Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal

Tribu na le a m mi ni st r at ivo fed er al e
Tribu na l ad m in is tr at iv fed er al

Cour I
A-1379/2007
{T 0/2}

Arrêt du 18 mars 2010

Composition

Pascal Mollard (président du collège), Daniel Riedo, Marianne Ryter Sauvant, juges,
Marie-Chantal May Canellas, greffière.

Parties

X._______, ***,
représentée par Maître Nicolas Urech, avocat, ***, recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet

taxe sur la valeur ajoutée (TVA); OTVA et aLTVA; périodes du 1er mai au 31 décembre 2000 et du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002 (taxation par estimation; restaurant).

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Faits :
A.
X._______ exploite, à l'enseigne de ***, un restaurant de spécialités orientales à ***, qu'elle a repris d'un précédent tenancier. Elle a été immatriculée le 1er mai 2000, date à laquelle elle a débuté l'exploitation de ce commerce, au registre de l'Administration fédérale des contributions (AFC), en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée.
B.
A l'occasion d'un contrôle qui s'est déroulé les 26 et 27 septembre 2002, l'AFC a relevé diverses irrégularités dans la comptabilité tenue par l'intéressée. Les recettes n'étaient reportées qu'une fois par mois dans le livre de caisse. En 2000, des achats de viande réalisés auprès du fournisseur ***, totalisant Fr. 51'370.-, n'avaient pas été comptabilisés. Le chiffre d'affaires mentionné dans le décompte TVA afférent au 1er trimestre 2002 présentait une différence de Fr. 10'000.par rapport au chiffre d'affaires comptabilisé. De surcroît, les marges brutes différaient sensiblement suivant les périodes contrôlées et s'avéraient insuffisantes au regard des chiffres d'expérience. Sur la base du coût des matières premières de l'entreprise concernée (adjonction faite des achats de viande non comptabilisés sur l'année 2000) et tenant compte d'une marge brute évaluée à 60 %, l'AFC a reconstitué par appréciation les chiffres d'affaires que X._______ avait réalisés du 1er mai 2000 au 30 juin 2002. Elle a émis deux décomptes complémentaires. Le premier porte sur un montant d'impôt de Fr. 18'561.- et est relatif à la période du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000. Le second totalise Fr. 15'133.- et est afférent à la période du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002. Ces sommes portent intérêt dès le 30 septembre 2001. L'AFC a confirmé la créance fiscale par décisions formelles du 24 octobre 2002.
C.
Le 12 novembre 2002, X._______ a formé réclamation contre ces prononcés, contestant à la fois le droit de l'AFC de procéder à une estimation, ainsi que les bases de calcul retenues dans ce contexte. Elle a notamment expliqué que la différence de chiffre d'affaires constatée au cours de l'année 2000 provenait de « marchandise(s)
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livrée(s) à des tiers à (son) nom, mais directement payée au fournisseur par (ses) clients lors de mariages et/ou de réceptions », ajoutant que cela s'était produit quelques fois en 2000 et 2001. A l'appui, elle a produit un extrait de compte de son fournisseur ­ *** ­ dont il résulte qu'il lui a facturé Fr. 79'190.55 pour ses achats de viande entre le 1er mai et le 31 décembre 2000. Par ailleurs, sa marge brute oscillait entre 45 et 50 %, et ne s'élevait donc pas à 60 %, comme retenu par l'autorité inférieure. Il convenait en effet de tenir compte non seulement des achats de nourriture, mais également des achats de matériel divers. Pour finir, la responsabilité de la différence de chiffre d'affaires de Fr. 10'000.- entre sa comptabilité et les décomptes TVA incombait à sa fiduciaire, ainsi que cette dernière le reconnaissait d'ailleurs dans l'une de ses lettres produite à ce propos. Le 5 octobre 2006, l'AFC a demandé à X._______ de lui transmettre une série d'informations et de documents destinés à prouver le montant des achats effectués auprès de *** (à savoir les noms et adresses des tiers auxquels ont été livrées les marchandises prétendument achetées en son nom, le montant de ces livraisons, la preuve que celles-ci ont été payées par les tiers en question et une attestation valablement signée confirmant que l'intéressée n'avait pas déduit dans ses décomptes trimestriels l'impôt préalable grevant ces livraisons). Le 18 décembre 2006, l'intéressée a produit certaines pièces.
D.
Par décisions du 18 janvier 2007, relatives à la période du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000, respectivement à celle du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, l'AFC a rejeté la réclamation de l'intéressée, cette dernière n'ayant pas démontré de manière convaincante le caractère infondé ou erroné de la taxation par estimation. Pour répondre à certains griefs émis à son encontre, l'AFC a relevé qu'elle s'était écartée des données d'expérience (marge de bénéfice brut de 70 % environ dans la branche en question), pour tenir compte de la situation particulière de l'intéressée, laquelle avait réalisé une marge de bénéfice brut de 40 % en 2000, de 46 % en 2001 et de 59 % en 2002. Au regard des données d'expérience plus élevées, la marge de bénéfice brut de 60 % (arrondie) n'apparaissait donc pas exagérée. E.
Le 18 février 2007, X._______ a écrit à l'AFC pour solliciter « une
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prolongation de délai d'environ 10 jours concernant (son) recours ». Ce courrier a été transmis par l'AFC au Tribunal administratif fédéral, comme objet de sa compétence. Le 22 février 2007, elle a déclaré faire recours contre les décisions précitées, par l'intermédiaire de son mandataire, nouvellement constitué. Ce dernier a sollicité un délai au 31 mars 2007, afin de réunir les pièces justificatives nécessaires. F.
Le 13 mars 2007, le Tribunal administratif fédéral a fait savoir à l'intéressée que sa correspondance du 18 février 2007 pouvait être traitée comme un recours, puisqu'elle avait été déposée à temps, au contraire du courrier ultérieur du 22 février 2007, que toutefois il lui incombait de régulariser son recours, déficient quant à sa motivation et à ses conclusions, à défaut de quoi ce dernier serait déclaré irrecevable.
Le 19 mars 2007, X._______ a régularisé son recours et produit certaines attestations, censées confirmer des achats « effectués par des tiers au nom de X._______, afin de bénéficier de remises ». Le 21 mai 2007, l'AFC a déclaré renoncer à déposer une réponse. G.
Le 22 juin 2007, X._______, agissant par l'intermédiaire d'un nouveau mandataire, a produit une attestation supplémentaire, à verser au dossier. Elle a en outre requis et obtenu la possibilité de compléter ses arguments par le biais d'un mémoire complémentaire. Le 21 septembre 2007, X._______ a déposé une réplique. Elle a critiqué l'absence de pièce probante, censée démontrer le montant des achats qu'elle aurait prétendument effectués, d'après l'AFC, auprès de ***. Selon elle, ces achats ne se monteraient pas à Fr. 130'241.-, comme le retenait l'autorité inférieure, mais à Fr. 79'190.55, ce qui serait corroboré par un décompte de ce fournisseur. Elle a au surplus contesté les coefficients expérimentaux évoqués par l'AFC et précisé que sa marge brute avait été affectée par des débuts d'exploitation difficiles. Finalement, elle a conclu à ce que le chiffre d'affaire déterminant pour l'année 2000 soit réduit de Fr. 49'500.- et à ce que les coefficients expérimentaux ayant influé sur l'estimation soit ramenés « à ce que Justice dira ».
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L'AFC a déposé deux mémoires de duplique le 31 octobre 2007, dont le premier a trait à la période du 1er mai au 31 décembre 2000 et le second à celle du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002. Elle a justifié le principe-même d'une taxation par estimation ainsi que son calcul, soulignant qu'elle s'était affranchie des données d'expérience au profit des chiffres effectifs ressortant de la comptabilité de l'intéressée. S'agissant de la période fiscale allant du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, elle a conclu au rejet du recours. Concernant en revanche la période fiscale du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000, elle est revenue sur son appréciation initiale. En effet, vérification faite auprès du fournisseur de la recourante, il s'est avéré que le montant de Fr. 130'294.35 reflétait les achats effectués durant toute l'année 2000 et non seulement au cours de la période déterminante. Le montant correct s'élevait dès lors à Fr. 79'190.55 (TVA incluse) et, de facto, l'écart entre les achats décomptés et comptabilisés pour cette même période se montait uniquement à Fr. 1'513.- (TVA exclue). La reprise fiscale relative à cette période devait donc être corrigée, à hauteur de Fr. 9'213.-.
Les autres faits pertinents seront exposés en tant que besoin dans les considérants qui suivent.

Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
et 34
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 34
LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'AFC peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF).
En l'occurrence, les décisions de l'autorité inférieure ont été rendues le 18 janvier 2007. Certes, le "recours" du 22 février 2007 a été déposé tardivement, au regard du délai prescrit à l'art. 50
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA. Cela étant, la recourante avait adressé une lettre à l'AFC le 18 février 2007, soit dans le délai légal, où transparaît sa volonté de faire recours.
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Compte tenu de ce qui précède, cette missive a été transmise à juste titre au Tribunal de céans comme objet de sa compétence. L'intéressée a par ailleurs régularisé ce recours, déficient quant à sa motivation et quant à ses conclusions, le 19 mars suivant, soit dans le délai qui lui a été concédé à cette fin. Tel quel, le recours satisfait ainsi aux exigences posées à l'art. 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA. Il est par conséquent recevable et il convient d'entrer en matière.
1.2
1.2.1 La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne la période du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, la présente cause tombe ainsi matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300). S'agissant de la période du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000, ce sont les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) qui trouvent application (art. 93
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 93 Sûretés - 1 L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
1    L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
a  le recouvrement dans les délais paraît menacé;
b  le débiteur prend des dispositions pour abandonner son domicile, son siège ou son établissement stable sur le territoire de la Confédération, ou pour se faire radier du registre du commerce suisse;
c  le débiteur est en demeure;
d  l'assujetti reprend tout ou partie d'une entreprise tombée en faillite;
e  l'assujetti remet des décomptes mentionnant des montants manifestement inférieurs à la réalité.
2    Si l'assujetti renonce à être libéré de l'assujettissement (art. 11) ou s'il opte pour l'imposition de prestations exclues du champ de l'impôt (art. 22), l'AFC peut exiger qu'il fournisse des sûretés conformément à l'al. 7.
3    La demande de sûretés doit indiquer le motif juridique de la garantie, le montant demandé et l'institution auprès de laquelle la garantie doit être déposée; elle est considérée comme une ordonnance de séquestre au sens de l'art. 274 LP159. Aucune réclamation ne peut être déposée contre la demande de sûreté.
4    La demande de sûreté peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
5    Le recours contre les demandes de sûretés n'a pas d'effet suspensif.
6    La notification de la décision relative à la créance fiscale vaut ouverture d'action au sens de l'art. 279 LP. Le délai d'introduction de la poursuite court à compter de l'entrée en force de la décision relative à la créance fiscale.
7    Les sûretés doivent être fournies sous forme de dépôts en espèces, de cautionnements solidaires solvables, de garanties bancaires, de cédules hypothécaires ou d'hypothèques, de polices d'assurance sur la vie ayant une valeur de rachat, d'obligations cotées, libellées en francs, de débiteurs suisses, ou d'obligations de caisse émises par des banques suisses.
et 94
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
1    Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
a  pour compenser des dettes fiscales résultant des périodes fiscales antérieures;
b  pour compenser des dettes fiscales ultérieures, si l'assujetti est en retard dans le paiement de l'impôt ou si la créance fiscale paraît menacée pour d'autres motifs; le montant mis en compte est crédité d'un intérêt au taux de l'intérêt rémunératoire pour la période allant du 61e jour après la réception du décompte d'impôt par l'AFC jusqu'au moment de la compensation;
c  pour compenser une sûreté exigée par l'AFC.
2    Si l'assujetti n'a pas de domicile ni de siège sur le territoire de la Confédération, l'AFC peut en outre demander le dépôt de sûretés selon l'art. 93, al. 7, pour garantir de futures dettes fiscales.
3    En cas de retard répété dans le paiement de l'impôt, l'AFC peut obliger l'assujetti à verser des acomptes tous les mois ou deux fois par mois.
aLTVA).
1.2.2 Le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA, comme le prescrit l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA. Cette disposition doit être interprétée restrictivement, étant donné que, selon la jurisprudence du Tribunal de céans, seules les nouvelles règles qui traitent de la procédure au sens étroit doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le recours à l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA ne doit donc pas, sous le seul prétexte de règles de procédure, conduire à une application du nouveau droit matériel à des états de faits révolus sous l'ancien droit (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). Dans l'arrêt précité, il a ainsi été jugé que les thèmes suivants, notamment, ne relevaient pas du droit de procédure, à savoir l'obligation de tenir une comptabilité, le principe de l'auto-taxation, la taxation par estimation et les intérêts moratoires. S'agissant de ces matières, les juges ont donc fait application de l'ancien droit. Dans la présente affaire, les art. 70
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
, 71
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 71 Remise du décompte - 1 L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
1    L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
2    Si l'assujettissement prend fin, le délai commence à courir à partir de ce moment.
, 72
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 72 Correction d'erreurs dans le décompte - 1 L'assujetti qui constate des erreurs dans son décompte lors de l'établissement de ses comptes annuels doit les corriger au plus tard dans le décompte établi pour la période pendant laquelle tombe le 180e jour qui suit la fin de l'exercice considéré.
1    L'assujetti qui constate des erreurs dans son décompte lors de l'établissement de ses comptes annuels doit les corriger au plus tard dans le décompte établi pour la période pendant laquelle tombe le 180e jour qui suit la fin de l'exercice considéré.
2    L'assujetti est tenu de corriger ultérieurement les erreurs découvertes dans les décomptes des périodes fiscales antérieures pour autant que les créances de ces périodes fiscales ne soient pas entrées en force ou prescrites.
3    Les corrections ultérieures des décomptes doivent être opérées dans la forme prescrite par l'AFC.
4    Si le décompte présente des erreurs systématiques difficilement identifiables, l'AFC peut accorder des facilités à l'assujetti conformément à l'art. 80.
, 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
ou 87
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 87 Intérêt moratoire - 1 En cas de retard dans le paiement de l'impôt, un intérêt moratoire est dû sans sommation.
1    En cas de retard dans le paiement de l'impôt, un intérêt moratoire est dû sans sommation.
2    Aucun intérêt moratoire n'est dû si la perception ultérieure résulte d'une erreur qui n'aurait entraîné aucun préjudice financier pour la Confédération si elle avait été traitée correctement.
LTVA ne sont dès lors pas applicables, malgré le fait qu'ils figurent sous le titre "Procédure
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applicable à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et à l'impôt sur les acquisitions".
1.2.3 La question de l'application des règles procédurales du nouveau droit serait également susceptible de se poser, s'agissant de l'art. 81
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA, qui dispose désormais que (al. 1) la PA est applicable, à l'exclusion de son art. 2 al. 1 et que (al. 3) le principe de la libre appréciation des preuves est applicable, l'acceptation d'une preuve ne devant, par ailleurs, pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuve précis. Cela étant, dans la mesure où l'interprétation de l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA n'admet que le nouveau droit de procédure au sens étroit, il prime l'application de l'art. 81
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA qui ne contient, lui, aucune règle de droit transitoire. D'une part, s'agissant de l'appréciation des preuves, l'art 81 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA n'entre donc pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel (et les règles de procédure y relatives) demeure applicable en application de l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). Par ailleurs, pour les cas pendants, l'art. 81 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA n'a pas véritablement de portée propre. En effet, il convient de rappeler que l'application de la PA, c'est-à-dire des principes constitutionnels qui y ont trouvé leur expression, est déjà largement la règle devant le TAF (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A710/2007 du 24 septembre 2009 consid. 2.2) et que la non-application des art. 12 ss
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 12 - L'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens ci-après:
a  documents;
b  renseignements des parties;
c  renseignements ou témoignages de tiers;
d  visite des lieux;
e  expertises.
PA ne signifie pas l'exclusion des mesures d'instruction qui y sont énumérees (voir l'interprétation historique de l'art. 2 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 2 - 1 Les art. 12 à 19 et 30 à 33 ne sont pas applicables à la procédure en matière fiscale.
1    Les art. 12 à 19 et 30 à 33 ne sont pas applicables à la procédure en matière fiscale.
2    Les art. 4 à 6, 10, 34, 35, 37 et 38 sont applicables à la procédure des épreuves dans les examens professionnels, les examens de maîtrise et les autres examens de capacité.
