Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 653/2012

Arrêt du 28 août 2012
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Stadelmann.
Greffière: Mme Beti.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Pierre Gillioz, avocat,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions Division principale DAT,
Administration cantonale des impôts du canton de Vaud.

Objet
Impôt fédéral direct 2007 - 2009,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 6 juin 2012.

Faits:

A.
X.________ SA, précédemment A.________ SA, est inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud depuis le *** 2006. Elle est détenue par la société étrangère B.________ et dispose d'un capital-actions de CHF 83'636'500.-.
Le 11 mars 2005, le Département des finances du canton de Vaud a exonéré totalement X.________ SA de l'impôt sur le bénéfice et le capital, pour une période de dix ans, sous diverses charges et conditions. Le 1er février 2006, le Département fédéral de l'économie a exonéré la société de l'impôt fédéral direct dès le 1er février 2006, pour une période de dix ans, à raison de 60 %, sous diverses charges et conditions. Si certaines conditions supplémentaires étaient remplies, l'exonération pouvait par ailleurs atteindre 80 %.

B.
Le 12 décembre 2011, l'Office d'impôt des personnes morales de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après l'Administration cantonale) a rendu trois décisions de taxation relatives aux périodes 2007, 2008 et 2009, concernant l'impôt fédéral direct dû par X.________ SA. II a fixé l'impôt à respectivement CHF 132'577'554.65 pour 2007, CHF 33'179'014.35 pour 2008 et CHF 46'442'073.40 pour 2009.
L'Administration fédérale des contributions (ci-après l'Administration fédérale) a recouru contre les trois décisions précitées au Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après le Tribunal cantonal). Pendant l'échange des écritures, l'Administration cantonale a, le 22 mars 2012, rendu trois nouvelles décisions de taxation, remplaçant celles du 12 décembre 2011. Elle a fixé le montant de l'impôt à respectivement CHF 265'155'109.30 pour 2007, CHF 66'358'028.70 pour 2008 et CHF 92'884'146.80 pour 2009.
Par arrêt du 6 juin 2012, le Tribunal cantonal a constaté que le recours était devenu sans objet et rayé la cause du rôle. Il a, en substance, considéré qu'en application des dispositions de la procédure administrative vaudoise, l'autorité intimée pouvait modifier la décision attaquée, ce qui pouvait avoir pour conséquence de priver le recours de son objet, et rejeté l'ensemble des arguments soulevés par X.________ SA, qui s'opposait au classement du recours.

C.
Par acte du 3 juillet 2012, X.________ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, principalement, à ce que l'arrêt du 6 juin 2012 soit annulé et la reprise de la procédure par-devant le Tribunal cantonal ordonnée. Subsidiairement, elle requiert la transmission de la cause au Tribunal administratif fédéral comme objet de sa compétence.
Les autorités cantonales et fédérales ont été invitées à déposer leurs dossiers sans échange d'écritures.

Considérant en droit:

1.
Le recours est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Dès lors qu'elle conduit à la clôture définitive de l'affaire pour un motif tiré des règles de la procédure (cf. ATF 129 III 107 consid. 1.2.1 p. 110, arrêt 2C 745/2010 du 31 mai 2011 consid. 1.1 non publié aux ATF 137 I 296), la décision de radiation constitue une décision finale au sens de l'art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF), le recours est par conséquent recevable.

2.
Sous réserve de cas non réalisés en l'espèce (cf. art. 95 let. c
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
et d LTF), le Tribunal fédéral ne revoit pas le droit cantonal en tant que tel, à moins que son application se révèle contraire au droit fédéral, qui comprend le droit constitutionnel (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas cette question d'office, mais uniquement si le grief est soulevé et dûment motivé par le recourant (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF). Celui-ci doit énoncer le droit ou principe constitutionnel violé et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.2. p. 246).

3.
La recourante invoque une violation du droit d'être entendu.

3.1 Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle ancrée à l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 p. 285), de sorte qu'il convient de commencer par son examen.
Le droit d'être entendu garantit notamment le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.3.1 p.197).

