Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C 842/2014

Arrêt du 17 février 2015

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Haag.
Greffier : M. Chatton.

Participants à la procédure
A._______ SA,
représentée par B.________, administrateur,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée.

Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (TVA) ;
période du 1er trimestre 2007 au 4ème trimestre 2009,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 23 juillet 2014.

Faits :

A.
A.________ SA (ci-après: la Société), sise à U.________ (GE) et inscrite au registre du commerce depuis 1994, a pour but les fabrication, assemblage, vente et commercialisation de produits horlogers, ainsi que l'application des techniques et des matériaux du domaine aéronautique pour l'industrie horlogère. Depuis le 1 er octobre 2005, elle est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: la TVA) tenu par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale).
Les 9 et 10 février 2012, l'Administration fédérale a procédé à un contrôle portant sur les périodes de décompte allant du 1 er trimestre 2007 au 4 ème trimestre 2009. Constatant que la Société avait omis de déclarer un chiffre d'affaires de 40'000 fr. et exonéré des prestations sans preuve de leur exportation vers l'étranger (à savoir les chiffres d'affaires comptabilisés sur le compte 3000 "ventes montres hors taxe" pour l'année 2007, ceux du compte 3400 "refacturation R&D" pour l'année 2008 et ceux du compte 3211 "ventes montres et accessoires (non soumis TVA) " pour l'année 2009), l'Administration fédérale, par courrier du 14 février 2012, a invité la Société à lui faire parvenir des preuves de l'exportation ainsi que des documents relatifs au chiffre d'affaires non déclaré. Dans sa lettre du 17 avril 2012, la Société n'a fourni aucune preuve et n'a donné aucune explication.

B.
Le 8 août 2012, l'Administration fédérale a adressé à la Société une notification d'estimation valant, selon elle, décision et confirmant les montants de la créance fiscale pour les périodes 2007 à 2009 pour un montant total de 61'285 fr. et de la correction d'impôt en sa faveur de 138'776 fr.
La Société a déposé réclamation contre cette notification d'estimation (concluant à son annulation partielle) par courrier du 13 septembre 2012. L'Administration fédérale a rejeté la réclamation le 10 décembre 2012, fixant la créance fiscale à 138'776 fr., plus intérêt moratoire. La Société a recouru contre la décision sur réclamation du 10 décembre 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, qui a rejeté le recours par arrêt du 23 juillet 2014.

C.
Contre l'arrêt du 23 juillet 2014, la Société interjette un "recours de droit public" [recte: un recours en matière de droit public] au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de dépens, principalement, à ce que l'arrêt entrepris soit annulé et déclaré nul et de nul effet, et que l'Administration fédérale soit déboutée de ses prétentions à hauteur de 133'278 fr. sur un total de 138'776 fr. "pour violation des règles procédurales fédérales relatives au fardeau de la preuve". Subsidiairement, elle demande que l'arrêt soit déclaré nul pour incompétence du Tribunal administratif fédéral.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. Dans sa réponse du 20 octobre 2014, à laquelle étaient jointes quatre pièces, l'Administration fédérale a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit :

1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF), rendue par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) et ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF, si bien que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Déposé en temps utile compte tenu des féries judiciaires (art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF) par la Société directement touchée par la décision entreprise et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), le recours en matière de droit public est recevable.

2.

2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
et 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF. Toutefois, à moins que la décision attaquée ne contienne des vices juridiques manifestes, il s'en tient aux arguments juridiques soulevés dans le recours (cf. art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF; ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105; arrêt 2C 805/2013 du 21 mars 2014 consid. 2, non publié in ATF 140 II 202 mais in Pra 2014 n° 100 p. 785).
La recourante a déclaré renoncer "à argumenter pour ce qui a trait au poste des 40'000 fr. visé sous chiffre 6.1.1 de l'arrêt dont recours" (recours, p. 2). Le recours ne contenant ainsi aucun grief sur cet aspect, la Cour de céans ne le reverra pas.

2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF seraient réalisées. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104; arrêt 2C 1100/2012 du 20 mai 2013 consid. 2, non publié in ATF 139 II 346).
La recourante considère comme manifestement inexact le constat du Tribunal administratif fédéral selon lequel elle n'aurait, dans sa lettre du 17 avril 2012, pas collaboré avec l'Administration fédérale. Or, dans la lettre précitée, la recourante soutient qu'elle avait fourni plusieurs renseignements utiles et produit la déclaration de sa fiduciaire, collaborant ainsi au mieux avec le fisc en dépit de la perte de ses dossiers TVA. Dès lors que l'absence de collaboration était susceptible d'influer sur l'appréciation des preuves au détriment de la recourante, elle demande la rectification de ce constat par le Tribunal fédéral.
S'il est vrai qu'à teneur de la lettre du 17 avril 2012, la Société avait concédé être "incapable de remettre la main sur ce dossier TVA", elle n'en a pas moins fourni quelques explications, certes très sommaires, et joint des déclarations écrites, dont la déclaration de la fiduciaire du 11 avril 2012 d'après laquelle elle aurait notamment fondé ses décomptes sur "la preuve d'exportation", pour tenter de répondre aux questions de l'Administration fédérale. Il était ainsi manifestement inexact pour le Tribunal administratif fédéral de retenir de façon catégorique que, dans le courrier précité, la Société "n'a fourni aucune preuve et n'a donné aucune explication" et de tirer, sur cette seule base, des conséquences par rapport à l'établissement et l'appréciation des preuves (arrêt attaqué, p. 2, 10 et 23). En application de l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF, il y a partant lieu de corriger d'office cette constatation en ce que la recourante a, quoique d'une façon très limitée, donné suite à la requête de collaboration à l'établissement des preuves que lui avait adressée l'Administration fédérale. Autre est la question des implications de ce fait erronément constaté sur l'issue du litige; ce point sera examiné en lien avec l'établissement et
l'appréciation arbitraires des preuves dont se plaint la recourante.

