Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Abteilung I
A-46/2007
{T 0/2}

Urteil vom 10. November 2009

Besetzung
Richterin Salome Zimmermann (Vorsitz), Richter Thomas Stadelmann, Richter Pascal Mollard,
Gerichtsschreiberin Sonja Bossart.

Parteien
Kollektivgesellschaft X._______, ....,
vertreten durch ...,
Beschwerdeführerin,

gegen

Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.

Gegenstand
Mehrwertsteuer (1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999); Leistungsaustausch; Subvention.

Sachverhalt:

A.
Die Kollektivgesellschaft X. (....) ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Nach einer Kontrolle stellte die ESTV betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999 unter anderem die Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 102'418 über Fr. ... aus. In einem Schreiben vom 20. Dezember 2000 kam die ESTV zum Teil auf ihre Qualifikationen im Rahmen der EA zurück. Insbesondere seien die Beiträge des Bundes für die Forschung im Rahmen der europäischen Forschungsprogramme F. als Subventionen bzw. Beiträge der öffentlichen Hand anzusehen, die nicht der Steuer unterstünden, aber zu einer Vorsteuerkürzung führten. Die Zahlungen des Bundes aufgrund des Vertrags betreffend Koordination bzw. Führung des Sekretariats im Rahmen der Aktion F. hingegen stellten steuerbare Gegenleistung dar. Mit Gutschriftsanzeige (GS) vom 31. Januar 2001 über Fr. ... wurde eine entsprechende Korrektur der Steuerforderung vorgenommen. Mit Entscheid vom 4. Dezember 2001 erkannte die ESTV, sie habe von der X. zu Recht Fr. ... Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins nachgefordert. Hiergegen wurde am 16. Januar 2002 Einsprache erhoben.

B.
Mit Einspracheentscheid vom 15. November 2006 stellte die ESTV - neben anderem - die Rechtskraft des Entscheids vom 4. Dezember 2001 im Umfang von Fr. ... (zuzüglich Verzugszins) fest (Ziff. 1 Dispositiv), hiess die Einsprache im Umfang von Fr. ... gut (Ziff. 2), und stellte fest, die Kollektivgesellschaft X. schulde der ESTV für die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999 Fr. ... Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins, wobei die Zahlung vom 12. Januar 2000 über Fr. ... an diese Steuerschuld angerechnet werde (Ziff. 3). Die teilweise Gutheissung (Ziff. 2 Dispositiv) beruhte darauf, dass die ESTV den Forschungsbeitrag des Bundesamts für Bildung und Wissenschaft (BBW) im Zusammenhang mit dem Projekt .... anders als zuvor und entsprechend der Ansicht der Einsprecherin als Subventionen qualifizierte. Die Aufrechnung gemäss EA Nr. 102'418 Ziff. 1 (Fr. ....) werde entsprechend wieder gutgeschrieben, wobei aufgrund der vorzunehmenden verhältnismässigen Vorsteuerkürzung (von Fr. ....) die Gutschrift Fr. ... betrage. Die gestützt auf verschiedene Verträge erfolgten Zahlungen der Bundesämter betreffend die Führung des Sekretariats im Rahmen der F.-Zusammenarbeit hingegen stellten steuerbare Entgelte dar und insofern sei die Nachbelastung mittels EA Nr. 102'418 zu bestätigen. Es sei dabei ein Auftrag für im Interesse der Bundesämter vorzunehmende Aufgaben erteilt worden und es gehe nicht um eine Unterstützung von Forschungen oder die generelle Förderung eines wissenschaftlichen Projekts. Im Gegensatz zur eigentlichen Forschungstätigkeit im Zusammenhang mit dem Projekt F., wo die vom Bund geleisteten Zahlungen nicht der Mehrwertsteuer unterworfen worden seien, gebe es auch keine für eine breite Öffentlichkeit zugänglichen Forschungsresultate.

C.
Mit Beschwerde an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) vom 27. Dezember 2006 beantragt die X. (Beschwerdeführerin) unter Kosten- und Entschädigungsfolgen sinngemäss, es sei der Einspracheentscheid aufzuheben und die Umsätze im Zusammenhang mit dem F. Sekretariat (...) steuerfrei zu belassen. Sie vertritt, es sei beim F.-Sekretariat kein Leistungsaustausch gegeben. Der Beitragszahler fordere vom Beitragsempfänger keine konkrete Gegenleistung, sondern wolle diesen zu einem bestimmten Verhalten zu veranlassen. Stossend sei überdies, dass ein Teil der besteuerten Fr. ..., nämlich Fr. ..., Beiträge der Europäischen Union (EU) darstellten und (diesbezüglich) Auftraggeber die Europäische Kommission sei. Dabei handle es sich um ausgenommene Umsätze bzw. Auslandumsätze. Schliesslich sieht die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht eine rechtsungleiche Behandlung.

D.
Mit Vernehmlassung vom 26. April 2007 beantragt die ESTV kostenfällige Abweisung der Beschwerde, wiederholt im Wesentlichen den im Einspracheentscheid wiedergegebenen Standpunkt und nimmt Stellung zu verschiedenen Vorbringen der Beschwerdeführerin.

E.
Auf die weiteren Begründungen in den Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidrelevant - im Rahmen der Erwägungen eingegangen.

Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:

1.
1.1 Auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer konnten Einspracheentscheide der ESTV nach Art. 65
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 65 - 1 Die ESTV ist für die Erhebung und den Einzug der Inland- und der Bezugsteuer zuständig.
1    Die ESTV ist für die Erhebung und den Einzug der Inland- und der Bezugsteuer zuständig.
2    Für eine gesetzeskonforme Erhebung und den gesetzeskonformen Einzug der Steuer erlässt die ESTV alle erforderlichen Verfügungen, deren Erlass nicht ausdrücklich einer andern Behörde vorbehalten ist.
3    Sie veröffentlicht ohne zeitlichen Verzug alle Praxisfestlegungen, die nicht ausschliesslich verwaltungsinternen Charakter haben.
4    Sämtliche Verwaltungshandlungen sind beförderlich zu vollziehen.
5    Die steuerpflichtige Person darf durch die Steuererhebung nur soweit belastet werden, als dies für die Durchsetzung dieses Gesetzes zwingend erforderlich ist.
des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (MWSTG, SR 641.20) bzw. Art. 53
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 53 Zubereitung vor Ort und Servierleistung - (Art. 25 Abs. 3 MWSTG)
1    Als Zubereitung gelten namentlich das Kochen, Erwärmen, Mixen, Rüsten und Mischen von Lebensmitteln52. Nicht als Zubereitung gilt das blosse Bewahren der Temperatur konsumbereiter Lebensmittel.
2    Als Servierleistung gelten namentlich das Anrichten von Speisen auf Tellern, das Bereitstellen von kalten oder warmen Buffets, der Ausschank von Getränken, das Decken und Abräumen von Tischen, das Bedienen der Gäste, die Leitung oder Beaufsichtigung des Service-Personals sowie die Betreuung und Versorgung von Selbstbedienungsbuffets.
der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden. Die SRK ist per 31. Dezember 2006 aufgelöst worden und das Bundesverwaltungsgericht hat am 1. Januar 2007 seine Tätigkeit aufgenommen. Gemäss Art. 31
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 31 Grundsatz - Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt Beschwerden gegen Verfügungen nach Artikel 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 196819 über das Verwaltungsverfahren (VwVG).
des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt dieses Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
VGG gegeben ist. Im Bereich der Mehrwertsteuer liegt eine solche Ausnahme nicht vor. Das Bundesverwaltungsgericht ist für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 53 Übergangsbestimmungen - 1 Das Beschwerdeverfahren gegen Entscheide, die vor dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen sind und bisher beim Bundesgericht oder beim Bundesrat anfechtbar waren, richtet sich nach dem bisherigen Recht.
1    Das Beschwerdeverfahren gegen Entscheide, die vor dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen sind und bisher beim Bundesgericht oder beim Bundesrat anfechtbar waren, richtet sich nach dem bisherigen Recht.
2    Das Bundesverwaltungsgericht übernimmt, sofern es zuständig ist, die Beurteilung der beim Inkrafttreten dieses Gesetzes bei Eidgenössischen Rekurs- oder Schiedskommissionen oder bei Beschwerdediensten der Departemente hängigen Rechtsmittel. Die Beurteilung erfolgt nach neuem Verfahrensrecht.
VGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.

