Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Abteilung I
A-46/2007
{T 0/2}

Urteil vom 10. November 2009

Besetzung
Richterin Salome Zimmermann (Vorsitz), Richter Thomas Stadelmann, Richter Pascal Mollard,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart.

Parteien
Kollektivgesellschaft X._______, ....,
vertreten durch ...,
Beschwerdeführerin,

gegen

Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.

Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999); Leistungsaustausch; Subvention.

Sachverhalt:

A.
Die Kollektivgesellschaft X. (....) ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Nach einer Kontrolle stellte die ESTV betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999 unter anderem die Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 102'418 über Fr. ... aus. In einem Schreiben vom 20. Dezember 2000 kam die ESTV zum Teil auf ihre Qualifikationen im Rahmen der EA zurück. Insbesondere seien die Beiträge des Bundes für die Forschung im Rahmen der europäischen Forschungsprogramme F. als Subventionen bzw. Beiträge der öffentlichen Hand anzusehen, die nicht der Steuer unterstünden, aber zu einer Vorsteuerkürzung führten. Die Zahlungen des Bundes aufgrund des Vertrags betreffend Koordination bzw. Führung des Sekretariats im Rahmen der Aktion F. hingegen stellten steuerbare Gegenleistung dar. Mit Gutschriftsanzeige (GS) vom 31. Januar 2001 über Fr. ... wurde eine entsprechende Korrektur der Steuerforderung vorgenommen. Mit Entscheid vom 4. Dezember 2001 erkannte die ESTV, sie habe von der X. zu Recht Fr. ... Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins nachgefordert. Hiergegen wurde am 16. Januar 2002 Einsprache erhoben.

B.
Mit Einspracheentscheid vom 15. November 2006 stellte die ESTV - neben anderem - die Rechtskraft des Entscheids vom 4. Dezember 2001 im Umfang von Fr. ... (zuzüglich Verzugszins) fest (Ziff. 1 Dispositiv), hiess die Einsprache im Umfang von Fr. ... gut (Ziff. 2), und stellte fest, die Kollektivgesellschaft X. schulde der ESTV für die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999 Fr. ... Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins, wobei die Zahlung vom 12. Januar 2000 über Fr. ... an diese Steuerschuld angerechnet werde (Ziff. 3). Die teilweise Gutheissung (Ziff. 2 Dispositiv) beruhte darauf, dass die ESTV den Forschungsbeitrag des Bundesamts für Bildung und Wissenschaft (BBW) im Zusammenhang mit dem Projekt .... anders als zuvor und entsprechend der Ansicht der Einsprecherin als Subventionen qualifizierte. Die Aufrechnung gemäss EA Nr. 102'418 Ziff. 1 (Fr. ....) werde entsprechend wieder gutgeschrieben, wobei aufgrund der vorzunehmenden verhältnismässigen Vorsteuerkürzung (von Fr. ....) die Gutschrift Fr. ... betrage. Die gestützt auf verschiedene Verträge erfolgten Zahlungen der Bundesämter betreffend die Führung des Sekretariats im Rahmen der F.-Zusammenarbeit hingegen stellten steuerbare Entgelte dar und insofern sei die Nachbelastung mittels EA Nr. 102'418 zu bestätigen. Es sei dabei ein Auftrag für im Interesse der Bundesämter vorzunehmende Aufgaben erteilt worden und es gehe nicht um eine Unterstützung von Forschungen oder die generelle Förderung eines wissenschaftlichen Projekts. Im Gegensatz zur eigentlichen Forschungstätigkeit im Zusammenhang mit dem Projekt F., wo die vom Bund geleisteten Zahlungen nicht der Mehrwertsteuer unterworfen worden seien, gebe es auch keine für eine breite Öffentlichkeit zugänglichen Forschungsresultate.

C.
Mit Beschwerde an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) vom 27. Dezember 2006 beantragt die X. (Beschwerdeführerin) unter Kosten- und Entschädigungsfolgen sinngemäss, es sei der Einspracheentscheid aufzuheben und die Umsätze im Zusammenhang mit dem F. Sekretariat (...) steuerfrei zu belassen. Sie vertritt, es sei beim F.-Sekretariat kein Leistungsaustausch gegeben. Der Beitragszahler fordere vom Beitragsempfänger keine konkrete Gegenleistung, sondern wolle diesen zu einem bestimmten Verhalten zu veranlassen. Stossend sei überdies, dass ein Teil der besteuerten Fr. ..., nämlich Fr. ..., Beiträge der Europäischen Union (EU) darstellten und (diesbezüglich) Auftraggeber die Europäische Kommission sei. Dabei handle es sich um ausgenommene Umsätze bzw. Auslandumsätze. Schliesslich sieht die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht eine rechtsungleiche Behandlung.

D.
Mit Vernehmlassung vom 26. April 2007 beantragt die ESTV kostenfällige Abweisung der Beschwerde, wiederholt im Wesentlichen den im Einspracheentscheid wiedergegebenen Standpunkt und nimmt Stellung zu verschiedenen Vorbringen der Beschwerdeführerin.

E.
Auf die weiteren Begründungen in den Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidrelevant - im Rahmen der Erwägungen eingegangen.

Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:

1.
1.1 Auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer konnten Einspracheentscheide der ESTV nach Art. 65
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 65 - 1 L'AFC è competente per la determinazione e la riscossione dell'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero e dell'imposta sull'acquisto.
1    L'AFC è competente per la determinazione e la riscossione dell'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero e dell'imposta sull'acquisto.
2    Essa prende le decisioni necessarie per una determinazione e una riscossione dell'imposta conformi alla legge, in quanto la loro emanazione non sia espressamente riservata a un'altra autorità.
3    Essa pubblica senza indugio qualsiasi nuova prassi che non sia di carattere esclusivamente interno.
4    Tutti gli atti amministrativi devono essere eseguiti sollecitamente.
5    L'onere amministrativo che la riscossione dell'imposta comporta per il contribuente non può eccedere quanto assolutamente necessario per l'applicazione della presente legge.
des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) bzw. Art. 53
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 53 Preparazione sul posto e servizio presso il cliente - (art. 25 cpv. 3 LIVA)
1    Sono considerati preparazione segnatamente il fatto di cuocere, riscaldare, frullare, preparare o mescolare derrate alimentari61. Non è considerato preparazione il semplice mantenimento della temperatura di derrate alimentari pronte per il consumo.
2    Per servizio s'intende segnatamente il fatto di servire i prodotti commestibili nei piatti, preparare buffet freddi e caldi, versare le bevande nei bicchieri, apparecchiare e sparecchiare i tavoli, servire gli ospiti, nonché la direzione e la sorveglianza del personale di servizio, la gestione e il rifornimento dei buffet a libero servizio.
der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden. Die SRK ist per 31. Dezember 2006 aufgelöst worden und das Bundesverwaltungsgericht hat am 1. Januar 2007 seine Tätigkeit aufgenommen. Gemäss Art. 31
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 31 Principio - Il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 196819 sulla procedura amministrativa (PA).
des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt dieses Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
VGG gegeben ist. Im Bereich der Mehrwertsteuer liegt eine solche Ausnahme nicht vor. Das Bundesverwaltungsgericht ist für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 53 Disposizioni transitorie
1    La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
2    Il Tribunale amministrativo federale giudica, in quanto sia competente, i ricorsi pendenti presso le commissioni federali di ricorso o d'arbitrato o presso i servizi dei ricorsi dei dipartimenti al momento dell'entrata in vigore della presente legge. Il giudizio si svolge secondo il nuovo diritto processuale.
VGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.

