Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-2664/2012

Arrêt du 17 décembre 2012

Pascal Mollard (président du collège),

Composition Salome Zimmermann, Daniel Riedo, juges,

Cédric Ballenegger, greffier.

A._______ Sàrl,

Parties représentée par (...), avocat,

recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,

Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,

autorité inférieure .

TVA; réclamation; décision d'irrecevabilité de l'AFC;

délai pour compléter une écriture; art. 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA et art. 83
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA;
Objet
période du 1ertrimestre 2007 au 2etrimestre 2008,

et 4etrimestre 2008.

Faits :

A.
La société A._______ Sàrl (ci-après: la recourante) a, selon les indications du registre du commerce, le but suivant: "acquisition, aliénation d'immeubles; expertises immobilières; promotions immobilières; import-export et toutes opérations convergentes". Elle a son siège à (...). Elle a été inscrite au registre des contribuables TVA du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2009.

B.
Par décompte complémentaire n° (...) du 12 décembre 2008, l'Administration fédérale des contributions (ci-après l'autorité inférieure ou l'AFC) a réclamé Fr. 63'397.-- à la recourante, estimant que celle-ci avait effectué des mises en compte de l'impôt préalable à tort. Le décompte concernait toutes les périodes fiscales de l'année 2007, ainsi que le premier, le deuxième et le quatrième trimestre de l'année 2008.

C.
La recourante n'ayant pas acquitté la dette, l'AFC a engagé une procédure à son encontre auprès de l'office des poursuites de (...). Celui-ci a procédé à la notification d'un commandement de payer le 25 novembre 2009. La recourante a fait opposition. Par décision du 26 avril 2010, l'AFC a fixé le montant dû à Fr. 51'973.14, plus les intérêts à hauteur de Fr. 5'089.-- et de Fr. 96.--. L'AFC a également levé l'opposition de la recourante à concurrence du total de ces montants.

D.
Le 4 juin 2010, la recourante a adressé une réclamation à l'AFC contre la décision précitée. Quasiment deux ans plus tard, soit le 5 mars 2012, l'AFC a fait savoir à la recourante que sa réclamation ne répondait pas aux formes minimales imposées par la loi. Elle lui a imparti un délai de dix jours, non prolongeable, pour régulariser son écriture. Par télécopie du 14 mars 2012, la mandataire de la recourante a informé l'AFC que "son client" (par quoi il faut vraisemblablement entendre le gérant de la recourante) était absent et qu'elle ne pourrait agir qu'à la fin du mois de mars 2012.

E.
Le 11 avril 2012, l'AFC a rendu une décision par laquelle elle a déclaré la réclamation de la recourante irrecevable pour vice de forme. Le 15 mai 2012, la recourante a déposé un recours devant le Tribunal administratif fédéral. Elle réclame l'annulation de la décision du 11 avril 2012 et le renvoi du dossier à l'AFC pour examen au fond. L'AFC a conclu au rejet du recours par réponse du 13 juillet 2012.

Les autres faits seront repris, en tant que de besoin, dans la partie en droit du présent arrêt.

Droit :

1.1

1.1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF). L'Administration fédérale des contributions (ci-après l'AFC) étant une autorité au sens de l'art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF, et aucune des exceptions de l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
LTAF n'étant réalisée, le Tribunal administratif fédéral est compétent ratione materiae pour juger de la présente affaire.

1.1.2 Selon l'art. 83 al. 1 de la loi sur la TVA du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation auprès de cette même autorité. Les décisions sur réclamation sont ensuite sujettes à recours auprès du Tribunal administratif fédéral (cf. art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
et 32 al. 2
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
let. a LTAF). La décision (d'irrecevabilité) attaquée étant une décision sur réclamation, rendue après qu'une première décision (du 26 avril 2010) eut été contestée par la recourante, la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans est donnée.

1.1.3 Enfin, posté le 15 mai 2012, alors que la décision attaquée, datée du 26 avril 2012, a été notifiée le lendemain au plus tôt, le mémoire de recours a été déposé dans le délai légal (art. 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA). Signé par un avocat au bénéfice d'une procuration, muni de conclusions valables et motivées et accompagné d'une expédition de la décision attaquée, il répond aux exigences de forme de la procédure administrative (art. 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA). La recourante étant directement touchée par la décision attaquée et ayant participé à la procédure devant l'autorité inférieure, elle a manifestement qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
PA).

Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.

