Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

8C 417/2020

Arrêt du 9 mars 2021

Ire Cour de droit social

Composition
MM. et Mmes les Juges fédéraux Maillard, Président, Heine, Wirthlin, Viscione et Abrecht.
Greffier : M. Ourny.

Participants à la procédure
A.________ SA, représentée par Me Séverine Berger, avocate,
recourante,

contre

1. Etat de Vaud, Service de l'emploi,
rue Caroline 11, 1014 Lausanne,
représenté par Me Alexandre Bernel, avocat,
2. Confédération suisse, agissant par son Département de l'économie,
agissant par le Secrétariat d'Etat à l'économie
(SECO), Marché du travail et assurance-chômage,
TCJD, Holzikofenweg 36, 3003 Berne,
intimés.

Objet
Assurance-chômage (mesures de marché du travail; restitution),

recours contre le jugement de la Cour II du Tribunal administratif fédéral du 14 mai 2020 (B-4545/2010).

Faits :

A.

A.a. A.________ SA (ci-après: la demanderesse), qui a pour but social notamment le management, la formation et le conseil d'entreprises, a pour seul actionnaire et administrateur B.________. Celui-ci est aussi unique actionnaire et administrateur unique de C.________ SA, qui a son siège à la même adresse que A.________ SA. Depuis 1994, A.________ SA a collaboré avec le Service de l'emploi de l'État de Vaud (ci-après: le défendeur), en dispensant des cours de formation dans le cadre de mesures relatives au marché du travail et de mesures d'insertion professionnelle dans le domaine de l'informatique.
Jusqu'en 2002, le paiement des prestations de la demanderesse par le défendeur intervenait sur la base d'une facturation individuelle. En 2003 a été mis en place un système de paiement d'acomptes par session. La demanderesse a alors facturé des acomptes pour des sessions de cours et le paiement de ces acomptes était garanti. Ces facturations ont été contrôlées en 2005 par le Secrétariat d'État à l'économie (SECO), lequel a considéré qu'elles ne correspondaient pas entièrement aux conditions fixées par les directives financières et par la loi, notamment en raison du caractère non subventionnable de certains frais réclamés par la demanderesse.

A.b. Ensuite de cela, la demanderesse et le défendeur ont conclu le 30 novembre 2005 un accord de prestations pour le développement et la mise à disposition de mesures de marché du travail et de mesures d'insertion professionnelle de type "formation", fondé notamment sur la législation fédérale en matière d'assurance-chômage et de financement des mesures relatives au marché du travail et sur la loi vaudoise sur l'emploi. Cet accord est entré en vigueur le 1 er janvier 2006. Les parties ont fixé dans une annexe le type et le nombre de cours organisés durant l'année 2006.
Durant l'année 2006, la demanderesse a adressé au défendeur plusieurs factures pour l'organisation des mesures relatives au marché du travail en 2006. Le défendeur a ainsi rendu plusieurs décisions de versement partiel de différents montants, qui ont été versés à la demanderesse. Le 23 mai 2007, l'organe de révision de la demanderesse a remis au défendeur un rapport pour l'exercice 2006 qui présentait, sous la forme d'un tableau analytique, les charges et recettes de la demanderesse liées à l'organisation des mesures relatives au marché du travail et aux mesures d'insertion professionnelle. Le 14 juin 2007, le défendeur a informé la demanderesse qu'un organe d'audit contrôlerait ses comptes pour l'exercice 2006. L'organe d'audit a constaté, dans son rapport du 25 septembre 2007, que certaines dépenses ne semblaient pas indispensables à l'organisation des mesures relatives au marché du travail et que certains justificatifs manquaient. Le défendeur a alors requis de la demanderesse la production des justificatifs manquants et l'a informée qu'il exigerait la restitution des subventions qui dépasseraient le montant des frais reconnus.
Par décision du 19 décembre 2008, qui était accompagnée d'un nouveau tableau analytique ajusté, le défendeur a constaté que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure s'élevait, pour l'année 2006, à 1'175'238 fr. 55, que les subventions versées se montaient à 1'804'821 fr. et que la demanderesse avait donc perçu indûment un montant de 629'582 fr. 45, qu'elle était tenue de restituer. Par jugement du 8 septembre 2009, le Tribunal administratif fédéral, statuant sur recours de la demanderesse, a annulé cette décision et a renvoyé les parties à la voie de l'action.

A.c. Le 20 novembre 2006, les parties ont conclu un nouvel accord de prestations qui a remplacé celui du 30 novembre 2005 et est entré en vigueur le 1 er janvier 2007. Les parties ont fixé dans une annexe le type et le nombre de cours organisés durant l'année 2007.
La demanderesse a adressé au défendeur plusieurs factures pour l'organisation des mesures relatives au marché du travail en 2007. Le défendeur les a honorées en rendant plusieurs décisions de versement partiel. Le 24 juin 2008, l'organe de révision de la demanderesse a remis au défendeur un rapport pour l'exercice 2007 qui présentait, sous la forme d'un tableau analytique, les charges et recettes de la demanderesse liées à l'organisation des mesures relatives au marché du travail et aux mesures d'insertion professionnelle. Le défendeur a ensuite confié à un organe d'audit l'analyse de la comptabilité de la demanderesse et la vérification du caractère attesté et nécessaire des charges d'exploitation comptabilisées en 2007.
Par décision du 25 mai 2009, le défendeur a constaté que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure s'élevait, pour l'année 2007, à 1'059'398 fr., que les subventions versées se montaient à 832'288 fr., que le solde dû à la demanderesse s'élevait dès lors encore à 227'110 fr., que ce montant devait être compensé par la somme de 629'582 fr. 45 dont le remboursement avait été demandé pour l'année 2006 par décision du 19 décembre 2008, que la somme désormais due par la demanderesse pour les exercices 2006 et 2007 était de 402'472 fr. 45 et que la somme précitée ferait à son tour l'objet d'une compensation avec le montant dû à la demanderesse pour l'exercice 2008, dès que celui-ci aurait pu être arrêté. Cette décision était accompagnée d'un nouveau tableau analytique ajusté. Par jugement du 8 septembre 2009, le Tribunal administratif fédéral, statuant sur recours de la demanderesse, a annulé cette décision et a renvoyé les parties à la voie de l'action.

A.d. Pour le premier semestre 2008, la demanderesse et le défendeur ont conclu le 19 novembre 2007 une annexe à l'accord de prestations du 20 novembre 2006. Celle-ci précisait le type et le nombre de cours donnés du 1 er janvier au 30 juin 2008. Des cours ont toutefois encore été organisés durant le deuxième semestre 2008.
La demanderesse a adressé au défendeur plusieurs factures pour un montant total de 1'203'985 fr. pour l'organisation des mesures relatives au marché du travail en 2008. Ces factures n'ont toutefois pas été payées par le défendeur. Le 17 juillet 2009, l'organe de révision de la demanderesse a remis au défendeur un rapport pour l'exercice 2008. Le défendeur a ensuite confié à un organe d'audit l'analyse de la comptabilité de la demanderesse et la vérification du caractère attesté et nécessaire des charges d'exploitation comptabilisées en 2008.
Par décompte du 16 octobre 2009, le défendeur a constaté que le montant des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure s'élevait, pour l'année 2008, à 939'522 fr. 65, que ce montant devait être compensé par la somme de 629'582 fr. 45 que la demanderesse devait rembourser ensuite de l'exercice 2006, que le solde dû pour l'année 2007 s'élevait à 227'110 fr. et que, par conséquent, la somme encore due à la demanderesse pour les exercices cumulés de 2006 à 2008 s'élevait à 537'050 fr. 20, montant qui a été versé à la demanderesse le 27 octobre 2009. Ce décompte était accompagné d'un tableau analytique pour l'année 2008 présentant les frais allégués par la demanderesse et les frais attestés et nécessaires retenus par le défendeur.

A.e. Par courrier du 26 juin 2008, le défendeur a résilié l'accord de prestations du 20 novembre 2006 pour le 31 décembre 2008, en raison du recul du taux de chômage et de la nécessité d'ajuster en conséquence l'offre des mesures mises à disposition des demandeurs d'emploi. Ce courrier n'a toutefois pas pu être notifié à la demanderesse avant le 1 er juillet 2008, de sorte que, vu le délai contractuel de résiliation de six mois pour la fin d'une année, la résiliation a pris effet le 31 décembre 2009.

B.

B.a. Par demande du 22 juin 2010, A.________ SA a ouvert action devant le Tribunal administratif fédéral contre l'État de Vaud ainsi que contre la Confédération suisse (ci-après: la défenderesse), en concluant au paiement par ceux-ci, solidairement entre eux respectivement chacun, des montants de 1'969'309 fr. (avec intérêts à 5 % l'an dès le 10 janvier 2008 sur la somme de 765'324 fr., dès le 10 avril 2008 sur la somme de 435'965 fr., dès le 7 octobre 2008 sur la somme de 465'120 fr. et dès le 5 janvier 2009 sur la somme de 302'900 fr.), sous déduction d'un montant de 537'050 fr. 20 versé le 26 octobre 2009, et de 500'000 fr. (avec intérêts à 5 % l'an dès le 1 er juillet 2008). Elle a requis la production par le défendeur de l'entier de son dossier relatif aux mesures qui lui ont été confiées depuis 1994 ainsi que de l'ensemble des accords de prestations - avec toutes leurs annexes - conclus par le défendeur avec d'autres organisateurs de mesures pour les années 2006 à 2009. Elle a en outre sollicité la mise en oeuvre d'une expertise afin notamment de déterminer si les montants facturés entre 2006 et 2008 étaient justifiés et nécessaires à l'organisation de la mesure.
Tant le défendeur que la défenderesse ont conclu au rejet de la demande. En outre, dans sa duplique, le défendeur a conclu reconventionnellement au paiement par la demanderesse d'un montant de 26'700 fr., avec intérêts à 5 % l'an dès le 28 octobre 2009. La demanderesse a conclu à l'irrecevabilité de la demande reconventionnelle, subsidiairement à son rejet.

B.b. Le Tribunal administratif fédéral a ordonné une expertise judiciaire, qu'il a confiée à D.________, expert-comptable diplômé, directeur au service d'audit chez E.________ SA. L'expert a remis son rapport le 29 novembre 2013 et en a précisé certains points, sur questions des parties, le 17 juillet 2014. Le Tribunal a tenu une audience d'instruction le 29 janvier 2018 et une audience de débats le 24 octobre 2019.

B.c. Par jugement du 14 mai 2020, le Tribunal administratif fédéral a très partiellement admis la demande dirigée contre le défendeur (ch. 1 du dispositif), a rejeté la demande dirigée contre la défenderesse (ch. 2), a déclaré irrecevable la demande reconventionnelle du défendeur (ch. 3), a condamné le défendeur à payer à la demanderesse les montants de 14'419 fr. 99, avec intérêts à 5 % l'an dès le 1 er novembre 2008, et de 14'931 fr. 26, avec intérêts à 5 % l'an dès le 23 juin 2010 (ch. 4), a mis les frais de procédure de 136'304 fr. 80 à la charge de la demanderesse par 129'489 fr. 55 (ch. 5) et à celle du défendeur par 6815 fr. 25 (ch. 6), a alloué au défendeur des dépens par 49'500 fr. à la charge de la demanderesse (ch. 7) et a alloué à la demanderesse des dépens par 2500 fr. à la charge du défendeur (ch. 8).

C.
La demanderesse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant principalement à sa réforme dans le sens de la pleine admission des conclusions qu'elle avait prises en première instance contre le défendeur, et subsidiairement à son annulation suivie du renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'intimé conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. Le SECO relève que la Confédération suisse n'a pas la qualité de partie. La recourante a répliqué et l'intimé a dupliqué.

Considérant en droit :

1.
Le jugement entrepris a été rendu par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues par l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF, dès lors qu'il porte sur des subventions auxquelles la législation (fédérale) donne droit (art. 83 let. k a contrario; cf. consid. 4.1 infra). Il s'ensuit que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. ATF 133 V 536 consid. 2, qui admet la recevabilité de l'ancien recours de droit administratif prévu par l'OJ contre une décision portant, comme en l'espèce, sur des subventions de droit fédéral dans le domaine des assurances sociales). Pour le surplus, le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et dans les formes requises (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF) par la demanderesse qui a partiellement succombé dans ses conclusions prises en première instance et a ainsi qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF. Il est donc recevable.

2.

2.1. Le Tribunal fédéral, qui est un juge du droit, fonde son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 145 V 188 consid. 2 p. 190) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF); à défaut, un état de fait divergent de celui de la décision attaquée ne peut pas être pris en compte (ATF 145 V 188 consid. 2 précité; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques appellatoires portant sur l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits par l'autorité précédente (ATF 140 V 213 consid. 2 p. 215; 140 III 264 consid. 2.3 p. 266). L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou lorsque l'autorité ne tient pas compte,
sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des conclusions insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 précité et les références).

2.2. En l'espèce, la recourante se plaint d'une constatation manifestement inexacte - car incomplète - des faits sur deux points.
Premièrement, le jugement entrepris passerait sous silence le fait qu'après le 1 er juillet 2003 - date de l'entrée en vigueur de la modification du 22 mars 2002 (RO 2003 1728) de la LACI (RS 837.0) -, l'intimé n'a pas adapté l'accord de prestations qui existait entre les parties depuis de nombreuses années et a continué de payer tous les cours donnés par la recourante sans vérifier le caractère subventionnable ou non des frais facturés par celle-ci.
Deuxièmement, le jugement entrepris omettrait de mentionner que les parties ont conclu le 30 mai 2005 un nouvel accord de prestations qui devait entrer en vigueur le 1 er juin 2005, ce qui montrerait qu'après que le SECO avait constaté que le système mis en place par les parties jusqu'en 2005 ne respectait pas les dispositions fédérales en matière de dépenses subventionnables au sens des art. 81 ss
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 81 - (Art. 60 und 64a AVIG)199
1    Die kantonale Amtsstelle darf eine Weisung oder Zustimmung zur Teilnahme an einer Bildungs- oder Beschäftigungsmassnahme nur erteilen, wenn diese nach einem im Voraus festgelegten Programm und von sachkundigen Personen durchgeführt wird.200
2    Ausgeschlossen sind berufs- und betriebsübliche Massnahmen zur Einarbeitung neuer Mitarbeiter.
3    Für die Frist zur Einreichung des Gesuches um Zustimmung gilt Artikel 81e Absatz 1 sinngemäss.201
OACI (RS 837.02), l'intimé aurait modifié la formulation de l'accord en vigueur, mais aurait continué de garantir le paiement des cours sollicités au prix convenu antérieurement.

