Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
2C 318/2009
{T 0/2}
Arrêt du 10 décembre 2009
IIe Cour de droit public
Composition
MM. et Mme les Juges Müller, Président,
Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière: Mme Kurtoglu-Jolidon.
Parties
A.X.________ et B.X.________,
tous les deux représentés par Me Alain Steullet, avocat,
recourants,
contre
Service des contributions du canton du Jura,
rue de la Justice 2, 2800 Delémont,
Commission cantonale des recours en matière d'impôts du canton du Jura, case postale 2059, 2800 Delémont 2.
Objet
Impôt fédéral direct et impôt cantonal 2004 et 2005,
recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Chambre administrative, du 6 avril 2009.
Faits:
A.
Les époux X.________ sont domiciliés dans le canton du Jura. Le 11 mai 2007, le Service des contributions de ce canton (ci-après: le Service des contributions) leur a prétendument expédié sous pli simple deux avis de taxation fixant le revenu et la fortune imposables pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 2004, respectivement 2005, ainsi que deux enveloppes contenant les bordereaux d'impôts y relatifs (deux documents par enveloppe). Les contribuables ont déclaré n'avoir jamais reçu ces documents.
B.
Le 6 juillet 2007, le Service des contributions a envoyé aux recourants un rappel portant sur les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2004 pour un montant de 19'414 fr. 80 et un pour la période fiscale 2005 de 21'502 fr. 45, ainsi que des rappels relatifs à l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2004 et 2005 s'élevant à 2'281 fr., respectivement 3'282 fr. Le 10 août 2007, en l'absence de paiement des recourants, ledit Service leur a expédié, sous pli recommandé, quatre sommations (impôt fédéral direct et impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 2004, respectivement 2005). Les contribuables ne contestent pas avoir reçu ces rappels et les sommations.
Les contribuables n'ayant pas donné suite aux injonctions de paiement, le Service cantonal des contributions leur a fait notifier deux commandements de payer le 21 septembre 2007, soit un pour l'impôt fédéral direct 2004 et un pour l'impôt fédéral direct 2005. Deux autres commandements de payer pour les impôts cantonaux et communaux 2004, respectivement 2005, leur ont été notifiés le 26 septembre 2007. Les recourants ont formé opposition à l'encontre de ces commandements de payer. Le 26 septembre 2007, ils ont également envoyé une réclamation au Service des contributions. Par décision du 2 octobre 2007, celui-ci l'a déclarée tardive et, partant, irrecevable.
Le 1er septembre 2008, la Commission cantonale des recours du canton du Jura (ci-après: la Commission cantonale des recours) a admis le recours de A.X.________ et B.X.________ et a renvoyé le dossier au Service des contributions pour qu'il statue sur la réclamation formée par les recourants contre les taxations relatives à l'impôt fédéral direct et aux impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 2004 et 2005.
Le 7 octobre 2008, le Service des contributions a recouru auprès de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) contre cette décision. Par arrêt du 6 avril 2009, celle-ci a admis le recours, annulé la décision du 1er septembre 2008 de la Commission cantonale des recours et constaté que la décision d'irrecevabilité du Service des contributions du 2 octobre 2007 était entrée en force.
C.
A.X.________ et B.X.________ déposent un recours en matière de droit public contre ce jugement cantonal. Ils demandent, sous suite de frais et dépens, d'admettre le recours, d'annuler l'arrêt du 6 avril 2009 de la Chambre administrative du Tribunal cantonal, de "constater que la décision de la CCR du 1er septembre 2008 relative aux années fiscales 2004 et 2005 (IFD et impôt d'Etat) est entrée en force et ordonné au Service des contributions de statuer sur la réclamation formée par les recourants contre la taxation pour les années fiscales 2004 et 2005". Enfin, ils requièrent le renvoi du dossier à la Chambre administrative pour statuer sur le sort des frais et dépens de la procédure cantonale.
Le Service des contributions conclut au rejet du recours sous suite de frais. La Commission cantonale des recours a renoncé à déposer des observations. Le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions demandent la confirmation de l'arrêt attaqué et le rejet du recours.
Considérant en droit:
1.
