Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 141/2020, 2C 245/2021

Arrêt du 3 décembre 2021

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux
Seiler, Président, Aubry Girardin, Donzallaz
Beusch et Hartmann.
Greffier : M. Jeannerat.

Participants à la procédure
2C 141/2020
A.________ Sàrl,
représentée par Me Andrio Orler,
recourante,

contre

Conseil d'Etat du C anton de Vaud,
Château cantonal, 1014 Lausanne,

et

2C 245/2021
Etat de Vaud,
agissant par le Conseil d'Etat du Canton de Vaud, Château cantonal, 1014 Lausanne,
recourant,

et

Administration cantonale des impôts
du Canton de Vaud,
route de Berne 46, 1014 Lausanne,
recourante

contre

B.________ AG,
représentée par Me Andrio Orler,
intimée.

Objet
Révocation d'un allégement fiscal; période fiscale 2005 à 2014,

recours contre les décisions du Conseil d'Etat du Canton de Vaud du 18 décembre 2019 et du Tribunal cantonal du Canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 12 février 2021.

Faits :

A.

A.a. La société A.________ Sàrl, dont le siège était à Morges, a été inscrite au registre du commerce du canton de Vaud du 29 janvier 2004 au 1er avril 2020, date de sa radiation. Elle avait pour but la fabrication et la distribution de produits, en particulier de produits chimiques pour l'agriculture, de semences et de produits agricoles animaliers. Par décision du 12 mai 2004, le Chef du Département des finances du Canton de Vaud lui a accordé une exonération fiscale temporaire, selon les modalités suivantes:
Exonération du bénéfice net et du capital imposables,
- de cent pour cent pour une durée de cinq ans dès la fondation de la société,
- de cinquante pour cent pour les cinq années suivantes.
Cette exonération est subordonnée,
- au maintien du siège et de l'activité de l'entreprise dans le canton pendant dix ans à compter de la fin de l'exonération,
- en principe, à la création effective des emplois projetés,
- à la réalisation des investissements prévus,
- au devoir d'informer l'Administration cantonale des impôts (division de la taxation) et le Service de l'économie, du logement et du tourisme de toute modification importante du projet présenté, ceci en vue du réexamen possible de l'allégement fiscal octroyé.
Une éventuelle extension de l'allégement de 50% à 100% pour la seconde période de cinq ans pourra être examinée s'il apparaît que 35 emplois ont été créés après cinq ans et que "Société Principale" [sic] s'engage à augmenter ce nombre à 40 personnes jusqu'à la fin de la période de dix ans.
Je vous rappelle d'autre part, que, durant la période d'exonération, la société est tenue de déposer régulièrement les déclarations d'impôts ainsi que les bilans, comptes d'exploitation et de pertes et profits.
Je vous remercie par ailleurs de bien vouloir informer l'Administration cantonale des impôts (division de la taxation) de la raison sociale choisie pour la "Société Principale".

A.b. Le 26 novembre 2009, A.________ Sàrl a requis que son exonération fiscale temporaire de l'impôt cantonal et communal (ICC) soit étendue de 50% à 100% pour les années fiscales 2010 à 2014 dans la mesure où elle employait plus de 40 personnes. La société envisageait la création de 150 à 200 postes d'ici le début de l'année 2011.
Le 15 septembre 2010, l'Administration cantonale des impôts de l'Etat de Vaud, en accord avec le Service cantonal de l'économie, du logement et du tourisme, a fait savoir à la société A.________ Sàrl qu'elle pouvait accéder à sa requête et étendre l'exonération de 50% à 100% pour la seconde période de cinq ans. Pour le surplus, elle a précisé que les conditions mentionnées dans la décision du 12 mai 2004 demeuraient valables.

A.c. S'agissant des périodes fiscales allant de 2005 à 2014, la société A.________ Sàrl a été taxée en lien avec l'impôt cantonal et communal (ICC) sur la base des bénéfices et capitaux imposables suivants:

Bénéfice imposable Capital imposable
2005 172'137'000 fr. 172'157'000 fr.
2006 12'332'700 fr. 20'675'000 fr.
2007 12'783'400 fr. 178'209'000 fr.
2008 48'995'900 fr. 597'720'000 fr.
2009 29'792'700 fr. 838'855'000 fr.
2010 6'097'200 fr. 761'980'000 fr.
2011 9'414'400 fr. 745'846'000 fr.
2012 12'783'400 fr. 178'209'000 fr.
2013 15'611'800 fr. 885'234'000 fr.
2014 21'771'500 fr. 103'550'000 fr.

Compte tenu de l'exonération accordée, la société a été imposée à un taux d'imposition de 0 %. Aucun impôt cantonal ou communal n'a dès lors été prélevé sur la base des décisions de taxation définitive relatives aux périodes fiscales 2005 à 2014.

A.d. Le 4 avril 2016, l'Administration cantonale des impôts du Canton de Vaud a indiqué à la société A.________ Sàrl que son exonération temporaire, qui avait débuté avec la période fiscale 2005, avait pris fin au terme de la période fiscale 2014, soit le 31 août 2014 (clôture de l'exercice commercial). Elle a rappelé à la société les obligations auxquelles elle demeurait soumise jusqu'à la fin de la période fiscale 2024, soit le maintien de son siège et de son activité dans le canton de Vaud.

A.e. Le 19 avril 2016, la société A.________ Sàrl a informé l'Administration cantonale des impôts d'une réduction de ses effectifs de 146 à 72 employés. A la demande de cette dernière, elle a expliqué que sa réorganisation se justifiait en raison d'une restructuration interne des activités du groupe, une partie de celles-ci étant transférées à une autre société du groupe, basée aux Pays-Bas. Le 26 août 2016, l'Administration cantonale des impôts a confirmé que la réduction du personnel envisagée ne modifiait pas l'activité déployée par la société en Suisse et ne contrevenait pas à l'engagement pris en termes d'emplois en vue de l'obtention de l'exonération fiscale temporaire.

A.f. Le groupe commercial C.________ a acquis le groupe commercial D.________ dans le courant de l'année 2018. La société A.________ Sàrl a informé l'Administration cantonale des impôts le 15 novembre 2018 de son intention de réorganiser les activités qui étaient jusqu'alors exercées à Morges et de les transférer à Bâle, probablement en 2020. L'Administration cantonale a pris acte de ce projet le 20 décembre 2018 et rappelé à A.________ Sàrl que, dès la survenance d'un cas de non-respect des conditions de subordination, le Conseil d'Etat révoquerait l'exonération accordée avec effet rétroactif pour toute la durée de celle-ci.
La société a poursuivi une partie de ses activités à son siège de Morges, puisqu'elle employait encore 46 personnes au 1 er octobre 2019, puis 44 personnes en décembre 2019. Dès le mois de février 2020, A.________ Sàrl a officiellement cessé toute activité sur le site de Morges. Les contrats des personnes ne rejoignant pas le siège de C.________ à Bâle ont été résiliés. Les actifs et passifs de A.________ Sàrl ont été repris selon bilan au 31 janvier 2020. La société a été radiée par suite de fusion du registre du commerce du canton de Vaud le 1er avril 2020.

B.
Dans l'intervalle, par décision du 18 décembre 2019, le Conseil d'Etat du Canton de Vaud a révoqué avec effet rétroactif l'exonération octroyée le 12 mai 2004 à A.________ Sàrl pour les périodes fiscales 2005 à 2014. Il a également décidé de percevoir les impôts économisés pour les années précitées. Le 23 décembre 2019, en se référant à la décision du Conseil d'Etat susmentionnée, l'Administration cantonale des impôts a communiqué à la société un décompte final relatif à l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital d'un montant de 34'009'916 fr., avec délai de paiement au 1 er février 2020.
Par acte du 30 janvier 2020, A.________ Sàrl a recouru contre la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du Canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), en concluant principalement à son annulation et, subsidiairement, au renvoi du dossier au Conseil d'Etat pour nouvelle décision.

C.
Parallèlement à son recours au Tribunal cantonal, A.________ Sàrl a déposé, en date du 3 février 2020, un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral contre la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 (cause no 2C 141/2020). Dans ce recours, la société concluait, principalement, à l'annulation pure et simple de cette décision et, subsidiairement, au renvoi du dossier au Conseil d'Etat pour nouvelle décision.
Par ordonnance du 5 février 2020, le Président de la Cour de céans a suspendu la procédure jusqu'à droit connu sur le recours déposé contre la même décision devant le Tribunal cantonal.

D.
Par arrêt du 12 février 2021, le Tribunal cantonal a admis partiellement le recours de A.________ Sàrl, désormais fusionnée à la société B.________ AG. Il a réformé la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 en ce sens que l'exonération octroyée le 12 mai 2004 était révoquée uniquement pour les périodes fiscales 2010 à 2014. Il a confirmé la décision attaquée pour le surplus.
L'Etat de Vaud, agissant par son Conseil d'Etat, et l'Administration cantonale des impôts ont déposé conjointement un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 février 2021 (cause no 2C 245/2021). Ils concluent principalement à la réforme de l'arrêt en ce sens que le recours déposé par B.________ AG (anciennement A.________ Sàrl; ci-après: la société intimée) devant l'instance judiciaire cantonale doit être rejeté et la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 confirmée. Ils demandent subsidiairement l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'intimée a répondu au recours dont elle conclut au rejet.
Invitée à se déterminer sur le recours, l'Administration fédérale des contributions (AFC) a conclu à l'admission de celui-ci au terme de ses observations, dans lesquelles elle se rallie à l'argumentation développée dans le recours.

E.
Par courrier du 24 mars 2021, B.________ AG a déclaré maintenir le recours précédemment déposé devant le Tribunal fédéral par A.________ Sàrl à l'encontre de la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 (cause no 2C 141/2020), afin que cette cause puisse éventuellement être tranchée au même moment que le recours interjeté par l'Etat de Vaud et l'Administration cantonale des impôts.

Considérant en droit :

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 29 Prüfung - 1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen.
1    Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen.
2    Bestehen Zweifel, ob das Bundesgericht oder eine andere Behörde zuständig ist, so führt das Gericht mit dieser Behörde einen Meinungsaustausch.
LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours portés devant lui (ATF 140 IV 57 consid. 2).

