Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
1C 116/2011

Arrêt du 14 septembre 2011
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Fonjallaz, Président, Raselli et Eusebio.
Greffière: Mme Tornay Schaller.

Participants à la procédure
A.________, représentée par Me Michel Montini, avocat,
recourante,

contre

Commission administrative du Service cantonal des automobiles et de la navigation, faubourg de l'Hôpital 65, 2001 Neuchâtel 1,
Département de la gestion du territoire du canton de Neuchâtel, Le Château, 2001 Neuchâtel 1.

Objet
Retrait du permis de conduire,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour de droit public, du 21 février 2011.

Faits:

A.
Selon un rapport établi par la police cantonale bernoise, le 20 octobre 2004, alors qu'elle quittait le parking d'un restaurant à Sutz en direction de Möringen, A.________ n'a pas vu le signal lumineux ni entendu le signal sonore au passage à niveau sans barrière du train. Alors qu'un train arrivait depuis la gare de Sutz, elle a tenté de reculer afin de dégager la voie de chemin de fer, sans toutefois y parvenir: son véhicule a été heurté par le train.
Par décision du 3 décembre 2004, la Commission administrative du Service cantonal des automobiles et de la navigation du canton de Neuchâtel (ci-après: la Commission) a ordonné le retrait du permis de conduire de la prénommée pour une durée de deux mois. Sur requête de l'intéressée, la Commission accepté "de suspendre la décision du 3 décembre 2004 dans l'attente du jugement pénal à intervenir".
Par ordonnance du 25 octobre 2007, le président de l'Arrondissement judiciaire II Bienne-Nidau a prononcé un non-lieu dans la procédure pénale dirigée à son encontre, l'action pénale relative aux infractions qui lui étaient reprochées étant prescrite.
Le 16 janvier 2008, la Commission a décidé "de remettre en vigueur la décision du 3 décembre 2004", au motif que l'ordonnance de non-lieu avait été rendue en raison de la prescription uniquement.

B.
Par décision du 25 juin 2008, le Département de la gestion du territoire du canton de Neuchâtel a rejeté le recours formé par l'intéressée contre cette décision. A.________ a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 21 février 2011, celle-ci a rejeté le recours.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué ainsi que la décision du 3 décembre 2004, remise en vigueur par la décision du 16 janvier 2008. Elle conclut subsidiairement au renvoi de l'affaire à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. La Commission conclut principalement au rejet du recours et subsidiairement à son admission partielle "dans ce sens où la décision de retrait est intégralement confirmée, mais où le dispositif de l'arrêt du Tribunal fédéral constate une violation du droit d'être jugé dans des délais raisonnables". Le Service juridique du Département de la justice, de la sécurité et des finances du canton de Neuchâtel et l'Office fédéral des routes concluent au rejet du recours. La recourante a présenté des observations complémentaires.

Considérant en droit:

1.
La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
LTF) au sujet d'une mesure administrative de retrait du permis de conduire (art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation de celui-ci (art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF), le présent recours est en principe recevable.

2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst.). Elle fait valoir que les observations qu'elle a adressées le 16 novembre 2004 à la Commission ne figuraient pas au dossier officiel transmis par cette autorité à son mandataire, qui a pu les consulter seulement après que la décision a été rendue.
S'agissant d'un grief d'ordre constitutionnel, le recours est soumis à des exigences accrues de motivation et doit indiquer en quoi consisterait la violation alléguée (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF).
La recourante se borne cependant à prétendre qu'elle n'a pas pu se déterminer sur toutes les pièces du dossier, sans préciser en quoi la consultation de sa propre écriture aurait eu une influence déterminante sur l'issue du litige ou l'aurait aidée dans la défense de ses droits. Faute de satisfaire aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF, ce grief est irrecevable. De surcroît, il est contraire au principe de la bonne foi (art. 5 al. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 5 Stato di diritto - 1 Il diritto è fondamento e limite dell'attività dello Stato.
1    Il diritto è fondamento e limite dell'attività dello Stato.
2    L'attività dello Stato deve rispondere al pubblico interesse ed essere proporzionata allo scopo.
3    Organi dello Stato, autorità e privati agiscono secondo il principio della buona fede.
4    La Confederazione e i Cantoni rispettano il diritto internazionale.
Cst.) qu'une partie se prévale du fait que son mandataire ignorait l'une de ses propres écritures.

3.
La recourante reproche en outre à la Commission de s'être écartée sans motifs pertinents des constatations de fait du jugement pénal entré en force. Elle se prévaut d'une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents et d'une violation du principe "ne bis in idem".

