Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
4A 611/2012

Arrêt du 19 février 2013
Ire Cour de droit civil

Composition
Mme et MM. les Juges fédéraux Klett, Présidente,
Corboz et Kolly.
Greffière: Mme Monti.

Participants à la procédure
X.________ SA, représentée par
Me Jacques Michod,
recourante,

contre

Y.________, représenté par Me Nicolas Saviaux,
intimé.

Objet
contrat de travail; heures supplémentaires,

recours en matière civile contre l'arrêt rendu le 19 juin 2012 par la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.

Faits:

A.
A.a La société anonyme vaudoise X.________ SA, a engagé Y.________ en qualité de contrôleur de gestion dès le 12 février 2007. De durée indéterminée, le contrat de travail comportait notamment les clauses suivantes: l'employé avait droit à un salaire annuel brut de 150'020 fr., plus un treizième salaire au prorata temporis du temps travaillé. L'horaire de travail était fixé en accord avec la direction générale, en fonction des besoins établis par cette dernière. L'horaire cadre était en principe de 9 h.00 à 12 h.00 et de 13 h.00 à 18 h.00. Le salaire alloué couvrait l'ensemble des prestations de l'employé, ainsi que ses déplacements professionnels en Suisse et à l'étranger; la compensation par un congé et la rétribution spéciale d'heures supplémentaires étaient en principe exclues, sous réserve d'accords particuliers. L'employé voyait son attention attirée sur les nombreux voyages professionnels qu'il serait amené à effectuer dans le cadre de son travail.
L'employeuse détenait des sociétés domiciliées au Maroc. L'employé passait beaucoup de temps dans ce pays, où il travaillait sous les ordres de A.________, directeur de deux sociétés du groupe. Dès le 1er mai 2007, l'employé a bénéficié de l'assistance d'un contrôleur de gestion junior.
A.b Le 30 janvier 2008, l'employeuse a résilié le contrat de travail pour le 31 mars 2008. Dès le 25 février 2008, l'employé a fait intervenir son assurance de protection juridique, qui a formulé diverses réquisitions; par courrier du 20 mars 2008, elle a réclamé le paiement de 550 heures supplémentaires. L'employé a produit un décompte établi par ses soins; il n'en avait jusque-là jamais soumis à son employeuse. Ce décompte recense 787,5 heures supplémentaires pour la période s'étendant d'avril 2007 à janvier 2008. Il comprend en tout cas deux erreurs, en ce sens que l'employé prétend avoir travaillé les 20 juillet et 24 août 2007, alors qu'il était en congé ces jours-là.

B.
B.a Le 4 juillet 2008, l'employé a ouvert action contre l'employeuse devant le Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte. Selon ses dernières conclusions, il demandait le montant total de 63'358 fr. 90, dont 52'299 fr. 75 à titre d'heures supplémentaires et 11'059 fr. 15 pour un solde de vacances non prises.
L'employeuse a conclu au rejet, et à titre reconventionnel, au paiement de 6'016 fr. 40. L'employé a reconnu devoir l'équivalent en francs suisses de 2'289 euros et a invoqué la compensation.
Une expertise judiciaire a été mise en ?uvre. Il s'agissait essentiellement de calculer les montants dus au regard des heures supplémentaires alléguées. S'exprimant sur les 22 heures de travail que l'employé alléguait avoir effectuées le dimanche, l'expert a précisé qu'il avait procédé à des contrôles permettant de constater les dimanches travaillés, mais qu'il ne se prononçait pas sur la réalité des chiffres indiqués dans le décompte fourni par l'employé.
Le tribunal a par ailleurs recueilli cinq témoignages. Par jugement du 30 mars 2011, il a condamné l'employeuse à payer 7'327 fr. 60 à titre de solde de vacances, après déduction de la somme de 3'731 fr. 55 dont l'employé s'était reconnu débiteur. Aucun montant n'a été alloué pour les heures supplémentaires alléguées. Le tribunal a concédé que l'instruction avait établi l'accomplissement d'un certain nombre d'heures supplémentaires; toutefois, l'employé n'avait pas apporté de preuves suffisantes pour justifier le montant revendiqué à ce titre. En outre, il avait annoncé tardivement ces heures à l'employeuse.
B.b L'employé a déféré cette décision à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal. Il réitérait ses conclusions en paiement de 63'358 fr. 90, tandis que l'employeuse concluait au rejet de l'appel.
Par arrêt du 19 juin 2012, le Tribunal cantonal a partiellement admis l'appel et réformé la décision attaquée; il a condamné l'employeuse à payer la somme de 50'942 fr. 30, dont 43'614 fr. 70 à titre d'heures supplémentaires, plus 7'327 fr. 60 en compensation de vacances non prises.

