Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 662/2014

2C 663/2014

{T 0/2}

Arrêt du 25 avril 2015

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président, Aubry Girardin, Donzallaz, Stadelmann et Haag.
Greffier: M. Tissot-Daguette.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Pierre Gillioz, avocat,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève.

Objet
2C 662/2014
Impôts cantonal et communal 2001 à 2009; rappel d'impôt,

2C 663/2014
Impôt fédéral direct 2001 à 2009; rappel d'impôt,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 12 juin 2014.

Faits :

A.
X.________ SA est une société anonyme dont le siège est à Genève. Elle est inscrite au registre du commerce de ce canton depuis septembre 2000. Son but statutaire est: " opérations financières, commerciales et immobilières, ainsi que promotion, gestion et mise en valeur d'immeubles ".

Cette société a été taxée pour les années fiscales 2001 à 2007 par l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale). Les décisions de taxation, rendues ensuite de procédures de taxation ordinaire, de réclamation ou de rappel d'impôt, sont toutes entrées en force.

Ensuite du décès du principal animateur et actionnaire de la société intéressée, celle-ci, par courriers des 17 novembre 2009 et 2 février 2010, a informé l'Administration fiscale que trois créanciers figurant à son bilan pour un montant total de 4'431'818 fr. 50, étaient des personnes fictives.

B.
Suite à cette annonce, l'Administration fiscale a ouvert une procédure de rappel d'impôt ainsi qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt, aussi bien en ce qui concerne l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), que les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC). La société s'étant dénoncée spontanément, l'Administration fiscale a renoncé à toute poursuite pénale. Dans une décision du 2 décembre 2011, elle a par contre procédé à la taxation définitive de la société pour l'IFD et l'ICC des années 2001 à 2007, intérêts moratoires compris. Par décisions du même jour, elle a également communiqué à l'intéressée sa taxation pour les années fiscales 2008 et 2009. Cette dernière a élevé réclamation contre les décisions de taxation 2001 à 2009. Par quatre décisions sur réclamation du 10 février 2012, l'Administration fiscale a rejeté les réclamations. Le 6 mai 2013, ces décisions ont été confirmées sur recours par le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance). Le 18 juin 2013, la société a contesté ce prononcé devant la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).

Par arrêt du 12 juin 2014, la Cour de justice a rejeté le recours de l'intéressée. Elle a jugé que la procédure de rappel d'impôt, même si elle avait été initiée ensuite d'une dénonciation spontanée de la société, constituait le résultat d'une soustraction fiscale intentionnelle et réalisée, si bien que tout ajustement du bilan commercial de la société intéressée, par un nouveau calcul de la provision pour impôts des exercices concernés, était exclu.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'effet suspensif, de réformer l'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2014 et d'annuler le jugement du Tribunal administratif de première instance, la décision sur réclamation de l'Administration fiscale et les bordereaux d'impôts de l'Administration fiscale, puis de renvoyer la cause à cette dernière pour qu'elle effectue un nouveau calcul de l'IFD et l'ICC en procédant à la correction de la provision pour impôts pour chaque exercice concerné. Elle se plaint de violation du droit fédéral.

Par ordonnance du 1er septembre 2014, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif.

La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Dans des observations finales, X.________ SA a confirmé ses conclusions.

Considérant en droit :

1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal (2C 662/2014) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C 663/2014). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).

2.

2.1. Dirigé contre un arrêt final (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF ne soit réalisée, le recours en matière de droit public est en principe ouvert conformément aux art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors qu'il porte sur la correction du bilan commercial de la recourante, par la prise en compte de provisions pour impôts dans le cadre d'une procédure de rappel d'impôt, soit une matière harmonisée figurant aux art. 25
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
et 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF). Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF), le recours est par conséquent recevable, sous réserve de ce qui suit.

