Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2P.185/2006
2A.429/2006/fzc

Arrêt du 27 novembre 2006
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Merkli, Président,
Wurzburger et Yersin.
Greffier: M. Dubey.

Parties
X.________ et Y.________,
recourants, représentés par Me Robert Lei Ravello, avocat,

contre

Administration cantonale des impôts du canton
de Vaud, route de Berne 46, 1014 Lausanne,
Tribunal administratif du canton de Vaud,
avenue Eugène-Rambert 15, 1014 Lausanne.

Objet
2A.429/2006
impôt fédéral direct 1993/1994 à 1997/1998

2P.185/2006
impôts cantonal et communal 1993/1994 à 1997/1998

recours de droit administratif (2A.429/2006) et recours de droit public (2P.185/2006) contre l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 12 juin 2006.

Faits:
A.
Marié à Y.________, X.________ exerce une activité indépendante de médecin urologue FMH à Z.________. Il détenait des participations dans les sociétés Centre médico-chirurgical A.________ SA (ci-après: A.________ SA) depuis sa constitution en 1983, B.________ SA depuis sa constitution en 1987, Clinique C.________ SA (ci-après: C.________ SA) depuis sa constitution en 1988 et Ambulances D.________ SA (ci-après: D.________ SA) dont il acquis des titres en 1989.

A.________ SA, dont la faillite a été prononcée le 22 avril 1999, était administrée par X.________ et avait pour but l'exploitation d'un centre médico-chirurgical. B.________ SA, dont la faillite a été prononcée le 1er octobre 1999, avait pour but l'acquisition et l'exploitation d'appareils mobiles destinés à fragmenter par voie extra-corporelle les calculs rénaux et biliaires. C.________ SA, dont la faillite a été prononcée le 5 juillet 2001, avait pour but toute activité dans le domaine médical, notamment la gestion et l'exploitation de cliniques, permanences médicales, cabinets de groupe et entreprises de secours. D.________ SA, dont la faillite a été prononcée le 6 juillet 2000, avait pour but l'exploitation d'un service d'ambulances et de premiers secours ainsi que le transport de malades et blessés.
B.
Dans leur déclaration pour la période fiscale 1993/1994, les époux X.________ ont fait état d'un revenu imposable de 699'127 fr. et d'une fortune nulle. Le 1er avril 1996, la Commission d'impôt du district de Lausanne (ci-après: la Commission d'impôt) leur a notifié une taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 717'800 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 742'000 fr. Contre cette décision, les intéressés ont déposé une réclamation, retirée le 5 septembre 1996.

Dans leur déclaration pour la période fiscale 1995/1996, les époux X.________ ont fait état d'un revenu imposable de 92'692 fr. et d'une fortune nulle. Le 26 juin 1997, la Commission leur a notifié une taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 123'000 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 112'000 fr. Le 25 juillet 1997, la Commission leur a notifié une nouvelle taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 478'000 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 467'800 fr. Le 20 août 1997, les intéressés ont déposé une réclamation contre cette décision, qui a été confirmée par la Commission. La réclamation a été maintenue le 25 septembre 1997.

Pour la période fiscale 1997/1998, les époux X.________ n'ont pas déposé de déclaration en temps utile. L'Administration cantonale des impôts (agissant également comme Administration cantonale de l'impôt fédéral direct; ci-après: l'Administration cantonale) leur a notifié des taxations d'office le 26 février 1998 pour l'impôt cantonal et communal et le 3 mars 1998 pour l'impôt fédéral direct, arrêtant le revenu imposable à 1'130'000 fr. et une fortune nulle. Le 26 mars 1998, les intéressés ont déposé une réclamation contre ces décisions. Le 9 avril 1998, ils ont déposé leur déclaration, faisant état d'un revenu imposable de 794'700 fr. et d'une fortune nulle.

Le 10 octobre 1997, l'Administration cantonale a notifié un avis de contrôle aux époux X.________ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998 et ouvert une procédure en soustraction d'impôts à leur encontre. Le contrôle des comptes a eu lieu entre le 18 et le 21 novembre 1997. Les 27 mai, 15 juin, 24 juillet, 25 août, 13 octobre et 5 novembre 1998 puis les 16 et 29 avril 1999, l'Administration cantonale leur a adressé des rappels aux fins d'obtenir des pièces complémentaires. Durant cette période, les mandataires successifs des intéressés ont produit leurs observations et divers documents.

Le 25 mars 2003, l'Administration cantonale a fixé à un montant supplémentaire total de 335'655 fr. 35 l'impôt cantonal et communal et à un montant supplémentaire total de 121'007 fr. l'impôt fédéral direct dus pour l'ensemble des périodes en cause. Elle a prononcé des amendes d'un montant total de 389'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 152'700 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le 25 avril 2003, les époux X.________ ont déposé une réclamation contre cette décision.
C.
Le 1er septembre 2005, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 20 août 1997, 26 mars 1998 et 25 avril 2003. S'agissant de la période fiscale 1993/1994, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 934'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 958'300 fr. S'agissant de la période fiscale 1995/1996, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 294'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 283'900 fr. S'agissant de la période fiscale 1997/1998, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 832'000 fr. et la fortune à 1'328'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 822'700 fr. Les rappels d'impôts cantonal et communal sur le revenu ont été fixés à un montant total de 141'487 fr. 20 et sur la fortune à 4'453 fr. 75, les rappels d'impôt fédéral direct à un montant total de 49'749 fr. Les montants des amendes pour soustraction fiscale en 1993/1994 (218'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 74'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) et pour tentative de soustraction fiscale en 1995/1996 (90'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 44'400
fr. pour l'impôt fédéral direct) et 1997/1998 (majoration de 10% des éléments soustraits pour l'impôt cantonal et communal et 5'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) ont été corrigés en conséquence.
D.
Contre cette décision, les époux X.________ ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif. Durant la procédure, une demande de récusation datée des 11 et 20 octobre 2005 dirigée contre le juge instructeur F.________ a été rejetée par la Cour plénière du Tribunal administratif, dont la décision a été confirmée par arrêt du Tribunal fédéral du 3 mars 2006.

Par courrier des 8 décembre 2005 et 2 février 2006, le juge instructeur a avisé les parties qu'il restreignait l'instruction de la cause au seul examen des taxations fiscales en cause, reportant l'instruction portant sur la soustraction fiscale à une date ultérieure. Par décision incidente du 29 mars 2006, le juge instructeur a rejeté les demandes des intéressés tendant à la consultation et à la production des pièces relatives aux procédures fiscales concernant les sociétés A.________ SA, C.________ SA, B.________ SA et D.________ SA.

Une audience d'instruction et de jugement a eu lieu le 25 avril 2006. Lors de l'audience puis par décision séparée du 26 avril 2006, le Tribunal administratif a rejeté les réquisitions tendant à l'apport de dossiers fiscaux concernant des tiers et le complètement des moyens présentés. Les parties ont déposé des déterminations finales le 10 mai 2006.
E.
Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôts cantonal et communal. Le droit de taxer n'était pas prescrit. S'agissant de leur droit d'être entendus, les intéressés avaient eu libre accès à leur dossier fiscal et le droit d'en lever une copie. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X.________ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. Les requêtes de production des dossiers pénaux ainsi que d'audition du juge d'instruction devaient être écartées, parce que les investigations de l'enquête pénale portaient sur d'autres aspects que la taxation fiscale. L'audition du président du conseil d'administration de A.________ SA, C.________ SA, B.________ SA et D.________ SA était écartée car il n'était pas en mesure de fournir des renseignements utiles sur les comptes des sociétés et les prestations accordées à X.________. L'audition de l'ancien chef de la Division de l'inspection fiscale n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant les éclaircissements nécessaires.
Enfin, il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur les procès civils opposant X.________ à la masse en faillite de C.________ SA et de B.________ SA, ces procès n'ayant aucune influence sur la procédure de taxation. Pour le surplus, les violations du droit d'être entendu qu'aurait commises l'Administration cantonale étaient guéries en procédure de recours devant le Tribunal administratif. Aucun motif ne justifiait de retrancher de la procédure les extraits de dossiers de procédure pénale et de procédure civile obtenus par l'Administration cantonale. Sur le fond, le refus de déduire les pertes liées à la vente des participations que X.________ détenait dans A.________ SA, C.________ SA et B.________ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X.________ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune.
F.
Agissant par la voie du recours de droit administratif (2A.429/2006), X.________ et Y.________ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. A titre subsidiaire, ils demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif, "en ce sens que les recourants, en matière d'impôt fédéral direct, ne sont tenus à aucune prestation en argent pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998, subsidiairement en ce sens qu'ordre est donné à l'Administration cantonale vaudoise de l'impôt fédéral d'établir de nouvelles taxations des contribuables qui tiennent compte de la déductibilité des pertes commerciales invoquées sous chiffre VI § C lit. a du présent recours pour les périodes fiscales sous revue".

Agissant par la voie du recours de droit public (2P.185/2006), X.________ et Y.________ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif.

