Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-1476/2006
A-1492/2006
{T 0/2}

Arrêt du 26 avril 2007

Composition :
Pascal Mollard (président du collège), Thomas Stadelmann (président de chambre), Daniel Riedo, juges, Chantal Degottex, greffière.

X._______ SA,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions (AFC), Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité intimée,

concernant
TVA (OTVA: 1er trimestre 1999 - 4ème trimestre 2000 / LTVA: 1er trimestre 2001 - 4ème trimestre 2003); déduction de l'impôt préalable; frais de représentation; conditions formelles et matérielles; bonne foi.

Faits :
A. X._______ SA (ci-après: la société) est notamment active dans la production et le commerce de photographies et films par prise de vue aérienne. Cette société anonyme est immatriculée au registre des contribuables de l'Administration fédérale des contributions (AFC) depuis le 1er janvier 1995. Dès cette date, elle fait partie du groupe d'imposition formé par Y.______ SC (radiée au 30 juin 2001), Z._______ SA (radiée au 31 décembre 2003) et W._______ SA, qui a qualité d'assujetti au sens de l'art. 17 al. 3
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 17 Costituzione dei gruppi - (art. 13 LIVA)
1    I membri del gruppo d'imposizione possono essere determinati liberamente fra coloro che hanno diritto di essere inclusi nell'imposizione di gruppo.
2    È ammessa la costituzione di più sottogruppi.
de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures).
B. A l'occasion d'un contrôle sur place effectué par l'AFC les 13, 14 et 17 mai 2004 auprès de la société, l'autorité fiscale constata des inexactitudes dans l'imposition de son chiffre d'affaires. Par conséquent, l'AFC lui adressa, d'une part, le décompte complémentaire (DC) du 17 mai 2004, portant sur un montant de Fr. 65'528.--, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2002, au titre de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000 et, d'autre part, le DC du 17 mai 2004, portant sur un montant de Fr. 64'380.--, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2002, au titre de la TVA pour les périodes fiscales du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2003.
C. Par lettres des 25 mai et 8 juin 2004, la société contesta les reprises d'impôt quant à l'annulation du droit à la déduction de l'impôt préalable grevant les frais professionnels de représentation (hébergement, nourriture, boissons, carburants, réparation et entretien de véhicules d'entreprise, etc.) et l'impôt de livraison pour l'utilisation privée de véhicules d'entreprise. Considérant qu'aucun élément permettant de modifier les DC n'avait été amené, l'AFC confirma sa position par deux décisions formelles datées du 22 septembre 2004.
D. Par acte du 12 octobre 2004, la société forma réclamation contre les deux décisions précitées. Elle conclut à la réformation des décisions susmentionnées en ce sens qu'elle ne doive que Fr. 4'493.75 pour la période allant du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000 et que Fr. 5'532.50 pour la période allant du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2003. Par courrier du 14 décembre 2004, la société compléta sa réclamation en produisant des quittances de frais d'essence supportés en 1999 par l'un de ses employés, A._______.
E. Par décisions du 11 juillet 2005, l'AFC admit partiellement la réclamation sous l'angle de l'OTVA et la rejeta sous l'angle de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20), réclamant un montant d'impôt de Fr. 65'221.-- sous l'angle de l'OTVA et de Fr. 64'380.-- sous l'angle de la LTVA, plus intérêt moratoire dès le 30 avril 2002. Elle considéra que les montants d'impôt préalable grevant les frais d'essence et attestés par les tickets de caisse produits par-devant elle étaient déductibles et opéra dès lors une rectification de la reprise d'impôt en faisant parvenir à la société l'avis de crédit du 11 juillet 2005 portant sur un montant de Fr. 307.--.
F. En date du 9 août 2005, la société (ci-après: la recourante) a interjeté recours auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours). Elle conclut à l'annulation des DC précités, à la non perception de frais de procédure et aux constatations suivantes. Elle estime qu'elle a amené des faits pertinents alors que l'AFC se base sur des constatations incomplètes et inexactes, que l'AFC n'a pas fourni les informations demandées, qu'elle a rempli correctement les «auto-taxations» et que la TVA a été appliquée en tant qu'impôt multistade en matière de frais de déplacement remboursés aux collaborateurs. La recourante explique à ce sujet qu'il incombait à ceux-ci de justifier leur frais à l'aide de leur déclaration fiscale personnelle.
G. Dans le délai imparti, l'AFC a conclu au rejet du recours, sous suite de frais. L'autorité intimée réitère les conclusions prises dans ses décisions sur réclamation du 11 juillet 2005. Elle considère que les documents justificatifs au sens des art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
et 29 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 29 Sussidi e altri contributi di diritto pubblico - (art. 18 cpv. 2 lett. a LIVA)
a  gli aiuti finanziari ai sensi dell'articolo 3 capoverso 1 della legge del 5 ottobre 199026 sui sussidi (LSu);
b  le indennità ai sensi dell'articolo 3 capoverso 2 lettera a LSu, in quanto non sia dato un rapporto di prestazione;
c  i contributi per la ricerca, in quanto la collettività pubblica non abbia il diritto esclusivo sui risultati della ricerca;
d  i flussi di mezzi finanziari paragonabili a quelli di cui alle lettere a-c versati in virtù del diritto cantonale e comunale.
let. a OTVA, respectivement 37 al. 1 et 38 al. 1 let. a LTVA, font défaut pour permettre la déduction de l'impôt préalable sur les frais professionnels de représentation. L'AFC considère que le devoir d'information de l'administration fiscale est confronté au principe d'auto-taxation de l'assujetti et qu'elle n'a ainsi pas un devoir d'instruction mais de contrôle. Quant au formulaire 1310, respectivement 1550, l'autorité fiscale rappelle que seules les factures présentes au dossier et qui sont viciées par l'absence d'un ou de plusieurs éléments non essentiels peuvent être corrigées à l'aide de ce formulaire, ce qui n'est pas le cas en l'occurrence puisqu'aucune facture ni autre pièce n'a été apportée par la recourante.
H. En date du 6 septembre 2006, la Commission de recours a ordonné un nouvel échange d'écritures, en se référant aux travaux législatifs en cours et compte tenu du nouvel art. 15a de l'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (OLTVA, RS 641.201) en relation avec la nouvelle pratique du 30 juin 2006, notamment son paragraphe 4. Par détermination du 22 septembre 2006, l'AFC a communiqué qu'elle maintient les considérants de ses décisions sur réclamation et réitère les conclusions formulées dans le cadre de ses réponses. Selon elle, l'art. 15a OLTVA ne trouve pas application, car les documents justificatifs font totalement défaut dès lors qu'aucune facture ou autre pièce n'a été produite par la recourante concernant les montants d'impôt préalable réclamés. Par courrier du 3 octobre 2006, la recourante a persisté dans ses conclusions en considérant en outre que le nouvel art. 15a OLTVA est applicable à sa situation.
I. Le 6 février 2007, tenant compte de la communication du 31 octobre 2006 concernant la pratique précitée du 30 juin 2006, le Tribunal administratif fédéral a imparti un nouveau délai à l'AFC, afin qu'elle puisse se déterminer à ce sujet, laquelle a répondu en date du 8 février 2007 en communiquant simplement qu'elle avait déjà répondu dans son courrier du 22 septembre 2006. Dans ce cadre, un délai au 28 février 2007 a également été imparti à la recourante, laquelle s'est prononcée le 14 février 2007 en soutenant que l'art. 15a OLTVA est applicable à sa cause.
J. Par lettre du 5 avril 2007, le Tribunal administratif fédéral a communiqué aux parties, et ce conformément à l'art. 53 al. 2
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 53 Disposizioni transitorie - 1 La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
1    La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
2    Il Tribunale amministrativo federale giudica, in quanto sia competente, i ricorsi pendenti presso le commissioni federali di ricorso o d'arbitrato o presso i servizi dei ricorsi dei dipartimenti al momento dell'entrata in vigore della presente legge. Il giudizio si svolge secondo il nuovo diritto processuale.
de la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), qu'il a, dès le 1er janvier 2007, repris l'affaire en cause et que c'est la Ière Cour qui est dès lors compétente pour traiter le recours qui fait l'objet de la présente décision.
Les autres faits seront repris, pour autant que de besoin, dans les considérants de la présente décision.

Le Tribunal administratif fédéral considère :
1.
1.1. Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de l'ancienne Constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 en vigueur jusqu'au 31 décembre 1999 (aCst.) et à l'art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 196 - 1. Disposizione transitoria dell'art. 84 (Transito alpino)
1    La facoltà di riscuotere l'imposta sul valore aggiunto decade alla fine del 2035.151
2    Per garantire il finanziamento dell'assicurazione invalidità, il Consiglio federale aumenta le aliquote dell'imposta sul valore aggiunto, dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2017, come segue:
a  per gli autocarri e i veicoli articolati:
2bis    Il Consiglio federale può utilizzare i mezzi di cui al capoverso 2 fino al 31 dicembre 2018 per finanziare l'infrastruttura ferroviaria e, in seguito, per rimunerare e rimborsare gli anticipi al fondo di cui all'articolo 87a capoverso 2. I mezzi sono calcolati conformemente all'articolo 86 capoverso 2 lettera e.141
2ter    L'aliquota di cui all'articolo 86 capoverso 2 lettera f si applica due anni dopo l'entrata in vigore di tale disposizione. Prima di tale data ammonta al 5 per cento.142
3    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 2 è devoluto integralmente al fondo di compensazione dell'assicurazione invalidità.152
4    Per garantire il finanziamento dell'infrastruttura ferroviaria, dal 1° gennaio 2018 il Consiglio federale aumenta di 0,1 punti percentuali le aliquote secondo l'articolo 25 della legge del 12 giugno 2009153 sull'IVA; in caso di proroga del termine di cui al capoverso 1, l'aumento si applica al più tardi sino al 31 dicembre 2030.154
5    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 4 è devoluto integralmente al fondo di cui all'articolo 87a.155
6    Il Consiglio federale disciplina l'esecuzione. Per speciali categorie di veicoli può stabilire le aliquote nel senso del capoverso 2, esentare dalla tassa determinati veicoli e emanare normative speciali segnatamente per i trasporti nella zona di confine. I veicoli immatricolati all'estero non vanno però privilegiati rispetto a quelli svizzeri. Il Consiglio federale può prevedere multe in caso di contravvenzione. I Cantoni riscuotono la tassa per i veicoli immatricolati in Svizzera.