3.2 La recourante estime que le Tribunal cantonal n'a pas tenu compte du fait que l'Administration cantonale a rendu ses nouvelles décisions avant même que la société contribuable ait pu se déterminer sur les griefs de l'Administration fédérale, de sorte qu'il n'a pas été possible pour la recourante de s'exprimer sur les modifications décidées par l'Administration cantonale et sur les motifs qui l'ont amenée à revenir sur ses premières taxations. Ce faisant, elle se trompe de litige. En effet, ainsi qu'on va le voir (cf. infra consid. 4.4), les décisions de taxation du 22 mars 2012 ont valablement remplacé les décisions du 12 décembre 2011. Tout argument dirigé contre les nouvelles décisions de taxation devait ainsi être invoqué, le cas échéant, dans la procédure de recours dont ces décisions pouvaient faire l'objet. En ce qui concerne les décisions de taxation du 12 décembre 2011, la seule question qui se posait après le prononcé des décisions du 22 mars 2012 portait sur le sort de la procédure de recours dont elles faisaient l'objet. Or, la société contribuable a été dûment invitée, le 28 mars 2012, par le Tribunal cantonal, à se déterminer à ce sujet. Dans ces conditions, le grief de violation du droit d'être entendu doit être
rejeté.

4.
La recourante conteste que les décisions de taxation rendues le 22 mars 2012 aient pu remplacer valablement les décisions attaquées du 12 décembre 2011. Elle estime que le Tribunal cantonal aurait dû considérer les nouvelles décisions comme de simples déterminations de l'Administration cantonale sur les recours de l'Administration fédérale et poursuivre le traitement de la cause au fond. Elle se plaint d'une violation des règles de procédure posées par les art. 141 ss
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
LIFD (RS 642.11), ainsi que d'une application arbitraire de l'art. 83
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
de la loi vaudoise sur la procédure administrative du 28 octobre 2008 (LPA-VD; RS/VD 173.36).

