2C_87/2015 - 2015-10-23 - Finances publiques et droit fiscal - Impôts communal et cantonal 2003 à 2005 impôt fédéral direct 2003 à 2005

Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 87/2015

2C 88/2015

{T 0/2}

Arrêt du 23 octobre 2015

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Stadelmann.
Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure
A.X.________,
représenté par Me Oana Halaucescu, avocate,
recourant,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève.

Objet
Impôt communal et cantonal 2003 à 2005, impôt fédéral direct 2003 à 2005,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 2 décembre 2014.

Faits :

A.

A.a. En 1996, A.X.________, domicilié à Genève, et son frère B.X.________ (art. 105 al. 2 LTF) ont obtenu de la Banque C.________ un prêt hypothécaire de 6'640'000 fr. pour leur permettre d'acquérir ensemble le capital-actions de la société immobilière D.________ SA (ci-après: la Société), propriétaire de la parcelle n° **** de la Commune de Genève. Le prêt était octroyé contre la cession à la Banque C.________, en pleine propriété, de deux cédules hypothécaires au porteur grevant la parcelle n° ****, l'une, de premier rang, de 6'000'000 fr. et l'autre, de deuxième rang, de 600'000 fr. A.X.________ est ainsi devenu propriétaire de la moitié des actions de la Société.
En décembre 2000, la Fondation de valorisation des actifs de la Banque C.________ (ci-après: la Fondation) a informé A.X.________ que la Banque C.________ lui avait cédé le prêt hypothécaire. En mars 2003, la Fondation a résilié le contrat de prêt avec effet immédiat. Elle dénonçait également au remboursement intégral les deux cédules hypothécaires pour le 21 octobre 2003.
Le 5 septembre 2003, la Fondation s'est engagée auprès des co-débiteurs à remettre les deux cédules hypothécaires grevant la parcelle n° **** dont elle était propriétaire et à signer une réquisition de radiation au porteur dès réception d'un montant de 6'793'893.25 fr. Ce montant correspondait à la dette de 6'376'857.75 fr. (état au 31 mars 2003), augmentée des intérêts au 12 septembre 2003. Une partie du remboursement du prêt a été effectuée au moyen d'un nouveau prêt hypothécaire contracté auprès de la Banque E.________ à hauteur de 2'900'000 fr, et l'autre partie a été remboursée directement par A.X.________ et B.X.________.
A.X.________ exerce la profession d'avocat indépendant et est associé dans une étude genevoise.

A.b. Dans sa déclaration fiscale pour l'année 2003, A.X.________ a déclaré un bénéfice net d'activité indépendante de 471'815 fr. Le revenu brut se composait d'une rémunération fixe des associés (96'000 fr.), d'une part au bénéfice (424'655 fr.) et d'"honoraires encaissés" (59'058.10 fr.), ce dernier poste correspondant à une activité indépendante d'avocat exercée de manière accessoire, soit hors étude. Outre des charges liées à son activité indépendante d'avocat et calculées forfaitairement (art. 105 al. 2 LTF), il a également fait valoir des charges effectives liées à son activité accessoire, constituées de 4'800 fr. de frais de véhicule, de 15'000 fr. de frais de bureau, de 18'000 fr. de frais de loyer et de 70'098 fr. de dépréciation, pour un montant total de 107'898 fr.
Sous la rubrique "Autres déductions sur le revenu", A.X.________ a par ailleurs porté en déduction un montant de 248'347 fr. au titre de "perte s/ droits et obligations". Selon un tableau annexé à la déclaration, cette déduction était liée à l'immeuble sis sur la parcelle n° **** de la commune de Genève. Il en ressortait une "perte" de 3'476'857.75 fr., résultat de la différence entre le paiement dû à la Fondation (soit, en capital, 6'376'857.75 fr.) et la part de refinancement que la banque E.________ avait accordé à lui-même et à son frère en relation avec la parcelle n° **** (2'900'000 fr.). Cette "perte" était amortie sur sept ans, à raison de 496'694 fr. par année, dont la moitié, soit 248'347 fr., était attribuée à A.X.________.
Dans sa déclaration fiscale pour l'année 2004, A.X.________ a déclaré un bénéfice net d'activité indépendante de 245'507 fr. Son revenu brut déclaré s'élevait à 349'759 fr. (constitué de 96'000 fr. de rémunération fixe des associés et de 253'759 fr. de part au bénéfice de l'étude, mais de 0 fr. d'"honoraires encaissés"). Comme pour 2003, il a fait valoir des charges liées à son activité d'avocat calculées de manière forfaitaire, ainsi que des charges effectives par 104'252 fr. liées à son activité accessoire, à savoir 4'800 fr. de frais de véhicule, 15'000 fr. de frais de bureau, 18'000 fr. de frais de loyer et 66'452 fr. de dépréciation. Il a également porté en déduction de son revenu un montant de 248'347 fr. au titre de perte sur droits et obligations. Cette déduction de 248'347 fr. figurait également dans la déclaration fiscale que le contribuable a établie pour la période fiscale 2005.

B.

B.a. Le 15 mai 2008, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a procédé à l'imposition de A.X.________ pour la période fiscale 2003 tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal. Hormis des points qui ne sont désormais plus litigieux, elle n'a admis les charges effectives invoquées (soit 107'898 fr.) qu'à concurrence du montant des honoraires encaissés pour l'activité accessoire, soit 59'058.10 fr. Elle a par ailleurs refusé la déduction de 248'347 fr. invoquée au titre de "perte sur droits et obligations" et procédé à la reprise de l'entier de ce montant.
Le 30 septembre 2009, l'Administration cantonale a imposé A.X.________ pour la période fiscale 2004. Hormis des points qui ne sont désormais plus litigieux, elle a procédé à la reprise de l'entier des charges invoquées en lien avec l'activité accessoire (soit 104'252 fr.), ainsi que du montant de 248'347 fr. Dans sa décision de taxation du 5 octobre 2009 relative la période fiscale 2005, elle a, une nouvelle fois, refusé d'admettre la déduction du montant de 248'347 fr.
A.X.________ a élevé réclamations contre ces décision de taxation pour contester les reprises précitées.

B.b. L'Administration cantonale a maintenu ses positions dans les décisions sur réclamation des 27 janvier 2010 (concernant la période fiscale 2005), 16 juin 2010 (concernant la période fiscale 2003) et 18 juin 2010 (concernant la période fiscale 2004).
Le 24 février 2010, A.X.________ a indiqué à l'Administration cantonale que certains postes de charges liés à son activité d'avocat "hors étude" avaient été augmentés pour l'année 2003, après des vérifications effectuées par sa fiduciaire. Il annexait à son courrier des listes de chaque poste, qui mentionnaient le montant et la date des dépenses alléguées.

