Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 116/2021

Arrêt du 8 juillet 2021

IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Seiler, Président,
Donzallaz et Beusch.
Greffier: M. Tissot-Daguette.

Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Me Jean-Emmanuel Rossel, avocat,
recourante,

contre

Administration cantonale des impôts du canton de Vaud,
route de Berne 46, 1014 Lausanne.

Objet
Impôts fédéral direct, cantonal et communal des périodes fiscales 2005 à 2011; rappel d'impôt (2005 à 2009) et taxation (2010 et 2011),

recours contre l'arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 31 décembre 2020 (FI.2020.0058).

Faits :

A.
La société A.________SA a son siège dans le canton de Vaud et a pour but l'exploitation de différents établissements et centres d'enseignement. B.________ en est l'administrateur président délégué avec signature individuelle.
Par des décisions du 9 novembre 2009, la société a été taxée sur le bénéfice et le capital des périodes fiscales 2005 à 2007, aussi bien en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'IFD) que des impôts cantonal et communal (ci-après: les ICC). Le 19 juillet 2010, elle a été taxée, au même titre, pour la période fiscale 2008 et le 26 juillet 2011 pour la période fiscale 2009. Toutes ces décisions sont entrées en force.
Le 29 mars 2011, la société A.________SA a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2010. Elle en a fait de même, pour la période fiscale 2011, le 10 février 2012.

B.
Le 7 mai 2012, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: L'Administration cantonale) a averti la société de l'ouverture d'une procédure en rappel et soustraction d'impôt portant sur les périodes fiscales 2002 à 2011 ( sic). Par décision du 12 novembre 2019, l'Administration cantonale a rendu une décision de rappel d'impôt, respectivement de taxation définitive pour les périodes fiscales 2004 à 2011. Elle a en outre prononcé des amendes pour les périodes fiscales 2010 et 2011 et constaté que la procédure de soustraction d'impôt ouverte à l'encontre de la société pour les périodes 2004 à 2009 s'était prescrite. L'Administration cantonale a fixé le complément d'impôt dû à 364'190 fr. 35 pour les ICC et à 137'844 fr. 80 pour l'IFD. Les amendes ont quant à elles été fixées à 51'500 fr. pour les ICC et à 19'650 fr. pour l'IFD. La réclamation élevée par la société le 13 décembre 2019 a été rejetée par l'Administration cantonale le 12 mai 2020, celle-ci confirmant sa décision du 12 novembre 2019, sous réserve du constat de la prescription de la période fiscale 2004. Par acte du 12 juin 2020, la société A.________SA a interjeté recours contre cette décision sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif
et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 31 décembre 2020, le Tribunal cantonal a rejeté le recours.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle, subsidiaire, du recours constitutionnel, la société A.________SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'effet suspensif, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 31 décembre 2020.
Par ordonnance du 4 février 2021, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions conclut pour sa part à l'admission partielle du recours et au constat de la prescription du droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2005. Dans des observations finales, la société A.________SA confirme ses conclusions.

Considérant en droit :

1.

1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF. Il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
LIFD [RS 642.11], art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; ATF 134 II 186 consid. 1.3). Partant, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable (art. 113
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 113 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours constitutionnels contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance qui ne peuvent faire l'objet d'aucun recours selon les art. 72 à 89.
LTF a contrario).

1.2. Le recours a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes requises (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF) par la contribuable destinataire de l'acte attaqué (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), de sorte qu'il convient d'entrer en matière.

1.3. En principe, le recours en matière de droit public doit contenir des conclusions réformatoires. Or, la recourante formule une conclusion principale purement cassatoire, sans requérir une nouvelle décision en la cause. Une telle conclusion est néanmoins admise dans le recours en matière de droit public, à condition toutefois que les revendications de la recourante ressortent clairement des motifs (cf. ATF 133 II 409 consid. 1.4). En l'occurrence, malgré une motivation qui ne distingue pas les procédures de rappel d'impôt des périodes fiscales 2005 à 2009, la taxation des périodes fiscales 2010 et 2011 et les amendes pour soustraction d'impôt relatives à ces deux dernières années, on peut comprendre que la recourante cherche en définitive à ne pas faire l'objet d'un rappel d'impôt, respectivement à payer le moins d'impôt possible. En cela, et malgré l'inconsistance de sa motivation, l'insuffisance de sa conclusion principale ne saurait lui nuire.

2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu (ATF 132 V 387 consid. 5.1), la recourante, citant l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., se plaint de ce qu'elle n'a pas été entendue par l'Administration cantonale avant que celle-ci rende sa décision sur réclamation, décision que la recourante estime par ailleurs insuffisamment motivée.

2.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les références).
Le droit d'être entendu impose également à l'autorité judiciaire de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer son droit de recours à bon escient. Pour satisfaire à cette exigence, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (ATF 142 II 154 consid. 4.2 et les références). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1 et les références).

2.2. En premier lieu, dans la mesure où la recourante invoque une violation de son droit d'être entendue par le fait que l'Administration cantonale ne l'a pas auditionnée, elle méconnaît le principe de l'effet dévolutif du recours auprès du Tribunal cantonal (ATF 136 II 539 consid. 1.2). Par ailleurs, elle méconnaît le fait que les garanties minimales en matière de droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. ne comprennent en principe pas le droit d'être entendu oralement (ATF 140 I 68 consid. 9.6.1 et les références) et il en va de même de l'art. 135 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 135 Décision - 1 L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
1    L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
2    La décision est motivée et notifiée au contribuable ainsi qu'à l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle est également communiquée à l'AFC lorsque celle-ci est intervenue dans la taxation ou a demandé que la décision sur réclamation lui soit communiquée (art. 103, al. 1).
3    La procédure de réclamation est gratuite. Toutefois, l'art. 123, al. 2, dernière phrase est applicable par analogie.
LIFD (cf. arrêt 2C 181/2019 du 11 mars 2019 consid. 2.3.4 et les références). Le droit cantonal peut certes, selon les cas, offrir une protection plus étendue aux justiciables (arrêt 2C 747/2019 du 19 novembre 2019 consid. 3.2). La recourante ne fait toutefois pas valoir que cela serait le cas en l'espèce. Le refus de l'auditionner ne viole donc pas l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.
Pour le surplus, en tant qu'elle se plaint de motivation insuffisante de la décision sur réclamation de l'Administration cantonale, la recourante méconnaît une fois de plus le principe de l'effet dévolutif complet du recours au Tribunal cantonal. En outre, en se limitant à relever que la " décision sur réclamation est insuffisamment motivée et renvoie à des annexes incompréhensibles ", le grief de violation du droit d'être entendu de la recourante est lui-même insuffisamment motivé au regard du principe d'allégation prévu par l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF.

2.3. Sur le vu de ce qui précède, il convient d'écarter le grief de violation du droit d'être entendu.

3.

3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 142 III 782 consid. 3).

3.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF; ATF 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF).
En l'occurrence, la recourante présente certains faits de manière totalement appellatoire, sans aucunement expliquer en quoi ceux-ci auraient une quelconque incidence sur l'issue de la cause. Il ne saurait par conséquent en être tenu compte et le Tribunal fédéral appliquera le droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.

4.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2) tant pour l'IFD que les ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4; arrêt 2C 3/2019 du 4 juillet 2019 consid. 4 et les références).

4.1. L'art. 152 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
1    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
2    L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
1    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
2    L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
LIFD; cf. ATF 140 I 68 consid. 6.1). Les art. 208 al. 1 et 3 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS 642.11) et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et les ICC.
En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt et soustraction d'impôt a été notifié à la recourante en mai 2012 pour l'IFD et les ICC 2002 à 2011. Le délai de péremption de dix ans des art. 152 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
1    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
2    L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
LIFD, 208 al. 1 LI/VD et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté. En application des art. 152 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
1    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
2    L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
LIFD, 203 al. 3 LI/VD et 53 al. 3 LHID, c'est à juste titre que l'Administration cantonale n'a pas procédé, respectivement a constaté la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt des périodes fiscales 2002 à 2004. S'agissant du délai de péremption relatif au droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année 2005, celui-ci est survenu à la fin de la période fiscale 2020, si bien que le droit de procéder au rappel d'impôt pour cette période fiscale est également périmé. Le droit de procéder au rappel d'impôt des années 2006 à 2009, n'est ni prescrit, ni périmé.

4.2. S'agissant du droit de taxer les années fiscales 2010 et 2011 (ces années n'ayant pas fait l'objet d'un rappel d'impôt), l'art. 120 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
phr. 1 LIFD, respectivement les art. 170 al. 1 phr. 1 LI/VD et 47 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 47 Prescription - 1 Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
1    Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
2    Les créances d'impôt se prescrivent par cinq ans à compter de l'entrée en force de la taxation; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force.
LHID, disposent que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Selon les art. 120 al. 3 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
et d LIFD et 170 al. 3 let. a et d LI/VD, un nouveau délai de prescription commence notamment à courir (a) lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt, ainsi que (d) lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
L'information de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt constitue une mesure par laquelle l'autorité fiscale signale au contribuable sa volonté de procéder par la suite à sa taxation et relève ainsi d'un cas d'application de l'art. 120 al. 3 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD, respectivement de l'art. 170al. 3 let. a LI/VD (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.3 et les références; arrêt 2C 874/2018 du 17 avril 2019 consid. 5.2). Ainsi, en informant la recourante de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2010 et 2011 le 7 mai 2012, l'Administration cantonale a fait courir un nouveau délai de prescription. Elle a à nouveau fait partir un tel délai le 20 janvier 2017, lorsqu'elle a informé la recourante qu'elle allait prochainement clôturer son enquête pour soustraction d'impôt relative notamment aux périodes fiscales 2010 et 2011. Compte tenu de ce qui précède, aucune de ces deux années fiscales n'est prescrite à ce jour, le délai de prescription étant suspendu depuis le 13 décembre 2019 et l'introduction des réclamations par la recourante (art. 120 al. 2 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD, 170 al. 2 let. a LI/VD).

4.3. Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien art. 184 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD [RO 1991 1184] cum art. 333 al. 6 let. b
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 333 - 1 Les dispositions générales du présent code sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales, à moins que celles-ci ne contiennent des dispositions sur la matière.
1    Les dispositions générales du présent code sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales, à moins que celles-ci ne contiennent des dispositions sur la matière.
2    Dans les autres lois fédérales:
a  la réclusion est remplacée par une peine privative de liberté de plus d'un an;
b  l'emprisonnement est remplacé par une peine privative de liberté de trois ans au plus ou par une peine pécuniaire;
c  l'emprisonnement de moins de six mois est remplacé par la peine pécuniaire, un mois d'emprisonnement valant 30 jours-amende d'au maximum 3000 francs.
3    L'infraction passible de l'amende ou des arrêts, ou de l'amende exclusivement, est une contravention. Les art. 106 et 107 sont applicables. Est réservé l'art. 8 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif546. L'infraction passible, en vertu d'une autre loi fédérale entrée en vigueur avant 1942, d'une peine d'emprisonnement ne dépassant pas trois mois est également une contravention.
4    Sont réservées les durées des peines qui dérogent à l'al. 2, les montants des amendes qui dérogent à l'art. 106, ainsi que l'art. 41.
5    Si une autre loi fédérale prévoit l'amende pour un crime ou un délit, l'art. 34 est applicable. Les règles sur la fixation de l'amende qui dérogent à cet article ne sont pas applicables. Est réservé l'art. 8 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif. Si l'amende est limitée à un montant inférieur à 1 080 000 francs, cette limitation est supprimée; au-delà, elle est maintenue. En pareil cas, le nombre maximum de jours-amende équivaut au montant maximum de l'amende encourue jusqu'alors divisé par 3000.
6    ...547
6bis    Si une infraction est punie soit d'une peine privative de liberté soit d'une peine pécuniaire d'un nombre minimal de jours-amende, cette limite inférieure vaut aussi pour la durée minimale en jours de la peine privative de liberté.548
7    Les contraventions prévues par d'autres lois fédérales sont punissables même quand elles ont été commises par négligence, à moins qu'il ne ressorte de la disposition applicable que la contravention est réprimée seulement si elle a été commise intentionnellement.
CP, en relation avec l'ATF 134 IV 328). La prescription était en outre interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable (ancien art. 184 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD). Pour sa part, la poursuite de la tentative de soustraction se prescrivait par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction avait été commise (ancien art. 184 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
et al. 2 LIFD). Depuis le 1er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD). S'agissant de la tentative de soustraction, la poursuite pénale se prescrit toujours par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de
laquelle la tentative de soustraction a été commise (art. 184 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD). Selon l'art. 184 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD actuellement en vigueur, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 182 En général - 1 L'instruction terminée, l'autorité cantonale compétente rend une décision, qui est notifiée par écrit à l'intéressé.277
1    L'instruction terminée, l'autorité cantonale compétente rend une décision, qui est notifiée par écrit à l'intéressé.277
2    Les décisions cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral278. La voie pénale est exclue.279
3    Les dispositions sur les principes généraux de procédure et les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
4    Le canton désigne les autorités chargées de la poursuite pour soustractions d'impôt et pour des violations de règles de procédure.
LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 58 Prescription de la poursuite pénale - 1 La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
1    La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
2    La poursuite de la soustraction d'impôt consommée se prescrit par dix ans:
a  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle le contribuable n'a pas été taxé ou l'a été de manière incomplète, ou pour laquelle la retenue de l'impôt à la source n'a pas été faite conformément à la loi (art. 56, al. 1);
b  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution illégale ou une remise injustifiée d'impôt a été obtenue (art. 56, al. 1) ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 56, al. 4).
3    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 57bis, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
, al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (art. 72s
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72s
LHID; cf. art. 254 LI/VD). En vertu des art. 205f
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 205f Disposition transitoire relative à la modification du 26 septembre 2014 - Le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales.
LIFD et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C 874/2018 du 17 avril 2019 consid. 5.3; 2C 12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV 136).
En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée reprochée à la recourante au cours des périodes fiscales 2004 à 2009 s'est prescrite pour les années 2004 à 2008, dès lors que l'Administration fiscale n' a rendu une décision pour ces années que le 12 novembre 2019, soit après le délai de dix ans suivant la fin des périodes fiscales en cause. C'est en revanche à tort que l'Administration cantonale, dans sa décision du 12 novembre 2019 confirmée implicitement par le Tribunal cantonal, a constaté la prescription de la poursuite pénale de la période fiscale 2009. En application de l'ancien droit, la poursuite pénale de la période fiscale 2009 ne s'est pas non plus prescrite, dès lors que le 7 mai 2012, l'Administration fiscale a informé la contribuable de l'ouverture de la procédure et qu'il ne s'est pas encore écoulé quinze ans depuis la fin de cette période.
S'agissant de la poursuite pénale pour l'infraction de tentative de soustraction d'impôt reprochée à la recourante pour les périodes fiscales 2010 et 2011, le délai de prescription n'a pas encore commencé à courir, puisqu'en cas de litige, cela ne sera le cas qu'à partir du moment où le Tribunal fédéral aura statué sur ladite procédure (arrêt 2C 724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 6.4 et les références).

5.

5.1. L'art. 112 al. 1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
1    Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
a  les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier;
b  les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées;
c  le dispositif;
d  l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale.
2    Si le droit cantonal le prévoit, l'autorité peut notifier sa décision sans la motiver. Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée.
3    Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler.
4    Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier.
LTF exige que les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral contiennent les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées. Une décision doit ainsi clairement exposer sur quel état de fait le tribunal s'est fondé et quelles réflexions juridiques il en a tiré. En vertu de ce devoir de motivation, le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 141 IV 244 consid. 1.2.1; 138 IV 81 consid. 2.2). Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'art. 112 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
1    Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
a  les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier;
b  les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées;
c  le dispositif;
d  l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale.
2    Si le droit cantonal le prévoit, l'autorité peut notifier sa décision sans la motiver. Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée.
3    Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler.
4    Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier.
LTF, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (art. 112 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
1    Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
a  les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier;
b  les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées;
c  le dispositif;
d  l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale.
2    Si le droit cantonal le prévoit, l'autorité peut notifier sa décision sans la motiver. Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée.
3    Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler.
4    Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier.
LTF).

5.2. A titre liminaire, il convient de relever que, tel que cela ressort de l'arrêt entrepris, la décision sur réclamation contestée devant l'autorité précédente concernait des procédures de rappel d'impôt (périodes fiscales 2005 à 2009), des taxations (périodes fiscales 2010 et 2011) et des amendes pour tentative de soustraction d'impôt (périodes fiscales 2010 et 2011), puisqu'elle confirmait la décision initiale du 12 novembre 2019 (à l'exception du rappel d'impôt pour la période fiscale 2004 dont la prescription [ recte : péremption] a été constatée par l'Administration cantonale). Or, le Tribunal cantonal n'a à aucun moment examiné la question des amendes pour tentative de soustraction, que ce soit en matière d'IFD ou des ICC, ce qui rend impossible un examen de ce point par le Tribunal fédéral. L'autorité précédente n'a exposé aucun des motifs déterminants de fait et de droit à ce propos, même pas de manière succincte, alors qu'en rejetant le recours du contribuable, qui demandait l'annulation dans son entier de la décision sur réclamation du 12 mai 2020, elle a confirmé cette dernière décision qui traitait de la problématique de la tentative de soustraction d'impôt. Elle ne pouvait ainsi limiter sa cognition à ce propos,
même si la contribuable n'avait pas expressément élevé de griefs (cf. art. 110
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 110 Jugement par une autorité judiciaire - Si, en vertu de la présente loi, les cantons sont tenus d'instituer un tribunal comme autorité cantonale de dernière instance, ils font en sorte que ce tribunal ou une autre autorité judiciaire, statuant en instance précédente, examine librement les faits et applique d'office le droit déterminant.
LTF). Par conséquent, s'agissant de l'infraction de tentative de soustraction d'impôt, le recours doit être admis et la cause renvoyée à l'autorité précédente, afin qu'elle rende une nouvelle décision conforme aux exigences de l'art. 112 al. 1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
1    Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
a  les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier;
b  les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées;
c  le dispositif;
d  l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale.
2    Si le droit cantonal le prévoit, l'autorité peut notifier sa décision sans la motiver. Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée.
3    Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler.
4    Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier.
LTF.

5.3. S'agissant ensuite de la procédure de soustraction d'impôt pour la période fiscale 2009, dont l'Administration cantonale a constaté à tort la prescription (cf. consid. 4.3 ci-dessus) et sur laquelle le Tribunal cantonal ne s'est aucunement prononcé, force est de constater que le Tribunal fédéral, outre qu'il ne dispose pas des éléments nécessaires pour statuer (cf. consid. 5.2 ci-dessus), ne saurait de toute façon pas se pencher sur ce point en raison du principe de l'interdiction de la reformatio in peius (cf. art. 107 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF; cf. arrêt 2C 32/2020 du 8 juin 2020 consid. 4.4 et les références).

I. Rappel d'impôt

6.

6.1. Aux termes de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD (cf. art. 53 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
phr. 1 LHID et 207 al. 1 LI/VD, dont la teneur est semblable à celle de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD), lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel d'impôt est soumis à des conditions objectives. Il faut d'abord qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Le rappel d'impôt suppose ensuite l'existence d'un motif de rappel. A cet égard, l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD envisage en premier lieu la découverte de moyens de preuve ou de faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Le rappel d'impôt ne peut porter que
sur les points pour lesquels l'autorité fiscale dispose de nouveaux éléments (arrêts 2C 803/2019 du 26 février 2020 consid. 4.1; 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 6.1 et les références).

6.2. A teneur de l'art. 123 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
LIFD (cf. art. 46 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 46 Taxation - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle communique au contribuable les modifications apportées à sa déclaration au plus tard lors de la notification de la décision de taxation.
3    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou si les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue faute de données suffisantes.
LHID; art. 172 al. 1 LI/VD), les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 126 Collaboration ultérieure - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent conserver pendant dix ans les livres ou les relevés prévus à l'art. 125, al. 2, ainsi que les pièces justificatives en relation avec leur activité. Le mode de tenue et de conservation de ces documents est régi par les art. 957 à 958f CO227.228 229
LIFD; art. 42 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 42 Obligations du contribuable - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO186: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.187
4    Le mode de tenue et de conservation des documents visés à l'al. 3 est régi par les art. 957 à 958f CO.188
LHID). Il doit en particulier remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 124 Déclaration d'impôt - 1 L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.220
1    L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.220
2    Le contribuable doit remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète; il doit la signer personnellement et la remettre à l'autorité fiscale compétente avec les annexes prescrites, dans le délai qui lui est imparti.221
3    Le contribuable qui omet de déposer la déclaration d'impôt ou qui dépose une déclaration incomplète est invité à remédier à l'omission dans un délai raisonnable.222
4    Le contribuable qui dépasse le délai imparti pour remettre sa déclaration ou la retourner lorsqu'elle lui a été renvoyée pour qu'il la complète est excusé s'il établit que, par suite de service militaire, de service civil, d'absence du pays, de maladie ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de remplir cette obligation en temps utile et qu'il s'en est acquitté dans les 30 jours après la fin de l'empêchement.223
LIFD; art. 173 al. 1 LI/VD). Pour sa part, l'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (art. 130 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 130 Exécution - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l'évolution de fortune et le train de vie du contribuable.
LIFD; art. 46 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 46 Taxation - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle communique au contribuable les modifications apportées à sa déclaration au plus tard lors de la notification de la décision de taxation.
3    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou si les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue faute de données suffisantes.
LHID; art. 180 al. 1 LI/VD). L'autorité de taxation peut en principe compter sur le fait que la déclaration d'impôt est complète et exacte. Il n'existe une obligation d'entreprendre des investigations complémentaires que lorsque la déclaration contient des erreurs qui sont clairement reconnaissables, respectivement manifestes. Ce ne sont que ces défauts évidents qui conduisent à reconnaître une violation du devoir d'instruction de l'autorité et qui ont pour conséquence de retenir qu'il n'existe pas de "faits inconnus" au sens de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD,
respectivement de l'art. 207 al. 1 LI/VD pour justifier un rappel d'impôt (arrêts 2C 803/2019 du 26 février 2020 consid. 4.2; 2C 94/2010 du 10 février 2011 consid. 4.1 et les références).

6.3. En l'occurrence, le Tribunal cantonal n'a aucunement examiné si les conditions du rappel d'impôt étaient réunies, se limitant à expliquer que la recourante ne les avait pas contestées, alors que sur ce point également, l'autorité précédente devait appliquer le droit d'office (cf. art. 110
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 110 Jugement par une autorité judiciaire - Si, en vertu de la présente loi, les cantons sont tenus d'instituer un tribunal comme autorité cantonale de dernière instance, ils font en sorte que ce tribunal ou une autre autorité judiciaire, statuant en instance précédente, examine librement les faits et applique d'office le droit déterminant.
LTF). Dans la mesure où il s'agit de droit fédéral (art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD), respectivement de droit cantonal harmonisé (art. 53 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
phr. 1 LHID et 207 al. 1 LI/VD; arrêt 2C 123/2012 du 8 août 2012 consid. 10), et même si la recourante n'élève aucun grief à ce propos, le Tribunal fédéral s'en saisira d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF; cf. consid. 3.1 ci-dessus), pour autant toutefois qu'il dispose des éléments de fait nécessaires pour ce faire (cf. consid. 5.1 ci-dessus; cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).
Il ressort de l'arrêt entrepris que le rappel d'impôt opéré par l'Administration cantonale pour les périodes fiscales 2005 à 2009 avait trait à la part privée de frais de véhicule appartenant à la recourante (uniquement pour les années 2008 et 2009), à des charges de loyer et frais d'immeuble dont celle-ci s'est acquittée en faveur de son actionnaire, à des frais d'entretien d'immeuble (uniquement pour l'année 2008), à divers frais de voyage, à des amortissements (uniquement pour les années 2008 et 2009) et à la réduction du compte-courant créancier d'une société tierce intégralement détenue par la recourante (uniquement pour la période fiscale 2006).

6.4. Quant aux frais de véhicule pour les années 2008 et 2009, le Tribunal cantonal a retenu que la recourante avait mis deux véhicules à disposition de son actionnaire pour les besoins privés de celui-ci. Il a en outre mentionné que la recourante avait comptabilisé une part privée à cet effet, à compter de l'exercice commercial 2008. S'agissant ensuite des charges de loyer et frais d'immeuble dont la recourante s'était acquittée en faveur de son actionnaire majoritaire, l'arrêt entrepris a considéré que celui-ci avait son domicile principal dans l'appartement dont il était propriétaire et qu'il louait à la recourante. Cette dernière n'avait en outre pas été en mesure de fournir des justificatifs pour les frais d'entretien, d'un montant total de 63'800 fr., comptabilisés durant la période fiscale 2008. Le Tribunal cantonal a ensuite constaté que les charges relatives aux frais de voyage et de représentation, reprises dans le bénéfice de la recourante par l'Administration cantonale, concernaient des frais pour lesquels la recourante n'avait pas été en mesure de fournir des justificatifs. Il a par ailleurs jugé que les amortissements effectués par la recourante sur des meubles durant les périodes 2008 et 2009, couvertes par le
rappel d'impôt, ne sauraient être admis en raison de l'absence d'éléments probants quant à ce mobilier, notamment en relation avec sa valeur lors de l'acquisition en 2007. Finalement, l'autorité précédente a encore confirmé la reprise, dans le bénéfice de la recourante, de montants de 520'000 fr. (écriture du 30 juin 2005) et 20'000 fr. (écriture du 30 juin 2006) ayant servi à réduire la dette d'une société entièrement détenue par la recourante.

6.5. En l'occurrence, rien dans l'arrêt entrepris ne permet de laisser penser que, lorsque l'Administration cantonale a procédé à l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt en mai 2012, elle ait eu à disposition de nouveaux éléments de fait qui lui permettaient de revenir sur les taxations déjà entrées en force. Au contraire, les faits tels qu'ils ont été établis par le Tribunal cantonal laissent bien plutôt penser que la recourante a établi ses comptes de manière transparente en y indiquant ouvertement les frais (de véhicule, de voyage, d'entretien d'immeuble), les charges, les amortissements et les montants versés à une société tierce, ce qui tendrait plutôt à exclure les conditions permettant de procéder à un rappel d'impôt. Néanmoins, dans la mesure où il n'est pas exclu que certains faits, qui n'auraient à tort pas été retenus par le Tribunal cantonal en raison de la limitation de son pouvoir d'examen, puissent justifier l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt, il convient d'admettre le recours et de renvoyer la cause à l'autorité précédente. Celle-ci procédera, le cas échéant, à une instruction complémentaire et rendra une nouvelle décision qui contiendra des motifs déterminants en fait et en droit (cf. art. 112 al.
1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 112 Notification des décisions - 1 Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
1    Les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées aux parties par écrit. Elles doivent contenir:
a  les conclusions, les allégués, les moyens de preuves offerts et les déterminations des parties lorsqu'elles ne résultent pas des pièces du dossier;
b  les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées;
c  le dispositif;
d  l'indication des voies de droit, y compris la mention de la valeur litigieuse dans les cas où la présente loi requiert une valeur litigieuse minimale.
2    Si le droit cantonal le prévoit, l'autorité peut notifier sa décision sans la motiver. Les parties peuvent alors en demander, dans les 30 jours, une expédition complète. La décision ne peut pas être exécutée avant que ce délai soit échu sans avoir été utilisé ou que l'expédition complète soit notifiée.
3    Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler.
4    Dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier.
LTF), aussi bien s'agissant de l'impôt fédéral direct que des impôts cantonal et communal, ces deux catégories d'impôt nécessitant la découverte de moyens de preuve ou de faits inconnus pour permettre l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt.

II. Impôt fédéral direct

7.
Outre la procédure de soustraction et rappel d'impôt, l'arrêt entrepris concerne également la taxation de la recourante pour les périodes fiscales 2010 et 2011.

7.1. Aux termes de l'art. 57
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b 2e tiret), ainsi que les distributions dissimulées de bénéfice (let. b 5 e tiret).
Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition que ceux-ci soient comptabilisés ou, à défaut d'une comptabilité tenue selon l'usage commercial, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements (art. 62 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 62 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO143, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.144
1    Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO143, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.144
2    En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments.
3    Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 67, al. 1, au moment de l'amortissement.
4    Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b, sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
LIFD). Un amortissement est justifié par l'usage commercial dans la mesure où il permet de tenir compte d'une véritable moins-value d'un poste au bilan (ATF 137 II 353 consid. 6.4.1; arrêt 2C 132/2020 du 26 novembre 2020 consid. 8.2.1 et les références). Il n'est pas admissible de procéder à l'amortissement d'actifs fictifs, c'est-à-dire d'actifs qui, dès l'origine, n'ont aucune valeur ou une valeur surfaite (arrêt 2C 386/2012 du 16 novembre 2012 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 et les références). La question de savoir s'il existe une disproportion entre la prestation fournie par la société et la contre-prestation qu'elle en retire se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (" Drittvergleich ") : il s'agit d'examiner si la prestation aurait été accordée, dans la même mesure, à un tiers étranger à la société, soit de vérifier si le principe de pleine concurrence (" Dealing at arm's length ") a été respecté (ATF 140 II 88 consid. 4.1 et les références).

7.2. En matière fiscale, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, ont pour effet que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 146 II 6 consid. 4.2 et les références).

7.3. En l'occurrence, pour les périodes fiscales 2010 et 2011, le Tribunal cantonal a refusé la déduction de frais de véhicule, de loyers et de frais de voyage. Il a en outre également refusé l'amortissement de mobilier ancien.

7.3.1. S'agissant de l'amortissement du mobilier ancien, le Tribunal cantonal a retenu que la recourante n'avait pas réussi à établir sa valeur, alors qu'il appartenait à celle-ci de démontrer un tel fait susceptible de diminuer sa dette fiscale.
Dans son recours au Tribunal fédéral, la recourante reconnaît ne pas avoir établi la valeur de ces objets. Elle estime cependant que l'Administration cantonale a retenu un prix surfait et a faussement refusé un amortissement.
On doit ici lui faire remarquer que, pour pouvoir procéder à un amortissement, il est nécessaire de déterminer le prix d'achat des objets en cause. Outre que, comme l'a mentionné l'autorité précédente, il n'est pas exclu qu'un amortissement sur du mobilier ancien soit d'emblée impossible, il appartenait à la recourante d'en démontrer la valeur. En ne le faisant pas, elle supporte l'absence de preuves et ne saurait prétendre à une déduction sur son bénéfice. On ajoutera qu'il ressort des faits que la recourante n'a donné aucune information quant à la nature exacte du mobilier, notamment s'il s'agissait d'antiquités de valeur ou de simple mobilier suranné. Dans ces conditions, on ne peut que confirmer l'arrêt du Tribunal cantonal en tant qu'il refuse l'amortissement des meubles de la recourante pour les périodes fiscales 2010 et 2011.

7.3.2. L'autorité précédente a également refusé la déduction de frais de véhicule, relevant que la recourante n'avait pas produit un décompte kilométrique distinguant l'usage commercial de l'usage privé et qu'il n'était ainsi pas contraire au droit d'évaluer la part privée forfaitairement en retenant un taux de 9,6%.
La recourante se limite à présenter des faits qui n'ont pas été retenus par l'autorité précédente, notamment la façon dont est réglée la mise à disposition des véhicules au sein de la société. Elle ne conteste pas l'absence de décompte kilométrique, ni véritablement l'application d'un forfait.
On ne peut que confirmer l'arrêt entrepris à ce propos. Si la recourante désirait déduire une part privée plus importante que celle retenue par le Tribunal cantonal, il lui incombait d'en démontrer l'existence (cf. consid. 7.2 ci-dessus). Or, en se limitant à des affirmations, la recourante ne saurait critiquer l'application d'une méthode forfaitaire, ce d'autant moins que cette méthode est fondée sur la circulaire 25 de la Conférence suisse des impôts du 18 janvier 2008, intitulée "Modèle de règlement des remboursements de frais pour les entreprises et les organisations à but non lucratif", et que son application a déjà été admise par le Tribunal fédéral, en l'absence de preuve contraire de la part de l'employeur ou de l'employé (cf. arrêt 2C 645/2012 du 13 février 2013 consid. 9.2).

7.3.3. Le Tribunal cantonal a refusé la déduction de plus de 25% du loyer acquitté par la recourante à son actionnaire, propriétaire de l'appartement qu'elle affirme utiliser intégralement. Pour arriver à cette conclusion, l'autorité précédente s'est fondée sur le fait que l'actionnaire usait à titre privé de cet appartement, dans lequel il avait son domicile principal et que la recourante disposait en outre de bureaux et de salles de conférence dans d'autres lieux.
La recourante avance pour sa part que l'appartement est intégralement utilisé par elle et qu'il est justifié de lui faire supporter le loyer et les charges. Elle estime que si l'Administration cantonale avait désiré contester son utilisation de l'appartement, cette autorité aurait dû procéder à une inspection.
En l'occurrence, on constate qu'à propos de la prise en charge du loyer de l'appartement appartenant à son actionnaire pour les périodes fiscales 2010 et 2011, la recourante ne fait que présenter ses propres vision et appréciation des faits et les opposer à celles du Tribunal cantonal. Or, comme on l'a vu précédemment (cf. consid. 3.2 ci-dessus), une telle façon de procéder ne saurait être admise. Il convient donc de retenir que l'actionnaire propriétaire de l'appartement en cause y avait son domicile principal et qu'il n'est ainsi pas contraire au droit de n'admettre, comme étant justifié par l'usage commercial, qu'une part de 25% du loyer à la charge de la recourante.

7.3.4. Finalement, le Tribunal cantonal a retenu que les charges relatives aux frais de voyage et de représentation reprises dans le bénéfice de la recourante concernaient des frais pour lesquels la recourante n'avait pas été en mesure de fournir des justificatifs, les relevés de carte de crédit ne permettant pas de savoir si une dépense était justifiée par l'usage commercial. Il a considéré que la recourante ne pouvait pas se limiter à affirmer que les voyages effectués à l'étranger constituaient une nécessité absolue dans le cadre de son activité et a rappelé qu'en cas de prestations à l'étranger, le devoir de collaboration du contribuable était accru (cf. ATF 144 II 427 consid. 2.3.2; arrêt 2C 32/2018 du 11 novembre 2019 consid. 3.2.2 et les références).
A ce propos, la recourante réitère que les frais de représentation et de voyage sont une nécessité absolue pour attirer la clientèle en général et la clientèle étrangère en particulier. Elle affirme ensuite que les justificatifs ont été produits sous la forme de relevés de carte de crédit et qu'une facture justifiant le débit n'ajouterait rien.
A nouveau, la recourante doit supporter l'absence de preuves permettant de réduire sa charge fiscale, c'est-à-dire permettant d'admettre des charges justifiées par l'usage commercial réduisant son bénéfice imposable. En ne fournissant que des relevés de carte de crédit, il ressort des faits de l'arrêt entrepris, qui lient le Tribunal fédéral, qu'il n'est pas possible de savoir si ces frais sont justifiés ou non. Dans ces conditions, il n'est pas contraire au droit de refuser la déduction des frais de voyage pour les périodes fiscales 2010 et 2011.

7.4. Par conséquent, sur le vu de l'ensemble des éléments qui précèdent, il convient de rejeter le recours en tant qu'il a trait à l'IFD des périodes fiscales 2010 et 2011.

III. Impôts cantonal et communal

8.
L'art. 94 al. 1 let. b LI/VD est libellé de manière identique à l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD (cf. également art. 24 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LHID). La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 et les références). Il peut ainsi être renvoyé, s'a gissant de l'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD. Le recours doit par conséquent également être rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2010 et 2011.

9.
En résumé, il convient de retenir que le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2005 à 2009. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal, afin qu'il procède dans le sens des considérants pour le rappel d'impôt des périodes fiscales 2006 à 2009, la période fiscale 2005 étant prescrite. Le recours est également admis en tant qu'il concerne l'infraction de tentative de soustraction d'impôt pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2010 et 2011 et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle examine ce point. Le recours est rejeté pour le surplus.

10.
Les considérants qui précèdent conduisent ainsi à l'admission partielle du recours en matière de droit public, tant en matière d'IFD que des ICC, et à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire. Succombant dans une faible mesure, la recourante doit supporter une partie des frais judiciaire s (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF), le solde étant à la charge du canton de Vaud, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF).
S'agissant des dépens, l'art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF dispose que le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. A teneur de l'art. 68 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF, en règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige. Dans la présente procédure, la recourante a certes obtenu gain de cause sur une grande partie de ses conclusions. Néanmoins, si la recourante a certes déposé un recours recevable, sa motivation n'était aucunement pertinente pour la résolution du litige, celle-ci n'ayant en particulier pas constaté l'absence de conditions permettant de procéder au rappel d'impôt, respectivement l'absence de motivation suffisante de la part du Tribunal cantonal et n'ayant en définitive que contesté certains faits de manière totalement appellatoire. Par conséquent, il se justifie de ne lui accorder qu'un montant de dépens fortement réduit, à charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF), aucun dépens n'étant alloué à celui-ci (art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours en matière de droit public est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. La cause est annulée en tant qu'elle a trait aux périodes fiscales 2005 à 2009, ainsi qu'à l'infraction de tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2010 et 2011 et renvoyée à l'autorité précédente, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.

2.
Le recours en matière de droit public est partiellement admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. La cause est annulée en tant qu'elle a trait aux périodes fiscales 2005 à 2009, ainsi qu'à l'infraction de tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2010 et 2011 et renvoyée à l'autorité précédente, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.

3.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis pour 2'500 fr. à la charge de la recourante et pour 7'500 fr. à la charge du canton de Vaud.

5.
Le canton de Vaud versera à la recourante un montant de 1'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.

6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 8 juillet 2021

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

Le Greffier : Tissot-Daguette