Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C_199/2009
{T 0/2}

Arrêt du 14 septembre 2009
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Müller, Président,
Zünd et Aubry Girardin.
Greffière: Mme Rochat.

Parties
Service cantonal des contributions du canton du Valais, avenue de la Gare 35, case postale 351, 1951 Sion,
recourant,

contre

X.________ SA,
représentée par Me Stéphane Riand, avocat,
intimée.

Objet
Impôts cantonal, communal et fédéral direct pour 2001, 2002, 2003,

recours contre la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 17 décembre 2008.

Faits:

A.
La société X.________ SA (ou l'intimée), à Sion, fondée le 9 septembre 1999, a été inscrite au Registre du commerce du Valais central le 17 septembre suivant. Elle a pour but l'achat et la vente de tous biens mobiliers et immobiliers en Suisse. Son capital social, entièrement libéré, s'élève à 1'800'000 fr., divisé en actions nominatives de 1'000 fr. chacune. Son actionnaire principal et président du Conseil d'administration, A.________, financier qui a la double nationalité britannique et suisse, détient 99,9% du capital-actions, tandis que MM. H.________, administrateur et directeur administratif, et C.________, membre du Conseil d'administration, sont titulaires d'une action chacun.

Par acte notarié du 13 septembre 1999, X.________ SA a acquis un immeuble en construction dénommé "Y.________", sis sur la commune de Montana, qui comprenait une trentaine d'appartements résidentiels. Elle a ensuite transformé et vendu les appartements.

Dans ses déclarations pour les sociétés à base de capitaux en matière d'impôts cantonaux et communaux, ainsi que pour l'impôt fédéral direct portant sur les exercices 2001 à 2003, X.________ SA a indiqué un bénéfice de 418'812 fr. pour l'année 2001, de 1'609'091 fr. pour l'année 2002 et de 1'146'874 fr. pour l'année 2003.

Le Service cantonal valaisan des contributions a décidé de procéder à une expertise des comptes de la société. Il est ressorti du rapport d'expertise du 22 avril 2005 que le total des ventes pour les années 2001 à 2004 a atteint la somme de 28'125'000 fr., que les commissions versées à des tiers durant cette période ont été de 5,75 % du chiffre d'affaires et que les honoraires pour les prestations effectuées par ZA.________ Ltd, société basée en Angleterre, qui est intervenue dans la réalisation du projet, se sont élevés à 7,05% du chiffre d'affaires. Le paiement des honoraires a été effectué en faveur de la société ZB.________ Ltd, inscrite au registre des sociétés de l'île de Guernesey le 22 juin 1999. L'expert estimait qu'il s'agissait de frais non justifiés par l'usage commercial et proposait que le montant de 1'913'030 fr., soit les honoraires des années 2001 à 2003 comptabilisés par X.________ SA sur l'exercice 2003, soit ajouté au bénéfice imposable de cet exercice. Cela portait le bénéfice déclaré en 2003 de 1'146'874 fr. à 2'646'579 fr., après déduction d'une provision supplémentaire sur impôts de 413'325 fr.

B.
Le 10 juin 2005, la Commission d'impôt des personnes morales a procédé à la taxation de X.________ SA. Suivant l'expertise, elle a arrêté le bénéfice net imposable pour l'année 2003 à 2'646'579 fr. Les bénéfices des années 2001 et 2002 déclarés par la société, soit 418'812 fr. et 1'609'091 fr., demeuraient inchangés.

X.________ SA a déposé une réclamation contre ce prononcé, en contestant la reprise de 1'913'030 fr. Elle a expliqué que la société ZA.________ Ltd avait organisé le projet Y.________ et l'avait ensuite géré. Il avait été convenu que celle-ci serait rémunérée à la performance, soit 7% du montant des ventes, ainsi que cela ressortait du contrat d'engagement du 28 octobre 1999 entre ZB.________ Ltd et X.________ SA. Elle a également produit une déclaration de ZA.________ Ltd attestant l'absence de lien économique avec son actionnaire principal, A.________.