3    En cas d'expropriation, la procédure est régie par la présente loi, pour autant que la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation12 n'en dispose pas autrement.13
4    La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la présente loi, pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral14 n'en dispose pas autrement.15
PA in: arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 3.1 et A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in: Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; PASCAL MOLLARD/XAVIER OBERSON/ANNE TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).
1.3 D'après l'art. 24
SR 273 Loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale
PCF Art. 24 - 1 Le demandeur qui entend exercer plusieurs actions contre le même défendeur peut les joindre dans une seule demande si le Tribunal fédéral est compétent pour connaître de chacune d'elles. Cette condition n'est pas exigée pour des prétentions accessoires.
1    Le demandeur qui entend exercer plusieurs actions contre le même défendeur peut les joindre dans une seule demande si le Tribunal fédéral est compétent pour connaître de chacune d'elles. Cette condition n'est pas exigée pour des prétentions accessoires.
2    Plusieurs personnes peuvent agir comme demandeurs ou être actionnées comme défendeurs par la même demande:
a  s'il existe entre elles, en raison de l'objet litigieux, une communauté de droit ou si leurs droits ou leurs obligations dérivent de la même cause matérielle et juridique. Le juge peut appeler en cause un tiers qui fait partie de la communauté de droit. L'appelé en cause devient partie au procès;
b  si des prétentions de même nature et reposant sur une cause matérielle et juridique essentiellement de même nature forment l'objet du litige et que la compétence du Tribunal fédéral soit donnée à l'égard de chacune d'elles.
3    Le juge peut en tout état de cause ordonner la disjonction, s'il l'estime opportun.
de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 4 - Les dispositions du droit fédéral qui règlent une procédure plus en détail sont applicables en tant qu'elles ne dérogent pas à la présente loi.
PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (cf. ANDRÉ MOSER / MICHAEL BEUSCH / LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht,
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Bâle 2008, ch. 3.17), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (cf. ATF 131 V 224 consid. 1, ATF 128 V 126 consid. 1 et les références citées, ATF 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1478/2006 et A-1477/2006 du 10 mars 2008 consid. 2). En l'occurrence, la recourante a déposé un recours à l'encontre de deux décisions rendues sur réclamation par l'AFC. Celles-ci présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, relatives à la taxation par estimation à laquelle l'AFC a procédé. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, l'une réglant la question précitée sous l'angle de l'aOTVA pour les périodes fiscales allant du 1er mai au 31 décembre 2000 et la seconde réglant la même question mais cette fois sous l'angle de l'aLTVA pour les périodes allant du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, ne modifie en rien ce qui précède. Il convient ainsi de procéder à une jonction de causes, sans qu'il se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 46 - 1 Les autres décisions incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    Si le recours n'est pas recevable en vertu de l'al. 1 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions incidentes en question peuvent être attaquées avec la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable. Partant, il convient de réunir les causes A-1700/2007 et A1379/2007 et de rendre un seul arrêt en la matière. 1.4 L'objet du litige porte sur la reprise fiscale afférente à la période du 1er mai 2000 au 30 juin 2002, laquelle résulte d'une taxation par estimation, à la suite d'un contrôle sur place. Le principe de cette taxation par estimation n'est pas remis en cause par la recourante. En revanche, le calcul de celle-ci est litigieux. Il convient de rappeler à ce stade que l'AFC a recomposé le chiffre d'affaires de la recourante sur la base de ses achats de matières premières, en appliquant à ceux-ci un coefficient de marge brute de 60 %. Cela étant, il s'est avéré ­ au cours de l'échange d'écritures ­ que la recourante n'avait pas acquis, durant l'année 2000, autant de marchandises de son fournisseur, ***, que l'AFC l'avait initialement retenu (Fr. 130'241.-). Sur le vu d'un décompte d'achats relatif à la période du 1er mai au 31 décembre 2000 totalisant Fr. 79'190.55, l'AFC a admis que l'écart entre les achats décomptés et ceux comptabilisés ne se montait pas à Fr. 51'370.-, comme retenu de
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prime abord, mais à Fr. 1'513.-, la reprise fiscale relative à la période en question devant donc être ramenée à Fr. 9'213.- (cf. duplique de l'AFC du 31 octobre 2007). L'AFC a donc a donné raison à la recourante, en ce sens que seul le décompte du fournisseur relatif à la période du 1er mai au 31 décembre 2000 s'avère pertinent, à l'exclusion de celui portant sur toute l'année 2000. Il s'ensuit que certaines des mesures d'instruction requises par la recourante dans sa réplique, à savoir la requête de production des pièces démontrant que *** aurait "comptabilisé un chiffre d'affaires à la recourante de Fr. 130'241.- pour 2000" et celle tendant à ce qu'elle "explique la différence entre le chiffre d'affaires qu'elle aurait comptabilisé au nom de X._______ pour 2000 (...) et celui qu'elle indique dans son relevé du 17.10.2002 pour la période du 1.05.2000 au 31.12.2000" n'ont plus d'utilité pratique. Le Tribunal de céans peut donc y renoncer, par anticipation des preuves.
Cela étant, le litige relatif au calcul estimatif n'est pas résolu pour autant. Il n'est ainsi pas possible de retenir que la taxation par estimation de l'une ou l'autre des périodes fiscales précitées n'est plus litigieuse. D'autres paramètres interviennent en effet dans le calcul et sont expressément contestés.
Afin de procéder à une analyse en bonne et due forme du cas d'espèce, le Tribunal de céans rappelera tout d'abord certaines obligations de l'assujetti, parmi lesquelles l'auto-taxation (cf. consid. 2 ci-après). Il traitera ensuite des conditions auxquelles la taxation par estimation est subordonnée (cf. consid. 3 ci-après), de la méthode d'estimation (cf. consid. 4 ci-après) et enfin du contrôle de la taxation par estimation par le Tribunal administratif fédéral (cf. consid. 5 ciaprès). 2.
2.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37 aOTVA et art. 46 aLTVA; cf. ERNST BLUMENSTEIN / PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421 ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et de verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte, sans que
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l'administration n'ait à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant. Il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 [Commentaire DFF], p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.4, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 2, A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.4, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 2.1). 2.2 Selon l'art. 47 al. 1 aOTVA, respectivement l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions 1997, ch. 870 ss), respectivement avec la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1 aOTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; arrêt du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.1; Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 66 p. 67 consid. 2a ; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). Les Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, ont repris les mêmes principes (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre
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2009 consid. 2.5.2, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 3.1, A3678 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 2.2). Selon les Instructions, les livres comptables doivent être adaptés à la nature et à l'importance de l'entreprise. Ainsi, il est nécessaire dans certains cas de tenir des livres de contrôle et des livres auxiliaires (cf. Instructions 1997, ch. 873; Instructions 2001, ch. 882). Toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées, chronologiquement, avec un libellé approprié, dans les livres de caisse, de compte de chèques postaux et de banque. Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits de comptes bancaires (cf. Instructions 1997, ch. 874; Instructions 2001, ch. 884).
La tenue détaillée et chronologique d'un livre de caisse répond à des exigences particulièrement hautes (cf. à ce sujet HANS GERBER, die Steuerschätzung [Veranlagung nach Ermessen], in Revue fiscale 1980 p. 306). Si un livre de caisse est censé apporter la preuve de l'exactitude des paiements intervenus, il y a lieu d'exiger que les entrées et les sorties d'argent liquide soient indiquées sans exception, de manière suivie et par ordre chronologique, et qu'elles soient comparées à un extrait de caisse tous les jours, dans les entreprises qui recourent intensivement à des paiements en liquide. C'est seulement de cette manière qu'il est possible de garantir que les liquidités encaissées soient enregistrées de manière complète (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.1, 2A.657/2005 du 9 juin 2006 consid. 3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.4, A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 2.2, A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5 et les réf. citées).
2.3 Conformément à l'art. 47 al. 2 aOTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. S'agissant du mode de conservation, l'art. 962 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 962 - 1 En plus des comptes annuels qu'elles établissent conformément au présent titre, les entreprises suivantes sont tenues de dresser des états financiers selon une norme reconnue:
1    En plus des comptes annuels qu'elles établissent conformément au présent titre, les entreprises suivantes sont tenues de dresser des états financiers selon une norme reconnue:
1  les sociétés dont les titres sont cotés en bourse, lorsque la bourse l'exige;
2  les sociétés coopératives, lorsqu'elles comptent au moins 2000 membres;
3  les fondations, lorsque la loi les soumet au contrôle ordinaire.
2    Les personnes suivantes peuvent en outre exiger l'établissement d'états financiers selon une norme reconnue:
1  les associés, s'ils représentent ensemble au moins 20 % du capital social;
2  10 % des membres de la société coopérative ou 20 % des membres de l'association;
3  tout associé ou membre qui répond personnellement des dettes de l'entreprise ou est soumis à l'obligation de faire des versements supplémentaires.
3    L'obligation de dresser des états financiers selon une norme reconnue s'éteint lorsque l'entreprise présente des comptes consolidés établis selon une norme reconnue.
4    Le choix d'une norme reconnue incombe à l'organe supérieur de direction ou d'administration à moins que les statuts, le contrat de société ou l'acte de fondation n'en disposent autrement ou que l'organe suprême ne désigne lui-même une norme reconnue.
CO (respectivement l'art. 957 al. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 957 - 1 Doivent tenir une comptabilité et présenter des comptes conformément au présent chapitre:
1    Doivent tenir une comptabilité et présenter des comptes conformément au présent chapitre:
1  les entreprises individuelles et les sociétés de personnes qui ont réalisé un chiffre d'affaires supérieur à 500 000 francs lors du dernier exercice;
2  les personnes morales.
2    Les entreprises suivantes ne tiennent qu'une comptabilité des recettes et des dépenses ainsi que du patrimoine:
1  les entreprises individuelles et les sociétés de personnes qui ont réalisé un chiffre d'affaires inférieur à 500 000 francs lors du dernier exercice;
2  les associations et les fondations qui n'ont pas l'obligation de requérir leur inscription au registre du commerce;
3  les fondations dispensées de l'obligation de désigner un organe de révision en vertu de l'art. 83b, al. 2, CC797.
3    Le principe de régularité de la comptabilité s'applique par analogie aux entreprises visées à l'al. 2.
CO depuis la révision de la comptabilité commerciale, en vigueur depuis le 1er juin 2002 [cf. le Message du Conseil fédéral du 31 mars 1999 in FF 1994 4753]), demeure réservé, étant précisé que certains contribuables ne sont pas tenus de s'inscrire au registre du commerce
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et ne sont donc pas astreints à tenir une comptabilité. A ce propos, le Conseil fédéral a rappelé, dans son message précité relatif à la révision de la comptabilité commerciale, que les dispositions du CO concernant la conservation des livres sont également importantes pour les artisans et les entreprises qui ne sont pas obligés par le CO à tenir une comptabilité, car les dispositions du droit commercial relatives à l'obligation de tenir et de conserver les livres s'appliquent également en droit fiscal, la révision ne changeant rien à cette situation car il ne serait pas judicieux de renoncer à l'unité du droit commercial et du droit fiscal (FF 1994 4763, qui renvoie aux Directives applicables en matière fiscale pour la tenue régulière de la comptabilité et relatives à l'enregistrement ainsi qu'à la conservation des documents commerciaux sur des supports de données ou d'images, publiées en 1979 et qui constitue l'exemple le plus frappant des effets du droit commercial sur le droit fiscal, selon le Conseil fédéral). Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2 in fine aOTVA; cf. également les ch. 938 ss. des Instructions 1997). Sous l'angle de l'aLTVA, l'art. 58 al. 2 aLTVA reprend pour l'essentiel les termes de l'aOTVA mais la durée de conservation des pièces a été portée à dix ans (à ce sujet, cf. les ch. 943 ss des Instructions 2001; WILLI LEUTENEGGER, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 aLTVA). 3. Il s'agit de préciser à quelles conditions la taxation par estimation est susceptible d'intervenir.
3.1 Aux termes de l'art. 48 aOTVA, respectivement 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.1, A5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.6.1, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.1, A-6552/2007 et A-7166/2007 du 19 mai
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2009 consid. 4.1).
La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité (cf. PASCAL MOLLARD, TVA et taxation par estimation, Archives vol. 69 p. 547). Elle représente la suite logique de l'art. 50 aOTVA, respectivement de l'art. 62 aLTVA, qui enjoint à l'AFC de contrôler que les assujettis remplissent leurs obligations (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 5.1, A-3678/2007 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 2.3, A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 2.3 et A-1549/2006 du 16 mai 2008 consid. 2.3; MOLLARD, op. cit., p. 519). Il convient en effet d'éviter que les cas où le contribuable se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants, voire inexistants, ne se soldent par une perte d'impôt (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 5.2 et A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 3.2).
3.2 Il s'agit de distinguer les constellations de cas suivants, qui mènent à une taxation par estimation, selon l'art. 48 aOTVA, respectivement l'art. 60 aLTVA.
3.2.1 Tout d'abord, il y a taxation par estimation lorsque sont en cause des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité, en particulier lorsqu'elles sont d'une gravité telle qu'elles remettent en cause la véracité matérielle des résultats comptables (cf. entre autres : arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.6.2, A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 5.1, A-3678/2007 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 3.1). 3.2.2 Ensuite, même une comptabilité tenue de manière formellement correcte peut conduire à une estimation, lorsque les résultats ne correspondent manifestement pas à la réalité. Tel est le cas lorsque des indices laissent apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise (cf. MOLLARD, op. cit., p. 544 et les réf. citées). Selon la jurisprudence, cette situation se présente également lorsque les résultats commerciaux résultant des livres comptables s'écartent de
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manière importante des coefficients expérimentaux recueillis par l'AFC et spécifiques à la branche en question, étant encore précisé que l'assujetti n'est alors pas en mesure de démontrer ­ ou à tout le moins de rendre vraisemblables ­ des circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf. entre autres : arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.6.2, A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 5.1, A-3678 et A-3680/2009 du 18 août 2009 consid. 3.1; MOLLARD, op. cit, p. 544).
3.2.3 Peu importent en revanche les causes de la déficience de la comptabilité, qu'elles soient d'ordre personnel ou concernent l'entreprise elle-même (cf. Archives vol. 48 p. 490 consid. 1, vol. 46 p. 131 consid. 2), de même ­ par exemple ­ lorsqu'elles sont liées à la défaillance du comptable ou de la fiduciaire de l'assujetti (cf. Archives vol. 46 p. 131 consid. 2; vol. 46 p. 456 consid. 1; MOLLARD, op. cit., p. 545 ch. 3.1.2).
4. Les conditions de la taxation par estimation étant établies, il s'agit de voir quelles méthodes l'AFC doit appliquer dans ce contexte. 4.1 Si les conditions sont remplies, dans le cadre de cette taxation par estimation, l'autorité doit établir l'état de fait sur la base de la vraisemblance (cf. BLUMENSTEIN/LOCHER, op. cit., p. 404 et les réf. citées). Elle doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause, qui se fonde sur des données plausibles et dont le résultat se rapproche le plus possible de la situation réelle (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2, 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.5.2, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.2, A-746/2007 du 6 novembre 2009 consid. 4.1, A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.7.2; JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; MOLLARD, op. cit., p. 547 ss).
4.2 Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-
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4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 3.2.3, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.2, A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.7.2; MOLLARD, op. cit., p. 526 ss; NICOLAS SCHALLER/YVES SUDAN/PIERRE SCHEUNER/PASCAL HUGUENOT, TVA annotée, Genève-Zurich-Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). Parmi ces méthodes, la méthode par extrapolation consiste à établir le chiffre d'affaires pour un court laps de temps par voie de reconstruction et à en appliquer le résultat obtenu à une période plus longue, voire à toute la période contrôlée. Il y a lieu de se souvenir que l'AFC ne peut l'appliquer de manière arbitraire et qu'elle est aussi soumise à certaines conditions qu'il lui appartient de respecter. Ainsi, cette méthode est admissible pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes (notamment la marche des affaires et la politique de l'entreprise) prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation, afin que le résultat obtenu apparaisse vraiment représentatif (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2 et 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.2 et 4.3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A4146/2009 du 9 mars 2010 consid. 3.4, A-746/2007 du 6 novembre 2009 consid. 4.3, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.2, A-1596 du 2 avril 2009 consid. 2.5; MOLLARD, op. cit., p. 552 ch. 3.2.2.2.3). Cela étant, un faisceau d'indices, selon lesquels les circonstances déterminantes étaient les mêmes durant les périodes sujettes à extrapolation et durant la période contrôlée, peut suffire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 5.2.3 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3). 4.3 En revanche, l'AFC n'a pas le devoir de parvenir à un chiffre d'affaires réel, puisqu'une estimation, par nature, ne peut jamais y conduire. La taxation par estimation repose en effet, nécessairement, sur des suppositions. Il ne pourra donc s'agir que d'une constatation approximative du véritable état de fait (cf. MOLLARD, op. cit., p. 547 s.). 5. Cela étant, il faut encore définir la mesure dans laquelle l'assujetti peut remettre en cause la taxation par estimation, dans le cadre de la procédure de recours, devant le Tribunal administratif fédéral. Dans cette procédure, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Le pouvoir
