Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C 1173/2012

Urteil vom 28. Juni 2013

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Stadelmann, Kneubühler,
Gerichtsschreiber Wyssmann.

Verfahrensbeteiligte
X.________ AG,
Beschwerdeführerin,
vertreten durch Fürsprecherin Sirkka Messerli,

gegen

Steuerverwaltung des Kantons Bern, Brünnenstrasse 66, 3018 Bern.

Gegenstand
Kantons- und Gemeindesteuern; Nachsteuern 1999,

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 19. Oktober 2012.

Sachverhalt:

A.
Die X.________ AG bezweckt den Betrieb eines Büros für Architektur, Ingenieurwesen, usw. In den Jahren 1997 und 1998 übte die Gesellschaft nur in bescheidenem Umfang eine betriebliche Tätigkeit aus. Per 1. Januar 1999 erwarb sie verschiedene Aktiven des Ingenieurbüros von A.________, darunter auch die Beteiligung an der R.________ Ltd. mit Sitz in Bermuda, in deren Besitz sich das ausschliesslich oder hauptsächlich durch A.________ pilotierte Flugzeug Cessna Citation 500 befand.

B.
Am 23. Juli 2002 fanden bei der X.________ AG, A.________ und weiteren Personen Hausdurchsuchungen statt, die vom Untersuchungsrichter I in Biel wegen Verdachts auf Pfändungsbetrug, Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung, ungetreue Geschäftsbesorgung und Steuerbetrug angeordnet worden waren. Die dabei beschlagnahmten Akten wurden der Steuerverwaltung des Kantons Bern übergeben zur Prüfung, ob allenfalls Steuerdelikte begangen worden seien. Mit Schreiben vom 15. November 2004 leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren u.a. gegen die X.________ AG ein.

C.
Am 9. Januar 2009 erliess die Steuerverwaltung des Kantons Bern eine Nachsteuerverfügung sowohl für die direkten Bundessteuern als auch die Kantons- und Gemeindesteuern der Jahre 1997 bis 1999. Sie hielt darin fest, die Buchhaltung der X.________ AG sei nicht ordnungsgemäss geführt und sie gehe davon aus, die Gesellschaft habe im Geschäftsjahr 1999 nicht alle Umsätze aus dem Taxiflugbetrieb verbucht. Die nicht verbuchten Umsätze seien unter Zuhilfenahme von zusätzlichen Unterlagen schätzungsweise ermittelt worden. Zudem seien A.________ geldwerte Leistungen zugekommen und der Gesellschaft private Aufwendungen belastet worden, was nachträglich habe korrigiert werden müssen. Dementsprechend rechnete sie der X.________ AG in der Steuerperiode 1999 zusätzliche Einnahmen aus dem Flugbetrieb von Fr. 576'998.80 und in den Steuerperioden 1997 bis 1999 geldwerte Leistungen von Fr. 55'000.-- (1997), Fr. 28'000.-- (1998) und 23'757.-- (1999) sowie Privataufwand von Fr. 42'400.-- (1999) auf. Mit Einspracheentscheid vom 24. März 2009 bestätigte die Steuerverwaltung des Kantons Bern diese Nachsteuerveranlagungen.

D.
Die X.________ AG gelangte mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese hiess mit Urteil vom 14. Dezember 2010 den Rekurs hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern 1997 und 1998 gut, weil die Frist zur Einleitung des Nachsteuerverfahrens abgelaufen war, und hob die Nachsteuerveranlagungen ersatzlos auf. Hinsichtlich der direkten Bundessteuer 1997-1999 und der Staats- und Gemeindesteuern 1999 wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern Beschwerde und Rekurs ab.

Gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission betreffend die direkten Bundessteuern 1997-1999 führte die Steuerpflichtige Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Dieses wies mit Urteil 2C 136/2011 vom 30. April 2012 die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.

Hinsichtlich der kantonalen Steuern reichten sowohl die Steuerpflichtige wie auch die kantonale Steuerverwaltung Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern ein. Dieses wies mit Urteil vom 19. Oktober 2012 beide Beschwerden ab.

E.
Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 19. Oktober 2012 führt die X.________ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des Urteils soweit das Steuerjahr 1999 betreffend sowie eine entsprechende Anpassung der Kostenverlegung.