Exposant une argumentation identique dans leurs deux mémoires, ils se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus et de la garantie d'indépendance et d'impartialité des autorités. Ils se plaignent en outre de la violation du droit fédéral s'agissant de l'attribution de biens à la fortune privée, de la comptabilisation de pertes commerciales et des reprises fiscales. Au titre de mesures d'instruction, ils requièrent du Tribunal fédéral qu'il donne l'ordre à l'Administration cantonale des impôts de produire l'intégralité des dossiers fiscaux des sociétés A.________ SA, C.________ SA, B.________ SA et D.________ SA. Une fois produits, ils demandent la possibilité de les consulter et de compléter leurs moyens.

Le Tribunal administratif renonce à déposer une réponse aux recours. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.
1.1 Dirigés contre le même arrêt, les deux recours reposent sur le même état de fait et soulèvent des griefs similaires. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure.

Comme X.________ est pratiquement le seul impliqué, il ne sera fait état que de lui, et exceptionnellement de son épouse, quand bien même les recours ont été formellement déposés par les époux.
1.2 Le Tribunal fédéral est suffisamment renseigné sur les faits avec le dossier que le Tribunal administratif a produit. Les requêtes d'instruction supplémentaires du recourant doivent être rejetées.

I. Impôt fédéral direct
2.
2.1 Déposé en temps utile contre une décision rendue par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale (ATF 130 II 65 consid. 2 et 3 p. 67 ss) et fondée sur le droit public fédéral, le présent recours de droit administratif est recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière de l'art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), en vigueur depuis le 1er janvier 1995. En tant qu'il demande l'annulation complète de l'arrêt du 12 juin 2006 qui porte également sur les impôts cantonaux et communaux, il est en revanche irrecevable.
2.2 Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709; 130 I 312 consid. 1.2 p. 318; 129 II 183 consid. 3.4 p. 188; 128 II 56 consid. 2b p. 60; 126 V 252 consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
in fine OJ; ATF 132 II 257 consid. 2.5 p. 262, 47 consid. 1.3 p. 50; 131 II 361 consid. 2 p. 366 et les arrêts cités).

En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
lettre b et 105 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
OJ; 132 II 21 consid. 2 p. 24; définition des faits manifestement inexacts : ATF 132 I 42 consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
lettre c ch. 3 OJ; ATF 131 II 361 consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; 131 III 182 consid. 1 p. 184).
3.
Selon le recourant, le Tribunal administratif aurait retenu à tort que les décisions de taxation relatives aux périodes fiscales 1995/1996 et 1997/1998 étaient définitives, ce qu'il comprend comme entrées en force. A son avis, seule la décision de taxation du 1er avril 1996 concernant la période fiscale 1993/1994 pouvait l'être.
3.1 Le recourant perd de vue que l'Administration cantonale qualifie une décision de taxation de définitive par opposition à une décision de taxation provisoire. Une telle qualification a pour seul effet de signaler à son destinataire qu'elle peut faire l'objet des voies de droit à sa disposition, contrairement à une décision de taxation provisoire. Dans ces conditions, qualifier une décision de taxation de définitive n'indique pas si elle est entrée en force de chose jugée. Pour le surplus, il convient de rappeler que la procédure de rappel d'impôt ne s'ouvre que dans le cas où la taxation effectuée est entrée en force (art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD). Le rappel est, en effet, le pendant, en faveur du fisc, de la révision (Klaus A. Vallender in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung des direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2ème éd., ad. art. 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID, p. 831 ss, ch. 1 à 4). En l'espèce, seule la décision de taxation de la période fiscale 1993/1994 était entrée en force et a fait l'objet d'un rappel d'impôt; les décisions des périodes 1995/1996 et 1997/1998 ne sont pas entrées en force car les montants déclarés ont fait l'objet de reprises dans les
procédures de taxation, de réclamation et de recours.
3.2 D'après les art. 129 ss
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
AIFD et la jurisprudence y relative, le recourant ne peut être astreint à payer un rappel d'impôt qu'en cas d'infraction fiscale - en particulier de soustraction d'impôt (cf. Archives 52 p. 454 consid. 2 p. 458). En l'espèce, le Tribunal administratif ayant suspendu la procédure relative aux soustractions d'impôts, le rappel d'impôt de la période fiscale 1993/1994 est soumis à la condition qu'une telle infraction soit réalisée. Dans cette mesure, le présent arrêt a le caractère d'une décision partielle.
4.
Invoquant l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. ainsi que l'art. 114 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 114 Consultation du dossier - 1 Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
1    Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
2    Le contribuable peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose.218
3    Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres moyens de preuve.
4    L'autorité qui refuse au contribuable le droit de consulter son dossier confirme, à la demande de celui-ci, son refus par une décision susceptible de recours.
LIFD, le recourant se plaint que le Tribunal administratif lui a refusé la consultation et la production complète des dossiers fiscaux des sociétés A.________ SA, B.________ SA, C.________ SA et D.________ SA.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 127 III 576 consid. 2c p. 578 s.; 127 V 431 consid. 3a p. 436; 124 II 132 consid. 2b p. 137 et la jurisprudence citée).

En matière d'impôt fédéral direct, le contribuable a le droit de consulter les pièces qu'il a produites ou signées (art. 114 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 114 Consultation du dossier - 1 Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
1    Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
2    Le contribuable peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose.218
3    Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres moyens de preuve.
4    L'autorité qui refuse au contribuable le droit de consulter son dossier confirme, à la demande de celui-ci, son refus par une décision susceptible de recours.
LIFD). Il peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose (al. 2). Le secret fiscal peut s'opposer à la consultation de certaines pièces. En effet, les personnes chargées de l'application de la loi sur l'impôt fédéral direct ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux, sauf si une base légale de droit fédéral les y autorise (art. 110
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 110 Secret fiscal - 1 Les personnes chargées de l'application de la présente loi ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux.
1    Les personnes chargées de l'application de la présente loi ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux.
2    Des renseignements peuvent être communiqués dans la mesure où une base légale de droit fédéral le prévoit expressément.
LIFD). Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres preuves (art. 114 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 114 Consultation du dossier - 1 Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
1    Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
2    Le contribuable peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose.218
3    Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres moyens de preuve.
4    L'autorité qui refuse au contribuable le droit de consulter son dossier confirme, à la demande de celui-ci, son refus par une décision susceptible de recours.
LIFD). Cela vaut en particulier pour des documents provenant du dossier fiscal d'un tiers.
4.2 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a refusé au recourant la production et la consultation des dossiers fiscaux des sociétés en cause en raison du secret fiscal dont ces dernières bénéficiaient en vertu du droit fédéral. Ce dernier objecte, comme il l'a déjà fait devant le Tribunal administratif, que le secret fiscal ne trouvait pas d'application en l'espèce dès lors que sa situation et celle des sociétés en cause étaient connexes et que l'administration fiscale, à l'occasion des procédures en soustraction ouvertes contre ces dernières, était parvenue à collecter l'ensemble des pièces comptables pertinentes pour fonder ses décisions à l'encontre de chacune d'elles, ce qui, de l'avis du recourant, l'autorisait à consulter toutes les pièces pertinentes liées aux états financiers de ces sociétés dans la mesure où elles fondaient les reprises effectuées dans son propre chapitre.
D'après l'art. 110
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 110 Secret fiscal - 1 Les personnes chargées de l'application de la présente loi ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux.
1    Les personnes chargées de l'application de la présente loi ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux.
2    Des renseignements peuvent être communiqués dans la mesure où une base légale de droit fédéral le prévoit expressément.
LIFD, qui réserve le secret fiscal et prévoit que des renseignements ne peuvent être communiqués que dans la mesure où une base légale de droit fédéral le prévoit expressément, le recourant n'avait donc pas le droit de consulter les dossiers fiscaux des sociétés en cause qui sont des contribuables distinctes. Le droit fiscal suisse ne connaissant pas, sous réserve de dispositions particulières - de droit des groupes de sociétés (ATF 132 I 29 consid. 5.2 p. 40 et les références citées), c'est en vain que le recourant tente de tirer argument, en faveur de la levée du secret fiscal, d'une éventuelle connexité entre sa situation et celle des sociétés en cause. Pareille connexité n'a aucun effet sur le secret fiscal dont bénéficient - quoi qu'en pense le recourant - les sociétés tierces en cause, quand bien même elles ont fait faillite. Cette connexité ne joue au surplus pas de rôle dans l'attribution à sa fortune commerciale ou privée des titres de participations détenus par le recourant dans celles-ci, ni dans la qualification des montants que le fisc a repris.

