Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
1C 142/2021
Arrêt du 22 décembre 2021
Ire Cour de droit public
Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Chaix, Juge présidant, Jametti et Müller.
Greffière : Mme Sidi-Ali.
Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Me François Bellanger, avocat,
recourante,
contre
Département du territoire de la République et canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8,
intimé.
Objet
Refus d'autorisation préalable de construire,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 9 février 2021
(ATA/146/2021 - A/4649/2019-LCI).
Faits :
A.
A.________ SA est propriétaire de la parcelle n° 3210, feuille 3 de la commune de Chêne-Bougeries. Cette parcelle, d'une surface de 29'120 m², sur laquelle sont érigés plusieurs bâtiments - servant notamment de jardin d'enfants, de garage privé, de serres et de dépôt -, est située en zone 5 au sens de la législation cantonale.
Le 18 janvier 2019, A.________ SA a déposé auprès du Département genevois du territoire une demande d'autorisation préalable de construire portant sur la construction de dix immeubles de logements collectifs et d'un parking commun. A la suite d'une demande du département, A.________ SA a complété et corrigé sa demande en déposant une nouvelle requête d'autorisation préalable de construire le 14 février 2019 portant sur la construction d'habitats groupés de très haute performance énergétique (THPE; 48 %) et d'un garage commun. Le projet prévoit la construction de nonante-quatre logements pour une surface brute de plancher de 12'744 m².
Six offices cantonaux ont émis des préavis favorables (certains sous conditions), tandis que la direction de la planification directrice cantonale et régionale (SPI) ainsi que la commission des monuments, de la nature et des sites (CMNS) se sont déclarées défavorables au projet.
B.
Par décision du 12 novembre 2019, le département a refusé de délivrer à la requérante l'autorisation préalable de construire, en application des art. 13B de la loi genevoise d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT; RS GE L 1 30) prévoyant un refus conservatoire en vue de l'adoption d'un nouveau plan et 59 de la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI; RS GE L 5 05) régissant les rapport des surfaces construites et de la parcelle.
Saisi d'un recours de A.________ SA contre le refus de l'autorisation préalable, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a confirmé cette décision par jugement du 9 septembre 2020. Par arrêt du 9 février 2021, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a partiellement admis le recours de A.________ SA contre ce jugement, annulant la taxe d'enregistrement et d'émolument et renvoyant le dossier au département pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Cour de justice a confirmé le jugement de première instance en tant qu'il concernait le refus de l'autorisation préalable de construire.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice, d'annuler la décision du 12 novembre 2019 de refus de l'autorisation préalable de construire et d'ordonner au département de reprendre l'instruction de la demande d'autorisation préalable de construire.
La cour cantonale renonce à se déterminer sur le recours. Le Département du territoire dépose des observations et conclut au rejet du recours. La recourante réplique et confirme ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni: |
|
1 | Il ricorso è ammissibile contro le decisioni: |
a | del Tribunale amministrativo federale; |
b | del Tribunale penale federale; |
c | dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva; |
d | delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale. |
2 | I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale. |
3 | Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale. |

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi: |
|
a | contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico; |
b | contro gli atti normativi cantonali; |
c | concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari. |

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro: |
|
a | le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale; |
b | le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria; |
c | le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti: |
c1 | l'entrata in Svizzera, |
c2 | i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto, |
c3 | l'ammissione provvisoria, |
c4 | l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento, |
c5 | le deroghe alle condizioni d'ammissione, |
c6 | la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti; |
d | le decisioni in materia d'asilo pronunciate: |
d1 | dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione, |
d2 | da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto; |
e | le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione; |
f | le decisioni in materia di appalti pubblici se: |
fbis | le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200964 sul trasporto di viaggiatori; |
f1 | non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o |
f2 | il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201962 sugli appalti pubblici; |
g | le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi; |
h | le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale; |
i | le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile; |
j | le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria; |
k | le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto; |
l | le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci; |
m | le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante; |
n | le decisioni in materia di energia nucleare concernenti: |
n1 | l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione, |
n2 | l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare, |
n3 | i nulla osta; |
o | le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli; |
p | le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:69 |
p1 | concessioni oggetto di una pubblica gara, |
p2 | controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199770 sulle telecomunicazioni; |
p3 | controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201072 sulle poste; |
q | le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti: |
q1 | l'iscrizione nella lista d'attesa, |
q2 | l'attribuzione di organi; |
r | le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3473 della legge del 17 giugno 200574 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF); |
s | le decisioni in materia di agricoltura concernenti: |
s1 | ... |
s2 | la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione; |
t | le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione; |
u | le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201578 sull'infrastruttura finanziaria); |
v | le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale; |
w | le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; |
x | le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201682 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi; |
y | le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale; |
z | le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201685 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale. |
Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. |