2.2. Dans la mesure où la recourante demande le renvoi de la cause à l'Administration fiscale pour nouvelle décision, ses conclusions ont un caractère réformatoire. Le Tribunal fédéral a jugé que de telles conclusions étaient recevables également en ce qui concerne le droit cantonal harmonisé, car l'art. 73 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID, qui prévoit qu'en cas d'acceptation du recours, le Tribunal fédéral annule la décision attaquée et renvoie l'affaire pour nouvelle décision à l'autorité inférieure, doit céder le pas devant l'art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF qui confère au Tribunal fédéral un pouvoir général de réforme quel que soit le recours interjeté devant lui (ATF 134 II 207 consid. 1 p. 209; arrêt 2C 291/2013 du 26 novembre 2013 consid. 2.4, non publié in ATF 140 II 88).

2.3. En revanche, dans la mesure où la recourante demande l'annulation du jugement du Tribunal administratif de première instance, l'annulation de la décision sur réclamation de l'Administration fiscale et l'annulation des bordereaux d'impôts de cette dernière, ses conclusions sont irrecevables en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès de la Cour de justice (ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543; concernant spécifiquement Genève, arrêts 8C 47/2013 du 28 octobre 2013 consid. 4.2; 2C 886/2012 du 29 juin 2013 consid. 1, non publié in ATF 139 II 529).

3.

3.1. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF) doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356).

3.2. Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
et 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF). Cependant, il ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été invoqué et motivé par le recourant, selon le principe d'allégation (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF; ATF 137 II 305 consid. 3.3 p. 310 s.; 134 I 83 consid. 3.2 p. 88). En revanche, sauf exceptions non pertinentes en l'espèce (cf. art. 95 let. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
, d et e LTF), l'on ne peut invoquer la violation du droit cantonal ou communal en tant que tel devant le Tribunal fédéral (art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF e contrario). Il est néanmoins possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire (art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst.) ou la garantie d'autres droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine alors de tels moyens que s'ils sont formulés conformément aux exigences de motivation qualifiée prévues à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF (ATF 136 II 304 consid. 2.5 p. 314; arrêt 2C 668/2013 du 19 juin 2014 consid. 2.1).

4.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (cf. arrêts 2C 620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.1, in RDAF 2013 II 197; 2A.209/2005 du 3 novembre 2005 consid. 3.2). Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (cf. arrêts 2C 620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.1, in RDAF 2013 II 197; 2P.411/1998 du 31 janvier 2000 consid. 10a et 10d/aa). Le présent litige porte sur les périodes fiscales 2001 à 2009. C'est par conséquent le droit comptable antérieur à la révision du 23 décembre 2011 (RO 2012 6679) qui est applicable.

5.
En 2009, la recourante a annoncé à l'Administration fiscale avoir faussement inscrit dans ses comptes des opérations impliquant trois personnes qui, à fin 2008, auraient été créancières de la société à concurrence de 4'431'818 fr. 50 et avoir ainsi engendré des opérations comptables sans lien avec la réalité. Par conséquent, l'Administration fiscale a notamment engagé une procédure de rappel d'impôt et effectué des reprises de bénéfices pour les années 2001 à 2009. La recourante ne conteste pas la procédure de rappel d'impôt sur son principe. Elle est cependant d'avis que l'Administration fiscale, en corrigeant son bilan pour les années en cause, afin de procéder aux reprises de bénéfices, aurait également dû constituer des provisions pour impôts et ainsi diminuer les montants des bénéfices repris. Elle invoque à ce propos le fait de s'être dénoncée spontanément et l'absence de sanction qui devrait en découler (art. 181a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 181a Dénonciation spontanée - 1 Lorsqu'une personne morale assujettie à l'impôt dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt commise dans son exploitation commerciale, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'elle s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.
2    La dénonciation spontanée non punissable peut également être déposée:
a  après une modification de la raison sociale ou un déplacement du siège à l'intérieur du territoire suisse;
b  après une transformation au sens des art. 53 à 68 de la loi du 3 octobre 2003 sur la fusion (LFus)276, par la nouvelle personne morale, en ce qui concerne les soustractions d'impôt commises avant la transformation;
c  après une absorption (art. 3, al. 1, let. a, LFus) ou une scission (art. 29, let. b, LFus), par la personne morale qui subsiste, en ce qui concerne les soustractions d'impôt commises avant l'absorption ou la scission.
3    La dénonciation spontanée non punissable doit être déposée par les organes ou les représentants de la personne morale. La responsabilité solidaire de ces organes ou de ces représentants est supprimée et il est renoncé à la poursuite pénale.
4    Lorsque d'anciens membres des organes ou d'anciens représentants de la personne morale dénoncent pour la première fois une soustraction d'impôt dont aucune autorité fiscale n'a connaissance, il est renoncé à la poursuite pénale de la personne morale, ainsi que de tous les membres et représentants anciens ou actuels. Leur responsabilité solidaire est supprimée.
5    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait lorsque les conditions prévues à l'al. 1 sont remplies.
6    Lorsqu'une personne morale cesse d'être assujettie à l'impôt en Suisse, elle ne peut plus déposer de dénonciation spontanée.
LIFD et 57b LHID). Elle fait en outre valoir la violation des principes de l'égalité de l'imposition et de la capacité contributive.