2.3. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal de céans (art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF). En tant qu'il ressort du dossier transmis par le Tribunal administratif fédéral que la pièce n° 12 accompagnant la réponse de l'Administration fédérale, bien que remontant à l'année 2012, n'avait pas été versée à la procédure de recours, il s'agit d'une pièce nouvelle dont il ne sera pas tenu compte. Il en va de même des allégués y relatifs contenus dans la réponse du 20 octobre 2014.
Cela dit, l'on peut s'étonner de ce qu'en sa qualité de juridiction ordinaire précédant le Tribunal fédéral (cf. art. 1 al. 1
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 1 Principe - 1 Le Tribunal administratif fédéral est le tribunal administratif ordinaire de la Confédération.
1    Le Tribunal administratif fédéral est le tribunal administratif ordinaire de la Confédération.
2    Il statue comme autorité précédant le Tribunal fédéral, pour autant que la loi n'exclue pas le recours à celui-ci.
3    Il comprend 50 à 70 postes de juge.
4    L'Assemblée fédérale détermine dans une ordonnance le nombre de postes de juge.
5    Elle peut autoriser, pour une période de deux ans au plus, des postes de juge supplémentaires si le Tribunal administratif fédéral est confronté à un surcroît de travail que ses moyens ne lui permettent plus de maîtriser.
et 2
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 1 Principe - 1 Le Tribunal administratif fédéral est le tribunal administratif ordinaire de la Confédération.
1    Le Tribunal administratif fédéral est le tribunal administratif ordinaire de la Confédération.
2    Il statue comme autorité précédant le Tribunal fédéral, pour autant que la loi n'exclue pas le recours à celui-ci.
3    Il comprend 50 à 70 postes de juge.
4    L'Assemblée fédérale détermine dans une ordonnance le nombre de postes de juge.
5    Elle peut autoriser, pour une période de deux ans au plus, des postes de juge supplémentaires si le Tribunal administratif fédéral est confronté à un surcroît de travail que ses moyens ne lui permettent plus de maîtriser.
LTAF [RS 173.32]) qui revoit librement les faits (ATF 136 II 165 consid. 4.1 p. 173; arrêt 2C 426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3, Archives 77 p. 343; art. 49
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA [RS 172.021], sur renvoi de l'art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF), le Tribunal administratif fédéral se soit, en vue de l'examen de la cause, satisfait des pièces choisies que l'Administration fédérale lui a adressées à l'appui de sa réponse, sans requérir la transmission du dossier complet relatif à la recourante. Cette dernière ne reprochant toutefois pas à la précédente instance d'avoir, sur ce point, violé son droit d'être entendue ou un autre grief d'ordre constitutionnel (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), il n'y a pas lieu d'entrer plus avant sur cet aspect.

3.

3.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20) est entrée en vigueur le 1 er janvier 2010. En vertu de l'art. 112 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
LTVA, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. En l'espèce, le litige porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2009 (1 er trimestre 2007 au 4 ème trimestre 2009). Sous réserve d'exceptions (cf. consid. 3.2 infra), la présente cause doit dès lors être examinée au regard des dispositions de l'ancienne loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi que de l'ancienne ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (aLTVA [RO 2000 1300 et les modifications ultérieures, en particulier in RO 2002 1480], respectivement aOLTVA [RO 2000 1347], en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009).

