Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C_111/2012

Arrêt du 25 juillet 2012
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Zünd, Président,
Karlen et Aubry Girardin.
Greffière: Mme Beti.

Participants à la procédure
1. A.________,
2. B.________,
tous les deux représentés par Dominique Christin et Mathieu Simona, avocats,
recourants,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise,
intimée.

Objet
Impôt à la source 2002 - 2004,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, du 6 décembre 2011.

Faits:

A.
A.a A.________ et son épouse B.________ sont tous deux ressortissants suisses. Ils ont deux filles, nées en 1984 et 1995.
Depuis 1996, A.________ est cadre supérieur auprès de C.________ SA, à D.________. B.________ travaille depuis 1991 pour la Banque E.________ à Genève. Selon les contrats de travail qui lient l'un et l'autre des époux à leurs employeurs respectifs, ils ne sont pas autorisés à prendre domicile hors de Suisse.
Depuis 1993, les époux A.B.________ sont propriétaires d'une maison sise à F.________, en Haute-Savoie (France).
A.b Le 26 mars 2000, les époux A.B.________ ont élevé réclamation à l'encontre de la taxation 1999-2000 établie par les autorités fiscales genevoises et demandé notamment la déduction de leurs frais de déplacement, puisqu'ils devaient parcourir quotidiennement 40 kilomètres pour se rendre de F.________ à leur lieu de travail à Genève. Cette réclamation ainsi que le recours subséquent des époux A.B.________ ont été rejetés et la taxation est devenue définitive. Les autorités ont retenu que les intéressés étaient domiciliés dans le canton de Genève, de sorte que les frais de déplacement n'étaient admis qu'à hauteur des frais nécessaires pour leurs trajets dans ce canton.
A.c En remplissant leur déclaration fiscale 2002, 2003 et 2004, les époux A.B.________ ont mentionné qu'ils étaient domiciliés avec leurs enfants à Genève, rue ***.
Le 22 mars 2006, le service de l'impôt à la source de l'Administration fiscale cantonale a écrit à A.________ à l'adresse de son employeur pour lui réclamer une attestation relative à la scolarisation d'une de ses filles. Celui-ci a produit l'attestation requise et souligné qu'il résidait à Genève, de sorte qu'il ne pouvait être assimilé à un travailleur frontalier. Dans le cadre d'un entretien avec un fonctionnaire de l'Administration fiscale cantonale qui a eu lieu le 20 avril 2006, A.________ a expliqué que, depuis le 1er janvier 2005, il habitait avec sa famille chez G.________, chemin ****, à H.________.

B.
Par trois décisions du 22 mai 2006, l'Administration fiscale cantonale a informé les contribuables qu'elle avait procédé à la rectification de l'impôt sur leur revenu, perçu à la source pour les années 2002, 2003 et 2004. Après déduction des montants déjà versés au titre de l'impôt cantonal et communal ainsi que de l'impôt fédéral direct, il restait un solde de CHF 41'064.40 pour 2002, de CHF 31'062.60 pour 2003 et de CHF 35'669.70 pour 2004 à acquitter.
Le 22 juin 2006, les époux A.B.________ ont déposé une réclamation contre les trois décisions précitées. Ils faisaient valoir qu'ils avaient certes déménagé à plusieurs reprises, mais qu'ils avaient toujours conservé le centre de leurs intérêts à Genève. Du 1er janvier 2002 au 31 janvier 2003, ils avaient vécu dans un appartement mis à leur disposition par une amie de B.________, rue ***, à Genève. Du 1er février 2003 au 31 décembre 2004, ils avaient habité avec cette amie dans la maison de son père qui venait de décéder, chemin *****, à I.________.
Le 3 octobre 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation et confirmé les taxations à la source de 2002 à 2004, en considérant que les époux A.B.________ étaient domiciliés en France.
Les époux A.B.________ ont recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt fédéral direct, qui est devenue, le 1er janvier 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après la Commission de recours) puis, depuis le 1er janvier 2011, le Tribunal administratif de première instance.
La Commission de recours a rendu sa décision le 9 novembre 2009. Elle a admis le recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle taxation, les intéressés ayant démontré qu'ils étaient domiciliés à Genève durant les années 2002 à 2004.
L'Administration fiscale cantonale a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif, devenu depuis le 1er janvier 2011 la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après la Cour de justice).
Après un double échange d'écritures et une audience de comparution personnelle et d'enquête, la Cour de justice a rendu son arrêt le 6 décembre 2011. Elle a admis le recours de l'Administration fiscale cantonale, annulé la décision de la Commission de recours du 9 novembre 2009 et rétabli les taxations des époux A.B.________ pour l'impôt à la source 2002 à 2004.