B.c. Le 26 février 2010, le contribuable a recouru contre la décision sur réclamation du 27 janvier 2010 relative à la période fiscale 2005 auprès de l'actuel Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: Tribunal administratif), concluant à la déductibilité du montant de 248'347 fr. Au cours de la procédure, il a produit un document non daté selon lequel B.X.________ lui avait cédé "l'entier de ses droits" liés à l'immeuble détenu par la Société, pour le prix de 1'150'000 fr.
Les 19 juillet et 21 juillet 2010, l'intéressé a interjeté recours auprès du Tribunal administratif contre les décisions sur réclamation relatives aux périodes fiscales 2003, respectivement 2004. Il requérait la prise en compte de l'entier des charges qu'il avait fait valoir pour chacune des périodes considérées et demandait l'admission de la déduction du montant de 248'347 fr., sollicitant à cet égard l'audition des parties, de témoins et d'experts. Le 11 octobre 2010, le recourant a complété son recours du 21 juillet 2010pour demander au Tribunal administratif de tenir compte, pour les périodes fiscales 2003 et en 2004, de la perte commerciale de 146'762 fr. qu'il avait encourue ensuite de la vente, en 1999, d'un immeuble situé à F.________. A l'appui de cette conclusion, il expliquait qu'il avait omis de faire valoir cette perte dans la déclaration de l'époque et qu'il avait demandé en vain, par courrier du 3 juillet 2001, à l'Administration cantonale de pouvoir la rectifier.

B.d. Par jugement du 3 mars 2014 concernant les périodes fiscales 2003 et 2004, le Tribunal administratif a, après avoir joint les causes, déclaré irrecevable, parce que nouvelle, la conclusion formulée le 11 octobre 2010 au sujet de la perte de 146'762 fr. tout en précisant que, sur le fond, la déductibilité d'une telle perte en 2003 et 2004 était de toute manière exclue au regard du principe d'étanchéité des exercices et de périodicité de l'impôt. Le contribuable n'avait par ailleurs pas prouvé la réalité et le bien-fondé des charges effectives qu'il alléguait; la déduction de 59'058.10 fr. admise par l'Administration cantonale et correspondant au montant du gain d'activité accessoire pour 2003 n'était toutefois pas remise en cause (art. 105 al. 2 LTF); quant au paiement que le contribuable et son frère avaient effectué à la Fondation en 2003, il ne constituait que le remboursement non déductible d'une dette hypothécaire et non pas une perte déductible.
Dans son jugement du 13 juin 2014 relatif à la période fiscale 2005, le Tribunal administratif a refusé d'admettre la déductibilité du montant de 248'347 fr.

B.e. Par recours du 10 avril 2014, complété le 15 mai 2014, A.X.________ a déféré le jugement du 3 mars 2014 du Tribunal administratif concernant les périodes fiscale 2003 et 2004 auprès de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice). Il estimait avoir apporté des preuves suffisantes de la déductibilité des charges qu'il avait invoquées. Concernant le montant de 248'347 fr., il exposait en substance que ce montant correspondait à un septième de la perte qu'il avait subie du fait de la diminution de valeur de la parcelle n° **** de la commune de Genève, répartie sur sept ans et divisée entre lui-même et son frère. Pour prouver ce fait, le contribuable sollicitait sa propre audition, ainsi que celles d'un architecte et de trois comptables; il produisait également une attestation de la banque E.________ du 27 mai 2014, selon laquelle celle-ci avait accordé à A.X.________ et à son frère un prêt de 2'900'000 fr., pour le refinancement de la Société, respectivement de son immeuble, sur la base d'une valeur de gage estimée selon ses méthodes d'évaluation interne. En ce qui concernait finalement la prise en compte de la perte commerciale subie en 1999 en lien avec un immeuble sis à
F.________, le contribuable contestait l'irrecevabilité de la conclusion qu'il avait prise en octobre 2010 et soutenait, en invoquant le principe de légalité, que cette perte pouvait être déduite du revenu des périodes fiscales 2003 et 2004.
Le 23 juillet 2014, l'intéressé a recouru auprès de la Cour de justice contre le jugement du 13 juin 2014 du Tribunal administratif relatif à la période fiscale 2005 pour contester la reprise afférente au montant de 248'347 fr. Il a une nouvelle fois demandé son audition, ainsi que celle d'un comptable et d'un architecte, et a aussi produit un rapport d'estimation de la parcelle n° **** de la commune de Genève, ainsi qu'un projet de plan financier daté du 14 mai 2003 pour l'acquisition de dite parcelle, émanant de la société d'assurance G.________.

B.f. Par arrêt du 2 décembre 2014, la Cour de justice a joint les causes et rejeté les recours. En substance, elle a jugé que A.X.________ n'avait pas prouvé la réalité des charges qu'il invoquait et a partant refusé les déductions alléguées, par 107'898 fr. pour la période fiscale 2003 et 104'252 fr. pour la période fiscale 2004. Elle n'a toutefois pas remis en cause la déductibilité de 59'058.10 fr. admise par les autorités précédentes. Le montant de 248'347 fr. que le recourant faisait par ailleurs valoir comme perte commerciale ou comme provision ne représentait que le remboursement d'une dette, ce qui n'était pas déductible. Enfin, le Tribunal administratif avait estimé à juste titre que la déduction que le recourant avait fait valoir pour 2003 et 2004 en lien avec une perte de 146'762 fr. encourue en 1999 était irrecevable, car nouvelle; quoi qu'il en soit, les juges précédents avaient de toute manière jugé à bon droit que la prise en compte de cette perte en 2003 et en 2004 était de toute manière exclue, car contraire aux principes de périodicité et d'étanchéité.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, A.X.________ conclut principalement, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du 2 décembre 2014 de la Cour de justice, à la déduction (i) d'une perte commerciale, subsidiairement d'une provision de 248'347 fr. pour chaque exercice 2003, 2004 et 2005, (ii) de la perte de 146'762 fr. subie sur la vente de l'immeuble sis à F.________ en 1999, pour les périodes fiscales 2003 et 2004 et (iii) des charges liées à son activité accessoire, soit un montant de 107'898 fr. pour la période fiscale 2003 et de 104'552 fr. pour la période fiscale 2004; à titre subsidiaire, il conclut à l'annulation de l'arrêt du 2 décembre 2014 de la Cour de justice et au renvoi de la cause à cette autorité, alternativement au Tribunal administratif, pour nouvelle décision dans le sens des considérants; plus subsidiairement, à ce qu'il soit acheminé à prouver par toutes voies utiles les faits allégués dans le présent recours.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions se sont déterminées sur le recours et ont conclu à son rejet.
Par décision du 19 février 2015, le Président de la Cour de céans a rejeté la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt valant pour l'impôt cantonal et communal, d'une part, et pour l'impôt fédéral direct, d'autre part, ce qui est admissible, dès lors que les questions juridiques à trancher sont réglées de la même façon pour ces deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Le recourant a formé un recours qui contient les mêmes griefs et les mêmes conclusions pour ces deux impôts, ce qui est conforme à la jurisprudence (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 et 1.3.3 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux arrêts sont rendus, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal et communal (2C 87/2015) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C 88/2015). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.

