Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
2C 132/2020
Arrêt du 26 novembre 2020
IIe Cour de droit public
Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Zünd, Aubry Girardin, Donzallaz et Beusch.
Greffière : Mme Kleber.
Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par B.________ SA,
recourante,
contre
Administration fiscale cantonale
du canton de Genève.
Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct
des périodes fiscales 2011 et 2012,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice
de la République et canton de Genève,
Chambre administrative, 4ème section,
du 17 décembre 2019 (ATA/1833/2019).
Faits :
A.
A.a. La société A.________ SA (ci-après: la société), créée en 1976 et inscrite au registre du commerce du canton de Genève, a pour but les "prestations de nettoyage, d'hygiène et de services dans le domaine de l'entretien, de la maintenance et de l'exploitation de bâtiments, de matériels et de leur environnement; les prestations de services aux utilisateurs de locaux et à leur environnement; les prestations de désinfection et de traitement des déchets; les prestations de conseil et de formation professionnelle dans le domaine du nettoyage et de services".
A.b. La société a acquis, le 1 er janvier 2005, la totalité des actions de C.________ AG (ci-après: C.________) au prix de 5'284'200 fr., le 1 er janvier 2006 de D.________ AG (ci-après: D.________) pour un prix de 4'281'376 fr. et, le 24 juillet 2009, de E.________ SA (ci-après: E.________) pour un prix de 5'762'000 fr.
B.
B.a. Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale pour 2011, la société a déclaré comme suit les participations dans les trois sociétés (montants en francs suisses) :
Amortiss./
Nbre Désignation Brut Net
provision
250 C.________ 2'477'550 467'775 2'009'775
200 D.________ 3'253'816 217'672 3'036'144
100 E.________ 4'732'000 500'000 4'232'000
Total 10'463'366 1'185'447 9'277'919
A la suite d'une demande de l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale), la société a indiqué avoir calculé "l'amortissement" sur les participations de la manière suivante:
________ date achat_ coût achat_ valeur fiscale selon propre estimation (méthode des praticiens)_ différence_à_amortir_ amortiss. annuel_
C._________ _01.01.2005 ___5'284'200 1'542'000 ______________3'742'200 __________467'775
D._________ _01.01.2006 ___4'281'376 2'540'000 ______________1'741'376 __________217'672
E._________ _24.07.2009 ___5'762'000 1'126'718 ______________4'635'282 __________500'000
Par bordereaux de taxation du 17 août 2017, l'Administration cantonale a fixé, pour 2011, les impôt s cantonal et communal sur le bénéfice (ci-après: ICC) à 910'645 fr. 35 et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) à 697'770 fr. 15. Elle a procédé à une reprise de 6'080'457 fr. dans le bénéfice (montant du "fonds d'amortissement" figurant au bilan de la société, correspondant à l'amortissement annuel de 1'185'447 fr. et aux amortissements cumulés 2005 à 2010 [4'895'010 fr.]) et dans le capital (dissolution des réserves latentes).
Par décisions du 12 décembre 2017, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation formée par la société contre les bordereaux du 17 août 2017, en ce sens qu'elle a tenu compte de l'impôt supplémentaire généré par la reprise effectuée. Elle a fixé les ICC à 755'705 fr. 80 et l'IFD à 572'752 fr. 15.
B.b. Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale pour 2012, la société a déclaré les participations dans les trois sociétés de la manière suivante:
Amortiss./
Nbre Désignation Brut Net
____ ____________ _________ provision_ _____
__250 C._________ _ _2'009'775 ___________467'775 _________1'542'000
257'672 2'778'472
200 D.________ 3'036'144
( (
____ ____________ _________ recte:_217'672)_ _ recte:_2'818'472)_
__100 E._________ _ _4'232'000 ___________500'000 _________3'732'000
1'225'447 8'052'472
Total 9'277'919
( (
____ ____________ _________ recte:_1'185'447)_ recte:_8'092'472)_
Par bordereaux de taxation du 17 août 2017, l'Administration cantonale a procédé, pour 2012, à un redressement de 1'225'447 fr. dans le bénéfice imposable (montant annuel de l'amortissement déclaré), ainsi qu'à une reprise de 7'305'904 fr. dans le capital imposable (réserves latentes constituées par les amortissements depuis l'acquisition des participations). Elle a fixé les ICC à 470'046 fr. 05 et l'IFD à 298'790 fr. 40.
Statuant sur réclamation, l'Administration cantonale a, le 19 décembre 2017, admis partiellement celle-ci, afin de tenir compte de l'impôt supplémentaire généré par la reprise. Elle a fixé les ICC à 431'279 fr. 50 et l'IFD à 273'633 fr. 40.
B.c. Contre les décisions sur réclamation des 12 et 19 décembre 2017, la société a formé un recours auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance), en concluant à leur annulation. Devant cette autorité, elle a produit une étude de valorisation réalisée par B.________ SA en janvier 2018 en application de la méthode " Discounted Cash Flow " (DCF) et corroborée par la méthode "des multiples", démontrant selon elle que les corrections de valeur annoncées n'étaient pas exagérées.
Par jugement du 26 novembre 2018, le Tribunal administratif de première instance a très partiellement admis le recours et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Pour 2011, il a confirmé la reprise d'un montant de 6'080'457 fr. dans le bénéfice et le capital. En ce qui concerne 2012, il a fixé la reprise de l'amortissement annuel à 1'185'447 fr., au lieu de 1'225'447 fr., et a renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle recalcule l'IFD et les ICC 2012 en conséquence.
B.d. La société a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).
Par arrêt du 17 décembre 2019, la Cour de justice a rejeté le recours. En substance, elle a retenu que les "amortissements/provisions" déclarés par la contribuable en 2011 et 2012 sur les participations dans les trois sociétés n'étaient pas justifiés par l'usage commercial, ce qui autorisait les reprises effectuées par l'autorité fiscale.
C.
Contre l'arrêt du 17 décembre 2019, la société A.________ SA forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt querellé et à sa réforme en ce sens que les ICC et l'IFD 2011 et 2012 soient fixés d'après les éléments qu'elle avait déclarés pour chaque période fiscale (en tenant compte, pour 2012, du rectificatif résultant du jugement du Tribunal administratif de première instance du 26 novembre 2018).
Subsidiairement, elle conclut, pour l'IFD 2011 et pour les ICC 2011 et 2012 à l'annulation de la reprise d'un montant de 4'895'010 fr., correspondant à la dissolution du "fonds d'amortissement" constitué par les amortissements déclarés entre 2005 et 2010. Plus subsidiairement, la société sollicite le renvoi à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale se rallie aux considérants de l'arrêt de la Cour de justice et conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours, sous suite de frais. La société A.________ SA a déposé des observations, tout en maintenant ses conclusions.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et cognition du Tribunal fédéral
1.
1.1. Le recours porte sur l'IFD et les ICC 2011 et 2012. Il est dirigé contre une décision rendue par une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions: |
|
1 | Le recours est recevable contre les décisions: |
a | du Tribunal administratif fédéral; |
b | du Tribunal pénal fédéral; |
c | de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision; |
d | des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert. |
2 | Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral. |
3 | Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre: |
|
a | les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit59 jugée par un tribunal; |
b | les décisions relatives à la naturalisation ordinaire; |
c | les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent: |
c1 | l'entrée en Suisse, |
c2 | une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit, |
c3 | l'admission provisoire, |
c4 | l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi, |
c5 | les dérogations aux conditions d'admission, |
c6 | la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation; |
d | les décisions en matière d'asile qui ont été rendues: |
d1 | par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger, |
d2 | par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit; |
e | les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération; |
f | les décisions en matière de marchés publics: |
fbis | les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs66; |
f1 | si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou |
f2 | si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics64; |
g | les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes; |
h | les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale; |
i | les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile; |
j | les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave; |
k | les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit; |
l | les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises; |
m | les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs; |
n | les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent: |
n1 | l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision, |
n2 | l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire, |
n3 | les permis d'exécution; |
o | les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules; |
p | les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:71 |
p1 | une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public, |
p2 | un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications72; |
p3 | un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste74; |
q | les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent: |
q1 | l'inscription sur la liste d'attente, |
q2 | l'attribution d'organes; |
r | les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3475 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)76; |
s | les décisions en matière d'agriculture qui concernent: |
s1 | ... |
s2 | la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production; |
t | les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession; |
u | les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers80); |
v | les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national; |
w | les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe. |
x | les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198184, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs; |
y | les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal; |
z | les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie87 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral252. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public. |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral264.265 |
|
1 | Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral264.265 |
2 | Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir. |
3 | ...266 |
1.2. L'instance précédente a traité dans un seul arrêt de l'IFD et des ICC, ce qui est admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s). Partant, le dépôt d'un seul acte de recours est aussi autorisé, dans la mesure où la recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce.
1.3. Le recours est dirigé contre un arrêt par lequel la Cour de justice a rejeté le recours formé à l'encontre du jugement du Tribunal administratif de première instance qui, pour sa part, admettait très partiellement le recours s'agissant de l'IFD et des ICC 2012, en fixant la reprise de l'amortissement annuel à 1'185'447 fr. au lieu du montant de 1'225'447 fr. retenu par l'Administration cantonale. Il renvoyait la cause à celle-ci pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Dans la mesure où il confirme ce jugement, l'arrêt attaqué constitue également un arrêt contenant un renvoi partiel. Dès lors que le Service cantonal doit se limiter à recalculer l'IFD et les ICC 2012 sur la base de la reprise d'amortissement modifiée, le renvoi ne lui laisse aucune marge de manoeuvre. Malgré ce renvoi, l'arrêt attaqué doit donc être considéré, dans son ensemble, comme une décision finale au sens de l'art. 90

