Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 173/2015

2C 174/2015

{T 0/2}

Arrêt du 22 avril 2016

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Aubry Girardin et Haag.
Greffier : M. Ermotti.

Participants à la procédure
1. A.X.________,
2. B.X.________,
tous les deux représentés par Me Eric Muster, avocat,
recourants,

contre

Administration cantonale des impôts du canton de Vaud,
intimée.

Objet
Impôt cantonal et communal et impôt fédéral direct,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 21 janvier 2015.

Faits :

A.
D'origine roumaine, A.X.________ est domicilié à C.________, dans le canton de Vaud, avec son épouse, B.X.________.

A.a. Le 15 février 1990, A.X.________ a créé la société D.________ SA, qui est inscrite au registre du commerce du canton de Vaud et dont le siège se situe à C.________ (à l'adresse des époux X.________). Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 300'000 fr. Les époux X.________ détiennent la totalité des actions de D.________ SA. Son but, depuis le 22 juin 2006, porte sur les services informatiques dans le domaine de la finance, notamment l'installation de systèmes et la location d'espaces informatiques, services de bureau, conseils, gestion de projets, support et assistance, formation des utilisateurs. Jusqu'au mois de janvier 2013, le conseil d'administration de TI était composé de A.X.________, administrateur président, et de B.X.________, administratrice et secrétaire.
Au début de son activité, D.________ SA n'avait ni employé ni locaux, puis a été installée, en 1995, dans la propriété des époux X.________ et a encaissé son premier chiffre d'affaires. Elle n'a eu des employés qu'à partir de 1998.

A.b. Le 12 mars 1991, A.X.________ a constitué E.________ SA, dont le siège est en Roumanie et dont il détient entre 98 et 99 % du capital-actions.
Selon un contrat du 10 février 1993 liant E.________ SA et D.________ SA, les deux sociétés ont convenu de développer des programmes informatiques pour les milieux financiers et bancaires. Il découle notamment de ce document que D.________ SA détient tous les droits de propriété intellectuelle y afférents et est l'unique propriétaire de ceux-ci.

A.c. A.X.________ a obtenu une licence de pilote en novembre 1997. Le 19 juin 1998, D.________ SA a acquis un avion Piper Dakota qui n'a jamais été porté à l'actif du bilan de la société. Le prix a été réglé au moyen de 50'000 fr. prélevés sur un compte bancaire de D.________ SA, mais qui trouve sa contre-partie au débit du compte-courant de l'actionnaire. Selon A.X.________, le prix de 67'000 fr. mentionné sur le contrat de vente était faux, celui-ci étant en réalité de 40'000 ou 50'000 fr. L'actionnaire a admis qu'à cette période, il n'y avait pas de séparation stricte entre son patrimoine et celui de D.________ SA, son unique but étant de faire fonctionner cette dernière.

A.d. A partir de 1999, A.X.________ a créé de nouvelles sociétés.
Le 8 mars 1999, F.________ AG, dont le siège est à G.________, au Liechtenstein, a été constituée et est représentée par H.________, à G.________. A.X.________ a versé l'intégralité du capital-actions de 50'000 fr. de F.________ AG et est membre de son conseil d'administration avec signature individuelle. En sont aussi membres Q.________ et I.________, domiciliés à G.________, avec signature collective à deux. Le but social de F.________ AG est d'effectuer toutes activités en relation avec des produits informatiques. Selon A.X.________, cette société a été créée dans le but de vendre les produits de E.________ SA à des clients étrangers. Sur le plan fiscal, F.________ AG est soumise à un impôt forfaitaire de 1'000 fr. par an, plus 4 % sur les dividendes distribués. Si A.X.________ a nié que, depuis sa création, la gestion de F.________ AG se soit effectuée à partir des locaux de D.________ SA à C.________, il n'en a pas moins confirmé la présence des fichiers de gestion de F.________ AG dans les disques durs de D.________ SA, précisant qu'il ne s'agissait que de copies.
Le 8 mars 1999 également, il a constitué J.________ AG, dont le siège est à G.________, au Liechtenstein et qui est active dans le domaine de l'aéronautique. A.X.________ ne siège pas au Conseil d'administration, contrairement à Q.________ et I.________. Cette société a acquis l'appareil Piper Dakota qui appartenait à D.________ SA, cette dernière en demeurant toutefois l'exploitante. Si A.X.________ a nié que, depuis sa création, la gestion de J.________ AG se soit effectuée à partir des locaux de D.________ SA à C.________, il n'en a pas moins confirmé la présence des fichiers de gestion de J.________ AG dans les disques durs de D.________ SA, précisant qu'il ne s'agissait que de copies.
Il ressort d'un fax de l'ancien conseil de A.X.________ du 15 février 1999 adressé à un tiers censé constituer F.________ AG et J.________ AG que le travail administratif concernant ces sociétés serait effectué depuis C.________.
Le 12 mai 1999, la Fondation K.________, qui a aussi son siège au Liechtenstein, a été créée pour gérer la fortune de A.X.________ et octroyer des prestations aux bénéficiaires désignés par le conseil de fondation, composé notamment de Q.________ et I.________. La fondation est représentée par H.________ et A.X.________ en est l'ayant droit économique.
Le 31 mai 1999, l'Établissement L.________, dont le siège est à M.________, a été constitué. Son but est le placement et l'administration de sa fortune. A.X.________ en est l'ayant droit économique. Depuis le 9 juin 1999, l'Établissement L.________ détient l'entier du capital-actions de F.________ AG grâce à un prêt consenti par la Fondation K.________. Dans le courant de l'année 2001, A.X.________ a entrepris des démarches tendant à transférer les droits de propriété intellectuelle sur les produits détenus par F.________ AG selon le contrat du 10 février 1993 à l'Établissement L.________, mais ces projets n'ont pas abouti.
Le 25 juin 1999, la société genevoise N.________ SA, dont le but est d'exercer des activités en relation avec l'aéronautique, a été créée. Elle a été dissoute par suite de faillite prononcée le 8 janvier 2014. Selon les déclarations de A.X.________, elle devait acquérir et exploiter l'avion qui appartenait auparavant à D.________ SA et en acquérir un nouveau. Elle a acheté en 1999 un avion de type Pilatus pour un montant de 2'953'315 US$, au moyen d'un prêt de 3'400'000 fr. octroyé par une société de financement et d'un prêt de 1'560'000 fr. consenti par l'Établissement L.________ par le biais de fonds prêtés par la Fondation K.________. Le 15 janvier 2000, N.________ SA a cédé l'exploitation de l'avion à J.________ AG pour le prix de 600'000 fr. par an (720'000 fr. dès 2001).
A une date indéterminée, l'Établissement L.________ a acquis l'entier du capital-actions des sociétés J.________ AG et N.________ SA au moyen de fonds prêtés par la Fondation K.________.

