2C_18/2011 - 2011-05-31 - Öffentliche Finanzen und Abgaberecht - Impôt cantonal et communal 2001 et 2002

Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 18/2011

Arrêt du 31 mai 2011
IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Zünd, Président,
Donzallaz et Stadelmann.
Greffière: Mme Kurtoglu-Jolidon.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Joël Chevallaz, avocat,
recourant,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève, Hôtel des finances, rue du Stand 26,
case postale 3937, 1211 Genève 3.

Objet
Impôt cantonal et communal 2001 et 2002,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 2ème Section, du 16 novembre 2010.

Faits:

A.
X.________ SA (ci-après: X.________ ou la société), sise à A.________, a pour but le commerce en tous pays, l'import-export de fruits et légumes frais et secs, primeurs et autres denrées alimentaires, ainsi que des produits du sol. Selon l'acte constitutif du 11 juillet 2001, B.________, C.________, tous deux domiciliés en Italie, et D.________, domicilié à Genève, détiennent chacun, à titre fiduciaire, respectivement 249, 249 et 2 actions constituant le capital-actions de 500'000 fr. de la société. E.________, domiciliée au Tessin, était l'administratrice de la société durant les années en cause.

F.________ AG est une société qui a son siège à Vaduz et avait également, au moment des faits, E.________ comme membre du conseil d'administration. Cette personne était encore présidente du conseil d'administration de G.________ SA, sise à Lugano, fiduciaire de F.________ AG.

Le 23 juillet 2001, X.________ a conclu, avec F.________ AG, un contrat selon lequel F.________ AG devait acheter sur le marché italien, pour le compte de X.________, des fruits et légumes moyennant une commission. Cette commission comprenait l'ensemble des frais pour l'organisation du travail, les coûts de transport depuis l'entrepôt jusqu'au lieu de destination désigné, de même que les frais pour d'éventuels contacts commerciaux résultant de l'exécution du contrat. F.________ AG s'approvisionnait en fruits et légumes chez H.________ & C. Srl (ci-après: H.________), société italienne active sur la marché de gros de Milan.

L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a ouvert une procédure en rappel d'impôt à l'encontre de X.________ pour les périodes fiscales 2001 et 2002. Elle a alors requis différentes pièces de la société. Le 29 mars 2006, l'Administration fiscale a fait parvenir deux bordereaux à l'intéressée pour l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital 2001 et 2002. Le premier fixait l'impôt total 2001 à 104'219.60 fr. sur la base d'un bénéfice imposable de 442'726 fr., soit un bénéfice supplémentaire de 434'990 fr., et d'un capital imposable de 1'537'752 fr. Le second arrêtait l'impôt total 2002 à 98'329.30 fr. sur la base d'un bénéfice imposable de 402'612 fr., soit un bénéfice supplémentaire de 410'393 fr., et d'un capital imposable de 1'475'728 fr. Une amende de 191'751 fr., représentant le montant total d'impôt éludé, a été mise à la charge de la société.

Les reprises effectuées correspondaient aux factures que F.________ AG avait adressées à X.________ pour les frais de transport de la marchandise de Milan à Genève, le fisc considérant que ces frais n'étaient pas justifiés commercialement.

