Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
1C 214/2011

Arrêt du 16 janvier 2012
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Aemisegger, Juge présidant, Merkli et Chaix.
Greffière: Mme Tornay Schaller.

Participants à la procédure
Association A.________,
B.________ et consorts,
tous représentés par Me Edmond de Braun, avocat,
recourants,

contre

Département de la sécurité et de l'environnement du canton de Vaud, Service des eaux, sols et assainissement (SESA), rue du Valentin 10, 1014 Lausanne,
Département de la sécurité et de l'environnement, Service des forêts, de la faune et de la nature, Centre de Conservation de la faune et de la nature, chemin du Marquisat 1, 1025 St-Sulpice,
Département de l'économie du canton de Vaud, Service du développement territorial, place de la Riponne 10, 1014 Lausanne,
Association suisse pour la protection des oiseaux, Pro Natura Suisse, WWF Suisse, Pro Natura Vaud, WWF Vaud, tous représentés par Me Raphaël Dallèves, avocat,

Municipalité de Vully-les-Lacs, route d'Avenches 11, case postale 67, 1585 Salavaux, représentée par
Me Edmond de Braun.

Objet
Renouvellement d'une concession pour usage d'eau,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 31 mars 2011.

Faits:

A.
Le 2 mars 1973, le Conseil d'Etat du canton de Vaud a octroyé une concession pour usage d'eau (portant désormais le numéro 35/617) à l'Association A.________ (ci-après: l'Association) sur le lac de Neuchâtel, au lieu-dit "Les Grèves". Le port, d'une surface totale de 640 m2, est un port intérieur réalisé sur le domaine privé de l'Etat de Vaud et les digues d'entrée se trouvent sur le domaine public cantonal du lac de Neuchâtel.
Le lieu-dit "Les Grèves" se situe dans un secteur inclus dans le périmètre de l'objet n° 416 de l'inventaire des sites marécageux de beauté particulière et d'importance nationale de l'ordonnance sur la protection des sites marécageux de beauté particulière et d'importance nationale du 1er mai 1996 (OSM; RS 451.35). Il a aussi été intégré dans les réserves d'oiseaux d'eau et migrateurs d'importance internationale (n° 5 de l'annexe à l'ordonnance sur les aires d'oiseaux d'eau et migrateurs d'importance internationale et nationale du 21 janvier 1991 [RS 922.32]). Il fait également partie de la liste des zones alluviales d'importance nationale (n° 207 de l'annexe 1 de l'ordonnance du 28 octobre 1992 sur la protection des zones alluviales d'importance nationale [RS 451.31]) et des bas-marais d'importance nationale (n° 645 de l'annexe 1 de l'ordonnance du 7 septembre 1994 sur la protection des bas-marais d'importance nationale [RS 451.33]). En application de ces ordonnances fédérales, le Département de la sécurité et de l'environnement du canton de Vaud (ci-après: le Département de la sécurité) a rendu, le 25 mars 2002, une décision de classement de réserves naturelles concernant les territoires situés notamment sur la commune de
Chabrey.

B.
La concession pour usage d'eau n° 35/617, accordée pour une durée de trente ans, est arrivée à échéance le 31 décembre 2002, sans que l'Association n'ait requis son renouvellement.
En décembre 2007, l'Association a déposé auprès du Service des eaux, sols et assainissement du canton de Vaud (ci-après: le Service des eaux) une demande de renouvellement de la concession pour une durée de trente ans, soit jusqu'au 31 décembre 2037. Mis à l'enquête publique du 27 janvier au 25 février 2008, le renouvellement de la concession a suscité l'opposition de Pro Natura Vaud, Pro Natura Suisse, WWF Vaud, WWF Suisse et de l'Association suisse pour la protection des oiseaux (ci-après: Pro Natura et consorts).
Les services concernés de l'administration cantonale ont été consultés et ont rendu des préavis négatifs. Le Centre de conservation de la faune et de la nature du Service des forêts, de la faune et de la nature du canton de Vaud a refusé de délivrer les autorisations nécessaires pour le renouvellement de la concession du port, a proposé d'autoriser le maintien du port à bien plaire jusqu'à ce que les places d'amarrages dans le port de Portalban soient disponibles et a précisé que les aménagements portuaires devront alors être démontés et le site remis en état, aux frais des bénéficiaires. La Commission de gestion de la Grande Cariçaie, la section Hors Zone à bâtir et la Commission des rives du lac du Service du développement territorial du canton de Vaud ont également préavisé négativement le renouvellement de la concession, le projet étant situé dans une réserve naturelle légalisée.

