Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 60/2020

Arrêt du 27 avril 2021

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mmes les Juges fédéraux
Seiler, Président, Aubry Girardin, Donzallaz,
Hänni et Beusch.
Greffière : Mme Kleber.

Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Maîtres Xavier Oberson et Grégory Clerc, avocats,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève,
rue du Stand 26, 1204 Genève.

Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct à la source, rappels d'impôts et amendes pour soustraction fiscale, périodes fiscales 2008 à 2013,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, du 26 novembre 2019
(ATA/1726/2019).

Faits :

A.

A.a. A.________ SA (ci-après: la société) est une société anonyme inscrite au registre du commerce de Genève, canton dans lequel elle a son siège. Elle a pour but statutaire toutes prestations médicales au chevet du patient.
La société emploie des médecins qui sont pour la plupart domiciliés en France et soumis à l'impôt à la source en Suisse. Les médecins sont payés par la société sur la base d'une rétribution de 42,25% des honoraires acquittés par les patients. Dans le cas de patients de passage en Suisse, ceux-ci rétribuent en espèces directement le médecin, sans envoi de facture (système dit des "encaissés sur place"). La société prélève dans ce cas une retenue forfaitaire de 50 fr. par consultation à titre de frais administratifs.

A.b. Les 19 mai 2009, 25 février 2010, 10 février 2011, 14 février 2012, 5 février 2013 et 11 février 2014, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a adressé à la société des bordereaux d'impôt à la source pour 2008 (total final de 348'205 fr. 35), respectivement 2009 (441'726 fr. 15), 2010 (379'624 fr.), 2011 (369'827 fr. 55), 2012 (385'963 fr. 40) et 2013 (448'091 fr.). La société n'en a contesté aucun.

B.

B.a. A la suite d'un contrôle effectué dans les locaux de la société, l'Administration cantonale a informé celle-ci, le 5 décembre 2014, qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel d'impôt et soustraction d'impôt pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) 2004 à 2013. Il était apparu que la société n'avait pas soumis à l'impôt à la source les rétributions des "encaissés sur place". Lors d'un contrôle ultérieur, il avait en outre été constaté que les prestations soumises à l'impôt à la source avaient été imposées au taux annuel correspondant aux prestations versées, au lieu d'être converties sur une année pour la détermination du taux d'imposition.

B.b. Les 5 août, 20 et 23 décembre 2016, l'Administration cantonale a informé la société de la clôture des procédures en rappel et soustraction pour l'impôt à la source 2006 à 2013.
Elle lui a notifié des bordereaux de suppléments d'impôt de 273'712 fr. 20 pour 2006, 312'936 fr. 70 pour 2007, 272'450 fr. 80 pour 2008, 344'946 fr. 92 pour 2009, 341'241 fr. 15 pour 2010, 333'070 fr. pour 2011, 448'474 fr. 94 pour 2012 et 370'884 fr. 75 pour 2013. Elle a joint à ces bordereaux un tableau récapitulant, par médecin, les reprises, le nombre de jours travaillés, le montant des prestations déclarées, ainsi que ce même montant annualisé sur 240 jours.
Elle a également notifié à la société des bordereaux d'amende, fixant, pour chaque année, le montant de celle-ci à un tiers de l'impôt soustrait.

B.c. Les 5 septembre 2016 et 20 janvier 2017, la société a élevé réclamation contre ces décisions, en concluant à leur annulation. Par décision du 20 octobre 2017, l'Administration cantonale a rejeté les réclamations.

B.d. La société a recouru contre la décision du 20 octobre 2017 auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève. Par jugement du 14 janvier 2019, celui-ci a partiellement admis le recours. Il a annulé les rappels d'impôt et les amendes relatifs à 2006 et 2007, dit que les revenus des médecins devaient être annualisés sur 231 jours au lieu de 240 et confirmé pour le surplus les reprises, ainsi que les amendes pour soustraction d'impôt relatives aux années 2008 à 2013.

B.e. La société a recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre ce jugement, en concluant à son annulation concernant les rappels d'impôt 2008 à 2013, subsidiairement à la modification des reprises et des amendes en tenant compte de la base de calcul de 231 jours.
Par arrêt du 26 novembre 2019, la Cour de justice a partiellement admis le recours, en ce sens qu'elle a donné pour instruction à l'Administration cantonale de recalculer le montant des amendes sur la base de calcul valable pour les reprises d'impôt à la source, à savoir 231 jours au lieu de 240. Elle a confirmé l'arrêt attaqué pour le surplus.

C.
Contre l'arrêt du 26 novembre 2019, A.________ SA forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt entrepris, à la clôture sans reprise et sans amende des procédures en rappel d'impôt à la source et soustraction et, si nécessaire, au renvoi de la cause à une des autorités judiciaires inférieures ou à l'autorité fiscale pour rendre de nouvelles décisions en ce sens.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans sa réponse datée du 24 mars 2020 et expédiée le 31 mars 2020, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions indique ne pas avoir de remarques particulières à formuler et s'en remettre à justice. La société a confirmé ses conclusions.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et pouvoir d'examen

1.

1.1. L'arrêt attaqué, rendu par une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF), concerne l'impôt à la source. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte (cf. aussi art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes, renvoyant au titre 4 de la LHID notamment [LHID; RS 642.14]).

1.2. La Cour de justice a partiellement admis le recours formé à l'encontre du jugement du 14 janvier 2019 et a renvoyé le dossier à l'Administration cantonale pour l'établissement de nouveaux bordereaux d'amende pour l'impôt à la source 2008 à 2013, en se fondant sur une base de calcul de 231 jours au lieu de 240, comme retenu dans le cadre des rappels d'impôt.
Un arrêt de renvoi constitue en principe une décision incidente, contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des art. 92
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 92 Décisions préjudicielles et incidentes concernant la compétence et les demandes de récusation - 1 Les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
1    Les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
2    Ces décisions ne peuvent plus être attaquées ultérieurement.
et 93
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
LTF, à moins que l'autorité à laquelle la cause est renvoyée n'ait aucune marge de manoeuvre, auquel cas la jurisprudence considère qu'il s'agit d'une décision finale (cf. ATF 138 I 143 consid. 1.2; arrêt 2C 567/2016 du 10 août 2017 consid. 1.3). En l'espèce, dans la mesure où l'Administration cantonale doit se limiter à calculer les amendes dues par la recourante, le renvoi ne lui laisse aucune marge de manoeuvre. Malgré ce renvoi, l'arrêt attaqué doit donc être considéré, dans son ensemble, comme une décision finale au sens de l'art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF.

1.3. La Cour de justice a rendu une seule décision valant tant pour l'IFD que pour les ICC, conformément aux dispositions applicables en matière d'imposition à la source (cf. art. 139 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 139 Voies de droit - 1 L'intéressé peut s'opposer à une décision en matière d'imposition à la source en présentant une réclamation selon l'art. 132.
1    L'intéressé peut s'opposer à une décision en matière d'imposition à la source en présentant une réclamation selon l'art. 132.
2    Lorsque la retenue litigieuse d'impôt à la source repose aussi bien sur le droit fédéral que sur le droit cantonal, le droit cantonal peut, dans ses dispositions d'exécution, prévoir que la procédure de réclamation et celle devant la commission cantonale de recours sont régies par les dispositions cantonales de procédure déterminantes pour la contestation et le réexamen des décisions relatives aux impôts cantonaux perçus à la source.
LIFD; art. 17 de l'ancienne loi sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales du 23 septembre 1994 [sur le droit applicable, cf. infra consid. 3]; art. 6 du règlement genevois d'application de diverses dispositions fiscales fédérales du 30 décembre 1958 [RDDFF; RS-GE D 3 80.04], dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2020; art. 6 et 7 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale [LPFisc; RS/GE D 3 17], dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2020; cf. arrêt 2C 601/2010 du 21 décembre 2010 consid. 1.2). C'est partant à juste titre que la recourante n'a déposé qu'un seul recours, valant pour tous les domaines (cf. arrêt 2C 684/2012 du 5 mars 2013 consid. 2).
Afin de ne pas nuire à la clarté du raisonnement, la Cour de céans exposera toutefois ses considérants séparément pour chaque catégorie d'impôt (cf. arrêt 2C 684/2012 du 5 mars 2013 consid. 2) et distinguera l'IFD et les ICC dans son dispositif.