2.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) qui a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14] pour ce qui concerne l'impôt cantonal et communal). Il a par ailleurs été déposé en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par le destinataire de la décision entreprise, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification et qui a de ce fait qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière sur le recours, sous réserve des conclusions subsidiaires tendant à ce que le recourant soit acheminé à prouver les faits qu'il allèguent. Le recourant perd en effet de vue que le Tribunal fédéral est un juge du droit
et non du fait (cf. art. 105 al. 1 LTF) et que des mesures probatoires ne sont qu'exceptionnellement ordonnées dans une procédure de recours (ATF 136 II 101 consid. 2 p. 104). Il n'y a pas de motif de faire exception ici, de sorte que cette conclusion est irrecevable. Le recours en matière de droit public étant recevable sous cette réserve, le recours constitutionnel subsidiaire formé par le recourant est en conséquence irrecevable (art. 113 LTF).

2.2. Le recourant demande la production des dossiers cantonaux. La Cour de justice ayant annexé à sa détermination le dossier complet de la cause, conformément à l'art. 102 al. 2 LTF, cette requête est sans objet.

3.

3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (cf. art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit alors, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser de manière claire et détaillée en quoi consiste la violation (cf. ATF 139 I 229 consid. 2.2 p. 232 et les références citées; 138 I 232 consid. 3 p. 237; 136 II 304 consid. 2.5 p. 314).

3.2. L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal de céans à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).

II. Griefs formels

4.
Parmi les griefs qu'il formule à l'encontre de l'arrêt attaqué, le recourant fait valoir une violation de son droit d'être entendu. Il soutient que la Cour de justice n'aurait pas administré des preuves qu'il avait offertes et qui étaient, selon lui, essentielles au traitement de sa cause. Il convient d'examiner en premier lieu ce grief formel (cf. ATF 139 I 189 consid. 3 p. 191).

4.1. Tel qu'il est reconnu par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier et d'offrir des preuves pertinentes (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299; 135 II 286 consid. 5.1 p. 293). L'art. 29 al. 2 Cst. impose en particulier à l'autorité de donner suite à une offre de preuve lorsque celle-ci a été demandée en temps utile, dans les formes prescrites et qu'elle apparaît de nature à influer sur le sort de la décision à rendre. Il n'y a toutefois pas violation du droit à l'administration de preuves lorsque la mesure probatoire refusée est inapte à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont elle dispose déjà, l'autorité parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299; 136 I 229 consid. 5.3 p. 236 s.; 134 I 140 consid. 5.3 p. 148). En particulier, l'autorité de jugement peut renoncer à faire citer des témoins, qu'ils soient à charge ou à décharge, si, dans le cadre d'une appréciation anticipée
des preuves dénuée d'arbitraire, elle peut dénier à ces témoignages une valeur probante décisive pour le jugement (ATF 125 I 127 consid. 6c/cc p. 135 et 6c/ dd p. 135 s.; 124 I 274 consid. 5b p. 285; arrêt 6B 907/2009 du 3 novembre 2010 consid. 7.1).

4.2. En ce qui concerne le litige relatif à la déductibilité du montant de 248'347 fr., le recourant reproche aux juges précédents d'avoir refusé de procéder à l'expertise de l'immeuble sis sur la parcelle n° **** de la commune de Genève et à celle de la Société, ainsi que d'avoir refusé d'entendre un architecte au sujet de la valeur de cet immeuble. L'administration de ces preuves était, selon lui, essentielle pour démontrer la situation dans laquelle lui et son frère s'étaient trouvés en 2003, en raison de la diminution de la valeur de l'immeuble, qui les avait obligés à accepter un refinancement du prêt par la banque E.________ pour un montant de 2'900'000 fr. Le recourant fait également grief à la Cour de justice d'avoir omis d'entendre H.________, comptable, qui aurait pu exposer le raisonnement "purement comptable" qui a été mis en place à compter de l'année 2003, ainsi que la nécessité de reporter sur sept ans la perte commerciale subie.
La pertinence de ces griefs doit être examinée à la lumière de l'objet du litige au fond, qui a trait au point de savoir si le recourant était légitimé à déduire de son revenu le montant de 248'347 fr. pour chacune des périodes fiscales concernées. Comme indiqué ci-dessus, cette déduction a été obtenue par la différence entre, d'une part, le capital (sans les intérêts) qui a été payé par le recourant et B.X.________ à la Fondation en 2003 (6'376'857.75 fr), en remboursement du prêt qui leur avait été accordé en 1996 pour acquérir les actions de la Société, et, d'autre part, le montant du refinancement accordé à cet effet par la banque E.________ (2'900'000 fr.), soit 3'476'857 fr. Ce montant a ensuite été déduit du revenu du recourant après avoir été "amorti" sur une période de sept ans (soit 496'693 fr. par an), dont seule la moitié (soit 248'347 fr.) était déductible de son revenu, l'autre moitié étant déductible dans le chef de son frère, co-actionnaire de la Société. Selon le recourant, le montant de 248'347 fr. est déductible à titre de perte, alternativement de provision, alors que la Cour de justice considère qu'il n'a fait que rembourser une dette, ce qui ne constitue pas une dépense déductible du revenu.
En l'espèce, comme on le verra ci-dessous (cf. consid. 6), aucune des offres de preuve apportées par le recourant n'est de nature à influer sur le sort de la décision à rendre en ce qui concerne la déductibilité du montant de 248'347 fr. En effet, quand bien même il serait établi que, comme il l'allègue, tant la parcelle n° **** de la commune de Genève que la Société ont perdu de la valeur en 2003, ces faits ne seraient pas propres à entraîner l'admission du recours. Il en va de même des explications qu'auraient fournies le comptable quant au raisonnement qui a mené à la revendication de la déduction alléguée. Le grief de violation du droit d'être entendu est partant infondé et doit être rejeté sur ce point.

4.3. Concernant en second lieu la perte encourue en 1999 sur la vente d'un terrain à F.________, le recourant reproche aux juges précédents de n'avoir pas entendu les comptables qui "étaient présents" lors de l'établissement de la déclaration fiscale 2003 et de la demande de rectification faite le 3 juillet 2001. L'audition de ces personnes était pourtant, selon lui, indispensable pour déterminer la validité de la prise en compte de la perte pour les années 2003 et 2004.
Comme on le verra également ci-dessous (cf. consid. 8 et 9), cette offre de preuve n'est pas de nature à influer sur le sort de la décision à rendre. Le grief de violation du droit d'être entendu est partant également infondé sur ce point.
III. Griefs lié à l'établissement des faits et à l'appréciation des preuves

5.
Invoquant l'art. 97 al. 1 LTF, le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves.

5.1. En vertu de cette disposition, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234; 135 III 127 consid. 1.5 p. 129 s.). Lorsque le recourant s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (cf. ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62).