1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1996 bis 1998 (vgl. hierzu auch unten E. 4.3.2), so dass vorliegend noch die MWSTV anwendbar ist (Art. 93 Abs. 1
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 93 Garanzie - 1 L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
1    L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
a  l'esazione tempestiva sembra in pericolo;
b  il debitore prende disposizioni per abbandonare il suo domicilio, la sua sede sociale o il suo stabilimento d'impresa in Svizzera o per farsi cancellare dal registro svizzero di commercio;
c  il debitore è in mora con il loro pagamento;
d  il contribuente assume in tutto o in parte un'impresa in fallimento.
e  il contribuente presenta rendiconti in cui figurano importi manifestamente troppo bassi.
2    Se il contribuente rinuncia all'esenzione dall'assoggettamento (art. 11) o opta per l'imposizione di prestazioni escluse dall'imposta (art. 22), l'AFC può esigere che presti garanzie conformemente al capoverso 7.
3    La richiesta di garanzie deve indicare la causa giuridica delle stesse, l'importo da garantire e l'ufficio incaricato di riceverle; essa vale come decreto di sequestro ai sensi dell'articolo 274 LEF182. Contro la richiesta di garanzie non è ammesso reclamo.
4    La richiesta di garanzie è impugnabile con ricorso al Tribunale amministrativo federale.
5    Il ricorso contro la richiesta di garanzie non ha effetto sospensivo.
6    La notificazione della decisione concernente il credito fiscale vale come inizio dell'azione ai sensi dell'articolo 279 LEF. Il termine per promuovere l'esecuzione decorre dal momento in cui la decisione relativa al credito fiscale è passata in giudicato.
7    Le garanzie devono essere prestate sotto forma di depositi in contanti, fideiussioni solidali solvibili, garanzie bancarie, cartelle ipotecarie o ipoteche, polizze di assicurazione sulla vita con valore di riscatto, obbligazioni in franchi svizzeri, quotate in borsa, di debitori svizzeri o obbligazioni di cassa emesse da banche svizzere.
MWSTG).

2.
2.1 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes (Art. 49 Bst. b
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
VwVG) kann auch die Rüge der Unangemessenheit erhoben werden (Art. 49 Bst. c
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
VwVG). Im Beschwerdeverfahren gelten die Untersuchungsmaxime, wonach der Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen ist (Art. 12
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 12 - L'autorità accerta d'ufficio i fatti e si serve, se necessario, dei seguenti mezzi di prova:
a  documenti;
b  informazioni delle parti;
c  informazioni o testimonianze di terzi;
d  sopralluoghi;
e  perizie.
VwVG), und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 62 Abs. 4
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 62
1    L'autorità di ricorso può modificare la decisione impugnata a vantaggio di una parte.
2    Essa può modificare a pregiudizio di una parte la decisione impugnata quando questa violi il diritto federale o poggi su un accertamento inesatto o incompleto dei fatti; per inadeguatezza, la decisione impugnata non può essere modificata a pregiudizio di una parte, a meno che la modificazione giovi ad una controparte.
3    L'autorità di ricorso che intenda modificare la decisione impugnata a pregiudizio di una parte deve informarla della sua intenzione e darle la possibilità di esprimersi.
4    L'autorità di ricorso non è vincolata in nessun caso dai motivi del ricorso.
VwVG). Das Bundesverwaltungsgericht ist verpflichtet, auf den - unter Mitwirkung der Verfahrensbeteiligten - festgestellten Sachverhalt die richtige Rechtsnorm anzuwenden (BGE 132 II 112 E. 3.2, 131 II 205 E. 4.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts [BVGer] A-2036/2008 vom 19. August 2009 E. 1.2; A-4072/2007 vom 11. März 2009 E. 1.2). Dies bedeutet, dass es eine Beschwerde auch aus einem anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der Vorinstanz abweicht (sog. Motivsubstitution, statt vieler: BVGE 2007/41 E. 2 mit weiteren Hinweisen; Entscheid der SRK vom 12. Oktober 1998, Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 63.29 E. 4a). Die Rechtsmittelinstanz ist jedoch nicht gehalten, allen denkbaren Rechtsfehlern von sich aus auf den Grund zu gehen; für entsprechende Fehler müssen sich immerhin mindestens Anhaltspunkte aus den Parteivorbringen oder den Akten ergeben (BGE 121 III 274 E. 2b; 119 V 349 E. 1a; 117 V 263 E. 3b; 117 Ib 117 E. 4a; 110 V 53 E. 4a; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, S. 73 Rz. 1.54 f.; vgl. zum Ganzen auch Urteil des BVGer A-1359/2006 vom 26. Juli 2007 E. 1.3).

2.2 Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (BGE 130 III 321 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3c; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 279 f.; Martin Zweifel, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109 f.). Gelangt das Gericht nicht zu diesem Ergebnis, so fragt sich, ob zum Nachteil der Steuerbehörde oder des Steuerpflichtigen zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (Gygi, a.a.O., S. 279 f.; Zweifel, a.a.O., S. 109 f.). Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für die steuerbegründenden und steuererhöhenden Tatsachen und der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen (Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 75 S. 495 ff. E. 5.4; statt vieler: Urteile des BVGer A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 5.1; A-1354 vom 24. August 2007 E. 2, je mit zahlreichen Hinweisen). Die Beweislast für das Bestehen eines Steuerobjekts und namentlich eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs obliegt damit - als steuerbegründende Tatsache - der ESTV (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 4.1; Urteile des BVGer A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.2; A-1354 vom 24. August 2007 E. 7.2.4, 8.2.2 in fine; A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 5.1).

3.
3.1 Nach Art. 4
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 4 Fornitura in territorio svizzero di un bene proveniente dall'estero a partire da un deposito in territorio svizzero - (art. 7 cpv. 1 LIVA)
MWSTV unterliegen Lieferungen und Dienstleistungen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden. Die Entgeltlichkeit erfordert einen Leistungsaustausch zwischen dem steuerpflichtigen Leistungserbringer und dem Empfänger. Besteht kein solches Austauschverhältnis, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich irrelevant und fällt nicht in den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer (statt vieler: BVGE 2008/63 E. 2.3; Urteil des BVGer A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.1; Entscheid der SRK vom 18. November 2002, VPB 67.49 E. 2a/cc, alle mit Hinweisen). Die Annahme eines solchen Leistungsaustauschs setzt voraus, dass zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung bzw. ein direkter ursächlicher Zusammenhang gegeben ist (BGE 132 II 353 E. 4.1; 126 II 443 E. 6a; Urteile des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.1; vom 30. April 2004, ASA 75 241 E. 3.3; 2A.175/2002 vom 23. Dezember 2002 E. 3.2; BVGE 2007/39 E. 2.1).
Die Beurteilung, ob ein Leistungsaustausch besteht, hat in erster Linie nach wirtschaftlichen, tatsächlichen Kriterien zu erfolgen (sog. wirtschaftliche Betrachtungsweise). Die zivil- bzw. vertragsrechtliche Sicht ist nicht entscheidend, hat aber immerhin Indizwirkung (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.304/2003 vom 14. November 2003 E. 3.6.1; BVGE 2007/23 E. 2.3.2 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 5. Juli 2005, VPB 70.7 E. 2a).

3.2 Das Entgelt stellt zudem die Bemessungsgrundlage für die Berechnung der Mehrwertsteuer dar (Art. 26 Abs. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 26 Prestazioni a persone strettamente vincolate - (art. 18 cpv. 1 LIVA)
MWSTV; vgl. BGE 126 II 451 E. 6). Dazu gehört alles, was die Empfängerin oder an ihrer Stelle eine dritte Person als Gegenleistung für die Lieferung oder Dienstleistung aufwendet (Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 26 Prestazioni a persone strettamente vincolate - (art. 18 cpv. 1 LIVA)
MWSTV).

3.3 Das Bestehen eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs wie auch Begriff und Umfang des Entgelts als Bemessungsgrundlage sind primär aus der Sicht des Leistungsempfängers zu definieren, was namentlich der Konzeption der Mehrwertsteuer als Verbrauchsteuer entspricht (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts vom 9. April 2002, ASA 72 S. 792 E. 5.1; Urteile des BVGer A-1567/2006 vom 28. Dezember 2007 E. 2.2.3, 2.5; A-1441/2006 vom 18. September 2008 E. 2.1.2; A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.1 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 14. Juni 2005, VPB 69.126 E. 2a/dd; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 226 ff., 230 ff.).