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d'examen du Tribunal administratif fédéral n'est cependant pas identique dans les deux cas (cf. consid. 5.1 et 5.2 ci-après). 5.1 Le Tribunal administratif fédéral examine sans réserve si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.1, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.3, A140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.3; dans le même sens, s'agissant du pouvoir d'examen du Tribunal fédéral : arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 1.4). Dans ce contexte, il appartient à l'AFC d'apporter la preuve des conditions permettant de procéder à une taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3678 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 3.1, A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 3.1, A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 5.3; BLUMENSTEIN/LOCHER, op. cit., p. 454). 5.2
5.2.1 En revanche, si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies et qu'il s'agit d'examiner le calcul de celleci, le Tribunal administratif fédéral s'impose une certaine retenue (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.1, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.3, A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 6.2), confirmant en ce sens la jurisprudence de la CRC (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3). S'agissant de la méthode appliquée, de son choix, des bases de calcul et de leur mélange, seul un excès ou un abus du pouvoir d'appréciation ­ autant dire l'arbitraire ­ ainsi que la violation des principes et des droits constitutionnels peuvent être raisonnablement envisagés (cf. MOLLARD, op. cit. p. 556; dans le même sens, s'agissant du pouvoir d'examen du Tribunal fédéral : arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 1.4).
5.2.2 Dans ce contexte, il convient de rappeler que c'est à l'assujetti qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_426/2008, 2C_432/2008 et 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2, 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.2 et 2A.580/1999 du 21 juin 2000; arrêts du Tribunal administratif fédéral A4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.2, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.3, A-746/2007 du 6 novembre 2009
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consid. 5.2; JAAC 64.47 consid. 5b in RDAF 2000, 2e partie, p. 350). Est manifestement erronée toute appréciation qui n'a pas pris en considération des points de vue essentiels ou les a interprétés de manière inexacte (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 1.4 et 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 1.4). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.693/2006 du 26 juillet 2007, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.3 et A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.3; JAAC 67.82 consid. 4a/cc; MOLLARD, op. cit., p. 548). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.
6.
En l'espèce, il y a lieu d'aborder la problématique en deux temps, c'est-à-dire tout d'abord de déterminer si la taxation par estimation a eu lieu à bon droit (cf. consid. 6.1 ci-après) et, ensuite, si ses résultats peuvent être confirmés (cf. consid. 6.2 ci-après). 6.1
6.1.1 Comme déjà souligné (consid. 1.4 ci-avant), la recourante n'a pas remis en cause, dans son recours, le principe de la taxation par estimation, qui n'apparaît donc pas (ou plus) litigieux. Il ressort en effet du courrier de la recourante au Tribunal de céans du 19 mars 2007, qu'elle conteste « la manière dont (l'AFC) a évalué le chiffre d'affaires (...) » et requiert le Tribunal de céans de « revoir ces taxations sur la base des nouveaux éléments fournis et permettant de rétablir une situation plus équitable de la taxation ». Dans sa réplique, elle développe par ailleurs des arguments concernant le coût d'acquisition des marchandises vendues afférent à l'année 2000 ainsi que le coefficient de marge brute appliqué par l'AFC (60 %). Elle ne soutient
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donc pas qu'une taxation par estimation n'a pas lieu d'être. Il s'ensuit que le Tribunal de céans n'a pas à se prononcer sur ce point. 6.1.2 Bien qu'il n'ait pas à traiter cette problématique, le Tribunal de céans tient tout de même à relever qu'il n'y a, en effet, aucun argument qui fait obstacle à une taxation par estimation, dans le cas présent.
Tout d'abord, en effet, la comptabilité n'était pas tenue de manière formellement correcte (cf. consid. 3.2.1 ci-avant). Ainsi que l'a constaté l'AFC, les recettes de la recourante étaient reportées dans le livre de caisse uniquement une fois par mois, durant l'ensemble des périodes fiscales contrôlées. Ensuite, la recourante a omis de déclarer Fr. 10'000.- de chiffre d'affaires qu'elle a réalisés au cours du 1er trimestre 2002 (cf. annexe au décompte complémentaire n° ***), ce que l'intéressée ne conteste nullement (voir, pour un cas comparable de fausse déclaration justifiant une taxation par estimation : arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4146/2009 du 9 mars 2010 consid. 4.1).
S'y ajoute aussi le fait que la marge brute de la recourante fluctue de manière importante en fonction des périodes contrôlées (40 % pour l'année 2000, 46 % pour l'année 2001 et quasi 59 % pour l'année 2002, sur la base du coût des matières et du chiffre d'affaires comptabilisés), sans explication cohérente. Dans ses écritures, la recourante fait, certes, valoir que sa marge brute a été affectée par des débuts d'exploitation difficiles. Ses explications ne sont, cependant, étayées par aucun élément probant. Il en va ainsi de l'assertion selon laquelle, par exemple, elle aurait dû acquitter certaines factures qui avaient été adressées à l'ancien exploitant et étaient demeurées impayées (cf. sa réplique, p. 4), étant encore précisé qu'il faudrait de surcroît ­ pour que la marge brute en soit affectée ­ que ces factures figurent dans le décompte du fournisseur relatif à la période du 1er mai au 31 décembre 2000 et qu'elle n'ait pas elle-même disposé de la marchandise facturée. Elle ne démontre pas non plus avoir été contrainte de comprimer les prix de vente, au début de son exploitation, comme elle l'affirme.
Il s'ensuit que, même si l'on fait abstraction du problème de la comptabilisation complète ou non des achats effectués auprès du fournisseur *** en 2000, résolu au terme de l'échange d'écritures (seul
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un montant de Fr. 1513.- n'ayant finalement pas été comptabilisé), des indices laissent apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique réelle de l'entreprise. Cette conclusion est corroborée par les affirmations de la recourante elle-même, selon laquelle elle n'avait aucun contrôle sur la caisse et ne pouvait garantir l'exactitude de rentrées financières, durant les deux premières années d'exploitation (cf. courrier de la recourante à l'AFC du 12 novembre 2002, pièce n° 5 du dossier de l'AFC). Dans ces conditions, l'AFC était dès lors parfaitement fondée à procéder à une taxation par estimation.
6.1.3 L'AFC a également justifié cette démarche par le fait que marge brute de la recourante était bien inférieure aux coefficients expérimentaux recueillis par ses soins dans la branche en question (70 % environ), argument qui peut être laissé de côté dans la mesure où il ne fait que confirmer la conclusion précitée, selon laquelle la taxation par estimation est intervenue à bon droit. Il est ainsi inutile d'engager le débat quant à la pertinence de ces coefficients dans le cas d'espèce. Par voie de conséquence, il n'y a pas lieu de donner suite, dans ce contexte, à la requête de la recourante, tendant à ce que l'autorité intimée indique de manière précise comment elle détermine les coefficients expérimentaux, en précisant quels sont les types d'établissements comparés à celui de la recourante (cf. réplique p. 4). Quelles que puissent être les informations que l'AFC pourrait donner à ce sujet, elles ne modifieraient en rien les conclusions résultant du consid. 6.1.2 ci-avant. Demeurera cependant encore à examiner s'il convient de faire droit à cette requête, dans le cadre de l'examen des résultats de la taxation par estimation (consid. 6.2 ciaprès). 6.2 En ce qui concerne l'exécution de l'estimation, il faut distinguer deux périodes, à savoir celle du 1er janvier au 30 juin 2002 (cf. consid. 6.2.1 ci-après) et celle du 1er mai 2000 au 31 décembre 2001 (cf. consid. 6.2.2 ci-après).
6.2.1 S'agissant tout d'abord de la période du 1er janvier 2002 au 30 juin 2002, l'AFC a relevé que la recourante avait omis de déclarer Fr. 10'000.- de chiffre d'affaires au cours du premier trimestre de l'année en question, sur lequel elle a repris l'impôt, correspondant à Fr. 706.30. Ce montant n'a pas été estimé et n'est d'ailleurs pas
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contesté par la recourante. A cela s'ajoute que l'AFC a corrigé par estimation le chiffre d'affaires de cette période. Elle a procédé en partant du coût des matières premières de la recourante, auquel elle a appliqué une marge brute qui ne correspond pas exactement à celle atteinte par cette dernière durant la période en question. En effet, la recourante réalisait une marge brute de 58.38 % (cf. rapport de révision, pièce n° 2 du dossier de l'AFC), alors que l'AFC l'a arrondie à 60 %. La différence de chiffre d'affaires de Fr. 17'391.-, résultant de cette correction de la marge brute, est à l'origine d'un rappel d'impôt de Fr. 1'321.70 (cf. annexe au décompte complémentaire n° *** du 27 septembre 2002). Sous cet angle et pour deux raisons essentielles, le recours ne résiste pas à l'examen.