2.3. La recourante ne démontre pas en quoi les faits en question seraient pertinents pour l'issue du litige.
En effet, la modification de la LACI entrée en vigueur le 1 er juillet 2003 - dont les premiers juges ont analysé la portée aux considérants 8.2 et 8.3 de leur jugement - n'a pas fondamentalement modifié les dispositions relatives au subventionnement des frais attestés nécessités par l'organisation de mesures relatives au marché du travail (cf. en particulier les art. 62
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 81 - (Art. 60 und 64a AVIG)199
1    Die kantonale Amtsstelle darf eine Weisung oder Zustimmung zur Teilnahme an einer Bildungs- oder Beschäftigungsmassnahme nur erteilen, wenn diese nach einem im Voraus festgelegten Programm und von sachkundigen Personen durchgeführt wird.200
2    Ausgeschlossen sind berufs- und betriebsübliche Massnahmen zur Einarbeitung neuer Mitarbeiter.
3    Für die Frist zur Einreichung des Gesuches um Zustimmung gilt Artikel 81e Absatz 1 sinngemäss.201
et 63
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 81 - (Art. 60 und 64a AVIG)199
1    Die kantonale Amtsstelle darf eine Weisung oder Zustimmung zur Teilnahme an einer Bildungs- oder Beschäftigungsmassnahme nur erteilen, wenn diese nach einem im Voraus festgelegten Programm und von sachkundigen Personen durchgeführt wird.200
2    Ausgeschlossen sind berufs- und betriebsübliche Massnahmen zur Einarbeitung neuer Mitarbeiter.
3    Für die Frist zur Einreichung des Gesuches um Zustimmung gilt Artikel 81e Absatz 1 sinngemäss.201
LACI et l'art. 88
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 88 Anrechenbare Kosten der Durchführung von Bildungsmassnahmen - (Art. 59cbis Abs. 2 AVIG)219
1    Als anrechenbare Kosten der Bildungsmassnahme gelten:
a  die Besoldung der Leitung und der Lehrkräfte;
b  die Kosten für die Beschaffung der erforderlichen Lehrmittel und Materialien;
c  die Prämien der Berufsunfall- und Sachversicherung;
d  die erforderlichen Unterkunfts- und Verpflegungskosten;
e  die zur Durchführung erforderlichen Transportkosten für Material und notwendige Ausrüstungen sowie die Kosten der Leitung und der Lehrkräfte für die Reise an den Ort, an dem die Massnahme stattfindet;
f  die erforderlichen Projektierungs-, Kapital- und Raumkosten.
2    Die Träger der Bildungsmassnahmen führen ein Inventar über die mit Beiträgen der Arbeitslosenversicherung angeschafften Lehrmittel und Materialien. Diese dürfen nur mit Zustimmung der Ausgleichsstelle veräussert werden. Der dem geleisteten Beitrag entsprechende Anteil am Erlös wird dem Ausgleichsfonds zurückerstattet.
OACI, dans leur teneur en vigueur jusqu'au 30 juin 2003, et les art. 59c
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
bis LACI et 88 OACI, dans leur teneur en vigueur dès le 1 er juillet 2003). Par ailleurs, la recourante ne critique pas l'interprétation faite par l'autorité précédente du droit en vigueur depuis le 1er juillet 2003, selon laquelle l'organisateur ne peut tirer aucun bénéfice de l'organisation de mesures de marché du travail, malgré le fait que la condition qu'il ne poursuive pas un but lucratif, prévue à l'art. 62 al. 2 let. b
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
LACI en vigueur jusqu'au 30 juin 2003, ne figure plus dans la loi actuelle (cf. consid. 8.2 et 8.3 du jugement attaqué). On ne voit donc pas que l'absence d'adaptation après cette date des accords de prestations conclus entre les parties ait une quelconque pertinence.
Quant au fait qu'avant l'accord de prestations du 30 novembre 2005 entré en vigueur le 1 er janvier 2006, les parties avaient conclu le 30 mai 2005 un nouvel accord de prestation valable dès le 1 er juin 2005 - qui précisait déjà à son article 17 que seuls les frais attestés indispensables seraient remboursés -, il n'apparaît pas davantage pertinent. En effet, le présent litige porte sur les subventions dues à la recourante pour les sessions de cours organisées de 2006 à 2008, sur la base des accords de prestations des 30 novembre 2005 et 20 novembre 2006. L'accord de prestations conclu le 30 mai 2005, ainsi que le point de savoir si l'intimé aurait pu réclamer à la recourante la restitution d'un certain montant pour l'exercice 2005, ne sont pas pertinents pour l'interprétation des accords de prestations des 30 novembre 2005 et 20 novembre 2006.

3.

3.1. La recourante reproche aux premiers juges d'avoir refusé de donner suite à sa réquisition de preuve tendant à la production par l'intimé d'une part de l'ensemble de son dossier relatif aux mesures qui lui ont été confiées depuis 1994, et d'autre part de l'ensemble des accords de prestations conclus par l'intimé avec d'autres intervenants pour les années 2006 à 2009 ainsi que des preuves des montants payés à ces intervenants sur la base de ces accords.

3.2. Selon l'art. 37
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 37 - Der Richter ist an die von den Parteien angebotenen Beweismittel nicht gebunden; er berücksichtigt nur die notwendigen. Er kann auch von den Parteien nicht angebotene Beweismittel beiziehen.
PCF (RS 273), applicable par renvoi de l'art. 19
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 19 - Auf das Beweisverfahren finden ergänzend die Artikel 37, 39-41 und 43-61 BZP50 sinngemäss Anwendung; an die Stelle der Straffolgen, die die BZP gegen säumige Parteien oder Dritte vorsieht, tritt die Straffolge nach Artikel 60 dieses Gesetzes.
PA (RS 172.021) qui s'applique en vertu de l'art. 37
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 37 Grundsatz - Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG56, soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt.
LTAF (RS 173.32), le juge n'est pas lié par les offres de preuves des parties; il ne retient que les preuves nécessaires. Certes, en vertu du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., les parties ont le droit de produire des preuves pertinentes et d'obtenir qu'il soit donné suite à leurs offres de preuves pertinentes (ATF 145 I 73 consid. 7.2.2.1 p. 103 et les références). Le droit de faire administrer des preuves sur des faits pertinents n'empêche toutefois pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1 p. 171; 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299 et les arrêts cités). Le refus d'une mesure probatoire par appréciation anticipée des preuves ne peut être remis en cause devant le Tribunal fédéral qu'en invoquant l'arbitraire (art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst.) de manière claire et détaillée (art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF; ATF 146 III
73
consid. 5.2.2 p. 80; 138 III 374 consid. 4.3.2 p. 376).

3.3. En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a renoncé à ordonner la production des pièces requises par la recourante par appréciation anticipée des preuves. Il a relevé que l'expert judiciaire avait pu obtenir l'accès à de nombreux documents concernant d'autres instituts ayant organisé des mesures relatives au marché du travail pour le compte de l'intimé et que la recourante n'exposait pas ce que la production de l'ensemble des pièces requises apporterait de plus. Le tribunal a en outre relevé que l'intimé avait requis de la recourante, à de très nombreuses reprises depuis septembre 2007, qu'elle produise les documents nécessaires pour justifier le montant des frais engagés, et que l'expert judiciaire avait dû faire de même, ayant notamment dû solliciter plusieurs prolongations de délai pour rendre son rapport, au motif principal que la recourante ne lui remettait pas, ou pas entièrement, les documents nécessaires à l'exécution de son mandat. Compte tenu du devoir de collaborer des parties et de la durée de l'instruction, le tribunal s'est ainsi estimé fondé à statuer en l'état du dossier, sur la base notamment des pièces et des justificatifs produits par les parties dans le cadre de la procédure, qui étaient suffisants
pour établir les faits pertinents.

3.4. La recourante ne démontre pas le caractère arbitraire de l'appréciation anticipée des preuves ainsi opérée par les premiers juges. Elle se borne à alléguer que "le dossier de la recourante aurait permis de confirmer, sur la base des contrats antérieurs à 2002 et des courriers échangés entre parties, quelle était l'intention des parties lorsqu'elles se sont engagées pour les années 2006 à 2008" et que "les contrats passés avec les autres écoles pour ces années, et les montants payés sur cette base, auraient aussi permis d'établir comment l'intimé comprenait les contrats conclus".
Cette argumentation tombe d'emblée à faux. En effet, comme on le verra, le Tribunal administratif fédéral a constaté qu'il n'était pas possible d'établir la réelle et commune intention des parties lors de la conclusion des accords de prestation des 30 novembre 2005 et 20 novembre 2006, de sorte qu'il y avait lieu de recourir à l'interprétation objective selon le principe de la confiance (cf. consid. 5.1 infra). Une telle constatation, qui ressortit au fait (cf. consid. 4.2.3 infra), lie le Tribunal fédéral, dans la mesure où la recourante elle-même admet - tout comme l'intimé - qu'il faut en l'espèce déterminer la volonté objective des parties, selon le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (cf. consid. 6.1 infra). Or dans ce contexte, les contrats passés avec des tiers ne peuvent jouer aucun rôle. Seules les déclarations de volonté échangées entre les parties sont pertinentes, et il était loisible à la recourante de produire elle-même les courriers échangés entre les parties.

4.

4.1.

4.1.1. La LACI vise notamment à prévenir le chômage existant, à combattre le chômage imminent et à favoriser l'intégration rapide et durable des assurés dans le marché du travail (art. 1a al. 2
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 1a - 1 Das Gesetz will den versicherten Personen einen angemessenen Ersatz garantieren für Erwerbsausfälle wegen:
1    Das Gesetz will den versicherten Personen einen angemessenen Ersatz garantieren für Erwerbsausfälle wegen:
a  Arbeitslosigkeit;
b  Kurzarbeit;
c  schlechtem Wetter;
d  Zahlungsunfähigkeit des Arbeitgebers.
2    Es will drohende Arbeitslosigkeit verhüten, bestehende Arbeitslosigkeit bekämpfen und die rasche und dauerhafte Eingliederung in den Arbeitsmarkt fördern.10
LACI). Pour prévenir et combattre le chômage, l'assurance alloue des prestations financières au titre des mesures relatives au marché du travail en faveur des assurés et des personnes menacées de chômage (art. 59 al. 1
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59 Grundsätze - 1 Die Versicherung erbringt finanzielle Leistungen für arbeitsmarktliche Massnahmen zu Gunsten von versicherten Personen und von Personen, die von Arbeitslosigkeit bedroht sind.
1    Die Versicherung erbringt finanzielle Leistungen für arbeitsmarktliche Massnahmen zu Gunsten von versicherten Personen und von Personen, die von Arbeitslosigkeit bedroht sind.
1bis    Arbeitsmarktliche Massnahmen sind Bildungsmassnahmen (2. Abschnitt), Beschäftigungsmassnahmen (3. Abschnitt) und spezielle Massnahmen (4. Abschnitt).193
1ter    Personen, die unmittelbar von Arbeitslosigkeit bedroht sind, können nur Leistungen nach Artikel 60 beanspruchen.194
1quater    Auf Gesuch eines Kantons kann die Ausgleichsstelle für Personen, die im Rahmen von Massenentlassungen von Arbeitslosigkeit bedroht sind, die Teilnahme an arbeitsmarktlichen Massnahmen bewilligen.195
2    Mit arbeitsmarktlichen Massnahmen soll die Eingliederung von Versicherten, die aus Gründen des Arbeitsmarktes erschwert vermittelbar sind, gefördert werden. Solche Massnahmen sollen insbesondere:
a  die Vermittlungsfähigkeit der Versicherten verbessern, damit diese rasch und dauerhaft wieder eingegliedert werden können;
b  die beruflichen Qualifikationen entsprechend den Bedürfnissen des Arbeitsmarkts fördern;
c  die Gefahr von Langzeitarbeitslosigkeit vermindern; oder
d  die Möglichkeit bieten, Berufserfahrungen zu sammeln.
3    Für die Teilnahme an arbeitsmarktlichen Massnahmen nach den Artikeln 60-71d müssen erfüllt sein:
a  die Anspruchsvoraussetzungen nach Artikel 8, sofern nichts anderes bestimmt ist; und
b  die spezifischen Voraussetzungen für die betreffende Massnahme.
3bis    Versicherte, die älter als 50 Jahre sind und die Voraussetzungen nach Absatz 3 erfüllen, können unabhängig von ihrem Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung bis ans Ende ihrer Rahmenfrist für den Leistungsbezug an Bildungs- und Beschäftigungsmassnahmen teilnehmen.196
4    Im Hinblick auf die Eingliederung von behinderten Versicherten arbeiten die zuständigen Amtsstellen mit den Organen der Invalidenversicherung zusammen.
5    Im Hinblick auf die Eingliederung von Versicherten mit Migrationshintergrund arbeiten die zuständigen Amtsstellen mit den öffentlichen und privaten Durchführungsorganen der Asyl-, Ausländer- und Integrationsgesetzgebung zusammen.197
LACI). Selon l'art. 59c
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
bis LACI, l'assurance peut subventionner les organisations d'employeurs ou de travailleurs, les institutions créées en commun par les partenaires sociaux, les cantons et les communes, ainsi que d'autres institutions publiques ou privées qui mettent sur pied des mesures relatives au marché du travail (al. 1); elle rembourse aux organisateurs les frais attestés nécessités par l'organisation de mesures relatives au marché du travail (al. 2); la caisse demande la restitution des subventions qui ont été versées à tort au titre des mesures collectives relatives au marché du travail (al. 4).

4.1.2. Selon l'art. 88 al. 1
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 88 Anrechenbare Kosten der Durchführung von Bildungsmassnahmen - (Art. 59cbis Abs. 2 AVIG)219
1    Als anrechenbare Kosten der Bildungsmassnahme gelten:
a  die Besoldung der Leitung und der Lehrkräfte;
b  die Kosten für die Beschaffung der erforderlichen Lehrmittel und Materialien;
c  die Prämien der Berufsunfall- und Sachversicherung;
d  die erforderlichen Unterkunfts- und Verpflegungskosten;
e  die zur Durchführung erforderlichen Transportkosten für Material und notwendige Ausrüstungen sowie die Kosten der Leitung und der Lehrkräfte für die Reise an den Ort, an dem die Massnahme stattfindet;
f  die erforderlichen Projektierungs-, Kapital- und Raumkosten.
2    Die Träger der Bildungsmassnahmen führen ein Inventar über die mit Beiträgen der Arbeitslosenversicherung angeschafften Lehrmittel und Materialien. Diese dürfen nur mit Zustimmung der Ausgleichsstelle veräussert werden. Der dem geleisteten Beitrag entsprechende Anteil am Erlös wird dem Ausgleichsfonds zurückerstattet.
OACI, sont réputés frais à prendre en compte pour l'organisation d'une mesure de formation la rémunération des responsables de la mesure de formation et du corps enseignant (let. a), les frais d'acquisition du matériel didactique et autre nécessaire (let. b), les primes de l'assurance-accidents professionnels et de l'assurance-chose (let. c), les frais nécessaires de logement et de repas (let. d), les frais de transport du matériel et des équipements nécessaires à la mesure de formation ainsi que les frais de voyage des responsables de la mesure de formation et du corps enseignant jusqu'à l'endroit où celle-ci a lieu (let. e) et les frais nécessaires de projet, de capital investi et de locaux (let. f). Aux termes de l'art. 88 al. 2
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 88 Anrechenbare Kosten der Durchführung von Bildungsmassnahmen - (Art. 59cbis Abs. 2 AVIG)219
1    Als anrechenbare Kosten der Bildungsmassnahme gelten:
a  die Besoldung der Leitung und der Lehrkräfte;
b  die Kosten für die Beschaffung der erforderlichen Lehrmittel und Materialien;
c  die Prämien der Berufsunfall- und Sachversicherung;
d  die erforderlichen Unterkunfts- und Verpflegungskosten;
e  die zur Durchführung erforderlichen Transportkosten für Material und notwendige Ausrüstungen sowie die Kosten der Leitung und der Lehrkräfte für die Reise an den Ort, an dem die Massnahme stattfindet;
f  die erforderlichen Projektierungs-, Kapital- und Raumkosten.
2    Die Träger der Bildungsmassnahmen führen ein Inventar über die mit Beiträgen der Arbeitslosenversicherung angeschafften Lehrmittel und Materialien. Diese dürfen nur mit Zustimmung der Ausgleichsstelle veräussert werden. Der dem geleisteten Beitrag entsprechende Anteil am Erlös wird dem Ausgleichsfonds zurückerstattet.
OACI, l'organisation responsable de la mesure de formation dresse un inventaire du matériel didactique et autre acheté à l'aide des contributions de l'assurance-chômage; ce matériel ne peut être aliéné qu'avec l'accord de l'organe de compensation; le produit de la vente correspondant à la part de la subvention versée est restitué au fonds de compensation.

