Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 89/2015

2C 90/2015

{T 0/2}

Arrêt du 23 octobre 2015

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Stadelmann.
Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure
A.X.________ et B.X.________,
représentés par Me Thierry F. Ador, avocat,
recourants,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève.

Objet
Impôt communal et cantonal 2003 à 2005, impôt fédéral direct 2003 à 2005,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 2 décembre 2014.

Faits :

A.

A.a. En 1996, B.X.________, domicilié à Genève, et son frère C.X.________ (art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF) ont obtenu de la Banque D.________ un prêt hypothécaire de 6'640'000 fr. pour leur permettre d'acquérir ensemble le capital-actions de la société immobilière E.________ SA (ci-après: la Société), propriétaire de la parcelle n° **** de la Commune de Genève. Le prêt était octroyé contre la cession à la Banque D.________, en pleine propriété, de deux cédules hypothécaires au porteur grevant la parcelle n° ****, l'une, de premier rang, de 6'000'000 fr. et l'autre, de deuxième rang, de 600'000 fr. B.X.________ est ainsi devenu propriétaire de la moitié des actions de la Société.
Gérant de fortune de profession, B.X.________ a par ailleurs été directeur, puis représentant de la société F.________ SA, de 1995 à 2009.
En décembre 2000, la Fondation de valorisation des actifs de la Banque D.________ (ci-après: la Fondation) a informé B.X.________ que la Banque D.________ lui avait cédé le prêt hypothécaire. En mars 2003, la Fondation a résilié le contrat de prêt avec effet immédiat. Elle dénonçait également au remboursement intégral les deux cédules hypothécaires pour le 21 octobre 2003.
Selon une convention de prêt hypothécaire datée du 15 août 2003, la banque G.________ (Suisse) a prêté à B.X.________ et C.X.________ la somme de 10'900'000 fr. dans un but de reprise de financement auprès de deux établissements tiers. Ce prêt était garanti par la cession de six cédules hypothécaires au porteur grevant une parcelle tierce et par la cession d'une cédule hypothécaire de premier rang grevant la parcelle n° **** de la commune de Genève.
Le 5 septembre 2003, la Fondation s'est engagée auprès des co-débiteurs à remettre les deux cédules hypothécaires grevant la parcelle n° **** dont elle était propriétaire et à signer une réquisition de radiation au porteur dès réception d'un montant de 6'793'893.25 fr. Ce montant correspondait à la dette de 6'376'857.75 fr. (état au 31 mars 2003), augmentée des intérêts au 12 septembre 2003.

A.b. Le 22 octobre 2004, B.X.________ et son épouse A.X.________ ont rempli leur déclaration fiscale pour l'année 2003.
Sous la rubrique "Autres déductions sur le revenu", ils ont déduit un montant de 248'347 fr. au titre de "perte s/ droits et obligations". Selon un tableau annexé à la déclaration, cette déduction était liée à l'immeuble sis sur la parcelle n° **** de la commune de Genève. Il en ressortait une "perte" de 3'476'857.75 fr., résultat de la différence entre le paiement dû à la Fondation (soit, en capital, 6'376'857.75 fr.) et la part de refinancement que la banque G.________ leur avait accordé en relation avec la parcelle n° ****, correspondant à 2'900'000 fr. Cette "perte" était amortie sur sept ans, à raison de 496'694 fr. par année, dont la moitié, soit 248'347 fr., était attribuée à B.X.________.
Le 31 mars 2007, A.X.________ et B.X.________ ont rempli leur déclaration fiscale pour les années 2004 et 2005 en faisant à nouveau valoir, comme pour 2003, la déduction d'un montant de 248'347 fr.

B.

B.a. Le 24 avril 2007, l'Administration cantonale a procédé à la taxation des époux X.________ pour l'année fiscale 2003 tant pour l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal, en procédant à diverses reprises, concernant notamment le montant de 248'347 fr., qui n'était pas admis en déduction, que ce soit pour l'impôt fédéral direct ou pour l'impôt cantonal et communal. Selon l'Administration cantonale, la somme de 3'476'857.75 fr. que le contribuable et son associé avaient payée à la Fondation en 2003 représentait le remboursement d'une dette, non déductible, et non pas une perte commerciale, aucune action de la Société n'ayant été vendue.
A.X.________ et B.X.________ ont élevé réclamation contre cette décision de taxation le 21 mai 2007.
Le 9 novembre 2009, l'Administration cantonale a rendu une décision sur réclamation dans laquelle elle a, notamment, confirmé son refus d'admettre la déduction de 248'347 fr. Le 9 décembre 2009, les intéressés ont recouru contre cette décision auprès de l'actuel Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: Tribunal administratif), contestant des points qui ne sont désormais plus litigieux et concluant à la déductibilité du montant de 248'347 fr. Ils sollicitaient également la révision de la taxation de l'année fiscale 2003: en sa qualité d'administrateur de F.________ SA, B.X.________ faisait partie des personnes poursuivies pénalement pour gestion déloyale en lien avec une affaire Z.________, pour un montant total de 31'063'000 fr, ce qui représentait 6'212'00 fr. par administrateur. Il fallait tenir compte de ce fait nouveau dans le cadre d'une révision.

B.b. Les 30 octobre 2009 et 12 mai 2010, l'Administration cantonale a procédé à l'imposition des époux X.________ pour l'année fiscale 2004, respectivement pour l'année fiscale 2005, sans reconnaître la déductibilité du montant de 248'347 fr. Les réclamations que les contribuables ont élevées contre ces décisions ont été rejetées par décisions sur réclamation du 15 décembre 2010. Les contribuables ont recouru contre ces décisions le 15 janvier 2011, notamment pour conclure à la déductibilité de 248'347 fr. pour chacune des périodes litigieuses, à la révision des taxations concernées, ainsi qu'à la remise des impôts dus.

B.c. Par jugement du 11 avril 2011 concernant la période fiscale 2003, le Tribunal administratif a confirmé que le montant de 248'347 fr. n'était pas déductible du revenu et a exclu la possibilité de procéder à une révision.
Par jugement du 16 décembre 2013 relatif aux périodes fiscales 2004 et 2005, cette instance a également confirmé la non-déductibilité de 248'347 fr. et considéré qu'une révision des taxations 2004 et 2005 ne pouvait entrer en ligne de compte. La demande de remise d'impôts était par ailleurs prématurée et partant irrecevable.