1.2

1.2.1 La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, avec pour conséquence que les dispositions de l'ancien droit s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
LTVA). Dès lors que les faits déterminants se sont déroulés, en l'espèce, entre le 1er janvier 2007 et le 31 décembre 2008, la présente affaire est régie, s'agissant du droit matériel applicable, par la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 2 septembre 1999 (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. art. 94 al. 1 aLTVA; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.1, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.1).

1.2.2 Sur le plan procédural, en revanche, le nouveau droit s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la nouvelle loi, conformément à l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA. La portée de cette disposition doit cependant être ramenée à sa juste mesure. Ainsi, seules les règles de procédure doivent être appliquées aux affaires en cours. Le nouveau droit matériel ne doit pas trouver à s'appliquer aux périodes fiscales régies par l'ancien droit (cf., entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A 5682/2011 du 3 avril 2012 consid. 1.3.2, A-6986/2008 du 3 juin 2010 consid. 1.2). S'agissant toujours des dispositions de procédure, le droit de procédure applicable est celui qui se trouve en vigueur au moment où l'acte de procédure concerné est accompli (cf. par exemple arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.2, et les références citées). En l'occurrence, la réclamation de la recourante et la décision attaquée datent des 4 juin 2010 et 12 mars 2012 respectivement. Elles sont postérieures à l'entrée en vigueur du nouveau droit. Ainsi que l'a relevé l'autorité inférieure, c'est donc selon ce nouveau droit que doivent se déterminer les conditions de forme applicables à la réclamation de la recourante.

1.3.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, p. 73 n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/Bâle/Genève 2006, ch. 1758 ss).

1.3.2 Le contenu de la décision attaquée - plus particulièrement son dispositif - délimite l'objet du litige (cf. par exemple arrêts du Tribunal administratif fédéral A-165/2008 du 22 juin 2009 consid. 3, A-1536/2006 du 16 juin 2008 consid. 1.4.1 et les références citées). Dans le cas présent, il s'agit de savoir si l'autorité inférieure a refusé à juste titre d'entrer en matière sur la réclamation de la recourante. Dans ce cadre, seuls peuvent être soulevés des griefs relatifs à la question de l'irrecevabilité; les conclusions ne peuvent tendre qu'au prononcé de l'entrée en matière et non, par exemple, à la réforme ou à l'annulation sur le fond de la décision attaquée (cf. ATF 132 V 74 consid. 1.1, 124 II 499 consid. 1, 118 Ib 134 consid. 2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2975/2010 du 8 juin 2010, A-1791/2009 du 28 septembre 2009 consid. 1.2 et les références citées). En d'autres termes, le fond de l'affaire ne doit pas être abordé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6922/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.3, A-5798/2007 du 6 juillet 2009 consid. 1.4, A-1504/2007 du 19 janvier 2009 consid. 1.3).

1.3.3 Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 62 - 1 L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
1    L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
2    Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
3    Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
4    Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a; ATF 121 V 204 consid. 6c; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, ch. 677).

2.1 Les règles de forme à observer par la partie qui souhaite formuler une réclamation en matière de TVA se trouvent à l'art. 83 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA. Selon cette disposition, la réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.

Cet article est l'équivalent des art. 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA (sous réserve de ce qui concerne la procuration), 64 al. 3 aLTVA et 52 al. 2 de l'ancienne ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures). La jurisprudence et la doctrine relatives à ces articles peuvent donc servir de source d'inspiration.

En pratique, et spécialement lorsqu'une partie n'est pas représentée par un avocat ou par une personne habituée aux règles de procédure, l'administration se montre relativement souple quant au respect des conditions de forme susmentionnées. Il faut qu'il soit possible de déduire de l'acte que la décision prise préalablement est contestée et l'on doit pouvoir comprendre sur quoi porte la contestation (cf. Isabelle Homberger Gut in mwst.com: Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Diego Clavadetscher/Pierre-Marie Glauser/Gerhard Schafroth (édit.), Bâle 2000, ch. 13 ad art. 64 aLTVA; cf. aussi ATF 112 Ib 634 consid. 2b; arrêt du Tribunal fédéral du 13 octobre 1998 publié in Archives 68 p. 434 consid. 6b/cc). Une motivation sommaire devrait suffire, même si le Tribunal fédéral s'est parfois montré plus exigeant, en particulier par rapport à l'envoi simultané des preuves disponibles (cf. Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 901 ch. 298 s., qui renvoie à RDAF 1999 II p. 169).