3.1 En principe, l'autorité administrative statuant sur un retrait du permis de conduire ne peut pas s'écarter des constatations de fait d'un prononcé pénal entré en force. La sécurité du droit commande en effet d'éviter que l'indépendance du juge pénal et du juge administratif ne conduise à des jugements opposés, rendus sur la base des mêmes faits (ATF 109 Ib 203 consid. 1 p. 204; 96 I 766 consid. 4 p. 774). L'autorité administrative ne peut s'écarter du jugement pénal qu'à certaines conditions, notamment en présence de preuves ou de faits nouveaux (ATF 129 II 312 consid. 2.4 p. 315; 123 II 97 consid. 3c/aa p. 104).

3.2 En l'espèce, le juge pénal a rendu une ordonnance de non-lieu dans la procédure pénale dirigée à l'encontre de la recourante, en raison de la prescription des infractions qui lui étaient reprochées. Il ne s'est prononcé ni sur les faits, ni sur l'existence et la qualification de l'infraction. On peine dès lors à suivre la recourante lorsqu'elle fait grief à l'autorité administrative de ne pas avoir suivi "les constatations de fait du jugement pénal". C'est donc à juste titre que l'instance précédente a retenu que la Commission était libre de procéder à sa propre appréciation juridique des faits pertinents.

3.3 Par ailleurs, le Tribunal fédéral examine le droit d'office, sous réserve des exigences particulières de motivation en matière constitutionnelle notamment (art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
et 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF). Toutefois, en vertu du principe de la bonne foi (art. 5 al. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 5 Stato di diritto - 1 Il diritto è fondamento e limite dell'attività dello Stato.
1    Il diritto è fondamento e limite dell'attività dello Stato.
2    L'attività dello Stato deve rispondere al pubblico interesse ed essere proporzionata allo scopo.
3    Organi dello Stato, autorità e privati agiscono secondo il principio della buona fede.
4    La Confederazione e i Cantoni rispettano il diritto internazionale.
Cst.), celui qui laisse procéder et ne soulève pas devant l'autorité de dernière instance cantonale un grief lié à la conduite du procès, ne peut en principe plus le soulever devant le Tribunal fédéral; il s'agit en effet d'éviter qu'une partie garde en réserve un moyen en fonction de l'issue défavorable de la procédure alors qu'il aurait pu être signalé immédiatement (ATF 119 Ia 221 consid. 5a p. 228; 122 IV 285 consid. 1f p. 288; 133 III 638 consid. 2 p. 640; 135 I 91 consid. 2.1 in fine p. 93. Bernard Corboz et al., Commentaire de la LTF, note 46 ad art. 99
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
LTF). En l'occurrence, la recourante n'a pas fait valoir le grief fondé sur le principe "ne bis in idem" devant le Tribunal cantonal et n'explique pas pour quelle raison elle a renoncé à l'invoquer. Il n'y a dès lors pas lieu d'entrer en matière sur ce grief qui n'a pas été soulevé en temps utile conformément au principe de la bonne foi.

4.
La recourante se prévaut ensuite de la configuration particulière du lieu de l'accident, modifié depuis lors, ainsi que du déroulement des faits pour soutenir qu'elle n'a pas commis de faute. Elle reproche à l'instance précédente d'avoir retenu qu'elle avait vu le train déjà lorsqu'il était arrêté en gare de Sutz. Elle invoque encore une faute prépondérante du conducteur du train, sans laquelle l'accident ne se serait pas produit.

4.1 La modification de la LCR, datée du 14 décembre 2001, relative au retrait de permis, est entrée en vigueur le 1er janvier 2005 (RO 2002 p. 2767, 2004 p. 2849). Les dispositions transitoires prévoient que cette modification s'applique à la personne qui aura commis une infraction, légère, moyenne ou grave aux dispositions de la circulation routière après son entrée en vigueur. Les mesures ordonnées en vertu de l'ancien droit sont régies par ce dernier. En l'occurrence, les faits sanctionnés remontant au 20 octobre 2004, la présente affaire doit être examinée sous l'angle des dispositions sur le retrait de permis dans leur teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004.