Le présent litige porte donc sur la procédure de rappel d'impôt pour l'IFD et l'ICC 2001 à 2009 et en particulier sur le point de savoir si, lorsqu'une telle procédure fait suite à une dénonciation spontanée du contribuable, l'Administration fiscale, en corrigeant le bilan de celui-ci, doit également modifier la provision pour impôts à l'avantage de ce dernier.

I. Impôt fédéral direct

6.

6.1. Selon l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a) et tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let b). L'art. 58 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ("Mass-geblichkeitsprinzip"), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut donc s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; 132 I 175; arrêts 2C 1218/2013 du 19 décembre 2014 consid. 3.1, destiné à la publication; 2C 911/2013 du 26 août 2014 consid. 6.1.1; 2C 787/2012 du 15 janvier 2013 consid. 2.2, in StE 2013 B 72.11 n° 23 et RDAF 2013 II 380). Selon ce principe, le contribuable est lié à la situation patrimoniale de la période fiscale, telle qu'elle ressort
des livres de compte régulièrement établis.

6.2. Si la comptabilisation se fait de manière contraire au droit commercial, une correction de bilan ("Bilanzberichtigung") est possible jusqu'à l'entrée en force de la déclaration d'impôt (arrêts 2C 1218/2013 précité consid. 3.3; 2C 911/2013 précité consid. 6.1.2; 2C 787/2012 ibidem; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, n° 21 ad art. 58
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD). La correction de bilan peut intervenir en faveur ou en défaveur de la personne morale contribuable (Peter Locher, op. cit., n° 18 ss ad art. 58
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD). Une fois que la taxation est entrée en force, une correction de bilan en raison d'une violation d'une disposition impérative du droit commercial n'est envisageable que dans les cas de révision au sens des art. 147 ss
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 147 Motifs - 1 Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
1    Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
a  lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts;
b  lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître ou qu'elle a violé de quelque autre manière l'une des règles essentielles de la procédure;
c  lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la décision ou le prononcé.
2    La révision est exclue lorsque le requérant a invoqué des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être exigée de lui.
3    La révision des arrêts du Tribunal fédéral est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral242.243
LIFD (en faveur du contribuable), respectivement de rappel d'impôt au sens des art. 151 ss
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD (en défaveur du contribuable) (arrêts 2C 1218/2013 ibidem; 2C 911/2013 ibidem; 2A.370/2004 du 11 novembre 2005 consid. 4.2, in Archives 77 p. 257; Peter Locher, op. cit., n° 21 ad art. 58
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD; Danielle Yersin, Les corrections et modifications apportées par une entreprise à sa comptabilité et leurs conséquences fiscales, RDAF 1977 p. 371, p. 377; Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 38 ad
art. 57
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
-58
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD; Markus Berger, Probleme der Bilanzberichtigung, Archives 70 p. 539, p. 554 ss).

