Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour II

B-5397/2012

Arrêt du 11 novembre 2013

Pascal Richard (président du collège),

Composition Francesco Brentani, David Aschmann, juges,

Muriel Tissot, greffière.

X._______,

Parties représentée par Me Stéphane Riand, avocat,

recourante,

Contre

Commission cantonale de recours en matière agricole
et de remaniements parcellaires,

p.a. Me Bernhard Burkard, notaire,

case postale 169, 3945 Gampel,

autorité inférieure,

Service de l'agriculture du canton du Valais,

Office pour la culture des champs et des paiements directs, case postale 437, 1951 Châteauneuf-Sion,

première instance.

Objet Paiements directs.

Faits :

A.

A.a X._______ (ci-après : la requérante ou la recourante) exploite un domaine agricole sis sur la commune de G._______ ; elle a requis des paiements directs pour l'année 2010.

A.b Par décision du 17 décembre 2010, le Service de l'agriculture du canton du Valais - Office des paiements directs (ci-après : le service de l'agriculture ou la première instance) lui a refusé le versement des paiements directs, à hauteur de Fr. 39'276.-, pour le motif que, depuis quelques années, elle ne satisfaisait que partiellement aux exigences de la législation relative à la protection des eaux.

A.c Statuant sur réclamation de la requérante, le service de l'agriculture l'a rejetée et a maintenu la décision du 17 décembre 2010 par prononcé du 4 avril 2011.

B.

B.a Le 5 mai 2011, la requérante a formé recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière agricole et de remaniements parcellaires (ci-après : la commission cantonale de recours ou l'autorité inférieure) contre cette décision ; elle a conclu, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de celle-ci et à l'allocation de paiements directs pour l'année 2010.

B.b Par décision du 7 mars 2012, notifiée le 18 avril 2012, la commission cantonale de recours a rejeté le recours. En substance, elle a considéré qu'il avait été constaté par décisions du Service de la protection de l'environnement (SPE) des 16 mars 2005 et 30 juin 2006 que la fumière de l'exploitation de la recourante n'était pas étanche et n'avait pas une capacité suffisante, ce qui entraînait à terme une pollution des eaux dangereuse pour la nature et pour l'environnement. Elle a relevé que la recourante n'avait entrepris aucune démarche en vue de remédier à ces manquements. La violation des dispositions environnementales étant grave, volontaire et répétée, il se justifiait dès lors de lui refuser l'allocation de paiements directs.

C.
Par ordonnance du 12 octobre 2012, la commission cantonale de recours a transmis au Tribunal administratif fédéral une écriture datée du 4 mai 2012 que lui avait adressé l'époux de la recourante, Y._______, et dans laquelle il formulait plusieurs reproches à l'encontre de la décision rendue le 7 mars 2012. Celui-ci se plaint notamment de ce que la commission cantonale de recours n'a pas répondu à la suite de la transmission du courrier du 30 janvier 2012 concernant le versement de paiements directs à hauteur de Fr. 40'856.- et conteste l'inétanchéité de la fosse ainsi que la possibilité d'utiliser le chemin existant pour vider celle-ci.

Sur invitation du Tribunal administratif fédéral, la recourante a confirmé que le courrier daté du 4 mai 2012 devait être considéré comme un recours par envoi du 8 novembre 2012, concluant implicitement à l'allocation de paiements directs pour l'année 2010 ; elle a produit une procuration justifiant les pouvoirs de son mari en date du 21 novembre 2012.

D.

D.a Invité à se déterminer sur le recours, le service de l'agriculture conclut à son rejet dans sa réponse du 15 janvier 2013. Il relève que l'exploitation de la recourante n'est pas conforme à la législation sur la protection de l'environnement depuis de nombreuses années et que, pour 2010, cela a été expressément constaté lors du contrôle de police du 23 novembre 2010 et par constat du SPE du 14 décembre 2010. Il indique également que, contrairement à ce que prétend la recourante, il lui était possible de respecter les exigences légales en la matière, la fosse à purin comme la fumière étant accessibles pour une évacuation du lisier.

D.b Dans ses observations du 21 janvier 2013, la commission cantonale de recours requiert le rejet du recours. Elle fait valoir que le droit d'être entendue de la recourante a été respecté, plus particulièrement que la réponse au courrier du 30 janvier 2012 consiste en la décision querellée. Elle mentionne ensuite que les manquements à la législation relative à la protection de l'environnement ont été constatés par une décision entrée en force et que, lors de l'inspection sur place, il a pu être constaté que la fosse n'était pas vidée et que l'étanchéité posait problème. Elle indique encore que la fosse pouvait être vidée - dès lors qu'elle était accessible par le bas du terrain - mais que la recourante et son époux refusaient d'évacuer le lisier comme de rendre les installations conformes aux exigences légales.

E.
Par courrier du 23 janvier 2013, la recourante a informé le tribunal qu'elle ne souhaitait plus être représentée par son époux dans la procédure.

F.
Consulté dans cette affaire en qualité d'autorité spécialisée, l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) a indiqué dans sa prise de position du 20 février 2013, complétée le 15 avril 2013, que ni le contrôle de police du 23 novembre 2010 ni le constat du SPE du 14 décembre 2010 ne constituaient une décision formelle exécutoire établissant que les dispositions en matière de protection des eaux n'avaient pas été respectées en 2010, de sorte que les manquements constatés ne pouvaient être sanctionnés par une réduction des paiements directs.

G.
Par écriture du 28 mai 2013, complétée le 31 mai 2013, la recourante, représentée pour la première fois par un mandataire professionnel, a conclu, sous suite de frais et dépens, à l'admission du recours, à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi du dossier pour nouvelle décision. Elle fait valoir, se référant à l'avis de l'OFAG, qu'il n'existait aucune décision exécutoire constatant l'éventuel non-respect de la législation sur la protection des eaux depuis 2007. Elle conteste pour le surplus que ces installations ne seraient pas conformes aux prescriptions et produit plusieurs pièces dans le but de démontrer son point de vue ainsi que se plaint d'un prétendu harcèlement administratif de la part des autorités.

H.
Le 26 juin 2013, la première instance a fait parvenir au Tribunal administratif fédéral une dénonciation pénale du 25 juin 2008 du SPE à l'encontre de Y._______, une ordonnance pénale du 11 juillet 2008 pour insoumission à la décision de l'autorité, ainsi qu'une décision rendue le 22 mai 2013 par le Département des transports, de l'équipement et de l'environnement du canton du Valais (ci-après : le département) constatant que, pour les années 2007 à 2013, les installations de stockage des engrais de ferme de la recourante n'étaient pas conformes aux exigences de la législation fédérale sur la protection des eaux. Elle a en outre précisé que cette décision n'avait fait l'objet d'aucun recours dans le délai arrivé à échéance le 22 juin 2013.

I.
La recourante et la première instance se sont encore exprimées par écritures respectivement des 3 et 4 juillet 2013. En particulier, la recourante s'est plainte de ce que la décision du département n'ait pas été notifiée à son mandataire et a fait valoir que, de toute manière, dite décision est postérieure à celle faisant l'objet du litige. Par courrier du 29 juillet 2013, la recourante a encore transmis des documents au tribunal, dont notamment une ordonnance pénale du département du 17 juillet 2013.

J.
A nouveau invité à compléter ses précédents avis, l'OFAG a indiqué le
13 août 2013 que le fait de constater que la législation sectorielle sur la protection des eaux a été violée à plusieurs reprises sur une période de six à sept ans dans une seule décision n'est pas conforme à la logique du système de sanctions prévues dans le cadre des paiements directs. L'absence d'une description claire des actes reprochés à l'exploitant agricole et d'informations précises sur la catégorie d'infractions et sur la gravité de celles-ci ne permet pas, d'une part, de réduire de manière proportionnelle les paiements directs pour l'ensemble des années déterminantes et, d'autre part, de prévenir la récidive, en donnant la possibilité au contrevenant de remédier à la situation dans un délai précis, la priorité étant le rétablissement d'une situation conforme au droit.

K.
La recourante et la première instance se sont déterminées par courriers respectivement du 22 août 2013 et des 26 août et 4 septembre 2013. La première instance avance notamment que les exigences requises par l'OFAG quant à la description du comportement de la recourante seraient facétieuses en l'espèce, voire consacreraient un formalisme excessif. Elle ajoute que, à ce jour, la réduction des paiements directs n'a pas été subordonnée à ce que l'autorité d'exécution ordonne des mesures administratives pour éviter la pollution des eaux et permette au contrevenant de remédier à la situation. Sur ce point, elle distingue deux procédures, l'une concernant le stockage d'engrais de ferme et l'autre relative à l'assainissement des installations de stockage ; elle précise qu'aucune mesure d'exécution par substitution ne saurait raisonnablement être exigée de l'autorité d'exécution pour la seconde alors que, pour la première, des mesures ont été prises en 2006 et sont actuellement en cours.

Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.

