Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 199/2009
{T 0/2}

Arrêt du 14 septembre 2009
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Müller, Président,
Zünd et Aubry Girardin.
Greffière: Mme Rochat.

Parties
Service cantonal des contributions du canton du Valais, avenue de la Gare 35, case postale 351, 1951 Sion,
recourant,

contre

X.________ SA,
représentée par Me Stéphane Riand, avocat,
intimée.

Objet
Impôts cantonal, communal et fédéral direct pour 2001, 2002, 2003,

recours contre la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 17 décembre 2008.

Faits:

A.
La société X.________ SA (ou l'intimée), à Sion, fondée le 9 septembre 1999, a été inscrite au Registre du commerce du Valais central le 17 septembre suivant. Elle a pour but l'achat et la vente de tous biens mobiliers et immobiliers en Suisse. Son capital social, entièrement libéré, s'élève à 1'800'000 fr., divisé en actions nominatives de 1'000 fr. chacune. Son actionnaire principal et président du Conseil d'administration, A.________, financier qui a la double nationalité britannique et suisse, détient 99,9% du capital-actions, tandis que MM. H.________, administrateur et directeur administratif, et C.________, membre du Conseil d'administration, sont titulaires d'une action chacun.

Par acte notarié du 13 septembre 1999, X.________ SA a acquis un immeuble en construction dénommé "Y.________", sis sur la commune de Montana, qui comprenait une trentaine d'appartements résidentiels. Elle a ensuite transformé et vendu les appartements.

Dans ses déclarations pour les sociétés à base de capitaux en matière d'impôts cantonaux et communaux, ainsi que pour l'impôt fédéral direct portant sur les exercices 2001 à 2003, X.________ SA a indiqué un bénéfice de 418'812 fr. pour l'année 2001, de 1'609'091 fr. pour l'année 2002 et de 1'146'874 fr. pour l'année 2003.

Le Service cantonal valaisan des contributions a décidé de procéder à une expertise des comptes de la société. Il est ressorti du rapport d'expertise du 22 avril 2005 que le total des ventes pour les années 2001 à 2004 a atteint la somme de 28'125'000 fr., que les commissions versées à des tiers durant cette période ont été de 5,75 % du chiffre d'affaires et que les honoraires pour les prestations effectuées par ZA.________ Ltd, société basée en Angleterre, qui est intervenue dans la réalisation du projet, se sont élevés à 7,05% du chiffre d'affaires. Le paiement des honoraires a été effectué en faveur de la société ZB.________ Ltd, inscrite au registre des sociétés de l'île de Guernesey le 22 juin 1999. L'expert estimait qu'il s'agissait de frais non justifiés par l'usage commercial et proposait que le montant de 1'913'030 fr., soit les honoraires des années 2001 à 2003 comptabilisés par X.________ SA sur l'exercice 2003, soit ajouté au bénéfice imposable de cet exercice. Cela portait le bénéfice déclaré en 2003 de 1'146'874 fr. à 2'646'579 fr., après déduction d'une provision supplémentaire sur impôts de 413'325 fr.

B.
Le 10 juin 2005, la Commission d'impôt des personnes morales a procédé à la taxation de X.________ SA. Suivant l'expertise, elle a arrêté le bénéfice net imposable pour l'année 2003 à 2'646'579 fr. Les bénéfices des années 2001 et 2002 déclarés par la société, soit 418'812 fr. et 1'609'091 fr., demeuraient inchangés.

X.________ SA a déposé une réclamation contre ce prononcé, en contestant la reprise de 1'913'030 fr. Elle a expliqué que la société ZA.________ Ltd avait organisé le projet Y.________ et l'avait ensuite géré. Il avait été convenu que celle-ci serait rémunérée à la performance, soit 7% du montant des ventes, ainsi que cela ressortait du contrat d'engagement du 28 octobre 1999 entre ZB.________ Ltd et X.________ SA. Elle a également produit une déclaration de ZA.________ Ltd attestant l'absence de lien économique avec son actionnaire principal, A.________.

Par décision du 7 septembre 2005, la Commission d'impôts des personnes morales a rejeté la réclamation, en relevant l'insuffisance d'éléments probants quant à la justification économique des honoraires de ZA.________ Ltd.

