémentaire; les intimés ont usé de cette possibilité en date du 11 août 2010 et certains recourants par actes datés du 17 au 30 août 2010.

K.
En date du 9 février 2011 a eu lieu une séance d'instruction au siège du TAF. Cette séance d'instruction a porté sur la problématique des vibrations et du son solidien ainsi que sur celle des tassements.

En date du 15 mars 2011 ont eu lieu quatre visions locales sur les fonds des recourants 1, 6 et 9, 13 et 22.

L.
Ensuite des actes d'instruction susmentionnés, les recourants ont eu la possibilité de déposer d'éventuelles observations.

M.
En date du 19 avril 2011, le Tribunal administratif fédéral a fixé aux parties un délai pour les éventuelles observations finales, indiquant que passé ce délai la cause serait gardée à juger.

N.
Tous les recourants, à l'exception des recourants 14 à 16, ont présenté des observations finales dans le délai imparti. Ils ont tous maintenu leurs conclusions. A cette occasion, en date du 24 mai 2011, les recourants 22 ont présenté une demande de substitution de partie, souhaitant continuer la procédure en lieu et place de Mme AA._______ qui leur a vendu son immeuble en septembre 2010; ils ont également maintenu les conclusions du recours.

Les intimés ont également présenté leurs observations finales dans le délai imparti et maintenu leurs conclusions.

O.
Pour le détail des griefs et motivations des parties, ils seront exposés pour autant que nécessaire dans la partie en droit qui suit.

Droit


1.

1.1. Conformément à l'article 31
SR 173.32 Bundesgesetz über das Bundesverwaltungsgericht - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 31 Grundsatz - Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt Beschwerden gegen Verfügungen nach Artikel 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 1 über das Verwaltungsverfahren (VwVG).
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le TAF juge des recours contre des décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021). La décision d'approbation ici entreprise est bien une décision au sens de l'art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
PA. L'OFT, en sa qualité d'unité de l'administration fédérale subordonnée à un département fédéral, en l'espèce le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et des communications (DETEC), est une autorité dont les décisions sont susceptibles de recours devant le TAF au sens de l'article 33 let. d
SR 173.32 Bundesgesetz über das Bundesverwaltungsgericht - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 2003 2 ,
2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 2007 3 ,
3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 2015 5 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG 7 ,
4bis  5. 9
5  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 2011 10 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 2005 12 ,
7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 2000 14 ,
8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 2017 16 ;
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater  c quinquies. 20 der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
LTAF.

1.2. Sous réserves des considérants qui suivent, les formes et délais des art. 50
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 50 F. Beschwerdefrist
1    Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
2    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
à 52
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA sont respectés et les recours sont dès lors recevables à la forme stricto sensu.

2.
Conformément à l'art. 48
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
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c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA, est légitimé au recours contre la décision d'approbation des plans quiconque a pris part à la procédure de première instance ou a été privé de cette possibilité (al. 1 let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (al. 1 let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (al. 1 let. c). Cet intérêt peut être juridique ou de fait, le recourant devant toutefois être plus touché que quiconque, sa situation se trouvant en lien étroit, digne d'être pris en considération, avec l'objet du litige.

2.1. Conformément à l'art. 48 al. 1 let. a rappelé ci-dessus, le recourant doit avoir participé à la procédure de première instance. Cette exigence est entrée en vigueur en 2007 avec la disposition susmentionnée. Elle existait toutefois déjà auparavant, imposée par la jurisprudence et déduite du principe de la bonne foi (ATF 133 II 181 consid. 3.2).

Avant la révision précitée de la PA, l'exigence de participation à la procédure antérieure a été introduite par la loi fédérale du 18 juin 1999 sur la coordination et la simplification des procédures (LCoord; RO 1999 3071; FF 1998 2221), loi qui a modifié tout l'iter procédural pour les procédures d'approbation de plans (ou décisions assimilées) des infrastructures soumises au droit fédéral et de la compétence des autorités fédérales. Les modifications induites par la LCoord sont entrées en vigueur le 1er janvier 2000 (voir à ce propos Piermarco
Zen-Ruffinen/Christine Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001, p. 295ss ; Isabelle Häner in Auer/Müller/Schindler [éd.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, n.m. 7ss ad art. 48
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA).

S'agissant de la LCdF, l'exigence d'avoir participé à la procédure de première instance se trouve à l'art. 18f al. 1 in fine: "toute personne qui n'a pas fait opposition est exclue de la suite de la procédure" (cf. ATF 133 II 30, consid. 2.2).

Cette exigence de la lésion formelle (formelle Beschwer) ne se limite pas au simple fait d'avoir interjeté opposition dans le cadre de la procédure de première instance. Elle porte également sur les griefs présentés, griefs qui définiront de fait l'objet du litige. Or ce dernier ne peut plus être étendu une fois écoulés les délais pour présenter les dits griefs, dans le cas d'espèce, le délai d'opposition. En revanche, la motivation qui sous-tend les griefs peut quant à elle être modifiée, mais à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige ou qu'elle ne doive pas être reconduite à une conduite défaillante de la procédure ou à une attitude dilatoire (ATF 133 II 30, consid. 2.2; arrêt du TAF A-1985/2006, du 14 février 2008, consid. 4; arrêt du TAF A-6156/2007, du 17 décembre 2007, consid. 3.3; Isabelle Häner, op. cit. n.m. 7 ad art. 48
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA).

2.1.1. Les recourants 22 concluent à l'annulation de la décision attaquée et en outre à ce que le Tribunal de céans impose l'obligation de couvrir le Pont sur la Seymaz. Dans l'acte attaqué, l'OFT avait considéré dans sa motivation que cette demande, présentée après le délai d'opposition, était irrecevable. Toutefois, le dispositif - comme la motivation - de la décision rejette purement et simplement l'opposition, et non pas dans la mesure de sa recevabilité.

Dans le cadre de leur réponse au recours, les intimés ont pour leur part principalement conclu à l'irrecevabilité du recours déposé et subsidiairement à son rejet. Ils exposent que la première intervention des recourants dans le cadre de la procédure d'opposition était limitée à des demandes d'indemnités et que c'est que dans ce but qu'ils avaient élevé des objections en matière de bruit, de vibrations et de rayonnement non-ionisant dans le cadre de la procédure de première instance et qu'ils n'exposaient pas en quoi ils auraient été touchés par les effets susmentionnés.

2.1.2. Il est vrai que ces recourants avaient déclaré dans un premier temps ne pas faire opposition au projet. L'OFT leur avait dès lors demandé, dans le cadre de l'instruction, comment il devait considérer l'écriture du 10 octobre 2006. Ces derniers avaient ensuite déclaré demander que l'on la traite comme une opposition. C'est ce que l'OFT a fait.

Force est de constater que l'attitude de ces recourants n'était pas claire et il y a lieu de considérer qu'elle ne l'est pas davantage au cours de la présente procédure (cf. consid. 2.4.2 ci-après), à tel point que l'on peut sérieusement se demander si une telle attitude ne peut pas être rapportée aux procédés dilatoires dont il est question dans la jurisprudence précitée. Toutefois, il est un fait que l'opposition contient des griefs (même si motivés très sommairement) en matière de bruit, de vibrations et de rayonnement non-ionisant. En matière de bruit, spécialement, la légitimation au recours est très large dès lors que la jurisprudence admet qu'il suffit d'entendre quelque chose - indépendamment de tout dépassement des valeurs prescrites - pour être légitimé (cf. consid. 2.3.2 ci-après).

L'OFT a traité les réclamations des recourants tout en y répondant dans la mesure de la motivation alors présentée. Le fait qu'ils viennent présenter, au stade de la procédure de recours, une motivation plus détaillée ne rend pas le recours irrecevable en totalité. Seront considérés comme tels, le cas échéant, les motifs qui étendraient l'objet du litige. Quant à la conclusion portant sur la couverture du Pont sur la Seymaz, elle est une conséquence des griefs en matière de bruit et la question de savoir si formellement une telle conclusion serait recevable ou non restera ouverte: les griefs en matière de bruit sont en tous les cas totalement infondés (consid. 24.1 à 24.9 ci-après).

2.2. Pour le surplus et en ce qui concerne les autres recourants, au vu de ce qui précède (consid. 2.1), le Tribunal de céans ne prendra par conséquent pas en considération les griefs qui n'auraient pas été présentés dans les délais et les formes prescrites au stade de la procédure de première instance. De tels griefs seront signalés le cas échéant dans les considérants au fond qui suivent.

2.3. Comme rappelé ci-dessus, la légitimation au recours est donnée à quiconque est spécialement atteint par l'acte attaqué et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. L'atteinte spéciale exigée par cette disposition n'a pas de portée propre et s'apprécie dans le cadre de l'intérêt digne de protection (André Grisel, Traité de droit administratif, Neuchâtel, 1984, Vol. II p. 898). Un recourant ne peut entreprendre une décision d'approbation de plans que dans la mesure où l'issue des griefs qu'il formule aura un effet, juridique ou de fait, sur sa situation concrète. Ainsi, est irrecevable, faute de légitimation, un recours interjeté par un particulier qui n'invoquerait que des intérêts généraux et publics à la bonne application de la loi, sans que l'admission éventuelle du recours ne représentât un quelconque avantage pratique (ATF 133 II 249, consid. 1.3.1 et 1.3.2; ATAF 2007/1, consid. 3.4; arrêt du TAF A-3014/2010, du 31 janvier 2011, consid. 3.2 et les références citées; Häner, op. cit., n.m. 14ss ad art. 48
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
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2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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PA).

Dans le cadre de l'approbation de projets ferroviaires ou de routes nationales, la jurisprudence a déjà eu l'occasion de considérer que le recourant n'est pas admis à formuler des critiques générales sur le tracé ou le projet lui-même; il doit au contraire démontrer en quoi la décision entreprise, dans le cadre de son fonds, viole le droit fédéral (notion de l'intérêt personnel et pratique; ATF 120 Ib 59, consid. 1c, ATF 118 Ib 206, consid. 8b; arrêt du Tribunal fédéral du 6 juillet 2006, 1E.10/2006, consid. 1.4; arrêt du TAF A-438/2009, du 8 mars 2011, consid. 3.2).
Les recours populaires ne sont en effet pas recevables.

2.3.1. De manière générale et dans le cadre d'un projet ferroviaire tel que le CEVA, les atteintes à la situation des tiers sont de plusieurs ordres: le bruit s'agissant de voies aériennes, les vibrations et le son solidien s'agissant de voies aériennes ou souterraines. D'autres atteintes, telles que l'exposition à des champs électromagnétiques, une atteinte à la qualité de l'air, l'exposition à un risque d'accident majeur ou plus globalement des atteintes à des biens plus généraux, tels le paysage, les monuments et sites, la faune et la flore, les eaux ou encore les forêts (atteintes environnementales dans un sens générique) sont également possibles. Dès lors que le tiers est touché au sens du considérant qui précède, il est admis à invoquer la violation de normes protégeant des intérêts généraux, même si lesdites normes ne le protègent pas directement; toutefois, encore une fois, il faut que l'annulation de la décision ait un effet juridique ou de fait sur sa situation personnelle (arrêt du TAF A-2086/2006, du 8 mai 2007, consid. 2). Dans le cadre de projet tel que le CEVA, le lien entre le projet et la situation des tiers qui se prétendent lésés par la décision d'approbation est nécessairement d'ordre spatial.


Dans la présente cause, tous les recourants à l'exception des recourants 22, se situent à hauteur du tracé ferroviaire souterrain du CEVA, et plus précisément à hauteur du tunnel et de la halte de Champel (projet partiel 25, km 68.393 à 70.024). Les atteintes d'ordre environnemental possibles sont dès lors principalement, pour les 21 premiers recourants susmentionnés, celles liées aux vibrations et aux sons solidiens.

Les recourants 22, pour leur part, se situent aux abords du Pont sur la Seymaz, au km 72.684 environ. Les atteintes possibles consistent surtout en nuisances sonores, voire en vibrations ou en son solidien.

Il y a donc lieu d'examiner si, compte tenu de ce qui précède, le lien spatial entre l'ouvrage projeté et la situation de chacun des recourants est suffisamment étroit pour qu'il puisse être considéré comme touché par la décision entreprise. En d'autres termes, encore faut-il qu'une l'éventuelle admission des griefs formulés soient de nature à influencer leur situation de fait ou de droit, par exemple parce que des effets négatifs du projet pourraient être supprimés ou atténués en ce qui les concerne.

2.3.2. Il résulte de l'étude d'impact sur l'environnement (ci-après EIE, pièce 16.1 du dossier de mise à l'enquête, chap. 8, p. 10) que la propagation de vibrations peut s'étendre jusqu'à une distance de 30 mètres (en distance directe; cf. également PV de la séance d'instruction du 9 février 2011, p. 18 et 19). Au-delà, les vibrations ne seront plus perceptibles.

En ce qui concerne le son solidien et à teneur de l'étude complémentaire des vibrations et du son solidien, du 29 octobre 2008 (ci-après complément à l'EIE, annexe à la réponse des intimés, pièce 78, p. 7), cette distance directe peut être fixée à 50 mètres. Au-delà de ces 50 mètres, le seuil de perception fixé à 20 dB(A) ne sera pas atteint. Ce seuil de 20 dB(A) est un seuil de perception en-dessous duquel l'oreille humaine ne perçoit aucun bruit (cf. PV de la séance d'instruction du 9 février 2011, p. 19 - 20).

Le complément à l'EIE précise également que les calculs prévisionnels ont une valeur indicative et que malgré des investigations approfondies, il subsiste des incertitudes sur l'intensité de l'émission des vibrations et sur le comportement des bâtiments. Toutefois, le complément à l'EIE retient les valeurs maximales des fourchettes de résultat pour déterminer cette distance de 50 mètres. En d'autres termes, cela signifie qu'au-delà de cette distance, il n'y pas de risque de génération d'un son solidien supérieur à 20 dB(A) dans les immeubles. Dès lors, au-delà de cette distance, le phénomène, à supposer même qu'il se manifeste, est inaudible.

En matière de bruit, et le son solidien en est un même s'il est une conséquence du phénomène des vibrations (cf. pour les explications techniques, consid. 18 et 19.3 à 19.5 qui suivent), la jurisprudence est large en matière de légitimation. Le critère est toutefois celui de la perception et il n'y a lieu de considérer comme touché au sens de l'art. 48
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PA que les personnes qui entendent effectivement quelque chose (ATF 110 Ib 99 consid.1c; voir aussi Piermarco Zen-Ruffinen, la qualité pour recourir des tiers dans la gestion de l'espace, in Pratique du droit administratif, Thierry Tanquerel et François Bellanger [éd.] Genève, Zurich, Bâle 2004, p. 177ss et les références citées). Dans le cas d'espèce, dès lors que tout risque de génération du son solidien dépassant les 20 dB(A) peut être écarté à partir de 50 mètres de distance du projet considéré, les recourants qui se trouvent à une distance supérieure ne devront pas être considérés comme touchés. Partant, les recourants se trouvant dans une telle situation ne sont pas légitimés au recours au sens de l'art. 48
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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PA.

2.3.3. Comme exposé ci-dessus, les incidences d'un projet tel que le CEVA peuvent également relever de l'expropriation: la décision attaquée a en effet approuvé plusieurs mesures d'expropriation et les servitudes suivantes: servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, servitude personnelle d'interdiction de bâtir et servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. les chiffres du dispositif de la décision attaquée relatifs aux projets partiels: approbation des plans d'emprises et des tableaux de droits à exproprier, plus précisément s'agissant des ci-devant recourants, le chiffre 1 du dispositif approuvant les plans et les tableaux des droits à acquérir 54.1, 54.2 et 54.6 [projet partiel 5, zone du tunnel de Champel] et d'autre part les plans 74.3 et 74.12 [zone du pont sur la Seymaz]). Dans ce cadre, il est patent que le propriétaire d'un fonds pour lequel sont prévues une expropriation définitive, temporaire ou une servitude, est touché au sens de l'art. 48
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
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c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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PA.

2.3.4. Cela étant posé, il convient d'examiner la situation de chacun des recourants et déterminer s'ils sont effectivement touchés au sens de l'art. 48
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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PA et des considérants qui précèdent.