5.2. Le premier grief que formule le recourant a trait au litige concernant la déductibilité du montant de 248'347 fr. Il reproche aux juges précédents de s'être essentiellement fondés sur le contrat de prêt hypothécaire conclu avec la Banque C.________ pour refuser cette déduction et d'avoir ignoré le rapport d'estimation de la valeur de l'immeuble propriété de la Société, ainsi que l'attestation du 27 mai 2014 fournie par la banque J.________ (anciennement banque E.________), qui démontraient, selon lui, qu'il avait bien subi un risque de perte justifiant la "provision" invoquée. Ce risque de perte était au demeurant confirmé par une proposition de financement avancée par la société d'assurance G.________ Suisse le 14 mai 2003. Le recourant soutient également que c'est à tort que les juges précédents ont jugé sans pertinence le fait que B.X.________ lui ait cédé l'entier de ses droits pour 1'150'000 fr., alors que ce montant, correspondant à la moitié de la valeur réelle de la parcelle n° ****, attestait également que ce bien avait perdu de la valeur.
La diminution alléguée de la valeur de l'immeuble n'est pas un fait de nature à entraîner l'admissibilité de la déduction invoquée (cf. consid. 6ci-dessous). On ne peut donc reprocher aux juges précédents de ne pas en avoir tenu compte. Le grief tiré de l'art. 97 al. 1 LTF est de ce fait rejeté.

5.3. Le deuxième grief concerne la déductibilité des charges professionnelles que le recourant allègue avoir encourues en 2003 et 2004. Ces charges concernent des frais de véhicule, de bureau, de loyer et d'amortissement.
Les juges précédents ont retenu que les seules pièces que le recourant avaient produites concernant ces charges correspondaient aux listes qu'il avait fournies à l'Administration cantonale le 24 février 2010. Or, ces documents ne contenaient aucune information relative à la période fiscale 2004; en ce qui concernait la période fiscale 2003, elles étaient impropres à prouver les charges alléguées, puisqu'elles ne contenaient qu'une liste de montants et de dates, sans fournir de preuves quant à la réalité des charges invoquées, leur montant et leur lien avec l'activité lucrative indépendante du recourant.
Le recourant reproche aux juges précédents de ne pas avoir analysé ces listes au regard du secret professionnel auquel il est tenu en sa qualité d'avocat. Il soutient qu'au vu de l'existence de ce secret, c'est à tort qu'ils ont retenu que ces listes n'étaient pas assez détaillées.
Le recourant n'expose toutefois pas en quoi le secret professionnel de l'avocat s'opposait à ce qu'il produise des pièces probantes relatives à des frais de véhicule, de bureau, de loyer et de dépréciation, qui n'ont par nature pas de lien avec des clients en particulier (cf., dans le même sens, la Circulaire n° 19 du 7 mars 1995 de l'Administration fédérale des contributions sur l'obligation de renseigner, d'attester et d'informer dans la LIFD, p. 4, qui relève que les frais relatifs au fonctionnement d'une étude d'avocats tels que les dépenses concernant les loyers, les salaires, les frais de matériel et de déplacement, ne sont pas couvertes par le secret professionnel).
Au surplus, les autorités fiscales admettent qu'un avocat puisse taire le nom de ses clients, de manière à pouvoir faire valoir des charges sans violer le secret professionnel (cf. Circulaire précitée p. 3, ainsi que, dans le canton de Genève, la Notice de l'Administration fiscale cantonale genevoise n° 1/2004 intitulée "Activité exercée en la forme indépendante, Nature des frais déductibles et calculs forfaitaires, Avocats indépendants", p. 6, qui prévoit notamment la possibilité, pour l'avocat, de caviarder les coordonnées des clients sur les pièces justificatives de frais. Si un avocat refuse de transmettre des pièces même caviardées au nom du secret professionnel, il est réputé avoir échoué à démontrer la réalité de la charge y afférente, qui ne sera pas admise (cf. Circulaire précitée, p. 4; ISABELLE ALTHAUS HOURIET, Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 18 ad art. 126 LIFD).
Il découle de ce qui précède que si le recourant avait été en possession de pièces justifiant les charges invoquées qui mentionnaient le nom de clients, il aurait pu prendre des mesures telles que le caviardage pour les transmettre à l'Administration cantonale sans violer le secret professionnel. Dans ces circonstances, il ne saurait invoquer valablement le secret pour reprocher à la Cour de justice d'avoir fait preuve d'arbitraire en considérant qu'il n'avait prouvé ni la réalité ni le bien-fondé des charges alléguées.

5.4. Dans une troisième et dernière critique, liée au refus de la déduction, en 2003 et 2004, de la perte commerciale de 146'762 fr. encourue en 1999, le recourant reproche aux juges précédents d'avoir omis de tenir compte de la demande de rectification qu'il avait envoyée le 3 juillet 2001 à l'Administration cantonale et d'avoir en conséquence retenu, à tort, que la conclusion qu'il avait prise le 11 octobre 2010 était nouvelle et partant irrecevable. Ce grief est confus. Quoi qu'il en soit, et comme exposé ci-après (cf. consid. 8), la Cour de justice a retenu à bon droit que la déduction d'une perte commerciale encourue en 1999 ne pouvait de toute manière pas être prise en considération pour les périodes fiscales 2003 et en 2004. Le grief tiré de l'art. 97 al. 1 LTF n'étant pas de nature à modifier la décision attaquée sur ce point, il peut être rejeté sans autre examen.

IV. Impôt fédéral direct

6.
Le premier objet du litige porte sur le point de savoir si le recourant était légitimé à déduire de ses revenus un montant de 248'347 fr. pour chacune des périodes fiscales 2003, 2004 et 2005.
Le recourant fait ici valoir des déductions qui peuvent être invoquées par des personnes qui exercent une activité lucrative indépendante: dans ses conclusions, il soutient en effet que la déduction du montant de 248'347 fr. doit être admise au titre de "perte commerciale", subsidiairement de "provision", faisant ainsi valoir une violation arbitraire des art. 27 al. 2 let. b et 29 LIFD. Dans son mémoire de recours, il invoque également une violation arbitraire de l'art. 211 LIFD et mentionne par ailleurs, sans se plaindre d'une violation de l'art. 28 LIFD, la notion d'amortissement. Son mémoire de recours évoque pêle-mêle ces différentes notions, en juxtaposant pour une large partie des passages divers de jurisprudence et de doctrine, de sorte qu'il n'est pas aisé de saisir dans quelle mesure le droit fédéral aurait été violé selon le recourant. La Cour de céans examinera donc le litige librementen fonction des notions de droit fédéral invoquées et sans limiter son pouvoir d'examen à l'arbitraire, s'agissant de l'application de la LIFD.