C.
Par acte du 30 janvier 2012, A.________ et B.________ déposent un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Cour de justice du 6 décembre 2011. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt précité sous suite de frais et dépens. Ils requièrent à titre principal le renvoi de la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle taxation selon le régime ordinaire pour les années 2002 à 2004, subsidiairement son renvoi à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants.
L'Administration fiscale cantonale a conclu au rejet du recours. La Cour de justice a déclaré persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Elle a par ailleurs indiqué que son arrêt du 6 décembre 2011 avait fait l'objet d'une demande d'interprétation. Quant à l'Administration fédérale des contributions, elle a conclu au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt du 6 décembre 2011.
Par ordonnance du 20 février 2012, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé au recours l'effet suspensif sollicité.
Les recourants ont déposé une ultime détermination le 16 avril 2012. Le Tribunal fédéral a demandé à la Cour de justice de lui communiquer une copie de la demande d'interprétation dont elle était saisie, ce qui a été fait le 8 mai 2012.
Par arrêt du 5 juin 2012, la Cour de justice a rejeté la demande en interprétation formée par les époux A.B.________.

Considérant en droit:

1.
1.1 Le recours porte sur une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) rendue par une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF) et qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'article 83
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1  ...
2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 2010 15 ;
4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32 ides Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 2009 7 ;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend: 12
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 34 16 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 17 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 2015 20 );
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 2016 24 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt.
LTF. Le recours en matière de droit public est par conséquent ouvert (cf. aussi art. 73
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 1 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. 2
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    … 3
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 1 2
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 2016 3 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann. 4
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 1 2
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 2016 3 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann. 4
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 1980 3 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 1980 4 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40 ddes Patentgesetzes vom 25. Juni 1954 6 .
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ... 7
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF).

1.2 Aux termes de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (let. c). L'intérêt digne de protection consiste en l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait au recourant (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.3.1 p. 252).
Dans la mesure où l'arrêt attaqué astreint les recourants à des prestations fiscales qu'ils contestent, leur intérêt à recourir doit être reconnu. En outre, la question de leur domicile fiscal n'est pas sans pertinence dans leurs relations avec leur employeur respectif. Les conditions de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF sont donc remplies. Le recours est par conséquent recevable.

2.
D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF.

3.
Les recourants invoquent une violation du droit d'être entendu. Ils reprochent à la Cour de justice d'avoir décidé du sort de la cause sans entendre en qualité de témoin K.________, un ancien collègue de la recourante, dont l'audition, aux yeux des recourants, devait permettre d'apporter la preuve qu'ils étaient domiciliés à Genève de 2002 à 2004.

3.1 Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle ancrée à l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 p. 285), de sorte qu'il convient de commencer par son examen.
Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst. ne comprend pas le droit d'obtenir l'audition de témoins. En effet, l'autorité peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 130 II 425 consid. 2.1 p. 429).

3.2 En l'espèce, la Cour de justice a estimé que l'audition de J.________, directement impliquée en qualité de locataire principale des logements dont il était allégué qu'ils auraient été sous-loués et mis à la disposition des recourants, était plus pertinente que celle de K.________, ancien collègue de la recourante. Elle a par conséquent entendu la première et renoncé à l'audition du second. Cette argumentation fait sens, le litige portant sur l'existence d'un domicile fiscal des recourants à Genève. En considérant l'audition de J.________ comme suffisamment pertinente pour lui permettre de se forger une opinion définitive sans entendre encore K.________, la Cour de justice a procédé à une appréciation anticipée des preuves qui ne peut être qualifiée d'arbitraire. Le recours doit dès lors être rejeté sur ce point.