1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1996 bis 1998 (vgl. hierzu auch unten E. 4.3.2), so dass vorliegend noch die MWSTV anwendbar ist (Art. 93 Abs. 1
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 93 Sicherstellung - 1 Die ESTV kann Steuern, Zinsen und Kosten, auch wenn sie weder rechtskräftig festgesetzt noch fällig sind, sicherstellen lassen, wenn:
1    Die ESTV kann Steuern, Zinsen und Kosten, auch wenn sie weder rechtskräftig festgesetzt noch fällig sind, sicherstellen lassen, wenn:
a  deren rechtzeitige Bezahlung als gefährdet erscheint;
b  die zahlungspflichtige Person Anstalten trifft, ihren Wohn- oder Geschäftssitz oder ihre Betriebsstätte in der Schweiz aufzugeben oder sich im schweizerischen Handelsregister löschen zu lassen;
c  die zahlungspflichtige Person mit ihrer Zahlung in Verzug ist;
d  die steuerpflichtige Person ein Unternehmen, über das der Konkurs eröffnet worden ist, ganz oder teilweise übernimmt;
e  die steuerpflichtige Person offensichtlich zu tiefe Abrechnungen einreicht.
2    Verzichtet die steuerpflichtige Person auf die Befreiung von der Steuerpflicht (Art. 11) oder optiert sie für die Versteuerung von ausgenommenen Leistungen (Art. 22), so kann die ESTV von ihr die Leistung von Sicherheiten gemäss Absatz 7 verlangen.
3    Die Sicherstellungsverfügung hat den Rechtsgrund der Sicherstellung, den sicherzustellenden Betrag und die Stelle, welche die Sicherheiten entgegennimmt, anzugeben; sie gilt als Arrestbefehl im Sinne von Artikel 274 SchKG152. Die Einsprache gegen die Sicherstellungsverfügung ist ausgeschlossen.
4    Gegen die Verfügung kann beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde geführt werden.
5    Beschwerden gegen Sicherstellungsverfügungen haben keine aufschiebende Wirkung.
6    Die Zustellung einer Verfügung über die Steuerforderung gilt als Anhebung der Klage nach Artikel 279 SchKG. Die Frist für die Einleitung der Betreibung beginnt mit dem Eintritt der Rechtskraft der Verfügung über die Steuerforderung zu laufen.
7    Die Sicherstellung ist zu leisten durch Barhinterlage, solvente Solidarbürgschaften, Bankgarantien, Schuldbriefe und Grundpfandverschreibungen, Lebensversicherungspolicen mit Rückkaufswert, kotierte Frankenobligationen von schweizerischen Schuldnern oder Kassenobligationen von schweizerischen Banken.
MWSTG).

2.
2.1 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Entscheid grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes (Art. 49 Bst. b
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
VwVG) kann auch die Rüge der Unangemessenheit erhoben werden (Art. 49 Bst. c
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
VwVG). Im Beschwerdeverfahren gelten die Untersuchungsmaxime, wonach der Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen ist (Art. 12
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 12 - Die Behörde stellt den Sachverhalt von Amtes wegen fest und bedient sich nötigenfalls folgender Beweismittel:
a  Urkunden;
b  Auskünfte der Parteien;
c  Auskünfte oder Zeugnis von Drittpersonen;
d  Augenschein;
e  Gutachten von Sachverständigen.
VwVG), und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 62 Abs. 4
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 62 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
1    Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
2    Zuungunsten einer Partei kann sie die angefochtene Verfügung ändern, soweit diese Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des Sachverhaltes beruht; wegen Unangemessenheit darf die angefochtene Verfügung nicht zuungunsten einer Partei geändert werden, ausser im Falle der Änderung zugunsten einer Gegenpartei.
3    Beabsichtigt die Beschwerdeinstanz, die angefochtene Verfügung zuungunsten einer Partei zu ändern, so bringt sie der Partei diese Absicht zur Kenntnis und räumt ihr Gelegenheit zur Gegenäusserung ein.
4    Die Begründung der Begehren bindet die Beschwerdeinstanz in keinem Falle.
VwVG). Das Bundesverwaltungsgericht ist verpflichtet, auf den - unter Mitwirkung der Verfahrensbeteiligten - festgestellten Sachverhalt die richtige Rechtsnorm anzuwenden (BGE 132 II 112 E. 3.2, 131 II 205 E. 4.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts [BVGer] A-2036/2008 vom 19. August 2009 E. 1.2; A-4072/2007 vom 11. März 2009 E. 1.2). Dies bedeutet, dass es eine Beschwerde auch aus einem anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der Vorinstanz abweicht (sog. Motivsubstitution, statt vieler: BVGE 2007/41 E. 2 mit weiteren Hinweisen; Entscheid der SRK vom 12. Oktober 1998, Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 63.29 E. 4a). Die Rechtsmittelinstanz ist jedoch nicht gehalten, allen denkbaren Rechtsfehlern von sich aus auf den Grund zu gehen; für entsprechende Fehler müssen sich immerhin mindestens Anhaltspunkte aus den Parteivorbringen oder den Akten ergeben (BGE 121 III 274 E. 2b; 119 V 349 E. 1a; 117 V 263 E. 3b; 117 Ib 117 E. 4a; 110 V 53 E. 4a; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, S. 73 Rz. 1.54 f.; vgl. zum Ganzen auch Urteil des BVGer A-1359/2006 vom 26. Juli 2007 E. 1.3).