4.2 A teneur de l'art. 16 al. 2 aLCR, "le permis de conduire peut être retiré au conducteur qui, par des infractions aux règles de la circulation, a compromis la sécurité de la route ou incommodé le public. Un simple avertissement pourra être ordonné dans les cas de peu de gravité". Par ailleurs, l'art. 16 al. 3 let. a
SR 741.01 Legge federale del 19 dicembre 1958 sulla circolazione stradale (LCStr)
LCStr Art. 16 - 1 Le licenze e i permessi devono essere revocati, se è accertato che le condizioni legali stabilite per il loro rilascio non sono mai state o non sono più adempite; essi possono essere revocati, se non sono stati osservati le limitazioni o gli obblighi, ai quali il rilascio era stato subordinato nel caso particolare.
1    Le licenze e i permessi devono essere revocati, se è accertato che le condizioni legali stabilite per il loro rilascio non sono mai state o non sono più adempite; essi possono essere revocati, se non sono stati osservati le limitazioni o gli obblighi, ai quali il rilascio era stato subordinato nel caso particolare.
2    Le infrazioni alle prescrizioni sulla circolazione stradale per le quali non è applicabile la procedura prevista dalla legge del 18 marzo 201657 sulle multe disciplinari comportano la revoca della licenza di condurre o della licenza per allievo conducente, oppure l'ammonimento del conducente.58
3    Per stabilire la durata della revoca della licenza per allievo conducente o della licenza di condurre devono essere considerate le circostanze del singolo caso, segnatamente il pericolo per la circolazione, la colpa, la reputazione del conducente del veicolo a motore come anche la necessità professionale di condurre un veicolo a motore. La durata minima della revoca non può tuttavia essere ridotta, salvo che la pena sia stata attenuata ai sensi dell'articolo 100 numero 4 terzo periodo 59 60
4    La licenza di circolazione può essere revocata per una durata adeguata se:
a  vi è stato abuso della licenza o delle targhe di controllo;
b  finché non sono state pagate le imposte o le tasse di circolazione per veicoli del medesimo detentore.61
5    La licenza di circolazione viene revocata se:
a  la tassa eventualmente dovuta per il veicolo secondo la legge del 19 dicembre 199762 sul traffico pesante o le prestazioni di garanzie dovute non sono state pagate e il detentore è stato invano diffidato; oppure
b  il veicolo non è equipaggiato con l'apparecchio di rilevazione prescritto per la riscossione della tassa.63
LCR dispose que le permis de conduire doit être retiré "si le conducteur a compromis gravement la sécurité de la route".
A partir du texte légal, quatre situations doivent être distinguées (ATF 128 II 86 consid. 2a p. 87 s.). D'abord, le cas où le conducteur n'a pas "compromis la sécurité de la route ou incommodé le public", pour lequel l'autorité n'ordonnera aucune mesure administrative. Deuxièmement, le cas de peu de gravité (art. 16 al. 2 2ème phrase aLCR), pour lequel l'autorité donnera un avertissement. En troisième lieu, le cas de gravité moyenne (art. 16 al. 2 1ère phrase aLCR), pour lequel l'autorité doit retirer le permis de conduire. Enfin, le cas grave, qui implique le retrait du permis de conduire en application de l'art. 16 al. 3 let. a aLCR.
Selon la jurisprudence, il ne peut en principe être renoncé au retrait du permis de conduire que s'il s'agit d'un cas de peu de gravité au sens de l'art. 16 al. 2 2ème phrase aLCR. Si le cas est moyennement grave, une renonciation n'entre en ligne de compte qu'en présence de circonstances spéciales. Pour déterminer si le cas est de peu de gravité, l'autorité doit tenir compte de la gravité de la faute commise et de la réputation du contrevenant en tant que conducteur; la gravité de la mise en danger du trafic n'est prise en considération que dans la mesure où elle est significative pour la faute (ATF 126 II 202 consid. 1a p. 204, 192 consid. 2b p. 194; 125 II 561 consid. 2b p. 567; cf. art. 31 al. 2
SR 741.51 Ordinanza del 27 ottobre 1976 sull'ammissione alla circolazione di persone e veicoli (Ordinanza sull'ammissione alla circolazione, OAC) - Ordinanza sull'ammissione alla circolazione
OAC Art. 31 Obbligo d'informare - Se la revoca della licenza per allievo conducente o della licenza di condurre è decisa per una durata indeterminata o definitivamente, l'autorità di revoca notifica la sua decisione all'interessato informandolo delle condizioni per riottenere la licenza per allievo conducente o la licenza di condurre.
OAC). Trois critères permettent de distinguer le cas de peu de gravité de celui de gravité moyenne, à savoir la faute, la mise en danger du trafic dans la mesure où elle est significative pour la faute et les antécédents, étant précisé que même de bons antécédents ne permettent pas de retenir un cas de peu de gravité lorsque la faute est moyenne ou grave (ATF 125 II 561 consid. 2 p. 566).

