Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-579/2009

Arrêt du29 août 2011

Daniel de Vries Reilingh (président du collège),

Composition Markus Metz, Daniel Riedo, juges,

Celia Clerc, greffière.

X._______,***,

Parties représentée par A._______, ***,

recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, Eigerstrasse 65, 3003 Berne,

autorité inférieure .

Objet impôt anticipé ; prestation appréciable en argent.

Faits :

A.

A.a X._______, à ***, (ci-après également la société) a été inscrite au registre du commerce (RC) du canton de *** le 20 février 1990. Elle poursuit le but suivant, selon inscription au RC : services informatiques dans le domaine de la finance, notamment installation de systèmes et location d'espaces informatiques, service de bureau, conseils, gestion de projets, support et assistance, formation des utilisateurs. Son administrateur et président avec signature individuelle est Y.A._______, à ***. Y.B._______, également à ***, est administratrice et secrétaire et dispose également du droit de signature individuelle. Y.A._______ et Y.B._______ détiennent ensemble la totalité du capital-actions de X._______.

A.b X.A._______, à ***, a été constituée le 12 mars 1991. Y.A._______ et Y.B._______ font partie du Conseil d'administration de cette société. Y.A._______ en détient plus de 99% du capital-actions.

A.c X.B._______ a été fondée le 8 mars 1999 et a son siège à ***. Le capital-actions de cette société est entièrement détenu par l'Etablissement Z._______, dont Y.A._______ est le propriétaire économique.

B.
Le 28 juillet 2003, le Chef du Département fédéral des finances a ordonné à la Division d'enquêtes fiscales spéciales, devenue la Division des affaires pénales et enquêtes, de l'Administration fédérale des contributions (AFC) de mener une enquête au sens des art. 190 ss
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 190 Voraussetzungen - 1 Besteht der begründete Verdacht, dass schwere Steuerwiderhandlungen begangen wurden oder dass zu solchen Beihilfe geleistet oder angestiftet wurde, so kann der Vorsteher des EFD die ESTV ermächtigen, in Zusammenarbeit mit den kantonalen Steuerverwaltungen eine Untersuchung durchzuführen.
1    Besteht der begründete Verdacht, dass schwere Steuerwiderhandlungen begangen wurden oder dass zu solchen Beihilfe geleistet oder angestiftet wurde, so kann der Vorsteher des EFD die ESTV ermächtigen, in Zusammenarbeit mit den kantonalen Steuerverwaltungen eine Untersuchung durchzuführen.
2    Schwere Steuerwiderhandlungen sind insbesondere die fortgesetzte Hinterziehung grosser Steuerbeträge (Art. 175 und 176) und die Steuervergehen (Art. 186 und 187).
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11) en raison de soupçons fondés de graves infractions fiscales, soit soustractions continues de montants importants d'impôts au sens des art. 175
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
et 176
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 176 Versuchte Steuerhinterziehung - 1 Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
1    Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
2    Die Busse beträgt zwei Drittel der Busse, die bei vorsätzlicher und vollendeter Steuerhinterziehung festzusetzen wäre.
LIFD et de délits fiscaux au sens des art. 186
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 186 Steuerbetrug - 1 Wer zum Zweck einer Steuerhinterziehung im Sinne der Artikel 175-177 gefälschte, verfälschte oder inhaltlich unwahre Urkunden wie Geschäftsbücher, Bilanzen, Erfolgsrechnungen oder Lohnausweise und andere Bescheinigungen Dritter zur Täuschung gebraucht, wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft. Eine bedingte Strafe kann mit Busse bis zu 10 000 Franken verbunden werden.283
1    Wer zum Zweck einer Steuerhinterziehung im Sinne der Artikel 175-177 gefälschte, verfälschte oder inhaltlich unwahre Urkunden wie Geschäftsbücher, Bilanzen, Erfolgsrechnungen oder Lohnausweise und andere Bescheinigungen Dritter zur Täuschung gebraucht, wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft. Eine bedingte Strafe kann mit Busse bis zu 10 000 Franken verbunden werden.283
2    Die Bestrafung wegen Steuerhinterziehung bleibt vorbehalten.
3    Liegt eine Selbstanzeige nach Artikel 175 Absatz 3 oder Artikel 181a Absatz 1 vor, so wird von einer Strafverfolgung wegen allen anderen Straftaten abgesehen, die zum Zweck dieser Steuerhinterziehung begangen wurden. Diese Bestimmung ist auch in den Fällen nach den Artikeln 177 Absatz 3 und 181a Absätze 3 und 4 anwendbar.284
et 187
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 187 Veruntreuung von Quellensteuern - 1 Wer zum Steuerabzug an der Quelle verpflichtet ist und abgezogene Steuern zu seinem oder eines andern Nutzen verwendet, wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft. Eine bedingte Strafe kann mit Busse bis zu 10 000 Franken verbunden werden.285
1    Wer zum Steuerabzug an der Quelle verpflichtet ist und abgezogene Steuern zu seinem oder eines andern Nutzen verwendet, wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft. Eine bedingte Strafe kann mit Busse bis zu 10 000 Franken verbunden werden.285
2    Liegt eine Selbstanzeige nach Artikel 175 Absatz 3 oder Artikel 181a Absatz 1 vor, so wird von einer Strafverfolgung wegen Veruntreuung von Quellensteuern und anderen Straftaten, die zum Zweck der Veruntreuung von Quellensteuern begangen wurden, abgesehen. Diese Bestimmung ist auch in den Fällen nach den Artikeln 177 Absatz 3 und 181a Absätze 3 und 4 anwendbar.286
LIFD. Cette enquête a concerné Y.A._______, Y.B._______ et X._______, tous à ***.

C.
Le 21 septembre 2006, la Division d'enquêtes fiscales spéciales de l'AFC a rendu son rapport d'enquête contre X._______, Y.A._______ et Y.B._______. Selon les constatations générales de ce rapport, les principales soustractions d'impôt constatées auraient été réalisées selon les trois procédés suivants :

C.a Le premier procédé aurait consisté à intercaler entre X._______ et ses clients X.B._______, chargée de traiter les affaires commerciales avec les clients de X._______ sis en dehors du territoire suisse. L'activité effective de X.B._______ n'aurait cependant jamais été déployée au ***, mais par X._______ en Suisse.

C.b Le second procédé aurait eu trait à des frais de sous-traitance en relation avec des projets de développement informatique. Ces projets auraient notamment été facturés par X.A._______ à X._______. Toutefois, les factures payées par cette dernière n'auraient jamais été encaissées par X.A._______.

C.c Le troisième procédé serait lié à l'utilisation d'un avion dont les frais auraient été facturés à X._______. La plus grande partie des frais ne serait pas justifiée par l'usage commercial, car il s'agirait de frais privés.