6.3. D'après l'art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il implique qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale; il suppose aussi l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque-là, soit des faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute (arrêts 2C 416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1, non publié in ATF 140 I 68; 2C 104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.3; 2A.300/2006 du 27 février 2007 consid. 3.3 et les références citées, RF 62/2007 p. 369).

Le rappel d'impôt ne représente pas une prétention fiscale de nature différente de la créance primitive d'impôt. En outre, la fixation de ce montant ne se fait pas selon des critères de calcul particuliers et ne fait pas l'objet d'une majoration. Le contribuable doit ainsi s'acquitter de l'impôt primitivement dû qui n'a pas été taxé correctement ou qui n'a pas été taxé du tout. Le rappel d'impôt n'a donc pas de caractère pénal ou de réparation; il porte uniquement sur l'obligation fiscale primitive qui ne s'est pas encore éteinte (ATF 121 II 257 consid. 4b p. 264 s. et les références citées; Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II p. 3, p. 9). Les droits et les obligations du contribuable sont les mêmes que lors de la procédure de taxation (art. 153 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1    Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1bis    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
2    Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
3    Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
LIFD). Les contribuables doivent notamment faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 126 Collaboration ultérieure - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent conserver pendant dix ans les livres ou les relevés prévus à l'art. 125, al. 2, ainsi que les pièces justificatives en relation avec leur activité. Le mode de tenue et de conservation de ces documents est régi par les art. 957 à 958f CO227.228 229
LIFD). En d'autres termes, la procédure de rappel d'impôt sert à mettre le contribuable dans la situation qui aurait dû être la sienne si, lors de la procédure de taxation ordinaire, l'autorité avait eu connaissance de tous les faits et moyens de preuve pertinents.

6.4. Il n'est en l'occurrence pas contesté et il n'y a pas lieu de douter que les conditions fondant un rappel d'impôt sont données, la recourante ayant volontairement tu certains faits pertinents en incluant dans ses comptes de fausses indications visant à réduire artificiellement son bénéfice. Ce faisant, elle a au moins violé une règle impérative du droit commercial (cf. ancien art. 959
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 959 - 1 Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
1    Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
2    L'actif comprend les éléments du patrimoine dont l'entreprise peut disposer en raison d'événements passés, dont elle attend un flux d'avantages économiques et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant. Aucun autre élément du patrimoine ne peut être porté au bilan.
3    L'actif circulant comprend la trésorerie et les actifs qui seront vraisemblablement réalisés au cours des douze mois suivant la date du bilan, dans le cycle normal des affaires ou d'une autre manière. Tous les autres actifs sont classés dans l'actif immobilisé.
4    Le passif comprend les capitaux étrangers et les capitaux propres.
5    Les capitaux étrangers comprennent les dettes qui résultent de faits passés, qui entraînent un flux probable d'avantages économiques à la charge de l'entreprise et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant.
6    Les capitaux étrangers à court terme comprennent les dettes qui seront vraisemblablement exigibles dans les douze mois suivant la date du bilan ou dans le cycle normal des affaires. Toutes les autres dettes sont classées dans les capitaux étrangers à long terme.
7    Les capitaux propres sont présentés et structurés en fonction de la forme juridique de l'entreprise.
CO qui fonde le principe de la sincérité du bilan), permettant ainsi à l'Administration fiscale de s'écarter du principe de l'autorité du bilan commercial. Cette dernière, en présence d'un cas de rappel d'impôt, pouvait donc corriger le bilan commercial de la recourante, malgré le fait que les taxations en cause étaient déjà entrées en force.