2.3.4.1 Il résulte des plans 52.2 et 71.3 du dossier mis à l'enquête, ainsi que des cartes fournies par les intimés à l'occasion de la requête de levée de l'effet suspensif du 24 juillet 2008 que les recourants 21 sont propriétaires de la parcelle (1) de Genève - Plainpalais, sise (...). Cette parcelle se situe à peu près à hauteur, en droite ligne, du km 68.760. La distance horizontale et à vol d'oiseau séparant l'axe du tunnel de la façade la plus proche de l'immeuble en question est d'environ 200 mètres.

Compte tenu de ce qui précède (consid. 2 et 2.3 ci-dessus), les recourants 21 ne sont pas touchés par la décision attaquée. La distance qui les sépare de l'ouvrage projeté est décidément trop importante pour que les vibrations en tant que telles soient perçues; il en va de même des sons solidiens.

2.3.4.2 La recourante 15 est propriétaire de la parcelle (2) de Genève - Plainpalais, sise (...). Cette parcelle se situe à hauteur du km 68.970, zone où est projetée la halte de Champel. La façade la plus proche de l'ouvrage se trouve à une distance horizontale de 80 mètres environ.

Compte tenu de ce qui précède, la légitimation au recours à raison de la propriété de cette seule parcelle est plus que douteuse. Toutefois la recourante susmentionnée est encore copropriétaire, avec la recourante 14, d'un autre immeuble sis dans la zone d'influence du projet (cf. consid. 2.3.4.4.11 ci-après) et la question de la recevabilité du recours peut dès lors rester ouverte, les griefs développés étant les mêmes pour les deux immeubles.

2.3.4.3 La recourante 8 est propriétaire d'un appartement sis (...), à hauteur du km 68.500 du projet. La façade la plus proche du tracé se situe à une distance rectiligne de 200 mètres environ.

Compte tenu de ce qui précède, la légitimation au recours à raison de ce seul bien immobilier doit être niée. La recourante 8 est cependant également titulaire d'une part de copropriété de l'immeuble sis (...) et à ce titre, elle a également interjeté un recours (recourants 13;
cf. consid. 2.3.4.4.10 ci-après), par l'intermédiaire d'un autre mandataire. Les recourants 13 ont toutefois formulé des conclusions ne portant que sur la question de l'expropriation (cf. consid. en fait D).

Dès lors, si la recourante 8 avait été la seule à interjeter le recours tel que présenté à raison de l'immeuble sis (...), le Tribunal de céans ne serait pas entré en matière sur ses griefs; toutefois, ce recours comporte les mêmes griefs que ceux des recourants 6, 7 et 9 à 11; la question de la légitimation au recours à raison de droits de propriété sur l'immeuble susmentionné peut dès lors rester ouverte.

2.3.4.4 S'agissant des autres recourants, ils doivent être considérés comme touchés au sens de l'art. 48
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA (cf. consid. 2ss ci-dessus). Il résulte du dossier et plus précisément des plans 52.2 et 71.3 du dossier mis à l'enquête, des cartes fournies par les intimés au stade de la demande de révocation de l'effet suspensif, du PV de la séance d'instruction du 9 février 2011 (pièce 259) et d'autre part du tableau des droits à acquérir (pièce 54.6 du dossier mis à l'enquête, ci-après tableau des droits) que leur situation est la suivante.

2.3.4.4.1. Les recourantes 1 sont propriétaires de la parcelle (3) de Genève - Plainpalais, sise (...), à hauteur des km 68.393 à 68.950 du projet. Le tracé passe directement sous le fonds des recourantes et même sous l'un des immeubles qui y est érigé, lequel est occupé par ces dernières (cf. plans 52.2 et 71.3 susmentionnés). Le projet comporte une expropriation définitive de 4'203 m2 et une occupation temporaire de 1'028 m2; sont également prévues: une servitude personnelle de superficie pour un tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. pièce 54.6 du dossier de mise à l'enquête, tableau des droits à acquérir, p. 2, ci-après tableau des droits). Enfin, le fonds fait l'objet d'une autorisation de défrichement définitif de 310 m2 et de défrichement temporaire de 1'600 m2 (cf. décision attaquée, ch. 6 du dispositif).

Au vu de ce qui précède, les recourantes 1 sont légitimées au recours.

2.3.4.4.2. La recourante 2 est la communauté des copropriétaires de la parcelle (4) de Genève - Plainpalais, sise (...). L'ouvrage projeté passe sous l'immeuble et à cette hauteur (km 68.876) se trouve l'une des extrémités de la halte souterraine de Champel
(cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). Ont par ailleurs été approuvées une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. tableau des droits, p. 30).

La recourante 2 est par conséquent légitimée au recours.

2.3.4.4.3. Les recourants 3 sont des copropriétaires de la parcelle susmentionnée ayant choisi de recourir individuellement. A ce titre, leur situation est exactement la même que ci-dessus, de sorte que la légitimation au recours doit leur être reconnue.

2.3.4.4.4. La première nommée des recourants 4 est propriétaire de la parcelle (5) de Genève - Plainpalais, sise (...) (km 68.690 env.). Les deux recourants 4 sont propriétaires de la parcelle 1887 (fonds servant du premier) sise à la même adresse. Le tunnel passe presque sous l'immeuble, voire dessous (cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). Sont également prévues une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. tableau des droits, p. 1).

Au vu de ce qui précède, les recourants 4 sont légitimés au recours.

2.3.4.4.5. La recourante 5 est propriétaire de la parcelle (6) de Genève - Plainpalais, sise (...) à Genève (km 69.250 env.). Le tracé du tunnel passe sous l'immeuble (cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). Ont été approuvées une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. tableau des droits, p. 50).

La recourante 5 est par conséquent légitimée au recours.

2.3.4.4.6. La recourante 6 et les recourants 9 sont chacun propriétaires d'un bien immobilier sur la parcelle (7) de Genève - Plainpalais, sis (...) (km 68.960 env.). L'ouvrage (halte souterraine de Champel) passe à quelques mètres de la façade de l'immeuble (cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). L'OFT a également approuvé une occupation temporaire de 16 m2 pendant une durée de 5 ans (cf. tableau des droits, p. 50).

Ces recourants disposent donc de la légitimation au recours.

2.3.4.4.7. Les recourants 7 et 10 sont chacun propriétaires d'un appartement sur la parcelle (8) de Genève - Plainpalais, sis (...) (km 68.830 env.). Le tunnel passe sous l'immeuble (cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). Ont également été approuvées une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. tableau des droits, p. 28).

Au vu de ce qui précède, les recourants 7 et 10 sont légitimés au recours.

2.3.4.4.8. La recourante 11 est locataire de locaux commerciaux sis (...) à Genève (km 68.980 env). La halte de Champel se situe à une dizaine de mètres de la façade la plus proche de l'immeuble (cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). A ce titre, la légitimation doit par conséquent lui être reconnue.

2.3.4.4.9. La recourante 12 est propriétaire d'un appartement sur la parcelle (9) de Genève - Plainpalais, sis (...) (km 69.300 env.). Le tunnel projeté passe sous l'immeuble (cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). Ont en outre été approuvées une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. tableau des droits, p. 54).

Au vu de ce qui précède, la légitimation au recours doit lui être reconnue.

2.3.4.4.10. La recourante 13 est une communauté de copropriétaires d'un immeuble sis sur la parcelle (10) de Genève - Plainpalais, sis (...) (km 68.900). Le tracé passe presque sous l'immeuble étant par ailleurs précisé que le projet à cet endroit consiste dans l'une des extrémités de la halte de Champel (cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). Ont en outre été approuvées l'expropriation de 168 m2, l'occupation temporaire et pendant 5 ans d'une surface de 322 m2 et une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. tableau des droits, p. 31).

Au vu de ce qui précède, leur légitimation au recours doit être admise.

2.3.4.4.11. La recourante 14 est propriétaire de la parcelle (11) de Genève - Plainpalais, sise (...) (km 69.180 env.) et également copropriétaire à 25% de la parcelle (12) de Genève - Plainpalais, sise (...) (km 69.225 env.). Les immeubles érigés sur ces deux parcelles se trouvent à une distance de 30 mètres au moins du tracé (cf. plans 52.2 et 71.3 et PV susmentionnés). Les biens immobiliers en question ne sont en revanche pas concernés par une quelconque approbation de servitude (cf. tableau des droits a contrario et plan 54.2 du dossier mis à l'enquête).

Compte tenu des incertitudes en matière de propagation des vibrations et de son solidien, la légitimation au recours sera toutefois admise.

2.3.4.4.12. La recourante 15 est propriétaire de la parcelle (2) de Genève - Plainpalais, sise (...); comme considéré ci-dessus, cet immeuble est distant de 80 mètres environ de l'ouvrage; la légitimation au recors du fait de droits de propriété sur cette parcelle est très douteuse (cf. consid. 2.8 ci-dessus).

En revanche, la recourante 15 est copropriétaire - avec la recourante 14 - de l'immeuble sis sur la parcelle (12) à l'adresse (...). Sa situation est donc la même que la recourante précitée et la légitimation au recours sera admise.

2.3.4.4.13. Les recourants 17 sont copropriétaires de la parcelle (13) de Genève - Plainpalais, située (...) (km 69.450 env.). La façade la plus proche de l'immeuble se situe à une trentaine de mètres du tunnel projeté (cf. plans 52.2, 71.3 et PV susmentionnés). En revanche, cette parcelle n'est pas concernée par une quelconque approbation de servitude (cf. tableau des droits a contrario et plan 54.2 du dossier mis à l'enquête).

La légitimation au recours sera par conséquent admise.

2.3.4.4.14. Les recourants 18 sont copropriétaires de la parcelle (14) de Genève - Plainpalais, située (...) (km 69.350 env.). Le tunnel passe à quelques mètres de la façade de l'immeuble (cf. plans 52.2, 71.3 et PV susmentionnés). Ont en outre été approuvées une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. tableau des droits, p. 57).

La légitimation au recours doit par conséquent leur être reconnue.

2.3.4.4.15. Les recourants 19 sont copropriétaires de la parcelle (15) de Genève - Plainpalais, sise (...) (km 69.385 env.). Le tunnel passe à une vingtaine de mètres de la façade la plus proche (cf. plans 52.2, 71.3 et PV susmentionnés). Ont également été approuvées une servitude personnelle de superficie pour tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. tableau des droits, p. 58).

Vu ce qui précède, la légitimation doit leur être reconnue.

2.3.4.4.16. Le recourant 20 est locataire d'un appartement sis sur la parcelle (16) de Genève - Plainpalais à l'adresse (...) (km 69.200 env.). Le tunnel projeté passe juste devant la façade la plus proche (cf. plans 52.2, 71.3 et PV susmentionnés). En sa qualité de locataire, en revanche, il n'est à l'évidence pas concerné par une quelconque atteinte aux droits de propriété sur cette parcelle.

La légitimation au recours doit cependant lui être reconnue.

2.3.4.4.17. Les recourants 22 sont propriétaires de la parcelle (17) de Chêne-Bougeries sise (...) (km 72.684 env.). Le tracé de l'ouvrage se présente à cet endroit comme une double voie en tranchée couverte et à une distance d'une trentaine de mètres de l'angle le plus proche de l'immeuble ; à une quarantaine de mètres en distance la plus courte de l'immeuble des recourants, le pont ferroviaire qui enjambe la rivière Seymaz (ci-après Pont sur la Seymaz) fera également l'objet de modifications. Il résulte du plan 74.3 du dossier de mise à l'enquête que la parcelle susmentionnée subira une emprise provisoire de 223,10 m2 durant 1 an et demi (cf. également tableau des droits, 74.12 du dossier mis à l'enquête).

L'intérêt au recours doit donc être admis s'agissant de la question de savoir s'ils sont touchés au sens de l'art. 48
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA.

2.4. L'intérêt au recours selon l'art. 48
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
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2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA doit en outre être actuel: il doit non seulement exister au moment où le recours a été déposé mais également subsister lors du prononcé de la décision sur recours (ATF 128 II 34, consid. 1b; Häner, op. cit. n.m. 21 ad 48 PA). Lorsque, dans une cause telle que celle-ci, la partie vend son immeuble en cours de procédure, elle ne peut plus être considérée comme touchée: en effet, l'issue de la procédure ne la concerne plus guère et ne modifiera plus sa situation juridique ou de fait.

2.4.1. Dans ce cadre, il y a lieu de relever que le recourant 16, initialement représenté par un mandataire, a vendu son immeuble en date du 25 mars 2010 (annexe à la pièce 258). Il est par ailleurs apparemment parti à l'étranger sans laisser d'adresse de notification en Suisse, ni se faire représenter (pièce 236). Personne ne s'est manifesté en son nom, ni au nom des acquéreurs. Le recourant n'a dès lors plus aucun intérêt à l'issue de la présente cause et son recours, devenu sans objet, ne sera pas examiné ci-après.

2.4.2. Ayant vendu son immeuble, la recourante initiale 22 n'est plus touchée par la décision entreprise et elle n'a donc plus aucun intérêt actuel au recours. Celui-ci devrait donc être considéré comme devenu sans objet, sauf à admettre une substitution de parties
(cf. Vera Marantelli-Sonanini/Said Huber, in Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Waldmann/ Weissenberger [éd.], Zurich, Bâle, Genève, 2009, n.m. 7 ad art. 48
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b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
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a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
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1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 D. Beschwerdelegitimation
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA).

2.4.2.1 Dans le cas d'une vente d'immeuble, il ne saurait y avoir substitution légale automatique de parties, comme dans le cas d'une succession par exemple. En effet, la qualité de partie est ici liée à l'immeuble considéré et non pas à la personne; dès lors la substitution est facultative (Marantelli-Sonanini/Huber, op. cit. n.m. 51 ad art. 6 PA). Les nouveaux propriétaires doivent toutefois expressément requérir la substitution de parties dans un délai raisonnable en demandant à intervenir dans la procédure en cours, sans quoi ils perdent leur droit (Marantelli-Sonanini/Huber, op. cit. n.m. 52 ad art. 6 PA; Isabelle Häner, Die Beteiligten in Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, Zurich, 2000, n.m. 373). En cas d'admission de la substitution de parties, et en tout état de cause, les nouvelles parties prennent la place laissée en l'état par la personne substituée; elles n'auront ainsi pas davantage de droits que la partie précédente, ne pouvant pas prétendre à un droit propre d'être entendues dès lors que la partie précédente a pu l'exercer correctement (Häner, op. cit. n.m. 378).

2.4.2.2 Lors de la vision locale du 15 mars 2011, la recourante 22 était présente, mais accompagnée par l'un des nouveaux propriétaires de l'immeuble qu'elle a vendu en date du 20 septembre 2010. C'est lors de l'acte d'instruction susmentionné que ce changement de propriétaire a été porté à la connaissance du Tribunal de céans. Lors de la séance d'instruction en question - acte au cours duquel l'un des deux acquéreurs présent n'a en aucune manière manifesté son intention de se substituer à la recourante initiale (cf. pièce 291) -, le Tribunal a fait savoir qu'il attendait une détermination de sa part suite à ce changement de l'état de fait. Après divers échanges d'écriture à ce propos (pièce 303 et 318), c'est finalement en date du 24 mai 2011 - à l'occasion des observations finales - que le mandataire de la recourante initiale a fait formellement savoir que les acquéreurs souhaitaient une substitution de parties. A cette occasion, le mandataire a exposé que ses mandant auraient agi de bonne foi et que, n'étant pas représentés par un mandataire professionnel, ils ignoraient devoir présenter une telle demande de substitution de parties. Selon le mandataire précité, ils auraient agi correctement en manifestant leur volonté à
l'occasion du "premier acte d'instruction" intervenu après la vente de l'immeuble, soit la vision locale du 15 mars 2011. Le mandataire ajoute au surplus que lui-même ignorait la vente de la parcelle (17) de la commune de Chêne-Bougeries.

2.4.2.3 Le Tribunal de céans constatera d'abord que cette manifestation n'a été ni spontanée ni rapide puisqu'elle n'est intervenue qu'en date du 24 mai 2011 et après diverses sollicitations. Par ailleurs, les occasions de se manifester n'ont pas manqué auparavant, dès lors que diverses communications et citations sont intervenues avant l'acte d'instruction du 15 mars 2011 (pièces 213, 231, 261 et 256).