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. |
1.4. Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. c

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas: |
|
1 | Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas: |
a | du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus; |
b | du 15 juillet au 15 août inclus; |
c | du 18 décembre au 2 janvier inclus. |
2 | L'al. 1 ne s'applique pas: |
a | aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles; |
b | à la poursuite pour effets de change; |
c | aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c); |
d | à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale; |
e | aux marchés publics.20 |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète. |
|
1 | Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète. |
2 | Le délai de recours est de dix jours contre: |
a | les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite; |
b | les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale; |
c | les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants93 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants94. |
d | les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets96. |
3 | Le délai de recours est de cinq jours contre: |
a | les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change; |
b | les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales. |
4 | Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national. |
5 | En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral. |
6 | ...97 |
7 | Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
|
1 | Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
1bis | Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais.15 |
2 | Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.16 17 |
3 | Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision. |
4 | En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique18. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement: |
a | le format du mémoire et des pièces jointes; |
b | les modalités de la transmission; |
c | les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.19 |
5 | Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
6 | Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
7 | Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
|
1 | Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
1bis | Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais.15 |
2 | Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.16 17 |
3 | Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision. |
4 | En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique18. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement: |
a | le format du mémoire et des pièces jointes; |
b | les modalités de la transmission; |
c | les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.19 |
5 | Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
6 | Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
7 | Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque: |
|
1 | A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque: |
a | a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire; |
b | est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et |
c | a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. |
2 | Ont aussi qualité pour recourir: |
a | la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions; |
b | l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération; |
c | les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale; |
d | les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours. |
3 | En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir. |
2.
2.1. D'après l'art. 106 al. 1

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
|
1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris: |
|
1 | L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris: |
a | les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats; |
b | les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte; |
c | les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a). |
2 | Ne constituent pas un bénéfice imposable: |
a | les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu; |
b | le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable; |
c | les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation. |
3 | Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice: |
a | en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale; |
b | en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation; |
c | en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion; |
d | en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.114 |
3bis | Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.115 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.116 |
3ter | En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.117 |
3quater | Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.118 119 |
3quinquies | Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.120 |
4 | Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie. |
4bis | En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.121 |
5 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.147 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.148 |
|
1 | Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.147 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.148 |
1ter | Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.150 |
1quater | En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)151, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.152 |
2 | à 5 ...153 |
6 | Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27. |
2.2. Toutefois, conformément à l'art. 106 al. 2

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
|
1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
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1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |
2.3. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
|
1 | Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
2 | Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95. |
3 | Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.100 |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
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1 | Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
2 | Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95. |
3 | Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.100 |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. |
|
1 | Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. |
2 | Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.90 |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation: |
|
a | du droit fédéral; |
b | du droit international; |
c | de droits constitutionnels cantonaux; |
d | de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires; |
e | du droit intercantonal. |
II. Griefs formels
3.
La recourante dénonce une violation de l'art. 112

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
|
1 | Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
a | les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier; |
b | les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées; |
c | le dispositif; |
d | l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale. |
2 | Si le droit fédéral ou le droit cantonal le prévoit, l'autorité notifie généralement sa décision rapidement sans la motiver.105 Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée. |
3 | Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler. |
4 | Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
|
1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |

IR 0.101 Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH) CEDH Art. 6 Droit à un procès équitable - 1. Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice. |
|
1 | Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice. |
2 | Toute personne accusée d'une infraction est présumée innocente jusqu'à ce que sa culpabilité ait été légalement établie. |
3 | Tout accusé a droit notamment à: |
a | être informé, dans le plus court délai, dans une langue qu'il comprend et d'une manière détaillée, de la nature et de la cause de l'accusation portée contre lui; |
b | disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense; |
c | se défendre lui-même ou avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent; |
d | interroger ou faire interroger les témoins à charge et obtenir la convocation et l'interrogation des témoins à décharge dans les mêmes conditions que les témoins à charge; |
e | se faire assister gratuitement d'un interprète, s'il ne comprend pas ou ne parle pas la langue employée à l'audience. |
3.1. Le présent litige est purement fiscal; il porte sur le bénéfice et le capital imposables de la recourante et ne comprend pas d'aspect pénal. L'art. 6

IR 0.101 Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH) CEDH Art. 6 Droit à un procès équitable - 1. Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice. |
|
1 | Toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Le jugement doit être rendu publiquement, mais l'accès de la salle d'audience peut être interdit à la presse et au public pendant la totalité ou une partie du procès dans l'intérêt de la moralité, de l'ordre public ou de la sécurité nationale dans une société démocratique, lorsque les intérêts des mineurs ou la protection de la vie privée des parties au procès l'exigent, ou dans la mesure jugée strictement nécessaire par le tribunal, lorsque dans des circonstances spéciales la publicité serait de nature à porter atteinte aux intérêts de la justice. |
2 | Toute personne accusée d'une infraction est présumée innocente jusqu'à ce que sa culpabilité ait été légalement établie. |
3 | Tout accusé a droit notamment à: |
a | être informé, dans le plus court délai, dans une langue qu'il comprend et d'une manière détaillée, de la nature et de la cause de l'accusation portée contre lui; |
b | disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense; |
c | se défendre lui-même ou avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent; |
d | interroger ou faire interroger les témoins à charge et obtenir la convocation et l'interrogation des témoins à décharge dans les mêmes conditions que les témoins à charge; |
e | se faire assister gratuitement d'un interprète, s'il ne comprend pas ou ne parle pas la langue employée à l'audience. |
3.2. Aux termes de l'art. 112 al. 1 let. b

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
|
1 | Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
a | les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier; |
b | les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées; |
c | le dispositif; |
d | l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale. |
2 | Si le droit fédéral ou le droit cantonal le prévoit, l'autorité notifie généralement sa décision rapidement sans la motiver.105 Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée. |
3 | Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler. |
4 | Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
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1 | Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
a | les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier; |
b | les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées; |
c | le dispositif; |
d | l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale. |
2 | Si le droit fédéral ou le droit cantonal le prévoit, l'autorité notifie généralement sa décision rapidement sans la motiver.105 Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée. |
3 | Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler. |
4 | Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
|
1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |
3.3. En l'occurrence, on relèvera en premier lieu qu'aucune disposition légale n'impose aux juges d'énumérer les faits de manière exhaustive dans la partie en fait de l'arrêt attaqué; les faits considérés comme pertinents peuvent figurer dans la partie en droit en fonction des questions juridiques à trancher (arrêts 2C 391/2017 du 19 septembre 2017 consid. 3.2; 2C 642/2014 du 22 novembre 2015 consid. 2, non publié in ATF 142 II 9). Il n'est donc pas contraire à l'art. 112 al. 1 let. b

