A-1581/2006 - 2008-06-23 - Impôts indirects - TVA; assujettissement volontaire; droit ultérieur au dégrèvement de l'impôt préalable; art. 42 LTVA

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal

Cour I
A-1581/2006
{T 0/2}

Arrêt du 23 juin 2008

Composition
Pascal Mollard (président du collège), Thomas Stadelmann (président de la chambre), Claudia Pasqualetto Péquignot, juges,
Marie-Chantal May Canellas, greffière.

Parties
X._______, ***,
recourant,

contre

Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet
TVA; assujettissement volontaire; droit ultérieur au dégrèvement de l'impôt préalable; période du 1er avril au 30 juin 2004 (LTVA); art. 38 al. 7 et 42 LTVA.

Faits :
A.
X._______ exploite une entreprise de machine-outils à ***, à l'enseigne de ***, par le biais de laquelle il exporte des pièces de rechange. Il a été assujetti à la TVA du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, date à laquelle il a pris sa retraite.

Ayant par la suite repris cette même activité commerciale, il a déposé une demande d'assujettissement volontaire en date du 13 avril 2004 et a été réinscrit au registre des contribuables à compter du 1er avril 2004. Le 13 décembre 2004, il a requis une autorisation d'établir ses décomptes selon les contre-prestations reçues, que l'AFC lui a octroyée le 1er février 2005,.
B.
X._______ a remis à l'AFC son décompte relatif au 2ème trimestre 2004, lequel mentionnait un montant d'impôt préalable de Fr. 19'297.45. L'AFC n'a toutefois pas admis la déduction de l'intégralité de ce montant. Elle l'a corrigé par le biais du décompte complémentaire n ° *** du 11 octobre 2004, totalisant Fr. 18'787.-, pour exclure la déduction de l'impôt préalable résultant d'une série de factures dont la date était antérieure à l'assujettissement comme contribuable TVA (les dites factures étaient datées du 6 février 2003 au 10 mars 2004).
C.
Par pli du 27 octobre 2004, X._______ a contesté ce décompte complémentaire et sollicité le prononcé d'une décision formelle. Il a expliqué qu'il avait tardé à formuler une demande d'assujettissement et tenté de justifié ce retard. Il a en outre signalé que sa comptabilité était tenue selon les encaissements. Il s'est attaché à démontrer que le raisonnement de l'AFC était infondé, sur la base de l'une des factures fondant l'impôt préalable querellé, qui - bien que datée du 29 septembre 2003 - avait été réglée après la date de son inscription au registre des assujettis.
D.
Par décision du 31 mars 2005, l'AFC a confirmé qu'elle avait à bon droit refusé à l'assujetti le remboursement de Fr. 18'787.- de TVA, pour la période fiscale du 1er avril au 30 juin 2004. Elle a rappelé que les factures invoquées par X._______ concernaient des biens acquis à une époque où il n'était pas encore assujetti à la TVA. Elle a ajouté qu'un remboursement ultérieur fondé sur l'art. 42 al. 1 et 2 LTVA n'était pas envisageable, compte tenu du fait que les biens en question avaient été affectés à des opérations réalisées avant le début de l'assujettissement.
E.
X._______ a contesté cette décision, par réclamation du 25 avril 2005. Il a souligné avoir acquitté un certain nombre de ces factures, fondant un droit à la déduction de l'impôt préalable, après le 1er avril 2004, de sorte que le refus de l'AFC s'avérait infondé. Il a joint les pièces démontrant ses affirmations.
F.
Par décision sur réclamation du 29 mars 2006, l'AFC a partiellement admis cette réclamation, dans la mesure où le bien faisant l'objet de l'une des factures querellées (datée du 30 janvier 2004) avait servi à effectuer une livraison qui s'était déroulée après le début de l'assujettissement. Elle a dès lors accepté la déduction d'un montant de Fr. 1'749.- d'impôt préalable (cf. avis de crédit n° *** daté du 29 mars 2006). S'agissant des autres factures litigieuses, ayant trait à des livraisons antérieures à la date de l'assujettissement, elle a confirmé que l'impôt préalable y relatif, soit Fr. 17'038.25, n'était pas déductible.
G.
Par recours du 25 avril 2006, X._______ a déféré cette décision à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC). Il a précisé qu'il revendiquait uniquement la déduction de l'impôt préalable résultant de certaines des factures querellées, totalisant Fr. 11'692.-, ayant trait à des biens acquis avant l'assujettissement, mais dont le prix avait été acquitté après (à l'exception de l'une d'entre elles). Au surplus, les factures portant sur la revente de ces biens par X._______ avaient toutes été acquittées après le début de son assujettissement. X._______ a en outre fait valoir qu'il avait établi ses décomptes TVA selon le système des contre-prestations reçues dès le 1er avril 2004, en se fondant sur une autorisation qui lui avait été accordée en ce sens en décembre 1994.
H.
Dans sa réponse du 9 juin 2006, l'AFC a conclu au rejet du recours. Elle a observé que la date du paiement des factures n'était pas déterminante, pour savoir si une prestation avait été opérée avant ou après l'assujettissement de X._______. Seule importait la date à laquelle la livraison (exportation) correspondante avait été effectuée. Or, celle-ci remontait à une période antérieure à l'assujettissement comme contribuable TVA. L'AFC a déclaré renoncer à déposer de plus amples observations.
Dès le 1er janvier 2007, la cause a été transmise au Tribunal administratif fédéral, comme objet de sa compétence.

Le 15 avril 2008, le Tribunal administratif fédéral a demandé à l'AFC de répondre à diverses questions en rapport avec le mode de décompte adopté par le recourant dès le 1er avril 2004. Le 6 mai 2008, l'AFC a produit un rapport de révision daté du 7 février 2005, mentionnant que le recourant avait décompté l'impôt selon le système des contre-prestations convenues durant toute l'année 2004. L'AFC a par ailleurs souligné qu'il n'avait formulé une demande pour décompter selon les contre-prestations reçues qu'à la fin de l'année en question, de sorte que l'autorisation y relative lui avait été octroyée à compter du début de l'année 2005, sans effet rétroactif. Pour sa part, le recourant ne s'est pas exprimé.
Les autres faits seront évoqués, en tant que besoin, dans les considérants qui suivent.

Droit :
1.
1.1 Le 2 septembre 1999, le Parlement a accepté la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20), cette dernière étant entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346). Aux termes de l'art. 94 al. 1 LTVA, le nouveau droit s'applique aux opérations effectuées dès son entrée en vigueur. Il s'ensuit que la LTVA est seule applicable en l'occurrence, étant donné que le litige concerne la période fiscale du 1er avril au 30 juin 2004, correspondant au premier décompte d'impôt remis par le recourant.
1.2 Aux termes de l'art. 65 LTVA (RO 2000 1300), en relation avec l'art. 71a al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (RO 1992 288), tous deux en vigueur jusqu'au 1er janvier 2007, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC pouvaient faire l'objet d'un recours auprès de la CRC, dans les trente jours suivant leur notification. Ces dispositions ont été abrogées par le ch. 52, respectivement par le ch. 10 de l'annexe à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), avec effet au 1er janvier 2007. Aux termes de l'art. 33 let. d LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît désormais des recours contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Selon l'art. 53 al. 2 LTAF, les recours pendants devant les commissions fédérales de recours à l'entrée en vigueur de cette loi sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où celui-ci est compétent. Ces recours sont par ailleurs jugés sur la base du nouveau droit de procédure (art. 53 al. 2 in fine LTAF), c'est-à-dire par celle prévue par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, la décision sur réclamation de l'autorité fiscale, datée du 29 mars 2006, a fait l'objet d'un recours le 25 avril suivant, soit dans le délai légal. Interjeté auprès de la CRC, alors autorité de recours compétente, ce recours est désormais de la compétence du Tribunal administratif fédéral, auquel il a été dûment transmis. Un examen préliminaire de cet acte révèle en outre qu'il remplit les exigences posées à l'art. 52 PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.3 Il convient dans un premier temps de préciser l'objet du litige, dans la mesure où, par ses conclusions, le recourant est à même de réduire ce dernier (en n'attaquant plus certains points de la décision entreprise) mais où il ne saurait l'étendre, notamment par de nouvelles conclusions (cf. décisions de la CRC du 7 février 2003 in: Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 67.81 consid. 1d/aa, du 31 janvier 2000 in: JAAC 64.82 consid. 1b et du 18 janvier 1999 in: JAAC 63.78 consid. 2; André Moser, in : Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1998, ch. 2.13 et 2.85).

Le litige porte sur un problème de droit à la déduction de l'impôt préalable. L'impôt préalable litigieux résulte d'une série de factures adressées au recourant, qui ont été établies avant le 1er avril 2004, date de l'assujettissement de ce dernier. Le recourant a revendu les biens en question, selon des factures antérieures à son assujettissement; il les a exportés également avant le début de son assujettissement. Cela étant, le paiement des factures d'achat (« amont »), de même que le règlement des factures de revente (« aval »), est intervenu après l'assujettissement du recourant, mis à part pour l'une des factures en question où le paiement de la facture d'achat (« amont ») a été effectué avant le 1er avril 2004. Le recourant a précisé que son recours ne concernait plus que ces quelques factures, totalisant un montant d'impôt préalable de Fr. 11'692.05 (cf. recours p. 5). L'objet du litige en est donc réduit d'autant.

L'analyse du litige implique de procéder à certaines distinctions et à un rappel de certaines notions, à savoir le rapport d'échange entre prestation et contre-prestation qui délimite le champ d'application de la TVA (consid. 2), l'assujettissement, ainsi que la date à laquelle il intervient (consid. 3.1 et 3.2), le mode selon lequel l'assujetti établit ses décomptes destinés à l'AFC (consid. 3.3), la naissance de la créance fiscale et celle de l'impôt préalable (consid. 4), enfin le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable (consid. 5).
2.
2.1
2.1.1 Selon l'art. 5 LTVA, sont (notamment) soumises à l'impôt les livraisons de biens et les prestations de services qu'une entreprise effectue à titre onéreux sur le territoire suisse. Pour qu'une opération entre dans le champ de la TVA, l'existence d'une contre-prestation est donc nécessaire. Seul l'échange de prestations permet de conclure à une opération imposable (cf. entre autres : ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 443 consid. 6, 126 II 249 consid. 4a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 3.1; décision de la CRC du 11 janvier 2000 in: JAAC 64.80 consid. 3a/bb; Daniel Riedo, Von Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss; cf. également la note de bas de page n° 211 p. 62).
2.1.2 En outre, l'existence d'un lien économique étroit entre la prestation et la contre-prestation est indispensable (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_506/2007 du 13 février 2008 consid. 3.2; ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 249 consid. 4a, 443 consid. 6a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 3.1, A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 2.2). La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.1; ATF 126 II 443 consid. 6a et les réf. citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 3.1.1, A-1459/2006 du 29 mai 2007 consid. 2.1; Ivo P. Baumgartner, in: mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Münich 2000, ad art. 33 al. 1 et 2 LTVA, ch. 6 et 8). Tel est le cas lorsqu'il y a une relation de causalité entre prestation et contre-prestation, soit lorsque l'une n'existerait pas sans l'autre (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_506/2007 du 13 février 2008 consid. 3.2; ATF 126 II 443 consid. 6a, arrêts du Tribunal fédéral 2A.166/2005 du 8 mai 2006 consid. 4.1 et 2A.526/2003 in: Revue fiscale [RF] 59/2004 p. 789 consid. 1.2 et 1.3).
2.1.3 S'il y a échange entre une prestation et une contre-prestation, l'opération se trouve donc à l'intérieur du champ d'application de la TVA. Dans un tel cas, on devra encore se demander si l'opération, bien que située dans le champ d'application de la TVA, échappe à l'imposition en raison d'une éventuelle exonération (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.650/2004 du 23 juin 2005 consid. 4.3 in fine, 5 et 6, 2A.334/2003 du 30 avril 2004 consid. 2; décisions de la CRC 2005-105 du 6 mars 2006 consid. 2a, 2004-214 du 6 janvier 2006 consid. 2a; Daniel Riedo, op. cit., p. 143 s; Pascal Mollard, La TVA suisse et la problématique des exonérations in: Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 63 p. 448).
2.2 Pour établir si l'opération se situe ou non dans le champ d'application de la TVA, le rapport d'échange entre une prestation et une contre-prestation s'avère ainsi crucial, peu importe de savoir à quel moment ce rapport est réalisé. La réalisation de cette condition s'examine en effet dans le cadre d'une perspective économique (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.6.1 et les réf.; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 2.2; décision de la CRC du 14 juin 2005 in: JAAC 69.126 consid. 2a/ee; Daniel Riedo, op. cit. p. 112). En fait, l'élément temporel n'intervient pas dans ce contexte, mais lorsqu'il s'agit de déterminer la créance fiscale, ainsi qu'on le verra plus loin (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 2.5).
2.3 S'agissant de l'exportation de biens, il apparaît également opportun de rappeler certains principes.
2.3.1 La livraison de biens transportés ou expédiés directement à l'étranger est exonérée aux termes de l'art. 19 al. 2 ch. 1 LTVA. Il y a exportation directe au sens de cette disposition lorsque le bien faisant l'objet de la livraison est transporté ou expédié à l'étranger par l'assujetti lui-même ou par l'acquéreur non assujetti, sans que ce dernier ait auparavant employé ce bien sur le territoire suisse et sans qu'il l'ait remis à un tiers sur le territoire suisse dans le cadre d'un contrat entraînant une livraison. Le bien faisant l'objet de la livraison peut toutefois être transformé ou façonné avant son exportation par des mandataires de l'acquéreur non assujetti (art. 19 al. 4 LTVA). L'exonération des livraisons de biens transportés ou expédiés à l'étranger présuppose donc que la livraison soit destinée à l'exportation et à un preneur à l'étranger, ce qui est le cas lorsque le preneur a son domicile ou son siège à l'étranger, ou si le preneur est sis en Suisse, lorsque la marchandise est destinée à l'étranger (cf. notamment Alois Camenzind / Niklaus Honauer, Manuel du nouvel impôt sur la taxe sur la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, éd. française par Marco Mollino, Berne 1996, p. 166 s.).
2.3.2 Il faut en outre que le contribuable sis en Suisse puisse prouver l'exportation (cf. Alois Camenzind / Niklaus Honauer, op. cit., p. 167). L'art. 20 LTVA prescrit à cet égard que l'exportation de biens doit être attestée par l'autorité douanière (al. 1) et laisse au Département fédéral des finances le soin de régler les modalités de l'administration de la preuve (al. 2) (cf. concernant l'OTVA : arrêt du Tribunal fédéral 2C_470/2007 du 19 février 2008 consid. 3.2 et 3.7; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1469/2006 du 7 mai 2008, A-1503/2006 du 5 décembre 2007 consid. 2.1.2 et 2.1.3, A-1455/2006 du 25 avril 2007 consid. 4.2).
2.3.3 En cas d'exportation de biens de la Suisse vers l'étranger, l'exportation ne constitue pas, en soi, une opération TVA. En réalité, toute exportation suppose au préalable l'existence d'une opération sur territoire suisse. La jurisprudence a rappelé à maintes reprises cette constatation fondamentale (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 6 mars 2001 in: RDAF 2001 II p. 357 consid. 4b; voir aussi l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.55/1995 du 23 janvier 2001 consid. 4b; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1526/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.5, A-1503/2006 du 5 décembre 2007 consid. 2.1.1, A-1455/2006 du 25 avril 2007 consid. 3.2.1; décisions de la CRC du 14 juin 2001 in: TVA-Journal 3/2001 p. 140 consid. 4a, CRC 2000-039 du 7 mars 2001 consid. 3d et CRC 1999-021 du 13 octobre 1999 consid. 4a).