Quant à l'affirmation selon laquelle le mandataire ignorait la vente de l'immeuble, elle est difficile à croire si l'on considère même uniquement les diverses convocations qui lui ont été adressées (pièces 231 et 256) et qu'il a certainement dû transmettre à sa cliente. Au demeurant, l'absence de tout représentant pour la parcelle (17) lors de l'audience d'instruction du 9 février 2011 ne plaide pas en faveur de la thèse de l'ignorance de cette vente de la part du mandataire: en effet, cette séance d'instruction était annoncée comme portant sur la problématique des vibrations, problématique pourtant soulevée dans les actes de procédure de la recourante initiale. Si l'on ajoute que ces changements n'ont toujours pas été communiqués au Tribunal suite à la convocation à la vision locale du 18 février 2011, on ne peut que considérer que le silence a été volontaire et ne résulte nullement d'une ignorance des faits de la part du mandataire. En sa qualité de professionnel, le mandataire ne pouvait pas ignorer les conséquences qu'il y avait lieu de tirer des demandes très claires formulées par le Tribunal lors de la vision locale du 15 mars; pourtant le courrier du 7 avril ne contenait toujours pas une telle demande de substitution.


2.4.2.4 Le procédé utilisé dans la présente cause est dès lors non seulement contraire à la bonne foi, qui suppose que l'on porte sans tarder - le délai raisonnable devenant nécessairement plus court à mesure que l'instruction avance, ce qui était le cas dans la présente cause, puisque la seconde prise de position de l'OFEV sur les répliques et dupliques avait été déposée - à la connaissance du Tribunal toute volonté de substitution de parties, mais encore à la limite de la témérité.

Cette question demeurera cependant ouverte dans la mesure où, en tous les cas, le recours se révèle entièrement mal fondé, pour autant que recevable (cf. consid. au fond 22.1.2, 24.1 à 24.1.9, 31.6.4 ci-après). Dès lors, les acquéreurs prendront formellement la place de la recourante initiale dans la présente procédure et en l'état dans lequel cette recourante l'avait laissée.

3.
A teneur de l'art. 52
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA, le recours doit contenir des conclusions, une motivation, les éventuels moyens de preuve du recourant et comporter une signature du recourant ou de son mandataire.

3.1. S'agissant tout d'abord des conclusions, elles doivent être formulées de manière à ce que l'autorité de recours sache avec précision ce que demande le recourant. Idéalement, les conclusions devraient, en cas d'admission du recours, pouvoir être reprises telles quelles dans le dispositif de l'arrêt. La pratique est toutefois assez peu formaliste et il a été admis que les conclusions pouvaient être implicites et donc résulter de la motivation (ATF 123 V 335, consid. 1a; arrêt du
TF 6S.554/2006, du 15 mars 2007, consid. 4; Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, Vol. II, Les actes administratifs et leur contrôle, Berme 2011, p. 807). Les conclusions doivent cependant rester dans le cadre des questions qui ont fait l'objet de la contestation antérieure et le recourant ne peut donc pas prendre de conclusions qui dépassent ce cadre (ATF 131 V 164, consid. 2.1; ATF 119 Ib 193, consid. 1d; Moor/Poltier, op. cit. p. 807s.; cf. également consid. 2.1 ci-dessus et les références citées s'agissant de la lésion formelle et encore André Moser, in Auer/Müller/Schindler éd., Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, n.m. 3 ad art. 52
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA).

Les réserves exprimées au consid. 2.1 ci-dessus demeurent donc valables: il ne sera pas entré en matière sur des conclusions qui dépasseraient le cadre de ce qui avait été initialement demandé au stade de la procédure de première instance.

3.2. La motivation du recours a pour fonction d'exposer les raisons pour lesquelles l'acte est attaqué et quelles sont les considérations de fait ou de droit que le recourant tient pour erronées (ATF 131 II 470, consid. 2). Il ne suffit donc pas de formuler des affirmations péremptoires, au demeurant sans développement, opposant simplement une opinion contraire à celle de l'autorité précédente (Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération, ci-après JAAC (2003) 67.128, consid. 2b). La motivation doit aussi être topique, c'est-à-dire se rapporter aux éléments de la cause. L'argumentation topique doit toutefois répondre à la motivation de l'autorité inférieure (arrêt du
TF 9C_261/2007, du 27 juin 2007; ATF 123 V 335, consid. 1a; ATF 118 Ib 134, consid. 2, ce dernier ayant toutefois été rendu sous l'ancien article 108 al. 2
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
OJ en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006). La répétition pure et simple de l'argumentation déjà développée devant l'autorité inférieure ne remplit pas non plus les exigences de motivation au sens de l'art. 52
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA (arrêt du TF 1A.292/1997, du 20 janvier 1998, consid. 6, dans lequel la Haute Cour a du reste considéré que pareille démarche dénotait en outre un mépris pour les institutions judiciaires).

La PA n'est pas trop exigeante surtout si la partie n'est pas représentée par un mandataire professionnel; dans ce cas, une motivation sommaire peut suffire si l'on peut en déduire les points sur lesquels et les raisons pour lesquelles la décision est attaquée. L'argumentation peut être nouvelle à condition toutefois - surtout si les conclusions devaient être implicites - de ne pas étendre l'objet du litige (consid. 3.1 ci-dessus avec les références citées). Il est loisible à une partie de se référer à de précédentes écritures ou à des pièces relevant de la procédure antérieure, ce qui la dispense de développer - dans une certaine mesure - ses moyens. Elle n'est pas pour autant dispensée d'indiquer clairement les dits moyens et donc le simple renvoi à dites précédentes écritures ou pièces ne suffit pas.

Compte tenu de ce qui précède, le Tribunal de céans n'entrera pas en matière sur des argumentations trop peu développées. Le cas échéant, le Tribunal les signalera dans les considérants au fond qui suivent, tout en tirant les conséquences de ce qui précède.

4.
Conformément à l'art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
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VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA, le TAF dispose d'un plein pouvoir de cognition; il connaît de la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (al. 1) de la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (al. 2) et de l'inopportunité à condition toutefois qu'une autorité cantonale de recours ne soit pas l'auteur de la décision attaquée (al. 3).

Bien qu'étant au bénéfice d'un plein pouvoir de cognition, l'autorité de recours ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité de première instance lorsqu'il s'agit d'apprécier - comme c'est le cas en l'espèce - des questions qui requièrent des connaissances spécifiques (arrêt du TAF A-6728/2007, du 10 novembre 2008, consid. 2). Plus le pouvoir d'appréciation de l'autorité de première instance est important, plus le Tribunal de céans devra faire preuve de retenue en exerçant son propre pouvoir d'appréciation.

Dans le cadre d'approbations de plans telles que celle dont il est ici question, le pouvoir d'appréciation de l'OFT est important, spécialement sur des questions techniques, questions pour lesquelles il dispose des connaissances nécessaires (ATF 135 II 296, consid. 4.4.3; arrêt du TAF A-523/2010, du 19 octobre 2010, consid. 4; Benjamin Schindler, in Auer/Müller/Schindler [éd.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zurich et St-Gall, 2008, n.m. 9 ad. art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
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VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
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VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
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VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA).

De surcroît, s'agissant d'une installation soumise à l'étude d'impact sur l'environnement au sens de la législation sur la protection de l'environnement (cf. consid. 17.3.1 ci-après), l'approbation requiert des prises de positions d'autorités spécialisées telles que - pour les questions qui feront l'objet de l'examen matériel des présents recours - l'OFEV. Dans ce cas, le Tribunal de céans devra également veiller à ne pas substituer sa propre appréciation des faits à celle des autorités spécialisées en question (ATF 133 II 35, consid. 3; arrêt du TAF, du 3 juin 2009, A-5466/2008, du 3 juin 2009, consid. 4.1; arrêt du TAF A 2013/2006, du 11 décembre 2009, consid. 2.2, arrêt du TAF A 594/2009, du 10 novembre 2009, consid. 4.4.1). Il y a également lieu de tenir compte du fait qu'en sa qualité d'autorité judiciaire, le TAF n'est pas l'autorité de surveillance en matière environnementale, ni une autorité de planification (ATF 129 II 331, consid. 3.2). Il découle également de ce qui précède que des compléments de preuves, telles que des expertises, ne doivent être ordonnées qu'exceptionnellement, lorsque de tels éclaircissements sont vraiment nécessaires à une correcte application de la loi (arrêt du TF 1E.1/2006, du 2 juillet 2008,
consid. 5; arrêt du TAF A-623/2010, du 1er juillet 2010, consid. 3).

Ceci posé et conformément à l'art. 62
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 62 J. Beschwerdeentscheid / II. Änderung der angefochtenen Verfügung - II. Änderung der angefochtenen Verfügung
1    Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
2    Zuungunsten einer Partei kann sie die angefochtene Verfügung ändern, soweit diese Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des Sachverhaltes beruht; wegen Unangemessenheit darf die angefochtene Verfügung nicht zuungunsten einer Partei geändert werden, ausser im Falle der Änderung zugunsten einer Gegenpartei.
3    Beabsichtigt die Beschwerdeinstanz, die angefochtene Verfügung zuungunsten einer Partei zu ändern, so bringt sie der Partei diese Absicht zur Kenntnis und räumt ihr Gelegenheit zur Gegenäusserung ein.
4    Die Begründung der Begehren bindet die Beschwerdeinstanz in keinem Falle.
PA, le Tribunal de céans n'est lié ni par les conclusions, ni par l'argumentation des parties ou de l'autorité de première instance, conformément au principe iura novit curia. Il n'examinera toutefois l'acte attaqué que dans le cadre des griefs avancés valablement et n'étendra l'examen du droit qu'à la condition que les motifs avancés ou le dossier ne contiennent des indices propres à l'y inciter (ATF 122 V 157, consid. 1a; ATAF 2007/27, consid. 3.3; arrêt du TAF A-1851/2006, du 18 octobre 2010, consid. 1.3; Moor/Poltier, op. cit., p. 300s).

5.
Comme déjà constaté dans les considérants en fait ci-dessus, par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé les plans de l'installation ferroviaire du CEVA. Ce faisant, l'autorité de première instance a rejeté ou déclaré irrecevables les oppositions formées durant la mise à l'enquête publique et approuvé - comme déjà dit - des mesures d'expropriation, écartant au passage des demandes d'administration de preuves.

Cette décision, qui comporte presque 400 pages, examine la conformité au droit du projet dans son ensemble, conformément aux exigences prescrites par l'art. 17
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 17
1    Die Eisenbahnanlagen 3 und Fahrzeuge sind nach den Anforderungen des Verkehrs, des Umweltschutzes und gemäss dem Stande der Technik zu erstellen, zu betreiben, zu unterhalten und zu erneuern. Die Bedürfnisse mobilitätsbehinderter Menschen sind angemessen zu berücksichtigen.
2    Der Bundesrat erlässt Vorschriften über Bau und Betrieb sowie über die technische Einheit und Zulassung im Eisenbahnwesen unter Berücksichtigung der Interoperabilität und eines streckenbezogenen Sicherheitsstandards. Er sorgt dafür, dass die technischen Vorschriften nicht zur Behinderung des Wettbewerbes missbraucht werden.
3    Das BAV erlässt Fahrdienstvorschriften. 4
4    Die Eisenbahnunternehmen sind im Rahmen der Vorschriften für den sicheren Betrieb der Eisenbahnanlagen und Fahrzeuge verantwortlich. Sie haben die für einen sicheren Betrieb erforderlichen Vorschriften aufzustellen und dem BAV vorzulegen.
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 17
1    Die Eisenbahnanlagen 3 und Fahrzeuge sind nach den Anforderungen des Verkehrs, des Umweltschutzes und gemäss dem Stande der Technik zu erstellen, zu betreiben, zu unterhalten und zu erneuern. Die Bedürfnisse mobilitätsbehinderter Menschen sind angemessen zu berücksichtigen.
2    Der Bundesrat erlässt Vorschriften über Bau und Betrieb sowie über die technische Einheit und Zulassung im Eisenbahnwesen unter Berücksichtigung der Interoperabilität und eines streckenbezogenen Sicherheitsstandards. Er sorgt dafür, dass die technischen Vorschriften nicht zur Behinderung des Wettbewerbes missbraucht werden.
3    Das BAV erlässt Fahrdienstvorschriften. 4
4    Die Eisenbahnunternehmen sind im Rahmen der Vorschriften für den sicheren Betrieb der Eisenbahnanlagen und Fahrzeuge verantwortlich. Sie haben die für einen sicheren Betrieb erforderlichen Vorschriften aufzustellen und dem BAV vorzulegen.
LCdF, lequel impose que les installations ferroviaires et les véhicules doivent être construits, exploités, entretenus et renouvelés conformément aux exigences du trafic et de la protection de l'environnement et aux progrès de la technique. Conformément à la volonté du législateur lorsqu'il a édicté la LCoord et à l'art. 18 al. 2
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18 Grundsatz
1    Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
2    Genehmigungsbehörde ist das BAV. 2
3    Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt.
4    Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt.
5    Die Plangenehmigung für Vorhaben, die sich erheblich auf Raum und Umwelt auswirken, setzt grundsätzlich einen Sachplan nach dem Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 3 über die Raumplanung voraus.
6    Zur Eisenbahnanlage gehören auch die mit dem Bau und dem Betrieb zusammenhängenden Erschliessungsanlagen und Installationsplätze sowie die Standorte für die Verwertung und Ablagerung von Ausbruch- und Aushubmaterial, die in einem engen räumlichen und funktionalen Zusammenhang mit der geplanten Anlage stehen.
LCdF qui est le résultat de la modification induite par cette loi, l'autorité d'approbation doit dès lors examiner - et trancher - tous les aspects d'un projet après avoir consulté les autorités spécialisées compétentes, voire procédé à l'élimination des divergences au sens de l'art. 18g
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18g - Das Bereinigungsverfahren in der Bundesverwaltung richtet sich nach Artikel 62 bdes Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes vom 21. März 1997 3 .
LCdF (sur ces questions, voir le message à l'appui de la LCoord, FF 1998 2221ss; également Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit, p. 295ss; Moor/Poltier, op. cit., p. 219 ss; cf. également consid. 11.3 et 13.4 ci-dessous).

5.1. Dans la décision attaquée, l'OFT a approuvé les plans en imposant toutefois de très nombreuses charges. Comme relevé dans le cadre de la décision incidente du Tribunal de céans sur la demande de révocation de l'effet suspensif, du 23 janvier 2009, ces charges exigent parfois la présentation - pour approbation - de plans à fournir au moins douze mois avant le début des travaux, parfois la transmission de documents pour information; elles imposent par ailleurs le respect de certaines normes, telles que les directives sur les chantiers ou encore le suivi de certains aspects environnementaux du projet, pour ne citer que certains des aspects de la décision ici entreprise.

5.2. La décision est en outre assortie d'une réserve au chiffre 3 du dispositif: en effet, l'OFT "se réserve expressément le droit de modifier la présente décision en fonction du résultat de l'examen des projets de détail ordonnés dans la présente décision d'approbation des plans". Comme cela résulte du texte lui-même, cette réserve se rapporte à l'ensemble des charges par lesquelles des plans de détail ont été exigés.

5.3. L'une des charges de la décision attaquée, assortie à cette réserve, est celle qui a suscité le plus grand nombre d'objections et de critiques dans le cadre des présents recours: il s'agit de la charge 2.51.1 qui exige, s'agissant des vibrations et du son solidien, que "le gabarit des ouvrages souterrains doit réserver une place suffisante pour que, sur la base du résultat des mesures in situ réalisées au moyen d'un camion vibreur une fois le gros oeuvre terminé, les mesures de protection adéquates puissent être mises en oeuvre" (p. 362 de la décision).

Le Tribunal de céans constate que les nombreux cartons de plans faisant l'objet du dossier de première instance ne comportent aucun plan reflétant les protections contre les vibrations et le son solidien.

Sans entrer dans le détail des motivations, détail qui sera abordé plus loin, les recourants considèrent de façon unanime que cette manière de procéder est contraire à la loi, qu'elle ne les protège pas d'immissions qui pourraient se révéler excessives, voire viole leur droit d'être entendu.