Die Vorinstanz, die Steuerverwaltung des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen allesamt die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:

1.

1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid eines oberen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
und Abs. 2 sowie Art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
BGG). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid beschwert und zu dessen Anfechtung befugt (Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
BGG). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.

1.2. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG). Allerdings prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
und 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Bezüglich der Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gilt eine qualifizierte Rügepflicht: Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG; BGE 135 III 397 E. 1.4 S. 400; 134 V 138 E. 2.1; 134 II 244 E. 2.2 S. 246).

1.3. Nach Art. 105
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG beruht (Abs. 2). Das Bundesgericht stellt diesbezüglich strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde. Namentlich genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind (BGE 137 V 57 E. 1.3). Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3).

2.

2.1. Die vorliegend streitige Nachsteuer betrifft die Staats- und Gemeindesteuern der Periode 1999. Diese fällt in die achtjährige Frist, die den Kantonen gemäss Art. 72 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
des Steuerharmonisierungsgesetzes (StHG) zur Anpassung ihrer Steuergesetze an dieses Gesetz offen stand. Das Steuerharmonisierungsgesetz findet daher im vorliegenden Fall noch keine Anwendung. Das gilt selbst dann, wenn der Kanton sein Steuergesetz bereits harmonisiert hat (BGE 123 II 588 E. 2d). Die unrichtige Anwendung von nicht harmonisiertem kantonalem Recht wird - ausserhalb von schweren Grundrechtseingriffen, die vorliegend nicht geltend gemacht werden - nur über das Willkürverbot erfasst (vgl. Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG e contrario sowie BGE 134 I 153 E. 4.2.2 S. 158).

Damit steht im Einklang, dass insoweit der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht gilt, dafür aber die qualifizierte Rügepflicht nach Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4 S. 254 f.; 133 III 393 E. 6 S. 397). Die Beschwerdeführer müssen - über die allgemeine Begründungspflicht hinaus - in Auseinandersetzung mit den Erwägungen der Vorinstanz im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid geradezu unhaltbar sein soll (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; 133 IV 286 E. 1.4 S. 287).

2.2. Nach dem Gesagten sind vorliegend die Auslegung und Anwendung kantonaler Vorschriften nur unter dem eingeschränkten Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte zu prüfen (Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG), wobei namentlich die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts, der Gehörsverletzung sowie des Willkürverbots in Betracht fallen. Eine den oben umschriebenen, strengen Anforderungen genügende Begründung ist in der vorliegenden Beschwerdeschrift kaum zu erkennen. Abgesehen von wenigen unbedeutenden Änderungen ist sie gleich begründet wie diejenige im abgeschlossenen Bundessteuerverfahren (Urteil 2C 136/2011 vom 30. April 2012). Das Bundesgericht hat in jenem Urteil einen Entscheid der Steuerrekurskommission bei freier Prüfung als bundesrechtskonform eingestuft. Da im vorliegenden Verfahren der gleiche Sachverhalt zu beurteilen ist und sich die zur Anwendung gelangenden kantonalen Normen - namentlich Art. 174 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 (StG) resp. Art. 122a des Steuergesetzes vom 29. Oktober 1944 (aStG; vgl. angefochtenes Urteil E. 5.1) - nicht massgeblich von den Bestimmungen des Bundesrechts unterscheiden, ist von vornherein nicht zu erkennen, inwiefern der angefochtene Entscheid
willkürlich sein sollte. Der Vollständigkeit halber kann aber auf Folgendes hingewiesen werden:

3.
Die Vorinstanz hat in E. 5.1 des angefochtenen Urteils festgehalten, die Voraussetzungen für eine Ermessenstaxation seien angesichts der Lückenhaftigkeit der Geschäftsbücher der Beschwerdeführerin gegeben. Die Beschwerdeführerin macht demgegenüber geltend, es dürfe keine Nachbesteuerung erfolgen, wenn der Steuerpflichtige die massgeblichen Bemessungsfaktoren korrekt angegeben habe. Ausserdem obliege es der Steuerverwaltung, das Vorhandensein nicht berücksichtigter, steuerbegründender Tatsachen zu beweisen.

