1A.265/2006 - 2007-06-14 - Pianificazione territoriale e diritto pubblico edilizio - plan d'affectation cantonal de protection de la Venoge

Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
1A.265/2006
1P.809/2006 /ajp

Arrêt du 14 juin 2007
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Féraud, Président, Aemisegger et Reeb.
Greffière: Mme Truttmann.

Parties
X.________ SA,
recourante, représentée par Me Jean-Michel Henny, avocat,

contre

Département des institutions et des relations extérieures du canton de Vaud, 1014 Lausanne,
agissant par Edmond C.M. de Braun, rue Bellefontaine 2, 1003 Lausanne,
Tribunal administratif du canton de Vaud, avenue Eugène-Rambert 15, 1014 Lausanne,

Commune de Penthaz, 1303 Penthaz.

Objet
Plan d'affectation cantonal de protection de la Venoge,

recours de droit administratif (1A.265/2006) et recours de droit public (1P.809/2006) contre l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 6 novembre 2006.

Faits :
A.
X.________ SA est une société active dans la fabrication et la vente d'enrobés bitumineux et de matériaux de construction en tout genre. Elle est propriétaire de la parcelle n° 229 de la Commune de Penthaz. D'une surface d'environ 13'100 m2, cette parcelle est située à l'ouest de la Venoge, dont elle n'est séparée que par les parcelles n°s 231 et 232. Au nord, les parcelles n°s 174 et 176 sont respectivement occupées par la société A.________ et par une station d'épuration des eaux (STEP).

Le 15 novembre 1985, le Conseil d'Etat a approuvé le plan des zones de la Commune de Penthaz, qui a majoritairement classé la parcelle n° 229 en zone de verdure. Le solde, soit une bande d'une trentaine de mètres sise à l'est, a été colloqué en zone industrielle. Les parcelles n°s 231 et 232, sises le long du lit de la Venoge, ont été classées en aire forestière, les parcelles n°s 174 et 176, en zone d'utilité publique. X.________ SA n'a pas fait opposition à ce plan.

Depuis 1969, le secteur de la parcelle n° 229 en zone de verdure est utilisé pour le stockage de matériaux directement lié à l'utilisation d'une station d'enrobage sise sur la partie en zone industrielle.
B.
Le 17 février 1959, le Conseil d'Etat avait adopté le plan d'extension cantonal n° 111 (ci-après: PEC 111), qui visait à assurer les emprises nécessaires à la réalisation du canal d'Entreroches. Ce dernier représentait le tronçon vaudois du projet de 1952 de canal transhelvétique du Rhône au Rhin. La partie ouest de la parcelle n° 229 était soumise à l'emprise du PEC 111, qui la rendait inconstructible.

Les installations de X.________ SA ont cependant été autorisées en 1969 sur la parcelle n° 229, moyennant l'inscription d'une mention de précarité au Registre foncier. Cette dernière n'a finalement été inscrite qu'en 1983.

En 1986, suite à la mise l'enquête de la modification générale des installations et du remplacement des citernes, X.________ SA a obtenu un permis d'utiliser.

En 1993, la Confédération a abandonné le projet de canal entre le Rhône et le Rhin.

Depuis 1997, les installations de X.________ SA ne sont plus en activité.
C.
Le 10 juin 1990, le peuple vaudois a accepté l'initiative constitutionnelle "Sauvez la Venoge". Cette votation a entraîné l'introduction de l'art. 6ter dans l'ancienne Constitution vaudoise dont la teneur est la suivante:

1 Les cours, les rives et les abords de la Venoge sont protégés.
2 Un plan d'affectation cantonal précise l'étendue de cette protection. Ce plan et les dispositions accessoires comprennent toutes mesures utiles notamment pour:
a. Assurer l'assainissement des eaux;
b. Maintenir et restaurer les milieux naturels favorables à la flore et à la faune, notamment la végétation riveraine;
c. Classer les milieux naturels les plus intéressants;
d. Interdire toute construction, équipement, installation ou intervention dont la réalisation irait à l'encontre des objectifs ci-dessus.

Conformément à ce mandat constitutionnel, le Département des travaux publics, de l'aménagement et des transports (actuellement Département des infrastructures; DINF) a notamment élaboré un plan d'affectation cantonal de protection de la Venoge (PAC V) et un règlement correspondant (RPAC).

Ce plan définit quatre périmètres (art. 5 RPAC): le périmètre 1, qui comprend "les cours d'eau formés par la Venoge, ses affluents et leurs dérivations"; le périmètre 2, à savoir "les couloirs de la Venoge et du Veyron, comprenant les berges, les zones alluviales, les zones de libre évolution des cours d'eau, la végétation riveraine, les surfaces nécessaires à leur restauration, ainsi que le delta de la Venoge"; le périmètre 3, soit "les vallées de la Venoge et du Veyron"; le périmètre 4, soit "le bassin versant de la Venoge défini par sa topographie".