4.1 L'art. 83
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
LPA-VD prévoit qu'en lieu et place de ses déterminations, l'autorité intimée peut rendre une nouvelle décision partiellement ou totalement à l'avantage du recourant (al. 1) et que, dans ce cas, l'autorité poursuit l'instruction du recours, dans la mesure où celui-ci n'est pas devenu sans objet (al. 2).
4.2
4.2.1 La Constitution fédérale garantit aux cantons une large autonomie en matière d'organisation et de procédure. Ceux-ci sont en principe libres de s'organiser comme ils l'entendent et de répartir le pouvoir cantonal entre les organes qu'ils instituent (art. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 1 Schweizerische Eidgenossenschaft - Das Schweizervolk und die Kantone Zürich, Bern, Luzern, Uri, Schwyz, Obwalden und Nidwalden, Glarus, Zug, Freiburg, Solothurn, Basel-Stadt und Basel-Landschaft, Schaffhausen, Appenzell Ausserrhoden und Appenzell Innerrhoden, St. Gallen, Graubünden, Aargau, Thurgau, Tessin, Waadt, Wallis, Neuenburg, Genf und Jura bilden die Schweizerische Eidgenossenschaft.
, 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 3 Kantone - Die Kantone sind souverän, soweit ihre Souveränität nicht durch die Bundesverfassung beschränkt ist; sie üben alle Rechte aus, die nicht dem Bund übertragen sind.
et 47
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 47 Eigenständigkeit der Kantone - 1 Der Bund wahrt die Eigenständigkeit der Kantone.
1    Der Bund wahrt die Eigenständigkeit der Kantone.
2    Er belässt den Kantonen ausreichend eigene Aufgaben und beachtet ihre Organisationsautonomie. Er belässt den Kantonen ausreichende Finanzierungsquellen und trägt dazu bei, dass sie über die notwendigen finanziellen Mittel zur Erfüllung ihrer Aufgaben verfügen.12
Cst.). L'autonomie constitutionnelle des cantons n'est cependant pas absolue. Elle est limitée par la Constitution fédérale elle-même, les lois fédérales et la jurisprudence. S'agissant de la mise en oeuvre du droit fédéral, la Confédération doit certes laisser aux cantons "une marge de manoeuvre aussi large que possible" et tenir compte de "leurs particularités" (art. 46 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 46 Umsetzung des Bundesrechts - 1 Die Kantone setzen das Bundesrecht nach Massgabe von Verfassung und Gesetz um.
1    Die Kantone setzen das Bundesrecht nach Massgabe von Verfassung und Gesetz um.
2    Bund und Kantone können miteinander vereinbaren, dass die Kantone bei der Umsetzung von Bundesrecht bestimmte Ziele erreichen und zu diesem Zweck Programme ausführen, die der Bund finanziell unterstützt.10
3    Der Bund belässt den Kantonen möglichst grosse Gestaltungsfreiheit und trägt den kantonalen Besonderheiten Rechnung.11
Cst.): elle ne doit pas limiter sans nécessité la liberté d'action des cantons et, partant, restreindre leur souveraineté. Toutefois, lorsque les cantons sont chargés de l'exécution de la législation fédérale, celle-ci leur indique souvent quels organes et quelles procédures sont nécessaires à son exécution. C'est dire que, dans le domaine du fédéralisme d'exécution - tel que la perception de l'impôt fédéral direct -, le droit fédéral intervient souvent dans l'organisation administrative et judiciaire des cantons (ATF 130 II 65 consid. 5.1 p. 72 et les références citées).
4.2.2 En ce qui concerne la procédure en matière d'impôt fédéral direct, l'organisation des autorités cantonales d'exécution est régie par le droit cantonal, à moins que le droit fédéral n'en dispose autrement (art. 104 al. 4
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 104 - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer leitet und überwacht den Vollzug und die einheitliche Anwendung dieses Gesetzes. Artikel 103 Absatz 1 gilt sinngemäss.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer leitet und überwacht den Vollzug und die einheitliche Anwendung dieses Gesetzes. Artikel 103 Absatz 1 gilt sinngemäss.
2    Für die Veranlagung der juristischen Personen bezeichnet jeder Kanton eine einzige Amtsstelle.
3    Jeder Kanton bestellt eine kantonale Steuerrekurskommission.
4    Das kantonale Recht regelt Organisationen und Amtsführung der kantonalen Vollzugsbehörde, soweit das Bundesrecht nichts anderes bestimmt. Können die notwendigen Anordnungen von einem Kanton nicht rechtzeitig getroffen werden, so erlässt der Bundesrat vorläufig die erforderlichen Bestimmungen.
LIFD). Lors de l'exécution du droit fiscal fédéral matériel, les cantons sont ainsi libres d'édicter les dispositions de procédure qu'ils jugent appropriées, dans la mesure où elles ne sont pas en contradiction avec les dispositions procédurales de droit fédéral (cf. ATF 111 Ib 201 consid. 3a et 3b p. 203 s. et les références citées). La législation fédérale contient des principes généraux qui s'appliquent à la procédure de recours telle que prévue aux art. 140 ss
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
LIFD (cf. HUGO CASANOVA, in DANIELLE YERSIN/YVES NOËL (ÉD.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 2 ad Introduction aux art. 140
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
-144
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 144 Kosten - 1 Die Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission werden der unterliegenden Partei auferlegt; wird die Beschwerde teilweise gutgeheissen, so werden sie anteilmässig aufgeteilt.
1    Die Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission werden der unterliegenden Partei auferlegt; wird die Beschwerde teilweise gutgeheissen, so werden sie anteilmässig aufgeteilt.
2    Dem obsiegenden Beschwerdeführer werden die Kosten ganz oder teilweise auferlegt, wenn er bei pflichtgemässem Verhalten schon im Veranlagungs- oder Einspracheverfahren zu seinem Recht gekommen wäre oder wenn er die Untersuchung der kantonalen Steuerrekurskommission durch trölerisches Verhalten erschwert hat.
3    Wenn besondere Verhältnisse es rechtfertigen, kann von einer Kostenauflage abgesehen werden.
4    Für die Zusprechung von Parteikosten gilt Artikel 64 Absätze 1-3 des Verwaltungsverfahrensgesetzes vom 20. Dezember 1968239 sinngemäss.
5    Die Höhe der Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission wird durch das kantonale Recht bestimmt.
LIFD). Le contribuable doit ainsi pouvoir déposer une réclamation auprès de l'autorité de taxation (art. 132 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD) et porter la décision sur réclamation auprès d'une autorité de recours indépendante (art. 140 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
LIFD). De son côté, l'Administration fédérale peut interjeter recours contre toute décision de taxation ou décision sur réclamation devant la même autorité de recours indépendante (art. 141 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.