6.1. Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1 LIFD) peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel (art. 27 al. 1 LIFD). Font notamment partie de ces frais les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale (art. 27 al. 2 let. b LIFD), les amortissements d'actifs (art. 27 al. 2 let. a et 28 LIFD) et les provisions (art. 27 al. 2 let. a et 29 LIFD).
Conformément à l'art. 31 al. 1 LIFD, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 40) peuvent être déduites pour autant qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années concernées. Cette disposition correspond matériellement à l'ancien art. 211 LIFD, en vigueur pour les périodes fiscales litigieuses, qui a été abrogé et remplacé par l'art. 31 al. 1 LIFD au 1er janvier 2014 (cf. ch. I 1 de la loi fédérale du 22 mars 2013 sur la mise à jour formelle du calcul dans le temps de l'impôt direct dû par les personnes physiques [RO 2013 2397]).
Par ailleurs, l'art. 34 let. c LIFD dispose que les dépenses affectées au remboursement de dettes ne constituent pas des frais et dépenses déductibles. Peu importe que ces dépenses concernent la fortune privée ou commerciale du contribuable (cf. art. 18 al. 2 LIFD, PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2004, I. Teil, n° 23 ad art. 34 DBG; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009, n° 65 ad art. 34 DBG).

6.2. La Cour de justice a refusé les déductions invoquées au motif qu'elles ne représentaient que le remboursement d'une dette (art. 34 let. c LIFD). A.X.________ avait obtenu en 1996, avec son frère, un prêt hypothécaire de 6'640'000 fr. pour acquérir la totalité des actions de la Société. Lorsque ce prêt avait été dénoncé en 2003 par la Fondation, les codébiteurs avaient été obligés de rembourser leur dette, à hauteur de 6'376'857.75 fr. (intérêts non compris), ce qu'ils avaient effectué en septembre 2003, ayant à cet effet obtenu un refinancement à hauteur de 2'900'000 fr. par la banque E.________. Il en découlait que tant la part couverte par le refinancement que la part non couverte (soit 3'476'857.75 fr.) représentait bien le remboursement du solde de la dette contractée en 1996. Au surplus, le contribuable n'avait pas prouvé avoir constitué une provision de 248'347 fr., une telle écriture n'apparaissant au demeurant pas dans les documents annexés aux déclarations fiscales.

6.3. Il est incontestable que le montant que le recourant et son frère B.X.________ ont payé à la Fondation en 2003 représente le remboursement d'une dette, ce qui ne constitue pas une dépense déductible (cf. art. 34 let. c LIFD), comme l'a constaté à juste titre la Cour de justice. Le recourant affirme toutefois que le contrat de prêt hypothécaire ne serait "qu'une conséquence qui ne peut être retenue dans le cadre de ce dossier". Il soutient en effet qu'au vu de la diminution "drastique" de la valeur de l'immeuble, il a encouru en 2003 une perte déductible, respectivement qu'il était légitimé à déduire une provision. Une telle position ne peut être suivie.

6.4. Il faut au préalable souligner que, lorsqu'il soutient que les déductions qu'il revendique sont justifiées par la diminution de la valeur de l'immeuble sis sur la parcelle n° **** de Genève, le recourant raisonne comme si cet immeuble faisait partie de son patrimoine, perdant de vue qu'il s'agit là d'un actif qui appartient à la Société et qu'il n'est, pour sa part, propriétaire que des titres de cette dernière. Or, les déductions qu'il revendique, qui concernent le revenu de l'activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1 LIFD), supposent que les actions de la Société fassent partie de sa fortune commerciale (art. 18 al. 2 LIFD). La Cour de justice, qui a centré son argumentation sur l'art. 34 let. c LIFD, n'a pas discuté cette question, et l'arrêt attaqué ne contient pas d'élément factuel qui permette de retenir une telle qualification (A.X.________ y est en effet présenté comme un avocat exerçant cette activité à titre principal et indépendant, sans qu'il soit fait référence à une activité accessoire de commerçant immobilier). Ce point souffre de rester incertain, car même si l'on admet que les actions font partie de la fortune commerciale du recourant, les griefs que ce dernier forme à l'encontre de l'arrêt attaqué
doivent de toute manière être rejetés, comme démontré ci-après.

6.5. Le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance exprimé à l'art. 58 LIFD implique, en tant que règle d'évaluation du revenu, que le compte de résultat conforme au droit commercial est en principe déterminant en droit fiscal des personnes morales (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; arrêts 2C 768/2014 du 31 août 2015 consid. 9.1; 2C 16/2015 du 6 août 2015 consid. 2.2.2). Cela s'applique également aux personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante ( MARKUS REICH, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82, 2 e éd. 2008, n° 21 ad art. 18 DBG; LOCHER, op. cit., n° 174 ad art. 18 DBG). L'art. 18 al. 3 LIFD renvoie du reste à l'art. 58 LIFD, applicable par analogie aux contribuables indépendants qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
Si, selon sa lettre, l'art. 18 al. 3 LIFD n'envisage que les contribuables tenant une comptabilité, cela ne signifie pas pour autant que les indépendants qui n'en tiennent pas seraient soumis à des principes différents en matière d'estimation du revenu ( REICH, in op. cit., n° 22 ad art. 18 DBG). A défaut de comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, l'indépendant doit alors joindre à sa déclaration fiscale un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés (cf. art. 125 al. 2 LIFD; LOCHER, op. cit., n° 178 ad art. 18 DBG; REICH, in op. cit., n° 22 ad art. 18 DBG).
L'exigence de comptabilisation apparaît aussi à l'art. 27 al. 2 let. b LIFD en relation avec les pertes effectives sur des éléments de fortune commerciale. A défaut de comptabilité tenue en bonne et due forme, ces pertes doivent alors figurer dans le relevé des recettes et des dépenses au sens de l'art. 125 al. 2 LIFD ( REICH, in op. cit., n° 43 ad art. 27 DBG). L'art. 28 al. 1 LIFD exige également que les amortissements soient comptabilisés ou, à défaut de comptabilité tenue selon l'usage commercial, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissement. Quant aux provisions, elles doivent également être comptabilisées pour être admises (art. 29 al. 1 LIFD) ou, à défaut, figurer dans le relevé des recettes et des dépenses au sens de l'art. 125 al. 2 LIFD ( MARCO DUSS/MARCO GRETER/JULIA VON AH, Die Besteuerung Selbständigerwerbender, 2004, p. 82).
Les exigences auxquelles doivent répondre les pièces comptables requises par l'art. 125 al. 2 LIFD dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, elles doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlées dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (arrêt 2C 551/2012 du 16 mai 2013 consid. 3.1 et les références citées, in StE 2013 B 23.3 Nr. 8). Cette exigence est d'autant plus importante lorsque le contribuable entend alléguer des faits de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2C 835/2012 du 1 er avril 2013 consid. 7.2.2, in RDAF 2013 II 399; 2C 651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 4.1), ce qui lui incombe de prouver (ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158; arrêts 2C 42/2015 10 septembre 2015; 2C 109/2015 du 1 er septembre 2015 consid. 4.1).

6.6. En l'espèce, le recourant ne tenait pas de comptabilité en bonne et due forme en relation avec une activité de (quasi-) professionnel de l'immobilier. Il n'a pas non plus produit d'état des actifs et des passifs, de relevé des recettes et des dépenses ni de prélèvements et apports privés, comme l'exigeait l'art. 125 al. 2 LIFD. Il s'est limité à déduire dans ses déclarations fiscales un montant de 248'347 fr. sous la rubrique "pertes sur droits et obligations". Une telle manière de faire est manifestement insuffisante pour admettre ces déductions du revenu d'une activité lucrative indépendante, que ce soit au titre de perte effective sur des éléments de la fortune commerciale, d'amortissement ou de provision. Il n'est partant pas nécessaire d'examiner si, matériellement, les conditions de l'une ou l'autre des dispositions y relatives étaient remplies.

6.7. Le recourant invoque également une violation de l'ancien art. 211 LIFD. Ce grief est confus. Dans la mesure où il soutient qu'il était légitimé à déduire la perte durant sept ans, à raison de 248'347 fr. par année, il semble qu'il entend faire valoir l'ancien art. 211 LIFD conjointement avec l'art. 27 al. 2 let. b LIFD (déduction des pertes effectives), voire avec l'art. 29 LIFD (provision), en répartissant la perte sur une période de sept ans. Quoi qu'il en soit, le recourant n'a manifestement pas compris la teneur de l'ancien art. 211 LIFD, perdant de vue que cette norme concerne la perte de l'exercice (cf. Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 2 ad art. 67 LIFD, de teneur identique et applicable aux personnes morales) et non pas les pertes commerciales encourues en cours d'exercice. Le grief de violation de l'ancien art. 211 LIFD est partant rejeté.

6.8. Il découle de ce qui précède que la Cour de justice n'a pas violé le droit fédéral en refusant au recourant le droit de déduire 248'347 fr. pour chacune des périodes fiscales litigieuses.

7.
Le recourant soutient ensuite que la Cour de justice a fait preuve d'arbitraire en refusant de tenir compte, en violation de l'art. 27 LIFD, des charges d'avocat indépendant qu'il a fait valoir en 2003 et 2004. Les juges précédents auraient adopté un comportement contradictoire en refusant de prendre en compte les frais qu'il alléguait, au motif qu'il n'en aurait pas apporté la preuve, tout en procédant par ailleurs à l'imposition d'un revenu d'activité indépendante d'avocat. Il serait en effet évident qu'une activité lucrative indépendante génère des frais.

7.1. Selon un principe généralement admis en matière fiscale, il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (arrêts 2C 42/2015 du 10 septembre 2015 consid. 2.3; ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266 et les arrêts cités). La personne qui exerce une activité lucrative indépendante ne peut dès lors se contenter d'alléguer avoir encouru des frais, mais doit l'établir (arrêt 2C 1062/2014 du 14 juillet 2015 consid. 3.1).

7.2. En l'espèce, la Cour de justice n'a pas procédé à une appréciation arbitraire des preuves en retenant que le recourant n'avait pas démontré la réalité des charges qu'il alléguait avoir encourues. En conséquence, on ne saurait lui reprocher d'avoir violé l'art. 27 LIFD en refusant les déductions revendiquées. On relèvera encore que le recourant passe sous silence que les frais qu'il a fait valoir de manière forfaitaire dans ses déclarations d'impôt 2003 et 2004 ont été admis par l'Administration cantonale et que les charges effectives qu'il a fait valoir en 2003 en plus de ces charges forfaitaires ont été reconnues pour un montant égal à son gain d'activité accessoire en 2003 (soit 59'058.10 fr.), étant rappelé qu'en 2004, il n'a déclaré aucun revenu d'activité accessoire. Le recourant est en conséquence pour le moins malvenu de leur reprocher d'avoir imposé un revenu d'activité indépendante sans lui accorder de déductions.

8.
Le recourant invoque ensuite l'art. 143 al. 1 LIFD et le principe l'interdiction du formalisme excessif. Il soutient que la Cour de justice a violé l'art. 143 al. 1 LIFD en retenant que la conclusion qu'il avait prise devant le Tribunal administratif le 11 octobre 2010 et tendant à la prise en compte, pour la période fiscale 2003 et 2004, de la perte qu'il avait subie en 1999 sur la vente d'un immeuble à F.________, était irrecevable car nouvelle.
L'arrêt attaqué a certes relevé que le Tribunal administratif avait constaté à juste titre l'irrecevabilité de cette conclusion, mais il en a néanmoins examiné le bien-fondé pour conclure qu'au vu des principes de périodicité et d'étanchéité des périodes fiscales (sur ce point, cf. consid. 8.1 ci-après), une perte commerciale encourue en 1999 ne pouvait être déduite du revenu imposable en 2003 et 2004. Dans ces circonstances, il n'est pas nécessaire d'entrer en matière sur les griefs du recourant, puisque les juges précédents ont procédé à l'examen de sa prétention au fond.

8.1. Sur le fond, en lien avec la déduction de cette perte, le recourant fait valoir une violation du principe de la légalité. Il soutient en substance que les "anciens principes jurisprudentiels genevois" de périodicité et d'étanchéité seraient incompatibles avec le principe de légalité. Il en déduit qu'il est habilité à faire valoir la perte commerciale subie en 1999 tant pour la période fiscale 2003 que pour la période fiscale 2004.

8.1.1. L'art. 127 al. 1 Cst. érige en droit constitutionnel indépendant le principe de légalité en droit fiscal (cf. ATF 132 1I 157 consid. 2.2 p. 159; 128 I 317 consid. 2.2.1 p. 320 s.). Le recourant mentionne certes cette disposition dans son mémoire de recours, mais seulement dans un extrait reproduit de jurisprudence, sans en tirer clairement de grief. Il indique en revanche expressément qu'il fait valoir ici une violation du principe de légalité "au sens de l'art. 36 al. 1 Cst.". Or, cette disposition concerne la restriction des droits fondamentaux, et le recourant n'en fait valoir aucun. Dans ces circonstances, la recevabilité du grief de violation du principe de légalité est pour le moins douteuse, eu égard aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. Ce point peut toutefois rester ouvert, puisque le grief est de toute manière manifestement infondé.