B.d. Le 30 mai 2011, les contribuables ont interjeté recours contre le jugement du 11 avril 2011 du Tribunal administratif auprès de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice), concluant à la déduction de 248'347 fr. et à la révision de la taxation de la période fiscale 2003. Au cours de la procédure, ils ont demandé l'expertise de la parcelle n° **** de Genève et celle de la Société.
Le 20 janvier 2014, les intéressés ont contesté devant la même autorité le jugement du 16 décembre 2013 du Tribunal administratif relatif aux périodes fiscales 2004 et 2005, sollicitant également l'expertise de la parcelle n° **** de Genève et celle de la Société puis, par requête complémentaire du 16 juin 2014, leur propre audition, ainsi que celle des deux comptables.
Au cours d'une audience de comparution personnelle qui a concerné les deux causes, B.X.________ a exposé que, lorsque la banque G.________ avait procédé à l'opération de refinancement en lien avec la parcelle n° **** de la Commune de Genève en août 2003, elle lui avait accordé, ainsi qu'à son co-débiteur, un montant de 2'900'000 fr., ce qui correspondait à 80% de ce qu'elle estimait être la valeur de la parcelle à l'époque (soit 3'625'000 fr.). Il avait de ce fait "provisionné" la perte en la répartissant sur sept ans, sur les conseils de sa fiduciaire.
Au cours de la procédure, les contribuables ont encore produit des pièces, à savoir un rapport d'estimation de l'immeuble sis sur la parcelle n° **** de la commune de Genève effectué par un architecte, un projet de plan financier de H.________ du 14 mai 2003 pour l'acquisition de dite parcelle et une attestation de la banque G.________ du 27 mai 2014, selon laquelle celle-ci avait accordé à B.X.________ et à son associé un prêt de 2'900'000 fr., sur la base d'une valeur de gage estimée selon ses méthodes d'évaluation interne.

B.e. Par arrêt du 2 décembre 2014, la Cour de justice a joint les causes et rejeté, dans la mesure de leur recevabilité, les recours interjetés les 20 mai 2011 et 20 janvier 2014 contre les jugements du Tribunal administratif des 11 avril 2011 et 16 décembre 2013.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, A.X.________ et B.X.________ concluent principalement, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du 2 décembre 2014 de la Cour de justice et à l'admission de la déduction d'une perte commerciale, subsidiairement d'une provision, pour un montant de 248'347 fr. pour les années 2003, 2004 et 2005 tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal; subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt du 2 décembre 2014 de la Cour de justice et au renvoi de la cause à cette autorité, alternativement au Tribunal administratif, pour décision dans le sens des considérants; plus subsidiairement, à ce qu'ils soient acheminés à prouver par toutes voies utiles les faits allégués dans le présent recours.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions se sont déterminées sur le recours et ont conclu à son rejet. Les recourants ont déposé d'ultimes observations.
Par décision du 19 février 2015, le Président de la Cour de céans a rejeté la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt valant pour l'impôt cantonal et communal, d'une part, et pour l'impôt fédéral direct, d'autre part, ce qui est admissible, dès lors que les questions juridiques à trancher sont réglées de la même façon pour ces deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Les recourants ont formé un recours qui contient les mêmes griefs et les mêmes conclusions pour ces deux impôts, ce qui est conforme à la jurisprudence (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 et 1.3.3 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux arrêts sont rendus, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal et communal (2C 89/2015) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C 90/2015). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.

2.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) qui a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14] pour ce qui concerne l'impôt cantonal et communal). Il a par ailleurs été déposé en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
et 46 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 46 Stillstand - 1 Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
1    Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
a  vom siebenten Tag vor Ostern bis und mit dem siebenten Tag nach Ostern;
b  vom 15. Juli bis und mit dem 15. August;
c  vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar.
2    Absatz 1 gilt nicht in Verfahren betreffend:
a  die aufschiebende Wirkung und andere vorsorgliche Massnahmen;
b  die Wechselbetreibung;
c  Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c);
d  die internationale Rechtshilfe in Strafsachen und die internationale Amtshilfe in Steuersachen;
e  die öffentlichen Beschaffungen.18
let. c LTF) et dans les formes requises (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF) par les destinataires de la décision entreprise, qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification et qui ont de ce fait qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF). Il convient donc d'entrer en matière sur le recours, sous réserve de la conclusion subsidiaire tendant à ce que les recourants soient acheminés à prouver les faits qu'ils allèguent. Les recourants perdent ici de vue que le Tribunal fédéral est un
juge du droit et non du fait (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF) et que des mesures probatoires ne sont qu'exceptionnellement ordonnées dans une procédure de recours (ATF 136 II 101 consid. 2 p. 104). Il n'y a pas de motif de faire exception ici, de sorte que cette conclusion est irrecevable. Le recours en matière de droit public étant recevable sous cette réserve, le recours constitutionnel subsidiaire formé par les recourants est en conséquence irrecevable (art. 113
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 113 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Verfassungsbeschwerden gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72-89 zulässig ist.
LTF).

2.2. Les recourants demandent la production des dossiers cantonaux. La Cour de justice ayant annexé à sa détermination le dossier complet de la cause, conformément à l'art. 102 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 102 Schriftenwechsel - 1 Soweit erforderlich stellt das Bundesgericht die Beschwerde der Vorinstanz sowie den allfälligen anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden zu und setzt ihnen Frist zur Einreichung einer Vernehmlassung an.
1    Soweit erforderlich stellt das Bundesgericht die Beschwerde der Vorinstanz sowie den allfälligen anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden zu und setzt ihnen Frist zur Einreichung einer Vernehmlassung an.
2    Die Vorinstanz hat innert dieser Frist die Vorakten einzusenden.
3    Ein weiterer Schriftenwechsel findet in der Regel nicht statt.
LTF, cette requête est sans objet.

3.

3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
et 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF). L'acte de recours doit alors, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser de manière claire et détaillée en quoi consiste la violation (cf. ATF 139 I 229 consid. 2.2 p. 232 et les références citées; 138 I 232 consid. 3 p. 237; 136 II 304 consid. 2.5 p. 314).

3.2. L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal de céans à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 99 - 1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
1    Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
2    Neue Begehren sind unzulässig.
LTF).

II. Griefs formels

4.
Parmi les griefs qu'ils formulent à l'encontre de l'arrêt attaqué, les recourants font valoir une violation de leur droit d'être entendus. Ils soutiennent que la Cour de justice n'aurait pas administré des preuves qu'ils avaient offertes et qui étaient, selon eux, essentielles au traitement de leur cause. Il convient d'examiner en premier lieu ce grief formel (cf. ATF 139 I 189 consid. 3 p. 191).