4.3 Selon l'art. 28
SR 741.01 Legge federale del 19 dicembre 1958 sulla circolazione stradale (LCStr)
LCStr Art. 28 - Gli utenti della strada devono fermarsi davanti ai passaggi a livello se le barriere si chiudono o se i segnalatori prescrivono l'arresto e, mancando detti dispositivi, se si avvicinano dei treni.
LCR, les usagers de la route s'arrêteront devant les passages à niveau, lorsque les barrières se ferment ou que des signaux commandent l'arrêt; à défaut de barrières ou de signaux, ils s'arrêteront lorsque des véhicules s'approchent sur la voie ferrée. A teneur de l'art. 24 al. 2
SR 741.11 Ordinanza del 13 novembre 1962 sulle norme della circolazione stradale (ONC)
ONC Art. 24 Comportamento ai passaggi a livello e alle barriere - (art. 28 e 32 cpv. 1 LCStr)
1    ...120
2    I passaggi a livello devono essere attraversati senza indugiare; i veicoli con ruote o cingoli metallici, i veicoli a trazione animale e i cavalieri devono, però, attraversarli a passo d'uomo.121
3    Gli utenti della strada non devono aprire le barriere, comprese quelle degli aeroporti e simili, passarvi intorno o sotto o scavalcarle. Le semibarriere e le barriere con apertura a richiesta sono equiparate alle barriere. Le barriere con apertura a richiesta possono però essere aperte mediante l'apposito comando.122
4    ...123
de l'ordonnance du 13 novembre 1962 sur les règles de la circulation routière (OCR; RS 741.11), celui qui franchit un passage à niveau doit éviter de s'attarder.

4.4 En l'occurrence, après avoir examiné les faits tels que la recourante les a exposés dans son recours au Département de la gestion du territoire et dans ses observations du 16 novembre 2004 à la Commission ainsi que les déclarations faites par celle-ci à la police, le Tribunal cantonal a considéré de manière convaincante qu'on ne saurait reprocher au Département d'avoir retenu qu'il ressortait du dossier et des déclarations de la recourante qu'elle avait vu le train lorsqu'il était déjà à la gare et que, ne sachant pas quand elle pourrait s'insérer dans le trafic, elle aurait dû immédiatement libérer la voie en reculant (cf. arrêt attaqué p. 7 et 8). A cet égard, la recourante ne peut se contenter d'imputer le fait que "le contenu et la tournure de [ses observations du 16 novembre 2004] ont pu paraître ambigus" au fait qu'elle n'est pas de langue maternelle française.
Quoi qu'il en soit, qu'elle ait vu ou non le train arrêté en gare de Sutz, la recourante se trouvait à un endroit où elle devait redoubler d'attention pour ne pas gêner la circulation du train. Dans ces conditions, contrairement à ce que soutient la recourante, c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a considéré qu'en ne prenant pas toutes les mesures nécessaires pour céder la priorité au train et éviter ainsi une collision, la recourante a commis une faute de gravité moyenne. Ce d'autant plus que si la signalisation optique et acoustique ne s'était effectivement enclenchée qu'une fois la recourante déjà sur les voies - ainsi qu'elle l'allègue -, sa position ne lui permettait certes plus de voir les feux clignotants, mais ne l'empêchait nullement d'entendre le signal sonore. L'intéressée a d'ailleurs sérieusement compromis la sécurité routière, puisque la violation des règles de la circulation qu'elle a commise a provoqué un accident. Dans ces circonstances, l'admission d'une infraction de peu de gravité au sens de l'art. 16 al. 2 2ème phrase aLCR - qui permettrait en l'espèce de prononcer un avertissement en lieu et place du retrait du permis de conduire - est exclue. Les arguments avancés par la recourante (l'éventuelle
faute du conducteur du train et le fait que le passage à niveau ait été pourvu de barrières automatiques par la suite) ne sont pas susceptibles de disculper la recourante.
Le Tribunal cantonal n'a donc pas violé le droit fédéral en confirmant que les éléments constitutifs d'une infraction moyennement grave au sens de l'art. 16 al. 2 1ère phrase aLCR étaient réunis.