Cela étant, seule une opération sur territoire suisse peut être suivie d'une exportation et l'exportation ne supprime pas pour autant l'existence de la livraison sur territoire suisse. L'exportation ne modifie en fait que le statut fiscal aval (le taux) de l'opération sur territoire suisse : si l'exportation est dûment prouvée, l'opération sur territoire suisse devient une livraison exonérée au sens propre, avec droit à la déduction; si l'exportation n'est pas prouvée, la livraison sur territoire suisse demeure imposable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1455/2006 du 25 avril 2007 consid. 3.2.1, A-1503/2006 du 5 décembre 2007 consid. 2.1.1). L'exportation constitue donc un facteur exonératif ou plus précisément un fait réducteur de taux, qui donne droit à un taux zéro, en ce sens que l'assujetti n'a pas à imposer le livraison de biens ainsi exportés et dispose, en sus, du droit à la déduction de l'impôt préalable grevant les livraisons (et/ou importations) de biens ainsi que les prestations de services qui ont servi à réaliser cette activité.
3. Il y a également lieu de rappeler les conditions régissant l'assujettissement à la TVA, qu'il soit obligatoire (consid. 3.1 ci-après) ou volontaire (consid. 3.2 ci-après).
3.1
3.1.1 Aux termes de l'art. 21 LTVA, est assujetti subjectivement celui qui exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle, même sans intention de faire des bénéfices, pour autant que le montant des livraisons, des prestations de services et des prestations à soi-même dépasse annuellement le montant de Fr. 75'000.-. Demeure réservée la limitation (« Einschränkung ») de l'art. 25 al. 1 let. a LTVA (dette fiscale nette s'élevant à moins de Fr. 4'000.-, en présence d'un chiffre d'affaires se situant entre Fr. 75'000.- et Fr. 250'000.-). Sur un plan subjectif, hormis les conditions annexes, l'entreprise doit être exercée à titre indépendant et l'activité doit avoir une certaine permanence (cf. Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ? in : Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 54 ch. 2.3.1).
3.1.2 Les règles de détermination de l'assujettissement à la TVA varient selon que l'entreprise est déjà active ou qu'elle commence, respectivement qu'elle étend considérablement son activité commerciale (cf. Alois Camenzind / Niklaus Honauer, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, éd. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 207). Selon l'art. 28 al. 1 LTVA, le début matériel de l'assujettissement commence à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant, c'est-à-dire Fr. 75'000.-, a été atteint (cf. Jean-Marc Rivier / Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse - La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 108 ss). Cependant, dans l'hypothèse où l'entreprise débute ou s'étend par la reprise d'un commerce ou l'ouverture d'un nouveau secteur d'activité, l'assujettissement commence à ce même moment, s'il y a lieu d'admettre que le chiffre d'affaires déterminant l'assujettissement sera supérieur à Fr. 75'000.- dans les douze mois suivants (art. 28 al. 2 LTVA; cf. décision de la CRC 2005-015 et 016 du 19 juillet 2006 consid. 3a/ccc).
3.2 Si une personne ou une entreprise ne remplit pas les conditions d'un assujettissement obligatoire, il lui est néanmoins possible de s'assujettir à titre volontaire dans la mesure où certaines conditions sont réunies.
3.2.1 En effet, dans le but de préserver la neutralité concurrentielle ou afin de simplifier la perception de l'impôt, le législateur admet l'assujettissement volontaire avec le droit de déduire l'impôt préalable de certaines entreprises et personnes exemptées de l'assujettissement obligatoire (art. 27 LTVA; option subjective). Selon l'art. 27 al. 1 LTVA, ceci concerne en premier lieu les entreprises qui ne remplissent pas les conditions d'assujettissement fixées à l'art. 21 al. 1 LTVA, ou qui sont exemptées de l'assujettissement en vertu de l'art. 25 al. 1 LTVA. Aux termes de l'art. 27 al. 2 LTVA, ont par ailleurs droit à l'assujettissement volontaire les entreprises qui se sont lancées dans une activité visant à réaliser, sur le territoire suisse et au plus tard dans les cinq ans à venir, un chiffre d'affaires annuel imposable dépassant régulièrement Fr. 250'000.- (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1534/2006 du 19 mai 2007 consid. 4.1.1).

Selon la pratique systématisée par l'administration fiscale, la personne concernée doit pour requérir un assujettissement volontaire réaliser annuellement plus de Fr. 40'000.- de chiffre d'affaires provenant notamment de livraisons ou de prestations de services imposables fournies à des assujettis sur le territoire suisse, respectivement à des entreprises étrangères auxquelles l'impôt peut être remboursé, et d'exportations ou de prestations de services/livraisons effectuées à l'étranger par des entreprises suisses (opérations qui seraient imposables si elles étaient fournies sur le territoire suisse; cf. Instructions 2001 sur le TVA, éd. 2000, ch. marg. 688; Brochure spéciale n° 2 « Assujettissement à la TVA », valable dès le 1er janvier 2008, ch. 4.2 [Brochure spéciale n°2, « Assujettissement à la TVA », édition septembre 2000, ch. 4.2.1]; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1534/2006 du 19 mai 2007 consid. 4.1.2).
3.2.2 Une option est, en règle générale, possible au plus tôt au début du trimestre au cours duquel elle est demandée par écrit (cf. Brochure spéciale n° 2, « Assujettissement à la TVA », déjà citée, ch. marg. 4.1). Il existe cependant une jurisprudence octroyant à l'option un caractère rétroactif, pour des opérations menées avant le dépôt de la demande formelle, dans certaines circonstances déterminées. Cette jurisprudence, fondée sur une pratique de l'AFC, admet qu'un assujettissement volontaire puisse déployer un effet rétroactif même s'il n'y a pas eu de demande d'option formelle, ni d'autorisation, si toutes les conditions matérielles et formelles ont été remplies dès le départ par l'assujetti (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1411/2006 du 14 mai 2007 consid. 4.2.3, A-1534/2006 du 1er mai 2007 consid. 4.2, décision de la CRC du 4 novembre 2005 in: JAAC 70.40 consid. 4b/bb in fine; voir également l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.339/2003 du 18 février 2004 consid. 2.1, où le Tribunal fédéral avait laissée ouverte la question de la rétroactivité de l'option).
3.3
3.3.1 Le mode de décompte, selon lequel l'assujetti déclare à l'AFC la TVA due, est réglé à l'art. 44 LTVA. En principe, le décompte est établi d'après les contre-prestations convenues (art. 44 al. 1 LTVA), c'est-à-dire que les opérations sont décomptées dès qu'elles ont été facturées. Selon l'alinéa 4, l'AFC autorise l'assujetti qui le demande à établir ses décomptes d'impôt selon les contre-prestations reçues, dans la mesure où cela simplifie sa comptabilité. L'AFC doit en fixer les conditions de manière à ce que l'assujetti ne soit ni favorisé ni désavantagé. Dans la pratique administrative, l'AFC octroie cette possibilité lorsque l'assujetti tient sa comptabilité en fonction du trafic des paiements ou des mouvements d'argent, ce qui a été jugé adéquat et conforme au droit à l'égalité de traitement déduit de l'art. 8 Cst., lorsque l'OTVA s'appliquait encore (cf. arrêt non publié du Tribunal fédéral 2A.290/1998 du 8 juin 2000 consid. 3; décisions de la CRC 2003-140 du 7 décembre 2005 consid. 3a/cc et dd, du 10 juin 1998 in: JAAC 63.25 consid. 3; Instructions 2001 sur la TVA, p. 229 ch. marg. 964 s.).
3.3.2 Le mode de décompte selon les contre-prestations convenues constituant la règle, il est applicable par défaut, chaque fois que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas où l'impôt est calculé selon les contre-prestations reçues (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.534/2004 du 18 février 2005 consid. 5; décision de la CRC 2003-140 du 7 décembre 2005 consid. 3a/aa et bb; Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, p. 533).
3.3.3 Le système de décompte selon les contre-prestations reçues ne saurait avoir pour but de permettre de pallier des retards ou la violation par l'assujetti de ses devoirs légaux et de lui permettre ainsi de corriger subséquemment la créance fiscale à son avantage. Dans ces circonstances, le Tribunal de céans a cautionné la pratique administrative de l'AFC, refusant d'octroyer un caractère rétroactif à la demande de décompte selon les contre-prestations reçues (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1489/2006 du 14 janvier 2008 consid. 3.3). De manière générale, le Tribunal fédéral considère d'ailleurs qu'il n'est pas possible pour l'assujetti de modifier rétroactivement le mode de décompte adopté (cf. ATF 126 II 443 consid. 9 [décompte selon le taux de la dette fiscale nette]).
4. Ces principes étant rappelés, il est possible de mieux cerner à quel moment prend naissance la créance fiscale (consid. 4.1 ci-après).
4.1 La naissance de la créance fiscale pour les livraisons et les prestations de services dépend du mode de décompte de l'assujetti (décompte selon les contre-prestations convenues ou selon les contre-prestations reçues; art. 44 LTVA), ainsi que cela ressort nettement de l'art. 43 al. 1 LTVA. Elle n'est dès lors pas dépendante de critères de droit civils, tels que l'offre, l'acceptation ou la date d'un éventuel contrat (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 3.1.2).
4.1.1 Lorsque l'assujetti décompte selon le système des contre-prestations convenues (art. 44 al. 1 LTVA), la créance fiscale naît avec la facturation, étant précisé que celle-ci doit intervenir au plus tard trois mois après l'exécution de la livraison de biens ou de la prestation de services (art. 43 al. 1 let. a ch. 1 LTVA). Pour les opérations qui donnent lieu à des factures ou à des paiements partiels et successifs, la créance fiscale naît au moment de la facturation partielle ou de l'encaissement du paiement partiel (art. 43 al. 1 let. a ch. 2 LTVA) et, en cas de paiement anticipé ou de livraison de biens ou de prestations de services non facturés ou facturés tardivement, à l'encaissement de la contre-prestation (art. 43 al 1 let. a ch. 3 LTVA). Pour synthétiser, en cas d'établissement du décompte d'après les contre-prestations convenues, la créance fiscale prend naissance avec l'établissement de la facture ou de la facture partielle, dans la mesure où la contre-prestation n'a pas été versée auparavant en tout ou partie (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 4.1, A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 2.3, A-1489/2006 du 14 janvier 2008 consid. 2.4, A-1490 et 1491/2006 du 14 janvier 2008 consid. 2.4, A-1343/2006 du 12 avril 2007 consid. 2.1; décision de la CRC 1998-199 du 3 décembre 1999 consid. 3).
4.1.2 Lorsque - en revanche - l'assujetti décompte selon le système des contre-prestations reçues, la créance fiscale prend naissance au moment de l'encaissement de la contre-prestation; cela vaut également pour les paiements anticipés (art. 43 al. 1 let. b LTVA).
4.1.3 Dans le cadre de ces deux systèmes de décompte, l'art. 44 al. 2 LTVA revêt une fonction régulatrice. Aux termes de cette disposition, s'il s'avère que la contre-prestation versée par le destinataire est inférieure à la contre-prestation convenue (notamment en raison d'un escompte, d'une remise, d'une perte) ou si la contre-prestation reçue fait l'objet d'un remboursement (notamment en raison de l'annulation de la livraison, d'un rabais consenti ultérieurement, d'une ristourne), il est possible de porter cette différence en déduction du chiffre d'affaires imposables, dans le décompte de la période où la diminution de la contre-prestation a été comptabilisée ou le remboursement effectué (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 2.4, A-1489/2006 du 14 janvier 2008 consid. 2.3 et 2.5, A-1386/2006 du 3 avril 2007 consid. 2.4; décisions de la CRC du 4 juillet 2005 in: JAAC 70.10 consid. 3c et du 1er décembre 2004 in: JAAC 69.65 consid. 3b).
4.2 Il apparaît donc fondamental de distinguer les éléments suivants, à savoir l'opération relevant de la TVA, l'opération imposable, la naissance de la créance fiscale qui en découle ainsi que son exigibilité. Le mécanisme de cette articulation se présente come suit.
4.2.1 Lorsqu'il s'agit de déterminer si une opération entre dans le champ d'application de la TVA, le moment de la prestation - respectivement de la contre-prestation - n'est en principe pas déterminant, car il importe uniquement de savoir si l'échange de prestations est bien réalisé (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 4.2). En revanche, si l'opération se situe dans le champ et qu'elle a un caractère imposable, elle peut donner naissance à une créance fiscale. Toutefois, la naissance de cette créance fiscale ne dépend pas en soi de la date à laquelle la prestation, respectivement la contre-prestation, a été effectuée, mais du mode selon lequel l'assujetti décompte avec l'AFC (consid. 3.3 ci-avant). Par ailleurs, l'exigibilité de cette créance est déterminée par l'art. 47 al. 1 LTVA, selon lequel le montant correspondant doit être versé à l'AFC dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
4.2.2 En raison du mode de décompte, la créance fiscale peut dès lors naître avant l'opération imposable elle-même (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 4.2, A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 2.5 et A-1489/2006 du 14 janvier 2008 consid. 2.5; décision de la CRC du 6 mai 1998 in : TVA-Journal 1998 p. 89 s. consid. 4b/bb), comme elle peut également survenir ultérieurement. La jurisprudence en fournit un certain nombre d'exemples.