7    In via legislativa si potrà rinunciare interamente o parzialmente alla tassa.
8    Il presente articolo ha effetto sino all'entrata in vigore della legge del 19 dicembre 1997138 concernente una tassa sul traffico pesante commisurata alle prestazioni.
de la nouvelle Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté l'OTVA. Le 2 septembre 1999, le parlement a accepté la LTVA. Cette dernière étant entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (Arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), il en résulte que l'OTVA a été abrogée à partir de cette même date. Toutefois, selon l'art. 93 al. 1
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 93 Garanzie - 1 L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
1    L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
a  l'esazione tempestiva sembra in pericolo;
b  il debitore prende disposizioni per abbandonare il suo domicilio, la sua sede sociale o il suo stabilimento d'impresa in Svizzera o per farsi cancellare dal registro svizzero di commercio;
c  il debitore è in mora con il loro pagamento;
d  il contribuente assume in tutto o in parte un'impresa in fallimento.
e  il contribuente presenta rendiconti in cui figurano importi manifestamente troppo bassi.
2    Se il contribuente rinuncia all'esenzione dall'assoggettamento (art. 11) o opta per l'imposizione di prestazioni escluse dall'imposta (art. 22), l'AFC può esigere che presti garanzie conformemente al capoverso 7.
3    La richiesta di garanzie deve indicare la causa giuridica delle stesse, l'importo da garantire e l'ufficio incaricato di riceverle; essa vale come decreto di sequestro ai sensi dell'articolo 274 LEF182. Contro la richiesta di garanzie non è ammesso reclamo.
4    La richiesta di garanzie è impugnabile con ricorso al Tribunale amministrativo federale.
5    Il ricorso contro la richiesta di garanzie non ha effetto sospensivo.
6    La notificazione della decisione concernente il credito fiscale vale come inizio dell'azione ai sensi dell'articolo 279 LEF. Il termine per promuovere l'esecuzione decorre dal momento in cui la decisione relativa al credito fiscale è passata in giudicato.
7    Le garanzie devono essere prestate sotto forma di depositi in contanti, fideiussioni solidali solvibili, garanzie bancarie, cartelle ipotecarie o ipoteche, polizze di assicurazione sulla vita con valore di riscatto, obbligazioni in franchi svizzeri, quotate in borsa, di debitori svizzeri o obbligazioni di cassa emesse da banche svizzere.
LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables, sous réserve de l'art. 94
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 94 Altri provvedimenti di garanzia - 1 Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
1    Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
a  compensata con debiti di periodi precedenti;
b  accreditata per compensare debiti di periodi successivi, se il contribuente è in ritardo con i pagamenti o per altri motivi il credito fiscale appare verosimilmente messo in pericolo; l'importo accreditato frutta interesse, allo stesso tasso di quello rimuneratorio, a contare dal 61° giorno dopo la ricezione del rendiconto da parte dell'AFC e sino al momento della compensazione; oppure
c  compensata con garanzie richieste dall'AFC.
2    Se il contribuente non ha né domicilio né sede sociale in Svizzera, l'AFC può inoltre esigere la prestazione di garanzie secondo l'articolo 93 capoverso 7 per i debiti probabili.
3    In caso di ripetuto pagamento tardivo, l'AFC può obbligare il debitore a effettuare pagamenti anticipati mensili o bimensili.
LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur validité.
En l'espèce, l'art. 94
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 94 Altri provvedimenti di garanzia - 1 Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
1    Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
a  compensata con debiti di periodi precedenti;
b  accreditata per compensare debiti di periodi successivi, se il contribuente è in ritardo con i pagamenti o per altri motivi il credito fiscale appare verosimilmente messo in pericolo; l'importo accreditato frutta interesse, allo stesso tasso di quello rimuneratorio, a contare dal 61° giorno dopo la ricezione del rendiconto da parte dell'AFC e sino al momento della compensazione; oppure
c  compensata con garanzie richieste dall'AFC.
2    Se il contribuente non ha né domicilio né sede sociale in Svizzera, l'AFC può inoltre esigere la prestazione di garanzie secondo l'articolo 93 capoverso 7 per i debiti probabili.
3    In caso di ripetuto pagamento tardivo, l'AFC può obbligare il debitore a effettuare pagamenti anticipati mensili o bimensili.
LTVA n'entre pas en considération en ce qui concerne les périodes fiscales du 1er trimestre 1999 au 4ème trimestre 2000, si bien que l'OTVA demeure applicable aux faits de la présente cause qui se sont déroulés avant le 1er janvier 2001. Il s'impose toutefois, au regard de cette même disposition, de faire application des règles ressortant de la LTVA s'agissant des périodes fiscales du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2003 également litigieuses.
1.2. Jusqu'au 31 décembre 2006, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC pouvaient faire l'objet d'un recours auprès de la Commission de recours dans les trente jours qui suivaient leur notification (art. 53
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 53 Preparazione sul posto e servizio presso il cliente - (art. 25 cpv. 3 LIVA)
1    Sono considerati preparazione segnatamente il fatto di cuocere, riscaldare, frullare, preparare o mescolare derrate alimentari60. Non è considerato preparazione il semplice mantenimento della temperatura di derrate alimentari pronte per il consumo.
2    Per servizio s'intende segnatamente il fatto di servire i prodotti commestibili nei piatti, preparare buffet freddi e caldi, versare le bevande nei bicchieri, apparecchiare e sparecchiare i tavoli, servire gli ospiti, nonché la direzione e la sorveglianza del personale di servizio, la gestione e il rifornimento dei buffet a libero servizio.
OTVA, respectivement 65 LTVA, dans leur teneur jusqu'au 31 décembre 2006).
Depuis le 1er janvier 2007 et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni - 1 Il ricorso è inammissibile contro:
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
LTAF, celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 31 Principio - Il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 196819 sulla procedura amministrativa (PA).
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorità inferiori - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Consiglio federale e degli organi dell'Assemblea federale in materia di rapporti di lavoro del personale federale, compreso il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente;
b  del Consiglio federale concernenti:
b1  la destituzione di un membro del Consiglio della banca o della direzione generale o di un loro supplente secondo la legge del 3 ottobre 200325 sulla Banca nazionale,
b10  la revoca di un membro del consiglio d'amministrazione del Servizio svizzero di assegnazione delle tracce o l'approvazione della risoluzione del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio d'amministrazione secondo la legge federale del 20 dicembre 195743 sulle ferrovie;
b2  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 22 giugno 200726 sulla vigilanza dei mercati finanziari,
b3  il blocco di valori patrimoniali secondo la legge del 18 dicembre 201528 sui valori patrimoniali di provenienza illecita,
b4  il divieto di determinate attività secondo la LAIn30,
b4bis  il divieto di organizzazioni secondo la LAIn,
b5  la revoca di un membro del Consiglio d'istituto dell'Istituto federale di metrologia secondo la legge federale del 17 giugno 201133 sull'Istituto federale di metrologia,
b6  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di sorveglianza dei revisori o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 16 dicembre 200535 sui revisori,
b7  la revoca di un membro del Consiglio dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici secondo la legge del 15 dicembre 200037 sugli agenti terapeutici,
b8  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'istituto secondo la legge del 16 giugno 201739 sui fondi di compensazione,
b9  la revoca di un membro del consiglio d'Istituto dell'Istituto svizzero di diritto comparato secondo la legge federale del 28 settembre 201841 sull'Istituto svizzero di diritto comparato,
c  del Tribunale penale federale in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cbis  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cquater  del procuratore generale della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei procuratori pubblici federali da lui nominati e del personale del Ministero pubblico della Confederazione;
cquinquies  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro del personale della sua segreteria;
cter  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei membri del Ministero pubblico della Confederazione eletti dall'Assemblea federale plenaria;
d  della Cancelleria federale, dei dipartimenti e dei servizi dell'Amministrazione federale loro subordinati o aggregati amministrativamente;
e  degli stabilimenti e delle aziende della Confederazione;
f  delle commissioni federali;
g  dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione, dai suoi stabilimenti o dalle sue aziende;
h  delle autorità o organizzazioni indipendenti dall'Amministrazione federale che decidono nell'adempimento di compiti di diritto pubblico loro affidati dalla Confederazione;
i  delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
et 34
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 34
LTAF.
Dès lors, conformément à l'art. 53 al. 2
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 53 Disposizioni transitorie - 1 La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
1    La procedura di ricorso contro le decisioni pronunciate prima dell'entrata in vigore della presente legge e contro le quali era ammissibile, secondo il diritto previgente, il ricorso al Tribunale federale o al Consiglio federale, è retta dal diritto previgente.
2    Il Tribunale amministrativo federale giudica, in quanto sia competente, i ricorsi pendenti presso le commissioni federali di ricorso o d'arbitrato o presso i servizi dei ricorsi dei dipartimenti al momento dell'entrata in vigore della presente legge. Il giudizio si svolge secondo il nuovo diritto processuale.
LTAF, les recours pendants devant les Commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou devant les services des recours des départements au 1er janvier 2007 sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où il est compétent. Les recours sont jugés sur la base du nouveau droit de procédure. Selon les art. 37
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 37 Principio - La procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale è retta dalla PA56, in quanto la presente legge non disponga altrimenti.