1.1 Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours: |
|
a | contre les décisions rendues dans des causes de droit public; |
b | contre les actes normatifs cantonaux; |
c | qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions: |
|
1 | Le recours est recevable contre les décisions: |
a | du Tribunal administratif fédéral; |
b | du Tribunal pénal fédéral; |
c | de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision; |
d | des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert. |
2 | Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral. |
3 | Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre: |
|
a | les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal; |
b | les décisions relatives à la naturalisation ordinaire; |
c | les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent: |
c1 | l'entrée en Suisse, |
c2 | une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit, |
c3 | l'admission provisoire, |
c4 | l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi, |
c5 | les dérogations aux conditions d'admission, |
c6 | la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation; |
d | les décisions en matière d'asile qui ont été rendues: |
d1 | par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger, |
d2 | par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit; |
e | les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération; |
f | les décisions en matière de marchés publics: |
fbis | les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65; |
f1 | si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou |
f2 | si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63; |
g | les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes; |
h | les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale; |
i | les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile; |
j | les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave; |
k | les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit; |
l | les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises; |
m | les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs; |
n | les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent: |
n1 | l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision, |
n2 | l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire, |
n3 | les permis d'exécution; |
o | les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules; |
p | les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70 |
p1 | une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public, |
p2 | un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71; |
p3 | un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73; |
q | les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent: |
q1 | l'inscription sur la liste d'attente, |
q2 | l'attribution d'organes; |
r | les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75; |
s | les décisions en matière d'agriculture qui concernent: |
s1 | ... |
s2 | la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production; |
t | les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession; |
u | les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79); |
v | les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national; |
w | les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe. |
x | les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs; |
y | les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal; |
z | les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète. |
|
1 | Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète. |
2 | Le délai de recours est de dix jours contre: |
a | les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite; |
b | les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale; |
c | les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93. |
d | les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95. |
3 | Le délai de recours est de cinq jours contre: |
a | les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change; |
b | les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales. |
4 | Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national. |
5 | En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral. |
6 | ...96 |
7 | Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
|
1 | Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. |
2 | Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16 |
3 | Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision. |
4 | En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement: |
a | le format du mémoire et des pièces jointes; |
b | les modalités de la transmission; |
c | les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18 |
5 | Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
6 | Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération. |
7 | Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque: |
|
1 | A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque: |
a | a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire; |
b | est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et |
c | a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. |
2 | Ont aussi qualité pour recourir: |
a | la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions; |
b | l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération; |
c | les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale; |
d | les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours. |
3 | En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque: |
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1 | A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque: |
a | a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire; |
b | est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et |
c | a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. |
2 | Ont aussi qualité pour recourir: |
a | la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions; |
b | l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération; |
c | les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale; |
d | les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours. |
3 | En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir. |
1.2 Lorsque, comme en l'espèce, les questions juridiques à trancher sont réglées de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal (cf. infra consid. 3 et 4), on peut admettre que l'autorité cantonale de dernière instance rende une seule et même décision qui ne fasse pas de distinction dans son dispositif entre les deux catégories d'impôts, à condition toutefois que les considérants ne laissent planer aucun doute sur le fait que la décision vaut aussi bien pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonaux et communaux (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Une telle décision peut ensuite logiquement être portée devant le Tribunal fédéral dans un seul recours, pour autant que la motivation s'en prenne clairement tant à l'impôt fédéral direct qu'aux impôts cantonaux et communaux (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s., précisant la jurisprudence développée à l'ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511). Le présent recours remplit ces exigences.
1.3 D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
|
1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
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1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |
2.
En l'espèce, en application des règles sur le fardeau de la preuve, le Tribunal cantonal a jugé que le Service des contributions n'avait pas prouvé à suffisance de droit que les taxations du 11 mai 2007 avaient été notifiées aux recourants. Il ressort par contre des faits retenus par ledit Tribunal que ceux-ci ont reçu les rappels du 6 juillet 2007 et les sommations du 10 août 2007.
Il s'agit ainsi de définir, à partir de ces éléments, si la réclamation du 26 septembre 2007 à l'encontre des décisions de taxation du 11 mai 2007 était ou non tardive.
I. Impôt fédéral direct
3.