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 91 Decisioni parziali - Il ricorso è ammissibile contro una decisione che: |
|
a | concerne soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre; |
b | pone fine al procedimento soltanto per una parte dei litisconsorti. |

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 91 Decisioni parziali - Il ricorso è ammissibile contro una decisione che: |
|
a | concerne soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre; |
b | pone fine al procedimento soltanto per una parte dei litisconsorti. |
En outre, quand bien même elle concerne une demande d'autorisation préalable qui peut revêtir un caractère incident au sens de l'art. 90

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. |

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. |
Le recours est donc en principe recevable en tant que recours en matière de droit public.
La recourante est propriétaire de la parcelle litigieuse et requérante de l'autorisation litigieuse. Elle est ainsi particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme le refus de l'autorisation préalable de construire et elle a un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification de l'arrêt cantonal (art. 89 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi: |
|
1 | Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi: |
a | ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo; |
b | è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e |
c | ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi. |
2 | Hanno inoltre diritto di ricorrere: |
a | la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti; |
b | in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale; |
c | i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale; |
d | le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale. |
3 | In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa. |
Les autres conditions de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
2.
La recourante se plaint d'une violation de la garantie de la propriété par le refus d'une autorisation préalable de construire un projet pourtant conforme à la réglementation applicable, au motif, abusif selon elle, que les objectifs d'une nouvelle planification en cours d'élaboration pourraient être compromis par son projet.
2.1. La garantie de la propriété est ancrée à l'art. 26 al. 1

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 26 Garanzia della proprietà - 1 La proprietà è garantita. |

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 36 Limiti dei diritti fondamentali - 1 Le restrizioni dei diritti fondamentali devono avere una base legale. Se gravi, devono essere previste dalla legge medesima. Sono eccettuate le restrizioni ordinate in caso di pericolo grave, immediato e non altrimenti evitabile. |
Les griefs de violation des droits fondamentaux sont soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto. |
|
1 | Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto. |
2 | Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura. |
le cadre des griefs soulevés (art. 106 al. 2

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto. |
|
1 | Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto. |
2 | Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura. |
2.2. Il est constant en l'espèce que le refus de l'autorisation de construire repose pour l'essentiel sur l'art. 13B LaLAT. Le principe du respect de la base légale n'est ainsi pas contesté.
Les restrictions dénoncées ne consistent pas en une interdiction de bâtir, ni en une diminution du coefficient d'utilisation du sol. Les possibilités de construire demeurent et pourraient même être augmentées si la planification projetée devait se concrétiser. Elles sont en outre limitées dans le temps. L'atteinte à la garantie de la propriété est donc moindre (cf. arrêts 1C 447/2009 du 11 mars 2010 consid. 4; 1C 161/2008 du 15 juillet 2008 consid. 2.4; 1P.444/2001 du 9 mars 2001 consid. 3), ce d'autant plus que la présente procédure concerne une demande d'autorisation préalable, stade auquel le projet du constructeur demeure moins abouti que celui de la demande d'autorisation de construire pure et simple. Le principe de la proportionnalité est ainsi respecté.
Quant à l'intérêt public, la cour cantonale a retenu qu'il consistait en l'intérêt à densifier le secteur. A titre plus général, il est admis qu'en dépit de la règle consistant en l'application du seul droit en vigueur au moment où l'autorité statue, lorsqu'une modification de la planification est prévue, il peut exister un intérêt public à ne pas autoriser de nouvelles constructions qui entraveraient les objectifs poursuivis par la planification à venir (cf. par exemple arrêts 1C 427/2018 du 22 octobre 2019 consid. 5.5 ou 1C 528/2011 du 27 avril 2012 consid. 2). Dès lors qu'en l'espèce un projet de nouvelle planification a déjà été élaboré et que l'objectif poursuivi par ce projet de modification découle du plan directeur cantonal (cf. consid. 3 ci-dessous), il y a ainsi lieu de reconnaître l'existence d'un intérêt public suffisant à l'application des dispositions légales cantonales permettant à l'autorité d'opposer un refus conservatoire à la constructrice.
La recourante, qui conteste qu'une nouvelle planification soit véritablement prévue par le département, s'en prend pour le surplus aux conditions de la législation cantonale en matière de refus conservatoire.
3.
3.1. En droit genevois, le département peut refuser une autorisation de construire lorsque l'adoption, la modification ou l'abrogation d'un plan d'affectation du sol paraît nécessaire, à l'effet de prévenir une construction qui serait de nature à compromettre des objectifs d'urbanisme ou la réalisation d'équipements publics (art. 13B al. 1 LaLAT). A teneur de l'art. 13B al. 2 LaLAT, il ne peut alors s'écouler plus de deux années entre la décision de refus et l'adoption, la modification ou l'abrogation d'un plan d'affectation du sol, la mise à l'enquête du projet devant intervenir dans les douze mois à compter de la décision de refus; à défaut, le propriétaire reprend la libre disposition de son terrain, dans les limites des lois ou plans d'affectation du sol en vigueur, soit, dans les zones de développement, selon les normes de la zone ordinaire ou selon le plan d'affectation spécial en force.
Le Tribunal fédéral revoit librement l'interprétation et l'application du droit fédéral et du droit constitutionnel cantonal (art. 95