B.
Entre 1995 et 2002, A.X.________ et B.X.________ ont régulièrement déposé leurs déclarations d'impôts. Les périodes fiscales 1995-2000 ont fait l'objet de taxations définitives, alors que la période 2001-2002 est demeurée provisoire.
Le 26 juillet 2003, à la suite d'un contrôle périodique de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) et de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC), une enquête a été autorisée à l'encontre de D.________ SA, A.X.________ et B.X.________, en raison de soupçon fondé de graves infractions fiscales.
La Division d'enquêtes fiscales spéciales de l'AFC (ci-après: la Division d'enquêtes fiscales) a rendu un rapport le 21 septembre 2006 concluant à l'existence de soustractions d'impôts réalisées par le biais notamment de trois procédés. Le premier consistait à intercaler entre D.________ SA et ses clients une société écran, en l'occurrence F.________ AG, afin de traiter les affaires commerciales en-dehors du territoire suisse, alors que l'activité effective de F.________ AG se déployait non pas au Liechtenstein, mais en Suisse auprès de D.________ SA. Le deuxième procédé était lié à des frais de sous-traitance facturés par E.________ SA à D.________ SA et à F.________ AG, alors que les montants facturés n'avaient jamais été encaissés par la société roumaine. Le troisième procédé était lié à l'utilisation d'un aéronef Pilatus, dont les frais, considérés comme commerciaux, étaient facturés par J.________ AG à D.________ SA et à F.________ AG, alors que la plupart de ces frais relevaient d'un usage strictement privé. Les fonds dégagés par les deux premiers procédés ont été versés sur des comptes numériques et sur des comptes dont le titulaire est la Fondation K.________, ce qui a permis à cette dernière de détenir et de financer
l'Établissement L.________, qui a financé à son tour F.________ AG, J.________ AG et N.________ SA. Ces entités, au bénéfice d'un statut fiscal privilégié, ont acquitté un impôt dérisoire sur le revenu et la fortune, alors même que A.X.________, qui apparaît comme le seul et unique bénéficiaire économique, n'a jamais acquitté d'impôt sur ces éléments.

C.
Le 11 octobre 2007, l'Administration cantonale a adressé à A.X.________ et à B.X.________ une décision de rappel d'impôts et de taxation définitive, ainsi qu'un prononcé d'amendes concernant l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) pour les périodes fiscales 1999 à 2002 et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) pour les périodes fiscales 1995 à 2002. Au total, le complément d'impôts pour l'ICC se rapportant aux périodes 1999 à 2002 s'élevait à 1'886'880 fr., alors que les amendes relatives à l'ICC se montaient au total à 2'034'700 fr. En matière d'IFD, le complément d'impôt à payer pour les périodes 1995-2002 totalisait 1'268'300 fr. 65 et les amendes 1'443'500 fr.
Le 15 novembre 2007, A.X.________ et son épouse ont interjeté une réclamation à l'encontre de la décision du 11 octobre 2007. Des pourparlers transactionnels ont été entrepris, mais ont échoué le 1er avril 2008. Le 4 décembre 2008, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation.

D.
Le 5 juillet 2009, les époux X.________ ont recouru à l'encontre de la décision du 4 décembre 2008 auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public (ci-après: le Tribunal cantonal).
Par arrêt du 21 janvier 2015, ce dernier a partiellement admis le recours et réformé la décision sur réclamation attaquée en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende en matière d'IFD, relatifs aux périodes fiscales 1995-1996 et 1997-1998 sont supprimés, de même que le rappel d'impôt et l'amende en matière d'ICC, relatifs à la période fiscale 1999-2000, en raison de la prescription. La décision sur réclamation a été confirmée pour le surplus.

E.
A l'encontre de l'arrêt du 21 janvier 2015, A.X.________ et B.X.________ forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Ils concluent à l'admission du recours et à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que les rappels d'impôts et les amendes prononcés à leur encontre sont supprimés. A titre subsidiaire, ils demandent l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision. Sans inclure formellement la requête dans leurs conclusions, les recourants sollicitent l'octroi de l'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal a renoncé à répondre, se référant aux considérants de son arrêt. Dans leurs déterminations respectives, l'Administration cantonale et l'AFC proposent le rejet du recours.
Les recourants ont demandé à être dispensés de verser l'avance de frais. Afin de clarifier leur situation financière, une audience de débats préparatoires s'est tenue devant le Tribunal fédéral le 2 juin 2015, et, après la fourniture de documents complémentaires par les recourants, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a renoncé à percevoir l'avance de frais.

F.

F.a. Parallèlement à la présente procédure dirigée à l'encontre des époux X.________, une procédure similaire a été menée à l'encontre de D.________ SA. Celle-ci portait sur les mêmes périodes fiscales et concernait les trois mêmes procédés.
Devant l'Administration cantonale, les procédures concernant les époux X.________ d'une part et D.________ SA d'autre part se sont déroulées en parallèle et de manière synchronisée (décision initiale du 11 octobre 2007; réclamation rejetée le 4 décembre 2008). Le Tribunal cantonal s'est toutefois prononcé sur le recours formé par D.________ SA le 4 août/14 septembre 2010, soit plusieurs années avant la cause des époux X.________. Statuant sur recours de D.________ SA, le Tribunal fédéral, par arrêt du 27 juillet 2011 (causes jointes 2C 724/2010 et 2C 796/2010 publiées in RDAF 2012 II 37), a partiellement admis celui-ci et supprimé le rappel d'impôt et l'amende relatifs à la période fiscale 1995 en raison de la prescription. Pour les périodes fiscales non atteintes par la prescription, il a confirmé l'arrêt attaqué, considérant, à l'instar du Tribunal cantonal, que les trois procédés en cause avaient permis la réalisation de prestations appréciables en argent, ce qui justifiait les reprises et les taxations prononcées, ainsi que des amendes pour soustraction et tentative de soustraction fiscale.

F.b. D.________ SA a également fait l'objet d'une procédure de rappel d'impôt anticipé, initiée par l'Administration fédérale des contributions et portant sur les années 2000 à 2002, en lien avec les trois mêmes procédés. La société a recouru en vain devant le Tribunal administratif fédéral qui l'a déboutée le 29 août 2011, considérant que les trois procédés utilisés étaient constitutifs de prestations appréciables en argent justifiant le prélèvement d'un impôt anticipé. Le Tribunal fédéral a rejeté le recours de D.________ SA par arrêt du 22 mars 2012 (cause 2C 802/2011), confirmant l'approche du Tribunal administratif fédéral.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et objet du litige

1.
Le Tribunal cantonal a rendu un seul arrêt concernant à la fois l'IFD et l'ICC. En pareilles circonstances, on ne peut reprocher aux contribuables d'avoir formé un seul recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues lorsque l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal sont en jeu, la Cour de céans a toutefois ouvert un dossier pour chacun des impôts concernés (causes 2C 173/2015 concernant l'ICC et 2C 174/2015 concernant l'IFD). Comme le complexe de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les causes seront toutefois jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF), rendu dans une cause de droit public ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF, par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF). Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et dans la forme prescrite (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF) par les contribuables, destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF), le recours en matière de droit public est en principe recevable.

3.
Seuls les contribuables ayant recouru, l'objet du litige devant la Cour de céans se limite aux prétentions fiscales et aux amendes dont la prescription n'a pas été constatée dans l'arrêt attaqué. Pour la période 1999-2000, seul est concerné le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction fiscale en matière d'IFD. Pour la période 2001-2002, comme les recourants n'avaient pas été taxés précédemment, le litige porte sur leur taxation définitive et sur une amende pour tentative de soustraction fiscale tant en matière d'ICC que d'IFD.