2.2 La régularisation des réclamations est réglée à l'art. 83 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA: "Si la réclamation ne remplit pas ces conditions [soit celles qui ont été décrites au consid. 2.1 ci-avant] ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable."

L'art. 52 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
et 3
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA contient grosso modo les mêmes règles au sujet des recours. Les art. 64 al. 4 et 5 aLTVA et 52 al. 3 et 4 aOTVA prévoyaient un régime similaire sous l'ancien droit. A nouveau, on peut donc se référer à la jurisprudence et à la doctrine y relatives.

Dans sa jurisprudence, le Tribunal fédéral a insisté sur le fait que le délai de régularisation doit être court. Il ne devrait ainsi pas dépasser trois jours. En effet, il ne faut pas qu'une partie profite de ce délai pour obtenir, de manière discrétionnaire, une prolongation du délai de recours légal (cf. arrêts du Tribunal fédéral du 20 septembre 2001 publié in Archives de droit fiscal suisse [Archives] 72 p. 429 consid. 2b, du 13 octobre 1998 publié in Archives 68 p. 434 consid. 6b/cc, du 2 juin 1998 publié in Archives 67 p. 747 consid. 3; ATF 121 II 252 consid. 4b, 112 Ib 634 consid. 2c; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1471/2006 et A-1472/2006 du 3 mars 2008 consid. 2.2). Toutefois, la règle des trois jours n'est pas absolue; comme l'indique l'emploi du conditionnel, un délai plus long n'est pas à exclure, selon les circonstances. De même, puisqu'il s'agit d'un délai fixé par l'autorité, une prolongation est envisageable, sur demande de la partie concernée (art. 22 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 22 - 1 Le délai légal ne peut pas être prolongé.
1    Le délai légal ne peut pas être prolongé.
2    Le délai imparti par l'autorité peut être prolongé pour des motifs suffisants si la partie en fait la demande avant son expiration.
PA; cf. Felix Geiger, in: MWSTG Kommentar, Felix Geiger/Regine Schluckebier (édit.), Zurich 2012, ch. 16 ad art. 83
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA; Frank Seethaler/Fabia Bochsler, in: VwVG: Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Bernhard Waldmann/Philippe Weissenberger (édit.), Zurich 2009, ch. 114 ad art. 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA).

2.3 Comme toutes les règles de procédure, l'art. 83 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA doit être appliqué en tenant compte des principes généraux du droit. Entrent en particulier en ligne de compte l'interdiction du formalisme excessif, la protection de la bonne foi et le droit d'être entendu.

Le formalisme excessif représente une catégorie particulière de déni de justice. Il est réalisé lorsque la stricte application d'une règle de procédure est excessive, ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, qu'elle devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la mise en oeuvre du droit ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (cf. art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst., RS 101]; ATF 128 II 139 consid. 2.a, 127 I 31 consid. 2.a.bb; 125 I 166 consid. 3.a). Le principe postule une sorte d'application du principe de la proportionnalité, sous l'angle de l'exigence d'un rapport raisonnable entre le but poursuivi et les moyens employés à cette fin (Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. II, 2e éd., Berne 2006, n° 1304).

Le principe de la bonne foi est garanti par l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. Il constitue une émanation d'un principe plus général, celui de la confiance, lequel suppose que les rapports juridiques se fondent et s'organisent sur une base de loyauté et sur le respect de la parole donnée. Il implique en particulier que les autorités ne doivent pas agir de manière contradictoire ni créer de fausses apparences (Ulrich Häfelin/Walter Haller/Helen Keller, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 8e éd., Zurich/Bâle/Genève 2012, n° 820; Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., no 1159 et 1163; cf., sur ce principe, ATF 131 II 627 consid. 6.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3211/2009 du 26 octobre 2011 consid. 5.1.1, A-313/2007 du 18 septembre 2009 consid. 4.2.3).

Le droit d'être entendu découle de l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. Il garantit entre autres aux parties le droit de recevoir des décisions motivées. La motivation fournie par l'autorité doit ainsi être suffisante pour permettre à la personne concernée de contester la décision rendue de manière appropriée. L'autorité doit en particulier indiquer, ne serait-ce que brièvement, les considérations par lesquelles elle s'est laissé guider pour rendre sa décision (cf., par exemple, arrêt du Tribunal fédéral 134 I 83 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5938/2011 du 4 juillet 2012 consid. 2.2.3, A-1603/2006 du 4 mars 2010 consid. 5.1.1). Elle doit, plus spécifiquement, examiner et traiter les problèmes pertinents de la cause (cf. Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit. n° 1334).