Droit :

1.
Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (cf. art. 31
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 31 Grundsatz - Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt Beschwerden gegen Verfügungen nach Artikel 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 196819 über das Verwaltungsverfahren (VwVG).
, 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
et 33
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater  des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
let. i de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32], art. 5 al. 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021], art. 166 al. 2
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 166 Im Allgemeinen - 1 Beim zuständigen Bundesamt kann Beschwerde erhoben werden gegen Verfügungen von Organisationen und Firmen nach Artikel 180.
1    Beim zuständigen Bundesamt kann Beschwerde erhoben werden gegen Verfügungen von Organisationen und Firmen nach Artikel 180.
2    Gegen Verfügungen der Bundesämter, der Departemente und letzter kantonaler Instanzen in Anwendung dieses Gesetzes und seiner Ausführungsbestimmungen kann beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde erhoben werden; ausgenommen sind kantonale Verfügungen über Strukturverbesserungen.223
2bis    Bevor das Bundesverwaltungsgericht über Beschwerden entscheidet, welche die Einfuhr, die Ausfuhr oder das Inverkehrbringen von Pflanzenschutzmitteln betreffen, hört es die am vorinstanzlichen Verfahren beteiligten Beurteilungsstellen an.224
3    Das zuständige Bundesamt ist berechtigt, gegen Verfügungen der kantonalen Behörden in Anwendung dieses Gesetzes und seiner Ausführungserlasse die Rechtsmittel des kantonalen und des eidgenössischen Rechts zu ergreifen.
4    Die kantonalen Behörden eröffnen ihre Verfügungen sofort und unentgeltlich dem zuständigen Bundesamt. Der Bundesrat kann Ausnahmen vorsehen.
de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture [LAgr, RS 910.1], art. 3 de la loi valaisanne sur l'organisation de la Justice du 11 février 2009 [LOJ, RS/VS 173.1] ainsi qu'art. 104 al. 1 de la loi valaisanne sur l'agriculture et le développement rural du 8 février 2007 [RS/VS 910.1] et art. 1 al. 1 de l'ordonnance valaisanne sur l'agriculture et le développement rural du 20 juin 2007 [RS/VS 910.100]).

La qualité pour recourir doit être reconnue à la recourante (cf. art. 48 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 - 1 Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA). Les autres conditions de recevabilité sont respectées (cf. art. 11 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 11 - 1 Auf jeder Stufe des Verfahrens kann die Partei sich, wenn sie nicht persönlich zu handeln hat, vertreten oder, soweit die Dringlichkeit einer amtlichen Untersuchung es nicht ausschliesst, verbeiständen lassen.30
1    Auf jeder Stufe des Verfahrens kann die Partei sich, wenn sie nicht persönlich zu handeln hat, vertreten oder, soweit die Dringlichkeit einer amtlichen Untersuchung es nicht ausschliesst, verbeiständen lassen.30
2    Die Behörde kann den Vertreter auffordern, sich durch schriftliche Vollmacht auszuweisen.
3    Solange die Partei die Vollmacht nicht widerruft, macht die Behörde ihre Mitteilungen an den Vertreter.
, 50 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 50 - 1 Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
1    Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
2    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
, 52 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 - 1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
et 63 al. 4
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA).

Le recours est donc recevable.

2.
Selon l'art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA, le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, ainsi que pour la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. En revanche, le grief de l'inopportunité ne peut être invoqué lorsque, comme en l'espèce, une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.

3.
Les textes légaux en matière de paiements directs ayant subi des modifications depuis 2010, il convient en premier lieu d'examiner quel est le droit applicable. La disposition transitoire de l'art. 187 al. 1
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 187 - 1 Die aufgehobenen Bestimmungen bleiben auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen anwendbar, mit Ausnahme der Verfahrensvorschriften.
1    Die aufgehobenen Bestimmungen bleiben auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen anwendbar, mit Ausnahme der Verfahrensvorschriften.
10    Die Voraussetzung eines ökologischen Leistungsnachweises nach Artikel 70 Absatz 2 tritt spätestens fünf Jahre nach Inkrafttreten dieses Gesetzes in Kraft.
14    Der Bundesrat erlässt Vorschriften über die Rücknahme der Beleihung der gemeinsamen Organisation nach Artikel 1 Absatz 2 der Käsemarktordnung vom 27. Juni 1969277. Die vom Bundesrat bezeichneten Departemente und Ämter sind befugt, der gemeinsamen Organisation Weisungen über die Verwertung von Aktiven und die Erfüllung von Verbindlichkeiten zu erteilen; Leistungen des Bundes setzen die Einhaltung solcher Weisungen voraus. Die Wahl der von der gemeinsamen Organisation bestimmten Liquidatoren bedarf der Genehmigung durch das vom Bundesrat bezeichnete Departement. Die durch die Liquidation der gemeinsamen Organisation entstehenden Kosten trägt der Bund. Der Bundesrat sorgt dafür, dass den Trägern der gemeinsamen Organisation keine Leistungen aus der Liquidation zufliessen; er entscheidet auch, inwieweit das Aktienkapital zurückbezahlt wird.
15    Artikel 55 tritt erst mit der Aufhebung des Getreidegesetzes vom 20. März 1959278 in Kraft.
LAgr prévoit que, à l'exception des dispositions relatives à la procédure, les dispositions abrogées restent applicables aux faits survenus pendant qu'elles étaient en vigueur. Le droit applicable à la présente procédure est, par conséquent, celui en vigueur en 2010. Le droit actuellement en vigueur sera toutefois cité dans le présent arrêt dès lors que les dispositions décisives pour les cas d'espèce ne sont pas concernées par les modifications légales intervenues depuis 2010.

4.

4.1 A teneur de l'art. 1
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 1 Zweck - Der Bund sorgt dafür, dass die Landwirtschaft durch eine nachhaltige und auf den Markt ausgerichtete Produktion einen wesentlichen Beitrag leistet zur:
a  sicheren Versorgung der Bevölkerung;
b  Erhaltung der natürlichen Lebensgrundlagen;
c  Pflege der Kulturlandschaft;
d  dezentralen Besiedelung des Landes;
e  Gewährleistung des Tierwohls.
LAgr, la Confédération veille à ce que l'agriculture, par une production répondant à la fois aux exigences du développement durable et à celles du marché, contribue substantiellement : (let. a) à la sécurité de l'approvisionnement de la population ; (let. b) à la conservation des ressources naturelles ; (let. c) à l'entretien du paysage rural ; (let. d) à l'occupation décentralisée du territoire. La Confédération prend notamment comme mesure celle de rémunérer, au moyen de paiements directs, les prestations écologiques et celles d'intérêt public fournies par les exploitations paysannes cultivant le sol (art. 2 al. 1 let. b
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 2 Massnahmen des Bundes - 1 Der Bund trifft namentlich folgende Massnahmen:
1    Der Bund trifft namentlich folgende Massnahmen:
a  Er schafft günstige Rahmenbedingungen für Produktion und Absatz landwirtschaftlicher Erzeugnisse.
b  Er gilt gemeinwirtschaftliche Leistungen von bodenbewirtschaftenden bäuerlichen Betrieben mit Direktzahlungen ab.
cbis  Er sorgt für eine sozialverträgliche Entwicklung in der Landwirtschaft.
d  Er unterstützt Strukturverbesserungen.
e  Er fördert die landwirtschaftliche Forschung und Beratung sowie die Pflanzen- und Tierzucht.
f  Er regelt den Pflanzenschutz und die Verwendung von Produktionsmitteln8.
2    Die Massnahmen des Bundes setzen eine zumutbare Selbsthilfe voraus. Sie werden mit den Instrumenten der Regionalpolitik koordiniert.
3    Sie unterstützen die Ausrichtung der Land- und Ernährungswirtschaft auf eine gemeinsame Qualitätsstrategie.9
4    Sie orientieren sich am Grundsatz der Ernährungssouveränität zur Berücksichtigung der Bedürfnisse der Konsumenten und Konsumentinnen nach qualitativ hochwertigen, vielfältigen und nachhaltigen inländischen Produkten.10
5    Unterstützungsmassnahmen, die geeignet sind, den Wettbewerb zulasten von Gewerbe und Industrie zu verzerren, sind ausgeschlossen. Die Verfahren richten sich nach Artikel 89a. Der Bundesrat regelt die Einzelheiten.11
LAgr).