LIFD).
4.2.3 Le recours tel que prévu aux art. 140 ss
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
LIFD est un moyen de droit ordinaire et suspensif, à l'effet dévolutif complet (cf. ULRICH CAVELTI, in MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS (ÉD.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2e éd. 2008, n° 1 ad art. 140
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
LIFD; CASANOVA, op. cit., n° 1 et 3 ad art. 140
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
LIFD). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, en matière d'impôt fédéral direct, l'autorité fiscale est cependant en droit de revenir sur une décision de taxation jusqu'à l'échéance du délai de recours, sans être soumise à des conditions particulières. Elle peut en particulier rectifier la taxation au désavantage du contribuable (cf. ATF 121 II 273 consid. 1a/bb p. 278; arrêt 2C 156/2010 du 7 juin 2011 consid. 3.1 et les références citées). Cette jurisprudence s'inspire de l'art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA (RS 172.021), bien que cette disposition ne soit pas applicable à la procédure cantonale de recours (cf. ATF 111 Ib 201 consid. 3a p. 203 et les références citées). Aux termes de l'art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA, pendant la procédure de recours, l'autorité inférieure peut, jusqu'à l'envoi de sa réponse, procéder à un nouvel examen de la décision attaquée. La pratique va même plus loin encore et considère que l'autorité inférieure peut revenir sur une
décision non seulement jusqu'à l'échéance du délai pour répondre au recours, mais aussi longtemps que la procédure est pendante devant l'autorité de recours (cf. AUGUST MÄCHLER, in CHRISTOPH AUER/MARKUS MÜLLER/BENJAMIN SCHINDLER (ÉD.), Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2008, n° 12 ad art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA; ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2008, n° 3.44 p. 126). Cette pratique répond à l'intérêt lié à l'économie de la procédure: si, sur le vu du recours, l'autorité administrative intimée s'aperçoit qu'elle s'est trompée dans l'application du droit, il se justifie qu'elle ait la possibilité de se raviser et de rendre une nouvelle décision plutôt que de persister dans une position qu'elle-même considère comme erronée (cf. ATF 127 V 228 consid. 2b/bb p. 232 s. et les références citées).
4.2.4 Une réglementation cantonale semblable à celle de l'art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA n'est pas contraire aux exigences procédurales prévues par la LIFD. Ainsi que la Cour de céans le relevait déjà à l'ATF 121 II 273, aussi longtemps que le sort d'une décision de taxation demeure incertain, le contribuable ne peut pas invoquer le principe de la sécurité du droit. Eu égard au grand nombre de décisions rendues en ce domaine, il s'impose en outre de rendre plus facile l'application du droit objectif par une procédure simple et rapide (cf. ATF 121 II 273, consid. 1a/bb p. 278).
Certains auteurs critiquent la possibilité dont dispose l'autorité de taxation de revoir sa décision durant le délai de recours (cf. CAVELTI, op. cit., n° 2 ad art. 140
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
LIFD; THOMAS MEISTER, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, 1995, p. 161). La doctrine majoritaire l'approuve cependant (cf. FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009, n° 8 ad VB zu art. 147
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 147 Gründe - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Die Revision bundesgerichtlicher Urteile richtet sich nach dem Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005242.243
-153a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 153a Vereinfachte Nachbesteuerung von Erben - 1 Alle Erben haben unabhängig voneinander Anspruch auf eine vereinfachte Nachbesteuerung der vom Erblasser hinterzogenen Bestandteile von Vermögen und Einkommen, wenn:
1    Alle Erben haben unabhängig voneinander Anspruch auf eine vereinfachte Nachbesteuerung der vom Erblasser hinterzogenen Bestandteile von Vermögen und Einkommen, wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Feststellung der hinterzogenen Vermögens- und Einkommenselemente vorbehaltlos unterstützen; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemühen.
2    Die Nachsteuer wird für die letzten drei vor dem Todesjahr abgelaufenen Steuerperioden nach den Vorschriften über die ordentliche Veranlagung berechnet und samt Verzugszins nachgefordert.
3    Die vereinfachte Nachbesteuerung ist ausgeschlossen, wenn die Erbschaft amtlich oder konkursamtlich liquidiert wird.
4    Auch der Willensvollstrecker oder der Erbschaftsverwalter kann um eine vereinfachte Nachbesteuerung ersuchen.
LIFD; KLAUS A. VALLENDER/MARTIN E. LOOSER, in MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS (ÉD.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2e éd. 2008, n° 1a ad Vor art. 147
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 147 Gründe - 1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
1    Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zugunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden:
a  wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden;
b  wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat;
c  wenn ein Verbrechen oder ein Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat.
2    Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können.
3    Die Revision bundesgerichtlicher Urteile richtet sich nach dem Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005242.243
-153
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 153 Verfahren - 1 Die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens wird dem Steuerpflichtigen schriftlich mitgeteilt.
1    Die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens wird dem Steuerpflichtigen schriftlich mitgeteilt.
1bis    Wenn bei Einleitung des Verfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird, noch hängig ist, noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.246
2    Das Verfahren, das beim Tod des Steuerpflichtigen noch nicht eingeleitet oder noch nicht abgeschlossen ist, wird gegenüber den Erben eingeleitet oder fortgesetzt.
3    Im Übrigen sind die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und das Beschwerdeverfahren sinngemäss anwendbar.
LIFD; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd. 2002, p. 418). Avec CASANOVA, il convient d'admettre que le droit cantonal de procédure peut permettre à l'autorité de taxation de modifier ou d'annuler la décision attaquée jusqu'à l'envoi de ses observations sur recours (cf. CASANOVA, op. cit., n° 3 ad art. 140
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 140 Voraussetzungen für die Beschwerde des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
1    Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Artikel 132 Absatz 2 bleibt vorbehalten.
2    Er muss in der Beschwerde seine Begehren stellen, die sie begründenden Tatsachen und Beweismittel angeben sowie Beweisurkunden beilegen oder genau bezeichnen. Entspricht die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, so wird dem Steuerpflichtigen unter Androhung des Nichteintretens eine angemessene Frist zur Verbesserung angesetzt.
3    Mit der Beschwerde können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden.
4    Artikel 133 gilt sinngemäss.
LIFD; MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht - Direkte Steuern, 2008, n° 7 ad § 24). Le fait que l'art. 143
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 143 Entscheid - 1 Die kantonale Steuerrekurskommission entscheidet gestützt auf das Ergebnis ihrer Untersuchungen. Sie kann nach Anhören des Steuerpflichtigen die Veranlagung auch zu dessen Nachteil abändern.
1    Die kantonale Steuerrekurskommission entscheidet gestützt auf das Ergebnis ihrer Untersuchungen. Sie kann nach Anhören des Steuerpflichtigen die Veranlagung auch zu dessen Nachteil abändern.
2    Sie teilt ihren Entscheid mit schriftlicher Begründung dem Steuerpflichtigen und den am Verfahren beteiligten Behörden mit.
LIFD permette aussi à l'autorité cantonale de recours de modifier la taxation au désavantage du contribuable après avoir entendu celui-ci n'empêche par ailleurs pas
l'autorité de taxation elle-même de rendre une nouvelle décision.
4.2.5 La réglementation de l'art. 83
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
LPA-VD est analogue à celle prévue à l'art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA. Elle est par conséquent admissible au regard des principes généraux de procédure en matière d'impôt fédéral direct. A fortiori son application en l'espèce ne saurait-elle donc être qualifiée d'arbitraire.