Au demeurant, le Tribunal administratif a constaté que tous les documents relatifs aux prestations des sociétés en faveur du recourant figuraient dans son dossier fiscal et l'a autorisé à en consulter l'intégralité. Ce dernier n'expose pas en quoi les pièces relatives aux reprises effectuées dans son chapitre provenant des sociétés en cause seraient insuffisantes ou lacunaires. La comptabilisation des montants en cause dans les comptes des sociétés n'influence en rien leur qualification au chapitre fiscal du recourant qui, de toute manière, devait savoir ce qu'il avait reçu des sociétés en cause et pour quels motifs.
4.3 Au vu des considérants qui précédent, le refus des offres de preuves du recourant et de sa demande de consulter les dossiers fiscaux des sociétés A.________ SA, C.________ SA, B.________ SA et D.________ SA ne violait pas de règles essentielles de procédure, en particulier son droit d'être entendu, au sens de l'art. 105 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
OJ, de sorte que le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus dans l'arrêt attaqué.
5.
Invoquant l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. ainsi que l'art. 115
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 115 Offre de preuves - Les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation.
LIFD, le recourant se plaint encore que le Tribunal administratif a refusé certaines de ses offres de preuve telles que la production de dossiers de procédures pénales et civiles dont il avait requis la production, ainsi que l'audition du chef de la Division de l'inspection fiscale et du président du conseil d'administration de A.________ SA, C.________ SA, B.________ SA et D.________.
5.1 D'après l'art. 115
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 115 Offre de preuves - Les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation.
LIFD, les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation (cf. à cet égard, Peter Locher, System des Steuerrechts, 6e édition, Zurich 2002, p. 401). Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes lorsque le fait à établir est sans importance pour la taxation, qu'il résulte déjà de constatations ressortant du dossier ou lorsque le moyen de preuve avancé est impropre à fournir les éclaircissements nécessaires. L'appréciation anticipée des preuves ne constitue pas une atteinte au droit d'être entendu directement déduit de l'art. 29
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. (ATF 125 I 127 consid. 6c/cc p. 135 et les arrêts cités). Au même titre que toute appréciation des preuves, l'appréciation anticipée de celle-ci est soumise à l'interdiction de l'arbitraire (ATF 124 I 274 consid. 5b p. 285 et les références citées).
5.2 Dans son arrêt, le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait déposé une plainte pénale pour suppression de titres, les pièces de la comptabilité de la B.________ SA ayant été selon lui indûment détruites. Il a également constaté que le recourant était partie à deux procès civils l'opposant à la masse en faillite de C.________ SA et de B.________ SA, d'une part et d'autre part, à la banque N.________. Il a rejeté les requêtes de production des dossiers civils et pénal en cause en considérant que leur contenu n'avait aucun intérêt dans la procédure fiscale en cours. Il a jugé que l'audition du chef de la Division d'inspection fiscale et du président du conseil d'administration n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant tous les éclaircissements nécessaires.

Du moment que les pièces comptables des sociétés justifiant les reprises effectuées par l'administration fiscale figuraient au dossier, le Tribunal administratif pouvait, par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire, juger que les offres de preuve du recourant n'étaient pas pertinentes. Ce dernier n'expose d'ailleurs pas quels éléments la production de ces dossiers et l'audition des témoins proposés permettraient d'établir, de sorte que ce grief doit être rejeté.
6.
Invoquant l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., le recourant se plaint aussi que le Tribunal administratif n'ait pas purement et simplement annulé la décision sur réclamation du 1er septembre 2005, comme le commandait, selon lui, le caractère formel du droit d'être entendu.
6.1 Le droit d'être entendu est de nature formelle. Sa violation entraîne en principe l'annulation de l'arrêt attaqué sans égard au mérite du recours sur le fond (ATF 118 Ia 17 consid. 1a p. 18). Le Tribunal fédéral admet à certaines conditions la possibilité de réparer après coup une violation du droit d'être entendu, en particulier lorsque la décision entachée est couverte par une nouvelle décision qu'une autorité supérieure - jouissant d'un pouvoir d'examen au moins aussi étendu - a prononcée après avoir donné à la partie lésée la possibilité d'exercer effectivement son droit d'être entendu (ATF 118 Ib 111 consid. 4b p. 120/121; 116 Ia 94 consid. 2 p. 95).
6.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a dûment constaté que le recourant n'avait pas pu librement consulter son dossier devant l'autorité de réclamation, mais que la violation de son droit d'être entendu avait été guérie en instance de recours, dans la mesure où il avait pu alors librement consulter l'intégralité de son dossier. La guérison de ce vice de procédure est conforme à l'art. 29
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. et à la jurisprudence y relative. En effet, comme le Tribunal administratif dispose d'un pouvoir d'examen libre en fait et en droit (art. 53 de la loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la procédure et la juridiction administrative; [RSVD173.36]) et qu'il a autorisé la consultation de l'intégralité du dossier, le recourant a pu exercer pleinement son droit d'être entendu de sorte que le vice survenu devant l'autorité inférieure a été guéri.
7.
Le recourant se plaint de la violation de la garantie d'impartialité ancrée dans les art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. et 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101). A son avis, cette garantie constitutionnelle exigeait que l'instruction de la procédure de réclamation prévue par les art. 134
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 134 Compétences des autorités fiscales - 1 L'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'AFC jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation.
1    L'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'AFC jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation.
2    Aucune suite n'est donnée au retrait de la réclamation s'il apparaît, au vu des circonstances, que la taxation était inexacte. En outre, la procédure de réclamation ne peut être close sans l'assentiment de toutes les autorités fiscales qui sont intervenues dans la procédure de taxation.
et 135
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 135 Décision - 1 L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
1    L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
2    La décision est motivée et notifiée au contribuable ainsi qu'à l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle est également communiquée à l'AFC lorsque celle-ci est intervenue dans la taxation ou a demandé que la décision sur réclamation lui soit communiquée (art. 103, al. 1).
3    La procédure de réclamation est gratuite. Toutefois, l'art. 123, al. 2, dernière phrase est applicable par analogie.
LIFD ne soit confiée ni à l'autorité inférieure ni à quiconque avait participé à l'élaboration de la décision attaquée. Il n'aurait découvert que durant la procédure devant le Tribunal administratif que son dossier fiscal avait été complété durant la procédure de réclamation par le chef de la Division d'inspection fiscale avec des pièces provenant de dossiers de procédures pénales et civiles, alors que son dossier n'était plus sous la responsabilité de ce dernier mais sous celle de l'Administration cantonale en sa qualité d'autorité de réclamation.
7.1 Comme l'a jugé à bon droit le Tribunal administratif, l'art. 6
IR 0.101 Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH)
CEDH Art. 6 Droit à un procès équitable - 1. Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice.
1    Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice.
2    Toute personne accusée d'une infraction est présumée innocente jusqu'à ce que sa culpabilité ait été légalement établie.
3    Tout accusé a droit notamment à:
a  être informé, dans le plus court délai, dans une langue qu'il comprend et d'une manière détaillée, de la nature et de la cause de l'accusation portée contre lui;
b  disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense;
c  se défendre lui-même ou avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent;
d  interroger ou faire interroger les témoins à charge et obtenir la convocation et l'interrogation des témoins à décharge dans les mêmes conditions que les témoins à charge;
e  se faire assister gratuitement d'un interprète, s'il ne comprend pas ou ne parle pas la langue employée à l'audience.
par. 1 CEDH ne trouve pas d'application dans les procédures fiscales, qui n'ont, comme en l'espèce, pas un caractère pénal (ATF 132 I 140 consid. 2.1 p. 146 et les références citées). Dans la mesure où le recourant conteste la constitutionnalité de la composition de l'autorité de réclamation en matière d'impôt fédéral direct, son grief n'est recevable qu'en tant qu'il porte sur une mauvaise application des art. 132
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1).
3    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
LIFD (cf. art. 191
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 191 Accès au Tribunal fédéral - 1 La loi garantit l'accès au Tribunal fédéral.
1    La loi garantit l'accès au Tribunal fédéral.
2    Elle peut prévoir une valeur litigieuse minimale pour les contestations qui ne portent pas sur une question juridique de principe.
3    Elle peut exclure l'accès au Tribunal fédéral dans des domaines déterminés.
4    Elle peut prévoir une procédure simplifiée pour les recours manifestement infondés.
Cst. qui exclut le contrôle constitutionnel notamment des lois fédérales).
7.2 D'après l'art. 134 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 134 Compétences des autorités fiscales - 1 L'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'AFC jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation.
1    L'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'AFC jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation.
2    Aucune suite n'est donnée au retrait de la réclamation s'il apparaît, au vu des circonstances, que la taxation était inexacte. En outre, la procédure de réclamation ne peut être close sans l'assentiment de toutes les autorités fiscales qui sont intervenues dans la procédure de taxation.
LIFD, l'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'Administration fédérale des contributions jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation. L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier (art. 135 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 135 Décision - 1 L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
1    L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
2    La décision est motivée et notifiée au contribuable ainsi qu'à l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle est également communiquée à l'AFC lorsque celle-ci est intervenue dans la taxation ou a demandé que la décision sur réclamation lui soit communiquée (art. 103, al. 1).
3    La procédure de réclamation est gratuite. Toutefois, l'art. 123, al. 2, dernière phrase est applicable par analogie.
LIFD). L'art. 135
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 135 Décision - 1 L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
1    L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
2    La décision est motivée et notifiée au contribuable ainsi qu'à l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle est également communiquée à l'AFC lorsque celle-ci est intervenue dans la taxation ou a demandé que la décision sur réclamation lui soit communiquée (art. 103, al. 1).
3    La procédure de réclamation est gratuite. Toutefois, l'art. 123, al. 2, dernière phrase est applicable par analogie.
LIFD précise que l'autorité de taxation prend la décision sur réclamation. La procédure de réclamation peut par conséquent être confiée au taxateur, à un autre fonctionnaire ou à une commission de fonctionnaires, la composition de l'autorité de taxation relevant du droit cantonal, à moins que le droit fédéral en dispose autrement (art. 104 al. 4
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 104 - 1 L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct dirige et surveille l'exécution de la présente loi. Elle veille à son application uniforme. L'art. 103, al. 1, est applicable par analogie.
1    L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct dirige et surveille l'exécution de la présente loi. Elle veille à son application uniforme. L'art. 103, al. 1, est applicable par analogie.
2    Pour la taxation des personnes morales, chaque canton désigne un service unique.
3    Chaque canton institue une commission cantonale de recours en matière d'impôt.
4    L'organisation des autorités cantonales d'exécution est régie par le droit cantonal, à moins que le droit fédéral en dispose autrement. Lorsqu'un canton ne peut prendre à temps les mesures nécessaires, le Conseil fédéral arrête provisoirement les dispositions utiles.
LIFD; cf. Martin Zweifel, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, Zweifel/Athanas Ed., Helbing & Lichtenhahn 2000, n° 5 ad art. 132
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1).
3    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
LIFD).