II. Droit applicable et prescription

4.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêt 2C 416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.1, non publié in ATF 140 I 68 mais in RDAF 2014 II 40, et les arrêts cités).
En matière d'IFD, la LIFD, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, est ainsi applicable à toutes les périodes qui demeurent litigieuses. Quant à l'ICC, qui ne porte désormais plus que sur les années 2001-2002, il est régi par la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS/VD 642.11), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 en lien avec la LHID.

5.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 p. 171).

5.1. En matière d'IFD, il convient de distinguer la période fiscale 1999-2000 pour laquelle les recourants ont été soumis à un rappel d'impôt et à une amende pour soustraction fiscale (consid. 5.1.1), de la période 2001-2002 qui porte sur leur taxation définitive et une amende pour tentative de soustraction fiscale (consid. 5.1.2).

5.1.1. S'agissant de la période fiscale 1999-2000, le rappel d'impôt est prescrit en vertu de l'art. 152 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
1    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
2    Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
LIFD, puisque, selon cette disposition, le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (cf. ATF 140 I 68 consid. 6.1 p. 73).
Il en va de même de la poursuite pour soustraction fiscale relative à la même période. En effet, les règles sur la prescription figurant à l'art. 333
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 333 - 1 Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen.
1    Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen.
2    In den anderen Bundesgesetzen werden ersetzt:
a  Zuchthaus durch Freiheitsstrafe von mehr als einem Jahr;
b  Gefängnis durch Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe;
c  Gefängnis unter sechs Monaten durch Geldstrafe, wobei einem Monat Freiheitsstrafe 30 Tagessätze Geldstrafe zu höchstens 3000 Franken entsprechen.
3    Wird Haft oder Busse oder Busse allein als Höchststrafe angedroht, so liegt eine Übertretung vor. Die Artikel 106 und 107 sind anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974509 über das Verwaltungsstrafrecht. Eine Übertretung ist die Tat auch dann, wenn sie in einem anderen Bundesgesetz, welches vor 1942 in Kraft getreten ist, mit einer Gefängnisstrafe bedroht ist, die drei Monate nicht übersteigt.
4    Vorbehalten sind die von Absatz 2 abweichenden Strafdauern und Artikel 41 sowie die von Artikel 106 abweichenden Bussenbeträge.
5    Droht ein anderes Bundesgesetz für ein Verbrechen oder Vergehen Busse an, so ist Artikel 34 anwendbar. Von Artikel 34 abweichende Bemessungsregeln sind nicht anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht. Ist die Busse auf eine Summe unter 1 080 000 Franken begrenzt, so fällt diese Begrenzung dahin. Ist die angedrohte Busse auf eine Summe über 1 080 000 Franken begrenzt, so wird diese Begrenzung beibehalten. In diesem Fall ergibt der bisher angedrohte Bussenhöchstbetrag geteilt durch 3000 die Höchstzahl der Tagessätze.
6    ...510
6bis    Wird eine Tat mit Freiheitsstrafe oder Geldstrafe mit einer Mindestanzahl Tagessätzen bedroht, so gilt diese Untergrenze auch für die Mindestanzahl Tage Freiheitsstrafe.511
7    Die in andern Bundesgesetzen unter Strafe gestellten Übertretungen sind strafbar, auch wenn sie fahrlässig begangen werden, sofern nicht nach dem Sinne der Vorschrift nur die vorsätzliche Begehung mit Strafe bedroht ist.
CP ont été modifiées le 1er octobre 2002. Toutefois lorsque, comme en l'espèce, les actes délictueux en cause ont été commis avant le 1er octobre 2002, les nouvelles règles ne s'appliquent, en vertu du principe de la lex mitior, que si elles sont plus favorables. Selon l'art. 333 al. 6 let. d
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 333 - 1 Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen.
1    Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen.
2    In den anderen Bundesgesetzen werden ersetzt:
a  Zuchthaus durch Freiheitsstrafe von mehr als einem Jahr;
b  Gefängnis durch Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe;
c  Gefängnis unter sechs Monaten durch Geldstrafe, wobei einem Monat Freiheitsstrafe 30 Tagessätze Geldstrafe zu höchstens 3000 Franken entsprechen.
3    Wird Haft oder Busse oder Busse allein als Höchststrafe angedroht, so liegt eine Übertretung vor. Die Artikel 106 und 107 sind anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974509 über das Verwaltungsstrafrecht. Eine Übertretung ist die Tat auch dann, wenn sie in einem anderen Bundesgesetz, welches vor 1942 in Kraft getreten ist, mit einer Gefängnisstrafe bedroht ist, die drei Monate nicht übersteigt.
4    Vorbehalten sind die von Absatz 2 abweichenden Strafdauern und Artikel 41 sowie die von Artikel 106 abweichenden Bussenbeträge.
5    Droht ein anderes Bundesgesetz für ein Verbrechen oder Vergehen Busse an, so ist Artikel 34 anwendbar. Von Artikel 34 abweichende Bemessungsregeln sind nicht anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht. Ist die Busse auf eine Summe unter 1 080 000 Franken begrenzt, so fällt diese Begrenzung dahin. Ist die angedrohte Busse auf eine Summe über 1 080 000 Franken begrenzt, so wird diese Begrenzung beibehalten. In diesem Fall ergibt der bisher angedrohte Bussenhöchstbetrag geteilt durch 3000 die Höchstzahl der Tagessätze.
6    ...510
6bis    Wird eine Tat mit Freiheitsstrafe oder Geldstrafe mit einer Mindestanzahl Tagessätzen bedroht, so gilt diese Untergrenze auch für die Mindestanzahl Tage Freiheitsstrafe.511
7    Die in andern Bundesgesetzen unter Strafe gestellten Übertretungen sind strafbar, auch wenn sie fahrlässig begangen werden, sofern nicht nach dem Sinne der Vorschrift nur die vorsätzliche Begehung mit Strafe bedroht ist.
CP, jusqu'à l'adaptation des lois fédérales topiques, la prescription ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu. Cette nouvelle disposition empêche la prescription de courir, en particulier durant la procédure devant le Tribunal fédéral et se révèle donc moins favorable que l'ancien droit aux contribuables. Quant aux délais eux-mêmes, l'art. 184
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LIFD s'avère en principe plus favorable et demeure applicable (cf. arrêts 2C 180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.2.2 et 2C 724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 6.3.1, in RDAF 2012 II 37). Par le jeu de l'art. 184 al. 1 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
et al. 2 LIFD, la poursuite pour soustraction fiscale consommée est prescrite après quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou
l'a été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (arrêt 2C 476/2014 du 21 novembre 2014 consid. 4.2.2 et les arrêts cités).