4.2 Selon l'art. 70 al. 1
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 70 Grundsatz - 1 Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
1    Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
2    Die Direktzahlungen umfassen:
a  Kulturlandschaftsbeiträge;
b  Versorgungssicherheitsbeiträge;
c  Biodiversitätsbeiträge;
d  Landschaftsqualitätsbeiträge;
e  Produktionssystembeiträge;
f  Ressourceneffizienzbeiträge;
g  Übergangsbeiträge.
3    Der Bundesrat legt die Höhe der Beiträge fest. Dabei berücksichtigt er das Ausmass der erbrachten gemeinwirtschaftlichen Leistungen, den mit der Erbringung dieser Leistungen verbundenen Aufwand und die auf dem Markt erzielbaren Erlöse.
LAgr, la Confédération octroie aux exploitants d'entreprises paysannes cultivant le sol des paiements directs généraux, des contributions écologiques et des contributions éthologiques, à condition qu'ils fournissent les prestations écologiques requises. Les agriculteurs souhaitant recevoir des paiements directs doivent respecter les dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement et des animaux applicables à l'agriculture (art. 70 al. 4
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 70 Grundsatz - 1 Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
1    Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
2    Die Direktzahlungen umfassen:
a  Kulturlandschaftsbeiträge;
b  Versorgungssicherheitsbeiträge;
c  Biodiversitätsbeiträge;
d  Landschaftsqualitätsbeiträge;
e  Produktionssystembeiträge;
f  Ressourceneffizienzbeiträge;
g  Übergangsbeiträge.
3    Der Bundesrat legt die Höhe der Beiträge fest. Dabei berücksichtigt er das Ausmass der erbrachten gemeinwirtschaftlichen Leistungen, den mit der Erbringung dieser Leistungen verbundenen Aufwand und die auf dem Markt erzielbaren Erlöse.
LAgr). L'art. 6 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux, RS 814.20) prévoit qu'il est interdit d'introduire directement ou indirectement dans une eau des substances de nature à la polluer ; l'infiltration de telles substances est également interdite (al. 1). De même, il est interdit de déposer et d'épandre de telles substances hors d'une eau s'il existe un risque concret de pollution de l'eau (al. 2). Toute exploitation pratiquant la garde d'animaux de rente doit disposer d'installations permettant d'entreposer les engrais de ferme pendant trois mois au moins (cf. art. 14 al. 3
SR 814.20 Bundesgesetz vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (Gewässerschutzgesetz, GSchG) - Gewässerschutzgesetz
GSchG Art. 14 Betriebe mit Nutztierhaltung - 1 Auf jedem Betrieb mit Nutztierhaltung ist eine ausgeglichene Düngerbilanz anzustreben.
1    Auf jedem Betrieb mit Nutztierhaltung ist eine ausgeglichene Düngerbilanz anzustreben.
2    Hofdünger muss umweltverträglich und entsprechend dem Stand der Technik landwirtschaftlich oder gartenbaulich verwertet werden.
3    Im Betrieb müssen dafür Lagereinrichtungen mit einer Kapazität von mindestens drei Monaten vorhanden sein. Die kantonale Behörde kann jedoch für Betriebe im Berggebiet oder in ungünstigen klimatischen oder besonderen pflanzenbaulichen Verhältnissen eine grössere Lagerkapazität anordnen. Für Ställe, die nur für kurze Zeit mit Tieren belegt sind, kann sie eine kleinere Lagerkapazität bewilligen.
4    Auf 1 ha Nutzfläche darf der Dünger von höchstens drei Düngergrossvieheinheiten ausgebracht werden. Wird ein Teil des im Betrieb anfallenden Hofdüngers ausserhalb des ortsüblichen Bewirtschaftungsbereichs verwertet, so dürfen nur so viele Nutztiere gehalten werden, dass mindestens die Hälfte des im Betrieb anfallenden Hofdüngers auf der eigenen oder gepachteten Nutzfläche verwertet werden kann.15
5    Betriebe, die Dünger abgeben, müssen jede Abgabe im Informationssystem nach Artikel 165f des Landwirtschaftsgesetzes vom 29. April 199816 erfassen.17
6    Die kantonale Behörde setzt die pro ha zulässigen Düngergrossvieheinheiten herab, soweit Bodenbelastbarkeit, Höhenlage und topographische Verhältnisse dies erfordern.
7    Der Bundesrat kann Ausnahmen von den Anforderungen an die Nutzfläche vorsehen für:
a  die Geflügel- und die Pferdehaltung sowie für bereits bestehende kleinere und mittlere Betriebe mit anderer Nutztierhaltung;
b  die Betriebe, die Aufgaben im öffentlichen Interesse erfüllen (Abfallverwertung, Forschung usw.).
8    Eine Düngergrossvieheinheit entspricht dem durchschnittlichen jährlichen Anfall von Gülle und Mist einer 600 kg schweren Kuh.
en lien avec al. 1 LEaux). Ces installations doivent disposer de la capacité de stockage prescrite, être étanches, en état de fonctionner et utilisées correctement (art. 28
SR 814.201 Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV)
GSchV Art. 28 - 1 Die kantonale Behörde sorgt dafür, dass die Lagereinrichtungen für Hofdünger und flüssiges Gärgut regelmässig kontrolliert werden; die Zeitabstände richten sich nach der Gewässergefährdung.29
1    Die kantonale Behörde sorgt dafür, dass die Lagereinrichtungen für Hofdünger und flüssiges Gärgut regelmässig kontrolliert werden; die Zeitabstände richten sich nach der Gewässergefährdung.29
2    Kontrolliert wird, ob:
a  die vorgeschriebene Lagerkapazität vorhanden ist;
b  die Lagereinrichtungen (einschliesslich Leitungen) dicht sind;
c  die Einrichtungen funktionstüchtig sind;
d  die Einrichtungen ordnungsgemäss betrieben werden.
de l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux [OEaux, RS 814.201]).

4.3 Les contributions peuvent être réduites ou refusées si le requérant viole la présente loi, ses dispositions d'exécution ou les décisions qui en découlent (art. 170 al. 1
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 170 Kürzung und Verweigerung von Beiträgen - 1 Die Beiträge können gekürzt oder verweigert werden, wenn der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin dieses Gesetz, die Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verletzt.
1    Die Beiträge können gekürzt oder verweigert werden, wenn der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin dieses Gesetz, die Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verletzt.
2    Die Kürzung oder Verweigerung gilt mindestens für die Jahre, in denen der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin die Bestimmungen verletzt hat.
2bis    Bei Nichteinhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgebenden Bestimmungen der Gewässerschutz-, der Umweltschutz- und der Tierschutzgesetzgebung kann die Kürzung und Verweigerung bei allen Direktzahlungsarten erfolgen.229
3    Der Bundesrat regelt die Kürzungen bei Verletzung von Vorschriften im Bereich der Direktzahlungen und des Pflanzenbaus.230
LAgr) ; elles sont réduites ou refusées au moins pour les années où le requérant a violé les dispositions (art. 170 al. 2
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 170 Kürzung und Verweigerung von Beiträgen - 1 Die Beiträge können gekürzt oder verweigert werden, wenn der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin dieses Gesetz, die Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verletzt.
1    Die Beiträge können gekürzt oder verweigert werden, wenn der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin dieses Gesetz, die Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verletzt.
2    Die Kürzung oder Verweigerung gilt mindestens für die Jahre, in denen der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin die Bestimmungen verletzt hat.
2bis    Bei Nichteinhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgebenden Bestimmungen der Gewässerschutz-, der Umweltschutz- und der Tierschutzgesetzgebung kann die Kürzung und Verweigerung bei allen Direktzahlungsarten erfolgen.229
3    Der Bundesrat regelt die Kürzungen bei Verletzung von Vorschriften im Bereich der Direktzahlungen und des Pflanzenbaus.230
LAgr). Le Conseil fédéral règle les réductions applicables en cas de violation de dispositions relatives aux paiements directs et à la production végétale (art. 170 al. 3
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 170 Kürzung und Verweigerung von Beiträgen - 1 Die Beiträge können gekürzt oder verweigert werden, wenn der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin dieses Gesetz, die Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verletzt.
1    Die Beiträge können gekürzt oder verweigert werden, wenn der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin dieses Gesetz, die Ausführungsbestimmungen oder die gestützt darauf erlassenen Verfügungen verletzt.
2    Die Kürzung oder Verweigerung gilt mindestens für die Jahre, in denen der Gesuchsteller oder die Gesuchstellerin die Bestimmungen verletzt hat.
2bis    Bei Nichteinhaltung der für die landwirtschaftliche Produktion massgebenden Bestimmungen der Gewässerschutz-, der Umweltschutz- und der Tierschutzgesetzgebung kann die Kürzung und Verweigerung bei allen Direktzahlungsarten erfolgen.229
3    Der Bundesrat regelt die Kürzungen bei Verletzung von Vorschriften im Bereich der Direktzahlungen und des Pflanzenbaus.230
LAgr).

