Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-481/2021

Arrêt du 9 août 2021

Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),

Composition Jürg Marcel Tiefenthal, Maurizio Greppi, juges,

Julien Delaye, greffier.

A._______ SA,
représentée par Maître R._______,
Parties Etude S._______ & R._______,

recourante,

contre

Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA,

Acquisitions et Ventes, Région ouest,

représentée par Maître Benoît Carron,

intimée,

Commission fédérale d'estimation du
1erarrondissement,

autorité inférieure.

Objet indemnité consécutive à une expropriation.

Faits :

A.
La société A._______ SA (ci-après : l'expropriée) est propriétaire de la parcelle no (1), sise sur la commune de Genève-[...] (ci-après : la parcelle no [1]), d'une surface totale de (...) m2.

Sur la parcelle, se trouve un immeuble, occupant, au sol, une surface de (...) m2. L'immeuble, situé (...), abrite plusieurs appartements, ainsi qu'un sous-sol. L'ensemble de la parcelle se trouve en zone 2.

B.

B.a
Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : l'expropriante) et la République et Canton de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des Transports (ci-après : l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (ci-après : CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol et, à l'exception de deux ponts à construire, des aménagements des lignes existantes.

B.b Par mémoire du 10 octobre 2006, l'expropriée s'est opposée à la demande d'approbation des plans pour le projet CEVA et a conclu à ce que l'expropriante soit condamnée à lui verser une indemnité de [ 500'000] francs, pour la constitution, sur la parcelle no [1], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.

B.c Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé, avec charges, les plans du CEVA. La décision de l'OFT accorde à l'expropriante le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprises et les tableaux des droits à exproprier. Elle prescrit que les demandes d'indemnités présentées au cours de la mise à l'enquête seront transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (ci-après : la CFE 1).

B.d Les recours interjetés contre cette décision ont été rejetés par le Tribunal administratif fédéral qui a, par arrêt A-3713/2008 du 15 juin 2011, confirmé l'approbation des plans du CEVA. Les recours au Tribunal fédéral ont été rejetés en date du 15 mars 2012.

C.

C.a Le 24 mai 2019, l'expropriante a saisi la CFE 1 d'une procédure visant à estimer le montant de l'indemnité due à l'expropriée pour la constitution, sur la parcelle no [1], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.

C.b Par convocation du 11 septembre 2019, adressée à Me S.______, la CFE 1 a cité l'expropriée à comparaître.

C.c Le 9 octobre 2019, la CFE 1 a tenu une audience de comparution des parties, lors de laquelle l'expropriée, par l'intermédiaire de Me S._______, a déclaré qu'elle souhaitait être indemnisée du fait des inscriptions requises par l'expropriante.

C.d Par ordonnance du 31 janvier 2020, adressée à Me S._______, la CFE 1 a fixé un délai au 30 mars 2020 à l'expropriée pour se déterminer sur la requête, formuler des conclusions chiffrées et produire toutes pièces utiles.

C.e Par ordonnance du 9 octobre 2020, toujours adressée à Me S._______, la CFE 1 a constaté qu'aucune détermination n'avait été déposée par l'expropriée et a gardé la cause à juger.

D.
Par décision du 10 décembre 2020, la CFE 1 a constaté que l'inscription des servitudes requises par l'expropriante ne donnait droit à aucune indemnisation, mis les frais de la procédure à la charge de l'expropriante et renoncé à octroyer des dépens. Elle relève que l'expropriée n'a pas pris de conclusions, alors qu'elle a été invitée à le faire, et que, l'aurait-elle fait, son absence de collaboration devait être interprétée comme une renonciation. La décision a été adressée à Me S._______ le 18 décembre 2020 et distribuée le 21 décembre 2020.

E.
L'expropriée (ci-après également : la recourante) a formé recours, le 1er février 2021, contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la décision attaquée soit annulée et à ce que la cause soit renvoyée à la CFE 1 (ci-après également : l'autorité inférieure) pour nouvelle instruction.

Subsidiairement, elle conclut à ce que l'expropriante (ci-après également : l'intimée) soit condamnée à lui verser une indemnité d'au minimum 30 % de la valeur vénale de la parcelle, mais, en tout état de cause, d'au minimum [ 500'000] francs. Elle sollicite qu'une expertise soit ordonnée à cette fin.

F.
Le 23 mars 2021, l'autorité inférieure a renoncé à prendre position sur le recours et renvoyé, au surplus, aux considérants de la décision attaquée.

G.
Par mémoire du 19 avril 2021, l'intimée a conclu au rejet du recours et à ce que les frais de la procédure de recours soient mis à la charge de la recourante.

H.
En date du 27 mai 2021, la recourante a persisté intégralement dans les conclusions prises dans le cadre de son recours.

Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela s'avère nécessaire.

Droit :

1.

1.1 Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur les présents recours (art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
, 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
, 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
let. f de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021] et art. 77 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 77 - 1 La décision de la commission d'estimation peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
1    La décision de la commission d'estimation peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
2    À moins que la présente loi n'en dispose autrement, la procédure est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral90.
3    De nouvelles conclusions sont recevables dans la procédure devant le Tribunal administratif fédéral contre des décisions relatives à la fixation de l'indemnité s'il est établi qu'elles ne pouvaient être prises devant la commission.
de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711]).

1.2 La qualité pour recourir doit être reconnue à la recourante (art. 48 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
PA, en lien avec 78 al. 1 LEx). En outre, il importe peu, à ce stade, de déterminer si la décision attaquée a été ou non valablement notifiée, en tant que le délai de recours et les autres conditions de recevabilité sont, en tout état de cause, respectés (art. 11 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
, 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
, 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
et 63 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA).

1.3 Le recours est par conséquent recevable.

2.
Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, ainsi que pour inopportunité, sauf si une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (art. 49
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA).

2.1 Le Tribunal administratif fédéral fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (cf. ATF 131 II 680 consid. 2.3.3. ; arrêt du TAF A-379/2016 du 8 septembre 2016 consid. 2.2).