4.1.3. La compétence et la procédure en matière de mesures relatives au marché du travail sont réglées à l'art. 59c
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
LACI. C'est en principe l'organe de compensation qui statue sur l'octroi des subventions (art. 59c al. 3
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
, 2
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
e phrase, et art. 83 al. 1 let. k
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 83 Ausgleichsstelle der Arbeitslosenversicherung - 1 Die Ausgleichsstelle:
1    Die Ausgleichsstelle:
a  verbucht die beim Ausgleichsfonds der Arbeitslosenversicherung eingegangenen Beiträge;
b  führt die Rechnung des Ausgleichsfonds;
c  prüft periodisch die Geschäftsführung der Kassen und der kantonalen Amtsstellen; die Prüfung der Kassen kann sie ganz oder teilweise den Kantonen oder Dritten übertragen;
cbis  prüft die Erfüllung der den Kassen und den kantonalen Amtsstellen übertragenen Aufgaben;
d  überprüft die Auszahlungen der Kassen oder überträgt die Revision ganz oder teilweise den Kantonen oder einer anderen Stelle;
e  erteilt den Kassenträgern und den kantonalen Amtsstellen Weisungen;
f  entscheidet über Ersatzansprüche des Bundes gegenüber dem Träger, dem Kanton, dem Arbeitgeber und der AHV-Ausgleichskasse (Art. 82, 85d, 88 und 89a);
g  weist den Kassen nach den Vorschriften dieses Gesetzes und der Verordnung die nötigen Mittel aus dem Ausgleichsfonds zu;
h  trifft Vorkehren zur Verhinderung ungerechtfertigter Bezüge und setzt dazu bei andauernder und erheblicher Arbeitslosigkeit ausserordentliche Inspektoren ein;
i  ...
k  trifft die Entscheide nach Artikel 59c Absatz 3 und richtet die Beiträge nach den Artikeln 62 und 64b aus;
l  überwacht die Entscheide der kantonalen Amtsstellen;
m  entscheidet über die Anrechenbarkeit von Verwaltungskosten der Kassen, der kantonalen Amtsstelle, der Regionalen Arbeitsvermittlungszentren und der Logistikstellen für arbeitsmarktliche Massnahmen;
n  sorgt für die Koordination mit den übrigen Sozialversicherungen;
nbis  sorgt zusammen mit den Kantonen für die Zusammenarbeit im Rahmen des EURES-Netzes (European Employment Services) nach Artikel 11 des Anhangs I zum Abkommen vom 21. Juni 1999301 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit (Freizügigkeitsabkommen);
o  ...
p  koordiniert die Durchführung von arbeitsmarktlichen Massnahmen und kann solche konzeptionell vorbereiten;
q  trifft Vorkehren zur Anwendung von Artikel 59a;
r  entscheidet in Abweichung von Artikel 35 ATSG306 Streitigkeiten über die örtliche Zuständigkeit der kantonalen Amtsstellen;
s  entscheidet Fälle nach Artikel 31 Absatz 1bis, die ihr von der kantonalen Amtsstelle unterbreitet werden.
1bis    Die Ausgleichsstelle betreibt zur Erfüllung der gesetzlichen Aufgaben sowie für statistische Zwecke Informationssysteme für folgende Dienste:
a  Auszahlung von Leistungen der Arbeitslosenversicherung;
b  öffentliche Arbeitsvermittlung (Art. 35 Abs. 1 Bst. a des Arbeitsvermittlungsgesetzes vom 6. Oktober 1989308 [AVG]);
c  Analyse von Arbeitsmarktdaten;
d  Betrieb der Zugangsplattform für elektronische Dienstleistungen für die in Artikel 96c Absatz 1quater genannten Personen;
e  Betrieb der Plattform der öffentlichen Arbeitsvermittlung (Art. 35 Abs. 1 Bst. b AVG).309
2    Die Ausgleichsstelle unterbreitet der Aufsichtskommission:
a  die Betriebs- und Vermögensrechnung des Ausgleichsfonds sowie den Jahresbericht zur Stellungnahme zuhanden des Bundesrates;
b  weitere periodische Rechnungsablagen;
c  periodische Berichte über Geschäftsführungsprüfungen und Revisionen der Auszahlungen bei den Kassen sowie über die Entscheide der kantonalen Amtsstellen im Bereich der arbeitsmarktlichen Massnahmen;
d  Gesuche um Beiträge zur Förderung der Arbeitsmarktforschung (Art. 73);
e  die Rechenschaftsberichte nach Artikel 59c Absatz 3;
f  Budget und Rechnung des Informatikzentrums.
3    Das SECO führt die Ausgleichsstelle.
LACI), sur préavis de l'autorité cantonale compétente (art. 59c al. 3
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
, 1
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
re phrase, LACI). Selon l'art. 59c al. 5
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
LACI, le Conseil fédéral peut autoriser l'organe de compensation à déléguer la compétence de statuer sur les demandes de subventionnement des mesures collectives de formation ou d'emploi jusqu'à un montant maximum qu'il fixe lui-même; à cet effet, il peut édicter des directives sur le contrôle de qualité des mesures de formation. Le Conseil fédéral a fait usage de cette délégation de compétence à l'art. 81e al. 4
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 81e Zuständigkeit und Verfahren - (Art. 59c AVIG)
1    Unter Vorbehalt der Artikel 90a und 95b-95d muss die an einer arbeitsmarktlichen Massnahme teilnehmende Person das Gesuch um Zustimmung spätestens zehn Tage vor Beginn der Massnahme der zuständigen kantonalen Amtsstelle einreichen. Reicht sie das Gesuch ohne entschuldbaren Grund nach Beginn der Massnahme ein, so werden die Leistungen erst vom Zeitpunkt der Gesuchstellung an ausgerichtet.
2    Die kantonale Amtsstelle fasst die arbeitsmarktlichen Massnahmen in einem jährlichen Rahmenprojekt zusammen. Sie reicht dieses nach Rücksprache mit der zuständigen tripartiten Kommission spätestens acht Wochen vor Beginn des neuen Jahres der Ausgleichsstelle ein.
3    Träger von kollektiven arbeitsmarktlichen Massnahmen reichen ihr Beitragsgesuch mindestens vier Wochen vor Beginn der betreffenden Massnahme bei der kantonalen Amtsstelle ein. Diese übermittelt das Gesuch zusammen mit ihrer Stellungnahme der Ausgleichsstelle, es sei denn, ihr steht die Entscheidkompetenz gemäss Absatz 4 zu. Ein Beitragsgesuch für eine gesamtschweizerisch organisierte arbeitsmarktliche Massnahme muss innert der gleichen Frist direkt der Ausgleichsstelle vorgelegt werden.
4    Die Ausgleichsstelle kann die Entscheidkompetenz bei Beitragsgesuchen für kollektive arbeitsmarktliche Massnahmen, deren anrechenbare Projektkosten unter fünf Millionen Franken liegen, an die kantonale Amtsstelle übertragen.
5    Spätestens am Ende des dritten Quartals erstattet der Kanton der Ausgleichsstelle Bericht über die ergangenen Entscheide sowie über seine Praxis für das laufende Jahr. Auf gleiche Weise erstattet die Ausgleichsstelle gegenüber der Aufsichtskommission Bericht über die von ihr und von den kantonalen Amtsstellen getroffenen Entscheide.
OACI. Aux termes de cette disposition, l'organe de compensation peut déléguer à l'autorité cantonale la compétence de statuer sur les demandes de subventionnement des mesures de marché du travail collectives pour lesquelles les frais de projet à prendre en compte sont inférieurs à cinq millions de francs. Par une directive du 19 juin 2003, l'organe de compensation - qui est administré par le SECO (art. 83 al. 3
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 83 Ausgleichsstelle der Arbeitslosenversicherung - 1 Die Ausgleichsstelle:
1    Die Ausgleichsstelle:
a  verbucht die beim Ausgleichsfonds der Arbeitslosenversicherung eingegangenen Beiträge;
b  führt die Rechnung des Ausgleichsfonds;
c  prüft periodisch die Geschäftsführung der Kassen und der kantonalen Amtsstellen; die Prüfung der Kassen kann sie ganz oder teilweise den Kantonen oder Dritten übertragen;
cbis  prüft die Erfüllung der den Kassen und den kantonalen Amtsstellen übertragenen Aufgaben;
d  überprüft die Auszahlungen der Kassen oder überträgt die Revision ganz oder teilweise den Kantonen oder einer anderen Stelle;
e  erteilt den Kassenträgern und den kantonalen Amtsstellen Weisungen;
f  entscheidet über Ersatzansprüche des Bundes gegenüber dem Träger, dem Kanton, dem Arbeitgeber und der AHV-Ausgleichskasse (Art. 82, 85d, 88 und 89a);
g  weist den Kassen nach den Vorschriften dieses Gesetzes und der Verordnung die nötigen Mittel aus dem Ausgleichsfonds zu;
h  trifft Vorkehren zur Verhinderung ungerechtfertigter Bezüge und setzt dazu bei andauernder und erheblicher Arbeitslosigkeit ausserordentliche Inspektoren ein;
i  ...
k  trifft die Entscheide nach Artikel 59c Absatz 3 und richtet die Beiträge nach den Artikeln 62 und 64b aus;
l  überwacht die Entscheide der kantonalen Amtsstellen;
m  entscheidet über die Anrechenbarkeit von Verwaltungskosten der Kassen, der kantonalen Amtsstelle, der Regionalen Arbeitsvermittlungszentren und der Logistikstellen für arbeitsmarktliche Massnahmen;
n  sorgt für die Koordination mit den übrigen Sozialversicherungen;
nbis  sorgt zusammen mit den Kantonen für die Zusammenarbeit im Rahmen des EURES-Netzes (European Employment Services) nach Artikel 11 des Anhangs I zum Abkommen vom 21. Juni 1999301 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit (Freizügigkeitsabkommen);
o  ...
p  koordiniert die Durchführung von arbeitsmarktlichen Massnahmen und kann solche konzeptionell vorbereiten;
q  trifft Vorkehren zur Anwendung von Artikel 59a;
r  entscheidet in Abweichung von Artikel 35 ATSG306 Streitigkeiten über die örtliche Zuständigkeit der kantonalen Amtsstellen;
s  entscheidet Fälle nach Artikel 31 Absatz 1bis, die ihr von der kantonalen Amtsstelle unterbreitet werden.
1bis    Die Ausgleichsstelle betreibt zur Erfüllung der gesetzlichen Aufgaben sowie für statistische Zwecke Informationssysteme für folgende Dienste:
a  Auszahlung von Leistungen der Arbeitslosenversicherung;
b  öffentliche Arbeitsvermittlung (Art. 35 Abs. 1 Bst. a des Arbeitsvermittlungsgesetzes vom 6. Oktober 1989308 [AVG]);
c  Analyse von Arbeitsmarktdaten;
d  Betrieb der Zugangsplattform für elektronische Dienstleistungen für die in Artikel 96c Absatz 1quater genannten Personen;
e  Betrieb der Plattform der öffentlichen Arbeitsvermittlung (Art. 35 Abs. 1 Bst. b AVG).309
2    Die Ausgleichsstelle unterbreitet der Aufsichtskommission:
a  die Betriebs- und Vermögensrechnung des Ausgleichsfonds sowie den Jahresbericht zur Stellungnahme zuhanden des Bundesrates;
b  weitere periodische Rechnungsablagen;
c  periodische Berichte über Geschäftsführungsprüfungen und Revisionen der Auszahlungen bei den Kassen sowie über die Entscheide der kantonalen Amtsstellen im Bereich der arbeitsmarktlichen Massnahmen;
d  Gesuche um Beiträge zur Förderung der Arbeitsmarktforschung (Art. 73);
e  die Rechenschaftsberichte nach Artikel 59c Absatz 3;
f  Budget und Rechnung des Informatikzentrums.
3    Das SECO führt die Ausgleichsstelle.
LACI) - a délégué aux autorités cantonales
compétentes le pouvoir de statuer sur des demandes de subventions des mesures collectives du marché du travail pour lesquelles les frais de projet à prendre en compte sont inférieurs à cinq millions de francs (chiffre marginal A 12 de la circulaire du SECO relative aux mesures de marché du travail d'octobre 2004). Cette délégation repose sur l'idée que les cantons disposent des structures nécessaires pour opérer eux-mêmes la sélection des organisateurs et allouer les subventions; elle laisse aussi à l'organe de compensation plus de champ pour assumer ses tâches de surveillance et de contrôle, en particulier pour effectuer des contrôles plus nombreux et plus approfondis (sur le tout: ATF 133 V 536 consid. 4.4). Dans le canton de Vaud, l'autorité cantonale compétente est le Service de l'emploi (art. 10 ss de la loi du 5 juillet 2005 sur l'emploi [LEmp; RS/VD 822.11]). La délégation de compétence à l'autorité cantonale pour statuer sur les demandes de subventions inférieures à cinq millions de francs comprend également la compétence de solliciter la restitution de telles subventions lorsqu'elles ont été octroyées par cette même autorité cantonale (ATAF 2009/49 consid. 8).

4.2.

4.2.1. Les subventions aux organisateurs de mesures collectives du marché du travail sont des prestations versées pour compenser les frais attestés nécessaires à l'exécution d'une tâche confiée à l'organisateur par l'organisme de compensation ou par l'autorité cantonale compétente auquel celui-ci a délégué cette compétence. Conformément à l'art. 81d al. 1
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 81d - (Art. 59c AVIG)
1    Die zuständige Amtsstelle gewährt durch Verfügung oder Leistungsvereinbarung Beiträge an die Veranstalter von arbeitsmarktlichen Massnahmen. Sie kann die Gewährung der Beiträge mit Auflagen verbinden.
2    Die Verfügung oder die Leistungsvereinbarung nennt mindestens die gesetzlichen Grundlagen, die Art und den Betrag der Subvention, die Dauer und die Ziele der Massnahme, den Auftrag und die Zielgruppen.
3    Werden die Beiträge durch Leistungsvereinbarung gewährt, so sind darin zudem die zuständige Amtsstelle, der Veranstalter der Massnahme, die Rechte und Pflichten der Parteien, Zielwerte und Indikatoren, die Modalitäten der Kündigung oder Änderung der Leistungsvereinbarung sowie das Verfahren bei Streitigkeiten festzuhalten.
OACI, l'autorité compétente octroie ces subventions par voie de décision ou par accord de prestation. Lorsque, comme en l'espèce, l'octroi de subventions repose sur un accord de prestations, leur versement a ainsi un fondement contractuel.

4.2.2. Lorsqu'il s'agit d'interpréter un contrat de droit administratif, le juge doit, comme pour un contrat de droit privé, rechercher d'abord la réelle et commune intention des parties au moment de la conclusion du contrat (interprétation subjective; ATF 144 V 84 consid. 6.2.1 p. 89 et les arrêts cités). S'il ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (principe de la confiance; ATF 144 V 84 consid. 6.2.1 précité et les arrêts cités; 144 III 93 consid. 5.2.3 p. 98 s.). Même s'il est apparemment clair, le sens d'un texte écrit n'est pas forcément déterminant, de sorte que l'interprétation purement littérale est prohibée (art. 18 al. 1
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 18 - 1 Bei der Beurteilung eines Vertrages sowohl nach Form als nach Inhalt ist der übereinstimmende wirkliche Wille und nicht die unrichtige Bezeichnung oder Ausdrucksweise zu beachten, die von den Parteien aus Irrtum oder in der Absicht gebraucht wird, die wahre Beschaffenheit des Vertrages zu verbergen.
1    Bei der Beurteilung eines Vertrages sowohl nach Form als nach Inhalt ist der übereinstimmende wirkliche Wille und nicht die unrichtige Bezeichnung oder Ausdrucksweise zu beachten, die von den Parteien aus Irrtum oder in der Absicht gebraucht wird, die wahre Beschaffenheit des Vertrages zu verbergen.
2    Dem Dritten, der die Forderung im Vertrauen auf ein schriftliches Schuldbekenntnis erworben hat, kann der Schuldner die Einrede der Simulation nicht entgegensetzen.

CO); en effet, lorsque la teneur d'un texte paraît limpide à première vue, il peut résulter d'autres éléments du contrat, du but poursuivi par les parties ou d'autres circonstances que le texte ne restitue pas exactement le sens de l'accord conclu; cependant, il n'y a pas lieu de s'écarter du sens littéral d'un texte lorsqu'il n'y a aucune raison sérieuse de penser que celui-ci ne correspond pas à la volonté ainsi exprimée (ATF 144 V 84 consid. 6.2.1 précité p. 89; 137 III 444 consid. 4.2.4 p. 451 s.; 136 III 186 consid. 3.2.1 p. 188). En outre, dans l'interprétation de contrats de droit administratif, il y a lieu de présumer que l'administration n'est pas prête à convenir de quelque chose qui serait en contradiction avec l'intérêt public qu'elle doit préserver ou avec la législation topique (ATF 144 V 84 consid. 6.2.1 précité p. 89; 135 V 237 consid. 3.6 p. 242; 122 I 328 consid. 4e p. 335). Ainsi, en cas de doute, le contrat de droit administratif doit être interprété de manière conforme à la loi (ATF 139 V 82 consid. 3.1.2 p. 84; 135 V 237 consid. 3.6 p. 242).

4.2.3. La détermination de la réelle et commune intention des parties relève du fait; ainsi, si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), à moins qu'elles soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
et 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 144 III 93 consid. 5.2.2 p. 98; 144 V 84 consid. 6.2.2 p. 89). La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est en revanche une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait (ATF 144 III 93 précité consid. 5.2.3 p. 99; 144 V 84 consid. 6.2.2 précité p. 89). Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, à l'exclusion des événements postérieurs (ATF 144 III 93 consid. 5.2.3 précité p. 99; 133 III 61 consid. 2.2.1 p. 67 et les arrêts cités).

