Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 586/2017

Arrêt du 30 novembre 2018

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Zünd, Aubry Girardin, Donzallaz et Stadelmann.
Greffière : Mme Kleber.

Participants à la procédure
Service des contributions de la République et canton de Neuchâtel,
recourant,

contre

X.________,
représenté par Me Tiphanie Piaget, avocate,
intimé.

Objet
Impôt direct cantonal et communal pour les années 2004 à 2009, restitution des acomptes

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, du 24 mai 2017 (CDP.2016.49-FISC).

Faits :

A.
Le 7 août 2015, le Service des contributions de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Service des contributions) a notifié à X.________, domicilié à Genève, des taxations définitives pour les impôts directs cantonal et communal des périodes fiscales 2004 à 2013, en raison d'un rattachement économique dans le canton de Neuchâtel (propriété d'immeubles).
Dans sa réclamation du 31 août 2015, X.________ a invoqué la prescription du droit de taxer et de percevoir l'impôt pour les périodes fiscales 2004 à 2009. Il a sollicité le remboursement des acomptes versés durant chaque année fiscale en cause.
Par décision sur réclamation du 5 janvier 2016, le Service des contributions a admis que la prescription du droit de taxer était acquise pour les années 2004 à 2009. Par décision du 11 janvier 2016, il a rejeté la demande de remboursement des acomptes. Le contribuable avait payé 21'224 fr. d'acomptes en 2004, 7'001 fr. 85 en 2005, 8'376 fr. 30 en 2006 et 7'001 fr. 85 en 2007, 2008 et 2009. Selon les décisions de taxation, l'impôt cantonal et communal s'élevait à 32'918 fr. pour 2004, 44'465 fr. 10 pour 2005, 48'571 fr. 95 pour 2006, 28'458 fr. 25 pour 2007, 43'612 fr. pour 2008 et 42'510 fr. 50 pour 2009 (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).

B.
Contre la décision du 11 janvier 2016, X.________ a formé un recours à la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 24 mai 2017, le Tribunal cantonal a admis le recours, annulé la décision du 11 janvier 2016 et renvoyé la cause au Service des contributions pour qu'il se prononce selon les considérants et rende une nouvelle décision. En substance, le Tribunal cantonal a considéré que les acomptes devaient être remboursés, car les créances fiscales avaient cessé d'exister du fait de la prescription du droit de taxer.

C.
Contre l'arrêt du 24 mai 2017, le Service des contributions forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Il conclut, sous suite de frais, principalement à l'annulation de l'arrêt entrepris et à la confirmation de sa décision du 11 janvier 2016, et, subsidiairement, au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision au sens des considérants. Le recourant fait grief au Tribunal cantonal d'avoir violé l'art. 47 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 47 Prescription - 1 Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
1    Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
2    Les créances d'impôt se prescrivent par cinq ans à compter de l'entrée en force de la taxation; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force.
LHID et l'art. 62 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
CO.
X.________ conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. Le Tribunal cantonal se réfère aux motifs de son arrêt et conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 24 mai 2017.

Considérant en droit :

1.

1.1. L'arrêt attaqué, rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF), concerne les acomptes d'impôt versés par le contribuable pour les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2004 à 2009. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF (cf. également l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).

1.2. Dans l'arrêt entrepris, le Tribunal cantonal a admis le recours formé par le contribuable et renvoyé la cause au Service des contributions pour qu'il se prononce selon les considérants et rende une nouvelle décision. Il s'agit donc d'un arrêt de renvoi. Un tel arrêt constitue en principe une décision incidente (ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148), contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des art. 92
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 92 Décisions préjudicielles et incidentes concernant la compétence et les demandes de récusation - 1 Les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
1    Les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
2    Ces décisions ne peuvent plus être attaquées ultérieurement.
et 93
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
LTF. Toutefois, un tel arrêt est considéré comme final si l'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée n'a aucune marge de manoeuvre (cf. ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148; 135 V 141 consid. 1.1 p. 143). Tel est le cas en l'occurrence. En effet, à teneur de l'arrêt entrepris, le Service des contributions est invité à rembourser les acomptes d'impôt versés par le contribuable pour les années fiscales 2004 à 2009 (montant de 57'607 fr. 70), en y ajoutant les intérêts compensatoires. Le Service des contributions ne dispose ainsi d'aucune marge de manoeuvre. L'arrêt attaqué doit par conséquent être qualifié de décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF).

1.3. Au surplus, le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes requises (art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF), par le Service des contributions, qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF en relation avec l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID). Il est donc recevable.

2.

2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), mais n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368; 141 I 36 consid. 1.3 p. 41; 135 III 232 consid. 1.2 p. 234). A cela s'ajoute que, sous réserve des cas non pertinents en l'espèce visés à l'art. 95 let. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
à e LTF, le recours devant le Tribunal fédéral ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal (ou communal) en tant que tel. En revanche, il est possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal ou communal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (cf. ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 s.; arrêt 2C 222/2016 du 29 septembre 2016 consid. 2.1 non publié in ATF 142 I 172).

2.2. Ainsi, le Tribunal fédéral examine en principe librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (arrêts 2C 194/2018 du 1er octobre 2018 consid. 2; 2C 826/2015 du 5 janvier 2017 consid. 2 non publié in ATF 143 I 73). Lorsque la loi sur l'harmonisation fiscale laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons ou lorsque l'on est en présence d'impôts purement cantonaux, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est en revanche limité à l'arbitraire (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.; arrêt 2C 676/2016 du 5 décembre 2017 consid. 3.1). Appelé à revoir l'application d'une norme cantonale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. Lorsque l'interprétation défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle est confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. En outre,
il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 143 I 321 consid. 6.1 p. 324; 142 V 513 consid. 4.2 p. 516; 141 I 49 consid. 3.4 p. 53).

2.3. En l'occurrence, le litige porte sur la prétention du contribuable en remboursement des acomptes d'impôts cantonal et communal versés pour les périodes fiscales 2004 à 2009 du fait de l'acquisition de la prescription du droit de taxer. La prescription est une question de droit matériel que le Tribunal fédéral revoit d'office et librement en matière d'impôts cantonal et communal, à moins qu'elle soit uniquement régie par le droit cantonal (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4 p. 172; arrêt 2C 810/2017 du 16 août 2018 consid. 4). Dans le cas d'espèce, la prescription du droit de taxer est régie par l'art. 47 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 47 Prescription - 1 Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
1    Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
2    Les créances d'impôt se prescrivent par cinq ans à compter de l'entrée en force de la taxation; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force.
LHID. Cette disposition est le pendant de l'art. 120
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD relatif à la prescription du droit de procéder à la taxation pour l'impôt fédéral direct; en vertu du principe d'harmonisation verticale, elle a la même portée (cf. ATF 142 II 182 consid. 3.2.1 p. 194). La perception ainsi que la restitution des impôts cantonal et communal et partant la restitution d'acomptes versés en vue de s'acquitter de ces impôts est en revanche une question que le Tribunal fédéral ne revoit pas librement. En effet, la LHID est muette s'agissant de la perception et de la restitution de l'impôt, qui relèvent uniquement du droit cantonal.

3.

3.1. Selon l'art. 47 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 47 Prescription - 1 Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
1    Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
2    Les créances d'impôt se prescrivent par cinq ans à compter de l'entrée en force de la taxation; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force.
LHID, le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. L'art. 186 al. 1 de la loi neuchâteloise du 21 mars 2000 sur les contributions directes (LCdir; RSN 631.0) prévoit également que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 222 et 259 LCdir, relatifs au rappel d'impôt, respectivement à la poursuite pénale, sont réservés.
En droit public, et contrairement à ce qui prévaut en droit privé (cf. art. 142
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 142 - Le juge ne peut suppléer d'office le moyen résultant de la prescription.
CO), la prescription doit être examinée d'office lorsque la collectivité publique est créancière (ATF 142 II 182 consid. 3.2.1 p. 194; 138 II 169 consid. 3.2 p. 171; 133 II 366 consid. 3.3 p. 367; 111 Ib 269 consid. 3a/bb p. 277; 106 Ib 357 consid. 3a p. 364). Une taxation effectuée malgré la survenance de la prescription du droit de taxer n'est pas nulle, mais annulable (ATF 133 II 366 consid. 3.4 p. 369).

3.2. En l'occurrence, il n'est pas contesté que le délai de prescription de l'art. 47 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 47 Prescription - 1 Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
1    Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
2    Les créances d'impôt se prescrivent par cinq ans à compter de l'entrée en force de la taxation; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force.
LHID, qui n'a été ni suspendu, ni interrompu (cf. les motifs de suspension et d'interruption prévus à l'art. 186 al. 2 et 3 LCdir), était échu pour les périodes fiscales 2004 à 2009 lorsque le Service des contributions a notifié au contribuable, le 7 août 2015, les décisions de taxation relatives à celles-ci.

3.3. Dans sa réclamation du 31 août 2015, le contribuable a requis l'annulation des décisions de taxation en raison de l'acquisition de la prescription (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). L'autorité fiscale a reconnu, dans sa décision sur réclamation du 5 janvier 2016, l'acquisition de la prescription du droit de taxer pour ces périodes fiscales et a admis la réclamation du contribuable sur ce point. Les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2004 à 2009 ne sont ainsi pas entrées en force et l'autorité cantonale n'a, à juste titre, pas exigé le paiement d'impôts au contribuable à la suite des réclamations formées avec succès par celui-ci.
Le litige porte ainsi exclusivement sur la restitution des acomptes d'impôts cantonal et communal versés par le contribuable pour les périodes fiscales 2004 à 2009 avant l'acquisition de la prescription du droit de taxer.

4.
Le Tribunal cantonal, en se fondant sur l'art. 62
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
CO, a considéré que les acomptes d'impôts cantonal et communal pour les périodes fiscales 2004 à 2009 devaient être restitués au contribuable. Le recourant s'en prend à cette conclusion.

4.1. Le principe général, selon lequel les versements qui ont été faits en exécution d'une obligation privée de cause valable, ou fondés sur une cause qui ne s'est pas réalisée ou qui a cessé d'exister, doivent être restitués si la loi ne le prévoit pas autrement, est codifié à l'art. 62 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
CO pour le droit privé. Cette règle vaut aussi dans le cadre du droit public (cf. ATF 139 V 82 consid. 3.3.2 p. 86 s.; 138 V 426 consid. 5.1 p. 430 s.; 124 II 570 consid. 4b p. 578 s.; 105 Ia 214 consid. 5 p. 217) et notamment en matière fiscale (cf. ATF 135 II 274 consid. 3.1 p. 276 s.; arrêts 2C 240/2017 du 18 septembre 2018 consid. 3.1 destiné à la publication; 2C 123/2016 du 21 novembre 2017 consid. 5.3.1, in ASA 86 508; 2A.320/2002 et 2A.326/2002 du 2 juin 2003 consid. 3.2, in RDAF 2004 II 100).
En droit public, l'obligation de restituer l'indu se fonde toutefois en premier lieu sur les dispositions des lois spéciales qui la prévoient et, à défaut seulement, sur les règles générales de l'enrichissement illégitime au sens des art. 62
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
à 67
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 67 - 1 L'action pour cause d'enrichissement illégitime se prescrit par trois ans à compter du jour où la partie lésée a eu connaissance de son droit de répétition et, dans tous les cas, par dix ans à compter de la naissance de ce droit.40
1    L'action pour cause d'enrichissement illégitime se prescrit par trois ans à compter du jour où la partie lésée a eu connaissance de son droit de répétition et, dans tous les cas, par dix ans à compter de la naissance de ce droit.40
2    Si l'enrichissement consiste en une créance contre la partie lésée, celle-ci peut en refuser le paiement lors même que ses droits seraient atteints par la prescription.
CO (ATF 138 V 426 consid. 5.1 p. 430 s.; 128 V 50 consid. 2 p. 51). Par ailleurs, lorsque les art. 62
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
et ss CO trouvent application en matière cantonale en raison de l'absence de dispositions spéciales, c'est à titre de droit public cantonal supplétif (cf. arrêt 2C 824/2015 du 21 juillet 2016 consid. 3.2), de sorte que la cognition du Tribunal fédéral est limitée à l'arbitraire (cf. supra consid. 2).

4.2. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a fondé la prétention en restitution du contribuable sur l'art. 62
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
CO, suivant en cela les arguments des parties au cours de la procédure, mais sans expliquer ce choix. Pour justifier la restitution, le Tribunal cantonal, se référant à l'opinion de plusieurs auteurs en droit fiscal selon laquelle la prescription du droit de taxer a un effet extinctif sur la créance fiscale, a retenu que, dans la mesure où aucune décision de taxation n'était intervenue à temps pour les années fiscales 2004 à 2009, les créances d'impôt y relatives devaient être considérées comme éteintes et inexistantes. Il en a déduit que les acomptes d'impôts, versés avant la prescription du droit de taxer, l'avaient été sans cause et devaient partant être restitués.

4.3. Le recourant n'explique pas en quoi l'application par le Tribunal cantonal de l'art. 62
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
CO serait arbitraire ou contraire à un autre droit constitutionnel, contrairement à son devoir de motivation s'agissant de droit public cantonal supplétif (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF; cf. supra consid. 2; arrêt 2C 824/2015 du 21 juillet 2016 consid. 1.3 et 3.2). Il s'en prend uniquement à l'analyse des précédents juges relative aux effets de la prescription du droit de taxer sur la créance fiscale. L'argumentation du Tribunal cantonal sur ce point, dictée par les développements des parties au cours de la procédure devant lui, est cependant sans incidence sur la problématique de la restitution des acomptes d'impôt cantonal et communal payés avant l'acquisition de la prescription, qui relève exclusivement du droit cantonal.

4.4. Au demeurant, on ne voit pas que l'arrêt attaqué serait arbitraire dans son résultat. Non seulement il procède d'une application soutenable de l'art. 62
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 62 - 1 Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
1    Celui qui, sans cause légitime, s'est enrichi aux dépens d'autrui, est tenu à restitution.
2    La restitution est due, en particulier, de ce qui a été reçu sans cause valable, en vertu d'une cause qui ne s'est pas réalisée, ou d'une cause qui a cessé d'exister.
CO, mais aussi du droit cantonal relatif à la restitution. En effet, la restitution des acomptes d'impôts cantonal et communal est compatible avec l'art. 231 LCdir. Cette disposition prévoit notamment qu'un décompte final est établi pour chaque période fiscale sur la base de la taxation définitive (al. 1 première phrase), que les paiements opérés jusque-là sont imputés sur l'impôt dû selon la décision de taxation (al. 2), que le décompte final tient compte des versements effectués et des intérêts (al. 3) et que le montant payé en trop est restitué avec un intérêt rémunératoire (al. 6). En l'espèce, le contribuable a requis, à juste titre (cf. supra consid. 3), l'annulation des décisions de taxation relatives aux périodes fiscales 2004 à 2009 du fait de l'acquisition de la prescription du droit de taxer. Ces décisions ne sont donc jamais entrées en force et le contribuable ne doit aucun impôt pour ces périodes fiscales. Cette situation d'absence de décision de taxation entrée en force du fait de l'annulation est assimilable au cas où une décision de taxation définitive
fixerait l'impôt dû à zéro. Il n'est par conséquent pas arbitraire de considérer que l'intégralité des montants d'acomptes versés par le contribuable l'a été en trop au sens de l'art. 231 al. 6 LCdir et doit partant être restituée en vertu de cette disposition. Sous cet angle également, le résultat auquel est parvenu le Tribunal cantonal n'est dans tous les cas pas insoutenable. Le recours ne peut donc qu'être rejeté.

5.
Les frais judiciaires seront supportés par le canton de Neuchâtel, dès lors que le recourant succombe et défend un intérêt patrimonial (cf. art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Ayant obtenu gain de cause avec l'assistance d'une mandataire professionnelle, l'intimé a droit à des dépens, à charge du canton de Neuchâtel (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge du canton de Neuchâtel.

3.
Le canton de Neuchâtel versera à l'intimé la somme de 3'500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.

4.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à la mandataire de l'intimé, au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 30 novembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

La Greffière : Kleber