Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C_404/2013

Urteil vom 2. Mai 2014

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Seiler, Bundesrichterin Aubry Girardin,
Bundesrichter Donzallaz, Stadelmann,
Gerichtsschreiber Kocher.

Verfahrensbeteiligte
A.________ GmbH,
Beschwerdeführerin,
vertreten durch Advokatin Franziska Bur Bürgin,

gegen

Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt.

Gegenstand
Interkantonales Steuerrecht (Zeitpunkt der Realisation eines Grundstückverlusts im Belegenheitskanton),

Beschwerde gegen das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht vom 6. März 2013.

Sachverhalt:

A.

Die A.________ GmbH, gegründet im Jahr 2000, hat Sitz in U.________/BE. Statutengemäss bezweckt sie hauptsächlich das Halten von Liegenschaften und das Erbringen von betriebswirtschaftlichen Beratungsdienstleistungen. Im hier interessierenden Jahr 2006 war sie Eigentümerin von bebauten Grundstücken in den Kantonen Bern, Basel-Landschaft und Basel-Stadt. In V.________/BS hielt sie während eines knappen Monats zwei Grundstücke mit Wohnhaus und Garagengebäude (Strasse W.________ ... und ...). Erworben am 5. Mai 2006, veräusserte sie die beiden Objekte mit Kaufvertrag vom 30. Mai 2006 und Grundbucheintrag vom 30. Mai 2006/1. Juni 2006. Dabei ergaben sich Grundstückgewinne von Fr. 173'451.-- und Fr. 80'120.--, gesamthaft Fr. 253'571.--. Beim Verkauf liess sich die A.________ GmbH durch B.________ vertreten.

Zur selben Zeit, am 1. Juni 2006, erwarb die A.________ GmbH ein bebautes Grundstück in der Strasse X.________ ... in Y.________/BS. Dieses hielt sie rund sieben Monate, ehe sie es mit Kaufvertrag vom 20. Dezember 2006 und Grundbucheintrag vom 3. Januar 2007 veräusserte. Hierzu hatte die A.________ GmbH mit der C.________ Immobilien AG, Z.________/BE, einen Mäklervertrag geschlossen. Die Mäklerin handelte durch den einzelzeichnungsberechtigten Verwaltungsrat B.________. Aus der Veräusserung entstand ein Grundstückverlust von Fr. 117'990.--.

In der Bilanz der A.________ GmbH per Ende 2006 erschien das Objekt in der Strasse X.________ ... in Y.________/BS nicht mehr. Die Erfolgsrechnung 2006 wies einen Reingewinn von Fr. 101'513.-- aus. Zum insgesamt positiven Ergebnis trug der ausserordentliche Ertrag von Fr. 135'581.-- bei, der sich aufgrund der drei Geschäfte ergab (Fr. 253'571.-- [Strasse W.________ ... und ...] abzüglich Fr. 117'990.-- [Strasse X.________ ...]). Separat ausgewiesen wurde ein Verwaltungsaufwand in Höhe von Fr. 4'800.--.

B.

Die Steuerverwaltung des Kantons Bern veranlagte die A.________ GmbH für das Jahr 2006 mit Veranlagungsverfügung vom 16. März 2009. Sie setzte die Steuerrückstellung um Fr. 62'923.-- herab, weswegen sich ein massgebender Reingewinn von Fr. 160'032.-- ergab. In der interkantonalen Steuerausscheidung wies sie den ausserordentlichen Ertrag von Fr. 135'581.-- insgesamt dem Kanton Basel-Stadt zu und berücksichtigte sie zugunsten des Hauptsteuerdomizils (Bern) und zulasten des Spezialsteuerdomizils (Basel-Stadt) Verwaltungskosten von Fr. 288'000.-- (fünf Prozent der kumulierten Veräusserungserlöse von Fr. 5'760'000.--).

Die Veranlagungsverfügung rief Einwände der Steuerpflichtigen und des Spezialsteuerdomizils hervor. Auf Einsprache der Steuerpflichtigen hin kürzte die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Aufrechnung wegen überhöhter Steuerrückstellung um Fr. 8'000.-- (Taxationsberechnung vom 6. November 2009). Nach einer weiteren Korrektur führte dies zu einem massgebenden Reingewinn von noch Fr. 156'436.--. In der interkantonalen Steuerausscheidung wies die Steuerverwaltung des Kantons Bern den ausserordentlichen Ertrag von Fr. 135'581.-- unverändert dem Kanton Basel-Stadt zu. Demgegenüber brachte sie unter dem Titel Verwaltungskosten zugunsten des Kantons Bern und zulasten des Kantons Basel-Stadt noch zwei Prozent der Verkaufserlöse, mithin Fr. 115'200.--, in Anschlag. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern begründete die Korrektur damit, es rechtfertige sich ein niedriger Ansatz, da die Steuerpflichtige nicht als Liegenschaftshändlerin gelte. Unter Berücksichtigung dieser Korrekturen ergab sich folgende interkantonale Verlegung des steuerlich massgebenden Gewinns von Fr. 156'436.--: Kanton Bern Fr. 89'682.--, Kanton Basel-Landschaft Fr. 0.--, Kanton Basel-Stadt Fr. 66'754.--.

C.

Im Rahmen der Veranlagung der Grundstückgewinnsteuern 2006 stellte sich im Kanton Basel-Stadt die Frage nach der Berücksichtigung des erlittenen Grundstückverlusts. Mit Blick darauf, dass das dritte Geschäft (erst) am 3. Januar 2007 ins Grundbuch eingetragen worden war, und angesichts dessen, dass das kantonale Steuerrecht in der massgebenden Steuerperiode (noch) keinen Rücktrag von Grundstückverlusten zuliess, verwarf die Steuerverwaltung die Anrechnung des Verlusts. Für die Grundstückgewinnsteuer 2006 fielen nach einer Erstverfügung vom 20. Mai 2009 und einer Berichtigungsverfügung vom 10. Juni 2009 gemäss Einspracheentscheid vom 25. September 2009 Steuerbetreffnisse von Fr. 92'880.-- bzw. Fr. 42'876.-- (insgesamt Fr. 135'756.--) an. Rekurse der A.________ GmbH an die Steuerrekurskommission (Entscheid vom 16. September 2010) und an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht (Urteil vom 6. März 2013) blieben erfolglos.

D.

Mit Eingabe vom 2. Mai 2013 erhebt die A.________ GmbH (nachfolgend: die Steuerpflichtige) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt (als Verwaltungsgericht) vom 6. März 2013 zur Grundstückgewinnsteuer des Kantons Basel-Stadt sei aufzuheben (Rechtsbegehren Ziff. 1).

Wie bereits vor den Vorinstanzen verlangt sie weiter, der Ausscheidungsverlust, den sie in der Steuerperiode 2006 bei den direkten Steuern erlitten habe, sei in Abweichung zur Berechnung der Vorinstanz neu zu berechnen. Dazu sei das Gesamtergebnis gemäss Jahresrechnung 2006 um die Abweichung der effektiven Steuerbelastung im Kanton Basel-Stadt von der verbuchten Steuerrückstellung zu korrigieren (= korrigiertes Gesamtergebnis) und anschliessend um die von der Grundstückgewinnsteuer in derselben Steuerperiode erfassten Roherträge der beiden ersten Objekte zu vermindern (= nach Gewinnausscheidung verbleibendes Ergebnis am Hauptsteuerdomizil). Das Ergebnis dieser Berechnung sei den in der Steuerperiode 2006 mit der Grundstückgewinnsteuer erfassten Roherträgen der beiden ersten Grundstücke gegenüberzustellen, und es sei ein Überhang der Roherträge über das Gesamtergebnis als Ausscheidungsverlust festzustellen (Rechtsbegehren Ziff. 2).

Ferner sei die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer aus dem Verkauf der beiden ersten Objekte neu dergestalt vorzunehmen, dass ein Ausscheidungsverlust vermieden werde, und es sei damit die interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen (Rechtsbegehren Ziff. 3).