Dans le canton de Vaud, d'après l'art. 2 de l'arrêté du 15 février 1995 d'application de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ALIFD/VD, RSVD 658.11.1), les autorités de taxation des impôts directs cantonaux notamment des personnes physiques sont également, pour ces mêmes personnes, autorités de taxation et de perception de l'impôt fédéral direct. Ce qu'il faut entendre par autorité de taxation dans le canton de Vaud est précisé par l'art. 152 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSVD 642.11), qui désigne comme telle, pour les personnes physiques, les offices d'impôts de district ainsi que l'Administration cantonale des impôts; l'inspectorat fiscal qui fait partie de l'Administration cantonale des impôts peut intervenir dans la taxation des personnes physiques dans les conditions fixées par l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct.
7.3 En l'espèce, les réclamations du recourant ont été examinées par l'Administration cantonale des impôts, qui a procédé au réexamen complet des décisions de taxation et de rappel d'impôt. Quoi qu'en pense le recourant, rien dans les art. 134 ss
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 134 Compétences des autorités fiscales - 1 L'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'AFC jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation.
1    L'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'AFC jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation.
2    Aucune suite n'est donnée au retrait de la réclamation s'il apparaît, au vu des circonstances, que la taxation était inexacte. En outre, la procédure de réclamation ne peut être close sans l'assentiment de toutes les autorités fiscales qui sont intervenues dans la procédure de taxation.
LIFD et les dispositions cantonales d'application ne permet ni n'exige d'instaurer une distinction entre l'Administration cantonale des impôts agissant comme autorité de réclamation et sa (sub)division de l'inspection fiscale, d'autant moins lorsque, comme, en l'espèce, cette division avait été saisie du dossier comme autorité de taxation en raison de la complexité des faits. Enfin, l'autorité de réclamation jouissant des mêmes droits et obligations que l'autorité de taxation, le Tribunal administratif a jugé à bon droit qu'elle n'avait nullement outrepassé ses compétences en versant au dossier fiscal du recourant, durant la procédure de réclamation, des pièces provenant de dossiers de procédures pénales et civiles le concernant au titre de plaignant ou de partie utiles à l'établissement des éléments imposables. Le grief de violation de l'art. 29
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. doit par conséquent être rejeté.
8.
Le recourant considère que le Tribunal administratif a apprécié de manière arbitraire les preuves figurant au dossier.
8.1 Le Tribunal fédéral ne qualifie d'arbitraire (sur cette notion, cf. ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9 et la jurisprudence citée) l'appréciation des preuves que si l'autorité a admis ou nié un fait en se mettant en contradiction évidente avec les pièces et les éléments de son dossier. Une jurisprudence constante reconnaît au juge du fait un large pouvoir d'appréciation en ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'intervient, pour violation de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (art. 4 aCst.), que si le juge cantonal a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte (ATF 118 Ia 28 consid. 1b p. 30; 112 Ia 369 consid. 3 p. 371; 100 Ia 119 consid. 4 p. 127), lorsque des constatations de faits sont manifestement fausses (ATF 101 Ia 298 consid. 5 p. 306; 98 Ia 140 consid. 3a p. 142 et la jurisprudence citée), enfin lorsque l'appréciation des preuves est tout à fait insoutenable (ATF 118 Ia 28 consid. 1b p. 30; 116 Ia 85 consid. 2b p. 88).
9. En l'espèce, le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir retenu comme preuve le procès-verbal d'une séance tenue le 22 mai 2000 entre lui-même, accompagné de deux précédents mandataires (Me G.________ et H.________), et deux inspecteurs et un juriste de l'Administration cantonale des impôts qui portait sur des reprises envisagées par cette dernière et protocolait les explications apportées par les premiers. Comme il l'a fait valoir pour la première fois devant le Tribunal administratif en audience du 25 avril 2006, à son avis, ce document serait dénué de toute validité parce qu'il a été rédigé par l'administration et n'a pas été contresigné par lui. A bon droit, le Tribunal administratif a considéré que ce procès-verbal contenait les déclarations spontanées du recourant et de ses deux mandataires dont l'un était avocat. Il a retenu que ceux-ci en avait reçu une copie et que le contenu du procès-verbal avait même été confirmé par courrier du 15 juin 2000. Dès lors, le Tribunal administratif pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, accorder foi aux déclarations contenues dans ce procès-verbal et juger contraire à la bonne foi leur remise en cause cinq ans plus tard.
10.
Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir refusé la déduction des pertes subies lors de la vente des participations qu'ils détenaient dans A.________ SA, B.________ SA, C.________ SA et D.________ SA. Les activités de ces sociétés étaient suffisamment connexes à celles de son activité indépendante pour que ces titres entrent dans sa fortune commerciale. En outre, les états annexés au recours du 3 octobre 2005 et à la réplique du 23 mars 2006 adressés au Tribunal administratif répondaient aux exigences légales de comptabilisation.
10.1 D'après l'art. 27 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
et 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
lettre b LIFD (art. 22 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
lettre c AIFD encore applicable à la période fiscale 1993/1994), les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées.

D'après l'art. 125 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
LIFD, les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante (lettre a); les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale (lettre b); l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes (lettre c). D'après l'art. 125 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
LIFD, les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés. L'art. 89 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
AIFD exige des contribuables qui exercent une activité lucrative indépendante dont les recettes annuelles brutes provenant de cette activité atteignent le montant de 100'000 fr. qu'ils établissent un relevé complet des recettes et des dépenses et un état complet de la fortune et des dettes.

L'art. 125 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
LIFD (art. 89 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
AIFD) ne précise pas ce qu'il faut entendre par "état des actifs et des passifs, relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés". Les exigences auxquelles doivent répondre ces états dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (arrêt 2A.272/2003 du 13 décembre 2003 in Archives 73 p. 656; Martin Zweifel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Zweifel/Athanas Ed., Helbing & Lichtenhahn 2000 n° 30 ss ad art. 125
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
LIFD; cf. circulaire n° 2 de l'Administration fédérale des contributions publiée en janvier 1980 sur l'obligation de conserver les documents et pièces justificatives et d'établir des relevés et des états faits aux contribuables exerçant une activité lucrative indépendante, in Archives 48, p. 412).