5.4. Une autre charge prévoit que pour le tunnel de Champel, "les remarques contenues dans le rapport d'examen du 14 juillet 2006 doivent être prises en compte par l'auteur du projet dans la suite du projet et dans le calcul d'exécution de l'ouvrage. Les documents correspondants seront soumis à l'expert" (charge 2.10.8, p. 342 de la décision). Une seconde charge prescrit que "le rapport d'expert du tunnel de Champel doit être complété des aspects géologique, hydrogéologique et géotechnique" (charge 2.10.9, ibidem). Et enfin, une troisième charge impose que "l'expert poursuive son mandat jusqu'à la phase de construction [...]" (charge 2.10.14 [et non 2.10.7 comme mentionné par erreur dans le PV de la séance d'instruction du 9 février 2011], ibidem).

Ces trois charges se réfèrent aux techniques constructives à adopter en fonction de la nature du sous-sol rencontré; la construction d'un tunnel dans un environnement aussi urbanisé peut être de nature à provoquer des dommages aux immeubles en surface, à la structure du sous-sol ou encore à d'éventuelles nappes phréatiques ou cours d'eau souterrains et ceci à raison, justement, de la présence simultanée des uns et des autres éléments susmentionnés.

La plupart des recourants considèrent que ces charges ne les protègent pas suffisamment d'éventuels dommages, allant jusqu'à considérer que leurs immeubles pourraient s'effondrer. Le détail de ces griefs sera également examiné plus loin (cf. consid. 23ss ci-après).

6.
Plusieurs recourants ont émis des griefs d'ordre formel et en particulier concernant leur droit d'être entendu au sens large.

Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 de la Confédération Suisse (Cst, RS 101) et par l'art. 6 ch. 3 de la Convention du 4 novembre 1950 pour la sauvegarde des droits de l'homme et des droits fondamentaux (CEDH, RS 0.101) constitue un aspect important et spécifique du principe général de la garantie d'une procédure équitable, conformément aux art. 29 al. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst et 6 ch. 1 CEDH. Le droit d'être entendu est également garanti, s'agissant de la procédure administrative fédérale, par les art. 18
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 18 D. Feststellung des Sachverhaltes / III. Zeugeneinvernahme / 5. Rechte der Parteien - 5. Rechte der Parteien
1    Die Parteien haben Anspruch darauf, den Zeugeneinvernahmen beizuwohnen und Ergänzungsfragen zu stellen.
2    Zur Wahrung wesentlicher öffentlicher oder privater Interessen kann die Zeugeneinvernahme in Abwesenheit der Parteien erfolgen und diesen die Einsicht in die Einvernahmeprotokolle verweigert werden.
3    Wird ihnen die Einsicht in die Einvernahmeprotokolle verweigert, so findet Artikel 28 Anwendung.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 18 D. Feststellung des Sachverhaltes / III. Zeugeneinvernahme / 5. Rechte der Parteien - 5. Rechte der Parteien
1    Die Parteien haben Anspruch darauf, den Zeugeneinvernahmen beizuwohnen und Ergänzungsfragen zu stellen.
2    Zur Wahrung wesentlicher öffentlicher oder privater Interessen kann die Zeugeneinvernahme in Abwesenheit der Parteien erfolgen und diesen die Einsicht in die Einvernahmeprotokolle verweigert werden.
3    Wird ihnen die Einsicht in die Einvernahmeprotokolle verweigert, so findet Artikel 28 Anwendung.
, 26
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 26 G. Akteneinsicht / I. Grundsatz - G. Akteneinsicht I. Grundsatz
1    Die Partei oder ihr Vertreter hat Anspruch darauf, in ihrer Sache folgende Akten am Sitze der verfügenden oder einer durch diese zu bezeichnenden kantonalen Behörde einzusehen:
a  Eingaben von Parteien und Vernehmlassungen von Behörden;
b  alle als Beweismittel dienenden Aktenstücke;
c  Niederschriften eröffneter Verfügungen.
1bis    Die Behörde kann die Aktenstücke auf elektronischem Weg zur Einsichtnahme zustellen, wenn die Partei oder ihr Vertreter damit einverstanden ist. 1
2    Die verfügende Behörde kann eine Gebühr für die Einsichtnahme in die Akten einer erledigten Sache beziehen; der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühr.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 26 G. Akteneinsicht / I. Grundsatz - G. Akteneinsicht I. Grundsatz
1    Die Partei oder ihr Vertreter hat Anspruch darauf, in ihrer Sache folgende Akten am Sitze der verfügenden oder einer durch diese zu bezeichnenden kantonalen Behörde einzusehen:
a  Eingaben von Parteien und Vernehmlassungen von Behörden;
b  alle als Beweismittel dienenden Aktenstücke;
c  Niederschriften eröffneter Verfügungen.
1bis    Die Behörde kann die Aktenstücke auf elektronischem Weg zur Einsichtnahme zustellen, wenn die Partei oder ihr Vertreter damit einverstanden ist. 1
2    Die verfügende Behörde kann eine Gebühr für die Einsichtnahme in die Akten einer erledigten Sache beziehen; der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühr.
à 33
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
et 35 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
PA. Il comprend diverses garanties de procédure, créations jurisprudentielles déduites de l'art. 4 de l'ancienne Constitution fédérale du 19 avril 1874 de la Confédération Suisse (aCst; R.O.L.F I.I), créations jurisprudentielles exprimées clairement par la PA, laquelle garantit dès lors au moins les mêmes droits que la Cst (sur le droit constitutionnel, cf. Michele Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Berne 2000, p. 202ss; Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, Vol. II, Les droits fondamentaux, 2ème éd. Berne 2006, p. 606ss; Benoit Bovay, Procédure
administrative, Berne 2000, p. 207ss; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6ème éd., Zurich/Bâle/Genève/St-Gall 2006, p. 384ss; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungs-rechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, p. 46, 107ss; Markus Schefer, Grundrechte in der Schweiz, Berne 2005, p. 285ss).

Le droit d'être entendu comporte donc de nombreux aspects déduits de la Constitution par la jurisprudence; comme déjà mentionné, ces droits sont toutefois également inscrits dans la PA, loi qui régit toute procédure administrative fédérale comme celle qui fait l'objet des présents recours. Parmi les divers droits qui découlent du droit d'être entendu - sans qu'il soit nécessaire de les citer tous - il y a lieu de citer le droit de consulter le dossier (art. 26
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 26 G. Akteneinsicht / I. Grundsatz - G. Akteneinsicht I. Grundsatz
1    Die Partei oder ihr Vertreter hat Anspruch darauf, in ihrer Sache folgende Akten am Sitze der verfügenden oder einer durch diese zu bezeichnenden kantonalen Behörde einzusehen:
a  Eingaben von Parteien und Vernehmlassungen von Behörden;
b  alle als Beweismittel dienenden Aktenstücke;
c  Niederschriften eröffneter Verfügungen.
1bis    Die Behörde kann die Aktenstücke auf elektronischem Weg zur Einsichtnahme zustellen, wenn die Partei oder ihr Vertreter damit einverstanden ist. 1
2    Die verfügende Behörde kann eine Gebühr für die Einsichtnahme in die Akten einer erledigten Sache beziehen; der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühr.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 26 G. Akteneinsicht / I. Grundsatz - G. Akteneinsicht I. Grundsatz
1    Die Partei oder ihr Vertreter hat Anspruch darauf, in ihrer Sache folgende Akten am Sitze der verfügenden oder einer durch diese zu bezeichnenden kantonalen Behörde einzusehen:
a  Eingaben von Parteien und Vernehmlassungen von Behörden;
b  alle als Beweismittel dienenden Aktenstücke;
c  Niederschriften eröffneter Verfügungen.
1bis    Die Behörde kann die Aktenstücke auf elektronischem Weg zur Einsichtnahme zustellen, wenn die Partei oder ihr Vertreter damit einverstanden ist. 1
2    Die verfügende Behörde kann eine Gebühr für die Einsichtnahme in die Akten einer erledigten Sache beziehen; der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühr.
PA), le droit de faire administrer ou de participer à l'administration des preuves (art. 18
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 18 D. Feststellung des Sachverhaltes / III. Zeugeneinvernahme / 5. Rechte der Parteien - 5. Rechte der Parteien
1    Die Parteien haben Anspruch darauf, den Zeugeneinvernahmen beizuwohnen und Ergänzungsfragen zu stellen.
2    Zur Wahrung wesentlicher öffentlicher oder privater Interessen kann die Zeugeneinvernahme in Abwesenheit der Parteien erfolgen und diesen die Einsicht in die Einvernahmeprotokolle verweigert werden.
3    Wird ihnen die Einsicht in die Einvernahmeprotokolle verweigert, so findet Artikel 28 Anwendung.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 18 D. Feststellung des Sachverhaltes / III. Zeugeneinvernahme / 5. Rechte der Parteien - 5. Rechte der Parteien
1    Die Parteien haben Anspruch darauf, den Zeugeneinvernahmen beizuwohnen und Ergänzungsfragen zu stellen.
2    Zur Wahrung wesentlicher öffentlicher oder privater Interessen kann die Zeugeneinvernahme in Abwesenheit der Parteien erfolgen und diesen die Einsicht in die Einvernahmeprotokolle verweigert werden.
3    Wird ihnen die Einsicht in die Einvernahmeprotokolle verweigert, so findet Artikel 28 Anwendung.
et 29
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 29 H. Rechtliches Gehör / I. Grundsatz - H. Rechtliches Gehör I. Grundsatz
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 29 H. Rechtliches Gehör / I. Grundsatz - H. Rechtliches Gehör I. Grundsatz
PA), le droit de s'expliquer (art. 29
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 29 H. Rechtliches Gehör / I. Grundsatz - H. Rechtliches Gehör I. Grundsatz
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 29 H. Rechtliches Gehör / I. Grundsatz - H. Rechtliches Gehör I. Grundsatz
et 30
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 30 H. Rechtliches Gehör / II. Vorgängige Anhörung / 1. Im Allgemeinen - II. Vorgängige Anhörung 1. Im Allgemeinen 1
1    Die Behörde hört die Parteien an, bevor sie verfügt.
2    Sie braucht die Parteien nicht anzuhören vor:
a  Zwischenverfügungen, die nicht selbständig durch Beschwerde anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die durch Einsprache anfechtbar sind;
c  Verfügungen, in denen die Behörde den Begehren der Parteien voll entspricht;
d  Vollstreckungsverfügungen;
e  anderen Verfügungen in einem erstinstanzlichen Verfahren, wenn Gefahr im Verzuge ist, den Parteien die Beschwerde gegen die Verfügung zusteht und ihnen keine andere Bestimmung des Bundesrechts einen Anspruch auf vorgängige Anhörung gewährleistet.
PA), le droit d'obtenir une décision motivée (art. 35
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
PA).

Le droit d'être entendu, et par conséquent tous les aspects qu'il comporte, est une garantie de nature formeIle. Une violation avérée du droit d'être entendu entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment du bien-fondé matériel du recours (ATF 135 I 187, consid. 2.2, arrêt du TF 1C_452/2009, du 19 mars 2010,
consid. 2.3; arrêt du TF 2P.67/2000, du 19 septembre 2000, consid. 2a; ATF 124 V 183, consid. 4a; ATF 122 II 469, consid. 4a; arrêt du TAF
A-2013/2006, du 11 décembre 2009, consid. 6). Il est par conséquent nécessaire d'examiner dans un premier temps si les griefs relatifs à la violation du droit d'être entendu sont fondés ou non (cf. également arrêt du TAF A-6515/2010, du 19 mai 2011, consid. 4).

Il sied cependant de relever que la règle de l'annulation de la décision en raison d'une violation du droit d'être entendu souffre une exception: la violation du droit d'être entendu peut être réparée lorsque la partie lésée a bénéficié de la faculté de s'exprimer librement devant une autorité de recours investie du même pouvoir de cognition que l'autorité ayant méconnu le droit (ATF 133 I 201, consid 2.2; 129 I 129,
consid. 2.2.3; ATF 126 I 68, consid. 2; arrêt du TF 1C_104/2010, du 29 avril 2010, consid. 2.1). La réparation de la violation du droit par l'autorité de recours devrait être une exception et elle serait en principe exclue lorsque la violation du droit d'être entendu constitue dans le cas d'espèce une atteinte particulièrement grave aux droits de la partie (arrêt du TF 1C_452/2009, du 19 mars 2010. consid. 2.2; arrêt du
TF 1C_265/2009, du 7 octobre 2009, consid. 2.3; ATF 126 I 68,
consid. 2). Toutefois, la pratique admet également la réparation d'une grave violation du droit d'être entendu lorsque, in casu, le renvoi de la cause à l'autorité de première instance serait une vaine formalité et allongerait inutilement la procédure (ATF 133 I 201, consid. 2.2 et arrêt précité du TF 1C_265/2009, consid. 2.3).

Il résulte de l'art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA que le Tribunal de céans dispose du même pouvoir de cognition que l'autorité de première instance (cf. consid. 4
ci-avant). La réparation d'une violation du droit d'être entendu est par conséquent possible.

6.1. Les recourants 2 à 5 invoquent une motivation insuffisante de la décision attaquée et donc implicitement une violation de l'art. 35
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
PA. Ils reprochent en effet à l'autorité intimée de ne pas avoir expliqué à satisfaction les raisons pour lesquelles leurs demandes - formulées au stade de l'opposition - de déplacement du tracé ne pourraient pas être mises en oeuvre. Selon eux, l'OFT aurait dû expliquer, "chiffres, plans ou principes techniques à l'appui, le début d'une éventuelle raison" de l'impossibilité de procéder aux déplacements demandés. Ces recourants demandaient en effet que l'assiette du tunnel de Champel soit déplacée sous l'avenue (...) ou que son tracé soit enfoui plus profondément.

6.1.1. L'acte attaqué expose que "l'OFT a déjà exposé que le tracé d'une ligne de chemin de fer est dicté par des contraintes techniques et que les rayons de courbure qu'impliquerait le déplacement suggéré par [les recourants] sont incompatibles avec la circulation des trains. Par ailleurs, un abaissement du profil en long provoquerait une atteinte inadmissible à la nappe phréatique" (décision, p. 211-212).

6.1.2. Outre le fait que les recourants omettent de citer complètement la motivation adoptée par l'OFT telle qu'elle figure au considérant qui précède, il y a lieu de considérer ce qui suit.

Comme rappelé ci-dessus, le droit d'obtenir une décision motivée est un aspect du droit d'être entendu déduit de l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst; il est concrétisé par l'art. 35
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 35 J. Eröffnung / I. Schriftlichkeit / 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung - 2. Begründung und Rechtsmittelbelehrung
1    Schriftliche Verfügungen sind, auch wenn die Behörde sie in Briefform eröffnet, als solche zu bezeichnen, zu begründen und mit einer Rechtsmittelbelehrung zu versehen.
2    Die Rechtsmittelbelehrung muss das zulässige ordentliche Rechtsmittel, die Rechtsmittelinstanz und die Rechtsmittelfrist nennen.
3    Die Behörde kann auf Begründung und Rechtsmittelbelehrung verzichten, wenn sie den Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt.
PA. L'exigence de motivation poursuit un double but: elle permet au destinataire de la décision de comprendre et d'examiner les raisons pour lesquelles la décision a été prise et de se déterminer ainsi, en toute connaissance de cause, sur l'opportunité d'un recours; elle permet ensuite à l'autorité de recours d'exercer son contrôle sur la décision attaquée. Ni la PA, ni la jurisprudence relative à l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst, ne contiennent d'exigence particulière sur le contenu et la longueur de la motivation. Il suffit cependant que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (ATF 130 II 530, consid. 4.3; arrêt du TF 6B_59/2008, du 15 avril 2008, consid. 5.1; arrêt du TAF A-2081/2006, du 17 décembre 2007, consid. 7.1).

Lorsque, comme c'est le cas de l'OFT en l'espèce (cf. consid. 4
ci-avant), la loi laisse un large pouvoir d'appréciation à l'autorité ou encore que l'affaire est complexe en fait ou en droit, les exigences de motivation seront d'autant plus élevées (ATF 133 I 270, consid. 3; ATF 129 I 236, consid. 3.2).