5.1.2. S'agissant de la période 2001-2002, le droit de procéder à la taxation en matière d'IFD se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale (cf. art. 120 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD), étant précisé qu'un nouveau délai de 5 ans commence à courir lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt (art. 120 al. 3 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD). Les recourants ont été informés de l'ouverture d'une procédure de taxation le 7 septembre 2004. A cette date, le délai de prescription de 5 ans prévu à l'art. 120 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD n'était pas arrivé à expiration. Cet avis a fait courir un nouveau délai de 5 ans, qui a par la suite été régulièrement suspendu et/ou interrompu. Enfin, à ce jour le délai de prescription absolue de 15 ans de l'art. 120 al. 4
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD n'est pas encore atteint, de sorte que le droit de taxer les recourants n'est pas prescrit pour cette période.
Quant à la poursuite pénale pour tentative de soustraction fiscale en matière d'IFD pour la période 2001-2002, elle n'a pas encore commencé à courir, puisque la procédure de taxation en lien avec la tentative de soustraction reprochée aux recourants n'a pas encore été définitivement clôturée (cf. art. 184 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LIFD).

5.2. En ce qui concerne l'ICC, seule la période 2001-2002 pour laquelle les autorités cantonales ont taxé les recourants et les ont condamnés pour tentative de soustraction fiscale est litigieuse (cf. supra consid. 3). A l'instar de l'IFD, la prescription du droit de taxer n'est pas acquise, dès lors que l'art. 170 LI/VD prévoit des délais comparables à l'art. 120
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD et que l'art. 254 LI/VD concernant la prescription de la poursuite pénale est similaire à l'art. 184
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LIFD.

5.3. En résumé, la prescription est atteinte en tant que la procédure concerne l'IFD 1999-2000 et la poursuite pour soustraction fiscale y relative. Partant, seule reste en jeu la période fiscale 2001-2002, pour laquelle les recourants contestent, pour l'IFD et l'ICC, leur taxation définitive et le prononcé d'amendes pour tentative de soustraction fiscale.

III. Griefs formels et critiques relatives aux faits

6.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu (ATF 138 I 232 consid. 5.1 p. 237), les recourants invoquent plusieurs violations de leur droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., reprochant aux juges cantonaux de n'avoir pas donné suite à des offres de preuve pertinentes et d'avoir motivé leur décision de manière insuffisante.

6.1. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., le droit d'être entendu comprend en particulier le droit pour le justiciable de faire administrer les preuves, pour autant qu'elles apparaissent utiles à l'établissement des faits pertinents (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299). Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 138 III 374 consid. 4.3.2 p. 376). Par ailleurs, l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst. impose à l'autorité judiciaire de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Pour satisfaire à cette exigence, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents
(ATF 138 IV 81 consid. 2.2 p. 84; 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 133 III 439 consid. 3.3 p. 445).

6.2. Les recourants font grief au Tribunal cantonal d'avoir refusé de mettre en oeuvre une expertise judiciaire et de s'être fondé exclusivement sur le rapport de la Division d'enquêtes fiscales, bien qu'ils aient produit de nombreuses expertises privées qui confirmeraient l'inexactitude de ce rapport.
Les juges n'ont pas donné suite à la requête d'expertise judiciaire au motif que les différentes expertises privées produites par les intéressés n'étaient pas de nature à remettre en cause le bien-fondé des reprises litigieuses, telles que mises en évidence par les autorités fiscales. On ne voit manifestement pas qu'une telle position soit contraire à l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst. En effet, comme l'a relevé pertinemment le Tribunal cantonal, les différentes pièces produites à titre d'expertises privées par les recourants n'ont qu'une valeur d'allégué sur le plan procédural (arrêts 2C 802/2011 du 22 mars 2012 consid. 4.1 et 2C 762/2009 du 11 février 2010 consid. 8). Or, comme il le sera vu ci-après (cf. infra consid. 7), les juges cantonaux, appréciant ces documents sans arbitraire, sont parvenus à la conclusion que ceux-ci n'étaient pas de nature à faire apparaître comme erronés les faits mis en évidence par les enquêtes des autorités fiscales à l'origine des reprises litigieuses. Le rapport établi par la Division d'enquêtes fiscales était au surplus détaillé et corroboré par les pièces au dossier, de sorte que l'on ne voit pas qu'en considérant ces éléments comme suffisants pour leur permettre de se forger une opinion sans ordonner au
surplus une expertise judiciaire, les juges aient procédé à une appréciation anticipée des preuves insoutenable. Le fait que les recourants contestent l'existence des trois procédés à l'origine des reprises d'impôt et le résultat de l'enquête des autorités fiscales ne suffit pas à retenir une violation de l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst.

6.3. Les recourants font également grief au Tribunal cantonal d'avoir violé leur droit d'être entendu en refusant d'entendre O.________, beau-frère de A.X.________ et ancien directeur de F.________ AG, qui, selon les recourants, les avait dénoncés au fisc et de ne pas avoir ordonné la production de la lettre de dénonciation de celui-ci.
L'instance précédente n'a pas donné suite à cette requête, en relevant qu'il importait peu de savoir sur quelle base l'ouverture d'un contrôle fiscal concernant les recourants avait été décidée, seul étant déterminant le résultat de l'enquête menée par les autorités fiscales, ce d'autant que celles-ci ne se référaient pas aux allégations de O.________. Pour le surplus, les juges s'estimaient suffisamment renseignés sur la base du dossier. A nouveau, une telle appréciation anticipée des preuves échappe à tout arbitraire. En effet, seuls sont déterminants les faits à l'origine des reprises et on ne voit pas quelle influence pourrait avoir le contexte familial ou la façon dont le fisc a été amené à procéder à des vérifications. Au demeurant, il aurait appartenu aux recourants de le démontrer (art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF), ce qu'ils ne font nullement, se contentant d'affirmer que ce témoin était "détenteur d'informations de première main" qui ont orienté les enquêteurs.

6.4. Quant au défaut de motivation, les recourants se contentent d'indiquer, de manière générale, que l'on n'aurait pas répondu à leurs arguments. Outre que cette critique est trop vague en lien avec l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, l'arrêt attaqué est parfaitement compréhensible et examine nombre de griefs formulés par les recourants, de sorte que l'on ne discerne aucune violation de l'obligation de motiver.
Le grief tiré de l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst. doit donc être rejeté.

7.
De manière constante tout au long de leur écriture, les recourants critiquent les faits retenus et se plaignent d'arbitraire en lien avec chacune des reprises qui leur est imputée, présentant une version des événements qui leur est favorable.

7.1. Dans ce contexte, il n'est pas inutile de rappeler que le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou incomplète - notion qui correspond à celle d'arbitraire de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF) et pour autant que la correction du vice soulevé soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF). La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF), c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252), doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF; ATF 137 II 305 consid. 3.3 p. 310 s.), sous peine d'irrecevabilité. Elle doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type
appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 139 II 404 consid. 10.1 p. 445; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.).
Lorsque le recourant s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (cf. ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62). Il appartient au recourant de le démontrer.

