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A-7647/2010 - 2012-02-07 - Indirekte Steuern - TVA; aLTVA; période du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008; dégrèvement; déduction de l'impôt préalable; estimation
Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal

Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal

Cour I
A7647/2010

Arrêt du 7 février 2012

Composition

Daniel Riedo (président du collège),
André Moser, Markus Metz, juges,
Daniel de Vries Reilingh, greffier.

Parties

X._______, ...,
représentée par ...,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet

TVA aLTVA période du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008 dégrèvement déduction de l'impôt préalable estimation.

A7647/2010

Faits :
A.
X._______ (ciaprès : la société ou l'assujettie) est une société anonyme au sens des art. 620 ss
SR 220 OR Bundesgesetz vom 30. März 1911 betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Fünfter Teil: Obligationenrecht)

Art. 620 [1]  
  1.   Die Aktiengesellschaft ist eine Kapitalgesellschaft, an der eine oder mehrere Personen oder Handelsgesellschaften beteiligt sind. Für ihre Verbindlichkeiten haftet nur das Gesellschaftsvermögen.
  2.   Die Aktionäre sind nur zu den statutarischen Leistungen verpflichtet.
  3.   Aktionär ist, wer mit mindestens einer Aktie an der Gesellschaft beteiligt ist.
 
[1] Fassung gemäss Ziff. I des BG vom 19. Juni 2020 (Aktienrecht), in Kraft seit 1. Jan. 2023 (AS 2020 4005; 2022 109; BBl 2017 399).
du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220), qui a pour but le commerce de véhicules neufs et usagés, ainsi que la réparation de véhicules. Elle est inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 17 mai 1994. Elle a été immatriculée au registre des contribuables de l'Administration fédérale des contributions (AFC) le 1er janvier 1995 en qualité d'assujettie au sens de l'art. 17 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 258 et les modifications ultérieures). B.
A la suite d'un contrôle portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2003 au 3ème trimestre 2008 effectué les 18 et 19 novembre 2008 ainsi que le 8 janvier 2009, l'AFC a constaté que la comptabilité de la société comportait des lacunes, si bien qu'elle n'était pas probante. L'autorité inférieure a ainsi reconstitué par estimation les chiffres d'affaires réalisés au cours des périodes contrôlées et établi les décomptes complémentaires no 218'596 du 8 janvier 2009 et no 218'616 du 9 mars 2008 [recte : 2009], portant respectivement sur un montant total d'impôt dû de CHF ... , plus intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne), et de CHF ..., plus intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne). Considérant que, outre ce redressement, les décomptes TVA établis par l'assujettie comportaient de nombreuses erreurs, notamment telles qu'un chiffre d'affaires imposable au taux normal déclaré comme exonéré malgré l'absence de preuves et des montants d'impôt préalable déduits à tort, l'AFC a établi le décompte complémentaire no 218'595 du 8 janvier 2009 d'une somme totale de CHF ..., plus intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne).
C.
C.a Représentée par Me ..., l'assujettie a ­ par télécopie du 11 avril 2009 ­ demandé à l'autorité inférieure de bien vouloir attendre avant de notifier une décision formelle pour lui permettre de refaire sa comptabilité et vérifier si cette opération conduisait « à un rappel d'impôts très différent » par rapport à celui fixé par l'AFC sur la base de ses coefficients. C.b Le 17 avril 2009, l'AFC a rendu une décision formelle, par laquelle elle a confirmé les créances fiscales résultant des décomptes
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complémentaires no 218'596 du 8 janvier 2009 et no 218'616 du 9 mars 2009 (soit CHF ... de TVA plus un intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 [échéance moyenne]). Par mémoire du 18 mai 2009, la société a formé réclamation contre ledit prononcé, concluant à l'annulation de celui ci.
C.c En date du 7 juillet 2009, l'autorité inférieure a rendu une décision formelle aux termes de laquelle elle a confirmé la reprise d'impôt résultant du décompte complémentaire no 218'595 du 8 janvier 2009 (soit CHF ... de TVA plus un intérêt moratoire de 5% dès le 1er novembre 2006 [échéance moyenne]). Elle a également levé l'opposition formée au commandement de payer no 09 165322 T du 10 juin 2009 de l'Office des poursuites de Genève jusqu'à concurrence du montant susmentionné. Constatant que le prononcé du 7 juillet 2009 ­ qui avait été adressé exclusivement et directement à l'assujettie alors que cette dernière était représentée par Me ... ­ était entaché d'un vice de notification, l'AFC a rendu le 15 décembre 2009 une décision remplaçant et annulant celle du 7 juillet 2009. Aux termes de son nouveau prononcé du 15 décembre 2009, l'AFC a décidé que la société lui devait CHF ... de TVA plus un intérêt moratoire de 5% dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne) pour les périodes fiscales du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008 (1er janvier 2003 au 30 septembre 2008).
Par acte du 22 décembre 2009, l'assujettie a formé réclamation contre la décision du 15 décembre 2009 et conclu à l'annulation de celleci. Elle a en substance contesté la reprise relative au chiffre d'affaires réalisé avec des fonctionnaires internationaux (ch. 1.2 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595) ainsi que la correction concernant l'impôt préalable déduit à tort (ch. 2.2 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595). Elle a en revanche admis la mise en concordance du chiffre d'affaires comptabilisé avec les montants déclarés à la TVA (ch. 1.1 et 2.1 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595), ainsi que la régularisation liée à la part privée des actionnaires aux frais généraux (ch. 1.3 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595). L'assujettie a encore rappelé qu'elle contestait les décomptes complémentaires no 218'596 et no 218'616 relatifs au redressement de son chiffre d'affaires, motif pris que l'AFC aurait procédé à tort à une taxation par voie d'estimation.
D.
Par décision sur réclamation prise le 24 septembre 2010, l'AFC a, après avoir joint les deux procédures susmentionnées, rejeté les deux
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réclamations susdites et décidé que pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2003 au 3ème trimestre de 2008, la société devait payer CHF ... de TVA plus un intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne), soit CHF ... relatif au décompte complémentaire no 218'595, CHF ... relatif au décompte complémentaire no 218'596 et CHF ... relatif au décompte complémentaire no 218'616. L'autorité inférieure a considéré que la reprise fiscale opérée sous le ch. 1.2 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595, relative aux chiffres d'affaires résultant des prestations fournies à des diplomates et organisations internationales, était justifiée, car l'exonération n'avait pas été prouvée. S'agissant de l'impôt préalable déduit à tort (ch. 2.2 du décompte complémentaire no 218'595), un examen approfondi de l'impôt préalable déduit durant la période du 1er janvier au 30 juin 2003 avait fait ressortir que l'assujettie avait récupéré à tort des montants d'impôt pour CHF ... , soit le 26,42% de l'impôt préalable déduit. Une correction de la déduction de l'impôt préalable à raison de ce pourcentage avait été appliqué à l'ensemble de l'année 2003. Les inspecteurs avaient également procédé à des sondages sur trois mois dans les autres années et repris le pourcentage annuel d'erreurs sur chaque période contrôlée. Enfin, l'AFC a considéré que ­ n'étant pas en mesure de déterminer de manière sûre les chiffres d'affaires réellement réalisés par l'assujettie, car la comptabilité n'était pas correctement tenue du point de vue formel ­ elle avait non seulement le droit mais aussi le devoir de procéder à une taxation par voie d'estimation. L'autorité inférieure a constaté que l'assujettie ne contestait d'ailleurs pas l'estimation du chiffre en tant que telle, soit son exécution (décomptes complémentaires no 218'596 et no 218'616).
E.
Représentée par Me ... , la société (ciaprès : la recourante) a interjeté ­ par mémoire du 27 octobre 2010 ­ recours contre la décision sur réclamation prise le 24 septembre 2010 auprès du Tribunal administratif fédéral. Elle a conclu ­ sous suite de frais et dépens ­ à l'annulation du prononcé susdit et à ce qu'il soit ordonné à l'AFC de procéder à un nouveau contrôle des pièces comptables s'agissant des périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2003 au 3ème trimestre de 2008. Elle a fait valoir en substance que son droit d'être entendu n'avait pas été respecté, que les documents sur lesquels l'autorité inférieure s'était fondée n'étaient pas « les éléments réellement comptabilisés » et que la personne présente lors du contrôle ne disposait pas de connaissances suffisantes. La recourante a relevé en outre qu'elle ne pouvait pas combattre l'opinion
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de l'autorité inférieure, selon laquelle sa comptabilité ne serait pas probante, puisqu'elle était dans l'impossibilité d'apporter la preuve du contraire.
F.
Par courrier du 21 décembre 2010 adressé à l'AFC, la recourante a déposé une attestation de A._______, comptable, ainsi que des attestations relatives aux réparations effectuées en franchise d'impôt et fournies aux diplomates et organisations internationales. Elle a également requis de l'autorité inférieure la suspension de la procédure et le renvoi des inspecteurs afin d'« effectuer correctement leur travail de contrôle ». Dans la mesure où cette demande intervenait alors qu'une procédure était pendante devant le Tribunal administratif fédéral, l'AFC la lui a fait parvenir comme objet de sa compétence.
G.
Dans sa réponse sur le recours, datée du 23 décembre 2010, l'autorité inférieure a proposé le rejet du recours sous suite de frais. Invitée à se prononcer sur le courrier de la recourante du 21 décembre 2010, l'AFC s'est ­ par courrier du 15 février 2011 ­ opposé à un nouveau contrôle sur place, dès lors que deux inspecteurs s'étaient rendus deux fois déjà chez la recourante. S'agissant de l'attestation de A._______, l'autorité inférieure a rappelé que cette attestation ne se prononçait pas concernant les différentes erreurs relatées dans le rapport de révision au sujet du calcul du droit à la déduction de l'impôt préalable. S'agissant des attestations relatives aux réparations effectuées en franchise d'impôt et fournies aux diplomates et organisations internationales, l'AFC a relevé qu'accepter une exonération comporterait le risque de rembourser deux fois la TVA. De plus, la recourante reconnaissait ne pas disposer ­ lors du contrôle ­ des formules adéquates pour justifier l'exonération. L'autorité inférieure a encore indiqué que, même si les factures avaient été corrigées ­ ce qui n'était en l'occurrence pas démontré ­, le fisc ne pourrait pas accepter une telle manière de faire, car celleci serait en contradiction avec la jurisprudence. H.
Par décision incidente du 24 mars 2011, le Tribunal administratif fédéral a rejeté la requête tendant à la suspension de la procédure.
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I.
Les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.

Droit :
1.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 VGG Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz

Art. 32   Ausnahmen
  1.   Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a.   Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b.   Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c.   Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d. [1]   ...
e.   Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,den Entsorgungsnachweis;
1.   Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
2.   die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
3.   den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
4.   den Entsorgungsnachweis;
f. [2]   Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g.   Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h.   Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i. [3]   Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j. [4]   Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
  2.   Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a.   Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b.   Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
 
[1] Aufgehoben durch Anhang Ziff. 1 des Hochschulförderungs- und -koordinationsgesetzes vom 30. Sept. 2011, mit Wirkung seit 1. Jan. 2015 (AS 2014 4103; BBl 2009 4561).
[2] Fassung gemäss Ziff. I 3 des BG vom 16. März 2012 über den zweiten Schritt der Bahnreform 2, in Kraft seit 1. Juli 2013 (AS 2012 5619, 2013 1603; BBl 2011 911)
[3] Eingefügt durch Anhang Ziff. 2 des BG vom 26. Sept. 2014, in Kraft seit 1. Juli 2016 (AS 2016 2131; BBl 2013 4975).
[4] Eingefügt durch Ziff. II des BG vom 25. Sept. 2020, in Kraft seit 1. März 2021 (AS 2021 68; BBl 2020 3681).
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 VGG Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz

Art. 31   Grundsatz
  Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt Beschwerden gegen Verfügungen nach Artikel 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 [1] über das Verwaltungsverfahren (VwVG).
 