Fondé sur cette dernière disposition, l'art. 70 al. 1 let. e
SR 910.13 Verordnung vom 23. Oktober 2013 über die Direktzahlungen an die Landwirtschaft (Direktzahlungsverordnung, DZV) - Direktzahlungsverordnung
DZV Art. 70 Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen - 1 Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
1    Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
a  im Obstbau für Obstanlagen nach Artikel 22 Absatz 2 LBV135;
b  im Rebbau;
c  im Beerenanbau.
2    Der Anbau hat unter Verzicht auf den Einsatz von Insektiziden, Akariziden und Fungiziden nach der Blüte zu erfolgen. Erlaubt ist der Einsatz von Pflanzenschutzmitteln, die nach der Bio-Verordnung vom 22. September 1997136 erlaubt sind.
3    Der Kupfereinsatz darf pro Hektare und Jahr nicht überschreiten:
a  im Reb- und Kernobstbau: 1,5 kg;
b  im Steinobst- und im Beerenanbau sowie im Anbau von anderem Obst, ohne Kernobst: 3 kg.
4    Die Anforderungen nach den Absätzen 2 und 3 müssen auf einer Fläche während vier aufeinanderfolgenden Jahren erfüllt werden.
5    Das Stadium «nach der Blüte» ist definiert durch folgende phänologische Stadien gemäss der BBCH-Skala in der «Monografie Entwicklungsstadien mono- und dikotyler Pflanzen»138:
a  im Obstbau, Code 71: beim Kernobst «Fruchtdurchmesser bis 10 mm (Nachblütefruchtfall)», beim Steinobst «Fruchtknoten vergrössert sich (Nachblütefruchtfall)», bei anderem Obst «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten»;
b  im Rebbau, Code 73: «Beeren sind schrotkorngross; Trauben beginnen sich abzusenken»;
c  im Beerenanbau, Code 71: «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten».
de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les paiements directs versés dans l'agriculture (OPD, RS 910.13) prévoit que les cantons réduisent ou refusent les paiements directs conformément à la Directive de la Conférence des directeurs cantonaux de l'agriculture du 27 janvier 2005 (version du 12 septembre 2008) (ci-après : la directive) concernant la réduction des paiements directs, lorsque le requérant : ne respecte pas les dispositions applicables à l'agriculture de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage. La violation de ces dispositions doit être constatée par voie de décision ayant force exécutoire (art. 70 al. 2
SR 910.13 Verordnung vom 23. Oktober 2013 über die Direktzahlungen an die Landwirtschaft (Direktzahlungsverordnung, DZV) - Direktzahlungsverordnung
DZV Art. 70 Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen - 1 Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
1    Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
a  im Obstbau für Obstanlagen nach Artikel 22 Absatz 2 LBV135;
b  im Rebbau;
c  im Beerenanbau.
2    Der Anbau hat unter Verzicht auf den Einsatz von Insektiziden, Akariziden und Fungiziden nach der Blüte zu erfolgen. Erlaubt ist der Einsatz von Pflanzenschutzmitteln, die nach der Bio-Verordnung vom 22. September 1997136 erlaubt sind.
3    Der Kupfereinsatz darf pro Hektare und Jahr nicht überschreiten:
a  im Reb- und Kernobstbau: 1,5 kg;
b  im Steinobst- und im Beerenanbau sowie im Anbau von anderem Obst, ohne Kernobst: 3 kg.
4    Die Anforderungen nach den Absätzen 2 und 3 müssen auf einer Fläche während vier aufeinanderfolgenden Jahren erfüllt werden.
5    Das Stadium «nach der Blüte» ist definiert durch folgende phänologische Stadien gemäss der BBCH-Skala in der «Monografie Entwicklungsstadien mono- und dikotyler Pflanzen»138:
a  im Obstbau, Code 71: beim Kernobst «Fruchtdurchmesser bis 10 mm (Nachblütefruchtfall)», beim Steinobst «Fruchtknoten vergrössert sich (Nachblütefruchtfall)», bei anderem Obst «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten»;
b  im Rebbau, Code 73: «Beeren sind schrotkorngross; Trauben beginnen sich abzusenken»;
c  im Beerenanbau, Code 71: «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten».
OPD). En cas de violation intentionnelle ou répétée des dispositions, les cantons peuvent refuser le versement des contributions pendant cinq ans au maximum (art. 70 al. 3
SR 910.13 Verordnung vom 23. Oktober 2013 über die Direktzahlungen an die Landwirtschaft (Direktzahlungsverordnung, DZV) - Direktzahlungsverordnung
DZV Art. 70 Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen - 1 Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
1    Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
a  im Obstbau für Obstanlagen nach Artikel 22 Absatz 2 LBV135;
b  im Rebbau;
c  im Beerenanbau.
2    Der Anbau hat unter Verzicht auf den Einsatz von Insektiziden, Akariziden und Fungiziden nach der Blüte zu erfolgen. Erlaubt ist der Einsatz von Pflanzenschutzmitteln, die nach der Bio-Verordnung vom 22. September 1997136 erlaubt sind.
3    Der Kupfereinsatz darf pro Hektare und Jahr nicht überschreiten:
a  im Reb- und Kernobstbau: 1,5 kg;
b  im Steinobst- und im Beerenanbau sowie im Anbau von anderem Obst, ohne Kernobst: 3 kg.
4    Die Anforderungen nach den Absätzen 2 und 3 müssen auf einer Fläche während vier aufeinanderfolgenden Jahren erfüllt werden.
5    Das Stadium «nach der Blüte» ist definiert durch folgende phänologische Stadien gemäss der BBCH-Skala in der «Monografie Entwicklungsstadien mono- und dikotyler Pflanzen»138:
a  im Obstbau, Code 71: beim Kernobst «Fruchtdurchmesser bis 10 mm (Nachblütefruchtfall)», beim Steinobst «Fruchtknoten vergrössert sich (Nachblütefruchtfall)», bei anderem Obst «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten»;
b  im Rebbau, Code 73: «Beeren sind schrotkorngross; Trauben beginnen sich abzusenken»;
c  im Beerenanbau, Code 71: «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten».
OPD).

Selon la jurisprudence du Tribunal administratif fédéral, la décision constatant la violation des dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage doit se rapporter à l'année pour laquelle des contributions ont été requises ; c'est-à dire que pour réduire, voire refuser, des paiements directs pour ce motif, il doit exister une décision constatant que le requérant a enfreint dites dispositions durant l'année pour laquelle il a formé sa demande. Il n'est en revanche pas nécessaire que la décision soit précisément datée de l'année en cause ; la constatation de violation des prescriptions relatives à la protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage s'y référant peut bien plus intervenir ultérieurement et rétroactivement. La décision au sens de l'art. 70 al. 2
SR 910.13 Verordnung vom 23. Oktober 2013 über die Direktzahlungen an die Landwirtschaft (Direktzahlungsverordnung, DZV) - Direktzahlungsverordnung
DZV Art. 70 Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen - 1 Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
1    Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
a  im Obstbau für Obstanlagen nach Artikel 22 Absatz 2 LBV135;
b  im Rebbau;
c  im Beerenanbau.
2    Der Anbau hat unter Verzicht auf den Einsatz von Insektiziden, Akariziden und Fungiziden nach der Blüte zu erfolgen. Erlaubt ist der Einsatz von Pflanzenschutzmitteln, die nach der Bio-Verordnung vom 22. September 1997136 erlaubt sind.
3    Der Kupfereinsatz darf pro Hektare und Jahr nicht überschreiten:
a  im Reb- und Kernobstbau: 1,5 kg;
b  im Steinobst- und im Beerenanbau sowie im Anbau von anderem Obst, ohne Kernobst: 3 kg.
4    Die Anforderungen nach den Absätzen 2 und 3 müssen auf einer Fläche während vier aufeinanderfolgenden Jahren erfüllt werden.
5    Das Stadium «nach der Blüte» ist definiert durch folgende phänologische Stadien gemäss der BBCH-Skala in der «Monografie Entwicklungsstadien mono- und dikotyler Pflanzen»138:
a  im Obstbau, Code 71: beim Kernobst «Fruchtdurchmesser bis 10 mm (Nachblütefruchtfall)», beim Steinobst «Fruchtknoten vergrössert sich (Nachblütefruchtfall)», bei anderem Obst «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten»;
b  im Rebbau, Code 73: «Beeren sind schrotkorngross; Trauben beginnen sich abzusenken»;
c  im Beerenanbau, Code 71: «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten».
OPD peut être prononcée par toute autorité chargée de veiller au respect des dispositions en matière de protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage, à savoir également par une autorité pénale (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral [TAF] B-1374/2012 du 19 décembre 2012 consid. 6.4.1, B-1764/2012 du 21 janvier 2013 consid. 6.1.1, B-4313/2012 du 8 février 2013 consid. 6.1.1 et
B-5203/2012 du 27 mars 2013 consid. 5.1).

4.4 Le dispositif de sanctions de la directive distingue entre les mesures administratives prononcées en cas d'indications fausses, de demandes présentées hors délai, d'entrave aux contrôles, d'omission d'annoncer les mesures (partie B), les réductions des paiements directs si les prestations écologiques requises ne sont pas fournies (partie C), le refus des contributions écologiques en raison du non-respect des conditions et des charges qui y sont liées (partie D), les diminutions proportionnelles des contributions éthologiques en cas de manquements (partie E) et les réductions des paiements directs en cas d'infractions aux prescriptions relatives à la protection des eaux, de l'environnement, ainsi que de la nature et du paysage pour autant que les infractions soient liées à la gestion de l'exploitation et qu'elles soient établies par voie de décision ayant force exécutoire prise par l'autorité d'exécution compétente (partie F). Lorsqu'une infraction donne lieu à une réduction selon la partie C, celle-ci prime ; les doubles réductions sont exclues.