C.
L'employeuse saisit le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile, dans lequel elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt, subsidiairement à sa réforme, en ce sens que l'appel est rejeté et l'employeuse condamnée à payer la somme de 7'327 fr. 60.
L'employé conclut au rejet du recours. L'autorité précédente se réfère à son arrêt.

Considérant en droit:

1.
1.1 Le recours est recevable sur le principe. En particulier, la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. requise pour les causes de droit du travail est atteinte (art. 74 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 74 Valeur litigieuse minimale - 1 Dans les affaires pécuniaires, le recours n'est recevable que si la valeur litigieuse s'élève au moins à:
1    Dans les affaires pécuniaires, le recours n'est recevable que si la valeur litigieuse s'élève au moins à:
a  15 000 francs en matière de droit du travail et de droit du bail à loyer;
b  30 000 francs dans les autres cas.
2    Même lorsque la valeur litigieuse minimale n'est pas atteinte, le recours est recevable:
a  si la contestation soulève une question juridique de principe;
b  si une loi fédérale prévoit une instance cantonale unique;
c  s'il porte sur une décision prise par une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
d  s'il porte sur une décision prise par le juge de la faillite ou du concordat;
e  s'il porte sur une décision du Tribunal fédéral des brevets.
LTF).

1.2 La loi prévoit, entre autres motifs de recours, la violation du droit fédéral (art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF); cette notion inclut le droit constitutionnel.

Le Tribunal fédéral statue d'après l'état de fait de l'arrêt attaqué (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis en violation du droit ou de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2), ce qu'il incombe en principe au recourant de dénoncer (cf. art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF). Dans la mesure où il invoque l'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst., le recourant doit satisfaire aux exigences de motivation plus strictes imposées par l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF; il doit alors exposer de manière claire et circonstanciée, si possible documentée, en quoi consiste la violation du droit constitutionnel invoqué (ATF 134 II 244 consid. 2.2; 133 II 249 consid. 1.4.2).

L'appréciation des preuves est arbitraire lorsque le juge s'est manifestement mépris sur le sens et la portée d'un moyen de preuve, lorsqu'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée, ou encore lorsqu'il a tiré des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis (ATF 136 III 552 consid. 4.2). Des critiques de type purement appellatoire ne sont pas admissibles (ATF 133 II 396 consid. 3.1). Le recourant ne peut pas se borner à opposer son appréciation des preuves à celle de l'autorité précédente.

2.
2.1 L'employeuse invoque une violation de l'art. 42 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO et de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. Elle reproche à l'autorité précédente d'avoir versé dans l'arbitraire en retenant que l'employé avait effectué 700 heures supplémentaires.

2.2 Il incombe au travailleur de prouver qu'il a effectué les heures supplémentaires dont il demande la rétribution (art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
CC; ATF 129 III 171 consid. 2.4 p. 176). S'il n'est pas possible d'établir le nombre exact d'heures effectuées, le juge peut, par application analogique de l'art. 42 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO, en estimer la quotité. L'évaluation se fonde sur le pouvoir d'appréciation des preuves et relève donc de la constatation des faits, que le Tribunal fédéral revoit uniquement sous l'angle de l'arbitraire (arrêt 4A 338/2011 du 14 décembre 2011 consid. 2.2, in PJA 2012 282; cf. aussi ATF 131 III 360 consid. 5.1 p. 364). Si l'art. 42 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO allège le fardeau de la preuve, il ne dispense pas le travailleur de fournir au juge, dans la mesure raisonnablement exigible, tous les éléments constituant des indices du nombre d'heures accomplies (cf. ATF 133 III 462 consid. 4.4.2 p. 471; 122 III 219 consid. 3a p. 221). La conclusion selon laquelle les heures supplémentaires ont été réellement effectuées dans la mesure alléguée doit s'imposer au juge avec une certaine force (cf. ATF 132 III 379 consid. 3.1; 122 III 219 consid. 3a p. 222).
Lorsque l'employeur n'a mis sur pied aucun système de contrôle des horaires et n'exige pas des travailleurs qu'ils établissent des décomptes, il est plus difficile d'apporter la preuve requise (cf. arrêt 4P.35/2004 du 20 avril 2004 consid. 3.2, in JAR 2005 p. 180); l'employé qui, dans une telle situation, recourt aux témoignages pour établir son horaire effectif utilise un moyen de preuve adéquat (arrêt 4A 543/2011 du 17 octobre 2011 consid. 3.1.3).