5.

5.1. Après avoir rappelé les principes régissant l'interprétation des contrats, le Tribunal administratif fédéral a retenu qu'il ressortait du dossier qu'ensuite du contrôle opéré par le SECO en 2005, l'intimé avait approché la recourante en vue de modifier l'accord de prestations afin de tenir compte de ce que seuls les frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure pouvaient faire l'objet d'une subvention. En revanche, la recourante avait, dès réception du rapport du SECO, contesté celui-ci et rappelé en substance qu'elle pouvait réaliser un bénéfice et que les frais engagés en 2005 pouvaient faire l'objet d'une subvention. A la suite de cela, les parties avaient engagé des discussions, notamment orales, qui avaient abouti à la conclusion le 30 novembre 2005 d'un nouvel accord de prestations et à l'établissement d'une annexe mentionnant le détail des cours organisés par la recourante et un prix par session ou par participant. Le tribunal a constaté que la volonté réelle des parties quant au sort des montants figurant dans cette annexe ne pouvait pas être déterminée avec certitude, de sorte qu'il y avait lieu de rechercher leur volonté objective, à la lumière notamment du contenu des accords de prestations du 30
novembre 2005 et du 20 novembre 2006.

5.2. S'agissant du contenu de ces accords, le tribunal a constaté ce qui suit:

5.2.1. L'accord de prestations du 30 novembre 2005, en vigueur du 1 er janvier au 31 décembre 2006, prévoyait notamment que l'intimé planifiait avec la recourante des sessions de cours dont il précisait la quantité dans une annexe et la qualité attendue dans des descriptifs de cours. A cet effet, l'intimé octroyait à la recourante une subvention, qui lui permettait de financer "les frais effectifs indispensables" à l'organisation et à l'animation des sessions planifiées (article 4). L'accord du 20 novembre 2006, valable dès le 1 er janvier 2007, était formulé de manière similaire.

5.2.2. Le financement était prévu comme suit: l'intimé se prononçait sur les demandes de subvention concernant les mesures de marché du travail et les mesures d'insertion professionnelle. Il garantissait à la recourante le financement "des frais subventionnables, au sens de l'article 18 de l'accord", pour l'organisation des sessions planifiées, sous réserve que le nombre minimum de participants fixé par le descriptif du cours soit atteint au jour de référence (article 7 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006).

5.2.3. Le "montant maximum" de la subvention relative aux mesures planifiées était fixé dans l'annexe à l'accord. Sans accord écrit préalable de l'intimé, aucun frais supplémentaire, même subventionnable au sens de l'article 18 de l'accord, ne serait pris en charge (article 17 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006).

5.2.4. Les prestations financières versées par les autorités fédérales et cantonales devaient être affectées exclusivement à la formation et à l'encadrement des demandeurs d'emploi définis à l'article 6 de l'accord. L'intimé remboursait à la recourante "les frais attestés indispensables à l'organisation de la mesure". L'article 18 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 énumérait les frais indispensables à l'organisation de la mesure, qui correspondaient aux frais mentionnés à l'art. 88 al. 1
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 88 Anrechenbare Kosten der Durchführung von Bildungsmassnahmen - (Art. 59cbis Abs. 2 AVIG)219
1    Als anrechenbare Kosten der Bildungsmassnahme gelten:
a  die Besoldung der Leitung und der Lehrkräfte;
b  die Kosten für die Beschaffung der erforderlichen Lehrmittel und Materialien;
c  die Prämien der Berufsunfall- und Sachversicherung;
d  die erforderlichen Unterkunfts- und Verpflegungskosten;
e  die zur Durchführung erforderlichen Transportkosten für Material und notwendige Ausrüstungen sowie die Kosten der Leitung und der Lehrkräfte für die Reise an den Ort, an dem die Massnahme stattfindet;
f  die erforderlichen Projektierungs-, Kapital- und Raumkosten.
2    Die Träger der Bildungsmassnahmen führen ein Inventar über die mit Beiträgen der Arbeitslosenversicherung angeschafften Lehrmittel und Materialien. Diese dürfen nur mit Zustimmung der Ausgleichsstelle veräussert werden. Der dem geleisteten Beitrag entsprechende Anteil am Erlös wird dem Ausgleichsfonds zurückerstattet.
OACI (cf. consid. 4.1.2 supra).

5.2.5. L'article 20 des accords précités réglait les modalités de la facturation pour les cours collectifs et individuels et prévoyait que, à la clôture de l'exercice comptable, mais au plus tard le 31 mai de l'année suivante, la recourante devait remettre à l'intimé un décompte des frais effectivement engagés, accompagné du rapport de l'organe de révision et du rapport d'activité, et que l'intimé pouvait exiger toute pièce permettant de justifier les frais engagés.

5.2.6. Enfin, l'article 21 des accords prévoyait que si, à la clôture de l'exercice comptable, il s'avérait que les frais effectivement engagés et indispensables à l'organisation de la mesure au sens de l'art. 88 al. 1
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 88 Anrechenbare Kosten der Durchführung von Bildungsmassnahmen - (Art. 59cbis Abs. 2 AVIG)219
1    Als anrechenbare Kosten der Bildungsmassnahme gelten:
a  die Besoldung der Leitung und der Lehrkräfte;
b  die Kosten für die Beschaffung der erforderlichen Lehrmittel und Materialien;
c  die Prämien der Berufsunfall- und Sachversicherung;
d  die erforderlichen Unterkunfts- und Verpflegungskosten;
e  die zur Durchführung erforderlichen Transportkosten für Material und notwendige Ausrüstungen sowie die Kosten der Leitung und der Lehrkräfte für die Reise an den Ort, an dem die Massnahme stattfindet;
f  die erforderlichen Projektierungs-, Kapital- und Raumkosten.
2    Die Träger der Bildungsmassnahmen führen ein Inventar über die mit Beiträgen der Arbeitslosenversicherung angeschafften Lehrmittel und Materialien. Diese dürfen nur mit Zustimmung der Ausgleichsstelle veräussert werden. Der dem geleisteten Beitrag entsprechende Anteil am Erlös wird dem Ausgleichsfonds zurückerstattet.
OACI étaient inférieurs aux montants versés par l'intimé, le solde était restitué au fonds de compensation et l'intimé en réclamerait le remboursement. S'il s'avérait, après examen du décompte remis conformément à l'article 20, que la recourante avait perçu des subventions de façon indue, l'intimé en réclamerait le remboursement.

5.3. Les premiers juges ont exposé qu'il convenait d'abord de rechercher ce que les parties avaient objectivement voulu en prévoyant notamment que l'intimé "garantissait" à la recourante le financement des frais subventionnables pour l'organisation des sessions planifiées, que "le montant maximum de la subvention relative aux sessions planifiées" était fixé dans l'annexe à l'accord de prestations et que, sans accord écrit de l'intimé, aucun frais supplémentaire, même subventionnable, ne serait pris en charge. Ils ont relevé que la notion de "frais subventionnables" de l'article 7 et celle de "subvention" de l'article 17 pouvaient être comprises comme étant synonymes. Il y avait ainsi lieu de retenir que les "prix par session" et les "prix par participant" indiqués dans les annexes aux deux accords de prestations constituaient en réalité le montant maximum des frais subventionnables pour la session de cours ou le participant correspondant, ce que confirmait l'obligation de la recourante d'obtenir l'accord écrit de l'intimé en cas de dépassement de ce montant maximum.

5.4. Il convenait ensuite de déterminer ce que les parties avaient voulu inclure dans la notion de frais subventionnables. A cet égard, les articles 4 et 18 des accords de prestations prévoyaient l'engagement de l'intimé de verser une subvention permettant à la recourante de financer "les frais effectifs indispensables" à l'organisation des mesures effectivement réalisées (article 4
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 4 Voller Arbeitstag - (Art. 11 Abs. 1 AVIG)
1    Als voller Arbeitstag gilt der fünfte Teil der wöchentlichen Arbeitszeit, die der Versicherte normalerweise während seines letzten Arbeitsverhältnisses geleistet hat.
2    Hatte die versicherte Person zuletzt eine Vollzeitbeschäftigung, so gilt als ausgefallener voller Arbeitstag jeder Tag, an dem die versicherte Person ganz arbeitslos ist.18
) et de rembourser à la recourante "les frais attestés et indispensables" au sens de l'art. 88 al. 1
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 88 Anrechenbare Kosten der Durchführung von Bildungsmassnahmen - (Art. 59cbis Abs. 2 AVIG)219
1    Als anrechenbare Kosten der Bildungsmassnahme gelten:
a  die Besoldung der Leitung und der Lehrkräfte;
b  die Kosten für die Beschaffung der erforderlichen Lehrmittel und Materialien;
c  die Prämien der Berufsunfall- und Sachversicherung;
d  die erforderlichen Unterkunfts- und Verpflegungskosten;
e  die zur Durchführung erforderlichen Transportkosten für Material und notwendige Ausrüstungen sowie die Kosten der Leitung und der Lehrkräfte für die Reise an den Ort, an dem die Massnahme stattfindet;
f  die erforderlichen Projektierungs-, Kapital- und Raumkosten.
2    Die Träger der Bildungsmassnahmen führen ein Inventar über die mit Beiträgen der Arbeitslosenversicherung angeschafften Lehrmittel und Materialien. Diese dürfen nur mit Zustimmung der Ausgleichsstelle veräussert werden. Der dem geleisteten Beitrag entsprechende Anteil am Erlös wird dem Ausgleichsfonds zurückerstattet.
OACI (article 18). Les premiers juges ont relevé que la formulation, quoique différente entre l'article 4 et l'article 18, couvrait en réalité la même notion et prévoyait donc deux conditions au versement de la subvention.
Premièrement, la subvention ne couvrait que les frais "attestés" ou "effectifs" engagés pour l'organisation de la mesure, ce qui excluait la prise en charge de frais forfaitaires ou de frais non justifiés. La notion de "frais attestés" et celle de "frais effectifs" était ainsi identique, comme le confirmait l'obligation de la recourante de remettre à l'intimé les pièces justificatives des frais engagés pour l'organisation des sessions de cours faisant l'objet de la mesure.
Deuxièmement, la subvention ne portait que sur les frais "indispensables" à l'organisation de la mesure. Il s'ensuivait que l'intimé ne pouvait verser que ce qui était "nécessaire", excluant notamment la réalisation par la recourante d'un bénéfice sur l'organisation de la mesure. Une telle interprétation était confirmée par l'obligation de la recourante de restituer le solde lorsque les frais effectivement engagés et indispensables à l'organisation de la mesure étaient inférieurs au montant versé par l'intimé. Elle était au surplus conforme à la loi, plus précisément à l'art. 88 al. 1
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 88 Anrechenbare Kosten der Durchführung von Bildungsmassnahmen - (Art. 59cbis Abs. 2 AVIG)219
1    Als anrechenbare Kosten der Bildungsmassnahme gelten:
a  die Besoldung der Leitung und der Lehrkräfte;
b  die Kosten für die Beschaffung der erforderlichen Lehrmittel und Materialien;
c  die Prämien der Berufsunfall- und Sachversicherung;
d  die erforderlichen Unterkunfts- und Verpflegungskosten;
e  die zur Durchführung erforderlichen Transportkosten für Material und notwendige Ausrüstungen sowie die Kosten der Leitung und der Lehrkräfte für die Reise an den Ort, an dem die Massnahme stattfindet;
f  die erforderlichen Projektierungs-, Kapital- und Raumkosten.
2    Die Träger der Bildungsmassnahmen führen ein Inventar über die mit Beiträgen der Arbeitslosenversicherung angeschafften Lehrmittel und Materialien. Diese dürfen nur mit Zustimmung der Ausgleichsstelle veräussert werden. Der dem geleisteten Beitrag entsprechende Anteil am Erlös wird dem Ausgleichsfonds zurückerstattet.
OACI, et à l'intérêt public poursuivi par l'intimé dans l'accomplissement des tâches que lui avait confiées la Confédération, contrairement à l'interprétation faite par la recourante qui ne visait au final que son seul intérêt privé.

5.5. En définitive, le Tribunal administratif fédéral a retenu que les montants indiqués dans les annexes aux accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 constituaient le plafond des frais subventionnables durant l'exercice concerné, et non des prix fixes qui seraient dus à la recourante quels que fussent les frais effectivement engagés et nécessaires pour l'organisation de la mesure. Par conséquent, les factures établies par la recourante et les montants versés par l'intimé en cours d'exercice ne pouvaient constituer que des acomptes à faire valoir sur le décompte final réalisé en fin d'exercice. Contrairement à ce que soutenait la recourante, une interprétation objective des accords de prestations conduisait donc à retenir que le montant des subventions n'était pas fixé par session de cours, mais uniquement calculé a posteriori en fonction des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure.

6.
La recourante soutient à titre principal que l'interprétation faite par les premiers juges des contrats des 30 novembre 2005 et 20 novembre 2006 ne serait pas conforme à la volonté objective des parties, qui serait que les budgets établis en début d'année faisaient l'objet d'un accord de la part de l'intimé et que le paiement des montants en ressortant était garanti sous réserve que les cours commandés soient effectivement donnés. Autrement dit, le montant des subventions était selon elle fixé à l'avance par session de chaque type de cours, et corrigé a posteriori uniquement en fonction des cours annulés ou des cours supplémentaires donnés.

6.1. Avant d'examiner les griefs de la recourante, il sied de rappeler que les premiers juges ont constaté qu'il n'était pas possible d'établir la réelle et commune intention des parties, de sorte qu'il y avait lieu de recourir à l'interprétation objective selon le principe de la confiance (cf. consid. 5.1 supra). Une telle constatation, qui ressortit au fait (cf. consid. 4.2.3 supra), lie le Tribunal fédéral, dans la mesure où la recourante elle-même admet qu'il faut en l'espèce déterminer la volonté objective des parties, selon le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre.

6.2. Sans critiquer directement les motifs qui ont conduit les premiers juges à interpréter les accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 en ce sens que le montant des subventions n'était pas fixé d'avance une fois pour toutes par session de cours, mais calculé a posteriori en fonction des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure, la recourante invoque un certain nombre d'éléments dont il résulterait selon elle que le paiement des prix par session convenus en début d'année était garanti sous la seule réserve que les cours commandés soient effectivement donnés.

6.2.1. La recourante fait d'abord valoir que les clauses des accords de prestations du 30 mai 2005 et du 30 novembre 2005 seraient quasiment identiques, notamment s'agissant de la notion de frais subventionnables (article 17), et qu'on ne verrait pas comment les parties auraient pu interpréter celui-ci différemment de celui-là.
Toutefois, la recourante ne cite aucune circonstance, relative à la manière dont les parties auraient appliqué l'accord du 30 mai 2005, qui soit antérieure ou concomitante à la conclusion de l'accord du 30 novembre 2005 et qui pourrait ainsi être prise en compte dans le cadre de l'interprétation objective de ce dernier (cf. consid. 4.2.3 in fine supra).

6.2.2. La recourante invoque ensuite le fait qu'après la signature de l'accord du 30 novembre 2005, les parties auraient établi non seulement une annexe du 5 décembre 2005 comprenant le planning des cours avec le prix retenu par session pour chaque cours, mais encore un budget qui détaillait les postes de frais liés à la dispense des cours et qui aurait fait l'objet de discussions entre les parties. Un planning avec les prix des cours et un budget auraient aussi été établis, discutés et approuvés pour les années 2007 et 2008. Or on ne verrait pas pourquoi il aurait fallu établir un budget, à tout le moins un budget aussi détaillé et comportant des concessions sur les frais pouvant y être portés, si l'intention des parties était de procéder uniquement au versement d'acomptes en cours d'année et d'établir en fin d'année les charges subventionnables.
Ce grief ne peut qu'être écarté en tant qu'il repose sur un état de fait qui s'écarte de celui du jugement attaqué, sans que la recourante expose, conformément aux exigences de motivation posées par la loi, en quoi les constatations des premiers juges seraient manifestement inexactes (cf. consid. 2.1). Au surplus, on ne voit pas en quoi le fait que les acomptes auraient été fixés sur la base d'un budget relativement précis s'opposerait à ce que le montant définitif soit fixé sur la base du décompte des frais effectivement engagés que la recourante devait remettre à la fin de la clôture de l'exercice comptable à l'intimé, lequel pouvait exiger toute pièce permettant de justifier les frais engagés conformément à l'article 20 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 (cf. consid. 5.2.5 supra).

6.2.3. La recourante invoque également le fait qu'aux accords de prestations des 30 novembre 2005 et 20 novembre 2006 étaient annexées des directives financières s'appliquant aux organisateurs de cours collectifs, lesquelles détaillaient les différents postes discutés par les parties dans le cadre de l'établissement des budgets. Or ces directives prévoyaient notamment que les frais pris en compte pour les intervenants externes s'élevaient à 200 fr. par heure au maximum et que les frais de repas étaient remboursés sur une base forfaitaire. En outre, elles ne faisaient pas référence au caractère nécessaire ou subventionnable des postes de frais listés aux lettres A à F, ce dont on devrait déduire que les frais effectifs restant en-deçà des montants indiqués aux lettres A à F devaient être remboursés.
Cette argumentation ne peut qu'être écartée dans la mesure où elle repose sur des faits qui ne trouvent aucune assise dans le jugement attaqué, sans que la recourante expose, conformément aux exigences de motivation posées par la loi, en quoi les constatations des premiers juges seraient manifestement inexactes ou incomplètes (cf. consid. 2.1). Au surplus, on ne voit pas en quoi le fait que les directives qui auraient été prises en compte dans le cadre de l'établissement des budgets prévoyaient certains tarifs horaires ou montants maximum empêcherait que les tarifs horaires effectivement appliqués ou les frais effectifs engagés soient vérifiés, et le cas échéant ajustés, sur la base des décomptes remis à la clôture de l'exercice voire sur la base des pièces produites conformément à l'article 20 des accords du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006 (cf. consid. 5.2.5 supra).

6.2.4. La recourante fait ensuite valoir que l'intimé a intégralement payé les factures qu'elle lui a adressées pour l'année 2006 de la même manière que les années précédentes, ce qui montrerait qu'il aurait lui-même interprété l'accord du 30 novembre 2005, valable pour l'exercice 2006, en ce sens que la pratique antérieure était maintenue.
Ce faisant, la recourante se réfère toutefois à des circonstances postérieures à la conclusion de l'accord du 30 novembre 2005, qui ne peuvent pas être prises en compte dans le cadre de l'interprétation objective de cet accord (cf. consid. 4.2.3 in fine supra).

6.2.5. La recourante invoque enfin le fait que les accords de prestations conclus entre les parties régissaient non seulement les mesures de marché du travail selon la LACI, mais aussi les mesures d'insertion professionnelle cantonales selon la LEmp. Or comme les secondes sont octroyées selon les mêmes critères que les premières (cf. art. 24 al. 2 LEmp), le fait que l'intimé a payé toutes les factures de la recourante pour les cours dispensés à des personnes au revenu d'insertion durant les années 2006 à 2008, sans demander aucun retour de subvention, démontrerait qu'il estimait s'être engagé à payer tous les cours selon les prix convenus à l'avance.
A nouveau, la recourante se réfère, pour interpréter les accords de prestations des 30 novembre 2005 et 20 novembre 2006, à des circonstances postérieures à leur conclusion, qui ne peuvent pas être prises en compte dans le cadre de l'interprétation objective à laquelle ont recouru les premiers juges (cf. consid. 4.2.3 in fine supra).

6.3. En définitive, la recourante échoue à remettre en cause l'interprétation objective qu'ont faite les premiers juges des accords de prestations des 30 novembre 2005 et 20 novembre 2006, s'agissant des notions de "frais effectifs indispensables" à l'organisation des mesures relatives au marché du travail (article 4 des accords) et de "frais subventionnables, au sens de l'article 18 de l'accord" (article 7 des accords), du caractère de "montant maximum" des prix fixés dans l'annexe à l'accord (article 17 des accords), de l'obligation de la recourante de justifier, à la clôture de l'exercice comptable, des frais effectivement engagés (article 20 des accords) et de son obligation de restituer les montants versés par l'intimé dont il s'avérerait, après examen du décompte prévu par l'article 20 de l'accord, qu'ils excéderaient les frais effectivement engagés et indispensables à l'organisation de la mesure (article 21 des accords). Pour le surplus et comme déjà relevé (cf. consid. 2.3 supra), la recourante ne critique pas l'interprétation par l'autorité précédente du droit en vigueur depuis le 1er juillet 2003, selon laquelle l'organisateur ne peut tirer aucun bénéfice de l'organisation de mesures de marché du travail, malgré le fait
que la condition qu'il ne poursuive pas un but lucratif, prévue à l'art. 62 al. 2 let. b
SR 837.0 Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsgesetz, AVIG) - Arbeitslosenversicherungsgesetz
AVIG Art. 59c Zuständigkeit und Verfahren - 1 Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
1    Beitragsgesuche für arbeitsmarktliche Massnahmen sind begründet und rechtzeitig vor Beginn der zuständigen Amtsstelle einzureichen.
2    Die zuständige Amtsstelle entscheidet über Beitragsgesuche für spezielle Massnahmen nach den Artikeln 65-71d und für individuelle Bildungsmassnahmen.
3    Sie leitet Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen mit einer Stellungnahme an die Ausgleichsstelle weiter. Diese entscheidet über die Beitragsgewährung. Sie erstattet der Aufsichtskommission periodisch Bericht.
4    Wird eine arbeitsmarktliche Massnahme gesamtschweizerisch organisiert, so ist das Beitragsgesuch direkt der Ausgleichsstelle einzureichen.
5    Der Bundesrat kann die Ausgleichsstelle ermächtigen, die Entscheidkompetenz über Beitragsgesuche für kollektive Bildungs- und für Beschäftigungsmassnahmen bis zu einem von ihm bestimmten Höchstbetrag den zuständigen Amtsstellen zu übertragen. Er kann zu diesem Zweck Richtlinien für die Qualitätsprüfung bei den Bildungsmassnahmen aufstellen.
LACI en vigueur jusqu'au 30 juin 2003, ne figure plus dans la loi actuelle.

7.

7.1. Ayant retenu, sur la base d'une interprétation objective des accords de prestations du 30 novembre 2006 et du 20 novembre 2005 qui échappe à la critique, que le montant des subventions versées à la recourante devait être calculé a posteriori en fonction des frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure, le Tribunal administratif fédéral - après avoir rappelé certains principes procéduraux - s'est penché sur le caractère attesté et nécessaire des frais engagés par la recourante pour les exercices 2006 à 2008. Pour ce faire, il a relevé que si la recourante n'avait pas précisé le détail des frais allégués à l'appui des conclusions de sa demande, elle avait établi chaque année à l'attention de l'intimé un tableau analytique dans lequel elle répartissait ses frais dans plusieurs rubriques. Ces tableaux avaient été produits dans le cadre de la présente procédure, les parties s'y étaient référées à plusieurs reprises et le rapport de l'expert se fondait en grande partie sur ces tableaux. Considérant que rien ne justifiait de s'éloigner de la méthode de classification des frais employée par les parties, le tribunal a décidé de reprendre, une à une, les différentes rubriques des tableaux analytiques utilisés par les
parties, en évaluant - sur la base des justificatifs remis par la recourante dans le cadre du contrôle de ses comptes, des pièces produites dans le cadre de la procédure et du résultat de l'administration des preuves, en particulier de l'examen effectué par l'expert - si les frais allégués et/ou retenus dans chaque rubrique étaient bien attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure.

7.2.

7.2.1. Pour l'exercice 2006, les premiers juges ont ainsi examiné une à une les rubriques A1 (salaires de directions), A2 (salaires enseignants et externes), A3 (salaires administratifs), A4 (charges sociales effectives), A5 (intervenants externes), A6 (formation continue), A7 (frais de déplacement), A8 (frais de repas), A9 (frais de représentation), A10 (autres frais de personnel), B1 (loyers y.c. charges), B2 (électricité), B3 (entretien des locaux), C1 (téléphone, fax, internet), C2 (frais de port), C3 (fournitures de bureau), C4 (supports de cours), C5 (examens), C6 (certification), C7 (assurances), C8 (frais de projet), C9 (honoraires de tiers), C10 (amortissements), C11 (leasings), C12 (frais informatiques), C13 (frais de véhicules), C14 (secrétariat et services administratifs), C15 (honoraires du conseil d'administration), C16 (impôts), C17 (charges financières), C18 (autres charges), E1 (subventions reçues) et E2 (autres recettes).
Au final, le tribunal a pris en compte un montant total de frais justifiés de 754'048 fr. 35 pour le groupe de rubriques A (encadrement), de 132'423 fr. 85 pour le groupe de rubriques B (locaux) et de 250'378 fr. 20 pour le groupe de rubriques C (charges d'exploitation). Il a ainsi constaté que, sur le montant total des subventions versées pour l'exercice 2006, soit 1'804'821 fr., la recourante avait perçu des subventions indues - en raison de frais non attestés et/ou non-nécessaires à l'organisation de la mesure - à concurrence d'un montant de 667'970 fr. 60, dont l'intimé pouvait dès lors exiger la restitution, le cas échéant par voie de compensation.

7.2.2. Procédant ensuite au même examen pour l'exercice 2007, les premiers juges ont pris en compte un montant total de frais justifiés de 696'816 fr. 64 pour le groupe de rubriques A, de 123'160 fr. 25 pour le groupe de rubriques B et de 220'109 fr. 60 pour le groupe de rubriques C. Ils ont constaté que, comme la recourante avait déjà reçu pour l'exercice 2007 des subventions à hauteur de 834'988 fr., elle pouvait prétendre encore à un montant de 205'098 fr. 49, sous réserve de compensation.

7.2.3. Procédant enfin au même examen pour l'exercice 2008, le tribunal a pris en compte un montant total de frais justifiés de 746'533 fr. 34 pour le groupe de rubriques A, de 101'523 fr. pour le groupe de rubriques B et de 175'810 fr. 96 pour le groupe de rubriques C. Il a constaté que, comme la recourante avait déjà reçu pour l'exercice 2008 des subventions à hauteur de 546'575 fr. 20, elle pouvait prétendre encore à un montant de 477'292 fr. 10, sous réserve de compensation.

7.2.4. La motivation spécifique du jugement attaqué sur les différents points que la recourante conteste devant le Tribunal fédéral sera exposée en lien avec les griefs y relatifs (cf. consid. 9 à 11 infra).

7.3.

7.3.1. Après avoir correctement exposé les principes juridiques régissant la compensation (art. 120
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 120 - 1 Wenn zwei Personen einander Geldsummen oder andere Leistungen, die ihrem Gegenstande nach gleichartig sind, schulden, so kann jede ihre Schuld, insofern beide Forderungen fällig sind, mit ihrer Forderung verrechnen.
1    Wenn zwei Personen einander Geldsummen oder andere Leistungen, die ihrem Gegenstande nach gleichartig sind, schulden, so kann jede ihre Schuld, insofern beide Forderungen fällig sind, mit ihrer Forderung verrechnen.
2    Der Schuldner kann die Verrechnung geltend machen, auch wenn seine Gegenforderung bestritten wird.
3    Eine verjährte Forderung kann zur Verrechnung gebracht werden, wenn sie zurzeit, wo sie mit der andern Forderung verrechnet werden konnte, noch nicht verjährt war.
CO; cf. ATF 139 IV 243 consid. 5.1 p. 245; 136 III 624 consid. 4.2.3 p. 626; 134 III 643 consid. 5.5.1 p. 542), applicables en droit public en cas de silence de celui-ci et sous réserve d'incompatibilité (ATF 144 IV 212 consid. 2.2 p. 214 et l'arrêt cité), les premiers juges ont examiné si l'intimé pouvait valablement compenser sa prétention en restitution des subventions versées à tort en 2006 (cf. consid. 7.2.1 supra) par le solde dû à la demanderesse pour les exercices 2007 et 2008 (cf. consid. 7.2.2 et 7.2.3 supra).

7.3.2. L'autorité précédente a exposé que l'intimé avait constaté, le 19 décembre 2008, que la recourante avait perçu indûment des subventions pour l'exercice 2006 et en avait exigé la restitution (cf. lettre A.b supra). Le 25 mai 2009, l'intimé avait constaté l'existence d'un solde en faveur de la recourante pour l'année 2007 et l'avait donc compensé partiellement par la somme dont le remboursement avait été demandé pour l'année 2006 (cf. lettre A.c supra). Enfin, le 16 octobre 2009, l'intimé avait constaté l'existence d'un solde en faveur de la recourante pour l'année 2008 et l'avait lui aussi compensé partiellement avec le reste de la somme encore due par la recourante (cf. lettre A.d supra). Les deux compensations ainsi effectuées les 25 mai 2009 et 16 octobre 2009 par l'intimé étaient valables, dès lors que les parties étaient débitrices et créancières l'une de l'autre de sommes d'argent, que leurs créances respectives étaient exigibles et échues au moment de la compensation et que la recourante ne pouvait pas se prévaloir de la prescription.

7.3.3. Les premiers juges ont ainsi retenu que l'intimé avait versé à la recourante, pour l'exercice 2006, des subventions indues à concurrence d'un montant de 667'970 fr. 60 dont il pouvait valablement demander la restitution (cf. consid. 7.2.1 supra), que ce montant avait été partiellement compensé par le solde de 205'098 fr. 49 dû à la recourante pour l'exercice 2007 (cf. consid. 7.2.2 supra) et que la somme de 462'872 fr. 11 (667'970 fr. 60 - 205'098 fr. 49) encore due par la recourante avait ensuite été compensée par le solde de 477'292 fr. 10 qui lui était dû pour l'exercice 2008 (cf. consid. 7.2.3 supra), de sorte que la recourante pouvait en définitive encore prétendre au paiement de la somme de 14'419 fr. 99 pour l'exercice 2008.

7.4. Le tribunal a par ailleurs considéré que la recourante pouvait prétendre au versement d'un montant de 14'931 fr. 26 pour le cours organisé en janvier 2009 ainsi que pour les frais liés à la reddition de comptes et à la liquidation de la mesure, ce qui n'est pas litigieux devant le Tribunal fédéral.

8.
Se plaignant d'une violation du droit de procédure (art. 3 al. 2
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 3 - 1 Der Richter prüft von Amtes wegen die Zulässigkeit der Klage und aller weiteren Prozesshandlungen.
1    Der Richter prüft von Amtes wegen die Zulässigkeit der Klage und aller weiteren Prozesshandlungen.
2    Der Richter darf über die Rechtsbegehren der Parteien nicht hinausgehen und sein Urteil nur auf Tatsachen gründen, die im Verfahren geltend gemacht worden sind. Er soll jedoch die Parteien auf unzulängliche Rechtsbegehren aufmerksam machen und darauf hinwirken, dass sie Tatsachen und Beweismittel, die für die Feststellung des wahren Tatbestandes notwendig erscheinen, vollständig angeben. Zu diesem Instruktionszwecke kann er jederzeit die Parteien persönlich einvernehmen.
et 36 al. 1
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 36 - 1 Beweis wird nur über erhebliche und soweit nicht der Sachverhalt von Amtes wegen zu erforschen ist oder ein Fall nach Artikel 12 Absatz 3 vorliegt, nur über bestrittene Tatsachen geführt.
1    Beweis wird nur über erhebliche und soweit nicht der Sachverhalt von Amtes wegen zu erforschen ist oder ein Fall nach Artikel 12 Absatz 3 vorliegt, nur über bestrittene Tatsachen geführt.
2    Ob mangels eines ausdrücklichen Geständnisses eine Tatsache als bestritten anzusehen sei, hat der Richter unter Berücksichtigung des gesamten Inhalts des Vorbringens und des Verhaltens der Partei im Prozesse zu beurteilen.
3    Inwiefern das Geständnis durch beigefügte Zusätze und Einschränkungen oder durch Widerruf unwirksam wird, beurteilt der Richter nach freiem Ermessen.
4    In gleicher Weise beurteilt er, inwiefern infolge eines aussergerichtlichen Geständnisses der Beweis unnötig wird.
PCF, 62 al. 4 PA et 29 al. 2 Cst.), la recourante reproche aux premiers juges, lorsqu'ils ont examiné sur la base des tableaux analytiques si les frais allégués et/ou retenus dans chaque rubrique étaient bien attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure, d'être revenus sur certaines dépenses qui avaient été admises par l'intimé lui-même dans ses tableaux analytiques.