C.
Par décision du 13 février 2009, le Département de la sécurité a refusé de renouveler la concession, tout en la tolérant "jusqu'à la mise en exploitation de l'extension du port de Delley-Portalban". Il a aussi précisé que "dès la mise à disposition effective des places au port de Portalban, le port concédé par l'acte n° 35/617 sera détruit et les lieux remis en état". L'Association et plusieurs de ses membres, dont B.________ et consorts (ci-après: l'Association et consorts) ont recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), en vue du renouvellement de la concession. Pro Natura et consorts ont également déposé un recours à l'encontre de cette décision, demandant qu'il soit imparti à l'Association un "délai au 13 février 2011 pour mettre fin à l'utilisation du port construit en vertu de cette concession et pour détruire ce port et rétablir les lieux dans leur état initial naturel".
Le 4 octobre 2010, le Tribunal cantonal a tenu une inspection locale en présence des parties. Par arrêt du 31 mars 2011, il a admis le recours de Pro Natura et consorts et annulé la condition autorisant l'utilisation du port jusqu'à la mise en exploitation de l'extension du port de Delley-Portalban. Il a admis très partiellement le recours de l'Association et consorts, en ce sens que l'ordre de démolition est annulé et le dossier retourné au Département de la sécurité pour compléter l'instruction dans le sens des considérants et statuer à nouveau.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Association et consorts demandent au Tribunal fédéral principalement de réformer l'arrêt du 31 mars 2011, en ce sens que la concession d'usage d'eau n° 35/617 est renouvelée au bénéfice de l'Association. Ils concluent subsidiairement au renvoi du dossier au Département de la sécurité pour qu'il procède au renouvellement de ladite concession pour usage d'eau.
Le Service du développement territorial, le Service des eaux, le Service des forêts, de la faune et de la nature du canton de Vaud, l'Office fédéral de l'environnement, le Tribunal cantonal ainsi que Pro Natura et consorts concluent au rejet du recours. L'Office fédéral du développement territorial renonce à se déterminer. Les recourants ont répliqué par courrier du 5 décembre 2011.

Considérant en droit:

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.

1.1 Selon l'art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF, le recours au Tribunal fédéral est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. En vertu de l'art. 91
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 91 Teilentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen einen Entscheid, der:
a  nur einen Teil der gestellten Begehren behandelt, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können;
b  das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliesst.
LTF, il l'est également contre les décisions qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (let. a) et qui mettent fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts (let. b). Hormis les décisions préjudicielles et incidentes mentionnées à l'art. 92 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 92 - 1 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde zulässig.
1    Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde zulässig.
2    Diese Entscheide können später nicht mehr angefochten werden.
LTF, le recours n'est recevable contre de telles décisions que si elles peuvent causer un dommage irréparable ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
et b LTF).

1.2 En l'espèce, l'arrêt attaqué porte sur deux objets distincts. D'une part, le Tribunal cantonal a confirmé le refus de renouveler la concession pour usage d'eau. D'autre part, il a renvoyé la cause au Département de la sécurité pour qu'il complète l'instruction et statue à nouveau sur la question de la remise en état des lieux. Le recours en matière de droit public selon les art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF est donc ouvert contre le premier objet, à savoir le refus de renouveler la concession litigieuse, le Tribunal cantonal ayant mis définitivement fin à la procédure sur le plan cantonal. Il s'agit en effet d'une décision partielle au sens de l'art. 91 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 91 Teilentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen einen Entscheid, der:
a  nur einen Teil der gestellten Begehren behandelt, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können;
b  das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliesst.
LTF, prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
LTF) dans le domaine du droit public de la protection de la nature et de l'utilisation de lacs dépendant du domaine public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF).
L'instance précédente n'a en revanche pas tranché le second objet, à savoir la question de la remise en état des lieux. Dans la mesure où la cause a été renvoyée à l'administration pour complément d'instruction, le second objet de l'arrêt attaqué n'est donc pas une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF), mais une décision de renvoi, donc incidente au sens de l'art. 93
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
LTF (ATF 135 III 329 consid. 1.2; 135 V 141 consid. 1.1). Il appartient donc aux recourants d'alléguer et d'établir la possibilité que cette décision leur cause un dommage irréparable (art. 93 al. 1 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
LTF; ATF 134 III 426 consid. 1.2), à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (ATF 133 III 629 consid. 2.3.1 in fine), ou que l'admission du recours puisse conduire immédiatement à une décision finale permettant d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 93 Andere Vor- und Zwischenentscheide - 1 Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
1    Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde zulässig:
a  wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder
b  wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
2    Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und dem Gebiet des Asyls sind Vor- und Zwischenentscheide nicht anfechtbar.85 Vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Entscheide über die Auslieferungshaft sowie über die Beschlagnahme von Vermögenswerten und Wertgegenständen, sofern die Voraussetzungen von Absatz 1 erfüllt sind.
3    Ist die Beschwerde nach den Absätzen 1 und 2 nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken.
LTF). Le recours déposé en l'espèce ne contient aucun exposé répondant à ces exigences. Le Tribunal de céans ne peut donc pas entrer en matière sur les griefs dirigés contre le second objet de l'arrêt attaqué, soit la question de la remise en état des lieux.