Dans la commune de Penthaz, le périmètre 2 du plan d'affectation inclut notamment la parcelle n° 229. Le secteur anciennement sis en zone de verdure est colloqué en zone protégée, inconstructible, tandis que le secteur précédemment situé en zone industrielle est classé en zone à bâtir à prescriptions spéciales. Les parcelles n°s 231 et 232 figurent comme zones alluviales d'importance nationale. Les parcelles n°s 174 et 176 sont entièrement attribuées à la zone à bâtir à prescriptions spéciales.

Le PAC V a été mis à l'enquête publique du 25 octobre au 23 novembre 1995.

Le 23 novembre 1995, X.________ SA a formé opposition au PAC V. Par décision du 28 août 1997, le DINF l'a écartée. Le 11 août 1999, le Département des institutions et des relations extérieures (DIRE) a admis le recours déposé par X.________ SA contre cette dernière décision. Il a notamment relevé que:
"L'autorité de céans n'a pas de motif particulier de contester la nécessité de protéger la parcelle n° 229 en application de l'article 6ter

CV, dès lors qu'il est établi qu'une telle protection est justifiée par la présence d'une zone alluviale d'importance nationale et par un fort risque d'inondation. [...] Dans le cas d'espèce, on constate toutefois une certaine incohérence dans les mesures d'affectation prévues par le PAC Venoge. En effet, on comprend mal comment on peut, d'une part, protéger le secteur le plus éloigné de la rivière en invoquant un risque d'inondation et, d'autre part, maintenir un secteur plus proche de la rivière en zone constructible. Il existe là une contradiction qui n'apparaît pas admissible. En effet, ou bien les objectifs de protection de la Venoge résultant de l'art. 6ter

CV rendent nécessaire la protection de l'ensemble de la parcelle 229, ce qui implique la collocation de l'entier de cette parcelle en zone protégée, ou bien ces objectifs de protection permettent le maintien de la station d'enrobage (ce que semble indiquer l'affectation en zone à bâtir à prescriptions spéciales), ce qui implique logiquement que le secteur ouest, plus éloigné de la Venoge, soit sorti de la zone protégée et retrouve son
affectation antérieure".
D.
Du 3 mai au 3 juin 2002, le DINF a mis à l'enquête le plan modifié en ce sens que la parcelle n° 229 était désormais colloquée dans son intégralité en zone protégée. Le statut des parcelles environnantes n'était pas modifié.

Le 3 juin 2002, X.________ SA a formé opposition. Le 6 mai 2003, le DINF a levé cette dernière et a approuvé le PAC V modifié. Il a considéré que le risque d'inondation, qualifié de moyen par une étude des dangers liés aux inondations et à l'érosion dans le bassin versant de la Venoge publié dans l'intervalle par l'Institut d'aménagement des terres et des eaux de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (ci-après: étude IATE/EPFL), justifiait pleinement la collocation de l'intégralité de la parcelle n° 229 en zone protégée. La décision précédente, prise pour tenir compte dans une certaine mesure de la situation existante, était incohérente.

Le 24 octobre 2005, le DIRE a écarté le recours formé par X.________ SA contre cette décision. Par arrêt du 6 novembre 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de X.________ SA contre ce prononcé et a confirmé la décision du DIRE du 24 octobre 2005.
E.
Agissant par la voie du recours de droit administratif et du recours de droit public, X.________ SA demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 6 novembre 2006 et, subsidiairement, s'agissant du recours de droit administratif, de renvoyer le dossier à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A l'appui de son recours de droit administratif, elle se plaint d'une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents et d'une violation de l'ordonnance sur les zones alluviales. A l'appui de son recours de droit public, elle se plaint de violations de son droit d'être entendue et de la garantie de la propriété. Elle requiert en outre l'effet suspensif.

La Municipalité de Penthaz n'a pas déposé d'observations. Le Tribunal administratif a conclu au rejet des recours. Le DIRE s'est prononcé pour l'irrecevabilité du recours de droit administratif, subsidiairement son rejet, et pour le rejet du recours de droit public.