Par décision du 7 septembre 2005, la Commission d'impôts des personnes morales a rejeté la réclamation, en relevant l'insuffisance d'éléments probants quant à la justification économique des honoraires de ZA.________ Ltd.

C.
X.________ SA a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais qui, après avoir procédé à plusieurs auditions, a admis le recours, par décision du 17 décembre 2008. Elle a ainsi ramené le bénéfice net imposable en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2003 à 1'146'874 fr., soit au montant déclaré par X.________ SA. La Commission a retenu en bref que les auditions avaient renforcé la force probante des pièces déposées par X.________ SA à l'appui de ses allégués, en y apportant quelques précisions. Elle en a déduit que ZB.________ Ltd, société offshore, avait été constituée par ZA.________ Ltd pour l'opération Y.________; les tâches prévues par le contrat d'engagement avaient été effectuées par ZA.________ Ltd, D.________ y consacrant 80% de son temps de travail; sans lui, la promotion de l'immeuble Y.________ n'aurait pas pu être effectuée telle qu'elle a été réalisée, dès lors que A.________, financier, n'avait aucune expérience dans le domaine de la promotion immobilière; le montant des honoraires de ZA.________ Ltd était tout à fait conforme à l'importance du projet Y.________ et au travail de cette société; le
fait que le paiement de ces honoraires ait été versé à ZB.________ Ltd constituait une simple modalité de paiement convenue entre les deux sociétés. Partant, la juridiction cantonale a admis que les honoraires en cause constituaient des charges justifiées par l'usage commercial, qui pouvaient être déduites du bénéfice net.

D.
L'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct et le Service cantonal des contributions forment un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et concluent à l'annulation de la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008, en tant qu'elle concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal, sous suite de frais à la charge de X.________ SA. Partant, ils demandent au Tribunal fédéral de confirmer la décision de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005, subsidiairement de renvoyer l'affaire à la Commission cantonale de recours en matière fiscale pour nouvelle décision.
Au terme de ses déterminations, X.________ SA conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais et dépens à la charge de l'Etat du Valais.

La Commission cantonale de recours en matière fiscale conclut au rejet du recours, avec suite de frais.

L'Administration fédérale des contributions a déposé des observations et propose d'admettre le recours sous suite de frais.

Considérant en droit:

1.
1.1 L'arrêt attaqué concerne le calcul du bénéfice imposable, tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2003. Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF. L'art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. Il en va de même pour les impôts cantonal et communal litigieux: l'imposition sur le bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est donc aussi ouverte en vertu de l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID (ATF 134 II 186 ss).

1.2 Déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale cantonale du 10 mars 1976, en vigueur depuis le 1er juillet 2007, ainsi que les arrêts 2C_29/2008 du 28 mai 2008, consid. 2 et 2A.128/2007 du 14 mars 2008, consid. 2.1). Dans la mesure où le droit de recours de l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct a été confié au Service cantonal des contributions par la loi valaisanne d'application de la LIFD du 24 décembre 1997 (art. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 2 Unabhängigkeit - 1 Das Bundesgericht ist in seiner Recht sprechenden Tätigkeit unabhängig und nur dem Recht verpflichtet.
1    Das Bundesgericht ist in seiner Recht sprechenden Tätigkeit unabhängig und nur dem Recht verpflichtet.
2    Seine Entscheide können nur von ihm selbst nach Massgabe der gesetzlichen Bestimmungen aufgehoben oder geändert werden.
), ce dernier a qualité pour recourir (art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF), tant en matière d'impôt fédéral direct (art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
LIFD) qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal (art. 73 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID). Les conditions pour déposer un seul acte de recours étant au demeurant remplies en l'espèce (voir ATF 135 II 260 ss), le présent recours est recevable comme recours en matière de droit public pour les deux catégories d'impôts.