Il n'appartient pas aux autorités fiscales de rétablir la comptabilité défaillante du contribuable, même si elles peuvent ordonner des expertises aux frais du contribuable aux conditions de l'art. 123 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
LIFD.
10.2 Pour les années de calcul des périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998, le recourant s'est borné, comme l'autorise l'art. 125 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
LIFD, à remplir les questionnaires général et complémentaire pour médecins, dentistes et vétérinaires auxquels il a annexé les relevés de ses recettes et dépenses ainsi que de ses prélèvements et apports privés. Ces relevés ont été établis par une société fiduciaire. Les participations dans les sociétés A.________ SA, C.________ SA, B.________ SA et D.________ SA n'ont pas été reportées dans le "Tableau des actifs et passifs" des questionnaires général et complémentaire. Le recourant a en revanche produit au Tribunal administratif un "Etat des participations commerciales au 14 décembre 1993 (bilan d'entrée)", un "Compte de pertes et profits des participations commerciales pour la période du 14 décembre 1993 au 31 décembre 1993 (16 jours)", un "Etat des participations commerciales au 31 décembre 1993" ainsi qu'un tel "Etat des participations commerciales" au 31 décembre des années 1994 à 2000.
Ces états ne sont ni signés ni datés et ont été établis a posteriori en 2006. Dans ces conditions, les pertes que le recourant affirme avoir subies sur ses titres n'ont pas été comptabilisées dans des états d'actifs et de passifs établis chronologiquement aux dates successives de bouclement des exercices commerciaux déterminant pour les périodes fiscales en cause. Au surplus, les participations en cause appartenaient au recourant bien avant la date du bilan d'entrée au 14 décembre 1993. Non seulement la date du bilan d'entrée - qui semble correspondre à la date de vente de ses actions dans B.________ SA par le recourant à C.________ SA - est insolite, mais encore il est douteux qu'à cette date, les participations aient pu encore être comptabilisées à leur valeur, semble-t-il, nominale. Par conséquent, en jugeant que les pertes dont se prévaut le recourant n'ont pas été comptabilisées et ne pouvaient par conséquent être déduites de son revenu imposable, le Tribunal administratif a correctement appliqué l'art. 27 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
lettre b LIFD.

La déduction de pertes effectives n'étant admise qu'à la double condition qu'elles portent sur des éléments de la fortune commerciale et qu'elles aient été comptabilisées, il n'est pas nécessaire d'examiner en outre à quelle fortune - commerciale ou privée - du recourant appartenaient ces participations.
11.
Le recourant juge injustifiée la reprise de certains montants comme revenus de l'activité indépendante ou comme prestations appréciables en argent des sociétés A.________ SA et B.________ SA.
11.1 Tous les revenus des personnes physiques provenant de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante sont soumis à l'impôt (art. 18 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD; art. 21
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
AIFD, encore applicable à la période fiscale 1993/1994). Les rendements de la fortune mobilière sont imposables, en particulier les dividendes, les parts de bénéfices et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (art. 20 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
1    Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
a  les intérêts d'avoirs, y compris les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée;
b  les revenus résultant de l'aliénation ou du remboursement d'obligations à intérêt unique prédominant (obligations à intérêt global, obligations à coupon zéro) qui échoient au porteur;
c  les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.). Lorsque des droits de participation sont vendus conformément à l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)41, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, l'excédent de liquidation est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance de l'impôt anticipé prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, LIA); l'al. 1bis est réservé;
d  les revenus provenant de la location, de l'affermage, de l'usufruit ou d'autres droits de jouissance portant sur des choses mobilières ou sur des droits;
e  le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles;
f  les revenus de biens immatériels.
1bis    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 70 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.43
2    Le produit de la vente de droits de souscription ne fait pas partie du rendement de la fortune, à condition que les droits patrimoniaux appartiennent à la fortune privée du contribuable.
3    Le remboursement d'apports, d'agios et de versements supplémentaires (réserves issues d'apports de capital) effectués par les détenteurs des droits de participation après le 31 décembre 1996 est traité de la même manière que le remboursement du capital-actions ou du capital social. L'al. 4 est réservé.44
4    Si, lors du remboursement de réserves issues d'apports de capital conformément à l'al. 3, une société de capitaux ou une société coopérative cotée dans une bourse suisse ne distribue pas d'autres réserves au moins pour un montant équivalent, le remboursement est imposable à hauteur de la moitié de la différence entre le remboursement et la distribution des autres réserves, mais au plus à hauteur du montant des autres réserves pouvant être distribuées en vertu du droit commercial qui sont disponibles dans la société.45
5    L'al. 4 ne s'applique pas aux réserves issues d'apports de capital:
a  qui ont été constituées après le 24 février 2008 dans le cadre de concentrations équivalant économiquement à des fusions, par l'apport de droits de participation ou de droits de sociétariat dans une société de capitaux ou une société coopérative étrangère au sens de l'art. 61, al. 1, let. c, ou lors d'un transfert transfrontalier dans une société de capitaux suisse selon l'art. 61, al. 1, let. d;
b  qui existaient déjà au sein d'une société de capitaux ou d'une société coopérative étrangère au moment d'une fusion ou restructuration transfrontalière au sens de l'art. 61, al. 1, let. b, et al. 3, ou du déplacement du siège ou de l'administration effective après le 24 février 2008;
c  en cas de liquidation de la société de capitaux ou de la société coopérative.46
6    Les al. 4 et 5 s'appliquent par analogie en cas d'utilisation de réserves issues d'apports de capital pour l'émission d'actions gratuites ou l'augmentation gratuite de la valeur nominale.47
7    Si, lors de la vente de droits de participation à une société de capitaux ou une société coopérative qui est cotée dans une bourse suisse et qui les a émis, le remboursement des réserves issues d'apports de capital ne correspond pas au moins à la moitié de l'excédent de liquidation obtenu, la part de cet excédent de liquidation imposable est réduite d'un montant correspondant à la moitié de la différence entre cette part et le remboursement, mais au plus du montant des réserves qui sont imputables à ces droits de participation et qui sont disponibles dans la société.48
8    L'al. 3 ne s'applique aux apports et aux agios qui sont versés pendant la durée d'une marge de fluctuation du capital au sens des art. 653s ss du code des obligations (CO)49 que dans la mesure où ils dépassent les remboursements de réserves dans le cadre de ladite marge de fluctuation du capital.50
lettre c LIFD; art. 21 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
1    Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
a  les intérêts d'avoirs, y compris les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée;
b  les revenus résultant de l'aliénation ou du remboursement d'obligations à intérêt unique prédominant (obligations à intérêt global, obligations à coupon zéro) qui échoient au porteur;
c  les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.). Lorsque des droits de participation sont vendus conformément à l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)41, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, l'excédent de liquidation est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance de l'impôt anticipé prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, LIA); l'al. 1bis est réservé;
d  les revenus provenant de la location, de l'affermage, de l'usufruit ou d'autres droits de jouissance portant sur des choses mobilières ou sur des droits;
e  le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles;
f  les revenus de biens immatériels.
1bis    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 70 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.43
2    Le produit de la vente de droits de souscription ne fait pas partie du rendement de la fortune, à condition que les droits patrimoniaux appartiennent à la fortune privée du contribuable.
3    Le remboursement d'apports, d'agios et de versements supplémentaires (réserves issues d'apports de capital) effectués par les détenteurs des droits de participation après le 31 décembre 1996 est traité de la même manière que le remboursement du capital-actions ou du capital social. L'al. 4 est réservé.44
4    Si, lors du remboursement de réserves issues d'apports de capital conformément à l'al. 3, une société de capitaux ou une société coopérative cotée dans une bourse suisse ne distribue pas d'autres réserves au moins pour un montant équivalent, le remboursement est imposable à hauteur de la moitié de la différence entre le remboursement et la distribution des autres réserves, mais au plus à hauteur du montant des autres réserves pouvant être distribuées en vertu du droit commercial qui sont disponibles dans la société.45
5    L'al. 4 ne s'applique pas aux réserves issues d'apports de capital:
a  qui ont été constituées après le 24 février 2008 dans le cadre de concentrations équivalant économiquement à des fusions, par l'apport de droits de participation ou de droits de sociétariat dans une société de capitaux ou une société coopérative étrangère au sens de l'art. 61, al. 1, let. c, ou lors d'un transfert transfrontalier dans une société de capitaux suisse selon l'art. 61, al. 1, let. d;
b  qui existaient déjà au sein d'une société de capitaux ou d'une société coopérative étrangère au moment d'une fusion ou restructuration transfrontalière au sens de l'art. 61, al. 1, let. b, et al. 3, ou du déplacement du siège ou de l'administration effective après le 24 février 2008;
c  en cas de liquidation de la société de capitaux ou de la société coopérative.46
6    Les al. 4 et 5 s'appliquent par analogie en cas d'utilisation de réserves issues d'apports de capital pour l'émission d'actions gratuites ou l'augmentation gratuite de la valeur nominale.47
7    Si, lors de la vente de droits de participation à une société de capitaux ou une société coopérative qui est cotée dans une bourse suisse et qui les a émis, le remboursement des réserves issues d'apports de capital ne correspond pas au moins à la moitié de l'excédent de liquidation obtenu, la part de cet excédent de liquidation imposable est réduite d'un montant correspondant à la moitié de la différence entre cette part et le remboursement, mais au plus du montant des réserves qui sont imputables à ces droits de participation et qui sont disponibles dans la société.48
8    L'al. 3 ne s'applique aux apports et aux agios qui sont versés pendant la durée d'une marge de fluctuation du capital au sens des art. 653s ss du code des obligations (CO)49 que dans la mesure où ils dépassent les remboursements de réserves dans le cadre de ladite marge de fluctuation du capital.50
lettre c AIFD).

Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 131 II 593 consid. 5 p. 607 ss; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 115 Ib 238).
11.2 Rubrique 1.01.- Le Tribunal administratif a constaté que des sommes pour un montant de 85'776 fr. au total entre 1991 et 1994 n'ont pas été déclarées. Ce montant provenait de redevances que la société I.________ SA versait à J.________, société qualifiée de "virtuelle", dont le compte bancaire était en réalité un compte privé du recourant, et qui le rémunérait pour son rôle d'intermédiaire dans la location d'appareils portables ("bips").

C'est en vain que le recourant expose que J.________ était une raison individuelle inscrite au registre du commerce détenue par un tiers et que la preuve que ces montants n'ont pas été imposés auprès de ce dernier n'aurait pas été apportée. Il suffit en effet de constater que le recourant a bien bénéficié de revenus non déclarés.
11.3 Rubrique 1.02.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant aurait omis de déclarer des honoraires versés par la Clinique C.________ SA (108'572 fr. au total entre 1991 et 1996). C'est en vain que le recourant objecte que ces montants n'ont pas influencé le compte de résultat de C.________ SA. Le traitement fiscal de ces montants dans les comptes de la société ne joue aucun rôle s'agissant de leur imposition comme revenu dans le chapitre du recourant.
11.4 Rubrique 1.03.- Le Tribunal administratif a constaté que des versements pour un montant total de 153'000 fr. ont été déposés en espèces durant l'année 1992 - sans qu'il soit possible de les qualifier d'avancements d'hoirie ou de parts d'héritage - sur des comptes de la banque N.________ ouverts à cette fin aux noms du recourant et de son épouse. Il a ainsi confirmé leur imposition au titre de produits cachés. Le recourant n'oppose à ces faits que de simples dénégations sans apporter de preuve de ce qu'il soutient.
11.5 Rubrique 2.01/1.- Le Tribunal administratif a constaté qu'en 1992, la Clinique C.________ SA a versé au recourant un montant mensuel d'honoraires de 25'000 fr sur le compte du cabinet médical, à l'exception d'un versement ayant trait au mois de décembre, qui a été versé le 8 janvier 1993 sur un compte privé de ce dernier. Il a jugé avec raison que ce montant n'avait pas été déclaré et qu'il devait être imposé pour l'année de calcul 1992. Le recourant se borne en vain sur ce point à qualifier d'insolite l'appréciation de l'autorité fiscale et du Tribunal administratif, considérant que, faute d'avoir accès à la comptabilité de la société, il lui est impossible d'apporter des justifications. Il n'y avait pas lieu toutefois de réserver un traitement fiscal différent au versement du mois de décembre 1992, à moins que le recourant prouve qu'il ne s'agissait pas d'honoraires, ce qu'il n'a pas fait. Pareille preuve ne dépend nullement de la production de la comptabilité de la société en cause.
11.6 Rubrique 2.01/5.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait admis lors de son audition du 22 mai 2000 qu'un montant de 4'000 fr. concernant la revue "K.________", dont il était le rédacteur, n'avait pas été déclaré, malgré son virement sur un compte privé après avoir transité par un compte bancaire ouvert au nom de A.________ SA. C'est en vain que le recourant se borne à affirmer que le produit des abonnements aurait été versé sur le compte bancaire de A.________ SA - ce que le Tribunal administratif a notamment retenu - du moment que le montant de 4'000 fr. a bien ensuite été versé sur son compte privé.
11.7 Rubrique 2.01/2 et 2.03/1.- Le Tribunal administratif a constaté que Y.________ a utilisé une Mercedes 300 TE dont les frais de leasing (12'900 fr. en 1992) étaient payés par la Clinique C.________ SA. Il a également constaté que les frais d'entretien (Garage L.________ SA) et d'assurances (M.________ assurance SA) de cette voiture ont été pris en charge par B.________ SA (5'660 fr. pour 1991 et 1992). Il a jugé à bon droit qu'il s'agissait de prestations appréciables en argent en faveur d'un proche du recourant en se fondant sur les déclarations de la séance du 22 mai 2000 (cf. consid. 8 ci-dessus).
11.8 Rubrique 2.01/6.- Le Tribunal administratif a constaté qu'une facture des éditions O.________ concernant la brochure "P.________" éditée par le recourant dans le cadre de sa campagne politique pour accéder au Conseil d'Etat du canton de Vaud a été payée par C.________ SA et jugé avec raison qu'il s'agissait au moins en partie d'une prestation à l'actionnaire qui devait être reprise pour un montant de 3'000 fr. L'action politique du recourant relevant de ses dépenses privées, ses critiques sont inopérantes.
11.9 Rubrique 2.02/1.- Le Tribunal administratif a retenu qu'en 1992, A.________ SA aurait versé un montant de 130'000 fr. (13 fois 10'000 fr.) qui a été remboursé à A.________ SA à hauteur de 120'000 fr., de sorte que la différence de 10'000 fr., non déclarée, devait être imposée. Le recourant ne conteste pas les montants. L'autorité fiscale ayant suffisamment démontré l'existence du montant litigieux, il appartenait au recourant, contrairement à ce qu'il affirme, d'expliquer l'opération et ce qu'il était advenu de ce montant, ce qu'il n'a pas fait. Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif en a confirmé l'imposition.
12.
Le recourant se plaint que le Tribunal administratif ait confirmé la reprise de dépenses dont l'Administration cantonale des impôts considérait qu'elles n'étaient pas justifiées commercialement.
12.1 D'après l'art. 27 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
et 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
lettre b LIFD (22 al. 1 lettres a et c AIFD), les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses encourues pour l'entretien et l'amortissement de biens acquis par l'entrepreneur qui servent à son entretien ou à son propre plaisir ou à celui de sa famille. Dans ce cas, l'entrepreneur grève indûment le compte de résultats de son activité lucrative de dépenses privées qui comprennent des frais de représentation (arrêt 2P.153/2002 du 29 novembre 2002 in StE 2003 B 72.14.2 n° 31 consid. 3.2; arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Archives 63 p. 208 consid. 2a 212 s.; Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum
Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zurich 1995, ch. 4 ad art. 26; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, Zurich 1995, p. 245).

Selon un principe généralement admis en matière fiscale, il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Revue fiscale 54 118 consid. 9a p. 126; ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266 et les arrêts cités). Il s'ensuit qu'il incombe à l'entrepreneur de prouver que ses charges sont justifiées par l'usage commercial et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (Archives 68, 746 consid. 2b p. 749/750 et les références citées).
12.2 Rubrique 1.04.- D.________ SA, dont le recourant était actionnaire majoritaire et créancier pour un montant de 62'400 fr., lui a facturé le 15 décembre 1993 un montant de 60'000 fr. comme "participation au service des gardes sanitaires à la Centrale de permanence". Le recourant n'ayant pas démontré que ce montant correspondait à une contre-prestation plausible, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a admis qu'il avait fait un abandon de créance sans justification, de sorte que ce montant devait être ajouté à son bénéfice commercial. Que ce montant ait ou non été repris au titre de bénéfice imposable au sein de la société n'influence nullement le sort de celui-ci dans le chapitre du recourant.
12.3 Rubriques 1.05, 1.06 1.07 et 1.09.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait passé en charge de ses comptes des achats de tableau (11'500 fr. en 1991, 15'000 fr. pour 1992 et 11'500 fr. pour 1993), un abonnement aux services d'une entreprise de déménagement de meubles d'une durée de trois ans (1'122 fr. en 1991, 1'386 fr. en 1992 et 736 fr. en 1993), des lunettes (806 fr. en 1992), les frais de fiduciaire pour l'établissement de sa déclaration fiscale privée (2'800 fr. en 1993), d'autres frais (que ceux déjà examinés sous le consid. 10.8 ci-dessus) pour la publication de la revue "P.________" (6'771 fr.) et une cotisation aux Editions O.________ (1'000 fr. en 1994).

Le Tribunal administratif a jugé avec raison que de telles dépenses ne pouvaient être considérées comme des frais justifiés par l'usage commercial et par conséquent déductibles. En effet, le caractère privé de ces dépenses ne pouvait échapper au recourant. En particulier, le recourant n'a pas établi que les verres de ses lunettes avaient été étudiés spécialement dans le but d'opérer. Les factures relatives à l'abonnement de déménagement portent son adresse privée. Les dépenses relatives aux activités politiques et les publications y afférent relèvent des dépenses privées pour une part au moins, ce que le Tribunal administratif a reconnu à bon droit en confirmant une reprise limitée de 3'300 fr. sur les frais de publication de la revue "P.________" S'agissant des tableaux, c'est en vain que le recourant affirme que les conditions pour procéder au rappel de l'impôt sur ces montants ne seraient pas réalisées. L'Administration cantonale des impôts pouvait se fier aux déclarations du recourant et n'était pas tenue d'examiner la composition du poste global inscrit par ce dernier dans le "tableau des amortissements" sous "achats ou dépenses d'investissement" des exercices 1991 et 1992 dans le "questionnaire général pour médecins" aux
fins de s'assurer qu'il ne recelait pas de dépenses d'ordre privé.