3.1. Das Bundesgericht hat bereits im Urteil 2C 136/2011 vom 30. April 2012 auf die Feststellungen der Steuerrekurskommission Bezug genommen. Diese hatte in ihrem Entscheid vom 14. Dezember 2010 festgehalten, die Geschäftsbücher der Beschwerdeführerin seien im Nachgang zur strafprozessualen Hausdurchsuchung und Aktenbeschlagnahme näher untersucht worden. Dabei habe sich gezeigt, dass die gesamte Buchhaltung der Beschwerdeführerin in den massgeblichen Geschäftsjahren weder in formeller noch in materieller Hinsicht den Anforderungen an eine ordnungsgemäss geführte kaufmännische Buchhaltung genügt habe. Namentlich seien wesentliche Geschäftsvorgänge handelsrechtswidrig nicht erfasst worden. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, inwiefern diese Feststellungen offensichtlich unrichtig sein sollen, zumal sie die festgestellten Mängel in ihrer Buchführung nicht bestreitet und namentlich nicht in Abrede stellt, dass wesentliche Geschäftsvorgänge nicht erfasst worden sind.

Fehlt es an einer formell korrekten Buchführung, entfällt auch die natürliche Vermutung, die dort aufgezeichneten Geschäftsvorfälle und insbes. der buchmässig ausgewiesene Erfolg seien materiell richtig ( Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 11 zu Art. 130), und erweisen sich die dortigen Angaben der Beschwerdeführerin zum steuerbaren Erfolg als untaugliche Grundlage für die Besteuerung.

3.2. Die Vorinstanz hat mit Verweis auf die Erwägungen der Steuerrekurskommission und die Feststellungen der Steuerverwaltung ausführlich dargelegt, aus welchen Gründen die Behauptung der Beschwerdeführerin nicht glaubhaft ist, der Flugbetrieb stehe - mit Ausnahme der aus Flugtaxibetrieb verbuchten Einnahmen - im Zusammenhang mit ihrer Geschäftstätigkeit. Sie führt aus, die kantonalen Behörden hätten namentlich festgehalten, für das Jahr 1999 sei lediglich eine Rechnung für einen Unterakkordanten im Ausland verbucht worden. In den Unterlagen fänden sich keine Hinweise oder Belege, die bestätigen würden, dass die Beschwerdeführerin im Jahr 1999 im Ausland Materiallieferanten besucht habe oder Materialeinkäufe für Projekte getätigt habe. Weder fänden sich Verträge, in denen sie sich zu solchen Leistungen verpflichtet hätte, noch solche, wonach sie für im Jahr 1999 erbrachte Leistungen ein Generalplanerhonorar erhalten habe, das gleichzeitig Flugspesen mit abgegolten hätte. Es sei nicht nachgewiesen, dass Flüge für die Generalplanertätigkeit durchgeführt worden oder ihr sogar Aufwendungen für Flüge über die Honorare mit abgegolten worden seien. Auch fehlten Unterlagen (Ausschreibungen, Aktennotizen, Memos, Sitzungsprotokolle etc.),
die auf eine Akquisitionstätigkeit im Ausland hätten schliessen lassen.

Diese Ausführungen der Vorinstanz erweisen sich in keiner Weise als willkürlich, zumal sie auch dem bundesgerichtlichen Urteil betreffend die direkte Bundessteuer zugrunde lagen.

3.3. Bei dieser Ausgangslage waren - wie das Bundesgericht im Verfahren der Beschwerdeführerin im Urteil 2C 136/2011 vom 30. April 2012 betreffend die direkte Bundessteuer bereits ausgeführt hat - die Voraussetzungen für eine Nachbesteuerung erfüllt: Die Steuerverwaltung durfte ohne weiteres davon ausgehen, dass massgebliche Erträge der Beschwerdeführerin im Jahr 2009 von der Veranlagung nicht erfasst worden waren, weshalb sich eine Nachbesteuerung als erforderlich erwies.