LTAF et 2 al. 4 PA, la procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement.
En l'espèce, les deux décisions sur réclamation de l'autorité fiscale ont été rendues le 11 juillet 2005 et ont été notifiées au plus tôt le lendemain à la recourante. Le recours a été adressé à la Commission de recours le 9 août 2005. Compte tenu des féries prévues par l'art. 22a let. b
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 22a - 1 I termini stabiliti dalla legge o dall'autorità in giorni non decorrono:
1    I termini stabiliti dalla legge o dall'autorità in giorni non decorrono:
a  dal settimo giorno precedente la Pasqua al settimo giorno successivo alla Pasqua incluso;
b  dal 15 luglio al 15 agosto incluso;
c  dal 18 dicembre al 2 gennaio incluso.
2    Il capoverso 1 non si applica nei procedimenti concernenti:
a  l'effetto sospensivo e altre misure provvisionali;
b  gli appalti pubblici.60
PA, selon lequel les délais fixés en jours ne courent pas du 15 juillet au 15 août inclusivement, le recours est intervenu dans le délai légal prescrit par l'art. 50
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 50 - 1 Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
1    Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
2    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
PA. Un examen préliminaire du recours révèle en outre qu'il remplit les exigences posées aux art. 51
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 51
et 52
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 52 - 1 L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
1    L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
2    Se il ricorso non soddisfa a questi requisiti o se le conclusioni o i motivi del ricorrente non sono sufficientemente chiari, e il ricorso non sembra manifestamente inammissibile, l'autorità di ricorso assegna al ricorrente un breve termine suppletorio per rimediarvi.
3    Essa gli assegna questo termine con la comminatoria che, decorrendo infruttuoso, deciderà secondo l'inserto o, qualora manchino le conclusioni, i motivi oppure la firma, non entrerà nel merito del ricorso.
PA. D'un point de vue formel, il convient donc d'entrer en matière.
1.3. D'après l'art. 24
SR 273 Legge del 4 dicembre 1947 di procedura civile federale
PC Art. 24 - 1 L'attore che intende esercitare più azioni contro lo stesso convenuto può farle valere in un'unica petizione, se il Tribunale federale è competente per giudicare ogni singola pretesa. Questa condizione non è richiesta per pretese accessorie.
1    L'attore che intende esercitare più azioni contro lo stesso convenuto può farle valere in un'unica petizione, se il Tribunale federale è competente per giudicare ogni singola pretesa. Questa condizione non è richiesta per pretese accessorie.
2    Più persone possono agire o essere convenute con la stessa petizione:
a  se esiste tra loro una comunione giuridica in relazione con l'oggetto litigioso o se i loro diritti o le loro obbligazioni derivano da una stessa causa materiale e giuridica. Il giudice può chiamare in causa un terzo che faccia parte della comunione giuridica. Il chiamato in causa diventa parte in lite;
b  se pretese di eguale natura, che si fondano su di una causa materiale e giuridica essenzialmente dello stesso genere, formano l'oggetto di una lite, semprechè la competenza del Tribunale federale esista per ognuna di esse.
3    Quando lo reputa necessario, il giudice può ordinare d'ufficio, in ogni stadio della procedura, la disgiunzione delle cause.
de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 4 - Le disposizioni del diritto federale che regolano più compiutamente un procedimento sono applicabili in quanto non siano contrarie alle presente legge.
PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (André Moser, in Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1998, ch. 3.12), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (arrêt du Tribunal fédéral 2A.186/1998 et 2A.187/1998 du 29 juin 1999 consid. 1). Enfin, si deux décisions indépendantes sont attaquées par un seul recours, il se justifie également de traiter le litige en une seule décision, dans le sens d'une jonction au sens impropre (André Moser, op. cit., ch. 3.12). En l'espèce, deux décisions indépendantes ont été rendues par l'AFC en date du 11 juillet 2005. Un seul recours, dirigé expressément contre ces deux prononcés, a été intenté en date du 9 août 2005 par la recourante elle-même auprès de la Commission de recours. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, l'une réglant la question de la déduction de l'impôt préalable des frais professionnels de représentation sous l'angle de l'OTVA et la seconde sous l'angle de la LTVA, ne modifie en rien ce qui précède. Conformément à ce qui a été rappelé ci-dessus, le procédé utilisé est licite et, dès lors que les deux décisions de l'AFC présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, il convient donc de rendre une seule et même décision en la matière, sans qu'il ne se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 45 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 45 - 1 È ammissibile il ricorso contro le decisioni incidentali notificate separatamente e concernenti la competenza o domande di ricusazione.
1    È ammissibile il ricorso contro le decisioni incidentali notificate separatamente e concernenti la competenza o domande di ricusazione.
2    Tali decisioni non possono più essere impugnate ulteriormente.
PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable.

2.
2.1. Selon la maxime inquisitoriale, le Tribunal administratif fédéral constate l'état de fait pertinent et procède d'office s'il y a lieu à l'administration des preuves (cf. les art. 12 ss
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 12 - L'autorità accerta d'ufficio i fatti e si serve, se necessario, dei seguenti mezzi di prova:
a  documenti;
b  informazioni delle parti;
c  informazioni o testimonianze di terzi;
d  sopralluoghi;
e  perizie.
et 29
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 29 - La parte ha il diritto d'essere sentita.
ss PA, sous réserve des exceptions en matière fiscale ressortant de l'art. 2
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 2 - 1 Gli articoli 12 a 19 e 30 a 33 non si applicano alla procedura in materia fiscale.
1    Gli articoli 12 a 19 e 30 a 33 non si applicano alla procedura in materia fiscale.
2    Gli articoli 4 a 6, 10, 34, 35, 37 e 38 si applicano alla procedura delle prove negli esami professionali, negli esami di maestro e negli altri esami di capacità.
3    In caso di espropriazione, la procedura è retta dalla presente legge, in quanto la legge federale del 20 giugno 193012 sull'espropriazione non vi deroghi.13
4    La procedura davanti al Tribunale amministrativo federale è retta dalla presente legge, in quanto la legge del 17 giugno 200514 sul Tribunale amministrativo federale non vi deroghi.15
PA). Toutefois, ce principe est tempéré par l'obligation générale faite aux parties de collaborer à l'établissement de l'état de fait. Selon la jurisprudence, l'on peut attendre de l'assujetti qu'il invoque les faits à son avantage et également qu'il fournisse les preuves correspondantes, si des doutes quant à leur exactitude devaient surgir (Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 62 p. 424 consid. 2b ; décisions de la Commission de recours CRC 2000-043 du 7 février 2001 consid. 2 et CRC 1998-001 du 16 avril 1999 consid. 4a/bb). D'ailleurs, selon l'art. 47 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA, respectivement selon l'art. 58 al. 1
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 58 Eccezioni all'obbligo di pagare interessi moratori - Non viene riscosso un interesse moratorio se:
a  il debito fiscale è stato garantito mediante depositi in contanti;
b  i beni immessi in libera pratica (art. 48 LD122) sono dapprima stati tassati provvisoriamente (art. 39 LD) e, al momento dell'accettazione della dichiarazione doganale, l'importatore era registrato come contribuente sul territorio svizzero;
c  i beni tassati con obbligo di pagamento condizionato (art. 49, 51 cpv. 2 lett. b, 58 e 59 LD) previa conclusione del regime doganale:
cbis  in caso di beni tassati con obbligo di pagamento condizionato, al momento dell'accettazione della dichiarazione doganale l'importatore era registrato come contribuente sul territorio svizzero;
c1  sono riesportati, o
c2  sono assegnati a un altro regime doganale (art. 47 LD);
d  ...
e  i beni devono essere dichiarati periodicamente nella procedura d'imposizione doganale (art. 42 cpv. 1 lett. c LD) o sono tassati successivamente in base a una procedura d'imposizione doganale semplificata (art. 42 cpv. 2 LD) e l'importatore al momento dell'importazione era registrato come contribuente sul territorio svizzero.
LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa), doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (en relation avec le ch. 882 des Instructions à l'usage des assujettis TVA de 1997 [ci-après : Instructions 1997], respectivement la brochure TVA Organisation comptable, p. 11 ; voir également ch. 893 des Instructions 2001 sur la TVA [ci-après : Instructions 2001] ; voir à ce sujet les décisions de la Commission de recours du 15 mars 1999, dans la Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 63.94 consid. 4a et du 25 septembre 1998, dans TVA/MWST/VAT-Journal 1998 p. 168 ss consid. 6a/aa).
2.2. Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8
SR 210 Codice civile svizzero del 10 dicembre 1907
CC Art. 8 - Ove la legge non disponga altrimenti, chi vuol dedurre il suo diritto da una circostanza di fatto da lui asserita, deve fornirne la prova.
du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur (décision non publiée de la Commission de recours CRC 2000-043 du 7 février 2001 consid. 2b). Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Berne 2002, p. 263 ; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991, n° 2021, p. 419).
3. En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 37
OTVA, respectivement 46 LTVA ; cf. Ernst Blumenstein / Peter Locher, System des Steuerrechts, 6e édition, Zurich 2002, p. 421 ss). Cela veut dire que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte. En d'autres mots, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. Alois Camenzind/Niklaus Honauer, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée (TVA), destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit établir lui-même la créance fiscale le concernant ; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 [Commentaire DFF], p. 38). La Commission de recours estime qu'il faut qualifier de grave un manquement de l'assujetti au principe de l'auto-taxation, car l'inobservation de cette règle fondamentale met en péril la perception régulière de la TVA et déstabilise également le système fiscal en tant que tel (cf. les décisions de la Commission de recours en matière de contributions CRC 2003-184 du 27 mars 2006 consid. 2c, du 14 juillet 2003 publiée in JAAC 68.23 consid. 2a, du 18 septembre 1998 in JAAC 63.80 consid. 2a, du 25 août 1998 in JAAC 63.27 consid. 3a).
4.
