Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C 243/2011

Urteil vom 1. Mai 2013

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Seiler,
Bundesrichterin Aubry Girardin,
Bundesrichter Donzallaz, Stadelmann,
Gerichtsschreiber Wyssmann.

Verfahrensbeteiligte
1. A.X.________,
2. Erbengemeinschaft der B.X.________, bestehend aus:

- A.X.________,
- C.X.________,
- D.X.________,
- E.X.________,
alle vertreten durch Rechtsanwalt Dr. Johannes Säuberli,
Beschwerdeführer,

gegen

Steueramt des Kantons Aargau, Rechtsdienst,
Telli-Hochhaus, 5004 Aarau,
Kantonales Steueramt Zürich, Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich Amtsstellen Kt ZH,
Stadt F.________, Kommission für Grundsteuern,
Stadt G._________, Kommission für Grundsteuern,
Stadt H.________, Kommission für die Grundsteuern,
Gemeinde I.________, Gemeinderat,
Stadt J.________, Ausschuss für Grundsteuern,
Gemeinde K.________, Ausschuss für Grundsteuern.

Gegenstand
Kantons- und Gemeindesteuern sowie Grundstückgewinnsteuern 2003 (Doppelbesteuerung),

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau, 2. Kammer, vom 2. Februar 2011 und
folgende Entscheide:

- Einschätzungsvorschlag für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 16.3.2007
- Veranlagungsentscheid vom 19.1.2004 der Kommission für Grundsteuern der Stadt F.________
- Veranlagungsentscheid vom 23.6.2004 der Kommission für Grundsteuern der Stadt G.________
- Veranlagungsbeschluss vom 17.2.2004 der Kommission für die Grundsteuern der Stadt H.________
- Veranlagungsentscheid vom 8.12.2003 des Gemeinderates I.________
- Veranlagungsentscheid vom 27.10.2004 des Ausschusses für Grundsteuern der Stadt J.________
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/018)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/019)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/020)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/089)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/134)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/219)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/021)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2001/095)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2004/031)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2004/030)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/026)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/027)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/224)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/015)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2001/283)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/012)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/106)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/115)
- Veranlagungsentscheid (undatiert) des
Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/107)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/113)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/178)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/114)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/162)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/221)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/129)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/168)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/015)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/057)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/014)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2002/228)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/026)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/033)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/106)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/120)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/122)
- Veranlagungsentscheid vom 16.4.2007 des Ausschusses für Grundsteuern der Gemeinde K.________ (GR-Nummer 2003/098)

Sachverhalt:

A.

A.X.________ mit Wohnsitz in L.________, Kanton Zürich, ist als Liegenschaftenhändler in mehreren Kantonen tätig. Im Jahr 2003 erzielte er aus der Veräusserung von Liegenschaften im Kanton Zürich Grundstückgewinne, die er in seiner Buchhaltung mit Fr. 13'954'640 auswies. Die Gewinne wurden durch die zuständigen kommunalen Grundsteuerkommissionen mit der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer erfasst. Die entsprechenden Veranlagungsverfügungen ergingen in den Jahren 2003-2007 und sind rechtskräftig. Im Jahr 2003 veräusserte A.X.________ zudem seinen Anteil von einem Drittel an einer Überbauung in M.________, Kanton Aargau, für Fr. 51'474'056 an seine Mitgesellschafter.

Mit Taxationsprotokoll des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 30. April 2007 wurden A.X.________ und B.X.________ für die zürcherischen Staats- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 496'300 (zum Satz von Fr. 5'378'200) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 41'439'000 (zum Satz von Fr. 49'028'000) eingeschätzt. In der interkantonalen Steuerausscheidung anerkannte das Kantonale Steueramt von den geltend gemachten Vorjahresverlusten von insgesamt Fr. 4'099'151 (100 %) einen Anteil von Fr. 740'723 (18.07 %) zu Lasten des Hauptsteuerdomizils L.________, den überwiegenden Verlustanteil von Fr. 3'197'599 (78.01 %) wies es dem Kanton Aargau zu. Diese Verlustausscheidung beruht auf einer quotalen Ausscheidung entsprechend den Netto-Liegenschaftserträgen, wobei die Zürcher Grundstückgewinne unberücksichtigt blieben. Die Veranlagung wurde den Steuerpflichtigen mit Schlussrechnung und Einschätzungsmitteilung des Gemeindesteueramtes L.________ vom 31. Mai 2007 eröffnet.

B.

Am 2. Oktober 2008 erfolgte die Veranlagung für die aargauischen Kantons- und Gemeindesteuern 2003 durch die Steuerkommission M.________ (AG) mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 7'166'700 (zum Satz von Fr. 18'293'000) und mit einem steuerbaren Vermögen von Fr. 22'187'000 (zum Satz von Fr. 48'170'000). Darin enthalten ist der Erlös aus der Veräusserung der Beteiligung an der Überbauung in M.________. Von den im Kanton Zürich geltend gemachten Vorjahresverlusten von insgesamt Fr. 3'998'900 (100 %) übernahm die Veranlagungsbehörde einen Betrag von Fr. 1'566'823 (39.18%), entsprechend der Quote der Gemeinde M.________ am gesamten Reineinkommen.