1.4. Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 46 al. 1 let. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF), par la destinataire de l'arrêt attaqué, débitrice de la prestation imposable, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF; cf. arrêt 2A.23/2007 du 19 février 2008 consid. 2.4). Il convient donc d'entrer en matière.

2.

2.1. D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (arrêt 2C 258/2017 du 2 juillet 2018 consid. 3, non publié in ATF 144 II 359). Toutefois, conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 144 II 313 consid. 5.1).

2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), hormis dans les cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF.
II. Droit applicable et prescription s'agissant de la procédure en soustraction fiscale
a. LIFD

3.

3.1. En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (arrêt 2C 416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.1, non publié in ATF 140 I 68). Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêt 2C 416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.1, non publié in ATF 140 I 68).
En revanche, en ce qui concerne la poursuite pénale pour soustraction fiscale, le nouveau droit, entré en vigueur le 1er janvier 2017 (RO 2015 779; FF 2012 2649), s'applique au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant son entrée en vigueur s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; art. 205f
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 205f Disposition transitoire relative à la modification du 26 septembre 2014 - Le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales.
LIFD).

3.2. En matière d'imposition à la source, diverses modifications de la LIFD ont été introduites par la loi fédérale sur la révision de l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative du 16 décembre 2016 et sont entrées en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2018 1813; FF 2015 625). Les dispositions relatives à la procédure de rappel d'impôt n'ont pas été touchées par ces modifications.
En ce qui concerne la soustraction fiscale, la disposition qui réprime la soustraction fiscale commise par le débiteur de la prestation imposable en matière d'IFD (art. 175 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
, deuxième paragraphe LIFD) n'a pas été modifiée par le nouveau droit entré en vigueur le 1er janvier 2017. Les règles relatives à la prescription de la poursuite pénale sont par contre différentes sous l'ancien et le nouveau droit. Selon l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi. D'après l'art. 184 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1) avant l'échéance du délai de prescription. Sous l'ancien droit, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par 15 ans, par le jeu de l'art. 184 let. b ch. 1
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 184 - La séquestration et l'enlèvement sont punis d'une peine privative de liberté d'un an au moins
et al. 2 aLIFD, en lien avec l'art. 333 al. 6 let. b
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 333 - 1 Les dispositions générales du présent code sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales, à moins que celles-ci ne contiennent des dispositions sur la matière.
1    Les dispositions générales du présent code sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales, à moins que celles-ci ne contiennent des dispositions sur la matière.
2    Dans les autres lois fédérales:
a  la réclusion est remplacée par une peine privative de liberté de plus d'un an;
b  l'emprisonnement est remplacé par une peine privative de liberté de trois ans au plus ou par une peine pécuniaire;
c  l'emprisonnement de moins de six mois est remplacé par la peine pécuniaire, un mois d'emprisonnement valant 30 jours-amende d'au maximum 3000 francs.
3    L'infraction passible de l'amende ou des arrêts, ou de l'amende exclusivement, est une contravention. Les art. 106 et 107 sont applicables. Est réservé l'art. 8 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif546. L'infraction passible, en vertu d'une autre loi fédérale entrée en vigueur avant 1942, d'une peine d'emprisonnement ne dépassant pas trois mois est également une contravention.
4    Sont réservées les durées des peines qui dérogent à l'al. 2, les montants des amendes qui dérogent à l'art. 106, ainsi que l'art. 41.
5    Si une autre loi fédérale prévoit l'amende pour un crime ou un délit, l'art. 34 est applicable. Les règles sur la fixation de l'amende qui dérogent à cet article ne sont pas applicables. Est réservé l'art. 8 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif. Si l'amende est limitée à un montant inférieur à 1 080 000 francs, cette limitation est supprimée; au-delà, elle est maintenue. En pareil cas, le nombre maximum de jours-amende équivaut au montant maximum de l'amende encourue jusqu'alors divisé par 3000.
6    ...547
6bis    Si une infraction est punie soit d'une peine privative de liberté soit d'une peine pécuniaire d'un nombre minimal de jours-amende, cette limite inférieure vaut aussi pour la durée minimale en jours de la peine privative de liberté.548
7    Les contraventions prévues par d'autres lois fédérales sont punissables même quand elles ont été commises par négligence, à moins qu'il ne ressorte de la disposition applicable que la contravention est réprimée seulement si elle a été commise intentionnellement.
CP (arrêt 2C 12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.1, non publié in ATF 144 IV 136).

3.3. En l'occurrence, le litige porte sur l'impôt à la source des périodes fiscales 2008 à 2013 (les périodes fiscales 2006 et 2007 n'étant plus concernées). L'ancien droit est partant applicable s'agissant des reprises d'impôt. Dans la mesure où la teneur d'une disposition de la LIFD diffère du texte actuel, l'ancienne version sera indiquée par "aLIFD" (RO 1991 1184). Pour ce qui a trait à la procédure en rappel d'impôt, il sera fait référence à la LIFD.
Concernant la soustraction fiscale, l'autorité fiscale a notifié à la recourante les amendes pour les périodes fiscales 2008 à 2013 les 5 août, ainsi que 20 et 23 décembre 2016. Selon le nouveau droit, la prescription a été suspendue à cette date, soit avant le délai de dix ans prévu à l'art. 184 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LIFD. Sous l'ancien droit, le délai de prescription de quinze ans n'était pas atteint. La prescription s'agissant de la soustraction fiscale n'est donc atteinte pour aucune période fiscale, ni sous le nouveau droit, ni sous l'ancien.
Il est précisé que la question de la prescription en lien avec les reprises d'impôt est examinée ci-après, car elle dépend de la qualification de la procédure, contestée par la recourante, qui fait valoir que l'on ne se trouve pas dans le cadre d'une procédure en rappel d'impôt.
b. ICC

4.