7.2. De manière générale, les recourants développent une argumentation caractéristique de l'appel. Ils commencent, dans une longue partie en fait, à présenter de manière détaillée leur propre version des événements, annonçant seulement que les constatations contraires figurant dans l'arrêt attaqué sont arbitraires, ce qu'ils développeront ultérieurement. Puis, dans la partie en droit, les recourants, hormis la violation infondée de leur droit d'être entendu (cf. supra consid. 6), se plaignent "d'appréciation arbitraire des règles fédérales et cantonales sur la détermination du bénéfice imposable". Sous cette dénomination, ils s'en prennent en réalité quasi exclusivement à l'état de fait à la base des reprises litigieuses. Sous réserve de quelques points, ils ne remettent pas véritablement en question le raisonnement juridique de l'arrêt attaqué, mais contestent systématiquement l'existence des trois procédés qu'il leur est reproché d'avoir utilisés, qualifiant chaque pan de l'appréciation des preuves à laquelle se sont livrés les juges précédents d'arbitraire en y substituant leur propre interprétation des événements. On peut douter qu'une telle argumentation, qui revient en définitive à qualifier l'ensemble des faits retenus
d'arbitraire, soit admissible. La question peut demeurer indécise, les critiques portant sur les trois processus ayant donné lieu aux reprises litigieuses étant manifestement infondées, comme il le sera développé ci-après.

7.2.1. S'agissant de la reprise portant sur les deux tiers des charges de sous-traitance comptabilisées par D.________ SA à l'égard de E.________ SA, au motif que celles-ci n'étaient pas justifiées commercialement, les recourants la qualifient d'arbitraire, car en contradiction avec les expertises privées qu'ils ont produites. Celles-ci attesteraient que ces charges étaient versées par D.________ SA en contre-partie des droits d'auteur que possédait E.________ SA. Il se trouve toutefois que, conformément à un contrat daté du 10 février 1993 reproduit dans l'arrêt attaqué, c'est D.________ SA et non E.________ SA qui possédait lesdits droits d'auteur, de sorte que la position soutenue par les recourants apparaît d'emblée contredite par ce document. De plus, dans la cause parallèle qui concernait les mêmes reprises, mais qui visait D.________ SA (cf. supra let. F.a), une argumentation identique avait été soulevée et une première expertise du Prof. P.________ avait été produite. L'autorité cantonale, se fondant sur le contrat de 1993, avait écarté cette expertise sur la base d'une analyse détaillée reproduite dans l'arrêt attaqué. La Cour de céans avait, pour sa part, considéré qu'une telle position n'était pas arbitraire (cf. arrêt
2C 724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.2, in RDAF 2012 II 37). Une argumentation similaire avait aussi été développée dans le litige opposant D.________ SA à l'Administration fédérale en matière d'impôt anticipé (cf. supra let. F.b), avec le même résultat (cause 2C 802/2011 du 22 mars 2012 consid. 4.1). Or, on ne voit manifestement pas que les expertises privées postérieures produites par les recourants soient de nature à modifier cette appréciation. D'ailleurs, la seconde expertise du Prof. P.________ dont les recourants se prévalent abondamment part de l'hypothèse que le contrat conclu en 1993 ne serait pas valable, de sorte que l'on ne voit manifestement pas que l'arrêt attaqué tomberait dans l'arbitraire en l'écartant au motif qu'elle repose sur des conjectures. Au demeurant, comme l'ont relevé pertinemment les juges précédents, la comptabilité produite ne mentionnait pas que les montants alloués à E.________ SA par D.________ SA correspondaient à des redevances de licence, de sorte que l'on ne voit pas qu'a posteriori on puisse retenir une telle cause à ces versements.
Les recourants contestent aussi la proportion des sommes facturées à reprendre, les autorités cantonales ayant estimé que seul un tiers des factures de E.________ SA était justifié commercialement. Ils opposent à cette évaluation leurs propres moyens de preuves, perdant toutefois de vue que l'arrêt attaqué s'est prononcé à leur sujet et a nié, de manière parfaitement compréhensible, leur pertinence, relevant en particulier que les rapports produits ne remettaient pas en question l'estimation d'un tiers effectuée par les autorités fiscales. Il leur appartenait de démontrer concrètement que la position du Tribunal cantonal était insoutenable (art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF), ce qu'ils ne font pas; affirmer de manière générale que les pièces produites conduisaient à une conclusion inverse ne suffit pas à établir l'arbitraire de l'arrêt attaqué.

7.2.2. En ce qui concerne la reprise relative à F.________ AG, propriété de A.X.________ et qualifiée de société écran en raison d'une structure insolite et inadaptée aux données économiques, les recourants ne contestent pas cette appréciation, mais développent la thèse selon laquelle le chiffre d'affaires de F.________ AG devrait être intégré dans celui de E.________ SA et non imputé à A.X.________. Une telle argumentation, purement appellatoire, se fonde sur des hypothèses non envisagées dans l'arrêt attaqué et dont on peine du reste à comprendre la logique. Celle-ci est partant manifestement inapte à qualifier d'insoutenable l'appréciation de l'arrêt attaqué. Les recourants semblent perdre de vue que c'est A.X.________ et son épouse et non E.________ SA qui détenaient l'entier du capital-actions de F.________ AG.

7.2.3. En lien avec les reprises sur les charges de location des avions, les recourants considèrent que l'on ne saurait admettre que 80 % de celles-ci étaient des frais privés, comme ils l'avaient démontré au Tribunal cantonal qui n'aurait manifestement pas tenu compte de leurs explications. L'arrêt attaqué présente pourtant de manière détaillée et convainquante pourquoi les arguments et pièces produites par les recourants ne justifiaient pas de revenir sur la qualification de frais privés du 80 % des charges de location des avions. On ne discerne rien d'arbitraire dans ce raisonnement. Du reste, les recourants ne le démontrent nullement, se contentant de reprendre la position qu'ils avaient défendue devant le Tribunal cantonal.

7.3. Les critiques concernant les faits s'avérant infondées, c'est sur la base des constatations ressortant de l'arrêt attaqué qu'il convient de vérifier si la Cour cantonale a correctement appliqué le droit.