4.1. Tel qu'il est reconnu par l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier et d'offrir des preuves pertinentes (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299; 135 II 286 consid. 5.1 p. 293). L'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst. impose en particulier à l'autorité de donner suite à une offre de preuve lorsque celle-ci a été demandée en temps utile, dans les formes prescrites et qu'elle apparaît de nature à influer sur le sort de la décision à rendre. Il n'y a toutefois pas violation du droit à l'administration de preuves lorsque la mesure probatoire refusée est inapte à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont elle dispose déjà, l'autorité parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299; 136 I 229 consid. 5.3 p. 236 s.; 134 I 140 consid. 5.3 p. 148). En particulier, l'autorité de jugement peut renoncer à faire citer des témoins, qu'ils soient à charge ou à décharge, si, dans le cadre d'une appréciation anticipée
des preuves non arbitraire, elle peut dénier à ces témoignages une valeur probante décisive pour le jugement (ATF 125 I 127 consid. 6c/cc p. 135 et 6c/ dd p. 135 s.; 124 I 274 consid. 5b p. 285; arrêt 6B 907/2009 du 3 novembre 2010 consid. 7.1).

4.2. Les recourants reprochent en premier lieu aux juges précédents d'avoir refusé de procéder à l'expertise de l'immeuble sis sur la parcelle n° **** de la commune de Genève et à celle de la Société. L'administration de ces preuves était, selon eux, essentielle pour démontrer la situation dans laquelle lui et son frère s'étaient trouvés en 2003, en raison de la diminution de la valeur de l'immeuble, qui les avait obligés à accepter un refinancement du prêt par la banque G.________ pour un montant de 2'900'000 fr. Les recourants font également grief à la Cour de justice d'avoir omis d'entendre I.________, comptable, qui aurait pu exposer le raisonnement "purement comptable" qui a été mis en place à compter de l'année 2003, ainsi que la nécessité de reporter sur sept ans la perte commerciale subie.
La pertinence de ce grief doit être examinée à la lumière de l'objet du litige au fond, qui a trait au point de savoir si les recourants étaient légitimés à déduire de leur revenu le montant de 248'347 fr. pour chacune des périodes fiscales concernées. Comme indiqué ci-dessus, cette déduction a été obtenue par la différence entre, d'une part, le capital (sans les intérêts) qui a été payé par B.X.________ et son frère à la Fondation en 2003 (6'376'857.75 fr), en remboursement du prêt qui leur avait été accordé en 1996 pour acquérir les actions de la Société, et, d'autre part, le montant du refinancement accordé à cet effet par la banque G.________ (2'900'000 fr.), soit 3'476'857 fr. Ce montant a ensuite été déduit du revenu des recourants après avoir été "amorti" sur une période de sept ans (soit 496'693 fr. par an), dont seule la moitié (soit 248'347 fr.) était déductible du revenu des recourants, l'autre moitié étant déductible dans le chef de son frère, co-actionnaire de la Société. Selon les recourants, le montant de 248'347 fr. est déductible à titre de perte, alternativement de provision, alors que la Cour de justice considère que les recourants n'ont fait que rembourser une dette, ce qui ne constitue pas une dépense
déductible du revenu.
En l'espèce, comme on le verra ci-dessous (cf. consid. 7), aucune des offres de preuve apportées par les recourants n'est de nature à influer sur le sort de la décision à rendre en ce qui concerne la déductibilité du montant de 248'347 fr. En effet, quand bien même il serait établi que, comme ils l'allèguent, tant la parcelle n° **** de la commune de Genève que la Société ont perdu de la valeur en 2003, ces faits ne seraient pas propres à entraîner l'admissibilité du recours. Il en va de même des explications qu'auraient fournies le comptable quant au raisonnement qui a mené à la revendication de la déduction alléguée. Le grief de violation du droit d'être entendu est partant infondé et doit être rejeté.
III. Grief lié à l'établissement des faits et à l'appréciation des preuves

5.
Invoquant l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF, les recourants se plaignent d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves.

5.1. En vertu de cette disposition, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234; 135 III 127 consid. 1.5 p. 129 s.)

5.2. Les recourants reprochent aux juges précédents de s'être essentiellement fondés sur le contrat de prêt hypothécaire conclu avec la Banque D.________ pour refuser les déductions invoquées et d'avoir ignoré le rapport d'estimation de la valeur de l'immeuble propriété de la Société, ainsi que l'attestation du 27 mai 2014 fournie par la banque J.________ (anciennement banque G.________), qui démontraient, selon eux, qu'ils avaient bien subi un "risque de perte commerciale réel et concret justifiant la provision comptabilisée". Ce risque était au demeurant confirmé par une proposition de financement avancée par la société d'assurance H.________ Suisse le 14 mai 2003.

5.3. La diminution alléguée de la valeur de l'immeuble n'est toutefois pas un fait de nature à entraîner l'admissibilité de la déduction invoquée (cf. consid. 7 ci-dessous). On ne peut donc reprocher aux juges précédents de ne pas en avoir tenu compte. Le grief tiré de l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF est de ce fait rejeté.

IV. Impôt fédéral direct

6.
La première question à traiter porte sur le point de savoir si c'est à juste titre que la Cour de justice a déclaré le recours formé le 30 mai 2011 par les recourants s'agissant de l'impôt fédéral direct 2003 irrecevable pour tardiveté, aucune suspension de délai ne pouvant intervenir durant les féries en droit de l'impôt fédéral direct. Les recourants contestent cette décision d'irrecevabilité.

6.1. Conformément à l'art. 145 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 145 - 1 Das kantonale Recht kann den Weiterzug des Beschwerdeentscheides an eine weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz vorsehen.
1    Das kantonale Recht kann den Weiterzug des Beschwerdeentscheides an eine weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz vorsehen.
2    Die Artikel 140-144 gelten sinngemäss.
LIFD, les art. 140
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
à 144
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 144 Kosten - 1 Die Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission werden der unterliegenden Partei auferlegt; wird die Beschwerde teilweise gutgeheissen, so werden sie anteilmässig aufgeteilt.
1    Die Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission werden der unterliegenden Partei auferlegt; wird die Beschwerde teilweise gutgeheissen, so werden sie anteilmässig aufgeteilt.
2    Dem obsiegenden Beschwerdeführer werden die Kosten ganz oder teilweise auferlegt, wenn er bei pflichtgemässem Verhalten schon im Veranlagungs- oder Einspracheverfahren zu seinem Recht gekommen wäre oder wenn er die Untersuchung der kantonalen Steuerrekurskommission durch trölerisches Verhalten erschwert hat.
3    Wenn besondere Verhältnisse es rechtfertigen, kann von einer Kostenauflage abgesehen werden.
4    Für die Zusprechung von Parteikosten gilt Artikel 64 Absätze 1-3 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968239 sinngemäss.
5    Die Höhe der Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission wird durch das kantonale Recht bestimmt.
LIFD s'appliquent par analogie aux recours déposés en matière d'impôt fédéral direct devant la Cour de justice. Selon l'art. 140 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
LIFD, le délai de recours est de 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée. Passé ce délai, le recours n'est recevable que si le contribuable établit une cause d'empêchement au sens de l'art. 133 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD. La LIFD ne prévoit pas de suspension de délais durant les féries (arrêts 2C 589/2013 du 17 janvier 2014 consid. 4, in RDAF 2014 II 78 et Pra 2014 p. 798; 2C 416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 2.2, non publié in ATF 140 I 68, mais in RDAF 2014 II 40 et Pra 2014 p. 317; 2C 628/2010 du 28 juin 2011 consid. 3.1 non publié in 137 II 353, mais in RDAF 2011 II 405). La situation est ainsi différente de celle qui prévalait en 2011 en matière d'impôt cantonal et communal genevois: en effet, en vertu de l'art. 17A de la loi cantonale genevoise sur la procédure administrative (LPA; RSGE E 5 10), en vigueur lors du dépôt du recours devant la Cour de justice, les délais étaient suspendus durant les féries dans les litiges soumis aux règles de la loi sur la procédure fiscale, telles que ceux relevant de l'imposition des
personnes physiques (cf. art. 1 let. a de la loi de procédure fiscale [LPFisc; RSGE D 3 17]).