D.
Le 20 novembre 2006, l'AFC a adressé à la société un décompte d'impôt anticipé pour les années 2000 à 2002 pour un montant total de Fr. 2'396'399.60, représentant 35% de Fr. 6'846'856.--. Elle a estimé que la société précitée avait payé des frais de sous-traitance à X.A._______. Or, si une partie des frais, estimés à un tiers, était justifiée, il ressortait du contrôle effectué que l'autre partie reposait sur des fausses factures et était versée à l'actionnaire. Les montants versés à l'actionnaire étaient qualifiés comme des prestations appréciables en argent soumis à l'impôt anticipé. L'AFC a également considéré que la majorité des frais d'avions pris en charge par X._______ était des frais privés, non justifiés par l'usage commercial. Enfin, l'autorité intimée a jugé que X._______ avait laissé à disposition de X.B._______ tout ou partie du chiffre d'affaires réalisé avec des clients domiciliés hors de la Suisse, alors que les opérations réalisées en dehors du territoire suisse avaient été effectuées par le personnel de X._______. Le chiffre d'affaires correspondant, laissé à disposition de X.B._______, constituait une prestation appréciable en argent soumise à l'impôt anticipé.

X._______, invitée à s'acquitter de la somme précitée dans un délai de 30 jours ou à faire connaître ses arguments pour s'opposer au paiement dans le même délai, n'y a pas donné suite.

E.
N'ayant pas non plus donné de suite à la sommation de l'AFC du 11 janvier 2007, l'AFC a requis, le 7 mars 2007, la poursuite de la société. Par commandement de payer du 14 mars 2007, notifié le 16 mars 2007, dans la poursuite n° ***, l'Office des poursuites de *** a requis le paiement de Fr. 2'396'399.60, plus intérêts à 5% dès le 1er mars 2007 et Fr. 577'592.90 (intérêt au 28 février 2007), ainsi que les frais du commandement de payer par Fr. 410.-- plus encaissement de Fr. 500.-- à la société X._______. Cette dernière y a fait totale opposition.

F.
Le 11 décembre 2007, l'AFC a décidé que X._______ lui devait Fr. 2'396'399.60 à titre d'impôt anticipé, plus intérêt moratoire de 5% dès l'échéance dudit impôt ainsi que les frais de poursuite par Fr. 410.--. Elle a également levé l'opposition formée par X._______ au commandement de payer précité.

G.
Par acte du 28 janvier 2008, la société a formé réclamation contre la décision prise le 11 décembre 2007 précité. Par lettre séparée du même jour, elle a en outre requis la suspension de la procédure en matière d'impôt anticipé jusqu'à droit connu en matière d'impôt fédéral direct. Elle a précisé que la réclamation était formée uniquement pour sauvegarder le délai et qu'elle se réservait le droit de compléter ultérieurement la motivation de la réclamation.

Par courrier du 31 juillet 2008, l'AFC a informé X._______ qu'elle ne voyait pas d'inconvénient à accepter la demande de suspension et qu'elle attendrait « l'issue qui sera donnée au dossier concernant les impôts directs, mais au plus tard jusqu'au mois d'octobre de cette année » avant de notifier une décision sur réclamation.

H.
Par décision sur réclamation prise le 5 décembre 2008, l'autorité intimée a rejeté la réclamation formée par X._______ et confirmé que cette société devait payer Fr. 2'396'399.-- d'impôt anticipé ainsi que les frais de Fr. 410.-- de la poursuite n° *** de l'Office des poursuites de ***. Elle a fixé les dates d'échéances de l'intérêt moratoire de 5% l'an comme suit :

- pour le montant de Fr. 328'221.-- dès le 30 novembre 2000 ;

- pour le montant de Fr. 1'048'025.-- dès le 1er février 2001 ; et

- pour le montant de Fr. 1'020'153.-- dès le 1er février 2002.

Elle a justifié sa décision comme suit :

H.a X._______ faisait partie d'un groupe de sociétés auquel appartenait X.A._______, qui employait environ soixante collaborateurs s'occupant du développement de programmes informatiques. L'analyse croisée des documents comptables de X._______ et de X.A._______ permettait de constater qu'une partie des montants versés par X._______ à X.A._______ sur la base de factures émises par cette dernière société n'apparaissait pas dans les comptes de X.A._______. Si l'AFC pouvait admettre, même en l'absence de pièces justificative, qu'une partie des montants ait pu servir à payer notamment des salaires au noir, une autre partie avait été versée directement à l'actionnaire de X._______. Elle a ainsi considéré qu'une partie, estimée à deux tiers, des factures payées par X._______ à X.A._______ était des prestations appréciables en argent, mises à disposition de l'actionnaire de X._______ sans que ce dernier n'offre une contre-prestation à la société.

H.b Les comptes de X._______ enregistraient des charges liées à la location d'un avion Pilatus PC 12. Affrété par la société, l'avion avait volé durant 253 jours pour un total de 475 vols au cours des années 2000 à 2002. Seuls 23 vols avaient servi à rejoindre le siège de X.A._______ alors que le nombre des clients de X._______ situés à l'étranger et qui apparaissaient dans les comptes de la société était de huit. L'avion précité avait en même temps été utilisé pour les vacances de la famille du président de X._______ et pour des rallyes aériens internationaux accomplis par celui-ci en ***, *** ou encore au ***. Selon les informations à disposition, l'avion avait principalement été utilisé à des fins privées. En prenant en compte les voyages en ***, le nombre de clients étrangers de la société ainsi que les besoins de marketing et en les comparant au nombre de vols effectués par l'avion, il était adéquat de considérer que seuls 20% des charges en relation avec les voyages accomplis pouvaient être admises. En revanche, 80% des charges de location de l'avion n'étaient pas justifiées par l'usage commercial et par conséquent qualifiées de prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé.

H.c Une partie des affaires conclues par X._______ avait été dirigée sur X.B._______. Il ressortait des documents examinés concernant la période de 2000 à 2002 que X.B._______ n'enregistrait aucun frais de personnel, que la facturation à ses clients était établie depuis la Suisse et que la révision de ses comptes était confiée à B._______à ***. Le serveur mis à disposition pour les besoins de ses clients était celui de X._______. Les éléments précités montraient qu'en réalité les prestations et services offerts par X.B._______ étaient en réalité fournies par X._______. Le bénéfice net réalisé par X.B._______ était par conséquent une prestation appréciable en argent de X._______, soumise à l'impôt anticipé.

H.d En résumé, les prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé étaient les suivantes selon la décision du 5 décembre 2008 entreprise :

Prestations soumises Année 2000 Année 2001 Année 2002 Total 2000 à 2002

Charges de sous-traitance facturées par X.A._______ non justifiées (2/3 des frais facturés) 289'863.-- 580'115.-- 472'724.-- 1'342'702.--

Frais d'avion non justifiés (80% des frais effectifs) 120'960.-- 271'699.-- 149'386.-- 542'045.--

Chiffre d'affaires de X.B._______ non comptabilisé 526'952.-- 2'142'543.-- 2'292'614.-- 4'962'109.--