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
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1 | Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
a | les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier; |
b | les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées; |
c | le dispositif; |
d | l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale. |
2 | Si le droit fédéral ou le droit cantonal le prévoit, l'autorité notifie généralement sa décision rapidement sans la motiver.105 Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée. |
3 | Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler. |
4 | Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. |
3.4. En second lieu, il découle de la lecture complète de l'arrêt querellé que tous les points de fait qui, selon la recourante, manqueraient, y figurent, dans la mesure où ils sont pertinents pour le litige.
3.4.1. Ainsi, on comprend parfaitement que l'Administration cantonale n'a, avant 2011, pas procédé à des reprises en lien avec les amortissements déclarés chaque année par la recourante sur les participations dans les trois sociétés. Le fait qu'une partie du recours porte précisément sur le traitement différent des amortissements durant les périodes fiscales antérieures et durant les périodes fiscales litigieuses démontre au demeurant que l'arrêt entrepris contient les faits nécessaires et est suffisamment motivé sur ce point. Sans quoi, la recourante n'aurait pas pu développer une telle argumentation.
3.4.2. Le chiffre d'affaires imputable à C.________ en 2004, ainsi que l'évolution des bénéfices et fonds propres de C.________, D.________ et E.________ depuis leur acquisition par la recourante figurent en détail en pages 9 (point 20 de la partie en fait) et 19 (consid. 4b) de l'arrêt attaqué. La Cour de justice a par ailleurs expliqué de manière circonstanciée quels éléments chiffrés elle considérait comme pertinents pour évaluer si les participations dans C.________ avaient perdu de la valeur. Dans ce contexte, elle a expressément soulevé et traité la question du chiffre d'affaires de C.________ en 2004 et de son évolution les années suivantes en lien avec le fait, souligné par la recourante, que les trois filiales de C.________ avaient été absorbées par voie de fusion en 2005.
3.4.3. Enfin, l'arrêt entrepris contient des considérations sur le contexte et les circonstances de l'acquisition des participations par la recourante (p. 5 point 14 de l'arrêt), ainsi que sur les déclarations de son CEO devant la Cour de justice et ce que celle-ci en a déduit (p. 16 s. consid. 3 en particulier de l'arrêt).
3.5. On ne voit donc aucune violation de l'art. 112 al. 1 let. b

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
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1 | Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
a | les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier; |
b | les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées; |
c | le dispositif; |
d | l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale. |
2 | Si le droit fédéral ou le droit cantonal le prévoit, l'autorité notifie généralement sa décision rapidement sans la motiver.105 Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée. |
3 | Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler. |
4 | Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
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1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |
4.
La recourante, qui invoque une violation de l'art. 29 al. 1

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
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1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
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1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
4.1. Aux termes de l'art. 29 al. 1

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
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1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
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1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |
4.2. En l'occurrence, il est vrai que le raisonnement de la Cour de justice n'est pas des plus clairs et qu'elle n'a pas expressément traité chacune des critiques de la recourante s'agissant des conditions de l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
Cela étant, la Cour de justice y a répondu implicitement. En effet, elle a retenu que les amortissements effectués par la recourante n'étaient pas justifiés par l'usage commercial. Elle a ensuite confirmé l'intégralité des reprises, ce qui revient nécessairement à écarter l'ensemble des arguments de la recourante, qui plaidait que l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
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1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
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1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |
III. Grief tiré d'un établissement des faits arbitraire
5.
La recourante se plaint d'un établissement arbitraire des faits.
5.1. Il n'y a arbitraire (art. 9

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi. |
5.2. Conformément à l'art. 106 al. 2

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
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1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi. |
5.3. La recourante dénonce, dans une rubrique intitulée "divers", plusieurs erreurs dans les faits qui relèvent de l'inadvertance manifeste et qui seront partant corrigées d'office par la Cour de céans (cf. art. 105 al. 2

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
|
1 | Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
2 | Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95. |
3 | Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.100 |
5.4. La recourante considère qu'à la lecture de l'arrêt entrepris, on ne parviendrait "pas à comprendre si les faits ont été expressément admis" s'agissant du chiffre d'affaires imputable à C.________ pour l'exercice 2004.
La Cour de justice a fait état de tous les éléments avancés par la recourante en lien avec le chiffre d'affaires de C.________ pour 2004 (cf. supra consid. 3.4.2). Elle a ensuite noté que ces chiffres n'étaient pas contestés par l'Administration cantonale. Puis, elle s'est prononcée sur l'argument juridique que la recourante entendait tirer de ces chiffres (p. 19 consid. 4b de l'arrêt attaqué) et elle l'a rejeté. Il est donc clair que la Cour de justice a admis ces faits: sans cela, elle n'aurait pas eu de raison de se prononcer à leur sujet. Qu'elle n'ait pas tiré la conclusion souhaitée par la recourante ne signifie aucunement une appréciation arbitraire de ces faits.
5.5. La recourante formule un grief d'arbitraire concernant l'évolution des bénéfices et fonds propres des trois sociétés depuis leur acquisition jusqu'aux périodes fiscales litigieuses.
5.5.1. Dans son arrêt, la Cour de justice a repris tel quel le tableau qui figurait dans le jugement du Tribunal administratif de première instance répertoriant le chiffre d'affaires, le bénéfice et les fonds propres annuels de chacune des sociétés depuis la date de leur acquisition jusqu'à 2012. S'agissant de C.________, elle a en outre corrigé le montant relatif au chiffre d'affaires 2004 pour tenir compte des chiffres d'affaires des trois filiales de l'entreprise, comme l'avait sollicité la recourante (montant de 8'551'427 fr. au lieu de 891'000 fr.).
5.5.2. Selon la recourante, certains des bénéfices et certains des montants relatifs aux fonds propres retenus seraient inexacts, car, pour les premiers, la Cour de justice n'aurait pas soustrait les impôts et, pour les seconds, elle aurait omis de déduire les dividendes déclarés sur les exercices considérés. La recourante présente ensuite ses propres chiffres.
5.5.3. D'après le recours et les autres écritures figurant au dossier (cf. art. 105 al. 2