5.
La recourante se plaint tout d'abord de ce qu'elle n'a obtenu aucune réponse de la part de l'autorité inférieure à la suite de la transmission d'un courrier du 30 janvier 2012 l'informant qu'elle allait prochainement percevoir des paiements directs à hauteur de Fr. 40'856.- pour l'année 2011. Elle invoque ainsi implicitement une violation de son droit d'être entendue, grief qu'il convient d'examiner préliminairement.

5.1 Le droit d'être entendu (art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst., RS 101]) comprend notamment le devoir minimum pour l'autorité d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (cf. ATF 126 I 97 consid. 2b, 133 III 235 consid. 5.2). Ce devoir est violé lorsque le juge ne prend pas en considération des allégués, arguments, preuves et offres de preuve présentés par l'une des parties et importants pour la décision à rendre (cf. ATF 133 III 235 consid. 5.2).

5.2 En l'espèce, le litige se rapporte exclusivement aux paiements directs que la recourante a requis pour l'année 2010. Aussi, le courrier transmis concernant les contributions requises pour l'année 2011 ne se réfère pas à l'objet du litige. C'est dès lors à juste titre que l'autorité précédente n'y a donné aucune suite (cf. arrêt du TAF B-1554/2009 du 16 juin 2009 consid. 2.1 et réf. cit.). Même à supposer que la recourante entendait déduire de ce courrier une prétention pour l'année 2010, il n'y aurait pas non plus de violation du droit d'être entendu. L'autorité n'est en effet pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties ; elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.2, 134 I 83 consid. 4.1). Or, le document précité ne se référant pas à l'année 2010, il n'était pas susceptible d'influer sur le sort de la cause.

Il s'ensuit que, mal fondé, le grief doit être rejeté.

6.
En l'occurrence, la question litigieuse à examiner à titre liminaire est celle de savoir si la décision de constatation rendue le 22 mai 2013 par le département doit être prise en compte dans la présente procédure ou si, comme semble le prétendre la recourante, le fait qu'elle ait été rendue postérieurement au prononcé de la décision querellée s'y oppose.

6.1 En procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral, des faits nouveaux, de nouveaux moyens de preuve ainsi qu'une nouvelle argumentation peuvent être présentés pour autant qu'ils n'excèdent pas l'objet du litige. L'art. 32 al. 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 32 - 1 Die Behörde würdigt, bevor sie verfügt, alle erheblichen und rechtzeitigen Vorbringen der Parteien.
1    Die Behörde würdigt, bevor sie verfügt, alle erheblichen und rechtzeitigen Vorbringen der Parteien.
2    Verspätete Parteivorbringen, die ausschlaggebend erscheinen, kann sie trotz der Verspätung berücksichtigen.
PA prévoit d'ailleurs expressément que l'autorité peut prendre en considération les allégués tardifs d'une partie s'ils paraissent décisifs. Nonobstant le terme « peut », il est généralement admis que l'autorité a l'obligation de prendre en considération les allégués et moyens de preuve tardifs d'une partie, pour autant que ceux-ci soient décisifs (cf. ATF 136 II 165 consid. 4.2 et réf. cit. ; ATAF 2009/64 consid. 7.3, 2009/9 consid. 3.3.1 et réf. cit.). Cela vaut également pour les allégués, moyens de preuve et arguments émanant de l'autorité inférieure dont la qualité sur ce point est similaire à celle d'une partie (cf. arrêt du TAF B-3837/2010 du 14 décembre 2011 consid. 2.1 et réf. cit.). Il découle en effet de la maxime inquisitoire de l'art. 12
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 12 - Die Behörde stellt den Sachverhalt von Amtes wegen fest und bedient sich nötigenfalls folgender Beweismittel:
a  Urkunden;
b  Auskünfte der Parteien;
c  Auskünfte oder Zeugnis von Drittpersonen;
d  Augenschein;
e  Gutachten von Sachverständigen.
PA et de sa libre cognition en matière de constatation des faits (cf. art. 49 let. b
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA) que le Tribunal administratif fédéral statue sur la base du dossier tel qu'il se présente au moment de l'arrêt sur recours (cf. ATAF 2009/64 consid. 7.3, 2009/9 consid. 3.3.1; 2012/21 consid. 5.1 et réf. cit.).

6.2 En l'espèce, la décision rendue le 22 mai 2013 par le département constate que, pour les années 2007 à 2013, les installations de stockage des engrais de ferme de la recourante n'étaient pas conformes aux exigences de la législation fédérale sur la protection des eaux. Dès lors que la réduction ou le refus des paiements directs est motivé par la violation des dispositions de la législation sur la protection des eaux par la recourante, dite décision se rapporte à l'objet du litige ; elle se révèle en outre décisive pour l'issue de litige. Dans ces circonstances, et conformément à la jurisprudence susmentionnée (cf. supra consid. 6.1), il en sera tenu compte, quand bien même cette décision a été rendue postérieurement à la décision entreprise.

7.
La recourante se plaint ensuite de ce que dite décision n'a pas été notifiée à son mandataire mais directement en ses mains, contestant implicitement le caractère exécutoire de celle-ci.

7.1 La notification irrégulière d'une décision ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties (art. 38
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 38 - Aus mangelhafter Eröffnung darf den Parteien kein Nachteil erwachsen.
PA). Cependant, la jurisprudence n'attache pas nécessairement la nullité à l'existence de vices dans la notification ; la protection des parties est suffisamment garantie lorsque la notification irrégulière atteint son but malgré cette irrégularité. Il y a donc lieu d'examiner, d'après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a réellement été induite en erreur par l'irrégularité de la notification et a, de ce fait, subi un préjudice. Il convient à cet égard de s'en tenir aux règles de la bonne foi qui imposent une limite à l'invocation du vice de forme (cf. ATF 122 I 97 consid. 3a/aa, 111 V 149 consid. 4c et réf. cit. ; arrêt du Tribunal fédéral [TF] C 196/00 du 10 mai 2001 consid. 3a et réf. cit., publié in : Revue de droit du travail et d'assurance-chômage [DTA] 2002 p. 65). Cela signifie notamment qu'une décision, fût-elle notifiée de manière irrégulière, peut entrer en force si elle n'est pas déférée au juge dans un délai raisonnable (cf. arrêt du TF I 982/06 du 17 juillet 2007). Selon la jurisprudence, lorsque une décision n'est pas notifiée au représentant d'une partie - dont l'existence est connue de l'autorité -, mais directement en mains de celle-ci, l'intéressé doit, en vertu de son devoir de diligence, se renseigner auprès de son mandataire de la suite donnée à son affaire au plus tard le dernier jour du délai de recours depuis la notification de la décision litigieuse, de sorte qu'il y a lieu de faire courir le délai de recours dès cette date (cf. arrêts du TF 9C_85/2011 du 17 janvier 2012 consid. 6.2, 6.3 et 6.8 et 9C_296/2011 du 28 février 2012 consid. 5.1).

7.2 En l'occurrence, selon la procuration produite, le mandataire de la recourante la représentait exclusivement pour la procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral. Il n'a pour le reste été produit aucune pièce permettant de déduire que ce mandat s'étendrait également à une procédure opposant la recourante au SPE ou au département dont il dépend. Par ailleurs, même à supposer que tel fût le cas, la recourante n'a nullement démontré avoir attaqué la décision du 22 mai 2013 dans les délais imposés par la jurisprudence susmentionnée. Il suit de là que dite décision s'avère exécutoire.

8.
Il convient ensuite d'examiner si un refus des paiements directs alloués à la recourante pouvait être ordonné, en particulier si la décision du 22 mai 2013 du département constitue un fondement suffisant pour ce faire.