2.
2.1 Aux termes de l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF, le recourant ne peut critiquer les constatations des faits que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF qui autorise également le Tribunal fédéral à compléter ou rectifier d'office l'état de fait à ces conditions) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le grief tiré de la constatation manifestement inexacte d'un fait au sens de l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF revient à démontrer que celui-ci a été établi de manière arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252). Le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits doit être articulé conformément aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).

2.2 L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore lorsque le juge a interprété les pièces du dossier de manière insoutenable, a méconnu des preuves pertinentes ou s'est fondé exclusivement sur une partie des moyens de preuve (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40; 118 Ia 28 consid. 1b p. 30).

I Impôt fédéral direct.

3.
Le recourant reproche avant tout à la Commission cantonale de recours en matière fiscale d'avoir apprécié des faits essentiels de manière inexacte, en ignorant le fait que X.________ SA n'avait pas produit les pièces qui permettraient de démontrer le caractère commercialement justifié des montants versés à la société ZB.________ Ltd, s'élevant au total à 1'913'030 fr., montants qui ont été comptabilisés par la société intimée comme coûts sur l'exercice de l'année 2003.

3.1 D'après l'art. 123 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 123 - 1 Die Veranlagungsbehörden stellen zusammen mit dem Steuerpflichtigen die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest.
1    Die Veranlagungsbehörden stellen zusammen mit dem Steuerpflichtigen die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest.
2    Sie können insbesondere Sachverständige beiziehen, Augenscheine durchführen und Geschäftsbücher und Belege an Ort und Stelle einsehen. Die sich daraus ergebenden Kosten können ganz oder teilweise dem Steuerpflichtigen oder jeder andern zur Auskunft verpflichteten Person auferlegt werden, die diese durch eine schuldhafte Verletzung von Verfahrenspflichten notwendig gemacht haben.
LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. Dans la procédure de recours, la commission cantonale de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 142 Verfahren - 1 Die kantonale Steuerrekurskommission fordert die Veranlagungsbehörde zur Stellungnahme und zur Übermittlung der Veranlagungsakten auf. Sie gibt auch der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und der ESTV Gelegenheit zur Stellungnahme.
1    Die kantonale Steuerrekurskommission fordert die Veranlagungsbehörde zur Stellungnahme und zur Übermittlung der Veranlagungsakten auf. Sie gibt auch der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und der ESTV Gelegenheit zur Stellungnahme.
2    Wird die Beschwerde von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer oder von der ESTV eingereicht, so erhält der Steuerpflichtige Gelegenheit zur Stellungnahme.
3    Enthält die von einer Behörde eingereichte Stellungnahme zur Beschwerde des Steuerpflichtigen neue Tatsachen oder Gesichtspunkte, so erhält der Steuerpflichtige Gelegenheit, sich auch dazu zu äussern.
4    Im Beschwerdeverfahren hat die Steuerrekurskommission die gleichen Befugnisse wie die Veranlagungsbehörde im Veranlagungsverfahren.
5    Die Akteneinsicht des Steuerpflichtigen richtet sich nach Artikel 114.
LIFD).

La maxime d'office est ainsi applicable à la détermination de la dette fiscale, de sorte que les autorités compétentes peuvent entreprendre toutes les investigations nécessaires à la détermination de l'impôt. Dans ce domaine, les règles générales relatives au fardeau de la preuve impliquent que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème édition Bâle 2007, p. 442; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 416 et les références citées). Il incombe ainsi à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2C_47/2009 du 26 mai 2009, consid. 5.4 et 2A.105/2007 du 3 septembre
2007, consid. 4.4, in RDAF 2007 II p. 299; voir également DANIEL SCHÄR, Normentheorie und mitwirkungsorientierte Beweislast-verteilung in gemischten Steuerverfahren; Archives 67 p. 433 ss, en particulier p. 448). Il en va de même lorsque la présentation des faits par l'autorité est vraisemblable selon l'expérience de la vie (Archives 64 p. 499 consid. 3c). Dans ces situations, le fardeau de la preuve des allégations contraires à celles de l'administration repose alors sur le contribuable (XAVIER OBERSON, op. cit., p. 443). Tel est notamment le cas lorsqu'une prestation en argent présente un caractère insolite; le contribuable est alors tenu de prouver que la prestation en cause est justifiée par l'usage commercial (ATF 119 Ib 431 consid. 2c p. 435). Les autorités doivent en effet pouvoir s'assurer que seules des raisons commerciales, et non les rapports personnels et économiques étroits entre la société et le bénéficiaire de la prestation, étaient déterminantes pour le choix de la prestation présentant un caractère insolite (Archives 68 p. 246 consid. 3 et 746 consid. 2b, 65 consid. 2b).