2.3 Il est constant que l'employé a attendu 7 semaines à compter de la déclaration de licenciement pour demander le paiement de ses heures supplémentaires; il s'est tout d'abord abstenu d'évoquer cette question dans les discussions qui ont suivi l'annonce du congé. A l'appui de sa prétention, il a produit un décompte personnel recensant 787,5 heures supplémentaires, qu'il n'avait jusque-là jamais présenté à l'employeuse. Le décompte comprend en tout cas deux erreurs.
La cour cantonale a précisé que l'expertise judiciaire n'apportait aucun élément probant supplémentaire par rapport au décompte unilatéral du travailleur. Elle s'est ensuite référée à une pièce et aux témoignages recueillis, dont elle a retiré les éléments suivants:
Dans un rapport de gestion établi à la fin du mois de novembre 2007, A.________, supérieur hiérarchique de l'employé pour les activités déployées au Maroc, avait précisé avoir régulièrement travaillé 14 à 16 heures par jour avec l'employé. Lors de son audition en qualité de témoin, le supérieur hiérarchique avait confirmé que pour mener à bien ses différentes activités, l'employé avait travaillé plus de 12 heures par jour, ainsi que le samedi matin et parfois le dimanche; sa conscience professionnelle lui avait toujours dicté de répondre aux attentes de ses supérieurs sans comptabiliser le temps nécessaire à leur bonne exécution.
L'assistant de l'employé avait déclaré que celui-ci consacrait tout son temps à travailler, souvent avec A.________, y compris une bonne partie des soirées et des week-ends. Quant à l'ancien directeur général de l'employeuse, il avait affirmé que l'employé n'avait jamais reçu l'ordre d'effectuer des heures supplémentaires, tout en admettant que les journées étaient longues à l'étranger, le témoin lui-même ayant régulièrement travaillé entre 12 et 14 heures par jour. Un autre supérieur hiérarchique, tout en disant ignorer si le décompte correspondait à la réalité, avait concédé que les subordonnés pouvaient être interpellés le dimanche, le samedi ou tard le soir. Enfin, un cinquième témoin avait déclaré que l'employé traitait beaucoup de dossiers, et que le fait de devoir y travailler avec un seul assistant pouvait engendrer des heures supplémentaires.
La Cour d'appel a conclu que les témoignages permettaient de conclure, avec une "certaine force" au sens exigé par la jurisprudence, que 700 heures supplémentaires avaient réellement été effectuées, ce qui équivalait à 58 heures par mois tout au long des rapports de travail ayant duré de mi-février 2007 à mi-février 2008.

2.4 Dans un chapitre consacré à "l'arbitraire dans l'appréciation de la quotité des heures supplémentaires", l'employeuse insiste sur les circonstances tardives dans lesquelles le décompte unilatéral a été produit, et sur le fait qu'il contient deux inexactitudes. Elle relève qu'il recense souvent 12 heures de travail le vendredi, jour où l'employé rentrait du Maroc pour passer le week-end en Suisse. Cette durée invraisemblable ne serait étayée par aucun horaire de vol ou autre plan de voyage. Par ailleurs, la cour aurait tiré une déduction erronée du rapport de gestion établi par le supérieur de l'employé; l'affirmation selon laquelle les deux hommes avaient régulièrement "passé" ensemble 14 à 16 heures par jour ne signifiait pas qu'ils avaient "travaillé" tout ce temps, sachant qu'ils partageaient un appartement de fonction au Maroc. Compte tenu de l'ampleur des heures supplémentaires alléguées - plus de 50 % de l'horaire de base sur une période de 10 mois -, l'autorité aurait dû faire preuve de la plus grande circonspection; elle ne pouvait se contenter d'une simple vraisemblance quant à la quotité des heures supplémentaires.