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione: |
|
a | del diritto federale; |
b | del diritto internazionale; |
c | dei diritti costituzionali cantonali; |
d | delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari; |
e | del diritto intercantonale. |
déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (ATF 145 I 108 consid. 4.4.1; 144 IV 136 consid. 5.8; 144 I 170 consid. 7.3).
3.2.
3.2.1. La recourante conteste que le délai de douze mois dans lequel le projet de planification doit être mis à l'enquête ait été respecté.
La cour cantonale a considéré que, dans la mesure où une enquête publique avait déjà été réalisée antérieurement au dépôt de la demande d'autorisation préalable litigieuse, le délai de douze mois de l'art. 13B al. 2 LaLAT ne s'applique plus. A cela, la recourante oppose que ce délai s'appliquerait à tout acte servant à l'avancement de la procédure de modification de la planification. Son argumentation est toutefois strictement appellatoire. Outre la nécessité de poursuivre sans discontinuer la procédure de planification, la recourante n'expose en effet aucun argument concret qui justifierait d'imposer une nouvelle mise à l'enquête publique d'un projet déjà en cours. Il est manifeste qu'une telle interprétation de la loi ne ferait pas sens dans un cas où l'adoption de la nouvelle planification serait à bout touchant au jour du refus d'une autorisation de construire. On voit ainsi que l'argumentation de la recourante correspond à celle, principale, par laquelle elle conteste que la planification mise à l'enquête antérieurement au refus litigieux ait quelque chance de voir le jour, ce qui sera examiné ci-après.
3.2.2. La cour cantonale a souligné que l'art. 13B LaLAT ne supposait pas que le processus législatif soit déjà engagé; il suffit qu'une modification du régime des zones paraisse nécessaire. Elle a constaté que la parcelle se trouve dans un périmètre inscrit dans le plan directeur cantonal 2030 (PDCn 2030) et que la fiche qui s'y rapportait prévoyait une densification de la zone villa par une modification des limites de zones. Cette modification par un déclassement en zone de développement 4A et l'adoption d'un nouveau plan localisé de quartier (PLQ) avaient certes été refusés en votation référendaire le 4 mars 2018, mais un tel scrutin n'avait que valeur de préavis négatif et le département n'avait pas abandonné le projet.
La recourante fait valoir différentes exigences découlant de la jurisprudence relatives au refus conservatoire, qui n'auraient pas été examinées ici: les objectifs d'urbanisme devraient avoir été exprimés de manière concrète; la volonté de réviser la planification doit se poursuivre avec diligence et s'exprimer dans le temps; et les objectifs de planification devraient s'apprécier au regard des chances de sa réalisation.
Il est vrai que l'arrêt attaqué ne recense pas beaucoup d'actions concrètes en vue de l'adoption d'une nouvelle planification. Cela étant, on peut, comme l'allègue le département, se référer au projet déjà élaboré et mis à l'enquête publique. Celui-ci était suffisamment abouti pour que les exigences que mentionne la recourante, telles que le caractère concret des objectifs d'urbanisme, la diligence, l'expression dans le temps ou la matérialité des objectifs de planification puissent être considérées comme étant respectées. Aussi, peu nombreuses sont les démarches restant à entreprendre. En dépit du refus de ce projet en votation populaire cantonale, celle-ci ne valant "que" préavis, on pouvait, comme l'a constaté la cour cantonale, laisser au département le bénéfice du doute lorsqu'il affirmait avoir la volonté de poursuivre cette planification. Ceci est d'autant plus vrai que cette tâche lui incombe en vertu de la planification directrice cantonale en vigueur. Au jour de l'arrêt attaqué, le 9 février 2021, s'il ne restait certes que peu de temps jusqu'à l'échéance du délai de l'art. 13B LaLAT (en novembre 2021), une éventuelle adoption du nouveau plan restait encore envisageable. Comme l'expose la recourante, les étapes requises
par la législation cantonale (art. 16 LaLAT) impliquent au minimum d'entendre la commune sur le refus populaire, de mettre à l'enquête publique le projet pendant 30 jours, puis de soumettre celui-ci au Grand Conseil, afin que cette autorité statue au plus tard dans les quatre mois. Il n'apparaît ainsi pas que certaines étapes indispensables à l'adoption de la planification fussent d'ores et déjà, au jour où la cour cantonale a rendu son arrêt, rendues impossibles faute du temps nécessaire à leur réalisation.
Dans ces circonstances, il n'est pas arbitraire d'avoir considéré que l'adoption d'une nouvelle planification justifiait le refus de l'octroi de l'autorisation préalable de construire.
En revanche, la seule mention de l'objectif de modification de zone au plan directeur cantonal ne saurait ensuite justifier un refus au-delà du délai de deux ans prévu par l'art. 13B al. 2 LaLAT, car une base légale ferait alors manifestement défaut et il serait en outre douteux que le principe de la proportionnalité demeure respecté.
4.
La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 59 al. 4