Par ordonnance du 15 janvier 2007, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif formulée par X.________ SA.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.
La décision attaquée ayant été rendue avant le 1er janvier 2007, la loi fédérale d'organisation judiciaire (OJ) demeure applicable à la présente procédure de recours (art. 132 al. 1 LTF). L'ancien art. 34 de la loi sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006, demeure lui aussi applicable dans la présente procédure (cf. art. 53 al. 1 de la loi sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF; RS 173.32], en relation avec le ch. 64 de l'annexe de cette loi).
2.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 132 III 291 consid. 1 p. 292; 131 II 571 consid. 1 p. 573; 130 I 312 consid. 1 p. 317 et les arrêts cités).
3.
La recourante a formé, dans une même écriture, un recours de droit public et un recours de droit administratif. Cette manière de procéder est admise par la jurisprudence; toutefois, en vertu de la règle de la subsidiarité du recours de droit public énoncée à l'art. 84 al. 2 OJ, il convient de vérifier en premier lieu la recevabilité du recours de droit administratif (ATF 128 II 13 consid. 1a p. 16; 126 I 97 consid. 1c p. 101).
3.1 Lorsque la contestation porte sur un plan d'affectation au sens du droit fédéral de l'aménagement du territoire, à savoir un plan réglant le mode d'utilisation du sol dans son périmètre (art. 14 al. 1 LAT), il résulte de l'art. 34 al. 3 LAT que seule la voie du recours de droit public est en principe ouverte, devant le Tribunal fédéral, contre la décision prise en dernière instance cantonale. La jurisprudence admet cependant qu'une décision relative à l'adoption d'un plan d'affectation fasse l'objet d'un recours de droit administratif, lorsque notamment l'application du droit fédéral de la protection de l'environnement est en jeu, en particulier quand le plan se rapporte à un projet concret (ATF 132 II 209 consid. 2 p. 211; 129 I 337 consid. 1.1. p. 339; 125 II 10 consid. 2a p. 13; 123 II 88 consid. 1a p. 91, 231 consid. 2 p. 234; 121 II 72 consid. 1b p. 75 et les arrêts cités). On considère en effet qu'il s'agit dans cette mesure d'une décision fondée non seulement sur le droit cantonal de l'aménagement du territoire, mais également sur le droit public fédéral au sens de l'art. 5 al. 1 PA, et que par conséquent les règles de la procédure de recours de droit administratif s'appliquent (cf. art. 97 al. 1 OJ).
3.2 Selon la recourante, en colloquant en zone inconstructible l'intégralité de la parcelle n° 229 pour servir de zone-tampon à la zone alluviale, l'autorité aurait manifestement violé le droit fédéral, et en particulier l'ordonnance du 28 octobre 1992 sur la protection des zones alluviales d'importance nationale (Ordonnance sur les zones alluviales; RS 451.31).
3.3 Selon l'art. 3 de l'ordonnance sur les zones alluviales, les cantons, après avoir pris l'avis des propriétaires fonciers et des exploitants, fixent les limites précises des objets. Ils délimitent des zones-tampon suffisantes du point de vue écologique en tenant compte, notamment, d'autres biotopes attenants.

Selon la jurisprudence, les zones-tampon doivent se trouver à l'intérieur des limites des objets, car elles en font partie (arrêt 1A.94/2005 du 8 février 2006 consid. 4.2). La délimitation de ces zones-tampon n'est pas une simple faculté laissée à la libre appréciation du canton mais une obligation imposée par le droit fédéral (ATF 124 II 19 consid. 3a p. 22).
3.4 En l'occurrence, l'art. 22 RPAC, dont la note marginale est intitulée "zones alluviales", prévoit que les zones alluviales d'importance nationale et leur zones-tampon doivent être conservées intactes. Le projet de rapport de conformité selon l'art. 26 OAT précise, en relation avec l'art. 22 RPAC, que le périmètre des zones alluviales tel qu'il apparaît dans le PAC V comprend la zone-tampon conformément aux dispositions de l'ordonnance fédérale.

Il en résulte que la parcelle n° 229 ne saurait être considérée comme une zone-tampon au sens de l'art. 3 de l'ordonnance sur les zones alluviales et que ce n'est dès lors en aucun cas cette circonstance qui a motivé son affectation à la zone protégée. Si tel avait été le cas, la parcelle aurait été classée en zone alluviale, tout comme les parcelles n°s 231 et 232 avoisinantes. La référence du Tribunal administratif à la qualité de zone-tampon de la parcelle en cause ne procède dès lors que d'une erreur de terminologie.