8.1.2. Pour les personnes physiques, les principes de périodicité et d'étanchéité découlent, dans les cantons qui, comme celui de Genève dès 2003, appliquent le système de taxation annuelle en matière d'impôt fédéral direct (cf. MARC BUGNON, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008 n° 8 ad art. 41 LIFD), des anciens art. 209 et 210 LIFD, en vigueur pour les périodes fiscales litigieuses. Ces dispositions ont été remplacées, depuis le 1 er janvier 2014, par les art. 40 et 41 LIFD, de teneur identique (cf. la loi fédérale précitée du 22 mars 2013 sur la mise à jour formelle du calcul dans le temps de l'impôt direct dû par les personnes physiques).
Selon l'ancien art. 209 LIFD, l'impôt sur le revenu est fixée et prélevé pour chaque période fiscale (al. 1). La période fiscale correspond à l'année civile (al. 2). En vertu de l'ancien art. 210 LIFD, le revenu imposable se détermine d'après les revenus acquis pendant la période fiscale (al. 1). Le produit de l'activité lucrative indépendante se détermine d'après le résultat de l'exercice commercial clos pendant la période fiscale (al. 2). Les contribuables qui exercent une activité lucrative indépendante doivent procéder à la clôture de leurs comptes à chaque période fiscale (al. 3).
Ces règles impliquent que tous les revenus effectivement réalisés, ainsi que tous les frais engagés durant la période fiscale en cause sont déterminants pour la taxation de cette période (arrêts 2C 1278/2012 14 octobre 2013 consid. 3.1, in RF 69/2014 p. 55; 2C 240/2011 du 8 avril 2011 consid. 2, in RF 66/2011 p. 679; 2A.475/2002 du 31 mars 2003 consid. 3.1, in StE 2003 B 21.12 Nr. 17 et traduit in RDAF 2004 II 38). Le Tribunal fédéral a d'ailleurs rappelé que les déductions prévues à l'art. 27 LIFD - et donc les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, cf. art. 27 al. 2 let. b LIFD - étaient soumises au principe de périodicité, ce qui impliquait qu'elles n'étaient déductibles d'une période fiscale que lorsqu'elles trouvaient leur cause dans des événements ayant eu lieu durant cette période (arrêt 2C 835/2012 du 1er avril 2013 consid. 7.1, in RDAF 2013 II 399). Les règles matérielles comptables consacrent également le principe de la périodicité en exigeant que la totalité du bénéfice et des frais tombant dans une période donnée soient attribués à cette période (ATF 137 II 357 consid. 6.4.4 p. 6.4.4; arrêt 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2 et les références citées, in RF 68/2013 p. 714, RDAF 2013 II
505).

8.1.3. Au vu de ce qui précède, on peut légitimement se demander si le recourant soutient sérieusement que les principes de périodicité et d'étanchéité ne constituent que d'anciens principes jurisprudentiels genevois. Quoi qu'il en soit, le Tribunal fédéral rappellera à cet égard que ces principes impliquent notamment qu'un contribuable ne saurait choisir le moment de l'imposition de son revenu (ATF 140 II 248 consid. 3.4 p. 251; arrêt 2P.14/1998 du 3 juillet 1998 consid. 3a, in RDAF 1998 II 370), pas plus qu'il ne peut déterminer librement à quelle période fiscale il entend affecter une charge (arrêt 2C 696/2013 du 29 avril 2014 consid. 3.1, in RF 69/2014 p. 650). Le recourant avait la possibilité de contester, par les moyens de droit ordinaires, la décision de taxation qui, selon lui, avait omis de tenir compte de la perte commerciale qu'il avait subie en 1999 (cf. arrêt 2C 1278/2012 précité consid. 3.1). Il ne saurait pallier les conséquences de son abstention en faisant valoir cette perte en lien avec des périodes fiscales ultérieures.

VI. Impôt cantonal et communal

9.
En droit cantonal, la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP; RS/GE D 3 08) prévoit que les impôts relatifs aux périodes fiscales antérieures à 2010 demeurent régis par les dispositions de l'ancien droit, soit notamment la loi cantonale du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la progression à froid (aLIPP-V).
Les notions cantonales de provisions (art. 3 al. 3 let. e aLIPP-V), de report des pertes des exercices (art. 3 al. 3 let. f aLIPP-V), de dépenses non déductibles telles que les sommes affectées au remboursement de dettes (art. 9 let. c aLIPP-V), d'amortissements (art. 3 al. 3 let. d aLIPP-V), ainsi que les obligations qui incombent aux personnes physiques exerçant une activité lucrative indépendante (art. 29 al. 2 LPFisc) correspondent à celles de l'impôt fédéral direct et à celles de la LHID (cf. art. 10 al. 1 let. a , b, c et al. 2 LHID et art. 42 al. 3 LHID). Il en va de même en ce qui concerne les notions de périodicité de l'impôt et d'étanchéité des périodes fiscales, celles des anciens art. 41 , 209 et 210 LIFD étant identiques à celles prévues aux anciens art.16 , 63 et 64 LHID et aux art. 1 et 2 de l'ancienne loi genevoise du 31 août 2000 sur l'imposition dans le temps des personnes physiques [aLITPP-II]. Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent également à s'appliquer à l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2003 à 2005.

VII. Conséquences, ainsi que frais et dépens

10.
Ce qui précède conduit au rejet du recours en matière de droit public, dans la mesure de sa recevabilité, et à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 87/2015 et 88/2015 sont jointes.

2.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.

3.
Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2003, 2004 et 2005.

4.
Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2003, 2004 et 2005.

5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge du recourant.

6.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 23 octobre 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Zünd

La Greffière : Vuadens

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
¹	Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
²	Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
³	Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
¹	Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
²	Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
³	Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
¹	Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
²	Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
³	Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
¹	Le recours est recevable contre les décisions:
^a	du Tribunal administratif fédéral;
^b	du Tribunal pénal fédéral;
^c	de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
^d	des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
²	Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
³	Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
^a	contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
^b	contre les actes normatifs cantonaux;
^c	qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
^a	les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
^b	les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
^c	les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
^c1	l'entrée en Suisse,
^c2	une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
^c3	l'admission provisoire,
^c4	l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
^c5	les dérogations aux conditions d'admission,
^c6	la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
^d	les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
^d1	par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
^d2	par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
^e	les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
^f	les décisions en matière de marchés publics:
^fbis	les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
^f1	si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
^f2	si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
^g	les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
^h	les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
ⁱ	les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
^j	les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
^k	les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
^l	les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
^m	les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
ⁿ	les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
ⁿ¹	l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
ⁿ²	l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
ⁿ³	les permis d'exécution;
^o	les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
^p	les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
^p1	une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
^p2	un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
^p3	un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
^q	les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
^q1	l'inscription sur la liste d'attente,
^q2	l'attribution d'organes;
^r	les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
^s	les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
^s1	...
^s2	la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
^t	les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
^u	les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
^v	les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
^w	les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
^x	les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
^y	les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
^z	les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
¹	Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
²	Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
³	...256

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
¹	Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
²	Le délai de recours est de dix jours contre:
^a	les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
^b	les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
^c	les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
^d	les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
³	Le délai de recours est de cinq jours contre:
^a	les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
^b	les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
⁴	Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
⁵	En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
⁶	...96
⁷	Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
¹	Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
^a	du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
^b	du 15 juillet au 15 août inclus;
^c	du 18 décembre au 2 janvier inclus.
²	L'al. 1 ne s'applique pas:
^a	aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
^b	à la poursuite pour effets de change;
^c	aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
^d	à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
^e	aux marchés publics.19