6.2.1.1 D'une part, l'AFC n'a pas fait appel à des coefficients expérimentaux, dans le cadre du calcul (cf. consid. 4.2 ci-avant). Le fait que la marge de la recourante ait été arrondie (à 60 %) n'est pas assimilable au recours à des chiffres d'expérience. D'ailleurs, ces derniers se révèlent apparemment bien supérieurs à la marge susdite, puisque, selon les données avancées par l'AFC, la marge brute atteindrait 70 % dans la branche en question. Cela étant, il faut bien dire que le procédé qui a consisté, pour l'AFC, à renoncer à se référer aux chiffres d'expérience, a été favorable à la recourante et que celleci ne saurait s'en plaindre. Il semble donc y avoir incompréhension de la part de cette dernière qui « s'oppose à l'application de coefficients expérimentaux qui lui ont été présentés comme une donnée intangible » (cf. réplique de la recourante, p. 3), sans discerner que ces coefficients n'ont pas été appliqués dans son cas. Cela étant, il n'y a pas lieu de requérir, ainsi que le souhaiterait la recourante, des informations tendant à déterminer comment l'AFC établit les coefficients expérimentaux en question, en particulier quels sont les types d'établissements qui ont été comparés au sien (cf. réplique de la recourante, p. 4, ch. II, Mesures d'instruction). En effet, ces indications ne changeraient rien à la solution du litige, puisque les coefficients litigieux n'ont pas eu d'influence dans le cadre du calcul. Le Tribunal de céans y renonce dès lors, par anticipation des preuves. Certes, la marge que la recourante a réalisée durant la période du 1er janvier au 30 juin 2002 a été arrondie vers le haut (de 58,38 à 60 %). De manière générale, il ne saurait être question d'un semblable arrondi. Cela étant, dans la présente affaire, celui-ci se justifie dans la mesure où la comptabilité de l'intéressée ne présentait pas les
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garanties requises d'exhaustivité et ne constituait plus un outil parfaitement fiable. A cela s'ajoute que le décompte TVA de la recourante relatif à la période en question était également incomplet, puisque l'AFC a relevé que Fr. 10'000.- avaient été omis, toute estimation mise à part. Ces carences justifiaient de procéder à une reconstruction du chiffre d'affaires. Dans ces conditions, vu le pouvoir d'appréciation important de l'AFC, l'arrondi en question n'est pas critiquable.
6.2.1.2 D'autre part, la recourante ne prétend pas que l'AFC aurait dû s'en tenir à une marge brute de 58,38 %, qui ressort de sa comptabilité, même déficiente. Elle s'essaie plutôt à démontrer qu'elle réalisait une marge bien inférieure, de l'ordre de 48 %, ce qui se heurte à l'évidence résultant des chiffres afférents à la période du 1er janvier 2002 au 30 juin 2002 qui peuvent se trouver en-deçà de la réalité économique de la société, raison d'être de la taxation par estimation. Ses arguments trouveraient ainsi plutôt leur place dans l'examen du calcul estimatif des autres périodes fiscales, qui ont fait l'objet d'une extrapolation de l'AFC. Le Tribunal de céans y reviendra donc ci-après, dans ce contexte. Il faut rappeler, au surplus, que le Tribunal de céans ne revoit le calcul estimatif qu'avec retenue (cf. consid. 5.2.1 ci-avant). Ce n'est que si l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité qu'il devrait alors faire prévaloir son appréciation sur celle de l'instance précédente. Cette retenue demeure, malgré l'entrée en vigueur du nouveau droit de procédure au 1er janvier 2010 (cf. consid. 1.2 ci-avant), étant donné qu'elle est liée à l'ancien droit matériel. En outre, les conditions de la taxation étant données, la recourante supporte la preuve du caractère manifestement inexact des résultats de celle-ci (cf. consid. 5.2.2 ciavant). Dans le cas présent, il apparaît que le calcul n'est pas manifestement incorrect, la recourante n'ayant ­ pour sa part ­ pas fait la démonstration d'une inexactitude manifeste. Elle doit donc supporter l'approximation qui peut résulter de l'estimation. En conclusion, l'impôt réclamé par l'AFC pour la période fiscale du 1er janvier 2002 au 30 juin 2002 de Fr. 2'028.- (Fr. 1321.70 + Fr. 706.30; cf. annexe au décompte complémentaire n° ***) ne prête pas flanc à la critique. Le recours doit donc être entièrement rejeté pour dite période. 6.2.2 S'agissant par ailleurs de l'estimation de la période du 1er mai 2000 au 31 décembre 2001, l'AFC a procédé par extrapolation.
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6.2.2.1 Plus précisément, l'AFC a reconstitué le chiffre d'affaires de la recourante, en se basant sur le coût des matières premières et sur une marge brute de 60 %, qui ne correspond pas du tout à celle atteinte durant la période en question, mais à celle de la période 1er janvier 2002 au 30 juin 2002, déjà examinée ci-avant (consid. 6.2.1). Appliquée à la période fiscale du 1er mai au 31 décembre 2000 et compte tenu des achats de marchandises manquants en comptabilité de Fr. 1'513.-, cette marge conduit à corriger le chiffre d'affaires de Fr. 122'844.- pour la période en question, d'où un impôt de Fr. 9'213.(cf. duplique de l'AFC, p. 7). Pour la période allant du 1er janvier au 31 décembre 2001, la correction de la marge brute fait apparaître une différence de chiffre d'affaires de Fr. 172'442.-, montant sur lequel la TVA est due à hauteur de Fr. 13'105.60 (cf. annexe au décompte complémentaire n° ***).
6.2.2.2 Le Tribunal de céans relève que la méthode de l'extrapolation a été utilisée à bon droit, dans le cas présent, puisque les carences reprochées à la recourante affectent l'ensemble des périodes fiscales considérées. Il s'avère, en effet, que la comptabilité n'était pas tenue de manière formellement correcte, que ce soit durant la période du 1er janvier au 30 juin 2002 ou durant celle allant du 1er mai 2000 au 31 décembre 2001. Ajoutées à cela les fluctuations importantes et inexpliquées de la marge brute au cours des années en question, il existe un faisceau d'indices dont il faut conclure que la comptabilité ne reflétait pas la situation économique réelle de l'entreprise. Rien ne laisse penser, finalement, que la marche des affaires ait été fondamentalement différente durant la période contrôlée (du 1er janvier au 30 juin 2002) et durant celle sujette à extrapolation (du 1er mai 2000 au 31 décembre 2001). Certes, la recourante prétend qu'elle a connu des débuts d'exploitation difficiles, mais cette hypothèse n'a rien d'évident, si l'on considère ­ notamment ­ que la recourante a repris l'exploitation d'un précédent exploitant (cf. questionnaire pour l'enregistrement comme contribuable TVA, sous pièce n° 1 du dossier de l'AFC) et n'a pas créé une nouvelle enseigne. Encore faudrait-il, d'ailleurs, que l'assertion de la recourante soit étayée par des éléments autres qu'une comptabilité déficiente, ce qui n'est nullement le cas.
6.2.2.3 Il y a lieu ensuite de rappeler que l'AFC n'a pas fait appel aux coefficients d'expérience, dans le cadre de l'estimation de cette période fiscale, puisqu'elle s'est servi de la marge brute réalisée par la
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recourante durant une période fiscale ultérieure, même si celle-ci a été arrondie (cf. consid. 6.2.2.1 ci-avant). Les motifs déjà développés au consid. 6.1.3 ci-avant valent donc également dans ce contexte. En particulier, il n'y a pas lieu de donner suite à la requête de la recourante, tendant à savoir comment l'AFC a établi les coefficients expérimentaux prévalant dans la branche en question, puisque ceux-ci n'ont pas servi au calcul de la reprise d'impôt litigieuse. 6.2.2.4 Enfin, rien n'indique que le coefficient de marge brute (60 %) retenu par l'AFC soit manifestement inexact, étant encore rappelé que le Tribunal de céans ne revoit le calcul de l'estimation qu'avec retenue (cf. consid. 5.2.1 ci-avant). Bien au contraire, si l'on considère que cette marge brute correspond à celle atteinte par la recourante durant la période du 1er janvier 2002 au 30 juin 2002, à deux décimales près, le chiffre retenu apparaît comme une donnée fiable, parfaitement idoine, dès lors qu'il s'agit de reconstituer la comptabilité déficiente des périodes fiscales litigieuses.
6.2.2.5 Certes, la recourante a fait valoir ­ devant l'instance inférieure ­ que sa marge brute se montait en réalité à 48 % (cf. feuille de calcul établie par la recourante, sous pièce n° 5 du dossier de l'AFC), argument qu'elle a repris dans le cadre de son mémoire de réplique (cf. réplique p. 3 ch. 4). La recourante explique sa marge, laquelle apparaît relativement faible en comparaison de celle évoquée par l'AFC, par le fait qu'au coût d'achat de la viande vient s'ajouter celui du petit matériel nécessaire pour servir ce type de nourriture, tel que serviettes, assiettes, couteaux et fourchettes jetables (cf. courrier de la recourante à l'AFC du 12 novembre 2002, pièce n° 5 du dossier de l'AFC). Mais son grief se révèle totalement infondé. L'AFC s'est en effet basée sur le coût d'achat des matières premières et non seulement des achats de viande. Ainsi, par exemple pour l'année 2001, les livraisons de *** se montaient à Fr. 168'112.- alors que l'AFC a retenu que le coût des matières totalisait Fr. 264'915.- (cf. rapport de révision). Par ailleurs, la recourante se borne à présenter des chiffres sans les justifier d'une quelconque manière. Ceux-ci ne sont donc pas étayés par des documents tels que des factures, des relevés de comptes ou d'autres justificatifs. Compte tenu du fait que la recourante supporte le fardeau de la preuve du caractère manifestement inexact de la taxation (cf. consid. 5.2.2 ci-avant), et qu'elle ne s'est pas essayée à apporter la preuve requise par pièces, son point de vue doit être écarté.