Total 937'775.-- 2'994'375.-- 2'914'724.-- 6'846'856.--

Impôt anticipé (35%) 328'221.-- 1'048'025.-- 1'020'153.-- 2'396'399.--

I.
Par mémoire du 27 janvier 2009, X._______ (ci-après : la recourante ou la société) a interjeté recours contre la décision sur réclamation précitée. Elle a conclu, sous suite de dépens, à l'admission du recours et à l'annulation de la décision entreprise ainsi qu'à l'annulation du décompte complémentaire d'impôt anticipé établi par l'AFC pour les années 2000 à 2002. Elle a fait valoir que la reprise de deux tiers des charges de sous-traitance était basée sur l'hypothèse que les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le groupe X.X._______ appartenaient à X._______. Or, lesdits droits étaient à X.A._______, qui avait accordé une licence de distribution à X.B._______ et à X._______. Une expertise des prix de transfert aurait établi que compte tenu du principe de pleine concurrence, la marge revenant au distributeur devait être de l'ordre de 30%. En appliquant cette marge au chiffre d'affaires « consolidé » de la recourante et de X.B._______, le bénéfice qu'aurait dû réaliser la société durant les années 2000 à 2002 aurait en réalité été inférieur au bénéfice comptabilisé et déclaré par celle-ci. La recourante considère ainsi que même si les bénéfices nets réalisés par X.B._______ devaient être imputés à la recourante, le principe de pleine concurrence aurait pour effet que son bénéfice net « consolidé » ne serait pas supérieur à celui comptabilisé et déclaré. S'agissant des frais de location d'avions, la recourante fait valoir que les avions auraient été utilisés, soit pour transporter du matériel et des employés entre la Suisse, le *** et la ***, soit pour prendre part à des foires professionnelles en Europe, soit pour se déplacer auprès de clients en Suisse et en Europe. Les logiciels développés et commercialisés par le groupe X.X._______ seraient utilisés par les centres de profit d'établissements bancaires. En cas de dysfonctionnement d'un logiciel qui ne puisse pas être traité à distance, le client bancaire exigerait une intervention sur place immédiate. Il était donc indispensable de pouvoir se déplacer très rapidement, si bien que le recours à des avions privés était parfaitement justifié.

J.
Dans sa réponse du 26 mars 2009, l'AFC a conclu au rejet du recours sous suite de frais.

K.
Le 26 juin 2009, la recourante s'est brièvement exprimée au sujet de la réponse déposée par l'AFC.

L.
Par courrier du 12 juillet 2011, la société a requis la suspension de la présente procédure de recours. Elle a motivé sa demande par le fait qu'un recours au Tribunal fédéral serait actuellement pendant « en ce qui concerne les impôts directs ».

M.
Par lettre du 17 août 2011, l'AFC s'est opposée à la suspension de procédure sollicitée. Elle a fait valoir que le Tribunal fédéral avait tranché, par arrêt du 27 juillet 2011 (arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011), le litige opposant la recourante à l'Administration cantonale des impôts du canton de *** s'agissant des impôts cantonaux et communaux et de l'impôt fédéral direct. La notification de cet arrêt rendait ainsi sans objet la demande de suspension de procédure formulée par la recourante.

N.
Les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants en droit ci-après.

Droit :

1.

1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 de cette loi, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater  des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
LTAF. En particulier, les décisions sur réclamation prises par l'AFC en matière d'impôt anticipé peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral en sa qualité de tribunal administratif ordinaire de la Confédération (art. 1 al. 1
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 1 Grundsatz - 1 Das Bundesverwaltungsgericht ist das allgemeine Verwaltungsgericht des Bundes.
1    Das Bundesverwaltungsgericht ist das allgemeine Verwaltungsgericht des Bundes.
2    Es entscheidet als Vorinstanz des Bundesgerichts, soweit das Gesetz die Beschwerde an das Bundesgericht nicht ausschliesst.
3    Es umfasst 50-70 Richterstellen.
4    Die Bundesversammlung bestimmt die Anzahl Richterstellen in einer Verordnung.
5    Zur Bewältigung aussergewöhnlicher Geschäftseingänge kann die Bundesversammlung zusätzliche Richterstellen auf jeweils längstens zwei Jahre bewilligen.
, 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
a contrario et 33 lettre d LTAF). La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 37 Grundsatz - Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG56, soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt.
LTAF).

En l'occurrence, la décision sur réclamation prise le 5 décembre 2008 par l'AFC a été notifiée à la recourante le 12 décembre 2008. Compte tenu des féries (art. 22a
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 22a - 1 Gesetzliche oder behördliche Fristen, die nach Tagen bestimmt sind, stehen still:
1    Gesetzliche oder behördliche Fristen, die nach Tagen bestimmt sind, stehen still:
a  vom siebten Tag vor Ostern bis und mit dem siebten Tag nach Ostern;
b  vom 15. Juli bis und mit 15. August;
c  vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar.
2    Absatz 1 gilt nicht in Verfahren betreffend:
a  die aufschiebende Wirkung und andere vorsorgliche Massnahmen;
b  die öffentlichen Beschaffungen.62
PA), le recours, adressé au Tribunal administratif fédéral en date du 27 janvier 2009, intervient dans le délai légal prescrit par l'art. 50
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 50 - 1 Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
1    Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
2    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
PA. Déposé par une personne qui a qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 - 1 Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA) et selon les formes prescrites (cf. art. 50 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 50 - 1 Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
1    Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
2    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
et art. 52 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 - 1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA), le recours est recevable, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière, sous réserve du consid. 1.3 ci-après.

1.2.

1.2.1. Une suspension de la procédure doit être justifiée par des motifs suffisants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2013/2011 du 31 mai 2011 consid. 1.2.1 et les références citées ; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, no 3.14 ss). Elle peut être envisagée lorsqu'il ne se justifie pas, sous l'angle de l'économie de la procédure, de prendre une décision dans l'immédiat, notamment lorsque le jugement prononcé dans un autre litige peut influencer l'issue du procès (cf. art. 6 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF, RS 273] ; ATF 123 II 1 consid. 2b, 122 II 211 consid. 3e ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2013/2011 du 31 mai 2011 consid. 1.2.1 et A-4379/2007 du 29 août 2007 consid. 4.2). La suspension est également admise lorsqu'elle paraît opportune pour d'autres raisons importantes. Elle ne doit toutefois pas s'opposer à des intérêts publics et privés prépondérants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2013/2011 du 31 mai 2011 consid. 1.2.1 et B-5168/2007 du 18 octobre 2007 consid. 2.2.1 et les références citées, A-7509/2006 du 2 juillet 2007 consid. 5.1 et les références citées). Elle doit même rester l'exception (cf. ATF 130 V 90 consid. 5, 119 II 389 consid. 1b et les références citées ; arrêt du Tribunal fédéral 8C_982/2009 du 5 juillet 2010 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral B-5482/2009 du 19 avril 2011 consid. 2.2). En particulier, le principe de célérité qui découle de l'art. 29
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst. pose des limites à la suspension d'une procédure jusqu'à droit connu sur le sort d'une procédure parallèle.

1.2.2. Ainsi que le souligne l'autorité intimée dans son courrier du 17 août 2011, dès lors que le Tribunal fédéral a, par arrêt du 27 juillet 2011 (arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011), tranché le litige opposant la recourante à l'Administration cantonale des impôts du canton de *** s'agissant des impôts cantonaux et communaux et de l'impôt fédéral direct, la demande de suspension de procédure requise par la recourante est devenue sans objet. Un éventuel risque de jugements contradictoires - au demeurant non étayé par la recourante - n'existe plus.