Par décision du 11 septembre 2006, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation de X.________. Elle a estimé que les factures en cause passées comme charges par la société n'étaient pas justifiées par l'usage commercial, compte tenu, d'une part, de l'absence de force probante des pièces justificatives produites et, d'autre part, du fait que les indices réunis laissaient penser que F.________ AG était une société écran permettant de distribuer des bénéfices aux actionnaires en franchise d'impôt. L'Administration fiscale a retenu que les factures pour la vente de fruits et légumes émises par H.________, adressées à X.________ et comptabilisées par cette société comme charges, mentionnaient le terme "franco arrivo" et Genève comme lieu de destination, ce qui signifiait que les frais de transports jusqu'à cette ville étaient inclus dans les factures. De plus, la TVA à l'importation, dont la base de calcul inclut les frais de transports, avait été calculée sur le montant total des factures de H.________, ce qui laissait à penser que les factures de H.________ comprenaient le coût du transport. En outre, cette TVA n'avait pas été prélevée sur la base des factures de F.________ AG. Afin de prouver que F.________ AG supportait
initialement les frais de transport qu'elle rechargeait par la suite à X.________, cette société avait fourni un contrat de transport du 14 février 2000 entre F.________ AG et une société italienne, K.________ Srl, société qui était chargée d'effectuer les livraisons de marchandises à X.________. L'Administration fiscale a conclu que l'authenticité de ce contrat était douteuse et qu'il n'était dès lors pas concluant. D'ailleurs, aucune facture entre F.________ AG et K.________ Srl n'avait été produite. Rien n'excluait que K.________ Srl effectuât le transport, non pas pour F.________ AG, mais pour H.________. En outre, X.________ traitait directement avec la société de transport sans passer par F.________ AG. Aucun élément ne démontrait que F.________ AG exerçait une activité réelle. De plus, cette société était sise au Liechtenstein. Un autre fait confirmait que les frais de transport facturés par F.________ AG constituaient des prestations appréciables en argent: L.________, membre de la famille de C.________, actionnaire de X.________, était l'ayant droit économique du compte bancaire ouvert au nom de F.________ AG et sur lequel certaines factures litigieuses avaient été payées. L.________ participait également à la gestion de
X.________ et une partie de ses frais était prise en charge par cette société. Il était domicilié à la même adresse que C.________ à Milan. Le fisc retenait encore, notamment, qu'E.________ apparaissait comme administratrice de X.________, F.________ AG, et G.________ SA, fiduciaire de F.________ AG et que X.________ avait effectué un versement à G.________ SA sans mentionner F.________ AG. Ainsi, ces sociétés avaient des liens entre elles alors qu'elles étaient censées être indépendantes, tant juridiquement qu'économiquement, les unes des autres.

La Commission cantonale de recours en matière administrative du canton de Genève a rejeté le recours de X.________, le 5 février 2009.

B.
Par arrêt du 16 novembre 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève (depuis le 1er janvier 2011: la Chambre administrative de la Cour de justice, ci-après: la Cour de justice) a également rejeté le recours de l'intéressée. Elle a en substance retenu que des frais de transport avaient été comptabilisés à double. Elle a relevé, à cet égard, que figurent sur les factures de H.________ le lieu de départ (Milano Ortomercato) de la marchandise, le lieu d'arrivée (Genève), ainsi que le transporteur, soit K.________ Srl, et a estimé que ces mentions n'auraient aucune raison d'être si H.________ ne s'occupait de la livraison que jusqu'au quai de chargement de la marchandise sur le marché de Milan, comme le prétendait X.________. Il était dès lors inutile de statuer sur la "controverse" relative au terme "franco arrivo". Après avoir repris les autres éléments mis en évidence par l'Administration fiscale, la Cour de Justice concluait que des prestations, qui n'auraient pas été octroyées à un tiers, avaient été accordées à un proche de l'actionnaire de X.________. Elles constituaient donc des prestations appréciables en argent. Finalement, les conditions de la soustraction d'impôt étaient remplies et l'amende était proportionnée.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt attaqué, d'ordonner à l'Administration fiscale d'annuler les bordereaux de rappel d'impôt du 29 mars 2006 fixant l'impôt cantonal et communal à 104'219.60 fr. pour 2001 et à 100'758 fr. pour 2002, ainsi que l'amende du 29 mars 2006 d'un montant de 191'751 fr. Elle invoque une appréciation arbitraire des faits, ainsi qu'une application arbitraire du droit fiscal cantonal.

L'Administration fiscale cantonale, ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.

Par ordonnance du 4 février 2011, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit:

1.
L'arrêt attaqué porte sur des montants comptabilisés à titre de charges et donc sur la détermination du bénéfice imposable. L'art. 24 al. 1 let. a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi fédérale sur l'harmonisation; RS 642.14) traite du bénéfice net soumis à l'impôt sur le bénéfice qui comprend les charges non justifiées par l'usage commercial. Cette disposition figurant au titre 3 chapitre 2 de ladite loi, et le litige portant sur les périodes fiscales 2001 et 2002 (ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591), la voie du recours en matière de droit public est ouverte en vertu de l'art. 73 al. 1 LHID (sur le rapport entre cette disposition et la loi sur le Tribunal fédéral, cf. ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 189). Selon l'art. 57 bis LHID, cette voie est également ouverte en ce qui concerne l'amende infligée pour soustraction d'impôt.

2.
2.1 D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Selon l'art. 106 al. 2 LTF, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de dispositions de droit cantonal que si ces griefs ont été soulevés et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.).