2.2 Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat (BGE 130 III 321 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3c; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 279 f.; Martin Zweifel, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109 f.). Gelangt das Gericht nicht zu diesem Ergebnis, so fragt sich, ob zum Nachteil der Steuerbehörde oder des Steuerpflichtigen zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (Gygi, a.a.O., S. 279 f.; Zweifel, a.a.O., S. 109 f.). Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für die steuerbegründenden und steuererhöhenden Tatsachen und der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen (Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 75 S. 495 ff. E. 5.4; statt vieler: Urteile des BVGer A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 5.1; A-1354 vom 24. August 2007 E. 2, je mit zahlreichen Hinweisen). Die Beweislast für das Bestehen eines Steuerobjekts und namentlich eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs obliegt damit - als steuerbegründende Tatsache - der ESTV (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 4.1; Urteile des BVGer A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.2; A-1354 vom 24. August 2007 E. 7.2.4, 8.2.2 in fine; A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 5.1).

3.
3.1 Nach Art. 4
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 4 - (Art. 7 Abs. 1 MWSTG)
MWSTV unterliegen Lieferungen und Dienstleistungen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden. Die Entgeltlichkeit erfordert einen Leistungsaustausch zwischen dem steuerpflichtigen Leistungserbringer und dem Empfänger. Besteht kein solches Austauschverhältnis, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich irrelevant und fällt nicht in den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer (statt vieler: BVGE 2008/63 E. 2.3; Urteil des BVGer A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.1; Entscheid der SRK vom 18. November 2002, VPB 67.49 E. 2a/cc, alle mit Hinweisen). Die Annahme eines solchen Leistungsaustauschs setzt voraus, dass zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung bzw. ein direkter ursächlicher Zusammenhang gegeben ist (BGE 132 II 353 E. 4.1; 126 II 443 E. 6a; Urteile des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.1; vom 30. April 2004, ASA 75 241 E. 3.3; 2A.175/2002 vom 23. Dezember 2002 E. 3.2; BVGE 2007/39 E. 2.1).
Die Beurteilung, ob ein Leistungsaustausch besteht, hat in erster Linie nach wirtschaftlichen, tatsächlichen Kriterien zu erfolgen (sog. wirtschaftliche Betrachtungsweise). Die zivil- bzw. vertragsrechtliche Sicht ist nicht entscheidend, hat aber immerhin Indizwirkung (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.304/2003 vom 14. November 2003 E. 3.6.1; BVGE 2007/23 E. 2.3.2 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 5. Juli 2005, VPB 70.7 E. 2a).

3.2 Das Entgelt stellt zudem die Bemessungsgrundlage für die Berechnung der Mehrwertsteuer dar (Art. 26 Abs. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 26 Leistungen an eng verbundene Personen - (Art. 18 Abs. 1 MWSTG)
MWSTV; vgl. BGE 126 II 451 E. 6). Dazu gehört alles, was die Empfängerin oder an ihrer Stelle eine dritte Person als Gegenleistung für die Lieferung oder Dienstleistung aufwendet (Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 26 Leistungen an eng verbundene Personen - (Art. 18 Abs. 1 MWSTG)
MWSTV).

3.3 Das Bestehen eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs wie auch Begriff und Umfang des Entgelts als Bemessungsgrundlage sind primär aus der Sicht des Leistungsempfängers zu definieren, was namentlich der Konzeption der Mehrwertsteuer als Verbrauchsteuer entspricht (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts vom 9. April 2002, ASA 72 S. 792 E. 5.1; Urteile des BVGer A-1567/2006 vom 28. Dezember 2007 E. 2.2.3, 2.5; A-1441/2006 vom 18. September 2008 E. 2.1.2; A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.1 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 14. Juni 2005, VPB 69.126 E. 2a/dd; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 226 ff., 230 ff.).

3.4 Für die Frage, ob der Handelnde als Leistungserbringer bzw. -empfänger zu gelten hat, ist in mehrwertsteuerlicher Hinsicht massgeblich, ob er in eigenem Namen auftritt oder nicht (Art. 10
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 10 Telekommunikations- und elektronische Dienstleistungen - (Art. 10 Abs. 2 Bst. b MWSTG)
1    Als Telekommunikations- und elektronische Dienstleistungen gelten insbesondere:
a  Radio- und Fernsehdienstleistungen;
b  das Verschaffen von Zugangsberechtigungen, namentlich zu Festnetzen und Mobilfunknetzen und zur Satellitenkommunikation sowie zu anderen Informationsnetzen;
c  das Bereitstellen und Zusichern von Datenübertragungskapazitäten;
d  das Bereitstellen von Websites, Webhosting, Fernwartung von Programmen und Ausrüstungen;
e  das elektronische Bereitstellen von Software und deren Aktualisierung;
f  das elektronische Bereitstellen von Bildern, Texten und Informationen sowie das Bereitstellen von Datenbanken;
g  das elektronische Bereitstellen von Musik, Filmen und Spielen, einschliesslich Geldspielen.
2    Nicht als Telekommunikations- oder elektronische Dienstleistung gelten namentlich:
a  die blosse Kommunikation zwischen leistungserbringender und leistungsempfangender Person über Draht, Funk, optische oder sonstige elektromagnetische Medien;
b  Bildungsleistungen im Sinn von Artikel 21 Absatz 2 Ziffer 11 MWSTG in interaktiver Form;
c  die blosse Gebrauchsüberlassung von genau bezeichneten Anlagen oder Anlageteilen für die alleinige Verfügung des Mieters oder der Mieterin zwecks Übertragung von Daten.
MWSTV). Das Handeln wird grundsätzlich demjenigen mehrwertsteuerlich zugerechnet, der nach Aussen, gegenüber Dritten in eigenem Namen auftritt (Urteile des BVGer A-1562/2006 vom 26. September 2008 E. 2.2.3; A-1444/2006 vom 22. Juli 2008 E. 5; A-1341/2006 vom 7. März 2007 E. 3.2.1 mit Hinweisen; Entscheide der SRK vom 4. Dezember 2003, VPB 68.71 E. 2b, vom 15. November 2002, VPB 67.50 E. 2b, vom 21. Januar 1997, VPB 64.46 E. 3a und b; RIEDO, a.a.O., S. 253; zum Leistungsempfänger vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 2A.202/2006 vom 27. November 2006 E. 3.2, 4.2; Urteil des BVGer A-1626/2006 vom 20. April 2009 E. 2.5; Entscheid der SRK vom 20. März 2006 [CRC 2005-021] E. 3b).