1.3. La recourante demande notamment l'annulation du décompte complémentaire d'impôt anticipé établi le 20 novembre 2006 par l'AFC pour les années 2000 à 2002. Cette conclusion est irrecevable. Le décompte établi le 20 novembre 2006 par l'AFC n'est en effet pas attaquable séparément devant le Tribunal de céans pour les raisons suivantes. Cet acte n'est pas une décision au sens de l'art. 41
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 41 - Die ESTV trifft alle Verfügungen und Entscheide, welche die Erhebung der Verrechnungssteuer notwendig macht; sie trifft einen Entscheid insbesondere dann, wenn:
a  die Steuerforderung, die Mithaftung oder die Überwälzungspflicht bestritten wird;
b  für einen bestimmten Fall vorsorglich die amtliche Feststellung der Steuerpflicht, der Grundlagen der Steuerberechnung, der Mithaftung oder der Überwälzungspflicht beantragt wird;
c  der Steuerpflichtige oder Mithaftende die gemäss Abrechnung geschuldete Steuer nicht entrichtet.
de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA, RS 642.21), mais une information portée à la connaissance du contribuable en application de l'art. 40
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 40 - 1 Die Erfüllung der Pflicht zur Anmeldung als Steuerpflichtiger, die Steuerabrechnungen und -ablieferungen sowie die Erfüllung der Meldepflicht gemäss den Artikeln 19 und 20 werden durch die ESTV überprüft.
1    Die Erfüllung der Pflicht zur Anmeldung als Steuerpflichtiger, die Steuerabrechnungen und -ablieferungen sowie die Erfüllung der Meldepflicht gemäss den Artikeln 19 und 20 werden durch die ESTV überprüft.
2    Die ESTV kann zur Abklärung des Sachverhalts die Geschäftsbücher, die Belege und andere Urkunden des Steuerpflichtigen an Ort und Stelle prüfen.
3    Ergibt sich, dass der Steuerpflichtige seinen gesetzlichen Pflichten nicht nachgekommen ist, so ist ihm Gelegenheit zu geben, zu den erhobenen Aussetzungen Stellung zu nehmen.
4    Lässt sich der Anstand nicht erledigen, so trifft die ESTV einen Entscheid.
5    Die anlässlich einer Prüfung gemäss Absatz 1 oder 2 bei einer Bank oder Sparkasse im Sinne des Bankengesetzes vom 8. November 193495, bei der Schweizerischen Nationalbank oder bei einer Pfandbriefzentrale gemachten Feststellungen dürfen ausschliesslich für die Durchführung der Verrechnungssteuer verwendet werden. Das Bankgeheimnis ist zu wahren.
LIA (cf. Hans-Peter Hochreutener, in : Martin Zweifel/Peter Athanas/Maja Bauer-Balmelli [éditeurs], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht II/2, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, Bâle/Genève/Munich 2005, n° 1 ad art. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 1 - 1 Der Bund erhebt eine Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens, auf Gewinnen aus Geldspielen im Sinne des Geldspielgesetzes vom 29. September 20175 (BGS), auf Gewinnen aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, und auf Versicherungsleistungen; wo es das Gesetz vorsieht, tritt anstelle der Steuerentrichtung die Meldung der steuerbaren Leistung.6
1    Der Bund erhebt eine Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens, auf Gewinnen aus Geldspielen im Sinne des Geldspielgesetzes vom 29. September 20175 (BGS), auf Gewinnen aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, und auf Versicherungsleistungen; wo es das Gesetz vorsieht, tritt anstelle der Steuerentrichtung die Meldung der steuerbaren Leistung.6
2    Die Verrechnungssteuer wird dem Empfänger der um die Steuer gekürzten Leistung nach Massgabe dieses Gesetzes vom Bund oder vom Kanton zu Lasten des Bundes zurückerstattet.
LIA). Par ailleurs, compte tenu de l'effet dévolutif de la réclamation déposée par la société contre la décision prise le 11 décembre 2007 par l'AFC, seule l'annulation ou la modification de la décision sur réclamation du 5 décembre 2008, ici attaquée, peut être demandée. Les conclusions tendant à la modification de toute décision antérieure, remplacée par la décision sur réclamation prise le 5 décembre 2008 par l'AFC, sont irrecevables (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_186/2010 du 18 janvier 2011 consid. 3.4, destiné à publication ; ATF 134 II 142 consid. 1.4 p. 144 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1644/2011 du 20 juin 2011 consid. 5.3.2).

2.

2.1. Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
lettre a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
lettre b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
lettre c PA ; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 2.149 p. 73 ; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zurich/Saint Gall 2010, ch. 1758 ss). Le droit fédéral au sens de l'art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
lettre a PA comprend les droits constitutionnels des citoyens (cf. Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, ch. 621).

2.2. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 62 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
1    Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
2    Zuungunsten einer Partei kann sie die angefochtene Verfügung ändern, soweit diese Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des Sachverhaltes beruht; wegen Unangemessenheit darf die angefochtene Verfügung nicht zuungunsten einer Partei geändert werden, ausser im Falle der Änderung zugunsten einer Gegenpartei.
3    Beabsichtigt die Beschwerdeinstanz, die angefochtene Verfügung zuungunsten einer Partei zu ändern, so bringt sie der Partei diese Absicht zur Kenntnis und räumt ihr Gelegenheit zur Gegenäusserung ein.
4    Die Begründung der Begehren bindet die Beschwerdeinstanz in keinem Falle.
PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c ; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2 ; Kölz/Häner, op. cit., ch. 677).

2.3. La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle le Tribunal définit les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'il ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a). Le devoir de collaborer des parties concerne en particulier le recourant qui adresse un recours au Tribunal dans son propre intérêt. Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (art. 52
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 - 1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA ; cf. ATF 119 II 70 consid. 1 ; Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 292 ss ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7663/2010 et A-7699/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7027/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7020/2010 du 27 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées). Un devoir de collaborer concerne aussi le recourant en ce qui concerne les faits qu'il est mieux à même de connaître, parce qu'ils ont trait spécifiquement à sa situation personnelle, qui s'écarte de l'ordinaire (cf. Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 294 s. ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_573/2007 du 23 janvier 2008 consid. 2.3 et les références citées).

Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure et de les corriger ou compléter le cas échéant (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-535/2011 du 28 juin 2011 consid. 2.3 et les références citées ; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 1.52).

3.