1.1. Les recours, enregistrés sous les numéros 2C 141/2020 et 2C 245/2021 et déposés par la société A.________ SA (désormais: B.________ AG) d'une part et par l'Etat de Vaud et l'Administration cantonale des impôts conjointement d'autre part, ne sont pas dirigés contre la même décision cantonale. L'un conteste la révocation d'une exonération fiscale temporaire prononcée par le Conseil d'Etat en date du 18 décembre 2019, tandis que l'autre s'en prend à l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 février 2021 réformant partiellement cette décision. Il n'en demeure pas moins qu'ils concernent tous deux les mêmes faits et opposent les mêmes parties. Il se justifie par conséquent de joindre les causes et de les traiter en un seul arrêt (cf. art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
LTF et 24 PCF [RS 273]; ATF 142 II 293 consid. 1.2 in fine).

1.2. En l'occurrence, le recours enregistré sous le numéro de cause 2C 141/2020, déposé à l'origine par A.________ Sàrl, s'attaque directement à la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019, laquelle révoque avec effet rétroactif l'exonération fiscale temporaire octroyée entre 2005 et 2014 à la société et réclame le paiement des impôts dus durant ces dix années. D'un point de vue matériel, cette décision a toutefois été remplacée par l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 février 2021, qui la réforme partiellement, en raison de l'effet dévolutif complet que revêt tout recours auprès de cette instance judiciaire (cf. ATF 136 II 539 consid. 1.2). Le recours 2C 141/2020 interjeté devant la Cour de céans est par conséquent devenu sans objet en cours de procédure, dans la mesure où il conteste une décision qui ne revêt aujourd'hui plus aucune portée propre. Il doit partant être radié du rôle. Il aurait été du reste irrecevable faute d'épuisement des instances cantonales (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF; cf. ATF 147 II 333 consid. 1.7).

1.3. Le recours enregistré sous le numéro de cause 2C 245/2021, déposé conjointement par l'Etat de Vaud, par l'intermédiaire de son Conseil d'Etat, et par l'Administration cantonale des impôts est dirigé pour sa part contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 février 2021. Cet arrêt se prononce en dernière instance cantonale sur la révocation de l'exonération fiscale accordée à l'intimée en lien avec les impôts cantonaux et communaux entre 2005 et 2014, limitant ses effets à la période 2010-2014. Comme ce domaine relève du droit public, la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF, sachant qu'aucune des exceptions figurant à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF n'entre en ligne de compte. L'art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) confirme du reste l'ouverture de cette voie de droit, étant précisé que les allégements fiscaux octroyés aux personnes morales au sens de l'art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID constituent une matière relevant du titre 3 de la loi précitée (cf. arrêts 2C 382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 1.1; 2C 910/2010 du 5 mai 2011 consid. 1.1 et 2P.99/2005 du 13 janvier 2006 consid. 1.1).
Le recours est pour le reste dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) rendue en dernière instance cantonale par une autorité judiciaire supérieure (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF). Il a été interjeté en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 46 Stillstand - 1 Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
1    Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
a  vom siebenten Tag vor Ostern bis und mit dem siebenten Tag nach Ostern;
b  vom 15. Juli bis und mit dem 15. August;
c  vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar.
2    Absatz 1 gilt nicht in Verfahren betreffend:
a  die aufschiebende Wirkung und andere vorsorgliche Massnahmen;
b  die Wechselbetreibung;
c  Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c);
d  die internationale Rechtshilfe in Strafsachen und die internationale Amtshilfe in Steuersachen;
e  die öffentlichen Beschaffungen.18
et 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF), et dans les formes requises (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF) par l'Etat de Vaud et l'Administration cantonale des impôts. Comme celle-ci jouit indéniablement de la qualité pour recourir s'agissant des impôts concernés en vertu du droit fédéral (cf. art. 73 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
LHID en lien avec l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF), il convient d'entrer en matière, sans qu'il soit indispensable d'examiner si l'Etat de Vaud, agissant par son Conseil d'Etat, jouit également de la qualité pour recourir en l'affaire (cf. arrêt 2C 109/2019 du 8 août 2019 consid. 3.3).

2.

2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que de celle de dispositions de droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé par la partie recourante, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 142 I 99 consid. 1.7.2; 141 I 36 consid. 1.3). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours devant le Tribunal fédéral. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. ou contraire d'une autre manière à un droit fondamental (cf. ATF 142 I 172 consid. 4.3; 135 III 513 consid. 4.3; 133 III 462 consid. 2.3). En matière fiscale, le Tribunal fédéral vérifie ainsi librement la conformité du droit cantonal et de son application aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas son examen est limité à celui de la
violation des droits constitutionnels dûment invoqués (cf. ATF 134 II 207 consid. 2; aussi arrêt 2C 68/2018 du 30 janvier 2019 consid. 2 non publié in ATF 145 II 2).

2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été constatés de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 136 II 304 consid. 2.4) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF seraient réalisées. A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de prendre en considération un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée, ni des faits qui n'y sont pas constatés (ATF 135 II 313 consid. 5.2.2; 133 IV 286 consid. 6.2).