Ainsi, lorsque l'assujetti - décomptant selon le système ordinaire - envoie à des clients des factures relatives au renouvellement de leur abonnement, sans qu'il soit encore établi que les personnes en question souhaitent effectivement renouveler leur abonnement, la créance fiscale naît au moment de l'émission des factures en question, alors même que l'opération imposable ne s'est pas encore déroulée (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 3.1.1 et 3.1.2). De même, lorsque des taxes de raccordement au réseau de canalisations sont facturées dès l'octroi de autorisation de construire, alors même que le raccordement aux canalisations ne se fera que plusieurs années plus tard, la créance fiscale n'en naît pas moins au moment de leur facturation, selon le système des contre-prestations convenues (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1489/2006 du 14 janvier 2008).
4.2.3 Lorsqu'il s'agit de déterminer la créance fiscale afférente à telle ou telle période, on examinera dès lors dans un premier temps le mode selon lequel l'assujetti établit ses décomptes d'impôt, à savoir selon les contre-prestations convenues ou selon les contre-prestations reçues. Cette considération prime toute autre, mise à part l'existence de l'opération TVA elle-même, puisqu'à défaut d'objet de l'impôt, il ne peut y avoir d'impôt (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1489/2006 du 14 janvier 2008 consid. 2.5).
5. Ces considérations trouvent leur prolongement en matière de déduction de l'impôt préalable, ainsi qu'on le verra ci-après.
5.1 Dans un premier temps, il faut toutefois rappeler les conditions matérielles qui régissent le droit à la déduction de l'impôt préalable.
5.1.1 Selon l'art. 38 al. 1 et 2 LTVA, si l'assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour l'un des buts indiqués au second alinéa (parmi lesquels figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire dans son décompte les montants d'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'art. 37 LTVA, pour des livraisons et des prestations de services.
5.1.2 Sur le plan matériel, le droit à la déduction de l'impôt préalable est dès lors subordonné à une série de conditions cumulatives.

Tout d'abord, seul un assujetti peut déduire l'impôt préalable. Il doit au surplus être le destinataire de la prestation en question, ce qui découle d'une interprétation logique de l'art. 38 LTVA. L'impôt préalable dont il s'agit doit avoir frappé des livraisons et/ou des prestations de services imposables, fournies par une autre entreprise. Un acte matériel de facturation entre les deux impliqués est requis (art. 38 al. 1 let. a LTVA et art. 37 LTVA; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1476/2006 et A-1492/2006 du 26 avril 2007 consid. 5.3). Les livraisons, respectivement les prestations de services dont il s'agit, doivent être affectées - ne serait ce que de manière médiate - à l'un des buts limitativement énumérés à l'art. 38 al. 2 LTVA, étant précisé qu'un lien économique suffisant, direct ou même indirect, doit exister entre les opérations en amont et en aval (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 2.1). Au surplus, elles ne doivent pas être utilisées pour la réalisation de chiffres d'affaires exclus, d'activités qui ne sont pas considérées comme des opérations TVA, d'activités privées ou d'opérations relevant de l'exercice de la puissance publique (art. 38 al. 4 LTVA).

Enfin, la déduction de l'impôt préalable ne doit pas avoir été expressément proscrite (art. 38 al. 5 LTVA) (cf. sur les différentes conditions relatives à la déduction de l'impôt préalable, voir entre autres : arrêts du Tribunal fédéral 2A.34/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.4, 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.2 et 2A.348/2004 du 1er décembre 2004 in : Archives vol. 75 p. 176 consid. 3.2 et 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1630 et 1631/2006 du 13 mai 2008 consid. 2.2, A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.1, A-1376/2006 du 20 novembre 2007 consid. 5, A-1375/2006 du 27 septembre 2007 consid. 4; Diego Clavadetscher / Pierre-Marie Glauser / Gerhard Schafroth, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Münich 2000, ad art. 38 LTVA, p. 684 ss).
5.1.3 Le système présuppose donc une relation étroite entre la prestation acquise et celle effectuée. L'« 'input » (Eingangleistung), soit l'acquisition de prestations en amont, doit être - en tant qu'élément de coût - affecté de manière directe ou indirecte à « l'output » (Ausgangsleistung), soit la prestation en aval. La jurisprudence l'exprime en parlant d'un lien économique objectif (ou nécessaire) entre l'input et l'output, qui peut être direct, mais également indirect, soit lorsque les prestations imposables sont simplement exécutées à l'aide des prestations acquises (cf. ATF 132 II 352 consid. 8.2 et 8.3, 10; arrêt du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 16 août 2006 consid. 3.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1376/2006 du 20 novembre 2007 consid. 5.1 et A-1357/2006 du 27 juin 2007 consid. 2.1). Dès lors, si une prestation acquise sert à produire une prestation imposable, la déduction de l'impôt préalable est possible intégralement, alors que si elle est affectée à un autre but, cette déduction n'est pas envisageable.
5.2 Ceci étant posé, et dans le prolongement de ce qui a déjà été dit concernant la créance fiscale (cf. consid. 4.1.1 ci-avant), il faut encore préciser que la naissance du droit de déduire l'impôt préalable est liée à celle de la créance fiscale.
5.2.1 En cas d'établissement du décompte selon les contre-prestations convenues, qui est de règle, la créance fiscale naît - ainsi qu'on l'a vu - au moment où la facture est émise. Par voie de conséquence, l'assujetti peut en ce cas déduire l'impôt préalable qui lui a été transféré au moment où - respectivement dans la période de décompte au cours de laquelle - il reçoit la facture concernée (art. 38 al. 7 let. a LTVA; cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1530/2006 du 18 mars 2008 consid. 2.3; cf. également la jurisprudence relative à l'OTVA : arrêt du Tribunal fédéral 2A.220/2003 du 11 février 2004 consid. 2.2.1; décisions de la CRC du 4 mars 2002 in: JAAC 66.58 consid. 3a et b, du 10 juin 1998 in: JAAC 63.25 consid. 3a, CRC 2003-140 du 7 décembre 2005 consid. 3a/aa).
5.2.2 Lorsque le décompte est établi selon les contre-prestations reçues en revanche, la créance fiscale naît au moment de l'encaissement de la contre-prestation. Parallèlement, l'assujetti peut donc déduire l'impôt préalable qui lui a été transféré au moment où il paie la dite facture, ce que rappelle d'ailleurs expressément l'art. 38 al. 7 let. a in fine LTVA.
5.3 Dans cette thématique, il faut encore citer la possibilité ouverte à l'art. 42 LTVA de procéder à un dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable.
5.3.1 Selon l'art. 42 al. 1 LTVA, si les conditions de la déduction de l'impôt préalable n'étaient pas remplies lors de la réception des biens ou des services ou encore au moment de l'importation, mais qu'elles l'aient été plus tard, la déduction de l'impôt préalable peut être opérée, sous réserve des alinéas 2 et 3, dans le décompte de la période fiscale au cours de laquelle les conditions ont été remplies (sur le concept, cf. Tobias Felix Rohner, Der nachträgliche Vorsteuerabzug [Einlageentsteuerung] im schweizerischen MWSTG und nach der 6. MwSt.-Richtlinie der EU, Berne 2007, p. 3 ss. et les références; Annie Rochat Pauchard, La régularisation de la déduction de l'impôt préalable en matière de TVA ou les changements d'affectation, in: Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 273 ss. ch. 3). L'impôt payé précédemment - notamment sur l'acquisition de biens et de prestations de services à titre onéreux sur territoire suisse (cf. let a et b du même alinéa) - peut être déduit au titre de l'impôt préalable, pour autant que ces opérations soient destinés à une affectation future imposable (art. 42 al. 2 LTVA; pour un aperçu de la pratique de l'AFC : cf. Brochure spéciale n° 05 « Changements d'affectation », valable du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2007, ch. 1).