4.1. S'agissant des dispositions relatives à l'impôt à la source, la LHID a également été modifiée par la loi fédérale sur la révision de l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative du 16 décembre 2016 et ces modifications sont entrées en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2018 1813; FF 2015 625). Pour mettre en oeuvre ces modifications, le législateur genevois a adopté une nouvelle version, le 16 janvier 2020, de la loi sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales et du règlement d'application y relatifs, qui sont également entrés en vigueur le 1er janvier 2021 (LISP; RS/GE D 3 20 et RISP; RS/GE D 3 20.01). L'art. 22 LISP précise expressément que l'impôt à la source pour les prestations échues jusqu'au 31 décembre 2020 est régi par l'ancien droit.
En ce qui concerne la soustraction fiscale, le principe de la lex mitior s'applique également en matière d'ICC (art. 78f
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 78f Disposition transitoire relative à la modification du 26 septembre 2014 - Le nouveau droit s'applique au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales.
LHID).
L'art. 56 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 56 Soustraction d'impôt - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1bis    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer les éléments de la fortune et du revenu soustraits;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.200
1ter    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 1bis sont remplies.201
2    Celui qui aura tenté de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende correspondant aux deux tiers de celle qui lui aurait été infligée en cas d'infraction consommée.
3    Celui qui aura incité à une soustraction d'impôt, y aura prêté son assistance, l'aura commise intentionnellement en qualité de représentant du contribuable ou y aura participé sera puni d'une amende fixée indépendamment de la peine encourue par le contribuable. L'amende se montera à 10 000 francs au plus; dans les cas graves et en cas de récidive, elle sera de 50 000 francs au plus. En outre, l'autorité fiscale pourra exiger de lui le paiement solidaire de l'impôt soustrait.
3bis    Lorsqu'une personne visée à l'al. 3 se dénonce spontanément et pour la première fois et que les conditions prévues à l'al. 1bis, let. a et b, sont remplies, il est renoncé à la poursuite pénale et la responsabilité solidaire est supprimée.202
4    Celui qui aura dissimulé ou distrait des biens successoraux dont il était tenu d'annoncer l'existence dans la procédure d'inventaire, dans le dessein de les soustraire à l'inventaire,
5    Lorsque une personne au sens de l'al. 4 se dénonce spontanément et pour la première fois, il est renoncé à la poursuite pénale pour dissimulation ou distraction de biens successoraux dans la procédure d'inventaire et pour les autres infractions commises dans le cadre de la procédure d'inventaire (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'ait connaissance de l'infraction;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour corriger l'inventaire.204
LHID, qui réprime la soustraction fiscale commise par le débiteur de la prestation imposable, n'a, comme la disposition correspondante de la LIFD, pas été modifié au 1er janvier 2017. En revanche, l'art. 58
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 58 Prescription de la poursuite pénale - 1 La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
1    La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
2    La poursuite de la soustraction d'impôt consommée se prescrit par dix ans:
a  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle le contribuable n'a pas été taxé ou l'a été de manière incomplète, ou pour laquelle la retenue de l'impôt à la source n'a pas été faite conformément à la loi (art. 56, al. 1);
b  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution illégale ou une remise injustifiée d'impôt a été obtenue (art. 56, al. 1) ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 56, al. 4).
3    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 57bis, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
LHID, relatif à la prescription, a été modifié avec effet au 1er janvier 2017. L'art. 58 al. 2 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 58 Prescription de la poursuite pénale - 1 La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
1    La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
2    La poursuite de la soustraction d'impôt consommée se prescrit par dix ans:
a  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle le contribuable n'a pas été taxé ou l'a été de manière incomplète, ou pour laquelle la retenue de l'impôt à la source n'a pas été faite conformément à la loi (art. 56, al. 1);
b  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution illégale ou une remise injustifiée d'impôt a été obtenue (art. 56, al. 1) ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 56, al. 4).
3    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 57bis, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
et al. 3 LHID, actuellement en vigueur, a une teneur identique à l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
1    La poursuite pénale se prescrit:
a  en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b  en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
b1  à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
b2  à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
2    La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.
et al. 2 LIFD. Il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (art. 72 s
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
LHID), ce qui est le cas du canton de Genève (cf. art. 77 LPFisc). Sous l'ancien droit, le délai de prescription pour les ICC (art. 77 al. 1 let. a LPFisc et art. 58 al. 1 aLHID) était le même que pour l'IFD (arrêt 2C 444/2018 du 31 mai 2019 consid. 4.3.2).

4.2. Comme le litige porte en l'espèce sur les périodes fiscales 2008 à 2013, l'ancien droit est applicable pour ce qui a trait aux reprises d'impôt. Il sera donc fait référence ci-après à l'ancienne loi genevoise sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales du 23 septembre 1994 (ci-après: aLISP) et à l'ancien règlement d'application y relatif, du 12 décembre 1994 (ci-après: aRISP). Pour la LHID, dans la mesure où la teneur d'une disposition diffère du texte actuel, l'ancienne version sera indiquée par "aLHID" (RO 1991 1256).
Pour ce qui concerne la soustraction fiscale, les règles sont les mêmes que pour l'IFD, de sorte que les considérations développées pour cet impôt sont transposables au domaine des ICC. Il s'ensuit que la prescription n'est pas acquise pour ce qui est de la soustraction fiscale en matière d'ICC. Comme pour l'IFD, la question de la prescription en lien avec les reprises d'impôt fait l'objet d'un considérant distinct.

III. Objet du litige

5.
Le litige concerne des rappels d'impôt à la source et amendes pour soustraction fiscale relatifs aux périodes fiscales 2008 à 2013.

5.1. Au fond, il est reproché à la recourante, débitrice de la prestation imposable, de ne pas avoir annualisé le revenu des médecins qu'elle emploie et qui sont soumis à l'impôt à la source pour déterminer le taux d'imposition applicable, ainsi que de ne pas avoir prélevé l'impôt à la source sur les "encaissés sur place".
Dans son recours, la recourante ne remet plus en cause le fait que les encaissés sur place devaient être soumis à l'impôt à la source et qu'elle n'a pas prélevé l'impôt sur ces revenus, mais conteste encore l'annualisation des revenus des médecins pour déterminer le taux d'impôt à la source applicable et, subsidiairement, le nombre de jours devant servir de base de calcul pour l'annualisation. Elle conteste également la condition subjective de l'infraction de soustraction fiscale et les amendes infligées.

5.2. Toutefois, préalablement à ces questions, la recourante se plaint d'un déni de justice formel (art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.), car la Cour de justice aurait refusé d'examiner si les conditions d'un rappel d'impôt étaient réunies. La recourante fait en outre valoir qu'un rappel d'impôt est exclu auprès du débiteur de la prestation imposable, car celui-ci ne serait pas visé par les dispositions relatives au rappel d'impôt et ne serait pas le destinataire de décisions de taxation. Pour la recourante, il faudrait par conséquent s'interroger en l'espèce sur la nullité de la procédure. Selon elle, à l'égard du débiteur de la prestation imposable, seule pourrait être engagée une procédure en paiement complémentaire d'impôt à la source (art. 138 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD; art. 49 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 49 Perception de l'impôt à la source - 1 Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent donner, sur demande, tous renseignements sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source.
1    Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent donner, sur demande, tous renseignements sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source.
2    Le contribuable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement:
a  s'il conteste l'impôt à la source indiqué sur l'attestation mentionnée à l'art. 37, ou
b  si l'employeur ne lui a pas remis l'attestation mentionnée à l'art. 37.191
2bis    Le débiteur de la prestation imposable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement.192
2ter    Il est tenu d'opérer la retenue jusqu'à l'entrée en force de la décision.193
3    Lorsque le débiteur des prestations imposables a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
4    Si le débiteur a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
5    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.194
LHID; art. 21 al. 1 aLISP), soumise à un délai de prescription plus court, lequel serait échu en l'espèce pour les périodes fiscales 2008 à 2010 y compris.

5.3. Sur le vu des griefs de la recourante, il convient tout d'abord de qualifier la procédure, en matière d'IFD, puis d'ICC. En effet, si, comme le prétend la recourante, des rappels d'impôt auprès d'elle sont exclus, la critique tirée d'un déni de justice formel au motif que la Cour de justice n'aurait pas examiné les conditions du rappel d'impôt deviendra sans objet, de même que les critiques relatives au fond.

IV. Qualification de la procédure
a. IFD

6.
Il y a lieu de présenter le régime de l'impôt à la source pour le cas d'espèce et le rôle du débiteur de la prestation imposable (consid. 6.1), ainsi que les dispositions relatives à la procédure en paiement complémentaire et à celle en rappel d'impôt (consid. 6.2), afin de pouvoir délimiter les deux procédures (consid. 6.3 et 6.4) et qualifier celle en cause (consid. 6.5).