En conséquence, c'est en réalité la simple proximité de la parcelle n° 229 avec la zone alluviale qui a, entre autres, justifié son classement en zone protégée de droit cantonal. L'application du droit fédéral n'est ainsi pas en jeu et ne saurait ouvrir la voie du recours de droit administratif. La recourante ne prétend au demeurant pas que la zone alluviale aurait été incorrectement délimitée par les autorités cantonales.
3.5 Il s'ensuit que le recours de droit administratif est irrecevable. Le grief tiré d'une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents soulevé par la recourante sera traité dans le cadre du recours de droit public (cf. consid. 4.3).
4.
A l'appui de son recours de droit public, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue ainsi que d'une atteinte à la garantie de la propriété.
4.1 La vocation pour agir par la voie du recours de droit public est définie à l'art. 88 OJ. Ce recours est ouvert uniquement à celui qui est atteint par l'acte attaqué dans ses intérêts personnels et juridiquement protégés; le recours formé pour sauvegarder l'intérêt général, ou visant à préserver de simples intérêts de fait, est en revanche irrecevable (ATF 130 I 306 consid. 1 p. 309; 129 I 113 consid. 1.2 p. 117; 129 II 297 consid. 2.1 p. 300; 126 I 43 consid. 1a p. 44 et les arrêts cités). En tant que propriétaire d'un terrain compris dans le périmètre du plan, la recourante a incontestablement la qualité pour recourir. Cette dernière se limite toutefois à la contestation des effets du plan sur son propre fonds (ATF 127 I 44 consid. 2d p. 47; 125 II 440 consid. 1c p. 442; 119 Ia 362 consid. 1b p. 364/365; 118 Ia 112 consid. 2a p. 116; 116 Ia 193 consid. 1b p. 194, 433 consid. 2a p. 436/437 et les arrêts cités).

Pour le surplus, le recours a été formé en temps utile contre une décision prise en dernière instance cantonale et répond aux exigences des art. 86 al. 1 et 89 al. 1 OJ. Il convient donc d'entrer en matière.
4.2 La recourante voit une violation de son droit d'être entendue, tel qu'il découle de l'art. 29 al. 2 Cst., dans le fait que la lettre du 4 juillet 2006 et son annexe, adressées par le Service des eaux, sols et assainissement (SESA) au Tribunal administratif, n'ont pas été portées à sa connaissance.
4.2.1 Le droit d'être entendu est l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens des art. 29 al. 2 Cst. et 6 par. 1 CEDH. Il comprend le droit de prendre connaissance de toute prise de position soumise au tribunal et de se déterminer à ce propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux arguments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement. Le droit de réplique fondé sur l'art. 29 al. 2 Cst. vaut pour toutes les procédures judiciaires, y compris celles qui ne tombent pas dans le champ de protection de l'art. 6 par. 1 CEDH (arrêt 1A.56/2006 du 11 janvier 2007 consid. 4.3 - 4.6, destiné à la publication).
4.2.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a confirmé que la lettre du 4 juillet 2006 n'avait pas été communiquée à la recourante.

Il s'avère toutefois, comme le précise le Tribunal administratif, que ce courrier ne contient qu'une énumération des éléments de l'étude IATE/EPFL. Le seul point déterminant est donc de savoir si la recourante a eu connaissance du contenu de cette dernière. Or, ce document avait déjà été versé au dossier devant le DIRE. La recourante ne soutient au demeurant pas - à juste titre - ne pas y avoir eu accès. Il ressort en effet des actes de la procédure qu'elle s'est même déjà exprimé à ce sujet. Dans ces circonstances, sur la base des allégués de la recourante, il y a lieu de considérer qu'une éventuelle violation de son droit d'être entendue a pu être réparée dans le cadre de la procédure de recours au Tribunal fédéral. Il n'en demeure pas moins que l'omission commise n'est pas admissible et qu'elle doit être évitée à l'avenir.
4.3 Le grief tiré d'une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents soulevé dans le cadre du recours de droit administratif peut être traité ici sous l'angle de l'arbitraire.

Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral ne peut cependant entrer en matière que sur les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans le recours (cf. art. 90 al. 1 let. b OJ; ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.; 129 I 113 consid. 2.1 p. 120, 185 consid. 1.6 p. 189). Sous peine d'irrecevabilité, le recourant doit donc non seulement indiquer quels droits constitutionnels auraient, selon lui, été violés, mais encore démontrer en quoi consiste cette violation.