L'instrument du dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable est un cas particulier du droit à la déduction de l'impôt préalable, à mesure que le moment du droit à la déduction intervient plus tard ou renaît (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 6.2, A-1478/2006 du 10 mars 2008 consid. 2.2.2; Rohner, op. cit., p. 6).
5.3.2 L'art. 42 al. 2 LTVA prescrit que l'opération doit être destinée à une affectation future imposable, sans autre précision. Cela étant, la notion d'affectation future imposable est imprécise et peut donner lieu à des incertitudes. Historiquement, la fonction du dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable, formulé à l'art. 42 LTVA, a été définie en ce sens qu'elle tend à faire en sorte que les biens et services qui ont été frappés de la TVA et qui sont ensuite utilisés pour des opérations imposables soient dégrevés de l'impôt, moyennant une déduction correspondante de l'impôt préalable (cf. Annie Rochat Pauchard, op. cit., p. 274 ch. 3.2; Rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national du 28 août 1996, Initiative parlementaire relative à la loi fédérale sur la taxe sur la valeur ajoutée [Dettling], in: FF 1996 V 772). Quoi qu'il en soit, l'art. 42 LTVA ne peut ouvrir le droit au dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable pour des opérations qui sont complètement antérieures, tant sur le plan de l'input que sur celui de l'output, à l'assujettissement. On ne peut donc parler d'affectation future imposable si l'opération en aval de celle qui a donné lieu à un impôt préalable s'est déroulée à un moment où l'assujettissement n'avait pas encore débuté.
6. En l'espèce, le Tribunal va examiner si le recourant a le droit de déduire l'impôt préalable qu'il prétend sous deux angles, soit tout d'abord celui de l'art. 38 LTVA (consid. 6.1 ci-après) et ensuite celui de l'art. 42 LTVA (consid. 6.2 ci-après).
6.1
6.1.1 Le Tribunal observe ainsi tout d'abord que le recourant a été (ré-)assujetti, suite à sa demande d'assujettissement volontaire du 13 avril 2004, à compter du 1er avril 2004. Le recourant ne prétend pas que son assujettissement aurait dû intervenir auparavant et rien n'indique que toutes les conditions matérielles et formelles étaient réunies avant cette date, de sorte que l'option pourrait - à titre exceptionnel - déployer un effet rétroactif (consid. 3.2.2 ci-avant).

Se pose ainsi tout d'abord le problème de déterminer quel a été le système de décompte du recourant durant la période litigieuse, qui s'étend du 1er avril au 30 juin 2004. En effet, ainsi qu'on l'a vu, le droit à la déduction de l'impôt préalable prend naissance à un moment distinct, suivant que l'assujetti décompte selon le système des contre-prestations convenues ou des contre-prestations reçues. Dans le second cas, la date du paiement de la facture « amont » s'avère déterminante (art. 38 al. 7 let. a in fine LTVA; cf. consid. 5.2.1 ci-avant). Or, en l'occurrence, trois des quatre factures litigieuses, censées fonder le droit à la déduction de l'impôt préalable dont se prévaut le recourant, ont été acquittées après la date de son inscription au registre des assujettis à la TVA (factures n ° *** n ° *** et n ° ***; cf. pièces n° 5 à 7, annexes au recours), à savoir respectivement le 2 juillet 2004, le 20 décembre 2004 et le 7 mai 2004.

Certes, la date de ces paiements ne correspond pas exactement à la période du premier décompte TVA, qui est en cause (du 1er avril au 30 juin 2004). Néanmoins, on peut dire que, si le recourant avait établi ses décomptes selon le système des contre-prestations reçues du 1er avril au 31 décembre 2004, il n'y aurait probablement guère existé de motif de lui refuser le droit à la déduction de cet impôt préalable, sous réserve que ce système de décompte nécessite en principe une autorisation expresse de l'AFC, laquelle ne déploie pas d'effet rétroactif.
6.1.2 Cela étant, l'instruction a révélé clairement que le recourant avait établi ses décomptes selon le système des contre-prestations convenues durant toute l'année 2004 (cf. détermination de l'AFC au Tribunal administratif fédéral du 6 mai 2008 et son annexe : rapport de révision du 7 février 2005, classé sous pièce n° 9 du bordereau de l'AFC). Ce fait a été constaté par un inspecteur de l'AFC lors d'un contrôle qui s'est déroulé auprès de l'entreprise du recourant le 7 février 2005 et ressort d'un rapport clair et circonstancié établi à cette issue. Il n'y a dès lors guère de raison d'en douter. De surcroît, le dossier comporte une demande formulée par le recourant le 13 décembre 2004, en vue de pouvoir décompter selon le système des contre-prestations reçues (cf. pièce n° 2 du dossier de l'AFC). Ce document mentionne que l'autorisation corrélative lui a été octroyée le 1er février 2005. Il accrédite dès lors le rapport déjà cité de l'inspecteur, selon lequel le recourant a établi ses décomptes selon le système ordinaire des contre-prestations convenues du 1er avril 2004 au 31 décembre 2004.

Certes, le recourant avait certes laissé entendre, dans le cadre de son recours, qu'il avait décompté selon les contre-prestations reçues depuis le 1er avril 2004, en se basant sur une précédente autorisation qui lui avait été octroyée en ce sens le 28 décembre 1994 (cf. pièce no 1 annexe au recours). Il a affirmé avoir procédé de cette manière pour décompter l'impôt préalable afférent aux factures litigieuses, de même que pour les opérations de revente de ces mêmes biens (cf. recours p. 3 ch. 10). Toutefois, ses affirmations ne sont guère crédibles.

D'une part en effet, si le recourant avait réellement décompté selon les contre-prestations reçues depuis le 1er avril 2004, on ne discernerait pas ce qui l'aurait motivé à solliciter une autorisation pour procéder ainsi le 13 décembre 2004. Sa demande de l'époque n'en fournit pas l'explication. D'autre part, le recourant a requis la déduction de l'impôt préalable relatif aux factures litigieuses, qui ont été acquittées respectivement le 2 juillet 2004, le 11 mars 2004, le 20 décembre 2004 et le 7 mai 2004, dans le cadre de son premier décompte relatif à la période du 1er avril au 30 juin 2004. Une seule des factures en cause a toutefois été réglée durant la période de décompte en question. Il apparaît dès lors évident que le recourant ne s'est pas fondé sur la date du paiement des dites factures pour les inclure dans le décompte en question.
6.1.3 Il sied également d'observer que c'est à juste titre que l'AFC n'a pas octroyé d'effet rétroactif à l'autorisation octroyée au recourant, de décompter selon le système des contre-prestations reçues. Celle-ci ne vaut donc pas pour l'année 2004. En effet, ceci correspond à la pratique de l'AFC, que la jurisprudence a confirmée (cf. consid. 3.3.3 ci-avant).

D'ailleurs, le recourant ne prétend pas que cette autorisation aurait dû intervenir rétroactivement. Tout au plus indique-t-il s'être fondé sur une autorisation identique qui lui avait été octroyée le 28 décembre 1994 (cf. pièce n° 1 annexe au recours). Il est vrai qu'il avait - à l'époque - déjà été autorisé à décompter selon les contre-prestations reçues. Toutefois, cette autorisation a pris fin en même temps que son assujettissement consécutif à sa retraite, à savoir le 31 décembre 2000. Le fait que le recourant ait ensuite repris son activité lucrative et ait été réinscrit au registre des assujettis le 1er avril 2004, soit plus de trois ans plus tard, fût-ce même avec le même numéro, ne saurait signifier eo ipso qu'il souhaitait à nouveau décompter selon les contre-prestations reçues et a fortiori que l'AFC allait l'autoriser. La volonté du recourant ne pouvait être présumée et l'accord de l'AFC n'allait pas nécessairement de soi. Une nouvelle demande ad hoc ainsi qu'une autorisation correspondante étaient dès lors incontournables.