Bei der neu vorzunehmenden Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer sei ein pauschaler Verwaltungskostenabzug in Höhe von zwei Prozent der Verkaufserlöse aus den Verkäufen der ersten beiden Objekte in Abzug zu bringen und dem Hauptsteuerdomizil zur Besteuerung zu überlassen (Rechtsbegehren Ziff. 4).

Eventuell sei die Angelegenheit an die Vorinstanz resp. die Veranlagungsbehörde zurückzuweisen, mit der Anweisung, die Veranlagung im Sinne der gestellten Begehren 2 bis 4 neu vorzunehmen (Rechtsbegehren Ziff. 5).

Während das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt und die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Abweisung der Beschwerde beantragen, verzichtet die Eidgenössische Steuerverwaltung auf einen Antrag.

Erwägungen:

1.

1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 29 Prüfung
1    Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen.
2    Bestehen Zweifel, ob das Bundesgericht oder eine andere Behörde zuständig ist, so führt das Gericht mit dieser Behörde einen Meinungsaustausch.
BGG) und mit freier Kognition (Art. 95 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und --abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und --abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG; BGE 140 I 90 E. 1 S. 92; 140 V 22 E. 4 S. 26).

1.2. Die Beschwerde richtet sich gegen einen (End-) Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich gegeben (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
, Art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1  ...
2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 2010 15 ;
4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32 ides Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 2009 7 ;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend: 12
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 34 16 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 17 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 2015 20 );
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 2016 24 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt.
, Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
, Art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
BGG sowie, harmonisierungsrechtliche Fragen betreffend, i. V. m. Art. 73
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 1 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. 2
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    … 3
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).

1.3. Der Antrag der Steuerpflichtigen zielt auf die Behebung einer angeblichen (aktuellen) interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV). Angefochten ist einzig der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt (als Verwaltungsgericht) vom 6. März 2013 zur Grundstückgewinnsteuer des Kantons Basel-Stadt, nicht aber der (wohl rechtskräftige) Einspracheentscheid der Steuerverwaltung des Kantons Bern, der im Nachgang zur Taxationsberechnung vom 6. November 2009 ergangen sein dürfte (was aus den Vorakten aber nicht hervorgeht). Diese Sachlage ist indes nicht weiter zu thematisieren, nachdem das Bundesgericht in Doppelbesteuerungssachen praxisgemäss nicht von Amtes wegen prüft, ob eine von der beschwerdeführenden Partei unangefochten gebliebene konkurrierende Veranlagungsverfügung das Verbot der Doppelbesteuerung verletzt (Urteil 2C_91/2012 vom 17. August 2012 E. 1.3.3 mit Hinweisen, in: StR 68/2013 S. 158; BGE 111 Ia 44 E. 1b S. 46; 93 I 241 E. 1 S. 241).

1.4. Die Steuerpflichtige beantragt mit den Ziffern 2 bis 4 des Rechtsbegehrens die Vornahme umfangreicher Berechnungen. Im Ergebnis verlangt sie vom Bundesgericht gewissermassen eine neue Veranlagung. Ein derartiges Rechtsbegehren sprengt indessen die Befugnisse des Bundesgerichts. Die Veranlagungspraxis eines Kantons kann das Bundesgericht lediglich im Rahmen der nachträglichen Verwaltungsrechtspflege - mithin gegenüber einer angefochtenen Verfügung - prüfen, wogegen es ihm benommen ist, gewissermassen "veranlagend" tätig zu sein (Urteil 2C_319/2013 vom 13. März 2014 E. 1.3.2, zur Publikation vorgesehen). Einzutreten ist auf die detaillierten Rechtsbegehren damit nur insoweit, als die Aufhebung des angefochtenen Entscheids (Ziff. 1) und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz (Ziff. 5) begehrt wird.

1.5. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass.

1.6. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und --abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und --abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
und 96
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 96 Ausländisches Recht - Mit der Beschwerde kann gerügt werden:
a  ausländisches Recht sei nicht angewendet worden, wie es das schweizerische internationale Privatrecht vorschreibt;
b  das nach dem schweizerischen internationalen Privatrecht massgebende ausländische Recht sei nicht richtig angewendet worden, sofern der Entscheid keine vermögensrechtliche Sache betrifft.
BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; BGE 138 III 537 E. 2.2 S. 540; 137 III 385 E. 3 S. 386; 133 II 249 E. 2.2 S. 550).

1.7. Fragen des Bundesrechts klärt das Bundesgericht mit freier Kognition (Art. 95 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und --abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und --abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG). Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 1 2
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 2016 3 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann. 4
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280).

Das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV) räumt der betroffenen steuerpflichtigen Person ein Individualrecht ein (BGE 131 I 409 E. 3.1 S. 412; 101 Ia 384 E. 4a S. 387); es ist ein verfassungsmässiges Recht (Urteil 2P.54/2005 vom 30. September 2005 E. 1.3). Die Verletzung von Grundrechten (Art. 7
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 7 Menschenwürde - Die Würde des Menschen ist zu achten und zu schützen.
-34
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 34 Politische Rechte
1    Die politischen Rechte sind gewährleistet.
2    Die Garantie der politischen Rechte schützt die freie Willensbildung und die unverfälschte Stimmabgabe.
BV, nebst den übrigen verfassungsmässigen Rechten der BV wie namentlich Art. 49 Abs. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 49 Vorrang und Einhaltung des Bundesrechts
1    Bundesrecht geht entgegenstehendem kantonalem Recht vor.
2    Der Bund wacht über die Einhaltung des Bundesrechts durch die Kantone.
und Art. 127 Abs. 1
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BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
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SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV; dazu Giovanni Biaggini, in: Basler Kommentar, BGG, 2. Aufl. 2011, N. 13 ff. zu Art. 106
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG), von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht das Bundesgericht in jedem Fall nur, soweit eine Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG). Solche Rügen sind klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen. Auf bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am vorinstanzlichen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 139 I 138 E. 3.8 S. 144; 138 I 171 E. 1.4 S. 176; 137 IV 1 E. 4.2.3 S. 5; 137 V 57 E. 1.3 S. 60; Urteil 2C_814/2013 vom 3. März 2014 E. 1.6.2).

1.8. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
BGG). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, falls sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und --abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und --abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
BGG). Zudem muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden. 1
BGG; BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 17 f.), was die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen hat. Die vorinstanzlichen Feststellungen sind "offensichtlich unrichtig", wenn sie willkürlich erhoben worden sind (Art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
BV; BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356; zur Willkür in der Beweiswürdigung BGE 137 I 58 E. 4.1.2 S. 62 und 135 III 127 E. 1.5 S. 129 f.; allgemein zur Willkür in der Rechtsanwendung BGE 140 III 16 E. 2.1 S. 18 f.; 138 I 49 E. 7.1 S. 51; 138 III 378 E. 6.1 S. 379 f.).

1.9. Die Bindung des Bundesgerichts an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
BGG) und das Novenverbot (Art. 99 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 99
1    Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
2    Neue Begehren sind unzulässig.
BGG) gelten grundsätzlich auch für Beschwerden in Sachen der interkantonalen Doppelbesteuerung (BGE 139 II 373 E. 1.7 S. 378 f.; 133 I 300 E. 2.3 S. 306; Urteil 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.5, nicht publ. in: BGE 139 I 64, aber in: StE 2013 A 24.44.1 Nr. 3, StR 68/2013 S. 212).

2.

2.1. In tatsächlicher Hinsicht rügt die Steuerpflichtige vorab, die Vorinstanz habe den Sachverhalt insoweit offensichtlich unrichtig festgestellt, als sie unterstelle, es sei im Kanton Basel-Stadt lediglich der "Nettoliegenschaftsgewinn" von Fr. 115'815.-- besteuert worden. Tatsächlich sei der Rohgewinn aus der Veräusserung der beiden ersten Objekte (Fr. 251'571.--) erfasst und die Handänderungssteuer sowie die Notariatskosten abgezogen worden.

2.2. Die Rüge ist unbegründet: Die Vorinstanz hat zwar für das Bundesgericht verbindlich (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
BGG) festgestellt, der verbleibende Nettogrundstückgewinn aus dem Verkauf der beiden ersten Objekte belaufe sich auf Fr. 115'815.--. Diese Berechnung setzt indessen voraus, dass die Steuer von Fr. 135'756.-- auf dem Rohgewinn der beiden ersten Objekte von Fr. 251'571.-- überhaupt erhoben worden ist, was auch der Darstellung der Steuerpflichtigen entspricht.

3.

3.1. Streitig und zu prüfen ist, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang der aus dem Verkauf des dritten Objekts hervorgegangene Verlust im Jahr 2006 im interkantonalen Verhältnis an die erzielten Rohgewinne der beiden früheren Transaktionen anzurechnen ist. Im Kern stellt sich damit die Frage, zu welchem Zeitpunkt im interkantonalen Steuerverhältnis das Ergebnis aus der Veräusserung eines Grundstücks - Gewinn oder Verlust - zu erfassen ist, falls Verpflichtungsgeschäft (Kaufvertrag) und Verfügungsgeschäft (Grundbucheintrag) auf unterschiedliche Geschäftsjahre fallen.

3.2. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz zum Steuerjahr 2006 handelt es sich bei der Steuerpflichtigen um eine Kapitalgesellschaft mit Sitz im Kanton Bern und Grundstücken im Kanton Basel-Stadt. Die Veräusserungen erfolgten in Form reiner Kaufverträge (d. h. ohne werkvertragliche Komponente). Die Steuerpflichtige unterhält im Kanton Basel-Stadt keine Betriebsstätten, sodass die Qualifikation der drei Basler Objekte als Betriebsgrundstücke entfällt. Fraglich ist hingegen, ob es sich bei ihnen um Kapitalanlagegrundstücke (Anlagevermögen) oder aber Handelsgrundstücke (Umlaufvermögen) gehandelt hat. Letzteres würde voraussetzen, dass die Steuerpflichtige für die Zwecke des interkantonalen Steuerrechts als gewerbsmässige Grundstückhändlerin zu betrachten wäre. Die Steuerpflichtige nimmt dies für sich in Anspruch, während die beteiligten Kantone vom Vorliegen einer ordentlichen Betriebsgesellschaft ausgehen (vgl. Taxationsberechnung vom 6. November 2009 der Steuerverwaltung des Kantons Bern bzw. angefochtener Entscheid E. 3.3). Im Zusammenhang mit dem strittigen Realisationszeitpunkt kann dies einstweilen offen bleiben; die Ausscheidungsregeln stimmen in den beiden Konstellationen weitgehend
überein. Zurückzukommen ist auf diesen Aspekt indes bei der Prüfung des pauschalen Unkostenersatzes. Ein solcher bedingt das Vorliegen gewerbsmässigen Grundstückhandels (hinten E. 4).

3.3.

3.3.1. Die Steuerpflichtige ist Eigentümerin von Grundstücken im Kanton Basel-Stadt. Infolge dessen ist sie dort wirtschaftlich zugehörig (Art. 21 Abs. 1 lit. c
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 21 Steuerpflicht aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit
1    Juristische Personen mit Sitz oder mit tatsächlicher Verwaltung ausserhalb des Kantons sind steuerpflichtig, wenn sie:
a  Teilhaber an Geschäftsbetrieben im Kanton sind;
b  im Kanton Betriebsstätten unterhalten;
c  an Grundstücken im Kanton Eigentum, dingliche Rechte oder diesen wirtschaftlich gleichzuachtende persönliche Nutzungsrechte habe;
d  mit im Kanton gelegenen Grundstücken handeln.
2    Juristische Personen mit Sitz und tatsächlicher Verwaltung im Ausland sind ausserdem steuerpflichtig, wenn sie:
a  Gläubiger oder Nutzniesser von Forderungen sind, die durch Grund- oder Faustpfand auf Grundstücken im Kanton gesichert sind;
b  im Kanton gelegene Grundstücke vermitteln.
StHG) und beschränkt steuerpflichtig. Gemäss doppelbesteuerungsrechtlicher Praxis des Bundesgerichts stehen in solchen Konstellationen das Grundeigentum und sein Ertrag unter der alleinigen Steuerhoheit des Kantons der gelegenen Sache. Auch ein Wertzuwachsgewinn oder -verlust ist objektmässig auszuscheiden (BGE 137 I 145 E. 4.2 S. 150 f.; 132 I 220 E. 3.1 S. 224; 111 Ia 120 E. 2a S. 123). Von Harmonisierungs rechts wegen sind die Kantone frei, ob sie realisierte Wertzuwachsgewinne auf Grundstücken des Geschäftsvermögens mit der allgemeinen Einkommens- und Gewinnsteuer (dualistisches System gemäss Art. 12 Abs. 1
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
StHG) oder aber mit der besonderen Grundstückgewinnsteuer erfassen wollen (monistisches System i. S. v. Art. 12 Abs. 4
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
StHG; BGE 139 II 373 E. 4.2 S. 382). Wiederum von Doppelbesteuerungs rechts wegen ist die Wahlfreiheit bzw. die konkrete Handhabung der gewählten Methode freilich insofern eingeschränkt, als der Systementscheid eines Kantons sich nicht zu Ungunsten eines anderen Kantons oder der steuerpflichtigen Person auswirken darf, die in mehreren Kantonen
steuerpflichtig ist (wiederum BGE 139 II 373 E. 4.2 S. 382; 138 I 297 E. 3.1 S. 301; 131 I 249 E. 6.3 S. 261; so schon BGE 92 I 198 E. 3b S. 200).

3.3.2. Der Grundstückkanton hat nach heutiger Praxis auf die Situation der steuerpflichtigen Person und deren wirtschaftliche Leistungsfähigkeit Rücksicht zu nehmen (doppelte Anspruchsgrundlage gemäss Art. 127 Abs. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
und 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV). Kommt es interkantonal zu Verlusten aus der Veräusserung von Handelsobjekten von Grundstückhändlern oder aber von Kapitalanlagegrundstücken (ausserhalb des Sitz- oder eines Betriebsstättekantons), sind diese in einer ersten Phase mit den im gleichen Jahr und im selben Kanton erzielten Grundstückerträgen und weiteren Erträgen/Gewinnen zu verrechnen, und zwar selbst dann, wenn das kantonale Recht diese Möglichkeit nicht vorsieht (zum Grundstückhändler BGE 131 I 249 E. 4.2 S. 255; 111 Ia 318 E. 4b S. 320 f.; Urteil 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 3, in: ASA 80 S. 361, StE 2011 A 24.43.1 Nr. 22). Verbleibt danach ein negatives Ergebnis, ist dieses in einer zweiten Phase an den Betriebsgewinn am Hauptsteuerdomizil, am sekundären Steuerdomizil (132 I 220 E. 5 S. 227) und letztlich an das Ergebnis reiner Grundstückkantone anzurechnen (BGE 138 I 297 E. 4.2 S. 302 f.). Spiegelbildlich verhält es sich im Fall eines positiven Ergebnisses im reinen Grundstückkanton und eines Betriebsverlusts (zu den
Kapitalanlageliegenschaften in reinen Grundstückkantonen: DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2. Aufl. 2013, N. 1059; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4. Aufl. 2012, § 21 N. 48; MATHIAS OERTLI/RAINER ZIGERLIG, in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Peter Mäusli-Allenspach [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band III/1, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 33 N. 39; Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl. 2009, S. 95; zu den Handelsobjekten gewerbsmässiger Grundstückhändler: DE VRIES REILINGH, a. a. O., N. 1112; OERTLI/ZIGERLIG, a. a. O., § 33 N. 119 f.; Locher, Interkantonal, S. 120).

3.3.3. Trifft in der interkantonalen Steuerausscheidung über Einkommen und Vermögen bzw. Gewinn und Kapital ein Kanton mit monistischem auf einen Kanton mit dualistischem System, sind zwecks Herbeiführung vergleichbarer Verhältnisse alle Wertzuwachsgewinne in vollem Umfang in die Steuerausscheidung einzubeziehen (auch dazu BGE 139 II 373 E. 4.2 S. 382). Die Frage nach dem Herbeiführen vergleichbarer Verhältnisse hat sich in der bisherigen Praxis des Bundesgerichts vor allem in sachlicher Hinsicht (Bestand und Höhe eines Gewinns oder Verlusts) gestellt (Urteil 2C_319/2013 vom 13. März 2014, zur Publikation vorgesehen). Geht es darum, den einheitlichen "Steuerraum Schweiz" zu verwirklichen (Art. 129 Abs. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 129 Steuerharmonisierung
1    Der Bund legt Grundsätze fest über die Harmonisierung der direkten Steuern von Bund, Kantonen und Gemeinden; er berücksichtigt die Harmonisierungsbestrebungen der Kantone.
2    Die Harmonisierung erstreckt sich auf Steuerpflicht, Gegenstand und zeitliche Bemessung der Steuern, Verfahrensrecht und Steuerstrafrecht. Von der Harmonisierung ausgenommen bleiben insbesondere die Steuertarife, die Steuersätze und die Steuerfreibeträge.
3    Der Bund kann Vorschriften gegen ungerechtfertigte steuerliche Vergünstigungen erlassen.
BV; dazu Urteil 2C_337/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 3.5 mit Hinweisen, in: RDAF 2013 II 350, StE 2013 B 42.38 Nr. 36, StR 68/2013 S. 368), sind freilich auch in zeitlicher Hinsicht einheitliche Verhältnisse herbeizuführen. Wie im sachlichen Bereich gilt auch hierbei, dass eine einheitliche und kohärente Regelung geschaffen werden kann, indem im interkantonalen Verhältnis der massgebende Zeitpunkt jenem gemäss Harmonisierungsgesetz (StHG) und Bundessteuergesetz (DBG) angepasst wird. Mit der interkantonalen Vereinheitlichung
ergibt sich auf diese Weise gleichsam auch die anzustrebende vertikale Harmonisierung zwischen Bund und Kantonen (vgl. BGE 139 II 363 E. 3.2 S. 371; 131 I 409 E. 3.2 S. 412 f.).

3.3.4. Das Steuerrecht der juristischen Personen und der selbständig Erwerbenden beruht (unmittelbar) auf dem Handelsrecht und (mittelbar) auf der Betriebswirtschaftslehre (Art. 18 Abs. 3
SR 642.11 Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer
DBG Art. 18 Grundsatz
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18 bbleibt vorbehalten. 1
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
bzw. Art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
DBG; Urteile 2C_104/2013 / 2C_105/2013 vom 27. September 2013 E. 3.4, in: StR 69/2014 S. 202; 2C_309/2013 / 2C_310/2013 vom 18. September 2013 E. 2.2.2, in: StE 2013 B 72.14.2 Nr. 42, StR 69/2014 S. 222). Es gilt das Prinzip der Massgeblichkeit der Handelsbilanz ("le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance"; BGE 137 II 353 E. 6.2 S. 360 f.; 136 II 88 E. 3.1 S. 92; 132 I 175 E. 2.2 S. 177 f.; 119 Ib 111 E. 2c S. 115). Hier von Bedeutung ist das handelsrechtliche Vorsichtsprinzip (Art. 662a Abs. 2 Ziff. 3
SR 220 Bundesgesetz betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Fünfter Teil: Obligationenrecht)
OR Art. 662a
aOR bzw. Art. 958c Abs. 1 Ziff. 5
SR 220 Bundesgesetz betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Fünfter Teil: Obligationenrecht)
OR Art. 958c C. Rechnungslegung / III. Grundsätze ordnungsmässiger Rechnungslegung - III. Grundsätze ordnungsmässiger Rechnungslegung
1    Für die Rechnungslegung sind insbesondere die folgenden Grundsätze massgebend:
1  Sie muss klar und verständlich sein.
2  Sie muss vollständig sein.
3  Sie muss verlässlich sein.
4  Sie muss das Wesentliche enthalten.
5  Sie muss vorsichtig sein.
6  Es sind bei der Darstellung und der Bewertung stets die gleichen Massstäbe zu verwenden.
7  Aktiven und Passiven sowie Aufwand und Ertrag dürfen nicht miteinander verrechnet werden.
2    Der Bestand der einzelnen Positionen in der Bilanz und im Anhang ist durch ein Inventar oder auf andere Art nachzuweisen.
3    Die Rechnungslegung ist unter Wahrung des gesetzlichen Mindestinhalts den Besonderheiten des Unternehmens und der Branche anzupassen.
OR). Ihm wohnen das Realisations-, das Imparitäts- (BGE 116 II 533 E. 2a/dd S. 539; Urteil 4A_277/2010 vom 2. September 2010 E. 2.2), und das Niederstwertprinzip inne (Bernhard Madörin/Peter Bertschinger, Rechnungslegung und Wirtschaftsprüfung, 2009, S. 49 f.). Nach dem Imparitätsprinzip dürfen Erträge, anders als Aufwände, erst ausgewiesen werden, wenn sie feststehen oder realisiert sind. Realisiert sind sie, sobald zufolge eines Geschäftsvorfalls gegen den Schuldner eine
rechtlich und tatsächlich durchsetzbare Forderung entstanden ist (Lukas Handschin, Rechnungslegung im Gesellschaftsrecht, 2013 N. 347; Arthur Meier-Hayoz/Peter Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 11. Aufl. 2012, § 8 N. 67; Peter Forstmoser/Arthur Meier-Hayoz/Peter Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 50 N. 231; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 8 N. 122 ff. und 132).

3.3.5. Ist die steuerpflichtige Person buchführungspflichtig oder führt sie freiwillig kaufmännische Bücher, gilt die vom Handelsrecht vorgegebene "Soll-Methode" auch im steuerrechtlichen Zusammenhang. Nicht buchführungspflichtige selbständig Erwerbende können entweder nach der "Ist-Methode" oder der "Soll-Methode" abrechnen (Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 143 f. zu Art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer
DBG Art. 18 Grundsatz
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18 bbleibt vorbehalten. 1
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
SR 642.11 Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer
DBG Art. 18 Grundsatz
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18 bbleibt vorbehalten. 1
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG). Auf solche Fälle zugeschnitten ist die bundesgerichtliche Praxis, wonach vom "Soll-Prinzip" auszugehen ist, es sei denn, die Erfüllung der Forderung erscheine als (besonders) unsicher. Diesfalls wird mit der Besteuerung bis zur Erfüllung zugewartet ("Ist-Methode"; zum Ganzen Urteil 2C_941/2012 / 2C_942/2012 vom 9. November 2013 E. 2.5, in: StR 69/2014 S. 207; grundlegend BGE 105 Ib 238 E. 4b S. 242 f.; 113 Ib 23 E. 2e S. 26; Oberson, a. a. O., § 7 N. 12; Markus Reich, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 10 N. 51; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 18 zu Art. 16
SR 642.11 Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer
DBG Art. 16
1    Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte.
2    Als Einkommen gelten auch Naturalbezüge jeder Art, insbesondere freie Verpflegung und Unterkunft sowie der Wert selbstverbrauchter Erzeugnisse und Waren des eigenen Betriebes; sie werden nach ihrem Marktwert bemessen.
3    Die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen sind steuerfrei.
DBG; Markus Weidmann, Einkommensbegriff und Realisation, 1996, S. 195 f.).

3.3.6. Zur Veräusserung von Grundstücken hat das Bundesgericht das "Soll-Prinzip" dahingehend konkretisiert, dass der rechtsgültige Abschluss des Vertrags durch öffentliche Beurkundung zeitlich bestimmend ist (im Falle des Kaufvertrags: Art. 216 Abs. 1
SR 220 Bundesgesetz betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Fünfter Teil: Obligationenrecht)
OR Art. 216 A. Formvorschriften
1    Kaufverträge, die ein Grundstück zum Gegenstande haben, bedürfen zu ihrer Gültigkeit der öffentlichen Beurkundung.
2    Vorverträge sowie Verträge, die ein Vorkaufs-, Kaufs- oder Rückkaufsrecht an einem Grundstück begründen, bedürfen zu ihrer Gültigkeit der öffentlichen Beurkundung. 1
3    Vorkaufsverträge, die den Kaufpreis nicht zum voraus bestimmen, sind in schriftlicher Form gültig. 2
OR; Urteile 2C_115/2010 vom 18. Juni 2010 E. 2.2 [DBG]; 2A.250/2006 vom 11. Oktober 2006 E. 2.1, in: StE 2007 B 21.2 Nr. 24 [DBG]; 2A.475/2002 vom 31. März 2003 E. 3.1, in: RDAF 2004 II 38, StE 2003 B 21.2 Nr. 17 [BdBSt]; 2A.67/1997 vom 14. Oktober 1998 E. 5b, in: RDAF 1999 II 233, StR 54/1999 S. 196 [BdBSt]; 2P.14/1998 vom 3. Juli 1998 E. 3a, in: RDAF 1998 II 374 [StG/GE]; 2A.56/1991 vom 1. November 1991 E. 3b, in: ASA 61 S. 666, BVR 1992 S. 196, StE 1992 B 21.2 Nr. 6, StR 47/1992 S. 584 [BdBSt]; vgl. Ernst Känzig, Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], I. Teil, 2. Aufl. 1982, N. 167 zu Art. 21
SR 220 Bundesgesetz betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Fünfter Teil: Obligationenrecht)
OR Art. 216 A. Formvorschriften
1    Kaufverträge, die ein Grundstück zum Gegenstande haben, bedürfen zu ihrer Gültigkeit der öffentlichen Beurkundung.
2    Vorverträge sowie Verträge, die ein Vorkaufs-, Kaufs- oder Rückkaufsrecht an einem Grundstück begründen, bedürfen zu ihrer Gültigkeit der öffentlichen Beurkundung. 1
3    Vorkaufsverträge, die den Kaufpreis nicht zum voraus bestimmen, sind in schriftlicher Form gültig. 2
BdBSt; Locher, DBG, N. 75 zu Art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer
DBG Art. 18 Grundsatz
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18 bbleibt vorbehalten. 1
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
SR 642.11 Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer
DBG Art. 18 Grundsatz
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18 bbleibt vorbehalten. 1
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG). Diese vornehmlich zu den Selbständigerwerbenden entwickelte Praxis findet entsprechende Anwendung auf Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, zumal diese strengeren buchhalterischen Auflagen unterlagen (Art. 662a
SR 220 Bundesgesetz betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Fünfter Teil: Obligationenrecht)
OR Art. 662a
vs. Art. 957 ff
SR 220 Bundesgesetz betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Fünfter Teil: Obligationenrecht)
OR Art. 957 A. Pflicht zur Buchführung und Rechnungslegung
1    Der Pflicht zur Buchführung und Rechnungslegung gemäss den nachfolgenden Bestimmungen unterliegen:
1  Einzelunternehmen und Personengesellschaften, die einen Umsatzerlös von mindestens 500 000 Franken im letzten Geschäftsjahr erzielt haben;
2  juristische Personen.
2    Lediglich über die Einnahmen und Ausgaben sowie über die Vermögenslage müssen Buch führen:
1  Einzelunternehmen und Personengesellschaften mit weniger als 500 000 Franken Umsatzerlös im letzten Geschäftsjahr;
2  diejenigen Vereine und Stiftungen, die nicht verpflichtet sind, sich ins Handelsregister eintragen zu lassen;
3  Stiftungen, die nach Artikel 83 bAbsatz 2 ZGB 1 von der Pflicht zur Bezeichnung einer Revisionsstelle befreit sind.
3    Für die Unternehmen nach Absatz 2 gelten die Grundsätze ordnungsmässiger Buchführung sinngemäss.
. aOR) bzw. unterliegen (Art. 957 Abs. 1
SR 220 Bundesgesetz betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Fünfter Teil: Obligationenrecht)
OR Art. 957 A. Pflicht zur Buchführung und Rechnungslegung
1    Der Pflicht zur Buchführung und Rechnungslegung gemäss den nachfolgenden Bestimmungen unterliegen:
1  Einzelunternehmen und Personengesellschaften, die einen Umsatzerlös von mindestens 500 000 Franken im letzten Geschäftsjahr erzielt haben;
2  juristische Personen.
2    Lediglich über die Einnahmen und Ausgaben sowie über die Vermögenslage müssen Buch führen:
1  Einzelunternehmen und Personengesellschaften mit weniger als 500 000 Franken Umsatzerlös im letzten Geschäftsjahr;
2  diejenigen Vereine und Stiftungen, die nicht verpflichtet sind, sich ins Handelsregister eintragen zu lassen;
3  Stiftungen, die nach Artikel 83 bAbsatz 2 ZGB 1 von der Pflicht zur Bezeichnung einer Revisionsstelle befreit sind.
3    Für die Unternehmen nach Absatz 2 gelten die Grundsätze ordnungsmässiger Buchführung sinngemäss.
vs. Abs. 2 OR) als Einzelunternehmen.

3.3.7. Die Massgeblichkeit des Handelsrechts und die im Anschluss daran entwickelte Praxis zu den Grundstückgewinnen gilt vorab im Fall der Gewinnsteuer, d. h. zwischen Hauptsteuerdomizil (Sitz) und sekundärem Steuerdomizil (Betriebsstätte). Geht es in interkantonalen Verhältnissen im einen Kanton um die Veranlagung der Gewinnsteuer, im andern um jene der (in weiten Teilen ebenfalls harmonisierten) Grundstückgewinnsteuer, muss dasselbe gelten. Nicht nur fehlt es an einem sachlichen Grund, um von unterschiedlichen Realisationszeitpunkten des Gewinns einerseits und des Grundstückgewinns oder -verlusts anderseits auszugehen. Gegenteils ist nach dem Gebot der Herbeiführung (sachlich und zeitlich) vergleichbarer Verhältnisse eine kohärente Lösung unerlässlich. Inhaltliche Leitfunktion kommt dabei dem Gewinnsteuerrecht zu. Der Grundstückgewinn stellt sich als eine Form von Gewinnen (oder Verlusten) dar. Die harmonisierten Regeln über die Gewinnsteuer sind deutlich weiter gefasst als jene zur Grundstückgewinnsteuer (Art. 12
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
StHG). Zwangsläufig gehen damit die (sachlichen und zeitlichen) Bestimmungen über die Gewinnsteuer vor, soweit Art. 12
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
StHG nicht ausdrücklich etwas anderes anordnet (vgl. Urteil 2C_622/2011 vom 29. Februar 2012 E.
4 Abs. 3 mit Hinweisen, in: StE 2012 B 21.1 Nr. 21). Der sich im monistischen System ergebende, separat besteuerte Gewinn oder Verlust aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens ist infolgedessen im interkantonalen Verhältnis einheitlich im Geschäftsjahr der öffentlichen Beurkundung des Verpflichtungsgeschäfts zu besteuern (vgl. aber die kritischen Stellungnahmen in der Lehre, zuletzt FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl. 2013, N. 46 ff. zu § 50 StG/ZH, mit Hinweisen). Auf den Zeitpunkt des Verfügungsgeschäfts kommt in solchen Fällen nichts an.

3.4.

3.4.1. Im konkreten Fall folgen sowohl das Hauptsteuer- (Art. 1 Abs. 1 lit. c
SR 747.201 Bundesgesetz über die Binnenschifffahrt
BSG Art. 1 Geltungsbereich
1    Dieses Gesetz ordnet die Schifffahrt auf schweizerischen Gewässern einschliesslich der Grenzgewässer.
2    Der Bundesrat bezeichnet die Fahrzeuge, Anlagen und Geräte, die als Schiffe im Sinne dieses Gesetzes gelten.
3    Vorbehalten bleiben internationale Vereinbarungen und die darauf beruhenden Vorschriften.
4    Für die konzessionierte Binnenschifffahrt gelten die Bestimmungen des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 1 über die Enteignung, die Aufsicht, die unabhängige Unfalluntersuchung, die Beschränkungen im Interesse der Sicherheit der Bahn, die Errichtung von Signal- und Fernmeldeanlagen, die Nebenbetriebe, Streitigkeiten, die besonderen Leistungen für öffentliche Verwaltungen und die Gebührenerhebung sowie die Strafbestimmungen und Verwaltungsmassnahmen sinngemäss. 2
i. V. m. Art. 126 Abs. 1
SR 747.201 Bundesgesetz über die Binnenschifffahrt
BSG Art. 1 Geltungsbereich
1    Dieses Gesetz ordnet die Schifffahrt auf schweizerischen Gewässern einschliesslich der Grenzgewässer.
2    Der Bundesrat bezeichnet die Fahrzeuge, Anlagen und Geräte, die als Schiffe im Sinne dieses Gesetzes gelten.
3    Vorbehalten bleiben internationale Vereinbarungen und die darauf beruhenden Vorschriften.
4    Für die konzessionierte Binnenschifffahrt gelten die Bestimmungen des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 1 über die Enteignung, die Aufsicht, die unabhängige Unfalluntersuchung, die Beschränkungen im Interesse der Sicherheit der Bahn, die Errichtung von Signal- und Fernmeldeanlagen, die Nebenbetriebe, Streitigkeiten, die besonderen Leistungen für öffentliche Verwaltungen und die Gebührenerhebung sowie die Strafbestimmungen und Verwaltungsmassnahmen sinngemäss. 2
und Art. 129 Abs. 1
SR 747.201 Bundesgesetz über die Binnenschifffahrt
BSG Art. 1 Geltungsbereich
1    Dieses Gesetz ordnet die Schifffahrt auf schweizerischen Gewässern einschliesslich der Grenzgewässer.
2    Der Bundesrat bezeichnet die Fahrzeuge, Anlagen und Geräte, die als Schiffe im Sinne dieses Gesetzes gelten.
3    Vorbehalten bleiben internationale Vereinbarungen und die darauf beruhenden Vorschriften.
4    Für die konzessionierte Binnenschifffahrt gelten die Bestimmungen des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 1 über die Enteignung, die Aufsicht, die unabhängige Unfalluntersuchung, die Beschränkungen im Interesse der Sicherheit der Bahn, die Errichtung von Signal- und Fernmeldeanlagen, die Nebenbetriebe, Streitigkeiten, die besonderen Leistungen für öffentliche Verwaltungen und die Gebührenerhebung sowie die Strafbestimmungen und Verwaltungsmassnahmen sinngemäss. 2
des Steuergesetzes [des Kantons Bern] vom 21. Mai 2000 [BSG 661.11; nachfolgend: StG/BE]) als auch das Spezialsteuerdomizil (§ 1 Abs. 1 lit. d [kantonal] bzw. § 2 Abs. 1 lit. c [kommunal] i. V. m. § 25 Abs. 1 lit. b, § 71 Abs. 1 lit. c und § 104 Abs. 1 lit. a des Gesetzes [des Kantons Basel-Stadt] vom 12. April 2000 über die direkten Steuern [SG 640.100; nachfolgend: StG/BS]) dem monistischen System. Ebenso übereinstimmend knüpfen beide Kantone in zeitlicher Hinsicht an das Verfügungsgeschäft (Grundbucheintrag; Art. 656 Abs. 1 i
SR 210 Schweizerisches Zivilgesetzbuch
ZGB Art. 656 B. Erwerb / I. Eintragung - B. Erwerb I. Eintragung
1    Zum Erwerbe des Grundeigentums bedarf es der Eintragung in das Grundbuch.
2    Bei Aneignung, Erbgang, Enteignung, Zwangsvollstreckung oder gerichtlichem Urteil erlangt indessen der Erwerber schon vor der Eintragung das Eigentum, kann aber im Grundbuch erst dann über das Grundstück verfügen, wenn die Eintragung erfolgt ist.
. V. m. Art. 971 Abs. 1
SR 210 Schweizerisches Zivilgesetzbuch
ZGB Art. 971 D. Wirkung / I. Bedeutung der Nichteintragung - D. Wirkung I. Bedeutung der Nichteintragung
1    Soweit für die Begründung eines dinglichen Rechtes die Eintragung in das Grundbuch vorgesehen ist, besteht dieses Recht als dingliches nur, wenn es aus dem Grundbuche ersichtlich ist.
2    Im Rahmen des Eintrages kann der Inhalt eines Rechtes durch die Belege oder auf andere Weise nachgewiesen werden.
ZGB) an. Im Kanton Bern entspricht dies konstanter Praxis (Markus Langenegger, in: Christoph Leuch/Peter Kästli/Markus Langenegger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Berner Steuergesetz, Band 2, 2011, N. 3 zu Art. 138 StG/BE). Demgegenüber kennt der Kanton Basel-Stadt zu dieser Frage eine positivrechtliche Norm (§ 110 Abs. 1 lit. a StG/BS). Dies schafft indessen eine Differenz zum harmonisierten Steuerrecht. Es ist zu klären, ob eine solche doppelbesteuerungsrechtlich haltbar ist.

3.4.2. Die Vorinstanz hat erwogen, gemäss basel-städtischem Steuerrecht könnten Grundstückgewinne nur mit Grundstückverlusten desselben Kalenderjahres verrechnet werden. Der Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer entstehe mit der Übertragung des Eigentums, mithin mit dem Grundbucheintrag. Da somit der Verkauf des dritten Objekts (Grundbucheintrag: 3. Januar 2007) erst im Jahre 2007 erfolgt sei, könne der daraus resultierende Verlust nicht an die im Jahr 2006 erzielten Grundstückgewinne angerechnet werden. Unter diesen Umständen sei aber auch kein Ausscheidungsverlust entstanden, da der korrigierte Gesamtgewinn den in Basel erzielten Nettogrundstückgewinn von Fr. 115'815.-- übersteige.

3.4.3. Die Steuerpflichtige macht geltend, doppelbesteuerungsrechtlich sei der Verlust aus dem Verkauf des dritten Objekts dem Steuerjahr 2006 zuzuordnen, wenn auch die kantonale Regelung etwas anderes vorsehe. Der Verlust müsse objektmässig ausgeschieden und vom Kanton Basel-Stadt übernommen werden, um Ausscheidungsverluste zu vermeiden. Andernfalls führe die kantonale Besteuerung dazu, dass die Summe der in den Kantonen Bern und Basel-Stadt besteuerten Gewinne den gesamten Reingewinn übertreffe.

3.4.4. Die Kantone Bern und Basel-Stadt folgen innerkantonal übereinstimmend dem monistischen System (Art. 12 Abs. 4
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 12
1    Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt.
2    Die Steuerpflicht wird durch jede Veräusserung eines Grundstückes begründet. Den Veräusserungen sind gleichgestellt:
a  die Rechtsgeschäfte, die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen in das Geschäftsvermögen des Steuerpflichtigen;
c  die Belastung eines Grundstückes mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstückes dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird;
d  die Übertragung von Beteiligungsrechten des Privatvermögens des Steuerpflichtigen an Immobiliengesellschaften, soweit das kantonale Recht für diesen Fall eine Steuerpflicht vorsieht;
e  die ohne Veräusserung erzielten Planungsmehrwerte im Sinne des Raumplanungsgesetzes vom 22. Juni 1979 1 , sofern das kantonale Recht diesen Tatbestand der Grundstückgewinnsteuer unterstellt.
3    Die Besteuerung wird aufgeschoben bei:
a  Eigentumswechsel durch Erbgang (Erbfolge, Erbteilung, Vermächtnis), Erbvorbezug oder Schenkung;
b  Eigentumswechsel unter Ehegatten im Zusammenhang mit dem Güterrecht, sowie zur Abgeltung ausserordentlicher Beiträge eines Ehegatten an den Unterhalt der Familie (Art. 165 des Zivilgesetzbuches 3 ) und scheidungsrechtlicher Ansprüche, sofern beide Ehegatten einverstanden sind;
c  Landumlegungen zwecks Güterzusammenlegung, Quartierplanung, Grenzbereinigung, Abrundung landwirtschaftlicher Heimwesen sowie bei Landumlegungen im Enteignungsverfahren oder drohender Enteignung;
d  vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird;
e  Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird.
4    Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen. In beiden Fällen gilt:
a  die in den Artikeln 8 Absätze 3 und 4 und 24 Absätze 3 und 3 quatergenannten Tatbestände sind bei der Grundstückgewinnsteuer als steueraufschiebende Veräusserung zu behandeln;
b  die Überführung eines Grundstückes sowie von Anteilen daran vom Privatvermögen ins Geschäftsvermögen darf nicht einer Veräusserung gleichgestellt werden.
5    Die Kantone sorgen dafür, dass kurzfristig realisierte Grundstückgewinne stärker besteuert werden.
StHG) und erachten das Verfügungsgeschäft als zeitlich massgebend (vorne E. 3.4.1). Dessen ungeachtet stellt sich im Ergebnis eine disharmonisierte Lösung ein, nachdem der Kanton Bern als Hauptsteuerdomizil die Gewinnsteuer veranlagt, während es am Spezialsteuerdomizil um die Grundstückgewinnsteuer geht. Im ersten Fall ist unstreitig für die Zwecke der Realisation auf den Zeitpunkt des Verpflichtungsgeschäfts abzustellen, im zweiten Fall hingegen auf jenen des Verfügungsgeschäfts.

3.4.5. Der Kanton Bern hat nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz alle drei Vorgänge im Steuerjahr 2006 berücksichtigt. Auch die Vorinstanz erachtet das gewinnsteuerliche Vorgehen des Kantons Bern insoweit als zutreffend, wenngleich sie an anderer Stelle auf das Urteil 2C_199/2011 vom 14. November 2011 E. 4.1 verweist und daraus ableitet, dem Spezialsteuerdomizil sei es unbenommen, die Veranlagungspraxis des Hauptsteuerdomizils zu überprüfen. In ihrer Vernehmlassung vom 13. Juni 2013 räumt die Vorinstanz freilich ein, sie sei davon ausgegangen, dass nach den Steuergesetzen der beiden Kantone übereinstimmend auf den Zeitpunkt des Verfügungsgeschäftes abzustellen sei. Hinsichtlich des Kantons Bern habe sie sich auf dessen Wegleitung der Abteilung Grundstückgewinnsteuer verlassen. Gestützt darauf habe sie weiter angenommen, dass dies auch auf Grundstückverluste zutreffe.

3.4.6. Das Vorgehen des Kantons Bern, das zwar nicht Streitgegenstand, aber vorfrageweise heranzuziehen ist, erweist sich nach dem Gesagten als bundesrechtskonform. Im konkreten Fall verdrängt Art. 24 Abs. 1
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital--, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29 a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist. 2
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben. 3 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird. 4
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. 5
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d. 6 7
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3 quaterwährend der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch. 8
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war. 9
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG (i. V. m. Art. 58 Abs. 1
SR 642.11 Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
DBG), der Art. 127 Abs. 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV für das Bundesgericht verbindlich konkretisiert (Art. 190
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 190 Massgebendes Recht - Bundesgesetze und Völkerrecht sind für das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden massgebend.
BV), die entgegenstehende kantonale Regelung (§ 110 Abs. 1 lit. a StG/BS). Eine einheitliche Bestimmung des massgebenden Zeitpunkts ist zumindest unter den beiden folgenden Gesichtspunkten unerlässlich.

Aus der Optik der Steuerpflichtigen ergibt sich eine Überbesteuerung, indem der Grundstückverlust von Fr. 117'990.-- nie im vollen Umfang berücksichtigt wird. Er kommt lediglich insoweit zum Tragen, als der Kanton Bern einen entsprechend verminderten Gesamtsteuersatz ermittelt hat. Dies verletzt insbesondere das Gebot der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV). Aus der Optik des Kantons Bern tritt eine Unterbesteuerung ein, indem er den Grundstückverlust im Steuerjahr 2006 satzbestimmend übernimmt, worauf er im Steuerjahr 2007 den Verlust mangels Verrechnungsmöglichkeit im Kanton Basel-Stadt auch gewinnmindernd zu übernehmen hätte. Eine solche "doppelte Wirksamkeit" schmälert den Steueranspruch des Kantons Bern in unrechtmässiger Weise und lässt sich vor dem Hintergrund von Art. 127 Abs. 3
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
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1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV nicht halten. Die abweichende vorinstanzliche Sichtweise widerspricht Bundesrecht. Die Beschwerde ist insoweit gutzuheissen.

4.

4.1. Der Grundstückkanton hat zugunsten des Hauptsteuerdomizils einen Anteil an den allgemeinen Unkosten des Grundstückhändlers zu übernehmen (Urteil 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 2.1, in: ASA 80 S. 361, StE 2011 A 24.3.1 Nr 22; BGE 120 la 361 E. 5b S. 366; 111 Ia 220 E. 2d S. 227; 92 I 461 E. 2b S. 468). In der Regel beläuft sich die "Händlerpauschale" auf fünf Prozent des Veräusserungserlöses. Mit der Pauschale sollen die Gemeinkosten (insbesondere Personal- und Sachauslagen) abgegolten werden, die anlässlich des An- und Verkaufs der eigenen Handelsobjekte entstehen (vgl. Urteil 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 2.1; de Vries Reilingh, a. a. O., N. 1037; Oertli/Zigerlig, a. a. O., § 33 N. 117; Locher, Interkantonal, S. 119).

4.2.

4.2.1. Von dem als Faustregel aufzufassenden Satz von fünf Prozent ist nur aus besonderen Gründen abzuweichen, namentlich dann, wenn hinreichende Anhaltspunkte dafür vorliegen, er sei zu tief oder zu hoch angesetzt. Ein niedriger Satz ist insbesondere am Platz, wenn Vermittlungsprovisionen und Dienstleistungshonorare an Dritte verbucht werden (Urteile 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 2.1, in: ASA 80 S. 361, StE 2011 A 24.3.1 Nr 22; 2P.118/1992 vom 23. Februar 1993 E. 5b, in: ASA 62 S. 720, StE 1993 B 45 Nr. 8; P.1683/1984 vom 5. Dezember 1985 E. 4b, in: ASA 56 S. 569). In einem solchen Fall rechtfertigt es sich, für allgemeine Umtriebe (Gemeinkosten) einen Pauschalabzug von lediglich einem Prozent zuzulassen (Urteile 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 2.1; 2P.58/2007 vom 5. September 2007 E. 2.2; Ferdinand Zuppinger, Die Besteuerung des Liegenschaftenhändlers im interkantonalen Verhältnis, 1971, S. 30). Die Mithilfe eines Mäklers oder einer Drittperson, die damit zusammenhängende Leistungen erbringt, bewirkt erfahrungsgemäss eine Verringerung der allgemeinen Personal- und Sachaufwendungen des Grundstückhändlers (Urteil 2P.91/1995 vom 27. Januar 1998 E. 2b). Ohnehin werden die entrichteten Mäklerprovisionen und
Dienstleistungshonorare für An- und Verkauf der Handelsobjekte gesondert fakturiert; betriebswirtschaftlich handelt es sich bei ihnen gemeinhin nicht um Gemein-, sondern um Einzelkosten. Dies erlaubt die direkte Zurechnung zum erzielten Grundstückgewinn (oder -verlust). Aus diesem Grund sind Mäklerprovisionen und Dienstleistungshonorare von vornherein im Grundstückkanton (objektmässig) zum Abzug zu bringen (Urteile 2P.90/1995 vom 27. Januar 1998 E. 2b; 2P.91/1995 vom 27. Januar 1998 E. 2b).

4.2.2. Erweist sich der Wertzuwachsgewinn - bezogen auf den Verkaufspreis - als relativ gering, so dass die Anwendung der Händlerpauschale einen verhältnismässig grossen Abzug ergibt, ist dies ein Indiz dafür, dass die tatsächlich anzurechnenden allgemeinen Verwaltungskosten weniger als fünf Prozent des Verkaufspreises ausmachten. Umgekehrt kann ein relativ hoher Gewinn ein Indiz für einen höheren Verwaltungskostenanteil sein. Infolgedessen hat das Bundesgericht festgehalten, es sei nicht willkürlich, den pauschalen Unkostenanteil von fünf Prozent des Verkaufspreises herabzusetzen, wenn dem hohen Verkaufspreis nicht nur ein niedriger Wertzuwachsgewinn gegenübersteht, sondern bei Anwendung des Satzes von fünf Prozent sogar ein Grundstückverlust eintritt (zum Ganzen Urteil 2P.118/1992 vom 23. Februar 1993 E. 5).

4.3. Ein pauschaler Unkostenersatz kommt ausschliesslich im Fall interkantonaler Grundstückhändler in Frage. Bundessteuergesetz und interkantonales Steuerrecht verwenden denselben Begriff des Grundstückhändlers (Urteile 2C_713/2012 vom 3. März 2013 E. 3.1; 2P.154/2004 vom 16. August 2005 E. 3.3, in: RtiD I-2006 S. 543; zu den massgebenden Kriterien insbesondere Urteil 2C_1273/2012 vom 13. Juni 2013 E. 2.2, in: StE 2013 B 23.1 Nr. 79). Mit den nötigen Einschränkungen finden die Kriterien auf juristische Personen Anwendung.

4.4. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz qualifizierte der Kanton Bern die Steuerpflichtige ursprünglich als Grundstückhändlerin (Veranlagungsverfügung vom 16. März 2009). Für die interkantonale Steuerausscheidung berücksichtigte die Steuerverwaltung des Kantons Bern zulasten des Spezialsteuerdomizils (Basel-Stadt) zunächst pauschale Unkosten von Fr. 288'000.-- (fünf Prozent der kumulierten Erlöse von Fr. 5'760'000.--), später noch solche von zwei Prozent (Fr. 115'200.--). Zur Begründung der Korrektur führte die Steuerverwaltung des Kantons Bern an, es rechtfertige sich ein niedriger Ansatz, da die Steuerpflichtige nicht als Grundstückhändlerin gelte. Die Steuererklärungen für die Grundstückgewinnsteuer des Kantons Basel-Stadt liegen bei den Akten und können vom Bundesgericht ergänzend beigezogen werden (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden. 1
BGG). Daraus geht hervor, dass Mäklerprovisionen von Fr. 173'451.-- bzw. Fr. 80'120.-- entrichtet wurden. Der Kanton Bern hat diese anerkannt, überdies ein Mäklerhonorar von Fr. 100'000.-- zum dritten Verkauf. Er ist vom deklarierten ausserordentlichen Ertrag von Fr. 135'581.-- ausgegangen.

4.5. Die Steuerpflichtige beantragt einen pauschalen Unkostenersatz von zwei Prozent, dies (nur noch) bezogen auf die beiden ersten Veräusserungen. Bei einem kumulierten Erlös von Fr. 3'520'000.-- heisst dies rund Fr. 70'000.--. Dem steht ein Verwaltungsaufwand von Fr. 4'800.-- gegenüber, nicht aber ein verbuchter Lohnaufwand. Selbst wenn der Eigenaufwand nicht verbucht worden wäre, was unter Umständen handelsrechtliche Fragen aufwärfe, bleibt schwer erklärlich, aus welchem Grund über die vom Kanton Bern berücksichtigten, nachgewiesenen Mäklerhonorare von Fr. 353'571.-- hinaus ein allgemeiner Verwaltungsaufwand von rund Fr. 70'000.-- entstanden sein sollte. Eine nachvollziehbare Begründung fehlt.

4.6. Es kann denn auch offenbleiben, ob die Steuerpflichtige überhaupt als Grundstückhändlerin qualifiziert. Es ist zwar nicht zu übersehen, dass die Besitzesdauer jeweils auffällig kurz war und einen Monat (Objekte 1 und 2) bzw. sieben Monate (Objekt 3) nicht überschritt. Zudem wurde das dritte Objekt unmittelbar bei Verkauf der beiden ersten Grundstücke erworben. Dies schliesst ein systematisches und planmässiges Vorgehen zumindest nicht aus. Unterlagen zu früheren Transaktionen - die Steuerpflichtige wurde im Jahr 2000 gegründet -, zu besonderen Fachkenntnissen, zu den über längere Zeit geübten Handels- und Finanzierungspraktiken fehlen indessen und werden von der Steuerpflichtigen auch nicht vorgetragen.

5.

5.1. Zusammenfassend ist die Beschwerde begründet, soweit die Beschwerdeführerin eine harmonisierte zeitliche Ordnung der Verlustanrechnung anstrebt, im Übrigen aber unbegründet. Die Beschwerde ist im Sinne der Erwägungen teilweise gutzuheissen, und das angefochtene Urteil ist aufzuheben. Die vorliegende Sach- und Rechtslage erfordert die neue Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer 2006. Dementsprechend ist die Sache zur neuen Entscheidung an die Unterinstanz zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 107 Entscheid
1    Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
2    Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat.
3    Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen oder der internationalen Amtshilfe in Steuersachen als unzulässig, so fällt es den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels. Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen ist es nicht an diese Frist gebunden, wenn das Auslieferungsverfahren eine Person betrifft, gegen deren Asylgesuch noch kein rechtskräftiger Endentscheid vorliegt. 1
4    Über Beschwerden gegen Entscheide des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40 ddes Patentgesetzes vom 25. Juni 1954 2 entscheidet das Bundesgericht innerhalb eines Monats nach Anhebung der Beschwerde. 3
Satz 2 BGG).

5.2.

5.2.1. Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben die Beschwerdeführerin und der Kanton Basel-Stadt, der in seiner Eigenschaft als Abgabegläubiger Vermögensinteressen im Sinne von Art. 66 Abs. 4
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
BGG verfolgt, die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht je hälftig zu tragen (Art. 65 i
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
. V. m. Art. 66 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
BGG).

5.2.2. Der Kanton Basel-Stadt hat der Beschwerdeführerin eine dem Ausgang des Verfahrens entsprechend verminderte Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
BGG). Selber hat er keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
BGG).

5.2.3. Die Festsetzung der Kosten und Entschädigung für das vorinstanzliche Verfahren wird der Vorinstanz übertragen (Art. 67 i
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
. V. m. Art. 68 Abs. 5
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.

Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht vom 6. März 2013 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt sowie zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das vorinstanzliche Verfahren an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt zurückgewiesen.

2.

Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 3'000.-- werden je hälftig der Beschwerdeführerin und der Kanton Basel-Stadt auferlegt.

3.

Der Kanton Basel-Stadt hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.

4.

Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und der Steuerverwaltung des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 2. Mai 2014

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Kocher