Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-1668/2015

Arrêt du 18 mai 2016

Pascal Mollard (président du collège),

Composition Marie-Chantal May Canellas, Daniel Riedo, juges,

Raphaël Bagnoud, greffier.

X._______,

représentée par Maître Michel Bussard,
Parties
B&B Briner & Brunisholz Avocats,

recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,

Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,

autorité inférieure.

Objet TVA; acquisition de prestations de services d'entreprises à l'étranger, gestion stratégique, prestations fournies à un proche; périodes fiscales du 1er trimestre 2008 au 4e trimestre 2012.

Faits :

A.
X._______, sise à ***, est inscrite au registre du commerce du canton de *** depuis le *** 2005 et a pour but, selon l'extrait dudit registre, la prise de participations dans toutes sociétés dans le sens d'une société holding, à l'exclusion de prises de participations dans des sociétés immobilières en Suisse, l'achat, la souscription, la vente et l'échange d'actions, obligations et autres papiers-valeurs. Initialement constituée sous la forme d'une société anonyme, cette sous-holding a été transformée en société à responsabilité limitée le *** (cf. feuille officielle du registre du commerce [FOSC] du ***). Elle fait partie du groupe international A._______ (ci-après : le groupe).

B.
A l'occasion d'un contrôle fiscal portant sur les périodes du 1er trimestre 2008 au 4e trimestre 2012, l'Administration fédérale des contributions (AFC) constata que X._______ avait acquis des prestations de services d'entreprises membres du groupe sises à l'étranger. A l'issue du contrôle, l'AFC fixa la créance fiscale et la correction en sa faveur, d'un montant de Fr. 1'671'336. pour la période allant du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2009, respectivement de Fr. 2'084'435. pour la période du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2012 (cf. pièce AFC n° 1). Par courrier du 28 mars 2014, X._______ contesta le résultat de ce contrôle (cf. pièce AFC n° 3). Elle fit en substance valoir que l'application de la méthode forfaitaire sur la base d'un taux de 2 calculé sur sa fortune moyenne conduisait à un désavantage important pour elle et demanda à bénéficier d'un taux de 0.02 . Par courrier du 3 avril 2014, l'AFC communiqua à X._______ que les arguments avancés n'amenaient pas d'éléments permettant de reconsidérer le résultat du contrôle (cf. pièce AFC n° 4).

C.
En date du 22 avril 2014, l'AFC adressa deux notifications d'estimation couplées à des décisions formelles confirmant le montant total de la correction de l'impôt en sa faveur tel qu'arrêté par le résultat du contrôle du 3 janvier 2014 (cf. pièce AFC n° 5). Par courrier du 23 mai 2014, X._______ conclut principalement à ce qu'il soit constaté que les notifications d'estimation ne constituent pas des décisions formelles, à l'annulation desdites notifications et à l'application de la méthode forfaitaire sur la base d'un taux de 0.02 . Subsidiairement, elle conclut à ce que son courrier soit considéré comme des réclamations, à ce que l'application du taux de 0.02 soit admise et à ce que les notifications d'estimation soient réformées en ce sens que le montant de la correction de l'impôt soit fixé à Fr. 12'198.97 pour les périodes fiscales 2008 et 2009 et à Fr. 12'198.97 pour les périodes fiscales 2010 à 2012. Par décisions du 12 février 2015, l'AFC rejeta les réclamations du 23 mai 2014 et constata que X._______ avait à bon droit acquitté à titre de taxe sur la valeur ajoutée (TVA) le montant de Fr. 1'671'336. pour les périodes fiscales 2008 et 2009, respectivement de Fr. 2'084'435. pour les périodes fiscales 2010 à 2012 (cf. pièce AFC n° 9).

D.
X._______ (ci-après : la recourante) a déféré ces décisions au Tribunal administratif fédéral par recours datés du 16 mars 2015, concluant à leur annulation et à ce qu'il soit dit que le montant de la TVA due pour les périodes fiscales susmentionnées est de Fr. 6'991.66, respectivement de Fr. 14'301.62 (cf. dossier A 1687/2015, pièce TAF n° 1; dossier A 1668/2015, pièce TAF n° 1). L'AFC (ci-après : l'autorité inférieure) a conclu au rejet des recours par réponses datées du 29 avril 2015 (cf. dossier A 1687/2015, pièce TAF n° 6; dossier A-1668/2015, pièce TAF n° 6). La recourante, par mémoires des 12 juin et 27 juillet 2015 (cf. dossier A-1687/2015, pièces TAF n° 10 et 17; dossier A-1668/2015, pièces TAF n° 10 et 17), de même que l'autorité inférieure, par mémoires des 6 juillet et 26 août 2015 (cf. dossier A 1687/2015, pièces TAF n° 13 et 19; dossier A 1668/2015, pièce TAF n° 13 et 19), ont chacune confirmé leurs conclusions respectives.

Pour autant que besoin, les autres faits et les arguments des parties seront repris dans les considérants qui suivent.

Droit :

1.

1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 de cette loi, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF. L'AFC étant une autorité au sens de l'art. 33 let. d
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF et aucune des exceptions de l'art. 32 n'étant en l'occurrence réalisée, le Tribunal de céans est matériellement compétent pour connaître des présents litiges.

1.2 Concernant la compétence fonctionnelle du Tribunal, il y a lieu d'observer ce qui suit.

1.2.1 Selon la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20), dont le droit de procédure est applicable dès son entrée en vigueur - le 1er janvier 2010 - à tous les cas pendants, conformément à l'art. 113 al. 3 de cette loi (cf. consid. 1.5 ci-après), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification (art. 83
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA). Il en résulte que l'assujetti a droit, en principe, à ce que l'AFC examine par deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet, dont la seconde est soumise à des exigences de forme plus élevées (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1662/2014 du 28 juillet 2015 consid. 1.2.1 et A-6927/2013 du 26 mai 2015 consid. 1.2.1).

En l'occurrence, l'autorité inférieure a couplé les notifications d'estimation qu'elle a adressées à la recourante le 22 avril 2014 à des décisions formelles et les a assorties d'un droit de réclamation exerçable dans un délai de 30 jours suivant leur notification. La recourante a contesté ces notifications par courrier du 23 mai 2014. Les décisions dont est recours, qualifiées de décisions sur réclamation, ont été rendues sur cette base le 12 février 2015.

1.2.2 Selon la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral, confirmée par celle du Tribunal fédéral, une notification d'estimation, en tant que telle, ne constitue pas une décision (pour le raisonnement complet sur cette question, voir arrêt du Tribunal administratif fédéral A-707/2013 du 25 juillet 2013 consid. 4 confirmé par l'ATF 140 II 202 consid. 5). En temps normal, le procédé utilisé ici par l'AFC n'est donc pas conforme à la LTVA. En matière de fixation de l'impôt après un contrôle, une décision ne peut être rendue qu'à partir du moment où l'assujetti conteste le montant qui lui est réclamé. Toutefois, la loi ne prévoit pas de délai d'attente entre le moment où l'administration établit une notification d'estimation et celui où, à la suite de la contestation de l'assujetti, elle rend une décision. Ainsi, lorsque l'assujetti annonce d'emblée qu'il conteste le résultat du contrôle, alors même qu'il n'a pas encore reçu de notification d'estimation, rien n'empêche l'administration d'établir simultanément ce document et la décision y relative, le cas échéant dans un seul et même acte (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3945/2013 du 2 avril 2014 consid. 1.2.2 et A 707/2013 précité consid. 4.2.5.3 confirmé par l'ATF 140 II 202 consid. 6 [cf. en particulier consid. 6.3.5]).

Or, tel est bien le cas en l'occurrence, puisque la recourante, agissant par l'intermédiaire de son mandataire, a contesté le résultat du contrôle du 3 janvier 2014 par courrier du 28 mars 2014, soit avant que les notifications d'estimation en cause ne lui soient adressées (cf. let. B ci-avant). Dans ces conditions, l'autorité inférieure pouvait, à bon droit, coupler ces documents à des décisions au sens formel. Ainsi, les décisions subséquentes du 12 février 2015 constituent bien des décisions sur réclamation. La compétence fonctionnelle du Tribunal administratif fédéral est donc respectée et celui-ci peut ainsi connaître des présents recours.

1.3 La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (cf. art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF).

En l'occurrence, la recourante, en sa qualité de destinataire des décisions entreprises, a qualité pour agir (cf. art. 48
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
PA). Les recours, interjetés en date du 16 mars 2015, sont intervenus en temps utile (cf. art. 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA, en relation avec l'art. 20 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 20 - 1 Si le délai compté par jours doit être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de la communication.
1    Si le délai compté par jours doit être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de la communication.
2    S'il ne doit pas être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de l'événement qui le déclenche.
2bis    Une communication qui n'est remise que contre la signature du destinataire ou d'un tiers habilité est réputée reçue au plus tard sept jours après la première tentative infructueuse de distribution.50
3    Lorsque le délai échoit un samedi, un dimanche ou un jour férié selon le droit fédéral ou cantonal, son terme est reporté au premier jour ouvrable qui suit. Le droit cantonal déterminant est celui du canton où la partie ou son mandataire a son domicile ou son siège.51
et 3
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 20 - 1 Si le délai compté par jours doit être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de la communication.
1    Si le délai compté par jours doit être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de la communication.
2    S'il ne doit pas être communiqué aux parties, il commence à courir le lendemain de l'événement qui le déclenche.
2bis    Une communication qui n'est remise que contre la signature du destinataire ou d'un tiers habilité est réputée reçue au plus tard sept jours après la première tentative infructueuse de distribution.50
3    Lorsque le délai échoit un samedi, un dimanche ou un jour férié selon le droit fédéral ou cantonal, son terme est reporté au premier jour ouvrable qui suit. Le droit cantonal déterminant est celui du canton où la partie ou son mandataire a son domicile ou son siège.51
PA). Un examen préliminaire relève en outre qu'ils remplissent les exigences de forme et de contenu posées à l'art. 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA. Partant, les recours sont recevables et il convient d'entrer en matière au fond.

1.4 D'après l'art. 24
SR 273 Loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale
PCF Art. 24 - 1 Le demandeur qui entend exercer plusieurs actions contre le même défendeur peut les joindre dans une seule demande si le Tribunal fédéral est compétent pour connaître de chacune d'elles. Cette condition n'est pas exigée pour des prétentions accessoires.
1    Le demandeur qui entend exercer plusieurs actions contre le même défendeur peut les joindre dans une seule demande si le Tribunal fédéral est compétent pour connaître de chacune d'elles. Cette condition n'est pas exigée pour des prétentions accessoires.
2    Plusieurs personnes peuvent agir comme demandeurs ou être actionnées comme défendeurs par la même demande:
a  s'il existe entre elles, en raison de l'objet litigieux, une communauté de droit ou si leurs droits ou leurs obligations dérivent de la même cause matérielle et juridique. Le juge peut appeler en cause un tiers qui fait partie de la communauté de droit. L'appelé en cause devient partie au procès;
b  si des prétentions de même nature et reposant sur une cause matérielle et juridique essentiellement de même nature forment l'objet du litige et que la compétence du Tribunal fédéral soit donnée à l'égard de chacune d'elles.
3    Le juge peut en tout état de cause ordonner la disjonction, s'il l'estime opportun.
de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 4 - Les dispositions du droit fédéral qui règlent une procédure plus en détail sont applicables en tant qu'elles ne dérogent pas à la présente loi.
PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des affaires qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent en outre les mêmes questions de droit, une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (cf. ATF 131 V 224 consid. 1 et 128 V 126 consid. 1; arrêt du Tribunal fédéral 6B_690/2014 et 6B_714/2014 du 12 juin 2015 consid. 1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3060/2015 du 10 novembre 2015 consid. 1.2 et A-3945/2013 du 2 avril 2014 consid. 1.4.1; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd., Bâle 2013, n. marg. 3.17).