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione: |
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a | del diritto federale; |
b | del diritto internazionale; |
c | dei diritti costituzionali cantonali; |
d | delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari; |
e | del diritto intercantonale. |

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione: |
|
a | del diritto federale; |
b | del diritto internazionale; |
c | dei diritti costituzionali cantonali; |
d | delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari; |
e | del diritto intercantonale. |
4.1. L'art. 59

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione: |
|
a | del diritto federale; |
b | del diritto internazionale; |
c | dei diritti costituzionali cantonali; |
d | delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari; |
e | del diritto intercantonale. |

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione: |
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a | del diritto federale; |
b | del diritto internazionale; |
c | dei diritti costituzionali cantonali; |
d | delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari; |
e | del diritto intercantonale. |
4.2. Dans l'arrêt attaqué, la cour cantonale a jugé ne pas être compétente pour apprécier la décision du département quant aux circonstances justifiant l'octroi ou non d'une dérogation, cet élément relevant de l'opportunité. Elle a en tout état constaté que la volonté de densification exprimée par les autorités était suffisante pour motiver un refus de dérogation. A cela s'ajoutait, selon la cour cantonale, que le projet de la recourante mettait à mal les deux bâtiments sis sur la parcelle que la CMNS préconisait de conserver. L'arrêt attaqué relève également que le projet n'est pas contradictoire avec cette sauvegarde, celui-ci devant être coordonné avec une demande de démolition à instruire. La recourante n'aurait au demeurant pas été privée de la faculté de déposer une telle demande de démolition, rien ne l'empêchant de déposer celle-ci parallèlement à la demande d'autorisation préalable ou définitive de construire.
En dépit de l'importance que lui accorde la cour cantonale dans son arrêt, la problématique de la démolition des bâtiments existants n'a été exposée qu'à titre superfétatoire par le département et n'est ainsi en rien décisive dans la décision qui a été prise. Aussi, la cour cantonale n'a-t-elle pas versé dans l'arbitraire en constatant que le département n'était pas tenu d'interpeller la recourante sur cette question pour qu'elle dépose une demande coordonnée de permis de démolir. En effet, une telle démarche aurait été vaine dans un contexte de refus du projet pour deux autres motifs (le refus conservatoire en vertu de l'art. 13B LaLAT et, sur le fond, le refus d'octroi d'une dérogation du taux d'occupation du sol).
Par ailleurs, au contraire de ce qu'affirme la recourante, vu la surface de la parcelle et les possibilités urbanistiques que cela implique, il n'apparaît de prime abord pas antinomique de vouloir tenter de conserver les bâtiments existants tout en se référant à une volonté de densification. A cet égard, la recourante ne fait qu'opposer son propre point de vue à celui de la cour cantonale sans s'en prendre à la motivation exposée.
Tout au plus peut-on se demander si la volonté de densification alléguée par les autorités cantonales peut justifier le refus d'octroi d'une dérogation relative au taux d'occupation du sol qui tendrait précisément à autoriser un projet plus dense que ce que prévoient les règles ordinaires de la zone d'affectation en vigueur. La recourante n'évoque pas expressément cette question; elle fait uniquement valoir que la cour cantonale s'est abusivement référée au changement de planification envisagé. Elle revient à cet égard sur ses arguments en lien avec l'arbitraire dans l'application de l'art. 13B LaLAT, en particulier le fait qu'aucune démarche concrète ne démontre la volonté de modifier le plan. Or, ainsi qu'on l'a vu, ce refus conservatoire n'est en l'état pas arbitraire. Dans cette mesure, le département se référant à une pratique administrative préconisant de ne pas octroyer de dérogation dans les secteurs pour lesquels des modifications de zone sont en cours, n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation sur ce point.
Il s'ensuit que le résultat auquel est parvenue la cour cantonale s'agissant du refus d'accorder la dérogation n'est pas arbitraire.
5.
Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti. |
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1 | Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti. |
2 | In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie. |
3 | Le spese inutili sono pagate da chi le causa. |
4 | Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso. |
5 | Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale. |
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département du territoire de la République et canton de Genève -Office des autorisations de construire et Service des affaires juridiques, ainsi qu'à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 22 décembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Chaix
La Greffière : Sidi-Ali