2.2 La procédure fédérale est essentiellement régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que l'autorité administrative constate les faits d'office et procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens idoines (art. 12
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 12 - L'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens ci-après:
a  documents;
b  renseignements des parties;
c  renseignements ou témoignages de tiers;
d  visite des lieux;
e  expertises.
PA). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (art. 13
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 13 - 1 Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
1    Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
a  dans une procédure qu'elles introduisent elles-mêmes;
b  dans une autre procédure, en tant qu'elles y prennent des conclusions indépendantes;
c  en tant qu'une autre loi fédérale leur impose une obligation plus étendue de renseigner ou de révéler.
1bis    L'obligation de collaborer ne s'étend pas à la remise d'objets et de documents concernant des contacts entre une partie et son avocat, si celui-ci est autorisé à pratiquer la représentation en justice en vertu de la loi du 23 juin 2000 sur les avocats34.35
2    L'autorité peut déclarer irrecevables les conclusions prises dans une procédure au sens de l'al. 1, let. a ou b, lorsque les parties refusent de prêter le concours nécessaire qu'on peut attendre d'elles.
PA ; cf. Clémence Grisel, L'obligation de collaborer des parties en procédure administrative, 2008, no 142). La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est également régie par la maxime inquisitoire en vertu de l'art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF. Celle-ci est cependant quelque peu tempérée, notamment en raison du fait qu'il ne s'agit, dans ce cas, pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure. Dans ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de vérifier d'office les faits constatés par l'autorité inférieure plus que de les établir (cf. arrêts du TAF A-2600/2018 du 1er mai 2021 consid. 2.2, A-6912/2017 du 18 mars 2021 consid. 2.2 et A-6933/2017 du 18 mars 2021 consid. 2.2).

2.3 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 62 - 1 L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
1    L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
2    Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
3    Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
4    Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. ANDRÉ MOSER/BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, no 2.165). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2.).

2.4 Selon l'art. 61 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 61 - 1 L'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
1    L'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
2    La décision sur recours contient un résumé des faits essentiels, des considérants et le dispositif.
3    Elle est communiquée aux parties et à l'autorité inférieure.
PA, l'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure. Pour des raisons d'économie de procédure et essentiellement afin que la procédure ne soit pas prolongée inutilement, le recours au Tribunal administratif fédéral est en principe réformatoire (cf. MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., no 3.191 ; Philippe Weissenberger / Astrid Hirzel, Praxiskommentar VwVG, 2e éd. 2016, art. 61
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 61 - 1 L'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
1    L'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
2    La décision sur recours contient un résumé des faits essentiels, des considérants et le dispositif.
3    Elle est communiquée aux parties et à l'autorité inférieure.
PA no 10). D'une manière générale, l'art. 61 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 61 - 1 L'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
1    L'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
2    La décision sur recours contient un résumé des faits essentiels, des considérants et le dispositif.
3    Elle est communiquée aux parties et à l'autorité inférieure.
PA confère néanmoins un large pouvoir d'appréciation à l'autorité de recours, qui doit notamment veiller à ce qu'une décision réformatoire ne limite pas de manière inadmissible le nombre d'instances de recours (cf. Weissenberger/Hirzel, op. cit., art. 61
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 61 - 1 L'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
1    L'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
2    La décision sur recours contient un résumé des faits essentiels, des considérants et le dispositif.
3    Elle est communiquée aux parties et à l'autorité inférieure.
PA no 15 et 17). Par ailleurs, l'autorité de recours ne saurait statuer elle-même sur l'affaire lorsque des questions pertinentes doivent être tranchées pour la première fois et que l'autorité inférieure dispose d'un certain pouvoir d'appréciation (cf. ATAF 2010/46 consid. 4).

3.
La loi fédérale sur l'expropriation régit l'exercice du droit d'expropriation pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale (art. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 1 - 1 Le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale.
1    Le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale.
2    Il ne peut s'exercer que dans la mesure nécessaire pour atteindre le but poursuivi.
LEx). La Confédération peut exercer elle-même le droit d'expropriation ou le conférer à des tiers (art. 2
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 2 - La Confédération peut exercer elle-même le droit d'expropriation ou le conférer à des tiers.
LEx).

3.1 La procédure d'expropriation doit être conduite en combinaison avec la procédure d'approbation des plans visant l'ouvrage qui justifie l'expropriation. Elle doit être conduite comme une procédure autonome lorsque la loi ne prévoit pas de procédure d'approbation des plans (art. 27
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 27 - La procédure d'expropriation doit être conduite en combinaison avec la procédure d'approbation des plans visant l'ouvrage qui justifie l'expropriation. Elle doit être conduite comme une procédure autonome lorsque la loi ne prévoit pas de procédure d'approbation des plans.
LEx).