3.1. La Confédération perçoit un impôt anticipé de 35 % (art. 13 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 13 - 1 Die Steuer beträgt:
1    Die Steuer beträgt:
a  auf Kapitalerträgen und auf Gewinnen aus Geldspielen, die nicht nach Artikel 24 Buchstaben i-iter DBG57 steuerfrei sind, sowie aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nicht nach Artikel 24 Buchstabe j DBG steuerfrei sind: 35 Prozent der steuerbaren Leistung;
b  auf Leibrenten und Pensionen: 15 Prozent der steuerbaren Leistung;
c  auf sonstigen Versicherungsleistungen: 8 Prozent der steuerbaren Leistung.
2    Der Bundesrat kann den in Absatz 1 Buchstabe a festgesetzten Steuersatz auf ein Jahresende auf 30 Prozent herabsetzen, wenn es die Entwicklung der Währungslage oder des Kapitalmarktes erfordert.58
lettre a LIA) sur les revenus de capitaux mobiliers (art. 1 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 1 - 1 Der Bund erhebt eine Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens, auf Gewinnen aus Geldspielen im Sinne des Geldspielgesetzes vom 29. September 20175 (BGS), auf Gewinnen aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, und auf Versicherungsleistungen; wo es das Gesetz vorsieht, tritt anstelle der Steuerentrichtung die Meldung der steuerbaren Leistung.6
1    Der Bund erhebt eine Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens, auf Gewinnen aus Geldspielen im Sinne des Geldspielgesetzes vom 29. September 20175 (BGS), auf Gewinnen aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, und auf Versicherungsleistungen; wo es das Gesetz vorsieht, tritt anstelle der Steuerentrichtung die Meldung der steuerbaren Leistung.6
2    Die Verrechnungssteuer wird dem Empfänger der um die Steuer gekürzten Leistung nach Massgabe dieses Gesetzes vom Bund oder vom Kanton zu Lasten des Bundes zurückerstattet.
LIA). L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable, qui doit effectuer celle-ci après en avoir déduit l'impôt anticipé (art. 10 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 10 - 1 Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung.
1    Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung.
2    Bei kollektiven Kapitalanlagen gemäss KAG47 sind die Fondsleitung, die Investmentgesellschaft mit variablem Kapital, die Investmentgesellschaft mit festem Kapital und die Kommanditgesellschaft steuerpflichtig. Haben eine Mehrheit der unbeschränkt haftenden Gesellschafter einer Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen ihren Wohnsitz im Ausland oder handelt es sich bei den unbeschränkt haftenden Gesellschaftern um juristische Personen, an denen eine Mehrheit von Personen mit Wohnsitz oder Sitz im Ausland beteiligt sind, haftet die Depotbank der Kommanditgesellschaft solidarisch für die Steuer auf den ausbezahlten Erträgen.48
en relation avec l'art. 14 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 14 - 1 Die steuerbare Leistung ist bei der Auszahlung, Überweisung, Gutschrift oder Verrechnung ohne Rücksicht auf die Person des Gläubigers um den Steuerbetrag zu kürzen. Vereinbarungen, die dieser Verpflichtung widersprechen, sind nichtig.
1    Die steuerbare Leistung ist bei der Auszahlung, Überweisung, Gutschrift oder Verrechnung ohne Rücksicht auf die Person des Gläubigers um den Steuerbetrag zu kürzen. Vereinbarungen, die dieser Verpflichtung widersprechen, sind nichtig.
2    Der Steuerpflichtige hat dem Empfänger der steuerbaren Leistung die zur Geltendmachung des Rückerstattungsanspruchs notwendigen Angaben zu machen und auf Verlangen hierüber eine Bescheinigung auszustellen.
LIA).

3.2. D'après l'art. 4 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 4 - 1 Gegenstand der Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens sind die Zinsen, Renten, Gewinnanteile und sonstigen Erträge:
1    Gegenstand der Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens sind die Zinsen, Renten, Gewinnanteile und sonstigen Erträge:
a  der von einem Inländer ausgegebenen Obligationen, Serienschuldbriefe, Seriengülten und Schuldbuchguthaben;
b  der von einem Inländer ausgegebenen Aktien, Stammanteile an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteile, Beteiligungsscheine von Genossenschaftsbanken, Partizipationsscheine und Genussscheine;
c  der von einem Inländer oder von einem Ausländer in Verbindung mit einem Inländer ausgegebenen Anteile an einer kollektiven Kapitalanlage gemäss Kollektivanlagengesetz vom 23. Juni 200612 (KAG);
d  der Kundenguthaben bei inländischen Banken und Sparkassen.
2    Die Verlegung des Sitzes einer Aktiengesellschaft, Gesellschaft mit beschränkter Haftung oder Genossenschaft ins Ausland steht steuerlich der Liquidation der Gesellschaft oder Genossenschaft gleich; diese Bestimmung findet auf kollektive Kapitalanlagen gemäss KAG sinngemässe Anwendung.13
lettre b LIA, l'impôt a notamment pour objet les participations aux bénéfices et tous autres rendements des actions. Aux termes de l'art. 20 al. 1
SR 642.211 Verordnung vom 19. Dezember 1966 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuerverordnung, VStV) - Verrechnungssteuerverordnung
VStV Art. 20 - 1 Steuerbarer Ertrag von Aktien, Stammanteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung und Genossenschaftsanteilen ist jede geldwerte Leistung der Gesellschaft oder Genossenschaft an die Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte oder an ihnen nahestehende Dritte, die sich nicht als Rückzahlung der im Zeitpunkt der Leistung bestehenden Anteile am einbezahlten Grund- oder Stammkapital darstellt (Dividenden, Boni, Gratisaktien, Gratis-Partizipationsscheine, Liquidationsüberschüsse und dergleichen).25
1    Steuerbarer Ertrag von Aktien, Stammanteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung und Genossenschaftsanteilen ist jede geldwerte Leistung der Gesellschaft oder Genossenschaft an die Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte oder an ihnen nahestehende Dritte, die sich nicht als Rückzahlung der im Zeitpunkt der Leistung bestehenden Anteile am einbezahlten Grund- oder Stammkapital darstellt (Dividenden, Boni, Gratisaktien, Gratis-Partizipationsscheine, Liquidationsüberschüsse und dergleichen).25
2    Steuerbarer Ertrag von Partizipations-, Genuss- und Beteiligungsscheinen ist jede geldwerte Leistung an den Inhaber des Partizipations-, Genuss- oder Beteiligungsscheins; die Rückzahlung des Nennwertes von unentgeltlich ausgegebenen Partizipationsscheinen oder Beteiligungsscheinen bildet nicht Bestandteil des steuerbaren Ertrags, wenn die Gesellschaft oder die Genossenschaftsbank nachweist, dass sie die Verrechnungssteuer auf dem Nennwert bei der Ausgabe der Titel entrichtet hat.26
3    ...27
de l'ordonnance d'exécution du 19 novembre 1966 de la loi fédérale sur l'impôt anticipé (OIA, RS 642.211), est un rendement imposable d'actions toute prestation appréciable en argent faite par la société aux possesseurs de droits de participation, ou à des tiers les touchant de près, qui ne se présente pas comme remboursement des parts au capital social versé existant au moment où la prestation est effectuée (dividendes, bonis, actions gratuites, bons de participation gratuits, ou encore d'excédents de liquidation, etc.). Selon une pratique constante, toute attribution aux actionnaires, dont la cause juridique se trouve dans le rapport de participation, constitue une prestation appréciable en argent. L'impôt anticipé est dû sur ces prestations dans la mesure où elles ne seraient pas faites à des tiers dans les mêmes circonstances. Il en va de même des attributions faites à des tiers proches des détenteurs des droits sociaux, dans le sens où il existe entre eux des relations économiques ou personnelles qui, d'après l'ensemble des circonstances, doivent être vues comme la cause véritable des prestations qu'il s'agit d'imposer (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.204/1997 du 26 mai 1999 publié in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2000 II p. 52, Archives de droit fiscal suisse [Archives] 68 p. 746 consid. 2a). L'art. 4 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 4 - 1 Gegenstand der Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens sind die Zinsen, Renten, Gewinnanteile und sonstigen Erträge:
1    Gegenstand der Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens sind die Zinsen, Renten, Gewinnanteile und sonstigen Erträge:
a  der von einem Inländer ausgegebenen Obligationen, Serienschuldbriefe, Seriengülten und Schuldbuchguthaben;
b  der von einem Inländer ausgegebenen Aktien, Stammanteile an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteile, Beteiligungsscheine von Genossenschaftsbanken, Partizipationsscheine und Genussscheine;
c  der von einem Inländer oder von einem Ausländer in Verbindung mit einem Inländer ausgegebenen Anteile an einer kollektiven Kapitalanlage gemäss Kollektivanlagengesetz vom 23. Juni 200612 (KAG);
d  der Kundenguthaben bei inländischen Banken und Sparkassen.
2    Die Verlegung des Sitzes einer Aktiengesellschaft, Gesellschaft mit beschränkter Haftung oder Genossenschaft ins Ausland steht steuerlich der Liquidation der Gesellschaft oder Genossenschaft gleich; diese Bestimmung findet auf kollektive Kapitalanlagen gemäss KAG sinngemässe Anwendung.13
lettre b LIA est de manière très générale une norme fiscale se rattachant à des notions économiques et doit ainsi être interprété en tenant compte des aspects économiques. En conséquence, les autorités fiscales ne sont pas strictement liées par les aspects de droit privé ; au contraire, elles doivent apprécier l'état de fait selon sa portée économique (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.537/2005 du 21 décembre 2006 consid. 2.1, 2A.355/2004 du 20 juin 2005 consid. 2.1, 2A.249/2003 du 14 mai 2004 consid. 3.1, 2A.194/1993 du 15 décembre 1994 publié in : Archives 64 p. 493, cité d'après RDAF 1996 p. 423 consid. 2c ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6523/2007 du 4 avril 2011 consid. 2.1, A-674/2008 du 9 septembre 2010 consid. 2, A-5927/2007 du 3 septembre 2010 consid. 2.1).

Selon la jurisprudence, il y a prestation appréciable en argent lorsque : (a) la société ne reçoit aucune contre-prestation ou pas de contre-prestation équivalente ; (b) le bénéficiaire acquiert directement ou indirectement (par exemple par l'intermédiaire d'une personne ou d'une entreprise qui lui est proche) un avantage qui n'aurait pas été accordé à un tiers dans les mêmes conditions, ce qui rend la prestation insolite ; enfin (c) lorsque le caractère de cette prestation était reconnaissable pour les organes de la société (cf. ATF 131 II 593 consid. 5, 119 Ib 431 consid. 2b p. 435 ; 115 Ib 274 consid. 9b p. 279 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.1, 2C_18/2011 du 31 mai 2011 consid. 5.1, 2C_895/2010 du 27 mai 2011 consid. 2.1, 2C_265/2009 du 1er septembre 2009 consid. 2.1, 2C_421/2009 du 11 janvier 2009 consid. 3.1 et 2A.355/2004 du 20 juin 2005 consid. 2.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6523/2007 du 4 avril 2011 consid. 2.2, A-1594/2006 du 4 octobre 2010 consid 3.4, A-5927/2007 du 3 septembre 2010 consid. 2.2 et les références citées).

Les opérations entre les sociétés d'un groupe doivent intervenir comme si elles étaient effectuées avec des tiers dans un environnement de libre concurrence (principe du « dealing at arm's length »). Cela vaut tant pour le choix des formes juridiques que pour la fixation des montants (cf. ATF 131 I 722 consid. 4.1 p. 727, 119 Ib 116 consid. 2 p. 119 ; arrêts du Tribunal fédéral 2A.346/1992 du 9 mai 1995 publié in : Archives 65 p. 51/57 et in : Der Steuerentscheid [StE] 1995 B 72.11 no 3 consid. 3b). Les sociétés contribuables sont du reste liées par les actes juridiques qu'elles concluent ainsi que par leur comptabilité. En particulier, les transactions internationales entre sociétés du même groupe doivent correspondre à ce qui se ferait entre tiers. Même s'il n'est pas toujours facile de déterminer les prix de transfert pour ces opérations au sein d'un groupe, ceux-ci ne peuvent être fixés de manière à déplacer un bénéfice d'un Etat dans un autre ou à égaliser les résultats des sociétés (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.1, 2C_788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.1 et 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2).

Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, sous certaines conditions, l'autorité peut s'en tenir à la réalité économique et admettre en particulier l'existence d'un seul contribuable en présence de plusieurs entités juridiquement distinctes (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_742/2008 du 11 février 2009 consid. 5.5). Le Tribunal fédéral n'admet ce mode de faire que si la forme juridique à laquelle a recouru le contribuable est insolite, inadéquate ou anormale, qu'elle n'a été choisie qu'aux fins d'éluder l'impôt et qu'elle conduirait effectivement à une économie d'impôt. En d'autres termes, il faut que l'on se trouve en présence d'un cas d'évasion fiscale (cf. ATF 102 Ib 151 consid. 3a p. 154/155; cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.4.1 et 2P.92/2005 du 30 janvier 2006 consid. 7.2).

3.3. Conformément aux règles générales sur le fardeau de la preuve, la preuve que la prestation constitue une charge qui incombe à la société contribuable. En vertu de l'art. 39 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 39 - 1 Der Steuerpflichtige hat der ESTV über alle Tatsachen, die für die Steuerpflicht oder für die Steuerbemessung von Bedeutung sein können, nach bestem Wissen und Gewissen Auskunft zu erteilen; er hat insbesondere:
1    Der Steuerpflichtige hat der ESTV über alle Tatsachen, die für die Steuerpflicht oder für die Steuerbemessung von Bedeutung sein können, nach bestem Wissen und Gewissen Auskunft zu erteilen; er hat insbesondere:
a  Steuerabrechnungen, Steuererklärungen und Fragebogen vollständig und genau auszufüllen;
b  seine Geschäftsbücher ordnungsgemäss zu führen und sie, die Belege und andere Urkunden auf Verlangen beizubringen.
2    Die Bestreitung der Pflicht, die Verrechnungssteuer zu entrichten oder eine an ihre Stelle tretende Meldung zu erstatten, entbindet nicht von der Auskunftspflicht.
3    Wird die Auskunftspflicht bestritten, so trifft die ESTV eine Verfügung.94
LIA, celle-ci a l'obligation de renseigner en conscience l'Administration fédérale des contributions sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour déterminer l'assujettissement ou les bases de calcul de l'impôt ; elle doit en particulier tenir ses livres avec soin et les produire, à la requête de l'autorité, avec les pièces justificatives et autres documents. Certes, il ne saurait être question que les autorités fiscales se prononcent sur l'opportunité de tel poste de charges, en substituant leur propre appréciation à celle de la direction de l'entreprise. Néanmoins, la société contribuable doit prouver que les prestations en question sont justifiées par l'usage commercial, afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seuls des motifs commerciaux, et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation, ont conduit à la prestation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_18/2011 du 31 mai 2011 consid. 5.2 ; 2C_76/2009 du 23 juillet 2009 consid. 2.2 publié in : Revue fiscale 64/2009 p. 834, 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.1 publié in : RDAF 2009 II 560 et les références citées ; cf. également ATF 119 Ib 431 consid. 2c p. 435). Celui qui effectue un paiement qui n'est pas comptabilisé ni justifié par pièces doit supporter les conséquences de l'absence de preuve, à savoir que ledit paiement sera considéré comme une prestation appréciable en argent (cf. ATF 119 Ib 431 consid. 2c ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_557/2010 du 4 novembre 2010 consid. 2.3, 2C_502/2008 du 18 décembre 2008 consid. 3.3 publié in : Revue fiscale 64/2009 p. 588, 2A.72/2006 du 9 juin 2006 consid. 2.2, 2A.342/2005 du 9 mai 2006 consid. 2.3, 2A.237/2000 du 6 septembre 2000 in : Rivista di diritto amministrativo e tributario ticinese [RDAT] 2001 I p. 421 consid. 3c).

Des exigences particulièrement sévères doivent être posées lorsque des relations juridiques internationales sont en cause, car, dans ce cas, les rapports avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités locales (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.523/1997 du 29 janvier 1999 publié in : Archives 68 p. 246 consid. 3c ; cf. également Archives 65 p. 401 consid. 2b i.f. ; voir aussi arrêts du Tribunal fédéral 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2 et 2e partie du consid. 3.5 sous « Impôts communal et cantonal » et 2C_377/2009 du 9 septembre 2009 consid. 2.3 en matière d'impôt anticipé). S'agissant de paiements opérés à l'étranger, il s'agit non seulement de désigner le nom du destinataire, mais également de démontrer l'ensemble des circonstances qui ont conduit à cette attribution. Doivent être produits les contrats relatifs aux affaires visées ainsi que les éventuelles conventions écrites avec le destinataire du paiement, de même que l'intégralité de la correspondance avec celui-ci et, le cas échéant, les banques impliquées (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_377/2009 du 9 septembre 2009 consid. 2.3 publié in : Revue fiscale 64/2009 p. 588, 2A.523/1997 du 29 janvier 1999 publié in : Archives 68 p. 246 consid. 3c ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6523/2007 du 4 avril 2011 consid. 2.3, A-1594/2006 du 4 octobre 2010 consid. 3.5.3 et A-2605/2008 du 29 avril 2010 consid. 2.6.1).

4.
En l'occurrence, selon la décision entreprise, la créance fiscale de l'AFC qui s'élève à Fr. 2'396'399.-- est composée de trois éléments, à savoir :

a) Fr. 1'342'702.-- d'impôt anticipé, calculé sur deux tiers des factures payées par X._______ à X.A._______ durant les années 2000 à 2002 ;

b) Fr. 542'045.-- d'impôt anticipé, calculé sur 80% des frais de location de l'avion Pilatus PC 12 affrété par la société durant les années 2000 à 2002 ;

c) Fr. 4'962'109.-- d'impôt anticipé, calculé sur le bénéfice net de X.B._______, réalisé par cette dernière société durant les années 2000 à 2002.

Il s'agit de déterminer si les reprises ci-dessus constituent des prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé comme l'a décidé l'AFC dans sa décision du 5 décembre 2008 entreprise (consid. 5 ci-après).

5.

5.1. S'agissant tout d'abord du montant d'impôt anticipé de Fr. 1'342'702.--, calculé sur les factures payées par la recourante à X.A._______ durant les années 2000 à 2002, il n'est pas contesté qu'une partie des versements effectués par la recourante n'apparaît pas dans les comptes de X.A._______. Or, un paiement qui n'apparaît pas dans les comptes du créancier ne saurait être déduit à titre de charges auprès de son débiteur, ledit paiement étant ainsi considéré comme une prestation appréciable en argent. Il n'est pas non plus litigieux dans le cas d'espèce que certains versements opérés par la société ont été crédités sur des comptes bancaires n'appartenant pas à X.A._______, mais à son actionnaire. De tels versements sont ainsi sans autre qualifiés de prestations appréciables en argent.

Comme l'indique l'autorité intimée à juste titre dans la décision entreprise et dans sa réponse du 11 juin 2009, l'AFC n'a pas prétendu que les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le groupe appartenaient à la recourante. La propriété de ces droits, qui n'est pas contestée, est sans importance pour savoir si les versements effectués par la recourante sur la base des factures établies par X.A._______ sont considérés comme des prestations appréciables en argent soumises à l'impôt anticipé. En effet, ce qui est déterminant ici c'est le fait que les versements litigieux n'apparaissent pas dans les comptes de X.A._______ et que la recourante n'a pas réussi à démontrer à satisfaction l'ensemble des circonstances des transactions commerciales, ni d'ailleurs les raisons de l'attribution des versements à une autre personne que X.A._______, sa créancière (cf. consid. 3.3 ci-avant). Dans ces conditions, les arguments de la recourante, qui prétend que les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le groupe X.X._______ appartenaient à X.A._______, sont sans pertinence.

Par ailleurs, dans son arrêt 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011, le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de ***, qui avait retenu que les factures émanant de la société *** avaient été établies a posteriori et que les deux tiers des sommes versées se rapportaient à des fausses factures et avaient été versés sur des comptes bancaires dont le seul ayant droit économique était Y.A._______. Il a considéré que sur la base de ces éléments, on ne voyait « manifestement pas qu'en considérant que les deux tiers des montants figurant au compte no +++ n'étaient pas justifiés commercialement et devaient être intégrés au bénéfice imposable, les juges cantonaux auraient violé le droit fédéral » (arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.2).

La recourante fait également valoir que compte tenu des risques de dévaluation de la monnaie ***, X.A._______ ne pouvait considérer faire virer les produits de son activité sur des comptes bancaires en ***. En outre, les comptes bancaires auraient dû être ouverts en Suisse par les époux Y._______, en leur nom, mais pour le compte de la X.A._______, car les établissements bancaires avec lesquels traitaient les sociétés du groupe X.X._______ n'auraient pas accepté qu'une société *** ouvre des comptes dans leurs livres. La recourante ne prétend toutefois pas qu'il était impossible à X.A._______ d'ouvrir un compte en devises en Suisse ou dans un autre pays. Par ailleurs, les pièces que fournit la recourante pour prouver ces dires n'indiquent nullement que les établissements bancaires contactés auraient refusé d'ouvrir un compte bancaire au nom de X.A._______. Dans ces conditions, l'estimation des charges de sous-traitance non admises effectuée par l'AFC n'est guère sujette à critique (au sujet de la taxation par estimation en matière d'impôt anticipé, cf. l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6000/2008 du 13 juillet 2010 consid. 3 et les références citées). Les arguments de la recourante doivent ainsi être rejetés et les reprises effectuées par l'AFC dans sa décision sur réclamation du 5 décembre 2008, à laquelle il peut être renvoyé (cf. également les faits lettre H.a ci-avant), sont confirmées.