8.1 L'allocation de paiements directs vise à rémunérer les prestations écologiques et celles d'intérêt public fournies par les exploitations paysannes cultivant le sol et, par là même, à contribuer à la conservation des ressources naturelles ainsi qu'à l'entretien du paysage (art. 1 let. b
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 1 Zweck - Der Bund sorgt dafür, dass die Landwirtschaft durch eine nachhaltige und auf den Markt ausgerichtete Produktion einen wesentlichen Beitrag leistet zur:
a  sicheren Versorgung der Bevölkerung;
b  Erhaltung der natürlichen Lebensgrundlagen;
c  Pflege der Kulturlandschaft;
d  dezentralen Besiedelung des Landes;
e  Gewährleistung des Tierwohls.
et c et 2 al. 1
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 2 Massnahmen des Bundes - 1 Der Bund trifft namentlich folgende Massnahmen:
1    Der Bund trifft namentlich folgende Massnahmen:
a  Er schafft günstige Rahmenbedingungen für Produktion und Absatz landwirtschaftlicher Erzeugnisse.
b  Er gilt gemeinwirtschaftliche Leistungen von bodenbewirtschaftenden bäuerlichen Betrieben mit Direktzahlungen ab.
cbis  Er sorgt für eine sozialverträgliche Entwicklung in der Landwirtschaft.
d  Er unterstützt Strukturverbesserungen.
e  Er fördert die landwirtschaftliche Forschung und Beratung sowie die Pflanzen- und Tierzucht.
f  Er regelt den Pflanzenschutz und die Verwendung von Produktionsmitteln8.
2    Die Massnahmen des Bundes setzen eine zumutbare Selbsthilfe voraus. Sie werden mit den Instrumenten der Regionalpolitik koordiniert.
3    Sie unterstützen die Ausrichtung der Land- und Ernährungswirtschaft auf eine gemeinsame Qualitätsstrategie.9
4    Sie orientieren sich am Grundsatz der Ernährungssouveränität zur Berücksichtigung der Bedürfnisse der Konsumenten und Konsumentinnen nach qualitativ hochwertigen, vielfältigen und nachhaltigen inländischen Produkten.10
5    Unterstützungsmassnahmen, die geeignet sind, den Wettbewerb zulasten von Gewerbe und Industrie zu verzerren, sind ausgeschlossen. Die Verfahren richten sich nach Artikel 89a. Der Bundesrat regelt die Einzelheiten.11
let. b LAgr). Le versement de paiements directs est dès lors subordonné à ce que des prestations écologiques et d'intérêt public soient effectivement fournies (art. 70 al. 1
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 70 Grundsatz - 1 Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
1    Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
2    Die Direktzahlungen umfassen:
a  Kulturlandschaftsbeiträge;
b  Versorgungssicherheitsbeiträge;
c  Biodiversitätsbeiträge;
d  Landschaftsqualitätsbeiträge;
e  Produktionssystembeiträge;
f  Ressourceneffizienzbeiträge;
g  Übergangsbeiträge.
3    Der Bundesrat legt die Höhe der Beiträge fest. Dabei berücksichtigt er das Ausmass der erbrachten gemeinwirtschaftlichen Leistungen, den mit der Erbringung dieser Leistungen verbundenen Aufwand und die auf dem Markt erzielbaren Erlöse.
à 3
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 70 Grundsatz - 1 Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
1    Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
2    Die Direktzahlungen umfassen:
a  Kulturlandschaftsbeiträge;
b  Versorgungssicherheitsbeiträge;
c  Biodiversitätsbeiträge;
d  Landschaftsqualitätsbeiträge;
e  Produktionssystembeiträge;
f  Ressourceneffizienzbeiträge;
g  Übergangsbeiträge.
3    Der Bundesrat legt die Höhe der Beiträge fest. Dabei berücksichtigt er das Ausmass der erbrachten gemeinwirtschaftlichen Leistungen, den mit der Erbringung dieser Leistungen verbundenen Aufwand und die auf dem Markt erzielbaren Erlöse.
LAgr). En outre, les exploitants agricoles doivent respecter les dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement et des animaux applicables à l'agriculture (art. 70 al. 4
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 70 Grundsatz - 1 Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
1    Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
2    Die Direktzahlungen umfassen:
a  Kulturlandschaftsbeiträge;
b  Versorgungssicherheitsbeiträge;
c  Biodiversitätsbeiträge;
d  Landschaftsqualitätsbeiträge;
e  Produktionssystembeiträge;
f  Ressourceneffizienzbeiträge;
g  Übergangsbeiträge.
3    Der Bundesrat legt die Höhe der Beiträge fest. Dabei berücksichtigt er das Ausmass der erbrachten gemeinwirtschaftlichen Leistungen, den mit der Erbringung dieser Leistungen verbundenen Aufwand und die auf dem Markt erzielbaren Erlöse.
LAgr). Si les prestations ne sont pas fournies ou en cas de non-respect des dispositions susmentionnées, il y a lieu de refuser ou de réduire l'allocation. Il ne s'agit pas là d'une sanction à caractère pénal ; le refus ou la réduction des paiements directs est au contraire motivé par le fait que la prestation attendue n'a pas été réalisée. Il faut par conséquent que la sanction soit en lien avec les dispositions auxquelles il a été contrevenu, comme il découle du texte même de l'art. 70 al. 4
SR 910.1 Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG) - Landwirtschaftsgesetz
LwG Art. 70 Grundsatz - 1 Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
1    Zur Abgeltung der gemeinwirtschaftlichen Leistungen werden Bewirtschaftern und Bewirtschafterinnen von landwirtschaftlichen Betrieben Direktzahlungen ausgerichtet.
2    Die Direktzahlungen umfassen:
a  Kulturlandschaftsbeiträge;
b  Versorgungssicherheitsbeiträge;
c  Biodiversitätsbeiträge;
d  Landschaftsqualitätsbeiträge;
e  Produktionssystembeiträge;
f  Ressourceneffizienzbeiträge;
g  Übergangsbeiträge.
3    Der Bundesrat legt die Höhe der Beiträge fest. Dabei berücksichtigt er das Ausmass der erbrachten gemeinwirtschaftlichen Leistungen, den mit der Erbringung dieser Leistungen verbundenen Aufwand und die auf dem Markt erzielbaren Erlöse.
LAgr qui exige le respect des dispositions de la législation sur la protection des eaux applicables à l'agriculture (cf. ATF 137 II 366 consid. 3.2 et réf. cit.).

De plus, la sanction doit être adaptée à l'ensemble des circonstances. Elle doit être proportionnée à l'infraction, tenir compte de la gravité objective de celle-ci, le cas échéant de la faute, et être suffisamment rigoureuse pour prévenir une récidive (cf. arrêt du TAF B-2226/2006 du 28 septembre 2007 consid. 5.1.2 et réf. cit.). Selon la directive, les infractions aux prescriptions relatives à la protection des eaux, de l'environnement, ainsi que de la nature et du paysage, sont en effet traitées individuellement en fonction des faits antérieurs et compte tenu des conséquences qu'elles ont entraînées. Elles sont attribuées à l'une des trois catégories suivantes : infractions uniques sans effets durables (exemple : épandage unique de purin, contraire à la législation sur la protection des eaux) ; infractions survenant pour la première fois aux effets persistants, agissements ou omissions s'étendant sur plusieurs jours, semaines ou mois (exemple : entreposage de fumier sur une place sans revêtement en dur, épandages successifs de purin, contraires à la législation sur la protection des eaux, à des jours différents) ; infractions répétées dans les quatre ans contre les mêmes dispositions ayant trait à l'agriculture. Chaque catégorie compte trois degrés de gravité : infraction par négligence, dol éventuel et infraction intentionnelle. Ce système conduit, pour des infractions répétées - en l'espace de quatre ans - commises intentionnellement, à un refus des paiements (partie F de la directive).

Aussi, la décision constatant la violation des dispositions applicables à l'agriculture de la législation sur la protection des eaux, de l'environnement, de la nature et du paysage (cf. art. 70 al. 2
SR 910.13 Verordnung vom 23. Oktober 2013 über die Direktzahlungen an die Landwirtschaft (Direktzahlungsverordnung, DZV) - Direktzahlungsverordnung
DZV Art. 70 Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen - 1 Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
1    Der Beitrag für den Verzicht auf Insektizide, Akarizide und Fungizide nach der Blüte bei Dauerkulturen wird pro Hektare in folgenden Bereichen ausgerichtet:
a  im Obstbau für Obstanlagen nach Artikel 22 Absatz 2 LBV135;
b  im Rebbau;
c  im Beerenanbau.
2    Der Anbau hat unter Verzicht auf den Einsatz von Insektiziden, Akariziden und Fungiziden nach der Blüte zu erfolgen. Erlaubt ist der Einsatz von Pflanzenschutzmitteln, die nach der Bio-Verordnung vom 22. September 1997136 erlaubt sind.
3    Der Kupfereinsatz darf pro Hektare und Jahr nicht überschreiten:
a  im Reb- und Kernobstbau: 1,5 kg;
b  im Steinobst- und im Beerenanbau sowie im Anbau von anderem Obst, ohne Kernobst: 3 kg.
4    Die Anforderungen nach den Absätzen 2 und 3 müssen auf einer Fläche während vier aufeinanderfolgenden Jahren erfüllt werden.
5    Das Stadium «nach der Blüte» ist definiert durch folgende phänologische Stadien gemäss der BBCH-Skala in der «Monografie Entwicklungsstadien mono- und dikotyler Pflanzen»138:
a  im Obstbau, Code 71: beim Kernobst «Fruchtdurchmesser bis 10 mm (Nachblütefruchtfall)», beim Steinobst «Fruchtknoten vergrössert sich (Nachblütefruchtfall)», bei anderem Obst «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten»;
b  im Rebbau, Code 73: «Beeren sind schrotkorngross; Trauben beginnen sich abzusenken»;
c  im Beerenanbau, Code 71: «Beginnendes Fruchtwachstum: Entwicklung erster Basisfrüchte; Abfallen der unbefruchteten Blüten».
OPD) doit permettre à l'autorité compétente en matière de paiements directs de déterminer, pour une année de contributions donnée, quelle infraction a été commise par l'exploitant agricole, le degré de gravité de celle-ci, ainsi que, le cas échéant, la faute du contrevenant ou s'il a récidivé sur plusieurs années, afin de fixer de manière proportionnelle la réduction, voire le refus, à opérer sur les paiements directs pour l'année en question. La décision de constatation constituant le fondement de la sanction prononcée par l'autorité compétente en matière de paiements directs, il s'impose que ces deux autorités coordonnent leurs activités.