En l'occurrence, les procédures ont certes trait à des périodes fiscales distinctes, soumises à des régimes différents, à savoir celui de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures) pour la période allant du 1er trimestre 2008 au 4e trimestre 2009 et celui de la LTVA concernant la période allant du 1er trimestre 2010 au 4e trimestre 2012 (cf. consid. 1.5 ci-après), et au sujet desquelles l'autorité inférieure s'est prononcée séparément. Il n'en demeure pas moins qu'elles présentent une étroite unité dans les faits, puisqu'elles concernent les mêmes parties, à savoir la recourante et l'autorité inférieure, et posent en outre les mêmes questions juridiques, soit celles du principe et du montant de la taxation par estimation opérée. Dans sa contestation du 28 mars 2014 et sa réclamation du 23 mai 2014, la recourante a du reste traité les deux affaires de façon conjointe.

Dans ces conditions et dès lors que l'ancien et le nouveau droit applicables aux questions juridiques à traiter ne divergent pas, il apparaît judicieux de joindre les deux causes et de les traiter dans un seul et même arrêt, sans qu'il se justifie, au préalable, de rendre sur ce point une décision incidente séparément susceptible de recours, la jonction ne pouvant en l'occurrence causer aucun préjudice irréparable.

1.5 La LTVA est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure.

Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (cf. art. 112 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2009, la présente cause tombe donc matériellement sous le coup de l'aLTVA et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347 et les modifications ultérieures), toutes deux entrées en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000 [RO 2000 1346] et art. 48 aOLTVA; cf. ég. art. 93 et 94 aLTVA). Concernant les périodes fiscales allant du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2012, le nouveau droit est en revanche applicable.

Sur le plan du droit formel, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, voir arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 1.2, A 4136/2009 du 18 mars 2011 consid. 1.2 et A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2). Les procédures A 1687/2015 et A-1668/2015 ayant été introduites après l'entrée en vigueur de la LTVA, y a en l'occurrence lieu d'appliquer exclusivement les règles du nouveau droit de procédure.

2.

2.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (cf. art. 49
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7e éd., Zurich 2016, n. marg. 1146 ss; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 2.149).

2.2 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 62 - 1 L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
1    L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
2    Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
3    Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
4    Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, ch. 2.2.6.5 p. 300 s.). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits d'office et librement (cf. art. 12
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 12 - L'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens ci-après:
a  documents;
b  renseignements des parties;
c  renseignements ou témoignages de tiers;
d  visite des lieux;
e  expertises.
PA). Cette maxime doit toutefois être relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 13 - 1 Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
1    Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
a  dans une procédure qu'elles introduisent elles-mêmes;
b  dans une autre procédure, en tant qu'elles y prennent des conclusions indépendantes;
c  en tant qu'une autre loi fédérale leur impose une obligation plus étendue de renseigner ou de révéler.
1bis    L'obligation de collaborer ne s'étend pas à la remise d'objets et de documents concernant des contacts entre une partie et son avocat, si celui-ci est autorisé à pratiquer la représentation en justice en vertu de la loi du 23 juin 2000 sur les avocats34.35
2    L'autorité peut déclarer irrecevables les conclusions prises dans une procédure au sens de l'al. 1, let. a ou b, lorsque les parties refusent de prêter le concours nécessaire qu'on peut attendre d'elles.
PA), en vertu duquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur requête (cf. art. 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA).

En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêt du Tribunal fédéral 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 6.3.2 et 6.3.5; ATAF 2014/24 consid. 2.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1662/2014 précité consid. 3.3; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, Zurich 2013, ch. 1135 s.; Pascal Mollard, in : Oberson/Hinny [édit.], LT Commentaire droits de timbre, Zurich/Bâle/Genève 2006, ad art. 39a
SR 641.10 Loi fédérale du 27 juin 1973 sur les droits de timbre (LT)
LT Art. 39a
LT ch. 12 p. 1192 ss). Le Tribunal administratif fédéral s'impose en outre une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation justifiée (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-704/2012 du 27 novembre 2013 consid. 3.2 et réf. cit.; cf. ég. consid. 4.3.2 ci-après).

2.3 Selon l'art. 81 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA, le principe de la libre appréciation des preuves est applicable aux litiges en matière de TVA et, ceci, en principe également devant le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4388/2014 du 26 novembre 2015 consid. 1.6 et A 1328/2011 du 16 février 2012 consid. 2.2.3). L'appréciation des preuves est libre en ce sens qu'elle n'obéit pas à des règles de preuve légales prescrivant à quelles conditions l'autorité devrait admettre que la preuve a abouti et quelle valeur probante elle devrait reconnaître aux différents moyens de preuve les uns par rapport aux autres. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_1201/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.5 et 2C_47/2009 du 26 mai 2009 consid. 5.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 704/2012 précité consid. 3.5.1; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 7e éd., Zurich 2016, p. 502 s.; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Neuchâtel 1998, p. 139).

Cela étant, on mentionnera que les preuves établies après coup, soit après la naissance du litige, ont une valeur probante quasi nulle en droit fiscal. En effet, afin d'éviter tout abus, la jurisprudence considère qu'il ne saurait être tenu compte de documents non contemporains aux opérations sur lesquelles porte le litige (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4 et 2C_470/2007 du 19 février 2008 consid. 3.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 4388/2014 précité consid. 1.6 et A-777/2013 du 30 juillet 2014 consid. 1.3.3).

2.4

2.4.1 Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité (administrative ou judiciaire) se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible, s'il lui apparaît que leur administration serait de toute façon impropre à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire (cf. ATF 137 III 208 consid. 2.2 et 134 I 140 consid. 5.2; arrêt du Tribunal fédéral 2C_109/2015 du 1er septembre 2015 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-704/2012 précité consid. 3.5.2 et A 5884/2012 du 27 mai 2013 consid. 3.4.1; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.144; Clémence Grisel, L'obligation de collaborer des parties en procédure administrative, thèse Fribourg 2008, n. marg. 170).

Une telle manière de procéder n'est pas jugée contraire au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101; cf. ATF 124 V 90consid. 4b et 122 V 157 consid. 1d; arrêt du Tribunal fédéral 9C_272/2011 du 6 décembre 2011 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 6866/2013 du 2 janvier 2015 consid. 1.3.2 et A 5519/2012 du 31 mars 2014 consid. 2.2). Par ailleurs, il n'est pas nécessaire que la conviction de l'autorité confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité. Il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (cf. ATF 130 III 321 consid. 3.2 et 128 III 271 consid. 2b/aa; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1201/2012 précité consid. 4.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-704/2012 précité consid. 3.5.3 et A 5519/2012 précité consid. 2.2; Moser/Beusch/
Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.141).

En revanche, lorsque l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle applique les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de disposition spéciale, le juge s'inspire de l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. René Rhinow/Heinrich Koller/Christina Kiss/Daniela Thurnherr/Denise Brühl-Moser, Öffentliches Prozessrecht, 3e éd., Bâle 2014, n. marg. 996 ss; Moor/
Poltier, op. cit., p. 299 s.; Thierry Tanquerel; Manuel de droit administratif, Genève 2010, n. marg. 1563).

Appliquées au droit fiscal, les règles sur la répartition du fardeau de la preuve supposent que l'administration supporte la charge de la preuve des faits qui créent ou augmentent la créance fiscale, alors que l'assujetti doit pour sa part prouver les faits qui diminuent ou lèvent l'imposition. Si les preuves recueillies par l'autorité apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1201/2012 précité consid. 4.6; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3060/2015 précité consid. 1.4 et A 7032/2013 du 20 février 2015 consid. 1.4.2).

2.4.2 Au vu de ce qui précède, il convient de relever que le principe inquisitoire et le devoir de collaborer n'ont - en principe - aucun effet sur la répartition du fardeau de la preuve, car ils interviennent à un stade antérieur (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5884//2012 précité consid. 3.4.3 et A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3; Grisel, op. cit., n. marg. 174 ss, 177 ss et 296). Cependant, il existe en pratique une certaine connexité entre ces différentes notions. Ainsi, dans la mesure où pour établir l'état de fait, l'autorité fiscale est dépendante de la collaboration de l'administré, celle-ci peut se trouver dans l'impossibilité d'établir les faits pertinents ("état de nécessité en matière de preuve" ["Beweisnot"]), notamment en cas de refus de l'administré de fournir des renseignements ou des moyens de preuve requis (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 5884/2012 précité consid. 3.4.3; cf. ég. ATF 133 III 81 consid. 4.2.2; arrêts du Tribunal fédéral 4A_297/2015 du 7 octobre 2015 consid. 4.2 et 2C_611/2014 du 5 novembre 2014 consid. 3.2).

De façon générale, la difficulté d'accéder aux moyens de preuve peut justifier un allégement de la preuve à charge de l'autorité, ainsi qu'une diminution de son obligation d'établir l'état de fait pertinent (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_611/2014 précité consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 5884/2012 précité consid. 3.4.3 et A 5927/2007 du 3 septembre 2010 consid. 3.3; Grisel, op. cit., n. marg. 149, 168, 185 ss et 801; cf. ég. les ATF 133 III 81 consid. 4.2.2, 132 III 715 consid. 3.1 et 130 III 321 consid. 3.2, ainsi que les arrêts du Tribunal fédéral 4A_186/2009 du 3 mars 2010 consid. 6.1.1 et 4A_193/2008 du 8 juillet 2008 consid. 2.1.1). L'autorité peut ainsi être admise à se satisfaire d'une preuve par indices ou sous la forme d'une vraisemblance prépondérante et statuer en se fondant sur une présomption ou sur une conviction réduite (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_611/2014 précité consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 5884/2012 précité consid. 3.4.3 et A 629/2010 du 29 avril 2011 consid. 3.3 s.; Grisel, op. cit., n. marg. 199 et réf. cit.; cf. ég. l'ATF 133 III 81 consid. 4.2.2 et l'arrêt du Tribunal fédéral 4A_297/2015 précité consid. 4.2). Par ailleurs, la violation du devoir de collaborer peut être prise en compte au stade de la libre appréciation des preuves, voire conduire à un renversement du fardeau de la preuve (cf. art. 40
SR 273 Loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale
PCF Art. 40 - Le juge apprécie les preuves selon sa libre conviction. Il prend en considération l'attitude des parties au cours du procès, par exemple le défaut d'obtempérer à une convocation personnelle, le refus de répondre à une question du juge ou de produire des moyens de preuve requis.
de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF, RS 273], auquel l'art. 19
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 19 - Sont en outre applicables par analogie à la procédure probatoire les art. 37, 39 à 41 et 43 à 61 de la procédure civile fédérale49; les sanctions pénales prévues par ladite loi envers les parties ou les tierces personnes défaillantes sont remplacées par celles qui sont mentionnées à l'art. 60 de la présente loi.
PA renvoie; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 5884/2012 précité consid. 3.4.3).