IV. Impôt fédéral direct

8.
Les recourants contestent l'applicabilité des règles sur le rappel d'impôt au sens de l'art. 151
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
LIFD. Cette critique n'a plus d'objet, dès lors que le rappel d'impôt ne portait que sur la période fiscale 1999-2000 en matière d'IFD. Or, celle-ci n'entre plus en ligne de compte en raison de la prescription (cf. supra consid. 5.1.1).
Pour la période fiscale qui demeure litigieuse, soit la période 2001-2002, le litige porte sur la taxation des recourants. Or, si l'on s'en tient aux faits constatés, les trois procédés retenus constituent des situations relevant de la distribution dissimulée de bénéfice au sens de l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD (cf. sur cette notion, ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.), comme l'avait du reste déjà retenu la Cour de céans dans la cause concernant D.________ SA (cf. arrêt 2C 724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7, in RDAF 2012 II 37). Ces avantages appréciables en argent doivent être ajoutés au revenu de leur bénéficiaire conformément à l'art. 20 al. 1 let. c
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 20 - 1 Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
1    Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
a  Zinsen aus Guthaben, einschliesslich ausbezahlter Erträge aus rückkaufsfähigen Kapitalversicherungen mit Einmalprämie im Erlebensfall oder bei Rückkauf, ausser wenn diese Kapitalversicherungen der Vorsorge dienen. Als der Vorsorge dienend gilt die Auszahlung der Versicherungsleistung ab dem vollendeten 60. Altersjahr des Versicherten auf Grund eines mindestens fünfjährigen Vertragsverhältnisses, das vor Vollendung des 66. Altersjahres begründet wurde. In diesem Fall ist die Leistung steuerfrei;
b  Einkünfte aus der Veräusserung oder Rückzahlung von Obligationen mit überwiegender Einmalverzinsung (globalverzinsliche Obligationen, Diskont-Obligationen), die dem Inhaber anfallen;
c  Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.). Ein bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten im Sinne von Artikel 4a des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 196541 über die Verrechnungssteuer (VStG) an die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erzielter Liquidationsüberschuss gilt in dem Jahre als realisiert, in welchem die Verrechnungssteuerforderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 und 1bis VStG); Absatz 1bis bleibt vorbehalten;
d  Einkünfte aus Vermietung, Verpachtung, Nutzniessung oder sonstiger Nutzung beweglicher Sachen oder nutzbarer Rechte;
e  Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen, soweit die Gesamterträge die Erträge aus direktem Grundbesitz übersteigen;
f  Einkünfte aus immateriellen Gütern.
1bis    Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 70 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.43
2    Der Erlös aus Bezugsrechten gilt nicht als Vermögensertrag, sofern sie zum Privatvermögen des Steuerpflichtigen gehören.
3    Die Rückzahlung von Einlagen, Aufgeldern und Zuschüssen (Reserven aus Kapitaleinlagen), die von den Inhabern der Beteiligungsrechte nach dem 31. Dezember 1996 geleistet worden sind, wird gleich behandelt wie die Rückzahlung von Grund- oder Stammkapital. Absatz 4 bleibt vorbehalten.44
4    Schüttet eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, bei der Rückzahlung von Reserven aus Kapitaleinlagen nach Absatz 3 nicht mindestens im gleichen Umfang übrige Reserven aus, so ist die Rückzahlung im Umfang der halben Differenz zwischen der Rückzahlung und der Ausschüttung der übrigen Reserven steuerbar, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen, handelsrechtlich ausschüttungsfähigen übrigen Reserven.45
5    Absatz 4 ist nicht anwendbar auf Reserven aus Kapitaleinlagen:
a  die bei fusionsähnlichen Zusammenschlüssen durch Einbringen von Beteiligungs- und Mitgliedschaftsrechten an einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe c oder durch eine grenzüberschreitende Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe d nach dem 24. Februar 2008 entstanden sind;
b  die im Zeitpunkt einer grenzüberschreitenden Fusion oder Umstrukturierung nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe b und Absatz 3 oder der Verlegung des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung nach dem 24. Februar 2008 bereits in einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft vorhanden waren;
c  im Falle der Liquidation der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft.46
6    Die Absätze 4 und 5 gelten sinngemäss auch für Reserven aus Kapitaleinlagen, die für die Ausgabe von Gratisaktien oder für Gratisnennwerterhöhungen verwendet werden.47
7    Entspricht bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten an einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, die Rückzahlung der Reserven aus Kapitaleinlagen nicht mindestens der Hälfte des erhaltenen Liquidationsüberschusses, so vermindert sich der steuerbare Anteil dieses Liquidationsüberschusses um die halbe Differenz zwischen diesem Anteil und der Rückzahlung, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen Reserven aus Kapitaleinlagen, die auf diese Beteiligungsrechte entfallen.48
8    Absatz 3 gilt für Einlagen und Aufgelder, die während eines Kapitalbands nach den Artikeln 653s ff. des Obligationenrechts (OR)49 geleistet werden, nur soweit sie die Rückzahlungen von Reserven im Rahmen dieses Kapitalbands übersteigen.50
LIFD (cf. arrêt 2C 927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5, in RDAF 2014 II 463). Partant, il n'apparaît pas contraire au droit de les inclure dans l'imposition du revenu des recourants pour la période 2001-2002. Quant aux montants retenus à ce titre, les recourants contestent les chiffres pris en compte en qualifiant les données à leur base de manifestement inexactes ou arbitraires, mais sans le démontrer, en opposant leur propre appréciation aux montants retenus. Une telle argumentation appellatoire n'étant pas admissible (cf. supra consid. 7.1), il n'y a pas lieu de revenir sur les
données chiffrées figurant dans l'arrêt attaqué. Les reprises concernant l'IFD pour la période 2001-2002 telles qu'admises dans la procédure cantonale doivent donc être confirmées.

9.

9.1. Comme la soustraction fiscale en lien avec la période 1999-2000 est prescrite (cf. supra consid. 5.1.1), seule l'amende pour tentative de soustraction relative à la période fiscale 2001-2002 en matière d'IFD doit être examinée.

9.2. Sur la base des faits constatés, la condamnation des recourants pour tentative de soustraction fiscale au sens de l'art. 176 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 176 Versuchte Steuerhinterziehung - 1 Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
1    Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
2    Die Busse beträgt zwei Drittel der Busse, die bei vorsätzlicher und vollendeter Steuerhinterziehung festzusetzen wäre.
LIFD ne prête pas le flanc à la critique (cf. par analogie, arrêt 2C 724/2010 du 27 juillet 2011, in RDAF 2012 II 37, consid. 9.2 en lien avec D.________ SA), ce que les contribuables ne remettent du reste pas directement en cause.

9.3. Alors qu'ils ne l'avaient pas fait devant la Cour cantonale, ceux-ci contestent devant le Tribunal fédéral la quotité de l'amende, en se prévalant de plusieurs circonstances atténuantes, à savoir le fait qu'ils ont agi sur les conseils d'un fiscaliste avisé, qu'ils n'avaient pas d'antécédents en matière pénale fiscale et qu'il s'est déroulé un laps de temps relativement long depuis les actes litigieux.