6.1.3. Indépendamment de la question de savoir si les raisons retenues par l'OFT pour rejeter le grief des ci-devant recourants sont bien fondées, le Tribunal de céans constate qu'il n'y a guère de violation du droit d'être entendu dans le cas d'espèce. Non seulement la décision expose - contrairement à ce qu'affirment les recourants - les raisons techniques pour lesquelles le déplacement (horizontal ou vertical) souhaité n'est pas possible, mais elle le fait de manière compréhensible et claire. Même un profane en la matière est en effet capable de comprendre les raisons avancées par l'autorité de première instance s'agissant du déplacement horizontal: il est exposé tout simplement que le tracé d'une ligne ferroviaire se doit d'être le plus rectiligne possible, les trains ne pouvant suivre des rayons de courbure trop restreints tout en maintenant une certaine vitesse. Quant au déplacement demandé s'agissant d'un tracé que l'on voudrait situé plus profondément, l'explication donnée est on ne peut plus claire: la présence de la nappe phréatique l'interdit. Dans ce cadre, l'indication de chiffres, plans ou explications techniques supplémentaires ne serait guère utile aux recourants - lesquels de leur côté ne motivent par ailleurs
guère et sur ce point leurs exigences matériellement parlant - pour comprendre davantage les motifs qui ont guidé l'OFT. Compte tenu justement de l'absence totale de motivation des dites exigences, le Tribunal ne les examinera pas dans les considérants qui suivent (art. 52
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
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VwVG Art. 52 G. Beschwerdeschrift / II. Inhalt und Form - II. Inhalt und Form
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA et consid. 3.2 ci-dessus).

Il n'y a ainsi aucune violation de l'obligation de motiver la décision et ce grief sera rejeté.

6.2. Les recourantes 14 et 15 invoquent une violation du droit d'être entendu en raison du fait que l'OFT n'aurait pas donné suite aux demandes - contenues dans les oppositions - d'expertises et de compléments d'études en relation avec des insuffisances alléguées de l'EIE.

6.2.1. L'acte attaqué rejette en effet les demandes de compléments et d'expertises vouées à évaluer l'impact du projet et les mesures à prendre pour protéger les immeubles des recourantes aussi bien des immissions de vibrations et de son solidien que d'éventuels dommages durant les travaux de construction (décision, p. 227).

6.2.2. Comme considéré ci-dessus, le droit d'être entendu comporte le droit de faire administrer des preuves. Ce droit est garanti par les art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
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BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
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BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst et 33 PA et permet à la partie d'offrir des preuves pertinentes, d'exiger qu'il soit donné une suite favorable à cette offre et de participer à l'administration des preuves essentielles de l'autorité ou d'une autre partie (ATF 135 I 187 consid. 2.2; ATF 134 I 140, consid. 5.3; ATF 133 I 270, consid. 3.1; arrêt du TF du 1er février 2011 1C_187/2010, consid. 4.1; Moor/Poltier, op. cit, p. 296 ss; Patrick Sutter, in Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Auer/Müller/Schindler éd., 2008, ad. Art. 33
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
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VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
PA).

Conformément à l'art. 33
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VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 33 H. Rechtliches Gehör / V. Beweisanerbieten - V. Beweisanerbieten
1    Die Behörde nimmt die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhaltes tauglich erscheinen.
2    Ist ihre Abnahme mit verhältnismässig hohen Kosten verbunden und ist die Partei für den Fall einer ihr ungünstigen Verfügung kostenpflichtig, so kann die Behörde die Abnahme der Beweise davon abhängig machen, dass die Partei innert Frist die ihr zumutbaren Kosten vorschiesst; eine bedürftige Partei ist von der Vorschusspflicht befreit.
PA, l'autorité décide librement de l'administration des preuves des faits pertinents. Ces derniers sont déterminés par l'interprétation du droit applicable et c'est en fonction de cette interprétation qu'elle va décider des preuves nécessaires. Dès lors, seuls sont concernés les éléments pertinents pour l'issue du litige et l'autorité peut mettre un terme à l'instruction et renoncer à l'administration de certaines preuves offertes ou requises lorsque le fait à établir est sans importance pour l'issue du litige (ATF 126 I 15 consid. 2a/aa; arrêt du TF 2A_404/2002, du 9 février 2007,
consid. 4.1; arrêt du TAF précité, A-6515/2010, consid. 4.3).

L'autorité peut donc se livrer à une appréciation anticipée des preuves, procédé qui ne viole en aucune manière le droit d'être entendu tant que dite appréciation anticipée des preuves n'est pas arbitraire (arrêt du TF 2C_643/2010, du 1er février 2011, consid. 5.3; ATF 134 I 140, consid. 5.3). Dès lors, indépendamment de la question de savoir si les preuves requises étaient justifiées dans le cas d'espèce, question qui sera examinée plus avant, un simple refus de faire administrer des preuves ne constitue pas ipso facto une violation du droit d'être entendu.

6.2.3. Dans la présente cause, le Tribunal de céans constate que l'OFT a rejeté les réquisitions de preuves tout en expliquant de manière précise les raisons pour lesquelles il ne faisait pas procéder aux compléments et expertises demandées. Ce faisant, il a expliqué en quoi il jugeait ces réquisitions inutiles; il n'a pas versé dans l'arbitraire et partant n'a en aucune manière violé le droit d'être entendu des recourantes.

Le grief tiré d'une violation du droit d'être entendu dans le cadre de l'administration des preuves doit donc être rejeté.

6.3. Les recourants 17 à 20 invoquent une violation du droit d'être entendu s'agissant des charges imposées par l'OFT et de la réserve que ce dernier a mise au chiffre 3 du dispositif de la décision attaquée. En effet, en procédant de cette manière, l'autorité de première instance permettrait que lui soient soumis pour approbation des plans sur lesquels les recourants ne pourront plus se prononcer ; le chiffre 3 du dispositif par lequel l'OFT a explicitement indiqué qu'il se réservait le droit de modifier ou d'annuler la décision attaquée en fonction de l'examen des plans exigés dans les charges aggraverait encore cette violation.

La recourante 12, initialement représentée par un autre mandataire qu'actuellement, émet les mêmes griefs.

6.3.1. S'agissant de la manière de procéder décrite par les recourants, le Tribunal de céans constate que leur description correspond bien au contenu de la décision attaquée (cf. consid. 5.1 à 5.3 ci-dessus). En effet, l'acte attaqué a bien imposé des charges visant à exiger des intimés, dans le délai d'un an avant le début des travaux, des plans à soumettre à l'approbation de l'OFT. Il en découle donc que des approbations de plans devront encore intervenir, et ce même postérieurement à l'entrée en force de la décision ici attaquée.

Savoir si cela est constitutif d'une violation du droit d'être entendu n'est pas acquis pour autant.

6.3.2. Le grief tiré de la violation du droit d'être entendu comprend, comme mentionné précédemment (consid. 6 ci-dessus), le droit de consulter le dossier, de s'expliquer, de faire administrer des preuves, le droit d'obtenir une décision motivée. Un tel grief, toutefois, pour être valablement invoqué doit nécessairement l'être contre la décision dont est recours et conséquemment concerner la procédure qui a mené à l'acte attaqué.

Les recourants expriment ici leur crainte, qu'elle soit fondée ou non, que les futures procédures d'approbation de plans (in casu ceux qui devront définir la nature et les caractéristiques des protections à poser contre les vibrations et le son solidien) ne respectent pas leur droit d'être entendu. Leurs griefs à cet égard se rapportent par conséquent à de futures éventuelles procédures dont le Tribunal de céans n'a pas ici à trancher. La question de savoir si l'adoption de charges imposant des procédures d'approbation subséquentes est licite n'a pas trait au droit d'être entendu et sera examinée plus avant.

Par conséquent ce grief tiré de la violation du droit d'être entendu doit être rejeté.

7.
Certains recourants invoquent ensuite que la décision d'approbation ne reposerait pas sur une base légale suffisante.

7.1. Les recourants 6 à 11 invoquent que la Convention de 1912 conclue entre Genève et la Confédération, lors-même a-t-elle été ratifiée par la loi fédérale du 10 juillet 1912 (Loi fédérale portant développement du réseau des Chemins de fer fédéraux sur territoire genevois, RS 742.32; la convention précitée se trouve en annexe à cette loi), ne serait pas une base légale suffisante pour approuver un projet tel que celui qui fait l'objet de la présente procédure, et encore moins pour approuver des expropriations.

Les recourantes 14 et 15 invoquent à peu près le même grief: dès lors que la propriété est garantie par les art. 26
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
et 36
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
Cst, toute atteinte à ce droit doit reposer sur une base légale suffisante. Or, selon eux, la Convention précitée et la loi de 1912, de même que le Protocole d'accord passé en 2002 entre la Confédération, les CFF et le canton de Genève (cf. annexe 1 à la réponse des intimés), ne sont pas des bases légales suffisantes au sens des articles constitutionnels précités. Dès lors l'expropriation de plusieurs centaines de personnes dont les recourantes serait contraire à la constitution.

7.2. A teneur de l'art. 26
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
Cst, la propriété est garantie (al. 1) et une pleine indemnité est due en cas d'expropriation ou de restriction de la propriété équivalant à l'expropriation (al. 2). Cette disposition consacre un droit fondamental et garantit ainsi une liberté que le particulier peut faire valoir contre toute atteinte du fait de l'Etat (Auer/Malinverni/ Hotelier, op. cit., p. 374ss; Jean-François Aubert/Pascal Mahon, Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999, Zurich, Bâle, Genève, 2003, ad art. 26
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 26 Eigentumsgarantie
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
Cst, p. 220ss). Toutefois, comme tout droit fondamental, la garantie de la propriété peut être restreinte, conformément à l'art. 36
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
Cst. Cette dernière disposition prévoit en effet que toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale (al. 1), être justifiée par un intérêt public (al. 2) et être proportionnée au but poursuivi (al. 3). Enfin, les restrictions graves doivent être prévues par une loi (al. 1 deuxième phrase). Dès lors, la constitution elle-même fixe les conditions auxquelles ces droits fondamentaux peuvent être restreints.

Il ne fait guère de doute que la décision querellée, qui comporte l'approbation d'expropriations formelles et définitives, d'occupations temporaires et la constitution de servitudes (cf. déjà consid. 5 ci-dessus), porte atteinte à la garantie de la propriété des particuliers touchés par de telles mesures. S'agissant de la base légale nécessaire au sens de l'art. 36 al. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
Cst précité, elle ne réside nullement - comme retenu à tort par les recourants susmentionnés - dans la loi de 1912 qui ratifie la Convention passée à cette époque entre la Confédération et le Canton de Genève, ni dans le protocole d'accord de 2002; la base légale pertinente en l'espèce est la LCdF, laquelle, selon son art. 1 al. 1 s'applique à la construction et à l'exploitation des chemins de fer, ainsi qu'à leurs rapports avec les autres entreprises de transports publics, les administrations publiques et les tiers. Quant à l'art. 3
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 3
1    Den Eisenbahnunternehmen mit einer Infrastrukturkonzession nach Artikel 5 steht das Enteignungsrecht gemäss der Bundesgesetzgebung dann zu, wenn bei der Erteilung der Konzession das öffentliche Interesse nach Artikel 6 Absatz 1 Buchstabe a bejaht worden ist.
2    Das Enteignungsverfahren kommt erst zur Anwendung, wenn die Bemühungen um einen freihändigen Erwerb der erforderlichen Rechte oder um eine Landumlegung nicht zum Ziel führen.
3    Rechte an Bahngebiet können nicht ersessen werden.
LCdF, il stipule que les Chemins de fer fédéraux et les entreprises de chemin de fer concessionnaires peuvent exercer le droit d'expropriation conformément à la législation fédérale. La loi fédérale du 20 mars 1998 sur les Chemins de fer fédéraux (LCFF, RS 742.31) stipule quant à elle que les CFF ne sont pas tenus d'être titulaires
d'une concession au sens de l'art. 5
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 5
1    Wer eine Eisenbahninfrastruktur bauen und betreiben will, benötigt eine Infrastrukturkonzession (Konzession). 2
2    Das konzessionierte Eisenbahnunternehmen 3 ist berechtigt und verpflichtet, die Eisenbahninfrastruktur nach den Vorschriften der Eisenbahngesetzgebung und der Konzession zu bauen und zu betreiben.
3    Der Betrieb der Eisenbahninfrastruktur umfasst die Einrichtung und den Unterhalt der Anlagen sowie die Führung der Stromversorgungs-, Betriebsleit- und Sicherheitssysteme.
4    Für den Betrieb der Infrastruktur ist zusätzlich eine Sicherheitsgenehmigung erforderlich. Der Bundesrat kann für regional tätige Unternehmen Erleichterungen vorsehen. 4
de la LCdF (al. 1). Ces derniers disposent en quelque sorte d'une concession générale ex lege. C'est dire qu'en cas de construction d'un chemin de fer - comme c'est le cas en l'espèce - l'entreprise concessionnaire ou les CFF peuvent exproprier les tiers. La loi fédérale de 1912 ou la Convention qui en est l'objet, de même que le Protocole d'accord de 2002 illustrent dans une certaine mesure l'historique du projet mais sont sans pertinence ici dès lors que la demande d'approbation des plans - et des expropriations qui en découlent - a été présentée bien après l'entrée en vigueur de la LCdF le 1er juillet 1958.

Il ne fait guère de doute non plus qu'une mesure d'expropriation, et plus particulièrement d'expropriation définitive, constitue une atteinte grave à la garantie de la propriété. Dès lors, conformément à l'al. 1 de l'art. 36
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
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BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
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BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
Cst cité ci-dessus, une telle restriction à un droit fondamental doit reposer sur une loi. On entend par là une loi au sens formel du terme, c'est-à-dire adoptée par l'Assemblée fédérale, conformément à l'art. 89
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 89 Verwaltungsmassnahmen
1    Das BAV kann Bewilligungen, Erlaubnisse und Ausweise zeitweilig oder dauernd entziehen oder deren Geltungsbereich einschränken, wenn:
a  gegen dieses Gesetz oder seine Ausführungsvorschriften verstossen wird;
b  die mit der Erteilung verbundenen Beschränkungen oder Auflagen missachtet werden.
2    Es entzieht Bewilligungen, Erlaubnisse und Ausweise, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen zu deren Erteilung nicht mehr erfüllt sind.
3    Angestellte, Beauftragte oder Mitglieder der Organe eines Eisenbahnunternehmens mit einer Konzession nach Artikel 5 dieses Gesetzes oder einer Konzession oder Bewilligung nach den Artikeln 6-8 des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 2009 2 , die in Ausübung ihrer Funktionen wiederholt zu begründeten Klagen Anlass geben, sind auf Begehren des BAV von diesen Funktionen zu entheben.
4    Massnahmen nach den Absätzen 1-3 können unabhängig von der Einleitung und vom Ausgang eines Strafverfahrens getroffen werden.
aCst, applicable à l'époque de l'adoption de la LCdF.

Dès lors, le grief d'absence de base légale suffisante doit être rejeté.

8.
Certains des recourants invoquent ensuite une absence d'intérêt public du projet. Les recourants 6 à 11 ont toutefois retiré ce grief au stade de leur réplique suite à l'arrêt du Tribunal fédéral du 21 avril 2009 (cause 1C_187/2008 et aussi annexe à pièce 90). Les recourantes 14 et 15 ont en revanche maintenu ce grief.

8.1. Les recourantes 14 et 15 exposent donc que le trafic de transit et pendulaire de et vers Genève provient essentiellement du Pays de Gex et St-Julien (et donc Annecy) et non pas d'Annemasse. A l'appui de leur argumentation, elles produisent des documents établis par un comité d'initiative demandant l'abandon du projet CEVA et d'où il ressortirait que le trafic journalier provenant d'Annecy serait deux fois supérieur pour atteindre plus de 100'000 véhicules/jour. Compte tenu de ces considérations, les recourantes estiment que le projet CEVA ne présenterait aucun intérêt public et qu'il y aurait lieu de réaliser le projet dit du "Barreau Sud" en direction d'Annecy et objet de l'initiative cantonale sur laquelle le Tribunal fédéral s'est justement prononcé.

8.2. A titre liminaire, il y a lieu de relever, s'agissant d'un tracé alternatif que les recourantes jugent ici préférable, que le Tribunal de céans n'est pas une autorité de planification; l'autorité de recours doit en effet respecter le pouvoir d'appréciation que la législation en matière d'aménagement du territoire laisse précisément aux autorités de planification, dont l'OFT, auteur de la décision attaquée, ne fait pas partie. La décision sur un tracé ferroviaire - serait-elle soumise à la juridiction du présent Tribunal - doit ainsi être confirmée, indépendamment du fait que d'autres solutions puissent sembler adéquates (arrêt du Tribunal fédéral 1C_52/2008, du 2 juin 2008, consid. 4.4 in fine).