3.
Le litige a trait à la révocation d'une exonération fiscale temporaire en lien avec les impôts cantonal et communal sur le bénéfice et le capital. Il s'agit dès lors de rappeler le cadre légal général de cette problématique.

3.1. La législation fédérale règle l'exonération fiscale temporaire susmentionnée à l'art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID. Cette disposition a la teneur suivante:
Art. 23 Exonérations
(...)

3 Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
En adoptant cette norme en 1990 dans la LHID, le législateur fédéral a codifié une règle de droit intercantonal préexistante qui figurait déjà dans le Concordat du 10 décembre 1948 entre les cantons de la Confédération suisse sur l'interdiction des arrangements fiscaux (RO 1949 1459; cf. Message du 25 mai 1983 concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral, FF 1983 III 1, spéc. p. 93). En effet, cette convention intercantonale, à laquelle le Canton de Vaud a adhéré par loi du 16 novembre 1959 (RSV 670.98) et qui est toujours en vigueur, contient une disposition analogue à l'art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID. D'après l'art. 1 al. 3 let. b du concordat, les cantons ne doivent pas conclure d'arrangements fiscaux avec des contribuables, sauf dans certaines situations exceptionnelles, auxquelles appartient "l'imposition des entreprises industrielles nouvellement créées et dont le canton est économiquement intéressé à promouvoir le développement, pour la fin de l'année au cours de laquelle l'exploitation a débuté et pour les neuf années suivantes". Si l'art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID l'emporte désormais sur cette réglementation intercantonale en matière d'impôts cantonal et communal
sur le bénéfice et le capital (cf. arrêts 2C 382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 2.2; 2C 603/2012 du 10 décembre 2012 consid. 3.1), ces deux textes ont pour but commun de mieux encadrer les arrangements fiscaux, étant précisé qu'un tel objectif pouvait être atteint par la voie de la législation fédérale ordinaire ou par celle d'un concordat entre cantons (cf. Exposé des motifs relatif à un projet de décret autorisant le Conseil d'Etat [vaudois] à adhérer au concordat [ci-après: Exposé des motifs relatif au concordat], in Bulletin du Grand Conseil, 1959, tome 2, Séance du 9 novembre 1959, p. 34 s.; aussi cf. GRETER/GRETER, in Zweifel/Beusch [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3e éd., 2017, nos 1 s. ad art. 5
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 5 Steuererleichterungen - Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
LHID).

3.2. Dans les limites posées par le droit fédéral, les cantons sont libres de faire usage de leur droit d'octroyer des allégements fiscaux à certaines entreprises nouvellement créées (arrêt 2C 910/2010 du 5 mai 2011 consid. 4.1). Ils jouissent par ailleurs d'une certaine autonomie concernant les modalités et l'ampleur de tels allégements (arrêt 2C 382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 2.2). Le Canton de Vaud a en l'occurrence fait usage de la faculté offerte par le droit fédéral en adoptant l'art. 91 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11). Cette disposition constitue la base légale autorisant le Conseil d'Etat à octroyer les allégements fiscaux visés par l'art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID. Elle présente la teneur suivante:
Art. 91 Exonérations temporaires des personnes morales
Le Conseil d'Etat peut accorder des allégements fiscaux aux entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. La modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation nouvelle.

3.3. Il est largement admis qu'un allégement fiscal temporaire au sens de l'art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID - et précédemment à l'aune de l'art. 1 al. 3 let. b du concordat - passe par la conclusion d'une convention qui doit en fixer ses conditions d'application. Cette convention entre canton et entreprise privée constitue un contrat de droit administratif, autorisé par la loi, qui porte sur l'existence, l'étendue ou les modalités d'une obligation fiscale dans une situation concrète et qui s'écarte des obligations fiscales prévues par les dispositions légales normalement applicables (cf. arrêts 2C 664/2013 du 28 avril 2014 consid. 4.2; 2C 603/2012 du 10 décembre 2012 consid. 3.1; arrêt de la Chambre de droit public du Tribunal fédéral du 18 juin 1968, in Archives 38, p. 19, consid. 1 et 2; aussi arrêt 2A.227/2006 du 10 octobre 2006 consid. 3.1; Exposé des motifs relatif au concordat, p. 37; MARCO ROSTETTER, Die Verjährung im Recht der direkten Bundessteuer und der harmonisierten kantonalen Steuern, 2019, no 799; BLUMENSTEIN/LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 7e éd., 2016, p. 388; MICHAEL BEUSCH, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, p. 25; DANIELLE YERSIN, L'égalité de traitement en droit fiscal, RDS 1992, vol. II, p. 145 ss,
nos 130 ss).

3.4. En raison du caractère non seulement potestatif, mais également contractuel des allégements fiscaux temporaires prévus aux art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID, l'autorité cantonale compétente jouit d'une large marge d'appréciation en ce qui concerne l'octroi et les modalités de révocation de tels privilèges (cf. arrêt 2C 382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 6.2; 2C 910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2). Elle est notamment en droit de subordonner la validité des exonérations fiscales temporaires au respect de différentes conditions et, notamment, au fait que l'entreprise bénéficiaire maintienne son domicile dans le canton, sans qu'il soit nécessaire que de telles exigences soient préalablement énumérées ou définies précisément dans une loi (cf. arrêt 2C 227/2015 du 31 mai 2016 consid. 6.2; aussi ATF 136 I 142 consid. 4.2). Le non-respect de ces conditions, qui visent à lutter contre les abus, peut l'autoriser, le cas échéant, à revenir sur l'exonération accordée de manière rétroactive. En effet, le bénéficiaire d'une exonération ne doit pas pouvoir éluder les espérances du canton qui, en consentant un tel avantage, compte sur une implantation durable de l'entreprise sur son territoire, laquelle doit à terme rentabiliser le privilège fiscal
accordé (arrêt de la Chambre de droit public du Tribunal fédéral du 18 juin 1968, in Archives 38 p. 198, consid. 2; aussi 2C 910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2; aussi GRETER/GRETER, op. cit., no 8 ad art. 5
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 5 Steuererleichterungen - Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
LHID). Relevons en ce sens que le législateur fédéral a choisi de conditionner l'octroi d'exonérations complémentaires en lien avec l'impôt fédéral direct au fait que les cantons concernés aient prévu que les sociétés bénéficiaires doivent rembourser les allégements qu'elles auraient obtenus indûment s'agissant de l'impôt cantonal sur le bénéfice et le capital (cf. art. 12 Abs. 2 lit. c de la loi fédérale du 6 octobre 2006 sur la politique régionale; RS 901.0).

3.5. Dans un arrêt 2C 382/2016 du 11 juillet 2017, le Tribunal fédéral a ainsi confirmé qu'un canton pouvait révoquer de manière rétroactive l'allégement fiscal d'une société ayant cessé ses activités sur son territoire, dans la mesure où il avait été prévu qu'un tel privilège n'était accordé que pour autant que la société intéressée ait un caractère permanent dans le canton. Il était donc possible sur le principe de réclamer le paiement des impôts dus pour les années fiscales écoulées ayant fait l'objet d'une exonération, même si ni le droit cantonal ni l'arrangement fiscal n'indiquaient de durée pendant laquelle la condition de domiciliation dans le canton devait être respectée ni ne fixaient de délai dans lequel la récupération des impôts dus pouvait encore être décidée (cf. consid. 6.5 et 6.7 de l'arrêt précité). Il a été néanmoins jugé dans le cas d'espèce que de telles imprécisions justifiaient d'appliquer par analogie les règles relatives au rappel d'impôt (art. 53
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
LHID) et, partant, que la procédure de récupération d'impôts ne pouvait concerner que les années écoulées depuis moins de dix ans au moment du prononcé de la révocation (cf. consid. 6.6 de l'arrêt précité; aussi ROSTETTER, op. cit., nos 815 et 833).

4.
Il convient à présent d'examiner la cause à la lumière des considérations qui précèdent.

4.1. En l'occurrence, l'objet du litige concerne la révocation de l'exonération fiscale temporaire complète dont la société A.________ Sàrl, avec laquelle l'intimée a fusionné en 2020, a bénéficié durant dix ans - de 2005 à 2014 - dans le canton de Vaud. Il ressort de l'arrêt attaqué que ladite société a déplacé son siège à Bâle en 2020 et cessé la même année toute activité à son siège vaudois de Morges, de sorte qu'elle n'a pas respecté l'obligation assortissant son privilège fiscal et consistant dans le "maintien du siège et de l'activité de l'entreprise dans le canton pendant dix ans à compter de la fin de l'exonération". Le Tribunal cantonal a retenu que le non-respect de cette condition justifiait la révocation de l'exonération octroyée et que cette révocation était, sur le principe, susceptible d'entraîner une récupération d'impôts. Ces différents points ne sont pas remis en question par les parties à la procédure et, en particulier, par l'intimée, qui, contrairement à l'Administration cantonale des impôts, n'a pas interjeté recours contre l'arrêt cantonal (cf. supra consid. 1.2). La seule et unique question encore litigieuse concerne la période déterminante pouvant être touchée par une procédure de récupération d'impôts.
Elle porte plus précisément sur le point de savoir si une telle mesure doit se limiter aux années fiscales 2011 à 2014, comme le soutiennent le Tribunal cantonal dans son arrêt et l'intimée dans sa réponse au recours, ou si elle peut aussi s'étendre aux années fiscales 2005 à 2010, comme le défend l'Administration cantonale des impôts, qui affirme que toute autre solution procéderait d'une application arbitraire de la LHID et de l'art. 91 LI/VD et violerait les principes de la bonne foi et de l'égalité de traitement entre contribuables (art. 5 al. 3 et 127 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
Cst.).