Les demandes d'indemnité d'expropriation doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours (art. 33 al. 1 let. e
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 33 - 1 Les demandes suivantes doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours:
1    Les demandes suivantes doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours:
a  les oppositions à l'expropriation;
b  les demandes fondées sur les art. 7 à 10;
c  les demandes de réparation en nature (art. 18);
d  les demandes d'extension de l'expropriation (art. 12);
e  les demandes d'indemnité d'expropriation.
2    Les locataires et les fermiers, ainsi que les bénéficiaires de servitudes et de droits personnels annotés (art. 23 et 24, al. 2), sont également tenus de produire leurs prétentions dans le délai d'opposition prévu. Sont exceptés les droits de gage et les charges foncières grevant un immeuble dont l'expropriation est requise, ainsi que les droits d'usufruit, sauf pour le dommage que l'usufruitier prétend subir du fait de la privation de la chose soumise à son droit (art. 24).
3    Les demandes d'indemnité d'expropriation visées aux al. 1, let. e, et 2, doivent être structurées conformément à l'art. 19 et, dans la mesure du possible, être chiffrées. Elles peuvent être précisées ultérieurement dans le cadre de la procédure de conciliation.
4    Lorsque les ayants droit n'ont pas produit leurs prétentions, la commission d'estimation les estime pour autant qu'elles soient notoires ou qu'elles ressortent du tableau des droits expropriés.
LEx). Elles doivent être structurées conformément à l'art. 19
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 19 - Doivent être pris en considération, pour la fixation de l'indemnité, tous préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits. En conséquence, l'indemnité comprend:
a  la pleine valeur vénale du droit exproprié;
abis  pour les terrains cultivables entrant dans le champ d'application de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR)13, trois fois le prix maximal déterminé selon l'art. 66, al. 1, LDFR;
b  en outre, en cas d'expropriation partielle d'un immeuble ou de plusieurs immeubles dépendant économiquement les uns des autres, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante;
c  le montant de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation.
LEx et, dans la mesure du possible, être chiffrées. Elles peuvent être précisées ultérieurement dans le cadre de la procédure de conciliation (art. 33 al. 3
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 33 - 1 Les demandes suivantes doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours:
1    Les demandes suivantes doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours:
a  les oppositions à l'expropriation;
b  les demandes fondées sur les art. 7 à 10;
c  les demandes de réparation en nature (art. 18);
d  les demandes d'extension de l'expropriation (art. 12);
e  les demandes d'indemnité d'expropriation.
2    Les locataires et les fermiers, ainsi que les bénéficiaires de servitudes et de droits personnels annotés (art. 23 et 24, al. 2), sont également tenus de produire leurs prétentions dans le délai d'opposition prévu. Sont exceptés les droits de gage et les charges foncières grevant un immeuble dont l'expropriation est requise, ainsi que les droits d'usufruit, sauf pour le dommage que l'usufruitier prétend subir du fait de la privation de la chose soumise à son droit (art. 24).
3    Les demandes d'indemnité d'expropriation visées aux al. 1, let. e, et 2, doivent être structurées conformément à l'art. 19 et, dans la mesure du possible, être chiffrées. Elles peuvent être précisées ultérieurement dans le cadre de la procédure de conciliation.
4    Lorsque les ayants droit n'ont pas produit leurs prétentions, la commission d'estimation les estime pour autant qu'elles soient notoires ou qu'elles ressortent du tableau des droits expropriés.
LEx). Lorsque les ayants droit n'ont pas produit leurs prétentions, la commission d'estimation les estime pour autant qu'elles soient notoires ou qu'elles ressortent du tableau des droits expropriés (art. 33 al. 4
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 33 - 1 Les demandes suivantes doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours:
1    Les demandes suivantes doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours:
a  les oppositions à l'expropriation;
b  les demandes fondées sur les art. 7 à 10;
c  les demandes de réparation en nature (art. 18);
d  les demandes d'extension de l'expropriation (art. 12);
e  les demandes d'indemnité d'expropriation.
2    Les locataires et les fermiers, ainsi que les bénéficiaires de servitudes et de droits personnels annotés (art. 23 et 24, al. 2), sont également tenus de produire leurs prétentions dans le délai d'opposition prévu. Sont exceptés les droits de gage et les charges foncières grevant un immeuble dont l'expropriation est requise, ainsi que les droits d'usufruit, sauf pour le dommage que l'usufruitier prétend subir du fait de la privation de la chose soumise à son droit (art. 24).
3    Les demandes d'indemnité d'expropriation visées aux al. 1, let. e, et 2, doivent être structurées conformément à l'art. 19 et, dans la mesure du possible, être chiffrées. Elles peuvent être précisées ultérieurement dans le cadre de la procédure de conciliation.
4    Lorsque les ayants droit n'ont pas produit leurs prétentions, la commission d'estimation les estime pour autant qu'elles soient notoires ou qu'elles ressortent du tableau des droits expropriés.
LEx).

3.2 Pour autant que les demandes visées à l'art. 33 al. 1 let. e
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 33 - 1 Les demandes suivantes doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours:
1    Les demandes suivantes doivent être soumises dans le délai d'opposition de 30 jours:
a  les oppositions à l'expropriation;
b  les demandes fondées sur les art. 7 à 10;
c  les demandes de réparation en nature (art. 18);
d  les demandes d'extension de l'expropriation (art. 12);
e  les demandes d'indemnité d'expropriation.
2    Les locataires et les fermiers, ainsi que les bénéficiaires de servitudes et de droits personnels annotés (art. 23 et 24, al. 2), sont également tenus de produire leurs prétentions dans le délai d'opposition prévu. Sont exceptés les droits de gage et les charges foncières grevant un immeuble dont l'expropriation est requise, ainsi que les droits d'usufruit, sauf pour le dommage que l'usufruitier prétend subir du fait de la privation de la chose soumise à son droit (art. 24).
3    Les demandes d'indemnité d'expropriation visées aux al. 1, let. e, et 2, doivent être structurées conformément à l'art. 19 et, dans la mesure du possible, être chiffrées. Elles peuvent être précisées ultérieurement dans le cadre de la procédure de conciliation.
4    Lorsque les ayants droit n'ont pas produit leurs prétentions, la commission d'estimation les estime pour autant qu'elles soient notoires ou qu'elles ressortent du tableau des droits expropriés.
LEx nécessitent une procédure de conciliation et, le cas échéant, une procédure d'estimation, l'autorité d'approbation des plans compétente remet au président de la commission d'estimation compétente, une fois que les décisions visées à l'al. 1 sont entrées en force, notamment la décision rendue, les plans approuvés, le plan d'expropriation, le tableau des droits expropriés et les prétentions produites.

4.
La recourante fait d'abord valoir que l'autorité inférieure aurait violé son droit d'être entendu en notifiant de manière irrégulière son ordonnance du 31 janvier 2020.

4.1 La recourante rappelle que, lors de l'audience du 9 octobre 2019, son mandataire, Me R._______, a été excusé par son associé, Me S._______, et que, depuis l'audience susmentionnée, Me R._______ n'aurait plus jamais reçu de notification concernant la procédure litigieuse. Partant, en notifiant l'ordonnance du 31 janvier 2020 à Me S._______, l'autorité inférieure aurait procédé de manière irrégulière. Elle n'aurait ainsi pas laissé l'opportunité à la recourante de se déterminer sur la requête de l'intimée avant de statuer et aurait, partant, violé son droit d'être entendu.

L'intimée, pour sa part, estime qu'en l'absence d'une constitution formelle de la part de Me R._______, c'est à bon droit que l'autorité inférieure aurait adressé ses communications en l'Etude S._______ & R.________. Elle rappelle que Me S._______ a reçu l'accusé de réception de l'autorité inférieure du 11 septembre 2019 ainsi que l'avis de citation du même jour pour l'audience de comparution des parties. Me S._______ n'aurait pas réagi à réception de ces documents pour indiquer à l'autorité inférieure qu'il ne représentait pas la recourante mais que c'était son associé, Me R._______, qui était en charge de ce dossier. Par ailleurs, le procès-verbal de l'audience du 9 octobre 2019, dûment contresigné par Me S._______, indiquerait que c'est lui qui représentait la recourante dans le cadre de l'affaire litigieuse. Ce dernier n'aurait, là non plus, pas réagi à la lecture du procès-verbal en fin de séance, ni ultérieurement, pour le faire corriger sur ce point.