6.5. Le Tribunal fédéral, dans une jurisprudence de principe récente destinée à la publication, s'est demandé si des provisions pour impôts pouvaient être prises en compte postérieurement à la clôture du bilan (cf. arrêt 2C 1218/2013 précité consid. 5). Après une étude approfondie de la question, il a jugé que, dans le système postnumerando, pour chaque cas de reprise de bénéfice fondé sur l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
ou c LIFD, il convenait d'augmenter en conséquence la provision pour les impôts y relatifs, ceux-ci constituant une charge justifiée par l'usage commercial (cf. art. 59 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 59 Charges justifiées par l'usage commercial - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence de 20 % du bénéfice net, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 56, let. g) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 56, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations, ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
2    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.138
3    Si des sanctions au sens de l'al. 2, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.139
LIFD). Il a considéré que ce procédé résultait non seulement d'une disposition impérative du droit commercial, mais également d'une norme de droit fiscal (en l'occurrence de l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
ou c LIFD en relation avec l'art. 59 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 59 Charges justifiées par l'usage commercial - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence de 20 % du bénéfice net, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 56, let. g) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 56, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations, ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
2    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.138
3    Si des sanctions au sens de l'al. 2, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.139
LIFD). Le Tribunal fédéral a ainsi conclu que le principe de l'autorité du bilan commercial ne s'opposait pas à une correction d'office du bilan et que les dispositions fiscales précitées ne nécessitaient pas de déterminer pour quels motifs le contribuable n'avait pas tenu compte de la provision dans son bilan ou s'il aurait pu être attendu de celui-ci qu'il le fasse.

En l'espèce, il n'y a pas à s'écarter de la solution développée dans cette jurisprudence de principe, même si celle-ci n'avait pas trait à un cas de rappel d'impôt. Lors d'une reprise de bénéfice effectuée dans le cadre d'une correction de bilan, l'autorité fiscale doit donc également corriger d'office les montants de provision pour impôts des années en cause, cette correction devant au demeurant intervenir indépendamment de la volonté du contribuable et du fait qu'il ait ou non pu reconnaître l'erreur figurant dans son bilan commercial. Cela revient à admettre qu'il n'est pas pertinent de savoir si le rappel d'impôt est la conséquence d'une soustraction fiscale, pour déterminer s'il y a lieu de prendre en compte a posteriori une provision pour impôts lors d'une correction de bilan. Cette solution est au demeurant en accord avec les principes du rappel d'impôt qui doivent conduire à taxer le contribuable conformément à la situation qui aurait dû être la sienne en procédure ordinaire.

Certes, la Cour de justice fonde son raisonnement sur l'arrêt 2C 651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 4.2.3. Toutefois, et pour autant que cette décision exclue effectivement la correction d'une provision pour impôts lors d'un rappel d'impôt intervenant ensuite d'une soustraction fiscale, une telle pratique ne saurait être confirmée au vu de la jurisprudence récente du Tribunal fédéral rendue postérieurement à l'arrêt entrepris. Comme on l'a vu précédemment, il n'est en effet pas admissible de prendre en compte l'intention du contribuable, élément subjectif, pour exclure une correction de bilan exigée par une norme fiscale correctrice. Cet aspect subjectif ne doit en définitive intervenir que dans la procédure pénale (pour soustraction fiscale par exemple), qui ne fait en l'occurrence pas partie de l'objet de la contestation. Le fait que la recourante ait procédé à une dénonciation spontanée est donc sans importance pour la présente procédure.

L'autorité précédente ne pouvait par conséquent pas confirmer le refus de prendre en compte, respectivement de modifier, le montant des provisions et ainsi augmenter faussement la charge fiscale de la recourante. En procédant de la sorte, elle a sciemment exclu de déduire des charges justifiées par l'usage commercial (art. 59 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 59 Charges justifiées par l'usage commercial - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence de 20 % du bénéfice net, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 56, let. g) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 56, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations, ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
2    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.138
3    Si des sanctions au sens de l'al. 2, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.139
LIFD) et pénalisé sans raison la recourante.