[1] SR 172.021
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 VwVG Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz

Art. 5  
  1.   Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a.   Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b.   Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c.   Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
  2.   Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69). [1]
  3.   Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
 
[1] Fassung gemäss Anhang Ziff. 10 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Jan. 2007 (AS 2006 21971069; BBl 2001 4202).
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33
SR 173.32 VGG Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz

Art. 33   Vorinstanzen
  Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a.   des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b. [1]   des Bundesrates betreffend:die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 2003 [2],die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 2007 [3],die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 2015 [5] über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG [7],das Verbot von Organisationen nach dem NDG,das Verbot von Organisationen und Gruppierungen nach Artikel 1 Absatz 2 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 2024 [10] über das Verbot der Hamas sowie verwandter Organisationen,die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 2011 [12] über das Eidgenössische Institut für Metrologie,die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 2005 [14],die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 2000 [16],die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 2017 [18],die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 2018 [20] über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 1957 [22];
1.   die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 2003 [2],
10. [21]   die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 1957 [22];
2.   die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 2007 [3],
3. [4]   die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 2015 [5] über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
4. [6]   das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG [7],
4bis. [8]   das Verbot von Organisationen nach dem NDG,
4ter. [9]   das Verbot von Organisationen und Gruppierungen nach Artikel 1 Absatz 2 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 2024 [10] über das Verbot der Hamas sowie verwandter Organisationen,
5. [11]   die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 2011 [12] über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
6. [13]   die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 2005 [14],
7. [15]   die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 2000 [16],
8. [17]   die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 2017 [18],
9. [19]   die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 2018 [20] über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c.   des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis. [23]   des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater. [25]   des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies. [26]   der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter. [24]   der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d.   der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e.   der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f.   der eidgenössischen Kommissionen;
g.   der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h.   der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i.   kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
 
[1] Fassung gemäss Anhang Ziff. 4 des Finanzmarktaufsichtsgesetzes vom 22. Juni 2007, in Kraft seit 1. Febr. 2008 (AS 2008 5207; BBl 2006 2829).
[2] SR 951.11
[3] SR 956.1
[4] Eingefügt durch Anhang Ziff. 1 des BG vom 1. Okt. 2010 über die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte politisch exponierter Personen (AS 2011 275; BBl 2010 3309). Fassung gemäss Art. 31 Abs. 2 Ziff. 1 des BG vom 18. Dez. 2015 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen, in Kraft seit 1. Juli 2016 (AS 2016 1803; BBl 2014 5265).
[5] SR 196.1
[6] Eingefügt durch Anhang Ziff. 2 des BG vom 23. Dez. 2011 (AS 2012 3745; BBl 2007 5037, 2010 7841). Fassung gemäss Anhang Ziff. II 3 des Nachrichtendienstgesetzes vom 25. Sept. 2015, in Kraft seit 1. Sept. 2017 (AS 2017 4095; BBl 2014 2105).
[7] SR 121
[8] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 3 des Nachrichtendienstgesetzes vom 25. Sept. 2015, in Kraft seit 1. Sept. 2017 (AS 2017 4095; BBl 2014 2105).
[9] Eingefügt durch Art. 3 des BG vom 20. Dez. 2024 über das Verbot der Hamas sowie verwandter Organisationen, in Kraft seit 15. Mai 2025 (AS 2025 269; BBl 2024 2250).
[10] SR 122.1
[11] Eingefügt durch Art. 26 Ziff. 2 des BG vom 17. Juni 2011 über das Eidgenössische Institut für Metrologie, in Kraft seit 1. Jan. 2013 (AS 2011 6515; BBl 2010 8013).
[12] SR 941.27
[13] Eingefügt durch Anhang Ziff. 2 des BG vom 20. Juni 2014 (Bündelung der Aufsicht über Revisionsunternehmen und Prüfgesellschaften), in Kraft seit 1. Jan. 2015 (AS 2014 4073; BBl 2013 6857).
[14] SR 221.302
[15] Eingefügt durch Anhang Ziff. 1 des BG vom 18. März 2016, in Kraft seit 1. Jan. 2019 (AS 2017 2745, 2018 3575; BBl 2013 1).
[16] SR 812.21
[17] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 3 des Ausgleichsfondsgesetzes vom 16. Juni 2017, in Kraft seit 1. Jan. 2019 (AS 2017 7563; BBl 2016 311).
[18] SR 830.2
[19] Eingefügt durch Art. 23 Abs. 2 des BG vom 28. Sept. 2018 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung, in Kraft seit 1. Jan. 2020 (AS 2019 3199; BBl 2018 913).
[20] SR 425.1
[21] Eingefügt durch Ziff. I 2 des BG vom 28. Sept. 2018 über die Organisation der Bahninfrastruktur, in Kraft seit 1. Juli 2020 (AS 2020 1889; BBl 2016 8661).
[22] SR 742.101
[23] Eingefügt durch Anhang Ziff. 3 des BG vom 20. März 2009 über das Bundespatentgericht, in Kraft seit 1. Jan. 2012 (AS 2010 513, 2011 2241; BBl 2008 455).
[24] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 6 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010 (AS 2010 3267; BBl 2008 8125). Fassung gemäss Ziff. I des BG vom 19. Juni 2015, in Kraft seit 1. Nov. 2015 (AS 2015 3847; BBl 2015 22112235).
[25] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 6 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010, in Kraft seit 1. Jan. 2011 (AS 2010 3267; BBl 2008 8125).
[26] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 6 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010, in Kraft seit 1. Jan. 2011 (AS 2010 3267; BBl 2008 8125).
LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'AFC peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d
SR 173.32 VGG Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz

Art. 33   Vorinstanzen
  Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a.   des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b. [1]   des Bundesrates betreffend:die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 2003 [2],die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 2007 [3],die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 2015 [5] über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG [7],das Verbot von Organisationen nach dem NDG,das Verbot von Organisationen und Gruppierungen nach Artikel 1 Absatz 2 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 2024 [10] über das Verbot der Hamas sowie verwandter Organisationen,die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 2011 [12] über das Eidgenössische Institut für Metrologie,die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 2005 [14],die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 2000 [16],die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 2017 [18],die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 2018 [20] über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 1957 [22];
1.   die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 2003 [2],
10. [21]   die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 1957 [22];
2.   die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 2007 [3],
3. [4]   die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 2015 [5] über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
4. [6]   das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG [7],
4bis. [8]   das Verbot von Organisationen nach dem NDG,
4ter. [9]   das Verbot von Organisationen und Gruppierungen nach Artikel 1 Absatz 2 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 2024 [10] über das Verbot der Hamas sowie verwandter Organisationen,
5. [11]   die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 2011 [12] über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
6. [13]   die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 2005 [14],
7. [15]   die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 2000 [16],
8. [17]   die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 2017 [18],
9. [19]   die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 2018 [20] über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c.   des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis. [23]   des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater. [25]   des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies. [26]   der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter. [24]   der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d.   der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e.   der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f.   der eidgenössischen Kommissionen;
g.   der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h.   der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i.   kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
 
[1] Fassung gemäss Anhang Ziff. 4 des Finanzmarktaufsichtsgesetzes vom 22. Juni 2007, in Kraft seit 1. Febr. 2008 (AS 2008 5207; BBl 2006 2829).
[2] SR 951.11
[3] SR 956.1
[4] Eingefügt durch Anhang Ziff. 1 des BG vom 1. Okt. 2010 über die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte politisch exponierter Personen (AS 2011 275; BBl 2010 3309). Fassung gemäss Art. 31 Abs. 2 Ziff. 1 des BG vom 18. Dez. 2015 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen, in Kraft seit 1. Juli 2016 (AS 2016 1803; BBl 2014 5265).
[5] SR 196.1
[6] Eingefügt durch Anhang Ziff. 2 des BG vom 23. Dez. 2011 (AS 2012 3745; BBl 2007 5037, 2010 7841). Fassung gemäss Anhang Ziff. II 3 des Nachrichtendienstgesetzes vom 25. Sept. 2015, in Kraft seit 1. Sept. 2017 (AS 2017 4095; BBl 2014 2105).
[7] SR 121
[8] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 3 des Nachrichtendienstgesetzes vom 25. Sept. 2015, in Kraft seit 1. Sept. 2017 (AS 2017 4095; BBl 2014 2105).
[9] Eingefügt durch Art. 3 des BG vom 20. Dez. 2024 über das Verbot der Hamas sowie verwandter Organisationen, in Kraft seit 15. Mai 2025 (AS 2025 269; BBl 2024 2250).
[10] SR 122.1
[11] Eingefügt durch Art. 26 Ziff. 2 des BG vom 17. Juni 2011 über das Eidgenössische Institut für Metrologie, in Kraft seit 1. Jan. 2013 (AS 2011 6515; BBl 2010 8013).
[12] SR 941.27
[13] Eingefügt durch Anhang Ziff. 2 des BG vom 20. Juni 2014 (Bündelung der Aufsicht über Revisionsunternehmen und Prüfgesellschaften), in Kraft seit 1. Jan. 2015 (AS 2014 4073; BBl 2013 6857).
[14] SR 221.302
[15] Eingefügt durch Anhang Ziff. 1 des BG vom 18. März 2016, in Kraft seit 1. Jan. 2019 (AS 2017 2745, 2018 3575; BBl 2013 1).
[16] SR 812.21
[17] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 3 des Ausgleichsfondsgesetzes vom 16. Juni 2017, in Kraft seit 1. Jan. 2019 (AS 2017 7563; BBl 2016 311).
[18] SR 830.2
[19] Eingefügt durch Art. 23 Abs. 2 des BG vom 28. Sept. 2018 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung, in Kraft seit 1. Jan. 2020 (AS 2019 3199; BBl 2018 913).
[20] SR 425.1
[21] Eingefügt durch Ziff. I 2 des BG vom 28. Sept. 2018 über die Organisation der Bahninfrastruktur, in Kraft seit 1. Juli 2020 (AS 2020 1889; BBl 2016 8661).
[22] SR 742.101
[23] Eingefügt durch Anhang Ziff. 3 des BG vom 20. März 2009 über das Bundespatentgericht, in Kraft seit 1. Jan. 2012 (AS 2010 513, 2011 2241; BBl 2008 455).
[24] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 6 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010 (AS 2010 3267; BBl 2008 8125). Fassung gemäss Ziff. I des BG vom 19. Juni 2015, in Kraft seit 1. Nov. 2015 (AS 2015 3847; BBl 2015 22112235).
[25] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 6 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010, in Kraft seit 1. Jan. 2011 (AS 2010 3267; BBl 2008 8125).
[26] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 6 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010, in Kraft seit 1. Jan. 2011 (AS 2010 3267; BBl 2008 8125).
LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 VGG Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz

Art. 37   Grundsatz
  Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG [1], soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt.
 
[1] SR 172.021
LTAF). En l'occurrence, le mémoire de recours daté du 27 octobre 2010 contre la décision sur réclamation de l'AFC du 24 septembre 2010, remise à la recourante le 27 septembre 2010, a été déposé, à l'adresse du Tribunal administratif fédéral ­ lequel est effectivement compétent ­ dans le délai légal (art. 50 al. 1
SR 172.021 VwVG Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz

Art. 50 [1]  
  1.   Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
  2.   Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
 
[1] Fassung gemäss Anhang Ziff. 10 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Jan. 2007 (AS 2006 21971069; BBl 2001 4202).
PA). Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52
SR 172.021 VwVG Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz

Art. 52  
  1.   Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
  2.   Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
  3.   Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.2.
1.2.1. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4
SR 172.021 VwVG Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz

Art. 62  
  1.   Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
  2.   Zuungunsten einer Partei kann sie die angefochtene Verfügung ändern, soweit diese Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des Sachverhaltes beruht; wegen Unangemessenheit darf die angefochtene Verfügung nicht zuungunsten einer Partei geändert werden, ausser im Falle der Änderung zugunsten einer Gegenpartei.
  3.   Beabsichtigt die Beschwerdeinstanz, die angefochtene Verfügung zuungunsten einer Partei zu ändern, so bringt sie der Partei diese Absicht zur Kenntnis und räumt ihr Gelegenheit zur Gegenäusserung ein.
  4.   Die Begründung der Begehren bindet die Beschwerdeinstanz in keinem Falle.
PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. PIERRE MOOR/ETIENNE POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] du 5 décembre 1996, in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2 ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, ch. 677).
La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle le Tribunal Page 6

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définit les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'il ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a). Le devoir de collaborer des parties concerne en particulier le recourant qui adresse un recours au Tribunal dans son propre intérêt. Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (cf. art. 52
SR 172.021 VwVG Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz

Art. 52  
  1.   Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
  2.   Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
  3.   Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA cf. également ATF 119 II 70 consid. 1 MOOR/POLTIER, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 292 ss arrêts du Tribunal administratif fédéral A7663/2010 et A7699/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A7027/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A7020/2010 du 27 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées). Un devoir de collaborer concerne aussi le recourant en ce qui concerne les faits qu'il est mieux à même de connaître, parce qu'ils ont trait spécifiquement à sa situation personnelle, qui s'écarte de l'ordinaire (cf. MOOR/POLTIER, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 294 s. arrêt du Tribunal fédéral 2C_573/2007 du 23 janvier 2008 consid. 2.3 et les références citées).
Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure et de les corriger ou compléter le cas échéant (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A535/2011 du 28 juin 2011 consid. 2.3 et les références citées cf. également ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 1.52). 1.2.2. Le Tribunal administratif fédéral s'impose une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation justifiée et reprend ainsi la jurisprudence en la matière de la CRC (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2, A1546/2006 du 30 avril 2008 consid. 2.5.4, A1397/2006 et A 1398/2006 du 19 juillet 2007 consid. 2.1, décision de la CRC du 24 octobre 2005, publiée in: JAAC 70.41 consid. 2d/cc, et du 14 mai 2003, publiée in : JAAC 67.122 consid. 2c/cc). Par contre, pour déterminer si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'examen du Tribunal administratif fédéral est illimité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3 ATAF 2009/60 consid. 2.9.2 arrêts du Tribunal administratif fédéral A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2, A6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.5,
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A7083/2008 et A7084/2008 du 29 novembre 2010 consid. 2.2 et les références citées décision de la CRC du 3 décembre 2003, publiée in : JAAC 68.73 consid. 1c voir également PASCAL MOLLARD/XAVIER OBERSON/ANNE TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Bâle 2009, p. 881 s. ch. 277 s.).
1.2.3. Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, l'autorité saisie s'inspire de l'art. 8
SR 210 ZGB Schweizerisches Zivilgesetzbuch vom 10. Dezember 1907

Art. 8  
  Wo das Gesetz es nicht anders bestimmt, hat derjenige das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, der aus ihr Rechte ableitet.
du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A3994/2009 du 19 mai 2011 consid. 1.3.2 et les références citées, A393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.3.2, A 7046/2010 du 1er avril 2011 consid. 2.4.2 et A1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5 PIERRE MOOR/ETIENNE POLTIER, Droit administratif, vol. II, Berne 2011, p. 299 s.). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5 cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A3994/2009 du 19 mai 2011 consid. 1.3.2, A393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.3.2, A 1687/2006 du 18 juin 2007 consid. 2.4). Le principe inquisitoire n'a donc aucune influence sur la répartition du fardeau de la preuve (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A5584/2008 du 11 juin 2010 consid. 1.2.2 et les références citées, A6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3), car il intervient à un stade antérieur.
Appliquées au droit fiscal, les règles sur la répartition du fardeau de la preuve susmentionnées supposent que l'administration fiscale supporte la charge de la preuve des faits qui déterminent l'imposition ou le montant de la créance fiscale, à savoir les faits fondant ou augmentant l'imposition. En revanche, l'assujetti assume la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition, à savoir les faits qui l'exonèrent ou réduisent le montant de l'impôt (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 2A.642/2004 14 juillet 2005, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 75 p. 495 ss consid. 5.4 arrêts du Tribunal administratif fédéral A3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 5.2 et les références citées, A 8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.8, A1418/2006 du
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14 mai 2008 consid. 5.1, A1373/2006 du 16 novembre 2007 consid. 2.1). S'agissant plus spécifiquement de l'impôt préalable, la preuve en incombe au contribuable, puisqu'il s'agit d'un fait qui aboutit à une diminution de l'impôt. Il lui est possible d'apporter cette preuve encore dans le cadre du recours au Tribunal de céans (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 5.2, A 6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.4, A1389/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.2, A1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.4.3 et les références citées).
1.3.
1.3.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, avec pour conséquences que les dispositions de l'ancien droit s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1
SR 641.20 MWSTG Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz

Art. 112   Anwendung bisherigen Rechts
  1.   Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben, unter Vorbehalt von Artikel 113, weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar. Die Verjährung richtet sich weiterhin nach den Artikeln 49 und 50 des bisherigen Rechts.
  2.   Für Leistungen, die vor Inkrafttreten dieses Gesetzes erbracht worden sind, sowie für Einfuhren von Gegenständen, bei denen die Einfuhrsteuerschuld vor Inkrafttreten dieses Gesetzes entstanden ist, gilt das bisherige Recht.
  3.   Leistungen, die teilweise vor Inkrafttreten dieses Gesetzes erbracht worden sind, sind für diesen Teil nach bisherigem Recht zu versteuern. Leistungen, die teilweise ab Inkrafttreten dieses Gesetzes erbracht werden, sind für diesen Teil nach neuem Recht zu versteuern.
LTVA). Dès lors que les faits déterminants se sont déroulés entre le 1er janvier 2003 et le 30 septembre 2008 (périodes fiscales allant du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008), la présente procédure est régie, s'agissant du droit matériel applicable, par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 et de son ordonnance du 22 mars 2000 (aOLTVA RO 2000 1347 cf. art. 94 al. 1 aLTVA arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346 cf. également arrêt du Tribunal fédéral A 6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.1).
1.3.2. Sur le plan procédural, en revanche, le nouveau droit s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3
SR 641.20 MWSTG Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz

Art. 113   Anwendung des neuen Rechts
  1.   Für die Feststellung, ob die Befreiung von der Steuerpflicht nach Artikel 10 Absatz 2 mit dem Inkrafttreten dieses Gesetzes besteht, ist das neue Recht auf die in den vorangegangenen zwölf Monaten vor dem Inkrafttreten erzielten, nach diesem Gesetz steuerbaren Leistungen anzuwenden.
  2.   Die Bestimmungen über die Einlageentsteuerung nach Artikel 32 gelten auch für Leistungen, für die vor dem Inkrafttreten des neuen Rechts kein Anspruch auf Vorsteuerabzug gegeben war.
  3.   Unter Vorbehalt von Artikel 91 ist das neue Verfahrensrecht auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängigen Verfahren anwendbar.
LTVA).
1.3.2.1 Le droit de procédure applicable est celui en vigueur au moment où l'acte de procédure concerné est accompli. Lorsque le Tribunal administratif fédéral doit vérifier la mise en oeuvre du droit de procédure par l'instance inférieure, le droit déterminant est celui en vigueur au moment où l'acte en question a été accompli et qui a été appliqué par l'instance inférieure, peu importe si entretemps le nouveau droit est entré en vigueur (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.2 et les références citées). 1.3.2.2 L'art. 81
SR 641.20 MWSTG Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz

Art. 81   Grundsätze
  1.   Die Vorschriften des VwVG [1] sind anwendbar. Artikel 2 Absatz 1 VwVG findet auf das Mehrwertsteuerverfahren keine Anwendung.
  2.   Die Behörden stellen den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen fest.
  3.   Es gilt der Grundsatz der freien Beweiswürdigung. Es ist unzulässig, Nachweise ausschliesslich vom Vorliegen bestimmter Beweismittel abhängig zu machen.
 
[1] SR 172.021
LTVA fait partie des dispositions visées par l'art. 113 al. 3
SR 641.20 MWSTG Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz

Art. 113   Anwendung des neuen Rechts
  1.   Für die Feststellung, ob die Befreiung von der Steuerpflicht nach Artikel 10 Absatz 2 mit dem Inkrafttreten dieses Gesetzes besteht, ist das neue Recht auf die in den vorangegangenen zwölf Monaten vor dem Inkrafttreten erzielten, nach diesem Gesetz steuerbaren Leistungen anzuwenden.
  2.   Die Bestimmungen über die Einlageentsteuerung nach Artikel 32 gelten auch für Leistungen, für die vor dem Inkrafttreten des neuen Rechts kein Anspruch auf Vorsteuerabzug gegeben war.
  3.   Unter Vorbehalt von Artikel 91 ist das neue Verfahrensrecht auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängigen Verfahren anwendbar.
LTVA, qui sont applicables immédiatement (cf. consid.
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1.3.2 ciavant), pour autant que l'acte de procédure en question (ou la décision concernée) ait été accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.3 et les références citées, A4516/2008 du 5 janvier 2011 consid 1.2 et les références citées).
Les alinéas 1 et 3 (première phrase) de l'art. 81
SR 641.20 MWSTG Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz

Art. 81   Grundsätze
  1.   Die Vorschriften des VwVG [1] sind anwendbar. Artikel 2 Absatz 1 VwVG findet auf das Mehrwertsteuerverfahren keine Anwendung.
  2.   Die Behörden stellen den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen fest.
  3.   Es gilt der Grundsatz der freien Beweiswürdigung. Es ist unzulässig, Nachweise ausschliesslich vom Vorliegen bestimmter Beweismittel abhängig zu machen.
 
[1] SR 172.021
LTVA n'ont toutefois a priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des preuves est ­ était, même avant l'entrée en vigueur de la LTVA, ­ applicable sans autre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.4 et A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 1.2 et les références citées).
1.3.3. Les dispositions en matière d'autotaxation ne constituent pas des règles de procédure au sens restrictif précité à cet égard, l'ancien droit reste applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.4 et A4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 1.1 les références citées au sujet du principe d'autotaxation cf. le consid. 4 ciaprès). Il en va de même des règles en matière de taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A 4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.5 et A7712/2009 du 21 février 2011 consid. 3.2 et les références citées au sujet de la taxation par estimation cf. le consid. 5 ciaprès).
S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3
SR 641.20 MWSTG Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz

Art. 81   Grundsätze
  1.   Die Vorschriften des VwVG [1] sind anwendbar. Artikel 2 Absatz 1 VwVG findet auf das Mehrwertsteuerverfahren keine Anwendung.
  2.   Die Behörden stellen den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen fest.
  3.   Es gilt der Grundsatz der freien Beweiswürdigung. Es ist unzulässig, Nachweise ausschliesslich vom Vorliegen bestimmter Beweismittel abhängig zu machen.
 
[1] SR 172.021
LTVA n'entre pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2, A3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2, A3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2 et les références citées, A4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2, A3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2, A4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5 Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in : Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s. MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 157, p. 1126). 2.
La recourante invoque tout d'abord une violation de son droit d'être entendue. Notons à cet égard que, dans la mesure où le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 BV Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999

Art. 29   Allgemeine Verfahrensgarantien
  1.   Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
  2.   Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
  3.   Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
de la constitution fédérale de la
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Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) est de nature formelle ­ sa violation entraînant en principe l'annulation de la décision attaquée indépendamment de l'incidence de cette violation sur le fond (cf. 127 V 431 consid. 3d/aa ANDREAS AUER/GIORGIO MALINVERNI/MICHEL HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse, vol. II : Les droits fondamentaux, 2ème éd., Berne 2006, ch. 1346) ­ le motif relatif à ce moyen de droit doit être examiné en priorité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 5A_179/2010 du 1er avril 2011 consid. 2.1, ATF 124 I 49 consid. 1 arrêts du Tribunal administratif fédéral A2014/2011 du 4 août 2011 consid. 5.1 et les références citées, A6933/2010 du 17 mars 2011 consid. 3.1 et les références citées).
2.1.
2.1.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 BV Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999