6.2. Les recourants font valoir que la divergence qui existait entre le droit fédéral et le droit cantonal genevois en matière de suspension de délais durant les féries était une source de confusion évidente pour les contribuables qui, recevant une seule et même décision portant sur les deux types d'impôts, pouvaient légitimement en inférer qu'ils disposaient d'un seul délai de recours à son encontre. Ils soutiennent qu'il serait incohérent de considérer qu'il n'y avait pas de suspension de délai pour l'impôt fédéral direct, alors qu'il y en avait une pour l'impôt cantonal et communal, et soutiennent que la Cour de justice a versé dans l'arbitraire en retenant le contraire. Ils se prévalent également du principe de la bonne foi et font valoir, à titre subsidiaire, que la Cour de justice a fait preuve de formalisme excessif.

6.3. Il est douteux que la formulation des griefs de nature constitutionnelle répondent aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF (cf. supra consid. 3.1). Ce point souffre toutefois de rester indécis, puisqu'ils doivent de toute manière être rejetés, pour les raisons exposées ci-après.
Le Tribunal fédéral a déjà constaté que l'absence de féries en droit fédéral, lorsque le droit cantonal en prévoit, a pour conséquence un défaut d'harmonisation des solutions fédérales et cantonales. Dans de telles situation, il a toutefois exclu d'appliquer à l'impôt fédéral direct des règles de procédure cantonale concernant la suspension des délais pendant les féries, parce que, d'une part, cela impliquerait un accroissement de la disparité des règles de procédure que le principe d'harmonisation cherchait justement à éviter, et que, d'autre part, cela ne correspondait pas au droit fédéral. Il a ajouté que si l'harmonisation devait entraîner une modification législative pour coordonner les différents délais de recours, celle-ci devait passer par une adaptation du délai cantonal au délai fédéral, et non l'inverse (arrêt 2C 628/2010 du 28 juin 2011 consid. 3.1 précité; cf. également arrêts 2C 479/2015 du 5 juin 2015 consid. 3.2; 2C 55/2014 du 6 juin 2014 consid. 4.1; 2C 589/2013 précité consid. 4; 2C 416/2013 précité consid. 2.2; 2C 948/2013 du 25 octobre 2013 consid. 4; 2C 407/2012 du 23 novembre 2012 consid. 2.4, in StE 2013 B 92.8 Nr. 17; 2C 503/2010 du 11 novembre 2010 consid. 2; 2C 331/2008 du 27 juin 2008 consid. 1; 2A.248/
2003 du 8 août 2003 consid. 3). C'est du reste ce qui s'est produit dans le canton de Genève, où l'art. 17A LPA a été abrogé avec effet au 16 novembre 2013, l'art. 63
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LPA excluant par ailleurs expressément depuis cette date l'application des féries dans les procédures soumises aux règles de la LPFisc.
La Cour de justice a ainsi correctement appliqué le droit fédéral, et les recourants ne sauraient le lui reprocher en invoquant l'arbitraire, la violation du principe de la bonne foi ou le formalisme excessif. Le fait qu'ils n'étaient pas représentés par un avocat lors du dépôt de leur recours ne leur est d'aucun secours. Par ailleurs, ils n'ont pas fait valoir de motif d'empêchement au sens de l'art. 133 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD. C'est partant à bon droit que les juges précédents ont déclaré irrecevable leur recours en tant qu'il portait sur l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2003. Au demeurant, comme exposé ci-après, les recourants n'auraient de toute façon pas obtenu gain de cause sur le fond s'agissant de la déduction litigieuse pour la période fiscale 2003.

7.
Le deuxième objet du litige porte sur le point de savoir si les recourants étaient légitimés à déduire de leurs revenus un montant de 248'347 fr. pour chacune des périodes fiscales concernées.
Les recourants font ici valoir des déductions qui peuvent être invoquées par des personnes qui exercent une activité lucrative indépendante: dans leurs conclusions, ils soutiennent en effet que la déduction du montant de 248'347 fr. doit être admise au titre de "perte commerciale", subsidiairement de "provision", faisant ainsi valoir une violation arbitraire des art. 27 al. 2 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
et 29
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD. Dans leur mémoire de recours, ils invoquent aussi une violation arbitraire de l'art. 211
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD et mentionnent par ailleurs, sans citer l'art. 28
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 28 Abschreibungen - 1 Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR74, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind.75
1    Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR74, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind.75
2    In der Regel werden die Abschreibungen nach dem tatsächlichen Wert der einzelnen Vermögensteile berechnet oder nach ihrer voraussichtlichen Gebrauchsdauer angemessen verteilt.
3    Abschreibungen auf Aktiven, die zum Ausgleich von Verlusten aufgewertet wurden, können nur vorgenommen werden, wenn die Aufwertungen handelsrechtlich zulässig waren und die Verluste im Zeitpunkt der Abschreibung nach Artikel 31 Absatz 1 verrechenbar gewesen wären.
LIFD, la notion d'amortissement. Leur mémoire de recours évoque pêle-mêle ces différentes notions, en juxtaposant pour une large partie des passages divers de jurisprudence et de doctrine, de sorte qu'il n'est pas aisé de saisir dans quelle mesure le droit fédéral aurait été violé selon eux. La Cour de céans examinera donc le litige librement en fonction des notions de droit fédéral invoquées et sans limiter son pouvoir d'examen à l'arbitraire allégué, s'agissant de l'application de la LIFD.