Dans le cas particulier, il est vrai que la parcelle n° 175 n'existe plus et que la parcelle n° 176 se trouve pour partie en zone alluviale d'importance nationale. La recourante n'explique toutefois pas quelle incidence cela pourrait avoir sur l'issue du litige. Il en va de même s'agissant des autres points abordés. Dans ces conditions, le grief ne satisfait pas aux exigences du recours de droit public et doit dès lors être déclaré irrecevable.
4.4 La recourante invoque ensuite la violation de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) en faisant valoir une inégalité de traitement avec la société A.________, propriétaire de la parcelle n° 174.
4.4.1 Une mesure d'aménagement du territoire, telle qu'une interdiction de construire sur un terrain en raison du classement dans une zone à protéger, représente une restriction du droit de propriété; elle n'est compatible avec la garantie constitutionnelle de la propriété que pour autant qu'elle repose sur une base légale, qu'elle soit justifiée par un intérêt public suffisant et que, conformément au principe de la proportionnalité, elle soit propre à atteindre le but visé et n'aille pas au-delà de ce qu'exige l'intérêt public (art. 36 al. 1 Cst.; cf. ATF 125 II 129 consid. 8 p. 141; 121 I 117 consid. 3b p. 120; 120 Ia 227 consid. 2c p. 232 et les arrêts cités).
4.4.2 La recourante ne conteste pas - à juste titre - l'existence d'une base légale. Le Tribunal fédéral a en effet déjà eu l'occasion de préciser que l'art. 6ter aCst./VD constituait une base légale suffisante pour l'inclusion d'un terrain riverain de la Venoge dans une zone inconstructible (arrêt 1P.229/2000 du 12 septembre 2000 consid. 1b).
4.4.3 Quand bien même la recourante se place sur le terrain de la proportionnalité, elle ne fait en réalité que valoir une violation du principe de l'égalité de traitement. A noter qu'à ce stade, la recourante n'invoque plus qu'une inégalité de traitement avec la parcelle n° 174, ses griefs en rapport avec la parcelle n° 176 étant abandonnés.
4.4.4 A titre préliminaire, il convient de rappeler que le PAC V n'a de toute évidence pas pour but de créer des zones à bâtir, là où il n'en existait pas précédemment.

Or, comme on l'a vu, le secteur ouest de la parcelle n° 229 a été classé en zone inconstructible en 1985 et la recourante ne s'est pas opposée à ce changement d'affectation. Les autorisations octroyées à cette dernière à titre précaire ne sauraient modifier cette appréciation.

Ainsi, le classement de l'intégralité de la parcelle n° 229 en zone à bâtir à prescriptions spéciales, tel que le sollicite la recourante, ne saurait entrer en considération. Il sera encore précisé que la parcelle n° 174 était quant à elle autrefois sise en zone d'utilité publique, qui est une zone constructible. Son classement en zone à bâtir à prescriptions spéciales par le PAC V n'a donc pas consisté à créer une nouvelle zone à bâtir. En cela, les deux situations ne sont donc pas comparables.

Cette conclusion devrait en principe légitimer à elle seule le classement de l'intégralité de la parcelle en zone protégée et donc le rejet du recours. En effet, par décision du 11 août 1999, laquelle n'a pas fait l'objet d'un recours (cf. consid. C), le DIRE a définitivement jugé qu'un traitement différencié des deux parties de la parcelle ne pouvait se concevoir, en raison de l'incohérence qui en résulterait.

La question peut cependant demeurer indécise puisque le recours doit de toute façon être rejeté pour d'autres motifs.
4.4.5 Il s'agit en l'espèce uniquement de déterminer si le classement du secteur est de la parcelle n° 229 en zone à bâtir à prescriptions spéciales, qui avait du reste été proposé par la première mouture du PAC V, peut se justifier au regard des objectifs de protection prônés par l'art. 6ter aCst./VD.

Le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'examen de cette question, qui relève de l'appréciation des circonstances locales que les autorités cantonales sont censées mieux connaître que lui (ATF 125 II 86 consid. 6 p. 98 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral n'est pas l'autorité supérieure de planification et n'a pas à substituer son appréciation à celle du Tribunal administratif cantonal. Il doit néanmoins examiner - dans le cadre des griefs soulevés (art. 90 al. 1 let. b OJ) - si la décision attaquée se prononce de façon complète sur les motifs d'intérêt public invoqués pour justifier l'atteinte au droit de propriété et si, dans la pesée des intérêts, les intérêts ont été pris en considération de manière adéquate (cf. ATF 120 Ia 270 consid. 3b p. 275; 118 Ia 384 consid. 4b et 5a p. 388, 394 consid. 2b p. 397 et les arrêts cités).
4.5 La recourante fait valoir que la parcelle n° 174 est pareillement soumise au risque d'inondation; qu'elle se trouve pour partie en zone alluviale; que A.________ est une société privée qui accomplit également des tâches à titre privé et qu'elle pourrait également exercer ses activités ailleurs. La différence de traitement entre les parcelles conduirait dès lors à une incohérence qui serait contraire au but poursuivi par le PAC V.
4.5.1 Selon la jurisprudence, le principe de l'égalité de traitement n'a qu'une portée relative en matière d'aménagement du territoire (arrêt 1P.44/2006 du 18 janvier 2007 consid. 2.2). Un propriétaire n'a pas le droit d'être traité, lors de l'établissement d'un plan de zones, de la même façon que tous les autres propriétaires qui sont touchés par des mesures d'aménagement du territoire. Il est dans la nature même de l'aménagement local que des zones soient constituées et délimitées et que des terrains de même situation et de même nature puissent être traités différemment quant à leur attribution à une zone et à leur possibilité d'utilisation. Du point de vue constitutionnel, il suffit que la planification soit objectivement soutenable, c'est-à-dire qu'elle ne soit pas arbitraire (ATF 121 I 245 consid. 6e/bb p. 249; 119 Ia 21 consid. 1b p. 25 s.; 116 Ia 193 consid. 3b p. 195; 114 Ia 254 c. 4a p. 257 et les arrêts cités).
4.5.2 Selon les autorités cantonales, le classement de la parcelle n° 229 est justifié par sa présence à proximité de la zone alluviale et par le risque d'inondation, qualifié de moyen par l'étude IATE/EPFL.
4.5.3 Comme l'a relevé avec raison le Tribunal administratif, la proximité de la zone alluviale et le risque d'inondation ne sauraient en eux-mêmes justifier une différence de traitement, puisque les parcelles n°s 229 et 174 se trouvent à cet égard dans la même situation.