3.5 Nicht zum Entgelt gehören gemäss Art. 26 Abs. 6 Bst. b
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 26 Leistungen an eng verbundene Personen - (Art. 18 Abs. 1 MWSTG)
MWSTV "Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand". Diese fliessen nicht in die Bemessungsgrundlage ein und unterliegen der Steuer nicht. Hingegen ist nach Art. 30 Abs. 6
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 30 Weiterleiten von Mittelflüssen, die nicht als Entgelte gelten - (Art. 18 Abs. 2 MWSTG)
1    Das Weiterleiten von Mittelflüssen, die nach Artikel 18 Absatz 2 MWSTG nicht als Entgelte gelten, namentlich innerhalb von Bildungs- und Forschungskooperationen, unterliegt nicht der Steuer.
2    Die Kürzung des Vorsteuerabzugs nach Artikel 33 Absatz 2 MWSTG erfolgt beim letzten Zahlungsempfänger oder der letzten Zahlungsempfängerin.
MWSTV der Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen, soweit ein Steuerpflichtiger Subventionen oder andere Beiträge der öffentlichen Hand erhält (BGE 126 II 443 E. 6b, c; 132 II 353 E. 4.3, 7.1; Urteil des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.2, 7.1).
Die MWSTV (und das MWSTG) definieren den Begriff Subvention nicht. Das Bundesgericht umschreibt Subventionen (im Sinn von Art. 26 Abs. 6 Bst. b
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 26 Leistungen an eng verbundene Personen - (Art. 18 Abs. 1 MWSTG)
MWSTV wie auch Art. 30 Abs. 6
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 30 Weiterleiten von Mittelflüssen, die nicht als Entgelte gelten - (Art. 18 Abs. 2 MWSTG)
1    Das Weiterleiten von Mittelflüssen, die nach Artikel 18 Absatz 2 MWSTG nicht als Entgelte gelten, namentlich innerhalb von Bildungs- und Forschungskooperationen, unterliegt nicht der Steuer.
2    Die Kürzung des Vorsteuerabzugs nach Artikel 33 Absatz 2 MWSTG erfolgt beim letzten Zahlungsempfänger oder der letzten Zahlungsempfängerin.
MWSTV) allgemein als Leistungen kraft öffentlichen Rechts, die anderen Rechtspersonen für bestimmte Zwecke zukommen, ohne dass dies zu einer unmittelbaren Gegenleistung an den Subventionsgebenden führe. Zur Beantwortung der Frage, ob eine Subvention vorliegt, ist zu prüfen, ob das Tatbestandsmerkmal der Entgeltlichkeit im vorn (E. 3.1) umschriebenen Sinn gegeben ist. Subventionen sind Beiträge der öffentlichen Hand, die ohne entsprechende marktwirtschaftliche Gegenleistung ausgerichtet werden. Der Subventionsgeber will damit beim Subventionsempfänger ein bestimmtes Verhalten hervorrufen oder unterstützen, das zur Erreichung eines bestimmten Zieles als geeignet erscheint; diese Zielsetzung muss im öffentlichen Interesse liegen und wird mit der Subventionierung zu verwirklichen versucht. Abgesehen von dieser Verhaltensbindung erfolgt die Subventionierung aber ohne Gegenleistung (BGE 126 II 443 E. 6; Urteile des Bundesgerichts vom 30. September 2003, ASA 74 523 E. 2.2; vom 11. Februar 2002, ASA 73 147 E. 1.2; vom 1. September 2005, ASA 76 248 E. 2.3; vom 25. August 2000, ASA 71 157 E. 6; 2C_105/2008 vom 25. Juni 2008 E. 3.2, 3.3; vom 7. Mai 2008, ASA 78 174 E. 3.1; ausführlich und statt vieler auch: Urteile des BVGer A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.2; A-6213/2007 vom 24. August 2009 E. 2.4).

4.
4.1 Streitgegenstand sind vorliegend einzig noch die Zahlungen des Bundes im Zusammenhang mit der Führung des F. Sekretariats (...) (vgl. Beschwerde Antrag 1 und 2 sowie Ziff. 5 und 6). Zu beurteilen ist, ob mit der ESTV von steuerbaren Entgelten im Sinn der MWSTV oder mit der Beschwerdeführerin von einem fehlenden mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch, und damit von Subventionen (E. 3.5), auszugehen ist.
Das Projekt F.-Sekretariat steht im Zusammenhang mit anderen F.-Projekten, an welchen die Beschwerdeführerin beteiligt war und wofür sie ebenfalls Zahlungen vom Bund erhalten hat. Diese Zahlungen wurden mit Schreiben der ESTV vom 20. Dezember 2000 und der GS vom 31. Januar 2001 von der ESTV als Subventionen anerkannt und sind vorliegend nicht (mehr) strittig.
Auch die im Einspracheentscheid noch strittige Entschädigung des Bundes im Zusammenhang mit dem Projekt .... bildet vorliegend nicht mehr Streitgegenstand, nachdem die ESTV die Zahlungen im Einspracheentscheid als Subvention qualifiziert hat und die Beschwerdeführerin auch die daraus folgende Vorsteuerkürzung nicht anficht.

4.2 Vorab kann zum Umfeld der fraglichen F.-Programme Folgendes festgehalten werden:
Mit dem Forschungsgesetz vom 7. Oktober 1983 (FG, SR 420.1; hier massgebliche ursprüngliche Fassung: BBl 1983 III 1062) will der Bund gemäss dem Zweckartikel in Art. 1 (a.) die wissenschaftliche Forschung fördern und die Auswertung ihrer Ergebnisse unterstützen; (b.) die Zusammenarbeit der Forschungsorgane überwachen und, wenn nötig, regeln; (c.) die wirtschaftliche und sparsame Verwendung der Bundesmittel für die Forschung sicherstellen. Die Förderung der Forschung erfolgt insbesondere über Beiträge an die Institutionen der Forschungsförderung (Art. 6 FG). Im Zusammenhang mit der Koordination bestimmt Art. 19 FG, dass der Bundesrat darüber wacht, dass die Bundesmittel für die Forschung koordiniert und wirksam verwendet werden (Abs. 1). Lässt sich die Zusammenarbeit nicht durch Selbstkoordination verwirklichen, trifft der Bundesrat die erforderlichen Massnahmen. Er kann zu diesem Zweck insbesondere bestehenden Kommissionen bestimmte Koordinationsaufträge erteilen oder besondere Kommissionen einsetzen (Abs. 2).
Gemäss den Informationen auf der Internetseite des Staatssekretariats für Bildung und Forschung (SBF) ist F. (Europäische Zusammenarbeit auf dem Gebiet der wissenschaftlichen und technischen Forschung) ein wichtiger Teil der Forschungszusammenarbeit mit Europa. F. bietet den Schweizer Forschenden die Möglichkeit, sich an einer europäischen Verbundforschung gleichberechtigt zu beteiligen. Das SBF unterstützt eine ganze Reihe von F.-Projekten. Der F.-Kredit des SBF wird nur teilweise für Forschungsförderung eingesetzt, er wird insbesondere auch für die Kosten der Koordination verwendet. Im heutigen Zeitpunkt existiert eine "Nationale F. Koordinatorin", welche die Schweiz in den F. Gremien vertritt, den Kontakt zwischen den nationalen und internationalen Gremien und Aktivitäten sichert und die Information und Beratung über F. sicherstellt (....).