D'autre part, dès lors que la collaboration de l'administré n'est pas raisonnablement exigible, soit notamment lorsqu'il lui est impossible de fournir les renseignements requis, celui-ci ne doit subir aucun désavantage d'un manquement à son devoir. Tel n'est toutefois pas le cas lorsqu'incombe audit administré une obligation d'auto-déclaration. Par ailleurs, le degré de preuve requis se limitera à la vraisemblance prépondérante s'agissant de faits pour lesquels l'administré ne peut apporter de preuve absolue (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_611/2014 précité consid. 3.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 3.4.3; Grisel, op. cit. n. marg. 195, 200 et 348 ss; cf. ég. l'ATF 133 III 81 consid. 4.2.2 et l'arrêt du Tribunal fédéral 4A_297/2015 précité consid. 4.2). Attendu enfin que l'application des règles sur le fardeau de la preuve n'intervient qu'après que l'autorité a procédé à une véritable instruction et mis tous les moyens en oeuvre pour éclaircir la situation, l'administré ne saurait supporter le fardeau de la preuve dans les cas où l'autorité n'a pas satisfait à son devoir d'instruction (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 3.2 et 3.4.3; Grisel, op. cit., n. marg. 159 ss et 196).

3.

3.1 En procédure administrative contentieuse, l'objet du litige est défini par trois éléments, à savoir l'objet du recours, les conclusions du recours et, accessoirement, les motifs de celui-ci (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_612/2007 du 7 avril 2008 consid. 4.1 et 1P.217/2001 du 28 mai 2001 consid. 2a). En outre, le contenu de la décision attaquée, en particulier son dispositif, délimite l'objet du litige. En vertu du principe de l'unité de la procédure, l'autorité de recours ne peut en effet statuer que sur les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'autorité inférieure s'est déjà prononcée ou aurait dû le faire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 1.2 et A 6969/2011 du 12 avril 2012 consid. 1.4; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 2.1 ss; Markus Müller, in : Auer/Müller/Schindler [édit.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], Zurich 2008, ch. 5 ad art. 44
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 44 - La décision est sujette à recours.
PA).

Ainsi, une fois écoulé le délai pour faire opposition, le recourant ne peut que réduire l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation. En revanche, l'objet du litige ne peut être modifié ou étendu, puisque cela amènerait à une violation de la compétence fonctionnelle de l'autorité supérieure (cf. ATF 136 II 457 consid. 4.2, 133 II 30 consid. 2.2, 131 II 200 consid. 3.2 et 131 V 164 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5200/2013 du 19 novembre 2014 consid. 2.3.2 et A-4500/2013 du 27 février 2014 consid. 1.4.1; JÉRÔME CANDRIAN, Introduction à la procédure administrative fédérale [...], Bâle 2013, ch. 182, 184 et réf. cit.; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., n. marg. 2.8). En revanche, la motivation qui sous-tend les griefs peut quant à elle être modifiée, mais à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige (cf. ATAF 2012/23 consid. 2.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 4500/2013 précité consid. 1.4.1 et A 4790/2012 du 23 juillet 2014 consid. 4.2).

3.2 En l'occurrence, il n'est pas litigieux que la recourante a acquis auprès de sociétés du groupe sises à l'étranger des prestations de services soumises à l'impôt sur les acquisitions qui n'ont pas été comptabilisées. La recourante conteste en revanche avoir acquis des prestations en relation avec la gestion stratégique de la structure européenne du groupe et fait grief à l'autorité inférieure d'avoir fixé l'impôt par estimation selon la méthode forfaitaire, sur la base du taux de 2 de sa fortune moyenne. Dans ces conditions, il appartient au Tribunal de céans, dans un premier temps, de présenter les règles en matière d'auto-taxation (cf. consid. 4.1 ci-après) et de tenue de la comptabilité (cf. consid. 4.2 ci-après), ainsi que la problématique de la taxation par voie d'estimation (cf. consid. 4.3 ci-après), en particulier concernant les prestations de gestion stratégique fournies entre des sociétés holding et filiales d'un même groupe (cf. consid. 4.4 ci-après). Il s'agira, dans un second temps, d'en tirer les conséquences qui s'imposent dans le cas d'espèce (cf. consid. 5 ci-après).

4.

4.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation, en vertu duquel l'assujetti lui-même est tenu, dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte, de déclarer spontanément à l'AFC l'impôt et l'impôt préalable (cf. art. 46
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 46 Calcul de l'impôt et taux de l'impôt - Les art. 24 et 25 s'appliquent au calcul et aux taux de l'impôt.
aLTVA), respectivement la créance fiscale (cf. art. 71
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 71 Remise du décompte - 1 L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
1    L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
2    Si l'assujettissement prend fin, le délai commence à courir à partir de ce moment.
LTVA), et de verser l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable; cf. art. 47 aLTVA; art. 81 al. 6
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA; ATF 140 II 202 consid. 5.4; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1662/2014 précité consid. 4.1 et A 4480/2012 du 12 février 2014 consid. 3.1; Pierre Scheuner, in : Zweifel et al. [édit.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht: Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2015 [ci-après cité : MWSTG-kommentar], ch. 1 ss ad art. 71
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 71 Remise du décompte - 1 L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
1    L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
2    Si l'assujettissement prend fin, le délai commence à courir à partir de ce moment.
LTVA). Autrement dit, l'AFC n'a pas à intervenir à cet effet, si ce n'est à des fins de contrôle, et n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. arrêt du Tribunal fédéral A 2657/2014 du 1er juin 2015 consid. 3.3; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, chap. 6 ch. 144 ss).

Le nouveau droit n'a rien changé à cet égard (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1662/2014 précité consid. 4.1 et A-6940/2013 du 26 mai 2015 consid. 5.1). La TVA demeure perçue sur la base d'un système reposant sur l'auto-taxation, même si le nouveau droit a, sur certains aspects, assoupli ce principe (cf. ATF 140 II 202 consid. 5.4; arrêt du Tribunal fédéral 2C_678/2012 du 17 mai 2013 consid. 2.1; Message du Conseil fédéral du 25 juin 2008 sur la simplification de la TVA, in : FF 2008 6277). Il n'en reste pas moins que l'assujetti doit établir lui-même la créance fiscale le concernant et demeure seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, ainsi que du calcul correct de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_835/2011 du 4 juin 2012 consid. 2 et 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1662/2015 précité consid. 4.1 et A 351/2014 du 10 juillet 2014 consid. 4.1). Enfin, il appartient à l'assujetti d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.5.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 4480/2012 précité consid. 3.1 et réf. cit.).

4.2

4.2.1 Parmi les obligations incombant à l'assujetti figurent en particulier celles liées à la comptabilité. Selon l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de manière telle que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement et pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre.

4.2.2 L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales sur la manière dont les livres comptables doivent être tenus, ce qu'elle a fait avec l'édition des Instructions 2001, rédigées à la suite de l'adoption de l'aLTVA, et des Instructions 2008 qui leur ont succédé (cf. Instructions 2001 ch. 881 ss; Instructions 2008 ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1662/2014 précité consid. 4.2.2 et A-351/2014 précité consid. 4.2.2).

En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait que toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque (ou dans les comptes correspondants; cf. Instructions 2001 ch. 881 ss; Instructions 2008 ch. 881 ss). Ainsi, chaque opération commerciale doit pouvoir être suivie aisément et de manière fiable, sur la base de pièces justificatives, depuis son inscription dans les livres auxiliaires et dans les livres de base, jusqu'au décompte TVA et au bilan de l'exercice, et vice versa (cf. Instructions 2001 ch. 890; Instructions 2008 ch. 890; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 2657/2014 précité consid. 3.4 et A 1662/2014 précité consid. 4.2.2).

De plus, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation, au sens de l'art. 60 aLTVA (cf. Instructions 2001 ch. 892; Instructions 2008, ch. 892; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1662/2014 précité consid. 4.2.2 et A 351/2014 précité consid. 4.2.2).

4.2.3 Le nouveau droit n'a, en substance, rien changé à ces obligations comptables (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_1077/2012 précité consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1662/2014 précité consid. 4.2.3 et A-351/2014 précité consid. 4.2.4 ; Britta Rehfisch/Roger Rohner, in : MWSTG-kommentar, ch. 5 ad art. 70
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
LTVA). L'art. 70 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
LTVA, mentionne que l'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial, l'AFC pouvant exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.

Les opérations commerciales doivent être enregistrées dans l'ordre chronologique, sans discontinuité et de manière actuelle, c'est-à-dire sans délai suite à leur réalisation. L'assujetti est tenu d'enregistrer les recettes et les dépenses intégralement et en toute sincérité, sous une forme non modifiable (cf. Info TVA 16, "Comptabilité et facturation", publiée en février 2010 [Info TVA 16], ch. 1.2 s.). Le suivi des opérations commerciales à partir de la pièce justificative individuelle jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité, et vice-versa, doit pouvoir être garanti en tout temps et sans perte de temps, y compris par sondage. Ceci suppose en particulier une organisation claire des livres comptables, ainsi que des libellés compréhensibles dans les écritures comptables et dans les journaux, des pièces justificatives avec mention des imputations et des paiements, de même qu'un classement et une conservation en bon ordre et de manière systématique des livres comptables et des pièces justificatives (cf. Info TVA 16, ch. 1.5).

L'AFC rappelle également qu'une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence des comptes annuels, de documents et de justificatifs, peuvent entraîner une détermination par approximation de la TVA, fondée sur l'art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA (cf. Info TVA 16, ch. 1.4; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1662/2014 précité consid. 4.2.3; Rehfisch/Rohner, op. cit., ch. 9 ss ad art. 70
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
LTVA).

4.3

4.3.1 Aux termes de l'art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
aLTVA, respectivement de l'art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une estimation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_576/2015 du 29 février 2016 consid. 3.4, 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.3 et 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 2657/2014 précité consid. 3.5.1 et 3.5.2). Les deux premières conditions sont de nature formelle, la dernière étant de nature matérielle. Lorsqu'une comptabilité contient des lacunes du point de vue formel, l'AFC n'a pas à se demander si elle présente des lacunes d'ordre matériel, l'inverse étant aussi vrai (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1662/2014 précité consid. 4.3.1 et A 351/2014 précité consid. 4.3.1; Jürg Steiger, in : MWSTG-kommentar, ch. 7 ss ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA ;Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 69 511 [ci-après cité : Mollard, Archives 69 511], ch. 3.1.2 p. 546). Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause et aboutit à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_576/2015 précité consid. 3.4 et 2C_1077/2012 précité consid. 2.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 2657/2014 précité consid. 3.7 et A 1662/2014 précité consid. 4.3.4; Steiger, op. cit., ch. 23 ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA).