Le Tribunal administratif a cependant relevé que la société A.________ poursuivait un but d'intérêt public, à la différence de la recourante. Cette vocation était du reste confirmée par la collocation antérieure de la parcelle n° 174 en zone d'utilité publique, alors que le secteur est de la parcelle n° 229 était classé en zone industrielle. Il a également considéré que la parcelle de A.________ était située parallèlement au cours d'eau alors que celle de la recourante était sise à l'extérieur d'un méandre, ce qui accentuait les risques d'érosion. De plus, même si elle était artificielle, une butte de 8 à 10 mètres s'élevait à l'est de la parcelle n° 174, ce qui assurait sa protection.
4.5.4 A cela s'ajoute le fait que, contrairement à ce qui est le cas pour la parcelle n° 174, la totalité des installations de la recourante ne se trouve pas sur la zone qui était antérieurement classée en zone industrielle. Or, la recourante explique elle-même que l'installation (sise à l'est) n'est exploitable que dans la mesure où les dépôts qui l'entourent (sis à l'ouest) sont présents. Comme on l'a vu, le classement du secteur ouest de la parcelle en zone à bâtir est cependant impossible, l'autorisation octroyée à titre précaire n'étant pas déterminante à cet égard. Sur ce dernier point, il sera au demeurant relevé qu'il paraît douteux que l'autorisation en cause ait réellement eu pour objet les dépôts dont fait mention la recourante. En effet, les plans déposés en 1983 ne font pas état de tels dépôts, à part des silos de chargement.
4.5.5 En outre, contrairement à la parcelle n° 174, les installations de la recourante ne sont plus en activité depuis 1997.

L'implantation des installations de la recourante sur la parcelle n° 229 avait en effet été motivée par le projet du canal d'Entreroches. Ce dernier aurait en effet permis un important essor de l'entreprise grâce à sa situation. La recourante justifie toutefois la cessation de ses activités par la nécessité d'adapter les installations. Ces dernières nécessitent donc d'importants travaux de rénovation, ce qui n'est pas le cas de la société A.________. Le maintien d'une zone constructible sur la parcelle n° 229 nécessiterait d'ailleurs également d'importants travaux d'enrochement, qui seraient contraires aux objectifs poursuivis par le PAC (cf. art. 12 RPAC).

Enfin, l'activité développée par la recourante ne requiert de toute façon pas une infrastructure très lourde et peut facilement être déplacée, contrairement aux bâtiments de la société A.________.
4.5.6 Il résulte de ce qui précède que la situation des deux parcelles n'est pas comparable, ce qui justifie une différence de traitement. La finalité du PAC V ne semble au demeurant pas menacée par le caractère constructible de la parcelle n° 174. En effet, la zone à bâtir prévue par l'art. 25 RPAC doit impérativement faire l'objet de prescriptions spéciales pour garantir les objectifs de protection de la Venoge. Dans le cas particulier, rien ne laisse présager que de telles mesures ne seront pas entreprises afin de préserver le cours d'eau et ses alentours à cet endroit.