Zugleich war es mangels zuverlässiger Unterlagen nicht möglich, die Steuerfaktoren zuverlässig zu ermitteln, so dass auch die Tatbestandsvoraussetzungen für die Ermessensveranlagung erfüllt waren, die für das Verfahren der Nachbesteuerung gleichermassen gelten. Damit erweist sich der Einwand der Beschwerdeführerin als unbegründet, die Beweislast für steuerbegründende Faktoren treffe den Fiskus und die Vorinstanz hätte nicht unbesehen die "nicht nachvollziehbare Schlussfolgerung" der Steuerrekurskommission übernehmen dürfen: Sind die Voraussetzungen einer Ermessenstaxation gegeben, hat die steuerpflichtige Person nachzuweisen, dass die Schätzung unrichtig ist. Darin liegt keine unzulässige Umkehr der Beweislast, wie die Beschwerdeführerin rügt. Die Ermessensveranlagung ist vielmehr die Folge davon, dass - aus welchen Gründen auch immer - keine oder unvollständige Aufzeichnungen vorliegen oder die ausgewiesenen Ergebnisse mit den tatsächlichen Verhältnissen nicht übereinstimmen und die Steuerverwaltung die Steuer selbst nach pflichtgemässem Ermessen hilfsweise schätzen muss (vgl. Martin Zweifel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2b, 2. Aufl. 2008, N. 15 ff., 33 zu Art. 130
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 130 Exécution - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l'évolution de fortune et le train de vie du contribuable.
DBG; für die Mehrwertsteuer: Urteil 2C 970/
2012 1. April 2013 E. 4.2).

4.
Auch für die materielle Beurteilung der von der Beschwerdeführerin beanstandeten Einschätzung nach Ermessen kann weitgehend auf das Urteil 2C 136/2011 vom 30. April 2012, E. 4, verwiesen werden:

4.1. Eine Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige auch nach bernischem Recht (Art. 122a aStG) nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Dies gilt in analoger Weise für eine ermessensweise vorgenommene Nachsteuerveranlagung. Der Pflichtige kann die Unrichtigkeit nachweisen, indem er Beweismittel beibringt, welche die bisher vorhandene Ungewissheit bezüglich des Sachverhalts beseitigen, oder er kann anhand der beigebrachten Beweismittel dartun, dass die angefochtene Veranlagung offensichtlich übersetzt ist. Offensichtlich unrichtig ist eine Schätzung, die einen wesentlichen Gesichtspunkt übergangen oder falsch gewürdigt hat.

4.2. Der Beschwerdeführerin gelingt es nicht ansatzweise, ernstliche Zweifel an den Sachverhaltsfeststellungen der Steuerbehörden hervorzurufen: Wie bereits im Verfahren 2C 136/2011 beruft sie sich auf die Arbeitsweise ihres Geschäftsführers, welche zu vielen Flügen Anlass gegeben haben soll, doch ändert dies nichts an den oben dargelegten Umständen, dies umso weniger, als sich das Verwaltungsgericht auf den Entscheid der Steuerrekurskommission abstützen konnte, welche ihrerseits die Buchführung der Beschwerdeführerin durch einen (kommissionsinternen) Buchprüfer hat untersuchen lassen. Es kann auf die verbindlichen Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG).

4.3. Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung ihres verfassungsmässigen Gehörsanspruchs: Indem die Steuerrekurskommission ihrem Antrag auf Durchführung eines Augenschein in ihrem Archiv nicht entsprochen habe, sei ihr Recht auf Beweis verletzt worden, denn dort befänden sich Tausende von Plänen, welche ausländische Unterakkordanten für die Einzelfirma X.________ bzw. die Beschwerdeführerin ausgefertigt hätten. Dieser Einwand ist unbegründet: Zum einen beanstandet sie die vorinstanzlichen Feststellungen betreffend das Fehlen von Belegen für die behaupteten, geschäftlichen Auslandsreisen gar nicht, weshalb diese für das Bundesgericht verbindlich sind; zum andern hätte sie derartige Dokumente ohne weiteres als Beweismittel einreichen können (Urkundenbeweis), so dass es abwegig erscheint, von einer Veranlagungs- oder einer Steuerjustizbehörde stattdessen einen Augenschein im eigenen Archiv zu verlangen.

5.
Damit ist die Beschwerde abzuweisen. Die Beschwerdeführerin hat die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 f
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
. BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.

2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.

3.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 28. Juni 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Wyssmann