Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

4A 430/2018

Arrêt du 4 février 2019

Ire Cour de droit civil

Composition
Mmes les Juges fédérales
Kiss, Présidente, Klett et Hohl.
Greffière : Mme Schmidt.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par
Me Raphaël Reinhardt,
recourante,

contre

A.________,
représenté par Me Claudio Venturelli,
intimé.

Objet
contrat de travail; bonus,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile, du 18 mai 2018
(PT15.035353-180070, 329).

Faits :

A.

A.a. En juin 2008, A.________ (ci-après: l'employé ou le demandeur) a été engagé par contrat oral en qualité de responsable de projets par X.________ SA (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse), société anonyme de droit suisse, dont le but est la conception, le développement, la fabrication et la commercialisation de dispositifs médicaux. Le groupe X1.________, dont X.________ SA est une filiale, comprend également un établissement de fabrication à V.________ (France) et une filiale à W.________ (Maroc). Durant son contrat avec X.________ SA, A.________ était domicilié à Genève.

A.b. L'employé était inscrit comme administrateur de X.________ SA du 4 juin 2008 au 1er avril 2014. A son engagement en 2008, il était responsable de projets sur le site français de V.________, puis, de janvier 2009 à novembre 2010, il a exercé la fonction de directeur de projet en vue de la création d'une filiale au Maroc et la mise en place d'une unité de production. La société X.________ Maroc, dont A.________ était le gérant avec signature individuelle, a été créée le 7 avril 2009. De novembre 2010 à février 2012, l'employé a été directeur des programmes R&D et directeur du site d'assemblage de W.________ ainsi que directeur à titre intérimaire du site de production de V.________. De mars 2012 à février 2014, il s'est exclusivement consacré à sa fonction de directeur du site d'assemblage de W.________. Il percevait en qualité d'employé de X.________ SA un salaire mensuel brut de 12'000 fr. et en qualité d'employé de X.________ Maroc un salaire mensuel net de 2'300 MAD, soit environ 248 fr. (au taux de change du 1er mars 2012).
En septembre 2013, l'employé a entamé une formation en vue de l'obtention d'un " Master of business administration " (ci-après: " MBA "), diplôme qu'il a obtenu le 24 novembre 2016. Afin de suivre cette formation universitaire destinée aux cadres et responsables en emploi, l'employeuse lui a demandé d'être présent à W.________ trois jours pleins par semaine, lui laissant le vendredi de libre pour lui permettre de travailler sur son MBA. Elle a entièrement payé cette formation, dont le coût total s'est élevé à 28'800 fr., en versant 15'900 fr. le 26 août 2013 et 12'900 fr. le 14 octobre 2014.

A.c. Selon plusieurs employés de X.________ SA, un système de " primes " existait au sein de l'entreprise lorsque A.________ y travaillait. Les montants étaient variables sans être liés aux résultats de l'entreprise et récompensaient l'année écoulée.
En sus de son salaire mensuel brut de 12'000 fr., l'employé a perçu les montants bruts suivants: 12'000 fr versés en juillet 2009 pour l'année 2008, 24'000 fr. versés en juillet 2010 pour l'année 2009, 28'000 fr. versés en juillet 2011 pour l'année 2010 et 28'000 fr. versés en août 2012 pour l'année 2011. Il ressort des documents intitulés " suivi de salaire " que ces montants ont été versés à titre de primes et des fiches de salaire qu'ils étaient soumis aux charges sociales. Le " suivi des salaires 2009 " mentionne en outre le versement d'une " gratification " de 2'000 fr.
Les parties sont en litige sur la qualification de ces montants - comme éléments du salaire ou comme gratification.

A.d. Par courriel du 20 août 2013, l'employé a demandé à B.________, administrateur-président de l'employeuse avec signature individuelle, s'il avait fixé le montant de son bonus pour l'année écoulée. B.________ lui a répondu le 24 août 2013 qu'il y aurait une prime, mais qu'il devait réaliser que tout n'était pas possible et que son " package " pour la durée de ses études était le financement de sa formation, un salaire " à la mode suisse " et des vacances à la mode française, sans compter les petits ajustements. Par courriel du 27 août 2013, l'employé a fait savoir à B.________ qu'il ne comprenait pas si sa prime était finalement " minorée " et qu'elle devait être le " reflet de la récompense d'une année passée de travail très dur et avec un certain nombre de réussites ". Il a alors également précisé que l'impact du financement et du temps de la formation devaient " éventuellement se projeter sur l'éventuel bonus de l'année prochaine " (art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Le 27 septembre 2013, l'employé a relancé B.________ au sujet de la prime, lequel lui a répondu par SMS " Oui merci de me le rappeler: 25000EUR? ".

A.e. L'employé a été licencié par courrier du 20 décembre 2013 avec effet au 31 décembre 2013. L'employeuse a précisé que, compte tenu du préavis de deux mois, l'employé serait libre de tout engagement à compter du 28 février 2014. L'employé a continué à gérer des questions administratives à tout le moins jusqu'au 21 janvier 2014. Par courrier du 23 janvier 2014, il a démissionné au 31 janvier 2014 de ses fonctions de gérant de X.________ Maroc. Le 8 février 2014, il a proposé une convention à B.________, qui mentionnait notamment:

" [...]
- Versement de la prime 2013 au montant identique au montant versé en 2012: 28'000 CHF.
- le montant de cette prime 2013 sera intégrée dans mes revenus 2013.
- Versement d'un BONUS de départ: 1 année de salaire (montant annuel 2013). "
Par courrier du 27 février 2014, l'employé, se prévalant du droit marocain, a formellement contesté son licenciement, le considérant comme injustifié.
L'employé a été en incapacité de travail à 100% du 13 février 2014 au 31 juillet 2014 et a touché des indemnités journalières.
Par courrier du 2 février 2015, l'employé a mis en demeure l'employeuse de lui verser, d'ici au 20 février 2015, le montant de 60'590 fr. 35, sous déduction des charges légales et conventionnelles, à titre de solde de vacances et de primes 2012 et 2013.

A.f. L'employé a introduit deux actions judiciaires à l'encontre de X.________ Maroc, l'une devant le Tribunal de commerce de W.________ tendant à obtenir " l'annulation de la décision de révocation de son mandat de gestion " et l'autre devant le Tribunal social de W.________ tendant à obtenir une indemnisation au titre de rupture du contrat de travail. Il a été débouté de ces deux procédures le 17 juillet 2014 respectivement le 28 juillet 2015.

B.

B.a. Par demande du 18 août 2015 déposée devant le Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois, l'employé a conclu à ce que X.________ SA soit condamnée à lui payer un montant de 81'866 fr. 70 (30'700 fr. qui auraient dû être versés en 2013 pour l'année 2012; 30'700 fr. qui auraient dû être versés en 2014 pour l'année 2013; 20'466 fr. 70 qui auraient dû être versés en 2015 pour l'année 2014), sous déduction des charges sociales applicables, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2013 et à ce qu'ordre soit donné à X.________ SA de lui remettre un certificat de travail complet au sens de l'art. 330a
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 330a - 1 Der Arbeitnehmer kann jederzeit vom Arbeitgeber ein Zeugnis verlangen, das sich über die Art und Dauer des Arbeitsverhältnisses sowie über seine Leistungen und sein Verhalten ausspricht.
1    Der Arbeitnehmer kann jederzeit vom Arbeitgeber ein Zeugnis verlangen, das sich über die Art und Dauer des Arbeitsverhältnisses sowie über seine Leistungen und sein Verhalten ausspricht.
2    Auf besonderes Verlangen des Arbeitnehmers hat sich das Zeugnis auf Angaben über die Art und Dauer des Arbeitsverhältnisses zu beschränken.
CO, modifié selon précisions qui seraient fournies en cours d'instance, dans un délai à dire de justice. L'employé a par la suite augmenté ses conclusions à 82'648 fr. 50, sous déduction des charges sociales applicables sur 81'866 fr. 70, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2013.
Par réponse du 14 décembre 2015, la défenderesse a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, à ce que le demandeur soit condamné à lui verser les sommes de 24'900 fr., 55'187.46 MAD et 50'000 EUR, avec intérêts à 5% dès le 15 janvier 2015.
Par jugement du 4 juillet 2017, le tribunal, admettant partiellement la demande, a condamné la défenderesse à payer au demandeur la somme de 46'666 fr. 65 brute - soit 28'000 fr. qui auraient dû être versés en 2013 pour l'année 2012, aucun versement en 2014 pour l'année 2013 vu le financement par de la formation du demandeur et 18'666 fr. 65 qui auraient dû être versés en 2015 pour l'année 2014, compte tenu du salaire versé jusqu'au 31 août 2014 - sous déduction des charges sociales, avec intérêts à 5% l'an dès le 21 février 2015, et a ordonné à la défenderesse de remettre au demandeur un certificat de travail complet conforme à l'art. 330a
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 330a - 1 Der Arbeitnehmer kann jederzeit vom Arbeitgeber ein Zeugnis verlangen, das sich über die Art und Dauer des Arbeitsverhältnisses sowie über seine Leistungen und sein Verhalten ausspricht.
1    Der Arbeitnehmer kann jederzeit vom Arbeitgeber ein Zeugnis verlangen, das sich über die Art und Dauer des Arbeitsverhältnisses sowie über seine Leistungen und sein Verhalten ausspricht.
2    Auf besonderes Verlangen des Arbeitnehmers hat sich das Zeugnis auf Angaben über die Art und Dauer des Arbeitsverhältnisses zu beschränken.
CO. Il a rejeté les conclusions reconventionnelles formées par la défenderesse.

B.b. Statuant sur l'appel de l'employeuse, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal l'a rejeté et confirmé le jugement attaqué.
En substance, la cour cantonale a retenu que, depuis son engagement en 2008, l'employé avait perçu régulièrement un montant, qualifié en principe de prime dans les fiches de salaire, versé en juillet ou août pour l'année écoulée; ce montant figurait dans la rubrique salaire et faisait partie du total des salaires annuels soumis aux déductions sociales. Elle a considéré que, s'il n'était pas établi que les montants ainsi perçus étaient liés à l'accomplissement d'objectifs personnels ou aux résultats de l'entreprise, il était établi que le bonus faisait partie intégrante du salaire, puisqu'aucune réserve n'avait été émise quant au caractère facultatif de la rétribution versée, dont le montant ne variait pas en fonction des différentes responsabilités de l'employé.

C.
Contre cet arrêt, l'employeuse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 16 août 2018, concluant à sa réforme en ce sens, principalement, que le demandeur est débouté de toutes ses conclusions et, subsidiairement, que l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits et de violation des art. 121
SR 291 Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das Internationale Privatrecht (IPRG)
IPRG Art. 121 - 1 Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
1    Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
2    Verrichtet der Arbeitnehmer seine Arbeit gewöhnlich in mehreren Staaten, so untersteht der Arbeitsvertrag dem Recht des Staates, in dem sich die Niederlassung oder, wenn eine solche fehlt, der Wohnsitz oder der gewöhnliche Aufenthalt des Arbeitgebers befindet.
3    Die Parteien können den Arbeitsvertrag dem Recht des Staates unterstellen, in dem der Arbeitnehmer seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat oder in dem der Arbeitgeber seine Niederlassung, seinen Wohnsitz oder seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat.
et 116
SR 291 Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das Internationale Privatrecht (IPRG)
IPRG Art. 116 - 1 Der Vertrag untersteht dem von den Parteien gewählten Recht.
1    Der Vertrag untersteht dem von den Parteien gewählten Recht.
2    Die Rechtswahl muss ausdrücklich sein oder sich eindeutig aus dem Vertrag oder aus den Umständen ergeben. Im Übrigen untersteht sie dem gewählten Recht.
3    Die Rechtswahl kann jederzeit getroffen oder geändert werden. Wird sie nach Vertragsabschluss getroffen oder geändert, so wirkt sie auf den Zeitpunkt des Vertragsabschlusses zurück. Die Rechte Dritter sind vorbehalten.
LDIP ainsi que des art. 322d
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 322d - 1 Richtet der Arbeitgeber neben dem Lohn bei bestimmten Anlässen, wie Weihnachten oder Abschluss des Geschäftsjahres, eine Sondervergütung aus, so hat der Arbeitnehmer einen Anspruch darauf, wenn es verabredet ist.
1    Richtet der Arbeitgeber neben dem Lohn bei bestimmten Anlässen, wie Weihnachten oder Abschluss des Geschäftsjahres, eine Sondervergütung aus, so hat der Arbeitnehmer einen Anspruch darauf, wenn es verabredet ist.
2    Endigt das Arbeitsverhältnis, bevor der Anlass zur Ausrichtung der Sondervergütung eingetreten ist, so hat der Arbeitnehmer einen Anspruch auf einen verhältnismässigen Teil davon, wenn es verabredet ist.
et 18
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 18 - 1 Bei der Beurteilung eines Vertrages sowohl nach Form als nach Inhalt ist der übereinstimmende wirkliche Wille und nicht die unrichtige Bezeichnung oder Ausdrucksweise zu beachten, die von den Parteien aus Irrtum oder in der Absicht gebraucht wird, die wahre Beschaffenheit des Vertrages zu verbergen.
1    Bei der Beurteilung eines Vertrages sowohl nach Form als nach Inhalt ist der übereinstimmende wirkliche Wille und nicht die unrichtige Bezeichnung oder Ausdrucksweise zu beachten, die von den Parteien aus Irrtum oder in der Absicht gebraucht wird, die wahre Beschaffenheit des Vertrages zu verbergen.
2    Dem Dritten, der die Forderung im Vertrauen auf ein schriftliches Schuldbekenntnis erworben hat, kann der Schuldner die Einrede der Simulation nicht entgegensetzen.
CO.
Le demandeur intimé a conclu au rejet du recours et la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :

1.
Interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 46 Stillstand - 1 Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
1    Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
a  vom siebenten Tag vor Ostern bis und mit dem siebenten Tag nach Ostern;
b  vom 15. Juli bis und mit dem 15. August;
c  vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar.
2    Absatz 1 gilt nicht in Verfahren betreffend:
a  die aufschiebende Wirkung und andere vorsorgliche Massnahmen;
b  die Wechselbetreibung;
c  Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c);
d  die internationale Rechtshilfe in Strafsachen und die internationale Amtshilfe in Steuersachen;
e  die öffentlichen Beschaffungen.18
, 48 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 48 Einhaltung - 1 Eingaben müssen spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben werden.
1    Eingaben müssen spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben werden.
2    Im Falle der elektronischen Einreichung ist für die Wahrung einer Frist der Zeitpunkt massgebend, in dem die Quittung ausgestellt wird, die bestätigt, dass alle Schritte abgeschlossen sind, die auf der Seite der Partei für die Übermittlung notwendig sind.19
3    Die Frist gilt auch als gewahrt, wenn die Eingabe rechtzeitig bei der Vorinstanz oder bei einer unzuständigen eidgenössischen oder kantonalen Behörde eingereicht worden ist. Die Eingabe ist unverzüglich dem Bundesgericht zu übermitteln.
4    Die Frist für die Zahlung eines Vorschusses oder für eine Sicherstellung ist gewahrt, wenn der Betrag rechtzeitig zu Gunsten des Bundesgerichts der Schweizerischen Post übergeben oder einem Post- oder Bankkonto in der Schweiz belastet worden ist.
, 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et sous la forme requise par la loi (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF) par la défenderesse qui a succombé partiellement dans ses conclusions en libération (art. 76 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 76 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in Zivilsachen ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in Zivilsachen ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat; und
b  durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Gegen Entscheide nach Artikel 72 Absatz 2 steht das Beschwerderecht auch der Bundeskanzlei, den Departementen des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, den ihnen unterstellten Dienststellen zu, wenn der angefochtene Entscheid die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann.40
LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 75 Vorinstanzen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, des Bundesverwaltungsgerichts und des Bundespatentgerichts.36
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, des Bundesverwaltungsgerichts und des Bundespatentgerichts.36
2    Die Kantone setzen als letzte kantonale Instanzen obere Gerichte ein. Diese entscheiden als Rechtsmittelinstanzen; ausgenommen sind die Fälle, in denen:
a  ein Bundesgesetz eine einzige kantonale Instanz vorsieht;
b  ein Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten als einzige kantonale Instanz entscheidet;
c  eine Klage mit einem Streitwert von mindestens 100 000 Franken mit Zustimmung aller Parteien direkt beim oberen Gericht eingereicht wurde.
LTF) dans une contestation du contrat de travail dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 72 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 72 Grundsatz - 1 Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden gegen Entscheide in Zivilsachen.
1    Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden gegen Entscheide in Zivilsachen.
2    Der Beschwerde in Zivilsachen unterliegen auch:
a  Entscheide in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  öffentlich-rechtliche Entscheide, die in unmittelbarem Zusammenhang mit Zivilrecht stehen, insbesondere Entscheide:
b1  über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheiden und über die Rechtshilfe in Zivilsachen,
b2  über die Führung des Grundbuchs, des Zivilstands- und des Handelsregisters sowie der Register für Marken, Muster und Modelle, Erfindungspatente, Pflanzensorten und Topografien,
b3  über die Bewilligung zur Namensänderung,
b4  auf dem Gebiet der Aufsicht über die Stiftungen mit Ausnahme der Vorsorge- und Freizügigkeitseinrichtungen,
b5  auf dem Gebiet der Aufsicht über die Willensvollstrecker und -vollstreckerinnen und andere erbrechtliche Vertreter und Vertreterinnen,
b6  auf dem Gebiet des Kindes- und Erwachsenenschutzes,
b7  ...
et 74 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 74 Streitwertgrenze - 1 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens beträgt:
1    In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens beträgt:
a  15 000 Franken in arbeits- und mietrechtlichen Fällen;
b  30 000 Franken in allen übrigen Fällen.
2    Erreicht der Streitwert den massgebenden Betrag nach Absatz 1 nicht, so ist die Beschwerde dennoch zulässig:
a  wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
b  wenn ein Bundesgesetz eine einzige kantonale Instanz vorsieht;
c  gegen Entscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
d  gegen Entscheide des Konkurs- und Nachlassrichters oder der Konkurs- und Nachlassrichterin;
e  gegen Entscheide des Bundespatentgerichts.
let. a LTF), le recours en matière civile est recevable.

2.

2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF). La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (ATF 135 III 232 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.4.2).

2.2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF), sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
Lorsque la décision attaquée comporte plusieurs motivations indépendantes dont chacune suffit à sceller le sort de la cause, il appartient au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de s'attaquer conformément aux art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF à chacune d'entre elles, et, pour obtenir gain de cause, de démontrer que ces deux motivations sont contraires au droit (parmi plusieurs: ATF 142 III 364 consid. 2.4; 138 I 97 consid. 4.1.4; 138 III 728 consid. 3.4).

3.
Se plaignant de violation des art. 116
SR 291 Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das Internationale Privatrecht (IPRG)
IPRG Art. 116 - 1 Der Vertrag untersteht dem von den Parteien gewählten Recht.
1    Der Vertrag untersteht dem von den Parteien gewählten Recht.
2    Die Rechtswahl muss ausdrücklich sein oder sich eindeutig aus dem Vertrag oder aus den Umständen ergeben. Im Übrigen untersteht sie dem gewählten Recht.
3    Die Rechtswahl kann jederzeit getroffen oder geändert werden. Wird sie nach Vertragsabschluss getroffen oder geändert, so wirkt sie auf den Zeitpunkt des Vertragsabschlusses zurück. Die Rechte Dritter sind vorbehalten.
et 121
SR 291 Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das Internationale Privatrecht (IPRG)
IPRG Art. 121 - 1 Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
1    Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
2    Verrichtet der Arbeitnehmer seine Arbeit gewöhnlich in mehreren Staaten, so untersteht der Arbeitsvertrag dem Recht des Staates, in dem sich die Niederlassung oder, wenn eine solche fehlt, der Wohnsitz oder der gewöhnliche Aufenthalt des Arbeitgebers befindet.
3    Die Parteien können den Arbeitsvertrag dem Recht des Staates unterstellen, in dem der Arbeitnehmer seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat oder in dem der Arbeitgeber seine Niederlassung, seinen Wohnsitz oder seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat.
LDIP, la recourante conteste l'application du droit suisse à la cause.

3.1. La cause revêt un aspect international puisqu'il apparaît que l'employé, domicilié en Suisse et au service d'une société sise en Suisse, accomplissait son travail, à tout le moins en partie, au Maroc. Le Tribunal fédéral examine d'office la question du droit applicable au litige, sur la base du droit international privé suisse en tant que lex fori (ATF 137 III 481 consid. 2.1 p. 483; 136 III 142 consid. 3.2 p. 144, 232 consid. 5 p. 234 s.).
Aux termes de l'art. 121 al. 1
SR 291 Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das Internationale Privatrecht (IPRG)
IPRG Art. 121 - 1 Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
1    Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
2    Verrichtet der Arbeitnehmer seine Arbeit gewöhnlich in mehreren Staaten, so untersteht der Arbeitsvertrag dem Recht des Staates, in dem sich die Niederlassung oder, wenn eine solche fehlt, der Wohnsitz oder der gewöhnliche Aufenthalt des Arbeitgebers befindet.
3    Die Parteien können den Arbeitsvertrag dem Recht des Staates unterstellen, in dem der Arbeitnehmer seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat oder in dem der Arbeitgeber seine Niederlassung, seinen Wohnsitz oder seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat.
LDIP, le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail. Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs Etats, le contrat de travail est régi par le droit de l'Etat de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur (art. 121 al. 2
SR 291 Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das Internationale Privatrecht (IPRG)
IPRG Art. 121 - 1 Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
1    Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
2    Verrichtet der Arbeitnehmer seine Arbeit gewöhnlich in mehreren Staaten, so untersteht der Arbeitsvertrag dem Recht des Staates, in dem sich die Niederlassung oder, wenn eine solche fehlt, der Wohnsitz oder der gewöhnliche Aufenthalt des Arbeitgebers befindet.
3    Die Parteien können den Arbeitsvertrag dem Recht des Staates unterstellen, in dem der Arbeitnehmer seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat oder in dem der Arbeitgeber seine Niederlassung, seinen Wohnsitz oder seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat.
LDIP). Une élection de droit est toutefois possible, mais elle ne peut désigner que le droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou celui dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle (art. 121 al. 3
SR 291 Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das Internationale Privatrecht (IPRG)
IPRG Art. 121 - 1 Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
1    Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
2    Verrichtet der Arbeitnehmer seine Arbeit gewöhnlich in mehreren Staaten, so untersteht der Arbeitsvertrag dem Recht des Staates, in dem sich die Niederlassung oder, wenn eine solche fehlt, der Wohnsitz oder der gewöhnliche Aufenthalt des Arbeitgebers befindet.
3    Die Parteien können den Arbeitsvertrag dem Recht des Staates unterstellen, in dem der Arbeitnehmer seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat oder in dem der Arbeitgeber seine Niederlassung, seinen Wohnsitz oder seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat.
LDIP).

3.2. Faisant sien le raisonnement des juges de première instance, la cour cantonale a retenu que l'employé avait principalement travaillé pendant une période au sein de X.________ Maroc, puisque la création de cette société lui avait été confiée. Il était toutefois domicilié à Genève depuis qu'il était entré en fonction au sein de l'employeuse, son activité au Maroc était organisée depuis la Suisse et son salaire, duquel étaient déduites des charges sociales suisses, était versé en francs suisses sur un compte suisse. En outre, l'employé était affilié à une caisse de pension suisse et avait effectué un MBA à l'Université de Genève, payé par son employeur, raison pour laquelle il partageait son temps entre le Maroc et la Suisse. Enfin, une élection tacite en faveur du droit suisse résultait du versement du salaire en francs suisses et de la déduction de charges sociales suisses.

3.3. Plaidant pour l'application du droit marocain à la cause, la recourante se prévaut de ce que l'employé travaillait exclusivement au Maroc dès 2012 et qu'il séjournait plusieurs jours par semaine à W.________. Celui-ci s'était en outre fondé sur le droit marocain dans le cadre des procédures qu'il avait introduites au Maroc et s'était prévalu à plusieurs reprises de ses connaissances de ce droit. Compte tenu de la familiarité de l'employé avec le droit marocain, la recourante soutient que l'on ne saurait considérer qu'il existe des liens beaucoup plus étroits avec la Suisse, justifiant de s'écarter de la règle de l'art. 121 al. 1
SR 291 Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das Internationale Privatrecht (IPRG)
IPRG Art. 121 - 1 Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
1    Der Arbeitsvertrag untersteht dem Recht des Staates, in dem der Arbeitnehmer gewöhnlich seine Arbeit verrichtet.
2    Verrichtet der Arbeitnehmer seine Arbeit gewöhnlich in mehreren Staaten, so untersteht der Arbeitsvertrag dem Recht des Staates, in dem sich die Niederlassung oder, wenn eine solche fehlt, der Wohnsitz oder der gewöhnliche Aufenthalt des Arbeitgebers befindet.
3    Die Parteien können den Arbeitsvertrag dem Recht des Staates unterstellen, in dem der Arbeitnehmer seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat oder in dem der Arbeitgeber seine Niederlassung, seinen Wohnsitz oder seinen gewöhnlichen Aufenthalt hat.
LDIP.

3.4. Cette argumentation de la recourante repose en partie sur des faits s'écartant de ceux retenus dans l'arrêt cantonal, respectivement sur des faits qui ne sont pas déterminants pour juger de la question du droit applicable. En tous les cas, l'on n'y retrouve aucune critique quant à la seconde motivation de la cour cantonale, selon laquelle les parties étaient tacitement convenues de l'application du droit suisse à leur rapport de travail. Cette motivation suffit pourtant à sceller le sort de la cause, de sorte que la recourante aurait également dû l'attaquer pour tenter d'obtenir gain de cause sur la question (cf. consid. 2.2 in fine). Faute pour elle d'y avoir procédé, son grief fondé sur le droit applicable doit être déclaré irrecevable.

4.
Restent litigieuses la prime qui devait être versée en 2013 pour l'année 2012 et celle qui devait être versée en 2015 pour l'année 2014. Les juridictions cantonales ont considéré qu'aucune prime ne devait être versée en 2014 pour l'année 2013, compte tenu du financement par l'employeuse de la formation MBA suivie par l'employé, ce que celui-ci n'a pas remis en cause (cf. consid. B.a supra).

5.
Dans plusieurs arrêts récents, le Tribunal fédéral a eu l'occasion de résumer sa jurisprudence en matière de bonus (notamment: 4A 78/2018 du 10 octobre 2018 consid. 4.2 et 4.3 et les références citées; 4A 463/2017 du 4 mai 2018 consid. 3; 4A 290/2017 du 12 mars 2018 consid. 4.1).
Il en résulte qu'il faut distinguer les trois cas suivants: (1) le salaire - variable -, (2) la gratification à laquelle l'employé a droit et (3) la gratification à laquelle il n'a pas droit. Ce n'est que lorsque l'employé n'a pas de droit à la gratification - cas n° 3 - que la question de la requalification du bonus en salaire, en vertu du principe de l'accessoriété lorsque les salaires sont modestes ou moyens et supérieurs, se pose, ce principe étant en revanche inapplicable pour les très hauts revenus.

5.1. On se trouve dans le cas n° 1 lorsqu'un montant (même désigné comme bonus ou gratification) est déterminé ou objectivement déterminable, c'est-à-dire qu'il a été promis par contrat dans son principe et que son montant est déterminé ou doit l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés comme le bénéfice, le chiffre d'affaires ou une participation au résultat de l'exploitation, et qu'il ne dépend pas de l'appréciation de l'employeur; il doit alors être considéré comme un élément du salaire (variable), que l'employeur est tenu de verser à l'employé (art. 322 s
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 322 - 1 Der Arbeitgeber hat dem Arbeitnehmer den Lohn zu entrichten, der verabredet oder üblich oder durch Normalarbeitsvertrag oder Gesamtarbeitsvertrag bestimmt ist.
1    Der Arbeitgeber hat dem Arbeitnehmer den Lohn zu entrichten, der verabredet oder üblich oder durch Normalarbeitsvertrag oder Gesamtarbeitsvertrag bestimmt ist.
2    Lebt der Arbeitnehmer in Hausgemeinschaft mit dem Arbeitgeber, so bildet der Unterhalt im Hause mit Unterkunft und Verpflegung einen Teil des Lohnes, sofern nichts anderes verabredet oder üblich ist.
. CO; ATF 141 III 407 consid. 4.1; 136 III 313 consid. 2 p. 317; 129 III 276 consid. 2 p. 278; 109 II 447 consid. 5c p. 448).

5.2. En revanche, on se trouve en présence d'une gratification - dans les cas n°s 2 et 3 - lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable (ATF 141 III 407 consid. 4.1 et 4.2 p. 407 s.; 139 III 155 consid. 3.1 p. 157; arrêt 4A 485/2016 du 28 avril 2017 consid. 4.1.2).

5.2.1. Il y a un droit à la gratification - cas n° 2 - lorsque, par contrat, les parties sont tombées d'accord sur le principe du versement d'un bonus et n'en ont réservé que le montant; il s'agit d'une gratification que l'employeur est tenu de verser ( Anspruch auf die Gratifikation), mais il jouit d'une certaine liberté dans la fixation du montant à allouer (ATF 136 III 313 consid. 2 p. 317; 131 III 615 consid. 5.2 p. 620; arrêt 4A 172/2012 du 22 août 2012 consid. 8.2).
De même, lorsqu'au cours des rapports contractuels, un bonus a été versé régulièrement sans réserve de son caractère facultatif pendant au moins trois années consécutives, il est admis qu'en vertu du principe de la confiance, il est convenu par actes concluants (tacitement), que son montant soit toujours identique ou variable: il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF 129 III 276 consid. 2.1; 131 III 615 consid. 5.2; arrêt 4A 172/2012 précité consid. 8.2), l'employeur jouissant d'une certaine liberté dans la fixation de son montant au cas où les montants étaient variables.
Il convient d'ajouter que, dans les deux situations, le travailleur n'a droit, aux termes de l'art. 322d al. 2
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 322d - 1 Richtet der Arbeitgeber neben dem Lohn bei bestimmten Anlässen, wie Weihnachten oder Abschluss des Geschäftsjahres, eine Sondervergütung aus, so hat der Arbeitnehmer einen Anspruch darauf, wenn es verabredet ist.
1    Richtet der Arbeitgeber neben dem Lohn bei bestimmten Anlässen, wie Weihnachten oder Abschluss des Geschäftsjahres, eine Sondervergütung aus, so hat der Arbeitnehmer einen Anspruch darauf, wenn es verabredet ist.
2    Endigt das Arbeitsverhältnis, bevor der Anlass zur Ausrichtung der Sondervergütung eingetreten ist, so hat der Arbeitnehmer einen Anspruch auf einen verhältnismässigen Teil davon, wenn es verabredet ist.
CO, à une part proportionnelle de la gratification en cas d'extinction des rapports de travail avant l'occasion qui y donne lieu que s'il en a été convenu ainsi, ce qu'il lui incombe de prouver en vertu de l'art. 8
SR 210 Schweizerisches Zivilgesetzbuch vom 10. Dezember 1907
ZGB Art. 8 - Wo das Gesetz es nicht anders bestimmt, hat derjenige das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, der aus ihr Rechte ableitet.
CC.

5.2.2. Il n'y a pas de droit à la gratification - cas n° 3 - lorsque, par contrat, les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus; il s'agit alors d'une gratification facultative; le bonus n'est pas convenu et l'employé n'y a pas droit, sous réserve de l'exception découlant de la nature de la gratification (principe de l'accessoriété; cf. supra consid. 5).
De même, lorsque le bonus a été versé d'année en année avec la réserve de son caractère facultatif, il n'y a en principe pas d'accord tacite: il s'agit d'une gratification qui n'est pas due.
Toutefois, il a été admis par exception que, en dépit de la réserve (sur le principe et sur le montant), un engagement tacite peut se déduire du paiement répété de la gratification pendant des décennies ( jahrzehntelang), lorsque l'employeur n'a jamais fait usage de la réserve émise, alors même qu'il aurait eu des motifs de l'invoquer, tels qu'une mauvaise marche des affaires ou de mauvaises prestations de certains collaborateurs lorsqu'il l'a versée: il s'agit alors d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF 129 III 276 consid. 2.3 p. 280 s.).
Il en va de même lorsque la réserve du caractère facultatif n'est qu'une formule vide de sens (c'est-à-dire une clause de style sans portée) et qu'en vertu du principe de la confiance, il y a lieu d'admettre que l'employeur montre par son comportement qu'il se sent obligé de verser un bonus (arrêts 4A 463/2017 déjà cité consid. 3.1.3.2; 4A 172/2012 déjà cité consid. 8.2).

6.
Il s'agit tout d'abord de déterminer s'il y a lieu de qualifier le bonus de salaire (cas n° 1, consid. 6.1 infra) ou de gratification (cas n° 2 et n° 3, consid. 6.2 infra), comme le soutient la recourante.

6.1. En l'espèce, il n'est nullement établi que les parties seraient convenues du versement d'un montant déterminé ou objectivement déterminable. En particulier, aucun élément de fait n'indique que le montant versé à titre de " prime " aurait été déterminé à l'avance, en fonction de critères objectifs prédéterminés. Au contraire, dans ses courriels d'août 2013 à B.________, l'employé demandait si le bonus pour l'année écoulée avait été fixé dans son montant, évoquant la possibilité que celui-ci soit minoré et se prévalant de ce que son bonus devait représenter la récompense pour le travail effectué et les réussites accomplies. L'employé précisait en outre que certains facteurs, soit le financement et le temps investi dans sa formation, ne pouvaient que venir réduire son éventuel bonus l'année suivante. Contrairement à ce qu'en a déduit la cour cantonale, le SMS de B.________ du 27 septembre 2013, envoyé après interpellation de l'employé (" Oui merci de me le rappeler: 25'000EUR? "), atteste également du caractère discrétionnaire du bonus, puisque le montant qui y est énoncé figure sous la forme interrogative, ce qui infirme l'hypothèse du versement d'un montant fixe ou fixé en fonction de critères prédéfinis. L'ensemble de ces
éléments confirme que le montant du bonus était laissé à la libre appréciation de l'employeur, ce qui exclut que le bonus puisse être considéré comme un élément du salaire, et ce sans égard au fait que les bonus ont été versés pendant plusieurs années consécutives. En réalité, en admettant que le bonus faisait partie intégrante du salaire parce qu'aucune réserve quant au caractère facultatif de son montant n'a été émise, la cour cantonale a confondu la notion de salaire (cas n° 1) avec celle de droit à la gratification (cas n° 2).
Les éléments présentés par l'intimé en faveur de l'assimilation de son bonus au salaire dans son mémoire de réponse - soit la perception de charges sociales sur les montants versés et l'indication " salaire " comme motif de versement sur les avis bancaires - ne sont pas propres à changer cette appréciation.

6.2. Comme il s'agit d'une gratification, il s'impose d'examiner si l'employé dispose d'un droit à en percevoir une (cas n° 2 ou exceptions au cas n° 3). En l'occurrence, il apparaît que l'employeuse a versé régulièrement et sans réserve un bonus à l'employé, pendant quatre années consécutives. Conformément à la jurisprudence exposée (cf. consid. 5.2.1 supra), l'on peut en déduire que les parties ont convenu, par actes concluants, du versement d'un bonus dans son principe. Il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit (cas n° 2).
Dans ces circonstances, nul n'est besoin d'examiner si, pour conclure à la qualification du bonus comme élément du salaire, la cour cantonale a violé l'art. 18
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 18 - 1 Bei der Beurteilung eines Vertrages sowohl nach Form als nach Inhalt ist der übereinstimmende wirkliche Wille und nicht die unrichtige Bezeichnung oder Ausdrucksweise zu beachten, die von den Parteien aus Irrtum oder in der Absicht gebraucht wird, die wahre Beschaffenheit des Vertrages zu verbergen.
1    Bei der Beurteilung eines Vertrages sowohl nach Form als nach Inhalt ist der übereinstimmende wirkliche Wille und nicht die unrichtige Bezeichnung oder Ausdrucksweise zu beachten, die von den Parteien aus Irrtum oder in der Absicht gebraucht wird, die wahre Beschaffenheit des Vertrages zu verbergen.
2    Dem Dritten, der die Forderung im Vertrauen auf ein schriftliches Schuldbekenntnis erworben hat, kann der Schuldner die Einrede der Simulation nicht entgegensetzen.
CO.

7.
Il s'impose de déterminer les conséquences de ce qui précède sur les montants accordés par la cour cantonale pour l'année 2012 (consid. 7.1 infra) et pour l'année 2014 (consid. 7.2 infra).

7.1. Suivant le raisonnement des premiers juges, la cour cantonale a considéré que l'employeuse aurait dû verser un bonus de 28'000 fr. en 2013 pour l'année 2012. Pour ce faire, elle s'est fondée sur les montants versés les années précédentes, sans considérer les performances ou objectifs qui auraient été réalisés, de sorte que la qualification erronée du bonus comme élément du salaire n'affecte pas le montant retenu. La recourante ne s'en prend au demeurant pas directement au montant de 28'000 fr. retenu, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'y revenir.

7.2. Pour l'année 2014, la cour cantonale a retenu la somme de 18'666 fr. 65, qui correspond au résultat d'un calcul " pro rata temporis " pour la période écoulée entre le 1er janvier et le 31 août 2014, date de la fin des rapports de travail. C'est néanmoins à juste titre que la recourante plaide qu'aucun bonus ne doit être payé en 2015 pour cette année-là. Les rapports contractuels s'étant terminés le 31 août 2014, soit avant l'occasion qui aurait donné lieu à une rétribution en été 2015, une part proportionnelle de la gratification n'est due à l'employé que si celui-ci parvient à prouver qu'il en a été convenu ainsi (cf. consid. 5.2.1 in fine). Or, l'employé intimé n'a rapporté aucune preuve à ce propos et ne soutient pas qu'il aurait droit à un quelconque montant afférent à l'année 2014, pour le cas où le bonus serait qualifié de gratification. Partant, aucun montant n'est dû au titre de gratification pour l'année 2014.
Au vu de ce qui précède, la somme de 18'666 fr. 65 doit être retranchée de la somme de 46'666 fr. 65 que la recourante a été condamnée à payer à l'intimé par arrêt cantonal. Faute d'avoir une influence sur le montant afférent à l'année 2012, seul dû en l'espèce, il est superflu de traiter du grief de la recourante relatif aux périodes pour lesquelles les bonus devaient être payés.

8.
Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis et l'arrêt cantonal réformé, en ce sens que la recourante est condamnée à payer à l'intimé la somme de 28'000 fr.
Compte tenu de l'issue de la cause, les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., seront mis à la charge de la recourante à hauteur de 1'200 fr. et à la charge de l'intimé à hauteur de 800 fr. La recourante versera à l'intimé des dépens à hauteur de 1'500 fr.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt cantonal est réformé comme suit:
La recourante est condamnée à payer à l'intimé la somme de 28'000 fr. brute, sous déduction des charges sociales, avec intérêts à 5% l'an dès le 21 février 2015.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante à hauteur de 1'200 fr. et à la charge de l'intimé à hauteur de 800 fr.

3.
La recourante versera à l'intimé des dépens à hauteur de 1'500 fr.

4.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens cantonaux.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.

Lausanne, le 4 février 2019

Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse

La Présidente : Kiss

La Greffière : Schmidt