Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

4A 430/2018

Arrêt du 4 février 2019

Ire Cour de droit civil

Composition
Mmes les Juges fédérales
Kiss, Présidente, Klett et Hohl.
Greffière : Mme Schmidt.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par
Me Raphaël Reinhardt,
recourante,

contre

A.________,
représenté par Me Claudio Venturelli,
intimé.

Objet
contrat de travail; bonus,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile, du 18 mai 2018
(PT15.035353-180070, 329).

Faits :

A.

A.a. En juin 2008, A.________ (ci-après: l'employé ou le demandeur) a été engagé par contrat oral en qualité de responsable de projets par X.________ SA (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse), société anonyme de droit suisse, dont le but est la conception, le développement, la fabrication et la commercialisation de dispositifs médicaux. Le groupe X1.________, dont X.________ SA est une filiale, comprend également un établissement de fabrication à V.________ (France) et une filiale à W.________ (Maroc). Durant son contrat avec X.________ SA, A.________ était domicilié à Genève.

A.b. L'employé était inscrit comme administrateur de X.________ SA du 4 juin 2008 au 1er avril 2014. A son engagement en 2008, il était responsable de projets sur le site français de V.________, puis, de janvier 2009 à novembre 2010, il a exercé la fonction de directeur de projet en vue de la création d'une filiale au Maroc et la mise en place d'une unité de production. La société X.________ Maroc, dont A.________ était le gérant avec signature individuelle, a été créée le 7 avril 2009. De novembre 2010 à février 2012, l'employé a été directeur des programmes R&D et directeur du site d'assemblage de W.________ ainsi que directeur à titre intérimaire du site de production de V.________. De mars 2012 à février 2014, il s'est exclusivement consacré à sa fonction de directeur du site d'assemblage de W.________. Il percevait en qualité d'employé de X.________ SA un salaire mensuel brut de 12'000 fr. et en qualité d'employé de X.________ Maroc un salaire mensuel net de 2'300 MAD, soit environ 248 fr. (au taux de change du 1er mars 2012).
En septembre 2013, l'employé a entamé une formation en vue de l'obtention d'un " Master of business administration " (ci-après: " MBA "), diplôme qu'il a obtenu le 24 novembre 2016. Afin de suivre cette formation universitaire destinée aux cadres et responsables en emploi, l'employeuse lui a demandé d'être présent à W.________ trois jours pleins par semaine, lui laissant le vendredi de libre pour lui permettre de travailler sur son MBA. Elle a entièrement payé cette formation, dont le coût total s'est élevé à 28'800 fr., en versant 15'900 fr. le 26 août 2013 et 12'900 fr. le 14 octobre 2014.

A.c. Selon plusieurs employés de X.________ SA, un système de " primes " existait au sein de l'entreprise lorsque A.________ y travaillait. Les montants étaient variables sans être liés aux résultats de l'entreprise et récompensaient l'année écoulée.
En sus de son salaire mensuel brut de 12'000 fr., l'employé a perçu les montants bruts suivants: 12'000 fr versés en juillet 2009 pour l'année 2008, 24'000 fr. versés en juillet 2010 pour l'année 2009, 28'000 fr. versés en juillet 2011 pour l'année 2010 et 28'000 fr. versés en août 2012 pour l'année 2011. Il ressort des documents intitulés " suivi de salaire " que ces montants ont été versés à titre de primes et des fiches de salaire qu'ils étaient soumis aux charges sociales. Le " suivi des salaires 2009 " mentionne en outre le versement d'une " gratification " de 2'000 fr.
Les parties sont en litige sur la qualification de ces montants - comme éléments du salaire ou comme gratification.

A.d. Par courriel du 20 août 2013, l'employé a demandé à B.________, administrateur-président de l'employeuse avec signature individuelle, s'il avait fixé le montant de son bonus pour l'année écoulée. B.________ lui a répondu le 24 août 2013 qu'il y aurait une prime, mais qu'il devait réaliser que tout n'était pas possible et que son " package " pour la durée de ses études était le financement de sa formation, un salaire " à la mode suisse " et des vacances à la mode française, sans compter les petits ajustements. Par courriel du 27 août 2013, l'employé a fait savoir à B.________ qu'il ne comprenait pas si sa prime était finalement " minorée " et qu'elle devait être le " reflet de la récompense d'une année passée de travail très dur et avec un certain nombre de réussites ". Il a alors également précisé que l'impact du financement et du temps de la formation devaient " éventuellement se projeter sur l'éventuel bonus de l'année prochaine " (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Le 27 septembre 2013, l'employé a relancé B.________ au sujet de la prime, lequel lui a répondu par SMS " Oui merci de me le rappeler: 25000EUR? ".

A.e. L'employé a été licencié par courrier du 20 décembre 2013 avec effet au 31 décembre 2013. L'employeuse a précisé que, compte tenu du préavis de deux mois, l'employé serait libre de tout engagement à compter du 28 février 2014. L'employé a continué à gérer des questions administratives à tout le moins jusqu'au 21 janvier 2014. Par courrier du 23 janvier 2014, il a démissionné au 31 janvier 2014 de ses fonctions de gérant de X.________ Maroc. Le 8 février 2014, il a proposé une convention à B.________, qui mentionnait notamment:

" [...]
- Versement de la prime 2013 au montant identique au montant versé en 2012: 28'000 CHF.
- le montant de cette prime 2013 sera intégrée dans mes revenus 2013.
- Versement d'un BONUS de départ: 1 année de salaire (montant annuel 2013). "
Par courrier du 27 février 2014, l'employé, se prévalant du droit marocain, a formellement contesté son licenciement, le considérant comme injustifié.
L'employé a été en incapacité de travail à 100% du 13 février 2014 au 31 juillet 2014 et a touché des indemnités journalières.
Par courrier du 2 février 2015, l'employé a mis en demeure l'employeuse de lui verser, d'ici au 20 février 2015, le montant de 60'590 fr. 35, sous déduction des charges légales et conventionnelles, à titre de solde de vacances et de primes 2012 et 2013.

A.f. L'employé a introduit deux actions judiciaires à l'encontre de X.________ Maroc, l'une devant le Tribunal de commerce de W.________ tendant à obtenir " l'annulation de la décision de révocation de son mandat de gestion " et l'autre devant le Tribunal social de W.________ tendant à obtenir une indemnisation au titre de rupture du contrat de travail. Il a été débouté de ces deux procédures le 17 juillet 2014 respectivement le 28 juillet 2015.

B.

B.a. Par demande du 18 août 2015 déposée devant le Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois, l'employé a conclu à ce que X.________ SA soit condamnée à lui payer un montant de 81'866 fr. 70 (30'700 fr. qui auraient dû être versés en 2013 pour l'année 2012; 30'700 fr. qui auraient dû être versés en 2014 pour l'année 2013; 20'466 fr. 70 qui auraient dû être versés en 2015 pour l'année 2014), sous déduction des charges sociales applicables, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2013 et à ce qu'ordre soit donné à X.________ SA de lui remettre un certificat de travail complet au sens de l'art. 330a
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 330a - 1 Le travailleur peut demander en tout temps à l'employeur un certificat portant sur la nature et la durée des rapports de travail, ainsi que sur la qualité de son travail et sa conduite.
1    Le travailleur peut demander en tout temps à l'employeur un certificat portant sur la nature et la durée des rapports de travail, ainsi que sur la qualité de son travail et sa conduite.
2    À la demande expresse du travailleur, le certificat ne porte que sur la nature et la durée des rapports de travail.
CO, modifié selon précisions qui seraient fournies en cours d'instance, dans un délai à dire de justice. L'employé a par la suite augmenté ses conclusions à 82'648 fr. 50, sous déduction des charges sociales applicables sur 81'866 fr. 70, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2013.
Par réponse du 14 décembre 2015, la défenderesse a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, à ce que le demandeur soit condamné à lui verser les sommes de 24'900 fr., 55'187.46 MAD et 50'000 EUR, avec intérêts à 5% dès le 15 janvier 2015.
Par jugement du 4 juillet 2017, le tribunal, admettant partiellement la demande, a condamné la défenderesse à payer au demandeur la somme de 46'666 fr. 65 brute - soit 28'000 fr. qui auraient dû être versés en 2013 pour l'année 2012, aucun versement en 2014 pour l'année 2013 vu le financement par de la formation du demandeur et 18'666 fr. 65 qui auraient dû être versés en 2015 pour l'année 2014, compte tenu du salaire versé jusqu'au 31 août 2014 - sous déduction des charges sociales, avec intérêts à 5% l'an dès le 21 février 2015, et a ordonné à la défenderesse de remettre au demandeur un certificat de travail complet conforme à l'art. 330a
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 330a - 1 Le travailleur peut demander en tout temps à l'employeur un certificat portant sur la nature et la durée des rapports de travail, ainsi que sur la qualité de son travail et sa conduite.
1    Le travailleur peut demander en tout temps à l'employeur un certificat portant sur la nature et la durée des rapports de travail, ainsi que sur la qualité de son travail et sa conduite.
2    À la demande expresse du travailleur, le certificat ne porte que sur la nature et la durée des rapports de travail.
CO. Il a rejeté les conclusions reconventionnelles formées par la défenderesse.

B.b. Statuant sur l'appel de l'employeuse, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal l'a rejeté et confirmé le jugement attaqué.
En substance, la cour cantonale a retenu que, depuis son engagement en 2008, l'employé avait perçu régulièrement un montant, qualifié en principe de prime dans les fiches de salaire, versé en juillet ou août pour l'année écoulée; ce montant figurait dans la rubrique salaire et faisait partie du total des salaires annuels soumis aux déductions sociales. Elle a considéré que, s'il n'était pas établi que les montants ainsi perçus étaient liés à l'accomplissement d'objectifs personnels ou aux résultats de l'entreprise, il était établi que le bonus faisait partie intégrante du salaire, puisqu'aucune réserve n'avait été émise quant au caractère facultatif de la rétribution versée, dont le montant ne variait pas en fonction des différentes responsabilités de l'employé.

C.
Contre cet arrêt, l'employeuse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 16 août 2018, concluant à sa réforme en ce sens, principalement, que le demandeur est débouté de toutes ses conclusions et, subsidiairement, que l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits et de violation des art. 121
SR 291 Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP)
LDIP Art. 121 - 1 Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
1    Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
2    Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs États, le contrat de travail est régi par le droit de l'État de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur.
3    Les parties peuvent soumettre le contrat de travail au droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle.
et 116
SR 291 Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP)
LDIP Art. 116 - 1 Le contrat est régi par le droit choisi par les parties.
1    Le contrat est régi par le droit choisi par les parties.
2    L'élection de droit doit être expresse ou ressortir de façon certaine des dispositions du contrat ou des circonstances; en outre, elle est régie par le droit choisi.
3    L'élection de droit peut être faite ou modifiée en tout temps. Si elle est postérieure à la conclusion du contrat, elle rétroagit au moment de la conclusion du contrat. Les droits des tiers sont réservés.
LDIP ainsi que des art. 322d
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 322d - 1 Si l'employeur accorde en sus du salaire une rétribution spéciale à certaines occasions, telles que Noël ou la fin de l'exercice annuel, le travailleur y a droit lorsqu'il en a été convenu ainsi.
1    Si l'employeur accorde en sus du salaire une rétribution spéciale à certaines occasions, telles que Noël ou la fin de l'exercice annuel, le travailleur y a droit lorsqu'il en a été convenu ainsi.
2    En cas d'extinction des rapports de travail avant l'occasion qui donne lieu à la rétribution spéciale, le travailleur n'a droit à une part proportionnelle de cette rétribution que s'il en a été convenu ainsi.
et 18
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 18 - 1 Pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
1    Pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
2    Le débiteur ne peut opposer l'exception de simulation au tiers qui est devenu créancier sur la foi d'une reconnaissance écrite de la dette.
CO.
Le demandeur intimé a conclu au rejet du recours et la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :

1.
Interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
, 48 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 48 Observation - 1 Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
1    Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
2    En cas de transmission électronique, le moment déterminant pour l'observation d'un délai est celui où est établi l'accusé de réception qui confirme que la partie a accompli toutes les étapes nécessaires à la transmission.20
3    Le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral.
4    Le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral.
, 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et sous la forme requise par la loi (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF) par la défenderesse qui a succombé partiellement dans ses conclusions en libération (art. 76 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 76 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière civile quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière civile quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire, et
b  est particulièrement touché par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification.
2    Ont également qualité pour recourir contre les décisions visées à l'art. 72, al. 2, la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux et, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions.41
LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 75 Autorités précédentes - 1 Le recours est recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance, par le Tribunal administratif fédéral ou par le Tribunal fédéral des brevets.37
1    Le recours est recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance, par le Tribunal administratif fédéral ou par le Tribunal fédéral des brevets.37
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs comme autorités cantonales de dernière instance. Ces tribunaux statuent sur recours, sauf si:
a  une loi fédérale prévoit une instance cantonale unique;
b  un tribunal spécialisé dans les litiges de droit commercial statue en instance cantonale unique;
c  une action ayant une valeur litigieuse d'au moins 100 000 francs est déposée directement devant le tribunal supérieur avec l'accord de toutes les parties.
LTF) dans une contestation du contrat de travail dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 72 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 72 Principe - 1 Le Tribunal fédéral connaît des recours contre les décisions rendues en matière civile.
1    Le Tribunal fédéral connaît des recours contre les décisions rendues en matière civile.
2    Sont également sujettes au recours en matière civile:
a  les décisions en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions prises en application de normes de droit public dans des matières connexes au droit civil, notamment les décisions:
b1  sur la reconnaissance et l'exécution de décisions ainsi que sur l'entraide en matière civile,
b2  sur la tenue des registres foncier, d'état civil et du commerce, ainsi que des registres en matière de protection des marques, des dessins et modèles, des brevets d'invention, des obtentions végétales et des topographies,
b3  sur le changement de nom,
b4  en matière de surveillance des fondations, à l'exclusion des institutions de prévoyance et de libre passage,
b5  en matière de surveillance des exécuteurs testamentaires et autres représentants successoraux,
b6  les décisions prises dans le domaine de la protection de l'enfant et de l'adulte,
b7  ...
et 74 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 74 Valeur litigieuse minimale - 1 Dans les affaires pécuniaires, le recours n'est recevable que si la valeur litigieuse s'élève au moins à:
1    Dans les affaires pécuniaires, le recours n'est recevable que si la valeur litigieuse s'élève au moins à:
a  15 000 francs en matière de droit du travail et de droit du bail à loyer;
b  30 000 francs dans les autres cas.
2    Même lorsque la valeur litigieuse minimale n'est pas atteinte, le recours est recevable:
a  si la contestation soulève une question juridique de principe;
b  si une loi fédérale prévoit une instance cantonale unique;
c  s'il porte sur une décision prise par une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
d  s'il porte sur une décision prise par le juge de la faillite ou du concordat;
e  s'il porte sur une décision du Tribunal fédéral des brevets.
let. a LTF), le recours en matière civile est recevable.

2.

2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF). La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (ATF 135 III 232 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.4.2).

2.2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
Lorsque la décision attaquée comporte plusieurs motivations indépendantes dont chacune suffit à sceller le sort de la cause, il appartient au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de s'attaquer conformément aux art. 42 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF à chacune d'entre elles, et, pour obtenir gain de cause, de démontrer que ces deux motivations sont contraires au droit (parmi plusieurs: ATF 142 III 364 consid. 2.4; 138 I 97 consid. 4.1.4; 138 III 728 consid. 3.4).

3.
Se plaignant de violation des art. 116
SR 291 Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP)
LDIP Art. 116 - 1 Le contrat est régi par le droit choisi par les parties.
1    Le contrat est régi par le droit choisi par les parties.
2    L'élection de droit doit être expresse ou ressortir de façon certaine des dispositions du contrat ou des circonstances; en outre, elle est régie par le droit choisi.
3    L'élection de droit peut être faite ou modifiée en tout temps. Si elle est postérieure à la conclusion du contrat, elle rétroagit au moment de la conclusion du contrat. Les droits des tiers sont réservés.
et 121
SR 291 Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP)
LDIP Art. 121 - 1 Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
1    Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
2    Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs États, le contrat de travail est régi par le droit de l'État de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur.
3    Les parties peuvent soumettre le contrat de travail au droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle.
LDIP, la recourante conteste l'application du droit suisse à la cause.

3.1. La cause revêt un aspect international puisqu'il apparaît que l'employé, domicilié en Suisse et au service d'une société sise en Suisse, accomplissait son travail, à tout le moins en partie, au Maroc. Le Tribunal fédéral examine d'office la question du droit applicable au litige, sur la base du droit international privé suisse en tant que lex fori (ATF 137 III 481 consid. 2.1 p. 483; 136 III 142 consid. 3.2 p. 144, 232 consid. 5 p. 234 s.).
Aux termes de l'art. 121 al. 1
SR 291 Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP)
LDIP Art. 121 - 1 Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
1    Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
2    Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs États, le contrat de travail est régi par le droit de l'État de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur.
3    Les parties peuvent soumettre le contrat de travail au droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle.
LDIP, le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail. Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs Etats, le contrat de travail est régi par le droit de l'Etat de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur (art. 121 al. 2
SR 291 Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP)
LDIP Art. 121 - 1 Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
1    Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
2    Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs États, le contrat de travail est régi par le droit de l'État de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur.
3    Les parties peuvent soumettre le contrat de travail au droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle.
LDIP). Une élection de droit est toutefois possible, mais elle ne peut désigner que le droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou celui dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle (art. 121 al. 3
SR 291 Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP)
LDIP Art. 121 - 1 Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
1    Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
2    Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs États, le contrat de travail est régi par le droit de l'État de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur.
3    Les parties peuvent soumettre le contrat de travail au droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle.
LDIP).

3.2. Faisant sien le raisonnement des juges de première instance, la cour cantonale a retenu que l'employé avait principalement travaillé pendant une période au sein de X.________ Maroc, puisque la création de cette société lui avait été confiée. Il était toutefois domicilié à Genève depuis qu'il était entré en fonction au sein de l'employeuse, son activité au Maroc était organisée depuis la Suisse et son salaire, duquel étaient déduites des charges sociales suisses, était versé en francs suisses sur un compte suisse. En outre, l'employé était affilié à une caisse de pension suisse et avait effectué un MBA à l'Université de Genève, payé par son employeur, raison pour laquelle il partageait son temps entre le Maroc et la Suisse. Enfin, une élection tacite en faveur du droit suisse résultait du versement du salaire en francs suisses et de la déduction de charges sociales suisses.

3.3. Plaidant pour l'application du droit marocain à la cause, la recourante se prévaut de ce que l'employé travaillait exclusivement au Maroc dès 2012 et qu'il séjournait plusieurs jours par semaine à W.________. Celui-ci s'était en outre fondé sur le droit marocain dans le cadre des procédures qu'il avait introduites au Maroc et s'était prévalu à plusieurs reprises de ses connaissances de ce droit. Compte tenu de la familiarité de l'employé avec le droit marocain, la recourante soutient que l'on ne saurait considérer qu'il existe des liens beaucoup plus étroits avec la Suisse, justifiant de s'écarter de la règle de l'art. 121 al. 1
SR 291 Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP)
LDIP Art. 121 - 1 Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
1    Le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail.
2    Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs États, le contrat de travail est régi par le droit de l'État de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur.
3    Les parties peuvent soumettre le contrat de travail au droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle.
LDIP.

3.4. Cette argumentation de la recourante repose en partie sur des faits s'écartant de ceux retenus dans l'arrêt cantonal, respectivement sur des faits qui ne sont pas déterminants pour juger de la question du droit applicable. En tous les cas, l'on n'y retrouve aucune critique quant à la seconde motivation de la cour cantonale, selon laquelle les parties étaient tacitement convenues de l'application du droit suisse à leur rapport de travail. Cette motivation suffit pourtant à sceller le sort de la cause, de sorte que la recourante aurait également dû l'attaquer pour tenter d'obtenir gain de cause sur la question (cf. consid. 2.2 in fine). Faute pour elle d'y avoir procédé, son grief fondé sur le droit applicable doit être déclaré irrecevable.

4.
Restent litigieuses la prime qui devait être versée en 2013 pour l'année 2012 et celle qui devait être versée en 2015 pour l'année 2014. Les juridictions cantonales ont considéré qu'aucune prime ne devait être versée en 2014 pour l'année 2013, compte tenu du financement par l'employeuse de la formation MBA suivie par l'employé, ce que celui-ci n'a pas remis en cause (cf. consid. B.a supra).

5.
Dans plusieurs arrêts récents, le Tribunal fédéral a eu l'occasion de résumer sa jurisprudence en matière de bonus (notamment: 4A 78/2018 du 10 octobre 2018 consid. 4.2 et 4.3 et les références citées; 4A 463/2017 du 4 mai 2018 consid. 3; 4A 290/2017 du 12 mars 2018 consid. 4.1).
Il en résulte qu'il faut distinguer les trois cas suivants: (1) le salaire - variable -, (2) la gratification à laquelle l'employé a droit et (3) la gratification à laquelle il n'a pas droit. Ce n'est que lorsque l'employé n'a pas de droit à la gratification - cas n° 3 - que la question de la requalification du bonus en salaire, en vertu du principe de l'accessoriété lorsque les salaires sont modestes ou moyens et supérieurs, se pose, ce principe étant en revanche inapplicable pour les très hauts revenus.

5.1. On se trouve dans le cas n° 1 lorsqu'un montant (même désigné comme bonus ou gratification) est déterminé ou objectivement déterminable, c'est-à-dire qu'il a été promis par contrat dans son principe et que son montant est déterminé ou doit l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés comme le bénéfice, le chiffre d'affaires ou une participation au résultat de l'exploitation, et qu'il ne dépend pas de l'appréciation de l'employeur; il doit alors être considéré comme un élément du salaire (variable), que l'employeur est tenu de verser à l'employé (art. 322 s
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 322 - 1 L'employeur paie au travailleur le salaire convenu, usuel ou fixé par un contrat-type de travail ou par une convention collective.
1    L'employeur paie au travailleur le salaire convenu, usuel ou fixé par un contrat-type de travail ou par une convention collective.
2    Si le travailleur vit dans le ménage de l'employeur, son entretien et son logement font partie du salaire, sauf accord ou usage contraire.
. CO; ATF 141 III 407 consid. 4.1; 136 III 313 consid. 2 p. 317; 129 III 276 consid. 2 p. 278; 109 II 447 consid. 5c p. 448).

5.2. En revanche, on se trouve en présence d'une gratification - dans les cas n°s 2 et 3 - lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable (ATF 141 III 407 consid. 4.1 et 4.2 p. 407 s.; 139 III 155 consid. 3.1 p. 157; arrêt 4A 485/2016 du 28 avril 2017 consid. 4.1.2).

5.2.1. Il y a un droit à la gratification - cas n° 2 - lorsque, par contrat, les parties sont tombées d'accord sur le principe du versement d'un bonus et n'en ont réservé que le montant; il s'agit d'une gratification que l'employeur est tenu de verser ( Anspruch auf die Gratifikation), mais il jouit d'une certaine liberté dans la fixation du montant à allouer (ATF 136 III 313 consid. 2 p. 317; 131 III 615 consid. 5.2 p. 620; arrêt 4A 172/2012 du 22 août 2012 consid. 8.2).
De même, lorsqu'au cours des rapports contractuels, un bonus a été versé régulièrement sans réserve de son caractère facultatif pendant au moins trois années consécutives, il est admis qu'en vertu du principe de la confiance, il est convenu par actes concluants (tacitement), que son montant soit toujours identique ou variable: il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF 129 III 276 consid. 2.1; 131 III 615 consid. 5.2; arrêt 4A 172/2012 précité consid. 8.2), l'employeur jouissant d'une certaine liberté dans la fixation de son montant au cas où les montants étaient variables.
Il convient d'ajouter que, dans les deux situations, le travailleur n'a droit, aux termes de l'art. 322d al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 322d - 1 Si l'employeur accorde en sus du salaire une rétribution spéciale à certaines occasions, telles que Noël ou la fin de l'exercice annuel, le travailleur y a droit lorsqu'il en a été convenu ainsi.
1    Si l'employeur accorde en sus du salaire une rétribution spéciale à certaines occasions, telles que Noël ou la fin de l'exercice annuel, le travailleur y a droit lorsqu'il en a été convenu ainsi.
2    En cas d'extinction des rapports de travail avant l'occasion qui donne lieu à la rétribution spéciale, le travailleur n'a droit à une part proportionnelle de cette rétribution que s'il en a été convenu ainsi.
CO, à une part proportionnelle de la gratification en cas d'extinction des rapports de travail avant l'occasion qui y donne lieu que s'il en a été convenu ainsi, ce qu'il lui incombe de prouver en vertu de l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CC.

5.2.2. Il n'y a pas de droit à la gratification - cas n° 3 - lorsque, par contrat, les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus; il s'agit alors d'une gratification facultative; le bonus n'est pas convenu et l'employé n'y a pas droit, sous réserve de l'exception découlant de la nature de la gratification (principe de l'accessoriété; cf. supra consid. 5).
De même, lorsque le bonus a été versé d'année en année avec la réserve de son caractère facultatif, il n'y a en principe pas d'accord tacite: il s'agit d'une gratification qui n'est pas due.
Toutefois, il a été admis par exception que, en dépit de la réserve (sur le principe et sur le montant), un engagement tacite peut se déduire du paiement répété de la gratification pendant des décennies ( jahrzehntelang), lorsque l'employeur n'a jamais fait usage de la réserve émise, alors même qu'il aurait eu des motifs de l'invoquer, tels qu'une mauvaise marche des affaires ou de mauvaises prestations de certains collaborateurs lorsqu'il l'a versée: il s'agit alors d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF 129 III 276 consid. 2.3 p. 280 s.).
Il en va de même lorsque la réserve du caractère facultatif n'est qu'une formule vide de sens (c'est-à-dire une clause de style sans portée) et qu'en vertu du principe de la confiance, il y a lieu d'admettre que l'employeur montre par son comportement qu'il se sent obligé de verser un bonus (arrêts 4A 463/2017 déjà cité consid. 3.1.3.2; 4A 172/2012 déjà cité consid. 8.2).

6.
Il s'agit tout d'abord de déterminer s'il y a lieu de qualifier le bonus de salaire (cas n° 1, consid. 6.1 infra) ou de gratification (cas n° 2 et n° 3, consid. 6.2 infra), comme le soutient la recourante.

6.1. En l'espèce, il n'est nullement établi que les parties seraient convenues du versement d'un montant déterminé ou objectivement déterminable. En particulier, aucun élément de fait n'indique que le montant versé à titre de " prime " aurait été déterminé à l'avance, en fonction de critères objectifs prédéterminés. Au contraire, dans ses courriels d'août 2013 à B.________, l'employé demandait si le bonus pour l'année écoulée avait été fixé dans son montant, évoquant la possibilité que celui-ci soit minoré et se prévalant de ce que son bonus devait représenter la récompense pour le travail effectué et les réussites accomplies. L'employé précisait en outre que certains facteurs, soit le financement et le temps investi dans sa formation, ne pouvaient que venir réduire son éventuel bonus l'année suivante. Contrairement à ce qu'en a déduit la cour cantonale, le SMS de B.________ du 27 septembre 2013, envoyé après interpellation de l'employé (" Oui merci de me le rappeler: 25'000EUR? "), atteste également du caractère discrétionnaire du bonus, puisque le montant qui y est énoncé figure sous la forme interrogative, ce qui infirme l'hypothèse du versement d'un montant fixe ou fixé en fonction de critères prédéfinis. L'ensemble de ces
éléments confirme que le montant du bonus était laissé à la libre appréciation de l'employeur, ce qui exclut que le bonus puisse être considéré comme un élément du salaire, et ce sans égard au fait que les bonus ont été versés pendant plusieurs années consécutives. En réalité, en admettant que le bonus faisait partie intégrante du salaire parce qu'aucune réserve quant au caractère facultatif de son montant n'a été émise, la cour cantonale a confondu la notion de salaire (cas n° 1) avec celle de droit à la gratification (cas n° 2).
Les éléments présentés par l'intimé en faveur de l'assimilation de son bonus au salaire dans son mémoire de réponse - soit la perception de charges sociales sur les montants versés et l'indication " salaire " comme motif de versement sur les avis bancaires - ne sont pas propres à changer cette appréciation.

6.2. Comme il s'agit d'une gratification, il s'impose d'examiner si l'employé dispose d'un droit à en percevoir une (cas n° 2 ou exceptions au cas n° 3). En l'occurrence, il apparaît que l'employeuse a versé régulièrement et sans réserve un bonus à l'employé, pendant quatre années consécutives. Conformément à la jurisprudence exposée (cf. consid. 5.2.1 supra), l'on peut en déduire que les parties ont convenu, par actes concluants, du versement d'un bonus dans son principe. Il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit (cas n° 2).
Dans ces circonstances, nul n'est besoin d'examiner si, pour conclure à la qualification du bonus comme élément du salaire, la cour cantonale a violé l'art. 18
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 18 - 1 Pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
1    Pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
2    Le débiteur ne peut opposer l'exception de simulation au tiers qui est devenu créancier sur la foi d'une reconnaissance écrite de la dette.
CO.

7.
Il s'impose de déterminer les conséquences de ce qui précède sur les montants accordés par la cour cantonale pour l'année 2012 (consid. 7.1 infra) et pour l'année 2014 (consid. 7.2 infra).

7.1. Suivant le raisonnement des premiers juges, la cour cantonale a considéré que l'employeuse aurait dû verser un bonus de 28'000 fr. en 2013 pour l'année 2012. Pour ce faire, elle s'est fondée sur les montants versés les années précédentes, sans considérer les performances ou objectifs qui auraient été réalisés, de sorte que la qualification erronée du bonus comme élément du salaire n'affecte pas le montant retenu. La recourante ne s'en prend au demeurant pas directement au montant de 28'000 fr. retenu, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'y revenir.

7.2. Pour l'année 2014, la cour cantonale a retenu la somme de 18'666 fr. 65, qui correspond au résultat d'un calcul " pro rata temporis " pour la période écoulée entre le 1er janvier et le 31 août 2014, date de la fin des rapports de travail. C'est néanmoins à juste titre que la recourante plaide qu'aucun bonus ne doit être payé en 2015 pour cette année-là. Les rapports contractuels s'étant terminés le 31 août 2014, soit avant l'occasion qui aurait donné lieu à une rétribution en été 2015, une part proportionnelle de la gratification n'est due à l'employé que si celui-ci parvient à prouver qu'il en a été convenu ainsi (cf. consid. 5.2.1 in fine). Or, l'employé intimé n'a rapporté aucune preuve à ce propos et ne soutient pas qu'il aurait droit à un quelconque montant afférent à l'année 2014, pour le cas où le bonus serait qualifié de gratification. Partant, aucun montant n'est dû au titre de gratification pour l'année 2014.
Au vu de ce qui précède, la somme de 18'666 fr. 65 doit être retranchée de la somme de 46'666 fr. 65 que la recourante a été condamnée à payer à l'intimé par arrêt cantonal. Faute d'avoir une influence sur le montant afférent à l'année 2012, seul dû en l'espèce, il est superflu de traiter du grief de la recourante relatif aux périodes pour lesquelles les bonus devaient être payés.

8.
Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis et l'arrêt cantonal réformé, en ce sens que la recourante est condamnée à payer à l'intimé la somme de 28'000 fr.
Compte tenu de l'issue de la cause, les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., seront mis à la charge de la recourante à hauteur de 1'200 fr. et à la charge de l'intimé à hauteur de 800 fr. La recourante versera à l'intimé des dépens à hauteur de 1'500 fr.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt cantonal est réformé comme suit:
La recourante est condamnée à payer à l'intimé la somme de 28'000 fr. brute, sous déduction des charges sociales, avec intérêts à 5% l'an dès le 21 février 2015.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante à hauteur de 1'200 fr. et à la charge de l'intimé à hauteur de 800 fr.

3.
La recourante versera à l'intimé des dépens à hauteur de 1'500 fr.

4.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens cantonaux.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.

Lausanne, le 4 février 2019

Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse

La Présidente : Kiss

La Greffière : Schmidt