Par ailleurs, l'initiative cantonale, dont le Tribunal fédéral a confirmé l'irrecevabilité, eût-elle été valide et même acceptée par le peuple, que cela n'aurait encore guère fait obstacle, juridiquement parlant, à l'approbation du projet ici contesté. En effet, à teneur de l'art. 18 al. 4
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18 Grundsatz
1    Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
2    Genehmigungsbehörde ist das BAV. 2
3    Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt.
4    Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt.
5    Die Plangenehmigung für Vorhaben, die sich erheblich auf Raum und Umwelt auswirken, setzt grundsätzlich einen Sachplan nach dem Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 3 über die Raumplanung voraus.
6    Zur Eisenbahnanlage gehören auch die mit dem Bau und dem Betrieb zusammenhängenden Erschliessungsanlagen und Installationsplätze sowie die Standorte für die Verwertung und Ablagerung von Ausbruch- und Aushubmaterial, die in einem engen räumlichen und funktionalen Zusammenhang mit der geplanten Anlage stehen.
LCdF, le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire. Une initiative cantonale telle que celle qui avait été proposée en son temps aurait à l'évidence entravé - puisque c'était son but - les tâches de l'entreprise ferroviaire, tâches fédérales accomplies sur la base du droit fédéral; par voie de conséquence le présent Tribunal n'aurait pas tenu compte de cette initiative comme motif d'annulation de la décision attaquée, même si le peuple genevois l'avait acceptée.

Enfin, et même si le Tribunal de céans a exposé ci-dessus que la loi de 1912 revêtait un caractère historique - s'agissant de savoir si la base légale autorisant des expropriations était donnée - cette loi en revanche, n'en demeure pas moins contraignante, car toujours en vigueur s'agissant du tracé, lequel est assez précisément défini dans la Convention qu'elle ratifie pour qu'un tracé alternatif tel que celui soutenu par les recourantes soit tout simplement illégal.

Dès lors, ces griefs tendant à un tracé dit du "Barreau Sud" doivent être rejetés.

8.3. S'agissant de l'intérêt public, le Tribunal de céans considère ce qui suit. L'intérêt public est une condition générale régissant toute activité étatique, conformément à l'art. 5 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 5 Grundsätze rechtsstaatlichen Handelns
1    Grundlage und Schranke staatlichen Handelns ist das Recht.
2    Staatliches Handeln muss im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein.
3    Staatliche Organe und Private handeln nach Treu und Glauben.
4    Bund und Kantone beachten das Völkerrecht.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 5 Grundsätze rechtsstaatlichen Handelns
1    Grundlage und Schranke staatlichen Handelns ist das Recht.
2    Staatliches Handeln muss im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein.
3    Staatliche Organe und Private handeln nach Treu und Glauben.
4    Bund und Kantone beachten das Völkerrecht.
Cst. C'est une notion juridique indéterminée qui laisse à l'autorité administrative une certaine latitude de jugement quant à son interprétation. La présence d'un intérêt public est, comme rappelé ci-dessus, une condition nécessaire à toute restriction des droits fondamentaux (art. 36 al.2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
Cst).

8.3.1. Dans le cas d'espèce, l'OFT a considéré que le projet avait pour but d'assurer le transfert des déplacements motorisés individuels sur les transports publics, d'améliorer la qualité de l'air dans l'agglomération genevoise, d'augmenter la capacité d'accueil de l'agglomération aux heures de pointe, de drainer un large périmètre d'un million d'habitants - par le biais des connexions avec les transports publics existants - du bassin transfrontalier franco - valdo - genevois, d'assurer un accès aisé à plusieurs pôles d'importance cantonale en matière d'emploi et d'habitation, de réduire les temps de parcours en ville par rapport au trafic motorisé. Les recourantes elles-mêmes ajoutent que le projet a pour but de desservir la zone frontalière de Savoie et de Haute-Savoie, d'où proviennent, selon elle, plus de 100'000 travailleurs par jour.

8.3.2. Nonobstant cela, les recourantes, qui ne contestent pas les motivations de l'OFT, mais se contentent de tenter de démontrer à quel point le projet du "Barreau Sud" serait meilleur, soutiennent que le CEVA n'aurait pas d'intérêt public. Le Tribunal de céans ne saurait suivre cette argumentation. Non seulement le projet desservira le trafic frontalier, mais de par la présence des haltes et gares prévues en plein tissu urbain densément habité, offrira-t-il encore un moyen de transport public supplémentaire à l'intérieur même de la ville. Dans la mesure où les recourantes n'exposent pas en quoi l'appréciation de l'OFT sur la question de l'intérêt public du CEVA serait erronée (cf. consid. 3.2 ci-dessus), ce grief sera rejeté sans autres développements.

8.3.3. Enfin, ces recourantes invoquent une supposée absence d'intérêt public du projet au motif qu'il ne respecterait pas les principes de prévention de la législation en matière de protection de l'environnement. A tort. La question de savoir si les principes susmentionnés sont respectés ou non est une question qu'il y a lieu d'examiner sous l'angle de la conformité du projet à la législation applicable en la matière (question qui sera examinée dans les considérants qui suivent, consid. 15 à 22.5 ci-après), mais certainement pas sous l'angle de l'intérêt public tel que décrit ci-dessus (consid. 8.3). Dans chaque procédure administrative, et spécialement une procédure telle que celle qui fait l'objet des présents recours, la condition de l'intérêt public et celle du respect de la loi doivent être cumulativement réalisées. La première ne saurait dépendre de la seconde. Ce grief est rejeté.

9.
Les recourantes 14 et 15 invoquent ensuite que le principe de la proportionnalité serait violé, développement qui s'appuie en partie sur la question d'un tracé alternatif, question sur laquelle le Tribunal de céans ne s'étendra pas davantage (cf. consid. 8.2 ci-dessus).

En plus de ce qui précède, et toujours en relation avec la question de la proportionnalité, ces recourantes exposent que ledit principe serait violé dans la mesure où la solution d'un tunnel eût dû être préférée à celle de la tranchée couverte pour le tronçon qui va des Eaux-Vives à la frontière française. A les lire, la tranchée couverte ne tiendrait pas suffisamment compte des objectifs environnementaux du projet et les travaux de réalisation de la tranchée entraîneront davantage de perturbations sur le trafic routier local et nuirait davantage aux voisins des chantiers que la construction d'un tracé en tunnel.

9.1. Le principe de la proportionnalité, prescrit par l'art. 5 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 5 Grundsätze rechtsstaatlichen Handelns
1    Grundlage und Schranke staatlichen Handelns ist das Recht.
2    Staatliches Handeln muss im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein.
3    Staatliche Organe und Private handeln nach Treu und Glauben.
4    Bund und Kantone beachten das Völkerrecht.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 5 Grundsätze rechtsstaatlichen Handelns
1    Grundlage und Schranke staatlichen Handelns ist das Recht.
2    Staatliches Handeln muss im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein.
3    Staatliche Organe und Private handeln nach Treu und Glauben.
4    Bund und Kantone beachten das Völkerrecht.
Cst - et rappelé également par l'art. 36 al. 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 36 Einschränkungen von Grundrechten
1    Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr.
2    Einschränkungen von Grundrechten müssen durch ein öffentliches Interesse oder durch den Schutz von Grundrechten Dritter gerechtfertigt sein.
3    Einschränkungen von Grundrechten müssen verhältnismässig sein.
4    Der Kerngehalt der Grundrechte ist unantastbar.
Cst comme condition nécessaire à toute restriction des droits fondamentaux - exige qu'il y ait un rapport raisonnable entre le but d'intérêt public poursuivi et le moyen choisi pour l'atteindre. Les deux notions d'intérêt public et de proportionnalité sont parfois confondues, alors que la question de la proportionnalité d'une mesure ne se pose que si celle-ci poursuit un but d'intérêt public (cf. Häfelin/Müller/Uhlmann, op. cit.,N° 582). Ce principe de la proportionnalité se subdivise en trois règles, à savoir la règle de l'aptitude, celle de la nécessité et celle de la proportionnalité au sens étroit, appelée aussi règle de la prépondérance de l'intérêt public (ATF 136 I 17, consid. 4.4; ATF 135 I 246, consid. 3.1; ATF 130 II 425, consid, 5.2; ATF 124 I 40, consid. 3e).

9.1.1. Le principe de l'aptitude impose que la mesure administrative soit apte à atteindre le but poursuivi; si tel n'est pas le cas, cela signifie que dite mesure est inutile ou qu'elle a en réalité été prise dans un autre but (ATF 128 I 310, consid. 5b/cc). Dans ce cadre, la construction de cette partie du tracé en tranchée couverte est apte à la réalisation de la ligne projetée.

9.1.2. La règle de la nécessité exige que la mesure soit nécessaire à atteindre le but d'intérêt public visé. Entre diverses mesures, l'autorité devra choisir celle qui tiendra le mieux compte des intérêts publics ou privés opposés (ATF 130 II 425, consid. 5.2). La mesure retenue doit donc être limitée à ce qui est nécessaire pour atteindre le but d'intérêt public.

A cet égard, le Tribunal retiendra que cette règle est également respectée: d'une part la construction d'une tranchée couverte est plus simple techniquement parlant, puisqu'il suffit de creuser depuis la surface en étayant au fur et à mesure les parois de la tranchée ainsi ouverte et de la couvrir ensuite (à cet égard, cf. les explications relatives aux méthodes de construction nécessaires à un tunnel; PV de la séance d'instruction du 9 février 2011, pièce 259), mais également moins onéreuse.

Au reste, le Tribunal de céans notera tout de même une certaine contradiction de la part des recourantes, qui se trouvent dans la zone d'influence du tunnel de Champel (cf. consid. 2.3.4.4.11 et 2.3.4.4.12 ci-dessus), à exiger que le tracé dans le quartier des Eaux-Vives soit effectué en tunnel alors qu'elles-mêmes s'opposent au tunnel susmentionné en raison des risques que cette méthode de construction ferait courir à leurs immeubles.

9.1.3. La règle de la prépondérance de l'intérêt public impose enfin que l'autorité procède dans chaque cas particulier à une pesée entre l'intérêt public poursuivi et l'intérêt privé opposé; cette règle veut que la mesure administrative, bien qu'apte et nécessaire, soit encore dans un rapport raisonnable avec l'atteinte imposée à l'administré (ATF 129 I 12, consid. 6 à 9; ATF 128 I 286 consid. 4).

Les recourantes n'allèguent même pas être en situation de devoir emprunter tous les jours les voies de communication routières que les travaux dans la zone des Eaux-Vives et jusqu'à la frontière vont perturber. A cet égard, donc, il y a lieu de se demander sérieusement si ce grief est même recevable (cf. consid. 2.3 ci-dessus). D'autre part, en regard de l'intérêt public tel que décrit ci-dessus (consid. 8.3) et des avantages de la méthode constructive de la tranchée, le sacrifice des usagers des voies de communications en question durant la période des travaux doit être considéré comme non prépondérant et ce même si la période de travaux devait être relativement longue puisqu'une durée de plusieurs années a été prévue, même si tous les chantiers ne s'ouvriront et ne se termineront pas en même temps. L'agglomération genevoise dispose en effet d'un réseau routier dense et des mesures d'accompagnement ont été prévues (cf. consid. 28ss ci-après).

Par conséquent, le grief tiré d'une violation du principe de la proportionnalité sera rejeté pour autant que recevable.

10.
Les recourantes 1 soulèvent quant à elles des griefs tendant à faire annuler toute la procédure d'approbation des plans dans la mesure où le piquetage n'aurait pas été effectué, selon elles, dans les règles et qu'il y aurait des divergences entre le marquage qu'il y a eu sur le terrain et les plans. A cet égard, elles se réfèrent à plusieurs plans et non uniquement à ceux qui ont fait l'objet de la décision d'approbation des plans.

10.1. Conformément à l'art. 18c
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18c Handlungen
1    Vor der öffentlichen Auflage des Gesuchs muss das Eisenbahnunternehmen die Veränderungen, die das geplante Werk im Gelände bewirkt, sichtbar machen, indem es diese aussteckt; bei Hochbauten hat es Profile aufzustellen.
2    Einwände gegen die Aussteckung oder die Aufstellung von Profilen sind sofort, jedenfalls aber vor Ablauf der Auflagefrist bei der Genehmigungsbehörde vorzubringen.
3    Für andere vorbereitende Handlungen, für die Projektbereinigung und für die Erhärtung der Entscheidungsgrundlagen gilt das Verfahren nach Artikel 15 EntG 2 . Die Genehmigungsbehörde entscheidet über Einwände Dritter.
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18c Handlungen
1    Vor der öffentlichen Auflage des Gesuchs muss das Eisenbahnunternehmen die Veränderungen, die das geplante Werk im Gelände bewirkt, sichtbar machen, indem es diese aussteckt; bei Hochbauten hat es Profile aufzustellen.
2    Einwände gegen die Aussteckung oder die Aufstellung von Profilen sind sofort, jedenfalls aber vor Ablauf der Auflagefrist bei der Genehmigungsbehörde vorzubringen.
3    Für andere vorbereitende Handlungen, für die Projektbereinigung und für die Erhärtung der Entscheidungsgrundlagen gilt das Verfahren nach Artikel 15 EntG 2 . Die Genehmigungsbehörde entscheidet über Einwände Dritter.
LCdF, avant la mise à l'enquête de la demande, l'entreprise ferroviaire doit marquer sur le terrain par un piquetage, et pour les bâtiments par des gabarits, les modifications requises par l'ouvrage projeté. En matière d'expropriation, l'art. 28
SR 711 Bundesgesetz über die Enteignung
EntG Art. 28 II. Aussteckung - II. Aussteckung Vor der öffentlichen Auflage der Pläne (Art. 30) sind die durch das zu erstellende Werk bedingten Veränderungen im Gelände durch Aussteckungen und, wenn die Einwirkungen auf die nicht enteigneten Teile und Nachbargrundstücke und auf die öffentlichen Wege und Einrichtungen anders nicht leicht beurteilt werden können, auch durch Aufstellung von Profilen offenkundig zu machen.
LEx prescrit exactement la même chose. Par ailleurs, l'art. 4
SR 742.142.1 Verordnung über das Plangenehmigungsverfahren für Eisenbahnanlagen
VPVE Art. 4 Aussteckung - Für die Aussteckung nach Artikel 18 cAbsatz 1 EBG gelten folgende Vorschriften:
a  Die Umrisslinien von zu erwerbendem Grundeigentum sowie alle dazugehörenden Flächen, die für ökologische Ersatzmassnahmen beansprucht werden, sind kenntlich zu machen.
b  Die äusseren Kanten von zur Anlage gehörenden Hochbauten und Kunstbauten, mit Ausnahme der Tragwerke für Übertragungs-Weitspannleitungen, sind durch Profile zu kennzeichnen.
c  Muss gerodet werden, sind die zu rodende Fläche bzw. die Bäume, die entfernt werden müssen, zu bezeichnen.
de l'ordonnance du 2 février 2000 sur la procédure d'approbation des plans d'installation ferroviaires (OPAPIF, RS 742.142.1) prescrit que le périmètre du terrain à acquérir doit être marqué ainsi que toutes les surfaces rattachées à ce terrain qui sont nécessaires aux mesures de compensation écologiques (let. a); les bords extérieurs des bâtiments et des ouvrages d'art faisant partie de l'installation, à l'exception des supports des lignes de transport à grande portée, doivent être marqués par des profils (let. b) et si un défrichement s'impose, les surfaces à défricher ou les arbres à enlever doivent être indiqués (let. c).

Ces dispositions ont pour but de permettre à la personne touchée par un projet de se rendre compte des effets du projet sur sa propriété ou son environnement, qu'il s'agisse de l'emplacement des installations, des limites d'une surface à exproprier définitivement ou non ou encore de déterminer quelles parties de son bien pourraient être touchées par un défrichement. Toutefois, seuls les plans dûment approuvés font foi et ont force contraignante dès lors que le piquetage, effectué au demeurant avant même la mise à l'enquête, est par définition une mesure éphémère; ce qui précède découle de la nature même de la décision attaquée qui est une approbation de plans (cf. également consid. 11.5 ci-après).