8.1. La recourante soutient d'abord qu'en recalculant la subvention due pour 2006, alors qu'aucune des parties n'avait pris de conclusions à ce sujet - puisque l'intimé n'avait pas ouvert action pour faire fixer le montant "redû" pour l'année 2006, mais avait seulement conclu au rejet de la demande de la recourante, qui ne portait que sur les montants qu'elle estimait encore dus pour les exercices 2007 et 2008 -, les premiers juges seraient sortis du cadre du litige et auraient statué ultra petita, au mépris de l'art. 3 al. 2
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 3 - 1 Der Richter prüft von Amtes wegen die Zulässigkeit der Klage und aller weiteren Prozesshandlungen.
1    Der Richter prüft von Amtes wegen die Zulässigkeit der Klage und aller weiteren Prozesshandlungen.
2    Der Richter darf über die Rechtsbegehren der Parteien nicht hinausgehen und sein Urteil nur auf Tatsachen gründen, die im Verfahren geltend gemacht worden sind. Er soll jedoch die Parteien auf unzulängliche Rechtsbegehren aufmerksam machen und darauf hinwirken, dass sie Tatsachen und Beweismittel, die für die Feststellung des wahren Tatbestandes notwendig erscheinen, vollständig angeben. Zu diesem Instruktionszwecke kann er jederzeit die Parteien persönlich einvernehmen.
PCF et des règles générales de procédure.
Ce faisant, la recourante méconnaît que dans une procédure par voie d'action, le cadre du litige n'est pas fixé par une décision administrative, mais par les conclusions et les allégués des parties. Le fait que les conclusions de la recourante (demanderesse) tendaient à obtenir le paiement des montants qu'elle estimait lui être encore dus pour les exercices 2007 et 2008 n'empêchait pas l'intimé (défendeur) d'invoquer par voie de compensation - qui est un mode de paiement, soit un moyen libératoire à l'encontre des prétentions élevées par la recourante - toutes les créances qu'il estimait avoir contre la recourante. Partant, l'autorité précédente n'a nullement statué ultra petita en établissant les créances réciproques des parties, en compensant - sur la base de la déclaration générale de compensation dûment faite en procédure par l'intimé et des conclusions libératoires prises par celui-ci - une partie des prétentions de la recourante et en condamnant l'intimé à en payer le solde.
On précisera que, contrairement à ce que soutient la recourante, la déclaration générale de compensation faite par l'intimé en procédure est valable. En effet, il suffit qu'il résulte de la déclaration de compensation ou des circonstances quelle est la créance compensée et quelle est la créance compensante (arrêts 4A 601/2013 du 31 mars 2014 consid. 3.3; 4A 82/2009 du 7 avril 2009 consid. 2 et les références). Or tel est le cas lorsqu'une partie déclare vouloir compenser les prétentions élevées contre elle en procédure avec les prétentions qu'elle élève elle-même en procédure à l'encontre de sa partie adverse.

8.2. La recourante soutient que même si l'on admet que l'invocation par l'intimé de la compensation a "élargi l'objet du litige au trop-perçu pour 2006" (cf. son grief traité au consid. 8.1 supra), le jugement attaqué violerait le droit pour un autre motif. En effet, dans sa décision du 19 décembre 2008, l'intimé avait fixé le montant selon lui perçu en trop par la recourante pour l'exercice 2006 à 629'582 fr. 45, soit 38'388 fr. 15 de moins que le montant de 667'970 fr. 60 dont les premiers juges ont constaté qu'il constituait le trop-perçu pour 2006. Dès lors, l'autorité précédente aurait violé le principe "ne eat iudex ultra petita partium", posé à l'art. 3 al. 2
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 3 - 1 Der Richter prüft von Amtes wegen die Zulässigkeit der Klage und aller weiteren Prozesshandlungen.
1    Der Richter prüft von Amtes wegen die Zulässigkeit der Klage und aller weiteren Prozesshandlungen.
2    Der Richter darf über die Rechtsbegehren der Parteien nicht hinausgehen und sein Urteil nur auf Tatsachen gründen, die im Verfahren geltend gemacht worden sind. Er soll jedoch die Parteien auf unzulängliche Rechtsbegehren aufmerksam machen und darauf hinwirken, dass sie Tatsachen und Beweismittel, die für die Feststellung des wahren Tatbestandes notwendig erscheinen, vollständig angeben. Zu diesem Instruktionszwecke kann er jederzeit die Parteien persönlich einvernehmen.
PCF, en modifiant en défaveur de la recourante le montant de 629'582 fr. 45 invoqué par l'intimé et en compensant d'office ce manco supplémentaire avec les montants reconnus en faveur de ce dernier pour les exercices 2007 et 2008. Le même raisonnement pourrait être tenu pour 2007: comme l'intimé avait constaté dans sa décision du 25 mai 2009 que le solde encore dû à la recourante pour l'exercice 2007 s'élevait à 227'110 fr., les premiers juges ne pouvaient pas, sans violer l'art. 3 al. 2
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 3 - 1 Der Richter prüft von Amtes wegen die Zulässigkeit der Klage und aller weiteren Prozesshandlungen.
1    Der Richter prüft von Amtes wegen die Zulässigkeit der Klage und aller weiteren Prozesshandlungen.
2    Der Richter darf über die Rechtsbegehren der Parteien nicht hinausgehen und sein Urteil nur auf Tatsachen gründen, die im Verfahren geltend gemacht worden sind. Er soll jedoch die Parteien auf unzulängliche Rechtsbegehren aufmerksam machen und darauf hinwirken, dass sie Tatsachen und Beweismittel, die für die Feststellung des wahren Tatbestandes notwendig erscheinen, vollständig angeben. Zu diesem Instruktionszwecke kann er jederzeit die Parteien persönlich einvernehmen.
PCF, ramener d'office ce montant à 205'098 fr. 49.
Ce grief procède également d'une mauvaise compréhension de la procédure d'action. Le fait que l'intimé, au moment où il a rendu ses "décisions" du 19 décembre 2008 et du 25 mai 2009 - qui ont été annulées par le Tribunal administratif fédéral et ne déploient donc aucun effet juridique -, a estimé à une certaine hauteur ses créances en restitution de subventions versées indument pour les exercices 2006 et 2007 ne l'empêchait pas d'adapter sa position dans la procédure d'action ouverte par la recourante. Au vu de la déclaration générale de compensation qu'il a dûment faite en procédure (cf. consid. 8.1 supra) et des conclusions libératoires qu'il a prises, le reproche fait par la recourante aux premiers juges d'avoir procédé à une compensation d'office et statué ultra petita tombe à faux.

8.3. Enfin, la recourante soutient que les premiers juges ne pouvaient pas revoir les postes des tableaux analytiques établis par l'intimé pour en diminuer certains au préjudice de la recourante, dès lors qu'il ne s'agissait pas de faits contestés par l'intimé, mais seulement par la recourante qui estimait qu'ils devaient être revus à la hausse.
Comme les précédents, ce grief procède d'une méconnaissance de la procédure d'action. En effet, si la preuve ne porte en principe que sur des faits contestés (art. 36 al. 1
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 36 - 1 Beweis wird nur über erhebliche und soweit nicht der Sachverhalt von Amtes wegen zu erforschen ist oder ein Fall nach Artikel 12 Absatz 3 vorliegt, nur über bestrittene Tatsachen geführt.
1    Beweis wird nur über erhebliche und soweit nicht der Sachverhalt von Amtes wegen zu erforschen ist oder ein Fall nach Artikel 12 Absatz 3 vorliegt, nur über bestrittene Tatsachen geführt.
2    Ob mangels eines ausdrücklichen Geständnisses eine Tatsache als bestritten anzusehen sei, hat der Richter unter Berücksichtigung des gesamten Inhalts des Vorbringens und des Verhaltens der Partei im Prozesse zu beurteilen.
3    Inwiefern das Geständnis durch beigefügte Zusätze und Einschränkungen oder durch Widerruf unwirksam wird, beurteilt der Richter nach freiem Ermessen.
4    In gleicher Weise beurteilt er, inwiefern infolge eines aussergerichtlichen Geständnisses der Beweis unnötig wird.
PCF), ne sont en principe tenus pour non contestés par une partie que les faits ayant fait l'objet d'un aveu formel de sa part (cf. art. 36 al. 2
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 36 - 1 Beweis wird nur über erhebliche und soweit nicht der Sachverhalt von Amtes wegen zu erforschen ist oder ein Fall nach Artikel 12 Absatz 3 vorliegt, nur über bestrittene Tatsachen geführt.
1    Beweis wird nur über erhebliche und soweit nicht der Sachverhalt von Amtes wegen zu erforschen ist oder ein Fall nach Artikel 12 Absatz 3 vorliegt, nur über bestrittene Tatsachen geführt.
2    Ob mangels eines ausdrücklichen Geständnisses eine Tatsache als bestritten anzusehen sei, hat der Richter unter Berücksichtigung des gesamten Inhalts des Vorbringens und des Verhaltens der Partei im Prozesse zu beurteilen.
3    Inwiefern das Geständnis durch beigefügte Zusätze und Einschränkungen oder durch Widerruf unwirksam wird, beurteilt der Richter nach freiem Ermessen.
4    In gleicher Weise beurteilt er, inwiefern infolge eines aussergerichtlichen Geständnisses der Beweis unnötig wird.
PCF). Partant, l'analyse effectuée par l'intimé dans les tableaux analytiques qu'il avait établis au moment où il avait rendu ses "décisions" du 19 décembre 2008 et du 25 mai 2009 ne le liait pas, la recourante ne prétendant par ailleurs pas que l'admission de certains frais invoqués par elle ait ultérieurement fait l'objet d'un aveu formel de l'intimé en procédure.

9.

9.1. La recourante soutient que si le caractère nécessaire des frais à prendre en compte pour l'organisation de mesures relatives au marché du travail selon les dispositions de la législation sur l'assurance-chômage (cf. consid. 4.1.1 et 4.1.2 supra) constitue une notion juridique indéterminée, il en irait différemment de l'établissement des montants effectifs déboursés pour certains postes, autrement dit du caractère attesté de ces frais. Celui-ci relèverait exclusivement du fait et le juge ne pourrait pas s'écarter des conclusions de l'expertise sans motifs déterminants. Or les premiers juges se seraient écartés sans motif objectifs, sur plusieurs points techniques, des constatations de l'expertise qui amenaient la preuve des frais engagés par la recourante. Il en irait ainsi des frais des intervenants externes, des frais de repas, des frais de supports de cours et de la prise en compte de l'amortissement de matériel informatique.

9.2. La question des frais des intervenants externes fait l'objet de développements spécifiques dans le recours et sera examinée plus loin (cf. consid. 10 infra). Il en va de même pour la prise en charge de l'amortissement de matériel informatique (cf. consid. 11.1 infra). Sur les autres points, la motivation du recours, qui se borne à se référer à des pages du rapport d'expertise sans même indiquer quels considérants du jugement attaqué sont contestés, est insuffisante dans la mesure où elle ne s'en prend pas concrètement à la motivation de l'autorité précédente. En effet, pour satisfaire à l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF 134 V 53 consid. 3.3 p. 60; 133 IV 119 consid. 6.3 p. 120 s.).

10.

10.1. Sous la rubrique A5 (intervenants externes), la recourante a fait valoir un montant de 513'910 fr. (correspondant à 3023 heures à 170 fr. l'heure) pour l'exercice 2006, un montant de 583'440 fr. (correspondant à 3432 heures à 170 fr. l'heure) pour l'exercice 2007 et un montant de 163'911 fr. 88 pour l'exercice 2008. Le Tribunal administratif fédéral a retenu pour cette rubrique des frais attestés et nécessaires de respectivement 130'466 fr. 25 pour l'exercice 2006, 261'818 fr. 44 pour l'exercice 2007 et 147'520 fr. 69 pour l'exercice 2008. Il y lieu d'exposer ci-après (cf. consid. 10.2 infra) le raisonnement qui a conduit les premiers juges à ces conclusions, avant d'examiner les griefs y relatifs soulevés par la recourante (cf. consid. 10.3 infra).

10.2.

10.2.1. Les premiers juges ont constaté que l'ensemble des prestations invoquées sous la rubrique A5 (intervenants externes) avaient été réalisées par C.________ SA, société indépendante juridiquement de la recourante A.________ SA. Ils ont relevé que celle-ci se prévalait de cette indépendance juridique pour soutenir que l'intimé n'avait pas à contrôler les frais engagés par C.________ SA, qui n'était pas contractuellement liée à l'intimé et pouvait de ce fait réaliser un bénéfice sur les prestations effectuées pour le compte de la recourante.
L'autorité précédente a rappelé que si, en principe, il fallait prendre en compte l'indépendance juridique d'une personne morale, la jurisprudence avait admis que selon le principe de la transparence ("Durchgriff"), on ne pouvait pas s'en tenir sans réserve à l'existence formelle de deux personnes juridiquement distinctes lorsque tout l'actif ou la quasi-totalité de l'actif d'une société appartenait soit directement, soit par personnes interposées, à une même personne, physique ou morale; malgré la dualité de personnes à la forme, il n'existait pas deux entités indépendantes, la société étant un simple instrument dans la main de son auteur, qui, économiquement, ne faisait qu'un avec elle. On devait admettre que, conformément à la réalité économique, il y avait identité de personnes lorsque le fait d'invoquer la diversité des sujets constituait un abus de droit ou avait pour effet une atteinte manifeste à des intérêts légitimes. Ainsi, l'indépendance juridique ne pouvait pas être invoquée dans un but qui ne méritait pas la protection de la loi, comme par exemple pour éluder un contrat, une prohibition de concurrence ou encore contourner une interdiction (ATF 145 III 351 consid. 4.2 p. 360 s.; 144 III 541 consid. 8.3.1 p. 545 s.;
132 III 489 consid. 3.2 p. 493).
En l'occurrence, les premiers juges ont relevé que B.________ était le seul actionnaire et administrateur de la recourante et de C.________ SA, que les deux sociétés avaient leur siège au même endroit et présentaient une raison sociale similaire (le sigle F.________ dans la raison sociale A.________ SA de la recourante étant la contraction de C.________). Il ressortait en outre du dossier qu'en 2007, 90 % du chiffre d'affaires réalisé par C.________ SA avait été réalisé par le biais des cours organisés dans le cadre de la mesure litigieuse. En outre, cette société employait majoritairement des salariés, dont certains étaient passés d'une année à l'autre de la recourante à C.________ SA, ce qui renforçait le sentiment de confusion entre les deux sociétés; on peinait en effet à saisir en quoi le transfert d'un employé d'une société à l'autre aurait impliqué un changement dans le cahier des tâches de ses employés, un changement de supérieur hiérarchique ou de lieu de travail. De plus, l'intimé avait sollicité à plusieurs reprises d'avoir accès aux pièces comptables de C.________ SA, ce que la recourante avait partiellement refusé, invoquant l'indépendance juridique de C.________ SA et son droit de réaliser un bénéfice sur les
prestations effectuées.
Sur le vu de ce qui précède, l'autorité précédente a considéré qu'il ne faisait aucun doute que l'intention principale de B.________ derrière ces opérations n'était autre que celle de réaliser un bénéfice dans le cadre de la mesure. Son argumentation le démontrait. Compte tenu du contrôle effectué en 2005 et des amendements subséquents des accords de prestations conclus entre les parties, il ne pouvait pas ignorer que la recourante ne pouvait pas réaliser un bénéfice et que seuls les frais attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure seraient subventionnés. Partant, il avait mis en place un mécanisme visant à contourner cette interdiction, confiant un nombre important de cours à C.________ SA et transférant certains employés de la recourante à cette dernière. Une telle façon de faire ne correspondait manifestement pas à la notion d'intervenants externes telle qu'elle ressortait objectivement des accords de prestations du 30 novembre 2005 et du 20 novembre 2006. Le procédé utilisé par la recourante constituait ainsi un abus de droit au sens de l'art. 2
SR 210 Schweizerisches Zivilgesetzbuch vom 10. Dezember 1907
ZGB Art. 2 - 1 Jedermann hat in der Ausübung seiner Rechte und in der Erfüllung seiner Pflichten nach Treu und Glauben zu handeln.
1    Jedermann hat in der Ausübung seiner Rechte und in der Erfüllung seiner Pflichten nach Treu und Glauben zu handeln.
2    Der offenbare Missbrauch eines Rechtes findet keinen Rechtsschutz.
CC, de sorte qu'il y avait lieu de confondre les deux sociétés et de n'admettre les frais engagés par C.________ SA que s'ils étaient attestés et nécessaires à
l'organisation de la mesure relative au marché du travail.