La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes dans la tenue d'une comptabilité. Autrement dit, celle-ci s'impose à chaque fois qu'il n'est pas possible d'établir une taxation en bonne et due forme sur la base des documents comptables à disposition (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1662/2014 précité consid. 4.3.2 et A-4480/2012 précité consid. 4.2). Si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'AFC n'est pas seulement autorisée, mais bien tenue de procéder à une telle taxation. Les cas dans lesquels l'assujetti se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants ou inexistants, ne doivent pas se solder par une perte d'impôt (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_82/2014 du 6 juin 2014 consid. 3.1 et 2C_657/2012 du 9 octobre 2012 consid. 2.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1662/2014 précité consid. 4.3.3 et A 4922/2012 du 14 juin 2013 consid. 2.6.1; Mollard, Archives 69 511, ch. 3.2.1 p. 547 s.). La violation des devoirs de procédure ne saurait en effet profiter à l'assujetti. Ces principes valent de manière inchangée sous le nouveau droit (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_1077/2012 précité consid. 2.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1662/2014 précité consid. 4.3.3 et A 351/2014 précité consid. 4.3.3; Steiger, op. cit., ch. 3 ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA).

4.3.2 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1662/2014 précité consid. 4.3.6 et A 4480/2012 précité consid. 4.4.1).

Dans un premier temps, il appartient à l'administration de prouver que les conditions d'application de la taxation par estimation sont remplies. Sur ce point, c'est elle qui supporte le fardeau de la preuve et le Tribunal de céans jouit d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.9.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1662/2014 précité consid. 4.3.6 et A 351/2014 précité consid. 4.3.6; cf. ég. Steiger, op. cit., ch. 33 ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 6 ch. 277 s.).

Dans un deuxième temps, il sied de se demander si l'autorité fiscale a procédé correctement à l'estimation. Là encore, le fardeau de la preuve appartient à l'AFC. Cela étant, le Tribunal administratif fédéral - lors même que sa cognition n'est pas restreinte par la loi (cf. consid. 2.2 ci-avant) - fait preuve de retenue lors de son analyse de l'exactitude de l'estimation de l'autorité inférieure et ne remplace l'appréciation de cette dernière par la sienne qu'en présence d'erreurs manifestes (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1662/2014 précité consid. 4.3.6 et A-351/2014 précité consid. 4.3.6; Steiger, op. cit., ch. 33 et 37 ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA).

Dans un troisième temps, s'il s'avère que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est au recourant qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration, le Tribunal administratif fédéral faisant preuve de retenue lors de son examen (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_970/2012 du 1er avril 2013 consid. 4.2 et 4.3, 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3 et 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 2657/2014 précité consid. 3.6 et 3.9 et A 1662/2014 précité consid. 4.3.6; Steiger, op. cit., ch. 38 ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA). Le contribuable qui ne parvient pas à prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité doit en supporter les conséquences (cf. consid. 2.4.1 ci-avant).

Celles-ci ne sont d'ailleurs que le résultat d'une situation incorrecte juridiquement qu'il a lui-même créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 précité consid. 3 et 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 i.f.; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1662/2014 précité consid. 4.3.6 et A 351/2014 précité consid. 4.3.6). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement de l'estimation opérée du fait de la violation de ses devoirs (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_576/2015 précité consid. 3.4 et 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est que s'il prouve que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs que le Tribunal remplace l'appréciation de cette dernière par la sienne (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_576/2015 précité consid. 4.4.1 et 2C_812/2013 du 28 mai 2014 consid. 2.4.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 2657/2014 précité consid. 3.6 et 3.9 et A 1662/2014 précité consid. 4.3.6).

4.4

4.4.1 Selon l'art. 33 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 33 Réduction de la déduction de l'impôt préalable - 1 Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
1    Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
2    L'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion des fonds relevant de l'art. 18, al. 2, let. a à c, qu'il reçoit.
aLTVA, respectivement l'art. 24 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 24 - 1 L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
1    L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
2    Lorsque la prestation est fournie à une personne étroitement liée (art. 3, let. h), la contre-prestation correspond à la valeur qui aurait été convenue entre des tiers indépendants.57
3    En cas d'échange, la contre-prestation correspond à la valeur marchande de la prestation fournie en contrepartie.
4    Lorsqu'il y a réparation avec échange de biens, la contre-prestation ne comprend que le coût du travail exécuté.
5    Lorsqu'une prestation est effectuée en paiement d'une dette, le montant de la dette ainsi éteinte vaut contre-prestation.
6    N'entrent pas dans la base de calcul de l'impôt:
a  les impôts sur les billets d'entrée ni les droits de mutation et la TVA elle-même due sur la prestation;
b  les montants que l'assujetti reçoit du destinataire de la prestation en remboursement des frais engagés au nom et pour le compte de celui-ci, pour autant qu'ils soient facturés séparément (postes neutres);
c  la part de la contre-prestation afférant à la valeur du sol en cas d'aliénation d'un bien immobilier;
d  les taxes cantonales comprises dans le prix des prestations et destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets, dans la mesure où ces fonds versent des contributions aux établissements qui assurent ces tâches.
LTVA, l'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. Lorsque la prestation est fournie à une personne proche (concernant cette notion, voir not. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 2657/2014 précité consid. 3.2.3 et A 3376/2014 du 10 février 2015 consid. 3.3.2; cf. ég. art. 3 let. h
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 3 Définitions - Au sens de la présente loi, on entend par:
a  territoire suisse: le territoire de la Confédération et les enclaves douanières étrangères au sens de l'art. 3, al. 2, de la loi du 18 mars 2005 sur les douanes (LD)4;
b  biens: les choses, mobilières et immobilières, ainsi que le courant électrique, le gaz, la chaleur, le froid et les biens analogues;
c  prestation: le fait d'accorder à un tiers un avantage économique consommable dans l'attente d'une contre-prestation; constitue également une prestation celle qui est fournie en vertu de la loi ou sur réquisition d'une autorité;
d  livraison:
d1  le fait d'accorder à une personne le pouvoir de disposer économiquement d'un bien en son propre nom,
d2  le fait de remettre à un destinataire un bien sur lequel des travaux ont été effectués, même si ce bien n'a pas été modifié, mais simplement examiné, étalonné, réglé, contrôlé dans son fonctionnement ou traité d'une autre manière,
d3  le fait de mettre un bien à la disposition d'un tiers à des fins d'usage ou de jouissance;
e  prestation de services: toute prestation qui ne constitue pas une livraison; il y a également prestation de services dans les cas suivants:
e1  des valeurs ou des droits immatériels sont cédés à un tiers,
e2  il y a engagement à ne pas commettre un acte ou un acte ou une situation sont tolérés;
f  contre-prestation: valeur patrimoniale que le destinataire, ou un tiers à sa place, remet en contrepartie d'une prestation;
g  activité relevant de la puissance publique: activité d'une collectivité publique, ou d'une personne ou organisation mandatée par une collectivité publique, qui est de nature non entrepreneuriale, notamment de nature non commerciale et n'entrant pas en concurrence avec l'activité des entreprises privées, même si des émoluments, des contributions ou des taxes sont perçus pour cette activité;
h  personnes étroitement liées:
h1  les détenteurs d'au moins 20 % du capital-actions ou du capital social d'une entreprise ou les détenteurs d'une participation équivalente dans une société de personnes, ou les personnes proches de ces détenteurs,
h2  les fondations ou associations avec lesquelles il existe une relation économique, contractuelle ou personnelle particulièrement étroite; les institutions de prévoyance ne sont pas considérées comme des personnes étroitement liées;
i  dons: libéralités consenties à un tiers sans qu'aucune contre-prestation au sens de la législation sur la TVA ne soit attendue; les libéralités sont également considérées comme des dons:
i1  lorsqu'elles sont mentionnées une ou plusieurs fois sous une forme neutre dans une publication, même en cas d'indication de la raison sociale du donateur ou de reproduction de son logo,
i2  lorsqu'il s'agit de cotisations de membres passifs ou de contributions de donateurs à des associations ou à des organisations d'utilité publique; les contributions des donateurs sont également considérées comme des dons lorsque l'organisation d'utilité publique accorde à titre volontaire au donateur des privilèges entrant dans le cadre de son but statutaire, pour autant qu'elle informe le donateur qu'il ne peut se prévaloir de ces privilèges;
j  organisation d'utilité publique: organisation qui répond aux critères de l'art. 56, let. g, LIFD;
k  facture: tout document par lequel une prestation est facturée à un tiers, quel que soit le nom qui lui est donné dans les transactions commerciales.
LTVA), la contre-prestation correspond à la valeur qui aurait été convenue entre des tiers indépendants (cf. art. 33 al. 2 [3e phrase] aLTVA; art. 24 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 24 - 1 L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
1    L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
2    Lorsque la prestation est fournie à une personne étroitement liée (art. 3, let. h), la contre-prestation correspond à la valeur qui aurait été convenue entre des tiers indépendants.57
3    En cas d'échange, la contre-prestation correspond à la valeur marchande de la prestation fournie en contrepartie.
4    Lorsqu'il y a réparation avec échange de biens, la contre-prestation ne comprend que le coût du travail exécuté.
5    Lorsqu'une prestation est effectuée en paiement d'une dette, le montant de la dette ainsi éteinte vaut contre-prestation.
6    N'entrent pas dans la base de calcul de l'impôt:
a  les impôts sur les billets d'entrée ni les droits de mutation et la TVA elle-même due sur la prestation;
b  les montants que l'assujetti reçoit du destinataire de la prestation en remboursement des frais engagés au nom et pour le compte de celui-ci, pour autant qu'ils soient facturés séparément (postes neutres);
c  la part de la contre-prestation afférant à la valeur du sol en cas d'aliénation d'un bien immobilier;
d  les taxes cantonales comprises dans le prix des prestations et destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets, dans la mesure où ces fonds versent des contributions aux établissements qui assurent ces tâches.
LTVA; principe du "dealing at arm's length"; cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_576/2015 précité consid. 3.2 et 2A.11/2007 du 25 octobre 2007 consid. 2.3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 2657/2014 précité consid. 3.2.2 et A 3376/2014 précité consid. 3.3.1; Mollard/Oberson/
Tissot Benedetto, op. cit., chap. 4 ch. 23 ss, Annexe 3 ch. 134 ss).

Ce "prix pour tiers" ("Drittpreis" ou "Fremdpreis") correspond en règle générale à la valeur marchande (pour plus de détails sur cette notion, voir not. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3734/2011 du 9 janvier 2013 consid. 2.3.2 et A 1376/2006 du 20 novembre 2007 consid 3.3; cf. ég. arrêts du Tribunal fédéral 2C_778/2008 du 8 avril 2009 consid. 3.1 et 2A.11/2007 précité consid. 2.3.2; Sonja Bossart/Diego Clavadetscher, in : MWSTG-kommentar, ch. 59 s. ad art. 24
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 24 - 1 L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
1    L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
2    Lorsque la prestation est fournie à une personne étroitement liée (art. 3, let. h), la contre-prestation correspond à la valeur qui aurait été convenue entre des tiers indépendants.57
3    En cas d'échange, la contre-prestation correspond à la valeur marchande de la prestation fournie en contrepartie.
4    Lorsqu'il y a réparation avec échange de biens, la contre-prestation ne comprend que le coût du travail exécuté.
5    Lorsqu'une prestation est effectuée en paiement d'une dette, le montant de la dette ainsi éteinte vaut contre-prestation.
6    N'entrent pas dans la base de calcul de l'impôt:
a  les impôts sur les billets d'entrée ni les droits de mutation et la TVA elle-même due sur la prestation;
b  les montants que l'assujetti reçoit du destinataire de la prestation en remboursement des frais engagés au nom et pour le compte de celui-ci, pour autant qu'ils soient facturés séparément (postes neutres);
c  la part de la contre-prestation afférant à la valeur du sol en cas d'aliénation d'un bien immobilier;
d  les taxes cantonales comprises dans le prix des prestations et destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets, dans la mesure où ces fonds versent des contributions aux établissements qui assurent ces tâches.
LTVA; Ivo P. Baumgartner, in : mwst.com - Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, ch. 49 ad art. 33 al. 1 et 2 aLTVA; Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 118). Il constitue une valeur estimative ou comparative, qui ne peut être déterminée de manière exacte, mais seulement de façon approximative (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 2657/2014 précité consid. 3.2.2 et A-3376/2014 précité consid. 3.3.4).