7.1. Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
LIFD) peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel (art. 27 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
LIFD). Font notamment partie de ces frais les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale (art. 27 al. 2 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
LIFD), les amortissements d'actifs (art. 27 al. 2 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
et 28
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 28 Abschreibungen - 1 Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR74, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind.75
1    Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR74, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind.75
2    In der Regel werden die Abschreibungen nach dem tatsächlichen Wert der einzelnen Vermögensteile berechnet oder nach ihrer voraussichtlichen Gebrauchsdauer angemessen verteilt.
3    Abschreibungen auf Aktiven, die zum Ausgleich von Verlusten aufgewertet wurden, können nur vorgenommen werden, wenn die Aufwertungen handelsrechtlich zulässig waren und die Verluste im Zeitpunkt der Abschreibung nach Artikel 31 Absatz 1 verrechenbar gewesen wären.
LIFD) et les provisions (art. 27 al. 2 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
et 29
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD).
Conformément à l'art. 31 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 31 Verluste - 1 Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 40) vorangegangenen Geschäftsjahren können abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Einkommens dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.77
1    Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 40) vorangegangenen Geschäftsjahren können abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Einkommens dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.77
2    Mit Leistungen Dritter, die zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung erbracht werden, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Einkommen verrechnet werden konnten.
LIFD, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 40) peuvent être déduites pour autant qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années concernées. Cette disposition correspond matériellement à l'ancien art. 211
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD, en vigueur pour les périodes fiscales litigieuses, qui a été abrogé et remplacé par l'art. 31 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 31 Verluste - 1 Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 40) vorangegangenen Geschäftsjahren können abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Einkommens dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.77
1    Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 40) vorangegangenen Geschäftsjahren können abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Einkommens dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.77
2    Mit Leistungen Dritter, die zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung erbracht werden, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Einkommen verrechnet werden konnten.
LIFD au 1er janvier 2014 (cf. ch. I 1 de la loi fédérale du 22 mars 2013 sur la mise à jour formelle du calcul dans le temps de l'impôt direct dû par les personnes physiques [RO 2013 2397; FF 2011 3381]).
Par ailleurs, l'art. 34 let. c
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 34 - Nicht abziehbar sind die übrigen Kosten und Aufwendungen, insbesondere:
a  die Aufwendungen für den Unterhalt des Steuerpflichtigen und seiner Familie sowie der durch die berufliche Stellung des Steuerpflichtigen bedingte Privataufwand;
b  ...
c  die Aufwendungen für Schuldentilgung;
d  die Aufwendungen für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Vermögensgegenständen;
e  Einkommens-, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuern von Bund, Kantonen und Gemeinden und gleichartige ausländische Steuern.
LIFD dispose que les dépenses affectées au remboursement de dettes ne constituent pas des frais et dépenses déductibles. Peu importe que ces dépenses concernent la fortune privée ou commerciale du contribuable (cf. art. 18 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
LIFD, PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2004, n° 23 ad art. 34 DBG; FELIX RICHNER/ WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009, n° 65 ad art. 34 DBG).

7.2. La Cour de justice a refusé les déductions invoquées au motif qu'elles ne représentaient que le remboursement d'une dette (art. 34 let. c
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 34 - Nicht abziehbar sind die übrigen Kosten und Aufwendungen, insbesondere:
a  die Aufwendungen für den Unterhalt des Steuerpflichtigen und seiner Familie sowie der durch die berufliche Stellung des Steuerpflichtigen bedingte Privataufwand;
b  ...
c  die Aufwendungen für Schuldentilgung;
d  die Aufwendungen für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Vermögensgegenständen;
e  Einkommens-, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuern von Bund, Kantonen und Gemeinden und gleichartige ausländische Steuern.
LIFD). B.X.________ avait obtenu en 1996, avec son frère, un prêt hypothécaire de 6'640'000 fr. pour acquérir la totalité des actions de la Société. Lorsque ce prêt avait été dénoncé en 2003 par la Fondation, les codébiteurs avaient été obligés de rembourser leur dette, à hauteur de 6'376'857.75 fr. (intérêts non compris), ce qu'ils avaient effectué en septembre 2003, ayant à cet effet obtenu un refinancement à hauteur de 2'900'000 fr. par la banque G.________. Il en découlait que tant la part couverte par le refinancement que la part non couverte (soit 3'476'857.75 fr.) représentait bien le remboursement du solde de la dette contractée en 1996. Au surplus, les contribuables n'avaient pas prouvé avoir constitué une provision de 248'347 fr., une telle écriture n'apparaissant au demeurant pas dans les documents annexés à leurs déclarations fiscales.

7.3. Il est incontestable que le montant de 3'476'857.75 fr. que B.X.________ et C.X.________ ont payé à la Fondation en 2003 représente le remboursement d'une dette, ce qui ne constitue pas une dépense déductible (cf. art. 34 let. c
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 34 - Nicht abziehbar sind die übrigen Kosten und Aufwendungen, insbesondere:
a  die Aufwendungen für den Unterhalt des Steuerpflichtigen und seiner Familie sowie der durch die berufliche Stellung des Steuerpflichtigen bedingte Privataufwand;
b  ...
c  die Aufwendungen für Schuldentilgung;
d  die Aufwendungen für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Vermögensgegenständen;
e  Einkommens-, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuern von Bund, Kantonen und Gemeinden und gleichartige ausländische Steuern.
LIFD), comme l'a constaté à juste titre la Cour de justice. Les recourants affirment toutefois que le contrat de prêt hypothécaire ne serait "qu'une conséquence qui ne peut être retenue dans le cadre de ce dossier". Ils soutiennent en effet qu'au vu de la diminution "drastique" de la valeur de l'immeuble, ils ont encouru en 2003 une perte déductible, respectivement qu'ils étaient légitimés à déduire une provision. Une telle position ne peut être suivie.

7.4. Il faut au préalable souligner que, lorsqu'ils soutiennent que les déductions qu'ils revendiquent sont justifiées par la diminution de la valeur de l'immeuble sis sur la parcelle n° **** de Genève, les recourants raisonnent comme si cet immeuble faisait partie de leur patrimoine, perdant de vue qu'il s'agit là d'un actif qui appartient à la Société et qu'ils ne sont, pour leur part, propriétaires que des titres de cette dernière. Or, les déductions qu'ils revendiquent, qui concernent toutes le revenu de l'activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
LIFD), supposent que les actions de la Société fassent partie de la fortune commerciale des recourants (art. 18 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
LIFD). La Cour de justice, qui a centré son argumentation sur l'art. 34 let. c
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 34 - Nicht abziehbar sind die übrigen Kosten und Aufwendungen, insbesondere:
a  die Aufwendungen für den Unterhalt des Steuerpflichtigen und seiner Familie sowie der durch die berufliche Stellung des Steuerpflichtigen bedingte Privataufwand;
b  ...
c  die Aufwendungen für Schuldentilgung;
d  die Aufwendungen für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Vermögensgegenständen;
e  Einkommens-, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuern von Bund, Kantonen und Gemeinden und gleichartige ausländische Steuern.
LIFD, n'a pas discuté cette question, et l'arrêt attaqué ne contient pas d'élément factuel qui permette de retenir une telle qualification (B.X.________ y est en effet présenté comme gérant de fortune salarié, sans qu'il soit fait référence à une activité accessoire de commerçant immobilier). Ce point souffre de rester incertain, car même si l'on admet que les actions font partie de la fortune commerciale des recourants, les griefs qu'ils forment à l'encontre de l'arrêt attaqué doivent
de toute manière être rejetés, comme démontré ci-après.