II. Impôts cantonal et communal
13.
13.1 Déposé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est recevable au regard des art. 84 ss
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
OJ. En tant qu'il demande l'annulation complète de l'arrêt du 12 juin 2006 qui porte également sur l'impôt fédéral direct, il est en revanche irrecevable.
13.2 En vertu de l'art. 90 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
lettre b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261). En outre, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst., l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 128 I 295 consid. 7a p. 312; 125 I 492 consid. 1b p. 495 et la jurisprudence citée).

C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciés les moyens soulevés par le recourant.
14.
Le recourant se plaint de la violation de la garantie d'impartialité ancrée dans les art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. et 6 CEDH. A son avis, cette garantie constitutionnelle exigeait que l'instruction de la procédure de réclamation prévue par l'art. 132
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1).
3    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
LIFD ne soit confiée ni à l'autorité inférieure ni à quiconque avait participé à l'élaboration de la décision attaquée.
14.1 L'art. 6
IR 0.101 Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH)
CEDH Art. 6 Droit à un procès équitable - 1. Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice.
1    Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice.
2    Toute personne accusée d'une infraction est présumée innocente jusqu'à ce que sa culpabilité ait été légalement établie.
3    Tout accusé a droit notamment à:
a  être informé, dans le plus court délai, dans une langue qu'il comprend et d'une manière détaillée, de la nature et de la cause de l'accusation portée contre lui;
b  disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense;
c  se défendre lui-même ou avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent;
d  interroger ou faire interroger les témoins à charge et obtenir la convocation et l'interrogation des témoins à décharge dans les mêmes conditions que les témoins à charge;
e  se faire assister gratuitement d'un interprète, s'il ne comprend pas ou ne parle pas la langue employée à l'audience.
CEDH ne trouve pas d'application en l'espèce (cf. ci-dessus consid. 5.1). L'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Le droit à la composition impartiale d'une autorité judiciaire en revanche est garanti par l'art. 30
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 30 Garanties de procédure judiciaire - 1 Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits.
1    Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits.
2    La personne qui fait l'objet d'une action civile a droit à ce que sa cause soit portée devant le tribunal de son domicile. La loi peut prévoir un autre for.
3    L'audience et le prononcé du jugement sont publics. La loi peut prévoir des exceptions.
Cst. qui ne concerne que les procédures judiciaires (Pascal Mahon, Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, Schulthess 2003, n° 1 ss ad art 29
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
et n° 1 ad art. 30
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 30 Garanties de procédure judiciaire - 1 Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits.
1    Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits.
2    La personne qui fait l'objet d'une action civile a droit à ce que sa cause soit portée devant le tribunal de son domicile. La loi peut prévoir un autre for.
3    L'audience et le prononcé du jugement sont publics. La loi peut prévoir des exceptions.
Cst.).
14.2 D'après la jurisprudence, la réclamation est une voie de droit ordinaire dont la particularité est de confier le réexamen à l'autorité qui a rendu la décision et non pas à une autorité supérieure. La procédure de réclamation est instaurée pour des motifs d'économie de procédure et tend à décharger la juridiction administrative. En principe gratuite, elle permet au contribuable de signaler à l'autorité de taxation des imprécisions et des erreurs afin que celle-ci puisse procéder à leur rectification. La procédure de réclamation fait partie de la procédure de taxation. La décision sur réclamation, qui confirme ou modifie la première décision, constitue une nouvelle décision de taxation, puisqu'en principe, l'autorité de réclamation dispose des mêmes droits et obligations que l'autorité de taxation (arrêt A.335/1976 du 17 février 1978, in Archives 47, p. 541, consid. 7 p. 545; cf. en outre Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Thèse Berne 1995, p. 91 s.).

Dans ces conditions, la composition de l'autorité de réclamation par définition identique à celle de l'autorité de taxation n'est pas contraire à l'art. 29
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. L'art. 30
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 30 Garanties de procédure judiciaire - 1 Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits.
1    Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits.
2    La personne qui fait l'objet d'une action civile a droit à ce que sa cause soit portée devant le tribunal de son domicile. La loi peut prévoir un autre for.
3    L'audience et le prononcé du jugement sont publics. La loi peut prévoir des exceptions.
Cst. n'est par ailleurs pas applicable en raison de l'appartenance de la procédure de réclamation à la procédure de taxation et non à celle de la juridiction administrative.
14.3 Les autres griefs, en particulier relatifs à la violation du droit d'être entendu et à l'appréciation des preuves, doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 4 ss). En effet, l'art. 161 LI/VD, dont la teneur est pratiquement identique à celle de l'art. 114
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 114 Consultation du dossier - 1 Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
1    Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
2    Le contribuable peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose.218
3    Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres moyens de preuve.
4    L'autorité qui refuse au contribuable le droit de consulter son dossier confirme, à la demande de celui-ci, son refus par une décision susceptible de recours.
LIFD, ne lui confère pas un droit de consulter le dossier plus étendu que celle qui résulte de l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.
15.
Sur le fond, le recourant expose des griefs de nature appellatoire, identiques à ceux qu'il a formulés dans son recours de droit administratif. Dans la mesure où, contrairement aux exigences de l'art. 90
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
OJ, il n'indique pas quelles dispositions du droit cantonal vaudois il entend invoquer ni en quoi elles auraient, le cas échéant, été appliquées de manière contraire à un droit ou une garantie constitutionnels par le Tribunal administratif, son recours doit être déclaré irrecevable.

A supposer qu'au regard de l'art. 90
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
OJ, le fait de compléter le mémoire de recours de droit administratif aux fins de déposer un recours de droit public en ajoutant uniquement les termes "23 lit. c aLI" et "20 al. 3 LI" constitue une motivation suffisante du grief relatif au refus de déduire les pertes subies lors de la vente des participations dans les sociétés en cause, le grief devrait quoi qu'il en soit être rejeté pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 9).
16.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours de droit administratif ainsi qu'à celui du recours de droit public dans la mesure où ils sont recevables.

Succombant, les recourants supportent les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 156 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
OJ) et n'ont pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2A.429/2006 et 2P.185/2006 sont jointes.
2.
Le recours de droit administratif 2A.429/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recours de droit public 2P.185/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.
Un émolument de justice de 15'000 fr. est mis à la charge de X.________ et Y.________, solidairement entre eux.
5.
Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire des recourants, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 27 novembre 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier:
Information de décision   •   DEFRITEN
Document : 2P.185/2006
Date : 27 novembre 2006
Publié : 15 décembre 2006
Source : Tribunal fédéral
Statut : Non publié
Domaine : Finances publiques et droit fiscal
Objet : périodes de taxation 1993-1994 à 1997-1998; impôt fédéral direct