Autre serait la question de savoir si le recourant peut se prévaloir de l'autorisation octroyée le 28 décembre 1994 en vertu du principe de la bonne foi. Toutefois, ainsi qu'on l'a déjà dit (consid. 6.1.2 ci-avant), il apparaît que le recourant n'a pas décompté selon les contre-prestations reçues durant l'année 2004, de sorte qu'il ne peut prétendre s'être fondé sur de prétendues assurances données par l'autorité pour prendre des mesures dont la modification lui serait préjudiciable. L'argument de la bonne foi peut dès lors d'emblée être écarté, sans plus ample examen des autres conditions pertinentes.

Il s'ensuit que le recourant a décompté selon le système des contre-prestations convenues durant l'année 2004 et c'est donc sur la base de cet état de fait qu'il convient de raisonner.
6.1.4 Les factures litigieuses, sur lesquelles le recourant se fonde pour réclamer la déduction de l'impôt préalable, ont été établies respectivement le 29 septembre 2003 (pièce n° 5 annexe au recours), le 10 décembre 2003 pour deux d'entre elles (pièces n° 6 annexes au recours), ainsi que le 10 mars 2004 (pièce n° 7 annexe au recours). Leur date est dès lors clairement antérieure à celle du début de l'assujettissement du recourant, intervenu le 1er avril 2004. Il s'ensuit que le droit à la déduction de l'impôt préalable est a priori exclu, étant donné que - selon le système de décompte suivant les contre-prestations convenues - la date de la réception de la facture s'avère seule déterminante pour la naissance du droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. consid. 5.2.1 ci-avant). La date à laquelle ces factures ont été acquittées est ainsi indifférente.
6.2 Demeure la question d'un dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fondé sur l'art. 42 al. 1 LTVA.
6.2.1 En effet, cette possibilité est précisément ouverte lorsque les conditions de la déduction de l'impôt préalable n'étaient pas remplies au moment de la réception des biens ou des services en question, mais l'ont été plus tard (cf. consid. 5.3.1 ci-avant). Il est toutefois nécessaire que ces opérations aient été destinées à une affectation future imposable (art. 42 al. 2 LTVA; cf. consid. 5.3.3 ci-avant), ce qu'il convient d'examiner de plus près en l'occurrence.
6.2.2 Le Tribunal observe ainsi que les biens acquis par le recourant, aux termes des factures litigieuses, ont fait l'objet de revente, à savoir d'une livraison de bien sur territoire suisse suivie d'une exportation. Ces deux phases se sont déroulées avant que le recourant ne soit assujetti, à savoir avant le 1er avril 2004. En effet, le recourant a facturé la vente de ces biens respectivement le 6 octobre 2003, le 12 décembre 2003 et le 9 mars 2004 et exporté peu après les biens correspondants (cf. facture du 6 octobre 2003 et attestation d'exportation du 14 octobre 2003, sous pièce n° 5 annexe au recours; facture du 12 décembre 2003 et attestation d'exportation du 17 décembre 2003, sous pièce n° 6 annexe au recours; facture du 9 mars 2004 et attestation d'exportation du 11 mars 2004, sous pièce n° 7 annexe au recours).

Etant donné que l'opération de revente (en aval) des biens en question s'est déroulée complètement avant l'assujettissement du recourant, un droit au dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fondé sur l'art. 42 LTVA est exclu (cf. consid. 5.3.2 ci-avant). En effet, de telles opérations ne sauraient s'apparenter à une affectation future imposable aux termes de l'art. 42 al. 2 LTVA.
6.3 Partant, le recourant n'a pas droit à la déduction de l'impôt préalable grevant les biens acquis aux termes des quatre factures datées du 29 septembre 2003 au 10 mars 2004 (cf. pièces n° 5 à 7 annexes au recours) qui demeuraient litigieuses, que ce soit en vertu de l'art. 38 al. 7 LTVA ou de l'art. 42 LTVA. Son recours s'avère intégralement mal fondé et doit être rejeté.
7.
7.1 Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis dans le dispositif à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits (voir également art. 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse le surplus éventuel.

Aux termes de l'art. 64 al. 1 PA, applicable par renvoi de l'art. 37 LTAF, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et particulièrement élevés qui lui ont été occasionnés (voir également art. 7 FITAF).
7.2 En l'occurrence, compte tenu du sort de son recours, le recourant supportera les frais de procédure, fixés à Fr. 1'000.-, montant qui sera compensé par celui de l'avance de frais déjà effectuée le 10 mai 2006. Il n'a en outre pas droit à l'allocation de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 1'000.-, sont mis à la charge du recourant. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée d'un montant équivalent.
3.
Il n'est pas octroyé de dépens.
4.
Le présent arrêt est adressé :
- au recourant (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. ***; Acte judiciaire)

Le président du collège : La greffière :

Pascal Mollard Marie-Chantal May Canellas

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss , 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (voir art. 42 LTF).
Expédition :

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
¹	Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
²	Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
³	Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
¹	En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
²	Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
³	Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
⁴	L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
^4bis	L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
^a	entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
^b	entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
⁵	Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106

SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF) FITAF Art. 1 Frais de procédure - 1 Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
¹	Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
²	L'émolument judiciaire couvre les frais de photocopie des mémoires et les frais administratifs normaux, tels que les frais pour le personnel, les locaux et le matériel ainsi que les frais postaux, téléphoniques et de télécopie.
³	Les débours comprennent notamment les frais de traduction et les frais occasionnés par l'administration des preuves. Les frais de traduction ne sont pas facturés lorsqu'il s'agit de la traduction d'une langue officielle à une autre.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
¹	L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
²	Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
³	Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
⁴	La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
⁵	Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110

SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF) FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
¹	La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
²	Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
³	Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
⁴	Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
⁵	L'art. 6a s'applique par analogie.7

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
^a	contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
^b	contre les actes normatifs cantonaux;
^c	qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
¹	Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
^1bis	Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais.15
²	Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.16 17
³	Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
⁴	En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique18. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
^a	le format du mémoire et des pièces jointes;
^b	les modalités de la transmission;
^c	les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.19
⁵	Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁶	Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁷	Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.