C.
X.________ SA a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais qui, après avoir procédé à plusieurs auditions, a admis le recours, par décision du 17 décembre 2008. Elle a ainsi ramené le bénéfice net imposable en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2003 à 1'146'874 fr., soit au montant déclaré par X.________ SA. La Commission a retenu en bref que les auditions avaient renforcé la force probante des pièces déposées par X.________ SA à l'appui de ses allégués, en y apportant quelques précisions. Elle en a déduit que ZB.________ Ltd, société offshore, avait été constituée par ZA.________ Ltd pour l'opération Y.________; les tâches prévues par le contrat d'engagement avaient été effectuées par ZA.________ Ltd, D.________ y consacrant 80% de son temps de travail; sans lui, la promotion de l'immeuble Y.________ n'aurait pas pu être effectuée telle qu'elle a été réalisée, dès lors que A.________, financier, n'avait aucune expérience dans le domaine de la promotion immobilière; le montant des honoraires de ZA.________ Ltd était tout à fait conforme à l'importance du projet Y.________ et au travail de cette société; le
fait que le paiement de ces honoraires ait été versé à ZB.________ Ltd constituait une simple modalité de paiement convenue entre les deux sociétés. Partant, la juridiction cantonale a admis que les honoraires en cause constituaient des charges justifiées par l'usage commercial, qui pouvaient être déduites du bénéfice net.

D.
L'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct et le Service cantonal des contributions forment un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et concluent à l'annulation de la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008, en tant qu'elle concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal, sous suite de frais à la charge de X.________ SA. Partant, ils demandent au Tribunal fédéral de confirmer la décision de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005, subsidiairement de renvoyer l'affaire à la Commission cantonale de recours en matière fiscale pour nouvelle décision.
Au terme de ses déterminations, X.________ SA conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais et dépens à la charge de l'Etat du Valais.

La Commission cantonale de recours en matière fiscale conclut au rejet du recours, avec suite de frais.

L'Administration fédérale des contributions a déposé des observations et propose d'admettre le recours sous suite de frais.

Considérant en droit:

1.
1.1 L'arrêt attaqué concerne le calcul du bénéfice imposable, tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2003. Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF. L'art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. Il en va de même pour les impôts cantonal et communal litigieux: l'imposition sur le bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est donc aussi ouverte en vertu de l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID (ATF 134 II 186 ss).

1.2 Déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale cantonale du 10 mars 1976, en vigueur depuis le 1er juillet 2007, ainsi que les arrêts 2C 29/2008 du 28 mai 2008, consid. 2 et 2A.128/2007 du 14 mars 2008, consid. 2.1). Dans la mesure où le droit de recours de l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct a été confié au Service cantonal des contributions par la loi valaisanne d'application de la LIFD du 24 décembre 1997 (art. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 2 Indépendance - 1 Dans l'exercice de ses attributions judiciaires, le Tribunal fédéral est indépendant et n'est soumis qu'à la loi.
1    Dans l'exercice de ses attributions judiciaires, le Tribunal fédéral est indépendant et n'est soumis qu'à la loi.
2    Ses arrêts ne peuvent être annulés ou modifiés que par lui-même et conformément aux dispositions de la loi.
), ce dernier a qualité pour recourir (art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), tant en matière d'impôt fédéral direct (art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
LIFD) qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal (art. 73 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID). Les conditions pour déposer un seul acte de recours étant au demeurant remplies en l'espèce (voir ATF 135 II 260 ss), le présent recours est recevable comme recours en matière de droit public pour les deux catégories d'impôts.

2.
2.1 Aux termes de l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF, le recourant ne peut critiquer les constatations des faits que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF qui autorise également le Tribunal fédéral à compléter ou rectifier d'office l'état de fait à ces conditions) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le grief tiré de la constatation manifestement inexacte d'un fait au sens de l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF revient à démontrer que celui-ci a été établi de manière arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252). Le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits doit être articulé conformément aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).

2.2 L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore lorsque le juge a interprété les pièces du dossier de manière insoutenable, a méconnu des preuves pertinentes ou s'est fondé exclusivement sur une partie des moyens de preuve (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 118 Ia 28 consid. 1b p. 30).

I Impôt fédéral direct.

3.
Le recourant reproche avant tout à la Commission cantonale de recours en matière fiscale d'avoir apprécié des faits essentiels de manière inexacte, en ignorant le fait que X.________ SA n'avait pas produit les pièces qui permettraient de démontrer le caractère commercialement justifié des montants versés à la société ZB.________ Ltd, s'élevant au total à 1'913'030 fr., montants qui ont été comptabilisés par la société intimée comme coûts sur l'exercice de l'année 2003.