4.1. D'une manière générale, la déduction de l'impôt préalable selon les art. 29 ss
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 29 Sussidi e altri contributi di diritto pubblico - (art. 18 cpv. 2 lett. a LIVA)
a  gli aiuti finanziari ai sensi dell'articolo 3 capoverso 1 della legge del 5 ottobre 199026 sui sussidi (LSu);
b  le indennità ai sensi dell'articolo 3 capoverso 2 lettera a LSu, in quanto non sia dato un rapporto di prestazione;
c  i contributi per la ricerca, in quanto la collettività pubblica non abbia il diritto esclusivo sui risultati della ricerca;
d  i flussi di mezzi finanziari paragonabili a quelli di cui alle lettere a-c versati in virtù del diritto cantonale e comunale.
OTVA, respectivement 38 ss LTVA, constitue un élément essentiel de la TVA suisse, conçue comme un système d'impôt net à tous les stades. Elle repose directement sur l'art. 8 al. 2 let. h disp. trans. aCst. et permet à l'entrepreneur de n'imposer que la « valeur ajoutée » effective. En pratique, la déduction de l'impôt préalable s'opère de la manière suivante : l'assujetti - lorsque des conditions données (en particulier formelles) sont réunies - peut déduire de l'impôt sur le chiffre d'affaires aval l'impôt qui lui est transféré par ses fournisseurs et ses mandataires. Pour faire valoir une déduction de l'impôt préalable, il est en principe requis que l'on utilise la livraison ou la prestation de services reçue aux fins prévues par l'art. 29 al. 2 let. a
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 29 Sussidi e altri contributi di diritto pubblico - (art. 18 cpv. 2 lett. a LIVA)
a  gli aiuti finanziari ai sensi dell'articolo 3 capoverso 1 della legge del 5 ottobre 199026 sui sussidi (LSu);
b  le indennità ai sensi dell'articolo 3 capoverso 2 lettera a LSu, in quanto non sia dato un rapporto di prestazione;
c  i contributi per la ricerca, in quanto la collettività pubblica non abbia il diritto esclusivo sui risultati della ricerca;
d  i flussi di mezzi finanziari paragonabili a quelli di cui alle lettere a-c versati in virtù del diritto cantonale e comunale.
-d OTVA, respectivement 38 al. 2 let. a à d LTVA (cf. aussi l'art. 8 al. 2 let. h
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 8 Uguaglianza giuridica - 1 Tutti sono uguali davanti alla legge.
1    Tutti sono uguali davanti alla legge.
2    Nessuno può essere discriminato, in particolare a causa dell'origine, della razza, del sesso, dell'età, della lingua, della posizione sociale, del modo di vita, delle convinzioni religiose, filosofiche o politiche, e di menomazioni fisiche, mentali o psichiche.
3    Uomo e donna hanno uguali diritti. La legge ne assicura l'uguaglianza, di diritto e di fatto, in particolare per quanto concerne la famiglia, l'istruzione e il lavoro. Uomo e donna hanno diritto a un salario uguale per un lavoro di uguale valore.
4    La legge prevede provvedimenti per eliminare svantaggi esistenti nei confronti dei disabili.
disp. trans. aCst. [art. 196 ch. 14
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 196 - 1. Disposizione transitoria dell'art. 84 (Transito alpino)
1    La facoltà di riscuotere l'imposta sul valore aggiunto decade alla fine del 2035.151
2    Per garantire il finanziamento dell'assicurazione invalidità, il Consiglio federale aumenta le aliquote dell'imposta sul valore aggiunto, dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2017, come segue:
a  per gli autocarri e i veicoli articolati:
2bis    Il Consiglio federale può utilizzare i mezzi di cui al capoverso 2 fino al 31 dicembre 2018 per finanziare l'infrastruttura ferroviaria e, in seguito, per rimunerare e rimborsare gli anticipi al fondo di cui all'articolo 87a capoverso 2. I mezzi sono calcolati conformemente all'articolo 86 capoverso 2 lettera e.141
2ter    L'aliquota di cui all'articolo 86 capoverso 2 lettera f si applica due anni dopo l'entrata in vigore di tale disposizione. Prima di tale data ammonta al 5 per cento.142
3    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 2 è devoluto integralmente al fondo di compensazione dell'assicurazione invalidità.152
4    Per garantire il finanziamento dell'infrastruttura ferroviaria, dal 1° gennaio 2018 il Consiglio federale aumenta di 0,1 punti percentuali le aliquote secondo l'articolo 25 della legge del 12 giugno 2009153 sull'IVA; in caso di proroga del termine di cui al capoverso 1, l'aumento si applica al più tardi sino al 31 dicembre 2030.154
5    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 4 è devoluto integralmente al fondo di cui all'articolo 87a.155
6    Il Consiglio federale disciplina l'esecuzione. Per speciali categorie di veicoli può stabilire le aliquote nel senso del capoverso 2, esentare dalla tassa determinati veicoli e emanare normative speciali segnatamente per i trasporti nella zona di confine. I veicoli immatricolati all'estero non vanno però privilegiati rispetto a quelli svizzeri. Il Consiglio federale può prevedere multe in caso di contravvenzione. I Cantoni riscuotono la tassa per i veicoli immatricolati in Svizzera.
7    In via legislativa si potrà rinunciare interamente o parzialmente alla tassa.
8    Il presente articolo ha effetto sino all'entrata in vigore della legge del 19 dicembre 1997138 concernente una tassa sul traffico pesante commisurata alle prestazioni.
Cst. dans sa teneur avant le 1er janvier 2007] ; Stephan Kuhn / Peter Spinnler, Mehrwertsteuer, Muri/Berne 1994, p. 100). En énumérant les opérations qui ouvrent ainsi le droit à la déduction de l'impôt préalable, l'OTVA de même que la LTVA font dépendre le droit à la déduction de l'utilisation effective des prestations en amont pour la réalisation en aval de chiffres d'affaires imposables (voir Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 134 ; voir aussi consid. 4.3 ci-dessous).
4.2.
4.2.1. S'agissant des conditions formelles, on rappellera que le droit à la déduction de l'impôt préalable exige, en particulier du point de vue de l'administration, des pièces justificatives qui permettent un contrôle rapide, simple et efficace de l'auto-taxation et qui excluent les abus. Concrétisant l'art. 8 al. 2 let. h
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 8 Uguaglianza giuridica - 1 Tutti sono uguali davanti alla legge.
1    Tutti sono uguali davanti alla legge.
2    Nessuno può essere discriminato, in particolare a causa dell'origine, della razza, del sesso, dell'età, della lingua, della posizione sociale, del modo di vita, delle convinzioni religiose, filosofiche o politiche, e di menomazioni fisiche, mentali o psichiche.
3    Uomo e donna hanno uguali diritti. La legge ne assicura l'uguaglianza, di diritto e di fatto, in particolare per quanto concerne la famiglia, l'istruzione e il lavoro. Uomo e donna hanno diritto a un salario uguale per un lavoro di uguale valore.
4    La legge prevede provvedimenti per eliminare svantaggi esistenti nei confronti dei disabili.
disp. trans. aCst. (art. 196 ch. 14
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 196 - 1. Disposizione transitoria dell'art. 84 (Transito alpino)
1    La facoltà di riscuotere l'imposta sul valore aggiunto decade alla fine del 2035.151
2    Per garantire il finanziamento dell'assicurazione invalidità, il Consiglio federale aumenta le aliquote dell'imposta sul valore aggiunto, dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2017, come segue:
a  per gli autocarri e i veicoli articolati:
2bis    Il Consiglio federale può utilizzare i mezzi di cui al capoverso 2 fino al 31 dicembre 2018 per finanziare l'infrastruttura ferroviaria e, in seguito, per rimunerare e rimborsare gli anticipi al fondo di cui all'articolo 87a capoverso 2. I mezzi sono calcolati conformemente all'articolo 86 capoverso 2 lettera e.141
2ter    L'aliquota di cui all'articolo 86 capoverso 2 lettera f si applica due anni dopo l'entrata in vigore di tale disposizione. Prima di tale data ammonta al 5 per cento.142
3    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 2 è devoluto integralmente al fondo di compensazione dell'assicurazione invalidità.152
4    Per garantire il finanziamento dell'infrastruttura ferroviaria, dal 1° gennaio 2018 il Consiglio federale aumenta di 0,1 punti percentuali le aliquote secondo l'articolo 25 della legge del 12 giugno 2009153 sull'IVA; in caso di proroga del termine di cui al capoverso 1, l'aumento si applica al più tardi sino al 31 dicembre 2030.154
5    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 4 è devoluto integralmente al fondo di cui all'articolo 87a.155
6    Il Consiglio federale disciplina l'esecuzione. Per speciali categorie di veicoli può stabilire le aliquote nel senso del capoverso 2, esentare dalla tassa determinati veicoli e emanare normative speciali segnatamente per i trasporti nella zona di confine. I veicoli immatricolati all'estero non vanno però privilegiati rispetto a quelli svizzeri. Il Consiglio federale può prevedere multe in caso di contravvenzione. I Cantoni riscuotono la tassa per i veicoli immatricolati in Svizzera.
7    In via legislativa si potrà rinunciare interamente o parzialmente alla tassa.
8    Il presente articolo ha effetto sino all'entrata in vigore della legge del 19 dicembre 1997138 concernente una tassa sul traffico pesante commisurata alle prestazioni.
Cst. dans sa teneur avant le 1er janvier 2007), l'art. 29 al. 1 let. a
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 29 Sussidi e altri contributi di diritto pubblico - (art. 18 cpv. 2 lett. a LIVA)
a  gli aiuti finanziari ai sensi dell'articolo 3 capoverso 1 della legge del 5 ottobre 199026 sui sussidi (LSu);
b  le indennità ai sensi dell'articolo 3 capoverso 2 lettera a LSu, in quanto non sia dato un rapporto di prestazione;
c  i contributi per la ricerca, in quanto la collettività pubblica non abbia il diritto esclusivo sui risultati della ricerca;
d  i flussi di mezzi finanziari paragonabili a quelli di cui alle lettere a-c versati in virtù del diritto cantonale e comunale.
OTVA, respectivement 38 al. 1 let. a LTVA, prévoit que n'est en droit de déduire l'impôt préalable que celui qui peut confirmer par des justificatifs selon l'art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
OTVA, respectivement 37 LTVA, les montants qu'il a fait valoir. Pour être autorisé à déduire de son impôt sur le chiffre d'affaires aval l'impôt qui lui a été facturé par un autre assujetti, un assujetti doit donc pouvoir fournir des justificatifs qui contiennent le nom, l'adresse et le numéro d'immatriculation du fournisseur (art. 28 al. 1 let. a
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
OTVA ; art. 37 al. 1 let. a
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 37 - 1 Il contribuente che realizza una cifra d'affari annua proveniente da prestazioni imponibili pari o inferiore a 5 024 000 franchi e che deve pagare nel medesimo periodo imposte pari o inferiori a 108 000 franchi, calcolate in base all'aliquota saldo determinante nei suoi confronti, può allestire il rendiconto secondo il metodo delle aliquote saldo.85
1    Il contribuente che realizza una cifra d'affari annua proveniente da prestazioni imponibili pari o inferiore a 5 024 000 franchi e che deve pagare nel medesimo periodo imposte pari o inferiori a 108 000 franchi, calcolate in base all'aliquota saldo determinante nei suoi confronti, può allestire il rendiconto secondo il metodo delle aliquote saldo.85
2    In caso di applicazione del metodo delle aliquote saldo, il credito fiscale è stabilito moltiplicando il totale di tutte le controprestazioni imponibili realizzate in un periodo di rendiconto, comprese le imposte, per l'aliquota saldo autorizzata dall'AFC.
3    Le aliquote saldo tengono conto della quota dell'imposta precedente usuale per il settore. Sono fissate dall'AFC previa consultazione delle associazioni dei settori interessati.86
4    Il contribuente che intende allestire il suo rendiconto applicando il metodo delle aliquote saldo deve farne richiesta all'AFC e applicare tale metodo durante almeno un periodo fiscale. Se sceglie il metodo di rendiconto effettivo, il contribuente può passare al metodo delle aliquote saldo soltanto dopo tre anni. La modifica del metodo di rendiconto può essere effettuata soltanto all'inizio di un periodo fiscale.
5    Le collettività pubbliche e le istituzioni affini, segnatamente le cliniche e le scuole private o le imprese di trasporto concessionarie nonché le associazioni e le fondazioni, possono applicare il metodo delle aliquote forfetarie.87 Il Consiglio federale disciplina i dettagli.
LTVA), le nom et l'adresse du destinataire (let. b) ainsi que la date ou la période de la livraison ou de la prestation de services (let. c). En outre, ces justificatifs doivent contenir une description du genre, de l'objet et de l'importance de la livraison ou de la prestation de services (let. d), ainsi que de la contre-prestation à payer à cet effet (let. e) et du montant de l'impôt dû, respectivement du taux d'imposition, dans le cas où la contre-prestation englobe l'impôt (let. f).
Les exigences précises s'appliquant aux pièces justificatives qui donnent droit à la déduction de l'impôt préalable sont adéquates et rentrent sans autre dans le cadre de la compétence octroyée au Conseil fédéral par l'art. 8 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 8 Uguaglianza giuridica - 1 Tutti sono uguali davanti alla legge.
1    Tutti sono uguali davanti alla legge.
2    Nessuno può essere discriminato, in particolare a causa dell'origine, della razza, del sesso, dell'età, della lingua, della posizione sociale, del modo di vita, delle convinzioni religiose, filosofiche o politiche, e di menomazioni fisiche, mentali o psichiche.
3    Uomo e donna hanno uguali diritti. La legge ne assicura l'uguaglianza, di diritto e di fatto, in particolare per quanto concerne la famiglia, l'istruzione e il lavoro. Uomo e donna hanno diritto a un salario uguale per un lavoro di uguale valore.
4    La legge prevede provvedimenti per eliminare svantaggi esistenti nei confronti dei disabili.
disp. trans. aCst. (art. 196 ch. 14
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 196 - 1. Disposizione transitoria dell'art. 84 (Transito alpino)
1    La facoltà di riscuotere l'imposta sul valore aggiunto decade alla fine del 2035.151
2    Per garantire il finanziamento dell'assicurazione invalidità, il Consiglio federale aumenta le aliquote dell'imposta sul valore aggiunto, dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2017, come segue:
a  per gli autocarri e i veicoli articolati:
2bis    Il Consiglio federale può utilizzare i mezzi di cui al capoverso 2 fino al 31 dicembre 2018 per finanziare l'infrastruttura ferroviaria e, in seguito, per rimunerare e rimborsare gli anticipi al fondo di cui all'articolo 87a capoverso 2. I mezzi sono calcolati conformemente all'articolo 86 capoverso 2 lettera e.141
2ter    L'aliquota di cui all'articolo 86 capoverso 2 lettera f si applica due anni dopo l'entrata in vigore di tale disposizione. Prima di tale data ammonta al 5 per cento.142
3    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 2 è devoluto integralmente al fondo di compensazione dell'assicurazione invalidità.152
4    Per garantire il finanziamento dell'infrastruttura ferroviaria, dal 1° gennaio 2018 il Consiglio federale aumenta di 0,1 punti percentuali le aliquote secondo l'articolo 25 della legge del 12 giugno 2009153 sull'IVA; in caso di proroga del termine di cui al capoverso 1, l'aumento si applica al più tardi sino al 31 dicembre 2030.154
5    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 4 è devoluto integralmente al fondo di cui all'articolo 87a.155
6    Il Consiglio federale disciplina l'esecuzione. Per speciali categorie di veicoli può stabilire le aliquote nel senso del capoverso 2, esentare dalla tassa determinati veicoli e emanare normative speciali segnatamente per i trasporti nella zona di confine. I veicoli immatricolati all'estero non vanno però privilegiati rispetto a quelli svizzeri. Il Consiglio federale può prevedere multe in caso di contravvenzione. I Cantoni riscuotono la tassa per i veicoli immatricolati in Svizzera.
7    In via legislativa si potrà rinunciare interamente o parzialmente alla tassa.
8    Il presente articolo ha effetto sino all'entrata in vigore della legge del 19 dicembre 1997138 concernente una tassa sul traffico pesante commisurata alle prestazioni.
Cst. dans sa teneur avant le 1er janvier 2007) l'habilitant à fixer des dispositions d'exécution (pour de plus amples développements, voir JAAC 67.23 consid. 5b, 65.84 consid. 4b). En particulier, elles ne violent pas les principes fondamentaux et supérieurs de la TVA, tels que le principe du transfert de l'impôt, le principe de la généralité de l'impôt, le principe de la neutralité de l'impôt, le principe de l'imposition unique ou le principe du pays de destination (cf. à ce propos également TVA-Journal 4/98, p. 168, consid. 6a/aa et la décision de la Commission de recours CRC 1996-050 du 22 octobre 1997 consid. 2c).
4.2.2. En cas de facturation formellement insuffisante, l'AFC a émis en pratique des formulaires officiels (formulaires 1310 [voir aussi 1550, à disposition sur le site Internet de l'AFC]) appelés « Attestation du fournisseur de la prestation au bénéficiaire de la prestation, afin de faire valoir la déduction ultérieure de l'impôt préalable, malgré une facturation formellement insuffisante » que les assujettis peuvent après coup faire remplir au fournisseur de la prestation en vue d'obtenir tout de même la déduction de l'impôt préalable. Selon les explications données par l'AFC, l'autorité fiscale s'est laissée guider par le principe de la neutralité fiscale en instaurant cette pratique. Considérant qu'un des principes fondamentaux sur lesquels repose l'ensemble de l'édifice de la TVA est celui de la déduction de l'impôt préalable permettant à l'assujetti d'acquitter l'impôt sur sa seule prestation et évitant au consommateur final de supporter une taxe occulte, l'AFC a estimé qu'il pouvait apparaître comme excessif, au regard dudit principe, de sanctionner l'omission de mentionner certains éléments non essentiels sur la facture par le refus de toute déduction de la charge préalable. Par conséquent, l'autorité fiscale permet à l'assujetti d'établir ultérieurement la réalité de l'existence du droit à déduction au moyen d'attestations conçues à cet effet et examine ensuite la possibilité d'une éventuelle mise en compte de l'impôt préalable. Tant que les attestations n'ont pas été vérifiées et admises par l'AFC, le recourant ne peut prétendre à la déduction de l'impôt préalable.
En principe, jusqu'ici, l'AFC n'a autorisé la production ultérieure d'attestations que si les défaillances formelles de la facture concernent des éléments non essentiels. Tel est le cas si font défaut le numéro d'immatriculation du prestataire, la date ou la période de livraison ou de la prestation de services, le genre, l'objet et l'importance de la livraison ou de la prestation de services, le taux de l'impôt ou le montant d'impôt en francs suisses pour les factures établies en monnaie étrangère. En revanche, les noms et adresses du prestataire et du destinataire, ainsi que la contre-prestation et le montant de l'impôt dû constituent des éléments essentiels auxquels il n'est pas question de suppléer par la présentation après coup d'attestations (décision de la Commission de recours CRC 2001-049 du 14 juin 2002 consid. 2, partiellement confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.399/2002 du 31 mars 2003). Il s'agit ainsi d'éviter les abus, par exemple qu'un tiers non destinataire de la prestation requière la déduction d'une charge préalable sur la base d'une facture qui ne lui était pas adressée ou qu'un assujetti prétende à la déduction d'un impôt dont le montant n'est pas déterminé. Enfin, il convient de relever que les attestations doivent contenir l'ensemble des éléments retenus à l'art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
OTVA, respectivement 37 al. 1 LTVA, qu'elles doivent être signées et que leur présentation est subordonnée au respect d'un certain délai, dont l'inobservation entraîne l'exclusion du droit à déduction de l'impôt préalable. Le bien-fondé de la tolérance concrétisée par l'existence de la formule 1310 a été consacrée par la jurisprudence de la Commission de recours (décisions de la Commission de recours CRC 2000-135 du 25 mars 2002 consid. 4d, publiée dans la JAAC 66.97, p. 1150 ss, et CRC 2003-135 du 14 mars 2006 consid. 3b, publiée dans la JAAC 70.79, p. 1290 ss ; voir également ATF 131 II 185 consid. 3.3 et les arrêts du Tribunal fédéral 2A.399/2002 et 2A.406/2002 du 31 mars 2003 consid. 4.2.2 respectivement 4.3).
4.2.3. Entre-temps, les art. 15a OLTVA et 45a OLTVA ont été adoptés par le Conseil fédéral, dispositions qui atténuent encore davantage, s'agissant des factures donnant le droit à déduction, le formalisme des art. 28
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
OTVA et 37 LTVA (RO 2006 2353). En effet, aux termes de l'art. 15a OLTVA, l'AFC accepte également les factures et les documents remplaçant les factures au sens de l'art. 37 al. 1
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 37 - 1 Il contribuente che realizza una cifra d'affari annua proveniente da prestazioni imponibili pari o inferiore a 5 024 000 franchi e che deve pagare nel medesimo periodo imposte pari o inferiori a 108 000 franchi, calcolate in base all'aliquota saldo determinante nei suoi confronti, può allestire il rendiconto secondo il metodo delle aliquote saldo.85
1    Il contribuente che realizza una cifra d'affari annua proveniente da prestazioni imponibili pari o inferiore a 5 024 000 franchi e che deve pagare nel medesimo periodo imposte pari o inferiori a 108 000 franchi, calcolate in base all'aliquota saldo determinante nei suoi confronti, può allestire il rendiconto secondo il metodo delle aliquote saldo.85
2    In caso di applicazione del metodo delle aliquote saldo, il credito fiscale è stabilito moltiplicando il totale di tutte le controprestazioni imponibili realizzate in un periodo di rendiconto, comprese le imposte, per l'aliquota saldo autorizzata dall'AFC.
3    Le aliquote saldo tengono conto della quota dell'imposta precedente usuale per il settore. Sono fissate dall'AFC previa consultazione delle associazioni dei settori interessati.86
4    Il contribuente che intende allestire il suo rendiconto applicando il metodo delle aliquote saldo deve farne richiesta all'AFC e applicare tale metodo durante almeno un periodo fiscale. Se sceglie il metodo di rendiconto effettivo, il contribuente può passare al metodo delle aliquote saldo soltanto dopo tre anni. La modifica del metodo di rendiconto può essere effettuata soltanto all'inizio di un periodo fiscale.
5    Le collettività pubbliche e le istituzioni affini, segnatamente le cliniche e le scuole private o le imprese di trasporto concessionarie nonché le associazioni e le fondazioni, possono applicare il metodo delle aliquote forfetarie.87 Il Consiglio federale disciplina i dettagli.
et 3
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 37 - 1 Il contribuente che realizza una cifra d'affari annua proveniente da prestazioni imponibili pari o inferiore a 5 024 000 franchi e che deve pagare nel medesimo periodo imposte pari o inferiori a 108 000 franchi, calcolate in base all'aliquota saldo determinante nei suoi confronti, può allestire il rendiconto secondo il metodo delle aliquote saldo.85
1    Il contribuente che realizza una cifra d'affari annua proveniente da prestazioni imponibili pari o inferiore a 5 024 000 franchi e che deve pagare nel medesimo periodo imposte pari o inferiori a 108 000 franchi, calcolate in base all'aliquota saldo determinante nei suoi confronti, può allestire il rendiconto secondo il metodo delle aliquote saldo.85
2    In caso di applicazione del metodo delle aliquote saldo, il credito fiscale è stabilito moltiplicando il totale di tutte le controprestazioni imponibili realizzate in un periodo di rendiconto, comprese le imposte, per l'aliquota saldo autorizzata dall'AFC.
3    Le aliquote saldo tengono conto della quota dell'imposta precedente usuale per il settore. Sono fissate dall'AFC previa consultazione delle associazioni dei settori interessati.86
4    Il contribuente che intende allestire il suo rendiconto applicando il metodo delle aliquote saldo deve farne richiesta all'AFC e applicare tale metodo durante almeno un periodo fiscale. Se sceglie il metodo di rendiconto effettivo, il contribuente può passare al metodo delle aliquote saldo soltanto dopo tre anni. La modifica del metodo di rendiconto può essere effettuata soltanto all'inizio di un periodo fiscale.
5    Le collettività pubbliche e le istituzioni affini, segnatamente le cliniche e le scuole private o le imprese di trasporto concessionarie nonché le associazioni e le fondazioni, possono applicare il metodo delle aliquote forfetarie.87 Il Consiglio federale disciplina i dettagli.
LTVA (respectivement art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
et 3
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
OTVA) de la loi, qui ne remplissent pas entièrement les exigences concernant l'indication du nom et de l'adresse de l'assujetti et de l'acquéreur de la livraison ou de la prestation de services selon l'art. 37 al. 1 let. a
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 37
et b (respectivement art. 28 al. 1 let. a
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
et b OTVA) de la loi, à condition que les indications effectives permettent d'identifier formellement les personnes concernées. De même, et de manière plus générale, l'art. 45a OLTVA dispose qu'un vice de forme n'entraîne pas à lui seul une reprise d'impôt s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou la présente ordonnance sur l'établissement de justificatifs (RO 2006 2353).

Les art. 15a et 45a OLTVA constituent matériellement des dispositions tirées d'une ordonnance administrative avec effet externe (pour la notion, Häfelin/Müller/Uhlmann, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 5ème éd., Zurich 2006, ch. 129ss; Fritz Gygi, Verwaltungsrecht, Berne 1986, p. 103). Ils sont conçus de manière à instruire l'AFC dans sa manière d'interpréter et d'appliquer les normes de la LTVA. Adoptées par le Conseil fédéral et s'adressant à l'AFC, elles entraînent aussi, en tant que telles, des conséquences sur les relations entre l'administration et les contribuables (voir la Communication concernant la pratique du 27 octobre 2006, Traitement des vices de forme, Introduction, en ligne sur le site internet de l'AFC www.estv.admin.ch > Documentation > Publications > Taxe sur la valeur ajoutée > Communications concernant la pratique > publiées en 2006). Par là-même, le Conseil fédéral poursuit le but de garantir une pratique identique et d'assurer une égalité de traitement dans l'application de la LTVA, tout en favorisant un exercice uniforme du pouvoir d'appréciation de l'AFC. Par ailleurs, cette dernière n'applique pas ces dispositions uniquement pour l'avenir, mais également de manière rétroactive, pour toutes les contestations pendantes au 1er juillet 2006 (Communication concernant la pratique, op. cit., Introduction in fine). En agissant ainsi, l'administration s'efforce de traiter toutes les procédures en suspens dans le respect de l'égalité de traitement et assure la sécurité du droit recherchée par le Conseil fédéral dans ses instructions à l'adresse de l'AFC. Dans la mesure où celle-ci fait ainsi obstacle à un formalisme exagéré et recherche en définitive à réaliser le principe de la neutralité fiscale, le Tribunal de céans ne voit pas de raisons de remettre en cause la rétroactivité des prescriptions décidées par l'administration, en tant qu'elle concernent le domaine des vices de formes (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1365/2006 du 19 mars 2007 consid. 2.3).
4.3. En ce qui concerne les conditions matérielles du droit à déduction, la jurisprudence s'est déjà exprimée sur la nécessité et l'intensité du lien nécessaire entre les opérations en amont et les opérations en aval pour que soit accordé le droit à déduction. En conformité avec les dispositions légales applicables, elle a confirmé qu'en premier lieu, les opérations imposables en aval doivent être justifiées commercialement (arrêt du Tribunal fédéral 2A.272/2002 du 13 janvier 2003). D'autre part, elle a insisté sur le fait qu'il doit exister un lien économique suffisant, direct ou même indirect, entre lesdites opérations en amont et en aval (arrêts du Tribunal fédéral 2A.175/2002 du 23 décembre 2002 consid. 5.2 et 2A.174/2002 consid. 2). La nécessité de ce lien objectif et l'insuffisance de la seule intention de l'assujetti dérivent d'ailleurs des textes légaux et n'a été que confirmée par la jurisprudence. En ce sens, la solution suisse est donc plus sévère que celle qui prévaut en droit européen (arrêts du Tribunal fédéral 2A.348/2004 et 2A.350/2004 du 1er décembre 2004 consid. 3.3.2 [également 2A.351/2004 et 2A.349/2004 consid. 4.3.2] ; voir aussi les décisions de la Commission de recours CRC 2003-129, CRC 2003-131, CRC 2003-189 et CRC 2003-190 du 12 mai 2004 consid. 4b).
4.4. S'agissant des frais dit de « représentation », il n'est pas inutile de rappeler ici, brièvement, l'évolution de leur traitement fiscal sous l'angle de la TVA.
4.4.1. Dans un premier temps, lors de l'entrée en vigueur de l'OTVA, certains frais de représentation, nommément cités et même justifiés commercialement, ont fait, pour certains, l'objet d'une exclusion totale du droit à la déduction et, pour d'autres, d'une exclusion à 50%. De manière générale, il y avait exclusion totale pour les frais de divertissements et d'achats et d'entretiens de bateaux à voile et à moteur, d'avions de sport et de motocycles avec une cylindrée supérieure à 125 cm3 (Art. 30 al. 1 let. a
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 30 Trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni - (art. 18 cpv. 2 LIVA)
1    La trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni secondo l'articolo 18 capoverso 2 LIVA, segnatamente nell'ambito della cooperazione in materia di formazione e ricerca, non è imponibile.
2    La riduzione della deduzione dell'imposta precedente secondo l'articolo 33 capoverso 2 LIVA è operata presso l'ultimo destinatario del versamento.
et b OTVA ; Instructions 1994, ch. 817s.). Il y avait également exclusion du droit à la déduction, à raison de 50% des montants -justifiés commercialement-, d'hébergement, nourritures et boissons, de transports lors de voyages d'affaires, d'achat, de fabrication, de réparation et d'entretien de voitures de tourisme de même que pour l'acquisition de carburants, d'accessoires et de pièces de rechange (art. 30 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 30 Trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni - (art. 18 cpv. 2 LIVA)
1    La trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni secondo l'articolo 18 capoverso 2 LIVA, segnatamente nell'ambito della cooperazione in materia di formazione e ricerca, non è imponibile.
2    La riduzione della deduzione dell'imposta precedente secondo l'articolo 33 capoverso 2 LIVA è operata presso l'ultimo destinatario del versamento.
OTVA ; Instructions 1994, ch. 819ss). Dans un second temps, une modification des règles susdites eut lieu avec entrée en vigueur au 1er janvier 1996. A 100%, le refus du droit à déduction est resté le même que ci-dessus, mais la réduction limitée à 50% a été modifiée en faveur des assujettis. L'art. 30 al. 2 let. b
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OIVA Art. 30 Trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni - (art. 18 cpv. 2 LIVA)
1    La trasmissione di mezzi finanziari che non sono considerati controprestazioni secondo l'articolo 18 capoverso 2 LIVA, segnatamente nell'ambito della cooperazione in materia di formazione e ricerca, non è imponibile.
2    La riduzione della deduzione dell'imposta precedente secondo l'articolo 33 capoverso 2 LIVA è operata presso l'ultimo destinatario del versamento.
et c OTVA a été supprimé et la let. b n'a subsisté que pour les montants d'impôt sur des frais de nourriture et de boissons, l'hébergement étant soumis aux règles générales (cf. la décision de la Commission de recours du 16 juin 2004 publiée dans la JAAC 68.157 consid. 3c/bb).
4.4.2. Sous la LTVA, l'interdiction totale pour les frais de divertissement et d'achat de motocycles et de bateaux à voiles et d'avions de sport (dans le sens ci-dessus) a disparu. Ne restent que l'exclusion du droit à la déduction de l'impôt préalable à 50% des montants grevant les frais -justifiés commercialement- de nourriture et de boisson (Art. 38 al. 5
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 38 Procedura di notifica - 1 Se l'imposta calcolata sul prezzo di alienazione secondo l'aliquota legale supera 10 000 franchi o l'alienazione è effettuata a favore di una persona strettamente vincolata, il contribuente deve adempiere il suo obbligo di rendiconto e di pagamento dell'imposta mediante notifica:
1    Se l'imposta calcolata sul prezzo di alienazione secondo l'aliquota legale supera 10 000 franchi o l'alienazione è effettuata a favore di una persona strettamente vincolata, il contribuente deve adempiere il suo obbligo di rendiconto e di pagamento dell'imposta mediante notifica:
a  in caso di ristrutturazioni conformemente agli articoli 19 o 61 LIFD89;
b  in caso di altri trasferimenti di un patrimonio o di una parte di esso a un altro contribuente nell'ambito di una costituzione, di una liquidazione, di una ristrutturazione, di un'alienazione di un'attività commerciale o di un negozio giuridico disciplinato dalla legge del 3 ottobre 200391 sulla fusione.
2    Il Consiglio federale può stabilire in quali altri casi va applicata o può essere applicata la procedura di notifica.
3    Le notifiche devono essere effettuate nell'ambito del rendiconto regolare.
4    Applicando la procedura di notifica, l'acquirente riprende per i valori patrimoniali trasferiti la base di calcolo dell'alienante e il coefficiente applicabile alla deduzione dell'imposta precedente.
5    Se nei casi di cui al capoverso 1 la procedura di notifica non è stata applicata e il credito fiscale è coperto da garanzie, la procedura di notifica non può più essere disposta.
LTVA). En d'autres termes, hormis la particularité ci-dessus, les frais de représentation suivent le régime ordinaire et ne constituent plus en soi une catégorie de frais avec un régime spécial. Les frais y relatifs sont simplement entièrement déductibles s'ils sont en lien avec les opérations imposables et s'ils sont justifiés commercialement. La pratique administrative a interprété la notion juridique imprécise de « justifiés commercialement », citant désormais plusieurs exemples, pouvant d'ailleurs conduire à une exclusion complète de certains frais, à l'instar de ce qui était prévu par l'ancien droit.

5.
5.1. En l'espèce, il s'agit d'examiner si l'assujetti a le droit de déduire la TVA qui a frappé certaines dépenses effectuées par ses employés, à savoir des « frais professionnels de représentation » pour lesquelles ils ont été remboursé par la recourante, sous la forme de remboursements forfaitaires. Selon les conclusions mêmes de la recourante, il s'agit plus précisément de « frais de déplacement remboursés aux collaborateurs ». L'examen du dossier révèle qu'il n'est nul besoin de procéder à un examen approfondi de la nature des dépenses en cause, ni de faire une séparation entre la période OTVA et LTVA, car la cause peut trouver une issue claire sans qu'il soit nécessaire de s'attacher à ces distinctions. Ci-après (consid. 5.2), il sera d'abord examiné si les conditions formelles du droit à déduction de l'impôt préalable ont été remplies. Si cela s'avère nécessaire, il sera ensuite examiné si les conditions matérielles ont été respectées (ci-après, consid. 5.3). Enfin, certains arguments topiques de la recourante seront, le cas échéant, examinés (ci-après, consid. 5.4).
5.2.
5.2.1. Sur un plan formel, les montants forfaitaires versés par la recourante au personnel pour couvrir certains de leurs frais de représentation ne sont pas assimilables à des factures. Pour permettre une déduction de l'impôt préalable, il faut que la TVA figure sur un document justificatif (facture ou ticket de caisse). Il aurait ainsi fallu des factures établies par des tiers, voire des factures établies par les employés eux-mêmes, ou des factures de refacturation, mais celles-ci devaient être faites par des tiers assujettis. Il n'est en effet possible de déduire la TVA que si elle a été facturée par un tiers. En l'occurrence, il apparaît que la TVA n'a manifestement pas été facturée. Des éléments essentiels manquent pour que la déduction soit admise et il n'y a aucune raison d'appliquer la formule 1310, cette possibilité n'étant offerte que si les factures produites par l'assujetti sont viciées par l'absence d'un ou de plusieurs éléments non essentiels, ce qui n'est pas le cas ici. La violation de l'art. 28
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
OTVA, respectivement 37 LTVA, est certaine. Le recours s'avère donc déjà mal fondé et doit dès lors, en principe, être rejeté pour cette seule raison. En ce sens, c'est manifestement à tort que le recourant prétend qu'il suffit que le prestataire soit assujetti. En l'absence même de toute facturation ou d'autre pièce qui en tient lieu au sens de la jurisprudence, le droit à la déduction de l'impôt préalable, à savoir de la TVA en amont, apparaît exclu.
5.2.2. En outre, la recourante ne saurait tirer aucun droit des art. 15a et 45a OLTVA, récemment entrés en vigueur et appliqués rétroactivement par l'AFC (cf. ci-dessus, consid. 4.2.3). Ces deux normes sont certes envisageables lorsque l'on est en présence d'un simple vice de forme, mais elle ne protège aucunement le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation de conditions matérielles. En matière de droit à déduction de l'impôt préalable, la production de documents écrits -de "factures" au sens des art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
et 3
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
OTVA ou 37 al. 1 et 3 LTVA- est une condition matérielle du droit, seul le contenu desdits documents pouvant faire l'objet d'une appréciation moins rigoureuse sur la base des art. 15a et 45a OLTVA précités (voir à ce sujet l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1455/2006 du 25 avril 2007 consid. 5.4; voir également, pour la distinction, Jaques Pittet, TVA - Responsabilité du fournisseur pour l'émission de factures, face à l'incertitude, la prudence est de mise, in l'Expert-comptable [EC] 1-2/2007, p. 128 ch. 3.2; Per Prod'hom/David Python, Les modifications de l'ordonnance relative à la LTVA, la fin des reprises pour vice de forme? in EC 12/2006, p. 976 ch. 2; Philip Robinson/ Corinne Scagnet, Reform der MWST - Ein neuer Geist? Zur Praxismitteilung der ESTV vom 31. Oktober 2006 "Behandlung von Formmängeln", in EC 12/2006, p. 972 ch. 2). En l'espèce, les documents justificatifs requis pour faire valoir le droit à la déduction font totalement défaut, la recourante n'ayant produit aucune facture ni autre pièce qui en tient lieu. Sous l'angle du droit à déduction de l'impôt préalable, l'absence même de documents constitue un vice matériel qui ne peut être guéri ni par le biais de l'art. 15a OLTVA, ni par celui de l'art. 45a OLTVA. En conséquence, la récente communication concernant la pratique de l'AFC du 27 octobre 2006, relative au traitement des vices de forme ne s'applique pas non plus à la présente cause, même en ce qui concerne les nouveaux exemples agréés par l'AFC (cf. Communication, op. cit., p. 13, exemple 5). Le recours doit être rejeté.
5.3. Sur un plan matériel, et par abondance de motivation, la question est de savoir si des dépenses payées par les employés de la recourante doivent donner lieu à un droit à déduction. Il ne fait nul doute que les frais des collaborateurs font partie des frais de représentation de la recourante. Sur un plan matériel, il apparaît que le droit à déduction doit être largement ouvert, en tout cas si les deux conditions fondamentales sont remplies, à savoir la justification commerciales et le lien entre les opérations antérieures et postérieures. On peut se demander jusqu'où va la possibilité de déduire des frais de représentation sur un plan matériel, mais c'est bien la réalisation des conditions en chaque cas qui est déterminante, non pas la qualification des frais par la recourante. Mais il ne s'agit pas seulement d'une question de forme, mais bien de système. La TVA se déduit en suivant le système des stades, qui suppose un fournisseur assujetti et un acquéreur assujetti. A l'évidence, il faut au moins un acte matériel de facturation. On ne saurait admettre une solution consistant à déduire une TVA en amont en partant d'une somme forfaitaire rendue en remboursement aux employés, sous prétexte qu'il y a eu un remboursement au titre de frais soi-disant supportés par ce dernier. Encore une fois, un acte de facturation matériel apparaît essentiel entre un fournisseur et un destinataire. Il ne saurait être question de justifier des frais de voyage en partant de la déclaration fiscale personnelle, mention étant faite dans le certificat de salaire, pour aboutir à un taux de déduction de la TVA en amont afférente à de tels frais (recours du 9 août 2005, p. 3). Agir par le biais d'un simple remboursement dénote une méconnaissance du système de la TVA et du droit applicable dont la recourante doit manifestement supporter les conséquences, l'ignorance du droit n'étant pas protégé (ATF 124 V 220 consid. 2b aa, arrêt du Tribunal fédéral 2A.561/2002 du 11 juillet 2003, consid. 3.3. ; décision de la Commission de recours CRC 2004-168 et CRC 2004-169 du 14 juin 2005 consid. 4c in fine, confirmée par l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.478/2005 du 8 mai 2006). En conséquence, le recours doit être rejeté, même sous un bref examen matériel.
6. Enfin, dans la mesure où ils s'avèrent pertinents, les autres griefs de la recourante ne sont pourtant pas fondés.
6.1. La recourante prétend que l'AFC n'a jamais répondu à ses sollicitations. Il est vrai que ce genre de retard est problématique, mais il ne peut être jugé en l'état que sous l'angle de la protection de la bonne foi (arrêt du Tribunal fédéral 2A.1/2004 du 31 mars 2004 consid. 2.2.). Dès lors qu'un silence de l'administration ne constitue ni une promesse ni une assurance, l'une des conditions essentielles du principe de la bonne foi n'est pas réalisée. Par ailleurs, il est de jurisprudence constante qu'en cas de silence, il incombe à l'assujetti lui-même d'intenter un recours pour déni de justice ou engager une procédure pour retard injustifié. En clair, si la recourante estimait que l'autorité tardait à statuer, elle ne pouvait demeurer inactive, mais devait l'interpeller (arrêts du Tribunal fédéral 2A.280/2002 du 6 janvier 2003, publié in RDAF 2003 II 243 p. 254 consid. 5.2., et 2A.346/2003 et 2P.198/2003 du 12 décembre 2003). Dans ces conditions, la recourante ne peut tirer aucun profit du grief invoqué. Enfin, on rappellera que l'absence de réaction de la part de l'administration ne modifie pas le bien-fondé de la créance fiscale, ni ne peut conduire à la conclusion que l'administration y a renoncé (arrêt du Tribunal fédéral 2A.249/2003 du 14 mai 2004 consid. 4.2. ; décision de la Commission de recours CRC 2004-011 du 24 mars 2006; voir également sous le régime de l'IChA l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.32/1999 du 13 août 1999 consid. 3c/dd).
6.2. Ensuite, la recourante reproche à l'AFC son formalisme. Rappelons que le formalisme dont il est question fait l'objet d'une réglementation claire, assouplie par une pratique administrative et une jurisprudence sans équivoque, qui repose sur les éléments essentiels et les éléments non essentiels. Les éléments essentiels, à savoir les noms et adresses du prestataire et du destinataire, ainsi que la contre-prestation et le montant de l'impôt dû, ne peuvent être corrigés. Par ailleurs, comme on l'a vu, la recourante ne peut pas davantage se prévaloir des art. 15a et 45a OLTVA. A l'évidence, il n'y a donc pas place pour un tel grief, même pas pour celui du formalisme excessif (ATF 131 V 259 consid. 5.3. ; arrêt du Tribunal fédéral 2A.105/2005 du 6 juillet 2005 consid. 3.2.).
6.3. La recourante évoque également le fait que la reprise fiscale en cause est une condamnation ou une amende. Il apparaît opportun de rappeler ici que la décision sur la créance fiscale n'a aucun caractère pénal et qu'elle ne constitue pas une amende (décision de la Commission de recours du 12 février 2001, publiée dans la JAAC 65.109). Par ailleurs, il est de pratique constante que l'assujetti peut en principe, en cas de difficultés financières, requérir un plan de paiement (arrêt du Tribunal fédéral 2A.267/1998 du 26 février 1999 consid. 6 ; décision de la Commission de recours CRC 2003-170 et CRC 2003-171 du 25 mars 2004 consid. 4). La commission de recours n'est cependant pas compétente pour se saisir d'une telle problématique, de telles concessions échappant à tout contrôle judiciaire (arrêt du Tribunal fédéral 2A.344/2002 du 23 décembre 2002 consid. 3.5).
6.4. Enfin, les reproches qui ressortent d'autres conclusions du recours apparaissent mal fondés. Lorsque le dossier est en état d'être jugé et que l'autorité met un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction (sous le régime de l'IChA, cf. l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.285/1998 du 9 mars 1999 consid. 2), ce qui est manifestement le cas en l'occurrence, le grief de la constatation inexacte et incomplète des faits pertinents tombe. Par ailleurs, s'agissant du droit à la déduction de l'impôt préalable, il convient de rappeler qu'il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur (décision de la Commission de recours CRC 2000-043 du 7 février 2001 consid. 2b), le défaut de preuve allant au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non établi. Dès lors, il incombait à la recourante, et non à l'AFC, de présenter toutes les pièces utiles et les « informations » prouvant son droit à la déduction de l'impôt préalable.
7. Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours formé par la recourante. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 1ss
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 28 Distaccamento transfrontaliero di collaboratori di un gruppo - (art. 18 LIVA)
a  un datore di lavoro estero distacca un lavoratore in un'azienda appartenente al gruppo in territorio svizzero o un datore di lavoro svizzero distacca un lavoratore in un'azienda all'estero appartenente al gruppo;
b  il lavoratore esegue la prestazione lavorativa a favore dell'azienda che lo impiega, ma mantiene il contratto di lavoro con l'impresa che lo distacca; e
c  i salari, i contributi sociali e le spese connesse sono addossate, senza supplementi, dal datore di lavoro che distacca il lavoratore all'azienda che lo impiega.
du Règlement du 11 décembre 2006 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 3'500.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants (art. 63 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
PA).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1. La jonction des causes A-1476/2006 et A-1492/2006 est ordonnée.
2. Le recours du 9 août 2005 est rejeté et les décisions de l'AFC du 11 juillet 2005 sont confirmées.
3. Les frais de procédure, par Fr. 3'500.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais de Fr. 3'500.--.
4. Le présent arrêt est communiqué :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'autorité intimée (acte judiciaire)

Le Président de chambre: La greffière:

Thomas Stadelmann Chantal Degottex

indication des voies de droit
Les arrêts du Tribunal administratif fédéral peuvent être attaqués dans les 30 jours suivant leur notification au Tribunal fédéral à Lausanne. Le recours n'est pas recevable contre les décisions sur la remise de contributions ou l'octroi d'un sursis de paiement. Le mémoire de recours, rédigé dans une langue officielle, doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et être signé. Il doit être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral, soit à son attention, à la Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (cf. art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
, 48
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 48 Osservanza - 1 Gli atti scritti devono essere consegnati al Tribunale federale oppure, all'indirizzo di questo, alla posta svizzera o a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera al più tardi l'ultimo giorno del termine.
1    Gli atti scritti devono essere consegnati al Tribunale federale oppure, all'indirizzo di questo, alla posta svizzera o a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera al più tardi l'ultimo giorno del termine.
2    In caso di trasmissione per via elettronica, per il rispetto di un termine è determinante il momento in cui è rilasciata la ricevuta attestante che la parte ha eseguito tutte le operazioni necessarie per la trasmissione.19
3    Il termine è reputato osservato anche se l'atto scritto perviene in tempo utile all'autorità inferiore o a un'autorità federale o cantonale incompetente. In tal caso, l'atto deve essere trasmesso senza indugio al Tribunale federale.
4    Il termine per il versamento di anticipi o la prestazione di garanzie è osservato se, prima della sua scadenza, l'importo dovuto è versato alla posta svizzera, o addebitato a un conto postale o bancario in Svizzera, in favore del Tribunale federale.
, 54
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 54 - 1 Il procedimento si svolge in una delle lingue ufficiali (tedesco, francese, italiano, rumantsch grischun), di regola nella lingua della decisione impugnata. Se le parti utilizzano un'altra lingua ufficiale, il procedimento può svolgersi in tale lingua.
1    Il procedimento si svolge in una delle lingue ufficiali (tedesco, francese, italiano, rumantsch grischun), di regola nella lingua della decisione impugnata. Se le parti utilizzano un'altra lingua ufficiale, il procedimento può svolgersi in tale lingua.
2    Nei procedimenti promossi mediante azione è tenuto conto della lingua delle parti, sempreché si tratti di una lingua ufficiale.
3    Se una parte produce documenti non redatti in una lingua ufficiale, il Tribunale federale può, previo assenso delle altre parti, rinunciare a esigerne la traduzione.
4    Per il rimanente, il Tribunale federale ordina una traduzione se necessario.
, 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
let. m et art. 100
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]).

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