Eine Einsprache gegen diese Veranlagung blieb ohne Erfolg. Eine weitergehende Übernahme der Vorjahresverluste lehnte die Einsprachebehörde ab (Einspracheentscheid vom 7. April 2009). Das in der Folge angerufene Steuerrekursgericht des Kantons Aargau wies in diesem Punkt den Rekurs ab (Rekursentscheid vom 24. Juni 2010).
Mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragten die Steuerpflichtigen (A.X.________ und die Erbengemeinschaft der inzwischen verstorbenen B.X.________), das steuerbare Einkommen sei auf Fr. 4'443'821 (zum Satz von Fr. 4'877'545) herabzusetzen. Sie beanstandeten u.a., dass der Kanton Aargau die im Kanton Zürich angefallenen Grundstückgewinne für die Satzbestimmung vollumfänglich berücksichtigt und den im Kanton Zürich verbleibenden Vorjahresverlust nur quotal übernommen habe. Eine Doppelbesteuerung könne zurzeit nur so vermieden werden, dass der Kanton Aargau auf die Einbeziehung der Zürcher Grundstückgewinne für die Satzbestimmung verzichte und zudem alle noch nicht verrechneten Verluste übernehme.

Mit Urteil vom 2. Februar 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde ab.

C.

Mit Eingabe vom 17. März 2011 führen die Steuerpflichtigen beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wegen Verletzung des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung gegen die Kantone Zürich und Aargau sowie gegen die Zürcher Gemeinden mit Grundstückgewinnen im Jahr 2003. Sie stellen folgende Anträge (nicht wörtlich) :

1. a) Der Einschätzungsvorschlag des Kantonalen Steueramtes Zürich für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 vom 16. März 2007 sowie die eingangs rubrizierten Grundstückgewinnsteuerveranlagungen der zürcherischen Gemeinwesen F.________, G.________, H.________, I.________, J.________ und K.________ seien aufzuheben.

b) Der Kanton Zürich und die Gemeinde L.________ (ZH) seien zu verpflichten, Schuldzinsen von insgesamt Fr. 3'503'324 quotenmässig (proportional nach Lage der Aktiven) zu übernehmen.

c) Die Gemeinden F.________ (ZH), G.________ (ZH), H.________ (ZH), I.________ (ZH), J.________ (ZH) und K.________ (ZH) seien zu verpflichten, AHV-Beiträge von Fr. 2'200'005 und (Vorjahres-) Verluste in der Höhe von Fr. 4'099'151 anteilmässig zu übernehmen.

d) Die Gemeinden L.________ (ZH), F.________ (ZH), G.________ (ZH), H.________ (ZH), I.________ (ZH), J.________ (ZH) und K.________ (ZH) seien zu verpflichten die zu viel bezahlten Vermögens-, Einkommens- und Grundstückgewinnsteuern zu erstatten.

2. Eventualiter sei

a) das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 2. Februar 2011 aufzuheben;

b) die Steuerkommission M.________ (AG) zu verpflichten, AHV-Beiträge von Fr. 2'200'005 und Vorjahresverluste von Fr. 3'998'900 anteilmässig ohne Berücksichtigung von Zürcher Grundstückgewinnen von Fr. 13'415'494 zu übernehmen und

c) die Gemeinde M.________ (AG) zu verpflichten, die zu viel bezahlten Einkommens- und Vermögenssteuern zu erstatten.

Auf den Einbezug der Kantone Graubünden, Bern und Waadt mit Spezialsteuerdomizil der Liegenschaft sowie der Liegenschaft in der aargauischen Gemeinde N.________ in die Doppelbesteuerungsbeschwerde verzichteten die Beschwerdeführer, da diese Steuerdomizile nur marginal betroffen seien. Die Beschwerdeführer berufen sich auf Art. 127
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV (interkantonale Doppelbesteuerung) und Art. 8
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 8 Égalité - 1 Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
1    Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
2    Nul ne doit subir de discrimination du fait notamment de son origine, de sa race, de son sexe, de son âge, de sa langue, de sa situation sociale, de son mode de vie, de ses convictions religieuses, philosophiques ou politiques ni du fait d'une déficience corporelle, mentale ou psychique.
3    L'homme et la femme sont égaux en droit. La loi pourvoit à l'égalité de droit et de fait, en particulier dans les domaines de la famille, de la formation et du travail. L'homme et la femme ont droit à un salaire égal pour un travail de valeur égale.
4    La loi prévoit des mesures en vue d'éliminer les inégalités qui frappent les personnes handicapées.
BV (Rechtsgleichheit).

D.

Das Steueramt des Kantons Aargau, das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichteten auf eine Vernehmlassung. Die Kommissionen (Ausschüsse) für Grundsteuern der Städte F.________ (ZH), G.________ (ZH), H.________ (ZH) und der Gemeinde K.________ (ZH) sowie der Gemeinderat I.________ (ZH) beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vernehmlassung der Stadt J.________ (ZH) ist verspätet.

Mit Eingabe vom 14. September 2011 erstatteten die Beschwerdeführer Bemerkungen zu den eingegangenen Vernehmlassungen.

Erwägungen:

1.

1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 29 Examen - 1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
1    Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
2    En cas de doute quant à sa propre compétence, il procède à un échange de vues avec l'autorité dont la compétence lui paraît entrer en ligne de compte.
BGG) und mit freier Kognition (BGE 138 III 471 E. 1 S. 475; 137 III 417 E. 1 S. 417).

1.2. Angefochten ist ein letztinstanzlicher (End-) Entscheid einer oberen kantonalen Gerichtsbehörde in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, Art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
, Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
und Art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
BGG). Die allgemeinen Sachverhaltsvoraussetzungen geben unter Vorbehalt des Nachfolgenden zu keinen Bemerkungen Anlass.

1.3. Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
Satz 1 BV untersagt die interkantonale Doppelbesteuerung. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts (BGE 138 I 297 E. 3.1 S. 300 f.; 137 I 145 E. 2.2 S. 147; 134 I 303 E. 2.1) liegt eine interkantonale Doppelbesteuerung vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht in vollem Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot).

1.4. Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann (Art. 100 Abs. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG). Es kann daher auch eine bereits ergangene rechtskräftige Veranlagung eines konkurrierenden Kantons in die Beschwerde wegen interkantonaler Doppelbesteuerung einbezogen werden.