4.2. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a reconnu que l'exonération fiscale temporaire accordée à A.________ Sàrl pour les années 2005 à 2014 avait été expressément conditionnée au maintien du siège et des activités de l'entreprise dans le canton de Vaud, ce pendant une période de dix ans suivant la fin de l'exonération. Il a également admis que les conditions posées à l'octroi de l'exonération, énoncées dans une "convention" liant aussi bien l'autorité recourante que l'intimée, étaient "claires et prévisibles". Il a cependant relevé que le droit vaudois ne recelait aucune disposition traitant spécifiquement de la révocation des décisions d'exonération, qu'il ne détaillait pas les conditions auxquelles une telle révocation était subordonnée, pas plus que son potentiel effet rétroactif, et, enfin, que la décision d'exonération du Conseil d'Etat ne contenait aucune précision à ce sujet non plus. Le Tribunal cantonal en a déduit qu'il n'existait aucune réglementation spécifique autorisant l'autorité de taxation vaudoise à revenir sur une décision de taxation entrée en force après presque vingt ans. La révocation de l'exonération fiscale de A.________ Sàrl devait dès lors suivre le régime et les conditions du rappel d'impôt prévus à
l'art. 53
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
LHID et, en particulier, respecter le délai de prescription décennal applicable à ce genre de procédure, conformément à ce que le Tribunal fédéral avait retenu dans son arrêt 2C 382/2016. En l'occurrence, comme la décision de révocation communiquée le 18 décembre 2019 à A.________ Sàrl représentait, selon les juges précédents, le premier acte assimilable à l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt, il fallait considérer que le droit de récupérer les impôts initialement exonérés auprès de l'entreprise pouvait uniquement porter sur les périodes fiscales 2010 à 2014, et qu'il était prescrit pour les périodes fiscales 2005 à 2009 (étant précisé que l'exercice commercial de la société s'étendait à cette époque du 1er septembre au 31 août).

4.3. Comme cela a été exposé, les cantons sont libres, dans les limites posées par le droit fédéral, de faire usage du droit que leur accorde l'art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID d'octroyer des allégements fiscaux provisoires à certains sujets fiscaux. Ils disposent par ailleurs d'une certaine autonomie dans l'aménagement desdits allégements et de leurs modalités de révocation (cf. supra consid. 3.2). Il incombe dès lors à la Cour de céans d'examiner librement si l'arrêt attaqué procède d'une application correcte du droit fédéral et, en particulier, des art. 23
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
et 53
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
LHID. Elle ne peut en revanche revoir que sous l'angle de l'arbitraire si la solution adoptée par le Tribunal cantonal est conforme au droit cantonal (cf. supra consid. 2.1; aussi arrêt 2C 382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 2.2).

4.4. Pour rappel, une décision n'est arbitraire (art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst.) que lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité précédente semble concevable, voire préférable. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (ATF 140 I 201 consid. 6.1).

4.5. Ainsi qu'on l'a vu, les allégements fiscaux au sens des art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID et 91 LI/VD font l'objet d'un contrat de droit administratif entre le contribuable bénéficiaire et le canton concerné, lequel est appelé à en régler les conditions de validité et les modalités de révocation (cf. supra consid. 3.3 et 3.4). Or, le Tribunal cantonal a constaté dans l'arrêt attaqué - d'une manière qui lie la Cour de céans (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF) - que l'allégement fiscal de dix ans accordé par le Conseil d'Etat vaudois à A.________ Sàrl le 12 mai 2004 avait été assorti de la condition "claire et prévisible" du maintien du siège de l'entreprise dans le canton de Vaud pendant au moins dix ans après la fin dudit allégement en 2014. Il a en outre été établi que l'accord passé par la société stipulait expressément le devoir d'informer l'administration cantonale de toute modification importante du projet d'implantation à la base de l'exonération, ceci en vue du réexamen possible de l'allégement fiscal octroyé. Les juges cantonaux ont admis que cette clause, mise en relation avec les conditions posées à l'octroi du privilège fiscal, devait être comprise comme une clause de " claw back " - soit une clause de récupération ou de remboursement -
qui, dans son principe, autorisait le Conseil d'Etat à revenir sur l'avantage concédé. Ils ont du reste relevé que la société s'était vu rappeler ce droit de récupération de l'impôt en 2016 et en 2018, après avoir informé le canton de l'évolution de ses activités à son siège de Morges. Le Tribunal cantonal a de cette manière établi - sans que l'intimée ne lui reproche d'être tombé dans l'arbitraire sur ce point - que le Canton de Vaud et la société A.________ Sàrl s'étaient mis d'accord sur le fait qu'un départ de l'entreprise du canton dans les dix ans suivant la fin de l'exonération pouvait justifier une révocation de l'entier du privilège fiscal octroyé à l'entreprise entre 2005 et 2014. Un tel accord correspond du reste à ce que prévoit la directive cantonale réglant l'exonération temporaires des entreprises par l'Etat de Vaud selon laquelle "[l]e non-respect de tout ou partie des conditions de subordination à l'exonération temporaire entraîne un retrait de tout ou partie de l'allégement" (cf. Circulaire de l'Administration cantonale des impôts de juin 2012 relative à l'exonération temporaire des entreprises, ch. 3.5.3). Il s'ensuit qu'en application des termes clairs du contrat de droit administratif régissant l'allégement
fiscal octroyé, dont rien n'indique qu'ils ne correspondraient pas à la volonté réelle et commune des parties, le Conseil d'Etat jouissait assurément de la faculté de récupérer la totalité des impôts non payés par A.________ Sàrl pendant dix ans dans le canton, après que la société avait quitté son siège de Morges et y avait cessé toutes activités début 2020 en violation de son engagement.

4.6. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal s'est essentiellement référé à l'arrêt 2C 382/2016 du Tribunal fédéral pour justifier sa décision de s'écarter de l'accord susmentionné et de limiter les effets de la révocation litigieuse aux seules années 2010 à 2014, ce en application des règles sur le rappel d'impôt fixées à l'art. 53
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
LHID. Il s'est cependant mépris quant à la portée de cet arrêt. S'il a certes admis que les faits qui en étaient à la base n'étaient "pas identiques" à ceux de la présente cause, il a perdu de vue que les deux litiges différaient en réalité fondamentalement l'un de l'autre. Dans l'arrêt 2C 382/2016, le Tribunal fédéral était appelé à se prononcer sur la révocation d'une exonération fiscale aux conditions imprécises. L'arrangement prévoyait uniquement que l'entreprise bénéficiaire devait avoir un caractère permanent dans le canton, sans fixer aucune limite temporelle à cette obligation. Il fallait donc se demander pendant combien de temps une révocation rétroactive était encore possible après la fin de l'exonération (cf. supra consid. 3.5). C'est seulement dans une telle hypothèse - soit face à des conditions d'exonération fiscale foncièrement imprécises - que la Cour de céans a préconisé une application
analogique des règles sur le rappel d'impôt prévues à l'art. 53
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
LHID. En l'espèce, ainsi que le reconnaît le Tribunal cantonal lui-même, l'arrangement à la base de l'allégement fiscal de A.________ Sàrl est limpide et sans équivoque: il subordonne l'exonération de la société au fait que celle-ci maintienne son siège ainsi que son activité dans le canton au moins pendant dix ans après la fin de son allégement fiscal. Il ne se justifie donc nullement d'appliquer par analogie les règles sur le rappel d'impôt au cas d'espèce à l'instar de l'arrêt 2C 382/2016.

4.7. Lorsque la convention à la base d'un allégement fiscal assortit l'obligation de domiciliation et de maintien d'activités dans le canton après la période d'exonération à des limites temporelles claires, celles-ci sont en principe seules déterminantes, sous réserve d'éventuelles dispositions de droit cantonal traitant également de ces questions et n'existant pas en l'espèce. Elles règlent exhaustivement le point de savoir s'il est encore possible de révoquer rétroactivement l'allégement fiscal qu'elles conditionnent et, partant, de récupérer l'ensemble des impôts impayés en raison de ce privilège. Il ne reste alors aucune place pour une application des règles sur le rappel d'impôt, auxquelles ni le droit cantonal ni l'arrangement fiscal concerné ne renvoient. Il convient au contraire d'éviter de vider de leur portée les conditions explicites et prévisibles qui sont généralement posées lors de l'octroi d'allégements fiscaux, ce afin de réduire de manière légitime le risque de "shopping d'avantages fiscaux" et de favoriser l'implantation durable de nouvelles entreprises sur le territoire cantonal (cf. arrêt 2C 910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2). Il importe peu qu'un canton puisse le cas échéant réclamer le paiement d'impôts
impayés au-delà de la limite fixée par l'art. 53
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
LHID. Il ne procède en effet pas à un rappel d'impôt au sens de cette disposition: une telle procédure supposerait la découverte d'un fait antérieur à la taxation, ce que ne constitue pas la révocation d'une exonération fiscale plusieurs années après son terme. Le canton se borne en réalité à prélever les impôts qu'aurait dû payer initialement l'entreprise concernée, comme tout contribuable, si elle n'avait pas profité d'un privilège fiscal certes prévu par le législateur (art. 23 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 23 Ausnahmen - 1 Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
1    Von der Steuerpflicht sind nur befreit:
a  der Bund und seine Anstalten nach Massgabe des Bundesrechtes;
b  der Kanton und seine Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
c  die Gemeinden, die Kirchgemeinden und die anderen Gebietskörperschaften des Kantons und ihre Anstalten nach Massgabe des kantonalen Rechts;
d  die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen;
e  die inländischen Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, insbesondere Arbeitslosen-, Krankenversicherungs-, Alters-, Invaliden- und Hinterlassenenversicherungskassen, mit Ausnahme der konzessionierten Versicherungsgesellschaften;
f  die juristischen Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind. Unternehmerische Zwecke sind grundsätzlich nicht gemeinnützig. Der Erwerb und die Verwaltung von wesentlichen Kapitalbeteiligungen an Unternehmen gelten als gemeinnützig, wenn das Interesse an der Unternehmenserhaltung dem gemeinnützigen Zweck untergeordnet ist und keine geschäftsleitenden Tätigkeiten ausgeübt werden;
g  die juristischen Personen, die kantonal oder gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind;
h  die ausländischen Staaten für ihre inländischen, ausschliesslich dem unmittelbaren Gebrauch der diplomatischen und konsularischen Vertretungen bestimmten Liegenschaften sowie die von der Steuerpflicht befreiten institutionellen Begünstigten nach Artikel 2 Absatz 1 des Gaststaatgesetzes vom 22. Juni 2007103 für die Liegenschaften, die Eigentum der institutionellen Begünstigten sind und die von deren Dienststellen benützt werden;
i  die kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz, sofern deren Anleger ausschliesslich steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach Buchstabe d oder steuerbefreite inländische Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen nach Buchstabe e sind;
j  die vom Bund konzessionierten Verkehrs- und Infrastrukturunternehmen, die für diese Tätigkeit Abgeltungen erhalten oder aufgrund ihrer Konzession einen ganzjährigen Betrieb von nationaler Bedeutung aufrecht erhalten müssen; die Steuerbefreiung erstreckt sich auch auf Gewinne aus der konzessionierten Tätigkeit, die frei verfügbar sind; von der Steuerbefreiung ausgenommen sind jedoch Nebenbetriebe und Liegenschaften, die keine notwendige Beziehung zur konzessionierten Tätigkeit haben.
2    ...106
3    Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
4    Die in Absatz 1 Buchstaben d-g und i genannten juristischen Personen unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer. Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.107
LHID et 91 LI/VD), mais dérogeant néanmoins au système légal général et à l'égalité de traitement (art. 127
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
al 2 Cst.) et s'avérant en fin de compte totalement injustifié.

4.8. En définitive, se méprenant sur la portée de la jurisprudence fédérale, le Tribunal cantonal s'est écarté de manière insoutenable des termes de la convention d'allégement fiscal passée entre l'Etat de Vaud et A.________ Sàrl, laquelle autorisait clairement le Conseil d'Etat vaudois à récupérer la totalité des impôts non payés par la société entre 2005 et 2014 dans l'hypothèse où celle-ci ne conserverait pas son siège et ses activités dans le canton jusqu'en 2024. Il n'existe en l'occurrence aucune raison de soumettre l'exercice de cette prérogative aux règles sur le rappel d'impôt. En considérant en application de ces règles que l'Etat de Vaud ne pouvait plus réclamer les impôts dus par A.________ Sàrl pour les années 2005 à 2009, l'arrêt aboutit par ailleurs à un résultat qui heurte de manière choquante le sentiment de justice, puisqu'il permet à une société de continuer à profiter d'avantages fiscaux substantiels - non accessibles aux autres entreprises imposées par le canton - après avoir pourtant violé sciemment l'accord qui les justifiaient.

4.9. L'arrêt attaqué s'avère ainsi arbitraire en tant qu'il retient que l'Etat de Vaud ne peut réclamer à l'intimée le paiement de l'entier des impôts dont la société A.________ Sàrl a été exonérée dans le canton entre 2005 et 2014.

5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et, partant, à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il convient de rétablir la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 révoquant la totalité de l'allégement fiscal octroyé à A.________ Sàrl entre 2005 et 2014 et décidant de percevoir l'entier des impôts cantonaux et communaux économisés par la société durant les années concernées.

6.

6.1. En ce qui concerne la cause 2C 245/2012, les frais judiciaires seront mis à la charge de l'intimée, qui succombe (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
et 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).
La cause sera renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure (art. 67
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen.
et 68 al. 5
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF a contrario).

6.2. S'agissant de la cause 2C 141/2020, le recours est sans objet (cf. supra consid. 1.2). Dans un tel cas, le Tribunal fédéral, en application de l'art. 72
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 72 - Wird ein Rechtsstreit gegenstandslos oder fällt er mangels rechtlichen Interesses dahin, so erklärt ihn das Gericht nach Vernehmlassung der Parteien ohne weitere Parteiverhandlung als erledigt und entscheidet mit summarischer Begründung über die Prozesskosten auf Grund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes.
PCF par renvoi de l'art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
LTF, statue alors par une décision sommairement motivée en tenant compte de l'état de choses existant avant le fait qui met fin au litige. Il se fonde en premier lieu sur l'issue probable qu'aurait eue la procédure s'il parvient à l'établir (cf. arrêt 4A 287/2019 du 6 janvier 2020 consid. 6). En l'occurrence, le recours a été déposé alors qu'une voie de droit cantonale était ouverte et aurait ainsi été déclaré irrecevable (cf. consid. 1.2 in fine). Par conséquent, comme dans la procédure 2C 245/2021, la société B.________ AG supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF) et il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 141/2020 et 2C 245/2021 sont jointes.

2.
Le recours 2C 141/2020, sans objet, est rayé du rôle.

3.
Le recours 2C 245/2021 est admis.

4.
L'arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du 12 février 2021 est annulé et la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 rétablie en ce sens que l'allégement fiscal octroyé à A.________ Sàrl entre 2005 et 2014 est entièrement révoqué et que l'Administration cantonale des impôts peut percevoir auprès de l'intimée l'ensemble des impôts cantonaux et communaux économisés par la société durant les années en question.

5.
La cause 2C 245/2021 est renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure menée devant lui.

6.
Les frais judiciaires des deux causes, arrêtés à 50'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.

7.
Il n'est pas alloué de dépens.

8.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de l'intimée, au Conseil d'Etat du Canton de Vaud, à l'Administration cantonale des impôts du Canton de Vaud, au Tribunal cantonal du C anton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 3 décembre 2021

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

Le Greffier : Jeannerat