9.3.1. En vertu de l'art. 176 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 176 Versuchte Steuerhinterziehung - 1 Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
1    Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
2    Die Busse beträgt zwei Drittel der Busse, die bei vorsätzlicher und vollendeter Steuerhinterziehung festzusetzen wäre.
LIFD, l'amende pour tentative de soustraction fiscale est en règle générale fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée. En cas de soustraction fiscale, l'amende est en règle générale fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD). Selon l'art. 106 al. 3
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 106 - 1 Bestimmt es das Gesetz nicht anders, so ist der Höchstbetrag der Busse 10 000 Franken.
1    Bestimmt es das Gesetz nicht anders, so ist der Höchstbetrag der Busse 10 000 Franken.
2    Das Gericht spricht im Urteil für den Fall, dass die Busse schuldhaft nicht bezahlt wird, eine Ersatzfreiheitsstrafe von mindestens einem Tag und höchstens drei Monaten aus.
3    Das Gericht bemisst Busse und Ersatzfreiheitsstrafe je nach den Verhältnissen des Täters so, dass dieser die Strafe erleidet, die seinem Verschulden angemessen ist.
4    Die Ersatzfreiheitsstrafe entfällt, soweit die Busse nachträglich bezahlt wird.
5    Auf den Vollzug und die Umwandlung der Busse sind die Artikel 35 und 36 Absatz 2 sinngemäss anwendbar.151
CP, applicable en matière de droit pénal fiscal en vertu de l'art. 333 al. 1
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 333 - 1 Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen.
1    Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen.
2    In den anderen Bundesgesetzen werden ersetzt:
a  Zuchthaus durch Freiheitsstrafe von mehr als einem Jahr;
b  Gefängnis durch Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe;
c  Gefängnis unter sechs Monaten durch Geldstrafe, wobei einem Monat Freiheitsstrafe 30 Tagessätze Geldstrafe zu höchstens 3000 Franken entsprechen.
3    Wird Haft oder Busse oder Busse allein als Höchststrafe angedroht, so liegt eine Übertretung vor. Die Artikel 106 und 107 sind anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974509 über das Verwaltungsstrafrecht. Eine Übertretung ist die Tat auch dann, wenn sie in einem anderen Bundesgesetz, welches vor 1942 in Kraft getreten ist, mit einer Gefängnisstrafe bedroht ist, die drei Monate nicht übersteigt.
4    Vorbehalten sind die von Absatz 2 abweichenden Strafdauern und Artikel 41 sowie die von Artikel 106 abweichenden Bussenbeträge.
5    Droht ein anderes Bundesgesetz für ein Verbrechen oder Vergehen Busse an, so ist Artikel 34 anwendbar. Von Artikel 34 abweichende Bemessungsregeln sind nicht anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht. Ist die Busse auf eine Summe unter 1 080 000 Franken begrenzt, so fällt diese Begrenzung dahin. Ist die angedrohte Busse auf eine Summe über 1 080 000 Franken begrenzt, so wird diese Begrenzung beibehalten. In diesem Fall ergibt der bisher angedrohte Bussenhöchstbetrag geteilt durch 3000 die Höchstzahl der Tagessätze.
6    ...510
6bis    Wird eine Tat mit Freiheitsstrafe oder Geldstrafe mit einer Mindestanzahl Tagessätzen bedroht, so gilt diese Untergrenze auch für die Mindestanzahl Tage Freiheitsstrafe.511
7    Die in andern Bundesgesetzen unter Strafe gestellten Übertretungen sind strafbar, auch wenn sie fahrlässig begangen werden, sofern nicht nach dem Sinne der Vorschrift nur die vorsätzliche Begehung mit Strafe bedroht ist.
CP, lorsqu'il considère la faute commise comme légère (ou grave), le juge fixe l'amende en tenant compte de la situation de l'auteur afin que la peine corresponde à la faute commise. En droit pénal fiscal, les éléments principaux à prendre en considération à cet égard sont le montant de l'impôt éludé, la manière de procéder, les motivations, ainsi que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur. Le cadre de la peine fixé par l'art. 175 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
première phrase LIFD ne peut en revanche pas être dépassé ni vers le haut ni vers le bas, à moins que l'on ne soit en présence de circonstances aggravantes ou atténuantes et dans les limites de
la deuxième phrase (cf. arrêts 2C 180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 9.1 résumé in RDAF 2015 II 94; 2C 851/2011 du 15 août 2012 consid. 3.3; 2C 188/2009 du 7 juillet 2009 consid. 2.2). Par analogie, le même raisonnement s'applique à la peine prévue en cas de tentative de soustraction fiscale à l'art. 176 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 176 Versuchte Steuerhinterziehung - 1 Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
1    Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
2    Die Busse beträgt zwei Drittel der Busse, die bei vorsätzlicher und vollendeter Steuerhinterziehung festzusetzen wäre.
LIFD.
Le Tribunal fédéral n'examine le montant de l'amende pour soustraction d'impôt ou tentative de soustraction que sous l'angle de l'excès ou de l'abus du pouvoir d'appréciation. Par conséquent, il n'annule une amende fiscale que si l'instance précédente a abusé ou excédé le cadre pénal, s'est écartée de considérations juridiques ou a arbitrairement fixé une peine trop légère ou trop lourde (cf. arrêts 2C 851/2011 du 15 août 2012 consid. 1.5; 2C 26/2007 du 10 octobre 2007 consid. 6).

9.3.2. En l'espèce, les amendes infligées aux recourants pour tentative de soustraction fiscale se sont élevées au tiers de l'amende fixée en cas de soustraction fiscale, qui elle-même a été évaluée à 1,5 fois le montant de l'impôt qui aurait été soustrait. Le Tribunal cantonal a indiqué que les amendes s'inscrivaient dans le cadre légal et n'étaient pas fondées sur des critères étrangers à l'art. 47
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 47 - 1 Das Gericht misst die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters.
1    Das Gericht misst die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters.
2    Das Verschulden wird nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden.
CP. Tout en renvoyant aux éléments à charge et à décharge retenus dans la décision sur réclamation du 4 décembre 2008, il a confirmé la qualification de faute grave retenue par les autorités fiscales et considéré que la quotité de l'amende fixée à 1,5 fois le montant d'impôt soustrait pour soustraction et à un tiers de celui-ci pour tentative de soustraction apparaissait tout à fait justifiée. La décision sur réclamation reproduite dans l'arrêt attaqué retient, à titre de circonstances atténuantes, l'absence d'antécédents en matière pénale fiscale de A.X.________ et, au titre de circonstances aggravantes, le fait que l'activité incriminée avait porté sur neuf ans pour l'IFD, que les montants soustraits s'élevaient à plusieurs millions (plus de 11 millions de francs suisses pour l'IFD), que la soustraction résultait d'un montage
particulièrement astucieux dans le but de dissimuler d'importants bénéfices en faveur de A.X.________ et du fait que celui-ci s'était adjoint les services de professionnels lors de l'accomplissement de ces faits.
Contrairement à ce que soutiennent les recourants, l'absence d'antécédents a été retenue en leur faveur. S'agissant de l'écoulement du temps depuis les infractions, il est avant tout lié à la longueur de la procédure dont les recourants sont aussi responsables; du reste ceux-ci en ont bénéficié par le biais de la prescription, de sorte qu'il ne s'agit pas d'un élément déterminant en pareilles circonstances. Enfin, les constatations de fait ne permettent pas de considérer que les recourants n'auraient fait que suivre les conseils de professionnels, dont ils auraient été en quelque sorte les victimes comme ils le laissent entendre. Dans ces circonstances, on ne voit pas qu'en fixant l'amende pour tentative de soustraction à un tiers du montant correspondant à 1,5 fois l'impôt soustrait dans l'hypothèse d'une soustraction intentionnelle et consommée les autorités cantonales auraient abusé ou excédé leur pouvoir d'appréciation.

9.4. Les critiques relatives à l'amende infligée pour tentative de soustraction fiscale concernant la période 2001-2002 en matière d'IFD sont donc infondées.

V. Impôts cantonal et communal

10.

10.1. En matière d'ICC, c'est également la période 2001-2002 qui demeure litigieuse. S'agissant de prestations appréciables en argent, la jurisprudence rendue en matière d'IFD est également valable pour l'application du droit cantonal harmonisé (ATF 140 II 88 consid. 10 p. 101). Il peut donc être renvoyé, s'agissant de la taxation 2001-2002 des recourants en matière d'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD.