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
¹	Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
²	Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
³	Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
⁴	En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
^a	le format du mémoire et des pièces jointes;
^b	les modalités de la transmission;
^c	les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
⁵	Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁶	Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁷	Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
¹	A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
^a	a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
^b	est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
^c	a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
²	Ont aussi qualité pour recourir:
^a	la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
^b	l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
^c	les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
^d	les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
³	En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 102 Échange d'écritures - 1 Si nécessaire, le Tribunal fédéral communique le recours à l'autorité précédente ainsi qu'aux éventuelles autres parties ou participants à la procédure ou aux autorités qui ont qualité pour recourir; ce faisant, il leur impartit un délai pour se déterminer.
¹	Si nécessaire, le Tribunal fédéral communique le recours à l'autorité précédente ainsi qu'aux éventuelles autres parties ou participants à la procédure ou aux autorités qui ont qualité pour recourir; ce faisant, il leur impartit un délai pour se déterminer.
²	L'autorité précédente transmet le dossier de la cause dans le même délai.
³	En règle générale, il n'y a pas d'échange ultérieur d'écritures.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
^a	du droit fédéral;
^b	du droit international;
^c	de droits constitutionnels cantonaux;
^d	de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
^e	du droit intercantonal.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
¹	Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
²	Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
¹	Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
²	Toute conclusion nouvelle est irrecevable.

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
¹	Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
²	Les parties ont le droit d'être entendues.
³	Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
¹	Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
²	Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 126 Collaboration ultérieure - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
¹	Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
²	Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
³	Les personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent conserver pendant dix ans les livres ou les relevés prévus à l'art. 125, al. 2, ainsi que les pièces justificatives en relation avec leur activité. Le mode de tenue et de conservation de ces documents est régi par les art. 957 à 958f CO227.228 229

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
¹	Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
²	Font notamment partie de ces frais:
^a	les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
^b	les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
^c	les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
^d	les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
^e	les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
^f	les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
³	Ne sont notamment pas déductibles:
^a	les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
^b	les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
^c	les amendes et les peines pécuniaires;
^d	les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
⁴	Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
^a	la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
^b	le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 29 Provisions - 1 Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour:
¹	Des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour:
^a	les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé;
^b	les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs;
^c	les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice;
^d	les futurs mandats de recherche et de développement confiés à des tiers, jusqu'à 10 % au plus du bénéfice commercial imposable, mais au total jusqu'à 1 million de francs au maximum.
²	Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au revenu commercial imposable.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 28 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO74, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.75
¹	Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO74, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.75
²	En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments.
³	Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 31, al. 1, au moment de l'amortissement.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
¹	Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
²	Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
³	L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
⁴	Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 31 Déduction des pertes - 1 Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 40) peuvent être déduites pour autant qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années concernées.77
¹	Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 40) peuvent être déduites pour autant qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années concernées.77
²	Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du revenu peuvent être soustraites des prestations de tiers destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 34 - Ne peuvent être déduits les autres frais et dépenses, en particulier:
^a	les frais d'entretien du contribuable et de sa famille, y compris les dépenses privées résultant de sa situation professionnelle;
^b	...
^c	les dépenses affectées au remboursement des dettes;
^d	les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'éléments de fortune;
^e	les impôts de la Confédération, des cantons et des communes sur le revenu, sur les gains immobiliers et sur la fortune, ainsi que les impôts étrangers analogues.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
¹	Le bénéfice net imposable comprend:
^a	le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
^b	tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
^c	les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
²	Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
³	Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
¹	Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
^a	les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
^b	les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
^c	l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
²	Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
^a	les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
^b	en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
³	Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 143 Décision - 1 La commission cantonale de recours prend sa décision après instruction du recours. Après avoir entendu le contribuable, elle peut également modifier la taxation au désavantage de ce dernier.
¹	La commission cantonale de recours prend sa décision après instruction du recours. Après avoir entendu le contribuable, elle peut également modifier la taxation au désavantage de ce dernier.
²	Elle communique sa décision motivée par écrit au contribuable et aux autorités qui sont intervenues dans la procédure.

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
¹	Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
²	Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
³	La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 36 Restriction des droits fondamentaux - 1 Toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale. Les restrictions graves doivent être prévues par une loi. Les cas de danger sérieux, direct et imminent sont réservés.
¹	Toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale. Les restrictions graves doivent être prévues par une loi. Les cas de danger sérieux, direct et imminent sont réservés.
²	Toute restriction d'un droit fondamental doit être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui.
³	Toute restriction d'un droit fondamental doit être proportionnée au but visé.
⁴	L'essence des droits fondamentaux est inviolable.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 41 Détermination du revenu - 1 Le revenu imposable se détermine d'après les revenus acquis pendant la période fiscale.
¹	Le revenu imposable se détermine d'après les revenus acquis pendant la période fiscale.
²	Le produit de l'activité lucrative indépendante se détermine d'après le résultat de l'exercice commercial clos pendant la période fiscale.
³	Les contribuables qui exercent une activité lucrative indépendante doivent procéder à la clôture de leurs comptes à chaque période fiscale.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 40 Période fiscale - 1 La période fiscale correspond à l'année civile.
¹	La période fiscale correspond à l'année civile.
²	L'impôt sur le revenu est fixé et prélevé pour chaque période fiscale.
³	Si les conditions d'assujettissement ne sont remplies que durant une partie de la période fiscale, l'impôt est prélevé sur les revenus obtenus durant cette période. Pour les revenus à caractère périodique, le taux de l'impôt se détermine compte tenu d'un revenu calculé sur douze mois; les revenus à caractère non périodique sont soumis à un impôt annuel entier, mais ne sont pas convertis en un revenu annuel pour le calcul du taux. L'art. 38 est réservé.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 10 Activité lucrative indépendante - 1 Les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment:
¹	Les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment:
^a	les amortissements justifiés d'éléments de la fortune commerciale;
^b	les provisions constituées pour couvrir des engagements dont le montant est encore indéterminé ou d'autres risques de pertes imminentes;
^c	les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, qui ont été comptabilisées;
^d	les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
^e	les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 8, al. 2;
^f	les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
^g	les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
^1bis	Ne sont notamment pas déductibles:
^a	les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
^b	les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
^c	les amendes et les peines pécuniaires;
^d	les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.73
^1ter	Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
^a	la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
^b	le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.74
²	Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale au sens de l'art. 15 peuvent être déduites pour autant qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années concernées.75
³	Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du revenu peuvent être soustraites des prestations de tiers destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement.
⁴	Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du domicile au regard du droit fiscal ou du lieu d'exploitation de l'entreprise à l'intérieur de la Suisse.76

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
¹	En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
²	Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
³	Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
⁴	En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
⁵	Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
¹	Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
²	En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
³	En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
⁴	L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
⁵	Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.