2.5 Ce faisant, l'employeuse se place exclusivement sur le terrain de l'appréciation des preuves, bien qu'elle ait aussi invoqué à titre liminaire une violation de l'art. 42 al. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 42 - 1 La preuve du dommage incombe au demandeur.
1    La preuve du dommage incombe au demandeur.
2    Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.
3    Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l'objet d'un remboursement approprié, même s'ils sont supérieurs à la valeur de l'animal.25
CO (sur la distinction entre fait et droit, cf. ATF 131 III 360 consid. 5.1 p. 364). Le seul moyen de droit discernable réside dans la remarque selon laquelle l'on ne saurait se contenter d'une simple vraisemblance; il n'est pas fondé. En effet, il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que la cour cantonale aurait appliqué un degré de conviction insuffisant. Elle a au contraire souligné, conformément à la formule consacrée par la jurisprudence, que les indices recueillis imposaient le chiffre de 700 heures "avec une certaine force". Rien n'indique qu'il s'agissait là d'une pure clause de style.
Au niveau des faits, l'employeuse conteste le nombre d'heures supplémentaires retenues par une argumentation de type essentiellement appellatoire, en se fondant partiellement sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué; il en est ainsi des explications concernant la journée du vendredi. Quant au grief visant l'interprétation du rapport de gestion, il est infondé. Compte tenu des témoignages recueillis, dont celui de l'auteur du rapport, l'on ne voit pas en quoi il serait arbitraire de considérer que les 14 à 16 heures "passées ensemble" étaient des heures de travail, même si l'employé et son supérieur partageaient l'appartement de fonction de l'employeuse.
Pour le surplus, l'employeuse ne discute pas la crédibilité des témoins. Elle ne reproche pas à la cour vaudoise d'avoir arbitrairement méconnu d'autres aspects des témoignages recueillis, ou d'autres éléments de preuve. Elle n'explique pas davantage pour quels motifs les éléments mis en exergue par la cour excluaient de retenir 700 heures supplémentaires. En bref, elle ne s'attache pas à démontrer en quoi l'estimation des heures supplémentaires serait entachée d'arbitraire. Le contexte dans lequel le décompte a été produit et les deux erreurs relevées ne suffisent pas en soi à démontrer que l'appréciation portée par la cour vaudoise serait insoutenable. Il s'ensuit le rejet du grief, dans la mesure où il est recevable.

3.
3.1 L'employeuse dénonce en outre une violation de l'art. 321c al. 3
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 321c - 1 Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
1    Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
2    L'employeur peut, avec l'accord du travailleur, compenser les heures de travail supplémentaires par un congé d'une durée au moins égale, qui doit être accordé au cours d'une période appropriée.
3    L'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins, sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective.
CO. En se référant à une jurisprudence sur l'horaire flexible, elle reproche à la cour cantonale d'avoir ignoré le fait que l'employé disposait d'une grande liberté dans l'organisation de son travail et avait tout loisir de compenser les heures supplémentaires effectuées lors de missions particulières ou dans des situations d'urgence caractérisée. S'il n'était pas en mesure de compenser les heures effectuées, l'employé aurait dû le signaler à l'employeuse et la rendre attentive à son surcroît de travail.