4.3 Encore faut-il s'interroger sur les conséquences des nouvelles décisions rendues le 22 mars 2012.
4.3.1 Selon l'art. 83 al. 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
LPA-VD, l'autorité doit poursuivre l'instruction du recours, dans la mesure où celui-ci n'est pas devenu sans objet. Cette conséquence n'est pas automatique (cf. ANDREA PFLEIDERER, in BERNHARD WALDMANN/PHILIPPE WEISSENBERGER, Praxiskommentar zum VwVG, 2009, n° 44 ad art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA) et il appartient à l'autorité de recours d'examiner dans quelle mesure tel est le cas (cf. FRANZ SCHLAURI, Neuverfügung lite pendente in der Rechtsprechung des EVG, in RENÉ SCHAFFHAUSER/FRANZ SCHLAURI (ÉD.), Aktuelle Rechtsfragen der Sozialversicherungspraxis, 2001, p. 193). Elle admettra que le recours est devenu sans objet lorsque la nouvelle décision crée un état de droit tel que l'intérêt juridique du recourant à ce qu'il soit statué sur le recours a disparu (cf. FELIX ADDOR, Die Gegenstandslosigkeit des Rechtsstreits, 1997, p. 137), ce qui arrive lorsque la nouvelle décision fait entièrement droit aux conclusions du recourant (cf. PFLEIDERER, op. cit., n° 45 ad art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA). Lors de cet examen, l'autorité de recours est liée par la nouvelle décision dans la mesure où elle correspond aux conclusions du recourant (cf. ROGER HISCHIER, Die Wiedererwägung pendente lite im Sozialversicherungsrecht, in RSAS 1997 p. 455). Lorsque la
nouvelle décision ne donne que partiellement gain de cause au recourant, le recours n'est privé de son objet que dans la même mesure. L'instruction se poursuit pour les points encore litigieux (cf. MÄCHLER, op. cit., n° 18 ad art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA). Si la nouvelle décision aggrave la situation du recourant (reformatio in pejus), elle ne remplace pas la première, mais est considérée comme constituant le chef de conclusions de l'autorité intimée (cf. MÄCHLER, op. cit., n° 19 ad art. 58
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 58 - 1 Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
1    Die Vorinstanz kann bis zu ihrer Vernehmlassung die angefochtene Verfügung in Wiedererwägung ziehen.
2    Sie eröffnet eine neue Verfügung ohne Verzug den Parteien und bringt sie der Beschwerdeinstanz zur Kenntnis.
3    Die Beschwerdeinstanz setzt die Behandlung der Beschwerde fort, soweit diese durch die neue Verfügung der Vorinstanz nicht gegenstandslos geworden ist; Artikel 57 findet Anwendung, wenn die neue Verfügung auf einem erheblich veränderten Sachverhalt beruht oder eine erheblich veränderte Rechtslage schafft.
PA).
4.3.2 Si la nouvelle décision aggrave la situation non pas du recourant mais de l'intimé, rien n'interdit à celui-ci de recourir contre la nouvelle décision (cf. ATF 126 III 85 consid. 3 p. 89), ouvrant de la sorte une nouvelle procédure de recours. Lorsque la nouvelle décision, rendue à la suite d'un recours et faisant droit aux conclusions du recourant, aggrave la situation d'un tiers intéressé qui en fait l'objet, la même règle doit s'appliquer dans la mesure où le droit cantonal lui donne qualité pour recourir. Il appartient alors à ce dernier de s'en prendre à la nouvelle décision selon les voies de droit ordinaires qui lui sont offertes. Cette manière de procéder est la seule à même de lui garantir le maintien de toutes les instances de recours. En effet, s'il devait faire valoir ses droits dans la procédure déjà pendante, introduite par un autre recourant, il se verrait priver d'une voire de deux instances de recours. En outre, il serait à la merci de l'autorité recourante qui pourrait, sous certaines conditions, choisir elle-même de mettre fin à l'instance en retirant son recours (cf. arrêt 2A.408/2002 du 13 février 2004 consid. 1.4).