4.
4.1 Le litige porte exclusivement sur le point de savoir si les recourants doivent ou non être imposés à la source compte tenu de leur domicile fiscal. Il convient de rappeler que le domicile fiscal des recourants a donné lieu à discussion. Pour la période fiscale 1999-2000, l'Administration fiscale cantonale a considéré qu'ils étaient domiciliés à Genève, à L.________, alors que les époux A.B.________ prétendaient résider à F.________, en France, et demandaient à pouvoir déduire les frais relatifs à leurs déplacements quotidiens de 40 kilomètres. Ce litige s'est soldé par un arrêt de la Commission de recours du 4 décembre 2002, rejetant le recours des contribuables et considérant qu'ils étaient domiciliés dans le canton de Genève. Cette décision est devenue définitive. Par la suite, pour la période fiscale 2002 à 2004, l'Administration fiscale cantonale a estimé que les époux A.B.________ étaient domiciliés en France et les a taxés à la source. Cette période fait l'objet de la présente procédure. Depuis 2005, l'Administration fiscale cantonale admet que les recourants ont leur domicile fiscal à Genève et sont soumis à une imposition ordinaire.
Le présent litige trouve ainsi son origine dans la décision de l'Administration fiscale cantonale assujettissant les recourants à l'impôt à la source pour les années 2002 à 2004 au motif qu'ils avaient leur domicile fiscal en France pendant cette période. Les recourants, de leur côté, allèguent que leur domicile fiscal a toujours été dans le canton de Genève, de sorte qu'ils sont soumis à la taxation ordinaire sur le revenu et la fortune pour les années 2002 à 2004.

4.2 Les personnes physiques sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement personnel lorsque, au regard du droit fiscal, elles sont domiciliées dans le canton (cf. art. 3 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 3 Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit
1    Natürliche Personen sind aufgrund persönlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig, wenn sie ihren steuerrechtlichen Wohnsitz im Kanton haben oder wenn sie sich im Kanton, ungeachtet vorübergehender Unterbrechung, bei Ausübung einer Erwerbstätigkeit während mindestens 30 Tage, ohne Ausübung einer Erwerbstätigkeit während mindestens 90 Tage aufhalten.
2    Einen steuerrechtlichen Wohnsitz im Kanton hat eine Person, wenn sie sich hier mit der Absicht dauernden Verbleibens aufhält oder wenn ihr das Bundesrecht hier einen besonderen gesetzlichen Wohnsitz zuweist.
3    Einkommen und Vermögen der Ehegatten, die in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe leben, werden ohne Rücksicht auf den Güterstand zusammengerechnet. Einkommen und Vermögen von Kindern unter elterlicher Sorge 1 werden dem Inhaber der elterlichen Sorge zugerechnet. Erwerbseinkommen der Kinder sowie Grundstückgewinne werden selbständig besteuert.
4    Absatz 3 gilt für eingetragene Partnerschaften sinngemäss. Die Stellung eingetragener Partnerinnen oder Partner entspricht derjenigen von Ehegatten. Dies gilt auch bezüglich der Unterhaltsbeiträge während des Bestehens der eingetragenen Partnerschaft sowie der Unterhaltsbeiträge und der vermögensrechtlichen Auseinandersetzung bei Getrenntleben und Auflösung einer eingetragenen Partnerschaft. 2
LHID et art. 2 al. 1 de l'ancienne loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Objet de l'impôt - Assujettissement à l'impôt [aLIPP-I; RS-GE D 3 11], qui reste applicable à la présente affaire en vertu de l'art. 72 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [RS-GE D 3 08]). Par ailleurs, en application de l'art. 7 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (LISP; RS-GE D 3 20), qui correspond à l'art. 5 al. 1 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 5 Steuererleichterungen - Die Kantone können auf dem Wege der Gesetzgebung für Unternehmen, die neu eröffnet werden und dem wirtschaftlichen Interesse des Kantons dienen, für das Gründungsjahr und die neun folgenden Jahre Steuererleichterungen vorsehen. Eine wesentliche Änderung der betrieblichen Tätigkeit kann einer Neugründung gleichgestellt werden.
LHID, les travailleurs qui, sans être domiciliés ni en séjour en Suisse, y exercent une activité lucrative dépendante, sont soumis à l'impôt à la source sur le revenu de cette activité.
Il convient donc, pour établir si les recourants sont soumis à une taxation ordinaire ou à la source, de déterminer si leur domicile fiscal se trouvait en Suisse ou en France entre 2002 et 2004.

4.3 Par domicile fiscal, on entend en principe le domicile civil, c'est-à-dire le lieu où l'intéressé réside avec l'intention de s'y établir durablement ou le lieu où se situe le centre de ses intérêts (cf. art. 3 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 3 Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit
1    Natürliche Personen sind aufgrund persönlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig, wenn sie ihren steuerrechtlichen Wohnsitz im Kanton haben oder wenn sie sich im Kanton, ungeachtet vorübergehender Unterbrechung, bei Ausübung einer Erwerbstätigkeit während mindestens 30 Tage, ohne Ausübung einer Erwerbstätigkeit während mindestens 90 Tage aufhalten.
2    Einen steuerrechtlichen Wohnsitz im Kanton hat eine Person, wenn sie sich hier mit der Absicht dauernden Verbleibens aufhält oder wenn ihr das Bundesrecht hier einen besonderen gesetzlichen Wohnsitz zuweist.
3    Einkommen und Vermögen der Ehegatten, die in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe leben, werden ohne Rücksicht auf den Güterstand zusammengerechnet. Einkommen und Vermögen von Kindern unter elterlicher Sorge 1 werden dem Inhaber der elterlichen Sorge zugerechnet. Erwerbseinkommen der Kinder sowie Grundstückgewinne werden selbständig besteuert.
4    Absatz 3 gilt für eingetragene Partnerschaften sinngemäss. Die Stellung eingetragener Partnerinnen oder Partner entspricht derjenigen von Ehegatten. Dies gilt auch bezüglich der Unterhaltsbeiträge während des Bestehens der eingetragenen Partnerschaft sowie der Unterhaltsbeiträge und der vermögensrechtlichen Auseinandersetzung bei Getrenntleben und Auflösung einer eingetragenen Partnerschaft. 2
LHID et art. 2 al. 2 aLIPP-I; arrêt 2C_969/2010 du 3 août 2011 consid. 3.1). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, ce lieu se détermine en fonction de l'ensemble des circonstances objectives, et non en fonction des déclarations du contribuable; dans cette mesure, il n'est pas possible de choisir librement un domicile fiscal (cf. ATF 132 I 29 consid. 4.1 p. 35 s.).
Le Tribunal fédéral a par ailleurs retenu que, en matière de droit fiscal international, il ne suffit pas, pour admettre la constitution d'un nouveau domicile, d'avoir coupé les liens avec le domicile antérieur; il faut au contraire s'être constitué un nouveau domicile fiscal. Ainsi, dans la règle, selon le principe de la rémanence du domicile fiscal, le contribuable qui abandonne son domicile suisse pour se rendre à l'étranger conserve son domicile fiscal au lieu de son ancien domicile tant qu'il ne s'en est pas constitué un nouveau au lieu de sa nouvelle installation. La notion du domicile fiscal reste ainsi très proche de celle du droit civil et l'art. 24 al. 1
SR 210 Schweizerisches Zivilgesetzbuch
ZGB Art. 24 A. Persönlichkeit im Allgemeinen / V. Heimat und Wohnsitz / 2. Wohnsitz / b. Wechsel im Wohnsitz oder Aufenthalt - b. Wechsel im Wohnsitz oder Aufenthalt
1    Der einmal begründete Wohnsitz einer Person bleibt bestehen bis zum Erwerbe eines neuen Wohnsitzes.
2    Ist ein früher begründeter Wohnsitz nicht nachweisbar oder ist ein im Ausland begründeter Wohnsitz aufgegeben und in der Schweiz kein neuer begründet worden, so gilt der Aufenthaltsort als Wohnsitz.
CC, qui prévoit que toute personne conserve son domicile aussi longtemps qu'elle ne s'en est pas créé un nouveau, s'applique par analogie en matière de droit fiscal international (cf. arrêts 2A.475/2003 du 26 juillet 2004 consid. 2.2.; 2A.337/2000 du 6 février 2001 consid. 2c; 2A.388/1998 du 3 mai 2000 consid. 5a; confirmés récemment in arrêt 2C_614/2011 du 4 mai 2012 consid. 3.3 destiné à la publication).
Dans le cas d'espèce, les recourants avaient leur domicile fiscal à Genève durant les périodes précédant les années 2002 à 2004 et ils ont été soumis à la taxation ordinaire. Ce sont d'ailleurs les autorités fiscales genevoises elles-mêmes qui ont insisté pour faire reconnaître la résidence genevoise des contribuables pour la période fiscale 1999-2000. En vertu des principes précités, ce domicile persiste tant que les contribuables ne s'en sont pas constitué un nouveau au lieu de leur nouvelle installation. Il s'agit d'examiner si tel est le cas en fonction des éléments de fait à disposition de la Cour de justice.

4.4 En matière fiscale, il appartient à l'autorité d'établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (cf. arrêt 2A.374/2006 du 30 octobre 2006 consid. 4.3). En ce qui concerne le domicile, cela implique qu'il appartient à l'autorité d'apporter les éléments de fait nécessaires pour établir le domicile fiscal déterminant pour l'assujettissement (cf. arrêt 2C_627/2011 du 7 mars 2012 consid. 4.2). Quand des indices clairs et précis rendent vraisemblable l'état de fait établi par l'autorité, il revient ensuite au contribuable de réfuter, preuves à l'appui, les faits avancés par celle-ci (cf. arrêt 2C_484/2009 du 30 septembre 2010 consid. 3.3). La procédure de taxation est ainsi caractérisée par la collaboration réciproque de l'autorité fiscale et du contribuable (cf. arrêt 2A.374/2006 du 30 octobre 2006 consid. 4). Savoir si un fait est ou non prouvé relève des faits, alors que la répartition du fardeau de la preuve est une question de droit (cf. ATF 130 III 321 consid. 5 p. 327; arrêt 5A.118/2012 du 20 avril 2012 consid. 3.2).

4.5 S'agissant de la période litigieuse allant de 2002 à 2004, l'Administration cantonale a retenu qu'il existait un faisceau d'indices suffisants pour admettre que les contribuables étaient domiciliés en France durant ces années. Dans sa décision du 9 novembre 2009, la Commission de recours a admis le recours des contribuables, retenant, à l'inverse des autorités fiscales, que ceux-ci avaient démontré qu'ils étaient domiciliés à Genève durant cette période et que l'Administration cantonale, à qui le fardeau de la preuve incombait, n'avait pas établi que le domicile fiscal des contribuables se situait en France. Pour sa part, la Cour de justice a considéré qu'il appartenait aux contribuables d'établir que leur domicile se situait à Genève. Faute pour eux d'être parvenus à apporter cette preuve, elle a conclu, sur la base des faits à sa disposition, que les recourants n'avaient pas démontré l'existence d'un domicile fiscal à Genève, de sorte que le recours de l'Administration fiscale devait être admis.

4.6 Le raisonnement de la Cour de justice, qui impose aux contribuables d'apporter la preuve qu'ils sont toujours domiciliés dans le canton de Genève, viole les règles sur la répartition du fardeau de la preuve et partant est contraire au droit. En effet, il appartenait aux autorités fiscales de démontrer que les recourants, dont elles avaient constaté qu'ils avaient leur domicile fiscal dans le canton de Genève jusqu'en 2001, étaient domiciliés fiscalement en France depuis 2002 puisqu'elles se fondaient sur cet élément pour augmenter leur taxation. Or, l'arrêt attaqué ne contient aucune constatation de fait qui permettrait de conclure de manière certaine que les recourants auraient fait de la France le centre de leurs intérêts entre 2002 et 2004, étant rappelé qu'avant 2002 et depuis 2005, il n'est pas contesté qu'ils sont domiciliés fiscalement en Suisse. Dans un tel contexte et comme l'avait retenu la Commission de recours, force est d'admettre que l'Administration fiscale, à qui la preuve incombait, n'a pas démontré que les contribuables se seraient constitués un nouveau domicile à l'étranger entre 2002 et 2004. Par conséquent, il convient d'admettre le maintien de leur domicile fiscal en Suisse. Il en découle que les
recourants, ayant conservé leur domicile fiscal dans le canton de Genève de 2002 à 2004, y sont soumis à la taxation ordinaire pour cette période.

4.7 Le recours doit par conséquent être admis et l'arrêt attaqué annulé. La cause sera renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à une taxation ordinaire des recourants pour les années 2002 à 2004. Il y a également lieu de renvoyer l'affaire à la Cour de justice pour qu'elle procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle, le Tribunal fédéral renonçant à faire usage de l'art. 67
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen.
LTF.

5.
Succombant, le canton de Genève, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. arrêt 2C_648/2009 du 29 mars 2010 consid. 6 non publié à l'ATF 136 II 256), doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
et 4
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il versera en outre aux recourants une indemnité à titre de dépens (cf. art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz über das Bundesgericht - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est admis.

2.
L'arrêt de la Cour de justice du 6 décembre 2011 est annulé. La cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à une taxation ordinaire des recourants pour les années 2002 à 2004.

3.
L'affaire est renvoyée à la Cour de justice afin qu'elle fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 4'000.-, sont mis à la charge du canton de Genève.

5.
Le canton de Genève versera aux recourants une indemnité de CHF 5'000.- à titre de dépens.

6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 25 juillet 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Beti