3.2 L'art. 321c
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 321c - 1 Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
1    Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
2    L'employeur peut, avec l'accord du travailleur, compenser les heures de travail supplémentaires par un congé d'une durée au moins égale, qui doit être accordé au cours d'une période appropriée.
3    L'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins, sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective.
CO prévoit que les heures supplémentaires sont compensées en nature ou en espèces; plus précisément, l'employeur peut, avec l'accord du travailleur, compenser les heures de travail supplémentaires par un congé d'une durée au moins égale, qui doit être accordé au cours d'une période appropriée (al. 2). L'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé (al. 3).
L'employeur ne peut pas imposer unilatéralement la compensation en nature (ATF 123 III 84 consid. 5a p. 84). Un accord du travailleur est nécessaire. Il incombe à l'employeur de prouver l'existence d'une telle convention, qui peut être tacite (STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, Arbeitsvertrag, 7e éd. 2012, n° 11 ad art. 321c
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 321c - 1 Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
1    Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
2    L'employeur peut, avec l'accord du travailleur, compenser les heures de travail supplémentaires par un congé d'une durée au moins égale, qui doit être accordé au cours d'une période appropriée.
3    L'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins, sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective.
CO).
Par ailleurs, il faut opérer une distinction entre les heures supplémentaires et le solde positif accumulé dans le contexte d'un horaire de travail flexible (gleitende Arbeitszeit). Les parties peuvent convenir que le travailleur, dans un cadre prédéfini, détermine librement la durée de son temps de travail journalier, pourvu qu'à l'issue d'une période de référence, il ait accompli le nombre d'heures contractuellement dues. Généralement, des heures de présence obligatoire (plages "bloquées") doivent être respectées, le travailleur pouvant s'organiser librement le reste du temps (SUBILIA/DUC, Droit du travail, 2010, n° 12 ad art. 321
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 321 - Le travailleur exécute en personne le travail dont il s'est chargé, à moins que le contraire ne résulte d'un accord ou des circonstances.
CO; REHBINDER/STÖCKLI, Berner Kommentar, 2010, n° 9 ad art. 321
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 321 - Le travailleur exécute en personne le travail dont il s'est chargé, à moins que le contraire ne résulte d'un accord ou des circonstances.
CO). En contrepartie de cette autonomie, le travailleur a la responsabilité de récupérer à temps le solde de travail excédentaire qu'il a librement accumulé. S'il laisse croître ce solde positif dans une mesure importante, il assume le risque de ne pas pouvoir le compenser en cas de résiliation du contrat, laquelle peut survenir en tout temps. Une indemnisation du travail effectué en plus n'entre en considération que si les besoins de l'entreprise ou des directives de l'employeur empêchent le travailleur de récupérer ses heures en dehors
des plages bloquées. Il ne s'agit alors plus de solde positif dans l'horaire flexible, mais de véritables heures supplémentaires (ATF 123 III 469; cf. aussi ATF 130 V 309 consid. 5.1.3). En pratique, il est souvent délicat de tracer la frontière entre les heures supplémentaires et le solde bénéficiaire dans le cadre d'un horaire flexible (REHBINDER/STÖCKLI, op. cit., n° 7 ad art. 321c
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 321c - 1 Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
1    Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
2    L'employeur peut, avec l'accord du travailleur, compenser les heures de travail supplémentaires par un congé d'une durée au moins égale, qui doit être accordé au cours d'une période appropriée.
3    L'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins, sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective.
CO); il faut garder à l'esprit que les premières sont imposées par les besoins de l'entreprise ou les directives de l'employeur, tandis que le solde excédentaire est librement accumulé par la volonté du travailleur (STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, op . cit., p. 215 n° 4 ad art. 321c
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 321c - 1 Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
1    Si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander.
2    L'employeur peut, avec l'accord du travailleur, compenser les heures de travail supplémentaires par un congé d'une durée au moins égale, qui doit être accordé au cours d'une période appropriée.
3    L'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins, sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective.
CO).

3.3 La décision attaquée ne constate pas, expressément ou implicitement, que les parties auraient pratiqué l'horaire de travail flexible, en dérogation à l'horaire cadre prévu dans le contrat; elle n'indique pas non plus que les dépassements d'horaire auraient concerné des missions particulières ou des cas d'urgence générant une surcharge passagère susceptible d'être compensée ultérieurement. L'employeuse ne soulève pas le grief d'arbitraire quant à l'établissement des faits; elle se contente de mettre en exergue des éléments de témoignage qui étayeraient sa propre version des faits. Un tel procédé ne justifie pas de s'écarter de l'état de fait retenu dans l'arrêt cantonal. Au demeurant, la cour d'appel a établi sans arbitraire que l'employé avait accumulé un nombre important d'heures de travail supplémentaires (supra, consid. 2). Il n'a pas été établi que l'employeuse aurait donné des directives à ce sujet; en d'autres termes, ces heures étaient dictées par les besoins de l'entreprise. Il appert en outre que l'employeuse ne pouvait ignorer les heures accomplies, et que la preuve d'une compensation de celles-ci n'a pas été rapportée (cf. arrêt attaqué, p. 25 consid. 3.4.1). Dans ces circonstances, l'employeuse ne saurait se
prévaloir de la jurisprudence sur l'horaire flexible. Le grief est mal fondé.

3.4 Pour le surplus, l'employeuse ne conteste pas le tarif horaire de base et les majorations appliquées par la cour cantonale pour indemniser les heures supplémentaires. Elle ne critique pas davantage les calculs effectués. Il n'y a dès lors pas à examiner ces questions.

4.
En définitive, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. En conséquence, l'employeuse supportera les frais judiciaires et versera une indemnité de dépens à l'employé (art. 66
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.

Lausanne, le 19 février 2013

Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse

La Présidente: Klett

La Greffière: Monti