Lors de l'évaluation de cette valeur, il y a lieu d'observer les principes applicables dans le cadre de la taxation par estimation au sens de l'art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
aLTVA, respectivement de l'art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA. Cela vaut en particulier concernant les devoirs de l'AFC lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, la possibilité pour l'assujetti de contester l'estimation et la retenue dont fait preuve le Tribunal administratif fédéral lors de son analyse de l'exactitude de celle-ci (cf. consid. 4.3 ci-avant; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 3376/2014 précité consid. 3.3.4 et A 3734/2011 précité consid. 2.3.4).

4.4.2 Les sociétés d'un même groupe étant considérées comme des personnes proches, les prestations fournies à une société holding par ses filiales doivent être facturées au "prix pour tiers" au sens de l'art. 33 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 33 Réduction de la déduction de l'impôt préalable - 1 Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
1    Sous réserve de l'al. 2, les montants qui, en vertu de l'art. 18, al. 2, ne sont pas considérés comme faisant partie de la contre-prestation, ne donnent pas lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable.
2    L'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion des fonds relevant de l'art. 18, al. 2, let. a à c, qu'il reçoit.
(3e phrase) aLTVA, respectivement de l'art. 24 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 24 - 1 L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
1    L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
2    Lorsque la prestation est fournie à une personne étroitement liée (art. 3, let. h), la contre-prestation correspond à la valeur qui aurait été convenue entre des tiers indépendants.57
3    En cas d'échange, la contre-prestation correspond à la valeur marchande de la prestation fournie en contrepartie.
4    Lorsqu'il y a réparation avec échange de biens, la contre-prestation ne comprend que le coût du travail exécuté.
5    Lorsqu'une prestation est effectuée en paiement d'une dette, le montant de la dette ainsi éteinte vaut contre-prestation.
6    N'entrent pas dans la base de calcul de l'impôt:
a  les impôts sur les billets d'entrée ni les droits de mutation et la TVA elle-même due sur la prestation;
b  les montants que l'assujetti reçoit du destinataire de la prestation en remboursement des frais engagés au nom et pour le compte de celui-ci, pour autant qu'ils soient facturés séparément (postes neutres);
c  la part de la contre-prestation afférant à la valeur du sol en cas d'aliénation d'un bien immobilier;
d  les taxes cantonales comprises dans le prix des prestations et destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets, dans la mesure où ces fonds versent des contributions aux établissements qui assurent ces tâches.
LTVA, c'est-à-dire comme si elles avaient été effectuées entre des tiers indépendants dans un environnement de libre concurrence (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1518/2006 du 6 novembre 2008 consid. 3.2 et A 1425/2006 du 6 novembre 2008 consid. 3.2; Bossart/Clavadetscher, op. cit., ch. 117 s. ad art. 18
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 18 Principe - 1 Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
1    Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
2    En l'absence de prestation, les éléments suivants, notamment, ne font pas partie de la contre-prestation:
a  les subventions et autres contributions de droit public, même si elles sont versées en vertu d'un mandat de prestations ou d'une convention-programme au sens de l'art. 46, al. 2, Cst.;
b  les recettes provenant exclusivement de taxes touristiques de droit public engagées par les offices du tourisme et les sociétés de développement touristique en faveur de la communauté, sur mandat d'une collectivité publique;
c  les contributions cantonales versées par les fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets aux établissements qui assurent ces tâches;
d  les dons;
e  les apports faits à une entreprise, notamment les prêts sans intérêts, les contributions d'assainissement et l'abandon de créances;
f  les dividendes et autres parts de bénéfices;
g  les indemnités compensatoires versées aux acteurs économiques d'une branche en vertu de dispositions légales ou contractuelles par une unité d'organisation, notamment par un fonds;
h  les consignes, notamment sur les emballages;
i  les montants versés à titre de dommages-intérêts ou de réparation morale ainsi que les indemnités de même genre;
j  les indemnités versées pour une activité exercée à titre salarié telles que les honoraires de membre d'un conseil d'administration ou d'un conseil de fondation, les indemnités versées par des autorités ou la solde;
k  les remboursements, les contributions et les aides financières reçus pour la livraison de biens à l'étranger, exonérée en vertu de l'art. 23, al. 2, ch. 1;
l  les émoluments, les contributions et autres montants encaissés pour des activités relevant de la puissance publique.
LTVA; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 5 ch. 287; Brochure spéciale n° 06 [610.530.06], "Réduction de la déduction de l'impôt préalable en cas de double affectation", valable à partir du 1er janvier 2008 [Brochure 06], ch. 7.4.2; Info TVA 09, "Déduction de l'impôt préalable et corrections de la déduction de l'impôt préalable", valable à partir du 1er janvier 2010 [Info TVA 09], ch. 9.3.2.3).

Lorsque de telles prestations ne sont ni facturées, ni comptabilisées, il n'est en soi pas exclu que le prix de pleine concurrence (prix pour tiers) soit déterminé a posteriori en multipliant le temps imparti à leur fourniture par le tarif horaire ayant cours entre tiers indépendants. Une telle manière de procéder suppose néanmoins la production d'enregistrements effectifs suffisamment détaillés du prestataire, permettant d'établir de façon fiable la valeur des prestations en question. Si les données sont incomplètes ou ne rendent pas compte de la situation réelle, l'AFC peut procéder, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une estimation, sans s'appuyer sur les documents produits (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1425/2006 précité consid. 5.2.1 et A 1376/2006 précité consid. 4.5.4 et réf. cit.).

Selon la pratique administrative, lorsqu'une société filiale fournit à une société holding sans personnel propre des prestations en relation avec la gestion stratégique du groupe dont la valeur ne peut être déterminée de manière effective, sur la base de documents ou d'enregistrements comptables appropriés, celle-ci peut être calculée par approximation au sens de l'art. 58 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 58 Exceptions à l'obligation de payer un intérêt moratoire - Aucun intérêt moratoire n'est perçu dans les cas suivants:
a  la dette fiscale est garantie par un dépôt en espèces;
b  les biens mis en libre pratique (art. 48 LD103) ont été taxés provisoirement (art. 39 LD) et l'importateur était inscrit au registre des assujettis sur le territoire suisse au moment de l'acceptation de la déclaration en douane;
c  des biens taxés avec obligation de paiement conditionnelle (art. 49, 51, al. 2, let. b, 58 et 59 LD) ont été, moyennant apurement du régime douanier:
cbis  l'importateur de biens taxés avec obligation de paiement conditionnelle était inscrit au registre des assujettis sur le territoire suisse au moment de l'acceptation de la déclaration en douane;
c1  réexportés, ou
c2  placés sous un autre régime douanier (art. 47 LD);
d  ...
e  les biens sont taxés au moyen d'une déclaration collective périodique en vue de la procédure douanière (art. 42, al. 1, let. c, LD) ou après coup sur la base d'une procédure douanière simplifiée (art. 42, al. 2, LD) et l'importateur était inscrit au registre des assujettis sur le territoire suisse au moment de leur importation.
aLTVA, respectivement de l'art. 80
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 80 Facilités - Si l'établissement exact de faits essentiels pour le calcul de l'impôt entraîne une charge excessive pour l'assujetti, l'AFC lui accorde des facilités et l'autorise à calculer l'impôt par approximation pour autant qu'il n'en résulte aucune diminution ou augmentation notable du montant de l'impôt ni aucune distorsion marquante de la concurrence et que cela ne complique pas de manière excessive les décomptes d'autres assujettis ni les contrôles fiscaux.
LTVA, comme suit, pour autant qu'il n'en résulte aucun avantage ou désavantage fiscal manifeste (cf. Brochure 06, ch. 7.4.3.1; Info TVA 09, ch. 12.1; concernant la notion de prestations en relation avec la gestion stratégique du groupe, cf. Brochure 06, ch. 7.4.2; Info TVA 09, ch. 9.3.2.3.1) :

3 * de la fortune moyenne de la société holding (total des actifs)

moins les prestations administratives acquises auprès d'entreprises étrangères au groupe

= prestations de services fournies par la filiale

* Dans certains cas justifiés, ce taux peut diverger vers le haut ou vers le bas (par ex. une société familiale peut appliquer un forfait de 2 si ses dépenses sont considérablement plus faibles, comparées à des sociétés publiques).

Le Tribunal administratif fédéral a eu l'occasion de confirmer le bien-fondé de cette pratique (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1376/2006 précité consid. 4.4, 4.4.1 et 4.4.2; cf. ég., entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1425/2006 précité consid. 3.2, 3.3 et 5.3 et A 1501/2006 du 6 novembre 2008 consid. 3.3, 3.4 et 8.5; Bossart/
Clavadetscher, op. cit., ch. 117 s. ad art. 18
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 18 Principe - 1 Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
1    Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la présente loi ne l'exclue pas.
2    En l'absence de prestation, les éléments suivants, notamment, ne font pas partie de la contre-prestation:
a  les subventions et autres contributions de droit public, même si elles sont versées en vertu d'un mandat de prestations ou d'une convention-programme au sens de l'art. 46, al. 2, Cst.;
b  les recettes provenant exclusivement de taxes touristiques de droit public engagées par les offices du tourisme et les sociétés de développement touristique en faveur de la communauté, sur mandat d'une collectivité publique;
c  les contributions cantonales versées par les fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets aux établissements qui assurent ces tâches;
d  les dons;
e  les apports faits à une entreprise, notamment les prêts sans intérêts, les contributions d'assainissement et l'abandon de créances;
f  les dividendes et autres parts de bénéfices;
g  les indemnités compensatoires versées aux acteurs économiques d'une branche en vertu de dispositions légales ou contractuelles par une unité d'organisation, notamment par un fonds;
h  les consignes, notamment sur les emballages;
i  les montants versés à titre de dommages-intérêts ou de réparation morale ainsi que les indemnités de même genre;
j  les indemnités versées pour une activité exercée à titre salarié telles que les honoraires de membre d'un conseil d'administration ou d'un conseil de fondation, les indemnités versées par des autorités ou la solde;
k  les remboursements, les contributions et les aides financières reçus pour la livraison de biens à l'étranger, exonérée en vertu de l'art. 23, al. 2, ch. 1;
l  les émoluments, les contributions et autres montants encaissés pour des activités relevant de la puissance publique.
LTVA; Mollard/Oberson/
Tissot Benedetto, op. cit., chap. 5 ch. 287). Demeurent réservés les cas dans lesquels l'application de cette méthode - qui conduit nécessairement à fixer de manière inexacte la valeur des prestations en question (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1425/2006 précité consid. 5.4 et A 1518/2006 précité consid. 5.4; cf. ég. consid. 4.3.2 i.f. ci-avant) - aboutit à un résultat sans lien avec la réalité. A cet égard, l'assujetti supporte la charge de la preuve, laquelle peut être apportée au moyen de données effectives suffisamment probantes et détaillées (cf. consid. 2.4.1 et 4.3.3 ci-avant; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1425/2006 précité consid 5.4, A 1518/2006 précité consid. 5.4 [i.f.] et 5.5 et A 1376/2006 précité consid. 4.5).

5.
En l'espèce, les parties s'accordent sur le fait que la recourante, qui ne dispose pas de personnel propre, a acquis des prestations de services auprès d'entreprises étrangères membres du groupe, que ces prestations sont réputées localisées sur le territoire suisse conformément à l'art. 14 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 14 Début et fin de l'assujettissement et de la libération de l'assujettissement - 1 L'assujettissement commence:
1    L'assujettissement commence:
a  pour une entreprise ayant son siège, son domicile ou un établissement stable sur le territoire suisse: au début de l'activité entrepreneuriale;
b  pour toutes les autres entreprises: lorsqu'elles fournissent pour la première fois une prestation sur le territoire suisse.20
2    L'assujettissement prend fin:
a  pour une entreprise ayant son siège, son domicile ou un établissement stable sur le territoire suisse:
a1  à la cessation de l'activité entrepreneuriale,
a2  en cas de liquidation d'un patrimoine: à la clôture de la procédure de liquidation;
b  pour toutes les autres entreprises: à la fin de l'année civile au cours de laquelle elles fournissent pour la dernière fois une prestation sur le territoire suisse.21
3    La libération de l'assujettissement prend fin dès que le chiffre d'affaires total obtenu pendant le dernier exercice commercial atteint la limite fixée aux art. 10, al. 2, let. a ou c, ou 12, al. 3, ou s'il y a lieu de supposer que cette limite sera dépassée dans les douze mois qui suivent le début ou une extension de l'activité entrepreneuriale.
4    La déclaration de renonciation à la libération de l'assujettissement peut être faite au plus tôt pour le début de la période fiscale en cours.
5    Si le chiffre d'affaires de l'assujetti n'atteint plus le montant déterminant fixé aux art. 10, al. 2, let. a ou c, ou 12, al. 3, et s'il y a lieu de supposer que le chiffre d'affaires déterminant ne sera pas atteint non plus pendant la période fiscale suivante, l'assujetti doit l'annoncer. Il peut le faire au plus tôt pour la fin de la période fiscale au cours de laquelle le montant déterminant cesse d'être atteint. S'il ne le fait pas, il est réputé avoir renoncé à être libéré de l'assujettissement en vertu de l'art. 11. En pareil cas, cette renonciation prend effet au début de la période fiscale suivante.
aLTVA, respectivement à l'art. 8 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 8 Lieu de la prestation de services - 1 Sous réserve de l'al. 2, le lieu de la prestation de services est le lieu où le destinataire a le siège de son activité économique ou l'établissement stable pour lequel la prestation de services est fournie ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu où il a son domicile ou le lieu où il séjourne habituellement.
2    Le lieu des prestations de services suivantes est:
LTVA, qu'elles sont en outre soumises à l'impôt au sens de l'art. 5 let. d
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 5 Indexation - Le Conseil fédéral décide d'adapter les montants en francs mentionnés aux art. 31, al. 2, let. c, 37, al. 1, 38, al. 1, et 45, al. 2, let. b, lorsque l'indice suisse des prix à la consommation a augmenté de plus de 30 % depuis le dernier ajustement.
aLTVA, respectivement des art. 1 al. 2 let. b et 45 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 45 Assujettissement - 1 Sont soumises à l'impôt sur les acquisitions:
1    Sont soumises à l'impôt sur les acquisitions:
a  les prestations de services dont le lieu se situe sur le territoire suisse en vertu de l'art. 8, al. 1, lorsqu'elles sont fournies par des entreprises qui ont leur siège à l'étranger et ne sont pas inscrites au registre des assujettis, à l'exception des prestations de services en matière de télécommunications ou d'informatique fournies à des destinataires n'étant pas assujettis;
b  l'importation de supports de données sans valeur marchande, y compris les prestations et les droits y afférents (art. 52, al. 2);
c  la livraison de biens immobiliers sur le territoire suisse, lorsque cette livraison n'est pas soumise à l'impôt sur les importations et qu'elle est effectuée par une entreprise qui a son siège à l'étranger et n'est pas inscrite au registre des assujettis, exception faite de la mise à disposition de tels biens immobiliers à des fins d'usage ou de jouissance;
d  la livraison d'électricité transportée par lignes, de gaz transporté par le réseau de distribution de gaz naturel ou de chaleur produite à distance à des assujettis sur le territoire suisse par des entreprises ayant leur siège à l'étranger.
2    Le destinataire des prestations visées à l'al. 1 est assujetti à l'impôt sur les acquisitions s'il remplit l'une des conditions suivantes:86
a  il est assujetti en vertu de l'art. 10;
b  il acquiert pour plus de 10 000 francs de ce genre de prestations pendant une année civile.
let. a LTVA, et que la recourante remplit les conditions d'assujettissement fixées à l'art. 24
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 24 - 1 L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
1    L'impôt se calcule sur la contre-prestation effective. La contre-prestation comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti. Les al. 2 et 6 sont réservés.
2    Lorsque la prestation est fournie à une personne étroitement liée (art. 3, let. h), la contre-prestation correspond à la valeur qui aurait été convenue entre des tiers indépendants.57
3    En cas d'échange, la contre-prestation correspond à la valeur marchande de la prestation fournie en contrepartie.
4    Lorsqu'il y a réparation avec échange de biens, la contre-prestation ne comprend que le coût du travail exécuté.
5    Lorsqu'une prestation est effectuée en paiement d'une dette, le montant de la dette ainsi éteinte vaut contre-prestation.
6    N'entrent pas dans la base de calcul de l'impôt:
a  les impôts sur les billets d'entrée ni les droits de mutation et la TVA elle-même due sur la prestation;
b  les montants que l'assujetti reçoit du destinataire de la prestation en remboursement des frais engagés au nom et pour le compte de celui-ci, pour autant qu'ils soient facturés séparément (postes neutres);
c  la part de la contre-prestation afférant à la valeur du sol en cas d'aliénation d'un bien immobilier;
d  les taxes cantonales comprises dans le prix des prestations et destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets, dans la mesure où ces fonds versent des contributions aux établissements qui assurent ces tâches.
aLTVA, respectivement à l'art. 45 al. 2 let. b
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 45 Assujettissement - 1 Sont soumises à l'impôt sur les acquisitions:
1    Sont soumises à l'impôt sur les acquisitions:
a  les prestations de services dont le lieu se situe sur le territoire suisse en vertu de l'art. 8, al. 1, lorsqu'elles sont fournies par des entreprises qui ont leur siège à l'étranger et ne sont pas inscrites au registre des assujettis, à l'exception des prestations de services en matière de télécommunications ou d'informatique fournies à des destinataires n'étant pas assujettis;
b  l'importation de supports de données sans valeur marchande, y compris les prestations et les droits y afférents (art. 52, al. 2);
c  la livraison de biens immobiliers sur le territoire suisse, lorsque cette livraison n'est pas soumise à l'impôt sur les importations et qu'elle est effectuée par une entreprise qui a son siège à l'étranger et n'est pas inscrite au registre des assujettis, exception faite de la mise à disposition de tels biens immobiliers à des fins d'usage ou de jouissance;
d  la livraison d'électricité transportée par lignes, de gaz transporté par le réseau de distribution de gaz naturel ou de chaleur produite à distance à des assujettis sur le territoire suisse par des entreprises ayant leur siège à l'étranger.
2    Le destinataire des prestations visées à l'al. 1 est assujetti à l'impôt sur les acquisitions s'il remplit l'une des conditions suivantes:86
a  il est assujetti en vertu de l'art. 10;
b  il acquiert pour plus de 10 000 francs de ce genre de prestations pendant une année civile.
LTVA. Rien dans le dossier ne laisse en outre penser que le point de vue des parties sur ces questions serait erroné. Il n'y a donc pas lieu de les examiner plus avant dans le cadre du présent arrêt (cf. consid. 2.2 ci-avant). Sont en revanche litigieuses, d'une part, la nature et l'étendue des prestations acquises par la recourante (cf. consid. 5.1 ci-après), ainsi que, d'autre part, la méthode utilisée par l'autorité inférieure pour en déterminer la valeur (cf. consid. 5.2 ci-après).

5.1 Concernant ce premier point, l'autorité inférieure a considéré que la recourante est chargée de la gestion stratégique de la structure européenne du groupe et, du fait que cette dernière ne dispose pas de personnel propre, qu'elle a acquis des prestations en relation avec cette charge, en sus des prestations concernant sa propre gestion (cf. ch. 5 [1er et 2e par.] des décisions entreprises [pièce AFC n° 9]). La recourante affirme pour sa part être chargée uniquement de la gestion de sa propre structure, c'est-à-dire de la gestion de la participation dans la société qu'elle détient directement et de la gestion du prêt octroyé à une autre société du groupe (cf. not. dossier A 1687/2015, mémoire de recours, n. marg. 8, 16 à 23 et 79; dossier A 1668/2015, mémoire de recours, n. marg. 8, 16 à 23 et 80). Elle conteste en revanche être impliquée dans la gestion - stratégique et opérationnelle - des sociétés qu'elle détient directement ou indirectement, qui serait assurée par les sociétés elles-mêmes et par la société mère sise à l'étranger (cf. not. dossier A 1687/2015, mémoire de recours, n. marg. 2-4, 25, 26 s. et ch. II.C.2-3; dossier A-1668/2015, mémoire de recours, n marg. 2-4, 25, 26 s. et ch. II.C.2-3).

5.1.1 Il sied préalablement de rappeler à cet égard que la particularité du groupe - ou sous-groupe - de sociétés tient au fait que plusieurs sociétés juridiquement indépendantes sont réunies sous une direction unique (cf. ATF 130 III 2013 consid. 2.2.1; arrêt du Tribunal fédéral 6B_233/2013 du 3 juin 2013 consid. 3.2 et 3.3), qui est en règle générale assurée par la société holding qui regroupe les participations (majoritaires) dans les sociétés filiales (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1425/2006 précité consid. 4.1; cf. ég. art. 671 al. 4
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 671 - 1 Sont affectés à la réserve légale issue du capital:
1    Sont affectés à la réserve légale issue du capital:
1  le produit réalisé lors de l'émission d'actions au-dessus de leur valeur nominale, sous déduction des frais d'émission;
2  les paiements libératoires retenus sur les actions annulées (art. 681, al. 2), pour autant qu'aucune moins-value n'ait été réalisée sur les nouvelles actions émises;
3  les autres apports et versements supplémentaires libérés par les titulaires de titres de participation.
2    La réserve légale issue du capital peut être remboursée aux actionnaires si les réserves légales issues du capital et du bénéfice après déduction du montant des pertes éventuelles dépassent la moitié du capital-actions inscrit au registre du commerce.
3    Lorsque le but principal de la société est la prise de participations dans d'autres entreprises (société holding), la réserve légale ne peut être remboursée aux actionnaires que si les réserves légales issues du capital et du bénéfice dépassent 20 % du capital-actions inscrit au registre du commerce.
4    La réserve légale pour actions propres dans le groupe (art. 659b) et la réserve légale issue du bénéfice résultant de réévaluations (art. 725c) ne sont pas prises en considération dans le calcul des seuils visés aux al. 2 et 3.
du Code des obligations du 30 mars 1911 [CO, RS 220]).