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6.2.2.6 Certes encore, il serait imaginable que la marge brute de la recourante ait été affectée si elle avait, par hypothèse, renoncé à percevoir une quelconque marge lors de la vente de nourriture à certains clients, pour des occasions telles que mariages et autres réceptions. Il est vrai que cette démarche de la recourante serait singulière, mais elle n'en serait pas pour autant inconcevable. Cela étant, la recourante n'allègue rien de tel.
Elle prétend bien que certaines personnes ont utilisé son nom pour passer commande auprès de son fournisseur, ***, mais cette assertion s'inscrit dans un cadre précis. Les attestations de clients qu'elle a fournies au Tribunal de céans visaient exclusivement à expliquer la différence entre les deux décomptes de son fournisseur, datés de l'année 2000, l'un totalisant Fr. 130'241.- et l'autre Fr. 79'190.55. Cette différence ayant été expliquée et résolue, les attestations en question n'ont pas d'autre ou plus ample pertinence.
De surcroît, la recourante elle-même a indiqué que les marchandises en question ne lui avaient pas été livrées par ***, mais qu'elles l'avaient été directement aux tiers clients, qui les avaient acquittées auprès du fournisseur précité (cf. réplique de la recourante p. 2 ch. 2). Si l'on suit ces explications, les factures y relatives ne devraient donc pas se trouver dans la comptabilité de la recourante, qui n'a ni passé commande ni réglé les marchandises en question. En bonne logique, l'impact sur la marge brute de cette dernière se révèle ainsi inexistant. D'ailleurs, la thèse selon laquelle ces achats, réalisés par des tiers directement auprès de ***, seraient inscrits dans la comptabilité de la recourante peut être écartée sur la base des chiffres à disposition du Tribunal de céans. En effet, le décompte de ce fournisseur fait état d'un total de Fr. 79'190.55 d'achats effectués par la recourante en l'an 2000. S'il fallait admettre que la majeure partie de ces achats, à savoir Fr. 49'500.- (montant résultant des attestations de tiers produites; cf. duplique de l'AFC p. 5), concernent de la marchandise revendue par la recourante sans prendre de marge, il faudrait alors retenir qu'elle a, par ailleurs, réalisé une marge brute de 84 % sur ses autres affaires, compte tenu du chiffre d'affaires qu'elle a comptabilisé durant la période en question (Fr. 237'536.-). L'incohérence de cette marge est manifeste, surtout compte tenu des tentatives d'explications de la recourante concernant la difficulté d'atteindre la marge usuelle dans la branche en question.