1.3 Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué confirmant le refus de renouvellement de la concession pour usage d'eau sollicitée. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué, et ont qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF.

1.4 Le "nouveau mémoire rectifié et complété", daté du 17 mai 2011, et destiné à remplacer celui qui a été adressé au Tribunal fédéral le 16 mai 2011 est irrecevable, pour cause de tardiveté (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
et 46 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 46 Stillstand - 1 Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
1    Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
a  vom siebenten Tag vor Ostern bis und mit dem siebenten Tag nach Ostern;
b  vom 15. Juli bis und mit dem 15. August;
c  vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar.
2    Absatz 1 gilt nicht in Verfahren betreffend:
a  die aufschiebende Wirkung und andere vorsorgliche Massnahmen;
b  die Wechselbetreibung;
c  Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c);
d  die internationale Rechtshilfe in Strafsachen und die internationale Amtshilfe in Steuersachen;
e  die öffentlichen Beschaffungen.18
let. a LTF).

2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants se plaignent d'une constatation "fantaisiste manifestement inexacte d'un fait déterminant". Ils reprochent au Tribunal cantonal d'avoir qualifié l'acte de concession du 2 mars 1973 formellement intitulé "pour usage d'eau" de "concession de port". Ils prétendent que l'objet de la concession dont ils ont sollicité le renouvellement est l'usage de l'eau du lac et non le maintien de leur port privé.

2.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF).
Le recourant qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3).

2.2 En l'occurrence, il est vrai que le Tribunal cantonal a parfois utilisé le terme de "concession de port" en lieu et place de celui de "concession pour usage d'eau". L'expression "concession de port" peut toutefois être comprise comme une formule elliptique signifiant "concession pour usage d'eau destinée à l'alimentation d'un port". En effet, l'acte de concession pour usage d'eau du 2 mars 1973 avait autorisé l'Association à faire usage des eaux du lac de Neuchâtel, "pour la construction de deux jetées et pour l'alimentation de son port privé de plaisance".
Au demeurant, les intéressés ne démontrent pas en quoi la rectification sollicitée permettrait de trancher différemment la question du renouvellement de la concession litigieuse. Ils ne peuvent être suivis lorsqu'ils prétendent que la concession litigieuse ne concerne que les jetées et non le port proprement dit (places d'amarrage). En effet, l'avis de mise à l'enquête publique, publié dans la Feuille des avis officiels du canton de Vaud le 25 janvier 2008, fait état du "renouvellement de la concession d'eau n° 35/617, au bénéfice de l'Association, concernant le maintien d'un port privé de plaisance, ainsi que de deux jetées en enrochements, sur le domaine public cantonal du lac de Neuchâtel".
Ainsi, faute d'avoir une influence sur l'issue de la procédure, le grief de l'établissement arbitraire des faits doit être écarté.