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
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1 | Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
2 | Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95. |
3 | Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.100 |
Dans ces conditions, on ne voit pas qu'on puisse reprocher à la Cour de justice d'être tombée dans l'arbitraire, puisqu'elle s'est fondée sur les montants qui figuraient dans le jugement du Tribunal administratif de première instance et qui n'étaient pas contestés devant elle. Par ailleurs, la recourante ne démontre pas que la Cour de justice aurait établi les faits en violation du droit en prenant en compte ces montants. Le grief de la recourante est partant rejeté. Dans ce qui suit, le Tribunal fédéral se fondera uniquement sur les montants figurant dans l'arrêt querellé en lien avec les bénéfices et fonds propres des trois sociétés.
5.6. La recourante allègue avoir payé un prix surfait pour l'acquisition des participations, ce que la Cour de justice aurait arbitrairement nié.
5.6.1. Dans son arrêt, la Cour de justice a retenu que la recourante avait acquis au prix du marché les participations et que ce prix n'était pas surfait.
5.6.2. Selon la recourante, la Cour de justice aurait omis de prendre en considération les circonstances l'ayant conduite à acquérir les participations.
Contrairement à ce que la recourante prétend, les circonstances qu'elle invoque sont toutes mentionnées dans l'arrêt entrepris. Il ressort en effet de celui-ci que la recourante a fait valoir déjà devant le Tribunal administratif de première instance qu'elle avait acquis auprès de tiers l'intégralité du capital-actions de sociétés concurrentes actives en Suisse, afin d'accroître ses parts de marché sur le territoire et assurer sa visibilité à long terme et qu'elle avait prétendu que la poursuite de ces objectifs l'avait amenée à payer des montants particulièrement élevés (p. 5 point 14 de l'arrêt attaqué).
Ces circonstances ne démontrent toutefois pas en quoi la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en retenant que le prix payé pour les participations n'était pas surfait. En effet, les facteurs cités par la recourante expliquent qu'elle ait été prête à payer les prix convenus pour les participations, mais ne prouvent pas encore que ces prix auraient été surévalués.
5.6.3. D'après la recourante, les précédents juges n'auraient pas correctement retranscrit et apprécié les déclarations de son CEO faites lors de l'audience, alors que celles-ci établiraient le caractère surfait du prix payé.
Les déclarations du CEO de la recourante n'apparaissent pas propres à démontrer que la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en retenant que la recourante n'avait pas acquis à un prix surfait les participations. En effet, il ne s'agit que des déclarations d'une personne intéressée au constat d'un prix surfait, puisque les amortissements litigieux seraient, selon la recourante, justifiés par la survaleur payée au moment de l'achat (cf. infra consid. 8.4). Au demeurant, pour l'acquisition de E.________, selon l'arrêt entrepris, qui n'est pas contesté sur ce point, le CEO de la recourante a expressément déclaré lors de son audition que le vendeur lui avait indiqué qu'il hésitait entre la proposition d'une société italienne et la sienne. Ces propos ne vont pas dans le sens du paiement d'un prix surévalué pour emporter le marché.
5.6.4. La recourante fait valoir que la concurrence intensive dans le secteur du nettoyage aurait entraîné une hausse du prix de vente; le fait qu'elle ait emporté la vente démontrerait qu'elle a payé trop et qu'en cas de revente, elle aurait obtenu un prix inférieur.
Le fait d'emporter un marché ne signifie pas encore que le prix payé est surfait, ni que l'acheteur n'obtiendrait pas un prix semblable, voire supérieur en cas de revente. L'argumentation de la recourante est en outre contradictoire: si la concurrence est aussi intensive dans le secteur du nettoyage qu'elle le prétend, on ne voit pas pourquoi ce facteur influencerait le prix d'achat, mais pas le prix de vente en cas de revente. Partant, l'allégation de la recourante ne démontre pas que la Cour de justice est tombée dans l'arbitraire en niant le caractère surfait du prix payé.
5.6.5. La recourante expose avoir payé pour C.________ et D.________ neuf fois et pour E.________ quatorze fois le bénéfice annuel attendu, alors que, selon ses propres calculs, la valeur des sociétés correspondait à un multiple de cinq à six fois le bénéfice annuel attendu. Elle souligne que le prix d'achat des participations excédait largement la valorisation des sociétés selon la méthode dite des praticiens, ce qui démontrerait son caractère surfait. L'évaluation de la valeur des sociétés selon la méthode "Discounted Cash Flow" ("DCF") et celle des multiples le confirmerait.
Une évaluation des participations selon la méthode des praticiens n'a pas lieu d'être lorsqu'une transaction survient entre tiers indépendants et que le prix du marché est considéré comme représentatif de la valeur vénale (cf. infra consid. 8.1.3). Partant, l'évaluation des participations selon la méthode des praticiens ne démontre pas en soi que la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en considérant que la recourante, en ayant acquis les participations au prix du marché, n'avait pas payé un prix surfait.
Quant à la méthode "DCF", il s'agit certes d'une méthode reconnue d'évaluation des titres (cf. arrêt 2C 309/2013 du 13 septembre 2013 consid. 3.6, in RDAF 2014 II 346). En l'occurrence, la recourante ne démontre toutefois pas que la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en ne retenant pas l'évaluation des participations résultant de cette méthode. La recourante elle-même ne se fonde au reste pas directement sur cette méthode. Elle ne s'y réfère en effet que pour appuyer son allégation selon laquelle la valeur des participations à retenir en l'espèce est celle découlant de la méthode des praticiens.
5.7. En définitive, la recourante n'est pas parvenue à démontrer que la constatation de la Cour de justice selon laquelle le prix d'acquisition des participations n'était pas surfait serait manifestement inexacte ou arbitraire. Le constat de la Cour de justice n'apparaît en outre pas insoutenable dans son résultat, de sorte qu'il lie le Tribunal fédéral.
5.8. La recourante reproche encore à la Cour de justice, sous l'angle de l'arbitraire, de ne pas avoir tenu compte du traitement par l'Administration cantonale des déductions annoncées dans les déclarations fiscales 2005 à 2010. Cette critique a déjà été examinée, et rejetée, sous l'angle de la violation alléguée de l'art. 112

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
|
1 | Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir: |
a | les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier; |
b | les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées; |
c | le dispositif; |
d | l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale. |
2 | Si le droit fédéral ou le droit cantonal le prévoit, l'autorité notifie généralement sa décision rapidement sans la motiver.105 Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée. |
3 | Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler. |
4 | Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. |
Le seul point en lien avec les taxations 2005-2010 qui ne figure effectivement pas dans l'arrêt de la Cour de justice est le fait que l'Administration cantonale avait sollicité, dans une demande de renseignements du 21 octobre 2010 relative à la période fiscale 2007, des explications au sujet des participations de la recourante dans les trois sociétés et des amortissements y relatifs déclarés. Ce fait, que la recourante invoque à l'appui de la protection de la bonne foi, n'a toutefois pas d'incidence sur l'issue du litige (cf. infra consid. 10.5.2), de sorte que la critique de la recourante doit être rejetée (cf. art. 97 al. 1

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. |
|
1 | Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. |
2 | Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.90 |
5.9. En définitive, la recourante n'a pas démontré que la Cour de justice aurait établi les faits de façon manifestement inexacte ou en violation du droit et on ne voit pas que tel serait le cas. Ses griefs sont donc rejetés. Dans ce qui suit, la Cour de céans se fondera uniquement sur les faits établis dans l'arrêt entrepris.
IV. Objet du litige
6.
Le litige porte sur la reprise, au niveau de l'impôt sur le bénéfice pour l'IFD et de l'impôt sur le bénéfice et le capital pour les ICC, des amortissements annuels que la recourante a annoncés dans les déclarations fiscales 2011 et 2012 sur les participations qu'elle détient dans les sociétés C.________, D.________ et E.________, ainsi que sur la reprise découlant de la dissolution du fonds d'amortissement constitué par les amortissements 2005 à 2010 effectués sur ces participations.
6.1. Dans son arrêt, la Cour de justice a en substance retenu que les déductions annoncées par la recourante n'étaient pas justifiées par l'usage commercial. Elle a partant confirmé la reprise dans le bénéfice 2011 d'un montant de 6'080'457 fr. (amortissement annuel de 1'185'447 fr. et cumul des montants 2005 à 2010 [4'895'010 fr.]), et dans le bénéfice 2012 d'un montant de 1'185'447 fr. (amortissement annuel), ainsi que l'imposition, en 2011 et 2012, des réserves latentes correspondantes au titre de capital propre imposable.
6.2. La recourante fait valoir que les amortissements sur les participations dans les trois sociétés étaient justifiés par l'usage commercial. En tout état, elle considère à titre subsidiaire qu'une reprise ne pourrait être effectuée que sur le montant annuel d'amortissement (1'185'447 fr.), car la dissolution des réserves constituées par les amortissements opérés entre 2005 et 2010 ne reposerait sur aucune base légale. La recourante invoque la violation des art. 57

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
|
1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris: |
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1 | L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris: |
a | les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats; |
b | les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte; |
c | les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a). |
2 | Ne constituent pas un bénéfice imposable: |
a | les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu; |
b | le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable; |
c | les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation. |
3 | Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice: |
a | en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale; |
b | en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation; |
c | en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion; |
d | en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.114 |
3bis | Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.115 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.116 |
3ter | En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.117 |
3quater | Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.118 119 |
3quinquies | Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.120 |
4 | Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie. |
4bis | En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.121 |
5 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.147 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.148 |
|
1 | Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.147 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.148 |
1ter | Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.150 |
1quater | En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)151, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.152 |
2 | à 5 ...153 |
6 | Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27. |
6.3. Eu égard aux arguments de la recourante, il convient d'examiner, d'abord pour l'IFD, dans un premier temps le principe de la reprise des amortissements déclarés, puis, dans un second temps, la question de l'étendue de cette reprise.
V. Impôt fédéral direct
7.
7.1. Aux termes de l'art. 57