Art. 29   Allgemeine Verfahrensgarantien
  1.   Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
  2.   Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
  3.   Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., comprend entre autres le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à cellesci, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (cf. ATF 129 II 497 consid. 2.2 arrêt du Tribunal administratif fédéral A2014/2011 du 4 août 2011 consid. 5.3.1). En particulier, il comprend le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision
ne
soit
prise
touchant
sa
situation
juridique
(cf. MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., ch. 3.84 ss). En ce qui concerne la partie ellemême, en matière fiscale, son droit d'être entendue est respecté si elle a pu s'exprimer par écrit sur les questions de fait et de droit qui la concernent (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.245/2001 du 22 octobre 2001 consid. 2 et 2A.327/1999 du 9 mai 2000 consid. 4b arrêts du Tribunal administratif fédéral A2014/2011 du 4 août 2011 consid. 5.3.1, A1360/2006 du 1er mars 2007 consid. 3.2.2 et les références citées Archives 66 p. 70 s. consid. 4 MICHELE ALBERTINI, Der verfassungsmässige
Anspruch
auf
rechtliches
Gehör
im
Verwaltungsverfahren des modernen Staates, thèse Berne 2000, p. 373 PASCAL MOLLARD, TVA et taxation par estimation, in : Archives 69, ch. 3.2.1, p. 548 s.).
2.1.2. Le juge peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.3, 134 I 140 consid. 5.3 p. 148, 133 II 391 consid. 4.2.3 et les références citées arrêt du Tribunal administratif fédéral A2014/2011 du 4 août 2011 consid. 3.5
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et les références citées MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., ch. 3.144 concernant l'interdiction d'une appréciation des preuves de manière arbitraire, voir ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 et les références citées). Le droit d'être entendu n'empêche pas non plus l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les moyens de preuve offerts par la partie sont sans pertinence ou si l'état de fait se laisse suffisamment appréhender en tant que tel (cf. ATF 131 I 153 consid. 3, 130 II 429 consid. 2.1 et 122 II 469 consid. 4a in fine arrêts du Tribunal administratif fédéral A2619/2010 du 14 juin 2011 consid. 7.2, A6299/2009 du 21 avril 2009 consid. 3.1). 2.1.3. Rappelons encore qu'un contrôle sur place ne peut pas être exigé par le contribuable et que ce dernier n'a aucun droit subjectif à cet égard, à tout le moins selon l'aLTVA et l'aOLTVA (cf. JAAC 63.27 consid. 4d MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 206, p. 857). L'art. 78 al. 4
SR 641.20 MWSTG Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz

Art. 78   Kontrolle
  1.   Die ESTV kann bei steuerpflichtigen Personen Kontrollen durchführen, soweit dies zur Abklärung des Sachverhalts erforderlich ist. Zu diesem Zweck haben diese Personen der ESTV den Zugang zu ihrer Buchhaltung sowie zu den dazugehörigen Belegen zu gewähren. Dasselbe gilt für auskunftspflichtige Drittpersonen nach Artikel 73 Absatz 2.
  2.   Als Kontrolle gilt auch das Einfordern und die Überprüfung von umfassenden Unterlagen durch die ESTV.
  3.   Eine Kontrolle ist schriftlich anzukündigen. In begründeten Fällen kann ausnahmsweise von der Ankündigung einer Kontrolle abgesehen werden.
  4.   Die steuerpflichtige Person kann mittels begründeten Gesuchs die Durchführung einer Kontrolle verlangen. Die Kontrolle ist innerhalb von zwei Jahren durchzuführen.
  5.   Die Kontrolle ist innert 360 Tagen seit Ankündigung mit einer Einschätzungsmitteilung abzuschliessen; diese hält den Umfang der Steuerforderung in der kontrollierten Periode fest.
  6.   Feststellungen, die Dritte betreffen und bei einer Kontrolle nach den Absätzen 1-4 bei folgenden Einrichtungen gemacht werden, dürfen ausschliesslich für die Durchführung der Mehrwertsteuer verwendet werden:
a.   der Schweizerischen Nationalbank;
b.   einer Pfandbriefzentrale;
c.   einer Bank oder Sparkasse im Sinne des Bankengesetzes vom 8. November 1934 [1];
d.   bei einem Finanzinstitut im Sinne des Finanzinstitutsgesetzes vom 15. Juni 2018 [2];
e.   bei einer Finanzmarktinfrastruktur im Sinne des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 2015 [3]. [4]
  7.   Die Berufsgeheimnisse nach dem Bankengesetz, nach dem Finanzinstitutsgesetz und nach dem Finanzmarktinfrastrukturgesetz sind zu wahren. [5]
 
[1] SR 952.0
[2] SR 954.1
[3] SR 958.1
[4] Fassung gemäss Anhang Ziff. II 8 des Finanzinstitutsgesetzes vom 15. Juni 2018, in Kraft seit 1. Jan. 2020 (AS 2018 5247; 2019 4631; BBl 2015 8901).
[5] Eingefügt durch Anhang Ziff. II 8 des Finanzinstitutsgesetzes vom 15. Juni 2018, in Kraft seit 1. Jan. 2020 (AS 2018 5247; 2019 4631; BBl 2015 8901).
LTVA ­ entré en vigueur le 1er janvier 2012 (cf. RO 2011 4737) ­ prévoit toutefois que l'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée et que ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande. A supposer que cette disposition soit une règle de procédure applicable également aux périodes fiscales régies par
l'aLTVA
(cf.
consid.
1.3.2
ciavant
ainsi
que
MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 206, p. 857 et ch. 613, p. 992993), elle ne donne toutefois pas le droit au contribuable d'exiger un second contrôle lorsque le premier examen effectué par l'AFC ne le satisfait pas.
2.2. En l'occurrence, la recourante a pris position dans ses réclamations des 18 mai et 22 décembre 2009 sur les questions de fait et de droit la concernant. Or, comme déjà dit (cf. consid. 2.1.1 ciavant), il suffit que la partie ait eu le droit de s'exprimer par écrit sur les questions de droit et de fait qui la concerne, le droit d'être entendu ne s'étendant pas à celui d'être entendu oralement (cf. MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 335, p. 910 et les références citées). Il s'ensuit que, s'agissant ici d'une contestation relevant du domaine fiscal, le droit d'être entendue de la recourante a été respecté. En outre, un nouveau contrôle sur place ne pouvait pas être exigé par la recourante (cf. consid. 2.1.3 ciavant). L'autorité inférieure n'avait donc pas à donner suite à une quelconque demande de contrôle sur place, de même qu'elle n'avait pas à attendre avant de notifier une décision formelle que la recourante eut refait sa comptabilité et vérifié si cette opération conduisait à un montant d'impôts très différent des chiffres retenus lors du contrôle effectué les 18 et 19 novembre 2008 ainsi que le 8 janvier 2009. Dans ces conditions, il y a lieu d'admettre que l'AFC pouvait mettre un terme à l'instruction. Les
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griefs de la recourante ­ qui se contente d'ailleurs d'invoquer une violation de son droit d'être entendue, sans exposer en quoi consisterait celleci ­ sont infondés.
Au surplus, le Tribunal de céans constate que les faits sont suffisamment établis sur la base du dossier. La recourante a pu prendre position de manière détaillée dans son recours ainsi que dans son acte du 21 décembre 2010, certes adressé à l'AFC, mais transmis au Tribunal administratif fédéral comme objet de sa compétence. Un nouveau contrôle par l'AFC n'amènerait pas d'éléments déterminants nouveaux. Partant, la requête de la recourante tendant à ce qu'il soit ordonné à l'AFC de procéder à un nouveau contrôle des pièces comptables s'agissant des périodes fiscales allant du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008 est rejetée.
3.
3.1. L'art. 90 al. 2 let. a aLTVA attribue au Conseil fédéral la compétence de réglementer le dégrèvement de la TVA pour les bénéficiaires d'exemptions fiscales visées à l'art. 2 de la loi fédérale du 22 juin 2007 sur les privilèges, les immunités et les facilités, ainsi que sur les aides financières accordés par la Suisse en tant qu'Etat hôte (Loi sur l'Etat hôte, LEH, RS 192.12), soit notamment pour les missions diplomatiques, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour les représentants diplomatiques, les fonctionnaires consulaires et les hauts fonctionnaires des organisations internationales. Faisant usage de cette compétence, le Conseil fédéral a édicté l'aOLTVA qui règle à ses art. 20 à 27a le dégrèvement de la TVA pour les bénéficiaires d'exemptions fiscales visés à l'art. 2
SR 192.12 GSG Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die von der Schweiz als Gaststaat gewährten Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen sowie finanziellen Beiträge (Gaststaatgesetz, GSG) - Gaststaatgesetz

Art. 2  
  1.   Der Bund kann folgenden institutionellen Begünstigten Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen gewähren:
a.   zwischenstaatlichen Organisationen;
b.   internationalen Institutionen;
c.   quasizwischenstaatlichen Organisationen;
d.   diplomatischen Missionen;
e.   konsularischen Posten;
f.   ständigen Missionen oder anderen Vertretungen bei zwischenstaatlichen Organisationen;
g.   Sondermissionen;
h.   internationalen Konferenzen;
i.   Sekretariaten oder anderen durch einen völkerrechtlichen Vertrag eingesetzten Organen;
j.   unabhängigen Kommissionen;
k.   internationalen Gerichtshöfen;
l.   Schiedsgerichten;
m.   anderen internationalen Organen.
  2.   Der Bund kann folgenden natürlichen Personen (begünstigte Personen) Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen gewähren:
a.   Personen, die, ständig oder vorübergehend, in offizieller Eigenschaft für einen institutionellen Begünstigten nach Absatz 1 tätig sind;
b.   Persönlichkeiten, die ein internationales Mandat ausüben;
c.   Personen, die berechtigt sind, eine begünstigte Person nach Buchstabe a oder b zu begleiten, einschliesslich der privaten Hausangestellten.
LEH. 3.2. Aux termes de l'art. 20 al. 3 aOLTVA, le dégrèvement de la TVA s'opère par voie d'exonération, conformément aux art. 22 et 23 aOLTVA (exonération à la source) et, exceptionnellement, par voie de remboursement, conformément à l'art. 24 aOLTVA. 3.2.1. Sont exonérées au sens propre, en particulier, les livraisons de biens et les prestations de services faites sur le territoire suisse par des assujettis à des bénéficiaires institutionnels ou à des personnes bénéficiaires (cf. art. 22 al. 1 let. a aOLTVA cf. également MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 682, p. 386). Un bénéficiaire institutionnel qui veut faire valoir l'exonération de l'impôt doit, avant chaque acquisition de biens ou de prestations de services, attester
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sur la formule officielle (formulaire A 1070, AA 1076 ou A/OI 1078) que les prestations acquises sont destinées à son usage officiel (cf. art. 23 al. 1 aOLTVA cf. également Instructions 2001 sur la TVA [ci après instructions 2001] ch. 574, Instructions 2008 sur la TVA [ciaprès instructions 2008] ch. 574). Une personne bénéficiaire qui peut faire valoir l'exonération de l'impôt doit, avant chaque acquisition de biens ou de prestations de services, faire attester par le bénéficiaire institutionnel auquel elle appartient, sur la formule officielle (formulaire B 1079 ou BB 1077), qu'elle jouit du statut lui donnant droit à l'acquisition en franchise d'impôt, conformément à l'art. 20 al. 1 let. c à g aOLTVA. Elle doit remettre au fournisseur de prestations la formule officielle signée par elle et, lors de chaque acquisition de biens ou de prestations de services, justifier de sa qualité au moyen de la carte de légitimation délivrée par l'autorité fédérale compétente (cf. art. 23 al. 2 aOLTVA cf. également ch. 574 des instructions 2001, ch. 574 des instructions 2008). L'assujetti doit conserver tous les originaux des formules officielles utilisées avec les autres pièces justificatives, en vertu de l'art. 58 al. 2 aLTVA (cf. art. 25 aOLTVA).
Selon la pratique administrative, les informations importantes, destinées aux fournisseurs de prestations à des bénéficiaires d'exemptions fiscales visés à l'art. 2
SR 192.12 GSG Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die von der Schweiz als Gaststaat gewährten Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen sowie finanziellen Beiträge (Gaststaatgesetz, GSG) - Gaststaatgesetz