Le grief doit par conséquent être rejeté.
5.
Il s'ensuit que le recours de droit administratif est irrecevable. Le recours de droit public doit quant à lui être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, doit supporter l'émolument judiciaire (art. 153 , 153a et 156 OJ). Il n'est pas alloué de dépens (art. 159 al. 2 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours de droit administratif est irrecevable.
2.
Le recours de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
4.
Il n'est pas alloué de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, au Département des institutions et des relations extérieures et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'à la Commune de Penthaz.
Lausanne, le 14 juin 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière:

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 132 Disposizioni transitorie - 1 La presente legge si applica ai procedimenti promossi dinanzi al Tribunale federale dopo la sua entrata in vigore; ai procedimenti su ricorso si applica soltanto se la decisione impugnata è stata pronunciata dopo la sua entrata in vigore.
¹	La presente legge si applica ai procedimenti promossi dinanzi al Tribunale federale dopo la sua entrata in vigore; ai procedimenti su ricorso si applica soltanto se la decisione impugnata è stata pronunciata dopo la sua entrata in vigore.
²	...118
³	I giudici ordinari e i giudici supplenti eletti in base alla legge del 16 dicembre 1943119 sull'organizzazione giudiziaria o al decreto federale del 23 marzo 1984120 concernente l'aumento del numero dei giudici supplenti del Tribunale federale e quelli eletti nel 2007 e nel 2008 restano in carica fino al 31 dicembre 2008.121
⁴	La limitazione del numero dei giudici supplenti secondo l'articolo 1 capoverso 4 si applica dal 2009.122

SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio LPT Art. 34 Diritto federale - 1 I rimedi giuridici proponibili dinanzi alle autorità federali sono retti dalle disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.
¹	I rimedi giuridici proponibili dinanzi alle autorità federali sono retti dalle disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.
²	I Cantoni e i Comuni sono legittimati a ricorrere contro le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti:
^a	le indennità per restrizioni della proprietà (art. 5);
^b	la conformità alla destinazione della zona di edifici o impianti fuori della zona edificabile;
^c	le autorizzazioni ai sensi degli articoli 24-24d81 e 37a.82
³	L'Ufficio federale dell'agricoltura è legittimato a ricorrere contro le decisioni riguardanti progetti che richiedono superfici per l'avvicendamento delle colture.83

SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF) LTAF Art. 53 Disposizioni transitorie - 1 La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
¹	La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
²	Il Tribunale amministrativo federale giudica, in quanto sia competente, i ricorsi pendenti presso le commissioni federali di ricorso o d'arbitrato o presso i servizi dei ricorsi dei dipartimenti al momento dell'entrata in vigore della presente legge. Il giudizio si svolge secondo il nuovo diritto processuale.

SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF) LTAF Art. 53 Disposizioni transitorie - 1 La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
¹	La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
²	Il Tribunale amministrativo federale giudica, in quanto sia competente, i ricorsi pendenti presso le commissioni federali di ricorso o d'arbitrato o presso i servizi dei ricorsi dei dipartimenti al momento dell'entrata in vigore della presente legge. Il giudizio si svolge secondo il nuovo diritto processuale.

SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio LPT Art. 14 Definizione - 1 I piani d'utilizzazione disciplinano l'uso ammissibile del suolo.
¹	I piani d'utilizzazione disciplinano l'uso ammissibile del suolo.
²	Essi delimitano in particolare le zone edificabili, agricole e protette.

SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA) PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
¹	Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
^a	la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
^b	l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
^c	il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
²	Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
³	Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.

SR 451.31 Ordinanza del 28 ottobre 1992 concernente la protezione delle zone golenali d'importanza nazionale (Ordinanza sulle zone golenali) - Ordinanza sulle zone golenali Ordinanza-sulle-zone-golenali Art. 3 Delimitazione degli oggetti - 1 I Cantoni, sentiti i proprietari fondiari e i gestori, stabiliscono i tracciati di confine degli oggetti. Delimitano le zone cuscinetto sufficienti dal profilo ecologico, tenendo conto in particolare degli altri biotopi attigui.
¹	I Cantoni, sentiti i proprietari fondiari e i gestori, stabiliscono i tracciati di confine degli oggetti. Delimitano le zone cuscinetto sufficienti dal profilo ecologico, tenendo conto in particolare degli altri biotopi attigui.
²	Se non sono ancora stati definiti i tracciati di confine, l'autorità cantonale competente adotta, su richiesta, provvedimenti per l'accertamento dell'appartenenza di un fondo a un oggetto. Il richiedente deve poter dimostrare che per tale accertamento esista un interesse degno di protezione.

SR 700.1 Ordinanza del 28 giugno 2000 sulla pianificazione del territorio (OPT) OPT Art. 26 Principi - 1 Le superfici per l'avvicendamento delle colture sono parte dei territori idonei all'agricoltura (art. 6 cpv. 2 lett. a LPT); esse sono costituite dalle superfici coltive idonee, comprendenti soprattutto i campi, i prati artificiali in rotazione, come pure i prati naturali confacenti alla campicoltura, e sono assicurate con provvedimenti della pianificazione del territorio.
¹	Le superfici per l'avvicendamento delle colture sono parte dei territori idonei all'agricoltura (art. 6 cpv. 2 lett. a LPT); esse sono costituite dalle superfici coltive idonee, comprendenti soprattutto i campi, i prati artificiali in rotazione, come pure i prati naturali confacenti alla campicoltura, e sono assicurate con provvedimenti della pianificazione del territorio.
²	Esse sono designate in funzione delle condizioni climatiche (durata della vegetazione, precipitazioni), delle caratteristiche del suolo (coltivabilità, fertilità, equilibrio idrico) e della forma del terreno (pendenza, attitudine a una lavorazione con mezzi meccanici) come pure nel rispetto delle necessità dell'equilibrio ecologico.
³	Un'estensione totale minima delle superfici per l'avvicendamento delle colture è necessaria onde assicurare, in periodi perturbati, una base sufficiente per l'approvvigionamento del Paese ai sensi del piano di alimentazione.

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
¹	In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
²	Le parti hanno diritto d'essere sentite.
³	Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.

IR 0.101 Convenzione del 4 novembre 1950 per la salvaguardia dei diritti dell'uomo e delle libertà fondamentali (CEDU) CEDU Art. 6 Diritto ad un processo equo - 1. Ogni persona ha diritto ad un'equa e pubblica udienza entro un termine ragionevole, davanti a un tribunale indipendente e imparziale costituito per legge, al fine della determinazione sia dei suoi diritti e dei suoi doveri di carattere civile, sia della fondatezza di ogni accusa penale che gli venga rivolta. La sentenza deve essere resa pubblicamente, ma l'accesso alla sala d'udienza può essere vietato alla stampa e al pubblico durante tutto o una parte del processo nell'interesse della morale, dell'ordine pubblico o della sicurezza nazionale in una società democratica, quando lo esigono gli interessi dei minori o la tutela della vita privata delle parti nel processo, nella misura giudicata strettamente necessaria dal tribunale quando, in speciali circostanze, la pubblicità potrebbe pregiudicare gli interessi della giustizia.
¹	Ogni persona ha diritto ad un'equa e pubblica udienza entro un termine ragionevole, davanti a un tribunale indipendente e imparziale costituito per legge, al fine della determinazione sia dei suoi diritti e dei suoi doveri di carattere civile, sia della fondatezza di ogni accusa penale che gli venga rivolta. La sentenza deve essere resa pubblicamente, ma l'accesso alla sala d'udienza può essere vietato alla stampa e al pubblico durante tutto o una parte del processo nell'interesse della morale, dell'ordine pubblico o della sicurezza nazionale in una società democratica, quando lo esigono gli interessi dei minori o la tutela della vita privata delle parti nel processo, nella misura giudicata strettamente necessaria dal tribunale quando, in speciali circostanze, la pubblicità potrebbe pregiudicare gli interessi della giustizia.
²	Ogni persona accusata di un reato è presunta innocente sino a quando la sua colpevolezza non sia stata legalmente accertata.
³	Ogni accusato ha segnatamente diritto a:
^a	essere informato, nel più breve tempo possibile, in una lingua a lui comprensibile e in un modo dettagliato, della natura e dei motivi dell'accusa elevata a suo carico;
^b	disporre del tempo e delle facilitazioni necessarie per preparare la sua difesa;
^c	difendersi da sé o avere l'assistenza di un difensore di propria scelta e, se non ha i mezzi per ricompensare un difensore, poter essere assistito gratuitamente da un avvocato d'ufficio quando lo esigano gli interessi della giustizia;
^d	interrogare o far interrogare i testimoni a carico ed ottenere la convocazione e l'interrogazione dei testimoni a discarico nelle stesse condizioni dei testimoni a carico;
^e	farsi assistere gratuitamente da un interprete se non comprende o non parla la lingua impiegata nell'udienza.

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 26 Garanzia della proprietà - 1 La proprietà è garantita.
¹	La proprietà è garantita.
²	In caso d'espropriazione o di restrizione equivalente della proprietà è dovuta piena indennità.

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 36 Limiti dei diritti fondamentali - 1 Le restrizioni dei diritti fondamentali devono avere una base legale. Se gravi, devono essere previste dalla legge medesima. Sono eccettuate le restrizioni ordinate in caso di pericolo grave, immediato e non altrimenti evitabile.
¹	Le restrizioni dei diritti fondamentali devono avere una base legale. Se gravi, devono essere previste dalla legge medesima. Sono eccettuate le restrizioni ordinate in caso di pericolo grave, immediato e non altrimenti evitabile.
²	Le restrizioni dei diritti fondamentali devono essere giustificate da un interesse pubblico o dalla protezione di diritti fondamentali altrui.
³	Esse devono essere proporzionate allo scopo.
⁴	I diritti fondamentali sono intangibili nella loro essenza.