2.2 Aux termes de l'art. 97 al. 1 LTF, le recourant ne peut critiquer les constatations des faits que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF qui autorise également le Tribunal fédéral à compléter ou rectifier d'office l'état de fait à ces conditions) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le grief tiré de la constatation manifestement inexacte d'un fait au sens de l'art. 97 al. 1 LTF revient à démontrer que celui-ci a été établi de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450). Le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits doit être articulé conformément aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104; 135 III 397 consid 1.4 et 1.5 p. 400; 133 II 249 consid. 1.4 p. 254/255).

L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore lorsque le juge a interprété les pièces du dossier de manière insoutenable, a méconnu des preuves pertinentes ou s'est fondé exclusivement sur une partie des moyens de preuve (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4, 134 I 140 consid. 5.4 p. 145; 120 Ia 31 consid. 4b p. 40). Une jurisprudence constante reconnaît au juge du fait un large pouvoir d'appréciation en ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les références citées).

3.
3.1 La recourante se plaint d'une constatation des faits et d'une appréciation des preuves arbitraires. Elle reproche à la Cour de justice d'avoir admis le bien-fondé du rappel d'impôt sans avoir défini le terme "franco arrivo" mentionné sur les factures de H.________ à son intention. Selon la recourante, ce terme signifierait que H.________ se chargeait du transport de la marchandise depuis son point de vente sur le marché de gros à Milan jusqu'au quai de chargement des camions, à l'extérieur de ce marché. Les factures de H.________ ne comprendraient donc pas les frais de transport jusqu'à Genève. Dès lors, les factures de F.________ AG à X.________ portant sur le transport des biens de Milan à Genève ne se recouperaient pas avec celles de H.________ et constitueraient des charges réelles.

3.2 Il n'est pas certain que l'argumentation de la recourante soit recevable car elle apparaît comme étant essentiellement appellatoire. Cette question peut toutefois rester ouverte car le grief doit de toute façon être rejeté.

Contrairement à ce qu'affirme la recourante, ce n'est pas, en réalité, la signification du terme "franco arrivo" qui pose problème. Cette clause contractuelle n'a pas une définition variable selon les contrats. Il s'agit, en effet, d'un Incoterm qui, comme le relève la recourante elle-même (recours p. 8), signifie que le vendeur assume les frais de transport de la livraison des biens et les risques y relatifs jusqu'à leur destination. En l'espèce, ces frais sont donc initialement à la charge de H.________ qui les facture par la suite à la recourante. Celle-ci prétend par contre que cette livraison "franco arrivo" ne se faisait que jusque sur le quai de chargement à Milan, alors que la Cour de Justice a retenu qu'elle se faisait jusqu'à Genève. L'intéressée se base pour cela sur une lettre de H.________. Cette lettre fait une distinction entre les termes "franco arrivo" et "franco destino". Le premier signifierait que les frais de livraison sont à la charge du vendeur jusqu'au quai de chargement sur le camion et le second jusqu'au domicile de l'acheteur. La recourante invoque encore le "Regolamento del Mercato Ortofrutticolo all'ingrosso di Milano". L'explication contenue dans la lettre de H.________ est confuse et peu
convaincante. Ce d'autant plus que les termes "franco arrivo" et "franco destino" paraissent plutôt être des synonymes (cf. http://www.ilglossariodellalogistica.it). Quant au règlement susmentionné, il ne prouve en rien que, en l'espèce, la livraison "franco arrivo" était entendue uniquement jusqu'au quai de chargement des camions. Si tel était le cas, on ne s'explique alors pas pourquoi les factures de H.________ à X.________ indiquait, outre "Milano Ortomercato" comme lieu de départ de la marchandise, "Genève" comme destination et non les quais de chargement.

Sans compter que les factures de H.________ sont libellées en francs suisses. Or, on ne voit pas pour quelle raison, un commerçant italien qui livrerait sa marchandise en Italie établirait ses factures dans cette monnaie.

De plus, est aussi un indice que les frais de transport jusqu'à Genève sont inclus dans les factures de H.________, le fait que la TVA à l'importation - due sur la contre-prestation y compris les frais de transport - est calculée sur les montants mentionnés sur les factures de H.________ et que, par contre, elle ne l'est pas sur les factures de F.________ AG.
Compte tenu de ces éléments, en retenant que les factures de H.________ comprennent les frais de transport jusqu'à Genève, la Cour de Justice n'est pas tombée dans l'arbitraire et le grief doit être rejeté.