4.3 Aktenkundig sind folgende Verträge, mit welchen die Führung des Sekretariats im Rahmen der F.-Zusammenarbeit geregelt wurde:
4.3.1 In einem Vertrag zwischen S. (als Beauftragter bezeichnet) und dem Bundesamt für Aussenwirtschaft (BAWI) (als Auftraggeber) vom ... (act. 22) wurden dem Beauftragten folgende Aufgaben übertragen: Führung des Sekretariats von Forschungsvorhaben im Rahmen der F.-Zusammenarbeit als externer Experte und Koordinator; Betreuung und Koordination der F.-Aktion F. und Zusammenarbeit mit den entsprechenden Verwaltungsausschüssen (Ziff. 1.1). Im Pflichtenheft (Anhang zum Vertrag) wurden diese Aufgaben wie folgt näher spezifiziert: Wissenschaftliche und administrative Betreuung von F.-Forschungsvorhaben als externer Experte; Zusammenarbeit mit dem F.-Sekretariat der EG-Kommission und den entsprechenden technischen F.-Ausschüssen und Verwaltungsausschüssen der F.-Aktionen sowie den nationalen F.-Koordinatoren. Weiter sehen der Vertrag und das Pflichtenheft Rechenschafts- und Auskunftspflichten des Beauftragten vor. Er ist zur halbjährlichen Berichterstattung zuhanden des Auftraggebers und der anderen interessierten Bundesstellen und zur Auskunfterteilung an den Auftraggeber verpflichtet (Pflichtenheft). Er hat zudem bei Abschluss seiner Tätigkeit einen Bericht über seine Tätigkeit zu verfassen. Liegt ein besonderes Interesse vor, kann der Auftraggeber unabhängig davon Auskunft verlangen (Ziff. 1.3 des Vertrags). Sodann untersteht gemäss Ziff. 2 des Vertrags der Beauftragte der für Bedienstete des Bundes geltenden Arbeitszeit- und Urlaubsregelung, wobei spezifiziert wird, dass der Umfang der Tätigkeit einem Beschäftigungsgrad von 50% entspreche. Als Salär wird dem Beauftragten jährlich ein Betrag von Fr. ... vergütet. Der Bund übernimmt zudem den Arbeitgeberanteil an den AHV/IV/EO- und ALV-Beiträgen des Beauftragten (Ziff. 4.1, 4.2). Reisekosten und weitere Spesen gehen zu Lasten der EU-Kommission (Ziff. 4.3). Weiter ist vereinbart, dass S. den Auftrag persönlich und in völliger Unabhängigkeit ausführt und dabei die öffentlichen Interessen wahrt (Ziff. 5). Die Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB) der Bundesverwaltung für Experten und Beauftragte wurden zum Bestandteil des Vertrags erklärt (Ziff. 6).
Im ... wurde zwischen dem BBW (Auftraggeber) und S., X. (Beauftragter) ein weiterer Vertrag geschlossen (act. 23). Dieser stimmt in Bezug auf die übertragenen Aufgaben (Ziff. 1.1 und 1.3 des Vertrags und Pflichtenheft im Anhang) praktisch vollständig mit dem vorerwähnten Vertrag überein. Sodann wird basierend auf einer Auslastung des Beauftragten für die Erfüllung der Aufgaben unter diesem Mandat von ca. 50% ein Pauschalbetrag für die Zeit vom 1. Januar bis Ende August 1998 ein Honorar von max. Fr. ... vereinbart (Ziff. 3.1). Reisekosten und weitere Spesen werden nicht vergütet. Hierzu wird festgehalten, dass der Beauftragte bei der EU-Kommission um einen finanziellen Beitrag für Spesen ersuchen wird (Ziff. 3.2). Der Bund übernimmt die Hälfte der Sozialversicherungskosten (Ziff. 4). Ziff. 5 und 6 des Vertrags stimmen wiederum mit dem vorerwähnten Vertrag überein.
4.3.2 Im Einspracheentscheid beruft sich die ESTV zudem auf einen Vertrag vom 1. März 1993 (act. 24) zwischen dem BBW und einem anderen damaligen Kollektivgesellschafter. Dieser Vertrag dauerte jedoch nur bis 31. Januar 1996 (Ziff. 10 des Vertrags). Die vorliegend strittigen Aufrechnungen der ESTV (F. Sekretariat) betreffen jedoch die Jahre 1996 bis 1998, während im Jahr 1995 noch keine Aufrechnung betreffend das Sekretariat (....) erfolgte (siehe Beilagen zur EA Nr. 102'418 und Beilage zum Einspracheentscheid). Entsprechend ist der fragliche Vertrag - wie auch die Beschwerdeführerin vorbringt - kaum entscheidrelevant. Ohnehin wurde im Grossen und Ganzen das selbe geregelt wie in den beiden vorerwähnten Verträgen.

4.4 Die Parteien scheinen darin einig zu gehen, dass die Beschwerdeführerin aus diesen Verträgen berechtigt und verpflichtet ist und die Leistungen betreffend F. Sekretariat ihr zuzurechnen sind. Aufgrund der Tatsache, dass S. in den Verträge in act. 22 und 23 als Beauftragter bezeichnet wird, ist die Identität des Leistungserbringers jedoch nicht ohne Weiteres klar und aufgrund des Untersuchungsgrundsatzes und der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. E. 2.1) ist auf diese Problematik, obwohl unter den Parteien nicht strittig, zumindest kurz einzugehen.
S. war in der fraglichen Zeit Kollektivgesellschafter der Beschwerdeführerin. Tritt er gegen Aussen für diese in Erscheinung, ist mehrwertsteuerlich entscheidend, ob er dabei ausdrücklich im Namen der Kollektivgesellschaft gehandelt hat (E. 3.4). Wäre dies zu verneinen, müsste er selbst als Leistungserbringer der fraglichen Leistungen angesehen werden.
In Bezug auf den Vertrag mit dem BBW vom ... (act. 23), in welchem als Beauftragter "S., X." bezeichnet und dabei die Adresse der Kollektivgesellschaft angefügt wurde, kann mit den Parteien davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdeführerin Leistungserbringerin ist. Zweifel bestehen aber bezüglich des Vertrags mit dem BAWI vom ... (act. 22). In diesem wird die X. überhaupt nicht erwähnt, weder im Kopf des Vertrags noch bei den Unterschriften. Allein aufgrund des Vertrags gälte damit S. als mehrwertsteuerlicher Leistungserbringer (E. 3.4). Da die weiteren Sachumstände nicht bekannt sind, kann die Identität des Leistungserbringers aber nicht abschliessend eruiert werden. Die Beschwerdeführerin bestreitet wie erwähnt nicht, dass die Verträge sie (zivilrechtlich) berechtigten und verpflichteten und die Leistungen aus den Verträgen ihr zuzurechnen sind. Nicht umstritten ist auch, dass die Zahlungen schlussendlich der Beschwerdeführerin zukamen und ihr als Umsatz oder - wie sie geltend macht - als Subventionszahlungen zuzurechnen sind. Unter diesen Umständen ist es nicht am Bundesverwaltungsgericht, in dieser Richtung weitere Abklärungen zu treffen (vgl. E. 2.1). Es ist mit den Parteien anzunehmen, dass die Beschwerdeführerin in mehrwertsteuerlicher Hinsicht Vertragspartei und Erbringerin der vereinbarten Leistungen war.