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
|
1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |
7.2. Les comptes, et notamment le compte de résultats, établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières (principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance; cf. notamment ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.; 136 II 88 consid. 3.1 p. 92). L'autorité du bilan commercial tombe lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.). L'art. 58 al. 1 let. b

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
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1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |
7.3. En l'occurrence, il n'a pas été allégué par l'autorité fiscale que la recourante aurait violé des normes impératives du droit commercial. En revanche, l'autorité fiscale a estimé qu'il convenait de s'écarter du bilan commercial, car les amortissements annoncés n'étaient pas justifiés par l'usage commercial.
8.
Pour déterminer si c'est à juste titre que la Cour de justice a estimé que les déductions opérées par la recourante en 2011 et 2012 à titre d'amortissements sur les participations qu'elle détient dans E.________, C.________ et D.________ n'étaient pas justifiées par l'usage commercial (consid. 8.3), il convient au préalable d'exposer les principes applicables à l'estimation fiscale de participations dans des sociétés non cotées (consid. 8.1) et ceux relatifs à la justification commerciale d'amortissements (consid. 8.2).
8.1.
8.1.1. Alors que le droit commercial impose pour l'évaluation des actifs des valeurs maximales et que la gestion d'entreprise cherche les "véritables" valeurs, le droit fiscal vise les bénéfices réels de la période; à cette fin, il impose des limites à l'évaluation des actifs ( Bewertungsuntergrenzen; cf. arrêts 2C 1168/2013 du 30 juin 2014 consid. 3.1, in RDAF 2015 II 34 [rés.]; 2C 309/2013 du 18 septembre 2013 consid. 2.4.2, in RDAF 2014 II 346 [tous deux avec un exposé des règles de l'ancien droit comptable, applicables aux périodes 2011 et 2012] et les arrêts cités). En matière d'impôt sur la fortune des personnes physiques, la valeur vénale est en principe déterminante pour l'estimation (art. 14 al. 1

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 14 Règles d'évaluation - 1 La fortune est estimée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en considération de façon appropriée. |
|
1 | La fortune est estimée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en considération de façon appropriée. |
2 | Les immeubles affectés à l'agriculture ou à la sylviculture sont estimés à leur valeur de rendement. Le droit cantonal peut prévoir que la valeur vénale doit être prise en compte lors de l'estimation ou que la différence entre la valeur vénale et la valeur de rendement fait l'objet d'une imposition complémentaire si l'immeuble est aliéné ou n'est plus affecté à l'agriculture ou à la sylviculture. L'imposition complémentaire ne peut excéder une durée de 20 ans. |
3 | Les biens immatériels et la fortune mobilière qui font partie de la fortune commerciale du contribuable sont estimés à la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu. Les cantons peuvent prévoir une réduction d'impôt pour le patrimoine afférent aux droits visés à l'art. 8a.93 94 |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi. |
|
1 | Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi. |
2 | Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés. |
3 | La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires. |
8.1.2. S'agissant de l'évaluation de participations dans des sociétés non cotées, le Tribunal fédéral se réfère et applique la circulaire no 28 de la Conférence suisse des impôts contenant des instructions concernant l'estimation des titres non cotés en vue de l'impôt sur la fortune (disponible sur: https://www.steuerkonferenz.ch; éditée pour la dernière fois le 28 août 2008, ci-après: la circulaire no 28), non seulement pour l'impôt sur la fortune, mais également lorsqu'il s'agit de procéder à l'estimation de la valeur vénale de titres non cotés dans le contexte de l'impôt sur le bénéfice et de l'impôt sur le revenu (cf. arrêt 2C 1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.3.1, in RF 70 2015 432 et les nombreux arrêts cités).
En tant que directive, ladite circulaire ne constitue certes pas du droit fédéral ou intercantonal, ne crée aucun droit ni aucune obligation et ne lie donc pas le juge (cf. arrêts 2C 321/2019 du 1er octobre 2019 consid. 2.3; 2C 1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.3.1, in RF 70 2015 432; 2C 1168/2013 du 30 juin 2014 consid. 3.6, in RDAF 2015 II 34 [rés.]; 2C 504/2009 du 15 avril 2010 consid. 3.3). La circulaire no 28 est toutefois reconnue, de jurisprudence constante, comme présentant une méthode adéquate et fiable pour l'estimation de la valeur vénale des titres non cotés, même s'il n'est pas exclu que d'autres méthodes d'évaluation reconnues puissent, isolément, s'avérer appropriées (arrêts 2C 953/2019 du 14 avril 2020 consid. 4.2; 2C 1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.3.1, in RF 70 2015 432; 2C 309/2013 du 13 septembre 2013 consid. 3.6, in RDAF 2014 II 346).
8.1.3. La circulaire n o 28 prévoit que la méthode d'estimation générale des titres non cotés des sociétés commerciales, industrielles et de services, dans la mesure où ils n'ont jamais été transférés, s'effectue par la moyenne pondérée entre la valeur de rendement doublée et la valeur intrinsèque déterminée selon le principe de la continuation (circulaire n o 28, chap. A/2, ch. 2 et chap. B/3.2, ch. 34 de l'édition du 28 août 2008). Cette méthode est généralement appelée "méthode des praticiens" (cf. arrêts 2C 1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.3.1, in RF 70 2015 432; 2C 309/2013 du 13 septembre 2013 consid. 3.6, in RDAF 2014 II 346).
En revanche, pour les titres qui ont fait l'objet d'un transfert substantiel entre tiers indépendants, la valeur vénale correspond généralement au prix d'acquisition (circulaire n° 28 chap. A/2, ch. 5). Le prix obtenu lors d'un tel transfert n'est toutefois à prendre en considération que s'il permet de déterminer une valeur vénale représentative et plausible de la société, situation qui doit être examinée selon l'ensemble des circonstances (circulaire n o 28 chap. A/2, ch. 5 et commentaire de la circulaire, p. 4, version 2019 également disponible sur le site de la Conférence). Si tel est le cas, la jurisprudence a précisé que la détermination par le biais de la méthode dite "des praticiens" n'a pas lieu d'être (arrêt 2C 953/2019 du 14 avril 2020 consid. 4.3).
8.1.4. La valeur vénale déterminée conformément à ce qui précède est conservée aussi longtemps que la situation économique de la société n'aura pas considérablement changé (circulaire n o 28 chap. A/2, ch. 5). Selon le commentaire accompagnant la circulaire n o 28, les critères déterminants permettant de juger d'un changement de la situation économique d'une entreprise sont le bénéfice, le chiffre d'affaires, les fonds propres et les rapports de participation. En règle générale, doivent être qualifiés de considérable une variation du chiffre d'affaires de 20 %, une variation du capital de 10 % qui ne résulterait pas du bénéfice ordinaire ou un changement dans les rapports de participations à hauteur de 10 %. Si l'une de ces conditions est remplie, l'estimation doit être revue (p. 4).
8.2.
8.2.1. Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition que ceux-ci soient comptabilisés ou, à défaut d'une comptabilité tenue selon l'usage commercial, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements (art. 62 al. 1

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
8.2.2. Un amortissement sur une participation suppose ordinairement une baisse de valeur de la société (ROBERT DANON, in Noël/Aubry Girardin [éd.]., Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, no 44 ad art. 57

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
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1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |
8.2.3. En ce qui concerne le fardeau de la preuve, conformément au principe général exprimé à l'art. 8

SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907 CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. |
S'agissant des personnes morales, le bénéfice imposable est celui qui ressort du compte de résultats, si les comptes ont été établis conformément aux règles du droit commercial, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières (cf. supra consid. 7.2; principe d'autorité du bilan commercial; cf. art. 58