7.5. Le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance exprimé à l'art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD implique, en tant que règle d'estimation du revenu, que le compte de résultat conforme au droit commercial est en principe déterminant en droit fiscal des personnes morales (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; arrêts 2C 768/2014 du 31 août 2015 consid. 9.1; 2C 16/2015 du 6 août 2015 consid. 2.2.2). Cela s'applique également aux personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante ( MARKUS REICH, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82, 2 e éd. 2008, n° 21 ad art. 18 DBG; LOCHER, op. cit., n° 174 ad art. 18 DBG). L'art. 18 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
LIFD renvoie du reste à l'art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD, applicable par analogie aux contribuables indépendants qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme. Si, selon sa lettre, l'art. 18 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
LIFD n'envisage que les contribuables tenant une comptabilité, cela ne signifie pas pour autant que les indépendants qui n'en tiennent pas seraient soumis à des principes différents en matière d'estimation du revenu ( REICH, in op. cit., n° 22 ad art. 18 DBG). A défaut de comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, l'indépendant doit alors
joindre à sa déclaration fiscale un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés (cf. art. 125 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 125 Beilagen zur Steuererklärung - 1 Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
1    Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
a  Lohnausweise über alle Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit;
b  Ausweise über Bezüge als Mitglied der Verwaltung oder eines anderen Organs einer juristischen Person;
c  Verzeichnisse über sämtliche Wertschriften, Forderungen und Schulden.
2    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR223: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.224
3    Zudem haben Kapitalgesellschaften und Genossenschaften das ihrer Veranlagung zur Gewinnsteuer dienende Eigenkapital am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht auszuweisen. Dieses besteht aus dem einbezahlten Grund- oder Stammkapital, den in der Handelsbilanz ausgewiesenen Reserven aus Kapitaleinlagen nach Artikel 20 Absätze 3-7, den offenen und den aus versteuertem Gewinn gebildeten stillen Reserven sowie aus jenem Teil des Fremdkapitals, dem wirtschaftlich die Bedeutung von Eigenkapital zukommt.225
LIFD; LOCHER, op. cit., n° 178 ad art. 18 DBG; REICH, in op. cit., n° 22 ad art. 18 DBG).
L'exigence de comptabilisation apparaît également à l'art. 27 al. 2 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
LIFD en relation avec les pertes effectives sur des éléments de fortune commerciale. A défaut de comptabilité tenue en bonne et due forme, ces pertes doivent alors figurer dans le relevé des recettes et des dépenses au sens de l'art. 125 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 125 Beilagen zur Steuererklärung - 1 Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
1    Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
a  Lohnausweise über alle Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit;
b  Ausweise über Bezüge als Mitglied der Verwaltung oder eines anderen Organs einer juristischen Person;
c  Verzeichnisse über sämtliche Wertschriften, Forderungen und Schulden.
2    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR223: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.224
3    Zudem haben Kapitalgesellschaften und Genossenschaften das ihrer Veranlagung zur Gewinnsteuer dienende Eigenkapital am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht auszuweisen. Dieses besteht aus dem einbezahlten Grund- oder Stammkapital, den in der Handelsbilanz ausgewiesenen Reserven aus Kapitaleinlagen nach Artikel 20 Absätze 3-7, den offenen und den aus versteuertem Gewinn gebildeten stillen Reserven sowie aus jenem Teil des Fremdkapitals, dem wirtschaftlich die Bedeutung von Eigenkapital zukommt.225
LIFD ( REICH, in op. cit., n° 43 ad art. 27 DBG). L'art. 28 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 28 Abschreibungen - 1 Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR74, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind.75
1    Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR74, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind.75
2    In der Regel werden die Abschreibungen nach dem tatsächlichen Wert der einzelnen Vermögensteile berechnet oder nach ihrer voraussichtlichen Gebrauchsdauer angemessen verteilt.
3    Abschreibungen auf Aktiven, die zum Ausgleich von Verlusten aufgewertet wurden, können nur vorgenommen werden, wenn die Aufwertungen handelsrechtlich zulässig waren und die Verluste im Zeitpunkt der Abschreibung nach Artikel 31 Absatz 1 verrechenbar gewesen wären.
LIFD exige également que les amortissements soient comptabilisés ou, à défaut de comptabilité tenue selon l'usage commercial, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissement. Quant aux provisions, elles doivent également être comptabilisées pour être admises (art. 29 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD) ou, à défaut, figurer dans le relevé des recettes et des dépenses au sens de l'art. 125 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 125 Beilagen zur Steuererklärung - 1 Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
1    Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
a  Lohnausweise über alle Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit;
b  Ausweise über Bezüge als Mitglied der Verwaltung oder eines anderen Organs einer juristischen Person;
c  Verzeichnisse über sämtliche Wertschriften, Forderungen und Schulden.
2    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR223: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.224
3    Zudem haben Kapitalgesellschaften und Genossenschaften das ihrer Veranlagung zur Gewinnsteuer dienende Eigenkapital am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht auszuweisen. Dieses besteht aus dem einbezahlten Grund- oder Stammkapital, den in der Handelsbilanz ausgewiesenen Reserven aus Kapitaleinlagen nach Artikel 20 Absätze 3-7, den offenen und den aus versteuertem Gewinn gebildeten stillen Reserven sowie aus jenem Teil des Fremdkapitals, dem wirtschaftlich die Bedeutung von Eigenkapital zukommt.225
LIFD ( MARCO DUSS/MARCO GRETER/JULIA VON AH, Die Besteuerung Selbständigerwerbender, 2004, p. 82).
Les exigences auxquelles doivent répondre les pièces comptables requises par l'art. 125 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 125 Beilagen zur Steuererklärung - 1 Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
1    Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
a  Lohnausweise über alle Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit;
b  Ausweise über Bezüge als Mitglied der Verwaltung oder eines anderen Organs einer juristischen Person;
c  Verzeichnisse über sämtliche Wertschriften, Forderungen und Schulden.
2    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR223: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.224
3    Zudem haben Kapitalgesellschaften und Genossenschaften das ihrer Veranlagung zur Gewinnsteuer dienende Eigenkapital am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht auszuweisen. Dieses besteht aus dem einbezahlten Grund- oder Stammkapital, den in der Handelsbilanz ausgewiesenen Reserven aus Kapitaleinlagen nach Artikel 20 Absätze 3-7, den offenen und den aus versteuertem Gewinn gebildeten stillen Reserven sowie aus jenem Teil des Fremdkapitals, dem wirtschaftlich die Bedeutung von Eigenkapital zukommt.225
LIFD dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, elles doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlées dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (arrêt 2C 551/2012 du 16 mai 2013 consid. 3.1 et les références citées, in StE 2013 B 23.3 Nr. 8). Cette exigence est d'autant plus importante lorsque le contribuable entend alléguer des faits de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2C 835/2012 du 1 er avril 2013 consid. 7.2.2, in RDAF 2013 II 399; 2C 651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 4.1), ce qui lui incombe de prouver (ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158; arrêts 2C 42/2015 10 septembre 2015; 2C 109/2015 du 1 er septembre 2015 consid. 4.1).