La recourante ne détient certes directement qu'une seule participation, comme elle le relève. Elle détient néanmoins indirectement d'autres participations, au travers de la société dominée, et se trouve en haut de la structure européenne (cf. schémas de la structure européenne du groupe pour les années considérées [dossier A-1687/2015, pièce recourante n° 2; dossier A-1668/2015, pièce recourante n° 2]), ce qu'elle admet d'ailleurs expressément (cf. dossier A-1687/2015, mémoire de recours, n. marg. 8; dossier A-1668/2015, mémoire de recours, n. marg. 8). Compte tenu de ce qui précède, ce fait constitue un indice que la recourante, qui est une (sous) holding pure, assure la direction unique des sociétés dont elle regroupe - directement ou indirectement - les participations et qu'elle est à ce titre notamment chargée de la gestion stratégique de la structure européenne du groupe (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1425/2006 précité consid. 4.1).

Tel n'est toutefois pas nécessairement le cas, le but d'une holding pouvant en effet consister en la simple détention de participations (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1425/2006 précité consid. 4.1, 4.2 et réf. cit.). Comme le relève l'autorité inférieure (cf. dossier A 1687/2015, mémoire de réponse, ch. 1 p. 2 s., mémoire de duplique, ch. 1 p. 3; dossier A 1668/2015, mémoire de réponse, ch. 1 p. 2 s., mémoire de duplique, ch. 1 p. 3), il semble néanmoins, au vu des tableaux d'évaluation des coûts de gestion produits à l'appui de la réclamation du 23 mai 2014 pour les années 2008 à 2012 (cf. dossier A 1687/2015, pièce recourante n° 10bis; dossier A 1668/2015, pièce recourante n° 10bis; pièce AFC n° 6), que les tâches à charge de la recourante vont au-delà de la seule gestion de sa propre structure. Ces documents font en effet état de "Frais de gestion générale pour la totalité de la structure européenne", relatifs notamment à la gestion de la valeur des participations et, dans ce cadre, à l'élaboration des évaluations de valeur des sociétés de la structure, ainsi qu'aux stratégies décisionnelles, à la gestion des prêts inter-compagnie et à la trésorerie de la structure.

A cet égard, l'argumentation de la recourante, selon laquelle les tâches mentionnées dans les tableaux en question seraient "préparatoires" aux remontées de dividendes et inhérentes à toute activité de gestion holding et ne seraient nullement liées à la gestion stratégique de la structure européenne du groupe (cf. dossier A-1687/2015, mémoire de recours ch. II.C.3.a, mémoire de réplique, n. marg. 53, mémoire du 27 juillet 2015, p. 3; dossier A 1668/2015, mémoire de recours ch. II.C.3.a, mémoire de réplique, n. marg. 52, mémoire du 27 juillet 2015, p. 3), est peu convaincante. Ce d'autant que dans le cadre de son courrier à l'AFC du 20 janvier 2014 (cf. pièce AFC n° 2), la recourante indiquait vouloir effectuer une valorisation des coûts de gestion holding au sens du chiffre 9.3.2.3.1 de l'Info TVA 09, qui se rapporte précisément aux prestations en relation avec la gestion stratégique d'un groupe de sociétés. Les déclarations de la recourante apparaissent ainsi contradictoires.

5.1.2 La recourante fait par ailleurs valoir différents éléments et produit plusieurs pièces censés confirmer qu'elle n'est pas en charge de la gestion stratégique du groupe et, partant, qu'elle n'a pas acquis de prestations en lien avec une telle tâche.

Concernant d'abord le statut fiscal de société holding octroyé par l'administration fiscale du canton de *** (cf. dossier A 1687/2015, pièce recourante n°13; dossier A-1668/2015, pièce recourante n° 13), il convient de relever qu'il ne permet nullement de conclure que la recourante a pour seule activité la gestion de sa propre structure, comme elle le soutient (cf. dossier A 1687/2015, mémoire de recours, n. marg. 15 s.; dossier A 1668/2015, mémoire de recours n. marg. 15 s.). En effet, comme cela ressort de l'Information *** publiée le *** par l'administration fiscale du canton de *** (cf. pièce AFC n° 10), le statut de société holding est accordé aux sociétés de capitaux et aux sociétés coopératives dont le but statutaire principal consiste à gérer durablement des participations et qui n'ont pas d'activité commerciale en Suisse (cf. ch. II.2 et IV). Comme le relève l'autorité inférieure (cf. dossier A 1687/2015, mémoire de réponse, ch. 1 p. 2; dossier A 1668/2015, mémoire de réponse, ch. 1 p. 2), peu importe en revanche, à cet égard, que la société holding soit ou non chargée de la gestion stratégique de tout ou partie du groupe.

Concernant ensuite les extraits de sites internet de la maison mère et de certaines sociétés filiales du groupe (cf. dossier A 1687/2015, pièces recourante n°23 à 25; dossier A-1668/2015, pièces recourante n° 23 à 25), il n'apparaît pas, contrairement à ce que semble soutenir la recourante (cf. dossier A-1687/2015, mémoire de réplique, n. marg. 49 et 53; dossier A 1668/2016, mémoire de réplique, n. marg. 48 et 52), que ces documents contiennent des informations utiles pour déterminer la nature et l'étendue des tâches de gestion assumées par cette dernière. Il en va en outre de même des rapports annuels relatifs aux exercices 2008 à 2012 (cf. dossier A 1687/2015, pièces recourante n°31 et 32; dossier A 1668/2015, pièces recourante n° 30, 31 et 32).

Par ailleurs, le fait que les procès-verbaux du conseil d'administration de la recourante relatifs aux années considérées (cf. dossier A 1687/2015, pièces recourante n°28 et 29; dossier A 1668/2015, pièces recourante n° 28 et 29) soient succincts et reprennent les points usuels des assemblées générales ordinaires des sociétés suisses - à savoir approbation du rapport annuel, décision relative à l'affectation du résultat, décharge aux administrateurs et élections statutaires - ne suffit pas à établir que le rôle de l'intéressée se limitait au rapatriement de bénéfices, comme elle le fait valoir (cf. dossier A 1687/2015, mémoire du 27 juillet 2015, p. 4; dossier A 1668/2015, mémoire du 27 juillet 2015, p. 4 [a.i.]), ni à exclure qu'elle ait été chargée de la gestion stratégique de la structure européenne du groupe.

La recourante produit en outre des témoignages écrits respectivement établis en date du 8 juin 2015 aux noms des sociétés étrangères Y._______ et Z._______, selon lesquels, d'une part, la gestion opérationnelle des sociétés filiales est assurée directement par les sociétés elles-mêmes et leurs filiales, alors que la gestion stratégique de ces entités relève de la maison mère, et attestant, d'autre part, que la recourante n'assume aucun rôle à cet égard (cf. dossier A 1687/2015, pièces recourante n° 26 et 27; dossier A-1668/2015, pièces recourante n° 26 et 27). S'agissant de ces documents, rédigés presque à l'identique, il sied de relever qu'ils ont été établis postérieurement au contrôle opéré par l'AFC, qui plus est par des sociétés du groupe auquel la recourante appartient, et ont de ce fait une valeur probante quasi nulle en droit fiscal (cf. consid. 2.3 ci-avant). Cela vaut d'autant plus que ces déclarations ne sont corroborées par aucun élément tangible, tels que des pièces comptables, des procès-verbaux de conseils d'administration ou toute autre document attestant de la gestion opérée par les sociétés concernées et en particulier de la gestion stratégique exercée par la société-mère étrangère.

5.1.3 Il résulte ainsi de l'instruction que des indices existent que la recourante a assumé la gestion stratégique de la structure européenne du groupe et qu'elle a donc acquis des prestations en relation avec cette charge. Ceux-ci ne suffisent certes pas à établir de façon certaine que tel est bien le cas. Néanmoins, il sied de rappeler que la difficulté d'accéder aux moyens de preuve et d'établir les faits pertinents, notamment en cas de violation du devoir de collaborer de l'administré, peut justifier un allégement de la preuve à charge de l'autorité, qui peut être admise à se satisfaire d'une preuve par indices ou sous la forme d'une vraisemblance prépondérante et statuer en se fondant sur une présomption ou sur une conviction réduite (cf. consid. 2.4.2 ci-avant).

C'est précisément le cas en l'espèce. Il y a ainsi lieu de tenir compte du fait que l'autorité fiscale est dépendante de la collaboration de la recourante pour établir la nature et l'étendue des tâches de gestion dont cette dernière est chargée, puisqu'il s'agit de circonstances que celle-ci est la mieux à même de connaître. On ne saurait dès lors reprocher à l'autorité inférieure de n'avoir pas satisfait à son devoir d'instruction. Il apparaît en outre que la recourante a doublement manqué à son devoir de collaboration. D'une part, en effet, elle n'a pas satisfait à son obligation de comptabiliser et documenter les prestations de gestion acquises auprès des sociétés de son groupe sises à l'étranger (cf. consid. 4.2 ci-avant), rendant de la sorte difficile d'établir les faits avec précision (violation du devoir de collaborer au sens large). D'autre part, elle n'a pas apporté d'éléments suffisamment concluants permettant d'écarter la thèse selon laquelle elle est en charge de la gestion stratégique de la structure européenne du groupe, tels notamment que des documents internes (pièces comptables, procès-verbaux, etc.) des sociétés de son groupe qui auraient assumé cette tâche, et d'établir qu'elle n'a donc pas acquis de prestations en ce sens (violation du devoir de collaborer au sens strict). A cet égard, on notera que la production de pièces sur la base desquelles il aurait été possible de déterminer avec sûreté la ou les société(s) du groupe en charge de la gestion stratégique de la structure européenne apparaissait raisonnablement exigible de la part de la recourante (cf. consid. 2.4.2 ci-avant).

Dans ces circonstances, le tribunal de céans, appréciant librement les preuves (cf. consid. 2.3 ci-avant), estime que les indices existants suffisent à retenir que la recourante a assumé la gestion stratégique de la structure européenne du groupe et, partant, qu'elle acquis des prestations en lien avec cette charge. Il est au demeurant intéressant de noter que, quand bien même il s'agirait de considérer qu'un doute subsiste à ce propos, la solution ne serait pas différente. En pareille hypothèse, les manquements de la recourante à son devoir de collaborer devraient en effet conduire à un renversement du fardeau de la preuve (cf. consid. 2.4.2 ci-avant), de sorte que, n'ayant apporté aucun élément propre à démontrer qu'elle n'a pas acquis de prestations en relation avec la gestion stratégique du groupe, elle devrait en tout état de cause en supporter les conséquences (cf. consid. 2.4.1 ci-avant).