3.2 L'art. 57
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn.
LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
i.f. LIFD).

Dans la mesure où la société, accorde à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près des avantages qu'elle n'aurait pas consentis à des tiers dans les mêmes circonstances, il s'agit d'une prestation en argent qui devra être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société; encore faut-il que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; 115 Ib 274 consid. 9b p. 279; Archives 61 p. 541 consid. 2). La preuve directe que le bénéficiaire de la prestation est un actionnaire ou une personne proche de la société contribuable n'est pas nécessaire; il suffit qu'aucune autre explication du déroulement de l'opération insolite ne puisse être trouvée (ATF 119 Ib 431 consid. 3b p. 436). Des exigences particulièrement sévères doivent être posées lorsque des relations juridiques internationales sont en cause, car, dans ce cas, les rapports avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités locales (Archives 68 p. 246 consid. 3c et 65 p. 401, consid. 2b i.f.; voir aussi arrêts 2C_377/2009 du 9 septembre 2009, consid. 2.3 et 2C_162/2008 du 7 juillet 2008, consid. 4.3).

3.3 En l'espèce, la Commission cantonale de recours s'est fondée sur les pièces déposées par l'intimée devant elle, ainsi que sur les auditions de D.________, consultant en direction de projets et employé de ZA.________ Ltd, de H.________, directeur administratif de X.________ SA, de E.________ architecte à Sion, et de A.________, actionnaire principal et président du conseil d'administration de X.________ SA, pour parvenir à la déduction que les honoraires versés à ZB.________ Ltd étaient des charges justifiées par l'usage commercial.