3.1 D'après l'art. 123 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. Dans la procédure de recours, la commission cantonale de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 142 Procédure - 1 La commission cantonale de recours invite l'autorité de taxation à se déterminer et à lui faire parvenir le dossier. Elle demande aussi le préavis de l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et de l'AFC.
1    La commission cantonale de recours invite l'autorité de taxation à se déterminer et à lui faire parvenir le dossier. Elle demande aussi le préavis de l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et de l'AFC.
2    Lorsque le recours est interjeté par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct ou par l'AFC, la commission cantonale de recours invite le contribuable à s'exprimer.
3    Lorsque l'avis présenté par l'autorité en réponse au recours du contribuable contient de nouveaux arguments de fait ou de droit, la commission cantonale de recours invite le contribuable à s'exprimer également sur ceux-ci.
4    Dans la procédure de recours, la commission cantonale de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation dans la procédure de taxation.
5    Le droit du contribuable de consulter le dossier est régi par l'art. 114.
LIFD).

La maxime d'office est ainsi applicable à la détermination de la dette fiscale, de sorte que les autorités compétentes peuvent entreprendre toutes les investigations nécessaires à la détermination de l'impôt. Dans ce domaine, les règles générales relatives au fardeau de la preuve impliquent que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème édition Bâle 2007, p. 442; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 416 et les références citées). Il incombe ainsi à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2C 47/2009 du 26 mai 2009, consid. 5.4 et 2A.105/2007 du 3 septembre
2007, consid. 4.4, in RDAF 2007 II p. 299; voir également DANIEL SCHÄR, Normentheorie und mitwirkungsorientierte Beweislast-verteilung in gemischten Steuerverfahren; Archives 67 p. 433 ss, en particulier p. 448). Il en va de même lorsque la présentation des faits par l'autorité est vraisemblable selon l'expérience de la vie (Archives 64 p. 499 consid. 3c). Dans ces situations, le fardeau de la preuve des allégations contraires à celles de l'administration repose alors sur le contribuable (XAVIER OBERSON, op. cit., p. 443). Tel est notamment le cas lorsqu'une prestation en argent présente un caractère insolite; le contribuable est alors tenu de prouver que la prestation en cause est justifiée par l'usage commercial (ATF 119 Ib 431 consid. 2c p. 435). Les autorités doivent en effet pouvoir s'assurer que seules des raisons commerciales, et non les rapports personnels et économiques étroits entre la société et le bénéficiaire de la prestation, étaient déterminantes pour le choix de la prestation présentant un caractère insolite (Archives 68 p. 246 consid. 3 et 746 consid. 2b, 65 consid. 2b).

3.2 L'art. 57
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
i.f. LIFD).

Dans la mesure où la société, accorde à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près des avantages qu'elle n'aurait pas consentis à des tiers dans les mêmes circonstances, il s'agit d'une prestation en argent qui devra être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société; encore faut-il que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; 115 Ib 274 consid. 9b p. 279; Archives 61 p. 541 consid. 2). La preuve directe que le bénéficiaire de la prestation est un actionnaire ou une personne proche de la société contribuable n'est pas nécessaire; il suffit qu'aucune autre explication du déroulement de l'opération insolite ne puisse être trouvée (ATF 119 Ib 431 consid. 3b p. 436). Des exigences particulièrement sévères doivent être posées lorsque des relations juridiques internationales sont en cause, car, dans ce cas, les rapports avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités locales (Archives 68 p. 246 consid. 3c et 65 p. 401, consid. 2b i.f.; voir aussi arrêts 2C 377/2009 du 9 septembre 2009, consid. 2.3 et 2C 162/2008 du 7 juillet 2008, consid. 4.3).

3.3 En l'espèce, la Commission cantonale de recours s'est fondée sur les pièces déposées par l'intimée devant elle, ainsi que sur les auditions de D.________, consultant en direction de projets et employé de ZA.________ Ltd, de H.________, directeur administratif de X.________ SA, de E.________ architecte à Sion, et de A.________, actionnaire principal et président du conseil d'administration de X.________ SA, pour parvenir à la déduction que les honoraires versés à ZB.________ Ltd étaient des charges justifiées par l'usage commercial.