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
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1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 124 Déclaration d'impôt - 1 L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.227 |
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1 | L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.227 |
2 | Le contribuable doit remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète; il doit la signer personnellement et la remettre à l'autorité fiscale compétente avec les annexes prescrites, dans le délai qui lui est imparti.228 |
3 | Le contribuable qui omet de déposer la déclaration d'impôt ou qui dépose une déclaration incomplète est invité à remédier à l'omission dans un délai raisonnable.229 |
4 | Le contribuable qui dépasse le délai imparti pour remettre sa déclaration ou la retourner lorsqu'elle lui a été renvoyée pour qu'il la complète est excusé s'il établit que, par suite de service militaire, de service civil, d'absence du pays, de maladie ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de remplir cette obligation en temps utile et qu'il s'en est acquitté dans les 30 jours après la fin de l'empêchement.230 |
8.3. En l'espèce, il n'est pas contesté que la recourante a acquis la totalité des participations des trois sociétés auprès de tiers indépendants. Dans un tel cas, le prix d'acquisition représente en principe la valeur vénale. Un amortissement n'est envisageable qu'en cas de perte de valeur des participations ou, selon la doctrine, d'achat à un prix surfait.
8.4. La recourante fait valoir qu'elle aurait payé un surcoût pour acquérir les participations, ce qui justifierait les amortissements annoncés, conformément à ce que préconise la doctrine, mais aussi à ce que retiendrait l' "International Accounting Standards Board" dans sa pratique (cf. " Basis for conclusions on IFRS 3 business combinations"), relative aux normes " International Financial Reporting Standards/IFRS " (anciennement: " International Accounting Standards/ IAS ", ci-après: normes IFRS).
La Cour de justice a constaté, de manière non arbitraire, que la recourante n'avait pas acquis les participations dans les trois sociétés à un prix surfait (cf. supra consid. 5.7). L'argumentation de la recourante tombe partant d'emblée à faux et la référence aux normes IFRS ne lui est d'aucun secours.
Au surplus, on relèvera que la recourante n'a pas établi le montant du surcoût dont elle se prévaut, alors que la charge de la preuve lui incombait, s'agissant de justifier une déduction, propre à diminuer sa charge fiscale (cf. supra consid. 8.2.3). En effet, elle a seulement allégué que la survaleur à amortir en l'espèce correspondait à la différence entre le prix d'acquisition (5'284'200 fr. pour C.________, 4'281'376 fr. pour D.________ et 5'762'000 fr. pour E.________) et la valeur des sociétés déterminée selon la méthode des praticiens (1'542'000 fr. pour C.________, 2'540'000 fr. pour D.________ et 1'126'718 fr. pour E.________), ce qui aboutit à une survaleur de 3'742'200 fr. pour C.________, 1'741'376 fr. pour D.________ et 4'635'282 fr. pour E.________ (total de 10'118'858 fr.). Or, on ne saurait suivre la recourante s'agissant de cette évaluation de la survaleur puisque, comme indiqué, la méthode des praticiens suppose qu'il n'y ait pas eu de transactions entre tiers permettant d'établir un prix reflétant une valeur représentative et plausible. Le montant de la survaleur auquel aboutit la recourante, de 10'118'858 fr., est au reste insolite tant il est disproportionné.
8.5. La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir considéré que le prix du marché reflétait la valeur vénale des participations.
Il est exact que le prix de vente convenu entre tiers, soit le prix du marché, n'est pas de manière systématique représentatif de la valeur vénale (cf. supra consid. 8.1.3). A l'appui de son argument, la recourante cite toutefois à mauvais escient l'arrêt 2A.213/1994 du 8 octobre 1996 (in RDAF 1998 II 351). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral devait en effet se prononcer sur les principes applicables pour déterminer la valeur de titres non cotés en bourse pour lesquels il n'était pas possible d'établir un prix du marché représentatif de la valeur vénale, car des circonstances spéciales avaient influencé le prix de vente lors des transactions successives qui avaient eu lieu sur ces titres. De telles circonstances spéciales n'ont pas été alléguées en l'occurrence s'agissant de précédentes ventes sur les participations dans les trois sociétés. Concernant le prix payé par la recourante, la Cour de justice a en outre considéré qu'il avait été dicté par le marché et n'a pas retenu qu'il avait été influencé par des circonstances particulières. Savoir si un élément est ou non établi est une question de fait. Le Tribunal fédéral est donc lié par les constatations de la Cour de justice sur ce point (cf. art. 105 al. 1

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
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1 | Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. |
2 | Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95. |
3 | Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.100 |
2.2), étant relevé que la recourante n'a pas démontré l'arbitraire des constats des précédents juges.
En l'absence de circonstances spéciales, on ne peut reprocher à la Cour de justice de s'en être tenue au principe selon lequel un prix d'acquisition correspondant au prix du marché reflète la valeur vénale.
8.6. Dans l'hypothèse où il serait retenu que le prix d'acquisition reflétait la valeur vénale des participations, la recourante fait valoir, à titre subsidiaire, qu'il faut admettre que les participations dans les trois sociétés ont perdu de la valeur, ce qui permettrait de justifier les amortissements effectués.
En l'occurrence, sur la base des chiffres retenus de manière non arbitraire par la Cour de justice (cf. supra consid. 5.5.3), on ne constate pas, en tenant compte du chiffre d'affaires, des bénéfices et des fonds propres des trois sociétés, de perte de valeur significative des participations depuis leur acquisition. La recourante l'admet du reste s'agissant de E.________, puisqu'elle relève elle-même que la valeur de la société est restée stable depuis son acquisition. Pour les deux autres sociétés, la recourante adopte une argumentation appellatoire, perdant de vue que le Tribunal fédéral n'est pas une instance d'appel. Ainsi, elle se fonde, pour démontrer les pertes de valeur alléguées, sur d'autres chiffres que ceux retenus dans l'arrêt attaqué, ce qui n'est pas admissible.
Dès lors que la recourante n'a pas établi une perte de valeur des participations, les amortissements annoncés ne sont pas non plus justifiés de ce point de vue.
8.7. Sur le vu de ce qui précède, c'est à bon droit que la Cour de justice a confirmé que les amortissements déclarés par la recourante n'étaient pas justifiés par l'usage commercial.
8.8. Il convient d'examiner les deux types de reprises effectuées par l'autorité fiscale et confirmées en dernier lieu par la Cour de justice à l'aune de cette conclusion.
9.
L'autorité fiscale a tout d'abord repris les amortissements annuels annoncés par la recourante en 2011 et 2012 dans le bénéfice annuel correspondant.
9.1. En vertu de l'art. 58 al. 1 let. b

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
|
1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |
9.2. En l'espèce, dès lors que la recourante n'a pas démontré la justification commerciale des amortissements annuels annoncés en 2011 et 2012 (cf. supra consid. 8) et conformément à l'art. 58 al. 1 let. b