Les constatations des premiers juges laissent toutefois planer plusieurs incertitudes qui ont été soulignées à juste titre, tant par le recourant, que par l'Administration fédérale des contributions. Il faut tout d'abord relever que si les témoins ont bien confirmé que A.________ n'était pas l'ayant-droit économique ou le bénéficiaire de la société ZA.________ Ltd, l'instruction n'a pas permis d'établir qui était derrière cette société, ni pourquoi une société offshore, dénommée ZB.________ Ltd, enregistrée à l'île de Guernesey en juin 1999, avait été créée peu avant X.________ SA, elle-même constituée dans le but d'acquérir l'immeuble Y.________. Les liens entre ZA.________ Ltd et ZB.________ Ltd ne sont pas connus, de même que les ayant-droits économiques de ces deux sociétés. Selon le contrat du 28 octobre 2008 ("letter of engagement") signé entre X.________ SA et ZB.________ Ltd, cette dernière était chargée globalement de l'ensemble du projet Y.________, pour une rémunération forfaitaire de 7%. Ses tâches étaient les suivantes:
- conseil et révision portant sur la viabilité des projets financiers;
- procédure de sélection du bureau d'architecte suisse ;
- élaboration des budgets et suivi des coûts;
- conception du management pour le développement et la phase de
construction;
- sélection du réseau des agents de vente;
- établissement et coordination d'une campagne publicitaire;
- conception, développement et contrôle du site internet bilingue
www.luxurychalet.com;
- supervision et contrôle de la qualité des appartements livrés aux
clients.
Il ressort toutefois du dossier que la société ZB.________ Ltd n'a accompli aucune de ces tâches, qui ont été seulement supervisées par D.________, employé de ZA.________ Ltd, lequel a déclaré y avoir consacré 80% de son temps et s'être rendu à Montana une fois par mois, voire deux suivant les périodes, ainsi que l'attestent les procès-verbaux de réunions produits. Selon le dossier, tous les travaux d'architecture ont été confiés au bureau de E.________, soit à la société F.________ SA, à Sion. Toujours présente sur le terrain, cette société a dirigé et surveillé l'exécution des travaux, tandis que X.________ SA s'est occupée de l'administration du projet. Par ailleurs, des commissions de ventes de 5,75% ont été versées à des tiers. L'Administration fédérale des contributions souligne ainsi à juste titre que D.________ a été la seule personne à se rendre en Valais, où la société ZA.________ Ltd ne disposait d'aucune infrastructure, alors qu'il s'agissait d'une promotion immobilière nécessitant une présence constante sur le terrain. Elle en déduit que le bureau d'architecture E.________ ne s'est pas limité au mandat de restructuration et de rénovation de l'immeuble Y.________, mais s'est aussi occupé de plusieurs prestations que ne
pouvait pas assurer directement ZA.________ Ltd. et, a fortiori, ZB.________ Ltd. D.________ a également admis avoir confié à des compagnies spécialisées les brochures publicitaires et le site internet bilingue www.G.________.com, qui a été réalisé par une société de Verbier, dont les factures de décembre 2000 ont été adressées à X.________ SA. A cela s'ajoute que, lors son audition devant la Commission cantonale de recours, M. D.________ s'est contredit, puisqu'il n'a pas pu affirmer qu'il existait deux sociétés Z.________, alors qu'il est expressément mentionné comme consultant dans le contrat du 28 octobre 1999 signé par ZB.________ Ltd, de même que deux des quatre autres employés de ZA.________ Ltd qu'il a lui-même nommés pour lui avoir prêté assistance. Il a en revanche admis qu'il savait que les paiements opérés par X.________ SA avaient été effectués sur les comptes de ZB.________ Ltd à la demande de ZA.________ Ltd. Sur ce point, la Commission cantonale de recours s'est bornée à constater qu'il s'agissait d'une simple modalité de paiement conclue entre les deux sociétés. Pourtant, il s'agit, là aussi, d'un indice du caractère insolite des montants versés à ZB.________ Ltd, sur la base d'un pourcentage fixe du produit des
ventes et pour des prestations effectuées par les employés de ZA.________ Ltd, ainsi que par des tiers, et facturés parallèlement à X.________ SA.

3.4 A vu de tous ces éléments, il faut admettre que le contrat du 28 octobre 1999, les factures produites, de même que les témoignages, ne permettent pas de déterminer l'ampleur des prestations fournies par ZA.________ Ltd. Tout semble plutôt indiquer que la majorité de ces prestations aient été accomplies par des tiers. Au surplus, aucune explication n'a pu être donnée sur la création de la société ZB.________ Ltd, constituée, comme X.________ SA, peu avant l'achat de l'immeuble Y.________, mais dont l'existence n'est pas justifiée du point de vue commercial et économique; on ne peut donc exclure que ZB.________ Ltd soit une construction établie spécialement afin de transférer des bénéfices pour des raisons fiscales (Archives 61 p. 537 consid. 4). Bien que A.________ ait déclaré qu'il ne connaissait que les employés de ZA.________ Ltd et n'avait aucun lien avec les deux sociétés étrangères, dont il ignorait qui étaient les ayant-droits économiques, il existe suffisamment d'indices pour reconnaître le caractère insolite de la prestation en argent qui fait soupçonner des liens particuliers entre X.________ SA, ZA.________ Ltd. et ZB.________ Ltd. La preuve directe que le bénéficiaire de cette prestation soit un actionnaire ou une
personne proche de X.________ SA n'est en effet pas nécessaire (ATF 119 Ib 431 consid. 3b p. 436), notamment lorsque, comme en l'espèce, des relations internationales sont en cause et que les liens avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités suisses (cf. supra consid. 3.2). A cet égard, la situation est donc différente de celle jugée récemment par le Tribunal fédéral en la cause AFC c. H. (arrêt 2C_377/2009 du 9 septembre 2009) où, dans le cadre particulier d'un contrat de franchise portant sur des droits immatériels dont la valeur économique a été reconnue, l'Administration fédérale des contributions n'avait pu apporter aucun indice du caractère insolite des prestations en argent fournies par la société suisse, de sorte que celles-ci avaient été considérées comme étant justifiées par l'usage commercial.

3.5 Il s'ensuit que la Commission cantonale de recours a constaté arbitrairement que les documents produits par la société intimée et les témoins entendus devant elle constituaient des preuves suffisantes pour admettre que les honoraires versés à ZB.________ Ltd représentaient des charges justifiées par l'usage commercial qui échappaient au bénéfice net imposable, tel que défini aux art. 57
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn.
et 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
let. b LIFD.

II Impôts communal et cantonal.
La maxime d'office régissant la détermination de la dette fiscale est également applicable aux impôts cantonal et communal (art. 46
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 46 Veranlagung - 1 Die Veranlagungsbehörde prüft die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor.
1    Die Veranlagungsbehörde prüft die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor.
2    Abweichungen von der Steuererklärung gibt sie dem Steuerpflichtigen spätestens bei der Eröffnung der Veranlagungsverfügung bekannt.
3    Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor.
LHID). Quant à la loi fiscale cantonale, elle attribue à la Commission cantonale de recours un pouvoir d'examen illimité en fait et en droit et lui permet d'ordonner d'office toutes les mesures nécessaires dans le cadre de l'instruction (art. 151 bis al. 1 et 2 LF). Le recourant fonde d'ailleurs son recours en matière de droit public concernant les impôts cantonal et communal sur les mêmes motifs que ceux invoqués pour l'impôt fédéral direct. Les principes développés ci-devant pour l'appréciation des preuves destinées à déterminer les charges justifiées par l'usage commercial en matière d'impôt fédéral direct sont dès lors applicables aux impôts cantonal et communal. Il en résulte que la décision de la Commission cantonale de recours doit également être qualifiée d'arbitraire en ce qui concerne les déductions qu'elle a tirées des documents produits par X.________ SA et des auditions auxquelles elle a procédé, pour arriver à la conclusion que les honoraires versés à ZB.________ Ltd, par 1'913'030 fr., étaient des charges justifiées par l'usage commercial. Cette somme peut dès lors être ajoutée au
bénéfice imposable, ainsi que le prévoit l'art. 24 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LHID. Bien qu'elle ne soit pas libellée de la même manière que l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD, cette disposition prévoit en effet l'imposition des charges non justifiées par l'usage commercial dans le cadre de l'impôt sur le bénéfice, au même titre que l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD (arrêt 2C_162/2008, précité, consid. 6).

4.
Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être admis et la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008 annulée, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Dans la mesure où elle refuse d'admettre les honoraires versés à ZB.________ Ltd comme charges justifiées par l'usage commercial pour l'année fiscale 2003, la décision sur réclamation de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005 peut ainsi être confirmée pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263).

Les frais judiciaires seront mis à la charge de la société intimée (art. 65 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).
Il y a lieu également de renvoyer l'affaire à la Commission de recours en matière fiscale pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal. Partant la décision rendue le 17 décembre 2008 par la Commission cantonale de recours en matière fiscale est annulée.

2.
La décision sur réclamation de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005 est confirmée.

3.
L'affaire est renvoyée à la Commission de recours en matière fiscale pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la société intimée.

5.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au mandataire de l'intimée et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 14 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Müller Rochat