Art. 2  
  1.   Der Bund kann folgenden institutionellen Begünstigten Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen gewähren:
a.   zwischenstaatlichen Organisationen;
b.   internationalen Institutionen;
c.   quasizwischenstaatlichen Organisationen;
d.   diplomatischen Missionen;
e.   konsularischen Posten;
f.   ständigen Missionen oder anderen Vertretungen bei zwischenstaatlichen Organisationen;
g.   Sondermissionen;
h.   internationalen Konferenzen;
i.   Sekretariaten oder anderen durch einen völkerrechtlichen Vertrag eingesetzten Organen;
j.   unabhängigen Kommissionen;
k.   internationalen Gerichtshöfen;
l.   Schiedsgerichten;
m.   anderen internationalen Organen.
  2.   Der Bund kann folgenden natürlichen Personen (begünstigte Personen) Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen gewähren:
a.   Personen, die, ständig oder vorübergehend, in offizieller Eigenschaft für einen institutionellen Begünstigten nach Absatz 1 tätig sind;
b.   Persönlichkeiten, die ein internationales Mandat ausüben;
c.   Personen, die berechtigt sind, eine begünstigte Person nach Buchstabe a oder b zu begleiten, einschliesslich der privaten Hausangestellten.
LEH, figurent au verso des formulaires officiels mentionnés ciavant. Le nonrespect de ces instructions peut avoir pour conséquence que la prestation fournie ne pourra pas être considérée comme étant exonérée de la TVA. Il s'agit notamment de veiller à ce que la TVA ne soit pas indiquée dans les factures et que les formulaires soient conservés en bon ordre à des fins de contrôle (cf. ch. 576 en lien avec le ch. 943 des instructions 2001, ch. 576 en lien avec le ch. 943 des instructions 2008). 3.2.2. Conformément à l'art. 24 al. 1 aOLTVA, l'AFC peut ­ sur demande et dans des cas fondés ­ exceptionnellement rembourser les montants de l'impôt déjà payé pour lequel il existe un droit à l'exonération. 3.2.3.
3.2.3.1 Une des conditions négatives de l'exonération des prestations fournies à des bénéficiaires institutionnels ou à des personnes bénéficiaires est que la TVA ne soit pas mentionnée sur la facture (cf. consid. 3.2.1 in fine). Cette pratique découle notamment du principe selon lequel la TVA facturée, même à tort, est due (principe également dit « TVA facturée, TVA due »). Un assujetti qui établit une facture mentionnant la TVA doit acquitter celleci. En outre, l'assujetti qui facture sa prestation à un taux trop élevé est tenu de la comptabiliser dans son
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décompte à ce taux (cf. ATF 131 II 185 consid. 5 arrêt du Tribunal fédéral 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.3 arrêt du Tribunal administratif fédéral A2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 2.1 et les références citées). La pratique administrative permet cependant, à certaines conditions, la correction d'une facture erronée (cf. à ce sujet l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 2.2). Toutefois, lorsque la contribuable est consciente de la différence entre la taxation ordinaire et l'exonération (à la source, cf. consid. 3.2.1 ciavant) et que les exigences, notamment en matière de facturation, des deux procédures sont différentes, la facture ne saurait en principe être corrigée (arrêt du Tribunal fédéral du 31 mai 2002 publié in : Archives 72 p. 734 consid. 6c). Une telle possibilité de modifier ultérieurement le type respectivement la procédure de taxation choisie n'est pas prévue par la loi. En effet, conformément au principe d'auto taxation régissant la TVA, l'assujetti décide s'il choisit l'exemption (à la source) ou la procédure de taxation ordinaire. Les raisons de ce choix ne sont pas déterminantes. En mentionnant l'impôt sur les factures, le contribuable manifeste sa volonté de choisir la procédure de taxation ordinaire, une modification rétroactive du type de taxation étant exclue (arrêt du Tribunal administratif fédéral A1438/2006 du 11 juin 2007 consid. 4.3 et les références citées).
3.2.3.2 L'entrée en vigueur de l'art. 45a aOLTVA ne modifie en rien ce qui précède dès lors que les conditions de l'exonération (au sens propre) précitées sont des conditions matérielles et qu'il ne s'agit pas de corriger un vice de forme (cf. au sujet de l'art. 45a aOLTVA l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 3 et les références citées).
4.
4.1. En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'autotaxation (art. 46 aLTVA cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.1, A 2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4 ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti luimême est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celleci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.1 arrêts du Tribunal administratif fédéral A2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4, A
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5460/2008 du 12 mai 2010 consid. 2.5.1). En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celuici ne remplit pas ses obligations. L'assujetti doit ainsi établir luimême la créance fiscale le concernant il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2 arrêts du Tribunal administratif fédéral A7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.1 et les références citées, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.5 et les références citées).
4.2. Selon l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des instructions 2001, rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA (cf. ch. 881 ss cf. également instruction 2008, ch. 881 ss arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II, p. 20 ss consid. 3.1 arrêts du Tribunal administratif fédéral A6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.2, A2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.5.3, A 5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.2.2, A1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait que toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées, dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque (ou dans les comptes correspondants). Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes des comptes doivent être établis périodiquement. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits des comptes bancaires. Des livres régulièrement tenus, accompagnés d'un compte d'exploitation et d'un bilan, sont plus crédibles et constituent de meilleurs moyens de preuve que de simples relevés épars sans bilan de clôture (cf. instructions 2001, ch. 881 ss, instructions 2008 ch. 881 ss). Ainsi, chaque opération commerciale doit pouvoir être suivie aisément et de manière fiable, sur la base de pièces justificatives, depuis son inscription dans les livres auxiliaires et dans les livres de base, jusqu'au décompte TVA et au bilan de l'exercice, et vice versa (cf. ch. 890 des instructions 2001, ch. 890 des
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instructions 2008 cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A 7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.5.2 et A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
De plus, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (cf. ch. 892 des instructions 2001, ch. 892 des instructions 2008). Au demeurant, l'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et viceversa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (cf. ch. 893 des instructions 2001, ch. 894 des instructions 2008 cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2 et A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
5.
5.1. Aux termes de l'art. 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 arrêts du Tribunal administratif fédéral A 7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.1, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.6, A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et les références citées). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1 arrêt du Tribunal administratif fédéral A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et les références citées). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation de mettre en oeuvre en cas de lacunes de la comptabilité. Enfin, une taxation externe intervient lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit que les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins
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vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.1 et les références citées, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.6, A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 JAAC 68.73 consid. 2b MOLLARD, op.cit., p. 542 ss). 5.2. Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2 arrêts du Tribunal administratif fédéral A7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2 et les références citées, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.1, A 4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.2, A7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2 cf. également JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b MOLLARD, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2 arrêts du Tribunal administratif fédéral A7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2 et les références citées, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.1, A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.2, A7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2 NICOLAS SCHALLER/YVES SUDAN/PIERRE SCHEUNER/PASCAL HUGUENOT, TVA annotée, Genève Zurich Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). Les parties utiles et fiables de la comptabilité et les pièces justificatives disponibles doivent, dans la mesure du possible, être prises en compte dans le cadre de l'estimation. Elles peuvent même servir de base pour la taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2 et les références citées, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.1, A7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2).
5.2.1. Lorsqu'elle procède à une estimation à l'aide de la méthode des chiffres expérimentaux, l'AFC se base sur les résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité du contribuable, auxquels elle ajoute des suppléments en pour cent, dictés par les chiffres d'expérience, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité de la branche concernée (cf. MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 270, p. 879 sur la notion de ces chiffres d'expérience, cf. les arrêts du Tribunal
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administratif fédéral A2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.8.1 et 2.8.2, A3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.1 et ATAF 2009/60 consid. 2.8). Le fait que l'AFC se fonde sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les entrepreneurs concernés sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est néanmoins nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. Comme vu cidessus (cf. consid. 5.1 ciavant), la jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine arrêts du Tribunal administratif fédéral A 7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2.1 et les références citées, A 4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.1 MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., p. 873, ch. 257).
5.2.2. L'estimation des chiffres d'affaires peut également intervenir à l'aide de la méthode par extrapolation. Cette méthode ­ reconstructive ­ vise à compléter ou reconstituer une comptabilité déficiente et peut très bien être appliquée en parallèle d'une autre méthode, telle que celle des chiffres d'expérience (cf. consid. 5.2.1 ciavant). La méthode par extrapolation (« Umlage ») consiste ainsi à établir le chiffre d'affaires pour un court laps de temps par une autre voie de reconstruction (voire par une application des chiffres d'expérience) et à en appliquer le résultat obtenu à une période plus longue, voire à toute la période contrôlée. Cette méthode est admissible pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation, de sorte que le résultat obtenu apparaît vraiment représentatif (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 4.3.2 et 2A.148/2000 du 1er novembre 2000 consid. 5b arrêts du Tribunal administratif fédéral A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.2, A4309/2008 et A4313/2008 du 30 avril 2010 consid. 7.2.4 et les références citées Archives 68 p. 652 consid. 6b et 6c et Archives 56 p. 195 consid. 5b MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 269, p. 878). Cela étant, un faisceau d'indices, selon lesquels les circonstances déterminantes étaient les mêmes durant les périodes sujettes à extrapolation et durant la période contrôlée, peut suffire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A4309/2008 et A4313/2008
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du 30 avril 2010 consid. 7.2.4, A1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 4.2, A140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 5.2.3 et A1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3).
5.3. Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2 arrêts du Tribunal administratif fédéral A7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3 et les références citées, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.8.2, A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3, A 7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.8.3). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a luimême créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine, arrêts du Tribunal administratif fédéral A7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3 et les références citées, A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.8.2, A4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3 JAAC 67.82 consid. 4a/cc). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de sa violation du devoir d'autotaxation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (cf. entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A 7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3 et les références citées, A 4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3, A7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.8.3, A5949/2008 du 18 octobre 2010 consid. 6.5, A281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2 et les références citées).
6.
Aux termes de l'art. 38 al. 1 aLTVA, si l'assujetti utilise des biens ou des
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prestations de services pour l'une des affectations justifiées par l'usage commercial indiquées à l'al. 2 (parmi lesquels figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire dans son décompte les montants d'impôt préalable qu'en particulier d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'art. 37 aLTVA, pour des livraisons et des prestations de services (art. 38 al. 1 let. a aLTVA). 6.1.
6.1.1. La déduction de l'impôt préalable représente en particulier une technique au service du principe de la neutralité, selon lequel la TVA doit être la même pour tous les consommateurs, quel que soit le circuit emprunté par le bien (cf. PASCAL MOLLARD, La TVA : vers une théorie du chaos ? in Mélanges CRC, Lausanne 2004, ch. 3.1.1). Elle a pour effet que l'entrepreneur ne doit imposer que son chiffre d'affaires net, même s'il doit soumettre à la TVA l'intégralité de son chiffre d'affaires, sans l'impôt luimême (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_653/2008 du 24 février 2009 consid. 6.3 arrêts du Tribunal administratif fédéral A3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 2.2 et A6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2 ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Berne 2003, 2e éd., ch. 1360). Du fait de la distinction entre l'impôt grevant les prestations en aval et celui frappant les prestations en amont, les deux domaines doivent être soigneusement distingués par l'assujetti et communiqués séparément (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 2.2, A6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2, A5620/2008 du 11 novembre 2009 consid. 2.2 CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, op. cit., ch. 1362).
6.1.2. A titre de conditions matérielles et formelles, il appert que : (i) seul un assujetti peut prétendre déduire l'impôt préalable (art. 38 al. 1 aLTVA) (ii) cette déduction est possible uniquement pour les livraisons et prestations de services grevées de TVA qui lui ont été facturées par un autre assujetti (art. 38 al. 1 let. a aLTVA) (iii) les prestations doivent être affectées à un des buts limitativement énumérés à l'art. 38 al. 2 aLTVA, étant encore précisé que l'assujetti peut également déduire les montants d'impôt préalable mentionnés à l'alinéa 1 lorsqu'il utilise des biens ou des services pour des activités mentionnées à l'art. 19 al. 2 aLTVA ou pour des activités qui seraient imposables s'il les effectuait sur le territoire suisse (art. 38 al. 3 aLTVA cf. également arrêts du Tribunal fédéral 2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 2 et 2A.55/1999 du 23 janvier 2001, in : Archives vol. 71 p. 564 consid. 4a arrêt du Tribunal administratif fédéral A2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.3) (iv) la déduction de
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l'impôt préalable est uniquement possible sur la base d'un justificatif, soit une
facture
remplissant
certaines
exigences
formelles
(art. 38 al. 1 let. a aLTVA en lien avec l'art. 37 aLTVA) (v) elle ne doit pas avoir été expressément proscrite (art. 39 aLTVA cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.3).
6.1.3. Seule l'affectation, même médiate, à des livraisons ou des prestations de services imposables, ou pour lesquelles l'assujetti a opté, permet de déduire l'impôt préalable. Il s'ensuit que l'« intrant » ne doit pas être affecté à des opérations hors du champ de l'impôt, des activités qui ne sont pas considérées comme des opérations, des activités privées ou des opérations exercées dans le cadre de la puissance publique (art. 38 al. 4 aLTVA cf. également ATF 132 II 353 consid. 8.3, 8.4 et 10 et les références citées arrêts du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.2 et 2A.348/2004 du 1er décembre 2004 consid. 3.2 arrêt du Tribunal administratif fédéral A2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.4). Il n'y a pas de droit à la déduction de l'impôt préalable pour les affectations à un but qui n'est pas commercial au sens de l'art. 38 al. 2 aLTVA (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_463/2008 du 27 janvier 2009 consid.2.1 arrêts du Tribunal administratif fédéral A 2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.4 et les références citées, A 212/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.2.1).
6.2.
6.2.1. S'il revient à l'AFC de corriger l'impôt préalable déductible, en raison du fait que le contribuable l'a omis ou l'a entrepris selon une méthode qui n'était pas autorisée, elle dispose alors d'une grande liberté d'appréciation dans le choix de la méthode applicable. Il appartient au Tribunal d'examiner uniquement si la méthode choisie par l'AFC est pertinente et si elle a opéré la réduction de l'impôt préalable déductible sans excéder sa liberté d'appréciation. Si l'assujetti propose une autre méthode, il doit être examiné si celleci serait plus adaptée aux circonstances concrètes. L'assujetti doit prouver luimême que le calcul de la déduction de l'impôt préalable par l'AFC ne correspond pas aux circonstances concrètes du cas d'espèce (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.2.1, A 212/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.2, A1575/2006 du 5 octobre 2009 consid. 2.3.4, A1394/2006 du 3 juin 2008 consid. 4.4.1). 6.2.2. Lorsque l'assujetti ne respecte pas le principe de l'autotaxation, l'AFC peut effectuer une correction de l'impôt préalable, en réduisant par
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estimation la déduction de l'impôt préalable déclarée par le contribuable, respectivement en déterminant par estimation l'impôt préalable déduit à tort. Une extrapolation (« Umlage ») des montants de l'impôt préalable insuffisamment prouvés, s'agissant d'une partie de la période contrôlée, à l'ensemble de la période contrôlée est admissible (« Fehlumlage »), pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9 et les références citées cf. également consid. 5.2.2 ciavant). L'AFC n'est pas obligée de rechercher les justificatifs de l'impôt préalable. Il appartient à l'assujetti, dans le cadre de son devoir de collaborer, de fournir les documents à sa disposition (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9, A1637/2006 et A 1636/2006 du 2 juillet 2008 consid 2.4.2, A3069/2007 du 29 janvier 2008 consid. 3.1 cf. également la décision de la CRC du 12 mai 2005 consid. 4b.bb.bbb, 4b.bb.ccc et 5b.aa). Le contribuable est libre, y compris dans le cadre de la procédure de recours, de fournir les moyens de preuve relatifs à l'impôt préalable débité (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9, A 1636/2006 et A1637/2006 du 2 juillet 2008 consid. 2.4.2, A3069/2007 du 29 janvier 2008 consid. 3.1 et A1535/2006 du 14 mars 2007 consid. 2.5.4).
Rappelons encore que la détermination par estimation de l'impôt préalable déduit à tort, en raison de preuves insuffisantes, doit être distinguée des situations dans lesquelles l'autorité inférieure a établi que le chiffre d'affaires aval n'avait ­ en violation des obligations du contribuable ­ pas été déclaré ou de manière erronée (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9). Dans ces cas, l'assujetti a un droit à faire valoir un éventuel impôt préalable et l'administration ne peut pas procéder à une estimation de celuici (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_356/2008 du 21 novembre 2008 consid. 4.3 arrêt du Tribunal administratif fédéral A549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9, cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A1636/2006 et A637/2006 du 2 juillet 2008 consid. 2.4.2).
7.
En l'espèce, il convient d'examiner les contestations portant, respectivement, sur la reprise relative à des chiffres d'affaires dont
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l'exonération n'aurait pas été prouvée (consid. 7.1 ciaprès), sur la pertinence de l'estimation du chiffre d'affaires (consid. 7.2 ciaprès), ainsi que sur la reprise opérée par extrapolation quant à l'impôt préalable qui aurait été déduit à tort (consid. 7.3 ciaprès). 7.1. Il convient en premier lieu de trancher au sujet de la reprise portant sur le chiffre d'affaires dont l'exonération n'aurait pas été prouvée. 7.1.1. Selon le rapport de révision daté du 8 janvier 2009, la TVA a été indiquée dans les factures et donc transférée aux personnes bénéficiaires et aux bénéficiaires institutionnels. En outre, dans ses réclamations des 18 mai et 22 décembre 2009, la recourante a ­ selon ses termes ­ admis « avoir commis une irrégularité formelle en omettant de disposer des formules adéquates signées par ses clients fonctionnaires internationaux, afin de pouvoir vendre ses services en franchise d'impôt ». Autrement dit, les formulaires officiels d'exonération n'ont pas été conservés en bon ordre à des fins de contrôle par la recourante. En outre, au vu des factures déposées par la recourante devant le Tribunal administratif fédéral, il y a lieu de constater que les factures ne portaient et ne portent pas la mention « exonéré » ou « exonéré selon l'art. 90 al. 2 let. a aLTVA », mais qu'au contraire, elles mentionnent la TVA. Or, comme exposé ciavant (cf. consid. 3.2.3), selon le principe « TVA facturée, TVA due », dès lors que la recourante a établi des factures mentionnant la TVA, elle doit décompter et acquitter celleci. La TVA est ainsi due, même si ultérieurement les formules adéquates de dégrèvement à la source ont été dûment complétées.
Par ailleurs, en mentionnant l'impôt sur les factures, la recourante a manifesté sa volonté de choisir la procédure de taxation ordinaire et non pas la procédure d'exonération à la source. Ce choix, une fois arrêté, ne saurait être modifié ultérieurement, une modification rétroactive du type de taxation choisi est en effet exclue (cf. consid. 3.2.3 ciavant). 7.1.2. Partant, force est de constater que les conditions pour l'exonération à la source des prestations fournies à des bénéficiaires d'exemptions fiscales visés à l'art. 2
SR 192.12 GSG Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die von der Schweiz als Gaststaat gewährten Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen sowie finanziellen Beiträge (Gaststaatgesetz, GSG) - Gaststaatgesetz

Art. 2  
  1.   Der Bund kann folgenden institutionellen Begünstigten Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen gewähren:
a.   zwischenstaatlichen Organisationen;
b.   internationalen Institutionen;
c.   quasizwischenstaatlichen Organisationen;
d.   diplomatischen Missionen;
e.   konsularischen Posten;
f.   ständigen Missionen oder anderen Vertretungen bei zwischenstaatlichen Organisationen;
g.   Sondermissionen;
h.   internationalen Konferenzen;
i.   Sekretariaten oder anderen durch einen völkerrechtlichen Vertrag eingesetzten Organen;
j.   unabhängigen Kommissionen;
k.   internationalen Gerichtshöfen;
l.   Schiedsgerichten;
m.   anderen internationalen Organen.
  2.   Der Bund kann folgenden natürlichen Personen (begünstigte Personen) Vorrechte, Immunitäten und Erleichterungen gewähren:
a.   Personen, die, ständig oder vorübergehend, in offizieller Eigenschaft für einen institutionellen Begünstigten nach Absatz 1 tätig sind;
b.   Persönlichkeiten, die ein internationales Mandat ausüben;
c.   Personen, die berechtigt sind, eine begünstigte Person nach Buchstabe a oder b zu begleiten, einschliesslich der privaten Hausangestellten.
LEH (cf. consid. 3.2.1 ciavant) ne sont pas remplies, la TVA ayant en particulier été facturée. En outre ­ comme admis par la recourante ­ les formulaires officiels d'exonération n'ayant pas été conservés, aucune preuve d'une quelconque exonération n'a été remise lors du contrôle effectué les 18 et 19 novembre 2008 ainsi que le 8 janvier 2009. Comme on vient de le voir (cf. consid. 7.1.1), le fait que des formules officielles ­ qui, conformément aux dires de la recourante,
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auraient été remplies a posteriori par les clients de cette dernière ­ ont été déposées devant le Tribunal de céans ne modifie en rien l'appréciation ici exposée. Bien plus, à supposer qu'une modification ultérieure de la procédure soit admise (ce qui n'est, comme on vient de le voir, pas le cas), ces documents, ainsi que les factures et les avis de crédit produits par la recourante devant le Tribunal administratif fédéral, ne permettent nullement de démontrer que les factures auraient été corrigées et respecteraient les conditions exigées pour exonérer les prestations en cause. Au contraire, comme on vient de le voir (cf. consid. 7.1.1 ciavant), ces factures ne portent pas la mention « exonéré » ou « exonéré selon l'art. 90 al. 2 let. a aLTVA », mais mentionnent la TVA, si bien que celleci est due. 7.2. Il y a lieu de se prononcer sur la question de l'estimation du chiffre d'affaires de la recourante.
7.2.1. Cette dernière affirme que les documents sur lesquels l'AFC se serait fondés « ne sont pas les éléments réellement comptabilisés ». Elle prétend également ne pas être en mesure de combattre l'opinion de l'autorité inférieure, selon laquelle sa comptabilité ne serait pas probante, puisqu'elle était dans l'impossibilité d'apporter la preuve du contraire. Dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l'autorité intimée, elle fait en revanche valoir que l'attestation de A._______ y jointe « atteste du fait que les chiffres d'affaires déclarés dans les déclarations TVA en 2003 par ma cliente étaient justes et que sa comptabilité est donc probante ». Avant d'examiner la pertinence de la marge retenue par l'administration dans l'estimation du chiffre d'affaires de la recourante (consid. 7.2.3 ci dessous), il sied de rappeler le cadre dans lequel la taxation par estimation est intervenue (consid. 7.2.2 cidessous). 7.2.2.
7.2.2.1 Lors de son contrôle sur place, l'AFC a constaté notamment les irrégularités suivantes :
selon le livre de caisse de la recourante, le solde au 31 décembre 2003 s'est élevé à CHF ... alors que la comptabilité présentait un solde de CHF 0..
un solde de caisse négatif au 31 décembre 2004 avait été régularisé au moyen d'une écriture comptable « caisse à compte privé actionnaire » pour un montant de CHF ... intitulé « ajustement caisse » une « régularisation » identique pour des montants
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substantiels a été effectuée au 31 décembre 2005 et 2006 (CHF ... et CHF ... ).
des achats et frais privés de l'actionnaire avaient été comptabilisés à 100% comme des charges commerciales pour un montant total de CHF ... durant les années 2003 à 2007.
un achat de fourniture a été comptabilisé à deux reprises. les frais concernant le loyer d'un appartement privé ont été comptabilisés.
une recette a été comptabilisée comme charge au lieu d'un produit.
Selon la décision sur réclamation du 24 septembre 2010, la recourante saisissait sur une feuille excel les mouvements financiers. Une fois par année, ces chiffres étaient repris globalement par la fiduciaire de la société qui établissait en même temps le rapport de révision. L'AFC avait constaté que le lien entre les fichiers excel établis par la recourante et leurs reprises dans la comptabilité établie par la fiduciaire était presque impossible à réaliser et que la recourante n'avait pas non plus présenté des écritures de bouclement. La comptabilité ne contenait pas non plus de comptes détaillant la TVA à récupérer et la TVA due. L'autorité intimée a en outre relevé dans la décision entreprise que les mouvements en espèces étaient importants, ce qui nécessitait une tenue correcte d'un livre de caisse afin de pouvoir contrôler le mouvement des espèces. Si les feuilles excel n'étaient pas le livre de caisse, comme le prétendait la recourante, il fallait en conclure que la recourante n'en tenait pas, ce qui était une grave lacune supplémentaire, compte tenu du fait des nombreux mouvements en espèces. L'AFC a encore admis que toutes les recettes et toutes les dépenses n'étaient pas enregistrées chronologiquement et accompagnées d'un libellé approprié dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque et ceci au mépris des instructions 2008 (ch. 884). Les dates des écritures étaient généralement le 31 décembre 200X.
7.2.2.2 La recourante ne conteste pas réellement ce qui précède. Son attitude contradictoire, consistant d'abord à prétendre, dans son mémoire de recours, ne pas être en mesure de combattre l'opinion de l'autorité inférieure (cf. les faits lettre E et consid. 7.2.1 ciavant), puis à affirmer, dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l'autorité intimée, que sa comptabilité serait probante (cf. les faits lettre F et consid. 7.2.1 ci avant), ne remettent en tout cas pas en doute les manquements graves constatés par l'autorité inférieure. Les conditions d'une estimation par l'AFC sont ainsi réalisés.