5.2 La nature et l'étendue des prestations de gestion acquises ayant été déterminées, il convient à présent de se pencher sur la valorisation qui en a été opérée et sur la méthode utilisée pour ce faire. A cet égard, la recourante conteste que les conditions d'une taxation par estimation forfaitaire soient en l'occurrence réunies et requiert l'application de la méthode effective sur la base des données qu'elle a produites.

5.2.1 Dans le cadre de la procédure devant l'autorité inférieure et en particulier de son mémoire de réclamation du 23 mai 2014, la recourante n'a pas contesté le principe même de la taxation par estimation selon la méthode forfaitaire (cf. not. mémoire de réclamation [pièce AFC n° 6], p. 2 3e par.), mais uniquement les modalités d'une telle taxation, en ce sens que le taux de 2 appliqué ne serait pas adéquat et qu'il y aurait lieu d'admettre l'application d'un taux de 0.02 (cf. ch. 2 des conclusions du mémoire de réclamation [pièce AFC n° 6], p. 8 s.). Il s'ensuit que dans les décisions entreprises, l'autorité inférieure ne s'est pas prononcée - à tout le moins explicitement - sur la réalisation des conditions d'une estimation forfaitaire (cf. not. les décisions en question [pièce AFC n° 9], ch. 5, 2e par.) et qu'elle ne devait pas le faire. L'on peut dès lors se demander si, en soulevant ce grief devant l'autorité de céans, la recourante n'élargit pas l'objet du litige de façon non admissible (cf. consid. 3.1 ci-avant). Cette question peut toutefois demeurer ouverte, pour les motifs qui suivent.

5.2.2 En l'occurrence, il n'est pas contesté que les prestations fournies à la recourante par des sociétés du groupe sises à l'étranger n'ont été ni facturées, ni comptabilisées, pas plus que des contrats particuliers portant sur ces prestations n'ont été passés avec les sociétés prestataires. Dans ces conditions, c'est a priori à bon droit que l'autorité inférieure a procédé à une estimation du prix auquel ces prestations auraient été facturées à la recourante par un tiers indépendant dans un environnement de libre concurrence (cf. consid. 4.3.1, 4.4.1 et 4.4.2 ci-avant). Ainsi qu'exposé, il n'est toutefois pas exclu que la valorisation des prestations litigieuses soit opérée de manière effective, au moyen d'éléments de la comptabilité analytique suffisamment détaillés des sociétés filiales prestataires permettant d'établir de façon fiable la valeur des prestations en question (cf. consid. 4.4.2 ci-avant; cf. ég. dossier A 1687/2015, mémoire de réponse, ch. 2; dossier A 1668/2015, mémoire de réponse, ch. 2). Il sied donc d'examiner si les documents produits par la recourante répondent à ces exigences.

Dans le cadre la procédure devant l'autorité inférieure, la recourante a produit plusieurs tableaux faisant état de ses coûts de gestion pour les années 2008 à 2012 (cf. pièces n° 3 à 7 jointes au mémoire de réclamation [pièce AFC n° 6]).

Comme cela ressort clairement de l'intitulé du bordereau des pièces produites à l'appui de sa réclamation, ces tableaux constituent de simples estimations des coûts en question, qui ne tiennent compte que des coûts de personnel, calculés sur la base du nombre d'heures estimées multipliées par un tarif horaire estimatif (cf. mémoire de réclamation [pièce AFC n° 6], p. 4; cf. ég. dossier A 1687/2015, mémoire de recours, n. marg. 46 s.; dossier A 1668/2015, mémoire de recours, n. marg. 46 s.), à l'exclusion notamment des coûts d'infrastructure et des coûts informatiques. Force est ainsi de constater que les chiffres avancés par la recourante n'étaient nullement fondés sur des données effectives détaillées permettant d'établir de façon fiable la valeur des prestations de services acquises. Partant, c'est à bon droit que l'autorité inférieure ne s'est pas appuyée sur ces documents et a estimé la valeur desdites prestations au moyen de la méthode forfaitaire (cf. consid. 4.4.2 ci-avant).

Dans le cadre des procédures devant l'autorité de céans, la recourante a procédé à une valorisation des prestations de gestion acquises, tenant compte des coûts salariaux, d'infrastructure et informatiques annuels, ainsi que d'une marge bénéficiaire de 5 % sur l'ensemble de ces coûts, et a produit de nouveaux tableaux récapitulatifs (cf. dossier A 1687/2015, mémoire de recours, n. marg. 54 ss et les pièces y relatives; dossier A 1668/2015, mémoire de recours, n. marg. 54 ss et les pièces y relatives).

Concernant ces éléments, il sied d'abord de relever que le nombre d'heures qui, selon la recourante, a été effectivement consacré à la fourniture des prestations de gestion et sur lequel elle s'est appuyée pour calculer la valeur desdites prestations ne repose pas sur un relevé d'activité ("time sheet") du personnel des sociétés prestataires. La recourante n'expose en outre pas clairement comment elle est parvenue à reconstituer, en 2015, l'emploi du temps des personnes concernées entre 2008 et 2012, soit entre trois et sept ans auparavant. Il semble qu'elle se soit à cet égard fondée sur les tableaux d'estimation fournis dans le cadre de la procédure de réclamation, ainsi que sur une extrapolation du temps imparti à la gestion de sa propre structure durant l'année 2014 (cf. dossier A 1687/2015, mémoire de recours, n. marg. 55, mémoire du 27 juillet 2015, p. 4; dossier A 1668/2015, mémoire de recours, n. marg. 55, mémoire du 27 juillet 2015, p. 4). Le relevé des heures arrêté par la recourante ne résulte donc pas, comme elle le prétend, de données effectives, mais bien d'une estimation du temps consacré à sa gestion.

Il apparaît en outre que les coûts informatiques et d'infrastructure par employé ont été arrêtés sur la base des dépenses engagées, non pas au cours des années considérées, mais en 2013 (cf. dossier A-1687/2015, pièces recourante n° 17 et 19; dossier A 1668/2015, pièces recourante n° 17 et 19). Enfin, le coût horaire du personnel concerné a été calculé en tenant invariablement compte de 1'700 heures annuelles de travail par employé (cf. dossier A 1687/2015, mémoire de recours, n. marg. 58 et pièce y relative; dossier A-1668/2015, mémoire de recours, n. marg. 58 et pièce y relative) et non du nombre d'heures effectives réalisées par chacun d'entre eux. Dans ces conditions, il s'agit de constater que la valeur des prestations acquises n'a pas été déterminée de manière effective, mais doit être qualifiée d'estimative.

A cela vient s'ajouter le fait que la valorisation réalisée par la recourante tient uniquement compte des coûts liés à la gestion de sa propre structure, c'est-à-dire à la gestion de la participation dans la société qu'elle détient directement et à la gestion du prêt octroyé à une autre société du groupe, à l'exclusion des coûts relatifs à la gestion stratégique de la structure européenne du groupe, dont le Tribunal a reconnu l'existence. Elle apparaît donc au surplus manifestement incomplète.

Il s'ensuit que les documents produits par la recourante ne constituent manifestement pas une base fiable, au sens susdit, pour déterminer le prix des prestations qu'elle a acquises auprès des sociétés étrangères du groupe auquel elle appartient, de sorte qu'il ne saurait en être tenu compte (cf. consid. 4.4.2 ci-avant). Autrement dit et contrairement à l'avis de la recourante, la valeur des prestations de gestion acquises ne saurait être déterminée au moyen de la méthode effective.

5.2.3 Il résulte de ce qui précède que c'est à juste titre que l'autorité inférieure a procédé par voie d'estimation. Attendu que le bien-fondé de la méthode forfaitaire a déjà été confirmé (cf. consid. 4.4.2 ci-avant), qu'un taux de 2 a en l'occurrence été appliqué pour tenir compte de la qualité de sous-holding de la recourante et que les montants comptabilisés par cette dernière en relation avec l'acquisition de prestations de gestion financière ont en outre été soustraits du résultat de l'estimation, le tribunal de céans - auquel il incombe à cet égard de faire preuve d'une certaine retenue - ne voit par ailleurs aucune raison de s'écarter de l'appréciation de l'autorité inférieure (cf. consid. 4.3.2 et 4.4.1 ci-avant).

Concernant enfin l'argument de la recourante, selon lequel l'application du taux de 2 aboutirait à un désavantage pour elle, il sied de rappeler que, bien que, selon la Brochure 06 et l'Info TVA 09, la méthode forfaitaire est applicable à condition qu'il n'en résulte aucun désavantage fiscal manifeste pour l'assujetti, l'AFC n'a pas la charge de la preuve à cet égard. Il appartient en effet à la recourante, qui supporte l'incertitude qui résulte nécessairement de l'estimation opérée du fait de la violation de ses devoirs, de prouver que le résultat de celle-ci est sans lien avec la réalité (cf. consid. 4.4.2 ci-avant; cf. ég. consid. 4.3.2 et 4.4.1 i.f. ci-avant). Les chiffres avancés par cette dernière reposant sur des données incomplètes (cf. consid. 5.2.2 ci-avant), force est de constater qu'ils ne suffisent pas - non plus - à établir le caractère manifestement erroné de l'estimation réalisée. Le recours s'avère donc mal fondé sur ce point également.

6.
Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter les recours. Vu l'issue des causes, les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 23'500. , sont mis à la charge de la recourante, en application de l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA et des art. 1 ss
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 1 Frais de procédure - 1 Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
1    Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
2    L'émolument judiciaire couvre les frais de photocopie des mémoires et les frais administratifs normaux, tels que les frais pour le personnel, les locaux et le matériel ainsi que les frais postaux, téléphoniques et de télécopie.
3    Les débours comprennent notamment les frais de traduction et les frais occasionnés par l'administration des preuves. Les frais de traduction ne sont pas facturés lorsqu'il s'agit de la traduction d'une langue officielle à une autre.
du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). Ce montant est compensé par les avances sur les frais de procédure déjà versées, d'un montant total de Fr. 47'000. . Le solde de Fr. 23'500. sera restitué à la recourante dès que le présent arrêt sera devenu définitif et exécutoire, à charge pour elle de communiquer un numéro de compte bancaire ou postal sur lequel ce montant pourra lui être versé. Une indemnité à titre de dépens n'est allouée ni à la recourante (cf. art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA a contrario et art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF a contrario), ni à l'autorité inférieure (cf. art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF).

(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante.)

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Les causes A-1668/2015 et A-1687/2015 sont jointes sous un seul numéro de référence (A-1668/2015).

2.
Les recours sont rejetés.

3.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 23'500. , sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par les avances de frais déjà versées, d'un montant total de Fr. 47'000. . Le solde de Fr. 23'500. (vingt trois mille cinq cents francs) est restitué à la recourante dès le présent arrêt définitif et exécutoire.

4.
Il n'est pas alloué de dépens.

5.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (acte judiciaire) ;

- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; acte judiciaire).

Le président du collège : Le greffier :

Pascal Mollard Raphaël Bagnoud

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).

Expédition :