5.
La recourante s'en prend également à la durée du retrait de permis qu'elle estime disproportionnée, compte tenu du contexte général de l'accident, de son besoin professionnel de conduire un véhicule automobile et du fait qu'aucune infraction significative ne peut plus lui être reprochée depuis 2005. Elle se prévaut aussi de l'écoulement du temps depuis la commission de l'infraction et soutient qu'après plus de six ans la peine apparaît disproportionnée.

5.1 Conformément à l'art. 17 al. 1 let. a aLCR, l'autorité qui retire un permis de conduire fixe selon les circonstances la durée de ce retrait, qui est d'un mois au minimum. La durée d'un tel retrait est fixée surtout en fonction de la gravité de la faute, de la réputation de l'intéressé en tant que conducteur et de la nécessité professionnelle de conduire des véhicules automobiles (ATF 126 II 196 consid. 2, 202 consid. 1a/b).
Ces éléments doivent faire l'objet d'une appréciation d'ensemble, de manière à atteindre autant que possible l'effet éducatif et préventif auquel tend la mesure. Dans ce contexte, l'autorité cantonale dispose d'un large pouvoir d'appréciation et le Tribunal fédéral n'intervient que si celle-ci a abusé de ce pouvoir, par exemple en ne prenant pas en compte certains éléments pertinents ou encore en appréciant leur portée de manière tout à fait insoutenable (ATF 128 II 173 consid. 4b p. 178 et la jurisprudence citée).
Selon la jurisprudence rendue en application de l'art. 17 aLCR dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2004, lorsqu'il s'est écoulé un temps relativement long depuis les faits qui ont provoqué la mesure, que l'intéressé s'est bien conduit pendant cette période et que la durée excessive de la procédure ne lui est pas imputable, l'autorité peut prononcer une mesure d'une durée inférieure au minimum légal et, cas échéant, renoncer à toute mesure (ATF 127 II 297 consid. 3d p. 300; 120 Ib 504 consid. 4e p. 510). En effet, l'éducation et l'amendement d'un auteur supposent que la mesure soit dans un rapport temporel approprié avec l'infraction commise. En outre, l'écoulement du temps relativise la nécessité d'une sanction éducative lorsque l'auteur s'est bien comporté dans l'intervalle. A défaut de norme spécifique en la matière, il y a lieu de s'inspirer des règles sur la prescription pénale. Toutefois, il n'est pas possible de dire abstraitement et en chiffres absolus à partir de quel moment une procédure doit être considérée comme trop longue. Pour répondre à cette question, il faut prendre en considération les circonstances du cas particulier (ATF 127 II 297 consid. 3d p. 300).

5.2 Selon l'art. 29 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Le caractère raisonnable ou adéquat du délai s'apprécie au regard de la nature de l'affaire et de l'ensemble des circonstances, selon un principe déjà fixé sous l'empire de l'art. 4 al. 1 aCst. (ATF 125 V 188 consid. 2a p. 191/192; ATF 117 Ia 193 consid. 1c p. 197; ATF 107 Ib 160 consid. 3b p. 164/165). A l'instar de l'art. 6
IR 0.101 Convenzione del 4 novembre 1950 per la salvaguardia dei diritti dell'uomo e delle libertà fondamentali (CEDU)
CEDU Art. 6 Diritto ad un processo equo - 1. Ogni persona ha diritto ad un'equa e pubblica udienza entro un termine ragionevole, davanti a un tribunale indipendente e imparziale costituito per legge, al fine della determinazione sia dei suoi diritti e dei suoi doveri di carattere civile, sia della fondatezza di ogni accusa penale che gli venga rivolta. La sentenza deve essere resa pubblicamente, ma l'accesso alla sala d'udienza può essere vietato alla stampa e al pubblico durante tutto o una parte del processo nell'interesse della morale, dell'ordine pubblico o della sicurezza nazionale in una società democratica, quando lo esigono gli interessi dei minori o la tutela della vita privata delle parti nel processo, nella misura giudicata strettamente necessaria dal tribunale quando, in speciali circostanze, la pubblicità potrebbe pregiudicare gli interessi della giustizia.
1    Ogni persona ha diritto ad un'equa e pubblica udienza entro un termine ragionevole, davanti a un tribunale indipendente e imparziale costituito per legge, al fine della determinazione sia dei suoi diritti e dei suoi doveri di carattere civile, sia della fondatezza di ogni accusa penale che gli venga rivolta. La sentenza deve essere resa pubblicamente, ma l'accesso alla sala d'udienza può essere vietato alla stampa e al pubblico durante tutto o una parte del processo nell'interesse della morale, dell'ordine pubblico o della sicurezza nazionale in una società democratica, quando lo esigono gli interessi dei minori o la tutela della vita privata delle parti nel processo, nella misura giudicata strettamente necessaria dal tribunale quando, in speciali circostanze, la pubblicità potrebbe pregiudicare gli interessi della giustizia.
2    Ogni persona accusata di un reato è presunta innocente sino a quando la sua colpevolezza non sia stata legalmente accertata.
3    Ogni accusato ha segnatamente diritto a:
a  essere informato, nel più breve tempo possibile, in una lingua a lui comprensibile e in un modo dettagliato, della natura e dei motivi dell'accusa elevata a suo carico;
b  disporre del tempo e delle facilitazioni necessarie per preparare la sua difesa;
c  difendersi da sé o avere l'assistenza di un difensore di propria scelta e, se non ha i mezzi per ricompensare un difensore, poter essere assistito gratuitamente da un avvocato d'ufficio quando lo esigano gli interessi della giustizia;
d  interrogare o far interrogare i testimoni a carico ed ottenere la convocazione e l'interrogazione dei testimoni a discarico nelle stesse condizioni dei testimoni a carico;
e  farsi assistere gratuitamente da un interprete se non comprende o non parla la lingua impiegata nell'udienza.
par. 1 CEDH - qui n'offre, à cet égard, pas une protection plus étendue que les garanties constitutionnelles nationales (ATF 114 Ia 179 ss) -, l'art. 29 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst. consacre le principe de la célérité en ce sens qu'il prohibe le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie constitutionnelle lorsqu'elle ne rend pas la décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans un délai que la nature de l'affaire, ainsi que toutes les autres circonstances, font apparaître comme raisonnable (ATF 119 Ib 311 consid. 5 p. 323 ss et les références citées).