3.4 Für die Frage, ob der Handelnde als Leistungserbringer bzw. -empfänger zu gelten hat, ist in mehrwertsteuerlicher Hinsicht massgeblich, ob er in eigenem Namen auftritt oder nicht (Art. 10
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 10 Prestazioni di servizi in materia d'informatica o di telecomunicazioni - (art. 10 cpv. 2 lett. b LIVA)
1    Sono considerati prestazioni di servizi in materia d'informatica o di telecomunicazioni segnatamente:
a  le prestazioni di servizi radiofonici e televisivi;
b  il procurare diritti d'accesso, segnatamente alle reti fisse e di radiocomunicazione mobile, alla telecomunicazione via satellite nonché ad altre reti d'informazione;
c  la messa a disposizione e la garanzia delle capacità di trasferimento di dati;
d  la messa a disposizione di siti Internet, di hosting, della manutenzione in rete di programmi ed apparecchiature;
e  la messa a disposizione per via elettronica di software e dei relativi aggiornamenti;
f  la messa a disposizione per via elettronica di immagini, testi e informazioni nonché la messa a disposizione di banche dati;
g  la messa a disposizione per via elettronica di musica, film e giochi, compresi giochi in denaro.
2    Non sono considerate prestazioni di servizi in materia d'informatica o di telecomunicazioni segnatamente:
a  la semplice comunicazione tra chi esegue la prestazione e il destinatario della stessa per filo, via radioonde, su supporti ottici o elettromagnetici di altro tipo;
b  le prestazioni in materia di formazione ai sensi dell'articolo 21 capoverso 2 numero 11 LIVA aventi carattere interattivo;
c  la semplice messa a disposizione di impianti o parti di impianti esattamente definiti e destinati all'uso esclusivo del locatario per il trasferimento di dati.
MWSTV). Das Handeln wird grundsätzlich demjenigen mehrwertsteuerlich zugerechnet, der nach Aussen, gegenüber Dritten in eigenem Namen auftritt (Urteile des BVGer A-1562/2006 vom 26. September 2008 E. 2.2.3; A-1444/2006 vom 22. Juli 2008 E. 5; A-1341/2006 vom 7. März 2007 E. 3.2.1 mit Hinweisen; Entscheide der SRK vom 4. Dezember 2003, VPB 68.71 E. 2b, vom 15. November 2002, VPB 67.50 E. 2b, vom 21. Januar 1997, VPB 64.46 E. 3a und b; RIEDO, a.a.O., S. 253; zum Leistungsempfänger vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 2A.202/2006 vom 27. November 2006 E. 3.2, 4.2; Urteil des BVGer A-1626/2006 vom 20. April 2009 E. 2.5; Entscheid der SRK vom 20. März 2006 [CRC 2005-021] E. 3b).

3.5 Nicht zum Entgelt gehören gemäss Art. 26 Abs. 6 Bst. b
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 26 Prestazioni a persone strettamente vincolate - (art. 18 cpv. 1 LIVA)
MWSTV "Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand". Diese fliessen nicht in die Bemessungsgrundlage ein und unterliegen der Steuer nicht. Hingegen ist nach Art. 30 Abs. 6
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 30 Trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni - (art. 18 cpv. 2 LIVA)
1    La trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni secondo l'articolo 18 capoverso 2 LIVA, segnatamente nell'ambito della cooperazione in materia di formazione e ricerca, non è imponibile.
2    La riduzione della deduzione dell'imposta precedente secondo l'articolo 33 capoverso 2 LIVA è operata presso l'ultimo destinatario del versamento.
MWSTV der Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen, soweit ein Steuerpflichtiger Subventionen oder andere Beiträge der öffentlichen Hand erhält (BGE 126 II 443 E. 6b, c; 132 II 353 E. 4.3, 7.1; Urteil des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.2, 7.1).
Die MWSTV (und das MWSTG) definieren den Begriff Subvention nicht. Das Bundesgericht umschreibt Subventionen (im Sinn von Art. 26 Abs. 6 Bst. b
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 26 Prestazioni a persone strettamente vincolate - (art. 18 cpv. 1 LIVA)
MWSTV wie auch Art. 30 Abs. 6
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 30 Trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni - (art. 18 cpv. 2 LIVA)
1    La trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni secondo l'articolo 18 capoverso 2 LIVA, segnatamente nell'ambito della cooperazione in materia di formazione e ricerca, non è imponibile.
2    La riduzione della deduzione dell'imposta precedente secondo l'articolo 33 capoverso 2 LIVA è operata presso l'ultimo destinatario del versamento.
MWSTV) allgemein als Leistungen kraft öffentlichen Rechts, die anderen Rechtspersonen für bestimmte Zwecke zukommen, ohne dass dies zu einer unmittelbaren Gegenleistung an den Subventionsgebenden führe. Zur Beantwortung der Frage, ob eine Subvention vorliegt, ist zu prüfen, ob das Tatbestandsmerkmal der Entgeltlichkeit im vorn (E. 3.1) umschriebenen Sinn gegeben ist. Subventionen sind Beiträge der öffentlichen Hand, die ohne entsprechende marktwirtschaftliche Gegenleistung ausgerichtet werden. Der Subventionsgeber will damit beim Subventionsempfänger ein bestimmtes Verhalten hervorrufen oder unterstützen, das zur Erreichung eines bestimmten Zieles als geeignet erscheint; diese Zielsetzung muss im öffentlichen Interesse liegen und wird mit der Subventionierung zu verwirklichen versucht. Abgesehen von dieser Verhaltensbindung erfolgt die Subventionierung aber ohne Gegenleistung (BGE 126 II 443 E. 6; Urteile des Bundesgerichts vom 30. September 2003, ASA 74 523 E. 2.2; vom 11. Februar 2002, ASA 73 147 E. 1.2; vom 1. September 2005, ASA 76 248 E. 2.3; vom 25. August 2000, ASA 71 157 E. 6; 2C_105/2008 vom 25. Juni 2008 E. 3.2, 3.3; vom 7. Mai 2008, ASA 78 174 E. 3.1; ausführlich und statt vieler auch: Urteile des BVGer A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.2; A-6213/2007 vom 24. August 2009 E. 2.4).

4.
4.1 Streitgegenstand sind vorliegend einzig noch die Zahlungen des Bundes im Zusammenhang mit der Führung des F. Sekretariats (...) (vgl. Beschwerde Antrag 1 und 2 sowie Ziff. 5 und 6). Zu beurteilen ist, ob mit der ESTV von steuerbaren Entgelten im Sinn der MWSTV oder mit der Beschwerdeführerin von einem fehlenden mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch, und damit von Subventionen (E. 3.5), auszugehen ist.
Das Projekt F.-Sekretariat steht im Zusammenhang mit anderen F.-Projekten, an welchen die Beschwerdeführerin beteiligt war und wofür sie ebenfalls Zahlungen vom Bund erhalten hat. Diese Zahlungen wurden mit Schreiben der ESTV vom 20. Dezember 2000 und der GS vom 31. Januar 2001 von der ESTV als Subventionen anerkannt und sind vorliegend nicht (mehr) strittig.
Auch die im Einspracheentscheid noch strittige Entschädigung des Bundes im Zusammenhang mit dem Projekt .... bildet vorliegend nicht mehr Streitgegenstand, nachdem die ESTV die Zahlungen im Einspracheentscheid als Subvention qualifiziert hat und die Beschwerdeführerin auch die daraus folgende Vorsteuerkürzung nicht anficht.