10.2.2. S'agissant de l'exercice 2006, les premiers juges ont constaté que la comptabilité de C.________ SA faisait état de salaires bruts totaux de 294'350 fr., dont celui versé à B.________ d'un montant de 202'000 fr., de frais forfaitaires de 6250 fr. et d'honoraires d'intervenants externes de 38'760 fr. Il y avait donc lieu de tenir compte des salaires bruts totaux, à l'exception du salaire de B.________ - l'équivalent d'un poste à 100 % ayant déjà été comptabilisé pour lui dans le cadre de la rubrique A1 -, ce qui représentait un montant de 92'350 fr. De même, il y avait lieu de tenir compte des charges sociales (part employeur) payées sur ce montant, au taux de 15 %, soit 13'852 fr. 50, ainsi que des honoraires des intervenants externes - qui étaient cette fois bien indépendants -, ce qui représentait un total de 144'962 fr. 50. Les frais forfaitaires n'avaient pas à être retenus, n'étant pas des frais effectifs.
Rappelant qu'en 2007, seul 90 % du chiffre d'affaires réalisé par C.________ SA avait été réalisé sur la base des prestations confiées par la recourante, le tribunal est parti du principe, à défaut de chiffres remis par cette dernière, que cela valait aussi pour l'exercice 2006. Retenant ainsi que seuls 90 % des frais engagés par C.________ SA avaient été nécessaires à l'organisation de la mesure, il a considéré qu'il y avait lieu de réduire proportionnellement le montant des frais retenus dans la rubrique A5, qui se montait ainsi à 130'466 fr. 25 (90 % de 144'962 fr. 50).

10.2.3. Procédant de même pour l'exercice 2007, les premiers juges ont considéré qu'il y avait lieu de prendre en compte les salaires bruts totaux (379'312 fr. 50) à l'exception de celui de B.________ (202'000 fr.), soit un montant de 177'312 fr. 50, les charges sociales (part employeur de 15 %) payées sur ce montant (26'596 fr. 88), ainsi que les honoraires des intervenants externes (87'000 fr.), ce qui représentait un total de 290'909 fr. 38. Compte tenu de ce que seul 90 % du chiffre d'affaires de C.________ SA avait été réalisé avec la recourante, il y avait lieu de réduire proportionnellement le montant des frais retenus dans la rubrique A5, qui se montait ainsi à 261'818 fr. 44 (90 % de 290'909 fr. 38).

10.2.4. Enfin, pour l'exercice 2008, les premiers juges ont considéré qu'il y avait lieu de prendre en compte les salaires bruts totaux (198'662 fr. 50) à l'exception de celui de B.________ (161'600 fr.), soit un montant de 37'062 fr. 50, les charges sociales (part employeur de 15 %) payées sur ce montant (5559 fr. 38), ainsi que les honoraires des intervenants externes (121'290 fr.), ce qui représentait un total de 163'911 fr. 88. En partant du principe que, comme en 2007, seul 90 % du chiffre d'affaires de C.________ SA avait été réalisé avec la recourante, il y avait lieu de réduire proportionnellement le montant des frais retenus dans la rubrique A5, qui se montait ainsi à 147'520 fr. 69 (90 % de 163'911 fr. 88).

10.3.

10.3.1. La recourante reproche aux premiers juges d'avoir retenu que B.________, seul actionnaire et administrateur de la recourante et de C.________ SA, avait mis en place un mécanisme visant à contourner l'interdiction pour la première de réaliser un bénéfice en confiant à la seconde un nombre important de cours qui avaient été facturés sous la rubrique intervenants externes, et d'avoir en conséquence appliqué la théorie de la transparence (Durchgriff) pour n'admettre les frais engagés par C.________ SA que s'ils étaient attestés et nécessaires à l'organisation de la mesure.
En tant que la recourante se borne à contester de manière purement appellatoire les constatations de fait de l'autorité précédente, s'agissant du transfert d'employés à C.________ SA et de son intention lorsqu'elle avait confié à celle-ci des cours qu'elle avait facturés à l'intimé sous la rubrique intervenants externes, son argumentation ne peut qu'être écartée (cf. consid. 2.1 supra). Il en va de même lorsqu'elle soutient que l'intimé, qui avait admis dans les budgets la possibilité de recourir à des indépendants externes, était parfaitement au courant qu'elle recourait à ce titre à C.________ SA. Au vu des constatations de fait du jugement attaqué, qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 2.1 supra), le raisonnement des premiers juges échappe à la critique en tant qu'il retient que le fait d'invoquer la diversité des sujets de droit afin de contourner l'interdiction pour la recourante de réaliser un bénéfice, en faisant appel à des salariés engagés par C.________ SA pour facturer un tarif horaire de 170 fr. admis par l'intimé pour les intervenants externes, constituait un abus de droit.

10.3.2. A titre subsidiaire, la recourante soutient que même en admettant qu'il y ait lieu de faire abstraction de la dualité juridique entre elle et C.________ SA, il aurait alors fallu reconsidérer les rapports contractuels pour les rendre conformes à ce qui aurait été conclu entre des partenaires indépendants. Comme l'expert aurait considéré qu'un tarif horaire de 70 fr. était justifié, c'est à tout le moins ce tarif horaire-là que les premiers juges auraient dû retenir, au lieu de se fonder sur les salaires versés par C.________ SA à ses employés. En d'autres termes, il aurait fallu appliquer les règles de la libre concurrence, la recourante ne devant pas être pénalisée par rapport à d'autres écoles uniquement parce qu'elle a recouru à une société soeur.
Ce grief est dénué de fondement. En effet, dès lors que les premiers juges ont retenu, d'une manière qui échappe à la critique (cf. consid. 10.3.1 supra), qu'il fallait faire abstraction de la dualité juridique entre C.________ SA et la recourante, ils étaient fondés à prendre en compte, comme frais nécessaires à l'organisation de la mesure, les salaires des employés de la première comme s'ils avaient été ceux de la seconde. Cela ne revient nullement à pénaliser la recourante par rapport à d'autres organisateurs de mesures qui auraient fait appel à de véritables intervenants externes. D'ailleurs, l'autorité précédente a intégralement pris en compte - s'agissant des activités déployées par C.________ SA dans le cadre des mesures de marché du travail organisées par la recourante - les honoraires des intervenants externes (non salariés de C.________ SA) à hauteur de 38'760 fr. pour l'exercice 2006 (cf. consid. 10.2.2 supra), de 87'000 fr. pour l'exercice 2007 (cf. consid. 10.2.3 supra) et de 121'290 fr. pour l'exercice 2008 (cf. consid. 10.2.4 supra).

11.
Il convient encore d'examiner les griefs soulevés par la recourante s'agissant de divers frais dont le Tribunal administratif fédéral a considéré qu'ils n'avaient pas à être pris en compte dans les frais nécessaires à l'organisation des mesures relatives au marché du travail confiées par l'intimé à la recourante.

11.1. Pour l'exercice 2006, la recourante prétendait à la prise en charge, sous la rubrique C10 (amortissements), d'un amortissement de 5098 fr. en raison du transfert, pour la somme d'un franc, de matériel et de programmes informatiques à C.________ SA. Constatant sur la base du dossier qu'au moment de leur transfert, le matériel et les programmes informatiques en question présentaient une valeur d'usage résiduelle, les premiers juges ont considéré que leur transfert pour un montant d'un franc avait ainsi conduit à transférer à C.________ SA des réserves latentes résultant de l'amortissement immédiat des investissements opérés par la recourante. Ledit amortissement n'était donc pas nécessaire à l'organisation de la mesure.
La recourante fait valoir d'une part que le montant de 5098 fr. a été retenu par l'expert, et d'autre part que le matériel en question avait été acquis avant l'entrée en vigueur de l'accord de prestations du 30 mai 2005, qui prévoyait pour la première fois - les contrats antérieurs ne contenant aucune clause de ce genre - l'obligation pour la recourante de dresser un inventaire du matériel acheté à l'aide des contributions de l'assurance-chômage.
Toutefois, indépendamment de la date d'acquisition du matériel en question et de l'obligation d'inventaire de la recourante - laquelle résultait déjà de l'art. 88 al. 2
SR 837.02 Verordnung vom 31. August 1983 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (Arbeitslosenversicherungsverordnung, AVIV) - Arbeitslosenversicherungsverordnung
AVIV Art. 88 Anrechenbare Kosten der Durchführung von Bildungsmassnahmen - (Art. 59cbis Abs. 2 AVIG)219
1    Als anrechenbare Kosten der Bildungsmassnahme gelten:
a  die Besoldung der Leitung und der Lehrkräfte;
b  die Kosten für die Beschaffung der erforderlichen Lehrmittel und Materialien;
c  die Prämien der Berufsunfall- und Sachversicherung;
d  die erforderlichen Unterkunfts- und Verpflegungskosten;
e  die zur Durchführung erforderlichen Transportkosten für Material und notwendige Ausrüstungen sowie die Kosten der Leitung und der Lehrkräfte für die Reise an den Ort, an dem die Massnahme stattfindet;
f  die erforderlichen Projektierungs-, Kapital- und Raumkosten.
2    Die Träger der Bildungsmassnahmen führen ein Inventar über die mit Beiträgen der Arbeitslosenversicherung angeschafften Lehrmittel und Materialien. Diese dürfen nur mit Zustimmung der Ausgleichsstelle veräussert werden. Der dem geleisteten Beitrag entsprechende Anteil am Erlös wird dem Ausgleichsfonds zurückerstattet.
OACI -, le raisonnement de l'autorité précédente échappe à la critique en tant qu'il constate que la recourante ne pouvait pas faire supporter à l'intimé l'amortissement de ce matériel tout en cédant celui-ci à C.________ SA pour un montant symbolique sans rapport avec sa valeur d'usage résiduelle. En effet, l'expert avait lui-même relevé dans son rapport (p. 10 en bas) que le prix de cession d'un franc était discutable "car il revient à transférer des réserves latentes (résultant de l'amortissement immédiat des investissements) de [la recourante] au profit de [C.________ SA]".

11.2. La recourante prétendait à la prise en charge, sous la rubrique C15 (honoraires du conseil d'administration), d'un montant de 24'000 fr. (pour les exercices 2006 et 2007) respectivement de 20'000 fr. (pour l'exercice 2008) à titre de rémunération du mandat d'administrateur de B.________, au motif qu'il s'agissait d'une exigence légale et qu'elle ne pouvait pas se passer d'un administrateur. Relevant que B.________ était l'actionnaire et administrateur unique tant de la recourante que de C.________ SA et qu'il percevait un salaire de directeur dans chacune de ces sociétés, l'autorité précédente a considéré qu'un montant supplémentaire de 24'000 fr. respectivement 20'000 fr. n'était pas nécessaire pour financer l'activité intellectuelle déployée par B.________.
La recourante soutient que l'activité de l'administrateur serait nécessaire pour qu'une société anonyme puisse fonctionner et que la rémunération de B.________ en tant que directeur ne rémunérait pas sa fonction d'administrateur; en effet, les tâches et la responsabilité incombant à l'administrateur justifieraient une rémunération ad hoc.
Si toute société anonyme doit avoir un conseil d'administration - composé d'un ou de plusieurs membres (art. 707 al. 1
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 707 - 1 Der Verwaltungsrat der Gesellschaft besteht aus einem oder mehreren Mitgliedern.569
1    Der Verwaltungsrat der Gesellschaft besteht aus einem oder mehreren Mitgliedern.569
2    ...570
3    Ist an der Gesellschaft eine juristische Person oder eine Handelsgesellschaft beteiligt, so ist sie als solche nicht als Mitglied des Verwaltungsrates wählbar; dagegen können an ihrer Stelle ihre Vertreter gewählt werden.
CO) et nommé par l'assemblée générale des actionnaires (art. 698 al. 2 ch. 2
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 698 - 1 Oberstes Organ der Aktiengesellschaft ist die Generalversammlung der Aktionäre.
1    Oberstes Organ der Aktiengesellschaft ist die Generalversammlung der Aktionäre.
2    Ihr stehen folgende unübertragbare Befugnisse zu:
1  die Festsetzung und Änderung der Statuten;
2  die Wahl der Mitglieder des Verwaltungsrates und der Revisionsstelle;
3  die Genehmigung des Lageberichts und der Konzernrechnung;
4  die Genehmigung der Jahresrechnung sowie die Beschlussfassung über die Verwendung des Bilanzgewinnes, insbesondere die Festsetzung der Dividende und der Tantieme;
5  die Festsetzung der Zwischendividende und die Genehmigung des dafür erforderlichen Zwischenabschlusses;
6  die Beschlussfassung über die Rückzahlung der gesetzlichen Kapitalreserve;
7  die Entlastung der Mitglieder des Verwaltungsrats;
8  die Dekotierung der Beteiligungspapiere der Gesellschaft;
9  die Beschlussfassung über die Gegenstände, die der Generalversammlung durch das Gesetz oder die Statuten vorbehalten sind.532
3    Bei Gesellschaften, deren Aktien an einer Börse kotiert sind, stehen ihr folgende weitere unübertragbare Befugnisse zu:
1  die Wahl des Präsidenten des Verwaltungsrats;
2  die Wahl der Mitglieder des Vergütungsausschusses;
3  die Wahl des unabhängigen Stimmrechtsvertreters;
4  die Abstimmung über die Vergütungen des Verwaltungsrats, der Geschäftsleitung und des Beirats.533
CO) - qui gère les affaires de la société dans la mesure où il n'en a pas délégué la gestion (art. 716 al. 2
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 716 - 1 Der Verwaltungsrat kann in allen Angelegenheiten Beschluss fassen, die nicht nach Gesetz oder Statuten der Generalversammlung zugeteilt sind.
1    Der Verwaltungsrat kann in allen Angelegenheiten Beschluss fassen, die nicht nach Gesetz oder Statuten der Generalversammlung zugeteilt sind.
2    Der Verwaltungsrat führt die Geschäfte der Gesellschaft, soweit er die Geschäftsführung nicht übertragen hat.
CO), la loi ne prescrit pas que l'actionnaire et administrateur unique d'une société qui touche un salaire en tant que directeur doive être rémunéré en sus en tant qu'administrateur. En l'espèce, il ne ressort pas des faits constatés par l'autorité précédente que B.________ aurait exercé des tâches d'administrateur qui n'auraient pas déjà été rémunérées par son confortable salaire de directeur. Cela étant, on ne voit pas que les premiers juges aient violé le droit fédéral en considérant que les montants de 24'000 fr. et 20'000 fr. précités ne constituaient pas des frais nécessaires à l'organisation des mesures relatives au marché du travail confiées à la recourante.

11.3. La recourante prétendait à la prise en charge, sous la rubrique C1 (téléphone, fax, internet), d'un montant total de 18'229 fr. 75 pour l'exercice 2006, de 13'584 fr. 70 pour l'exercice 2007 et de 9225 fr. 65 pour l'exercice 2008. Constatant sur la base de l'expertise qu'un montant de 3900 fr. pour l'exercice 2006 et un montant de 657 fr. 70 pour l'exercice 2008 correspondaient à l'utilisation du téléphone mobile à l'étranger (roaming), les premiers juges ont écarté ces montants dès lors que selon les directives financières annexées à l'accord de prestations, les frais de téléphone à l'étranger ne faisaient pas partie des frais subventionnables.
La recourante soutient que les frais de téléphone à l'étranger (roaming) seraient en réalité dus au fait que B.________ utilisait fréquemment son téléphone de manière professionnelle à U.________, où la recourante a son siège, et que dans cette région, la couverture du réseau de téléphonie mobile suisse serait mauvaise, de sorte que le réseau mobile français prendrait fréquemment le relais.
Ce grief ne peut qu'être écarté, dès lors qu'il repose sur un état de fait qui ne trouve aucune assise dans le jugement attaqué et que la recourante ne démontre pas que les conditions d'un complètement de l'état de fait selon l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF seraient réalisées.