3.1 L'art. 116 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
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1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |
Selon l'art. 132 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
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1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
|
1 | Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. |
2 | Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. |
3.2 La loi ne contient aucune autre disposition qui traiterait de manière spécifique des vices de notification. S'agissant de la loi sur l'impôt fédéral direct, il est ainsi difficile, voire impossible, de déterminer dans quelle mesure les règles fédérales de procédure peuvent être complétées par un droit cantonal complémentaire (Danielle Yersin, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, no 123 ad Remarques préliminaires). Dans un arrêt ancien (ATF 111 Ib 201), le Tribunal fédéral l'avait admis.
3.3 Un principe général du droit (exprimé notamment à l'art. 49
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 49 Notification irrégulière - Une notification irrégulière, notamment en raison de l'indication inexacte ou incomplète des voies de droit ou de l'absence de cette indication si elle est prescrite, ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. |
l'existence et le contenu de la décision dès qu'elle peut en soupçonner le prononcé à défaut de quoi elle risque de se voir opposer l'irrecevabilité de son recours pour cause de tardiveté (arrêt du Tribunal fédéral des assurances I 663/99 du 4 mai 2000 consid. 2a et les références citées). Ce principe vaut pour tous les domaines du droit, notamment pour le droit administratif, et il a été repris par la jurisprudence en matière d'impôt fédéral direct (RDAT 2000 I n. 14t p. 655 consid. 3b/, 2P.434/1998; RDAT 1999 II n. 19t p. 360 consid. 4b/bb/, 2P.144/1998 et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral a, à plusieurs reprises, jugé que le délai de recours est respecté lorsque le recourant agit dans les trente jours à compter du moment où il pouvait de bonne foi prendre connaissance de la décision contestée (ATF 102 Ib 91 consid. 4 p. 95; 98 Ib 13 consid. 4 p. 17; 96 I 686 consid. 1d p. 691).
3.4 En l'espèce, il ressort des faits retenus par le Tribunal cantonal que les recourants ont bel et bien reçu les rappels du 6 juillet 2007 puis les sommations du 10 août 2007. Ces documents ne reprenaient pas le détail des décisions de taxation. Les rappels se référaient toutefois expressément aux périodes fiscales 2004 et 2005 et mentionnaient l'impôt auquel ils correspondaient, soit, par exemple, "Rappel 2004 (impôt fédéral direct)" et "Rappel 2004 (impôt cantonal, communal et ecclésiastique)". En outre, ils portaient sur le solde d'impôt à verser. Les sommations du 10 août 2007 faisaient également référence aux années fiscales et impôts concernés, soit, par exemple, "Sommation 2004 (impôt fédéral)" et "Sommation 2004 (impôt cantonal, communal et ecclésiastique)". Elles reprenaient aussi les montants dus mentionnés dans les rappels du 6 juillet 2007, en se référant au surplus à ceux-ci. Fondée sur des règles d'expérience, le Tribunal cantonal a estimé que les rappels datés du vendredi 6 juillet 2007 avaient été reçus par les recourants les premiers jours de la semaine suivante, alors que les sommations du mardi 10 juillet 2007 l'avaient été dans la semaine.
Les éléments susmentionnés démontrent que le contenu des rappels et des sommations ne laissait aucun doute sur l'émission de décisions de taxation. Or, dans de telles circonstances, le principe de la bonne foi, respectivement celui de l'interdiction de l'abus de droit faisait obligation aux contribuables de se renseigner sur l'existence et le contenu de ces décisions dont ils ne pouvaient ignorer l'existence. Ainsi, dès réception des rappels du 6 juillet 2007, les contribuables se devaient d'interpeller le Service des contributions afin de s'enquérir du sens d'un rappel, dans la mesure où ils n'avaient pas reçu la décision de taxation, ce qu'ils n'ont pas fait. Ils n'ont à nouveau pas réagi lors de la réception des sommations expédiées le 10 août 2007. En écrivant au Service des contributions le 26 septembre 2007 seulement, soit deux mois et demi après avoir reçu les rappels et un mois et demi après les sommations, les recourants n'ont pas respecté le principe de la bonne foi.
Au vu de ce qui précède, les recourants ont tardé à requérir la notification formelle des décisions de taxation dont ils devaient connaître l'existence. Ils ne peuvent dès lors bénéficier d'un délai élargi, découlant d'une notification irrégulière, pour le dépôt de leur réclamation. C'est ainsi à bon droit que celle du 26 septembre 2007 a été déclarée tardive et, partant, irrecevable. Le recours doit ainsi être rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôts cantonal et communal.
4.