Während das Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) mit den seitherigen Änderungen noch eine Ausnahme vom Erfordernis der Erschöpfung des kantonalen Instanzenzuges bei Beschwerden auf dem Gebiet der interkantonalen Doppelbesteuerung vorsah (Art. 86 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
OG), lässt das BGG keine derartige Ausnahme mehr zu (BGE 133 I 300 E. 2.3 S. 305 f., 308 E. 2.3 S. 312; Urteil 2C 708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.3, zur amtlichen Publikation bestimmt). Immerhin ist der mehrfach Besteuerte - entgegen dem in dieser Hinsicht nicht ganz klaren Wortlaut des Art. 100 Abs. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG - nicht verpflichtet, in jedem Kanton den Instanzenzug zu durchlaufen. Es genügt, wenn er das in demjenigen Kanton tut, dessen Entscheid er schliesslich beim Bundesgericht anfechten will (vgl. Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001, BBl 2001 S. 4326 ad Art. 80 Abs. 2 E
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 80 Autorités précédentes - 1 Le recours est recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance ou par la Cour des plaintes et la Cour d'appel du Tribunal pénal fédéral.49
1    Le recours est recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance ou par la Cour des plaintes et la Cour d'appel du Tribunal pénal fédéral.49
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs comme autorités cantonales de dernière instance. Ces tribunaux statuent sur recours. Sont exceptés les cas dans lesquels le code de procédure pénale du 5 octobre 2007 (CPP)50 prévoit un tribunal des mesures de contrainte ou un autre tribunal comme instance cantonale unique.51
-BGG; BGE 133 I 300 E. 2.4 S. 306 f., 308 E. 2.4 S. 313). Nach wie vor ist es auch möglich, eine unzulässige interkantonale Doppelbesteuerung sofort geltend zu machen, ohne dass bereits ein zweiter Kanton entschieden hat (virtuelle Doppelbesteuerung). Art. 100 Abs. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG, der bestimmt, dass die Beschwerdefrist spätestens ( au
plus tard ) zu laufen beginnt, wenn in beiden Kantonen Verfügungen getroffen worden sind, bringt das besser zum Ausdruck als der frühere Art. 89 Abs. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
OG, wonach bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte die Frist erst ( seulement après ) zu laufen begann, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden waren (BGE 133 I 308 E. 2.3 i.f. S. 312).

Es folgt daraus, dass die Beschwerdeführer im Anschluss an den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau mit Beschwerde wegen interkantonaler Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV) grundsätzlich auch die bereits rechtskräftige Veranlagung des Kantons Zürich für die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 sowie die zürcherischen Grundstückgewinnsteuerveranlagungen mit einbeziehen konnten.

1.5. Die Beschwerdeführer bringen vor, sie hätten aufgrund der durch die Veranlagung im Kanton Aargau verursachten Aktualisierung der Doppelbesteuerung allenfalls auch revisionsweise die Aufhebung der Veranlagungen im Kanton Zürich beantragen können.

Es trifft zu, dass einige Kantone in ihren steuerrechtlichen Bestimmungen für den Fall der Doppelbesteuerung ausdrücklich eine Revision vorsehen (so beispielsweise Art. 189 Abs. 1 lit. d StG/AR, § 168 Abs. 1 lit. d StG/LU, Art. 197 Abs. 1 lit. d StG/SG, § 165 Abs. 1 lit. e StG/SO und Art. 232 Abs.1 lit. d StG/TI; vgl. Hugo Casanova, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, § 45 N. 10 S. 522; Klaus A. Vallender: in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/1, N. 23 zu Art. 51
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 51 Révision - 1 Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
1    Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
a  lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts;
b  lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître, ou qu'elle a violé de quelque autre manière une règle essentielle de procédure;
c  lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la décision ou le prononcé.
2    La révision est exclue lorsque le requérant invoque des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être exigée de lui.
3    La demande de révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les dix ans qui suivent la notification de la décision ou du prononcé.
4    La révision d'une décision ou d'un prononcé est de la compétence de l'autorité qui a rendu cette décision ou ce prononcé.
StHG). In Rechtsprechung und Literatur wird postuliert, dass im Falle einer - sich nachträglich ergebenden aktuellen - Doppelbesteuerung ein solcher Revisionsanspruch auch ohne einen entsprechenden expliziten Revisionsgrund im Steuergesetz, gestützt auf Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV, besteht (in diesem Sinne die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich, in: StE 2010 B 97.11 Nr. 25 E. 3a/bb und 3b, mit Hinweis auf Peter Locher, Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wegen Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots von Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV, in: ASA 77 S. 502 f.; ebenso Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl. 2009, S. 141; s. auch Daniel de Vries Reilingh, Steiniger Weg ans Bundesgericht
in Doppelbesteuerungssachen, in: Entwicklungen im Steuerrecht 2009, 2009, S. 252, der von Wiedererwägung spricht). Es wird dazu ausgeführt, dieses Rechtsmittel sei am besten geeignet, wenn ein Steuerpflichtiger die Veranlagung im zweitveranlagenden Kanton akzeptieren wolle und lediglich diejenige im erstveranlagenden Kanton als unrichtig erachte (vgl. Locher, Interkantonales Steuerrecht, a.a.O., S. 140 f. mit Nachweisen; Casanova, a.a.O., § 45 N. 10 f. S. 522).

Wie es sich damit verhält, kann aber offenbleiben. Die Frage stellt sich nicht, nachdem die Beschwerdeführer den kantonal instanzabschliessenden Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau beim Bundesgericht mit Doppelbesteuerungsbeschwerde angefochten und in diese Beschwerde auch die Veranlagungen des Kantons Zürich mit einbezogen haben.