Les constatations des premiers juges laissent toutefois planer plusieurs incertitudes qui ont été soulignées à juste titre, tant par le recourant, que par l'Administration fédérale des contributions. Il faut tout d'abord relever que si les témoins ont bien confirmé que A.________ n'était pas l'ayant-droit économique ou le bénéficiaire de la société ZA.________ Ltd, l'instruction n'a pas permis d'établir qui était derrière cette société, ni pourquoi une société offshore, dénommée ZB.________ Ltd, enregistrée à l'île de Guernesey en juin 1999, avait été créée peu avant X.________ SA, elle-même constituée dans le but d'acquérir l'immeuble Y.________. Les liens entre ZA.________ Ltd et ZB.________ Ltd ne sont pas connus, de même que les ayant-droits économiques de ces deux sociétés. Selon le contrat du 28 octobre 2008 ("letter of engagement") signé entre X.________ SA et ZB.________ Ltd, cette dernière était chargée globalement de l'ensemble du projet Y.________, pour une rémunération forfaitaire de 7%. Ses tâches étaient les suivantes:
- conseil et révision portant sur la viabilité des projets financiers;
- procédure de sélection du bureau d'architecte suisse ;
- élaboration des budgets et suivi des coûts;
- conception du management pour le développement et la phase de
construction;
- sélection du réseau des agents de vente;
- établissement et coordination d'une campagne publicitaire;
- conception, développement et contrôle du site internet bilingue
www.luxurychalet.com;
- supervision et contrôle de la qualité des appartements livrés aux
clients.
Il ressort toutefois du dossier que la société ZB.________ Ltd n'a accompli aucune de ces tâches, qui ont été seulement supervisées par D.________, employé de ZA.________ Ltd, lequel a déclaré y avoir consacré 80% de son temps et s'être rendu à Montana une fois par mois, voire deux suivant les périodes, ainsi que l'attestent les procès-verbaux de réunions produits. Selon le dossier, tous les travaux d'architecture ont été confiés au bureau de E.________, soit à la société F.________ SA, à Sion. Toujours présente sur le terrain, cette société a dirigé et surveillé l'exécution des travaux, tandis que X.________ SA s'est occupée de l'administration du projet. Par ailleurs, des commissions de ventes de 5,75% ont été versées à des tiers. L'Administration fédérale des contributions souligne ainsi à juste titre que D.________ a été la seule personne à se rendre en Valais, où la société ZA.________ Ltd ne disposait d'aucune infrastructure, alors qu'il s'agissait d'une promotion immobilière nécessitant une présence constante sur le terrain. Elle en déduit que le bureau d'architecture E.________ ne s'est pas limité au mandat de restructuration et de rénovation de l'immeuble Y.________, mais s'est aussi occupé de plusieurs prestations que ne
pouvait pas assurer directement ZA.________ Ltd. et, a fortiori, ZB.________ Ltd. D.________ a également admis avoir confié à des compagnies spécialisées les brochures publicitaires et le site internet bilingue www.G.________.com, qui a été réalisé par une société de Verbier, dont les factures de décembre 2000 ont été adressées à X.________ SA. A cela s'ajoute que, lors son audition devant la Commission cantonale de recours, M. D.________ s'est contredit, puisqu'il n'a pas pu affirmer qu'il existait deux sociétés Z.________, alors qu'il est expressément mentionné comme consultant dans le contrat du 28 octobre 1999 signé par ZB.________ Ltd, de même que deux des quatre autres employés de ZA.________ Ltd qu'il a lui-même nommés pour lui avoir prêté assistance. Il a en revanche admis qu'il savait que les paiements opérés par X.________ SA avaient été effectués sur les comptes de ZB.________ Ltd à la demande de ZA.________ Ltd. Sur ce point, la Commission cantonale de recours s'est bornée à constater qu'il s'agissait d'une simple modalité de paiement conclue entre les deux sociétés. Pourtant, il s'agit, là aussi, d'un indice du caractère insolite des montants versés à ZB.________ Ltd, sur la base d'un pourcentage fixe du produit des
ventes et pour des prestations effectuées par les employés de ZA.________ Ltd, ainsi que par des tiers, et facturés parallèlement à X.________ SA.