10.2. En l'espèce, les recourantes sont touchées par le projet sous les trois aspects mentionnés ci-dessus: le projet passera en effet sous leur parcelle et même sous l'immeuble dans lequel elles résident, justifiant ainsi une servitude souterraine au dessus-de l'assiette du tunnel de Champel. D'autre part, le fonds doit faire l'objet d'une expropriation définitive allant d'une zone à l'avant de leur immeuble jusqu'au bas de la falaise vers l'Arve et d'une occupation temporaire à raison des travaux. Enfin, le terrain sera également touché par des défrichements (cf. à cet égard le notamment PV de la vision locale du 15 mars 2011, pièce 294 et plans 54.1 et 54.6, EIE pièce 16.1 et son complément pièce 16.6 du dossier de mise à l'enquête, ainsi que l'acte attaqué).

10.3. Il résulte des plans que la parcelle des recourantes a fait l'objet d'un piquetage (plan 54.3 et concept de piquetage 54.5 du dossier mis à l'enquête), piquetage auquel elles s'étaient par ailleurs opposées en vain avant la mise à l'enquête publique, le présent Tribunal ayant statué, après avoir révoqué l'effet suspensif du recours, dans un arrêt du 20 juillet 2007 dans la cause A-1839/2006, arrêt devenu définitif le 31 octobre 2007, date à laquelle le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours subséquent qu'elles avaient interjeté (arrêt du TF 1C_270/2007).

Dans la présente cause et au stade de l'opposition, les recourantes ont à nouveau invoqué que le piquetage avait été effectué de manière défectueuse. L'OFT a pour sa part constaté que le piquetage avait été réalisé conformément aux exigences légales, imputant par ailleurs les divergences soulevées par les recourantes à une mauvaise distinction entre les emprises dues à une expropriation et les surfaces touchées par un défrichement (décision, p. 9 et 10).

10.4. Indépendamment de la question de savoir si certains plans dont se prévalent les recourantes seraient effectivement en contradiction avec les plans qui ont fait l'objet de la décision d'approbation, question qui sera examinée, le cas échéant, plus avant, il sied de relever ce qui suit.

10.5. Selon une jurisprudence récente du Tribunal fédéral, arrêt du 22 mars 2011, 1C_518/2010, consid. 3.3, même un piquetage défectueux voire absent n'entraîne pas ipso facto une invalidation de la mise à l'enquête et consécutivement de la procédure d'approbation des plans. Encore faut-il que les recourants aient subi un inconvénient de ce fait s'agissant de la défense de leurs intérêts, sans quoi un nouveau piquetage ne serait qu'une exigence formelle vide de sens.

Il apparaît très clairement au dossier - qu'il s'agisse du dossier de première instance ou de celui du présent Tribunal - que les recourantes ont eu maintes fois l'occasion de se faire expliquer la portée des plans approuvés et même si leur argumentation est parfois un peu confuse, elles ont eu amplement l'occasion de la faire entendre et de se défendre, même si cela concerne avant tout la question de savoir quelle est la portée de la décision ici attaquée, spécialement de savoir quels sont les plans qui font foi; point qui sera, comme déjà dit, examiné plus loin (consid. 31.6.1.1). Dès lors, il n'est guère nécessaire de vérifier en l'espèce si les piquets avaient bien été plantés au bon endroit, d'autant moins que les recourantes elles-mêmes ne l'établissent pas, ni maintenant, ni au stade de la procédure précédente. En effet, elles se limitent à produire des écrits de leur main, adressés tour à tour à l'OFT ou à la Commission de recours en matière d'infrastructure et d'environnement (CRINEN), de septembre et octobre 2006 dans lesquels elles contestaient que le piquetage ait été effectué correctement; elles invoquaient pour ce faire des divergences entre les plans d'emprises soumis à la mise à l'enquête et d'autres plans qui leur
auraient été remis par les intimés. Elles invoquaient encore le fait qu'un piquet aurait disparu ou serait manquant. Elles n'exposent en revanche pas en quoi, sur la base de ce prétendu piquetage défectueux, elles n'auraient pas pu se défendre convenablement, ce qui, comme considéré ci-dessus est l'élément déterminant pour juger de cette question.

En revanche, le plan et le concept de piquetage (54.3 et 54.5) correspondent bien aux emprises définies dans le plan 54.1 et aux défrichements définis dans le document 16.6. Par conséquent, leur conclusion tendant à l'invalidation de toute la procédure d'approbation des plans est rejetée.

11.
Globalement, tous les recourants critiquent l'acte attaqué s'agissant des charges qu'il contient. Outre la question liée aux charges spécifiques aux vibrations et au gabarit du tunnel (cf. consid. 12ss et 19ss ci-dessous), les recourants invoquent que le procédé utilisé par l'OFT viderait la décision de sa substance et que le présent Tribunal ne serait ainsi pas en état d'en contrôler la validité (recourants 2 à 5), que la décision attaquée serait prématurée, violant ainsi l'art. 18b
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18b - Das Plangenehmigungsgesuch ist mit den erforderlichen Unterlagen bei der Genehmigungsbehörde einzureichen. Diese prüft die Unterlagen auf ihre Vollständigkeit und verlangt allenfalls Ergänzungen.
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18b - Das Plangenehmigungsgesuch ist mit den erforderlichen Unterlagen bei der Genehmigungsbehörde einzureichen. Diese prüft die Unterlagen auf ihre Vollständigkeit und verlangt allenfalls Ergänzungen.
LCdF (recourants 1, 6 à 11, 12 et 17 à 21 et 22 au stade de la réplique). Les recourantes 14 et 15 estiment pour leur part qu'il serait contraire à la loi de prévoir que l'approbation subséquente de plans de détail puisse entraîner des modifications du projet lui-même. Les recourants 2 à 5 invoquent que rien n'est prévu pour garantir l'exécution des charges. Quant aux recourantes 14 et 15, elles allèguent que le projet ne saurait être exécuté compte tenu des nombreuses lacunes à combler par l'exécution des charges.

11.1. Le Tribunal de céans ne peut que constater que les charges contenues dans la décision sont nombreuses, puisque l'on peut en compter plus de 300. Par ailleurs, elles touchent de multiples aspects du projet et toutes les parties du tracé sont concernées (cf. à ce propos en particulier la décision incidente du 23 janvier 2009 par laquelle la requête de révocation de l'effet suspensif a été rejetée). Les dites charges visent à obtenir des intimés diverses mesures: des plans et des plans de détail encore à approuver par l'OFT, des informations et rapports; elles imposent également la présence d'experts dont les recommandations devront être suivies (par exemple s'agissant des techniques de construction des tunnels), le suivi environnemental pour certains aspects du projet, l'élaboration d'un catalogue de mesures de protection de la nature et du paysage avant le début des travaux, le respect de toutes les mesures préconisées par le rapport d'impact, le respect de toutes les exigences formulées par les autorités spécialisées, le respect de directives (par exemple les directives sur les chantiers ou sur l'évacuation des eaux); elles imposent encore la consultation d'autres autorités s'agissant d'aspects de la compétence de ces
dernières; elles imposent des contrôles aussi bien avant qu'après la mise en service de l'installation (par exemple s'agissant du rayonnement électromagnétique); enfin, elles ont également pour but de préciser passablement de points liés à la technique ferroviaire.

11.2. D'une manière générale et avant de passer à l'examen des questions de coordination et de l'influence que peuvent avoir ou non des charges sur la décision d'approbation elle-même (consid. 12 ci-après) il y a lieu de considérer ce qui suit s'agissant de l'argumentation générique citée ci-dessus. Il est compréhensible, compte tenu du nombre de charges contenues dans la décision attaquée, que les recourants puissent avoir l'impression que le projet n'était pas abouti au moment de la décision attaquée. Il est clair également aux yeux du présent Tribunal que la procédure de première instance a été menée rapidement, à tel point qu'entre le moment où l'OFT a reçu les plans conformément à l'art. 18b
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EBG Art. 18b - Das Plangenehmigungsgesuch ist mit den erforderlichen Unterlagen bei der Genehmigungsbehörde einzureichen. Diese prüft die Unterlagen auf ihre Vollständigkeit und verlangt allenfalls Ergänzungen.
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LCdF et le moment de l'ouverture de l'enquête publique, ne se sont écoulés que trois mois, délai durant lequel, conformément à la disposition précitée, l'OFT doit d'abord procéder à un contrôle préliminaire du dossier, s'agissant en particulier des documents qui doivent être mis à l'enquête, conformément à l'OPAPIF. Ce contrôle revêt des aspects techniques et nécessite l'intervention de divers spécialistes au sein de l'autorité de première instance.

Dans ces circonstances, il est aisément imaginable que l'OFT n'ait pas eu la possibilité de faire compléter le dossier - à tout le moins en ce qui concerne certains plans ou documents mentionnés dans l'OPAPIF - avant l'ouverture de la procédure de mise à l'enquête (art. 18c
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18c Handlungen
1    Vor der öffentlichen Auflage des Gesuchs muss das Eisenbahnunternehmen die Veränderungen, die das geplante Werk im Gelände bewirkt, sichtbar machen, indem es diese aussteckt; bei Hochbauten hat es Profile aufzustellen.
2    Einwände gegen die Aussteckung oder die Aufstellung von Profilen sind sofort, jedenfalls aber vor Ablauf der Auflagefrist bei der Genehmigungsbehörde vorzubringen.
3    Für andere vorbereitende Handlungen, für die Projektbereinigung und für die Erhärtung der Entscheidungsgrundlagen gilt das Verfahren nach Artikel 15 EntG 2 . Die Genehmigungsbehörde entscheidet über Einwände Dritter.
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EBG Art. 18c Handlungen
1    Vor der öffentlichen Auflage des Gesuchs muss das Eisenbahnunternehmen die Veränderungen, die das geplante Werk im Gelände bewirkt, sichtbar machen, indem es diese aussteckt; bei Hochbauten hat es Profile aufzustellen.
2    Einwände gegen die Aussteckung oder die Aufstellung von Profilen sind sofort, jedenfalls aber vor Ablauf der Auflagefrist bei der Genehmigungsbehörde vorzubringen.
3    Für andere vorbereitende Handlungen, für die Projektbereinigung und für die Erhärtung der Entscheidungsgrundlagen gilt das Verfahren nach Artikel 15 EntG 2 . Die Genehmigungsbehörde entscheidet über Einwände Dritter.
et 18d
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18d Anhörung, Publikation und Auflage
1    Die Genehmigungsbehörde übermittelt das Gesuch den betroffenen Kantonen und fordert sie auf, innerhalb von drei Monaten dazu Stellung zu nehmen. Sie kann die Frist in begründeten Fällen ausnahmsweise verlängern.
2    Das Gesuch ist in den amtlichen Publikationsorganen der betroffenen Kantone und Gemeinden zu publizieren und während 30 Tagen öffentlich aufzulegen.
3    Die öffentliche Auflage hat den Enteignungsbann nach den Artikeln 42-44 EntG 2 zur Folge.
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EBG Art. 18d Anhörung, Publikation und Auflage
1    Die Genehmigungsbehörde übermittelt das Gesuch den betroffenen Kantonen und fordert sie auf, innerhalb von drei Monaten dazu Stellung zu nehmen. Sie kann die Frist in begründeten Fällen ausnahmsweise verlängern.
2    Das Gesuch ist in den amtlichen Publikationsorganen der betroffenen Kantone und Gemeinden zu publizieren und während 30 Tagen öffentlich aufzulegen.
3    Die öffentliche Auflage hat den Enteignungsbann nach den Artikeln 42-44 EntG 2 zur Folge.
LCdF). Le dossier mis à l'enquête comporte en effet 15 boîtes de plans et documents divers (EIE, rapports techniques, rapports d'experts, plans). Ceci explique déjà certaines charges sur lesquelles il sera revenu dans les considérants qui suivent.

11.3. Par ailleurs, et conformément à la volonté du législateur lorsqu'il a édicté la LCoord, les divers autres aspects - et ils sont très nombreux dans le cadre d'un ouvrage tel que celui-ci - doivent faire l'objet d'une consultation des autorités cantonales spécialisées; c'est le sens de l'art. 18d
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2    Das Gesuch ist in den amtlichen Publikationsorganen der betroffenen Kantone und Gemeinden zu publizieren und während 30 Tagen öffentlich aufzulegen.
3    Die öffentliche Auflage hat den Enteignungsbann nach den Artikeln 42-44 EntG 2 zur Folge.
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1    Die Genehmigungsbehörde übermittelt das Gesuch den betroffenen Kantonen und fordert sie auf, innerhalb von drei Monaten dazu Stellung zu nehmen. Sie kann die Frist in begründeten Fällen ausnahmsweise verlängern.
2    Das Gesuch ist in den amtlichen Publikationsorganen der betroffenen Kantone und Gemeinden zu publizieren und während 30 Tagen öffentlich aufzulegen.
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LCdF. Parallèlement, la consultation des autorités fédérales spécialisées ou concernées par le projet doit également être organisée, le tout avant, pendant ou après la mise à l'enquête, la législation n'imposant aucun ordre précis. Suite à ces consultations, des remarques ou objections peuvent également entraîner la prescription de charges de la part de l'autorité unique de décision, en l'espèce l'OFT (art. 18
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18 Grundsatz
1    Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
2    Genehmigungsbehörde ist das BAV. 2
3    Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt.
4    Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt.
5    Die Plangenehmigung für Vorhaben, die sich erheblich auf Raum und Umwelt auswirken, setzt grundsätzlich einen Sachplan nach dem Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 3 über die Raumplanung voraus.
6    Zur Eisenbahnanlage gehören auch die mit dem Bau und dem Betrieb zusammenhängenden Erschliessungsanlagen und Installationsplätze sowie die Standorte für die Verwertung und Ablagerung von Ausbruch- und Aushubmaterial, die in einem engen räumlichen und funktionalen Zusammenhang mit der geplanten Anlage stehen.
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18 Grundsatz
1    Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
2    Genehmigungsbehörde ist das BAV. 2
3    Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt.
4    Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt.
5    Die Plangenehmigung für Vorhaben, die sich erheblich auf Raum und Umwelt auswirken, setzt grundsätzlich einen Sachplan nach dem Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 3 über die Raumplanung voraus.
6    Zur Eisenbahnanlage gehören auch die mit dem Bau und dem Betrieb zusammenhängenden Erschliessungsanlagen und Installationsplätze sowie die Standorte für die Verwertung und Ablagerung von Ausbruch- und Aushubmaterial, die in einem engen räumlichen und funktionalen Zusammenhang mit der geplanten Anlage stehen.
et 18h
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18h
1    Mit der Plangenehmigung entscheidet die Genehmigungsbehörde gleichzeitig auch über die enteignungsrechtlichen Einsprachen.
2    Sie kann Projekte in Etappen genehmigen, wenn deren getrennte Behandlung die Beurteilung des Gesamtprojekts nicht präjudiziert.
3    Die Plangenehmigung erlischt, wenn fünf Jahre nach ihrer rechtskräftigen Erteilung mit der Ausführung des Bauvorhabens nicht begonnen worden ist.
4    Die Genehmigungsbehörde kann die Geltungsdauer der Plangenehmigung aus wichtigen Gründen um höchstens drei Jahre verlängern. Die Verlängerung ist ausgeschlossen, wenn sich die massgebenden tatsächlichen oder rechtlichen Verhältnisse seit der rechtskräftigen Erteilung der Plangenehmigung wesentlich verändert haben.
5    … 3
LCdF; Message à l'appui de la LCoord, FF 1998 p.2230). Compte tenu de la complexité d'un tel projet, il n'y a dès lors rien de surprenant à ce que le nombre de charges contenues dans une telle décision soit encore augmenté à raison de tous les aspects à prendre en considération par l'autorité unique d'approbation. Le nombre de charges contenues dans la décision ne signifie dès lors pas ipso facto que celle-ci ne serait pas conforme aux exigences légales.

Il sied outre de rappeler, s'agissant de l'argumentation des recourants ayant trait à l'incomplétude supposée du dossier, qu'il ne s'agit pas de juger, dans la présente cause, de la question de savoir si le dossier mis à l'enquête était complet ou non, mais si la décision entreprise est conforme à la loi (dans le même sens arrêt du TAF A-6728/2007, du 10 novembre 2008, consid. 8.1 et les références citées).