3.2. En dérogation au principe général interdisant l'application d'une norme à des faits entièrement révolus avant son entrée en vigueur (ATF 137 II 371 consid. 4.2 p. 373 s.), les nouvelles règles de procédure s'appliquent en principe pleinement dès leur entrée en vigueur aux causes qui sont encore pendantes. Cela correspond à la solution adoptée par l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA, aux termes duquel, l'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi. Il s'ensuit que l'art. 81 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA, qui consacre le principe procédural de la libre appréciation des preuves (cf., à ce propos, arrêt 2C 411/2014 du 15 septembre 2014 consid. 2.3.3), tandis que l'ancien droit n'admettait en principe que certaines preuves formelles précises, en particulier d'ordre documentaire (cf. art. 20 al. 1, 37 al. 1 et 38 al. 1 let. a aLTVA; art. 63 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
aLTVA cum art. 2 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 2 - 1 Les art. 12 à 19 et 30 à 33 ne sont pas applicables à la procédure en matière fiscale.
1    Les art. 12 à 19 et 30 à 33 ne sont pas applicables à la procédure en matière fiscale.
2    Les art. 4 à 6, 10, 34, 35, 37 et 38 sont applicables à la procédure des épreuves dans les examens professionnels, les examens de maîtrise et les autres examens de capacité.
3    En cas d'expropriation, la procédure est régie par la présente loi, pour autant que la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation12 n'en dispose pas autrement.13
4    La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la présente loi, pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral14 n'en dispose pas autrement.15
PA; voir ATF 131 II 185 consid. 5 p. 190; 2C 309/2009 du 1 er février 2010 consid. 6.7, résumé in RF 65/2010 p. 593; Message du Conseil fédéral du 25 juin 2008 sur la simplification de la TVA, in FF 2008 6277, p. 6395; FELIX GEIGER, ad art. 81
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n. 11 p. 503 s.; XAVIER OBERSON,
Droit fiscal suisse, 4 ème éd., 2012, n. 329 p. 435), devrait également s'appliquer à la présente cause ( GEIGER, ad art. 113
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA, in op. cit., n. 10 p. 594). Le Tribunal administratif fédéral, conformément à sa pratique, a toutefois exclu l'application de l'art. 81
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA, au motif (implicite) que cette disposition était étroitement rattachée au droit matériel. Bien que cette interprétation des art. 81
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
et 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA apparaisse douteuse, ce point souffre de rester indécis, dès lors que, comme il le sera vu ultérieurement, l'application du principe de la libre appréciation des preuves ne serait pas à même de modifier l'issue du présent litige.

4.
Le litige soulevé devant la Cour de céans porte sur les deux points de savoir si, premièrement, le Tribunal administratif fédéral était compétent pour entrer en matière sur le recours de la Société devant lui, alors même que celle-ci n'avait pas expressément consenti à ce que sa contestation de la décision du 10 décembre 2012 fût assimilée à un recours omisso medio (consid. 5 infra). Secondement, il s'agira d'examiner si le Tribunal administratif fédéral a eu raison de considérer que la Société assujettie n'était pas parvenue à établir que les opérations de livraisons et de prestations de services figurant sur les comptes nos 3000 pour la période 2007, 3400 pour l'année 2008 et 3211 pour l'année 2009 avaient été réalisées à l'étranger ou exportées, de sorte que ces opérations ne pouvaient être exonérées de la TVA, et que l'Administration fédérale n'était pas tenue d'instruire plus avant cette question (consid. 6 infra).

5.
Dans un argument subsidiaire, qu'il sied toutefois de traiter d'emblée, dès lors que sa solution est susceptible de conduire immédiatement à l'admission du recours (cf. ATF 140 II 202), la recourante reproche en substance au Tribunal administratif fédéral d'avoir à tort considéré qu'elle avait implicitement accepté sa compétence fonctionnelle pour trancher le recours contre la décision de l'Administration fédérale du 10 décembre 2012. Or, dès lors que la notification d'estimation du 8 août 2012 ne pouvait techniquement valoir décision, la "réclamation" que la Société avait interjetée le 13 septembre 2012 aurait dû être traitée comme la demande d'une première décision formelle par l'assujettie et la "décision sur réclamation" comme une première décision sujette à réclamation, et non pas à recours devant le Tribunal administratif fédéral. En retenant que la recourante avait - sans acceptation expresse de sa part - consenti à former un recours omisso medio, les précédents juges l'auraient ainsi indûment privée d'un échelon de contestation.

5.1. En vertu de l'art. 7 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 7 - 1 L'autorité examine d'office si elle est compétente.
1    L'autorité examine d'office si elle est compétente.
2    La compétence ne peut pas être créée par accord entre l'autorité et la partie.
PA (sur renvoi de l'art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF), le Tribunal administratif fédéral examine d'office s'il est compétent. La compétence ne peut pas être créée par accord entre l'autorité et la partie (al. 2); demeure réservée une loi spéciale claire l'autorisant (Thomas Flückiger, ad art. 7
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 7 - 1 L'autorité examine d'office si elle est compétente.
1    L'autorité examine d'office si elle est compétente.
2    La compétence ne peut pas être créée par accord entre l'autorité et la partie.
PA, in VwVG-Praxiskommentar, 2009, n. 51 p. 150). L'art. 8 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 8 - 1 L'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente.
1    L'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente.
2    L'autorité qui tient sa compétence pour douteuse ouvre sans délai un échange de vues avec l'autorité qu'elle considère comme compétente.
PA prévoit que l'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente. D'après l'art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
PA. Le recours auprès de cette instance est toutefois irrecevable s'il vise une décision qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peut notamment faire l'objet d'une opposition (cf. art. 32 al. 2 let. a
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
LTAF). Une telle exception est instaurée à l'art. 83 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA, aux termes duquel "les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification"; en tant que disposition de procédure, l'art. 83
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA s'applique à la présente cause (cf. art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA; consid. 3.2 supra). L'art. 83
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA connaît une contre-exception à son al. 4, qui prévoit que "si la réclamation est déposée contre une
décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral"; cette possibilité d'un recours omisso medio (également connu sous l'expression de "recours sautant", traduction littérale du terme allemand de "Sprungbeschwerde"; cf. arrêt 2A.719/2004 du 11 mai 2005 consid. 5) déroge aussi à l'interdiction générale de toute prorogation de compétence selon l'art. 7 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 7 - 1 L'autorité examine d'office si elle est compétente.
1    L'autorité examine d'office si elle est compétente.
2    La compétence ne peut pas être créée par accord entre l'autorité et la partie.
PA.

5.2. Dans un arrêt de principe du 21 mars 2014, le Tribunal fédéral a jugé que la notification d'estimation ne constituait pas en tant que telle une décision, mais précédait, sauf circonstances spécifiques (non pertinentes en l'espèce), la phase décisionnelle pour faciliter l'instauration d'un dialogue informel entre l'assujetti et l'administration fiscale, conformément au système de l'auto-taxation (ATF 140 II 202 consid. 5 p. 204 ss). Par ailleurs, la pratique instaurée par l'Administration fédérale, consistant à systématiquement coupler ses notifications d'estimation à des décisions administratives, sans pour autant examiner si les circonstances particulières du cas d'espèce justifiaient la prise d'une décision au sens de l'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, était contraire à la loi (ATF 140 II 202 consid. 6.4 p. 213). Cela étant, le prononcé par l'Administration fédérale, sans motifs particuliers, d'une notification d'estimation sous la forme d'une décision n'entraînait pas la nullité absolue de cet acte, mais uniquement son caractère annulable (arrêt 2C 805/2013 du 21 mars 2014 consid. 7.2, non publié in ATF 140 II 202 mais in RDAF 2014 II 389).

5.3. En l'occurrence et à l'aune de la jurisprudence qui précède, ni l'instance inférieure ni l'Administration fédérale ne contestent, à bon droit, que le courrier de la Société du 13 septembre 2012 ne pouvait être assimilé à une réclamation au sens de l'art. 83
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA, mais aurait dû être compris comme une demande de première décision, si bien que l'Administration fédérale ne pouvait, comme elle l'avait fait, qualifier de "décision sur réclamation" sa décision du 10 décembre 2012, que la Société aurait partant encore pu contester, avant de former recours auprès du Tribunal administratif fédéral, par la voie de la réclamation au sens propre du terme. A ce stade de la procédure, ledit tribunal était donc en principe incompétent pour connaître du litige. Cette conclusion conduit non pas au constat de nullité de l'arrêt querellé, mais à son annulation, à moins que l'on admette, comme l'a fait le Tribunal administratif fédéral, qu'en procédant sans réserve devant ladite instance, la recourante ait implicitement renoncé à une procédure de réclamation en bonne et due forme au profit d'un recours omisso medio selon l'art. 83 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA par analogie (cf. consid. 5.4 s. infra).

5.4. Conformément à l'art. 83 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA (cf. déjà art. 64 al. 2 aLTVA, toutefois jadis formulé en des termes potestatifs; FF 2008 6277, p. 6396), dont il a été vu qu'il forme une lex specialis par rapport aux règles de la PA qu'invoque la recourante, le traitement d'une réclamation en tant que recours omisso medio suppose que la décision entreprise soit motivée en détail ("einlässlich begründet"; "già esaustivamente motivata"; cf. arrêt 2C 659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.3, Archives 81 p. 665) et n'est possible qu'à la demande ("Antrag"; "richiesta") de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, c'est-à-dire - dans cette seconde hypothèse - à l'initiative de l'Administration fédérale (cf. Felix Geiger, ad art. 84
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 84 Frais et indemnités - 1 En règle générale, la procédure de décision et la procédure de réclamation ne donnent pas lieu au prélèvement de frais. Aucune indemnité n'est allouée aux parties.
1    En règle générale, la procédure de décision et la procédure de réclamation ne donnent pas lieu au prélèvement de frais. Aucune indemnité n'est allouée aux parties.
2    Quelle que soit l'issue de la procédure, les frais de procédure peuvent être mis à la charge de la personne ou de l'autorité qui les a occasionnés par sa faute.
LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n. 18 p. 513 s.).
Le législateur n'a pas précisé la forme que doit ou peut prendre l'assentiment par l'assujetti, pas plus que le Conseil fédéral, qui a seulement exposé qu'en supprimant la décision sur réclamation, qui est prise par la même autorité que la décision, la procédure pouvait être menée plus rapidement et de manière plus efficace (FF 2008 6277, p. 6396; cf. aussi OTVA e contrario [RS 641.201]; arrêt 2C 659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.2, Archives 81 p. 665). Il s'ensuit qu'aucun indice ne permet de dire que l'art. 83 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA s'opposerait au consentement tacite de l'assujetti à l'introduction d'un recours omisso medio devant le Tribunal administratif fédéral. La préoccupation de célérité mentionnée dans le Message précité tend plutôt à conforter cette possibilité, tout comme le sens étymologique du mot "assentiment" ("Zustimmung", cf. par exemple Duden - Das grosse Wörterbuch der deutschen Sprache in sechs Bänden, 1981, t. 6, p. 2977; "consenso", cf. par exemple GIOVANNI TORTORA, Dizionario Giuridico, 4 ème éd., 2010, p. 79), que le Grand Robert de la langue française (version électronique) définit comme "l'acte par lequel on acquiesce expressément ou tacitement à une décision, une opinion, une proposition; adhésion de
l'esprit à une manière de voir". Il y a partant lieu d'admettre que le consentement au recours omisso medio puisse être implicite.
Déterminer ce qu'une partie savait ou voulait réellement relève du fait (s'agissant de la volonté de cocontractants: ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 413; arrêts 2C 589/2013 du 17 janvier 2014 consid. 8.1.2, RDAF 2014 II 78; 4A 429/2012 du 2 novembre 2012 consid. 4.2, SJ 2013 I 286), dont la constatation par l'instance inférieure lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).