6.1. L'impôt à la source est notamment perçu sur le revenu de l'activité des travailleurs qui, sans être domiciliés ni en séjour en Suisse au regard du droit fiscal, exercent une activité lucrative dépendante dans le canton pendant de courtes périodes, durant la semaine ou comme frontaliers (art. 91 aLIFD; cf. ATF 144 II 313 consid. 4.1), ce qui est le cas de la plupart des employés de la recourante, domiciliés en France. L'impôt à la source se substitue à l'impôt fédéral direct perçu selon la procédure ordinaire (art. 99 aLIFD).
Le système d'imposition à la source se fonde sur le principe de l'auto-taxation (ATF 135 II 274 consid. 3.3, in RDAF 2010 II 168; arrêt 2C 684/2012 du 5 mars 2013 consid. 5.1). L'impôt à la source est perçu en une fois par le débiteur de la prestation imposable (ATF 144 II 313 consid. 4.2), à savoir l'employeur du contribuable (arrêt 2C 684/2012 du 5 mars 2013 consid. 5.1). Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation de retenir l'impôt dû, de remettre au contribuable un relevé ou une attestation et de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente (art. 100 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 100 Collaboration du débiteur des prestations imposables - 1 Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
1    Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du contribuable l'impôt dû sur les autres prestations, en particulier sur les revenus en nature et les pourboires;
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt;
d  de verser la part proportionnelle de l'impôt sur les options de collaborateur exercées à l'étranger; l'employeur doit la part proportionnelle de l'impôt même si l'avantage appréciable en argent est versé par une société du groupe à l'étranger.
2    Le débiteur des prestations imposables est responsable du paiement de l'impôt à la source.
3    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source. Pour les prestations en capital, la commission de perception s'élève à 1 % du montant total de l'impôt à la source, mais au plus à 50 francs par prestation en capital en ce qui concerne l'impôt à la source de la Confédération, des cantons et des communes.196
à c LIFD). Il est responsable du paiement de l'impôt à la source et reçoit en contrepartie une commission de perception (art. 100 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 100 Collaboration du débiteur des prestations imposables - 1 Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
1    Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du contribuable l'impôt dû sur les autres prestations, en particulier sur les revenus en nature et les pourboires;
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt;
d  de verser la part proportionnelle de l'impôt sur les options de collaborateur exercées à l'étranger; l'employeur doit la part proportionnelle de l'impôt même si l'avantage appréciable en argent est versé par une société du groupe à l'étranger.
2    Le débiteur des prestations imposables est responsable du paiement de l'impôt à la source.
3    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source. Pour les prestations en capital, la commission de perception s'élève à 1 % du montant total de l'impôt à la source, mais au plus à 50 francs par prestation en capital en ce qui concerne l'impôt à la source de la Confédération, des cantons et des communes.196
et 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 100 Collaboration du débiteur des prestations imposables - 1 Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
1    Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du contribuable l'impôt dû sur les autres prestations, en particulier sur les revenus en nature et les pourboires;
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt;
d  de verser la part proportionnelle de l'impôt sur les options de collaborateur exercées à l'étranger; l'employeur doit la part proportionnelle de l'impôt même si l'avantage appréciable en argent est versé par une société du groupe à l'étranger.
2    Le débiteur des prestations imposables est responsable du paiement de l'impôt à la source.
3    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source. Pour les prestations en capital, la commission de perception s'élève à 1 % du montant total de l'impôt à la source, mais au plus à 50 francs par prestation en capital en ce qui concerne l'impôt à la source de la Confédération, des cantons et des communes.196
LIFD).
Dans le système d'imposition à la source, le débiteur de la prestation imposable a les obligations formelles et matérielles liées au rapport juridique d'impôt à la place du contribuable (arrêts 2C 713/2019 du 30 avril 2020 consid. 4.1; 2C 684/2012 du 5 mars 2013 consid. 5.1). La doctrine parle à cet égard de substitution fiscale (ANDREA PEDROLI, in NOËL/AUBRY GIRARDIN [éd.], Impôt fédéral direct, Commentaire romand de la LIFD, 2e éd. 2017, no 1 ad art. 88
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 88 Collaboration du débiteur de la prestation imposable - 1 Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
1    Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du travailleur l'impôt dû sur les autres prestations (notamment les prestations en nature et en pourboires);
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt.
2    Il doit également retenir l'impôt à la source lorsque le travailleur est domicilié ou en séjour dans un autre canton.176
3    Le débiteur de la prestation imposable est responsable du paiement de l'impôt à la source.
4    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source.177
et no 1 ad art. 100
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 100 Collaboration du débiteur des prestations imposables - 1 Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
1    Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du contribuable l'impôt dû sur les autres prestations, en particulier sur les revenus en nature et les pourboires;
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt;
d  de verser la part proportionnelle de l'impôt sur les options de collaborateur exercées à l'étranger; l'employeur doit la part proportionnelle de l'impôt même si l'avantage appréciable en argent est versé par une société du groupe à l'étranger.
2    Le débiteur des prestations imposables est responsable du paiement de l'impôt à la source.
3    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source. Pour les prestations en capital, la commission de perception s'élève à 1 % du montant total de l'impôt à la source, mais au plus à 50 francs par prestation en capital en ce qui concerne l'impôt à la source de la Confédération, des cantons et des communes.196
LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, no 1 ad art. 88
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 88 Collaboration du débiteur de la prestation imposable - 1 Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
1    Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du travailleur l'impôt dû sur les autres prestations (notamment les prestations en nature et en pourboires);
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt.
2    Il doit également retenir l'impôt à la source lorsque le travailleur est domicilié ou en séjour dans un autre canton.176
3    Le débiteur de la prestation imposable est responsable du paiement de l'impôt à la source.
4    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source.177
LIFD et no 1 ad art. 100
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 100 Collaboration du débiteur des prestations imposables - 1 Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
1    Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du contribuable l'impôt dû sur les autres prestations, en particulier sur les revenus en nature et les pourboires;
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt;
d  de verser la part proportionnelle de l'impôt sur les options de collaborateur exercées à l'étranger; l'employeur doit la part proportionnelle de l'impôt même si l'avantage appréciable en argent est versé par une société du groupe à l'étranger.
2    Le débiteur des prestations imposables est responsable du paiement de l'impôt à la source.
3    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source. Pour les prestations en capital, la commission de perception s'élève à 1 % du montant total de l'impôt à la source, mais au plus à 50 francs par prestation en capital en ce qui concerne l'impôt à la source de la Confédération, des cantons et des communes.196
LIFD). La substitution est dite cumulative du point de vue formel, car le contribuable reste soumis à l'obligation de collaborer et de fournir des renseignements selon l'article 136
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 136 Obligations de procédure - Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent, sur demande des autorités de taxation, donner tous renseignements oraux ou écrits sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source. Les art. 123 à 129 s'appliquent par analogie.
LIFD (PEDROLI, op. cit., no 1 ad art. 136
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 136 Obligations de procédure - Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent, sur demande des autorités de taxation, donner tous renseignements oraux ou écrits sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source. Les art. 123 à 129 s'appliquent par analogie.
LIFD; LOCHER, op. cit. no 1 ad art. 88
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 88 Collaboration du débiteur de la prestation imposable - 1 Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
1    Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du travailleur l'impôt dû sur les autres prestations (notamment les prestations en nature et en pourboires);
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt.
2    Il doit également retenir l'impôt à la source lorsque le travailleur est domicilié ou en séjour dans un autre canton.176
3    Le débiteur de la prestation imposable est responsable du paiement de l'impôt à la source.
4    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source.177
LIFD). Du point de vue matériel, la substitution était, sous l'ancien droit, au niveau de l'impôt fédéral, dite "privative" ou exclusive, en ce sens que le contribuable n'assumait aucune responsabilité solidaire (arrêt 2C 713/2019 du 30 avril 2020 consid. 4.1; cf. PEDROLI, no 1 ad art. 88
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 88 Collaboration du débiteur de la prestation imposable - 1 Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
1    Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du travailleur l'impôt dû sur les autres prestations (notamment les prestations en nature et en pourboires);
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt.
2    Il doit également retenir l'impôt à la source lorsque le travailleur est domicilié ou en séjour dans un autre canton.176
3    Le débiteur de la prestation imposable est responsable du paiement de l'impôt à la source.
4    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source.177
LIFD, no 1 ad art. 100
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 100 Collaboration du débiteur des prestations imposables - 1 Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
1    Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du contribuable l'impôt dû sur les autres prestations, en particulier sur les revenus en nature et les pourboires;
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt;
d  de verser la part proportionnelle de l'impôt sur les options de collaborateur exercées à l'étranger; l'employeur doit la part proportionnelle de l'impôt même si l'avantage appréciable en argent est versé par une société du groupe à l'étranger.
2    Le débiteur des prestations imposables est responsable du paiement de l'impôt à la source.
3    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source. Pour les prestations en capital, la commission de perception s'élève à 1 % du montant total de l'impôt à la source, mais au plus à 50 francs par prestation en capital en ce qui concerne l'impôt à la source de la Confédération, des cantons et des communes.196
LIFD; cf. LOCHER, op. cit., no 1 ad art. 88
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 88 Collaboration du débiteur de la prestation imposable - 1 Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
1    Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du travailleur l'impôt dû sur les autres prestations (notamment les prestations en nature et en pourboires);
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt.
2    Il doit également retenir l'impôt à la source lorsque le travailleur est domicilié ou en séjour dans un autre canton.176
3    Le débiteur de la prestation imposable est responsable du paiement de l'impôt à la source.
4    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source.177
LIFD et no 1 ad art. 100
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 100 Collaboration du débiteur des prestations imposables - 1 Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
1    Le débiteur des prestations imposables a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du contribuable l'impôt dû sur les autres prestations, en particulier sur les revenus en nature et les pourboires;
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt;
d  de verser la part proportionnelle de l'impôt sur les options de collaborateur exercées à l'étranger; l'employeur doit la part proportionnelle de l'impôt même si l'avantage appréciable en argent est versé par une société du groupe à l'étranger.
2    Le débiteur des prestations imposables est responsable du paiement de l'impôt à la source.
3    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source. Pour les prestations en capital, la commission de perception s'élève à 1 % du montant total de l'impôt à la source, mais au plus à 50 francs par prestation en capital en ce qui concerne l'impôt à la source de la Confédération, des cantons et des communes.196
LIFD; voir cependant,
depuis le 1er janvier 2021, l'art. 138 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD, qui a introduit une responsabilité subsidiaire du contribuable).