3.3 La recourante, à nouveau dans une argumentation essentiellement appellatoire, prétend que c'est à tort, et en renversant le fardeau de la preuve, que la Cour de Justice a retenu que F.________ AG ne déployait pas une activité réelle.

L'autorité précédente a toutefois tenu compte de toutes les pièces du dossier, dont le contrat entre la recourante et F.________ AG. Elle a estimé que ce document, ainsi que les quelques pièces censées prouver que F.________ AG avait d'autres clients que la recourante, ne suffisaient pas à prouver qu'une activité était réellement exercée. Au regard des éléments énoncés dans la partie "Faits" ci-dessus et que la recourante ne conteste pas - dont les liens entre les différentes sociétés en cause, l'implication de L.________ dans la gestion de la recourante et le fait qu'il est l'ayant-droit économique d'un compte bancaire ouvert au nom de F.________ AG -, ajouté au constat que cette société facturait à double des frais à la recourante, on ne peut reprocher à l'autorité précédente d'avoir interprété les pièces de façon manifestement insoutenable en n'excluant pas que F.________ AG était une société dont l'existence n'était pas justifiée du point de vue commercial et économique. Le grief doit, dès lors, également être rejeté.

4.
4.1 La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 12 let. g et h de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (ci-après: LIPM), ainsi que de l'art. 69 al. 1 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (ci-après: LPFisc).

L'intéressée ne mentionne l'arbitraire que dans le titre de ses deux griefs. Elle ne reprend pas cette notion, pas plus qu'elle ne cite l'art. 9 Cst., dans son argumentation et ne tente pas de démontrer en quoi l'application du droit cantonal par la Cour de Justice serait arbitraire. Elle reprend la jurisprudence en matière de prestations appréciables en argent et de divers principes applicables en droit fiscal pour conclure que, dans son cas, les charges en cause sont justifiées par l'usage commercial et que l'amende est infondée. La recourante se contente ainsi de critiquer la décision attaquée comme elle le ferait en instance d'appel. Partant ses griefs ne répondent pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf., à cet égard, ATF 136 I 65 consid. 1.3.1 p. 68; 135 I 313 consid. 1.3 p. 316; 135 V 94 consid. 1 p. 95) et ils sont irrecevables.

4.2 La détermination du bénéfice imposable (art. 24 LHID et cf. consid. 5) et l'amende pour soustraction d'impôt (art. 56 LHID et cf. consid. 6) font toutefois partie du droit harmonisé. Le Tribunal fédéral entrera dès lors en matière.

5.
5.1 Selon l'art. 24 al. 1 lettre a LHID, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial portées au débit du compte de résultat.

L'art. 12 let. a et h LIPM prévoit que sont considérés comme bénéfice net imposable le bénéfice net tel qu'il résulte du compte de profits et pertes, ainsi que les allocations volontaires à des tiers et les prestations de toute nature fournies gratuitement à des tiers ou à des actionnaires de la société.

Bien qu'elles ne le mentionnent pas expressément, les deux dispositions susmentionnées visent notamment les distributions dissimulées de bénéfice (RDAF 2009 II 522 = RF 64/2009 810, 2C 895/2008; RDAF 2008 II 216 consid. 5.1, 2C 188/2008 et les références doctrinales citées), soit des prélèvements qui ne sont pas conformes au droit commercial et qui doivent donc être réintégrés au bénéfice imposable. Ainsi, même s'il est rédigé différemment de l'art. 24 al. 1 lettre a LHID, l'art. 12 let. h LIPM est conforme à cette disposition.

Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607) et que les organes de la société auraient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; 115 Ib 274 consid. 9b p. 279 et la jurisprudence citée). Des exigences particulièrement sévères doivent être posées lorsque des relations juridiques internationales sont en cause, car, dans ce cas, les rapports avec le bénéficiaire de la prestation échappent aux autorités locales (Archives 68 p. 246 consid. 3c et 65 p. 401 consid. 2b i.f.; voir aussi arrêts 2C 199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2 et 2e partie du consid. 3.5 sous "Impôts communal et cantonal" et 2C 377/2009 du 9 septembre 2009 consid. 2.3 en matière d'impôt anticipé).