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6.2.2.7 Il s'ensuit que la marge brute retenue par l'AFC apparaît correcte. Les chiffres sur lesquels l'AFC s'est par ailleurs fondée dans son calcul, à savoir le montant des achats de matières premières (une fois admis que seul le décompte du fournisseur portant sur la période du 1er mai au 31 décembre 2000 est seul pertinent pour la période correspondante) et le montant du chiffre d'affaires comptabilisé ne sont pas contestés.
S'agissant de la période du 1er mai au 31 décembre 2000, il faut donc confirmer l'estimation corrigée par l'AFC dans le cadre de sa duplique, laquelle conduit à prononcer que la recourante doit encore verser Fr. 9'213.- de TVA relative à cette période fiscale, plus intérêt moratoire dès le 30 septembre 2001. A mesure que la correction entreprise l'a été au titre des achats de marchandises, initialement surévalués, ce que la recourante avait soulevé à juste titre, le recours se révèle partiellement bien fondé et la décision sur réclamation du 18 janvier 2007 relative à cette période fiscale doit être partiellement annulée.
Concernant la période allant du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2001, il y a lieu de s'en tenir à l'estimation résultant de la décision corrélative, laquelle aboutit à une reprise d'impôt de Fr. 13'105.60, qui est ainsi confirmée. Le recours se révèle mal fondé à cet égard. 7.
Conformément à l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA, les frais de procédure sont mis dans le dispositif à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. Ils sont fixés conformément à l'art. 4
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 4 Emolument judiciaire dans les contestations pécuniaires - Dans les contestations pécuniaires, l'émolument judiciaire se monte à:
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse le surplus éventuel. Aux termes de l'art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA et de l'art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et particulièrement élevés qui lui ont été occasionnés. Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'y ont pas droit (art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF).
En l'occurrence, la recourante n'obtient que partiellement gain de
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cause. Elle supportera dès lors les frais de procédure, réduits de moitié. Ces frais étant fixés à Fr. 5'300.-, ils sont mis à la charge de la recourante à concurrence de Fr. 2'650.-. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée (Fr. 5'300.- [Fr. 2'500.- + Fr. 2'800.-]) et le solde de Fr. 2'650.- est restitué à la recourante, dès l'entrée en force du présent arrêt.
Pour les mêmes motifs, la recourante se verra octroyée une indemnité de dépens réduite de moitié par rapport au montant qui lui aurait été alloué, en cas de gain intégral du procès. Compte tenu par ailleurs de l'activité de son mandataire professionnel, qui s'est essentiellement matérialisée par le dépôt d'une réplique, il se justifie de lui octroyer une indemnité de dépens réduite de moitié, équivalente à Fr. 2'000.-, TVA comprise, à la charge de l'autorité inférieure.
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce : 1.
Les causes A-1379/2007 et A-1700/2007 sont jointes et réunies sous un seul numéro de dossier, soit le A-1379/2007. 2.
Le recours est partiellement admis et la décision sur réclamation de l'AFC du 18 janvier 2007 relative à la période fiscale du 1er mai au 31 décembre 2000 est partiellement annulée, au sens du considérant 6.2.2.7.
3.
La recourante est débitrice d'un montant de Fr. 9'213.- de taxe sur la valeur ajoutée, plus intérêt moratoire dès le 30 septembre 2001, au titre de la période fiscale allant du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000. 4.
Le recours est rejeté pour le surplus.
5.
Les frais de procédure sont fixés à Fr. 5'300.-. Ils sont mis à la charge de la recourante à concurrence de Fr. 2'650.-, la différence par rapport à l'avance de frais versée, à savoir Fr. 2'650.-, lui étant restituée dès l'entrée en force du présent arrêt.

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6.
Il est alloué à la recourante une somme de Fr. 2'000.- à titre de dépens, à la charge de l'autorité inférieure.
7.
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)
Le président du collège :

La greffière :

Pascal Mollard

Marie-Chantal May Canellas

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).
Expédition :

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