3.
Sur le fond, les recourants s'en prennent d'abord à l'arrêt attaqué "en tant qu'il vise le port privé sujet à permis de construire de la Municipalité de Chabrey". Ils prétendent que le Département de la sécurité n'était pas compétent pour statuer sur "la révocation du permis de construire" et se plaignent d'une violation des art. 22 ss
SR 700 Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG) - Raumplanungsgesetz
RPG Art. 22 Baubewilligung - 1 Bauten und Anlagen dürfen nur mit behördlicher Bewilligung errichtet oder geändert werden.
1    Bauten und Anlagen dürfen nur mit behördlicher Bewilligung errichtet oder geändert werden.
2    Voraussetzung einer Bewilligung ist, dass:
a  die Bauten und Anlagen dem Zweck der Nutzungszone entsprechen; und
b  das Land erschlossen ist.
3    Die übrigen Voraussetzungen des Bundesrechts und des kantonalen Rechts bleiben vorbehalten.
LAT et 103 ss de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985 (LATC; RSV 700.11).
Ce grief doit être d'emblée rejeté, dans la mesure où il ne se rapporte pas à l'objet du litige. L'objet de la contestation n'est pas le permis de construire le port délivré par la Municipalité de Chabrey en 1972, mais le refus du renouvellement de la concession pour usage d'eau. Il a été exposé ci-dessus que le Tribunal cantonal n'a en effet pas tranché la question de la démolition du port (cf. supra consid. 1.2). Or, selon la jurisprudence, l'objet de la contestation qui peut être porté devant le Tribunal fédéral est déterminé par la décision attaquée (sur la notion d'objet de la contestation, voir ATF 125 V 413 consid. 1b p. 414; arrêt 2C 669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées) et par les conclusions des parties (art. 107 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 107 Entscheid - 1 Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
1    Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
2    Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat.
3    Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen oder der internationalen Amtshilfe in Steuersachen als unzulässig, so fällt es den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels. Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen ist es nicht an diese Frist gebunden, wenn das Auslieferungsverfahren eine Person betrifft, gegen deren Asylgesuch noch kein rechtskräftiger Endentscheid vorliegt.96
4    Über Beschwerden gegen Entscheide des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195497 entscheidet das Bundesgericht innerhalb eines Monats nach Anhebung der Beschwerde.98
LTF). Dès lors, faute de se rapporter à l'objet de la contestation, ce grief, dont la motivation ne satisfait de surcroît pas aux exigences de l'art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF, est irrecevable.
Il en va de même des griefs portant sur les digues et les ouvrages construits au bénéfice de la concession litigieuse.

4.
Au sujet du renouvellement de la concession d'usage d'eau, les recourants avancent que "les motifs invoqués par les autorités intimées pour justifier de leur décision n'a [recte: n'ont] pas de portée propre, concrète, nouvelle et par rapport aux buts de la protection de la rive visées [recte: visés] par la décision de classement"; "dépourvue de tout fondement concret, la mesure de refus ordonnée ne [répondrait] à aucun intérêt prépondérant l'emportant sur celui des recourants visant au simple renouvellement de leur concession".
Il est douteux que ce reproche satisfasse aux exigences de motivation posées par l'art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF. Peu importe au demeurant puisque le grief est de toute façon mal fondé.
En effet, les raisons pour lesquelles un renouvellement de la concession pour usage d'eau n'a pas pu être octroyé ont été exposées de manière convaincante d'abord dans la décision du 13 février 2009, puis dans l'arrêt attaqué. De fait, après un examen détaillé, l'instance précédente a constaté que les dispositions fédérales et cantonales concernant l'aménagement du territoire et la protection de la nature avaient fondamentalement évolué depuis 1973 et qu'elles ne permettaient plus aujourd'hui de renouveler la concession. Elle a relevé que le port de Chabrey se situait désormais au coeur d'une réserve naturelle et était entouré de secteurs terrestres fragiles (forêts alluviales, marais et bosquets en zone marécageuse), protégés par quatre ordonnances fédérales (l'OSM, l'ordonnance sur les aires d'oiseaux d'eau et migrateurs d'importance internationale et nationale, l'ordonnance sur la protection des zones alluviales d'importance nationale et l'ordonnance sur la protection des bas-marais d'importance nationale). Elle a exposé que, sur la base de ces ordonnances, le canton de Vaud avait adopté, le 25 mars 2002, une décision de classement de réserve naturelle notamment pour sauvegarder les écosystèmes du lac et préserver les biotopes;
pour ces raisons, la navigation a été interdite dans ce secteur (art. 12 du règlement de la décision de classement). Une disposition transitoire, l'art. 21 al. 1 du règlement de la décision de classement, avait cependant permis l'exploitation du port jusqu'à l'échéance des droits d'amarrage, soit jusqu'à fin 2002.
Le Tribunal cantonal a également retenu que l'utilisation du port portait un préjudice important à la faune par la circulation des embarcations à proximité des milieux naturels de grande valeur. L'exploitation du port était donc incompatible avec les buts poursuivis par la décision de classement qui met en oeuvre les ordonnances fédérales.
Ainsi, l'intérêt public prépondérant auquel répond le non-renouvellement de la concession pour usage d'eau ressort de manière patente de l'arrêt attaqué.
Enfin, on peine à suivre les recourants lorsqu'ils mettent en avant le fait que l'interdiction de naviguer à moins de 25 m de la végétation aquatique est déjà décrétée par l'ordonnance sur la navigation dans les eaux suisses du 8 novembre 1978 (RS 747.201.1). Cet élément n'a en effet aucune incidence sur la question du renouvellement de la concession litigieuse.