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
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1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |
10.
L'autorité fiscale a par ailleurs procédé à une reprise dans le bénéfice 2011 de la recourante correspondant à la dissolution des amortissements 2005 à 2010 (montant de 4'895'010 fr.). C'est essentiellement à cette reprise que la recourante s'oppose.
10.1. Selon l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 70 Rendement net des participations - 1 Le rendement net des participations au sens de l'art. 69 correspond au revenu de ces participations, diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de cinq pour cent destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que les autres frais qui sont économiquement assimilables à des intérêts passifs. Font également partie du revenu des participations les bénéfices en capital provenant de participations ainsi que le produit de la vente de droits de souscription y relatifs. L'art. 207a est réservé.161 |
|
1 | Le rendement net des participations au sens de l'art. 69 correspond au revenu de ces participations, diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de cinq pour cent destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que les autres frais qui sont économiquement assimilables à des intérêts passifs. Font également partie du revenu des participations les bénéfices en capital provenant de participations ainsi que le produit de la vente de droits de souscription y relatifs. L'art. 207a est réservé.161 |
2 | Ne font pas partie du rendement des participations: |
a | ... |
b | les recettes qui représentent des charges justifiées par l'usage commercial pour la société de capitaux ou la société coopérative qui les verse; |
c | les bénéfices de réévaluation provenant de participations. |
3 | Le rendement d'une participation n'entre dans le calcul de la réduction que dans la mesure où cette participation ne fait pas l'objet d'un amortissement qui est lié à ce rendement et porté en diminution du bénéfice net imposable (art. 58 ss).164 |
4 | Les bénéfices en capital n'entrent dans le calcul de la réduction que: |
a | dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur au coût d'investissement; |
b | si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une autre société et que la société de capitaux ou la société coopérative l'a détenue pendant un an au moins; si la participation tombe au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice d'aliénation ultérieur que si la valeur vénale des droits de participation à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation s'élevait à un million de francs au moins.166 |
5 | Les transactions qui se traduisent au sein du groupe par une économie d'impôt injustifiée entraînent une rectification du bénéfice imposable ou une diminution de la réduction. L'économie d'impôt est injustifiée lorsque les bénéfices en capital et les pertes en capital ou les amortissements relatifs à des participations au sens des art. 62, 69 et 70 sont en relation de cause à effet.167 |
L'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 69 Réduction - Dans les cas suivants, l'impôt sur le bénéfice d'une société de capitaux ou d'une société coopérative est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des droits de participation et le bénéfice net total: |
|
a | la société possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société; |
b | elle participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société; |
c | elle détient des droits de participation d'une valeur vénale de un million de francs au moins. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 70 Rendement net des participations - 1 Le rendement net des participations au sens de l'art. 69 correspond au revenu de ces participations, diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de cinq pour cent destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que les autres frais qui sont économiquement assimilables à des intérêts passifs. Font également partie du revenu des participations les bénéfices en capital provenant de participations ainsi que le produit de la vente de droits de souscription y relatifs. L'art. 207a est réservé.161 |
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1 | Le rendement net des participations au sens de l'art. 69 correspond au revenu de ces participations, diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de cinq pour cent destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que les autres frais qui sont économiquement assimilables à des intérêts passifs. Font également partie du revenu des participations les bénéfices en capital provenant de participations ainsi que le produit de la vente de droits de souscription y relatifs. L'art. 207a est réservé.161 |
2 | Ne font pas partie du rendement des participations: |
a | ... |
b | les recettes qui représentent des charges justifiées par l'usage commercial pour la société de capitaux ou la société coopérative qui les verse; |
c | les bénéfices de réévaluation provenant de participations. |
3 | Le rendement d'une participation n'entre dans le calcul de la réduction que dans la mesure où cette participation ne fait pas l'objet d'un amortissement qui est lié à ce rendement et porté en diminution du bénéfice net imposable (art. 58 ss).164 |
4 | Les bénéfices en capital n'entrent dans le calcul de la réduction que: |
a | dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur au coût d'investissement; |
b | si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une autre société et que la société de capitaux ou la société coopérative l'a détenue pendant un an au moins; si la participation tombe au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice d'aliénation ultérieur que si la valeur vénale des droits de participation à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation s'élevait à un million de francs au moins.166 |
5 | Les transactions qui se traduisent au sein du groupe par une économie d'impôt injustifiée entraînent une rectification du bénéfice imposable ou une diminution de la réduction. L'économie d'impôt est injustifiée lorsque les bénéfices en capital et les pertes en capital ou les amortissements relatifs à des participations au sens des art. 62, 69 et 70 sont en relation de cause à effet.167 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
Pour les corrections de valeur, qui sont équivalentes sur le plan fiscal à des provisions (cf. arrêt 2C 1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 4.1.1, in Archives 85 p. 379), le principe énoncé à l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 63 Provisions - 1 Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
|
1 | Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
a | les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé; |
b | les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs; |
c | les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice; |
d | les futurs mandats de recherche et de développement confiés à des tiers, jusqu'à 10 % au plus du bénéfice imposable, mais au total jusqu'à 1 million de francs au maximum. |
2 | Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 63 Provisions - 1 Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
|
1 | Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
a | les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé; |
b | les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs; |
c | les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice; |
d | les futurs mandats de recherche et de développement confiés à des tiers, jusqu'à 10 % au plus du bénéfice imposable, mais au total jusqu'à 1 million de francs au maximum. |
2 | Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
équivalence, la distinction entre amortissement et provision (correction de valeur) n'a pas d'incidence sous l'angle de l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.2. L'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.3. En l'espèce, la recourante n'a pas acquis à un prix surfait les participations qu'elle détient dans les trois sociétés et ces participations n'ont pas perdu de valeur, de sorte que les amortissements annoncés depuis l'acquisition n'ont jamais été justifiés par l'usage commercial. Dès lors que ces "amortissements" n'ont jamais été justifiés et compte tenu de la règle fiscale correctrice de l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.4. Les objections de la recourante relatives à l'interprétation de l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.4.1. Se fondant notamment sur l'adverbe "plus" qui est employé dans le texte de la disposition ("dans la mesure où ils ne sont plus justifiés"; en allemand: " soweit sie nicht mehr begründet sind "; en italien: " per quanto non siano più giustificati "), la recourante considère que l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907 CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.4.2. Pour ce qui a trait à la première remarque de la recourante, on relèvera que le Tribunal fédéral a déjà exposé qu'un contribuable ne pouvait pas se soustraire au redressement prévu à l'art. 63 al. 2

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 63 Provisions - 1 Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
|
1 | Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
a | les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé; |
b | les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs; |
c | les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice; |
d | les futurs mandats de recherche et de développement confiés à des tiers, jusqu'à 10 % au plus du bénéfice imposable, mais au total jusqu'à 1 million de francs au maximum. |
2 | Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable. |
Cette jurisprudence, qui est claire contrairement à ce que prétend la recourante, est transposable en l'espèce. On ne voit en effet aucune raison d'interpréter différemment l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 63 Provisions - 1 Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
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1 | Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
a | les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé; |
b | les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs; |
c | les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice; |
d | les futurs mandats de recherche et de développement confiés à des tiers, jusqu'à 10 % au plus du bénéfice imposable, mais au total jusqu'à 1 million de francs au maximum. |
2 | Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
L'arrêt 2C 309/2013 du 18 septembre 2013 auquel se réfère la recourante n'est en outre pas déterminant. Cet arrêt portait en effet sur un amortissement comptabilisé pour la première fois durant la période fiscale sous revue et non sur la réévaluation d'amortissements antérieurs. Le Tribunal fédéral a relevé que, dans un tel cas, la reprise devait être effectuée sur la base de l'art. 58 al. 1 let. b

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
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1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 63 Provisions - 1 Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
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1 | Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
a | les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé; |
b | les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs; |
c | les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice; |
d | les futurs mandats de recherche et de développement confiés à des tiers, jusqu'à 10 % au plus du bénéfice imposable, mais au total jusqu'à 1 million de francs au maximum. |
2 | Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.4.3. Retenir que l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.4.4. Enfin, s'il a été effectivement relevé lors des travaux préparatoires que l'ajout de l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.5. La recourante tente par ailleurs de s'opposer à la dissolution du fonds d'amortissement en se prévalant du principe de la bonne foi et du principe de périodicité. Elle souligne que l'autorité fiscale a admis les amortissements litigieux durant les périodes fiscales 2005 à 2010, qu'elle lui a demandé des renseignements en 2010 concernant la période fiscale 2007 à ce sujet et a accepté, à la suite des informations fournies, les déductions en toute connaissance de cause. Selon la recourante, une reprise ne saurait en outre être admise, car l'absence de justification commerciale était aisément reconnaissable par l'autorité fiscale.
10.5.1. En matière fiscale, en application du principe de l'étanchéité (ou de l'indépendance) des exercices comptables et des périodes fiscales, l'autorité n'est pas liée pour l'avenir par une taxation notifiée pour une période fiscale déterminée; à ce défaut, elle risquerait de se trouver indéfiniment liée par une erreur ou une omission qu'elle aurait pu commettre initialement (cf. arrêts 2C 888/2014 du 7 juin 2015 consid. 7.2; 2C 383/2011 du 31 octobre 2011 consid. 3.3).
Selon la jurisprudence rendue à propos de l'art. 63 al. 2