5.2 La maxime d'office régissant la détermination de la dette fiscale est applicable aux impôts cantonaux et communaux (art. 46 LHID et 36 LPFisc ) de sorte que les autorités compétentes peuvent entreprendre toutes les investigations nécessaires à la détermination de l'impôt. Dans ce domaine, selon les règles générales relatives au fardeau de la preuve, si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés, il appartient au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; R/F 64/2009 p. 834, 2C 76/2009; RDAF 2009 II 560, 2C 199/2009 et les références doctrinales citées). Il en va de même lorsqu'une prestation en argent présente un caractère insolite; le contribuable est alors tenu de prouver que la prestation en cause est justifiée par l'usage commercial (ATF 119 Ib 431 consid. 2c p. 435). Les autorités doivent en effet pouvoir s'assurer que seules des raisons commerciales, et non les rapports personnels et économiques étroits entre la société et le bénéficiaire de la prestation, étaient déterminantes pour le
choix de la prestation présentant un caractère insolite (R/F 64/2009 p. 834, 2C 76/2009; RDAF 2009 II 560, 2C 199/2009 et les arrêts cités).

5.3 A l'instar de la Cour de Justice, on ne peut que conclure qu'un faisceau d'indices indique qu'il y a eu distribution dissimulée de bénéfice. Comme on l'a vu ci-dessus, le prix du transport jusqu'à Genève était, dans un premier temps supporté par H.________ qui l'incluait par la suite dans ses factures à l'endroit de la recourante. A cet égard, la force probante du contrat de transport passé entre F.________ AG et K.________ Srl, document qui justifierait les factures de F.________ AG relatives aux frais de transport de la marchandise achetée à Milan, est faible. Il apparait étrange que ce document, envoyé par télécopie, mentionne comme entête de transmission "H.________ Exp. Imp.", alors que cette société n'est nullement censée être concernée par le contrat en cause. En outre, à l'endroit où est apposée la signature du représentant de K.________ srl, la raison sociale apparaît sans raison deux fois dans deux polices différentes et chaque fois orthographiée différemment. Ces faits font douter de l'authenticité de ce contrat et, comme le relève le fisc, rien n'exclut que le contrat de transport n'ait pas été plutôt passé entre K.________ srl et H.________; ce d'autant plus qu'aucune facture de K.________ srl à F.________ AG
relative aux frais de transport n'a été fournie. Alors que les frais de transport de la marchandise étaient inclus dans les factures de H.________ (cf. consid. 3.2), la recourante en a aussi payés à F.________ AG. Une telle opération n'aurait jamais eu lieu si les deux sociétés n'étaient pas apparentées. Tel est d'ailleurs le cas. L'ayant-droit économique du compte bancaire de F.________ AG, sur lequel certaines factures étaient payées par la recourante, est L.________. Or, cette personne est domiciliée à la même adresse à Milan que C.________, actionnaire de la recourante. En outre, l'arrêt attaqué retient, sans que la recourante ne le conteste, que L.________ participe à la gestion de la recourante, alors qu'il n'est ni actionnaire ni salarié de celle-ci, et que certains de ses frais (hôtels et restaurants à Genève, débours, etc.) ont été pris en charge par celle-ci. Les liens en cause dépassent donc ceux d'une simple relation commerciale, tout en rappelant que c'est la comptabilité déficiente de la recourante qui a été retenue, en premier lieu, par la Cour de Justice.

La recourante reproche à l'autorité précédente de s'être "focalisée sur la question du transport, alors qu'en réalité les factures de F.________ AG incluent également ses prestations d'acheteurs sur le marché milanais". Elle oublie que les factures de F.________ AG, si elles sont bien intitulées "Commission et frais expédition de Milan", ne détaillent pas entre ces deux types de charge et que la recourante n'a pas été en mesure de fournir des factures de F.________ AG séparant les frais de transport des commissions. La recourante est, dès lors, malvenue de se plaindre du fait que l'autorité précédente n'a pas fait mention des commissions.

Compte tenu des éléments qui précèdent, la Cour de Justice n'a pas violé la loi sur l'harmonisation en considérant que les factures de F.________ AG comptabilisées comme charges par la recourante étaient des distributions dissimulées de bénéfice. C'est à bon droit qu'elle a, dès lors, refusé leur déduction.

6.
6.1 Conformément à l'art. 56 al. 1 LHID, l'art. 69 LPFIsc prévoit que le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1). En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2).