3.
En l'espèce, il convient d'examiner si la réclamation déposée par la recourante le 23 avril 2010 respectait les conditions de forme prévues par la LTVA (cf. consid. 3.1 ci-après), puis de se demander si le délai de régularisation accordé par l'autorité inférieure était admissible eu égard à sa brièveté (cf. consid. 3.2 ci-dessous).

3.1 La réclamation de la recourante du 4 juin 2010 ne s'annonce pas comme telle. Il s'agit d'un bref courrier dans lequel la recourante indique qu'elle remettra ultérieurement des décomptes rectifiés des années 2007 à 2009, après qu'il serait apparu que "des prestations importantes de la société ne sont pas soumises à la TVA". Incidemment, la recourante indique à l'administration ceci: "Pour la bonne forme, nous vous prions de considérer la présent[e] comme réclamation au sens de l'article 83 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA."

Comme l'autorité inférieure l'a constaté, la recourante n'a ainsi fourni ni conclusions, ni motivation, ni moyens de preuve dans le cadre de sa réclamation. On ne saurait considérer que la seule phrase "des prestations importantes de la société ne sont pas soumises à la TVA" suffise à exprimer les motifs de la réclamation. Le fax du 14 mars 2012 par lequel la mandataire de la recourante informe l'AFC qu'elle ne pourra pas régulariser la réclamation dans le délai imparti ne contient aucune information supplémentaire.

La recourante considère que l'AFC aurait dû déduire les motifs de sa réclamation d'un téléphone du 4 juin 2010, lors duquel elle aurait exprimé son point de vue oralement. Toutefois, la loi prévoit clairement que la réclamation doit avoir lieu par écrit (art. 83 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA) et l'on ne saurait conclure d'un téléphone, dont l'objet reste au demeurant tout à fait obscur, que l'administration est suffisamment renseignée sur les motifs d'une réclamation. De même que l'assujetti a le droit d'obtenir des décisions motivées par écrit, de même l'administration doit-elle recevoir les griefs des contribuables - même rédigés sommairement - sous forme écrite. C'est le seul moyen qui permette d'établir les problèmes de manière claire et de contrôler les réponses qui leur sont apportées.

Dans la mesure où les motifs de la réclamation sont de toute façon insuffisants, il n'est pas nécessaire de se demander si, comme le prétend la recourante, l'autorité inférieure aurait dû déduire les conclusions du contexte, dans la mesure où celles-ci ne sont pas formulées explicitement. Toutefois, le Tribunal de céans doute qu'une telle manière de voir soit défendable ici. Le courrier du 4 juin 2010 n'explique absolument pas ce qui est réclamé et annonce juste la production de documents. On peut à la limite admettre que, en présence de motifs clairs, l'administration doive interpréter des conclusions mal formulées; mais ici, en l'absence de motifs précis, on ne peut attendre de l'administration qu'elle reconstitue à la fois les raisons et les conclusions de la réclamation, a fortiori en l'absence de toute preuve ou pièce. Un simple "obiter dictum" d'une partie ne saurait suffire à fonder une réclamation complète et l'on ne peut reprocher à l'administration de faire preuve de formalisme excessif lorsqu'elle demande la régularisation de l'acte.

Sur cette base, force est de constater que la réclamation litigieuse ne satisfait pas aux exigences de motivation minimum de la loi (cf. consid. 2.1 ci-dessus). C'est donc à juste titre que l'AFC a imparti à la recourante un délai pour régulariser son écriture.

3.2 L'AFC a accordé à la recourante un délai de dix jours, à compter de la notification, pour procéder à la régularisation. La recourante considère que, après deux ans d'inactivité, l'administration serait tombée dans l'arbitraire et aurait abusé de son pouvoir d'appréciation en lui impartissant un délai aussi court et en lui refusant d'avance une prolongation.

3.2.1 Certes, l'art. 83 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA (l'art. 59 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 59 - L'autorité de recours ne peut pas confier l'instruction du recours à l'autorité inférieure ni à quiconque a participé à l'élaboration de la décision attaquée; en outre, l'art. 47, al. 2 à 4, est applicable, lorsque la décision attaquée repose sur des instructions de l'autorité de recours.
PA respectivement) doit permettre aux parties de corriger un acte de procédure déficient et non de gagner du temps (cf. consid. 2.2 ci-dessus). Il ne serait pas juste que la partie qui se montre négligente bénéficie d'un délai plus long pour élaborer son recours ou sa réclamation que celle qui fait l'effort de produire d'emblée un acte correct. Dès lors, comme l'indique la jurisprudence susmentionnée (cf. consid. 2.2 ci-dessus), le délai de régularisation doit être court, afin qu'il serve uniquement à opérer les corrections nécessaires.