5.3 En l'occurrence, la recourante a commis une infraction moyennement grave au sens de l'art. 16 al. 2 1ère phrase aLCR. De plus, elle avait deux antécédents au moment des faits, soit une interdiction de conduire durant cinq mois pour excès de vitesse de 80 km/h prononcée en 1999 ainsi qu'un avertissement pour excès de vitesse de 26 km/h prononcé en 2003. Depuis les faits litigieux, elle a fait l'objet de deux nouvelles mesures, soit un avertissement pour un excès de vitesse de 17 km/h commis en mars 2005 et un retrait du permis de conduire d'une durée d'un mois en raison d'un excès de vitesse de 19 km/h commis en août 2005. Dans ces circonstances, le retrait de permis pour une durée de deux mois n'apparaît pas disproportionné.
Il faut cependant prendre en compte le fait que la durée de toute la présente procédure, soit plus de six ans et demi depuis les faits reprochés, est trop longue, sans être imputable à la recourante. Il y a donc une violation du droit à être jugé dans un délai raisonnable selon les art. 29 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst. et 6 ch. 1 CEDH. Cette violation n'est toutefois pas si grave au point d'envisager une renonciation au retrait du permis de conduire. En effet, il n'est pas évident que ledit retrait ne puisse plus avoir un effet éducatif en raison du temps écoulé. La violation du principe de la célérité conduit en revanche à prononcer une mesure de retrait d'une durée inférieure, soit d'un mois au lieu de deux, à titre de réparation. En outre, l'émolument additionnel de 200 francs mis à la charge de la recourante par la Commission "pour les multiples démarches qu'il a fallu faire avant d'obtenir le jugement pénal" (ci-après: l'émolument additionnel) est injustifié, lesdites démarches ne pouvant être imputées à la recourante: il y a lieu de l'annuler.

6.
Il s'ensuit que le recours doit être admis partiellement. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le retrait de permis est prononcé pour une durée d'un mois et que l'émolument additionnel de 200 francs est annulé. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de l'instance cantonale (art. 68 al. 5
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF). Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). La recourante qui a agi avec l'assistance d'un avocat a droit à des dépens réduits de 1'000 francs (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis partiellement, l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le retrait de permis est prononcé pour une durée d'un mois et que l'émolument additionnel de 200 francs est annulé.

2.
La cause est renvoyée à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de l'instance cantonale.

3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.

4.
Une indemnité de 1'500 francs est allouée à la recourante, à titre de dépens réduits, à la charge du canton de Neuchâtel.

5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Commission administrative du Service cantonal des automobiles et de la navigation, au Département de la gestion du territoire et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.

Lausanne, le 14 septembre 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Fonjallaz

La Greffière: Tornay Schaller