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 63 Provisions - 1 Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
|
1 | Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
a | les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé; |
b | les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs; |
c | les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice; |
d | les futurs mandats de recherche et de développement confiés à des tiers, jusqu'à 10 % au plus du bénéfice imposable, mais au total jusqu'à 1 million de francs au maximum. |
2 | Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 5 Principes de l'activité de l'État régi par le droit - 1 Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État. |
|
1 | Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État. |
2 | L'activité de l'État doit répondre à un intérêt public et être proportionnée au but visé. |
3 | Les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi. |
4 | La Confédération et les cantons respectent le droit international. |

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi. |
10.5.2. Il découle de ce qui précède que la recourante ne peut pas s'opposer aux reprises litigieuses en faisant valoir que l'autorité fiscale n'avait pas remis en cause les amortissements/provisions déclarés sur les participations les années fiscales précédentes. Contrairement à ce qu'elle prétend, cela ne revient pas à admettre que l'autorité puisse choisir le moment de l'imposition d'amortissements ou corrections de valeur sur des participations qualifiées, mais seulement à reconnaître que l'autorité peut réexaminer la situation à chaque période fiscale.
Par ailleurs, la recourante n'a pas prétendu, ni démontré que l'autorité fiscale lui aurait donné l'assurance que les amortissements déclarés seraient admis les années suivantes à la suite de la demande de renseignements relative à la période fiscale 2007. Enfin, l'affirmation que l'absence de justification commerciale était aisément reconnaissable n'engage que la recourante.
10.6. La recourante prétend que la reprise correspondant à la dissolution des amortissements 2005 à 2010 permet à l'autorité de contourner les règles sur le rappel d'impôt. A tort. En effet, l'autorité fiscale n'est en l'espèce nullement revenue sur les taxations des périodes fiscales antérieures et n'a fait qu'appliquer l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
10.7. En définitive, l'autorité fiscale était fondée à reprendre dans le bénéfice 2011 de la recourante un montant correspondant à la dissolution des amortissements 2005 à 2010 en vertu de l'art. 62 al. 4

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
|
1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
11.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
VI. Impôts cantonal et communal
12.
Selon l'art. 24 al. 1 let. a

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris: |
|
1 | L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris: |
a | les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats; |
b | les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte; |
c | les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a). |
2 | Ne constituent pas un bénéfice imposable: |
a | les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu; |
b | le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable; |
c | les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation. |
3 | Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice: |
a | en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale; |
b | en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation; |
c | en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion; |
d | en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.114 |
3bis | Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.115 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.116 |
3ter | En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.117 |
3quater | Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.118 119 |
3quinquies | Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.120 |
4 | Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie. |
4bis | En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.121 |
5 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.147 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.148 |
|
1 | Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.147 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.148 |
1ter | Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.150 |
1quater | En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)151, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.152 |
2 | à 5 ...153 |
6 | Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27. |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.147 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.148 |
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1 | Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.147 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.148 |
1ter | Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.150 |
1quater | En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)151, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.152 |
2 | à 5 ...153 |
6 | Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27. |
L'imposition des personnes morales est régie dans le canton de Genève par la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15). Diverses modifications de cette loi ont été adoptées le 29 janvier 2016 et sont entrées en vigueur au 30 mars 2016. A défaut de dispositions expresses contraires, le droit applicable à la taxation est toutefois celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (arrêt 2C 660/2014 du 6 juillet 2015 consid. 5). Il n'est pas fait état de telles dispositions, de sorte que l'ancien droit est applicable. L'art. 12

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 12 Succession fiscale - 1 Les héritiers d'un contribuable défunt lui succèdent dans ses droits et ses obligations. Ils répondent solidairement des impôts dus par le défunt jusqu'à concurrence de leur part héréditaire, y compris les avancements d'hoirie. |
|
1 | Les héritiers d'un contribuable défunt lui succèdent dans ses droits et ses obligations. Ils répondent solidairement des impôts dus par le défunt jusqu'à concurrence de leur part héréditaire, y compris les avancements d'hoirie. |
2 | Le conjoint survivant est responsable jusqu'à concurrence de sa part héréditaire et, s'il reçoit, du fait de son régime matrimonial, une part du bénéfice ou de la communauté supérieure à sa part légale selon le droit suisse, jusqu'à concurrence de ce montant supplémentaire. |
3 | Le partenaire enregistré survivant est responsable jusqu'à concurrence de sa part héréditaire et du montant qu'il reçoit en vertu d'une convention sur les biens au sens de l'art. 25, al. 1, de la loi du 18 juin 2004 sur le partenariat15.16 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
|
1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris: |
|
1 | L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris: |
a | les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats; |
b | les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte; |
c | les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a). |
2 | Ne constituent pas un bénéfice imposable: |
a | les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu; |
b | le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable; |
c | les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation. |
3 | Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice: |
a | en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale; |
b | en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation; |
c | en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion; |
d | en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.114 |
3bis | Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.115 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.116 |
3ter | En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.117 |
3quater | Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.118 119 |
3quinquies | Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.120 |
4 | Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie. |
4bis | En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.121 |
5 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 21 - 1 Est imposable le rendement de la fortune immobilière, en particulier: |
|
1 | Est imposable le rendement de la fortune immobilière, en particulier: |
a | tous les revenus provenant de la location, de l'affermage, de l'usufruit ou d'autres droits de jouissance; |
b | la valeur locative des immeubles ou de parties d'immeubles dont le contribuable se réserve l'usage en raison de son droit de propriété ou d'un droit de jouissance obtenu à titre gratuit; |
c | les revenus provenant de droits de superficie; |
d | les revenus provenant de l'exploitation de gravières, des sablières ou d'autres ressources du sol. |
2 | La valeur locative est déterminée compte tenu des conditions locales et de l'utilisation effective du logement au domicile du contribuable. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 63 Provisions - 1 Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
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1 | Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour: |
a | les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé; |
b | les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs; |
c | les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice; |
d | les futurs mandats de recherche et de développement confiés à des tiers, jusqu'à 10 % au plus du bénéfice imposable, mais au total jusqu'à 1 million de francs au maximum. |
2 | Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend: |
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1 | Le bénéfice net imposable comprend: |
a | le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent; |
b | tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que: |
c | les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...139 |
2 | Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie. |
3 | Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence. |

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
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1 | Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO149, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.150 |
2 | En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments. |
3 | Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement. |
4 | Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.151 |
l'équivalent étaient les art. 12

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). |
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1 | L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). |
2 | Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation: |
a | les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble; |
b | le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable; |
c | la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité; |
d | le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition; |
e | les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers. |
3 | L'imposition est différée: |
a | les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers; |
b | le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation. |
c | en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente; |
d | en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même; |
e | en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage. |
5 | Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement. |

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque: |
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1 | Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque: |
a | elles sont associées à une entreprise établie dans le canton; |
b | elles exploitent un établissement stable dans le canton; |
c | elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels; |
d | elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton. |
2 | Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque: |
a | elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton; |
b | elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton. |
S'agissant de l'impôt sur le capital, l'art. 29 al. 2 let. a

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 29 - 1 L'impôt sur le capital a pour objet le capital propre. |
|
1 | L'impôt sur le capital a pour objet le capital propre. |
2 | Le capital propre imposable comprend: |
a | pour les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives, le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés; |
b | ... |
c | pour les associations, les fondations et les autres personnes morales, la fortune nette, déterminée conformément aux dispositions applicables aux personnes physiques. |
3 | Les cantons peuvent prévoir une réduction d'impôt pour le capital propre afférent aux droits de participation visés à l'art. 28, al. 1, aux droits visés à l'art. 24a ainsi qu'aux prêts consentis à des sociétés du groupe.156 |
Il s'ensuit que le recours doit également être rejeté en matière d'impôts cantonal et communal.
VII. Conclusion, frais et dépens
13.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties. |
|
1 | En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties. |
2 | Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis. |
3 | Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés. |
4 | En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours. |
5 | Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
|
1 | Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
2 | En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige. |
3 | En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles. |
4 | L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie. |
5 | Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer. |

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
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1 | Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
2 | En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige. |
3 | En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles. |
4 | L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie. |
5 | Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer. |
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 17'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4 ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 26 novembre 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber