Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-4542/2019

Arrêt du 4 novembre 2019

Raphaël Gani (président du collège),

Composition Jürg Steiger, Daniel Riedo, juges,

Alice Fadda, greffière.

A._______ SA,

représentée par
Parties
Serge Leuenberger,

recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,

Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,

autorité inférieure.

Objet Taxe sur la valeur ajoutée (2010-2013) ; rente du droit de superficie ; déduction de l'impôt préalable.

Faits :

A.
La société A._______ S.A. a son siège à [...]. Inscrite au registre du commerce le [...] 1968, elle a pour but [l'exploitation d'un parking]. Elle est immatriculée au registre de l'AFC en qualité d'assujettie depuis le 1er janvier 1995.

B.
Par convention des 22 et 30 juin 1978, modifiée par acte des 1er février et 17 mars 1999 (ci-après : la Convention), la [commune C._______] constitua, sur une parcelle lui appartenant, un droit de superficie en faveur de la société susmentionnée lui permettant d'établir, maintenir et exploiter un parking souterrain. Cette convention, telle que modifiée en 1999, prévoit notamment les clauses suivantes, s'agissant de la rente du droit de superficie. Article 6 : la [commune C._______] perçoit de la superficiaire une rente qui n'est pas perçue tant que les investissements de la superficiaire et de ses prêteurs ne sont pas rentés et amortis suivant certaines modalités. Le moment à partir duquel la rente devient exigible se détermine selon un calcul effectué sur la base des comptes de la bénéficiaire de la servitude. Plus précisément, la rente n'est pas due aussi longtemps (art. 6 ch. II de la convention) que le résultat du calcul suivant ne sera pas positif : recettes brutes moins total des dépenses (y compris les impôts), moins les intérêts et dividendes servis sur les fonds étrangers et propres. Il est également prévu que si, pour une année donnée, le résultat de ce calcul est négatif, à savoir que les dépenses dépassent les recettes brutes, le déficit est ajouté aux charges de l'exercice suivant. Dans le cas contraire, la différence positive est premièrement affectée au remboursement des emprunts, des dettes chirographaires et du capital social et aucune rente n'est perçue avant leur remboursement intégral. Au 2 mai 2017, aucune rente de superficie n'avait encore été perçue par la [commune C._______]. Dite convention prévoit également (art. 6 III) le mode de calcul de la rente du droit de superficie, une fois que les conditions de son différé ne seront plus remplies : ce seront alors les recettes totales moins les dépenses totales (sans les impôts) qui serviront de base au calcul de la rente. Cette dernière se montera alors à 50% des recettes nettes ainsi calculées.

C.
Suite à un contrôle effectué le 26 mai 2015 et portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2010 au 4e trimestre 2013, l'AFC constata, entre autres, que l'assujettie n'avait pas opéré une réduction de la déduction de l'impôt préalable malgré la réception d'une subvention sous la forme d'un droit de superficie sans rente. Le montant de la rente de superficie fut estimé sur la base de la [taxe communale]. Le 29 juin 2015, l'AFC adressa à la recourante une notification d'estimation fixant les montants de la créance fiscale pour les années 2010 à 2013 et de la correction de l'impôt en sa faveur.

Par courrier du 18 décembre 2015, l'assujettie contesta la notification d'estimation, en particulier le mode de détermination de la valeur de la rente de superficie basé sur la [taxe communale]. Le 2 mai 2016, l'AFC communiqua à l'intéressée son intention de fixer la rente sur la base de la convention sans toutefois tenir compte du déficit reporté (c'est-à-dire sans tenir compte de ce que la rente n'était pas perçue compte tenu de son absence d'exigibilité). Par courrier du 26 mai 2016, l'assujettie contesta cette méthode et préconisa l'application de la convention de superficie dans son intégralité. Enfin, par décision du 28 juin 2016, l'AFC s'écarta tant du mode de calcul basé sur la [taxe communale] que de l'application intégrale de l'art. 6 de la convention entre la [commune C._______] et l'assujettie. Le montant de la réduction de l'impôt préalable fut ainsi fixé à Fr. 44'565.- pour les périodes fiscales allant de 2010 à 2013.

D.
Le 30 août 2016 l'assujettie forma réclamation à l'encontre de la précédente décision. Elle demanda à ce que sa réclamation soit déférée au Tribunal administratif fédéral pour être traitée comme un recours omisso medio au sens de l'art. 83 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Le 14 février 2017, le Tribunal de céans déclara le recours omissio medio irrecevable et renvoya la cause à l'AFC. Par décision sur réclamation du 2 mai 2017, l'AFC rejeta la réclamation.

E.
La contribuable a formé recours contre la précédente décision en date du 2 juin 2017. La recourante conclut principalement à l'annulation de la décision sur réclamation du 2 mai 2017, à ce que le calcul de la rente soit effectué sur l'intégralité de la disposition conventionnelle applicable à la rente de superficie et à ce qu'il soit reconnu que si le résultat cumulé basé sur l'application de l'article susmentionné devait être négatif, le montant de la rente serait nul, n'entraînant ainsi la constatation d'aucune subvention. Il est subsidiairement conclu à ce qu'en lieu et place de l'application intégrale de l'art. 6 de la convention, le montant de la rente soit déterminé de manière forfaitaire et à ce que le montant de la reprise fiscale soit réduit. Par réponse du 28 juin 2017, l'AFC conclut au rejet du recours.

F.
Par arrêt du 30 janvier 2019 (procédure A-3156/2017), la Cour de céans a admis le recours précité et jugé, en substance, qu'il existait un rapport d'échange même en l'absence d'une rente de superficie. Sur recours de l'AFC, le Tribunal fédéral a, par arrêt du 29 août 2019 (2C_233/2019) annulé le jugement précité du 30 janvier 2019 et renvoyé la cause devant le Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue dans le sens des considérants. La Cour de céans a par conséquent ouvert la présente procédure (A-4542/2019).

G.
Par ordonnance du juge instructeur du 11 septembre 2019, les parties ont été invitées à se déterminer sur la portée de l'arrêt du Tribunal fédéral précité du 29 août 2019 et à produire toute pièce utile en vue de compléter le dossier. La recourante s'est déterminée en date du 23 septembre 2019. L'AFC s'est également déterminée le 2 octobre 2019.

Les faits seront repris, pour autant que besoin, dans la partie en droit de la présente décision.

Droit :

1.
Sous réserve des exceptions non réalisées en l'espèce prévues à l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA ; RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'AFC en matière de TVA peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF).

En sa qualité de destinataire de la décision du 2 mai 2017, la recourante est spécialement touchée par celle-ci et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a dès lors manifestement qualité pour recourir (art. 48 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
PA). Déposé le 2 juin 2017, le recours a en outre été interjeté dans le délai légal de trente jours (cf. art. 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA) et répond au surplus aux exigences de contenu et de forme de la procédure administrative (cf. art. 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA). Il convient donc d'entrer en matière.

La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) et son ordonnance d'exécution du 27 novembre 2009 (OTVA, RS 641.201) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2010. Le présent litige portant sur des périodes fiscales postérieures à cette date, la LTVA et l'OTVA sont seules applicables, tant au fond qu'en ce qui concerne la procédure (cf. art. 112
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
et 113
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA).

2.
En principe, le Tribunal administratif fédéral dispose d'un plein pouvoir de cognition (art. 49
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA). Il constate les faits et applique le droit d'office (art. 62 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 62 - 1 L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
1    L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
2    Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
3    Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
4    Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
PA). Néanmoins, il se limite en règle générale aux griefs invoqués et n'examine les autres points que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c).

Cependant, lorsque comme en l'espèce, le Tribunal fédéral admet un recours et renvoie l'affaire à l'autorité précédente en application de l'art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
de la Loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF ; RS 173.110), l'autorité à laquelle la cause est renvoyée voit sa cognition limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi, en ce sens qu'elle est liée par ce qui a déjà été jugé définitivement par le Tribunal fédéral (cf. ATF 133 III 201 consid. 4.2 : jurisprudence toujours valable sous l'empire de la LTF: ATF 135 III 334 consid. 2 et 2.1 p. 335 s. ; arrêts du TAF A-2325/2017 du 14 novembre 2018 consid. 2.3, A-7160/2015 du 21 décembre 2016 consid. 2.2.2). L'autorité de renvoi doit se fonder sur les considérants de l'arrêt de renvoi et ne peut s'écarter de l'argumentation juridique du Tribunal fédéral tant en ce qui concerne les points sur lesquels l'argumentation de l'autorité précédente a été approuvée que ceux sur lesquels elle a été déjugée (Ulrich Meyer/Johanna Dormann, in : Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [ed.], Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2e ed., 2011, n°18 ad art. 107; Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 27 ad art. 107). Ainsi, la seule marge de manoeuvre que conserve l'autorité à qui la cause est renvoyée - ici la Cour de céans - tient aux questions laissées ouvertes par l'arrêt de renvoi et aux conséquences qui en découlent (Bernard Corboz, op. cit., n° 27 ad art. 107).

En l'occurrence, dans son arrêt 2C_233/2019, précité, rendu dans la présente cause, le Tribunal fédéral a jugé d'une manière qui lie la Cour de céans que l'absence de versement d'une rente de superficie par la recourante ne compensait pas économiquement l'absence d'indemnisation pour le retour des constructions à l'échéance de la convention (consid. 8.5). Le Tribunal fédéral a considéré par conséquent qu'il n'y avait pas un échange de prestations entre la recourante et la [commune C._______] et que par conséquent il n'y avait pas de raison de s'écarter de la qualification de subvention applicable lorsqu'une collectivité publique renonce à une rente de superficie pour des motifs d'intérêt public (consid. 8.5 également). Cette question a donc acquis force de chose jugée.

En revanche, la manière de calculer le montant annuel de cette subvention est restée disputée entre les parties devant le TF, qui a renvoyé la cause au Tribunal administratif fédéral pour qu'il se prononce sur ce point. Sur ce dernier point, à savoir l'étendue de la subvention, le pouvoir de cognition du TAF n'est donc pas restreint.

La distinction entre ces deux points - l'existence d'une part et le montant d'une subvention d'autre part - est cependant ténue. On retiendra que l'absence d'indemnité lors du retour des constructions ne peut pas être qualifiée de contreprestation pour le différé de versement de la rente de superficie et que, pour les périodes sous revue à savoir 2010 à 2013, l'absence de versement effectif d'une rente de superficie doit être qualifiée de subvention.

3.

3.1 C'est ici le lieu de rappeler que les parties sont en litige sur le calcul du montant de la subvention octroyée par la [commune C._______] à la recourante. Selon la convention de superficie qui les lie (cf. supra Faits, let. B), la rente de superficie est calculée en fonction des bénéfices de la recourante (art. 3 du contrat) à hauteur de 50% de l'excédent de ses recettes. Toutefois, la convention prévoit un différé dans l'exigibilité de la rente puisqu'elle ne devra être versée par la superficiaire, recourante, que si ses investissements et ceux de ses prêteurs auront été rentés et amortis suivant certaines modalités de l'art. 6 (cf. ci-dessus, Faits, let. B). Il découle de cette convention que jusqu'au 2 mai 2017, aucune rente de superficie n'avait encore été versée par la recourante à la [commune C._______].

3.2 Dans ces circonstances, l'autorité inférieure estime que le montant de la subvention est égal au montant de la rente qui devrait être versée à la [commune C._______] sans égard au fait que les parties à la convention ont admis de différer le moment à partir duquel la rente deviendrait exigible. Elle a donc calculé la rente à hauteur de 50% de l'excédent de recettes de la recourante, et partant, le montant de la subvention de manière similaire. Elle a ainsi calculé le montant de la subvention en appliquant partiellement la convention comme si les investissements de la recourante et de ses prêteurs avaient été « amortis et rentés » au sens de l'art. 6 II de la convention. De son côté, la recourante conclut principalement dans le cadre de son recours à l'absence de subvention en raison d'un montant de la rente dû de zéro franc et subsidiairement à ce que la rente soit calculée sur la base d'un montant de CHF 50.- /m2 d'emprise au sol du droit (515 m2) ou du même montant renté à un taux de 5%, multiplié par le nombre total de m2 (8'696 m2), soit dans les deux cas une rente annuelle fixe de l'ordre de CHF 25'000.-.

3.3 S'il est admis que l'absence de rente de superficie constitue une subvention (compte tenu du pouvoir de cognition limité ensuite du renvoi par le Tribunal fédéral, cf. ci-dessus consid. 2), le montant de la subvention doit encore être estimé. Il s'agit donc ici pour la Cour de céans de contrôler l'estimation effectuée par l'autorité inférieure.

4.

4.1 Pour déterminer l'existence et l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il s'agit de considérer les choses sous un angle économique (voir arrêts du TAF A-5044/2017 du 23 novembre 2018 consid. 3.3.1, A-358/2017 du 31 août 2017 consid. 3.1). Les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ont en principe valeur d'indice, mais ne sauraient à eux seuls justifier une qualification fiscale (cf. ATAF 2007/23 consid. 2.3.2 ; arrêts du TAF A-239/2016 du 22 février 2017 consid. 3.1.3, A-7032/2013 du 20 février 2015 consid. 3.2, A-5720/2012 du 19 février 2014 consid. 2.1.3 ; Bossart/Clavadetscher, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2015, n° 14 s ad art. 18). Dès lors, pour déterminer l'existence et l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il s'agit en effet avant tout de considérer les choses dans une perspective économique (cf. ATAF 2008/63 consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-239/2016 précité consid. 3.1.3 et A-383/2015 du 4 mars 2016 consid. 2.2). Enfin, lorsqu'un litige porte sur l'interprétation d'une clause contractuelle, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties (art. 18
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 18 - 1 Pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
1    Pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
2    Le débiteur ne peut opposer l'exception de simulation au tiers qui est devenu créancier sur la foi d'une reconnaissance écrite de la dette.
CO; interprétation subjective). En effet, le point de départ de la qualification en droit civil du contrat est la réelle et commune intention des parties contractantes. Il est donc nécessaire de déterminer cette volonté, afin de pouvoir établir ce que les parties voulaient réellement (arrêt du TAF A-358/2017 précité consid. 3.2; Wolfgang Wiegand, in : Basler Kommentar, Obligationenrecht, 6e éd., 2015, n°7 ss ad art.18
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 18 - 1 Pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
1    Pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
2    Le débiteur ne peut opposer l'exception de simulation au tiers qui est devenu créancier sur la foi d'une reconnaissance écrite de la dette.
CO, p. 134 ss.).

4.2 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation (art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA ; cf. arrêts du TF 2C_576/2015 du 29 février 2016 consid. 3.4 et 2C_206/2012 du 6 septembre 2012 consid. 2.3 ; arrêts du TAF A-1133/2018 du 26 septembre 2018 consid. 2.5.1 et A-1679/2015 du 24 mai 2016 consid. 4.3.1 ; Jürg Steiger, in : MWSTG-Kommentar, ch. 7 ss ad art. 79; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives de droit fiscal suisse 69 511, ch. 3.1.2).

L'art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA distingue deux cas de figure. D'une part, une taxation par estimation a lieu lorsque des violations des règles formelles concernant la tenue des comptes apparaissent et qu'elles sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables s'en trouve remise en cause (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4a ; arrêts du TF 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3 et 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.5.2 et A-1331/2013 du 2 octobre 2014 consid. 5.3.2). Mais une estimation intervient par ailleurs également lorsque les résultats découlant de la comptabilité même tenue correctement du point de vue formel ne correspondent manifestement pas à la réalité (arrêt 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.2, in Archives 83 p. 57, RDAF 2015 II 171 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.5.2, A-1331/2013 précité consid. 5.3.2 et A-704/2012 du 27 novembre 2013 consid. 5.2.2 ; Mollard, op. cit., ch. 3.1.1).

5.

5.1 Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause et aboutit à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité (cf. arrêts du TF 2C_950/2015 du 11 mars 2016 consid. 4.5 et 2C_576/2015 précité consid. 3.4 ; arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.6.2 et A-3141/2015 du 18 janvier 2017 consid. 8.2 ; Steiger, op. cit., ch. 23 ad art. 79). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes reconstructives qui tendent à compléter ou à reconstituer une comptabilité déficiente. L'administration peut notamment, dans ce but, opérer une reprise d'impôt, présumer de l'exactitude d'une pièce justificative ou encore établir le chiffre d'affaires pour une brève période, puis appliquer le résultat ainsi obtenu à une période plus longue (extrapolation). Il est le lieu de rappeler ici que les déclarations des parties, dont font partie les contrats, sont comprises dans les méthodes dites reconstructives. A cet égard, il sera encore rappelé que les contrats sont naturellement aussi sujets à interprétation. Les parties utiles et fiables de la comptabilité, de même que les pièces justificatives disponibles doivent, dans la mesure du possible, être prises en compte dans le cadre de l'estimation et peuvent même servir de base à la taxation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.2 et A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives 69 p.530 ss).

5.2 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval ou du flux litigieux en tant que telle (cf. arrêts du TAF A-1662/2014 précité consid. 4.3.6 et A-4480/2012 précité consid. 4.4.1).

Dans un premier temps, il appartient à l'administration de prouver que les conditions d'application de la taxation par estimation sont remplies. Sur ce point, c'est elle qui supporte le fardeau de la preuve et le Tribunal de céans jouit d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.9.2; arrêts du TAF A-1679/2015 précité consid. 4.3.2, A-1662/2014 précité consid. 4.3.6 et A-351/2014 précité consid. 4.3.6; cf. ég.Steiger, op. cit., ch. 33 ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., chap. 6 ch. 277 s.).

Dans un deuxième temps, il sied de se demander si l'autorité fiscale a procédé correctement à l'estimation. Là encore, le fardeau de la preuve appartient à l'AFC. Cela étant, le Tribunal administratif fédéral - lors même que sa cognition n'est pas restreinte par la loi (cf. consid. 1.4 ci-avant) - fait preuve de retenue lors de son analyse de l'exactitude de l'estimation de l'autorité inférieure et ne remplace l'appréciation de cette dernière par la sienne qu'en présence d'erreurs manifestes (cf. arrêts du TAF A-1679/2015 précité consid. 4.3.2, A-3292/2015 du 8 janvier 2016 consid. 3.5, A-1662/2014 précité consid. 4.3.6 et A-351/2014 précité consid. 4.3.6; Steiger, op. cit., ch. 33 et 37 ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA).

Dans un troisième temps, s'il s'avère que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est au recourant qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration, le TAF faisant preuve de retenue lors de son examen (cf. arrêts du TF 2C_970/2012 du 1er avril 2013 consid. 4.2 et 4.3, 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3 et 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2; arrêts du TAF A-2657/2014 précité consid. 3.6 et 3.9 et A-1662/2014 précité consid. 4.3.6; Steiger, op. cit., ch. 38 ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA).

6.
En l'espèce, il convient donc de procéder en trois étapes (cf. consid. 5.2 ci-avant). Tout d'abord, il y aura lieu d'examiner les conditions de la taxation par voie d'estimation (cf. consid. 6.1 ci-après), puis de déterminer si l'AFC a procédé correctement à l'estimation en elle-même en analysant la méthode utilisée par l'AFC (cf. consid. 6.2 ci-après) et enfin de voir dans quelle mesure le recourant parvient à démontrer le caractère inexact de l'estimation opérée par l'AFC (cf. consid. 6.3 ci-après).

6.1 En l'occurrence, le dossier révèle que la comptabilité de la recourante n'est ni défaillante ni entachée d'irrégularité, ce que les parties ne contestent pas. Il est cependant constant que l'existence d'une subvention sous forme d'une remise de la rente de superficie n'est pas reflétée dans les comptes de la recourante. Cette dernière n'a en effet pas comptabilisé de loyer pour le droit de superficie pour le passer ensuite par un compte de charge sous forme de subvention. Dans ces circonstances, comme l'indique déjà l'autorité intimée dans sa décision initiale du 18 décembre 2015 (ch. 5.2) sans être contredite par la recourante sur ce point, les conditions pour une taxation par voie d'estimation au sens de l'art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA étaient remplies.

6.2 Dans le cadre d'un recours, le Tribunal examine l'estimation sous l'angle du choix des méthodes par l'AFC et sur le point de savoir s'il a été tenu compte des particularités de l'assujettie (arrêts du TAF A-3141/2015 précité consid. 8.3.2.2 et A-1662/2014 du 28 juillet 2015 consid. 4.3.4 et 5.2.2.1). Cela étant, le Tribunal administratif fédéral fait preuve de retenue lors de son analyse de l'exactitude de l'estimation, ne remplaçant l'appréciation de l'autorité inférieure par la sienne qu'en présence d'erreurs manifestes, c'est-à-dire si l'autorité a excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du TAF A-1133/2018 précité consid. 2.8.1 et 2.8.2, A-3141/2015 précité consid. 8.3.2.3 et A-1679/2015 précité consid. 4.3.2 et A-1662/2014 précité consid. 4.3.6). Toutefois, de jurisprudence constante, l'autorité de recours se doit de contrôler si l'AFC a satisfait aux obligations de motiver qui lui incombent (cf. arrêts du TAF A-1331/2013 précité consid. 5.3.7 et A-4876/2012 du 11 mars 2013 consid. 3.2.2).

En l'occurrence, l'AFC a procédé à l'estimation litigieuse en calculant la rente qui aurait été versée sur la base de l'art. 6 III de la Convention. Elle a ainsi fixé une rente par estimation en retenant qu'un loyer de marché correspondait à 50% des recettes nettes de la recourantes. Elle fonde cette méthodologie sur la Convention. Ce calcul est le reflet de la commune volonté de la recourante et de la [commune C._______] lors de la conclusion de la convention de superficie. Si, certes, les parties ont prévu, additionnellement, un différé d'exigibilité de la rente cela n'a pas à être pris en considération pour le calcul de la subvention. En effet, il importe peu, concernant la détermination du montant de la rente, que celle-ci ne doivent pas être versée tant que les investissements de la superficiaire et de ses prêteurs ne seront pas rentés et amortis conformément à ce que prévoit l'art. 6 par. 1 et 2 de la Convention. En effet, ces deux paragraphes ne concernent pas le montant de la rente mais servent à déterminer le moment à partir duquel, dite rente devra être versée. Ainsi, une lecture d'ensemble de la convention aboutit à la conclusion que ce que les parties ont véritablement voulu est que, compte tenu de l'intérêt public de l'ouvrage et des risques économiques encourus par la superficiaire, la Commune renonce temporairement à prélever la rente. Il s'ensuit donc qu'une rente est bel est bien due mais que la Commune renonce, temporairement certes, à la prélever. Cette renonciation ne signifie par ailleurs en aucun cas que le montant de la rente est nul, mais uniquement qu'aucune rente ne sera prélevée tant est aussi longtemps que les investissements de la superficiaire et ceux de ses prêteurs ne seront rentés et amortis conformément aux let. a à d de l'art. 6 par. 1 de la Convention. C'est bien dans ce sens qu'il faut comprendre tant l'art. 6 de la Convention de superficie que le considérant 8.4 de l'arrêt du Tribunal fédéral précité 2C_233/2019 :

« Sur la base des faits constatés (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), un rapport d'échange peut en revanche être nié. En effet, la convention de superficie a initialement été conclue jusqu'en 2013. Or, les 1 er février et 17 mars 1999, le droit de superficie a été prolongé jusqu'en 2043, sans que les conditions liées à l'absence de rente de superficie jusqu'à l'amortissement des constructions et à l'absence d'indemnité au retour des constructions n'aient été modifiées. Une fois les constructions amorties et rentées, l'intimée devra verser une rente superficiaire et l'absence d'indemnité pour le retour des constructions n'est pas affectée par cette règle de la convention. Il faut par ailleurs souligner que la convention prévoit l'amortissement complet des constructions. Comme le relève la recourante [i.e. l'Administration fédérale des contributions], celles-ci n'auront donc plus de valeur résiduelle à l'échéance du droit de superficie. Cette valeur résiduelle nulle explique la gratuité du retour. Ces éléments démontrent l'absence de valeur économique équivalente des deux prestations. Le mécanisme prévu par la convention se comprend à la lumière du but d'intérêt public poursuivi: la [commune C._______] est prête à renoncer à une rente, car elle a un intérêt dans la construction d'un parking souterrain par l'intimée. Une fois ce but atteint, il n'y a plus de raison de soutenir l'intimée. Pour sa part, celle-ci aura l'occasion d'amortir les constructions et d'en percevoir les revenus pendant la durée du droit de superficie. Elle ne subit donc pas de perte en lien avec l'absence d'indemnisation au terme du droit de superficie. »

Ainsi, la façon de procéder de l'autorité inférieure n'apparaît pas critiquable. Partant, le procédé utilisé par l'AFC, soit l'application de l'art. 6 par. 3 de la Convention de superficie dont il est question ici n'apparaît pas contraire au droit fédéral et doit donc être confirmé. En définitive, il suit de l'examen qui précède, d'une part, que rien n'indique que l'autorité inférieure aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation de la valeur du droit de superficie, soit du montant de la subvention octroyée par la Commune à la recourante, de sorte que le tribunal de céans n'a aucune raison de s'écarter de l'appréciation de celle-ci. D'autre part, il apparaît que l'autorité a dûment motivé son estimation, tant concernant les méthodes qu'elle a choisi d'appliquer que les critères retenus dans ce cadre.

6.3 Dans un troisième temps, s'il s'avère que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est au recourant qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration, le Tribunal administratif fédéral faisant preuve de retenue lors de son examen (arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3, in RDAF 2008 II 20, RF 63/2008 p. 289, Archives 77 p. 343 confirmant cette retenue par le TAF).

Il convient donc de se pencher sur les arguments de la recourante, étant rappelé qu'à cet égard il appartient au contribuable d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation. Dans un premier grief, la recourante estime que l'art. 6 de la Convention de superficie et son interprétation ne permettent pas de considérer que la rente de droit de superficie correspond à la moitié de l'excédent annuel des recettes. Ce ne serait selon elle que lorsque toutes les conditions découlant de l'art. 6 susmentionné seront remplies que le droit de superficie deviendrait exigible et que le non-versement de la moitié de l'excédent annuel des recettes entraînerait la constatation d'une subvention. Cette méthode de calcul s'expliquerait par le fait qu'à l'échéance du droit de superficie les installations reviendront à la Commune sans paiement d'une contre-prestation à la recourante. Il serait ainsi logique dans l'esprit des parties que le calcul du droit de superficie intègre tous les éléments ressortant de l'article 6
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
de la Convention. A cet égard, la Cour retiendra au contraire que le différé d'exigibilité de la rente prévu par les par. 1 et 2 de l'art. 6 de la Convention de superficie ne concernent pas le montant de la rente mais le moment à partir duquel celle-ci devra être versée. Par voie de conséquence, l'absence de prise en compte du différé dans le calcul du montant de la rente n'est, compte tenu du pouvoir d'examen limité du TAF, pas critiquable. Les dispositions contractuelles prévoient bien qu'une rente est due ainsi qu'un calcul. Les parties se sont entendues pour que la perception de cette rente n'intervienne pas immédiatement, sans que ne soit affecté le calcul du montant de la rente. La prise en compte par l'AFC de ce montant doit donc être confirmée.

Ensuite, dans un deuxième argument, l'intéressée se limite - à titre subsidiaire - à opposer sa propre estimation, fondée sur une valeur de la rente annuelle fixe de CHF 25'000. --. Or, une telle rente fixe s'écarte de la volonté des parties qui ont voulu - à la fin du différé certes - faire dépendre le montant de la rente annuelle des résultats effectifs de la recourante.

Il suit de ce qui précède que l'estimation de l'autorité inférieure n'est critiquable, ni dans son principe, ni quant à son résultat. Dans ces circonstances, la décision entreprise doit être confirmée. En effet, le contribuable qui ne parvient pas à prouver que le résultat de l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité doit en supporter les conséquences.

7.
Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, par CHF 3'000.--, sont mis à la charge de la recourante, en application de l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA et des art. 1 ss
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 1 Frais de procédure - 1 Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
1    Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
2    L'émolument judiciaire couvre les frais de photocopie des mémoires et les frais administratifs normaux, tels que les frais pour le personnel, les locaux et le matériel ainsi que les frais postaux, téléphoniques et de télécopie.
3    Les débours comprennent notamment les frais de traduction et les frais occasionnés par l'administration des preuves. Les frais de traduction ne sont pas facturés lorsqu'il s'agit de la traduction d'une langue officielle à une autre.
du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance de frais déjà versée par la recourante, d'un montant équivalent. Une indemnité à titre de dépens n'est allouée ni à la recourante (art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA a contrario et art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF a contrario), ni à l'autorité inférieure (art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF).

(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante)

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais de procédure de Fr. 3'000.- (trois mille francs) en lien avec la présente procédure et avec la procédure A-3156/2017 sont mis à la charge de la recourante. Ce montant sera prélevé sur le montant de l'avance de frais déjà perçue dans la procédure A-3156/2017.

3.
Il n'est alloué de dépens ni en lien avec la présente procédure ni en lien avec la procédure A-3156/2017.

4.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Acte judiciaire)

Le président du collège : La greffière :

Raphaël Gani Alice Fadda

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 LTF). Ce délai ne court pas du 18 décembre au 2 janvier inclus (art. 46 al. 1 let. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 48 Observation - 1 Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
1    Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
2    En cas de transmission électronique, le moment déterminant pour l'observation d'un délai est celui où est établi l'accusé de réception qui confirme que la partie a accompli toutes les étapes nécessaires à la transmission.20
3    Le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral.
4    Le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral.
LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).

Expédition :