6.6. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'Administration fiscale afin qu'elle procède au rappel d'impôt pour les années 2001 à 2009 en corrigeant les bilans de la recourante pour ces années, dans le sens où elle y inscrira notamment des provisions pour impôts correspondant aux engagements fiscaux des différentes périodes litigieuses.

Au vu de l'issue du recours, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs de la recourante.

II. Impôts cantonal et communal

7.
Les principes juridiques précités, qui concernent la correction du bilan commercial, la déduction des charges justifiées par l'usage commercial et la procédure de rappel d'impôt, trouvent leur parallèle en matière d'impôts cantonal et communal (cf. art. 25
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
et 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID; art. 13 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales [LIPM/GE; D 3 15] et 59 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale [LPFisc/GE; D 3 17]). Il peut donc être renvoyé à ce qui précède s'agissant de la correction des bilans 2001 à 2009 dans la procédure de rappel d'impôt.

Partant, le recours doit également être admis dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. L'arrêt attaqué sera aussi annulé en ce qu'il concerne cet impôt et la cause renvoyée à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants (cf. consid. 6.5 ci-dessus).

8.
Dans ces conditions, les frais judiciaires sont mis à la charge de la République et canton de Genève, dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). La République et canton de Genève doit en outre verser à la recourante une indemnité à titre de dépens (cf. art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF). La recourante ayant été considérée comme succombant entièrement devant l'autorité précédente, il y a lieu de renvoyer la cause à cette dernière pour qu'elle procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle (art. 67
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 67 Frais de la procédure antérieure - Si le Tribunal fédéral modifie la décision attaquée, il peut répartir autrement les frais de la procédure antérieure.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 662/2014 et 2C 663/2014 sont jointes.

2.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

3.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.

4.
L'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2014 est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève pour nouvelles décision dans le sens des considérants.

5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis sont mis à la charge de la République et canton de Genève.

6.
La République et canton de Genève versera à la recourante une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens.

7.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.

8.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 25 avril 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Zünd

Le Greffier : Tissot-Daguette
Information de décision   •   DEFRITEN
Document : 2C_662/2014
Date : 25 avril 2015
Publié : 13 mai 2015
Source : Tribunal fédéral
Statut : Non publié
Domaine : Finances publiques et droit fiscal
Objet : Impôts cantonal et communal 2001 à 2009; rappel d'impôt Impôt fédéral direct 2001 à 2009: rappel d'impôt