4.2 Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 143 IV 380 consid. 1.4.1 et 142 II 218 consid. 2.8.1). Selon la jurisprudence, sa violation peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 ; arrêts du TAF A-769/2017 du 23 avril 2019 consid. 1.5.3, A-5647/2017 du 2 août 2018 consid. 1.5.2 et A-4572/2015 du 9 mars 2017 consid. 4.1).

4.2.1 La jurisprudence a, en particulier, déduit du droit d'être entendu le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d'avoir accès au dossier, celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.3, 142 III 48 consid. 4.1.1, 141 V 557 consid. 3 et 135 I 279 consid. 2.3; arrêts du TAF A-2519/2019 du 2 juin 2021 consid. 3.1.2, A-5647/2017 du 2 août 2018 consid. 1.5.1.1 et A-2523/2015 du 9 avril 2018 consid. 3.1).

L'art. 68
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 68 - 1 Le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange unique d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve.
1    Le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange unique d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve.
2    Avant que des décisions particulièrement difficiles ne soient prises, le président peut ordonner un nouvel échange d'écritures.77
LEx concrétise également le droit d'être entendu. Il dispose que le président de la commission d'estimation peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve.

4.2.2 Selon un principe général du droit administratif (art. 38
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 38 - Une notification irrégulière ne peut entraîner aucun préjudice pour les parties.
PA), la notification irrégulière ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. Toutefois, la jurisprudence n'attache pas nécessairement la nullité à l'existence de vices dans la notification. La protection des parties est suffisamment réalisée lorsque la notification irrégulière atteint son but malgré cette irrégularité. Il y a donc lieu d'examiner, d'après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a réellement été induite en erreur par l'irrégularité de la notification et a, de ce fait, subi un préjudice. Il s'impose de s'en tenir aux règles de la bonne foi, qui imposent une limite à l'invocation d'un vice de forme (cf. ATF 122 I 97 consid. 3a/aa ; arrêt du TAF A-4161/2010 du 3 février 2011 consid. 5.1). Ainsi, l'intéressé doit agir dans un délai raisonnable dès qu'il a connaissance, de quelque manière que ce soit, de la décision qu'il entend contester (cf. ATF 122 I 97 consid. 3a et 111 V 149 consid. 4c). Cela signifie notamment qu'une décision, fût-elle notifiée de manière irrégulière, peut entrer en force si elle n'est pas déférée au juge dans un délai raisonnable (cf. arrêt du TF 8C_443/2008 du 8 janvier 2009 consid. 2.2). Lorsque la connaissance d'une décision est retardée à cause d'une notification irrégulière, on considère que la notification a eu lieu au moment où la communication est effectivement parvenue au destinataire, sans qu'il faille la réitérer (cf. arrêt du TF 2C_347/2010 du 4 octobre 2010 consid. 2.2 ; arrêt du TAF A-4161/2010 précité consid. 5.2).

4.2.3 Selon l'art. 11 al. 3
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
PA, tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire. Si la communication n'est pas faite au mandataire, celle-ci est irrégulière et le délai de recours ne commence pas à courir avant que l'acte lui soit communiqué (cf. Vera Marantelli/Said Huber, Praxiskommentar VwVG, 2016, art. 11
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
PA n°30). Ceci dit, si la partie représentée a connaissance de l'existence de la décision - et tel est le cas lorsque celle-ci lui est notifiée directement - elle doit se comporter selon les règles de la bonne foi. Dans la mesure où elle peut comprendre qu'il s'agit d'une décision et qu'un délai de recours y est indiqué, elle doit s'informer aussi vite que possible auprès de son mandataire ou de l'autorité et exiger une notification correcte, ou faire le nécessaire afin de préserver le délai de recours. Ainsi, le délai de recours commence à courir aussitôt que la partie a connaissance de tous les éléments utiles pour préserver ses droits ou qu'elle aurait dû en avoir connaissance en adoptant un comportement conforme aux règles de la bonne foi (cf. arrêt du TAF E-1388/2021 du 30 avril 2021 consid. 3.1 ; Res Nyffenegger, in : Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2e éd. 2019 art. 11 n° 30). Ces règles ne valent pas uniquement pour la notification de la décision, mais doivent être comprises dans un sens large : elles valent aussi pour les délais fixés par l'autorité et qui invitent l'administré à collaborer (cf. Marantelli/Huber, op. cit., art. 11
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
PA no 29).

La partie représentée peut, en tout temps, révoquer la procuration de son mandataire (cf. Marantelli/Huber, op. cit., art. 11
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
PA no 29). Elle en supporte toutefois le fardeau de la preuve, de sorte qu'il lui appartient, sans délai, d'en informer l'autorité. A défaut de quoi, les notifications adressées au précédent mandataire demeurent valables (cf. arrêt du TF 5A_423/2007 du 5 décembre 2007 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-6432/2012 du 28 mars 2013 consid. 2.1.1 et A-1410/2006 du 17 mars 2008 consid. 5.2). Contrairement au texte de l'art. 11 al. 3
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
PA, dont la formulation est trop étroite, le mandataire peut également révoquer lui-même le mandat et en informer l'autorité (cf. arrêt du TAF A-3474/2013 du 7 novembre 2013 consid. 3.2 ; Marantelli/Huber, op. cit., art. 11
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
PA no 29 ; Nyffenegger, op. cit., art. 11
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 11 - 1 Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
1    Si elle ne doit pas agir personnellement, la partie peut, dans toutes les phases de la procédure, se faire représenter ou se faire assister si l'urgence de l'enquête officielle ne l'exclut pas.30
2    L'autorité peut exiger du mandataire qu'il justifie de ses pouvoirs par une procuration écrite.
3    Tant que la partie ne révoque pas la procuration, l'autorité adresse ses communications au mandataire.
PA no 26).

4.3 En l'occurrence, il ressort du dossier que, par requête du 24 mai 2019, l'intimée a sollicité de l'autorité inférieure qu'elle détermine le montant d'une éventuelle indemnité. Dans le cadre de cette requête, elle a indiqué que la recourante était représentée par Me R._______ et Me S._______, tous deux associés de l'Etude S._______ & R._______, mais a toutefois attiré l'attention de l'autorité inférieure sur le fait que les propriétaires pouvaient avoir changé et que la désignation des parties pouvait être inexacte. L'autorité inférieure a, par ordonnance du 11 septembre 2019, accusé réception de la requête en estimation et convoqué les parties à une audience de comparution personnelle. Elle a adressé cette ordonnance à Me S._______ uniquement, sans que le nom de Me R._______ ne figure sur l'adressage. Le procès-verbal de dite audience indique que la recourante était représentée, tant dans la cause parallèle no (...) que dans la cause ici litigieuse, par Me S._______. Il ne ressort pas du protocole que Me S._______ se soit plaint ou ait informé l'autorité inférieure de ce qu'il ne représentait pas la recourante. Il a, tout au plus, indiqué que la propriétaire de la parcelle adjacente no [2] n'était plus représentée par Me R._______, mais par Me T._______, et qu'il le remplaçait ce jour-là. Me S._______ a ensuite procédé au fond, confirmé qu'il souhaitait que la recourante soit indemnisée du fait des inscriptions requises, et contresigné le protocole. Par la suite, l'autorité inférieure a continué à adresser ses communications à Me S._______, soit l'ordonnance du 31 janvier 2020, l'ordonnance du 9 octobre 2020, ainsi que la décision attaquée. Aucune procuration ne figure au dossier pour aucun des mandataires susmentionnés et aucun élément ne permet de savoir si l'autorité inférieure a, d'une façon ou d'une autre, vérifié les pouvoirs de représentation des différents intervenants.

4.4 Le Tribunal retient ainsi que l'autorité inférieure a adressé ses communications à Me S._______, que ce dernier a donné suite à la convocation, a défendu les intérêts de la recourante lors de l'audience du 9 octobre 2019, n'y a pas soulevé d'objections, et a signé le protocole mentionnant qu'il représentait bien la recourante. Le Tribunal ne voit ainsi pas en quoi l'autorité inférieure n'aurait pas été de bonne foi en notifiant ses ordonnances et décisions ultérieures à Me S._______. L'autorité inférieure pouvait et devait, en effet, pouvoir s'attendre à ce qu'un avocat diligent réagisse à un courrier qui ne lui est pas adressé et l'informe, sans délai, de ce malentendu. L'avocat assume, en effet, une tâche essentielle à l'administration de la justice, en garantissant le respect des droits des justiciables, et joue ainsi un rôle important pour le bon fonctionnement des institutions judiciaires au sens large, qui va au-delà du cadre de son simple mandat. Il est partant tenu de s'abstenir de tout acte susceptible de remettre en cause la confiance qui doit pouvoir être placée dans la profession et faire montre d'un comportement correct dans son activité (cf. ATF 144 II 473 consid. 4.3 et 130 II 270 consid. 3.2.2).

A l'inverse, force est de constater une certaine mauvaise foi de la part de la recourante. En effet, vu la constellation de faits, elle aurait dû, pour ne pas tomber dans l'abus de droit, se prévaloir de ce que l'entier des communications de l'autorité inférieure ne lui avait pas été valablement notifié, et ce dès l'accusé de réception du 11 septembre 2019 et la convocation du même jour. Toutefois, elle ne se plaint pas, dans le cadre de son recours, de ne pas avoir été valablement convoquée à l'audience ou de ne pas y avoir été représentée. Elle souligne, en effet, notamment que « Me S._______ a expressément rappelé lors de l'audience tenue par-devant la CFE que la recourante demandait à être indemnisée ». Elle soulève, encore, que l'absence de réaction immédiate de Me S._______ après avoir reçu la convocation du 11 septembre 2019 s'expliquerait par le fait qu'il serait le conseil de la recourante dans des procédures similaires. En revanche, elle prétend que ce dernier a pris l'ordonnance du 31 janvier 2020 pour une simple information. Pourtant, le Tribunal relève que tant la convocation à l'audience du 9 octobre 2019 que l'ordonnance du 31 janvier 2020 portent le numéro de la cause et sont adressées, au nom de la recourante, à l'attention de Me S._______. Le Tribunal s'interroge ainsi quelque peu sur les raisons qui pousseraient à faire une interprétation différente entre une convocation à une audience et une ordonnance impartissant à la recourante un délai pour se déterminer.

En réalité, il faut bien admettre que les explications de la recourante ne convainquent personne. Dès lors qu'elle ne conteste pas avoir été représentée à l'audience du 9 octobre 2019 par Me S._______ et qu'elle fonde son argumentation sur le fait que ce dernier y a défendu ses intérêts, elle ne peut pas, de bonne foi, prétendre que ce dernier ne la représentait plus par la suite, lorsqu'il apparaît manifeste que ce dernier n'a - en réalité et sans doute par inadvertance - pas donné suite à un délai fixé par l'autorité. A l'inverse, l'autorité inférieure pouvait partir, de bonne foi, de l'idée que Me S._______ continuait de représenter la recourante à l'issue de l'audience du 9 octobre 2019, ce dernier ayant donné suite à sa convocation et procédé au fond sans aucune objection quant à l'étendue de ses pouvoirs de représentation.

4.5 Partant, l'autorité inférieure n'a pas violé le droit fédéral ou le droit d'être entendu de la recourante en tant que l'ordonnance du 31 janvier 2020 lui a valablement été notifiée. Les griefs de la recourante doivent donc être rejetés sur ce point.

5.
Ceci étant, comme considéré (cf. supra consid. 2.2), la procédure administrative fait prévaloir la maxime inquisitoire (Untersuchungsmaxime), selon laquelle l'autorité dirige la procédure, définit les faits qu'elle considère comme pertinents, dans la mesure où l'exige la correcte application du droit et les établit d'office (art. 12
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 12 - L'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens ci-après:
a  documents;
b  renseignements des parties;
c  renseignements ou témoignages de tiers;
d  visite des lieux;
e  expertises.
PA), sans être limitée par les allégués et les offres de preuves des parties. Il en va de même pour la procédure devant les Commissions fédérales d'estimation, par renvoi de l'art. 110
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 110 - Pour autant que la présente loi ne comporte pas de dispositions propres à ce sujet, la procédure est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative109.
LEx.

5.1.1 Le principe inquisitoire oblige donc l'autorité à déterminer également les faits favorables aux intérêts de l'administré, dans la mesure de ses possibilités. Si ce dernier n'apporte pas la preuve requise et que l'autorité a la possibilité d'éclaircir la situation, elle doit le faire. Le devoir de collaborer de l'administré ne libère, en effet, nullement l'autorité de son devoir d'instruction (cf. ATF 130 I 258 consid. 5 ; arrêts du TAF A-4345/2019 du 8 avril 2021 consid. 2.2.1, A-2176/2020 du 20 janvier 2021 consid. 2.2.1 et A-5884/2012 du 27 mai 2013 consid. 3.2.3 et 4.3 ; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., no 1.52 ; Raphaël Bagnoud, La théorie du carrefour - Le juge administratif à la croisée des chemins, in : Mélanges Mollard, 2020, p. 493 ; Grisel, op. cit., no 159 ss).

L'autorité ne saurait donc attendre que l'administré lui fournisse spontanément les renseignements et preuves adéquats. C'est au contraire à elle qu'incombe la charge de définir les faits considérés comme pertinents et d'ordonner l'administration des preuves nécessaires à l'établissement de ceux-ci. En conséquence, il lui appartient également de juger s'il y a lieu de requérir la collaboration de l'administré (art. 13
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 13 - 1 Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
1    Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
a  dans une procédure qu'elles introduisent elles-mêmes;
b  dans une autre procédure, en tant qu'elles y prennent des conclusions indépendantes;
c  en tant qu'une autre loi fédérale leur impose une obligation plus étendue de renseigner ou de révéler.
1bis    L'obligation de collaborer ne s'étend pas à la remise d'objets et de documents concernant des contacts entre une partie et son avocat, si celui-ci est autorisé à pratiquer la représentation en justice en vertu de la loi du 23 juin 2000 sur les avocats34.35
2    L'autorité peut déclarer irrecevables les conclusions prises dans une procédure au sens de l'al. 1, let. a ou b, lorsque les parties refusent de prêter le concours nécessaire qu'on peut attendre d'elles.
PA), quand et sous quelle forme. Lorsque tel est le cas, l'autorité impartit, en principe, un délai à l'intéressé pour qu'il s'exécute et l'avertit des conséquences d'un défaut de collaboration, conformément à l'art. 23
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 23 - L'autorité qui impartit un délai signale en même temps les conséquences de l'inobservation du délai: en cas d'inobservation, seules ces conséquences entrent en ligne de compte.
PA (cf. ATF 130 I 258 consid. 5 ; arrêt du TF 5A_43/2019 du 16 août 2019 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-4345/2019 précité consid. 2.2.1, A-2176/2020 précité consid. 2.2.1 et A-2902/2014 du 29 août 2016 consid. 2.3). L'autorité ne saurait, ainsi, faire supporter à l'administré l'absence de la preuve d'un fait déterminé si elle n'a pas pleinement satisfait à son devoir d'instruction (cf. arrêt du TF 2C_964/2016 du 5 avril 2017 consid. 2.2 et 2.4 ; arrêts du TAF A-4345/2019 précité consid. 2.2.1, A-2902/2014 précité consid. 7.3 et A-5884/2012 précité consid. 4.3 ; Bagnoud, op. cit., p. 493).

5.1.2 Après une libre appréciation des preuves en sa possession (cf. art. 40
SR 273 Loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale
PCF Art. 40 - Le juge apprécie les preuves selon sa libre conviction. Il prend en considération l'attitude des parties au cours du procès, par exemple le défaut d'obtempérer à une convocation personnelle, le refus de répondre à une question du juge ou de produire des moyens de preuve requis.
de la loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale [PCF, RS 273], applicable par analogie par le renvoi de l'art. 19
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 19 - Sont en outre applicables par analogie à la procédure probatoire les art. 37, 39 à 41 et 43 à 61 de la procédure civile fédérale49; les sanctions pénales prévues par ladite loi envers les parties ou les tierces personnes défaillantes sont remplacées par celles qui sont mentionnées à l'art. 60 de la présente loi.
PA), l'autorité se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible s'il lui apparaît que leur administration serait de toute façon impropre à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire. Une telle manière de procéder n'est pas jugée contraire au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. (cf. ATF 144 II 427 consid. 3.1.3 ; arrêt du TF 2C_426/2020 du 23 juillet 2020 consid. 4.1 ; arrêts du TAF A-4345/2019 précité consid. 2.3.1, A-3841/2018 précité consid. 2.3 et du 1er juillet 2020 consid. 2.3 ; Moser/Beusch/Kneubühler, no 3.140 ss).

En revanche, si elle reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, l'autorité applique les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, elle s'inspire de l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. René Rhinow et al., Öffentliches Prozessrecht, 3e éd. 2014, nos 996 ss ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, no 1563). Cette règle ne s'applique toutefois que s'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait qui correspond, avec un degré de vraisemblance suffisant, à la réalité (cf. ATF 139 V 176 consid. 5.2 ; arrêts du TAF A-3841/2018 précité consid. 2.3 et A-2648/2019 du 27 mai 2020 consid. 1.4 ; Bagnoud, op. cit., p. 506).

5.1.3 Le principe inquisitoire et l'obligation de collaborer n'ont, par conséquent et en principe, aucun effet sur le fardeau de la preuve, car ils interviennent à un stade antérieur (cf. arrêts du TAF A-957/2019 du 9 décembre 2019 consid. 1.4.4 et A-5446/2016 du 23 mai 2018 consid. 2.8). Cependant, il existe, en pratique, une certaine connexité entre ces notions (cf. arrêt du TAF A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3 ; Grisel, op. cit., nos 174 ss et 296). Ainsi, dans la mesure où, pour établir l'état de fait déterminant, l'autorité est dépendante de la collaboration de l'administré, le refus, par celui-ci, de fournir des renseignements ou des moyens de preuve requis peut conduire à un « état de nécessité en matière de preuve » (Beweisnot), c'est-à-dire à une impossibilité pour l'autorité d'établir les faits pertinents (cf. Christian Meyer, Die Mitwirkungsmaxime im Verwaltungsverfahren des Bundes, 2019, p. 78 ss ; Paul-Henri Steinauer, Le Titre préliminaire du Code civil, 2e éd. 2009, no 672 s. et 715). Dans un tel cas de figure, la violation du devoir de collaborer peut non seulement être prise en compte au stade de la libre appréciation des preuves, mais aussi conduire à un allégement de la preuve à charge de l'autorité, voire à un renversement du fardeau de la preuve, ainsi qu'à une diminution de son obligation d'établir l'état de fait pertinent (cf. ATF 139 II 451 consid. 2.3.2 et 132 III 715 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-4345/2019 précité consid. 2.3.2, A-5865/2017 du 11 juillet 2019 consid. 5.2 et A-5446/2016 précité consid. 2.5). L'administré ne doit, en effet et en principe, pas tirer avantage de son défaut de collaboration, à tout le moins lorsque celui-ci apparaît fautif. En particulier, il ne doit pas être traité plus favorablement que celui qui a coopéré à satisfaction (cf. ATAF 2020 VI/6 consid. 2.4 ; Grisel, op. cit., no 194 ss, 301 ss et 798 ss). En revanche, il ne doit, en règle générale, subir aucun désavantage d'un manquement à son devoir de collaborer lorsque sa collaboration n'est pas raisonnablement exigible (cf. A-4345/2019 précité consid. 2.3.2).

5.1.4 Enfin, comme considéré (cf. supra consid. 5.1.1), il sied de rappeler qu'en vertu de l'art. 23
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 23 - L'autorité qui impartit un délai signale en même temps les conséquences de l'inobservation du délai: en cas d'inobservation, seules ces conséquences entrent en ligne de compte.
PA, l'autorité qui impartit un délai doit signaler en même temps les conséquences de l'inobservation du délai ; en cas d'inobservation, seules ces conséquences entrent en ligne de compte. Cette règle est l'expression du principe de la bonne foi entre l'administration et l'administré ancré à l'art. 5 al. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 5 Principes de l'activité de l'État régi par le droit - 1 Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
1    Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
2    L'activité de l'État doit répondre à un intérêt public et être proportionnée au but visé.
3    Les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi.
4    La Confédération et les cantons respectent le droit international.
Cst., qui invite l'une et l'autre à se comporter de manière loyale (cf. arrêt du TF 1C_534/2009 du 2 juin 2010 consid. 2.2). En particulier, l'administration doit s'abstenir de tout comportement propre à tromper l'administré et elle ne saurait tirer aucun avantage des conséquences d'une incorrection ou insuffisance de sa part (cf. ATF 121 I 181 consid. 2a p. 183).

5.1.5 Ainsi, si l'exproprié ne donne pas suite à l'invitation qui lui est faite de déposer une détermination en vertu de l'art. 68 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 68 - 1 Le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange unique d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve.
1    Le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange unique d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve.
2    Avant que des décisions particulièrement difficiles ne soient prises, le président peut ordonner un nouvel échange d'écritures.77
LEx, la Commission fédérale d'estimation doit statuer sur la base des éléments existants au dossier et des conclusions prises lors de l'audition des parties et de l'inspection locale (cf. arrêt du TF 1C_534/2009 du 2 juin 2010 consid. 2.2). En effet, les conséquences d'un défaut de collaboration ne consistent pas, de lege lata, dans la renonciation à réclamer à une indemnisation. Pareille conséquence ne se déduit pas du texte de l'art. 68 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 68 - 1 Le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange unique d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve.
1    Le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange unique d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve.
2    Avant que des décisions particulièrement difficiles ne soient prises, le président peut ordonner un nouvel échange d'écritures.77
LEx, cette disposition se bornant à prévoir que le président peut ordonner qu'avant ou après l'audition, les parties procèdent à un échange d'écritures, en indiquant leurs moyens de preuve. Elle ne se déduit pas non plus d'autres dispositions de la loi sur l'expropriation, laquelle prévoit, au contraire, que lorsque les ayants droit n'ont pas produit leurs prétentions, la commission d'estimation les estime selon l'art. 33 al. 4 LEX, pour autant qu'elles soient notoires ou qu'elles ressortent du tableau des droits expropriés. Quant à l'art. 41 al. 2
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 41 - 1 L'autorité compétente statue sur les oppositions en matière d'expropriation conformément à l'art. 33, al. 1, let. a à c.
1    L'autorité compétente statue sur les oppositions en matière d'expropriation conformément à l'art. 33, al. 1, let. a à c.
2    Pour autant que les demandes visées à l'art. 33, al. 1, let. d et e, nécessitent une procédure de conciliation et, le cas échéant, une procédure d'estimation, l'autorité compétente remet au président de la commission d'estimation compétente, une fois que les décisions visées à l'al. 1 sont entrées en force, notamment la décision rendue, les plans approuvés, le plan d'expropriation, le tableau des droits expropriés et les prétentions produites.
LEx, il prévoit que l'autorité d'approbation des plans remet au président de la commission d'estimation notamment la décision rendue, les plans approuvés, le plan d'expropriation, le tableau des droits expropriés et les prétentions produites, de sorte que les prétentions formulées par les opposants dans le cadre de la procédure d'approbation des plans sont connues de la Commission fédérale d'estimation. Cette dernière ne peut donc ignorer les prétentions formulées dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, pas plus qu'elle ne peut les déclarer irrecevables, selon l'art. 13 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 13 - 1 Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
1    Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
a  dans une procédure qu'elles introduisent elles-mêmes;
b  dans une autre procédure, en tant qu'elles y prennent des conclusions indépendantes;
c  en tant qu'une autre loi fédérale leur impose une obligation plus étendue de renseigner ou de révéler.
1bis    L'obligation de collaborer ne s'étend pas à la remise d'objets et de documents concernant des contacts entre une partie et son avocat, si celui-ci est autorisé à pratiquer la représentation en justice en vertu de la loi du 23 juin 2000 sur les avocats34.35
2    L'autorité peut déclarer irrecevables les conclusions prises dans une procédure au sens de l'al. 1, let. a ou b, lorsque les parties refusent de prêter le concours nécessaire qu'on peut attendre d'elles.
PA, sans un avertissement préalable au sens de l'art. 23
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 23 - L'autorité qui impartit un délai signale en même temps les conséquences de l'inobservation du délai: en cas d'inobservation, seules ces conséquences entrent en ligne de compte.
PA.

5.2 En l'occurrence, dans la décision attaquée, l'autorité inférieure a retenu que la recourante avait renoncé à déposer des conclusions ou que, l'aurait-elle fait, son absence de collaboration à la procédure ne pouvait qu'être interprétée comme une renonciation à une indemnisation.