3.4 A vu de tous ces éléments, il faut admettre que le contrat du 28 octobre 1999, les factures produites, de même que les témoignages, ne permettent pas de déterminer l'ampleur des prestations fournies par ZA.________ Ltd. Tout semble plutôt indiquer que la majorité de ces prestations aient été accomplies par des tiers. Au surplus, aucune explication n'a pu être donnée sur la création de la société ZB.________ Ltd, constituée, comme X.________ SA, peu avant l'achat de l'immeuble Y.________, mais dont l'existence n'est pas justifiée du point de vue commercial et économique; on ne peut donc exclure que ZB.________ Ltd soit une construction établie spécialement afin de transférer des bénéfices pour des raisons fiscales (Archives 61 p. 537 consid. 4). Bien que A.________ ait déclaré qu'il ne connaissait que les employés de ZA.________ Ltd et n'avait aucun lien avec les deux sociétés étrangères, dont il ignorait qui étaient les ayant-droits économiques, il existe suffisamment d'indices pour reconnaître le caractère insolite de la prestation en argent qui fait soupçonner des liens particuliers entre X.________ SA, ZA.________ Ltd. et ZB.________ Ltd. La preuve directe que le bénéficiaire de cette prestation soit un actionnaire ou une
personne proche de X.________ SA n'est en effet pas nécessaire (ATF 119 Ib 431 consid. 3b p. 436), notamment lorsque, comme en l'espèce, des relations internationales sont en cause et que les liens avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités suisses (cf. supra consid. 3.2). A cet égard, la situation est donc différente de celle jugée récemment par le Tribunal fédéral en la cause AFC c. H. (arrêt 2C 377/2009 du 9 septembre 2009) où, dans le cadre particulier d'un contrat de franchise portant sur des droits immatériels dont la valeur économique a été reconnue, l'Administration fédérale des contributions n'avait pu apporter aucun indice du caractère insolite des prestations en argent fournies par la société suisse, de sorte que celles-ci avaient été considérées comme étant justifiées par l'usage commercial.

3.5 Il s'ensuit que la Commission cantonale de recours a constaté arbitrairement que les documents produits par la société intimée et les témoins entendus devant elle constituaient des preuves suffisantes pour admettre que les honoraires versés à ZB.________ Ltd représentaient des charges justifiées par l'usage commercial qui échappaient au bénéfice net imposable, tel que défini aux art. 57
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
et 58 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
let. b LIFD.

II Impôts communal et cantonal.
La maxime d'office régissant la détermination de la dette fiscale est également applicable aux impôts cantonal et communal (art. 46
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 46 Taxation - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle communique au contribuable les modifications apportées à sa déclaration au plus tard lors de la notification de la décision de taxation.
3    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou si les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue faute de données suffisantes.
LHID). Quant à la loi fiscale cantonale, elle attribue à la Commission cantonale de recours un pouvoir d'examen illimité en fait et en droit et lui permet d'ordonner d'office toutes les mesures nécessaires dans le cadre de l'instruction (art. 151 bis al. 1 et 2 LF). Le recourant fonde d'ailleurs son recours en matière de droit public concernant les impôts cantonal et communal sur les mêmes motifs que ceux invoqués pour l'impôt fédéral direct. Les principes développés ci-devant pour l'appréciation des preuves destinées à déterminer les charges justifiées par l'usage commercial en matière d'impôt fédéral direct sont dès lors applicables aux impôts cantonal et communal. Il en résulte que la décision de la Commission cantonale de recours doit également être qualifiée d'arbitraire en ce qui concerne les déductions qu'elle a tirées des documents produits par X.________ SA et des auditions auxquelles elle a procédé, pour arriver à la conclusion que les honoraires versés à ZB.________ Ltd, par 1'913'030 fr., étaient des charges justifiées par l'usage commercial. Cette somme peut dès lors être ajoutée au
bénéfice imposable, ainsi que le prévoit l'art. 24 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LHID. Bien qu'elle ne soit pas libellée de la même manière que l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD, cette disposition prévoit en effet l'imposition des charges non justifiées par l'usage commercial dans le cadre de l'impôt sur le bénéfice, au même titre que l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD (arrêt 2C 162/2008, précité, consid. 6).

4.
Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être admis et la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008 annulée, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Dans la mesure où elle refuse d'admettre les honoraires versés à ZB.________ Ltd comme charges justifiées par l'usage commercial pour l'année fiscale 2003, la décision sur réclamation de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005 peut ainsi être confirmée pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263).

Les frais judiciaires seront mis à la charge de la société intimée (art. 65 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).
Il y a lieu également de renvoyer l'affaire à la Commission de recours en matière fiscale pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal. Partant la décision rendue le 17 décembre 2008 par la Commission cantonale de recours en matière fiscale est annulée.

2.
La décision sur réclamation de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005 est confirmée.

3.
L'affaire est renvoyée à la Commission de recours en matière fiscale pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la société intimée.

5.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au mandataire de l'intimée et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 14 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Müller Rochat