5.5. En l'occurrence, c'est à tort que la recourante fait valoir que "la décision d'estimation de l'administration n'était pas motivée en détail", tel que l'exige l'art. 83 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA. Comme le rappelle à juste titre l'intimée, l'exigence de la motivation détaillée concerne non pas la notification d'estimation, mais bien la première décision au sens formel rendue par l'Administration fédérale, en l'occurrence la décision du 10 décembre 2012 qu'elle a erronément rendue "sur réclamation". Or, celle-ci s'étend sur sept pages, est structurée en fait, en droit avec plusieurs sous-rubriques, et comprend un dispositif numéroté; elle prend position par rapport aux critiques de l'assujettie et fonde son raisonnement sur plusieurs sources légales, jurisprudentielles et doctrinales (cf., e contrario, arrêt 2C 659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.3, RDAF 2013 II 257). Elle répond partant au critère de la motivation qualifiée de la décision.

5.6. S'agissant de la condition de l'assentiment, les précédents juges ont relevé que la recourante avait déféré la "décision sur réclamation" du 10 décembre 2012 directement et sans réserve au Tribunal administratif fédéral, ce dont on pouvait déduire qu'elle avait accepté, à tout le moins implicitement, d'avoir été privée de l'échelon de la réclamation. Cette appréciation des faits n'apparaît pas arbitraire. Il résulte de surcroît du dossier que la Société, dont l'un des administrateurs d'alors, en charge du "dossier TVA", était en même temps avocat au barreau genevois, avait entamé la procédure liée à la notification d'estimation du 8 août 2012 plus de deux ans après l'entrée en vigueur de la nouvelle LTVA; or, à ce moment, la nature décisionnelle de la notification d'estimation et la pratique de l'Administration fédérale y relative étaient déjà vivement débattues dans la doctrine juridique (cf. les sources citées in ATF 140 II 202). Ces critiques avaient en outre été abordées (mais non résolues) dans l'arrêt 2C 659/2012 du 21 novembre 2012 (consid. 3.4, Archives 81 p. 665), qui avait été rendu quelques semaines avant que la recourante ne fît recours auprès du Tribunal administratif fédéral. La bonne foi dont se targue la
recourante en rapport avec l'indication erronée des voies de droit accompagnant les diverses décisions ne saurait partant remettre en cause l'appréciation de la précédente instance selon laquelle la recourante s'était accommodée de la procédure écourtée figurant à l'art. 83 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA par analogie; du reste, il aurait également été loisible à la recourante, une fois connue la jurisprudence du 21 mars 2014 (ATF 140 II 202), de s'en prévaloir aussitôt devant le Tribunal administratif fédéral. La recourante est partant forclose de se plaindre de l'incompétence du Tribunal administratif fédéral devant la Cour de céans.

5.7. En conséquence, l'admission par le Tribunal administratif fédéral de sa compétence fonctionnelle pour connaître du "recours" dirigé contre la "décision sur réclamation" du 14 septembre 2012 n'a violé ni la PA ni l'art. 83 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA.