5.2.1 Ceci étant, force est de constater qu'elle a invité la recourante à se déterminer sur la requête de l'intimée et à produire toutes pièces utiles, en précisant qu'elle attendait que les déterminations de la recourante comprennent « le cas échéant » des conclusions chiffrées. Il est ainsi constant que l'ordonnance du 31 janvier 2020 ne contient aucune indication sur les conséquences de l'inobservation du délai (cf. supra consid. 5.1.1).

5.2.2 Au surplus, il ressort du dossier que, par mémoire du 10 octobre 2006, la recourante s'est opposée à la demande d'approbation des plans pour le projet CEVA et a conclu à ce que l'intimée soit condamnée à lui verser une indemnité de [ 500'000] francs, pour la constitution, sur la parcelle no [1], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire. Elle a également confirmé, lors de l'audience du 9 octobre 2019, son souhait d'être indemnisée du fait des inscriptions requises par l'intimée. Il suit de là que la recourante a, déjà en procédure d'approbation des plans, formulé des conclusions chiffrées que l'autorité inférieure ne pouvait simplement ignorer.

5.3 Il suit de là qu'en retenant que la recourante n'avait déposé aucune conclusion chiffrée ou que, l'aurait-elle fait, son absence de collaboration à la procédure ne pouvait qu'être interprétée comme une renonciation, l'autorité inférieure a violé le droit fédéral, constaté les faits de manière inexacte et incomplète et, ce faisant, a versé dans l'arbitraire.

6.
Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, le recours doit être admis. Partant, la décision attaquée est annulée et il y a lieu de renvoyer la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision, afin qu'elle puisse établir les faits et les apprécier à la lumière des principes régissant l'indemnité d'expropriation. Ce n'est que de cette façon que l'instance de recours pourra, le cas échéant, et sans limiter le nombre d'instances de recours, exercer son contrôle.

Le Tribunal n'examinera ainsi pas plus avant les griefs soulevés par les parties sur le montant de l'indemnisation et il y a lieu de rejeter les réquisitions de preuve en ce sens (cf. supra consid. 2.4).

7.
S'agissant des frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens, ils sont également généralement supportés par l'expropriant (art. 116 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx).

7.1 Lorsque le recourant succombe intégralement ou en majeure partie, les frais et les dépens peuvent être répartis autrement ; les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de dépens de l'exproprié (cf. arrêts du TF 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 et 1E.16/2005 du 14 février 2006 consid. 6 ; arrêts du TAF A-6434/2018 du 21 décembre 2018 consid. 8.1 et A-2863/2012 du 31 juillet 2012 consid. 6.1).

7.2 L'art. 116 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx constitue ainsi une lex specialis par rapport aux art. 63
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
et 64
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx. C'est en particulier le cas en ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (art. 2 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 2 Calcul de l'émolument judiciaire - 1 L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. Les modes de calcul des frais prévus par des lois spéciales sont réservés.
1    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. Les modes de calcul des frais prévus par des lois spéciales sont réservés.
2    Le tribunal peut fixer un émolument judiciaire dépassant les montants maximaux visés aux art. 3 et 4, si des motifs particuliers le justifient, notamment une procédure téméraire ou nécessitant un travail exceptionnel.2
3    S'agissant de décisions relatives à des mesures provisionnelles, à la récusation, à la restitution d'un délai, à la révision ou à l'interprétation d'une décision, ainsi que de recours formés contre des décisions incidentes, les frais peuvent être revus à la baisse compte tenu du travail réduit qui en découle. Les montants minimaux mentionnés aux art. 3 et 4 doivent être respectés.
FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (art. 8 ss
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 8 Dépens - 1 Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais de la partie.
1    Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais de la partie.
2    Les frais non nécessaires ne sont pas indemnisés.
FITAF).

7.3 En l'espèce, la recourante obtient gain de cause, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'éloigner de la règle de l'art. 116 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx. Compte tenu de la valeur litigieuse de plus de 500'000 francs, le Tribunal devrait, en principe, fixer les frais de procédure à un minimum 5'000 francs (art. 4
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 4 Emolument judiciaire dans les contestations pécuniaires - Dans les contestations pécuniaires, l'émolument judiciaire se monte à:
FITAF). Toutefois, il tiendra compte de ce qu'il s'en tient à des griefs en lien avec la façon dont l'autorité inférieure a instruit la cause et qu'il renvoie le dossier à cette dernière sans se prononcer sur le fond. Il y a donc lieu de remettre partiellement les frais de procédure, de les fixer à 1'000 francs (art. 6 let. b
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 6 Remise des frais de procédure - Les frais de procédure peuvent être remis totalement ou partiellement à une partie ne bénéficiant pas de l'assistance judiciaire prévue à l'art. 65 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative4 lorsque:
a  le recours est réglé par un désistement ou une transaction sans avoir causé un travail considérable;
b  pour d'autres motifs ayant trait au litige ou à la partie en cause, il ne paraît pas équitable de mettre les frais de procédure à la charge de celle-ci.
FITAF) et de les mettre à la charge de l'intimée.

7.4 La recourante est également représentée par un mandataire professionnel. Il y a toutefois lieu de relever que la plupart des griefs soulevés portent sur le fond et ont trait à l'estimation de la valeur vénale de la parcelle litigieuse. La recourante a cependant conclu à titre principal à l'annulation de la décision et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure, mais a choisi de ne consacrer qu'une petite partie de ses écritures à cette question. Partant, il y a lieu de lui octroyer, ex aequo et bono, une indemnité de 1'000 francs à titre de dépens et de mettre celle-ci à la charge de l'intimée.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est admis. Partant, la décision de l'autorité inférieure du 10 décembre 2020 est annulée.

2.
La cause est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision au sens des considérants.

3.
Les frais de procédure de 1'000 francs sont mis à la charge de l'intimée. Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.

4.
Une indemnité de 1'000 francs à titre de dépens est allouée à la recourante et mise à la charge de l'intimée.

5.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (acte judiciaire)

- à l'intimée (acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)

L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.

La présidente du collège : Le greffier :

Claudia Pasqualetto Péquignot Julien Delaye

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 48 Observation - 1 Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
1    Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
2    En cas de transmission électronique, le moment déterminant pour l'observation d'un délai est celui où est établi l'accusé de réception qui confirme que la partie a accompli toutes les étapes nécessaires à la transmission.20
3    Le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral.
4    Le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral.
LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).

Expédition :