6.2. L'art. 138 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD (resté inchangé dans le nouveau droit), relatif au paiement complémentaire de l'impôt à la source ( Nachforderung; Pagamento degli arretrati), prévoit que lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
En vertu de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD, relatif au rappel d'impôt ordinaire ( Ordentliche Nachsteuer; Ricupero ordinario d'imposta), lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.

6.3. L'art. 138 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD permet au fisc d'exiger de manière simplifiée le paiement des impôts à la source insuffisamment retenus (cf. arrêt 2C 360/2015 du 13 mai 2015 consid. 6.1). La seule condition préalable à un paiement complémentaire est en effet que le débiteur de la prestation imposable ait opéré une retenue insuffisante ou n'en ait effectué aucune (PEDROLI, op. cit., no 2 ad art. 138
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD; JUD/RUFENER, in Zweifel/Beusch [éd.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 3e éd. 2017, no 1 ad art. 138
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD; RICHNER/FREI/KAUFMNANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3e éd. 2016, no 3 ad art. 138
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD). Cette caractéristique distingue cette procédure de la procédure en rappel d'impôt. Le rappel d'impôt suppose en effet qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale et qu'il existe, en outre, un motif de rappel (cf. ATF 144 II 359 consid. 4.5.1).
La procédure en paiement complémentaire de l'art. 138 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD aboutit à une décision initiale de l'autorité (cf. ZWEIFEL et al., Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2e éd. 2018, § 22 Verfahren bei Erhebung der Quellensteuer, no 18 et no 23 ss, p. 336, 338 s.). Le rappel d'impôt intervient pour sa part après qu'une décision de taxation a été rendue. La procédure en rappel d'impôt est de plus la seule à entrer en considération si une décision relative à l'impôt à la source a déjà été prononcée et est entrée en force (cf. ATF 135 II 274 consid. 5.1, in RDAF 2010 II 168, l'indiquant dans le cas où une décision au sens de l'art. 137
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 137 Décision - 1 Le contribuable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement:
1    Le contribuable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement:
a  s'il conteste l'impôt à la source indiqué sur l'attestation mentionnée à l'art. 88 ou 100, ou
b  si l'employeur ne lui a pas remis l'attestation mentionnée à l'art. 88 ou 100.
2    Le débiteur de la prestation imposable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement.
3    Il est tenu d'opérer la retenue jusqu'à l'entrée en force de la décision.
LIFD a été rendue). Cela découle du numerus clausus des motifs permettant de revenir sur des décisions entrées en force (cf. ATF 142 II 433 consid. 3.1), lesdits motifs étant énumérés exhaustivement pour l'impôt fédéral direct aux art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
à 153
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1    Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1bis    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
2    Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
3    Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
LIFD (arrêt 2C 596/2012 du 19 mars 2013 consid. 2.3). Il convient de souligner dans ce contexte que l'auto-taxation en matière d'impôt à la source n'est pas assimilée à une décision de taxation entrée en force (cf. ATF 135 II 274 consid. 5.3.3 et 5.4; arrêts 2C 168/2014 du 29 octobre 2014 consid. 4.2; 2C 601/2010 du 21 décembre 2010 consid.
2.2). Ni le contribuable ni le débiteur de la prestation imposable n'ont en effet autorité pour rendre des décisions (ATF 135 II 274 consid. 5.3.1; arrêts 2C 168/2014 du 29 octobre 2014 consid. 4.2; 2A.230/2002 et 2A.326/2002 du 2 juin 2003 consid. 3.4.3, in Archives 74 p. 666).
La procédure en paiement complémentaire se distingue enfin de la procédure en rappel d'impôt par le délai de prescription applicable. La loi ne fixe pas de délai pour exiger un paiement complémentaire d'impôt à la source. La doctrine retient toutefois que le droit de l'autorité fiscale se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale, comme le droit de procéder à la taxation (cf. art. 120 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD) et non par dix ans comme le rappel d'impôt (cf. art. 152 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
1    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
2    L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
LIFD) (JUD/RUFENER, op. cit., no 1 ad art. 138
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD; PEDROLI, op. cit., no 8 ad art. 138; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, III. Teil, 2015, no 12 ad art. 138; ANTOINE BERTHOUD, Réclamations en matière d'impôt à la source - à la recherche du délai perdu, RF 66/2011 p. 410 ss, p. 414 s.; cf. aussi Tribunal d'appel tessinois, chambre de droit fiscal, jugement 80.97.00130 du 8 octobre 1997). Il n'y a pas lieu de s'écarter de ces avis. Comme l'art. 138 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD aboutit à une décision initiale de l'autorité fiscale et permet à celle-ci de récupérer de manière simplifiée l'impôt dû, l'analogie avec l'art. 120 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD est en effet la plus pertinente (cf., sur la manière de fixer le délai de prescription lorsque la loi ne contient pas de disposition à ce
sujet, ATF 140 II 384 consid. 4.2).

6.4. Il découle de ce qui précède que la procédure en paiement complémentaire et celle en rappel d'impôt se distinguent par leurs conditions d'application, par le fait qu'une décision a été ou non rendue par l'autorité fiscale et est entrée en force et par les délais de prescription applicables.
En revanche, les deux procédures peuvent être dirigées à l'encontre du débiteur de la prestation imposable. Il n'y a en effet aucun motif d'exclure la procédure en rappel d'impôt à l'égard de celui-ci comme le prétend la recourante. Le débiteur de la prestation imposable se substitue en effet au contribuable (cf. supra consid. 6.1). Par conséquent, l'argument de la recourante selon lequel les dispositions sur le rappel d'impôt ne seraient pas applicables au débiteur de la prestation imposable au motif qu'il n'est fait référence qu'au contribuable, par exemple à l'art. 153
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1    Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1bis    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
2    Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
3    Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
LIFD, tombe à faux. Le débiteur de la prestation imposable est chargé de percevoir l'impôt à la source (cf. supra consid. 6.1). Or, la procédure en rappel d'impôt ne vise rien d'autre qu'à permettre à l'autorité de prélever l'impôt qui n'a pas été perçu à tort (cf. ATF 121 II 257 consid. 4b), si les conditions du rappel sont réunies. Le rappel d'impôt ne représente pas une prétention fiscale différente de la créance primitive d'impôt (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1; 141 I 78 consid. 7.2.1; 121 II 257 consid. 4b). Par ailleurs, si le débiteur de la prestation imposable peut faire l'objet de poursuite pour soustraction fiscale, comme le prévoit l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266

LIFD, a fortiori l'autorité fiscale peut exiger de lui le paiement de l'impôt soustrait. Le lien entre les deux procédures est du reste souligné à l'art. 152 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
1    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
2    L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
LIFD. D'après cette disposition en effet, "l'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt".

6.5. Reste à qualifier la procédure en l'espèce. Il résulte de l'arrêt entrepris et du dossier que l'autorité fiscale a notifié à la recourante pour les périodes fiscales 2008 à 2013 des bordereaux d'impôt. Ceux-ci indiquaient le total des impôts prélevés, le montant de la commission de perception, ainsi que le total final d'impôt et fixaient un délai de réclamation, avec indication au verso des voies de droit (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). La recourante n'en a contesté aucun.
La Cour de justice a qualifié ces bordereaux de décisions "au sens de l'art. 137 aLIFD". La qualification de "décision" n'apparaît pas critiquable.
La recourante reproche certes à la Cour de justice d'avoir indiqué qu'il s'agissait de décisions "au sens de l'art. 137 aLIFD". Selon le texte de l'art. 137 aLIFD, tel qu'en vigueur avant le 1er janvier 2021, "lorsque le contribuable ou le débiteur d'une prestation imposable conteste le principe même ou le montant de la retenue d'impôt, il peut, jusqu'à la fin mars de l'année qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement" (al. 1). "Le débiteur de la prestation imposable est tenu d'opérer la retenue jusqu'à l'entrée en force de la décision" (al. 2).
En l'occurrence, les bordereaux adressés à la recourante n'ont pas été émis à sa demande ou à celle des médecins, de sorte qu'il est en effet inexact de les qualifier de décisions "au sens de l'art. 137 aLIFD". Qu'il ne s'agisse pas d'une décision rendue à la demande du contribuable ou du débiteur de la prestation imposable n'ôte toutefois pas à ces bordereaux la qualité de décisions de l'autorité fiscale, dont la recourante était la destinataire et qui sont entrées en force faute d'avoir été contestées. Ayant rendu des décisions, qui sont entrées en force, l'Administration cantonale ne pouvait plus engager à l'encontre de la recourante la procédure simplifiée en paiement complémentaire. On se trouve en l'espèce partant nécessairement dans le cadre d'une procédure en rappel d'impôt, dirigée contre le débiteur de la prestation imposable.

6.6. Il convient partant de vérifier la question de la prescription à l'aune de cette conclusion.

6.6.1. Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (art. 152 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
1    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
2    L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
LIFD) et le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
1    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
2    L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
LIFD).

6.6.2. D'après l'arrêt entrepris, l'autorité fiscale a informé les 21 octobre 2014 et 5 décembre 2014 la recourante de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt à la source pour les périodes fiscales 2008 à 2013. La procédure a donc été introduite avant l'échéance du délai de dix ans. La prescription de 15 ans pour procéder au rappel d'impôt n'est par ailleurs pas encore atteinte, pour aucune période fiscale.
Ce point n'est en soi pas contesté par la recourante, qui faisait valoir uniquement la prescription de la procédure en paiement complémentaire, qui, comme on vient de le voir, n'est toutefois pas applicable en l'espèce.
b. ICC

7.

7.1. Le principe de l'imposition à la source des revenus de l'activité des travailleurs exerçant une activité lucrative dépendante dans le canton, lorsqu'ils ne sont ni domiciliés ni en séjour en Suisse au regard du droit fiscal, est énoncé à l'art. 35 al. 1 aLHID et à l'art. 7 aLISP.
L'impôt à la source se substitue à l'impôt cantonal et communal perçu selon la procédure ordinaire sur le revenu du travail (art. 35 al. 2 aLHID; art. 17
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 17 Détermination de la fortune - 1 La fortune imposable se détermine d'après son état à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement.
1    La fortune imposable se détermine d'après son état à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement.
2    Pour les contribuables qui exercent une activité lucrative indépendante et dont les exercices commerciaux ne coïncident pas avec l'année civile, la fortune commerciale imposable se détermine d'après le capital propre existant à la fin de l'exercice commercial clos pendant la période fiscale.
3    La fortune dévolue par succession à un contribuable au cours de la période fiscale n'est imposable avec le reste de la fortune qu'à partir de la date de la dévolution. L'al. 4 est applicable par analogie.
4    Si les conditions d'assujettissement ne sont réalisées que durant une partie de la période fiscale, seul le montant d'impôt correspondant à cette durée est prélevé. L'art. 4b, al. 2, est réservé.
aLISP). Les obligations du débiteur de la prestation imposable et son droit à une commission de perception sont énoncés à l'art. 37
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 37 - 1 Le débiteur des prestations imposables (art. 32 et 35) est responsable du paiement de l'impôt à la source. Il est tenu:
1    Le débiteur des prestations imposables (art. 32 et 35) est responsable du paiement de l'impôt à la source. Il est tenu:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations ou de le prélever auprès du contribuable;
b  de remettre au contribuable une attestation indiquant le montant de la retenue;
c  de verser l'impôt à l'autorité compétente;
d  de verser la part proportionnelle de l'impôt sur les options de collaborateur exercées à l'étranger; l'employeur doit la part proportionnelle de l'impôt même si l'avantage appréciable en argent est versé par une société du groupe à l'étranger.
2    Il doit également retenir l'impôt à la source lorsque le contribuable est assujetti dans un autre canton.179
3    Il reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source. Pour les prestations en capital, la commission de perception s'élève à 1 % du montant total de l'impôt à la source, mais au plus à 50 francs par prestation en capital en ce qui concerne l'impôt à la source de la Confédération, des cantons et des communes.180
LHID et à l'art. 18
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
aLISP. Ces dispositions ont le même contenu que les dispositions correspondantes de la LIFD. Le débiteur de la prestation imposable se substitue au contribuable également pour les impôts cantonaux et communaux (arrêt 2C 713/2019 du 30 avril 2020 consid. 4.1). Toutefois, si les impôts retenus sont insuffisants, la différence peut être exigée du contribuable (cf. art. 38 al. 3 aLHID; art. 21 al. 2 aLISP; LOCHER, op. cit., no 1 ad art. 88
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 88 Collaboration du débiteur de la prestation imposable - 1 Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
1    Le débiteur de la prestation imposable a l'obligation:
a  de retenir l'impôt dû à l'échéance des prestations en espèces et de prélever auprès du travailleur l'impôt dû sur les autres prestations (notamment les prestations en nature et en pourboires);
b  de remettre au contribuable un relevé ou une attestation indiquant le montant de l'impôt retenu;
c  de verser périodiquement les impôts à l'autorité fiscale compétente, d'établir à son intention les relevés y relatifs et de lui permettre de consulter tous les documents utiles au contrôle de la perception de l'impôt.
2    Il doit également retenir l'impôt à la source lorsque le travailleur est domicilié ou en séjour dans un autre canton.176
3    Le débiteur de la prestation imposable est responsable du paiement de l'impôt à la source.
4    Le débiteur de la prestation imposable reçoit une commission de perception fixée par l'autorité fiscale compétente et comprise entre 1 % et 2 % du montant total de l'impôt à la source.177
LIFD; voir, depuis le 1er janvier 2021, l'art. 49 al. 5
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 49 Perception de l'impôt à la source - 1 Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent donner, sur demande, tous renseignements sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source.
1    Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent donner, sur demande, tous renseignements sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source.
2    Le contribuable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement:
a  s'il conteste l'impôt à la source indiqué sur l'attestation mentionnée à l'art. 37, ou
b  si l'employeur ne lui a pas remis l'attestation mentionnée à l'art. 37.191
2bis    Le débiteur de la prestation imposable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement.192
2ter    Il est tenu d'opérer la retenue jusqu'à l'entrée en force de la décision.193
3    Lorsque le débiteur des prestations imposables a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
4    Si le débiteur a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
5    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.194
LHID).
La procédure en paiement complémentaire est prévue aux art. 49 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 49 Perception de l'impôt à la source - 1 Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent donner, sur demande, tous renseignements sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source.
1    Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent donner, sur demande, tous renseignements sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source.
2    Le contribuable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement:
a  s'il conteste l'impôt à la source indiqué sur l'attestation mentionnée à l'art. 37, ou
b  si l'employeur ne lui a pas remis l'attestation mentionnée à l'art. 37.191
2bis    Le débiteur de la prestation imposable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement.192
2ter    Il est tenu d'opérer la retenue jusqu'à l'entrée en force de la décision.193
3    Lorsque le débiteur des prestations imposables a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
4    Si le débiteur a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
5    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.194
LHID et 21 al. 1 aLISP. Ces dispositions ont la même teneur que l'art. 138 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 138 Paiement complémentaire et restitution d'impôt - 1 Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
1    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
2    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
3    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.237
LIFD. En ce qui concerne le rappel d'impôt, l'art. 53 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
, 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
ère phrase, LHID et l'art. 59 al. 1 LPFisc (applicable par le renvoi de l'art. 27A aLISP) correspondent à l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD (arrêt 2C 3/2019 du 4 juillet 2019 consid. 9). La prescription est en outre régie de la même manière que dans la LIFD (art. 53 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
et 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID; art. 61 al. 1 et 3 LPFisc).

7.2. Il découle de ce qui précède que les règles pertinentes en l'espèce sont similaires pour l'IFD et les ICC. Partant, les considérations développées à propos de l'IFD peuvent être transposées pour les ICC.
Les bordereaux adressés à la recourante par l'autorité fiscale portaient aussi sur les ICC. La procédure relève donc également du rappel d'impôt pour les ICC et la prescription n'est acquise pour aucune des périodes fiscales considérées.

V. Grief formel

8.
La qualification de la procédure en tant que procédure en rappel d'impôt étant confirmée, il convient de traiter le grief de la recourante tiré d'un déni de justice (art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.; cf. supra consid. 5.3). La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir refusé d'examiner si les conditions d'un rappel d'impôt étaient réunies.

8.1. Aux termes de l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Il y a déni de justice formel lorsqu'une autorité n'applique pas ou applique d'une façon incorrecte une règle de procédure, de sorte qu'elle ferme l'accès à la justice au particulier qui, normalement, y aurait droit. L'autorité qui se refuse à statuer, ou ne le fait que partiellement, viole l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. (ATF 144 II 184 consid. 3.1; 141 I 172 consid. 5; arrêt 2C 601/2010 du 21 décembre 2010 consid. 2). Le Tribunal fédéral contrôle librement le point de savoir s'il y a déni de justice formel. Par contre, il n'examine que sous l'angle de l'arbitraire l'interprétation et l'application des dispositions de droit cantonal topiques (ATF 144 II 184 consid. 3.1; 135 I 6 consid. 2.1).

8.2. Dans son arrêt, la Cour de justice a traité la question de la qualification de la procédure en tant que procédure en paiement complémentaire ou procédure en rappel d'impôt sous l'angle de la prescription. Dans ce contexte, elle a confirmé, à juste titre, l'applicabilité de la procédure en rappel d'impôt en l'espèce.
La Cour de justice a cependant refusé d'examiner si les conditions du rappel d'impôt étaient réalisées. A ce sujet, elle a considéré que la question des conditions d'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt outrepassait l'objet du litige, car la recourante n'avait pas contesté l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, ni dans le cadre de ses réclamations devant l'Administration cantonale, ni dans son recours au Tribunal administratif de première instance. Pour ce motif, selon la Cour de justice, c'était à juste titre que le Tribunal administratif de première instance n'avait pas procédé à l'examen de ces conditions et elle-même n'avait pas à les contrôler.

8.3. Dans un arrêt 2C 803/2019 du 26 février 2020, le Tribunal fédéral, après avoir relevé que la Commission de recours n'avait pas examiné si les conditions du rappel d'impôt étaient réunies et constaté que la contribuable n'avait pas non plus soulevé cette question, s'en est saisi d'office, en notant qu'il s'agissait de l'application du droit fédéral (consid. 4.3). Comme il n'y avait pas de motif de rappel d'impôt, il a annulé la décision (consid. 5).

8.4. En l'occurrence, le litige porte sur des rappels d'impôt et des amendes pour soustraction d'impôt en matière d'impôt à la source, que la recourante conteste dans leur intégralité depuis le début de la procédure. La recourante n'a donc pas élargi l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation en contestant la réalisation des conditions du rappel d'impôt dans le cadre de son recours à la Cour de justice. Elle a seulement soulevé un nouvel argument juridique.
Ayant confirmé l'applicabilité de la procédure en rappel d'impôt, la Cour de justice, qui doit appliquer le droit d'office (art. 110
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 110 Jugement par une autorité judiciaire - Si, en vertu de la présente loi, les cantons sont tenus d'instituer un tribunal comme autorité cantonale de dernière instance, ils font en sorte que ce tribunal ou une autre autorité judiciaire, statuant en instance précédente, examine librement les faits et applique d'office le droit déterminant.
LTF), devait contrôler si les conditions du rappel d'impôt étaient réunies, tant s'agissant de l'IFD (cf. art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD), que des ICC (art. 53 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID), avant de vérifier le bien-fondé des reprises d'impôt. Le fait que la recourante n'ait pas immédiatement contesté les conditions du rappel d'impôt n'est pas pertinent.
En refusant d'examiner si les conditions du rappel d'impôt étaient réunies au motif que cela outrepassait l'objet du litige et que le Tribunal administratif de première instance ne s'était à juste titre pas prononcé, la Cour de justice a commis un déni de justice et a méconnu en outre l'art. 110
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 110 Jugement par une autorité judiciaire - Si, en vertu de la présente loi, les cantons sont tenus d'instituer un tribunal comme autorité cantonale de dernière instance, ils font en sorte que ce tribunal ou une autre autorité judiciaire, statuant en instance précédente, examine librement les faits et applique d'office le droit déterminant.
LTF. Le fait qu'elle ait traité certains aspects de la procédure du rappel d'impôt sous l'angle de la question de la prescription ne modifie pas cette conclusion, dès lors que les juges ont admis le rappel d'impôt, mais sans avoir vérifié les conditions objectives du rappel d'impôt (exposées supra consid. 6.3).

8.5. Sur le vu de ce qui précède, le grief tiré d'un déni de justice formel doit être admis, ce qui conduit à l'admission du recours en ce qui concerne les rappels d'impôt, tant en matière d'IFD que d'ICC, et à l'annulation de l'arrêt entrepris s'agissant de ces rappels (cf. ATF 144 II 384 consid. 3.3).
Si le Tribunal fédéral peut se prononcer sur la question juridique des conditions du rappel d'impôt (cf. supra consid. 8.3), il n'est en revanche pas habilité à établir les faits et doit se fonder sur ceux contenus dans la décision attaquée (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). En l'occurrence, l'arrêt entrepris ne contient pas les faits pertinents en lien avec les conditions objectives du rappel d'impôt. Il ne ressort en tout cas pas de manière claire de ces faits que les conditions du rappel d'impôt ne seraient pas réunies en l'espèce, comme c'était le cas dans l'arrêt 2C 803/2019 précité.
Dans ces conditions, le Tribunal fédéral ne saurait statuer comme autorité de première instance. Il convient partant de renvoyer la cause à l'autorité précédente, pour qu'elle procède à l'établissement des faits, puis se prononce sur les conditions du rappel d'impôt et rende une nouvelle décision.
Ces considérations scellent le sort du recours s'agissant des rappels d'impôt, sans qu'il y ait lieu d'examiner les autres griefs de la recourante.

VI. Soustraction fiscale
a. IFD

9.
La recourante conteste les amendes pour soustraction fiscale qui lui ont été infligées. Elle fait valoir qu'on ne peut lui imputer une quelconque intention ou négligence.

9.1. Selon l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
deuxième phrase LIFD, celui qui, tenu de percevoir un impôt à la source, ne le retient pas ou ne retient qu'un montant insuffisant, que ce soit intentionnellement ou par négligence, est puni d'une amende.
L'infraction peut être commise par une personne morale, qui est alors elle-même punissable d'une amende (art. 181
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 181 - 1 Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
1    Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
2    Lorsqu'une personne morale a incité, prêté assistance ou participé, dans l'exercice de son activité, à la soustraction commise par un tiers, l'art. 177 lui est applicable par analogie.
3    La poursuite pénale des organes ou des représentants de la personne morale en vertu de l'art. 177 est réservée.
4    Les al. 1 à 3 s'appliquent par analogie aux corporations et établissements de droit étranger et aux communautés de personnes étrangères sans personnalité juridique.
LIFD; ATF 135 II 86 consid. 4.1).
Selon l'art. 175 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD, en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.

9.2. La soustraction lors de la perception de l'impôt à la source consiste, selon le texte de la disposition, à ne pas retenir du tout ou à ne pas retenir un montant suffisant d'impôt à la source que l'on est tenu de percevoir (élément objectif), intentionnellement ou par négligence (élément subjectif) (SÉVERINE L'EPLATTENIER, Contraventions, délits et crimes fiscaux, thèse 2019, p. 95; SANSONETTI/HOSTETTLER, in Noël/Aubry Girardin [éd.], op. cit., no 21 ad art. 175
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD; SIEBER/MALLA, in Zweifel/Beusch [éd.], op. cit., no 14 ad art. 175
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD). Seul le débiteur de la prestation imposable peut être auteur de cette infraction (L'EPLATTENIER, op. cit., p. 95 s.; DIANE MONTI, Les contraventions fiscales en droit fiscal harmonisé, thèse 2002, p. 58).

9.3. En l'occurrence, la recourante ne conteste plus qu'elle n'a pas retenu, à tort, l'impôt à la source sur les "encaissés sur place". En revanche, la recourante conteste, dans le cadre de la procédure de rappel d'impôt, l'annualisation des revenus des médecins qu'elle emploie pour la détermination du taux d'imposition. Le point de savoir si la recourante a retenu un montant d'impôt à la source insuffisant en lien avec ces revenus, entraînant une perte fiscale, suppose donc de connaître quelle méthode de calcul devait être appliquée, ce qui doit être déterminé en l'espèce dans le cadre de la procédure en rappel d'impôt. Il faut donc connaître l'issue de cette procédure pour pouvoir statuer sur l'existence d'une soustraction fiscale.
Il s'ensuit que l'admission du recours en lien avec les rappels d'impôt scelle également le sort du recours en lien avec la soustraction fiscale. Le recours est donc aussi admis et l'arrêt attaqué annulé sur ce point, sans qu'il ne soit nécessaire d'examiner plus avant les griefs de la recourante. Il appartiendra à la Cour de justice de statuer à nouveau sur la soustraction fiscale et les amendes infligées en matière d'IFD, en fonction de la confirmation des rappels d'impôt.
b. ICC

10.
L'art. 56 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 56 Soustraction d'impôt - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1bis    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer les éléments de la fortune et du revenu soustraits;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.200
1ter    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 1bis sont remplies.201
2    Celui qui aura tenté de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende correspondant aux deux tiers de celle qui lui aurait été infligée en cas d'infraction consommée.
3    Celui qui aura incité à une soustraction d'impôt, y aura prêté son assistance, l'aura commise intentionnellement en qualité de représentant du contribuable ou y aura participé sera puni d'une amende fixée indépendamment de la peine encourue par le contribuable. L'amende se montera à 10 000 francs au plus; dans les cas graves et en cas de récidive, elle sera de 50 000 francs au plus. En outre, l'autorité fiscale pourra exiger de lui le paiement solidaire de l'impôt soustrait.
3bis    Lorsqu'une personne visée à l'al. 3 se dénonce spontanément et pour la première fois et que les conditions prévues à l'al. 1bis, let. a et b, sont remplies, il est renoncé à la poursuite pénale et la responsabilité solidaire est supprimée.202
4    Celui qui aura dissimulé ou distrait des biens successoraux dont il était tenu d'annoncer l'existence dans la procédure d'inventaire, dans le dessein de les soustraire à l'inventaire,
5    Lorsque une personne au sens de l'al. 4 se dénonce spontanément et pour la première fois, il est renoncé à la poursuite pénale pour dissimulation ou distraction de biens successoraux dans la procédure d'inventaire et pour les autres infractions commises dans le cadre de la procédure d'inventaire (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'ait connaissance de l'infraction;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour corriger l'inventaire.204
LHID et l'art. 26a LISP (cf. aussi l'actuel art. 69 LPFisc) sanctionnent la soustraction fiscale commise par le débiteur de la prestation imposable dans les mêmes termes que la LIFD. Partant, les considérations valant pour l'IFD peuvent être reprises pour les ICC.

VII. Conclusion, frais et dépens

11.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, tant en matière d'IFD que d'ICC. L'arrêt de la Cour de justice du 26 novembre 2019 est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle procède dans le sens des considérants.
Succombant, le canton de Genève, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il sera en outre condamné à verser à la recourante des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est admis en tant qu'il porte sur l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2008 à 2013. L'arrêt de la Cour de justice du 26 novembre 2019 est annulé. La cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle procède dans le sens des considérants.

2.
Le recours est admis en tant qu'il porte sur les impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 2008 à 2013. L'arrêt de la Cour de justice du 26 novembre 2019 est annulé. La cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle procède dans le sens des considérants.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la République et canton de Genève.

4.
La République et canton de Genève versera à la recourante une indemnité de 20'000 fr. à titre de dépens.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 27 avril 2021

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

La Greffière : Kleber