8.2 En l'espèce, les autorités précédentes ont refusé le versement des paiements directs à la recourante pour l'année 2010. Ce faisant, elles ont considéré que la recourante avait violé de manière volontaire et répétée, en l'espace de quatre ans, les dispositions applicables à l'agriculture de la législation sur la protection des eaux (cf. supra consid. 8.1).

8.2.1 La décision rendue par le département en date du 22 mai 2013 constate en l'occurrence que, pour les années 2007 à 2013, les installations de stockage des engrais de ferme (fosse à lisier et fumière) de la recourante ne sont pas conformes aux exigences de la législation fédérale sur la protection des eaux (art. 14
SR 814.20 Bundesgesetz vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (Gewässerschutzgesetz, GSchG) - Gewässerschutzgesetz
GSchG Art. 14 Betriebe mit Nutztierhaltung - 1 Auf jedem Betrieb mit Nutztierhaltung ist eine ausgeglichene Düngerbilanz anzustreben.
1    Auf jedem Betrieb mit Nutztierhaltung ist eine ausgeglichene Düngerbilanz anzustreben.
2    Hofdünger muss umweltverträglich und entsprechend dem Stand der Technik landwirtschaftlich oder gartenbaulich verwertet werden.
3    Im Betrieb müssen dafür Lagereinrichtungen mit einer Kapazität von mindestens drei Monaten vorhanden sein. Die kantonale Behörde kann jedoch für Betriebe im Berggebiet oder in ungünstigen klimatischen oder besonderen pflanzenbaulichen Verhältnissen eine grössere Lagerkapazität anordnen. Für Ställe, die nur für kurze Zeit mit Tieren belegt sind, kann sie eine kleinere Lagerkapazität bewilligen.
4    Auf 1 ha Nutzfläche darf der Dünger von höchstens drei Düngergrossvieheinheiten ausgebracht werden. Wird ein Teil des im Betrieb anfallenden Hofdüngers ausserhalb des ortsüblichen Bewirtschaftungsbereichs verwertet, so dürfen nur so viele Nutztiere gehalten werden, dass mindestens die Hälfte des im Betrieb anfallenden Hofdüngers auf der eigenen oder gepachteten Nutzfläche verwertet werden kann.15
5    Betriebe, die Dünger abgeben, müssen jede Abgabe im Informationssystem nach Artikel 165f des Landwirtschaftsgesetzes vom 29. April 199816 erfassen.17
6    Die kantonale Behörde setzt die pro ha zulässigen Düngergrossvieheinheiten herab, soweit Bodenbelastbarkeit, Höhenlage und topographische Verhältnisse dies erfordern.
7    Der Bundesrat kann Ausnahmen von den Anforderungen an die Nutzfläche vorsehen für:
a  die Geflügel- und die Pferdehaltung sowie für bereits bestehende kleinere und mittlere Betriebe mit anderer Nutztierhaltung;
b  die Betriebe, die Aufgaben im öffentlichen Interesse erfüllen (Abfallverwertung, Forschung usw.).
8    Eine Düngergrossvieheinheit entspricht dem durchschnittlichen jährlichen Anfall von Gülle und Mist einer 600 kg schweren Kuh.
LEaux et 28 OEaux). Cette décision, toute générale et se référant à plusieurs années consécutives - y compris à l'année 2010 (cf. supra consid. 4.3) - ne définit pas précisément le comportement reproché à la recourante pour dite année ; elle ne contient en effet aucune indication sur les faits antérieurs, la gravité de l'infraction et la faute commise par la recourante, de sorte qu'elle ne permet pas, à elle seule, de déterminer si un refus des contributions s'avérait en l'espèce justifié. Néanmoins, à l'appui de dite décision, le département se réfère à une autre décision, du 30 juin 2006, versée au dossier et dans laquelle celui-ci avait notamment constaté que, pour l'année 2005 et la première moitié de l'année 2006, la recourante ne disposait pas d'une installation de stockage d'engrais de ferme (fumier) suffisamment dimensionnée et étanche, ce qui engendrait des débordements de fumier et des écoulements de purin à divers endroits et créant par là un risque concret, important et imminent de pollution des eaux de surface. Il avait de ce fait été ordonné à la recourante de rendre son installation de stockage défaillante conforme aux exigences légales au plus tard jusqu'au 31 août 2006. Dans la décision du 22 mai 2013, le département relève que, malgré de nombreux rappels et injonctions, cet ordre de mise en conformité n'a jamais été respecté par la recourante ; celle-ci persistant dans son comportement illicite et créant par là un risque de pollution des eaux. Il ressort également d'une ordonnance pénale du département du 17 juillet 2013, transmise par la recourante - et dont il peut être tenu compte dans le cadre de la présente procédure pour les motifs exposés au consid. 6.1 -, que les installations de stockage d'engrais de ferme de la recourante n'ont toujours pas été mises en conformité comme exigé dans la décision du 30 juin 2006, et ce malgré de nombreux rappels.

Il résulte de ce qui précède que l'infraction constatée par le département le 22 mai 2013 pour l'année 2010 notamment est la même que celle qui avait déjà fait l'objet de la décision du 30 juin 2006 ; l'état de fait incriminé n'ayant pas changé.

8.2.2 Pour autant, on ne saurait admettre un cas de récidive. Une récidive, au sens de la directive, ne peut être retenue que si l'autorité compétente a, au minimum, constaté - dans une décision exécutoire - une infraction et qu'en l'espace de quatre ans, elle constate à nouveau une violation des mêmes dispositions.

En l'espèce, l'infraction commise à la législation relative à la protection des eaux consiste en un état qui perdure, à savoir la défaillance de l'installation de stockage d'engrais de ferme. En pareil cas, il eût fallu, pour qu'il y ait récidive, qu'une décision fasse suite à la première décision rendue en 2006 et qu'elle constate le non-respect du délai imparti à la recourante pour rendre son installation conforme au droit. De plus, les manquements dans les domaines de la protection de la nature et du paysage ainsi que de la protection de l'environnement et des eaux doivent en premier lieu être sanctionnés par le biais des dispositions propres à ces domaines et non au moyen de réductions de paiements directs; il y a donc lieu de favoriser avant tout le rétablissement d'une situation contraire à la loi.

Aussi, une décision rendue en 2013 pour les besoins de la présente cause, constatant que la recourante s'est rendue coupable, durant notamment les années 2007 à 2010, de la même infraction que celle déjà constatée en 2006 ne satisfait pas à ses exigences. En effet, dès lors qu'elle n'intervient qu'en 2013 - soit sept ans après la première décision constatant une violation de la législation sur la protection des eaux - on ne saurait considérer qu'elle fait suite au non-respect du délai imparti à la recourante pour la remise en conformité, délai auquel elle ne se réfère d'ailleurs pas expressément. De plus, elle n'a pas offert à celle-ci une autre opportunité de se conformer aux exigences légales. On ne saurait en effet exclure que le prononcé d'une ou plusieurs décisions séparées satisfaisant à ces exigences et notifiées avant 2010 aurait amené la recourante à rétablir sa situation de manière conforme à la loi.

Au demeurant, la première infraction à la législation sur la protection des eaux a été constatée en 2006, pour l'année 2005 et la première moitié de l'année 2006. La répétition de dite infraction a été constatée en 2013 en référence notamment à 2010, année pour laquelle la recourante a requis des paiements directs. Or, la directive définit la récidive comme une infraction répétée dans les quatre ans contre les mêmes dispositions ayant trait à l'agriculture. S'agissant de l'ampleur de la réduction, elle prévoit une première, une deuxième et une troisième récidive en l'espace de quatre ans. Il s'ensuit que la computation des années pour déterminer l'espace de quatre ans doit prendre en compte l'année de la première constatation de l'infraction, à savoir en l'espèce 2006. Aussi, l'infraction constatée pour l'année 2010 ne se situe pas dans un espace de quatre ans par rapport à celle se référant à 2006 ; une récidive ne pouvant intervenir, selon les termes de la directive, que jusqu'en 2009.

8.2.3 Il s'ensuit qu'il y a lieu de considérer que la décision du 22 mai 2013 constate une première et unique infraction à la législation sur la protection des eaux (cf. supra consid. 8.1). Partant, c'est à tort que les autorités précédentes ont refusé à la recourante le versement de l'intégralité des paiements directs pour l'année 2010. Seule une réduction de ceux-ci est en l'espèce envisageable (cf. supra consid. 8.1).

8.3 Compte tenu des éléments, exposés ci-dessus, figurant dans la décision du département du 30 juin 2006, à laquelle renvoie la décision du 22 mai 2013, il y a lieu d'admettre que l'autorité compétente en matière de paiements directs est en mesure de déterminer le comportement reproché à la recourante pour l'année 2010, la gravité de l'infraction, les conséquences de celle-ci et la faute imputable à la contrevenante. Aussi, force est de retenir que la décision du 22 mai 2013 constitue un fondement suffisant pour ordonner une réduction des paiements directs à allouer à la recourante pour l'année 2010, proportionnelle à l'infraction commise cette année-là (cf. consid. 8.1).