Répertoire des lois
CO: 959
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 959 - 1 Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
1    Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
2    L'actif comprend les éléments du patrimoine dont l'entreprise peut disposer en raison d'événements passés, dont elle attend un flux d'avantages économiques et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant. Aucun autre élément du patrimoine ne peut être porté au bilan.
3    L'actif circulant comprend la trésorerie et les actifs qui seront vraisemblablement réalisés au cours des douze mois suivant la date du bilan, dans le cycle normal des affaires ou d'une autre manière. Tous les autres actifs sont classés dans l'actif immobilisé.
4    Le passif comprend les capitaux étrangers et les capitaux propres.
5    Les capitaux étrangers comprennent les dettes qui résultent de faits passés, qui entraînent un flux probable d'avantages économiques à la charge de l'entreprise et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant.
6    Les capitaux étrangers à court terme comprennent les dettes qui seront vraisemblablement exigibles dans les douze mois suivant la date du bilan ou dans le cycle normal des affaires. Toutes les autres dettes sont classées dans les capitaux étrangers à long terme.
7    Les capitaux propres sont présentés et structurés en fonction de la forme juridique de l'entreprise.
Cst: 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
LHID: 25 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
53 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
73
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LIFD: 57 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
58 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
59 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 59 Charges justifiées par l'usage commercial - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence de 20 % du bénéfice net, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 56, let. g) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 56, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations, ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
2    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.138
3    Si des sanctions au sens de l'al. 2, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.139
126 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 126 Collaboration ultérieure - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent conserver pendant dix ans les livres ou les relevés prévus à l'art. 125, al. 2, ainsi que les pièces justificatives en relation avec leur activité. Le mode de tenue et de conservation de ces documents est régi par les art. 957 à 958f CO227.228 229
146 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
147 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 147 Motifs - 1 Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
1    Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
a  lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts;
b  lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître ou qu'elle a violé de quelque autre manière l'une des règles essentielles de la procédure;
c  lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la décision ou le prononcé.
2    La révision est exclue lorsque le requérant a invoqué des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être exigée de lui.
3    La révision des arrêts du Tribunal fédéral est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral242.243
151 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
153 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1    Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1bis    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
2    Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
3    Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
181a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 181a Dénonciation spontanée - 1 Lorsqu'une personne morale assujettie à l'impôt dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt commise dans son exploitation commerciale, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'elle s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.
2    La dénonciation spontanée non punissable peut également être déposée:
a  après une modification de la raison sociale ou un déplacement du siège à l'intérieur du territoire suisse;
b  après une transformation au sens des art. 53 à 68 de la loi du 3 octobre 2003 sur la fusion (LFus)276, par la nouvelle personne morale, en ce qui concerne les soustractions d'impôt commises avant la transformation;
c  après une absorption (art. 3, al. 1, let. a, LFus) ou une scission (art. 29, let. b, LFus), par la personne morale qui subsiste, en ce qui concerne les soustractions d'impôt commises avant l'absorption ou la scission.
3    La dénonciation spontanée non punissable doit être déposée par les organes ou les représentants de la personne morale. La responsabilité solidaire de ces organes ou de ces représentants est supprimée et il est renoncé à la poursuite pénale.
4    Lorsque d'anciens membres des organes ou d'anciens représentants de la personne morale dénoncent pour la première fois une soustraction d'impôt dont aucune autorité fiscale n'a connaissance, il est renoncé à la poursuite pénale de la personne morale, ainsi que de tous les membres et représentants anciens ou actuels. Leur responsabilité solidaire est supprimée.
5    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait lorsque les conditions prévues à l'al. 1 sont remplies.
6    Lorsqu'une personne morale cesse d'être assujettie à l'impôt en Suisse, elle ne peut plus déposer de dénonciation spontanée.
LTF: 66 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
67 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 67 Frais de la procédure antérieure - Si le Tribunal fédéral modifie la décision attaquée, il peut répartir autrement les frais de la procédure antérieure.
68 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
71 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
82 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
83 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
86 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
89 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
90 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
95 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
97 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
100 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
105 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
106 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
107
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
Répertoire ATF
121-II-257 • 132-I-175 • 134-I-83 • 134-II-207 • 135-II-260 • 136-II-304 • 136-II-539 • 137-II-305 • 137-II-353 • 138-I-49 • 139-II-529 • 140-I-68 • 140-II-88
Weitere Urteile ab 2000
2A.209/2005 • 2A.300/2006 • 2A.370/2004 • 2C_104/2008 • 2C_1218/2013 • 2C_291/2013 • 2C_416/2013 • 2C_620/2012 • 2C_651/2012 • 2C_662/2014 • 2C_663/2014 • 2C_668/2013 • 2C_787/2012 • 2C_886/2012 • 2C_911/2013 • 2P.411/1998 • 8C_47/2013
Répertoire de mots-clés
Trié par fréquence ou alphabet
tribunal fédéral • impôt fédéral direct • impôt cantonal et communal • autorité fiscale • droit commercial • violation du droit • droit public • tribunal administratif • usage commercial • moyen de preuve • première instance • procédure de taxation • examinateur • vue • droit fiscal • dénonciation spontanée • décision de taxation • autorité inférieure • frais judiciaires • recours en matière de droit public
... Les montrer tous
AS
AS 2012/6679
RDAF
1977 371 • 1999 II 3 • 2013 II 197 • 2013 II 380
RF
62/2007 S.369