Néanmoins, on peut se demander si, après qu'une réclamation ou un recours a attendu deux ans ou presque, la règle en question garde sa pertinence. Après une telle attente, le risque d'abus devient nettement moindre. Si une partie a escompté tirer profit du délai de régularisation pour améliorer ses arguments, elle a déjà eu amplement le temps d'y réfléchir et ce n'est plus en lui impartissant un délai très court qu'on l'empêchera de profiter de la situation.

En revanche, il est certainement moins facile de répondre à une requête qui concerne une affaire oubliée depuis des mois que de corriger un acte qu'on vient d'envoyer à l'autorité. De plus, lorsqu'un acte de partie pose problème, l'autorité le fait en général savoir rapidement. Donc, si aucune remarque n'est formulée par celle-ci dans un délai raisonnable, cela signifie le plus souvent que l'acte en question ne doit pas être corrigé à la forme. Il est douteux qu'on puisse exiger d'un citoyen qu'il reste des années sur le qui-vive, après avoir envoyé quelque chose à l'autorité, pour être prêt à le régulariser en tout temps en quelques jours. Ainsi, il semble judicieux de faire preuve de souplesse dans la fixation du délai de régularisation lorsque l'autorité ne remarque pas d'emblée qu'un acte est vicié ou qu'elle n'en réclame pas directement la correction. Reste à savoir si, en l'occurrence, le comportement de l'autorité prête le flanc à la critique.

3.2.2 Dans son courrier du 4 juin 2010, la recourante indique d'emblée qu'elle va produire de nouveaux décomptes à la suite de la discussion téléphonique qu'elle a eue avec l'autorité inférieure. Il s'agit même de l'objet principal de ce courrier, qui ne sert qu'accessoirement à faire valoir une réclamation. Sur cette base, l'administration pouvait s'attendre un complément spontané de la part de la recourante et il était normal que celle-ci n'exige pas immédiatement la régularisation de l'acte. Agissant ainsi, elle faisait même preuve de bienveillance, puisque cela donnait à la recourante le temps d'établir les documents nécessaires. Cependant, la recourante ne s'étant plus manifestée ensuite, l'autorité inférieure n'avait d'autre choix que de lui fixer un délai formel de régularisation. En fixant ce délai à dix jours, cette dernière a déjà largement prolongé le délai habituel, qui est plutôt de trois jours (cf. consid. 2.2 ci-dessus). De ce point de vue, l'autorité inférieure a agi de manière correcte et elle a su tenir compte des circonstances.

3.2.3 Il faut encore se demander si la problématique de la prolongation de délai a été traitée de manière appropriée. L'autorité inférieure a indiqué d'emblée dans son courrier du 5 mars 2012 (pièce 17 de l'AFC) qu'elle n'accorderait aucune prolongation de délai. Par télécopie du 14 mars 2012, la fiduciaire de la recourante a néanmoins indiqué à l'autorité inférieure que "son client" était absent et qu'il ne lui serait possible de répondre que pour la fin du mois de mars 2012. Même si le fax en question ne se présente pas explicitement comme une requête de prolongation de délai, telle est indubitablement sa substance (sur l'interprétation des déclarations de partie dans le cadre d'une procédure, voir par exemple ATF 126 II 97 consid. 4.b; arrêt du Tribunal fédéral 2C_350/2011 du 17 octobre 2011 consid. 2.4).

Dans la décision attaquée, l'autorité inférieure n'examine pas la question de la prolongation de délai. Elle estime apparemment que sa réponse à la requête de la recourante se trouve déjà dans le courrier du 5 mars 2012, qui exclut toute prolongation du délai de dix jours, et qu'il n'y a donc plus besoin de se pencher sur ce sujet. Cependant, dans le cas présent, cette pratique est contestable.