4.5 Die vertraglich vereinbarte Tätigkeit bestand im Führen des Sekretariates für die Forschungsvorhaben im Rahmen der F.-Zusammenarbeit. Dabei galt es, die F.-Aktionen zu betreuen und zu koordinieren und den Kontakt und die Zusammenarbeit mit den verschiedenen F.-Ausschüssen zu übernehmen. Ferner wurden Auskunfts- und Rechenschaftspflichten statuiert (vorn E. 4.3.1). Massgebliche Frage ist nun, ob diese Arbeiten im Rahmen eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs mit den fraglichen Zahlungen des Bundes ausgeführt wurden.
In beiden Verträgen ist explizit festgehalten, es werde ein Auftrag zur Ausführung übertragen. Auch angesichts der Bezeichnung als Auftrag bzw. Mandat und der Vertragsparteien als Auftraggeber und Beauftragter wollten die Parteien offensichtlich einen zivilrechtlichen Auftrag abschliessen. Weiter werden die AGB der Bundesverwaltung für Experten und Beauftragte zum Bestandteil des Vertrags erklärt (zum Ganzen vorn E. 4.3.1). Wenn auch die zivilrechtliche Qualifikation als Auftrag nicht allein entscheidend ist, ist darin bereits ein Indiz für einen mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch zu sehen (vorn E. 3.1).
Das Austauschverhältnis und die innere wirtschaftliche Verknüpfung zwischen vereinbarter Leistung und Entgelt (E. 3.1) ergibt sich - abgesehen von der Bezeichnung - auch aus dem Vertragsinhalt.
Der Bund hat in den Verträgen bestimmte, genau spezifizierte Aufgaben auf die Beschwerdeführerin übertragen und diese damit zu deren Erfüllung verpflichtet. Der Bund befand es, nachdem er sich zur Förderung und Subventionierung der EU-Forschungsprogramme (F.) entschlossen hatte, offenbar für notwendig, für deren Koordination und ordnungsgemässen Ablauf zu sorgen. Er wollte weiter sicherstellen, dass der Austausch mit den verschiedensten F.-Organen gewährleistet und die Schweiz in den internationalen Gremien vertreten ist. Ebenfalls benötigte er für sich eine Kontaktperson, welche über die nötigen Informationen und den Überblick über die einzelnen Projekte verfügt, Auskunft geben und Berichte abliefern kann. Dass die Koordination der F.-Projekte, aber auch das Zusammenwirken mit und die Vertretung in den F.-Gremien usw., als Aufgabe des Bundes betrachtet wird, die es zu erfüllen gilt, ergibt sich auch aus Art. 19 FG und der Tatsache, dass heute eine vom Bund gestellte Koordinatorin existiert, welche Aufgaben erfüllt, die den vorliegend zur Diskussion stehenden weitgehend entsprechen (E. 4.2). Der Bund hat damit ein eigenes Interesse an der Erfüllung der mittels diesem Auftrag vereinbarten Leistungen und um diese Leistungen zu erhalten, hat er mit der Beschwerdeführerin die Verträge geschlossen.
Das in den Verträgen vereinbarte Entgelt wurde sodann klarerweise im Austausch für diese Leistungen vereinbart. Aus der (hier massgeblichen, vorn E. 3.3) Sicht des Bundes besteht ein Leistungsaustausch, indem der Bund die fraglichen Leistungen bei der Beschwerdeführerin einkaufte, für sich erbringen liess und hierfür die fraglichen Zahlungen leistete. Dies wird zudem durch einzelne Punkte der Verträge bestätigt, wie die Bezeichnung des Entgelts als "Salär" oder "Lohn" (Vertrag in act. 22) bzw. Honorar (Vertrag in act. 23), die Übernahme eines Teils der Sozialversicherungsbeiträge, die Präzisierung (vgl. Vertrag in act. 23), dass das Honorar "basierend auf einer Auslastung des Beauftragten für die Erfüllung der Aufgaben unter diesem Mandat von ca. 50%" ausgerichtet werde; all dies impliziert eine Abgeltung für geleistete Arbeit.
Eine Subvention fällt bei diesen Gegebenheiten ausser Betracht. Es kann keine Rede sein davon, dass der Bund bloss die Tätigkeit der Beschwerdeführerin allgemein fördern will. Die Führung des Sekretariats F. beruht auf einem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch und die Zahlungen des Bundes sind steuerbares Entgelt.