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7.2.3. A propos de l'estimation ellemême, la recourante ne la conteste pas non plus. A supposer que ses arguments, consistant à affirmer que les documents sur lesquels l'AFC se serait fondés « ne sont pas les éléments réellement comptabilisés » ou encore que l'attestation de A._______ « atteste du fait que les chiffres d'affaires déclarés dans les déclarations TVA en 2003 par ma cliente étaient justes et que sa comptabilité est donc probante », soient des arguments visant à contester l'estimation faite par l'autorité intimée, ils ne permettraient pas d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'AFC. Or, conformément à la situation juridique exposée cidessus (cf. consid. 5.3), il appartient à la recourante de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Etant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, la recourante doit en supporter les conséquences. De plus, la recourante doit s'accommoder de l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne, puisqu'elle est ellemême responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par voie d'estimation (cf. consid. 5.3 cidessus voir également l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5). En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires de la recourante. Cette dernière n'a pas réussi à établir que le résultat auquel est parvenu l'autorité fiscale serait manifestement contraire à la réalité. 7.3. En dernier lieu, le Tribunal de céans doit juger si la reprise opérée par extrapolation de l'impôt préalable est justifiée ou non. 7.3.1. Lors du contrôle sur place, l'autorité inférieure a constaté que l'examen de la concordance de l'impôt préalable était difficile à réaliser. Selon la décision du 24 septembre 2004, l'AFC a notamment constaté que l'impôt préalable était calculé pour chaque nature de charge en appliquant un taux de TVA sur le total de ces charges sans se référer aux pièces justificatives. Cette manière de faire était à l'origine de nombreux écarts constatés lors de l'examen de l'impôt préalable et avait nécessité un contrôle approfondi (par sondage), car les erreurs étaient nombreuses et ne suivaient aucune logique. Un examen approfondi de l'impôt préalable sur une période s'étalant du 1er janvier au 30 juin 2003 avait fait ressortir que l'assujetti avait récupéré à tort des montants d'impôt préalable pour CHF ... , soit le 26,42% de l'impôt préalable déduit. L'inspecteur avait corrigé la déduction de l'impôt préalable à raison de ce pourcentage pour l'ensemble de l'année 2003, si bien que la reprise
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s'élevait à CHF ... pour cette année. Les inspecteurs avaient également procédé à des sondages sur trois mois pour les autres années concernées (4ème trimestre 2004, 3ème trimestre 2005, 2ème trimestre 2006 et 1er trimestre 2007) et repris le pourcentage annuel d'erreurs sur chaque période contrôlée. Selon la décision entreprise, l'autorité intimée est de l'avis que sa méthode ne souffrait aucune critique, car elle avait effectué son contrôle de l'impôt préalable au sein de différents trimestres ­ au moins un trimestre de chaque année ayant été contrôlé ­ pour les années 2003 à 2007 et les erreurs constatées étaient présentes et semblables dans toutes les périodes sujettes à extrapolation. 7.3.2. La recourante ne conteste pas du tout cette manière de procéder de l'AFC, mais se contente de reproches d'ordre général (cf. les faits lettre E et F). Dès lors que la manière de procéder de l'AFC est conforme à la jurisprudence (cf. consid. 6, en particulier le consid. 6.2.2 ciavant) et que les faits ne sont pas contestés par la recourante ­ qui se limite à prétendre, dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l'AFC, que sa comptabilité était probante sans se déterminer par rapport à la manière de procéder et aux reprises effectuées par l'autorité intimée ­, la correction de l'impôt préalable par estimation effectuée par l'autorité intimée paraît correcte. La recourante ayant omis de fournir des moyens de preuve relatifs à l'impôt préalable débité afin de prouver de manière exacte et précise l'impôt préalable déductible, elle doit en supporter les conséquences. Le recours doit par conséquent également être rejeté sur ce point.
8.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1
SR 172.021 VwVG Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz

Art. 63  
  1.   Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
  2.   Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
  3.   Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
  4.   Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden. [1]
  4bis.   Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a.   in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b.   in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken. [2]
  5.   Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen. [3] Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [4] und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010 [5]. [6]
 
[1] Fassung gemäss Anhang Ziff. 10 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Jan. 2007 (AS 2006 21971069; BBl 2001 4202).
[2] Eingefügt durch Anhang Ziff. 10 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Jan. 2007 (AS 2006 21971069; BBl 2001 4202).
[3] Fassung gemäss Anhang Ziff. 10 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Jan. 2007 (AS 2006 21971069; BBl 2001 4202).
[4] SR 173.32
[5] SR 173.71
[6] Fassung des zweiten Satzes gemäss Anhang Ziff. II 3 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010, in Kraft seit 1. Jan. 2011 (AS 2010 3267; BBl 2008 8125).
PA et de l'art. 1 ss
SR 173.320.2 VGKE Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)

Art. 1   Verfahrenskosten
  1.   Die Kosten der Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (Gericht) setzen sich zusammen aus der Gerichtsgebühr und den Auslagen.
  2.   Mit der Gerichtsgebühr sind die Kosten für das Kopieren von Rechtsschriften und der für Dienstleistungen normalerweise anfallende Verwaltungsaufwand wie Personal-, Raum- und Materialkosten sowie Post-, Telefon- und Telefaxspesen abgegolten.
  3.   Auslagen sind insbesondere die Kosten für Übersetzungen und für die Beweiserhebung. Die Kosten für Übersetzungen werden nicht verrechnet, wenn es sich um Übersetzungen zwischen Amtssprachen handelt.
du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par CHF ..., comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas alloué à la recourante (art. 64 al. 1
SR 172.021 VwVG Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz

Art. 64  
  1.   Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
  2.   Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
  3.   Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
  4.   Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
  5.   Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung. [1] Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [2] und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010 [3]. [4]
 
[1] Fassung gemäss Anhang Ziff. 10 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Jan. 2007 (AS 2006 21971069; BBl 2001 4202).
[2] SR 173.32
[3] SR 173.71
[4] Fassung des zweiten Satzes gemäss Anhang Ziff. II 3 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010, in Kraft seit 1. Jan. 2011 (AS 2010 3267; BBl 2008 8125).
PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1
SR 173.320.2 VGKE Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)

Art. 7   Grundsatz
  1.   Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
  2.   Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
  3.   Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
  4.   Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
  5.   Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar. [1]
 
[1] Eingefügt durch Ziff. I des Beschlusses des BVGer vom 20. Aug. 2009, in Kraft seit 1. April 2010 (AS 2010 945).
FITAF a contrario).
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Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce : 1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de procédure, d'un montant de CHF ..., sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est adressé :
­
­

à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. 145 746 / PTN 6643 Acte judiciaire)
Le président du collège :

Le greffier :

Daniel Riedo

Daniel de Vries Reilingh

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 BGG Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz

Art. 82   Grundsatz
  Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a.   gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b.   gegen kantonale Erlasse;
c.   betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
, 90
SR 173.110 BGG Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz

Art. 90   Endentscheide
  Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42
SR 173.110 BGG Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz

Art. 42   Rechtsschriften
  1.   Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
  1bis.   Wurde in einer Zivilsache das Verfahren vor der Vorinstanz in englischer Sprache geführt, so können Rechtsschriften in dieser Sprache abgefasst werden. [1]
  2.   In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. [2] [3]
  3.   Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
  4.   Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 2016 [4] über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a.   das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b.   die Art und Weise der Übermittlung;
c.   die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann. [5]
  5.   Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
  6.   Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
  7.   Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
 
[1] Eingefügt durch Ziff. II 1 des BG vom 17. März 2023 (Verbesserung der Praxistauglichkeit und der Rechtsdurchsetzung), in Kraft seit 1. Jan. 2025 (AS 2023 491; BBl 2020 2697).
[2] Fassung des zweiten Satzes gemäss Ziff. I 1 des Steuererlassgesetzes vom 20. Juni 2014, in Kraft seit 1. Jan. 2016 (AS 2015 9; BBl 2013 8435).
[3] Fassung gemäss Anhang Ziff. 1 des Steueramtshilfegesetzes vom 28. Sept. 2012, in Kraft seit 1. Febr. 2013 (AS 2013 231; BBl 2011 6193).
[4] SR 943.03
[5] Fassung gemäss Anhang Ziff. II 2 des BG vom 18. März 2016 über die elektronische Signatur, in Kraft seit 1. Jan. 2017 (AS 2016 4651; BBl 2014 1001).
LTF).
Expédition :

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A-7647/2010 07. Februar 2012 17. Februar 2012 Bundesverwaltungsgericht Unpubliziert Indirekte Steuern

Objet TVA; aLTVA; période du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008; dégrèvement; déduction de l'impôt préalable; estimation

Répertoire des lois
CC 8
RS 210 CC Code civil suisse du 10 décembre 1907

Art. 8  
  Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CO 620
RS 220 CO Loi fédérale du 30 mars 1911 complétant le Code civil suisse (Livre cinquième: Droit des obligations)

Art. 620 [1]  
  1.   La société anonyme est une société de capitaux que forment une ou plusieurs personnes ou sociétés commerciales. Ses dettes ne sont garanties que par l'actif social.
  2.   Les actionnaires ne sont tenus qu'aux prestations statutaires.
  3.   Est actionnaire quiconque détient au moins une action de la société.
 
[1] Nouvelle teneur selon le ch. I de la LF du 19 juin 2020 (Droit de la société anonyme), en vigueur depuis le 1er janv. 2023 (RO 2020 4005;2022 109; FF 2017 353).
Cst 29
RS 101 Cst. Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999

Art. 29   Garanties générales de procédure
  1.   Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
  2.   Les parties ont le droit d'être entendues.
  3.   Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
FITAF 1
RS 173.320.2 FITAF Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)

Art. 1   Frais de procédure
  1.   Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
  2.   L'émolument judiciaire couvre les frais de photocopie des mémoires et les frais administratifs normaux, tels que les frais pour le personnel, les locaux et le matériel ainsi que les frais postaux, téléphoniques et de télécopie.
  3.   Les débours comprennent notamment les frais de traduction et les frais occasionnés par l'administration des preuves. Les frais de traduction ne sont pas facturés lorsqu'il s'agit de la traduction d'une langue officielle à une autre.
FITAF 7
RS 173.320.2 FITAF Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)

Art. 7   Principe
  1.   La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
  2.   Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
  3.   Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
  4.   Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
  5.   L'art. 6a s'applique par analogie. [1]
 
[1] Introduit par le ch. I de l'O du TAF du 20 août 2009, en vigueur depuis le 1er avr. 2010 (RO 2010 945).
LEH 2
RS 192.12 LEH Loi fédérale du 22 juin 2007 sur les privilèges, les immunités et les facilités, ainsi que sur les aides financières accordés par la Suisse en tant qu'Etat hôte (Loi sur l'Etat hôte, LEH) - Loi sur l'Etat hôte

Art. 2  
  1.   La Confédération peut accorder des privilèges, des immunités et des facilités aux bénéficiaires institutionnels suivants:
a.   les organisations intergouvernementales;
b.   les institutions internationales;
c.   les organisations internationales quasi gouvernementales;
d.   les missions diplomatiques;
e.   les postes consulaires;
f.   les missions permanentes ou autres représentations auprès des organisations intergouvernementales;
g.   les missions spéciales;
h.   les conférences internationales;
i.   les secrétariats ou autres organes créés par un traité international;
j.   les commissions indépendantes;
k.   les tribunaux internationaux;
l.   les tribunaux arbitraux;
m.   les autres organismes internationaux.
  2.   La Confédération peut accorder des privilèges, des immunités et des facilités aux personnes physiques (personnes bénéficiaires) suivantes:
a.   les personnes appelées, à titre permanent ou non, en qualité officielle auprès de l'un des bénéficiaires institutionnels mentionnés à l'al. 1;
b.   les personnalités exerçant un mandat international;
c.   les personnes autorisées à accompagner les personnes bénéficiaires mentionnées aux let. a et b, y compris les domestiques privés.
LTAF 31
RS 173.32 LTAF Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)

Art. 31   Principe
  Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) [1].
 
[1] RS 172.021
LTAF 32
RS 173.32 LTAF Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)

Art. 32   Exceptions
  1.   Le recours est irrecevable contre:
a.   les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b.   les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c.   les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d. [1]   ...
e.   les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:l'autorisation générale des installations nucléaires;l'approbation du programme de gestion des déchets;la fermeture de dépôts en profondeur;la preuve de l'évacuation des déchets.
1.   l'autorisation générale des installations nucléaires;
2.   l'approbation du programme de gestion des déchets;
3.   la fermeture de dépôts en profondeur;
4.   la preuve de l'évacuation des déchets.
f. [2]   les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g.   les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h.   les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i. [3]   les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j. [4]   les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
  2.   Le recours est également irrecevable contre:
a.   les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b.   les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
 
[1] Abrogée par l'annexe ch. II 1 de la L du 30 sept. 2011 sur l'encouragement et la coordination des hautes écoles, avec effet au 1er janv. 2015 (RO 2014 4103; FF 2009 4067).
[2] Nouvelle teneur selon le ch. I 3 de la LF du 16 mars 2012 sur la deuxième partie de la réforme des chemins de fer 2, en vigueur depuis le 1er juil. 2013 (RO 2012 5619, 2013 1603; FF 2011 857).
[3] Introduite par l'annexe ch. 2 de la LF du 26 sept. 2014, en vigueur depuis le 1er juil. 2016 (RO 2016 2131; FF 2013 4425).
[4] Introduite par le ch. II de la LF du 25 sept. 2020, en vigueur depuis le 1er mars 2021 (RO 2021 68; FF 2020 3577).
LTAF 33
RS 173.32 LTAF Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)

Art. 33   Autorités précédentes
  Le recours est recevable contre les décisions:
a.   du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b. [1]   du Conseil fédéral concernant:la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale [2],la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers [3],le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite [5],l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens [7],l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,l'interdiction d'organisations et de groupements en vertu de l'art. 1, al. 2, de la loi fédérale du 20 décembre 2024 interdisant le Hamas et les organisations apparentées [10],la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie [12],la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision [14],la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques [16],la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation [18],la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé [20]; la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer [22];
1.   la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale [2],
10. [21]   la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer [22];
2.   la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers [3],
3. [4]   le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite [5],
4. [6]   l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens [7],
4bis. [8]   l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
4ter. [9]   l'interdiction d'organisations et de groupements en vertu de l'art. 1, al. 2, de la loi fédérale du 20 décembre 2024 interdisant le Hamas et les organisations apparentées [10],
5. [11]   la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie [12],
6. [13]   la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision [14],
7. [15]   la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques [16],
8. [17]   la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation [18],
9. [19]   la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé [20];
c.   du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis. [23]   du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater. [25]   du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies. [26]   de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter. [24]   de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d.   de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e.   des établissements et des entreprises de la Confédération;
f.   des commissions fédérales;
g.   des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h.   des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i.   d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
 
[1] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. 4 de la LF du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers, en vigueur depuis le 1er fév. 2008 (RO 2008 5207; FF 2006 2741).
[2] RS 951.11
[3] RS 956.1
[4] Introduit par l'annexe ch. 1 de la LF du 1er oct. 2010 sur la restitution des avoirs illicites (RO 2011 275; FF 2010 2995). Nouvelle teneur selon l'art. 31 al. 2 ch. 1 de la L du 18 déc. 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite, en vigueur depuis le 1er juil. 2016 (RO 2016 1803; FF 2014 5121).
[5] RS 196.1
[6] Introduit par l'annexe ch. 2 de la LF du 23 déc. 2011 (RO 2012 3745; FF 2007 4473, 2010 7147). Nouvelle teneur selon l'annexe ch. II 3 de la LF du 25 sept. 2015 sur le renseignement, en vigueur depuis le 1er sept. 2017 (RO 2017 4095; FF 2014 2029).
[7] RS 121
[8] Introduit par l'annexe ch. II 3 de la LF du 25 sept. 2015 sur le renseignement, en vigueur depuis le 1er sept. 2017 (RO 2017 4095; FF 2014 2029).
[9] Introduit par l'art. 3 de la LF du 20 déc. 2024 interdisant le Hamas et les organisations apparentées, en vigueur depuis le 15 mai 2025 (RO 2025 269; FF 2024 2250).
[10] RS 122.1
[11] Introduit par l'art. 26 ch. 2 de la LF du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie, en vigueur depuis le 1er janv. 2013 (RO 2011 6515; FF 2010 7305).
[12] RS 941.27
[13] Introduit par l'annexe ch. 2 de la LF du 20 juin 2014 (Concentration de la surveillance des entreprises de révision et des sociétés d'audit), en vigueur depuis le 1er janv. 2015 (RO 2014 4073; FF 2013 6147).
[14] RS 221.302
[15] Introduit par l'annexe ch. 1 de la LF du 18 mars 2016, en vigueur depuis le 1er janv. 2019 (RO 2017 2745, 2018 3755; FF 2013 1).
[16] RS 812.21
[17] Introduit par l'annexe ch. II 3 de la L du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation, en vigueur depuis le 1er janv. 2019 (RO 2017 7563; FF 2016 271).
[18] RS 830.2
[19] Introduit par l'art. 23 al. 2 de la LF du 28 sept. 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé, en vigueur depuis le 1er janv. 2020 (RO 2019 3199; FF 2018 899).
[20] RS 425.1
[21] Introduit par le ch. I 2 de la LF du 28 sept. 2018 sur l'organisation de l'infrastructure ferroviaire, en vigueur depuis le 1er juil. 2020 (RO 2020 1889; FF 2016 8399).
[22] RS 742.101
[23] Introduite par l'annexe ch. 3 de la LF du 20 mars 2009 sur TFB, en vigueur depuis le 1er janv. 2012 (RO 2010 513, 2011 2241; FF 2008 373).
[24] Introduite par l'annexe ch. II 6 de la LF du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales (RO 2010 3267; FF 2008 7371). Nouvelle teneur selon le ch. I de la LF du 19 juin 2015, en vigueur depuis le 1er nov. 2015 (RO 2015 3847; FF 2015 20472069).
[25] Introduite par l'annexe ch. II 6 de la LF du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales, en vigueur depuis le 1er janv. 2011 (RO 2010 3267; FF 2008 7371).
[26] Introduite par l'annexe ch. II 6 de la LF du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales, en vigueur depuis le 1er janv. 2011 (RO 2010 3267; FF 2008 7371).
LTAF 37
RS 173.32 LTAF Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)

Art. 37   Principe
  La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA [1], pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
 
[1] RS 172.021
LTF 42
RS 173.110 LTF Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire

Art. 42   Mémoires
  1.   Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
  1bis.   Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais. [1]
  2.   Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée. [2] [3]
  3.   Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
  4.   En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique [4]. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a.   le format du mémoire et des pièces jointes;
b.   les modalités de la transmission;
c.   les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier. [5]
  5.   Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
  6.   Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
  7.   Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
 
[1] Introduit par le ch. II 1 de la LF du 17 mars 2023 (Amélioration de la praticabilité et de l'application du droit), en vigueur depuis le 1er janv. 2025 (RO 2023 491; FF 2020 2607).
[2] Nouvelle teneur de la phrase selon le ch. I 1 de la L du 20 juin 2014 sur la remise de l'impôt, en vigueur depuis le 1er janv. 2016 (RO 2015 9; FF 2013 7549).
[3] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. 1 de la LF du 28 sept. 2012 sur l'assistance administrative fiscale, en vigueur depuis le 1er fév. 2013 (RO 2013 231; FF 2011 5771).
[4] RS 943.03
[5] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. II 2 de la L du 18 mars 2016 sur la signature électronique, en vigueur depuis le 1er janv. 2017 (RO 2016 4651; FF 2014 957).
LTF 82
RS 173.110 LTF Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire

Art. 82   Principe
  Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a.   contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b.   contre les actes normatifs cantonaux;
c.   qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF 90
RS 173.110 LTF Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire

Art. 90   Décisions finales
  Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTVA 78
RS 641.20 LTVA Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA

Art. 78   Contrôle
  1.   L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
  2.   La réquisition de l'ensemble des pièces de l'assujetti est assimilée à un contrôle.
  3.   Le contrôle doit être annoncé par écrit. L'AFC peut exceptionnellement s'abstenir de l'annoncer si les circonstances le justifient.
  4.   L'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée. Ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande.
  5.   Le contrôle est clos dans un délai de 360 jours par une notification d'estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée.
  6.   Les constatations concernant des tiers qui sont faites lors d'un contrôle effectué en vertu des al. 1 à 4 auprès des institutions ci-après ne doivent être utilisées que dans le cadre de l'application de la présente loi:
a.   la Banque nationale suisse;
b.   une centrale de lettres de gage;
c.   une banque ou une caisse d'épargne au sens de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques [1];
d.   un établissement financier au sens de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers [2];
e.   une infrastructure des marchés financiers au sens de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers [3]. [4]
  7.   Les secrets professionnels prévus par la loi sur les banques, la loi fédérale sur les établissements financiers et la loi sur l'infrastructure des marchés financiers doivent être respectés. [5]
 
[1] RS 952.0
[2] RS 954.1
[3] RS 958.1
[4] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. II 8 de la LF du 15 juin 2018 sur les établissements financiers, en vigueur depuis le 1er janv. 2020 (RO 2018 5247, 2019 4631; FF 2015 8101).
[5] Introduit par l'annexe ch. II 8 de la LF du 15 juin 2018 sur les établissements financiers, en vigueur depuis le 1er janv. 2020 (RO 2018 5247, 2019 4631; FF 2015 8101).
LTVA 81
RS 641.20 LTVA Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA

Art. 81   Principes
  1.   La PA [1] est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1. [2]
  2.   Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
  3.   Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
 
[1] RS 172.021
[2] Nouvelle teneur selon le ch. I 2 de la LF du 18 juin 2021 sur les procédures électroniques en matière d'impôts, en vigueur depuis le 1er janv. 2022 (RO 2021 673; FF 2020 4579).
LTVA 112
RS 641.20 LTVA Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA

Art. 112   Application de l'ancien droit
  1.   Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
  2.   L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
  3.   Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
LTVA 113
RS 641.20 LTVA Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA

Art. 113   Application du nouveau droit
  1.   Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
  2.   Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
  3.   L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
PA 5
RS 172.021 PA Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)

Art. 5  
  1.   Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a.   de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b.   de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c.   de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
  2.   Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69). [1]
  3.   Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
 
[1] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. 10 de la LF du 17 juin 2005 sur le TAF, en vigueur depuis le 1er janv. 2007 (RO 2006 21971069; FF 2001 4000).
PA 50
RS 172.021 PA Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)

Art. 50 [1]  
  1.   Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
  2.   Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
 
[1] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. 10 de la LF du 17 juin 2005 sur le TAF, en vigueur depuis le 1er janv. 2007 (RO 2006 21971069; FF 2001 4000).
PA 52
RS 172.021 PA Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)

Art. 52  
  1.   Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
  2.   Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
  3.   Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA 62
RS 172.021 PA Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)

Art. 62  
  1.   L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
  2.   Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
  3.   Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
  4.   Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
PA 63
RS 172.021 PA Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)

Art. 63  
  1.   En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
  2.   Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
  3.   Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
  4.   L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais. [1]
  4bis.   L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a.   entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b.   entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations. [2]
  5.   Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments. [3] L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [4] et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales [5] sont réservés. [6]
 
[1] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. 10 de la LF du 17 juin 2005 sur le TAF, en vigueur depuis le 1er janv. 2007 (RO 2006 21971069; FF 2001 4000).
[2] Introduit par l'annexe ch. 10 de la LF du 17 juin 2005 sur le TAF, en vigueur depuis le 1er janv. 2007 (RO 2006 21971069; FF 2001 4000).
[3] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. 10 de la LF du 17 juin 2005 sur le TAF, en vigueur depuis le 1er janv. 2007 (RO 2006 21971069; FF 2001 4000).
[4] RS 173.32
[5] RS 173.71
[6] Nouvelle teneur de la phrase selon l'annexe ch. II 3 de la LF du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales, en vigueur depuis le 1er janv. 2011 (RO 2010 3267;FF 2008 7371).
PA 64
RS 172.021 PA Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)

Art. 64  
  1.   L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
  2.   Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
  3.   Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
  4.   La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
  5.   Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens. [1] L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [2] et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales [3] sont réservés. [4]
 
[1] Nouvelle teneur selon l'annexe ch. 10 de la LF du 17 juin 2005 sur le TAF, en vigueur depuis le 1er janv. 2007 (RO 2006 21971069; FF 2001 4000).
[2] RS 173.32
[3] RS 173.71
[4] Nouvelle teneur de la phrase selon l'annexe ch. II 3 de la LF du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales, en vigueur depuis le 1er janv. 2011 (RO 2010 3267;FF 2008 7371).
Répertoire ATF
Décisions dès 2000
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BVGer
AS
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