7.6. En l'espèce, les recourants ne tenaient pas de comptabilité en bonne et due forme. Ils n'ont pas non plus produit d'état des actifs et des passifs, de relevé des recettes et des dépenses ni de prélèvements et apports privés, comme l'exigeait l'art. 125 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 125 Beilagen zur Steuererklärung - 1 Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
1    Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
a  Lohnausweise über alle Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit;
b  Ausweise über Bezüge als Mitglied der Verwaltung oder eines anderen Organs einer juristischen Person;
c  Verzeichnisse über sämtliche Wertschriften, Forderungen und Schulden.
2    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR223: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.224
3    Zudem haben Kapitalgesellschaften und Genossenschaften das ihrer Veranlagung zur Gewinnsteuer dienende Eigenkapital am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht auszuweisen. Dieses besteht aus dem einbezahlten Grund- oder Stammkapital, den in der Handelsbilanz ausgewiesenen Reserven aus Kapitaleinlagen nach Artikel 20 Absätze 3-7, den offenen und den aus versteuertem Gewinn gebildeten stillen Reserven sowie aus jenem Teil des Fremdkapitals, dem wirtschaftlich die Bedeutung von Eigenkapital zukommt.225
LIFD. Ils se sont limités à déduire dans leurs déclarations fiscales un montant de 248'347 fr. sous la rubrique "pertes sur droits et obligations". Une telle manière de faire est manifestement insuffisante pour admettre ces déductions du revenu d'activité lucrative indépendante, que ce soit au titre de perte effective sur des éléments de la fortune commerciale, d'amortissement ou de provision. Il n'est partant pas nécessaire d'examiner si, matériellement, les conditions de l'une ou l'autre des dispositions y relatives étaient remplies.

7.7. Les recourants invoquent également une violation de l'ancien art. 211
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD. Ce grief est confus. Dans la mesure où ils soutiennent qu'ils étaient légitimés à déduire la perte durant sept ans, à raison de 248'347 fr. par année, il semble qu'ils entendent faire valoir l'art. 211
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD conjointement avec l'art. 27 al. 2 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
LIFD (déduction des pertes effectives), voire avec l'art. 29
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD (provision), en répartissant la perte sur une période de sept ans. Quoi qu'il en soit, les recourants n'ont manifestement pas compris la teneur de l'art. 211
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD, perdant de vue que cette norme concerne la perte de l'exercice (cf. Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 2 ad art. 67
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 67 Verluste - 1 Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
1    Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode (Art. 79) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinnes dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
2    Mit Leistungen zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung, die nicht Kapitaleinlagen nach Artikel 60 Buchstabe a sind, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Gewinnen verrechnet werden konnten.
LIFD) et non pas les pertes commerciales encourues en cours d'exercice. Le grief de violation de l'art. 211
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 29 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Geschäftsertrages, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
LIFD est partant rejeté.

7.8. Il découle de ce qui précède que la Cour de justice n'a pas violé le droit fédéral en refusant aux recourant le droit de déduire 248'347 fr.

8.
Les recourants soutiennent ensuite qu'ils seraient "surtaxés" si la "perte commerciale, alternativement la provision", n'étaient pas admise en déduction de leurs revenus. Cette critique n'est à nouveau pas claire. Les recourants évoquent peut-être ici une violation du principe de l'imposition selon la capacité contributive (art. 127 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
Cst.). Or, s'agissant d'un grief de nature constitutionnelle, sa formulation doit répondre aux exigences de motivation accrue de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF (cf. ci-dessus consid. 3.1). Tel n'est pas le cas en l'espèce, les recourants n'ayant pas même cité l'art. 127 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
Cst. ni mentionné le principe d'imposition selon la capacité contributive dans leurs mémoire. Le grief est partant irrecevable.

9.
Les recourants reprochent finalement à la Cour de justice de n'avoir pas procédé à la révision de la taxation de la période fiscale 2003. Ils se plaignent d'une violation arbitraire de l'art. 148
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 148 Frist - Das Revisionsbegehren muss innert 90 Tagen nach Entdeckung des Revisionsgrundes, spätestens aber innert zehn Jahren nach Eröffnung der Verfügung oder des Entscheides eingereicht werden.
(recte: 147) al. 1 LIFD.

9.1. Selon l'art. 147 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 147 Gründe - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Die Revision bundesgerichtlicher Urteile richtet sich nach dem Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005242.243
LIFD, une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable notamment lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts (lettre a) ou lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître ou qu'elle a violé de quelque autre manière l'une des règles essentielles de la procédure (lettre b).
Selon la lettre claire de l'art. 147 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 147 Gründe - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Die Revision bundesgerichtlicher Urteile richtet sich nach dem Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005242.243
LIFD, la révision suppose au préalable que l'on soit en présence d'une décision ou d'un prononcé qui soit entré en force.

9.2. Faisant valoir implicitement le motif de révision de l'art.147 al. 1 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 147 Gründe - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Die Revision bundesgerichtlicher Urteile richtet sich nach dem Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005242.243
LIFD, les recourants soutiennent que les autorités intimées avaient connaissance du fait que le recourant était poursuivi pour gestion déloyale dans le contexte dans une affaire Z.________ en tant qu'administrateur de F.________pour un montant correspondant à 6'212'000 fr. par administrateur, et qu'elles savaient également que les biens des recourants avaient été mis sous séquestre. Compte tenu de ces faits, une révision de leur taxation 2003 devait être effectuée.