5.
Dans leur réplique, les intéressés se plaignent d'une violation des art. 24c
SR 700 Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG) - Raumplanungsgesetz
RPG Art. 24c - 1 Bestimmungsgemäss nutzbare Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen, die nicht mehr zonenkonform sind, werden in ihrem Bestand grundsätzlich geschützt.
1    Bestimmungsgemäss nutzbare Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen, die nicht mehr zonenkonform sind, werden in ihrem Bestand grundsätzlich geschützt.
2    Solche Bauten und Anlagen können mit Bewilligung der zuständigen Behörde erneuert, teilweise geändert, massvoll erweitert oder wiederaufgebaut werden, sofern sie rechtmässig erstellt oder geändert worden sind.59
3    Dies gilt auch für landwirtschaftliche Wohnbauten sowie angebaute Ökonomiebauten, die rechtmässig erstellt oder geändert worden sind, bevor das betreffende Grundstück Bestandteil des Nichtbaugebietes im Sinne des Bundesrechts wurde. Der Bundesrat erlässt Vorschriften, um negative Auswirkungen auf die Landwirtschaft zu vermeiden.60
4    Veränderungen am äusseren Erscheinungsbild müssen für eine zeitgemässe Wohnnutzung oder eine energetische Sanierung nötig oder darauf ausgerichtet sein, die Einpassung in die Landschaft zu verbessern.61
5    In jedem Fall bleibt die Vereinbarkeit mit den wichtigen Anliegen der Raumplanung vorbehalten.62
et 25
SR 700 Bundesgesetz vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG) - Raumplanungsgesetz
RPG Art. 25 Kantonale Zuständigkeiten - 1 Die Kantone ordnen Zuständigkeiten und Verfahren.
1    Die Kantone ordnen Zuständigkeiten und Verfahren.
1bis    Sie legen für alle Verfahren zur Errichtung, Änderung oder Zweckänderung von Bauten und Anlagen Fristen und deren Wirkungen fest.70
2    Die zuständige kantonale Behörde entscheidet bei allen Bauvorhaben ausserhalb der Bauzonen, ob sie zonenkonform sind oder ob für sie eine Ausnahmebewilligung erteilt werden kann.71
LAT ainsi que des art. 41
SR 700.1 Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV)
RPV Art. 41 Anwendungsbereich von Artikel 24c RPG - 1 Artikel 24c RPG ist anwendbar auf Bauten und Anlagen, die rechtmässig erstellt oder geändert worden sind, bevor das betreffende Grundstück Bestandteil des Nichtbaugebiets im Sinne des Bundesrechts wurde (altrechtliche Bauten und Anlagen).
1    Artikel 24c RPG ist anwendbar auf Bauten und Anlagen, die rechtmässig erstellt oder geändert worden sind, bevor das betreffende Grundstück Bestandteil des Nichtbaugebiets im Sinne des Bundesrechts wurde (altrechtliche Bauten und Anlagen).
2    Er ist nicht anwendbar auf allein stehende, unbewohnte landwirtschaftliche Bauten und Anlagen.
et 42 al. 4
SR 700.1 Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV)
RPV Art. 42 - 1 Eine Änderung gilt als teilweise und eine Erweiterung als massvoll, wenn die Identität der Baute oder Anlage einschliesslich ihrer Umgebung in den wesentlichen Zügen gewahrt bleibt. Verbesserungen gestalterischer Art sind zulässig.49
1    Eine Änderung gilt als teilweise und eine Erweiterung als massvoll, wenn die Identität der Baute oder Anlage einschliesslich ihrer Umgebung in den wesentlichen Zügen gewahrt bleibt. Verbesserungen gestalterischer Art sind zulässig.49
2    Massgeblicher Vergleichszustand für die Beurteilung der Identität ist der Zustand, in dem sich die Baute oder Anlage im Zeitpunkt der Zuweisung zum Nichtbaugebiet befand.50
3    Ob die Identität der Baute oder Anlage im Wesentlichen gewahrt bleibt, ist unter Würdigung der gesamten Umstände zu beurteilen. In jedem Fall gelten folgende Regeln:
a  Innerhalb des bestehenden Gebäudevolumens darf die anrechenbare Bruttogeschossfläche nicht um mehr als 60 Prozent erweitert werden, wobei das Anbringen einer Aussenisolation als Erweiterung innerhalb des bestehenden Gebäudevolumens gilt.
b  Unter den Voraussetzungen von Artikel 24c Absatz 4 RPG kann eine Erweiterung ausserhalb des bestehenden Gebäudevolumens erfolgen; die gesamte Erweiterung darf in diesem Fall sowohl bezüglich der anrechenbaren Bruttogeschossfläche als auch bezüglich der Gesamtfläche (Summe von anrechenbarer Bruttogeschossfläche und Brutto-Nebenfläche) weder 30 Prozent noch 100 m2 überschreiten; die Erweiterungen innerhalb des bestehenden Gebäudevolumens werden nur halb angerechnet.
c  Bauliche Veränderungen dürfen keine wesentlich veränderte Nutzung ursprünglich bloss zeitweise bewohnter Bauten ermöglichen.51
4    Eine Baute oder Anlage darf nur wieder aufgebaut werden, wenn sie im Zeitpunkt der Zerstörung oder des Abbruchs noch bestimmungsgemäss nutzbar war und an ihrer Nutzung ein ununterbrochenes Interesse besteht. Das Gebäudevolumen darf nur so weit wieder aufgebaut werden, dass es die nach Absatz 3 zulässige Fläche umfassen kann. Absatz 3 Buchstabe a ist nicht anwendbar. Sofern dies objektiv geboten erscheint, darf der Standort der Ersatzbaute oder -anlage von demjenigen der früheren Baute oder Anlage geringfügig abweichen.52
5    Solaranlagen nach Artikel 18a Absatz 1 RPG sind bei der Beurteilung nach Artikel 24c Absatz 4 RPG unbeachtlich.53
de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1).
Ce grief ne peut être pris en compte, dans la mesure où les recourants ne l'ont pas fait valoir dans leur recours. En effet, le mémoire de réplique ne peut contenir qu'une argumentation de fait et de droit complémentaire, destinée à répondre aux arguments nouveaux développés dans le mémoire de réponse. Il ne saurait en revanche être utilisé aux fins de présenter de nouvelles conclusions ou de nouveaux griefs qui auraient déjà pu figurer dans l'acte de recours (ATF 125 I 71 consid. 1d/aa p. 77 et les références citées). Admettre le contraire aurait en effet pour conséquence de prolonger les délais légaux, ce qui est expressément prohibé par l'art. 47 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 47 Erstreckung - 1 Gesetzlich bestimmte Fristen können nicht erstreckt werden.
1    Gesetzlich bestimmte Fristen können nicht erstreckt werden.
2    Richterlich bestimmte Fristen können aus zureichenden Gründen erstreckt werden, wenn das Gesuch vor Ablauf der Frist gestellt worden ist.
LTF, et de créer des inégalités de traitement. Par conséquent, ce moyen n'est pas recevable.

6.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Ils verseront en outre une indemnité de dépens à Pro Natura et consorts, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF)

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge des recourants.

3.
Une indemnité de 2'000 francs est allouée à Pro Natura et consorts à titre de dépens, à la charge des recourants, pris solidairement entre eux.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants, de la Municipalité de Vully-les-Lacs, et de Pro Natura et consorts, ainsi qu'au Service des eaux, sols et assainissement, au Centre de Conservation de la faune et de la nature du Service des forêts, de la faune et de la nature, au Service du développement territorial et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement et à l'Office fédéral du développement territorial.

Lausanne, le 16 janvier 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Juge présidant: Aemisegger

La Greffière: Tornay Schaller