4.1 Comme la loi sur l'impôt fédéral direct, l'art. 41 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 49 Notification irrégulière - Une notification irrégulière, notamment en raison de l'indication inexacte ou incomplète des voies de droit ou de l'absence de cette indication si elle est prescrite, ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 49 Notification irrégulière - Une notification irrégulière, notamment en raison de l'indication inexacte ou incomplète des voies de droit ou de l'absence de cette indication si elle est prescrite, ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. |
L'art. 41
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 49 Notification irrégulière - Une notification irrégulière, notamment en raison de l'indication inexacte ou incomplète des voies de droit ou de l'absence de cette indication si elle est prescrite, ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 49 Notification irrégulière - Une notification irrégulière, notamment en raison de l'indication inexacte ou incomplète des voies de droit ou de l'absence de cette indication si elle est prescrite, ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 49 Notification irrégulière - Une notification irrégulière, notamment en raison de l'indication inexacte ou incomplète des voies de droit ou de l'absence de cette indication si elle est prescrite, ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. |
Au demeurant, les garanties de procédure minimales des art. 29
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
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1 | Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. |
2 | Les parties ont le droit d'être entendues. |
3 | Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. |
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 30 Garanties de procédure judiciaire - 1 Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits. |
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1 | Toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Les tribunaux d'exception sont interdits. |
2 | La personne qui fait l'objet d'une action civile a droit à ce que sa cause soit portée devant le tribunal de son domicile. La loi peut prévoir un autre for. |
3 | L'audience et le prononcé du jugement sont publics. La loi peut prévoir des exceptions. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 49 Notification irrégulière - Une notification irrégulière, notamment en raison de l'indication inexacte ou incomplète des voies de droit ou de l'absence de cette indication si elle est prescrite, ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. |
4.2 Selon l'art. 157 de la loi jurassienne d'impôt du 26 mai 1988 (ci-après: la loi jurassienne d'impôt ou LI; RS/JU 641.11), dans sa teneur en 2007, le contribuable et la commune intéressée peuvent adresser au Service des contributions une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les trente jours qui suivent sa notification. La loi jurassienne du 30 novembre 1978 de procédure et de juridiction administrative et constitutionnelle (code de procédure administrative) (ci-après: le code de procédure administrative ou CPA; RS/JU 175.1) règle la procédure de décision aux art. 83 ss CPA. En particulier, elle prévoit à l'art. 87 al. 1 CPA que l'autorité notifie sa décision aux parties par écrit, si nécessaire sous pli recommandé ou par un agent public ou d'une autre manière. Enfin, l'art. 89 CPA énonce le principe voulant qu'une notification irrégulière n'entraîne aucun préjudice pour les parties. Ce principe complète ainsi la règle générale de l'art. 41 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 49 Notification irrégulière - Une notification irrégulière, notamment en raison de l'indication inexacte ou incomplète des voies de droit ou de l'absence de cette indication si elle est prescrite, ne doit entraîner aucun préjudice pour les parties. |
4.3 Le principe de la bonne foi, en sa qualité de principe général du droit, s'applique également en droit cantonal. La jurisprudence du Tribunal fédéral le reprend d'ailleurs en matière d'impôts cantonaux et communaux dans le cadre de recours tardifs (RDAT 1997 I n. 32t p. 533 consid. 5a, 2P.163/1995 et les arrêts cités).
4.4 Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives au comportement des recourants contraire au principe de la bonne foi et à la tardiveté de la réclamation s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonaux et communaux.
Par conséquent, le recours doit également être rejeté en tant qu'il concerne lesdits impôts.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonaux et communaux.
Succombant, les recourants doivent supporter, solidairement entre eux, les frais judiciaires (art. 65
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins. |
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1 | Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins. |
2 | L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. |
3 | Son montant est fixé en règle générale: |
a | entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires; |
b | entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations. |
4 | Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent: |
a | des prestations d'assurance sociale; |
b | des discriminations à raison du sexe; |
c | des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs; |
d | des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24. |
5 | Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties. |
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1 | En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties. |
2 | Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis. |
3 | Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés. |
4 | En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours. |
5 | Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement. |
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
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1 | Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. |
2 | En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige. |
3 | En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles. |
4 | L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie. |
5 | Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer. |
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge des recourants solidairement entre eux.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Service des contributions, à la Commission cantonale des recours en matière d'impôts et à la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 10 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon