Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-2459/2019

Arrêt du 30 septembre 2019

Jérôme Candrian (président du collège),

Composition Kathrin Dietrich, Christoph Bandli, juges,

Mathieu Ourny, greffier.

A._______,

représenté parMaître Jean-Pierre Carera,

Parties Carera & Marconi, Rue des Deux-Ponts 14,

Case postale 219, 1211 Genève 8,

recourant,

contre

Transports publics genevois (TPG), Route de la Chapelle 1, Case postale 950,

1212 Grand-Lancy 1, représentés par Maître Guillaume Francioli et Maître David Bensimon, 100 Rhône Avocats,

Rue du Rhône 100, 1204 Genève,

intimée,

Office fédéral des transports OFT,

Division Infrastructure, 3003 Berne,

autorité inférieure.

Objet Approbation de plans (Centre de maintenance secondaire CMS au lieu-dit « (...) », création d'une place d'attente pour les camions).

Faits :

A.
Par décision du 17 août 2006, l'Office fédéral des transports (OFT) a approuvé, avec charges, les plans portant sur la construction du deuxième tronçon de la ligne de tramways Cornavin - Meyrin - CERN, entre les Avenchets et le CERN. Ce projet incluait la construction d'une nouvelle plateforme au lieu-dit « (...) ». Par la suite, le projet a connu plusieurs modifications, toutes approuvées par l'OFT, par décisions des 15 août 2012, 17 juillet 2015 et 12 juin 2017. Dites modifications ont notamment abouti à la transformation de la plateforme planifiée à « En Chardon » en un centre de maintenance secondaire (CMS), voué à accueillir des véhicules d'exploitation des transports publics (tramways et autobus).

B.
A._______ (locataire) a conclu un contrat de bail avec B._______ (bailleur), en date du (...), portant sur une surface d'environ (...) m² situés sur la parcelle n° (...) de la commune de C._______. A._______ y exploite une entreprise de commerce de (...) (« D._______ »).

C.

C.a En date du 28 février 2018, les Transports publics genevois (TPG) ont soumis à l'OFT, pour approbation, les plans relatifs à la création d'une place d'attente pour les camions (plus précisément les semi-remorques) à proximité de l'entrée du CMS, à hauteur du chemin de E._______ sis sur la commune de C._______. Ce projet - consistant en une nouvelle modification des plans - prévoit des emprises (l'une définitive, de 153 m², l'autre provisoire, de 43 m²) sur la parcelle n° (...) de la commune de C._______, aux fins d'accoler la zone d'attente au chemin de E._______. Sur requête de l'OFT, les TPG ont complété leur dossier, le 13 novembre 2018. Le même jour, ils ont informé B._______ - propriétaire de la parcelle susmentionnée - de leur projet de modification des plans. L'attention (...) a été portée, en particulier, sur la possibilité de former opposition. B._______ a été invité, en outre, à informer par avis personnel le locataire de dite parcelle, A._______, en lui transmettant un jeu du dossier de plans.

C.b Le 16 novembre 2018, l'OFT a ouvert une procédure d'approbation des plans simplifiée, en application de l'art. 18i
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18i Procédure simplifiée - 1 La procédure simplifiée d'approbation des plans s'applique:
1    La procédure simplifiée d'approbation des plans s'applique:
a  aux projets qui affectent un espace limité et ne concernent qu'un ensemble restreint et bien défini de personnes;
b  aux installations ferroviaires dont la modification ou la réaffectation n'altère pas sensiblement l'aspect extérieur du site, n'affecte pas les intérêts dignes de protection de tiers et n'a que des effets minimes sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement;
c  aux installations ferroviaires qui seront démontées après trois ans au plus.
2    La procédure simplifiée s'applique aux plans de détail élaborés sur la base d'un projet déjà approuvé.
3    L'autorité chargée de l'approbation des plans peut ordonner le piquetage. La demande n'est ni publiée, ni mise à l'enquête. L'autorité chargée de l'approbation des plans soumet le projet aux intéressés, qui peuvent faire opposition dans un délai de 30 jours, sauf s'ils ont donné auparavant leur accord écrit. Elle peut solliciter l'avis des cantons et des communes. Elle leur accorde un délai raisonnable pour se prononcer.
4    Au surplus, la procédure ordinaire est applicable. En cas de doute, cette dernière est appliquée.
de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101). Le dossier a été remis pour consultation au canton de Genève et à la commune de C._______, en vue d'une prise de position.

C.c Par pli du 19 décembre 2018, A._______ s'est opposé au projet, concluant principalement à son refus. A l'appui de son opposition, il a, en substance, expliqué exploiter un commerce de (...) sur la totalité de la parcelle n° (...). S'agissant du projet, il a estimé que l'ajout d'une place d'attente n'apparaissait pas indispensable à la réalisation du CMS, tandis que la diminution de la surface louée aurait eu des conséquences néfastes pour l'exploitation de son commerce. Ainsi, il se serait vu contraint d'éliminer une partie de son stock, pour une valeur d'environ (...) francs ; aussi la balance des intérêts commandait-elle de renoncer au projet des TPG. A.______ a, par ailleurs, conclu subsidiairement à l'octroi d'une indemnité d'expropriation et à la condamnation de l'expropriant aux dépens.

C.d Le 19 décembre 2018, la commune de C._______ a préavisé favorablement le projet, à trois conditions (installation d'une borne escamotable d'accès et de sortie ; aménagement d'une bordure franchissable séparant la chaussée du trottoir à l'entrée et à la sortie de la zone d'attente ; délimitation de la zone d'attente tout le long du trottoir par une bordure et, à l'exception des zones d'accès et de sortie, par des potelets).

En date du 20 décembre 2018, le canton de Genève a, par l'intermédiaire de l'Office cantonal des transports, également préavisé favorablement le projet. Des conditions comparables à celles formulées par la commune de C._______ ont été posées.

C.e Le 6 février 2019, les TPG se sont déterminés sur les préavis précités et sur l'opposition de A._______. A ce dernier titre, ils ont défendu la nécessité et l'intérêt public de la place d'attente projetée, conçue dans le but de permettre une circulation fluide et sans entraves sur le chemin de E._______, en cas d'attente des droits d'accès au CMS, et donc d'améliorer la sécurité du fonctionnement du dépôt. Les conditions émises par la commune de C._______ et le canton de Genève ont pour leur part été acceptées.

Invité par l'OFT à formuler d'éventuelles observations sur la détermination des TPG, A._______ y a renoncé.

D.
Par décision du 2 avril 2019, l'OFT a approuvé le projet des TPG du 28 février 2018, complété le 13 novembre 2018. Les conditions émises par la commune de C._______ et le canton de Genève ont été intégrées à la décision, au titre de charges. L'opposition de A._______ a été rejetée, dans la mesure où il a été entré en matière à son propos.

L'OFT, après avoir admis la recevabilité de l'opposition en question, a retenu que la durée du bail (une année) était courte, et que le manque à gagner pour l'opposant était dès lors limité et certainement pas de nature à remettre en cause le principe de l'expropriation. L'office a toutefois relevé que l'opposition n'était pas correctement motivée, à défaut pour l'opposant d'avoir tenu compte du dossier de plans ainsi que des précisions fournies par les TPG en cours de procédure. L'opposition se résumait ainsi à une demande d'indemnisation, laquelle ne faisait pas l'objet de la procédure d'approbation des plans. L'office n'est donc pas entré en matière sur cette demande, pas plus que sur celle tendant à l'octroi d'une indemnité de partie.

E.
Par mémoire du 20 mai 2019, A._______ (le recourant) a interjeté recours contre la décision du 2 avril 2019 de l'OFT (l'autorité inférieure) près le Tribunal administratif fédéral (aussi : le Tribunal), concluant à son annulation et à la condamnation des TPG (l'intimée) aux dépens de la procédure.

Pour l'essentiel, le recourant reproche à l'autorité inférieure de ne pas avoir motivé sa décision quant à l'intérêt public poursuivi par le projet litigieux, et de ne pas avoir procédé à une pesée entre dit intérêt et ses propres intérêts privés. Il considère que l'intérêt public du projet est faible, voire inexistant. Il indique, à cet égard et en particulier, qu'un autre accès au CMS est envisageable, que le volume de livraisons par semi-remorques - en l'absence d'informations chiffrées - n'apparaît pas important, que le temps nécessaire pour l'ouverture de la barrière de sécurité reste indéterminé, et que la route susceptible d'être encombrée par des véhicules de livraison en attente est un embranchement sans issue, interdit à la circulation. Le recourant fait également grief à l'autorité inférieure de n'avoir examiné aucune alternative à l'installation d'une place d'attente à l'endroit projeté. Il arrive à la conclusion que le projet ne répond pas à un véritable intérêt public, mais qu'il permet uniquement d'augmenter le confort des utilisateurs du site. En revanche, il estime que sa mise en oeuvre aurait un impact très important pour lui, puisqu'il se verrait contraint de se débarrasser d'une partie de son stock, de déplacer ses bureaux et de travailler avec une surface moindre à disposition. Il fait valoir, à ce titre, une atteinte à sa liberté économique, expliquant que sa démarche vise bien à empêcher la concrétisation du projet, et pas uniquement à être indemnisé. Au final, il retient que ses intérêts privés priment sur l'intérêt public, minime, à la réalisation de la place d'attente pour camions. Dans un ultime grief, il reproche à l'autorité inférieure de ne pas s'être prononcée sur sa demande tendant à l'octroi d'une indemnité de partie.

F.
Dans sa réponse du 24 juin 2019, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours. Elle relève, en particulier, que le chemin de E._______, en tant que zone de desserte d'une zone artisanale/industrielle, est équipé pour la circulation. Dès lors, les usagers de cette route auraient un intérêt légitime à ce que l'intimée ne la rende pas plus incommode. Le recourant n'aurait pas pris en compte cet élément mis en exergue par l'intimée en cours de procédure. L'autorité inférieure souligne également qu'aucun autre accès au CMS n'est envisageable pour les camions, étant entendu que l'accès par la route de F._______ est réservé aux tramways et trolleybus. Elle défend, par ailleurs, l'intérêt public du projet litigieux, préavisé favorablement par le canton de Genève et la commune de C._______. Elle mentionne notamment, à ce titre, que tout véhicule en attente des droits d'accès au CMS bloquerait au moins l'un des sens de circulation, et qu'une autorisation doit être donnée avant chaque entrée.

G.
Dans sa réponse du 24 juin 2019, l'intimée a conclu au rejet du recours, pour autant que recevable, ainsi qu'à la levée de son effet suspensif. Elle insiste, en substance, sur l'urgence du démarrage des travaux de la place d'attente, mettant notamment en avant des motifs de sécurité. Les premières étapes pour la mise en exploitation du CMS devant intervenir fin juin 2019, il y aurait un risque d'accident prolongé au niveau de son point d'accès en l'absence de la place d'attente. Sur le plan formel, l'intimée questionne la qualité pour recourir du recourant. Celui-ci, en tant que personne physique, ne serait pas légitimé à faire valoir une demande d'indemnisation, dès lors que l'activité commerciale déployée sur la parcelle serait exercée par l'entreprise « D._______ ». Sur le fond, l'intimée estime que le projet répond à un intérêt public prépondérant, de même qu'à l'intérêt privé des propriétaires et entrepreneurs voisins utilisant le chemin E._______. En revanche, l'intérêt privé du recourant serait ténu, voire inexistant. Il se contenterait, dans ses écritures, d'émettre des considérations dépourvues de tout fondement, se confinant à substituer sa propre appréciation à celle d'une autorité spécialisée en matière de mobilité. L'intimée précise que le recourant, en sa qualité de locataire, ne peut se prévaloir de la garantie de propriété, et qu'il est titulaire du seul droit à être indemnisé, à l'exclusion de tout autre. Au reste, il n'expliquerait pas en quoi l'emprise définitive sur la parcelle qu'il exploite - qui représenterait moins de 6% de sa surface totale - impacterait de manière importante ses intérêts. En outre, il n'aurait pas fait valoir, dans son opposition du 19 décembre 2018, les griefs invoqués dans son recours pour s'opposer au projet. Aussi sa seule volonté serait d'être indemnisé.

H.
Invité par le Tribunal à prendre position, en tant que propriétaire du bien-fonds n° (...) de la commune de C._______, B._______ - (...) - s'est déterminé par écriture du 12 juillet 2019. Il relève que toute activité commerciale permanente sur le terrain loué est prohibée, et qu'aucune construction n'y est érigée. Il considère que l'intérêt privé du recourant est minime, voire inexistant, du fait que la décision querellée ne fait que réduire légèrement la surface louée. Il indique (...) et souligne son utilité et son intérêt public prépondérant.

I.

I.a Invité par le Tribunal à se déterminer sur la requête de levée de l'effet suspensif au recours formée par l'intimée, le recourant a, par écriture du 15 juillet 2019, conclu au rejet de cette demande. Il explique, à cet égard, qu'en ajoutant tardivement la place d'attente au projet, il fallait s'attendre à ce qu'elle ne puisse être réalisée dans le même temps que les autres travaux du site. En tout état de cause, le Grand Conseil genevois aurait demandé l'arrêt des travaux, le 7 juin 2019, suite à des cas de sous-enchères salariales sur le chantier. Il n'y aurait donc aucune urgence - laquelle ne serait au demeurant pas étayée - à démarrer les travaux, alors qu'une levée de l'effet suspensif lui causerait un préjudice irréparable. Pour le surplus, le recourant défend sa qualité pour recourir. Au fond, il émet encore de sérieux doutes sur l'intérêt public du projet, qu'il estime extrêmement restreint. A ce propos, il relativise les effets engendrés par l'entrave d'une des deux voies de circulation, lors des rares livraisons effectuées par des semi-remorques, sur une route au trafic de surcroît limité et lent. Il est d'avis qu'une simple optimisation des procédures d'entrée dans le CMS permettrait de limiter, voire de supprimer le temps d'attente. Il évoque, à ce titre, une annonce préalable par téléphone ou un recul de la barrière d'entrée. Il répète que ses intérêts privés à pouvoir continuer de développer son activité commerciale sans entraves priment sur l'intérêt public.

I.b Egalement sollicitée par le Tribunal, l'autorité inférieure a, par écriture du 22 juillet 2019, pris position de manière équivoque sur la requête de levée de l'effet suspensif. Elle retient, en effet, qu'aucun élément du cas d'espèce ne justifie de déroger aux règles générales de procédure applicables en la matière et que le contexte général du projet ne justifie pas une levée de l'effet suspensif, tout en soutenant finalement la requête de l'intimée. Elle indique que le recourant a proposé des variantes de manière tardive, et qu'au demeurant, elles ne répondent pas aux besoins à la base du projet litigieux.

I.c Dans sa détermination du 29 juillet 2019, l'intimée met l'accent, pour sa part, sur les risques d'accidents susceptibles de survenir en l'absence de la place d'attente, en cas d'entrave causée par les quelque 26 véhicules de livraison attendus chaque jour. Elle rejette, en outre, les alternatives suggérées par le recourant, et explique qu'un projet d'envergure comme celui du CMS ne permet pas d'identifier les besoins précis en matière de mobilité dès ses balbutiements. Par ailleurs, elle réitère l'urgence du démarrage des travaux, précisant que l'arrêt du chantier évoqué par le recourant se limite aux travaux d'électricité, et que la mise en service du CMS se poursuivra en octobre 2019, avec la livraison de mobiliers de grande taille par de multiples semi-remorques.

J.
Dans ses observations finales du 16 août 2019, le recourant, se référant essentiellement à la prise de position de l'intimée du 29 juillet 2019, relève que les données fournies par cette dernière permettent de constater que la place d'attente projetée ne sera utilisée que de manière ponctuelle par des semi-remorques. Son intérêt serait donc marginal. Il estime, en outre, qu'aucune alternative au projet n'a été sérieusement examinée par l'autorité inférieure et l'intimée. Moyens de preuve à l'appui, il indique encore que l'ouverture du CMS a été reportée provisoirement de plusieurs mois, de sorte qu'il n'y aurait aucune urgence à entamer les travaux de la place d'attente.

Les parties ont ensuite été informées que la cause était gardée à juger.

K.
Les autres faits et arguments des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.

Droit :

1.
La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) n'en dispose pas autrement (cf. art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF). Le Tribunal examine d'office et librement sa compétence (cf. art. 7
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 7 - 1 L'autorité examine d'office si elle est compétente.
1    L'autorité examine d'office si elle est compétente.
2    La compétence ne peut pas être créée par accord entre l'autorité et la partie.
PA), ainsi que la recevabilité des recours qui lui sont soumis.

1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
LTAF - non pertinentes en l'espèce -, le Tribunal connaît, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF. En particulier, les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées peuvent être portées devant le Tribunal en application de l'art. 33 let. d
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF.