10.2. S'agissant de la condamnation des recourants pour tentative de soustraction fiscale en lien avec l'ICC, l'art. 243 LI/VD reprend la règle prévue à l'art. 56 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 56 Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1bis    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Steuerbehörden bei der Feststellung der hinterzogenen Vermögens- und Einkommenselemente vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.200
1ter    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 1bis auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.201
2    Wer Steuern zu hinterziehen versucht, wird mit einer Busse bestraft, die zwei Drittel der bei vollendeter Begehung auszufällenden Busse beträgt.
3    Wer zu einer Steuerhinterziehung anstiftet, Hilfe leistet oder als Vertreter des Steuerpflichtigen vorsätzlich eine Steuerhinterziehung bewirkt oder an einer solchen mitwirkt, wird ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit des Steuerpflichtigen mit Busse bestraft und haftet solidarisch für die hinterzogene Steuer. Die Busse beträgt bis zu 10 000 Franken, in schweren Fällen oder bei Rückfall bis zu 50 000 Franken.
3bis    Zeigt sich eine Person nach Absatz 3 erstmals selbst an und sind die Voraussetzungen nach Absatz 1bis Buchstaben a und b erfüllt, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen und die Solidarhaftung entfällt.202
4    Wer Nachlasswerte, zu deren Bekanntgabe er im Inventarverfahren verpflichtet ist, verheimlicht oder beiseite schafft, in der Absicht, sie der Inventaraufnahme zu entziehen, sowie
5    Zeigt sich eine Person nach Absatz 4 erstmals selbst an, so wird von einer Strafverfolgung wegen Verheimlichung oder Beiseiteschaffung von Nachlasswerten im Inventarverfahren und wegen allfälliger anderer in diesem Zusammenhang begangener Straftaten abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Widerhandlung keiner Steuerbehörde bekannt ist; und
b  die Person die Verwaltung bei der Berichtigung des Inventars vorbehaltlos unterstützt.204
LHID, dispositions qui correspondent à l'art. 176
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 176 Versuchte Steuerhinterziehung - 1 Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
1    Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
2    Die Busse beträgt zwei Drittel der Busse, die bei vorsätzlicher und vollendeter Steuerhinterziehung festzusetzen wäre.
LIFD. Il peut donc également être renvoyé à ce qui a été exposé en lien avec l'IFD.
C'est en vain que les recourants se prévalent de la lex mitior en demandant que l'ancienne LI leur soit appliquée au motif que selon la pratique, l'ancien droit serait "plus souvent" favorable, dans la mesure où les quotités d'amendes pour tentative de soustraction auraient été, en pratique, réduites de moitié par rapport à la soustraction consommée. Il se trouve que la disposition reproduite par les recourants, à savoir l'art. 128 aLI, non seulement ne fixe pas la quotité de l'amende en cas de tentative de soustraction fiscale, mais prévoit aussi qu'en cas de soustraction consommée, l'amende peut atteindre jusqu'à cinq fois le montant de l'impôt soustrait. On ne voit donc manifestement pas en quoi consisterait la lex mitior.

VI. Issue du litige; frais et dépens

11.

11.1. Bien que les griefs formulés par les recourants soient tous infondés, le recours doit être partiellement admis s'agissant de la prescription, question que le Tribunal fédéral se doit d'examiner d'office lorsqu'elle est en faveur du recourant. L'arrêt attaqué sera ainsi réformé, en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction fiscale en matière d'IFD pour la période 1999-2000 sont supprimés. Il sera confirmé pour le surplus, étant précisé que la survenance de la prescription étant postérieure à l'arrêt attaqué, elle ne justifie pas de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour qu'il fixe à nouveau des frais (cf. art. 67
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen.
LTF).

11.2. La requête des recourants tendant à les dispenser des frais de la procédure repose sur l'art. 64
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 64 Unentgeltliche Rechtspflege - 1 Das Bundesgericht befreit eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten und von der Sicherstellung der Parteientschädigung, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint.
1    Das Bundesgericht befreit eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten und von der Sicherstellung der Parteientschädigung, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint.
2    Wenn es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, bestellt das Bundesgericht der Partei einen Anwalt oder eine Anwältin. Der Anwalt oder die Anwältin hat Anspruch auf eine angemessene Entschädigung aus der Gerichtskasse, soweit der Aufwand für die Vertretung nicht aus einer zugesprochenen Parteientschädigung gedeckt werden kann.
3    Über das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege entscheidet die Abteilung in der Besetzung mit drei Richtern oder Richterinnen. Vorbehalten bleiben Fälle, die im vereinfachten Verfahren nach Artikel 108 behandelt werden. Der Instruktionsrichter oder die Instruktionsrichterin kann die unentgeltliche Rechtspflege selbst gewähren, wenn keine Zweifel bestehen, dass die Voraussetzungen erfüllt sind.
4    Die Partei hat der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn sie später dazu in der Lage ist.
LTF et doit être envisagée comme une demande d'assistance judiciaire partielle, les intéressés n'ayant pas sollicité la désignation d'un défenseur d'office. Il ressort des considérants qui précèdent que les griefs développés par les recourants n'avaient d'emblée aucune chance de succès. Seul l'écoulement du temps est à l'origine de l'admission partielle du recours. Partant, il y a lieu de rejeter la requête d'assistance judiciaire partielle (cf. art. 64 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 64 Unentgeltliche Rechtspflege - 1 Das Bundesgericht befreit eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten und von der Sicherstellung der Parteientschädigung, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint.
1    Das Bundesgericht befreit eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten und von der Sicherstellung der Parteientschädigung, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint.
2    Wenn es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, bestellt das Bundesgericht der Partei einen Anwalt oder eine Anwältin. Der Anwalt oder die Anwältin hat Anspruch auf eine angemessene Entschädigung aus der Gerichtskasse, soweit der Aufwand für die Vertretung nicht aus einer zugesprochenen Parteientschädigung gedeckt werden kann.
3    Über das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege entscheidet die Abteilung in der Besetzung mit drei Richtern oder Richterinnen. Vorbehalten bleiben Fälle, die im vereinfachten Verfahren nach Artikel 108 behandelt werden. Der Instruktionsrichter oder die Instruktionsrichterin kann die unentgeltliche Rechtspflege selbst gewähren, wenn keine Zweifel bestehen, dass die Voraussetzungen erfüllt sind.
4    Die Partei hat der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn sie später dazu in der Lage ist.
LTF).
Compte tenu de l'issue du litige, les recourants, débiteurs solidaires, supporteront toutefois des frais réduits dans la mesure où ils obtiennent gain de cause (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
et 5
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF); le solde sera supporté par l'autorité intimée, soit pour elle le canton de Vaud, dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 4
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Les recourants auront droit à des dépens dans la même proportion (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).
Compte tenu de l'issue du litige, la demande d'effet suspensif est devenue sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 173/2015 et 2C 174/2015 sont jointes.

2.
En ce qui concerne l'IFD, le recours est partiellement admis et l'arrêt du 21 janvier 2015 réformé, en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction fiscale pour la période 1999-2000 sont supprimés. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

3.
En ce qui concerne l'ICC, le recours est rejeté.

4.
La demande d'assistance judiciaire partielle est rejetée.

5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 25'000 fr., sont mis à raison de 22'500 fr. à la charge des recourants, solidairement entre eux, et de 2'500 fr. à la charge du canton de Vaud.

6.
Le canton de Vaud versera aux recourants une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens réduits.

7.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 22 avril 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

Le Greffier : Ermotti