4.2 Vorab kann zum Umfeld der fraglichen F.-Programme Folgendes festgehalten werden:
Mit dem Forschungsgesetz vom 7. Oktober 1983 (FG, SR 420.1; hier massgebliche ursprüngliche Fassung: BBl 1983 III 1062) will der Bund gemäss dem Zweckartikel in Art. 1 (a.) die wissenschaftliche Forschung fördern und die Auswertung ihrer Ergebnisse unterstützen; (b.) die Zusammenarbeit der Forschungsorgane überwachen und, wenn nötig, regeln; (c.) die wirtschaftliche und sparsame Verwendung der Bundesmittel für die Forschung sicherstellen. Die Förderung der Forschung erfolgt insbesondere über Beiträge an die Institutionen der Forschungsförderung (Art. 6 FG). Im Zusammenhang mit der Koordination bestimmt Art. 19 FG, dass der Bundesrat darüber wacht, dass die Bundesmittel für die Forschung koordiniert und wirksam verwendet werden (Abs. 1). Lässt sich die Zusammenarbeit nicht durch Selbstkoordination verwirklichen, trifft der Bundesrat die erforderlichen Massnahmen. Er kann zu diesem Zweck insbesondere bestehenden Kommissionen bestimmte Koordinationsaufträge erteilen oder besondere Kommissionen einsetzen (Abs. 2).
Gemäss den Informationen auf der Internetseite des Staatssekretariats für Bildung und Forschung (SBF) ist F. (Europäische Zusammenarbeit auf dem Gebiet der wissenschaftlichen und technischen Forschung) ein wichtiger Teil der Forschungszusammenarbeit mit Europa. F. bietet den Schweizer Forschenden die Möglichkeit, sich an einer europäischen Verbundforschung gleichberechtigt zu beteiligen. Das SBF unterstützt eine ganze Reihe von F.-Projekten. Der F.-Kredit des SBF wird nur teilweise für Forschungsförderung eingesetzt, er wird insbesondere auch für die Kosten der Koordination verwendet. Im heutigen Zeitpunkt existiert eine "Nationale F. Koordinatorin", welche die Schweiz in den F. Gremien vertritt, den Kontakt zwischen den nationalen und internationalen Gremien und Aktivitäten sichert und die Information und Beratung über F. sicherstellt (....).

4.3 Aktenkundig sind folgende Verträge, mit welchen die Führung des Sekretariats im Rahmen der F.-Zusammenarbeit geregelt wurde:
4.3.1 In einem Vertrag zwischen S. (als Beauftragter bezeichnet) und dem Bundesamt für Aussenwirtschaft (BAWI) (als Auftraggeber) vom ... (act. 22) wurden dem Beauftragten folgende Aufgaben übertragen: Führung des Sekretariats von Forschungsvorhaben im Rahmen der F.-Zusammenarbeit als externer Experte und Koordinator; Betreuung und Koordination der F.-Aktion F. und Zusammenarbeit mit den entsprechenden Verwaltungsausschüssen (Ziff. 1.1). Im Pflichtenheft (Anhang zum Vertrag) wurden diese Aufgaben wie folgt näher spezifiziert: Wissenschaftliche und administrative Betreuung von F.-Forschungsvorhaben als externer Experte; Zusammenarbeit mit dem F.-Sekretariat der EG-Kommission und den entsprechenden technischen F.-Ausschüssen und Verwaltungsausschüssen der F.-Aktionen sowie den nationalen F.-Koordinatoren. Weiter sehen der Vertrag und das Pflichtenheft Rechenschafts- und Auskunftspflichten des Beauftragten vor. Er ist zur halbjährlichen Berichterstattung zuhanden des Auftraggebers und der anderen interessierten Bundesstellen und zur Auskunfterteilung an den Auftraggeber verpflichtet (Pflichtenheft). Er hat zudem bei Abschluss seiner Tätigkeit einen Bericht über seine Tätigkeit zu verfassen. Liegt ein besonderes Interesse vor, kann der Auftraggeber unabhängig davon Auskunft verlangen (Ziff. 1.3 des Vertrags). Sodann untersteht gemäss Ziff. 2 des Vertrags der Beauftragte der für Bedienstete des Bundes geltenden Arbeitszeit- und Urlaubsregelung, wobei spezifiziert wird, dass der Umfang der Tätigkeit einem Beschäftigungsgrad von 50% entspreche. Als Salär wird dem Beauftragten jährlich ein Betrag von Fr. ... vergütet. Der Bund übernimmt zudem den Arbeitgeberanteil an den AHV/IV/EO- und ALV-Beiträgen des Beauftragten (Ziff. 4.1, 4.2). Reisekosten und weitere Spesen gehen zu Lasten der EU-Kommission (Ziff. 4.3). Weiter ist vereinbart, dass S. den Auftrag persönlich und in völliger Unabhängigkeit ausführt und dabei die öffentlichen Interessen wahrt (Ziff. 5). Die Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB) der Bundesverwaltung für Experten und Beauftragte wurden zum Bestandteil des Vertrags erklärt (Ziff. 6).
Im ... wurde zwischen dem BBW (Auftraggeber) und S., X. (Beauftragter) ein weiterer Vertrag geschlossen (act. 23). Dieser stimmt in Bezug auf die übertragenen Aufgaben (Ziff. 1.1 und 1.3 des Vertrags und Pflichtenheft im Anhang) praktisch vollständig mit dem vorerwähnten Vertrag überein. Sodann wird basierend auf einer Auslastung des Beauftragten für die Erfüllung der Aufgaben unter diesem Mandat von ca. 50% ein Pauschalbetrag für die Zeit vom 1. Januar bis Ende August 1998 ein Honorar von max. Fr. ... vereinbart (Ziff. 3.1). Reisekosten und weitere Spesen werden nicht vergütet. Hierzu wird festgehalten, dass der Beauftragte bei der EU-Kommission um einen finanziellen Beitrag für Spesen ersuchen wird (Ziff. 3.2). Der Bund übernimmt die Hälfte der Sozialversicherungskosten (Ziff. 4). Ziff. 5 und 6 des Vertrags stimmen wiederum mit dem vorerwähnten Vertrag überein.
4.3.2 Im Einspracheentscheid beruft sich die ESTV zudem auf einen Vertrag vom 1. März 1993 (act. 24) zwischen dem BBW und einem anderen damaligen Kollektivgesellschafter. Dieser Vertrag dauerte jedoch nur bis 31. Januar 1996 (Ziff. 10 des Vertrags). Die vorliegend strittigen Aufrechnungen der ESTV (F. Sekretariat) betreffen jedoch die Jahre 1996 bis 1998, während im Jahr 1995 noch keine Aufrechnung betreffend das Sekretariat (....) erfolgte (siehe Beilagen zur EA Nr. 102'418 und Beilage zum Einspracheentscheid). Entsprechend ist der fragliche Vertrag - wie auch die Beschwerdeführerin vorbringt - kaum entscheidrelevant. Ohnehin wurde im Grossen und Ganzen das selbe geregelt wie in den beiden vorerwähnten Verträgen.

4.4 Die Parteien scheinen darin einig zu gehen, dass die Beschwerdeführerin aus diesen Verträgen berechtigt und verpflichtet ist und die Leistungen betreffend F. Sekretariat ihr zuzurechnen sind. Aufgrund der Tatsache, dass S. in den Verträge in act. 22 und 23 als Beauftragter bezeichnet wird, ist die Identität des Leistungserbringers jedoch nicht ohne Weiteres klar und aufgrund des Untersuchungsgrundsatzes und der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. E. 2.1) ist auf diese Problematik, obwohl unter den Parteien nicht strittig, zumindest kurz einzugehen.
S. war in der fraglichen Zeit Kollektivgesellschafter der Beschwerdeführerin. Tritt er gegen Aussen für diese in Erscheinung, ist mehrwertsteuerlich entscheidend, ob er dabei ausdrücklich im Namen der Kollektivgesellschaft gehandelt hat (E. 3.4). Wäre dies zu verneinen, müsste er selbst als Leistungserbringer der fraglichen Leistungen angesehen werden.
In Bezug auf den Vertrag mit dem BBW vom ... (act. 23), in welchem als Beauftragter "S., X." bezeichnet und dabei die Adresse der Kollektivgesellschaft angefügt wurde, kann mit den Parteien davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdeführerin Leistungserbringerin ist. Zweifel bestehen aber bezüglich des Vertrags mit dem BAWI vom ... (act. 22). In diesem wird die X. überhaupt nicht erwähnt, weder im Kopf des Vertrags noch bei den Unterschriften. Allein aufgrund des Vertrags gälte damit S. als mehrwertsteuerlicher Leistungserbringer (E. 3.4). Da die weiteren Sachumstände nicht bekannt sind, kann die Identität des Leistungserbringers aber nicht abschliessend eruiert werden. Die Beschwerdeführerin bestreitet wie erwähnt nicht, dass die Verträge sie (zivilrechtlich) berechtigten und verpflichteten und die Leistungen aus den Verträgen ihr zuzurechnen sind. Nicht umstritten ist auch, dass die Zahlungen schlussendlich der Beschwerdeführerin zukamen und ihr als Umsatz oder - wie sie geltend macht - als Subventionszahlungen zuzurechnen sind. Unter diesen Umständen ist es nicht am Bundesverwaltungsgericht, in dieser Richtung weitere Abklärungen zu treffen (vgl. E. 2.1). Es ist mit den Parteien anzunehmen, dass die Beschwerdeführerin in mehrwertsteuerlicher Hinsicht Vertragspartei und Erbringerin der vereinbarten Leistungen war.

4.5 Die vertraglich vereinbarte Tätigkeit bestand im Führen des Sekretariates für die Forschungsvorhaben im Rahmen der F.-Zusammenarbeit. Dabei galt es, die F.-Aktionen zu betreuen und zu koordinieren und den Kontakt und die Zusammenarbeit mit den verschiedenen F.-Ausschüssen zu übernehmen. Ferner wurden Auskunfts- und Rechenschaftspflichten statuiert (vorn E. 4.3.1). Massgebliche Frage ist nun, ob diese Arbeiten im Rahmen eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs mit den fraglichen Zahlungen des Bundes ausgeführt wurden.
In beiden Verträgen ist explizit festgehalten, es werde ein Auftrag zur Ausführung übertragen. Auch angesichts der Bezeichnung als Auftrag bzw. Mandat und der Vertragsparteien als Auftraggeber und Beauftragter wollten die Parteien offensichtlich einen zivilrechtlichen Auftrag abschliessen. Weiter werden die AGB der Bundesverwaltung für Experten und Beauftragte zum Bestandteil des Vertrags erklärt (zum Ganzen vorn E. 4.3.1). Wenn auch die zivilrechtliche Qualifikation als Auftrag nicht allein entscheidend ist, ist darin bereits ein Indiz für einen mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch zu sehen (vorn E. 3.1).
Das Austauschverhältnis und die innere wirtschaftliche Verknüpfung zwischen vereinbarter Leistung und Entgelt (E. 3.1) ergibt sich - abgesehen von der Bezeichnung - auch aus dem Vertragsinhalt.
Der Bund hat in den Verträgen bestimmte, genau spezifizierte Aufgaben auf die Beschwerdeführerin übertragen und diese damit zu deren Erfüllung verpflichtet. Der Bund befand es, nachdem er sich zur Förderung und Subventionierung der EU-Forschungsprogramme (F.) entschlossen hatte, offenbar für notwendig, für deren Koordination und ordnungsgemässen Ablauf zu sorgen. Er wollte weiter sicherstellen, dass der Austausch mit den verschiedensten F.-Organen gewährleistet und die Schweiz in den internationalen Gremien vertreten ist. Ebenfalls benötigte er für sich eine Kontaktperson, welche über die nötigen Informationen und den Überblick über die einzelnen Projekte verfügt, Auskunft geben und Berichte abliefern kann. Dass die Koordination der F.-Projekte, aber auch das Zusammenwirken mit und die Vertretung in den F.-Gremien usw., als Aufgabe des Bundes betrachtet wird, die es zu erfüllen gilt, ergibt sich auch aus Art. 19 FG und der Tatsache, dass heute eine vom Bund gestellte Koordinatorin existiert, welche Aufgaben erfüllt, die den vorliegend zur Diskussion stehenden weitgehend entsprechen (E. 4.2). Der Bund hat damit ein eigenes Interesse an der Erfüllung der mittels diesem Auftrag vereinbarten Leistungen und um diese Leistungen zu erhalten, hat er mit der Beschwerdeführerin die Verträge geschlossen.
Das in den Verträgen vereinbarte Entgelt wurde sodann klarerweise im Austausch für diese Leistungen vereinbart. Aus der (hier massgeblichen, vorn E. 3.3) Sicht des Bundes besteht ein Leistungsaustausch, indem der Bund die fraglichen Leistungen bei der Beschwerdeführerin einkaufte, für sich erbringen liess und hierfür die fraglichen Zahlungen leistete. Dies wird zudem durch einzelne Punkte der Verträge bestätigt, wie die Bezeichnung des Entgelts als "Salär" oder "Lohn" (Vertrag in act. 22) bzw. Honorar (Vertrag in act. 23), die Übernahme eines Teils der Sozialversicherungsbeiträge, die Präzisierung (vgl. Vertrag in act. 23), dass das Honorar "basierend auf einer Auslastung des Beauftragten für die Erfüllung der Aufgaben unter diesem Mandat von ca. 50%" ausgerichtet werde; all dies impliziert eine Abgeltung für geleistete Arbeit.
Eine Subvention fällt bei diesen Gegebenheiten ausser Betracht. Es kann keine Rede sein davon, dass der Bund bloss die Tätigkeit der Beschwerdeführerin allgemein fördern will. Die Führung des Sekretariats F. beruht auf einem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch und die Zahlungen des Bundes sind steuerbares Entgelt.

4.6 Es bleibt auf einzelne Argumente der Beschwerdeführerin einzugehen.
4.6.1 Sie bringt vor, von den vertraglich vereinbarten Aufgaben hätten die "besonderen Aufgaben" gemäss Pflichtenheft, nämlich die Berichterstattung und die Auskunftserteilung (vgl. E. 4.3.1), nur etwa 5% der Arbeitszeit von S. ausgemacht. Die ganze restliche Arbeitszeit habe sich also auf die "allgemeinen" Aufgaben bezogen. Dieses Argument ist nicht stichhaltig, denn anders als die Beschwerdeführerin offenbar annimmt, haben angesichts der Verträge nicht nur die besonderen Aufgaben gemäss Pflichtenheft als Teil des vereinbarten Leistungsaustauschs zu gelten, sondern auch die allgemeinen Aufgaben; auch für sie wurden die Zahlungen geleistet.
4.6.2 Weiter wird in verschiedener Hinsicht die Verletzung des Gleichbehandlungsgebots gerügt.
So wird vorgebracht, es stelle eine rechtsungleiche Behandlung dar, wenn die EU-Forschungsprojekte (F., ...) und die Nationalen Forschungsprogramme (NFP) einerseits und das Projekt F.-Sekretariat andererseits ungleich behandelt würden. Diesbezüglich hebt die ESTV richtig hervor, dass die die Beiträge für die F.-Projekte und die Beiträge für die Führung des Sekretariats für diese F.-Projekte separat zu qualifizieren sind. Dass Erstere als Subventionen zu betrachten sind, führt zu keinerlei Schluss für die Qualifikation der Führung des Sekretariats. Letzteres beruht nach dem Gesagten anders als die Forschungsbeiträge auf einen Leistungsaustausch. Insofern kann auch nicht von einem Verstoss gegen das Gleichbehandlungsgebot gesprochen werden. Dasselbe gilt für als Subventionen erachtete Zahlungen für andere Forschungsprojekte (NFP, ...), soweit es bei diesen um die Förderung der Forschung bzw. bestimmter Forschungsprojekte geht. Bei der Vereinbarung betreffend die Führung des F.-Sekretariats besteht - wie dargestellt - eine ganz andere Ausgangslage.
Weiter wird vorgebracht, bis im Jahr 1999 seien die NFP von Programmleitern geleitet worden, deren Aufgaben (Koordination, Begleitung, Abrechnung und Verfassen eines Schlussberichts) mit jenen von S. als Sekretär des F.-Programms ... direkt vergleichbar gewesen seien. Diese Arbeit sei aber von der Mehrwertsteuer ausgenommen bzw. dieser nicht unterworfen worden worden. Die ESTV erwidert dem, die Verhältnisse bei den Programmleitern seien nicht vergleichbar mit den vorliegenden. Wie es sich damit verhält, ist nicht bekannt. Die Beschwerdeführerin hat die Verhältnisse betreffend die fraglichen Programmleiter und die Vergleichbarkeit mit dem vorliegenden Fall nicht dargelegt und damit nicht aufgezeigt, dass "Gleiches" zu Unrecht ungleich behandelt worden wäre. Mangels Anhaltspunkten, dass eine Rechtsungleichheit bestehen könnte, rechtfertigen sich weitere Abklärungen durch das Bundesverwaltungsgericht nicht (vorn E. 2.1). Zudem ist nach dem Gesagten nicht zweifelhaft, dass die Tätigkeit des Sekretärs der F.-Projekte der Mehrwertsteuer untersteht. Wäre die Tätigkeit der besagten Programmleiter tatsächlich vergleichbar, so wäre die Beschwerdeführerin folglich darauf hinzuweisen, das ein Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht grundsätzlich nicht besteht. Nur ausnahmsweise wird solches anerkannt, nämlich wenn eine rechtsanwendende Behörde eine gesetzwidrige Praxis pflegt und überdies zu erkennen gibt, dass sie davon auch in Zukunft nicht abweichen werde (vgl. BGE 132 II 485 E. 8.6; 112 Ib 381 E. 6; 122 II 446 E. 4a, mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 2A.47/2005 vom 7. Juni 2007 E. 4; Urteile des BVGer A-1474/2006 vom 28. Januar 2008 E. 3.4.2; A-1493/2006 vom 30. August 2007 E. 3.3; A-1383/2006 vom 19. Juli 2007 E. 3.4.5). Dafür, dass diese Voraussetzungen erfüllt sind, bestehen hier ebenfalls keine Hinweise.
4.6.3 Schliesslich verweist die Beschwerdeführerin auf zwei Tabellen in der Beilage zur EA Nr. 102'418 und bringt vor, der Revisor habe die besteuerten Beträge in den zwei verschiedenen Tabellen unterschiedlich qualifiziert, nämlich einmal als ausgenommen oder Auslandumsätze (vertikale Tabelle) und einmal als steuerpflichtig (querformatige Tabelle). Deswegen sei davon auszugehen, dass der Revisor einem Irrtum unterlegen ist (vgl. Ziff. 10 ff. Beschwerde). Vorab könnte eine vereinzelte "Qualifikation" durch einen Revisor, die von allen späteren Qualifikationen der ESTV abweicht, nicht als entscheidrelevant angesehen werden und vermöchte auch keinen Gutglaubensschutz zu begründen. Zudem kann auf die nachvollziehbare Angabe in der Vernehmlassung verwiesen werden, wonach in der vertikalen Tabelle die Umsätze so aufgelistet worden seien, wie von der Beschwerdeführerin deklariert, es sich also gar nicht um eine Qualifikation der ESTV handle. Diese befinde sich in den querformatigen Tabellen.

5.
Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, ein Teil des unter dem Titel F. Sekretariat besteuerten Betrags von Fr. ... umfasse Beiträge der EU. Auftraggeber im Zusammenhang mit der Führung dieses Sekretariats sei neben dem BAWI, dem BUWAL und dem BBW (Beträge von insgesamt Fr. ....) auch die Europäische Kommission gewesen, welche Direktzahlungen von Fr. ... geleistet habe. Dieser von der EU ausgerichtete Betrag sei zu Unrecht besteuert worden, es handle sich um ausgenommene Umsätze bzw. Auslandumsätze (Beschwerde Ziff. 14, Einsprache Ziff. 7 f.). In der Einsprache (Ziff. 8) wird spezifiziert, es gehe (u.a.) um die Bezahlung von Reise- und Unterkunftskosten von S.

5.1 Vorab ist festzuhalten, dass aus den Akten nicht ersichtlich ist, ob und inwiefern im aufgerechneten Betrag von Fr. ... (zu diesem Betrag vgl. etwa Beilage zum Einspracheentscheid) auch Zahlungen seitens der EU enthalten sind. Die Angaben der Beschwerdeführerin werden von der ESTV zwar nicht bestritten, es wird aber zu diesem Vorbringen auch nur in der Vernehmlassung kurz Stellung genommen und dabei von "allfälligen Zahlungen der EU" gesprochen. Diesen Punkt hätte die ESTV gegebenenfalls noch zu klären (siehe unten E. 5.4). Im Folgenden wird vorläufig unterstellt, dass die Angabe der Beschwerdeführerin zutrifft.

5.2 Dem Einwand der Beschwerdeführerin hält die ESTV in der Vernehmlassung entgegen, die Tatsache, dass diese allfällige Zahlungen von der EU erhalten habe (z.B. Reisekosten und weitere Spesen gemäss dem Vertrag zwischen BAWI und S. in act. 22 Ziff. 4.3), befreie noch nicht per se von der Mehrwertsteuerpflicht. Massgebend sei, wer Leistungsempfänger war und dies sei gemäss den Verträgen die Eidgenossenschaft gewesen und nicht die EU.
Soweit aus dieser - reichlich knappen - Begründung ersichtlich, geht die ESTV also davon aus, dass die Zahlungen der EU Entgelt bildeten für die Leistungen der Beschwerdeführerin gegenüber dem Bund. Es trifft zwar zu, dass das Entgelt nach Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 26 Prestazioni a persone strettamente vincolate - (art. 18 cpv. 1 LIVA)
MWSTV statt durch den Leistungsempfänger auch durch eine dritte Person geleistet werden kann (Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 26 Prestazioni a persone strettamente vincolate - (art. 18 cpv. 1 LIVA)
Satz 1 MWSTV; vorn E. 3.2). Wer das Entgelt aufwendet, ist entsprechend auch nicht allein entscheidend für die Bestimmung des Leistungsempfängers. Damit die Zahlungen der EU-Kommission in diesem Sinn von dritter Seite geleistetes steuerbares Entgelt darstellen könnten, müssten sie aber tatsächlich auf dem - vorstehend umschriebenen - Leistungsaustausch zwischen der Beschwerdeführerin und dem Bund beruhen. D.h. die Beiträge der EU müssten Entgelt (geleistet von dritter Seite) bilden für die Leistungen, welche die Beschwerdeführerin gestützt auf die erwähnten Verträge dem Bund erbringt (zum Ganzen E. 3.1 f.).
Ob dies hier der Fall ist, kann aufgrund der Aktenlage nicht beantwortet werden. Die rechtlichen bzw. vertraglichen Grundlagen der strittigen Zahlungen der EU-Kommission sind nicht bekannt. Anzunehmen ist lediglich, dass eine Vereinbarung zwischen dem Beauftragten und der EU-Kommission existierte und das F. Sekretariat Beiträge der EU-Kommission erhielt (vgl. Ziff. 1.2 und 4.3 des Vertrags in act. 22 bzw. Ziff. 1.2 imd 3.2 des Vertrags in act. 23, vorn E. 4.3.1; ferner Beilage zu act. 23: Bestätigung der EU-Kommission, wonach diese für die Jahre 1997 und 1998 finanzielle Unterstützung zusichert). Davon, dass diese Beiträge der EU Teil des Entgelts für die mit dem Bund vereinbarten Leistungen darstellen sollten, ist nirgends die Rede. Weder der ursächliche Zusammenhang noch die innere wirtschaftliche Verknüpfung zwischen den Zahlungen der EU-Kommission und den Leistungen der Beschwerdeführerin an den Bund sind erstellt und die ESTV hat ihre Annahme in der Vernehmlassung (sofern die dortige Bemerkung überhaupt richtig interpretiert wurde) nicht belegt.

5.3 Statt als Entgelt im Rahmen des Leistungsaustauschs zwischen der Beschwerdeführerin und dem Bund könnten die Zahlungen der EU-Kommission im Übrigen auch in deren eigenem Interesse ausgerichtet worden sein. Dann wäre wiederum zu prüfen, ob darin eine Subvention läge, oder ob die Zahlungen in einem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch mit einer Leistung der Beschwerdeführerin an die EU-Kommission stünden. Im zweiten Fall könnten die Zahlungen allenfalls in die Bemessungsgrundlage fallen, wobei weiter zu untersuchen wäre, ob überhaupt eine in der Schweiz steuerbare Leistung oder ob vielmehr eine Ausfuhrleistung nach Art. 15 Abs. 2 Bst. l
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 15 Direzione unica - (art. 13 LIVA)
MWSTV vorläge. Mangels Dokumentation der massgeblichen Sachumstände kann auch keine dieser Konstellationen bejaht werden.

5.4 Dass den Zahlungen der EU-Kommission ein Leistungsaustausch zugrunde liegt und sie steuerbares Entgelt bilden, ist damit nicht erwiesen. Dies ist auf eine ungenügende Abklärung des Sachverhalts durch die ESTV zurückzuführen, welche nicht plausibel erläutert und schon gar nicht belegt hat, worin der massgebliche Leistungsaustausch liegen soll. Hat die Vorinstanz den Sachverhalt unrichtig oder unvollständig festgestellt und damit Art. 49 Bst. b
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
VwVG verletzt, hat eine Rückweisung im Sinn von Art. 61 Abs. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 61
1    L'autorità di ricorso decide la causa o eccezionalmente la rinvia, con istruzioni vincolanti, all'autorità inferiore.
2    La decisione del ricorso deve contenere la ricapitolazione dei fatti rilevanti, i motivi e il dispositivo.
3    Essa è notificata alle parti e all'autorità inferiore.
VwVG an diese zu erfolgen (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 3.195). Hinzu kommt, dass die ESTV zum fraglichen - bereits in der Einsprache (S. 5) vorgebrachten - Argument der Beschwerdeführerin im Einspracheentscheid keinerlei und in der Vernehmlassung nur sehr kurz Stellung genommen hat. Damit hat sie auch der Begründungspflicht nicht Genüge getan (siehe hierzu: BGE 129 I 232 E. 3.2; 126 I 97 E. 2b; 112 Ia 107 E. 2b). Auch aufgrund der Verletzung der Begründungspflicht ist die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen (Urteile des BVGer A-1506/2006 vom 3. Juni 2008 E. 2.1.1; A-1543/2006 vom 14. April 2009; E. 2.1; BVGE 2008/26 E. 5.2; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 3.106, 3.113 f.).
Die Beschwerde ist damit teilweise gutzuheissen und die Sache zur Abklärung der Frage, ob die Zahlungen der EU-Kommission als steuerbares Entgelt betrachtet werden können, an die ESTV zurückzuweisen. Es ist daran zu erinnern, dass die ESTV für den Bestand eines Steuerobjekts die Beweislast trägt (E. 2.2) und sie damit zu beweisen hat, dass die Zahlungen Entgelt in einem mehrwertsteuerrelevanten Leistungsaustausch darstellen. Nur dann dürften sie in die Bemessungsgrundlage gezogen werden. Wie bereits erwähnt, hat die ESTV zudem auch abzuklären, ob und bejahendenfalls in welchem Umfang in der Aufrechnung eines Umsatzes von Fr. ... effektiv auch Zahlungen enthalten sind, die nicht vom Bund, sondern von der EU geleistet worden sind (vorn E. 5.1).

6.
Die Beschwerde ist im Sinn der Erwägungen teilweise gutzuheissen (E. 5), im Übrigen aber abzuweisen. Angesichts der teilweisen Gutheissung werden die Verfahrenskosten von Fr. 3'000.-- der Beschwerdeführerin im reduzierten Umfang von Fr. 2'000.-- auferlegt (Art. 63 Abs. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
VwVG). Die ESTV hat zudem der teilweise obsiegenden und vertretenen Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (Art. 64 Abs. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 64
1    L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
2    Il dispositivo indica l'ammontare dell'indennità e l'addossa all'ente o all'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, in quanto non possa essere messa a carico di una controparte soccombente.
3    Se una controparte soccombente ha presentato conclusioni indipendenti, l'indennità può essere messa a suo carico, secondo la propria solvenza.
4    L'ente o l'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, risponde dell'indennità addossata a una controparte soccombente, in quanto non possa essere riscossa.
5    Il Consiglio federale disciplina la determinazione delle spese ripetibili.106 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005107 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010108 sull'organizzazione delle autorità penali.109
und 2
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 64
1    L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
2    Il dispositivo indica l'ammontare dell'indennità e l'addossa all'ente o all'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, in quanto non possa essere messa a carico di una controparte soccombente.
3    Se una controparte soccombente ha presentato conclusioni indipendenti, l'indennità può essere messa a suo carico, secondo la propria solvenza.
4    L'ente o l'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, risponde dell'indennità addossata a una controparte soccombente, in quanto non possa essere riscossa.
5    Il Consiglio federale disciplina la determinazione delle spese ripetibili.106 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005107 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010108 sull'organizzazione delle autorità penali.109
VwVG). Diese wird in Anwendung von Art. 14
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 14 Determinazione delle spese ripetibili
1    Le parti che chiedono la rifusione di ripetibili e gli avvocati d'ufficio devono presentare al Tribunale, prima della pronuncia della decisione, una nota particolareggiata delle spese.
2    Il Tribunale fissa l'indennità dovuta alla parte e quella dovuta agli avvocati d'ufficio sulla base della nota particolareggiata delle spese. Se quest'ultima non è stata inoltrata, il Tribunale fissa l'indennità sulla base degli atti di causa.
des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) auf Fr. 3'500.-- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) festgesetzt.

Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:

1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und die Sache diesbezüglich im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.

2.
Die Verfahrenskosten werden in reduziertem Umfang von Fr. 2'000.--der Beschwerdeführerin auferlegt. Sie werden mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 3'000.-- verrechnet. Der Überschuss von Fr. 1'000.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft zurückerstattet.

3.
Die ESTV hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 3'500.-- zu entrichten.

4.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)

Die vorsitzende Richterin: Die Gerichtsschreiberin:

Salome Zimmermann Sonja Bossart

Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
BGG).

Versand:
Informazioni decisione   •   DEFRITEN
Documento : A-46/2007
Data : 10. novembre 2009
Pubblicato : 19. novembre 2009
Sorgente : Tribunale amministrativo federale
Stato : Inedito
Ramo giuridico : Imposte indirette
Oggetto : Mehrwertsteuer (1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999); Leistungsaustausch; Subvention.


Registro di legislazione
LIVA: 65 
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 65 - 1 L'AFC è competente per la determinazione e la riscossione dell'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero e dell'imposta sull'acquisto.
1    L'AFC è competente per la determinazione e la riscossione dell'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero e dell'imposta sull'acquisto.
2    Essa prende le decisioni necessarie per una determinazione e una riscossione dell'imposta conformi alla legge, in quanto la loro emanazione non sia espressamente riservata a un'altra autorità.
3    Essa pubblica senza indugio qualsiasi nuova prassi che non sia di carattere esclusivamente interno.
4    Tutti gli atti amministrativi devono essere eseguiti sollecitamente.
5    L'onere amministrativo che la riscossione dell'imposta comporta per il contribuente non può eccedere quanto assolutamente necessario per l'applicazione della presente legge.
93
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 93 Garanzie - 1 L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
1    L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
a  l'esazione tempestiva sembra in pericolo;
b  il debitore prende disposizioni per abbandonare il suo domicilio, la sua sede sociale o il suo stabilimento d'impresa in Svizzera o per farsi cancellare dal registro svizzero di commercio;
c  il debitore è in mora con il loro pagamento;
d  il contribuente assume in tutto o in parte un'impresa in fallimento.
e  il contribuente presenta rendiconti in cui figurano importi manifestamente troppo bassi.
2    Se il contribuente rinuncia all'esenzione dall'assoggettamento (art. 11) o opta per l'imposizione di prestazioni escluse dall'imposta (art. 22), l'AFC può esigere che presti garanzie conformemente al capoverso 7.
3    La richiesta di garanzie deve indicare la causa giuridica delle stesse, l'importo da garantire e l'ufficio incaricato di riceverle; essa vale come decreto di sequestro ai sensi dell'articolo 274 LEF182. Contro la richiesta di garanzie non è ammesso reclamo.
4    La richiesta di garanzie è impugnabile con ricorso al Tribunale amministrativo federale.
5    Il ricorso contro la richiesta di garanzie non ha effetto sospensivo.
6    La notificazione della decisione concernente il credito fiscale vale come inizio dell'azione ai sensi dell'articolo 279 LEF. Il termine per promuovere l'esecuzione decorre dal momento in cui la decisione relativa al credito fiscale è passata in giudicato.
7    Le garanzie devono essere prestate sotto forma di depositi in contanti, fideiussioni solidali solvibili, garanzie bancarie, cartelle ipotecarie o ipoteche, polizze di assicurazione sulla vita con valore di riscatto, obbligazioni in franchi svizzeri, quotate in borsa, di debitori svizzeri o obbligazioni di cassa emesse da banche svizzere.
LTAF: 31 
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 31 Principio - Il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 196819 sulla procedura amministrativa (PA).
32 
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
53
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 53 Disposizioni transitorie
1    La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
2    Il Tribunale amministrativo federale giudica, in quanto sia competente, i ricorsi pendenti presso le commissioni federali di ricorso o d'arbitrato o presso i servizi dei ricorsi dei dipartimenti al momento dell'entrata in vigore della presente legge. Il giudizio si svolge secondo il nuovo diritto processuale.
LTF: 42 
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
82
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
OIVA: 4 
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 4 Fornitura in territorio svizzero di un bene proveniente dall'estero a partire da un deposito in territorio svizzero - (art. 7 cpv. 1 LIVA)
10 
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 10 Prestazioni di servizi in materia d'informatica o di telecomunicazioni - (art. 10 cpv. 2 lett. b LIVA)
1    Sono considerati prestazioni di servizi in materia d'informatica o di telecomunicazioni segnatamente:
a  le prestazioni di servizi radiofonici e televisivi;
b  il procurare diritti d'accesso, segnatamente alle reti fisse e di radiocomunicazione mobile, alla telecomunicazione via satellite nonché ad altre reti d'informazione;
c  la messa a disposizione e la garanzia delle capacità di trasferimento di dati;
d  la messa a disposizione di siti Internet, di hosting, della manutenzione in rete di programmi ed apparecchiature;
e  la messa a disposizione per via elettronica di software e dei relativi aggiornamenti;
f  la messa a disposizione per via elettronica di immagini, testi e informazioni nonché la messa a disposizione di banche dati;
g  la messa a disposizione per via elettronica di musica, film e giochi, compresi giochi in denaro.
2    Non sono considerate prestazioni di servizi in materia d'informatica o di telecomunicazioni segnatamente:
a  la semplice comunicazione tra chi esegue la prestazione e il destinatario della stessa per filo, via radioonde, su supporti ottici o elettromagnetici di altro tipo;
b  le prestazioni in materia di formazione ai sensi dell'articolo 21 capoverso 2 numero 11 LIVA aventi carattere interattivo;
c  la semplice messa a disposizione di impianti o parti di impianti esattamente definiti e destinati all'uso esclusivo del locatario per il trasferimento di dati.
15 
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 15 Direzione unica - (art. 13 LIVA)
26 
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 26 Prestazioni a persone strettamente vincolate - (art. 18 cpv. 1 LIVA)
30 
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 30 Trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni - (art. 18 cpv. 2 LIVA)
1    La trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni secondo l'articolo 18 capoverso 2 LIVA, segnatamente nell'ambito della cooperazione in materia di formazione e ricerca, non è imponibile.
2    La riduzione della deduzione dell'imposta precedente secondo l'articolo 33 capoverso 2 LIVA è operata presso l'ultimo destinatario del versamento.
53
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 53 Preparazione sul posto e servizio presso il cliente - (art. 25 cpv. 3 LIVA)
1    Sono considerati preparazione segnatamente il fatto di cuocere, riscaldare, frullare, preparare o mescolare derrate alimentari61. Non è considerato preparazione il semplice mantenimento della temperatura di derrate alimentari pronte per il consumo.
2    Per servizio s'intende segnatamente il fatto di servire i prodotti commestibili nei piatti, preparare buffet freddi e caldi, versare le bevande nei bicchieri, apparecchiare e sparecchiare i tavoli, servire gli ospiti, nonché la direzione e la sorveglianza del personale di servizio, la gestione e il rifornimento dei buffet a libero servizio.
PA: 5 
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
12 
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 12 - L'autorità accerta d'ufficio i fatti e si serve, se necessario, dei seguenti mezzi di prova:
a  documenti;
b  informazioni delle parti;
c  informazioni o testimonianze di terzi;
d  sopralluoghi;
e  perizie.
49 
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
61 
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 61
1    L'autorità di ricorso decide la causa o eccezionalmente la rinvia, con istruzioni vincolanti, all'autorità inferiore.
2    La decisione del ricorso deve contenere la ricapitolazione dei fatti rilevanti, i motivi e il dispositivo.
3    Essa è notificata alle parti e all'autorità inferiore.
62 
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 62
1    L'autorità di ricorso può modificare la decisione impugnata a vantaggio di una parte.
2    Essa può modificare a pregiudizio di una parte la decisione impugnata quando questa violi il diritto federale o poggi su un accertamento inesatto o incompleto dei fatti; per inadeguatezza, la decisione impugnata non può essere modificata a pregiudizio di una parte, a meno che la modificazione giovi ad una controparte.
3    L'autorità di ricorso che intenda modificare la decisione impugnata a pregiudizio di una parte deve informarla della sua intenzione e darle la possibilità di esprimersi.
4    L'autorità di ricorso non è vincolata in nessun caso dai motivi del ricorso.
63 
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
64
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 64
1    L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
2    Il dispositivo indica l'ammontare dell'indennità e l'addossa all'ente o all'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, in quanto non possa essere messa a carico di una controparte soccombente.
3    Se una controparte soccombente ha presentato conclusioni indipendenti, l'indennità può essere messa a suo carico, secondo la propria solvenza.
4    L'ente o l'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, risponde dell'indennità addossata a una controparte soccombente, in quanto non possa essere riscossa.
5    Il Consiglio federale disciplina la determinazione delle spese ripetibili.106 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005107 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010108 sull'organizzazione delle autorità penali.109
TS-TAF: 14
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 14 Determinazione delle spese ripetibili
1    Le parti che chiedono la rifusione di ripetibili e gli avvocati d'ufficio devono presentare al Tribunale, prima della pronuncia della decisione, una nota particolareggiata delle spese.
2    Il Tribunale fissa l'indennità dovuta alla parte e quella dovuta agli avvocati d'ufficio sulla base della nota particolareggiata delle spese. Se quest'ultima non è stata inoltrata, il Tribunale fissa l'indennità sulla base degli atti di causa.
Registro DTF
110-V-48 • 112-IA-107 • 112-IB-381 • 117-IB-114 • 117-V-261 • 119-V-347 • 121-III-274 • 122-II-446 • 126-I-97 • 126-II-443 • 129-I-232 • 130-III-321 • 131-II-200 • 132-II-103 • 132-II-353 • 132-II-485
Weitere Urteile ab 2000
2A.110/2000 • 2A.175/2002 • 2A.202/2006 • 2A.264/2006 • 2A.304/2003 • 2A.410/2006 • 2A.47/2005 • 2C_105/2008
Parole chiave
Elenca secondo la frequenza o in ordine alfabetico
imposta sul valore aggiunto • sovvenzione • tribunale amministrativo federale • tribunale federale • decisione su opposizione • controprestazione • società in nome collettivo • autorità inferiore • elenco degli obblighi • fattispecie • fornitore di prestazioni • allegato • 1995 • onere della prova • quesito • programma di ricerca • esattezza • spese di viaggio • onorario • interesse di mora
... Tutti
BVGE
2008/63 • 2008/26 • 2007/23 • 2007/41 • 2007/39
BVGer
A-1341/2006 • A-1354/2006 • A-1359/2006 • A-1383/2006 • A-1385/2006 • A-1418/2006 • A-1441/2006 • A-1444/2006 • A-1474/2006 • A-1493/2006 • A-1501/2006 • A-1506/2006 • A-1543/2006 • A-1562/2006 • A-1567/2006 • A-1626/2006 • A-2036/2008 • A-4072/2007 • A-46/2007 • A-6152/2007 • A-6213/2007
AS
AS 1994/1464
FF
1983/III/1062
VPB
64.46 • 67.49 • 67.50 • 68.71 • 69.126 • 70.7
Rivista ASA
ASA 71,157 • ASA 72,792 • ASA 73,147 • ASA 74,523 • ASA 75,241 • ASA 76,248 • ASA 78,174