L'OFT est une unité de l'administration fédérale centrale (cf. annexe 1 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1] par renvoi de l'art. 8 al. 1 let. a
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 8 Retrait, révocation et extinction de la concession - 1 Après avoir consulté les cantons intéressés, le Conseil fédéral retire la concession en tout temps, sans indemnisation, entièrement ou partiellement, dans les cas suivants:
1    Après avoir consulté les cantons intéressés, le Conseil fédéral retire la concession en tout temps, sans indemnisation, entièrement ou partiellement, dans les cas suivants:
a  les conditions de l'octroi ne sont plus remplies;
b  l'entreprise ferroviaire manque gravement ou à plusieurs reprises aux obligations prévues par la loi ou par la concession.
2    Après avoir consulté les cantons intéressés, il peut révoquer la concession si des intérêts publics prépondérants le justifient, notamment lorsqu'il s'agit de répondre de manière économique et appropriée aux besoins en matière de transports; l'entreprise ferroviaire reçoit une indemnité appropriée.
3    La concession s'éteint dans les cas suivants:
a  dans les délais impartis par la concession, la construction n'est pas commencée, elle n'est pas achevée ou la mise en exploitation n'a pas lieu;
b  la concession arrive à échéance;
c  la Confédération la rachète;
d  après avoir entendu les cantons intéressés, le Conseil fédéral autorise le titulaire à y renoncer;
e  en cas de liquidation forcée, l'entreprise ferroviaire ne peut, à une seconde enchère, être adjugée au plus offrant.
). L'acte attaqué a été pris sur la base des art. 18ss
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 8 Retrait, révocation et extinction de la concession - 1 Après avoir consulté les cantons intéressés, le Conseil fédéral retire la concession en tout temps, sans indemnisation, entièrement ou partiellement, dans les cas suivants:
1    Après avoir consulté les cantons intéressés, le Conseil fédéral retire la concession en tout temps, sans indemnisation, entièrement ou partiellement, dans les cas suivants:
a  les conditions de l'octroi ne sont plus remplies;
b  l'entreprise ferroviaire manque gravement ou à plusieurs reprises aux obligations prévues par la loi ou par la concession.
2    Après avoir consulté les cantons intéressés, il peut révoquer la concession si des intérêts publics prépondérants le justifient, notamment lorsqu'il s'agit de répondre de manière économique et appropriée aux besoins en matière de transports; l'entreprise ferroviaire reçoit une indemnité appropriée.
3    La concession s'éteint dans les cas suivants:
a  dans les délais impartis par la concession, la construction n'est pas commencée, elle n'est pas achevée ou la mise en exploitation n'a pas lieu;
b  la concession arrive à échéance;
c  la Confédération la rachète;
d  après avoir entendu les cantons intéressés, le Conseil fédéral autorise le titulaire à y renoncer;
e  en cas de liquidation forcée, l'entreprise ferroviaire ne peut, à une seconde enchère, être adjugée au plus offrant.
LCdF et satisfait aux conditions prévalant à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
PA, de sorte que le Tribunal est compétent pour connaître du litige.

1.2

1.2.1 Conformément à l'art. 48 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
PA, a qualité pour former recours celui qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Pour satisfaire aux exigences de l'art. 48 al. 1 let. b
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
et c PA, le recourant doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation. Il doit, en outre, retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée, de manière à exclure l'action populaire (cf. ATF 143 II 506 consid. 5.1, 137 II 30 consid. 2.2.3 ; ATAF 2012/9 consid. 4.1.1). Cet intérêt pratique - de nature économique, idéale, matérielle ou autre - n'est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, mais peut être un intérêt de fait (cf. ATF 144 I 43 consid. 2.1, 143 II 506 consid. 5.1 ; ATAF 2012/13 consid. 3.2.2, 2009/16 consid. 2.1). L'intérêt doit être actuel, c'est-à-dire qu'il doit exister non seulement au moment du dépôt du recours, mais encore au moment où l'arrêt est rendu (cf. ATF 143 III 578 consid. 3.2.2.2).

Dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans, un recourant n'a qualité pour recourir que s'il a fait opposition devant l'autorité précédente (cf. art. 18f
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18f Opposition - 1 Quiconque a qualité de partie en vertu de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative116 peut faire opposition auprès de l'autorité chargée de l'approbation des plans pendant le délai de mise à l'enquête.117 Toute personne qui n'a pas fait opposition est exclue de la suite de la procédure.
2    Quiconque a qualité de partie en vertu de la LEx118 peut faire valoir toutes les demandes visées à l'art. 33 LEx pendant le délai de mise à l'enquête.119
3    Les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition.
LCdF).

1.2.2 Au cas d'espèce, l'intimée met en doute la qualité pour recourir du recourant, en tant que personne physique. Elle explique que seule la personne morale « D._______ », exploitée par le recourant mais pas partie à la présente procédure, serait légitimée à formuler une demande d'indemnisation pour expropriation. Cela étant, quoiqu'en dise l'intimée, le recourant est bien - en qualité de personne physique - le locataire désigné dans la convention de location du (...) (cf. pièce 2 du bordereau du recourant) conclue avec B._______. En tant que locataire de l'unique parcelle touchée par des emprises liées au projet litigieux, il est spécialement atteint par la décision attaquée - qui le prive d'une partie de la surface qu'il loue - et a un intérêt digne de protection à son annulation. Peu importe à ce titre qu'il poursuive un intérêt économique ou non, étant entendu que la question de l'indemnité d'expropriation ne fait quoiqu'il en soit pas l'objet du présent litige. Son opposition a été, en tout état de cause, prise en compte et rejetée par l'autorité inférieure.

Par conséquent, le recourant a bien la qualité pour recourir en la présente cause.

1.3 Présenté au surplus dans le délai (cf. art. 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA) et les formes (cf. art. 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA) prévus par la loi, le recours est ainsi recevable.

2.

2.1 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit. Il revoit librement l'application du droit par l'autorité inférieure, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation des faits et l'opportunité de la décision attaquée (cf. art. 49
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 62 - 1 L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
1    L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
2    Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
3    Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
4    Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2).

2.2 Cela étant, le Tribunal s'astreint, dans le cadre de sa pleine cognition, à une certaine retenue dans le contrôle de l'appréciation à laquelle l'autorité inférieure a procédé, lorsqu'il s'agit d'apprécier des questions qui requièrent des connaissances techniques, scientifiques ou économiques spéciales propres à dite autorité. Il ne s'écarte des éléments techniques retenus par les instances spécialisées que lorsqu'il existe de sérieux motifs pour cela, en cas de contradictions manifestes ou de constatations manifestement erronées (cf. ATF 139 II 185 consid. 9.3, 136 I 184 consid. 2.2.1, 135 II 296 consid. 4.4.3 ; ATAF 2013/9 consid. 3.9, 2012/18 consid. 5.3, 2008/18 consid. 4).

3.

3.1 L'objet du litige est défini par les conclusions du recours, qui doivent rester dans le cadre de l'acte attaqué. Partant, le recourant ne peut que réduire l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation, puisque son élargissement ou sa modification mènerait à une violation de la compétence fonctionnelle de l'autorité supérieure (cf. ATF 142 I 155 consid. 4.4.2, 136 II 457 consid. 4.2, 136 II 165 consid. 5 ; ATAF 2014/24 consid. 1.4.1 ; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd., Bâle 2013, n. 2.7 ss ; Jérôme Candrian, Introduction à la procédure administrative fédérale : la procédure devant les autorités administratives fédérales et le Tribunal administratif fédéral, Bâle 2013, n. 182 p. 108 s.).

3.2 En matière d'approbation des plans, l'exigence formelle d'avoir participé à la procédure de première instance, énoncée à l'art. 18f al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18f Opposition - 1 Quiconque a qualité de partie en vertu de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative116 peut faire opposition auprès de l'autorité chargée de l'approbation des plans pendant le délai de mise à l'enquête.117 Toute personne qui n'a pas fait opposition est exclue de la suite de la procédure.
2    Quiconque a qualité de partie en vertu de la LEx118 peut faire valoir toutes les demandes visées à l'art. 33 LEx pendant le délai de mise à l'enquête.119
3    Les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition.
in fine LCdF, ne se limite pas au simple fait d'avoir interjeté opposition dans le cadre de la procédure de première instance. Elle porte également sur les griefs soulevés qui définiront l'objet du litige. Ainsi, toutes les objections qui peuvent être formulées pendant la mise à l'enquête doivent être soulevées dans la procédure d'opposition et ne peuvent l'être dans la procédure contentieuse subséquente. Cela garantit, dans l'intérêt de la concentration des procédures, l'examen en même temps, par la même autorité, de toutes les objections au cours de l'élaboration de la décision d'approbation des plans. L'objet du litige ne peut plus être étendu une fois écoulé le délai pour faire opposition. En revanche, la motivation qui sous-tend les griefs peut, quant à elle, être modifiée, mais à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 2.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2465/2016 du 2 février 2018 consid. 1.6 et réf. cit.).

3.3 En l'espèce, l'autorité inférieure reproche au recourant de n'avoir pas suffisamment motivé son opposition, plus singulièrement s'agissant de l'intérêt public poursuivi par le projet de réalisation d'une place d'attente pour camions à proximité du CMS. Il ressort en effet du dossier que la motivation du recourant, dans le cadre de la procédure d'opposition, est brève et qu'il n'a pas jugé utile de prendre position sur les arguments avancés par l'intimée dans sa prise de position du 6 février 2019. Toutefois, le recourant a, dans son opposition du 19 décembre 2018, implicitement contesté l'intérêt public dudit projet, en estimant qu'un tel aménagement n'apparaissait pas nécessaire et ne visait qu'à faciliter l'exploitation du CMS. Dans son recours et ses écritures successives, il développe certes considérablement son argumentation en lien avec l'intérêt public du projet, en énumérant plusieurs motifs concrets s'opposant selon lui à la création de la place d'attente. Cela étant, il n'y a pas lieu de retenir que les nouveaux arguments du recourant étendent l'objet du litige défini dans la procédure d'opposition. La motivation présentée au stade du recours se rapporte au grief du manque d'intérêt public du projet, invoqué dans l'opposition du 19 décembre 2018. Dans ces conditions, il convient de ne pas se montrer trop formaliste et de retenir que toutes les objections soulevées en procédure de recours restent dans l'objet du présent litige.

3.4 Ainsi donc, l'objet du litige, précisément, pose la question de savoir si l'autorité inférieure a, à bon droit, rejeté l'opposition du recourant. A cet égard, seront examinés les griefs ayant trait à une violation du droit d'être entendu (cf. infra consid. 4), aux intérêts public et privés en cause (cf. infra consid. 5 et 6), puis à celui portant sur la demande d'indemnité de partie du recourant (cf. infra consid.7).

4.
La nature formelle du grief pris de la violation du droit d'être entendu conduit, en effet, à ce qu'il doive être examiné en préalable.

4.1 S'il n'invoque pas explicitement une violation de son droit d'être entendu, le recourant reproche à l'autorité inférieure de ne pas avoir motivé sa décision quant à l'intérêt public poursuivi par le projet litigieux, et de ne pas avoir procédé à une pesée entre dit intérêt et ses propres intérêts privés. Il fait donc bien valoir une violation de l'obligation de motiver, composante du droit d'être entendu. Ni l'autorité inférieure ni l'intimée ne se sont déterminées à ce propos.

4.2 La jurisprudence a notamment déduit du droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), concrétisé à l'art. 29
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 29 - Les parties ont le droit d'être entendues.
PA, l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. En procédure fédérale administrative, l'obligation de motiver est spécifiquement imposée par l'art. 35
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 35 - 1 Même si l'autorité les notifie sous forme de lettre, les décisions écrites sont désignées comme telles, motivées, et indiquent les voies de droit.
1    Même si l'autorité les notifie sous forme de lettre, les décisions écrites sont désignées comme telles, motivées, et indiquent les voies de droit.
2    L'indication des voies de droit mentionne le moyen de droit ordinaire qui est ouvert, l'autorité à laquelle il doit être adressé et le délai pour l'utiliser.
3    L'autorité peut renoncer à motiver la décision et à indiquer les moyens de droit, si elle fait entièrement droit aux conclusions des parties et si aucune partie ne réclame une motivation.
PA. Pour répondre aux exigences qui y sont liées, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, ses réflexions sur les éléments de fait et de droit essentiels, autrement dit les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause ; l'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (cf. ATF 138 IV 81 consid. 2.2, 138 I 232 consid. 5.1 et 137 II 266 consid. 3.2 ; ATAF 2012/23 consid. 6.1.2).

4.3 Dans sa décision du 2 avril 2019, l'autorité inférieure cite le libellé de l'art. 1 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 1 - 1 Le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale.
1    Le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale.
2    Il ne peut s'exercer que dans la mesure nécessaire pour atteindre le but poursuivi.
de loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711), qui stipule que le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public dans la mesure où ils sont reconnus par une loi fédérale. Elle enchaîne en retenant que « ces conditions sont en l'occurrence d'emblée remplies », sans autre précision (cf. décision du 2 avril 2019, II/A/ch. 4). Par la suite, s'exprimant sur l'opposition du recourant, elle estime qu'un locataire ne peut pas tenir pour responsable l'expropriant du fait que ses démarches en vue de trouver un nouvel établissement sont restées infructueuses. Elle relève encore que la durée du bail du recourant est courte, et que son manque à gagner - lequel n'est pas de nature à remettre en cause le principe de l'expropriation - est dès lors limité. Elle fait, enfin, elle-même grief au recourant de n'avoir pas « correctement » motivé son opposition, en ne tenant compte ni du dossier des plans ni des précisions apportées par l'intimée en cours de procédure. Son opposition se résumerait, ainsi, à une demande d'indemnisation (cf. ibidem, II/B/ch. 3.3). A la fin de sa décision, elle retient « qu'aucun intérêt public ou privé de rang supérieur » ne s'oppose au projet (cf. ibidem, II/B/ch. 5).

Force est de reconnaître que la motivation de l'autorité inférieure - sur l'intérêt public du projet et sa mise en balance avec les intérêts privés du recourant - est très sommaire, l'intérêt public étant quasiment présumé sans pour autant que la loi prévoie une telle présomption. Par ailleurs, on ne saurait considérer que l'opposition du recourant se limite à une demande d'indemnisation, puisqu'il y conclut principalement au rejet de la demande d'approbation des plans, et uniquement subsidiairement à l'octroi d'une indemnité. Cela étant, il convient de mettre en exergue le fait que la décision attaquée porte sur la modification d'un projet - à savoir la construction d'un CMS - dont l'intérêt public a été reconnu lors des précédentes procédures d'approbation des plans. La construction du CMS s'inscrit elle-même dans le cadre d'un projet - l'aménagement du deuxième tronçon de la ligne de tramways Cornavin - Meyrin - CERN - dont l'intérêt public est également largement établi. En outre, l'autorité inférieure a suivi la procédure simplifiée prévue à l'art. 18i
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18i Procédure simplifiée - 1 La procédure simplifiée d'approbation des plans s'applique:
1    La procédure simplifiée d'approbation des plans s'applique:
a  aux projets qui affectent un espace limité et ne concernent qu'un ensemble restreint et bien défini de personnes;
b  aux installations ferroviaires dont la modification ou la réaffectation n'altère pas sensiblement l'aspect extérieur du site, n'affecte pas les intérêts dignes de protection de tiers et n'a que des effets minimes sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement;
c  aux installations ferroviaires qui seront démontées après trois ans au plus.
2    La procédure simplifiée s'applique aux plans de détail élaborés sur la base d'un projet déjà approuvé.
3    L'autorité chargée de l'approbation des plans peut ordonner le piquetage. La demande n'est ni publiée, ni mise à l'enquête. L'autorité chargée de l'approbation des plans soumet le projet aux intéressés, qui peuvent faire opposition dans un délai de 30 jours, sauf s'ils ont donné auparavant leur accord écrit. Elle peut solliciter l'avis des cantons et des communes. Elle leur accorde un délai raisonnable pour se prononcer.
4    Au surplus, la procédure ordinaire est applicable. En cas de doute, cette dernière est appliquée.
LCdF. Dans ces circonstances, le devoir de motiver le caractère d'utilité publique du projet n'apparaît pas aussi étendu que lorsqu'il s'agit de l'approbation de base de plans suivant la procédure ordinaire. Au reste, l'argumentation contenue dans l'opposition du 19 décembre 2018 s'avère en soi très peu développée. Le recourant se contente de mentionner que la place d'attente n'est pas nécessaire à la réalisation du CMS. En ce qui concerne ses intérêts privés, il fait une brève allusion au risque d'être contraint d'éliminer une partie de son stock de matériaux, et en déduit un dommage économique chiffré. A ce titre, on ne peut faire grief à l'autorité inférieure de ne pas s'être prononcée sur les arguments plus substantiels avancés par le recourant en la présente procédure de recours. Au final et comme en témoignent justement les arguments en question, le recourant a été en mesure de présenter, dans son recours, une motivation détaillée.

Au vu de ce qui précède, il n'y a pas lieu de retenir une violation de l'obligation de motiver - par extension du droit d'être entendu - de la part de l'autorité inférieure. Le caractère sommaire (en soi critiquable) de sa décision est contrebalancé par la concision de la motivation de l'opposition du recourant, ainsi que par le caractère particulier de la procédure d'approbation des plans en cause.

5.
Le cadre juridique est le suivant.

5.1 L'art. 18 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18 Principe - 1 Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1    Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente.
1bis    L'adjonction d'une construction non ferroviaire à une installation ferroviaire est également considérée comme une modification d'une installation ferroviaire, dans la mesure où l'ensemble de l'installation continue à servir principalement à la construction ou à l'exploitation d'un chemin de fer.102
2    L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT.103
3    L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral.
4    Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. Le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire.
5    En règle générale, l'approbation des plans des projets ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose qu'un plan sectoriel conforme à la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire104 ait été établi.
6    Font également partie des installations ferroviaires, lorsqu'ils sont situés à proximité immédiate de l'installation projetée et qu'ils lui sont directement utiles, les chantiers ferroviaires, les installations nécessaires à la desserte des chantiers en rapport avec la construction ou l'exploitation d'un chemin de fer ainsi que les sites destinés au recyclage et à l'entreposage des matériaux produits par la construction.
LCdF prévoit que les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente. L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT (al. 2). La procédure d'approbation des plans est régie par la LCdF et, subsidiairement, par la LEx (art. 18a
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18a Droit applicable - 1 La procédure d'approbation des plans est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative106, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
1    La procédure d'approbation des plans est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative106, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
2    Si une expropriation est nécessaire, la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)107 s'applique au surplus.
LCdF). Aux termes de l'art. 18i al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 18i Procédure simplifiée - 1 La procédure simplifiée d'approbation des plans s'applique:
1    La procédure simplifiée d'approbation des plans s'applique:
a  aux projets qui affectent un espace limité et ne concernent qu'un ensemble restreint et bien défini de personnes;
b  aux installations ferroviaires dont la modification ou la réaffectation n'altère pas sensiblement l'aspect extérieur du site, n'affecte pas les intérêts dignes de protection de tiers et n'a que des effets minimes sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement;
c  aux installations ferroviaires qui seront démontées après trois ans au plus.
2    La procédure simplifiée s'applique aux plans de détail élaborés sur la base d'un projet déjà approuvé.
3    L'autorité chargée de l'approbation des plans peut ordonner le piquetage. La demande n'est ni publiée, ni mise à l'enquête. L'autorité chargée de l'approbation des plans soumet le projet aux intéressés, qui peuvent faire opposition dans un délai de 30 jours, sauf s'ils ont donné auparavant leur accord écrit. Elle peut solliciter l'avis des cantons et des communes. Elle leur accorde un délai raisonnable pour se prononcer.
4    Au surplus, la procédure ordinaire est applicable. En cas de doute, cette dernière est appliquée.
LCdF, la procédure simplifiée d'approbation des plans s'applique aux projets qui affectent un espace limité et ne concernent qu'un ensemble restreint et bien défini de personnes (let. a), aux installations ferroviaires dont la modification ou la réaffectation n'altère pas sensiblement l'aspect extérieur du site, n'affecte pas les intérêts dignes de protection de tiers et n'a que des effets minimes sur l'aménagement du territoire et l'environnement (let. b), ainsi qu'aux installations ferroviaires qui seront démontées après trois ans au plus (let. c). Les TPG peuvent exercer le droit d'expropriation conformément à la législation fédérale (cf. art. 3 al. 2 let. b
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 3 - 1 Le droit d'expropriation est exercé par la Confédération en vertu d'une décision du Conseil fédéral, à moins que la législation fédérale n'attribue cette compétence à une autre autorité.
1    Le droit d'expropriation est exercé par la Confédération en vertu d'une décision du Conseil fédéral, à moins que la législation fédérale n'attribue cette compétence à une autre autorité.
2    Le droit d'expropriation peut être conféré à des tiers sur la base:
a  d'un arrêté fédéral pour les travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays;
b  d'une loi fédérale pour d'autres buts d'intérêt public.
3    Si, dans le cas prévu à l'al. 2, le droit d'expropriation doit être expressément conféré à des tiers, le département compétent en l'espèce décide. Est réservée, lorsqu'il s'agit de concessions, l'attribution du droit d'expropriation par l'autorité accordant la concession.5
LEx ainsi que l'art. 3 al. 1
SR 742.101 Loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF)
LCdF Art. 3 - 1 Le droit d'expropriation au sens de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation11 peut être exercé pour la construction et l'exploitation d'un chemin de fer.12
1    Le droit d'expropriation au sens de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation11 peut être exercé pour la construction et l'exploitation d'un chemin de fer.12
2    La procédure d'expropriation n'est applicable que si les efforts faits en vue d'acquérir les droits nécessaires de gré à gré ou d'obtenir un remembrement ont échoué.
3    Les droits sur le domaine ferroviaire ne peuvent pas être acquis par prescription.
LCdF).

5.2

5.2.1 Selon l'art. 1 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 1 - 1 Le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale.
1    Le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale.
2    Il ne peut s'exercer que dans la mesure nécessaire pour atteindre le but poursuivi.
LEx, le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale. Le droit d'expropriation formelle peut porter non seulement sur la propriété foncière et les droits réels, mais également sur tous les droits patrimoniaux protégés par la garantie constitutionnelle de la propriété ainsi que les droits de voisinage, les droits acquis protégés selon le droit public et les droits personnels découlant de baux à loyer et à ferme (cf. ATF 113 Ia 353 consid. 2 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_385/2016 du 17 novembre 2016 consid. 5.1.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6544/2016 du 1er mai 2017 consid. 8.1.1).

5.2.2 Aux termes de l'art. 1 al. 2
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 1 - 1 Le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale.
1    Le droit d'expropriation peut être exercé pour des travaux qui sont dans l'intérêt de la Confédération ou d'une partie considérable du pays, ainsi que pour d'autres buts d'intérêt public reconnus par une loi fédérale.
2    Il ne peut s'exercer que dans la mesure nécessaire pour atteindre le but poursuivi.
LEx, le droit d'expropriation ne peut s'exercer que dans la mesure nécessaire pour atteindre le but poursuivi. Dans ce contexte, le principe de proportionnalité signifie que l'expropriant ne peut exproprier plus de surface de terrain ou de droits que ceux qui lui sont nécessaires pour atteindre le but d'intérêt public poursuivi, ni plus longtemps qu'il le faut ; autrement dit, il doit limiter l'emprise à un minimum. Le principe de la proportionnalité ne signifie cependant pas que l'expropriation doive se limiter à ce qui est absolument indispensable à la réalisation de l'ouvrage d'intérêt public ; elle peut au contraire s'étendre à tout ce qu'exige, tant du point de vue juridique que technique, l'exécution adéquate dudit ouvrage. L'intérêt public commande notamment que les rapports juridiques soient réglés de façon claire, simple et précise, afin d'éviter des difficultés ultérieures, ou des charges et des frais disproportionnés. Le principe de la proportionnalité n'impose pas uniquement que l'atteinte soit nécessaire à la réalisation du but visé, mais exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts) (cf. ATF 142 I 76 consid. 3.5.1, 136 IV 97 consid. 5.2.2, 105 Ib 187 consid. 6a ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_385/2016 précité consid. 5.2.2).

5.3 Invocable tant par les personnes physiques que morales, la liberté économique (cf. art. 27
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 27 Liberté économique - 1 La liberté économique est garantie.
1    La liberté économique est garantie.
2    Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice.
Cst.) protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (cf. ATF 143 II 598 consid. 5.1, 142 II 369 consid. 6.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_136/2018 du 24 septembre 2018 consid. 6.2). Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (cf. art. 27 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 27 Liberté économique - 1 La liberté économique est garantie.
1    La liberté économique est garantie.
2    Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice.
Cst.).

6.
Sur le fond, le recourant estime que l'intérêt public porté par le projet de création d'une place d'attente pour camions, devant l'entrée du CMS « (...) », est faible, voire inexistant. En revanche, ses intérêts privés au maintien de son activité commerciale seraient fortement mis à mal par le projet, de sorte qu'ils devraient primer sur l'intérêt public. Il invoque, à cet effet, une pesée d'intérêts déficiente et une violation de sa liberté économique. L'autorité inférieure et l'intimée défendent pour leur part la primauté de l'intérêt public - incontestable - sur les intérêts privés marginaux du recourant

6.1 S'agissant tout d'abord de la question de l'intérêt public, le Tribunal relève ce qui suit.

6.1.1 D'emblée, il s'impose de répéter que la construction du CMS - et plus généralement celle du deuxième tronçon de la ligne de tramways Cornavin - Meyrin - CERN - est motivée par un intérêt public indéniable, lequel n'est pas contesté par le recourant. Or il ressort du dossier que, dans ce contexte, un problème est apparu lors des simulations des flux de livraisons des semi-remorques, en raison du contrôle d'accès qui nécessite une autorisation préalable d'entrée dans l'enceinte du CMS (cf. le complément au rapport technique de novembre 2017 p. 4, pièce 9 du bordereau de l'intimée). En effet, il a été constaté qu'un semi-remorque attendant son autorisation de pénétrer dans le site empiétait sur le chemin de E._______, et que la situation était aggravée dans l'hypothèse où un autre véhicule attendait son feu-vert. Dès lors, une zone d'attente et d'annonce a été imaginée par l'intimée, afin de permettre une annonce préalable sans entrave à la circulation. Il est prévu que tout véhicule concerné se gare sur la place d'attente, s'annonce au moyen d'un interphone à la loge de sécurité, puis s'engage dans le périmètre du CMS une fois l'autorisation d'entrée délivrée et la barrière ouverte (cf. ibidem, p. 5 et 6). La zone d'attente est planifiée (...) du CMS, sur la (...) du chemin de E._______ (...), et empiète sur une partie de la parcelle louée par le recourant.

L'intimée soutient que cette place d'attente est nécessaire pour plusieurs raisons. Elle explique, pour l'essentiel, qu'elle permettra de fluidifier le trafic sur le chemin de E._______, en le libérant des encombres que pourraient représenter des véhicules en phase d'attente des droits d'accès au CMS. Le projet viserait, en outre, à garantir la sécurité du fonctionnement du dépôt, ainsi que celle des usagers du chemin en question (cf. notamment la prise de position de l'intimée du 6 février 2019, pièce 9 du bordereau de l'autorité inférieure).

6.1.2 Les motifs avancés par l'intimée - et reconnus par l'autorité inférieure - apparaissent convaincants. Il ressort bien des pièces du dossier - en particulier du complément au rapport technique précité - que l'arrière d'un véhicule d'une certaine longueur, tel qu'un semi-remorque, empièterait sur la moitié de la chaussée, en position arrêtée devant la barrière d'accès au CMS. Dans cette situation, les véhicules descendant le chemin de E._______ vers (...) verraient leur voie de circulation entravée et seraient contraints, ou de patienter jusqu'au départ du camion, ou de se déplacer sur la voie opposée pour éviter l'obstacle. Dans ce dernier cas de figure, le camion bloquant de surcroît le passage dans un virage, le risque d'accident avec un véhicule circulant normalement en sens inverse ne semble pas négligeable. Peu importe à ce titre que les véhicules puissent être amenés à rouler à une vitesse réduite, comme le soulève le recourant. La durée précise d'attente n'est pas non plus décisive, étant entendu qu'il est très probable que la durée des formalités varie d'une livraison à l'autre, et qu'on ne peut exclure une halte prolongée en cas de difficultés à obtenir les droits d'accès. Le danger d'accident est d'autant plus avéré si l'on tient compte du fait que le chauffeur du camion, dans sa position d'attente, aurait le chemin de E._______ dans son dos, avec la visibilité extrêmement réduite qui en découle. Par ailleurs, en cas d'arrivée d'un second véhicule souhaitant également accéder au site, les deux voies de circulation pourraient être obstruées. Dans cette hypothèse, les conducteurs des véhicules circulant vers (...), en direction du CMS, pourraient à leur tour être incités à tenter un dépassement, avec les risques d'accident qu'une telle manoeuvre implique. Au reste, la circulation pourrait être bloquée dans les deux sens de circulation, avec un impact sur les véhicules en transit et ceux à destination du centre.

Dans ces conditions, la mesure mise en place par l'intimée répond effectivement à des besoins sécuritaires et de fluidité du trafic, tout en favorisant le fonctionnement du CMS, lequel est en soi d'utilité publique. En ce sens, elle assure un intérêt public manifeste.

6.2 Sur les autres objections faites valoir par le recourant pour relativiser dit intérêt public, le Tribunal se positionne comme suit.

6.2.1 Le recourant allègue que le chemin de E._______ est un embranchement sans issue, interdit à la circulation ou à tout le moins avec une circulation faible. A ce sujet, il convient de relever - avec l'autorité inférieure et l'intimée - que ledit chemin constitue une voie de desserte d'une zone artisanale et industrielle, où la circulation est certes restreinte mais permise (cf. notamment pièce 4 du bordereau de l'intimée). Plusieurs entreprises ont, en effet, leurs bureaux et autres entrepôts installés de part et d'autre de la voie sans issue constituée par le chemin de E._______ à cet endroit (cf. pièces 2 et 3 du bordereau de l'intimée, ainsi que le plan visible sur le service de cartographie en ligne Google Maps). Le recourant ne conteste pas que les véhicules se rendant dans ces entreprises ou en repartant sont autorisés à circuler sur le chemin de E._______. Indépendamment de la densité du trafic, il y a un intérêt public au maintien d'une circulation aussi fluide que possible sur la voie en question, ainsi qu'à prévenir tout accident ou autre incident. On ne saurait faire grief à l'intimée et à l'autorité inférieure de vouloir privilégier un système limitant au maximum les risques induits par la réalisation et la mise en service du CMS.

6.2.2 S'agissant de l'éventuelle entrée dans le dépôt par la route de F._______, évoquée par le recourant, l'autorité inférieure objecte que cette entrée située (...) du centre est réservée aux seuls tramways et trolleybus. Selon l'« Explicatif des synthèses de circulation internes » élaboré par l'intimée (cf. pièce 12 de son bordereau), les sorties des véhicules « externes autres que privés » (à savoir les véhicules de livraison au sens large) sont réparties entre le chemin de E._______ (26 véhicules/heure selon les prévisions) et la route de F._______ (22 véhicules/heure). Contrairement à ce qu'a retenu l'autorité inférieure, certains camions de livraison pénétreront dans le CMS par (...), via la route de F._______. Dès lors, on peut être en droit de se demander - comme le recourant - pour quelle raison l'ensemble des livraisons ne pourrait pas s'effectuer par la route de F._______. A cet égard, tout semble indiquer que dès le départ, le centre a été conçu avec une entrée (...) comportant un portail d'entrée pour les véhicules. Il n'y a pas lieu, dans la présente procédure, de remettre en cause ce choix dans la conception du site. Cela outrepasserait, au demeurant, l'objet du litige. Dès l'instant où le CMS est doté de cette entrée, on ne saurait faire grief à l'intimée de vouloir l'utiliser. Le Tribunal n'est pas non plus en position de critiquer l'option retenue de répartir les entrées et sorties entre deux voies d'accès opposées. Il s'agit d'éléments techniques liés au fonctionnement du site, dont le Tribunal ne peut s'écarter qu'avec retenue, en présence de sérieux motifs (cf. supra consid. 2.2) qui ne sont pas donnés in casu. En tout état de cause, au vu de la dimension imposante du centre et du souci nécessaire d'optimisation de son fonctionnement, il apparaît défendable d'opter pour un système comprenant deux entrées différentes pour les véhicules de livraison. Au reste, les frais supplémentaires investis par l'intimée dans le projet litigieux laissent penser qu'à ses yeux, cet investissement est inévitable. En conséquence de ce qui précède, l'alternative proposée par le recourant n'entre pas en ligne de compte, à tout le moins pas à ce stade de la procédure. Il y a bien un intérêt public à la création de la place d'attente, laquelle s'avère essentielle au bon fonctionnement du portail (...) et à la sécurité routière en général.

6.2.3 S'agissant du nombre de camions de livraison appelés à emprunter l'entrée (...), le recourant le juge trop faible pour légitimer la création de la place d'attente. L'intimée rétorque que 26 véhicules par jour constituent une fréquence soutenue, d'autant plus qu'ils se répartissent en journée dans des créneaux horaires définis. Comme déjà vu, l'« Explicatif des synthèses de circulation internes », qui porte sur la fréquence des entrées et sorties du site, mentionne le nombre de 26 véhicules « externes autres que privés » par jour (cf.p. 2). Un autre tableau (cf. p. 3) fait état de 521 véhicules « externes » (incluant les « véhicules privés/visiteurs ») par jour sortant par le chemin de E._______, ce qui donne à penser que les 26 camions de livraison projetés ne forment qu'une infime partie des véhicules qui seront amenés à transiter par l'entrée (...). Cela dit, si l'on suit l'argumentation de l'intimée, seuls les 26 véhicules de livraison sont susceptibles de poser problème en phase d'attente d'obtention des droits d'accès au CMS, vraisemblablement en raison de leur longueur. Quoi qu'il en soit, force est d'admettre que l'estimation de 26 véhicules journaliers apparaît en soi suffisante pour légitimer la création de la place d'attente, quelle que soit leur répartition au cours d'une journée. Il est précisé, à ce titre, qu'un seul camion suffit à un empiètement de la moitié de la route. La question de savoir combien de semi-remorques composeront ces 26 véhicules n'apparaît pas déterminante. Le fait que certaines livraisons seront effectuées par des semi-remorques n'est pas en soi contesté par le recourant. Or, là encore, il s'impose de tenir compte du fait qu'un unique semi-remorque est déjà en mesure d'entraver la moitié de la chaussée, voire de provoquer un encombrement dans les deux sens de la circulation, dans l'hypothèse où un second véhicule (qui n'est pas forcément un camion de livraison) est en attente du feu-vert pour pénétrer dans le dépôt.

6.2.4 Il n'appartient pas non plus au Tribunal de remettre en cause le processus d'entrée dans le CMS adopté par l'intimée, avec l'assentiment de l'autorité inférieure spécialisée. Le système retenu est le suivant : parcage du camion de livraison sur la place d'attente ; annonce avec l'interphone à la loge de sécurité ; autorisation d'accès délivrée par la loge de sécurité ; ouverture de la barrière ; entrée du véhicule sur le site (cf. pièce 9 du bordereau de l'intimée, p. 6). Ce mode de fonctionnement s'avère cohérent avec les finalités sécuritaires et de fluidification du trafic poursuivies par le projet, en tant qu'il permet de limiter au maximum la durée de présence des camions en travers de la route. Le recourant propose certes une variante, consistant en une annonce préalable et à distance par téléphone. La faisabilité d'une telle alternative n'est toutefois nullement étayée, et sa mise en pratique apparaît aléatoire. Quant à la localisation de la place d'attente, critiquée par le recourant, celui-ci n'évoque concrètement aucune autre possibilité d'emplacement. Aucune alternative ne ressort du dossier.

6.2.5 Sur le vu de ce qui précède, le projet de création d'une place d'attente pour camions, en vue leur entrée dans le CMS, relève d'un intérêt public certain.

6.3 Demeure à prendre en considération les intérêts privés du recourant, et à les pondérer avec l'intérêt public.

6.3.1 Le recourant allègue que l'emprise définitive de 153 m² sur la parcelle qu'il exploite aurait un impact très important pour son entreprise, puisqu'il serait contraint de se débarrasser d'une partie de son stock, de déplacer ses bureaux et de travailler sur une surface réduite. Il estime son dommage à (...) francs (valeur du stock de matériaux à éliminer, par [...] francs, et frais de manutention, par [...] francs). L'autorité inférieure relève que la durée du bail (une année) est courte, de sorte que le manque à gagner pour le recourant est limité et pas de nature à remettre en cause le principe de l'expropriation. L'intimée estime que l'emprise définitive porte sur moins de 6% de la parcelle concernée, et que le recourant ne fournit aucune explication tangible sur la perte d'utilité de cette portion de parcelle. Par ailleurs, en tant que simple locataire, il ne pourrait pas se prévaloir de la garantie de propriété mais devrait se contenter de prétendre à une indemnité.

6.3.2 D'emblée, il sied de relever - à l'instar de l'intimée - que le recourant est locataire de la parcelle qui fait l'objet de l'expropriation, et non propriétaire. Il n'est donc, à l'évidence, pas habilité à invoquer une violation de la garantie de propriété et des droits qui en découlent. Cela dit, à l'appui de son recours, il n'invoque pas un tel grief. Il fait toutefois valoir, implicitement, une violation du principe de proportionnalité dans le cadre de la pesée des intérêts publics et privés.

6.3.2.1 Contrairement à ce que soutient l'intimée, on ne saurait affirmer que les intérêts du recourant ne sont pas touchés par le projet litigieux. Comme le souligne du reste l'intimée, près de 6% de la surface du terrain loué par le recourant pour son activité commerciale est appelée à être supprimée, au profit de la place d'attente pour camions. Si cette surface équivaut à une portion relativement restreinte de la parcelle, le recourant n'en sera pas moins amené à devoir revoir la disposition des matériaux et des bureaux qui s'y trouvent. En effet, la quasi-totalité du terrain - et particulièrement la partie expropriée - est occupée par du matériel (cf. pièce 8 du bordereau du recourant). Le recourant devra ainsi libérer l'espace requis et se satisfaire d'un terrain moins étendu pour continuer l'exercice de son activité commerciale. Cela étant, il convient de préciser que le matériel à déplacer est exclusivement constitué de biens meubles (les bureaux sont installés dans des containers), ou à tout le moins amovibles sans qu'il faille recourir à leur destruction. La réorganisation découlant de la perte de surface à exploiter en est donc facilitée. Au reste, le recourant a, dès la prise de contact avec l'intimée, spontanément envisagé le déplacement de son matériel, et en a estimé le coût (cf. pièces 11 à 15 de son bordereau). En outre, son activité commerciale n'est pas mise en péril. Il ne soutient d'ailleurs pas que tel serait le cas. Il convient encore de préciser que l'emprise définitive touche une extrémité de la parcelle, et que comme déjà indiqué, aucun autre emplacement pour l'installation de la place d'attente n'entre en ligne de compte. L'emprise apparaît ainsi nécessaire et aussi peu invasive que possible. Par ailleurs, comme le soulève à juste titre l'intimée, il s'impose de prendre en considération l'intérêt des autres utilisateurs du chemin de E._______ à pouvoir circuler sans encombres inutiles et en toute sécurité. Enfin, l'Etat de Genève - (...) - défend l'intérêt public prépondérant du projet, en avançant essentiellement des motifs sécuritaires. Il en va de même de la commune de C._______.

6.3.2.2 Au vu de l'importance de l'intérêt public en jeu et du fait que les intérêts privés du recourant ne sont que modérément compromis, la pesée d'intérêts effectuée par l'autorité inférieure ne prête pas le flanc à la critique. Le principe de proportionnalité qui doit être respecté dans ce cadre n'a pas été violé ; les emprises provisoires et définitives sur la parcelle louée par le recourant apparaissent aptes et indispensables à la mise en oeuvre du projet.

6.3.3 Le Tribunal ne retient pas non plus d'atteinte illicite à la liberté économique du recourant. Comme l'on vient de le souligner, celui-ci sera à même, malgré l'expropriation, de poursuivre l'exploitation de son commerce de (...). Il ne fait du reste pas état d'une atteinte concrète à sa liberté économique, mais se limite à déplorer une perte de surface d'exploitation. Au demeurant, une éventuelle restriction à une telle liberté serait, au vu des particularités du cas d'espèce, conforme aux conditions de l'art. 36
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 36 Restriction des droits fondamentaux - 1 Toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale. Les restrictions graves doivent être prévues par une loi. Les cas de danger sérieux, direct et imminent sont réservés.
1    Toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale. Les restrictions graves doivent être prévues par une loi. Les cas de danger sérieux, direct et imminent sont réservés.
2    Toute restriction d'un droit fondamental doit être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui.
3    Toute restriction d'un droit fondamental doit être proportionnée au but visé.
4    L'essence des droits fondamentaux est inviolable.
Cst. (restriction des droits fondamentaux) : la restriction est fondée sur une base légale (al. 1) ; elle est motivée par un intérêt public indéniable (al. 2) et s'avère proportionnée au but visé (al. 3) ; elle ne viole pas l'essence de la liberté économique (al. 4).

6.4 Le recours est par conséquent rejeté en tant qu'il porte sur les griefs de violation du principe de proportionnalité lors de la pesée entre intérêts publics et privés, ainsi que de violation de la liberté économique.

C'est donc à juste titre que l'autorité inférieure a donné son approbation au projet litigieux.

7.
Dans un dernier grief, le recourant reproche à l'autorité inférieure de ne pas s'être prononcée sur sa demande d'indemnité de partie.