4.6 Es bleibt auf einzelne Argumente der Beschwerdeführerin einzugehen.
4.6.1 Sie bringt vor, von den vertraglich vereinbarten Aufgaben hätten die "besonderen Aufgaben" gemäss Pflichtenheft, nämlich die Berichterstattung und die Auskunftserteilung (vgl. E. 4.3.1), nur etwa 5% der Arbeitszeit von S. ausgemacht. Die ganze restliche Arbeitszeit habe sich also auf die "allgemeinen" Aufgaben bezogen. Dieses Argument ist nicht stichhaltig, denn anders als die Beschwerdeführerin offenbar annimmt, haben angesichts der Verträge nicht nur die besonderen Aufgaben gemäss Pflichtenheft als Teil des vereinbarten Leistungsaustauschs zu gelten, sondern auch die allgemeinen Aufgaben; auch für sie wurden die Zahlungen geleistet.
4.6.2 Weiter wird in verschiedener Hinsicht die Verletzung des Gleichbehandlungsgebots gerügt.
So wird vorgebracht, es stelle eine rechtsungleiche Behandlung dar, wenn die EU-Forschungsprojekte (F., ...) und die Nationalen Forschungsprogramme (NFP) einerseits und das Projekt F.-Sekretariat andererseits ungleich behandelt würden. Diesbezüglich hebt die ESTV richtig hervor, dass die die Beiträge für die F.-Projekte und die Beiträge für die Führung des Sekretariats für diese F.-Projekte separat zu qualifizieren sind. Dass Erstere als Subventionen zu betrachten sind, führt zu keinerlei Schluss für die Qualifikation der Führung des Sekretariats. Letzteres beruht nach dem Gesagten anders als die Forschungsbeiträge auf einen Leistungsaustausch. Insofern kann auch nicht von einem Verstoss gegen das Gleichbehandlungsgebot gesprochen werden. Dasselbe gilt für als Subventionen erachtete Zahlungen für andere Forschungsprojekte (NFP, ...), soweit es bei diesen um die Förderung der Forschung bzw. bestimmter Forschungsprojekte geht. Bei der Vereinbarung betreffend die Führung des F.-Sekretariats besteht - wie dargestellt - eine ganz andere Ausgangslage.
Weiter wird vorgebracht, bis im Jahr 1999 seien die NFP von Programmleitern geleitet worden, deren Aufgaben (Koordination, Begleitung, Abrechnung und Verfassen eines Schlussberichts) mit jenen von S. als Sekretär des F.-Programms ... direkt vergleichbar gewesen seien. Diese Arbeit sei aber von der Mehrwertsteuer ausgenommen bzw. dieser nicht unterworfen worden worden. Die ESTV erwidert dem, die Verhältnisse bei den Programmleitern seien nicht vergleichbar mit den vorliegenden. Wie es sich damit verhält, ist nicht bekannt. Die Beschwerdeführerin hat die Verhältnisse betreffend die fraglichen Programmleiter und die Vergleichbarkeit mit dem vorliegenden Fall nicht dargelegt und damit nicht aufgezeigt, dass "Gleiches" zu Unrecht ungleich behandelt worden wäre. Mangels Anhaltspunkten, dass eine Rechtsungleichheit bestehen könnte, rechtfertigen sich weitere Abklärungen durch das Bundesverwaltungsgericht nicht (vorn E. 2.1). Zudem ist nach dem Gesagten nicht zweifelhaft, dass die Tätigkeit des Sekretärs der F.-Projekte der Mehrwertsteuer untersteht. Wäre die Tätigkeit der besagten Programmleiter tatsächlich vergleichbar, so wäre die Beschwerdeführerin folglich darauf hinzuweisen, das ein Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht grundsätzlich nicht besteht. Nur ausnahmsweise wird solches anerkannt, nämlich wenn eine rechtsanwendende Behörde eine gesetzwidrige Praxis pflegt und überdies zu erkennen gibt, dass sie davon auch in Zukunft nicht abweichen werde (vgl. BGE 132 II 485 E. 8.6; 112 Ib 381 E. 6; 122 II 446 E. 4a, mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 2A.47/2005 vom 7. Juni 2007 E. 4; Urteile des BVGer A-1474/2006 vom 28. Januar 2008 E. 3.4.2; A-1493/2006 vom 30. August 2007 E. 3.3; A-1383/2006 vom 19. Juli 2007 E. 3.4.5). Dafür, dass diese Voraussetzungen erfüllt sind, bestehen hier ebenfalls keine Hinweise.
4.6.3 Schliesslich verweist die Beschwerdeführerin auf zwei Tabellen in der Beilage zur EA Nr. 102'418 und bringt vor, der Revisor habe die besteuerten Beträge in den zwei verschiedenen Tabellen unterschiedlich qualifiziert, nämlich einmal als ausgenommen oder Auslandumsätze (vertikale Tabelle) und einmal als steuerpflichtig (querformatige Tabelle). Deswegen sei davon auszugehen, dass der Revisor einem Irrtum unterlegen ist (vgl. Ziff. 10 ff. Beschwerde). Vorab könnte eine vereinzelte "Qualifikation" durch einen Revisor, die von allen späteren Qualifikationen der ESTV abweicht, nicht als entscheidrelevant angesehen werden und vermöchte auch keinen Gutglaubensschutz zu begründen. Zudem kann auf die nachvollziehbare Angabe in der Vernehmlassung verwiesen werden, wonach in der vertikalen Tabelle die Umsätze so aufgelistet worden seien, wie von der Beschwerdeführerin deklariert, es sich also gar nicht um eine Qualifikation der ESTV handle. Diese befinde sich in den querformatigen Tabellen.

5.
Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, ein Teil des unter dem Titel F. Sekretariat besteuerten Betrags von Fr. ... umfasse Beiträge der EU. Auftraggeber im Zusammenhang mit der Führung dieses Sekretariats sei neben dem BAWI, dem BUWAL und dem BBW (Beträge von insgesamt Fr. ....) auch die Europäische Kommission gewesen, welche Direktzahlungen von Fr. ... geleistet habe. Dieser von der EU ausgerichtete Betrag sei zu Unrecht besteuert worden, es handle sich um ausgenommene Umsätze bzw. Auslandumsätze (Beschwerde Ziff. 14, Einsprache Ziff. 7 f.). In der Einsprache (Ziff. 8) wird spezifiziert, es gehe (u.a.) um die Bezahlung von Reise- und Unterkunftskosten von S.

5.1 Vorab ist festzuhalten, dass aus den Akten nicht ersichtlich ist, ob und inwiefern im aufgerechneten Betrag von Fr. ... (zu diesem Betrag vgl. etwa Beilage zum Einspracheentscheid) auch Zahlungen seitens der EU enthalten sind. Die Angaben der Beschwerdeführerin werden von der ESTV zwar nicht bestritten, es wird aber zu diesem Vorbringen auch nur in der Vernehmlassung kurz Stellung genommen und dabei von "allfälligen Zahlungen der EU" gesprochen. Diesen Punkt hätte die ESTV gegebenenfalls noch zu klären (siehe unten E. 5.4). Im Folgenden wird vorläufig unterstellt, dass die Angabe der Beschwerdeführerin zutrifft.

5.2 Dem Einwand der Beschwerdeführerin hält die ESTV in der Vernehmlassung entgegen, die Tatsache, dass diese allfällige Zahlungen von der EU erhalten habe (z.B. Reisekosten und weitere Spesen gemäss dem Vertrag zwischen BAWI und S. in act. 22 Ziff. 4.3), befreie noch nicht per se von der Mehrwertsteuerpflicht. Massgebend sei, wer Leistungsempfänger war und dies sei gemäss den Verträgen die Eidgenossenschaft gewesen und nicht die EU.
Soweit aus dieser - reichlich knappen - Begründung ersichtlich, geht die ESTV also davon aus, dass die Zahlungen der EU Entgelt bildeten für die Leistungen der Beschwerdeführerin gegenüber dem Bund. Es trifft zwar zu, dass das Entgelt nach Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 26 Leistungen an eng verbundene Personen - (Art. 18 Abs. 1 MWSTG)
MWSTV statt durch den Leistungsempfänger auch durch eine dritte Person geleistet werden kann (Art. 26 Abs. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 26 Leistungen an eng verbundene Personen - (Art. 18 Abs. 1 MWSTG)
Satz 1 MWSTV; vorn E. 3.2). Wer das Entgelt aufwendet, ist entsprechend auch nicht allein entscheidend für die Bestimmung des Leistungsempfängers. Damit die Zahlungen der EU-Kommission in diesem Sinn von dritter Seite geleistetes steuerbares Entgelt darstellen könnten, müssten sie aber tatsächlich auf dem - vorstehend umschriebenen - Leistungsaustausch zwischen der Beschwerdeführerin und dem Bund beruhen. D.h. die Beiträge der EU müssten Entgelt (geleistet von dritter Seite) bilden für die Leistungen, welche die Beschwerdeführerin gestützt auf die erwähnten Verträge dem Bund erbringt (zum Ganzen E. 3.1 f.).
Ob dies hier der Fall ist, kann aufgrund der Aktenlage nicht beantwortet werden. Die rechtlichen bzw. vertraglichen Grundlagen der strittigen Zahlungen der EU-Kommission sind nicht bekannt. Anzunehmen ist lediglich, dass eine Vereinbarung zwischen dem Beauftragten und der EU-Kommission existierte und das F. Sekretariat Beiträge der EU-Kommission erhielt (vgl. Ziff. 1.2 und 4.3 des Vertrags in act. 22 bzw. Ziff. 1.2 imd 3.2 des Vertrags in act. 23, vorn E. 4.3.1; ferner Beilage zu act. 23: Bestätigung der EU-Kommission, wonach diese für die Jahre 1997 und 1998 finanzielle Unterstützung zusichert). Davon, dass diese Beiträge der EU Teil des Entgelts für die mit dem Bund vereinbarten Leistungen darstellen sollten, ist nirgends die Rede. Weder der ursächliche Zusammenhang noch die innere wirtschaftliche Verknüpfung zwischen den Zahlungen der EU-Kommission und den Leistungen der Beschwerdeführerin an den Bund sind erstellt und die ESTV hat ihre Annahme in der Vernehmlassung (sofern die dortige Bemerkung überhaupt richtig interpretiert wurde) nicht belegt.

5.3 Statt als Entgelt im Rahmen des Leistungsaustauschs zwischen der Beschwerdeführerin und dem Bund könnten die Zahlungen der EU-Kommission im Übrigen auch in deren eigenem Interesse ausgerichtet worden sein. Dann wäre wiederum zu prüfen, ob darin eine Subvention läge, oder ob die Zahlungen in einem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch mit einer Leistung der Beschwerdeführerin an die EU-Kommission stünden. Im zweiten Fall könnten die Zahlungen allenfalls in die Bemessungsgrundlage fallen, wobei weiter zu untersuchen wäre, ob überhaupt eine in der Schweiz steuerbare Leistung oder ob vielmehr eine Ausfuhrleistung nach Art. 15 Abs. 2 Bst. l
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 15 Einheitliche Leitung - (Art. 13 MWSTG)
MWSTV vorläge. Mangels Dokumentation der massgeblichen Sachumstände kann auch keine dieser Konstellationen bejaht werden.

5.4 Dass den Zahlungen der EU-Kommission ein Leistungsaustausch zugrunde liegt und sie steuerbares Entgelt bilden, ist damit nicht erwiesen. Dies ist auf eine ungenügende Abklärung des Sachverhalts durch die ESTV zurückzuführen, welche nicht plausibel erläutert und schon gar nicht belegt hat, worin der massgebliche Leistungsaustausch liegen soll. Hat die Vorinstanz den Sachverhalt unrichtig oder unvollständig festgestellt und damit Art. 49 Bst. b
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
VwVG verletzt, hat eine Rückweisung im Sinn von Art. 61 Abs. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 61 - 1 Die Beschwerdeinstanz entscheidet in der Sache selbst oder weist diese ausnahmsweise mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurück.
1    Die Beschwerdeinstanz entscheidet in der Sache selbst oder weist diese ausnahmsweise mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurück.
2    Der Beschwerdeentscheid enthält die Zusammenfassung des erheblichen Sachverhalts, die Begründung (Erwägungen) und die Entscheidungsformel (Dispositiv).
3    Er ist den Parteien und der Vorinstanz zu eröffnen.
VwVG an diese zu erfolgen (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 3.195). Hinzu kommt, dass die ESTV zum fraglichen - bereits in der Einsprache (S. 5) vorgebrachten - Argument der Beschwerdeführerin im Einspracheentscheid keinerlei und in der Vernehmlassung nur sehr kurz Stellung genommen hat. Damit hat sie auch der Begründungspflicht nicht Genüge getan (siehe hierzu: BGE 129 I 232 E. 3.2; 126 I 97 E. 2b; 112 Ia 107 E. 2b). Auch aufgrund der Verletzung der Begründungspflicht ist die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen (Urteile des BVGer A-1506/2006 vom 3. Juni 2008 E. 2.1.1; A-1543/2006 vom 14. April 2009; E. 2.1; BVGE 2008/26 E. 5.2; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 3.106, 3.113 f.).
Die Beschwerde ist damit teilweise gutzuheissen und die Sache zur Abklärung der Frage, ob die Zahlungen der EU-Kommission als steuerbares Entgelt betrachtet werden können, an die ESTV zurückzuweisen. Es ist daran zu erinnern, dass die ESTV für den Bestand eines Steuerobjekts die Beweislast trägt (E. 2.2) und sie damit zu beweisen hat, dass die Zahlungen Entgelt in einem mehrwertsteuerrelevanten Leistungsaustausch darstellen. Nur dann dürften sie in die Bemessungsgrundlage gezogen werden. Wie bereits erwähnt, hat die ESTV zudem auch abzuklären, ob und bejahendenfalls in welchem Umfang in der Aufrechnung eines Umsatzes von Fr. ... effektiv auch Zahlungen enthalten sind, die nicht vom Bund, sondern von der EU geleistet worden sind (vorn E. 5.1).

6.
Die Beschwerde ist im Sinn der Erwägungen teilweise gutzuheissen (E. 5), im Übrigen aber abzuweisen. Angesichts der teilweisen Gutheissung werden die Verfahrenskosten von Fr. 3'000.-- der Beschwerdeführerin im reduzierten Umfang von Fr. 2'000.-- auferlegt (Art. 63 Abs. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
VwVG). Die ESTV hat zudem der teilweise obsiegenden und vertretenen Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (Art. 64 Abs. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
und 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
VwVG). Diese wird in Anwendung von Art. 14
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 14 Festsetzung der Parteientschädigung - 1 Die Parteien, die Anspruch auf Parteientschädigung erheben, und die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen haben dem Gericht vor dem Entscheid eine detaillierte Kostennote einzureichen.
1    Die Parteien, die Anspruch auf Parteientschädigung erheben, und die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen haben dem Gericht vor dem Entscheid eine detaillierte Kostennote einzureichen.
2    Das Gericht setzt die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen auf Grund der Kostennote fest. Wird keine Kostennote eingereicht, so setzt das Gericht die Entschädigung auf Grund der Akten fest.
des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) auf Fr. 3'500.-- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) festgesetzt.

Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:

1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und die Sache diesbezüglich im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.

2.
Die Verfahrenskosten werden in reduziertem Umfang von Fr. 2'000.--der Beschwerdeführerin auferlegt. Sie werden mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 3'000.-- verrechnet. Der Überschuss von Fr. 1'000.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft zurückerstattet.

3.
Die ESTV hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 3'500.-- zu entrichten.

4.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)

Die vorsitzende Richterin: Die Gerichtsschreiberin:

Salome Zimmermann Sonja Bossart

Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (vgl. Art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
BGG).

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