1.6. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
BGG). Unter diesen Voraussetzungen kann das Bundesgericht nach Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung auch von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen (BGE 137 V 57 E. 1.3).
Gemäss Art. 99 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz

dazu Anlass gibt. Neue Begehren sind unzulässig (Art. 99 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG).

1.7. Diese Bindung an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
, Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG) und das Novenverbot (Art. 99 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG) gelten auch für Beschwerden in Sachen der interkantonalen Doppelbesteuerung. Wie erwähnt (vgl. E. 1.4) schreibt das Bundesgerichtsgesetz auf dem Gebiet der interkantonalen Doppelbesteuerung neuerdings vor, dass der kantonale Instanzenzug zumindest in einem Kanton durchlaufen werden muss (Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
BGG). Dieses Erfordernis hätte keinen Sinn, wenn der Beschwerdeführer alle seine Behauptungen und Beweismittel auch noch im bundesgerichtlichen Verfahren vorbringen könnte (vgl. zum Ganzen Urteil 2C 514/2008 vom 8. September 2009 E. 3.1, in: StR 65/2010 S. 138; Locher/Locher, Die Praxis der Bundessteuern, Interkantonale Doppelbesteuerung, § 12, IV B, 3 Nr. 3; a.M. de Vries Reilingh, a.a.O., S. 251; kritisch zum Novenverbot auch Stählin/König, Doppelbesteuerungsbeschwerden unter dem neuen Verfahrensrecht: Klarstellung des Bundesgerichts, in: ST 2009 S. 375 f.). Anders verhält es sich nur dann, wenn der Kanton, dessen Veranlagung bereits rechtskräftig ist und für den die Bindungswirkung nicht gilt, diese Feststellungen bestreitet. Nur in diesem Fall kommt das Bundesgericht nicht
umhin, den Sachverhalt frei zu prüfen, und ist auch das Novenverbot zu relativieren. Zu denken ist vor allem an den Fall, dass der andere Kanton den Sachverhalt bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, zu denen sich der Beschwerdeführer noch nicht äussern konnte (BGE 133 I 300 E. 2.3 S. 306; Urteile 2C 514/2008 vom 8. September 2009 E. 3.1, in: StR 65/2010 S. 138; LOCHER/LOCHER, a.a.O., § 12, IV A, 2 Nr. 8; 2C 230/2008 vom 27. August 2008 E. 1.3, in: StR 64/2009 S. 302).

Konsequenz des dargestellten Novenverbots ist, dass die Vorinstanz bei Geltendmachung einer interkantonalen Doppelbesteuerung die Vorbringen des Beschwerdeführers zu prüfen hat, auch wenn dieser die Veranlagung des Kantons, in dem er das Verfahren führt, als richtig und die Veranlagung eines anderen Kantons als unzutreffend erachtet. Sie hat somit im Rahmen der Überprüfung der Veranlagung des eigenen Kantons den massgebenden Sachverhalt festzustellen und die erforderliche rechtliche Würdigung vorzunehmen. Sie kann sich insbesondere nicht auf die Feststellung beschränken, mangels Beschwer im eigenen Kanton fehle es dem Beschwerdeführer an einem Rechtsschutzinteresse (zur Problematik bei Nichteintretensentscheiden in Doppelbsteuerungsfragen, s. auch Urteil 2C 702/2008 vom 15. Mai 2009 E. 4 mit Hinweisen, in: StE 2010 A 24.5 Nr. 6, StR 64/2009 S. 816; Locher/Locher, a.a.O., § 12, IV A, 2 Nr. 8; Meier/ Clavadetscher, Prozessuale Klippen bei der Durchsetzung des interkantonalen Doppelbesteuerungsverbots, in: IFF Forum für Steuerrecht 2007, S. 140; Madeleine Simonek, Unternehmenssteuerrecht, Entwicklungen 2007, 2008, S. 121; de Vries Reilingh, a.a.O., S. 252). Das folgt aus dem in Art. 111 Abs. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 111 Unité de la procédure - 1 La qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral.
1    La qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral.
2    Si une autorité fédérale a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, elle peut recourir devant les autorités cantonales précédentes ou, pour autant qu'elle le demande, participer à la procédure devant celles-ci.
3    L'autorité qui précède immédiatement le Tribunal fédéral doit pouvoir examiner au moins les griefs visés aux art. 95 à 98. ...103
BGG enthaltenen Grundsatz, dass die
kantonale Rechtsmittelbehörde die Rechtsmittelbefugnis nicht enger fassen darf, als dies für die Beschwerde an das Bundesgericht vorgesehen ist (BGE 138 II 162 E. 2.1.1.; 136 II 281 E. 2.1; 135 II 145 E. 5), in Verbindung mit der sich aus Art. 100 Abs. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG ergebenden Befugnis des Steuerpflichtigen, im Rahmen einer Doppelbesteuerungsbeschwerde an das Bundesgericht auch die bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons mit anzufechten.

2.

2.1. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig. Diese erfüllt die formellen Anforderungen und ist rechtzeitig (Art. 82 ff
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
., 86 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
lit. d und Abs. 2, Art. 100 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG; Art. 73
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführer sind durch den angefochtenen Entscheid im Sinne von Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
BGG betroffen und zur Beschwerde legitimiert.

2.2. Mit der Beschwerde kann namentlich gerügt werden, das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV) sei verletzt. Der Eventualantrag 2b, der Kanton Aargau sei zu verpflichten, Vorjahresverluste von Fr. 3'998'900 anteilmässig zu übernehmen, ist zulässig. Auf die Beschwerde ist insoweit (teilweise) einzutreten.