Répertoire des lois
AIN: 21  22  89  129
CEDH: 6
IR 0.101 Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH)
CEDH Art. 6 Droit à un procès équitable - 1. Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice.
1    Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice.
2    Toute personne accusée d'une infraction est présumée innocente jusqu'à ce que sa culpabilité ait été légalement établie.
3    Tout accusé a droit notamment à:
a  être informé, dans le plus court délai, dans une langue qu'il comprend et d'une manière détaillée, de la nature et de la cause de l'accusation portée contre lui;
b  disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense;
c  se défendre lui-même ou avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent;
d  interroger ou faire interroger les témoins à charge et obtenir la convocation et l'interrogation des témoins à décharge dans les mêmes conditions que les témoins à charge;
e  se faire assister gratuitement d'un interprète, s'il ne comprend pas ou ne parle pas la langue employée à l'audience.
Cst: 9 
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
29 
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
30 
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 30 Garanties de procédure judiciaire - 1 Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits.
1    Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits.
2    La personne qui fait l'objet d'une action civile a droit à ce que sa cause soit portée devant le tribunal de son domicile. La loi peut prévoir un autre for.
3    L'audience et le prononcé du jugement sont publics. La loi peut prévoir des exceptions.
191
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 191 Accès au Tribunal fédéral - 1 La loi garantit l'accès au Tribunal fédéral.
1    La loi garantit l'accès au Tribunal fédéral.
2    Elle peut prévoir une valeur litigieuse minimale pour les contestations qui ne portent pas sur une question juridique de principe.
3    Elle peut exclure l'accès au Tribunal fédéral dans des domaines déterminés.
4    Elle peut prévoir une procédure simplifiée pour les recours manifestement infondés.
LHID: 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LIFD: 18 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
20 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
1    Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier:
a  les intérêts d'avoirs, y compris les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée;
b  les revenus résultant de l'aliénation ou du remboursement d'obligations à intérêt unique prédominant (obligations à intérêt global, obligations à coupon zéro) qui échoient au porteur;
c  les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.). Lorsque des droits de participation sont vendus conformément à l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)41, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, l'excédent de liquidation est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance de l'impôt anticipé prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, LIA); l'al. 1bis est réservé;
d  les revenus provenant de la location, de l'affermage, de l'usufruit ou d'autres droits de jouissance portant sur des choses mobilières ou sur des droits;
e  le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles;
f  les revenus de biens immatériels.
1bis    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 70 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.43
2    Le produit de la vente de droits de souscription ne fait pas partie du rendement de la fortune, à condition que les droits patrimoniaux appartiennent à la fortune privée du contribuable.
3    Le remboursement d'apports, d'agios et de versements supplémentaires (réserves issues d'apports de capital) effectués par les détenteurs des droits de participation après le 31 décembre 1996 est traité de la même manière que le remboursement du capital-actions ou du capital social. L'al. 4 est réservé.44
4    Si, lors du remboursement de réserves issues d'apports de capital conformément à l'al. 3, une société de capitaux ou une société coopérative cotée dans une bourse suisse ne distribue pas d'autres réserves au moins pour un montant équivalent, le remboursement est imposable à hauteur de la moitié de la différence entre le remboursement et la distribution des autres réserves, mais au plus à hauteur du montant des autres réserves pouvant être distribuées en vertu du droit commercial qui sont disponibles dans la société.45
5    L'al. 4 ne s'applique pas aux réserves issues d'apports de capital:
a  qui ont été constituées après le 24 février 2008 dans le cadre de concentrations équivalant économiquement à des fusions, par l'apport de droits de participation ou de droits de sociétariat dans une société de capitaux ou une société coopérative étrangère au sens de l'art. 61, al. 1, let. c, ou lors d'un transfert transfrontalier dans une société de capitaux suisse selon l'art. 61, al. 1, let. d;
b  qui existaient déjà au sein d'une société de capitaux ou d'une société coopérative étrangère au moment d'une fusion ou restructuration transfrontalière au sens de l'art. 61, al. 1, let. b, et al. 3, ou du déplacement du siège ou de l'administration effective après le 24 février 2008;
c  en cas de liquidation de la société de capitaux ou de la société coopérative.46
6    Les al. 4 et 5 s'appliquent par analogie en cas d'utilisation de réserves issues d'apports de capital pour l'émission d'actions gratuites ou l'augmentation gratuite de la valeur nominale.47
7    Si, lors de la vente de droits de participation à une société de capitaux ou une société coopérative qui est cotée dans une bourse suisse et qui les a émis, le remboursement des réserves issues d'apports de capital ne correspond pas au moins à la moitié de l'excédent de liquidation obtenu, la part de cet excédent de liquidation imposable est réduite d'un montant correspondant à la moitié de la différence entre cette part et le remboursement, mais au plus du montant des réserves qui sont imputables à ces droits de participation et qui sont disponibles dans la société.48
8    L'al. 3 ne s'applique aux apports et aux agios qui sont versés pendant la durée d'une marge de fluctuation du capital au sens des art. 653s ss du code des obligations (CO)49 que dans la mesure où ils dépassent les remboursements de réserves dans le cadre de ladite marge de fluctuation du capital.50
27 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
104 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 104 - 1 L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct dirige et surveille l'exécution de la présente loi. Elle veille à son application uniforme. L'art. 103, al. 1, est applicable par analogie.
1    L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct dirige et surveille l'exécution de la présente loi. Elle veille à son application uniforme. L'art. 103, al. 1, est applicable par analogie.
2    Pour la taxation des personnes morales, chaque canton désigne un service unique.
3    Chaque canton institue une commission cantonale de recours en matière d'impôt.
4    L'organisation des autorités cantonales d'exécution est régie par le droit cantonal, à moins que le droit fédéral en dispose autrement. Lorsqu'un canton ne peut prendre à temps les mesures nécessaires, le Conseil fédéral arrête provisoirement les dispositions utiles.
110 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 110 Secret fiscal - 1 Les personnes chargées de l'application de la présente loi ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux.
1    Les personnes chargées de l'application de la présente loi ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux.
2    Des renseignements peuvent être communiqués dans la mesure où une base légale de droit fédéral le prévoit expressément.
114 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 114 Consultation du dossier - 1 Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
1    Le contribuable a le droit de consulter les pièces du dossier qu'il a produites ou signées. Les époux qui doivent être taxés conjointement ont un droit de consultation réciproque.217
2    Le contribuable peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose.218
3    Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres moyens de preuve.
4    L'autorité qui refuse au contribuable le droit de consulter son dossier confirme, à la demande de celui-ci, son refus par une décision susceptible de recours.
115 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 115 Offre de preuves - Les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation.
123 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
125 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
132 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1).
3    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
134 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 134 Compétences des autorités fiscales - 1 L'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'AFC jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation.
1    L'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'AFC jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation.
2    Aucune suite n'est donnée au retrait de la réclamation s'il apparaît, au vu des circonstances, que la taxation était inexacte. En outre, la procédure de réclamation ne peut être close sans l'assentiment de toutes les autorités fiscales qui sont intervenues dans la procédure de taxation.
135 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 135 Décision - 1 L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
1    L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
2    La décision est motivée et notifiée au contribuable ainsi qu'à l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle est également communiquée à l'AFC lorsque celle-ci est intervenue dans la taxation ou a demandé que la décision sur réclamation lui soit communiquée (art. 103, al. 1).
3    La procédure de réclamation est gratuite. Toutefois, l'art. 123, al. 2, dernière phrase est applicable par analogie.
146 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
OJ: 84  90  97  104  105  114  156
Répertoire ATF
100-IA-119 • 101-IA-298 • 112-IA-369 • 115-IB-238 • 116-IA-85 • 116-IA-94 • 118-IA-17 • 118-IA-28 • 118-IB-111 • 119-IB-116 • 120-IA-31 • 121-II-257 • 124-I-274 • 124-II-132 • 125-I-127 • 125-I-492 • 126-I-7 • 126-V-252 • 127-III-576 • 127-V-431 • 128-I-295 • 128-II-56 • 129-I-8 • 129-II-183 • 130-I-258 • 130-I-312 • 130-II-65 • 130-III-707 • 131-II-361 • 131-II-593 • 131-III-182 • 132-I-140 • 132-I-29 • 132-I-42 • 132-II-21 • 132-II-257 • 98-IA-140
Weitere Urteile ab 2000
2A.272/2003 • 2A.429/2006 • 2A.461/2001 • 2P.153/2002 • 2P.185/2006
Répertoire de mots-clés
Trié par fréquence ou alphabet
1995 • aa • abonnement • accès • acte de recours • actionnaire majoritaire • activité lucrative • activité lucrative dépendante • activité lucrative indépendante • administration des preuves • allaitement • ambulance • application du droit • appréciation anticipée des preuves • appréciation des preuves • argent • astreinte • augmentation • autonomie • autorisation ou approbation • autorité de recours • autorité fiscale • autorité inférieure • autorité judiciaire • avancement d'hoirie • avis • bilan • brochure • but économique • bénéfice • cabinet médical • calcul • cedh • chose jugée • circulaire • communication • composition de l'autorité • compte bancaire • condition • confédération • conseil d'administration • conseil d'état • constatation des faits • constitution fédérale • constitutionnalité • construction annexe • consultation du dossier • contre-prestation • convention européenne • d'office • demande • dernière instance • diligence • directeur • distribution dissimulée de bénéfices • droit cantonal • droit commercial • droit constitutionnel • droit d'être entendu • droit fiscal • droit fondamental • droit fédéral • droit public • décision • décision de taxation • décision finale • décision incidente • décision partielle • déclaration • décompte • défaut de la chose • délai raisonnable • dépense d'investissement • effet • enquête pénale • examinateur • fausse indication • fortune commerciale • fortune mobilière • fortune privée • frais d'entretien • frais judiciaires • gestion des forêts • greffier • groupe de sociétés • impôt cantonal et communal • impôt fédéral direct • incombance • information • interdiction de l'arbitraire • intérêt juridique • intérêt public • jour déterminant • juge d'instruction pénale • juge délégué à l'instruction • lausanne • lettre • lien de causalité • loi fédérale sur l'impôt fédéral direct • masse en faillite • membre d'une communauté religieuse • mesure d'instruction • mois • moyen de preuve • nullité • offre de preuve • opportunité • opposition • ordonnance administrative • part de bénéfice • perception de l'impôt • personne morale • personne physique • perte • pièce comptable • pièce justificative • plaignant • plainte pénale • pouvoir d'appréciation • pouvoir d'examen • pouvoir d'examen libre • premiers secours • prestation appréciable en argent • prestation en argent • principe juridique • procès-verbal • procédure civile • procédure d'appel • procédure de taxation • procédure fiscale • procédure préparatoire • procédure pénale • profession libérale • périodique • raison individuelle • recours de droit administratif • recours de droit public • registre du commerce • registre public • révision • salaire • secret fiscal • situation juridique • société fiduciaire • soustraction d'impôt • suisse • suppression de titres • taxation d'office • titre • tombe • tribunal administratif • tribunal fédéral • usage commercial • vaud • vente • vice de procédure • viol • violation du droit • virement • voie de droit • vue
Journal Archives
ASA 68,746