6.2 Seul le principe de l'amende est contesté. Or, comme examiné ci-dessus, la recourante a volontairement déduit de son chiffre d'affaires des frais de transport à double. L'amende infligée en raison du caractère incomplet de la taxation fondée sur la comptabilité déficiente de la recourante est donc conforme au droit cantonal harmonisé. Le montant de l'amende n'est pas attaqué et ce à raison. L'article susmentionné prévoit à son alinéa 2 qu'en règle générale l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Tel est le cas en l'espèce, l'amende étant de 191'751.- fr. pour les périodes fiscales 2001 et 2002.

7.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000.- fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice, Chambre administrative 2ème Section, du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 31 mai 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Zünd Kurtoglu-Jolidon

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
¹	Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
^a	der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
^b	die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
^c	die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
²	Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
^a	Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
^b	Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
^c	Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
³	Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
^a	bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
^b	bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
^c	beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
^d	bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
^3bis	Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
^3ter	Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
^3quater	Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
^3quinquies	Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
⁴	Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
^4bis	Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
⁵	Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
¹	Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
²	Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
³	...255

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 57^bis Verfahren - 1 Nach Abschluss der Untersuchung erlässt die zuständige kantonale Behörde eine Verfügung, die sie der betroffenen Person schriftlich eröffnet.207
¹	Nach Abschluss der Untersuchung erlässt die zuständige kantonale Behörde eine Verfügung, die sie der betroffenen Person schriftlich eröffnet.207
²	Entscheide der Steuerbehörden bei Hinterziehungstatbeständen sind vor Verwaltungs- und Verwaltungsgerichtsbehörden anfechtbar. Gegen letztinstanzliche kantonale Entscheide kann beim Bundesgericht nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005208 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden. Die Strafgerichtsbarkeit ist ausgeschlossen.209
³	Die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und das Rekursverfahren gelten sinngemäss.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
¹	Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
²	Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
¹	Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
²	Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
¹	Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
²	Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
^a	Bundesrecht;
^b	Völkerrecht;
^c	kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
^d	kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
^e	interkantonalem Recht.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
¹	Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
²	Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
³	Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 56 Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
¹	Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
^1bis	Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
^a	die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
^b	sie die Steuerbehörden bei der Feststellung der hinterzogenen Vermögens- und Einkommenselemente vorbehaltlos unterstützt; und
^c	sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.200
^1ter	Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 1bis auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.201
²	Wer Steuern zu hinterziehen versucht, wird mit einer Busse bestraft, die zwei Drittel der bei vollendeter Begehung auszufällenden Busse beträgt.
³	Wer zu einer Steuerhinterziehung anstiftet, Hilfe leistet oder als Vertreter des Steuerpflichtigen vorsätzlich eine Steuerhinterziehung bewirkt oder an einer solchen mitwirkt, wird ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit des Steuerpflichtigen mit Busse bestraft und haftet solidarisch für die hinterzogene Steuer. Die Busse beträgt bis zu 10 000 Franken, in schweren Fällen oder bei Rückfall bis zu 50 000 Franken.
^3bis	Zeigt sich eine Person nach Absatz 3 erstmals selbst an und sind die Voraussetzungen nach Absatz 1bis Buchstaben a und b erfüllt, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen und die Solidarhaftung entfällt.202
⁴	Wer Nachlasswerte, zu deren Bekanntgabe er im Inventarverfahren verpflichtet ist, verheimlicht oder beiseite schafft, in der Absicht, sie der Inventaraufnahme zu entziehen, sowie
⁵	Zeigt sich eine Person nach Absatz 4 erstmals selbst an, so wird von einer Strafverfolgung wegen Verheimlichung oder Beiseiteschaffung von Nachlasswerten im Inventarverfahren und wegen allfälliger anderer in diesem Zusammenhang begangener Straftaten abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
^a	die Widerhandlung keiner Steuerbehörde bekannt ist; und
^b	die Person die Verwaltung bei der Berichtigung des Inventars vorbehaltlos unterstützt.204

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 46 Veranlagung - 1 Die Veranlagungsbehörde prüft die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor.
¹	Die Veranlagungsbehörde prüft die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor.
²	Abweichungen von der Steuererklärung gibt sie dem Steuerpflichtigen spätestens bei der Eröffnung der Veranlagungsverfügung bekannt.
³	Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
¹	Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
²	Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
³	Sie beträgt in der Regel:
^a	in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
^b	in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
⁴	Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
^a	über Sozialversicherungsleistungen;
^b	über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
^c	aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
^d	nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
⁵	Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
¹	Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
²	Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
³	Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
⁴	Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
⁵	Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
¹	Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
²	Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
³	Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
⁴	Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
⁵	Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.