Par essence, la prolongation de délai doit permettre à l'autorité de tenir compte des circonstances qui justifient de reporter l'échéance de délais qu'elle a elle-même fixés. Or, lorsque l'administration rompt subitement une période de silence de presque deux ans, elle doit s'attendre à ce que la situation ait changé, à ce qu'il soit plus difficile de répondre à ses exigences ou, simplement, à ce que l'assujetti ne soit pas en mesure de réagir immédiatement. De ce point de vue, un refus préalable et général de toute prolongation de délai paraît difficilement compatible avec le principe de la bonne foi et l'interdiction du formalisme excessif. D'une part, l'administration agirait de manière contradictoire en tolérant une longue attente, puis en exigeant soudainement une réaction rapide. D'autre part, l'art. 83 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA ne se prête pas à une interprétation schématique, qui fasse abstraction du cas d'espèce.

Si, de plus, la partie concernée demande une prolongation de délai, l'administration ne peut se contenter de la rejeter en faisant référence, implicitement de surcroît, à son refus de principe, sans examiner les motifs invoqués. Comme on l'a vu, le droit d'être entendu inclut également le droit d'obtenir des décisions motivées. A cet égard, la décision attaquée s'avère également insuffisante, puisqu'elle n'explique pas en quoi la requête de la recourante devrait être rejetée eu égard aux circonstances.

Enfin, le délai de dix jours fixé par l'autorité inférieure ne paraît pas en lui-même si long qu'il exclue d'emblée toute prolongation. L'unité de temps en cause reste le jour, et non le mois ou l'année. Que, après qu'un dossier soit resté en attente si longtemps, on accorde à un contribuable quelques jours de plus ne saurait lui offrir un avantage considérable ni remettre en cause le déroulement général de la procédure.

Au vu de ce qui précède, il faut constater que l'AFC a violé le droit fédéral en indiquant d'emblée que le délai qu'elle fixait était non prolongeable et en omettant de statuer sur la prolongation requise par la recourante. Il convient ainsi de lui renvoyer le dossier pour qu'elle traite de la requête en question, le Tribunal de céans n'étant pas en mesure de prendre lui-même une décision sur ce point.

4. En application des considérants, le recours doit être admis. Selon l'article 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA, les frais de procédure, comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours, sont, en règle générale, mis à la charge de la partie qui succombe. Toutefois, en application de l'art. 63 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA, aucuns frais de procédure ne peuvent être mis à la charge des autorités inférieures déboutées.

L'art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA prévoit que l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. également art. 7 ss
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'art. 14 al. 2
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 14 Calcul des dépens - 1 Les parties qui ont droit aux dépens et les avocats commis d'office doivent faire parvenir avant le prononcé un décompte de leurs prestations au tribunal.
1    Les parties qui ont droit aux dépens et les avocats commis d'office doivent faire parvenir avant le prononcé un décompte de leurs prestations au tribunal.
2    Le tribunal fixe les dépens et l'indemnité des avocats commis d'office sur la base du décompte. A défaut de décompte, le tribunal fixe l'indemnité sur la base du dossier.
FITAF indique que le Tribunal fixe les dépens sur la base de l'éventuel décompte remis par la partie concernée. A défaut, il fixe l'indemnité sur la base du dossier.

En l'occurrence, la recourante obtient gain de cause, de sorte que les frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de l'AFC. L'avance de frais de Fr. 1'000.-- versée par la recourante devra lui être restituée. Vu l'issue du litige, la recourante, qui est représentée par un avocat, a droit à des dépens. En l'absence de décompte, le Tribunal de céans estime adéquat de fixer l'indemnité à Fr. 1'500.--, compte tenu de la nature de la cause et de son degré de complexité.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est admis.

2.
La décision attaquée est annulée et le dossier renvoyé à l'autorité inférieure à fin de statuer sur la requête de prolongation du délai imparti à la recourante pour régulariser sa réclamation du 4 juin 2010.

3.
Il n'est pas perçu de frais de procédure. L'avance de Fr. 1'000.-- (mille francs) versée par la recourante lui sera restituée une fois le présent arrêt définitif, à charge pour elle de communiquer au Tribunal un numéro de compte postal ou bancaire.

4.
L'Administration fédérale des contributions doit verser une indemnité de Fr. 1'500.-- (mille cinq cents francs), TVA comprise, à la recourante, à titre de dépens.

5.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. (...) ; Acte judiciaire)

Le président du collège : Le greffier :

Pascal Mollard Cédric Ballenegger

L'indication des voies de droit figure à la page suivante.

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Ce délai ne court pas du 18 décembre au 2 janvier inclus (art. 46 al. 1 let. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).

Expédition :