7.1 Dans sa décision du 2 avril 2019, l'autorité inférieure a reconnu le droit d'expropriation de l'intimée, en précisant qu'il ne pouvait avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière. Cela étant, elle a relevé que toutes les questions relatives à l'indemnisation de l'expropriation n'étaient pas l'objet de la présente procédure d'approbation des plans, ce dont il s'évinçait qu'elle ne pouvait entrer en matière sur de telles demandes comme relevant de la compétence de la Commission fédérale d'estimation (CFE). S'agissant de l'indemnité de partie requise, l'autorité inférieure n'est pas non plus entrée en matière sur cette demande, au motif que le recourant se serait limité à faire valoir, dans son opposition, une demande d'indemnité pour expropriation, ce dont il suivait que cette question serait aussi traitée ultérieurement par la CFE (cf. décision du 2 avril 2019, II/B/ch. 3.3 in fine).

7.2 Au cas d'espèce, c'est à tort que l'autorité inférieure a retenu que, dans son opposition, le recourant s'était contenté de réclamer une indemnisation pour l'expropriation subie. Il a, en effet, conclu à titre principal au rejet de la demande d'approbation des plans (cf. supra consid. 4.3). Cela étant, la question de l'indemnité de partie prétendue par le recourant sera traitée au cours de la procédure d'estimation, conformément à l'art. 115 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 115 - 1 L'expropriant est tenu de verser une indemnité convenable à l'exproprié à raison des frais extrajudiciaires occasionnés par les procédures d'expropriation, de conciliation et d'estimation. Dans la procédure combinée, les parties à la procédure d'approbation des plans qui sont menacées par une expropriation peuvent prétendre à une telle indemnité.118
1    L'expropriant est tenu de verser une indemnité convenable à l'exproprié à raison des frais extrajudiciaires occasionnés par les procédures d'expropriation, de conciliation et d'estimation. Dans la procédure combinée, les parties à la procédure d'approbation des plans qui sont menacées par une expropriation peuvent prétendre à une telle indemnité.118
2    Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, il est possible de renoncer complètement ou en partie à allouer des dépens.
3    En cas de réclamation manifestement abusive ou de prétentions nettement exagérées, l'exproprié peut être tenu de verser des dépens à l'expropriant.
4    L'art. 114, al. 3 et 4, est applicable par analogie.
LEx. Cette disposition prévoit, en effet, que l'expropriant est tenu de verser une indemnité convenable à l'exproprié à raison des frais extra-judiciaires occasionnés par les procédures d'opposition, de conciliation et d'estimation. Ainsi, l'autorité inférieure a considéré à bon droit qu'elle n'avait pas à entrer en matière sur ce point.

7.3 Il s'évince de ce qui précède que le grief y afférent du recourant doit également être écarté.

8.
Au final et en résumé, le recours est intégralement rejeté dans le sens des considérants. Le présent arrêt rend ainsi la demande de levée de l'effet suspensif au recours de l'intimée sans objet.

9.

Il demeure la question des frais et des dépens.

9.1 En règle générale, les frais de procédure sont à la charge de la partie qui succombe (cf. art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA) et celle qui obtient gain de cause a droit à une indemnité de dépens (cf. art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA). Cependant, en matière d'approbation des plans, l'autorité se prononce simultanément, en appliquant la LEx, sur les objections relatives à l'expropriation. A cela s'ajoute qu'en l'espèce, l'essentiel des griefs du recourant était dirigé contre l'expropriation elle-même et non contre le projet. Par conséquent, il y a lieu pour le Tribunal administratif fédéral d'appliquer les dispositions topiques de la LEx en la matière, conformément à la jurisprudence (cf. arrêts de céans A-1351/2017 du 25 juillet 2017 consid. 12.2, A-1524/2015 du 19 novembre 2015 consid. 7.1 et A-1231/2012 du 22 juin 2016 consid. 8.1).

9.2 A teneur de l'art. 116 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx, les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.

En l'espèce, il n'y a pas de raison de s'écarter de la règle de l'art. 116 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx. Fixés à 2'000 francs (cf. art. 2
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 2 Calcul de l'émolument judiciaire - 1 L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. Les modes de calcul des frais prévus par des lois spéciales sont réservés.
1    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière. Les modes de calcul des frais prévus par des lois spéciales sont réservés.
2    Le tribunal peut fixer un émolument judiciaire dépassant les montants maximaux visés aux art. 3 et 4, si des motifs particuliers le justifient, notamment une procédure téméraire ou nécessitant un travail exceptionnel.2
3    S'agissant de décisions relatives à des mesures provisionnelles, à la récusation, à la restitution d'un délai, à la révision ou à l'interprétation d'une décision, ainsi que de recours formés contre des décisions incidentes, les frais peuvent être revus à la baisse compte tenu du travail réduit qui en découle. Les montants minimaux mentionnés aux art. 3 et 4 doivent être respectés.
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]), les frais de procédure seront donc entièrement supportés par l'intimée. L'avance de frais déjà versée par le recourant, d'un montant de 2'000 francs, lui sera restituée sur le compte bancaire qu'il aura désigné une fois le présent jugement entré en force.

9.3 S'agissant des dépens, selon le régime spécial de l'art. 116 al. 1
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx, ils sont également à la charge de l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie - ce qui est le cas en l'occurrence - le Tribunal de céans peut renoncer totalement ou partiellement à allouer des dépens (cf. art. 115 al. 2
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 115 - 1 L'expropriant est tenu de verser une indemnité convenable à l'exproprié à raison des frais extrajudiciaires occasionnés par les procédures d'expropriation, de conciliation et d'estimation. Dans la procédure combinée, les parties à la procédure d'approbation des plans qui sont menacées par une expropriation peuvent prétendre à une telle indemnité.118
1    L'expropriant est tenu de verser une indemnité convenable à l'exproprié à raison des frais extrajudiciaires occasionnés par les procédures d'expropriation, de conciliation et d'estimation. Dans la procédure combinée, les parties à la procédure d'approbation des plans qui sont menacées par une expropriation peuvent prétendre à une telle indemnité.118
2    Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, il est possible de renoncer complètement ou en partie à allouer des dépens.
3    En cas de réclamation manifestement abusive ou de prétentions nettement exagérées, l'exproprié peut être tenu de verser des dépens à l'expropriant.
4    L'art. 114, al. 3 et 4, est applicable par analogie.
LEx applicable par analogie et qui correspond à l'art. 116 al. 2
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx 2ème phrase). In casu, il n'y a pas de raison de priver le recourant d'une telle indemnité, qui vise à le défrayer pour des frais de représentation qui étaient objectivement nécessaires, son recours n'étant au demeurant nullement téméraire (cf. Heinz Hess/Heinrich Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Kommentar, Bern 1986, vol. I, n. 3 ad art. 116
SR 711 Loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx)
LEx Art. 116 - 1 Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
1    Les frais causés par la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant.121 Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés.
2    Dans les cas énumérés à l'art. 114, al. 3, les frais doivent être répartis selon les règles générales de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947122.
3    Dans la procédure devant le Tribunal fédéral, la répartition des frais est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral123.124
LEx).

Le recourant est représenté par un avocat. Le travail accompli par celui-ci en instance de recours a consisté principalement dans la rédaction d'un recours de 8 pages et demie, assorti d'un bordereau de 9 pièces, d'une réplique de 4 pages et demie, de 2 prises de position de 4 et de 5 pages produites dans le cadre des requêtes partielles de levée de l'effet suspensif et d'une détermination de 2 pages déposée ensuite de la nouvelle motivation de l'autorité inférieure. Il se justifie de lui allouer une indemnité de dépens fixée à 4'000 francs (TVA incluse), à la charge de l'intimée.

(le dispositif est porté à la page suivante)

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté dans le sens des considérants.

2.
La demande de levée de l'effet suspensif au recours est sans objet.

3.
Les frais de procédure, par 2'000 francs, sont mis à la charge de l'intimée. Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal dans les 30 jours dès l'entrée en force du présent jugement. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé. L'avance de frais de 2'000 francs versée par le recourant lui sera restituée après l'entrée en force du présent arrêt.

4.
Une indemnité de dépens de 4'000 francs est allouée au recourant, à la charge de l'intimée.

5.
Le présent arrêt est adressé :

- au recourant (Acte judiciaire)

- à l'intimée (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Recommandé)

- Au Secrétariat général du DETEC (Acte judiciaire)

- à la Direction générale des transports, République et Canton de Genève

- à la Commune de C._______

L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.

Le président du collège : Le greffier :

Jérôme Candrian Mathieu Ourny

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 48 Observation - 1 Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
1    Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
2    En cas de transmission électronique, le moment déterminant pour l'observation d'un délai est celui où est établi l'accusé de réception qui confirme que la partie a accompli toutes les étapes nécessaires à la transmission.20
3    Le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral.
4    Le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral.
LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).

Expédition :