Il n'est pour le surplus pas contesté que les dispositions de la législation sur la protection des eaux dont la violation a été constatée sont applicables à l'agriculture (cf. supra consid. 8.1).

9.
En tant que la recourante et la première instance se réfèrent aux infractions constatées ainsi qu'aux mesures à prendre en vue de rétablir une situation conforme au droit, leurs griefs et argumentations sortent du cadre du litige. Ceux-ci relèvent de la procédure ad hoc prévue par la législation relative à la protection des eaux. En effet, en subordonnant une réduction des paiements directs à l'existence d'une décision exécutoire constatant une infraction à ladite législation, on entendait précisément éviter que l'autorité compétente en matière de paiements directs ne se prononce sur de telles questions. Il n'y a ainsi pas lieu d'entrer en matière sur ce point, le sort du recours étant de toute manière scellé par le considérant précédent.

10.
Il résulte de ce qui précède que la décision déférée est contraire au droit fédéral. Partant, le recours doit être partiellement admis, dite décision ainsi que celles de la première instance des 4 avril 2011 et 17 décembre 2010 doivent être annulées et l'affaire renvoyée à la première instance afin qu'elle arrête le montant réduit des paiements directs à allouer à la recourante pour l'année 2010.

11.
Les frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours sont mis à la charge de la partie qui succombe (cf. art. 63 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA et art. 1 al. 1
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 1 Verfahrenskosten - 1 Die Kosten der Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (Gericht) setzen sich zusammen aus der Gerichtsgebühr und den Auslagen.
1    Die Kosten der Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (Gericht) setzen sich zusammen aus der Gerichtsgebühr und den Auslagen.
2    Mit der Gerichtsgebühr sind die Kosten für das Kopieren von Rechtsschriften und der für Dienstleistungen normalerweise anfallende Verwaltungsaufwand wie Personal-, Raum- und Materialkosten sowie Post-, Telefon- und Telefaxspesen abgegolten.
3    Auslagen sind insbesondere die Kosten für Übersetzungen und für die Beweiserhebung. Die Kosten für Übersetzungen werden nicht verrechnet, wenn es sich um Übersetzungen zwischen Amtssprachen handelt.
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures ni des autorités fédérales recourantes et déboutées (art. 63 al. 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA).

En l'espèce, la recourante obtenant partiellement gain de cause, il se justifie de mettre à sa charge des frais de procédure réduits à Fr. 625.-. Ce montant est imputé sur l'avance de frais de Fr. 2'500.- perçue le 20 novembre 2012. Le solde de Fr. 1'875.- lui sera restitué dès l'entrée en force du présent arrêt.

12.
L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
PA). Celle-là a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF). Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais nécessaires de la partie (art. 8
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 8 Parteientschädigung - 1 Die Parteientschädigung umfasst die Kosten der Vertretung sowie allfällige weitere Auslagen der Partei.
1    Die Parteientschädigung umfasst die Kosten der Vertretung sowie allfällige weitere Auslagen der Partei.
2    Unnötiger Aufwand wird nicht entschädigt.
FITAF). Les frais de représentation comprennent notamment les honoraires d'avocat (art. 9 al. 1 let. a
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 9 Kosten der Vertretung - 1 Die Kosten der Vertretung umfassen:
1    Die Kosten der Vertretung umfassen:
a  das Anwaltshonorar oder die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung;
b  die Auslagen, namentlich die Kosten für das Kopieren von Schriftstücken, die Reise-, Verpflegungs- und Unterkunftskosten, die Porti und die Telefonspesen;
c  die Mehrwertsteuer für die Entschädigungen nach den Buchstaben a und b, soweit eine Steuerpflicht besteht und die Mehrwertsteuer nicht bereits berücksichtigt wurde.
2    Keine Entschädigung ist geschuldet, wenn der Vertreter oder die Vertreterin in einem Arbeitsverhältnis zur Partei steht.
FITAF) lesquels sont calculés en fonction du temps nécessaire à la défense de la partie représentée (art. 10 al. 1
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 10 - 1 Das Anwaltshonorar und die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung werden nach dem notwendigen Zeitaufwand des Vertreters oder der Vertreterin bemessen.
1    Das Anwaltshonorar und die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung werden nach dem notwendigen Zeitaufwand des Vertreters oder der Vertreterin bemessen.
2    Der Stundenansatz beträgt für Anwälte und Anwältinnen mindestens 200 und höchstens 400 Franken, für nichtanwaltliche Vertreter und Vertreterinnen mindestens 100 und höchstens 300 Franken. In diesen Stundenansätzen ist die Mehrwertsteuer nicht enthalten.
3    Bei Streitigkeiten mit Vermögensinteresse kann das Anwaltshonorar oder die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung angemessen erhöht werden.
FITAF) ; le tarif horaire des avocats est de Fr. 200.- au moins et de Fr. 400.- au plus (art. 10 al. 2
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 10 - 1 Das Anwaltshonorar und die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung werden nach dem notwendigen Zeitaufwand des Vertreters oder der Vertreterin bemessen.
1    Das Anwaltshonorar und die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung werden nach dem notwendigen Zeitaufwand des Vertreters oder der Vertreterin bemessen.
2    Der Stundenansatz beträgt für Anwälte und Anwältinnen mindestens 200 und höchstens 400 Franken, für nichtanwaltliche Vertreter und Vertreterinnen mindestens 100 und höchstens 300 Franken. In diesen Stundenansätzen ist die Mehrwertsteuer nicht enthalten.
3    Bei Streitigkeiten mit Vermögensinteresse kann das Anwaltshonorar oder die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung angemessen erhöht werden.
FITAF).

En l'espèce, la défense de la recourante a nécessité les services d'un avocat dûment mandaté par procuration à cet effet. Celui-ci - qui n'a produit aucune note de frais et honoraires - n'est cependant intervenu qu'après un premier échange d'écritures et son intervention s'est limitée au dépôt d'une détermination et de trois brefs courriers. En conséquence, en tenant compte du barème précité, une indemnité réduite à Fr. 1'000.- (TVA comprise) - dès lors que la recourante n'a obtenu que partiellement gain de cause - est équitablement allouée à celle-ci à titre de dépens pour la procédure de recours. Ces dépens sont mis à la charge du canton du Valais (cf. art. 64 al. 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
PA).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis.

2.
La décision du 7 mars 2012 de la Commission cantonale de recours en matière agricole et de remaniements parcellaires du canton du Valais et celles des 4 avril 2011 et 17 décembre 2010 du Service de l'agriculture du canton du Valais - Office des paiements directs - sont annulées.

3.
L'affaire est renvoyée au Service de l'agriculture du canton du Valais - Office des paiements directs - afin qu'il prenne une nouvelle décision dans le sens des considérants.

4.
L'affaire est renvoyée à la Commission cantonale de recours afin qu'elle fixe une nouvelle fois les frais pour la procédure qui s'est déroulée devant elle.

5.
Des frais de procédure réduits à Fr. 625.- sont mis à la charge de la recourante. Ils sont imputés sur l'avance de frais de Fr. 2'500.-. Le solde de Fr. 1'875.- sera restitué à la recourante dès l'entrée en force du présent arrêt.

6.
Le canton du Valais est astreint à verser à la recourante une indemnité de Fr. 1'000.- (TVA comprise) à titre de dépens.

7.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (acte judiciaire ; annexe : formulaire "adresse de paiement")

- à l'autorité inférieure (acte judiciaire)

- à la première instance (acte judiciaire)

- au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche DEFR (acte judiciaire)

- à l'Office fédéral de l'agriculture (courrier A)

Le président du collège : La greffière :

Pascal Richard Muriel Tissot

Indication des voies de droit :

Pour autant que les conditions au sens des art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
, 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF, RS 173.110) soient remplies, la présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification. Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF).

Expédition : 13 novembre 2013
Decision information   •   DEFRITEN
Document : B-5397/2012
Date : 11. November 2013
Published : 20. November 2013
Source : Bundesverwaltungsgericht
Status : Unpubliziert
Subject area : Landwirtschaft
Subject : paiements directs


Legislation register
BGG: 42  82  90
BV: 29
DZV: 70
GSchG: 14
GSchV: 28
LwG: 1  2  70  166  170  187
VGG: 31  32  33
VGKE: 1  7  8  9  10
VwVG: 5  11  12  32  38  48  49  50  52  63  64
BGE-register
111-V-149 • 122-I-97 • 126-I-97 • 133-III-235 • 134-I-83 • 136-I-229 • 136-II-165 • 137-II-366
Weitere Urteile ab 2000
9C_296/2011 • 9C_85/2011 • C_196/00 • I_982/06
Keyword index
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BVGE
2009/64
BVGer
B-1374/2012 • B-1554/2009 • B-1764/2012 • B-2226/2006 • B-3837/2010 • B-4313/2012 • B-5203/2012 • B-5397/2012