6.
La recourante reproche en substance au Tribunal administratif fédéral d'avoir procédé à une appréciation (anticipée) des preuves arbitraire et violé la maxime inquisitoire en refusant de considérer, à l'instar de l'autorité intimée, que la déclaration écrite du directeur de la fiduciaire en charge des décomptes TVA durant les périodes 2007 à 2009 (contenue dans un courriel du 11 avril 2012), selon laquelle les décomptes TVA avaient été établis sur la base des pièces justificatives attestant notamment de la vente ou exportation des biens et services vers l'étranger, constituait une preuve suffisante de l'exportation respectivement de la réalisation à l'étranger desdites opérations. Au cas où cette déclaration ne suffirait pas en tant que telle, les précédents juges auraient dû retenir que l'Administration fédérale n'avait pas satisfait à son devoir d'instruction en refusant de donner suite à l'invitation de la fiduciaire de venir consulter "certains documents justificatifs relatifs aux décomptes TVA" en ses bureaux (cf. courriel du 11 avril 2012 de la fiduciaire à l'ancien administrateur de la recourante).

6.1. Les principes qui régissent les griefs invoqués doivent être mis en relation avec les enjeux concrets du présent litige. En reprochant à la précédente instance d'avoir indûment écarté la déclaration de la fiduciaire du 11 avril 2012 et jugé que l'Administration fédérale avait renoncé à donner suite aux offres de preuves de ladite fiduciaire sans violer son devoir d'instruction d'office, la recourante entend établir que les chiffres d'affaires figurant dans les comptes n os 3000 (2007), 3400 (2008) et 3211 (2009) afférents à diverses prestations de services et livraisons de biens, que le fisc a considérés comme non déclarés dans le cadre du système de l'auto-taxation, auraient dû à la vérité être traités comme des biens ou services réalisés, respectivement exportés à l'étranger. Un tel constat aurait entraîné leur exonération de la TVA, dès lors que, selon l'art. 5 let. a et b aLTVA, sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément exclues du champ de l'impôt (art. 18 aLTVA), les livraisons de biens faites à titre onéreux sur le territoire suisseet les prestations de services fournies à titre onéreux sur ce même territoire. L'art. 19 al. 2 ch. 1 aLTVA précise que la livraison de biens transportés ou
expédiés directement à l'étranger est exonérée de l'impôt.

6.2. Il n'y a arbitraire dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 138 I 305 consid. 4.3 p. 319; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560). L'autorité peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 138 III 374 consid. 4.3.2 p. 376; 137 III 208 consid. 2.2 p. 210).
Selon la maxime inquisitoire, qui prévaut en particulier en droit public, l'autorité définit les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés; elle oblige notamment les autorités compétentes à prendre en considération d'office l'ensemble des pièces pertinentes qui ont été versées au dossier. Elle ne dispense pas pour autant les parties de collaborer à l'établissement des faits; il leur incombe d'étayer leurs propres thèses, de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles, spécialement lorsqu'il s'agit d'élucider des faits qu'elles sont le mieux à même de connaître. En l'absence de collaboration de la partie concernée par de tels faits et d'éléments probants au dossier, l'autorité qui met fin à l'instruction du dossier en retenant qu'un fait ne peut être considéré comme établi, ne tombe ni dans l'arbitraire ni ne viole l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CC relatif au fardeau de la preuve (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les références citées).

6.3. En l'occurrence, le Tribunal administratif fédéral n'a pas versé dans l'arbitraire ni violé la maxime d'instruction ou les règles sur le fardeau de la preuve en retenant que le courriel rédigé par la fiduciaire de la Société le 11 avril 2012 était impropre à établir l'exportation vers l'étranger et, partant, l'exonération fiscale des chiffres d'affaires litigieux afférents aux périodes 2007 à 2009.

6.3.1. En premier lieu, il sied de souligner qu'en assouplissant les exigences pour la preuve à travers l'instauration du principe de la libre appréciation des preuves (art. 81 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA) - à supposer que celui-ci s'applique à la présente affaire (consid. 3.2 supra) -, le législateur n'a pas voulu dispenser l'assujetti de l'incombance de se procurer les documents requis par d'autres dispositions légales; tel est entre autres le cas du document d'exportation que l'Administration fédérale prescrit pour l'exportation de biens (cf. FF 2008 6277, p. 6395). L'art. 20 al. 1, première et dernière phrases, aLTVA constitue précisément une telle norme de droit matériel; il prévoit que l'exportation de biens ne donne droit à l'exonération fiscale que si elle est attestée par l'autorité douanière (...). Pour les prestations de services fournies à l'étranger, le droit à l'exonération doit être prouvé par des documents comptables et des pièces justificatives. Contrairement à ce que considère le Tribunal administratif fédéral, l'art. 20 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 20 Attribution des prestations - 1 Une prestation est réputée fournie par la personne qui apparaît vis-à-vis des tiers comme le fournisseur de la prestation.
1    Une prestation est réputée fournie par la personne qui apparaît vis-à-vis des tiers comme le fournisseur de la prestation.
2    Lorsqu'une personne agit au nom et pour le compte d'une autre, la prestation est réputée fournie par la personne représentée si celle qui la représente remplit les conditions suivantes:
a  elle peut prouver qu'elle agit en qualité de représentant et peut clairement communiquer l'identité de la personne qu'elle représente;
b  elle porte expressément le rapport de représentation à la connaissance du destinataire de la prestation ou ce rapport résulte des circonstances.
3    Lorsque l'al. 1 s'applique à une relation tripartite, il y a prestation aussi bien entre la personne qui apparaît comme fournisseur et celle qui fournit effectivement la prestation qu'entre la personne qui apparaît comme fournisseur et le destinataire de la prestation.
aLTVA n'exclut pas (en tant qu'applicable) l'application parallèle de l'art. 81 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA, mais énonce les critères premiers que le fisc doit examiner lorsqu'un assujetti demande l'exonération fiscale
d'une opération pour cause d'exportation à l'étranger (cf., dans ce sens, Geiger, ad art. 81
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n. 11 p. 504). Or, il ressort du dossier que ni au cours de la procédure administrative devant l'Administration fédérale, ni dans la phase de recours devant le Tribunal administratif fédéral, l'assujettie n'est parvenue à produire un quelconque document douanier ou des documents comptables et/ou pièces justificatives attestant directement de l'exportation alléguée des biens et services vers l'étranger.

6.3.2. En deuxième lieu, concernant plus spécifiquement le respect de la maxime inquisitoire par les autorités précédentes, il ressort des faits établis dans l'arrêt entrepris que l'Administration fédérale avait en vain, par courrier du 14 février 2012, invité la recourante à lui faire parvenir des preuves de l'exportation des biens et services, ainsi que des documents relatifs au chiffre d'affaires non déclaré. Celle-ci a, dans une mesure limitée, déféré à cette invitation par courrier du 17 avril 2012 et donc collaboré avec le fisc (consid. 2.2 supra). Cette collaboration est toutefois fort restreinte, car, dans cette lettre, la recourante a concédé, via son administrateur de l'époque, être "incapable de remettre la main sur ce dossier TVA" (ad rubrique "2. Exonérations des chiffres d'affaires", joignant la déclaration de la fiduciaire précitée) et n'avoir "pas d'explications à fournir" (ad rubrique "3. Chiffres d'affaires non déclarés"). Il résulte en outre de l'arrêt attaqué et des explications fournies par la recourante, notamment dans ses recours au Tribunal administratif fédéral du 24 décembre 2012 et au Tribunal fédéral du 15 septembre 2014, que le dossier TVA de l'assujettie "n'a pas été retrouvé suite à une
désorganisation de la société dès le printemps 2010" et à des "déménagements successifs". Or, face à ces indications confirmant la disparition du dossier TVA relatif aux années fiscales litigieuses, en violation des obligations de tenue et de conservation des pièces comptables et justificatives incombant à l'assujetti (cf. art. 58 al. 1 et 2 aLTVA), on ne voit pas quels autres actes d'instruction auraient pu être exigés de la part du fisc et en quoi l'instance précédente aurait violé la maxime d'instruction en retenant que l'Administration fédérale avait, dans de telles circonstances, correctement instruit la cause et recherché à établir les preuves utiles. Par ailleurs, il n'est en général pas possible pour le fisc d'effectuer un contrôle auprès du destinataire sis à l'étranger (ATF 133 II 153 consid. 7.2 p. 166). Il sera encore ajouté que la raison concrète pour laquelle l'assujettie ne se trouvait plus en possession des documents et pièces comptables indispensables à l'établissement de son droit allégué à exonération de l'impôt n'est pas pertinente (cf., mutatis mutandis, arrêt 2C 835/2011 du 4 juin 2012 consid. 2.3, résumé in RF 67/2012 p. 709, et les références citées sur la perte de données/documents ensuite de
l'endommagement du disque dur de l'ordinateur de l'assujettie, le vol des documents, la non-conservation des pièces).

6.3.3. En troisième lieu, force est de conclure que le seul indice relatif à l'exportation à l'étranger et, par voie de conséquence, de l'éventuelle exonération des opérations litigieuses qu'a fourni la recourante est la déclaration écrite de la fiduciaire de la Société du 11 avril 2012, selon laquelle les décomptes TVA pour les années 2007 à 2009 avaient été établis sur la base des pièces justificatives. Or, même en appliquant le principe de la libre appréciation des preuves au présent cas (art. 81 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA; cf. consid. 3.2 supra), les précédents juges n'ont pas commis d'arbitraire en considérant que ladite déclaration ne constituait pas per se une preuve suffisante de l'exportation, respectivement de la réalisation à l'étranger des opérations litigieuses. A bon droit, les précédents juges ont fortement relativisé la valeur probante de la déclaration de la fiduciaire de la recourante dès lors qu'elle a été établie au printemps 2012 et remontait donc à une période postérieure de plusieurs années à la période fiscale allant du 1 er trimestre 2007 au 4 ème trimestre 2009; sans que soit mise en doute la sincérité de la fiduciaire, une telle pièce, établie a posteriori à la demande expresse de la recourante, n'était en effet pas
apte à prouver à elle seule l'existence des exportations alléguées par la recourante (cf. arrêts 2C 614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4, résumé in RF 63/2008 p. 553; 2A.546/2003 du 14 mars 2005 consid. 2.6 et 3.3, RDAF 2005 II 346). Au vu de ce qui précède, la question litigieuse de savoir si, comme l'ont admis les précédents juges, la valeur probante de la déclaration de la fiduciaire devait aussi être relativisée en raison des liens contractuels ayant existé entre celle-ci et la recourante, souffre partant de rester indécise.