Nicht einzutreten ist auf den Eventualantrag Ziff. 2b, soweit verlangt wird, es sei der Kanton Aargau zu verpflichten, AHV-Beiträge von Fr. 2'200'005 zu übernehmen. Die interkantonale Verlegung der AHV-Beiträge war beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau nicht angefochten. Es handelt sich um eine neues Rechtsbegehren, was auch im Rahmen einer Doppelbesteuerungsbeschwerde unzulässig ist (Art. 99 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG).

3.

3.1. In die Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau kann auch die bereits rechtskräftige Veranlagung betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 des Kantons Zürich einbezogen werden (Art. 100 Abs. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG).

Der Einwand des Kantonalen Steueramtes Zürich, es fehle an einem tauglichen Anfechtungsobjekt, ist unbehelflich: Mit der Beschwerde wegen Doppelbesteuerung kann jeder Hoheitsakt angefochten werden, mit dem ein Kanton die Steuerhoheit für sich in Anspruch nimmt, also auch ein blosser Einschätzungsvorschlag (Locher/Locher, a.a.O., § 12, III A, 2 Nr. 8 und 24). Irrelevant ist daher, ob ein Einschätzungsvorschlag, eine Veranlagungsverfügung oder ein Rechtsmittelentscheid vorliegt. Wenn das Bundesgericht im Entscheid 2P.332/2004 vom 5. Januar 2005 (in: Locher/Locher, a.a.O, Nr. 33) ausgeführt hat, der blosse Einschätzungsvorschlag der Zürcher Steuerkommissärin sei nicht anfechtbar, beruht dies offensichtlich auf einem Versehen. Dazu kommt, dass das Gemeindesteueramt L.________ (ZH) den Beschwerdeführern am 31. Mai 2007 ohne weiteren Kommentar die Steuerrechnung und "Einschätzungsmitteilung aufgrund des anerkannten Einschätzungsvorschlags" zugestellt hat, was nach den massgeblichen Verfahrensvorschriften als Eröffnung der Steuereinschätzung gilt; ein separater Einschätzungsentscheid wird in diesem Fall nicht zugestellt (vgl. § 126 Abs. 4 StG/ZH und dazu den Entscheid des Zürcher Verwaltungsgerichts vom 21. März 2001, in: StE 2002 B
95.1 Nr. 7 E. 3b). Mit der Anfechtung des (anerkannten) Einschätzungsvorschlags ist daher die Veranlagung selbst angefochten.

3.2. Nicht zulässig ist allerdings Beschwerdeantrag 1b, wonach der Kanton Zürich Schuldzinsen im Betrag von Fr. 3'503'324 quotenmässig (proportional nach Lage der Aktiven) zu übernehmen habe. Ein Rechtsbegehren um Verlegung der Schuldzinsen war nicht Gegenstand des Verfahrens vor dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Es handelt sich um ein neues Rechtsbegehren (Art. 99 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG), weshalb es auch nicht zum Gegenstand des Doppelbesteuerungsprozesses gegenüber dem Kanton Zürich gemacht werden kann.

Die Besonderheiten des Verfahrens der interkantonalen Doppelbesteuerung verlangen hier keine Ausnahme von dieser Prozessmaxime. Sofern die Beschwerdeführer der sicheren Meinung gewesen sein sollten, es sei der Kanton Zürich doppelbesteuerungsrechtlich zur Übernahme dieser Schuldzinsen verpflichtet, war es ihnen unbenommen, die Zürcher Veranlagung sofort anzufechten. Sie konnten stattdessen auch die Veranlagung des Kantons Aargau abwarten. Sie hätten dann aber im Verfahren im Kanton Aargau die Verlegung der Schuldzinsen rügen müssen, zumal aus der Veranlagung der Steuerkommission M.________ (AG) ersichtlich war, dass durch die Veranlagungen der Kantone Zürich und Aargau nicht alle Schuldzinsen zur Verrechnung gelangten und eine aktuelle Doppelbesteuerung vorliegt. Die Beschwerdeführer werden damit nicht zu einer Pro-forma-Anfechtung ("Scheingefecht") gezwungen, wenn sie prozessual gehalten werden, dem aargauischen Verwaltungsgericht darzulegen, dass durch die im Kanton Aargau nicht berücksichtigten Schuldzinsen eine (aktuelle) Doppelbesteuerung droht. Auf den Beschwerdeantrag 1b ist daher nicht einzutreten.

3.3. Zulässig ist die Doppelbesteuerungsbeschwerde gegenüber dem Kanton Zürich allein hinsichtlich der Übernahme der Vorjahresverluste durch diesen Kanton. Ein ausdrückliches Rechtsbegehren auf Übernahme der Vorjahresverluste wird zwar gegenüber dem Kanton Zürich bzw. der Wohnsitzgemeinde L.________ (ZH) nicht gestellt. Immerhin wird aber mit Blick auf die vorzunehmende Steuerausscheidung im Hauptantrag die Aufhebung der zürcherischen Veranlagung verlangt. Auch geht aus der Beschwerdebegründung (insbesondere S. 18 f. und 20) genügend klar hervor, dass unter Berücksichtigung der zürcherischen Veräusserungsgewinne (Wertzuwachsgewinne) der Kanton Zürich einen grösseren Anteil an den Vorjahresverlusten zu übernehmen hätte. Die Vorjahresverluste waren zudem Gegenstand des Verfahrens im Kanton Aargau, womit keine neuen Tatsachen oder Rechtsbegehren vorliegen. Unter diesem Aspekt ist die Beschwerde wegen Verletzung des interkantonalen Doppelbesteuerungsverbots auch gegenüber dem Kanton Zürich zulässig.

3.4. Das Beschwerderecht zur Anfechtung der zürcherischen Veranlagungen ist auch nicht etwa durch vorbehaltlose Anerkennung des Einschätzungsvorschlags für die Einkommens- und Vermögenssteuerveranlagung 2003 durch die Beschwerdeführer verwirkt, wie das Kantonale Steueramt Zürich geltend macht. Nach der Rechtsprechung, die im Wesentlichen noch unter dem Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) ergangen ist, verwirkt ein Steuerpflichtiger das Recht zur Anfechtung der Veranlagung eines Kantons, wenn er in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines anderen Kantons die Steuerpflicht ausdrücklich oder stillschweigend vorbehaltlos anerkennt. Der Tatbestand setzt aber sichere Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs voraus (BGE 123 I 264 E. 2d S. 267 f. mit Hinweisen; Locher/Locher, a.a.O., § 12, II D, 2). Davon kann vorliegend keine Rede sein; es geht hier nicht um die Kollision von Steueransprüchen verschiedener Kantone, sondern um die interkantonale Verlegung von Verlusten. Diesbezüglich stand die Doppelbesteuerung erst fest, nachdem die aargauische Steuerausscheidung ergangen war.

3.5. In die Doppelbesteuerungsbeschwerde gegen den Kanton Zürich können nach Art. 100 Abs. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG auch die Grundstückgewinnsteuerveranlagungen der Zürcher Gemeinden mit Grundstückgewinnen einbezogen werden (Urteile 2C 689/2010 vom 4. April 2011 E. 1.2 in: ASA 80 S. 361; 2C 375/2010 vom 22. März 2011 E. 6, in: StE 2011 A 24.43.1 Nr. 21, RDAF 2011 II 494). Es kann damit geltend gemacht werden, die Zürcher Grundstückgewinnsteuerveranlagungen würden gegen das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht verstossen.

Vorliegend geht es indessen um eine innerkantonale Angelegenheit. Streitig ist die Übernahme eines Verlustes (Vorjahresverluste) des Hauptsteuerdomizils im Kanton Zürich durch mehrere Spezialsteuerdomizile im gleichen Kanton (Beschwerdeantrag 1c). Unerheblich ist, dass im Rahmen der interkantonalen Steuerausscheidung ein Teil der Vorjahresverluste des Hauptsteuerdomizils auf ausserkantonale Nebensteuerdomizile zu verlegen sind und dass in diesem Rahmen auch die im Kanton Zürich realisierten Grundstückgewinne zu berücksichtigen sind (vgl. dazu E. 4 nachfolgend). Massgebend ist, dass im vorliegenden Kontext lediglich die innerkantonale Verlegung noch verbleibender Verlustvorträge zur Diskussion steht. Der Kanton Zürich erhebt die Grundstückgewinnsteuer nach dem monistischen System auch auf den Grundstückgewinnen aus der Veräusserung von Geschäftsliegenschaften, was nach Art. 12 Abs. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
StHG zulässig ist. Es handelt sich bei der Grundstückgewinnsteuer um eine Spezialeinkommenssteuer, die im Umfang ihres Steuerobjekts an die Stelle der ordentlichen Einkommens- und Gewinnbesteuerung tritt. Die Verrechnung von Geschäftsverlusten mit dem Grundstückgewinn ist dem Wesen der Grundstückgewinnsteuer als Objektsteuer aber grundsätzlich fremd.
Ob der Kanton Zürich im Rahmen der Grundstückgewinnsteuerveranlagungen seiner Gemeinden einer Verlustsituation Rechnung tragen muss und inwieweit, bestimmt daher das kantonale Recht. Das Steuerharmonisierungsgesetz stellt diesbezüglich keine Vorschriften auf. Es verpflichtet den Kanton auch nicht, solche Verluste bei der Grundstückgewinnbesteuerung zu berücksichtigen. Sofern der Kanton solche Verrechnungen zulässt, erfolgt dies aufgrund des ihm im Rahmen der Steuerharmonisierung verbliebenen Spielraums nach kantonalem Recht (vgl. Art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
StHG; Urteile 2C 747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 5.2 f., in: ASA 80 S. 609, StR 67/2012 S. 48, StE 2012 B 44.13.7 Nr. 25; 2C 375/2010 vom 22. März 2011 E. 5, in: StE 2011 A 24.43.1 Nr. 21; 2C 799/2008 vom 9. April 2009 E. 3.3, in: StE 2009 B 44.13.7 Nr. 24 mit Hinweisen). Die Frage kann folglich auch nicht zum Gegenstand der Doppelbesteuerungsbeschwerde gemacht werden.

Das Bundesgericht hat zwar in seiner jüngeren Rechtsprechung in verschiedenen Konstellationen die Kantone mit Liegenschaften verpflichtet, solche Verluste anzurechnen (BGE 131 I 249, 285 E. 4.1 f.; 132 I 220 E. 4; Urteil 2C 689/2010 vom 4. April 2011 E. 3, in: ASA 80 S. 361; s. auch Locher, Interkantonales Steuerrecht, a.a.O., S. 87 ff.; René Matteotti, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 34 Rz. 25 ff. S. 398 f.). Diese Rechtsprechung bezieht sich aber nur auf die Besteuerung im interkantonalen Verhältnis. Es kann daraus nicht geschlossen werden, dass die Verlustverrechnung im monistischen System von Bundesrechts wegen auch innerkantonal zugelassen werden muss (so bereits das Urteil 2C 747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 5.4 für den Kanton Zürich, in: ASA 80 S. 609, StR 67/2012 S. 48, StE 2012 B 44.13.7 Nr. 25). Insofern als sich die Beschwerdeführer direkt auf das Gebot der rechtsgleichen Behandlung nach Art. 8 Abs. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 8 Égalité - 1 Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
1    Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
2    Nul ne doit subir de discrimination du fait notamment de son origine, de sa race, de son sexe, de son âge, de sa langue, de sa situation sociale, de son mode de vie, de ses convictions religieuses, philosophiques ou politiques ni du fait d'une déficience corporelle, mentale ou psychique.
3    L'homme et la femme sont égaux en droit. La loi pourvoit à l'égalité de droit et de fait, en particulier dans les domaines de la famille, de la formation et du travail. L'homme et la femme ont droit à un salaire égal pour un travail de valeur égale.
4    La loi prévoit des mesures en vue d'éliminer les inégalités qui frappent les personnes handicapées.
BV berufen, steht hierfür die Doppelbesteuerungsbeschwerde nicht offen. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten, soweit sie sich gegen die zürcherischen Grundstückgewinnsteuerveranlagungen richtet und die Verluste resp. Vorjahresverluste am Hauptsteuerdomizil
betrifft.

3.6. Unzulässig ist schliesslich der Antrag, es seien in der interkantonalen Ausscheidung die AHV-Beiträge von Fr. 2'200'005 den Zürcher Gemeinden mit Grundstückgewinnen zuzuweisen. Vor dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau war dessen Steuerausscheidung hinsichtlich der AHV-Beiträge nicht angefochten. Insoweit wurde der kantonale Instanzenzug nicht erschöpft und handelt es sich um ein neues Rechtsbegehren, das unzulässig ist (vgl. vorn E. 1.6).

3.7. Gegenüber den Zürcher Gemeinden mit Grundstückgewinnen ist die Doppelbesteuerungsbeschwerde nach dem Gesagten somit nicht zulässig, gegenüber dem Kanton Zürich ist sie hinsichtlich der ordentlichen Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern 2003 teilweise - beschränkt auf die Ausscheidung der zürcherischen Vorjahresverluste - zulässig.

4.

Die Beschwerdeführer verlangen, dass der Kanton Zürich (resp. die Gemeinden mit Grundstückgewinnen) Vorjahresverluste in der Höhe von Fr. 4'099'151 übernehmen. Eventualiter habe der Kanton Aargau ohne Berücksichtigung der Zürcher Grundstückgewinne Vorjahresverluste von Fr. 3'998'900 anzuerkennen.

4.1. Vorliegend haben beide Kantone Aargau und Zürich in ihren Steuerausscheidungen die Geschäftsverluste (Vorjahresverluste) am Hauptsteuerdomizil im Kanton Zürich quotenmässig im Verhältnis der auf sie entfallenden Reineinkommen verlegt. Ein nicht verrechenbarer Verlust (Ausscheidungsverlust) ergibt sich aber daraus, dass der Kanton Zürich in seiner Steuerausscheidung die zürcherischen Liegenschaftsgewinne nicht berücksichtigt hat und dadurch eine kleinere Quote am Verlust übernimmt. Er beruft sich hierfür auf das im Kanton Zürich geltende monistische System der Grundstückgewinnbesteuerung.

4.2. Der Kanton Zürich erhebt die Grundstückgewinnsteuer nach dem monistischen System auch auf den Geschäftsliegenschaften, während der Kanton Aargau nach dem dualistischen System Grundstückgewinne auf Geschäftsliegenschaften mit der Einkommens- oder Gewinnsteuer erfasst. Im monistischen System gilt der Grundsatz der getrennten Gewinnermittlung. Das heisst, eine einzelsteuerübergreifende Verlustverrechnung und -anrechnung findet nicht statt (mit Ausnahme bei der Teilveräusserung nach § 224 Abs. 3 StG/ZH).

Trifft in der Steuerausscheidung über Einkommen und Vermögen ein Kanton mit monistischem System auf einen Kanton mit dualistischem System, müssen daher zum Zweck vergleichbarer Verhältnisse alle Grundstückgewinne (Wertzuwachsgewinne) in die Steuerausscheidung einbezogen werden. Das gilt auch für die Wertzuwachsgewinne auf den zürcherischen Liegenschaften. Die Kantone sind zwar frei, ob sie Kapitalgewinne auf Liegenschaften des Geschäftsvermögens nach dem dualistischen System mit der allgemeinen Einkommens- und Gewinnsteuer oder nach dem monistischen System mit der besonderen Grundstückgewinnsteuer erfassen wollen. Das Steuerharmonisierungsgesetz lässt den Kantonen diesbezüglich die Wahl (Art. 12 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
und 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
StHG). Doch darf sich die Wahl des Besteuerungssystems nicht zu Ungunsten der übrigen Kantone und des Steuerpflichtigen, der in mehreren Kantonen steuerpflichtig ist, auswirken (BGE 131 I 249 E. 6.3 S. 261; so bereits 92 I 198 E. 3b).

4.3. Das Kantonale Steueramt Zürich hat in seiner interkantonalen Steuerausscheidung die mit der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer erfassten Wertzuwachsgewinne nicht berücksichtigt, sondern nur den Erlös aus dem Verkauf der Liegenschaftsbeteiligung in M.________, Kanton Aargau. Das führt dazu, dass in der zürcherischen Ausscheidung der Vorjahresverluste quotal nach Massgabe der Liegenschaftserträge auf den Kanton Aargau ein Anteil von 78.01 % (Fr. 3'197'599) entfällt, während der Kanton Zürich einen solchen von nur 18.07 % (Fr. 740'723) zu übernehmen hat. Würde der Kanton Zürich die zürcherischen Liegenschaftsgewinne ebenfalls berücksichtigen, ergäbe sich für diesen Kanton eine erheblich höhere Quote von rund 60 %, wie die aargauische Steuerausscheidung zeigt.

Zwar ist der Kanton Zürich aufgrund seines monistischen Systems nicht verpflichtet, Grundstückgewinne mit Geschäftsverlusten zu verrechnen (vorn E. 3.5 in fine). Für die Zwecke der Steuerausscheidung sind aber dennoch die zürcherischen Grundstückgewinne (Wertzuwachsgewinne) zu berücksichtigen. Ob die dem Kanton Zürich auf diese Weise zugewiesenen Geschäftsverluste (Vorjahresverluste) mit zürcherischen Grundstückgewinnen verrechnet werden können oder ob sie dem Hauptsteuerdomizil definitiv verhaftet bleiben und die zürcherischen Grundstückgewinnsteuerveranlagungen allenfalls in Revision gezogen werden können, ist keine Frage der interkantonalen Steuerausscheidung, sondern des anwendbaren internen (kantonalen) Rechts (Urteil 2C 747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 5.4 und 6, in: ASA 80 S. 609, StR 67/2012 S. 48, StE 2012 B 44.13.7 Nr. 2). Mit der Nichtberücksichtigung des gesamten im Kanton Zürich zur Verfügung stehenden Nettoeinkommens für die Verlustverrechnung im Rahmen der Steuerausscheidung hat der Kanton Zürich daher das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung im Sinne von Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV verletzt.

4.4. Der Kanton Aargau berücksichtigt im Rahmen seiner vom Verwaltungsgericht bestätigten interkantonalen Steuerausscheidung die Zürcher Grundstückgewinne in der Höhe der Wertzuwachsgewinne (vgl. das angefochtene Urteil E. 2.2.). Darin liegt keine Doppelbesteuerung, wie die Beschwerdeführer rügen, weil die ausserkantonalen Gewinne lediglich für die Kapitalausscheidung und zur Satzbestimmung herangezogen werden. Auch das Schlechterstellungsverbot ist nicht verletzt, da der Kanton Aargau damit die Beschwerdeführer nicht stärker besteuert als einen kantonalen Liegenschaftenhändler. Das Vorgehen entspricht auch dem Kreisschreiben Nr. 27 der Schweizerischen Steuerkonferenz zur Vermeidung von Ausscheidungsverlusten (Ziff. 3.1.4).

Die besondere Ausgestaltung der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer kann für den Kanton Aargau nicht bindend sein (BGE 92 I 198 E. 3b; ferner 131 I 249 E. 6.3 S. 261). Zwar kann nach einer neueren Rechtsprechung des Bundesgerichts ein Liegenschaftskanton verpflichtet werden, einen allfälligen Geschäftsverlust am Hauptsteuerdomizil und allenfalls in weiteren Kantonen bei der Gewinnermittlung anzurechnen (BGE 131 I 249, 285; 132 I 229). Dies aber erst, wenn im Sitzkanton mangels Einkommen keine Verluste mehr verrechnet werden können: Die erwähnte Rechtsprechung bezieht sich ausdrücklich auf "Ausscheidungsverluste" (BGE 131 I 249 E. 6, 285 E. 4.1; 132 I 229 E. 5). Ein Ausscheidungsverlust liegt hier indessen nicht vor. Immerhin betragen die Zürcher Wertzuwachsgewinne rund Fr. 14 Mio., womit der Kanton Zürich über genügend Einkommenssubstrat verfügen würde, um die Vorjahresverluste auszugleichen.

5.

Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich teilweise gutzuheissen, dessen Staats- und Gemeindesteuerveranlagung 2003 aufzuheben und die Sache zur Neuvornahme der Steuerausscheidung und Veranlagung an das Kantonale Steueramt Zürich (vgl. Art. 107 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
zweiter Satz BGG) zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Auf die Beschwerde gegen die Grundstückgewinnsteuerveranlagungen der zürcherischen Gemeinwesen ist nicht einzutreten. Gegenüber dem Kanton Aargau ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.

Da die Beschwerdeführer teilweise unterliegen bzw. auf ihre Beschwerde nicht eingetreten werden kann (Schuldzinsen; AHV-Beiträge), rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten je zur Hälfte dem ebenfalls unterliegenden Kanton Zürich sowie den Beschwerdeführern, diesen unter solidarischer Haftung, aufzuerlegen (Art. 65
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
und 66 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
und 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 5 Élection - 1 L'Assemblée fédérale élit les juges.
1    L'Assemblée fédérale élit les juges.
2    Quiconque a le droit de vote en matière fédérale est éligible.
BGG). Den Beschwerdeführern ist zu Lasten des Kantons Zürich eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.

Die Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich wird teilweise gutgeheissen, der mit Zustimmungserklärung vom 2. April 2007 anerkannte Einschätzungsvorschlag des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 16. März 2007 wird aufgehoben und die Angelegenheit zur Neuvornahme der Staats- und Gemeindesteuerveranlagung 2003 an das Kantonale Steueramt Zürich zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.

2.

Auf die Beschwerde gegen die Grundsteuerkommissionen der Stadt F.________, der Stadt G.________ und der Stadt H.________, gegen den Gemeinderat I.________ sowie gegen die Grundsteuer-Ausschüsse der Stadt J.________ und der Gemeinde K.________ wird nicht eingetreten.

3.

Die Beschwerde gegenüber dem Kanton Aargau wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.

4.

Die Gerichtskosten von gesamthaft Fr. 8'000.-- werden dem Kanton Zürich und den Beschwerdeführern je zur Hälfte mit Fr. 4'000.-- auferlegt. Die Beschwerdeführer haften für ihre Anteile solidarisch.

5.

Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.

6.

Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt H.________, den Grundsteuerkommissionen der Stadt F.________, der Stadt G.________ und der Stadt H.________, dem Gemeinderat I.________, den Grundsteuer-Ausschüssen der Stadt J.________ und der Gemeinde K.________, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 1. Mai 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Wyssmann