11.4. Comme rappelé ci-dessus, certains des recourants prétendent de manière générale que la décision serait vidée de sa substance en raison du nombre de charges qu'elle comporte.

On ne saurait ignorer que la décision attaquée comporte l'approbation d'un tronçon ferroviaire de près de 14 km, lequel passe aussi bien en milieu urbain que naturel, enjambe des rivières, est à ciel ouvert, en tranchée couverte ou encore en tunnel. Il s'agit dès lors d'un ouvrage d'une grande complexité au plan technique et qui concerne de très nombreux aspects réglementés aussi bien au niveau fédéral que cantonal.

La décision dont est recours approuve les plans de l'ouvrage projeté (art. 18
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1    Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
2    Genehmigungsbehörde ist das BAV. 2
3    Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt.
4    Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt.
5    Die Plangenehmigung für Vorhaben, die sich erheblich auf Raum und Umwelt auswirken, setzt grundsätzlich einen Sachplan nach dem Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 3 über die Raumplanung voraus.
6    Zur Eisenbahnanlage gehören auch die mit dem Bau und dem Betrieb zusammenhängenden Erschliessungsanlagen und Installationsplätze sowie die Standorte für die Verwertung und Ablagerung von Ausbruch- und Aushubmaterial, die in einem engen räumlichen und funktionalen Zusammenhang mit der geplanten Anlage stehen.
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EBG Art. 18 Grundsatz
1    Bauten und Anlagen, die ganz oder überwiegend dem Bau und Betrieb einer Eisenbahn dienen (Eisenbahnanlagen), dürfen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden.
2    Genehmigungsbehörde ist das BAV. 2
3    Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt.
4    Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es das Eisenbahnunternehmen in der Erfüllung seiner Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt.
5    Die Plangenehmigung für Vorhaben, die sich erheblich auf Raum und Umwelt auswirken, setzt grundsätzlich einen Sachplan nach dem Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 3 über die Raumplanung voraus.
6    Zur Eisenbahnanlage gehören auch die mit dem Bau und dem Betrieb zusammenhängenden Erschliessungsanlagen und Installationsplätze sowie die Standorte für die Verwertung und Ablagerung von Ausbruch- und Aushubmaterial, die in einem engen räumlichen und funktionalen Zusammenhang mit der geplanten Anlage stehen.
LCdF). Elle doit donc être comprise sur la base des plans et documents requis par l'OPAPIF (art. 3) et ce sont eux qui définissent l'ouvrage et par conséquent aussi l'objet du litige. Le Tribunal de céans ne saurait dès lors considérer, à l'instar de certains recourants (17 à 20 et 22 au stade de la réplique), que le nombre de charges contenues dans l'acte attaqué le viderait de sa substance à tel point, selon certains, que l'on ne saurait pas exactement ce qui aurait été approuvé. A la lumière de l'acte attaqué d'une part et des documents qui en sont à l'origine, une telle argumentation doit être rejetée.

11.5. Certains recourants ont également fait valoir que la décision de l'OFT ne permettrait pas au Tribunal de céans d'en contrôler la légalité. Là n'est pas la question. Une décision d'approbation des plans est le résultat du contrôle de la légalité exercé par l'autorité d'approbation; en ce sens, la décision ne saurait être juste un préalable nécessaire avant qu'une autorité judiciaire ne se penche sur le projet, même si l'autorité judiciaire en question dispose d'un plein pouvoir de cognition (art.
49
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
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VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 E. Beschwerdegründe - E. Beschwerdegründe Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA). La décision d'approbation des plans peut parfaitement ne pas être entreprise et il n'est donc pas question d'imaginer que l'OFT limite son contrôle en raison de l'intervention subséquente et supposée automatique de l'autorité de recours. Cette décision ne s'adresse donc pas à une éventuelle autorité de recours, mais en premier lieu aux intimés qui ont présenté la demande d'approbation et aux parties au sens des art. 6 et 48 PA (consid. 3 ss ci-dessus). Il résulte du reste des considérants qui suivent que le Tribunal de céans est en mesure de contrôler la légalité de la décision entreprise tout en respectant le pouvoir d'appréciation qu'il y a lieu de reconnaître à l'autorité de première instance d'une part et aux autorités spécialisées d'autre part (consid. 4).

11.6. Ceci posé, il y a lieu d'examiner la légalité du procédé utilisé par l'OFT, à savoir les charges en tant que telles, puis les charges telles qu'elles ont été imposées dans le cas d'espèce et leur influence sur l'acte attaqué spécialement sous l'angle de la légalité de la décision et sous l'angle de la protection des droits des parties.

12.
Une décision administrative au sens de l'art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
SR 172.021 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 B. Begriffe / I. Verfügungen - B. Begriffe I. Verfügungen
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). 1
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
PA est une mesure prise par une autorité dans un cas d'espèce, fondée sur le droit public fédéral et ayant pour objet de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations (al. 1 let. a), de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations (al. 1 let. b) ou de rejeter, déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations (al. 1 let. c). C'est dans le dispositif de la décision que seront créés, modifiés, annulés, constatés, rejetés, ou déclarés irrecevables ces droits ou obligations, respectivement les demandes qui les concernent.

Même si la PA est muette sur ce point, le dispositif d'une décision peut toutefois également contenir des clauses accessoires, lesquelles règlent des modalités de l'objet principal de la décision.

12.1. Parmi les clauses accessoires, on distingue le terme, la condition, la précarité (dont il n'est pas question ici) ou la charge. La distinction entre les notions ci-dessus n'est pas toujours aisée, la terminologie pouvant parfois être utilisée de manière imprécise.

Le terme est un évènement dont la survenance est certaine, mais non forcément la date, avant lequel la décision ne sortit pas ses effets (terme suspensif) ou dès lequel elle ne les sortit plus (terme résolutoire).

La condition désigne un évènement dont la survenance est incertaine: s'il se produit, la décision sortit ses effets (condition suspensive) ou ne les sortit pas (condition résolutoire).

La charge est une obligation que la décision impose à l'administré accessoirement au droit ou à l'obligation qui en est son objet même
(cf. Moor/Poltier, op. cit. p. 90ss).

De par sa nature, la charge est jointe à un acte qui attribue un droit ou un avantage. La charge se différencie de la condition à divers égards; premièrement son exécution ou son inexécution n'influe pas sur les effets de l'acte, ceux-ci dépendant en revanche de la réalisation d'une condition; deuxièmement l'administré est tenu de s'acquitter d'une charge, non pas de la réalisation d'une condition; troisièmement, une charge peut être attaquée isolément au contraire d'une condition, dont le sort est lié à celui de l'acte (cf. André Grisel, Traité de droit administratif, vol. I, Neuchâtel 1984, p. 408).

L'inexécution d'une charge peut au demeurant constituer un cas de révocation de la décision (ATF 129 II 361, consid. 6.2; arrêt précité du TAF, A-6728/2007, consid. 8.2.2).

Bien qu'accessoires, les clauses imposant un terme, une condition ou une charge doivent naturellement respecter les mêmes conditions que la décision qu'elles complètent, soit la légalité, l'intérêt public et la proportionnalité. Dans ce sens, elles ne peuvent que servir à garantir la conformité au droit d'une décision, voire permettre à l'auteur de l'acte de se garantir d'une éventuelle transgression de la part du bénéficiaire de l'acte; dans un tel cas et selon Grisel, une base légale ne serait pas nécessaire (op. cit., p. 409 et la jurisprudence citée). Sur ce dernier point, il y a lieu de considérer en tout état de cause qu'une telle clause accessoire aurait bien plutôt trait à l'exécution ou au respect de l'acte administratif de la part du bénéficiaire de l'acte, éléments auxquels l'autorité qui a conféré, par exemple une autorisation, devra évidemment veiller; cela découle également de la légalité (au sens large) et du devoir de surveillance conféré aux autorités administratives de manière générale.

L'autorité ne saurait être contrainte de rejeter une requête susceptible d'être admise moyennant une condition ou une charge, mais cette clause accessoire devra toujours être comprise dans l'acte lui-même et il ne saurait être question de réserver, dans cet acte, de futures clauses accessoires qui seraient édictées ultérieurement (cf. Grisel, ibidem
et les références citées et outre sur ces questions,
Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., p. 408ss).

Il découle de ce qui précède qu'une charge est un élément faisant partie intégrante d'une décision, que son inexécution peut être assortie de sanctions allant jusqu'à la révocation de l'acte lui-même et que son contenu peut être très varié.

12.2. Dans ce cadre et à titre liminaire, certains des recourants semblent considérer que les intimés feront ce qu'ils veulent une fois l'approbation des plans délivrée et confirmée. Ils prétendent ainsi que l'exécution de ces charges n'est pas garantie (cf. déjà consid. 12.1 ci-dessus pour cette question en général).

12.2.1. Outre le fait qu'il n'est pas certain qu'un tel grief relève bien de l'intérêt actuel au recours tel que défini ci-dessus (cf. consid. 2.4), il y a lieu de constater également qu'il n'est guère motivé (consid. 3.2
ci-dessus).

12.2.2. Quoi qu'il en soit et aux termes de l'art. 10
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 10 Aufsichtsbehörden
1    Bau und Betrieb der Eisenbahnen unterstehen der Aufsicht des Bundesrates. Er kann sie gegenüber Bahnen, die vorwiegend dem Ortsverkehr dienen oder die besonders einfache Verhältnisse und keine technischen Anschlüsse an andere Bahnen aufweisen, zweckdienlich einschränken. 1
2    Aufsichtsbehörde ist das BAV. 2
LCdF, "le Conseil fédéral a la surveillance de la construction et de l'exploitation des chemins de fer [...]" (al. 1). L'autorité de surveillance est l'office (al. 2), lequel est donc délégué de par la loi pour exercer cette tâche pour le Conseil fédéral et cette tâche concerne également la construction, comme cela résulte du texte clair de la loi. C'est dire qu'indépendamment de l'approbation ici querellée qui prescrit comment réaliser le CEVA puisque des plans et des rapports techniques en sont l'objet, l'OFT a également le devoir - car il ne s'agit pas que d'une faculté - de contrôler la bonne exécution de sa décision.

12.2.3. Au demeurant, de nombreuses charges de la décision ont précisément cette fonction: ainsi les charges qui exigent des rapports ou des études, parfois avec le concours d'experts externes, avant le début ou pendant les travaux, voire même après (par exemple s'agissant de questions de technique constructive, les charges 2.3.1, 2.5, 2.8.10, 2.8.21, 2.8.27, 2.10.1, 2.10.7, 2.10.14, 2.13.14, 2.26.4, 2.31.2 et 2.31.3; s'agissant de normes dont le respect a été demandé par des autorités spécialisées ou de précautions particulières également souhaitées par les dites autorités, les charges 2.44 à 2.48.8, au demeurant sous le contrôle des autorités spécialisées en question ou encore avec le concours de tiers, également les charges 2.52 à 2.56.3, 2.59, 2.60 et suivantes, 2.62 et suivantes, 2.66 à 2.73, 2.74). C'est dire que le projet sera suivi par une multitude d'autorités fédérales, cantonales ou communales et par des experts, lesquels devront veiller soit au bon déroulement des travaux, soit vérifier que les plans pourront bien être réalisés tels qu'approuvés et à ce que toute intervention dans des milieux sensibles soit effectuée dans les règles. Toutes ces autorités et experts auraient, en cas de problèmes, la faculté d'intervenir
auprès de l'OFT, lequel en sa qualité d'autorité de surveillance peut prendre les mesures nécessaires. C'est dire que l'affirmation selon laquelle les intimés pourront "faire ce qu'ils veulent" paraît un peu hasardeuse.

12.3. D'autres charges contenues dans le dispositif de la décision exigent des intimés qu'ils fournissent, pour approbation, des plans de détail dans un délai de 12 mois avant le début des travaux (par exemple les charges 2.9.4, 2.12.2, 2.13.11, 2.14.2, 2.23.2,2.37, etc.). Ce point est également - au moins implicitement - contesté par certains recourants (et explicitement par les recourantes 14 et 15), plus particulièrement en relation avec la réserve du chiffre 3 de la décision attaquée, point qui sera abordé plus loin (consid. 12.4).

12.3.1. Les plans de détail ne sont pas définis positivement dans la LCdF; il y est en revanche prescrit que les plans de détail élaborés sur la base d'un projet déjà approuvé sont soumis à la procédure simplifiée (art. 18i al. 2
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18i Vereinfachtes Plangenehmigungsverfahren
1    Das vereinfachte Plangenehmigungsverfahren wird angewendet bei:
a  örtlich begrenzten Vorhaben mit wenigen, eindeutig bestimmbaren Betroffenen;
b  Eisenbahnanlagen, deren Änderung oder Umnutzung das äussere Erscheinungsbild nicht wesentlich verändert, keine schutzwürdigen Interessen Dritter berührt und sich nur unerheblich auf Raum und Umwelt auswirkt;
c  Eisenbahnanlagen, die spätestens nach drei Jahren wieder entfernt werden.
2    Detailpläne, die sich auf ein bereits genehmigtes Projekt stützen, werden im vereinfachten Verfahren genehmigt.
3    Die Genehmigungsbehörde kann die Aussteckung anordnen. Das Gesuch wird nicht publiziert und nicht öffentlich aufgelegt. Die Genehmigungsbehörde unterbreitet die Planvorlage den Betroffenen, soweit sie nicht vorher schriftlich ihre Einwilligung gegeben haben; deren Einsprachefrist beträgt 30 Tage. Die Genehmigungsbehörde kann bei Kantonen und Gemeinden Stellungnahmen einholen. Sie setzt dafür eine angemessene Frist.
4    Im Übrigen gelten die Bestimmungen für das ordentliche Verfahren. Im Zweifelsfall wird dieses durchgeführt.
LCdF). Cette dernière s'applique aux projets qui affectent un espace limité et ne concernent qu'un ensemble restreint et bien défini de personnes (art. 18i al. 1 let. a
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18i Vereinfachtes Plangenehmigungsverfahren
1    Das vereinfachte Plangenehmigungsverfahren wird angewendet bei:
a  örtlich begrenzten Vorhaben mit wenigen, eindeutig bestimmbaren Betroffenen;
b  Eisenbahnanlagen, deren Änderung oder Umnutzung das äussere Erscheinungsbild nicht wesentlich verändert, keine schutzwürdigen Interessen Dritter berührt und sich nur unerheblich auf Raum und Umwelt auswirkt;
c  Eisenbahnanlagen, die spätestens nach drei Jahren wieder entfernt werden.
2    Detailpläne, die sich auf ein bereits genehmigtes Projekt stützen, werden im vereinfachten Verfahren genehmigt.
3    Die Genehmigungsbehörde kann die Aussteckung anordnen. Das Gesuch wird nicht publiziert und nicht öffentlich aufgelegt. Die Genehmigungsbehörde unterbreitet die Planvorlage den Betroffenen, soweit sie nicht vorher schriftlich ihre Einwilligung gegeben haben; deren Einsprachefrist beträgt 30 Tage. Die Genehmigungsbehörde kann bei Kantonen und Gemeinden Stellungnahmen einholen. Sie setzt dafür eine angemessene Frist.
4    Im Übrigen gelten die Bestimmungen für das ordentliche Verfahren. Im Zweifelsfall wird dieses durchgeführt.
LCdF); aux installations ferroviaires dont la modification ou la réaffectation n'altère pas sensiblement l'aspect extérieur du site, n'affecte pas des intérêts dignes de protection de tiers et n'a que des effets minimes sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement (let. b); aux installations ferroviaires qui seront démontées après trois ans au plus (let. c). Par ailleurs, selon le 3ème alinéa de l'art. 18i
SR 742.101 Eisenbahngesetz
EBG Art. 18i Vereinfachtes Plangenehmigungsverfahren
1    Das vereinfachte Plangenehmigungsverfahren wird angewendet bei:
a  örtlich begrenzten Vorhaben mit wenigen, eindeutig bestimmbaren Betroffenen;
b  Eisenbahnanlagen, deren Änderung oder Umnutzung das äussere Erscheinungsbild nicht wesentlich verändert, keine schutzwürdigen Interessen Dritter berührt und sich nur unerheblich auf Raum und Umwelt auswirkt;
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