5.2. En ce qui concerne les frais d'avions privés, dont l'AFC a considérés que le 80% correspondait à des frais privés, non justifiés par l'usage commercial, la recourante se contente d'opposer son propre point de vue sans apporter aucune preuve sérieuse. Le contenu des articles de journal et de revue - relatant les exploits sportifs d'Y.A._______ respectivement sa tentative avortée d'apporter une aide médicale en *** - qu'elle produits tend plutôt à démontrer le caractère privé de l'utilisation de l'avion que son usage commercial. Le Tribunal fédéral a au demeurant également considéré que les frais d'avion précités « doivent à l'évidence être réintégrés dans le bénéfice imposable de la société » (cf. arrêt 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.3).

Dans ces conditions, l'estimation que l'AFC a effectuée n'est guère sujette à critique (au sujet de la taxation par estimation en matière d'impôt anticipé, cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6000/2008 du 13 juillet 2010 consid. 3 et les références citées). Les griefs de la recourante doivent par conséquent être rejetés et les reprises effectuées par l'AFC - qui les a dûment justifiées dans la décision entreprise et à laquelle il est renvoyé (cf. également les faits lettre H.b ci-avant) - sont confirmées.

5.3. Quant au chiffre d'affaires réalisé par X.B._______ et intégré dans le bénéfice de la recourante, cette dernière se borne à affirmer que celui-ci ne lui est pas attribuable. L'expertise au sujet de la marge revenant à un distributeur qu'elle produit ne lui est d'aucun secours. En matière d'impôts directs sur le bénéfice et le capital et également en matière d'impôt anticipé, le droit fiscal suisse ne connaît pas de régime spécial pour les groupes de sociétés. Les opérations entre les sociétés d'un groupe doivent intervenir comme si elles étaient effectuées avec des tiers dans un environnement de libre concurrence (principe du « dealing at arm's length »). Cela vaut tant pour le choix des formes juridiques que pour la fixation des montants (cf. consid. 3.2 ci-avant).

En l'occurrence, selon le rapport de la Division d'enquêtes spéciales de l'AFC du 21 septembre 2006, X.B._______ a servi dès sa création à faire écran entre la recourante et ses clients et à soustraire à l'impôt des éléments qui auraient dû être imposés auprès de la recourante. Son activité effective n'a jamais été déployée au ***, mais en Suisse, depuis les locaux de la recourante. Les seuls frais payés par X.B._______ pour des prestations au *** concernaient sa domiciliation. Cette société ne payait pas de salaires, de commissions ou de loyers au ***. Les comptabilités de X.B._______ et de la recourante étaient établies par le même bureau fiduciaire à *** et l'organe de révision était le même pour les deux sociétés. Le personnel travaillant en Suisse pour la recourante s'occupait indifféremment des deux sociétés sans aucune prise en charge de frais de personnel correspondant par X.B._______. La correspondance destinée à cette dernière société était adressée à la recourante. Selon le rapport précité, la structure mise en place était non seulement insolite, mais également inadaptée aux données économiques.

La recourante ne conteste pas ces éléments.

Le Tribunal fédéral a également jugé que sur la base des indices relevés par le Tribunal cantonal du canton de ***, on ne pouvait reprocher à cette autorité d'avoir confirmé que, sur le plan fiscal, X.B._______ et la recourante pouvaient être considérées comme une seule entité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 et 2C_796/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.4).

Dans ces conditions, les reprises effectuées à ce titre par l'AFC dans sa décision sur réclamation du 5 décembre 2008, à laquelle il peut être renvoyé (cf. les faits lettre H.c ci-avant), sont confirmées.

5.4. Compte tenu de ce qui précède, les griefs de la recourante doivent être rejetés et les reprises effectuées par l'autorité inférieure confirmées.

6.
Demeure la question de la mainlevée de l'opposition au commandement de payer n° *** de l'Office des poursuites de *** notifié à la recourante le 16 mars 2007.

6.1. L'AFC doit, dans le dispositif de sa décision, prononcer la levée de l'opposition, en précisant le montant sur lequel elle porte et en se référant à une poursuite en cours. Lorsque l'opposition est écartée sans indication plus précise quant au montant, elle est levée à concurrence de la créance totale pour laquelle la poursuite a été requise (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1898/2009 du 26 août 2010 consid. 8.2 et A-831/2007 du 22 avril 2010 consid. 6.1 et les références citées).

6.2. En l'occurrence, le commandement de payer notifié à la recourante porte sur Fr. 2'396'399.60, plus intérêts à 5% dès le 1er mars 2007 et Fr. 577'592.90, ainsi que les frais du commandement de payer par Fr. 410.-- plus encaissement de Fr. 500.--. Dans sa décision prise le 11 décembre 2007, l'AFC a fixé le montant dû par la recourante à Fr. 2'396'399.60, plus intérêt moratoire de 5% dès l'échéance du montant précité ainsi que les frais de poursuite par Fr. 410.--. Elle a également levé l'opposition formée par la recourante au commandement de payer. Dans sa décision sur réclamation du 5 décembre 2008, l'autorité intimée a rejeté la réclamation formée par la recourante et confirmé que celle-ci lui devait Fr. 2'396'399.-- d'impôt anticipé ainsi que les frais de Fr. 410.-- de la poursuite n° *** de l'Office des poursuites de ***. Elle a fixé les dates d'échéances de l'intérêt moratoire de 5% au 30 novembre 2000 pour le montant de Fr. 328'221.--, au 1er février 2001 pour le montant de Fr. 1'048'025.-- et au 1er février 2002 pour le montant de Fr. 1'020'153.--. Elle n'a rien précisé s'agissant de la levée de l'opposition au commandement de payer.

6.3. Compte tenu de ce qui précède et afin d'éviter tout malentendu, il est précisé que l'opposition au commandement de payer n° *** de l'Office des poursuites de *** est levée en ce qui concerne la totalité des montants en poursuite.

7.
Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours dans la mesure où celui-ci est recevable (cf. consid. 1.3). Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, d'un montant de Fr. 23'500.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe, en application de l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA et des art. 1 ss
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 1 Verfahrenskosten - 1 Die Kosten der Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (Gericht) setzen sich zusammen aus der Gerichtsgebühr und den Auslagen.
1    Die Kosten der Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (Gericht) setzen sich zusammen aus der Gerichtsgebühr und den Auslagen.
2    Mit der Gerichtsgebühr sind die Kosten für das Kopieren von Rechtsschriften und der für Dienstleistungen normalerweise anfallende Verwaltungsaufwand wie Personal-, Raum- und Materialkosten sowie Post-, Telefon- und Telefaxspesen abgegolten.
3    Auslagen sind insbesondere die Kosten für Übersetzungen und für die Beweiserhebung. Die Kosten für Übersetzungen werden nicht verrechnet, wenn es sich um Übersetzungen zwischen Amtssprachen handelt.
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée (art. 64 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF a contrario).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le dispositif de la décision sur réclamation du 5 décembre 2008 est complété dans ce sens que l'opposition au commandement de payer n° *** de l'Office des poursuites de *** est levée en ce qui concerne la totalité des montants en poursuite.

2.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 23'500.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 23'500.--.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)

L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.

Le président du collège : La greffière :

Daniel de Vries Reilingh Celia Clerc

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
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SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF).

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