11.4. Pour l'exercice 2006, la recourante prétendait à la prise en charge, sous la rubrique C16 (impôts), d'un montant total de 166'091 fr. 65 pour l'exercice 2006, de 31'377 fr. 90 pour l'exercice 2007 et de 776 fr. 05 pour l'exercice 2008, en majeure partie à titre d'impôts sur le bénéfice. Les premiers juges ont considéré que comme la recourante ne pouvait pas réaliser un bénéfice sur les prestations versées par l'intimé, aucun impôt sur le bénéfice ne pouvait être pris en compte. Seul pouvait donc être pris en compte l'impôt sur le capital, soit 260 fr. pour chaque exercice.
La recourante se borne à cet égard à affirmer que l'impôt sur le bénéfice constituerait "une dépense nécessaire et inévitable". Or dans la mesure où la recourante ne pouvait pas réaliser de bénéfice sur l'organisation des mesures relatives au marché du travail que lui confiait l'intimé, le tribunal était fondé à considérer que les impôts sur le bénéfice ne pouvaient pas concerner cette partie de l'activité de la recourante et qu'ils ne constituaient donc pas des frais nécessités par l'organisation desdites mesures.

12.
La recourante conteste enfin les dépens mis à sa charge, tant dans leur principe (cf. consid. 12.1 infra) que - subsidiairement - dans leur quotité (cf. consid. 12.2 infra).

12.1.

12.1.1. Lorsque le Tribunal administratif fédéral statue en tant que première instance, les émoluments judiciaires et les dépens sont régis par les art. 63
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
à 65
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 65 - 1 Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter befreit nach Einreichung der Beschwerde eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Verfahrenskosten, sofern ihr Begehren nicht aussichtslos erscheint.112
1    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter befreit nach Einreichung der Beschwerde eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Verfahrenskosten, sofern ihr Begehren nicht aussichtslos erscheint.112
2    Wenn es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, bestellt die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter der Partei einen Anwalt.113
3    Die Haftung für Kosten und Honorar des Anwalts bestimmt sich nach Artikel 64 Absätze 2-4.
4    Gelangt die bedürftige Partei später zu hinreichenden Mitteln, so ist sie verpflichtet, Honorar und Kosten des Anwalts an die Körperschaft oder autonome Anstalt zu vergüten, die sie bezahlt hat.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung von Honorar und Kosten.114 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005115 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010116.117
PA (art. 44 al. 3
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 44 - 1 Entscheidet das Bundesverwaltungsgericht als erste Instanz, so richtet sich das Verfahren nach den Artikeln 3-73 und 79-85 des Bundesgesetzes vom 4. Dezember 194760 über den Bundeszivilprozess.
1    Entscheidet das Bundesverwaltungsgericht als erste Instanz, so richtet sich das Verfahren nach den Artikeln 3-73 und 79-85 des Bundesgesetzes vom 4. Dezember 194760 über den Bundeszivilprozess.
2    Das Bundesverwaltungsgericht stellt den Sachverhalt von Amtes wegen fest.
3    Die Gerichtsgebühren und die Parteientschädigung richten sich nach den Artikeln 63-65 VwVG61.62
LTAF). Le règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF; RS 173.320.2) s'applique par analogie. Selon l'art. 64 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
PA, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant obtenu entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés. Aux termes de l'art. 7
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF, la partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (al. 1); les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (al. 3).

12.1.2. Les premiers juges ont considéré que la formulation de l'art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF n'excluait pas que des dépens puissent exceptionnellement être alloués à une autorité. En effet, la jurisprudence rendue en matière d'assurances sociales par le Tribunal fédéral - sous l'empire d'abord de l'art. 159 al. 2
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
OJ puis de l'art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF, dont la teneur était similaire à celle de l'art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF - admettait que les assureurs sociaux avaient droit à des dépens lorsque la partie adverse agissait de façon légère ou téméraire (ATF 128 V 124 consid. 5b p. 133 s.; 126 V 143 consid. 4b p. 150 s.) ou lorsque la spécificité ou la difficulté de la cause rendait nécessaire le recours à un avocat indépendant (ATF 119 V 448 consid. 6b p. 456; arrêt 9C 15/2009 du 28 mai 2009 consid. 4).
En l'espèce, les premiers juges ont estimé que la recourante avait adopté en procédure une attitude récalcitrante, n'avait pas contribué à l'économie de la procédure et avait adopté une attitude qui constituait en réalité un abus de droit. Au surplus, l'état de fait était complexe et les difficultés qu'avaient rencontrées l'intimé, l'organe d'audit puis l'expert pour obtenir les justificatifs requis n'avaient pas contribué à le simplifier. Dès lors, compte tenu de l'attitude de la recourante et de la spécificité de la cause, il se justifiait d'octroyer exceptionnellement des dépens à l'intimé.

12.1.3. La recourante conteste l'allocation de dépens à sa charge en faveur de l'intimé. Elle soutient que comme la formulation de l'art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF n'est pas identique à celle de l'art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF, il ne serait pas évident d'appliquer les principes découlant de cette dernière disposition au cas d'espèce. La possibilité d'allouer des dépens à une entité publique lorsque la partie adverse agit de façon légère ou téméraire viserait la situation où une partie recourt contre une décision et non celle où elle procède par voie d'action devant un tribunal de première instance. Au surplus, la recourante conteste avoir procédé de manière téméraire ou abusive; elle relève que les premiers juges ont jugé, bien que très partiellement, son action fondée dans son principe et qu'ils n'expliqueraient pas concrètement en quoi la procédure déposée aurait en elle-même été téméraire ou abusive.

12.1.4. L'art. 159 al. 2
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
, 2
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
e phrase, OJ disposait que dans les procédures de recours et d'action de droit administratif, aucune indemnité pour les frais de procès n'est allouée, en règle générale, aux autorités qui obtiennent gain de cause et aux organismes chargés de tâches de droit public. Cette réglementation a été reprise en substance à l'art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF, qui prévoit qu'en règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles. En tant qu'il prévoit que les autorités parties qui ne sont pas des autorités fédérales n'ont "en règle générale" pas droit aux dépens, l'art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF ménage la possibilité, à l'instar des dispositions précitées, de déroger à la règle générale. Les premiers juges étaient donc fondés à se référer à la jurisprudence rendue sur la base de l'art. 159 al. 2
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
OJ et de l'art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF. Or la jurisprudence en matière d'assurance sociale admet qu'une autorité qui est partie à la procédure et obtient gain de cause a droit à des dépens non seulement si la partie adverse a agi de manière légère ou téméraire (ATF 128 V 124
consid. 5b p. 133; 126 V 143 consid. 4b p. 150 s.), mais aussi lorsque la spécificité ou la difficulté de la cause rend nécessaire le recours à un avocat indépendant, en particulier dans une procédure par voie d'action (ATF 128 V 124 consid. 5b précité; 119 V 448 consid. 6b p. 456).

12.1.5. Cette dernière hypothèse apparaît réalisée en l'espèce. L'intimé était en effet amené à procéder devant le Tribunal administratif fédéral, qui était saisi par voie d'action et non de recours contre une décision; la procédure, introduite par demande de la recourante du 22 juin 2010, a duré dix ans et a impliqué plusieurs audiences; elle a nécessité le recours à une expertise judiciaire, qui a impliqué de très nombreux échanges d'écritures; elle a soulevé des questions juridiques délicates qui ont donné lieu à un jugement de 90 pages. Le recours à un avocat indépendant était ainsi nécessaire et justifié et l'on ne saurait raisonnablement exiger de l'intimé qu'il supporte lui-même les frais d'avocat ainsi encourus.

12.2.

12.2.1. Les dépens alloués pour une procédure devant le Tribunal administratif fédéral comprennent notamment les frais de représentation (art. 8 al. 1
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 8 Parteientschädigung - 1 Die Parteientschädigung umfasst die Kosten der Vertretung sowie allfällige weitere Auslagen der Partei.
1    Die Parteientschädigung umfasst die Kosten der Vertretung sowie allfällige weitere Auslagen der Partei.
2    Unnötiger Aufwand wird nicht entschädigt.
FITAF), lesquels englobent en particulier les honoraires d'avocat (art. 9 al. 1 let. a
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 9 Kosten der Vertretung - 1 Die Kosten der Vertretung umfassen:
1    Die Kosten der Vertretung umfassen:
a  das Anwaltshonorar oder die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung;
b  die Auslagen, namentlich die Kosten für das Kopieren von Schriftstücken, die Reise-, Verpflegungs- und Unterkunftskosten, die Porti und die Telefonspesen;
c  die Mehrwertsteuer für die Entschädigungen nach den Buchstaben a und b, soweit eine Steuerpflicht besteht und die Mehrwertsteuer nicht bereits berücksichtigt wurde.
2    Keine Entschädigung ist geschuldet, wenn der Vertreter oder die Vertreterin in einem Arbeitsverhältnis zur Partei steht.
FITAF). Selon l'art. 10
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 10 - 1 Das Anwaltshonorar und die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung werden nach dem notwendigen Zeitaufwand des Vertreters oder der Vertreterin bemessen.
1    Das Anwaltshonorar und die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung werden nach dem notwendigen Zeitaufwand des Vertreters oder der Vertreterin bemessen.
2    Der Stundenansatz beträgt für Anwälte und Anwältinnen mindestens 200 und höchstens 400 Franken, für nichtanwaltliche Vertreter und Vertreterinnen mindestens 100 und höchstens 300 Franken. In diesen Stundenansätzen ist die Mehrwertsteuer nicht enthalten.
3    Bei Streitigkeiten mit Vermögensinteresse kann das Anwaltshonorar oder die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung angemessen erhöht werden.
FITAF, ceux-ci sont calculés en fonction du temps nécessaire à la défense de la partie représentée (al. 1); le tarif horaire des avocats est de 200 fr. au moins et de 400 fr. au plus (al. 2). Les parties qui ont droit aux dépens doivent faire parvenir au tribunal, avant le prononcé de la décision, un décompte de leurs prestations; à défaut, le tribunal fixe l'indemnité sur la base du dossier (art. 14
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 14 Festsetzung der Parteientschädigung - 1 Die Parteien, die Anspruch auf Parteientschädigung erheben, und die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen haben dem Gericht vor dem Entscheid eine detaillierte Kostennote einzureichen.
1    Die Parteien, die Anspruch auf Parteientschädigung erheben, und die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen haben dem Gericht vor dem Entscheid eine detaillierte Kostennote einzureichen.
2    Das Gericht setzt die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen auf Grund der Kostennote fest. Wird keine Kostennote eingereicht, so setzt das Gericht die Entschädigung auf Grund der Akten fest.
FITAF).

12.2.2. En l'espèce, l'avocat de l'intimé a produit le 9 décembre 2019 un décompte de prestations faisant état de 148.43 heures d'activité au tarif horaire de 350 fr., soit un montant total de 51'950 fr. 50. Le tribunal a considéré que le nombre d'heures indiqué et le tarif horaire pratiqué correspondait à l'ampleur et à la difficulté de la cause. Relevant que l'intimé obtenait gain de cause à raison d'environ 95 %, les premiers juges lui ont alloué une indemnité à titre de dépens réduits de 49'500 fr., à la charge de la recourante.

12.2.3. La recourante estime la quotité des dépens ainsi alloués disproportionnée dès lors que l'intimé se voit allouer une somme correspondant quasiment à l'entier de ses frais d'avocat alors qu'il n'a pas obtenu entièrement gain de cause. En outre, l'intimé aurait joué un rôle considérable dans la survenance du litige en rendant des décisions fixant les subventions alors qu'il n'était pas compétent pour le faire, ce qui avait entraîné des démarches de la part de la recourante pour faire annuler ces décisions, de sorte qu'il devrait en supporter les frais.

12.2.4. Ces griefs tombent à faux. Le montant alloué à l'intimé à titre de dépens représente le 95 % des honoraires invoqués (51'950 fr. 50 x 95 % = 49'352 fr. 50, arrondis à 49'500 fr.). Cela correspond à la proportion dans laquelle la recourante a succombé dans les conclusions de sa demande. Il s'agit en outre de la même proportion qui a été appliquée à la répartition des frais judiciaires, laquelle n'est à juste titre pas remise en cause par la recourante. Quant aux démarches effectuées à l'époque par la recourante pour faire annuler les décisions des 19 décembre 2008 et 25 mai 2009, elles avaient donné lieu à l'allocation de dépens à la recourante (ch. 4 du dispositif du jugement du Tribunal administratif fédéral du 8 septembre 2009) et sont dénuées de pertinence pour fixer les dépens couvrant l'activité de l'avocat de l'intimé dans la procédure ultérieure ouverte par la recourante.

13.
Il résulte de ce qui précède que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Pour les motifs déjà discutés ci-dessus (cf. consid. 12.1.5 supra), il y a lieu d'allouer à l'intimé une indemnité à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 18'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
La recourante versera à l'intimé la somme de 12'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour II du Tribunal administratif fédéral.

Lucerne, le 9 mars 2021

Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Maillard

Le Greffier : Ourny
Decision information   •   DEFRITEN
Document : 8C_417/2020
Date : 09. März 2021
Published : 27. März 2021
Source : Bundesgericht
Status : Unpubliziert
Subject area : Arbeitslosenversicherung
Subject : Assurance-chômage (mesures de marché du travail; restitution)


Legislation register
AVIG: 1a  59  59c  62  63  83
AVIV: 4  81  81d  81e  88
BGG: 42  66  68  82  83  86  89  95  97  100  105  106
BV: 9  29
BZP: 3  36  37
OG: 159
OR: 18  120  698  707  716
VGG: 37  44
VGKE: 7  8  9  10  14
VwVG: 19  63  64  65
ZGB: 2
BGE-register
119-V-448 • 122-I-328 • 126-V-143 • 128-V-124 • 132-III-489 • 133-III-61 • 133-IV-119 • 133-V-536 • 134-III-643 • 134-V-53 • 135-II-313 • 135-V-237 • 136-III-186 • 136-III-624 • 137-III-444 • 138-III-374 • 139-IV-243 • 139-V-82 • 140-I-285 • 140-III-264 • 140-V-213 • 144-III-541 • 144-III-93 • 144-IV-212 • 144-V-84 • 145-I-167 • 145-I-73 • 145-III-351 • 145-V-188 • 146-III-73
Weitere Urteile ab 2000
4A_601/2013 • 4A_82/2009 • 8C_417/2020 • 9C_15/2009
Keyword index
Sorted by frequency or alphabet
federal administrational court • labor market mean • federal court • job market • budget • examinator • cantonal administration • director • coming into effect • ultra petita • vaud • turnover • first instance • principle of fidelity • auditor • line of argument • gross wage • ex officio • abuse of legal right • anticipated consideration of evidence • finding of facts by the court • tennis • rape • calculation • federal authority • debt not owed • social insurance • supervisory board • contract subject to administrative law • tomb • comment • dismissal • declaration of intention • litigation costs • corporation • state secretariat for economic affairs • actual intention • travel expenses • duty under public law • contract conclusion • transfer of competence • maximum • earnings • public interest • appeal concerning affairs under public law • fixed day • party in the proceeding • mobile phone • hidden reserves • basic social right • doubt • rejoinder • consideration of evidence • federal law • infringement of a right • counterclaim • clerk • public law • confession • equalization fund • proof demand • internet • abstractness • federal council of switzerland • hardware • court with a jury • watch • increase • decision • opinion • cooperation obligation • legal entity • clearing claim • endowment • accounting • administration regulation • access • required attribute • contribution billing • federal law on administrational proceedings • [noenglish] • knowledge • unemployment insurance law • prolongation • federal law on the federal civil proceedings • material • principle of transparency • member of a religious community • wage • further education • certificate • sale • expertise • money • commodity • unemployment insurance regulation • statement of reasons for the adjudication • extent • form and content • forest cultivation • participation in a proceeding • personal interest • circular letter • place • employee • material defect • parliamentary sitting • letter • [noenglish] • exclusion • clearing allowance • administrative complaint • legislature • parliament • spouse • public register • approval • certification • declaration • misstatement • behavior • switzerland • task sharing • trial • property • confederation • news • information • condition • modification • road • rejection decision • necessary usage • month • administrative court • final account • initiator of a criminal complaint • right to be heard • tax on capital • subject matter of action • cost shift • counselor • claim subject to administrative law • place of work • initial cost • legal principle • indeterminate concept of law • obligation • principle of transparency • occupational accident • incompatibility • analogy • question of law • general assembly • accounting records • legitimation of appeal • affiliated company • prohibition of competition • individual person • legal entity • shepherd • evidence • lausanne • accounting for • appellate instance • civil law • book expert
... Don't show all
BVGE
2009/49
BVGer
B-4545/2010
AS
AS 2003/1728