6.3.4. En quatrième et dernier lieu, les précédents juges ont, de façon défendable, retenu que l'Administration fédérale pouvait, à la faveur d'une appréciation anticipée des preuves et en conformité avec la maxime inquisitoire, renoncer à se rendre auprès de la fiduciaire de la recourante pour y consulter "certains documents justificatifs relatifs aux décomptes TVA dans nos dossiers (normalement ceux qui vous ont été envoyés par e-mail) " évoqués dans le courriel de ladite fiduciaire du 11 avril 2012. Cette offre de preuves "médiate" de la recourante à l'attention des autorités doit se lire en conjonction avec la concession faite par l'administrateur de la Société quelques jours plus tard, le 17 avril 2012, selon laquelle celle-ci était "incapable de remettre la main sur ce dossier TVA", ce qui pouvait objectivement faire douter du caractère pertinent des documents justificatifs annoncés par la fiduciaire mandatée par la Société. On ajoutera que l'invitation de la fiduciaire concernant la possibilité de consulter des documents justificatifs est formulée de manière très vague (cf. courriel du 11 avril 2012: "certains documents", "relatifs aux décomptes TVA", "normalement"), et ne fournit pas d'explications sur la date des
documents, leur nature et forme exactes, leur quantité ou les opérations TVA particulières avec lesquelles ces documents se seraient trouvés en lien. On ne saurait partant reprocher à l'Administration fédérale de ne pas en avoir fait cas, ni dépêché un inspecteur auprès de la fiduciaire pour en prendre connaissance. Finalement, il résulte de la chronologie de la procédure que le courriel de la fiduciaire contenant cette "offre de preuves" avait été expédié à la Société environ deux mois après que l'Administration fédérale eut invité l'assujettie à lui faire parvenir les preuves de l'exportation et près de quatre mois avant que le fisc adressât une notification d'estimation à l'assujettie. Dans l'hypothèse où la fiduciaire aurait disposé des documents probants relatifs aux années 2007 à 2009 et attestant de l'exportation de biens et services par la recourante, cette dernière aurait donc eu tout loisir d'obtenir de la fiduciaire qu'elle transmette sans délai lesdites pièces à l'autorité fiscale ou qu'elle les lui remette; comme l'Administration fédérale le fait remarquer à juste titre dans sa réponse du 20 octobre 2014, un déplacement d'un inspecteur dans les bureaux de la fiduciaire n'était ainsi pas nécessaire pour administrer les
preuves alléguées, qui se seraient trouvées à portée de main de l'assujettie. En omettant de procéder de la sorte malgré la demande du fisc de lui remettre des preuves liées à l'exonération sollicitée, la recourante ne saurait de bonne foi se plaindre du refus par l'Administration fédérale, confirmé par le Tribunal administratif fédéral, de consulter les prétendus documents probants dans les locaux de la fiduciaire.

6.3.5. Au vu des éléments qui précèdent, le Tribunal administratif fédéral n'a pas versé dans l'arbitraire en retenant que l'Administration fédérale avait instruit la cause et apprécié les preuves de manière conforme à la procédure et que la recourante n'a pas prouvé l'exportation des biens et services dont elle requérait l'exonération de la TVA.

6.4. Quant aux conséquences de cette constatation, il est de jurisprudence constante que les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, impliquent que l'autorité fiscale doive établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256 s.; arrêts 2C 476/2014 du 21 novembre 2014 consid. 8.1; 2C 1081/2013 du 2 juin 2014 consid. 5.5, RF 69/2014 p. 720; 2C 416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 10.2.2, non publié in ATF 140 I 68 mais in RF 69/2014 p. 152; 2C 353/2013 du 23 octobre 2013 consid. 3.3, résumé in Archives 82 p. 369; cf. MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, 2009, n. 83 p. 704 et n. 290 p. 898). S'agissant de l'allégation par la recourante de faits propres à l'exonérer d'impôt sur certaines opérations entreprises entre 2007 et 2009, il aurait incombé à celle-ci d'établir la réalité de ses affirmations. Cette dernière n'y étant pas parvenue, le Tribunal administratif fédéral pouvait donc à bon droit retenir que les transactions
litigieuses constituaient des opérations soumises à la TVA, qui n'avaient erronément pas été déclarées par la Société assujettie et devaient partant être reprises d'un point de vue fiscal.
Les considérants qui précèdent conduisent ainsi au rejet du recours.

7.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante qui succombe (cf. art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lausanne, le 17 février 2015

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Zünd

Le Greffier : Chatton