9.3. En l'espèce, la Cour de justice a déclaré irrecevable la demande de révision que les recourants avaient déjà formulée devant le Tribunal administratif. Dès lors que la taxation pour la période fiscale 2003 était objet du recours devant les juges précédents, elle n'était pas entrée en force. La condition préalable à la révision d'une décision de taxation n'était partant pas remplie, de sorte que c'est à juste titre que les juges précédents ont déclaré irrecevable la demande des recourants. Il n'y a en conséquence pas lieu d'examiner s'il existait, sur le fond, un motif de révision. On peut toutefois relever que les motifs invoqués par les recourants ne sont de toute manière pas de nature à entraîner une révision de la taxation de l'année fiscale 2003: on ne voit en effet pas en quoi l'existence d'une poursuite pénale, quand bien même celle-ci aurait, à l'avenir, des conséquences sur la situation patrimoniale des intéressés, serait un fait de nature à influencer l'imposition des recourants en 2003, condition à l'application de l'art. 147 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 147 Gründe - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Die Revision bundesgerichtlicher Urteile richtet sich nach dem Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005242.243
LIFD ( HUGO CASANOVA, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 5 ad art. 147
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 147 Gründe - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Die Revision bundesgerichtlicher Urteile richtet sich nach dem Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005242.243
LIFD). Les recourants ne l'exposent du reste pas. Le grief de violation de l'art. 147 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 147 Gründe - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Die Revision bundesgerichtlicher Urteile richtet sich nach dem Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005242.243
LIFD
est partant rejeté.

VI. Impôt cantonal et communal

10.

10.1. En droit cantonal, la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP; RS/GE D 3 08) prévoit que les impôts relatifs aux périodes fiscales antérieures à 2010 demeurent régis par les dispositions de l'ancien droit, soit notamment la loi cantonale du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la progression à froid (aLIPP-V).
Les notions cantonales de provisions (art. 3 al. 3 let. e aLIPP-V), de report des pertes des exercices (art. 3 al. 3 let. f aLIPP-V), de dépenses non déductibles telles que les sommes affectées au remboursement de dettes (art. 9 let. c aLIPP-V), d'amortissements (art. 3 al. 3 let. d aLIPP-V), ainsi que les obligations qui incombent aux personnes physiques exerçant une activité lucrative indépendante (art. 29 al. 2 LPFisc) correspondent à celles de l'impôt fédéral direct et à celles de la LHID (cf. art. 10 al. 1 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 10 Selbständige Erwerbstätigkeit - 1 Als geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten werden namentlich abgezogen:
1    Als geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten werden namentlich abgezogen:
a  die ausgewiesenen Abschreibungen des Geschäftsvermögens;
b  die Rückstellungen für Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist, oder für unmittelbar drohende Verlustrisiken;
c  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf dem Geschäftsvermögen;
d  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
e  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 8 Absatz 2 entfallen;
f  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
g  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
1bis    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.74
1ter    Sind Sanktionen nach Absatz 1bis Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.75
2    Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 15) vorangegangenen Geschäftsjahren können abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Einkommens dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.76
3    Mit Leistungen Dritter, die zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung erbracht werden, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Einkommen verrechnet werden konnten.
4    Die Absätze 2 und 3 gelten auch bei Verlegung des steuerrechtlichen Wohnsitzes oder des Geschäftsortes innerhalb der Schweiz.77
, b, c et al. 2 LHID et art. 42 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 42 Verfahrenspflichten des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen.
1    Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen.
2    Er muss auf Verlangen der Veranlagungsbehörde insbesondere mündlich oder schriftlich Auskunft erteilen, Geschäftsbücher, Belege und weitere Bescheinigungen sowie Urkunden über den Geschäftsverkehr vorlegen.
3    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR186: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.187
4    Die Art und Weise der Führung und der Aufbewahrung der Dokumente nach Absatz 3 richtet sich nach den Artikeln 957-958f OR.188
LHID). Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent également à s'appliquer à l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2003 à 2005.

10.2. En ce qui concerne la question de la révision de la taxation de la période fiscale 2003, l'art. 55 LPFisc a une teneur identique à celles des art. 51
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 51 Revision - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Das Revisionsbegehren muss innert 90 Tagen nach Entdeckung des Revisionsgrundes, spätestens aber innert zehn Jahren nach Eröffnung der Verfügung oder des Entscheides eingereicht werden.
4    Für die Behandlung des Revisionsbegehrens ist die Behörde zuständig, welche die fragliche Verfügung oder den fraglichen Entscheid erlassen hat.
LHID et 147 al. 1 LIFD. Il peut dès lors aussi être renvoyé à la motivation exposée ci-dessus, qui vaut également pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2003.
Conséquences, ainsi que frais et dépens

11.
Ce qui précède conduit au rejet du recours en matière de droit public, dans la mesure de sa recevabilité, et à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire. Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 66
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
al. 1et 5 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 89/2015 et 90/2015 sont jointes.

2.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.

3.
Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2003, 2004 et 2005.

4.
Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2003, 2004 et 2005.

5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.

6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 23 octobre 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Zünd

La Greffière : Vuadens
Decision information   •   DEFRITEN
Document : 2C_89/2015
Date : 23. Oktober 2015
Published : 09. November 2015
Source : Bundesgericht
Status : Unpubliziert
Subject area : Öffentliche Finanzen und Abgaberecht
Subject : Impôts communal et cantonal 2003 à 2005, impôt fédéral direct 2003 à 2005


Legislation register
BGG: 42  46  66  68  71  82  83  86  89  90  95  97  99  100  102  105  106  113
BV: 29  127
DBG: 18  27  28  29  31  34  58  67  125  133  140  144  145  146  147  148  211
StHG: 10  42  51  73
TSchG: 63
BGE-register
121-II-257 • 124-I-274 • 125-I-127 • 133-II-153 • 134-I-140 • 135-II-260 • 135-II-286 • 135-III-127 • 136-I-229 • 136-II-101 • 136-II-304 • 137-I-58 • 137-II-353 • 137-III-226 • 138-I-232 • 139-I-189 • 139-I-229 • 140-I-285 • 140-I-68
Weitere Urteile ab 2000
2C_109/2015 • 2C_16/2015 • 2C_331/2008 • 2C_407/2012 • 2C_416/2013 • 2C_42/2015 • 2C_479/2015 • 2C_503/2010 • 2C_55/2014 • 2C_551/2012 • 2C_589/2013 • 2C_628/2010 • 2C_651/2012 • 2C_768/2014 • 2C_835/2012 • 2C_89/2015 • 2C_90/2015 • 2C_948/2013 • 6B_907/2009
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AS
AS 2013/2397
BBl
2011/3381
RDAF
2011 II 405 • 2013 II 399 • 2014 II 40 • 2014 II 78