4.3.3 Aux termes d'un examen approfondi, le Tribunal cantonal est arrivé à la conclusion que la protection offerte par l'art. 83
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
LPA-VD ne peut bénéficier qu'au recourant sur le plan cantonal, en l'espèce l'Administration fédérale, à l'exclusion d'autres parties. Cette analyse, qui fait application des principes précités, mérite d'être suivie. L'objet du litige se définit en effet en fonction des conclusions du recourant (cf. ATF 125 V 413 consid. 1b p. 414 s.; arrêt 2C 209/2011 du 15 novembre 2011 consid. 2.1). S'il a été fait droit à celles-ci, le litige perd son objet, peu importe que l'intimé se soit opposé aux conclusions de la partie recourante.
4.3.4 En l'espèce, en application des principes précités, l'Administration cantonale pouvait, pendant le délai qui lui avait été imparti pour répondre au recours, revenir sur ses décisions de taxation du 12 décembre 2011, même en défaveur de la société contribuable, dès lors que cette dernière n'avait pas recouru contre celles-ci. Si la contribuable avait interjeté recours, la nouvelle décision n'aurait pas remplacé la première, mais aurait été considérée comme constituant le chef de conclusions de l'autorité intimée (cf. supra consid. 4.3.1). Or, la société recourante n'ayant pas recouru contre les décisions du 12 décembre 2011, les nouvelles décisions les ont valablement remplacées. Par ailleurs, dans sa détermination du 20 avril 2012, l'Administration fédérale s'est déclarée entièrement satisfaite des nouvelles décisions, de sorte que, de son point de vue, le recours avait perdu son intérêt. Dans ces conditions, c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a considéré que la procédure ouverte par le recours de l'Administration fédérale était devenue sans objet.
Le fait que les décisions de taxation du 22 mars 2012 ont aggravé la situation de la société contribuable n'est en revanche pas déterminant s'agissant de l'objet du litige pendant devant le Tribunal cantonal. Ainsi que l'a relevé avec pertinence ce dernier et conformément à la jurisprudence, la société contribuable, si elle ne souhaitait pas se satisfaire des décisions du 22 mars 2012, avait la possibilité d'emprunter les voies de recours qui lui étaient ouvertes et, dans un premier temps, de déposer une réclamation auprès de l'Administration cantonale. Dans cette nouvelle procédure de recours, elle pourrait faire valoir l'ensemble de ses arguments au fond. En revanche, elle ne pouvait plus faire valoir ces moyens dans la procédure de recours portant sur les décisions de taxation du 12 décembre 2011. C'est donc à juste titre que les juges cantonaux ont déclaré cette procédure sans objet et rayé la cause du rôle.
Au vu de ce qui précède, les griefs tirés de la violation des règles de procédure posées par les art. 141 ss
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
LIFD ainsi que d'une application arbitraire de l'art. 83
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
LPA-VD, soulevés par la recourante, doivent être rejetés.

5.
A titre subsidiaire, la recourante requiert la transmission de la cause au Tribunal administratif fédéral comme objet de sa compétence dans l'hypothèse où il devrait être considéré que la présente cause relève non pas d'une procédure de taxation fondée sur la LIFD mais d'une procédure menée en application de l'art. 23
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
de la loi fédérale sur la politique régionale du 6 octobre 2006 (LPR; RS 901.0), qui prévoit que les décisions des autorités administratives fédérales et les décisions cantonales de dernière instance rendues en application de cette loi peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal administratif fédéral.
Ainsi que la recourante elle-même le relève avec pertinence, les décisions qui sont à l'origine de la présente procédure constituent des décisions de taxation rendues par l'autorité fiscale compétente en application de la LIFD. Elles reposent certes sur des allégements fiscaux octroyés par les autorités fédérales et cantonales compétentes en application de l'art. 19
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
LPR. Cependant, alors que les décisions relatives au principe et aux conditions de l'allégement fiscal pouvaient faire l'objet d'un recours au Tribunal administratif fédéral (art. 23
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 141 Voraussetzungen für die Beschwerde der Aufsichtsbehörden - 1 Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
1    Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die ESTV können gegen jede Veranlagungsverfügung und jeden Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde Beschwerde bei der kantonalen Steuerrekurskommission erheben.
2    Die Beschwerdefrist beträgt:
a  gegen Veranlagungsverfügungen und Einspracheentscheide, die der beschwerdeführenden Verwaltung eröffnet worden sind, 30 Tage seit Zustellung;
b  in den andern Fällen 60 Tage seit Eröffnung an den Steuerpflichtigen.
LPR), les décisions de taxation rendues en application d'une décision d'allégement fiscal entrée en force suivent la voie ordinaire prévue en matière fiscale, procédure au cours de laquelle il conviendra d'examiner si nécessaire et à titre préjudiciel les décisions d'allégement fiscal rendues en application de la LPR, afin de déterminer si les conditions en sont remplies.
Les conclusions subsidiaires prises par la recourante doivent par conséquent également être rejetées.

6.
Le recours en matière de droit public s'avère ainsi sans fondement et doit être rejeté.
Succombant sur l'ensemble de ses conclusions, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
aI. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).
L'Administration fédérale et l'Administration cantonale ne peuvent prétendre à des dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, fixés à CHF 60'000.-, sont mis à la charge de la recourante.

3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale DAT, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.

Lausanne, le 28 août 2012

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Beti