Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 875/2018

Arrêt du 17 avril 2019

IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Seiler, Président,
Zünd et Donzallaz.
Greffier: M. Tissot-Daguette.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Antoine Böhler, avocat,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève.

Objet
Impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2003 à 2013 et impôt fédéral direct des périodes fiscales 2003 à 2010,

recours contre l'arrêt de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 21 août 2018 (ATA/859/2018).

Faits :

A.
La société X.________ SA, dont le siège se trouve dans le canton de Genève, a pour but la fabrication de produits horlogers, ainsi que la taille de diamants et de pierres précieuses. B.Y.________ et A.Y.________ en sont administrateurs et employés depuis 1983, A.Y.________ en étant au surplus l'unique actionnaire. Depuis 2015, la fille du couple Y.________ est également administratrice de la société. La manufacture de la société X.________ SA se trouve sur un bien-fond appartenant à A.Y.________, sur lequel se trouve aussi le domicile familial.
Pour les périodes fiscales 2002 à 2007, la société X.________ SA a régulièrement transmis ses déclarations fiscales à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale). Les décisions de taxation y relatives sont entrées en force. Entre juin 2009 et juin 2014, la société a transmis ses déclarations pour les années 2008 à 2013. Après divers échanges de courriers entre la société et l'Administration fiscale relatifs à la répartition des charges entre l'intéressée et ses administrateurs, celle-ci a été informée qu'il serait procédé à un contrôle dans ses locaux les 30 et 31 mai 2012. Un second contrôle est intervenu les 31 octobre et 1 er novembre 2012.

B.
Le 22 novembre 2012, l'Administration fiscale a informé la société X.________ SA de l'ouverture d'une procédure de rappel et en soustraction d'impôt pour les années 2002 à 2007 en raison notamment de frais privés comptabilisés comme charges de la société. Après que la contribuable se fut déterminée, l'Administration fiscale, par décisions du 8 avril 2014, a taxé l'intéressée et lui a adressé une amende pour tentative de soustraction d'impôt en relation avec l'année 2008 et a statué sur le rappel et la soustraction d'impôt pour les années 2002 à 2007. La société a formé réclamation le 9 mai 2014.
Le 15 avril 2014, l'Administration fiscale a informé la société X.________ SA de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2009 à 2012. Les 11 et 24 mars 2016, l'Administration fiscale a taxé l'intéressée pour les années 2009 à 2013 et lui a adressé des amendes pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2009 à 2012. La société X.________ SA a formé réclamation le 13 avril 2016.
Par décision unique du 15 novembre 2016, l'Administration fiscale a partiellement admis les réclamations de la société X.________ SA, annulant notamment les amendes relatives à l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) 2011 et 2012. Compte tenu des pertes reportées, le bénéfice imposable de la société pour les années 2011 à 2013 était nul, de sorte que, pour ces trois années, celle-ci n'était imposée pour l'ICC que sur son capital propre. Le 16 décembre 2016, la société X.________ SA a recouru contre cette décision sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance). Par jugement du 16 octobre 2017, celui-ci a partiellement admis le recours. Il a notamment annulé l'amende pour tentative de soustraction d'impôt de l'année 2008, qui avait été prononcée en violation des dispositions légales applicables, et constaté la prescription de la poursuite pénale pour les années 2002 et 2003. La société X.________ SA a contesté ce jugement le 17 novembre 2017 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). L'Administration fiscale en a fait de même le
20 novembre 2017. Elle a retiré l'une de ses conclusions par courrier du 2 août 2018. Par arrêt du 21 août 2018, la Cour de justice a rejeté le recours de l'Administration fiscale et a partiellement admis celui de la société X.________ SA en raison de la prescription du droit de procéder au rappel d'impôt pour la période fiscale 2002, intervenue au 31 décembre 2017. Le même jour, la Cour de justice a également statué sur le recours que les époux Y.________ avaient déposé contre un jugement du Tribunal administratif de première instance du 16 octobre 2017 relatif aux rappels d'impôt, taxations et infractions pour soustraction et tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2002 à 2012.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société X.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre la jonction de sa cause avec celle des époux Y.________, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 21 août 2018 et la décision de l'Administration fiscale du 15 novembre 2016; subsidiairement de modifier les bordereaux d'impôt, afin que les charges mixtes relatives à l'extérieur de l'immeuble soient admises en déduction de son bénéfice à hauteur de 90,3%, subsidiairement à 78,1%; plus subsidiairement de réduire la quotité des amendes d'un tiers pour les années 2004 à 2007 et de deux tiers pour les années 2009 et 2010; encore plus subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif de première instance ou à la Cour de justice pour nouvelle décision et instruction complémentaire.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent toutes deux au rejet du recours. Dans des observations finales, la société X.________ SA a confirmé ses conclusions.

Considérant en droit :

1.

1.1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
et 86 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
let. d et al. 2 LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF. Bien qu'il ne distingue pas, dans son dispositif, l'IFD de l'ICC, il ressort des motifs de l'arrêt entrepris que le rejet du recours qu'il prononce concerne à la fois les deux catégories d'impôt et, pour ce qui concerne l'ICC, du droit harmonisé (cf. art. 53
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs, des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte en vertu des art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF, 146 LIFD (RS 642.11) et 73 al. 1 LHID.

1.2. Le dépôt d'un seul acte de recours est autorisé dans la mesure où, comme en l'espèce, la recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 264). L'arrêt attaqué ayant omis de distinguer, dans son dispositif, les deux catégories d'impôt, on ne peut reprocher à la recourante de ne pas avoir formulé de conclusions séparées (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264).

1.3. Dans la mesure où la recourante demande l'annulation de la décision de l'Administration fiscale du 15 novembre 2016, sa conclusion est irrecevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès de la Cour de justice (ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543). Au surplus, dans sa conclusion principale, la recourante demande également l'annulation de l'arrêt attaqué. On peut comprendre à la lecture des motifs que, à titre principal, la recourante ne veut payer aucun montant à titre de rappel d'impôt, ni être amendée en raison d'une soustraction fiscale. Il ressort en outre de ses autres conclusions, qu'elle désire subsidiairement une réduction du montant d'impôt et du rappel d'impôt, respectivement des amendes qui ont été prononcées à son encontre.

1.4. Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile (cf. art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF), par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF). Il convient donc d'entrer en matière.

2.
Dans un premier grief, la recourante se plaint d'une violation de l'art. 29 al. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst. en ce que la Cour de justice a refusé de joindre sa cause avec celle, également pendante devant elle, de ses administrateurs. Elle requiert en outre du Tribunal fédéral qu'il procède lui-même à la jonction de la présente procédure avec la procédure 2C 874/2018 relative aux époux Y.________.

2.1. La décision de joindre ou non des causes en droit administratif procède de l'exercice du pouvoir d'appréciation du juge, qui est large en la matière. Elle peut être ordonnée à tout stade de la procédure. Le Tribunal fédéral ne revoit en conséquence une décision dans ce domaine qu'en cas d'abus du pouvoir d'appréciation (arrêt 2C 850/2014 du 10 juin 2016 consid. 11.1 et les références, non publié in ATF 142 II 388). En outre, cette décision, lorsqu'elle est prise, comme en l'espèce, par une autorité de dernière instance cantonale, est fondée sur du droit de procédure cantonal. Or, sauf dans les cas cités expressément à l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF, le recours devant le Tribunal fédéral ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal ou communal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine toutefois le moyen tiré de la violation d'une norme de rang constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise (art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF).

2.2. En l'occurrence, la Cour de justice a expliqué qu'elle refusait de joindre la cause de la recourante avec celle de ses administrateurs car, bien que ces causes portent sur le même complexe de faits, la jonction de procédures ne se justifiait pas en présence de contribuables distincts, soumis à des dispositions légales différentes.
Pour sa part, la recourante est d'avis que, dans la mesure où les causes portent sur le même complexe de faits et que les parties sont représentées par le même avocat, il convient de joindre les causes, les arguments de l'autorité précédente ne s'opposant pas à une telle jonction. Elle rappelle en outre que A.Y.________ est son unique actionnaire et que durant les périodes fiscales sous revue, les époux Y.________ en étaient les uniques administrateurs. Elle invoque ainsi un formalisme excessif.

2.3. En l'occurrence, la décision de refuser la jonction de cause a été prise par la Cour de justice dans l'arrêt au fond, avec comme motivation principale le fait qu'il n'était pas justifié de joindre deux causes en matière fiscale lorsque les contribuables n'étaient pas les mêmes. Une telle approche ne procède d'aucun abus ou excès du pouvoir d'appréciation. Au contraire, même si la recourante n'avait effectivement qu'un seul actionnaire, respectivement deux administrateurs durant les années en cause, il n'est pas exclu que cette situation change et qu'un tiers se trouve impliqué dans l'organisation de la société et ait accès aux données fiscales des époux Y.________. A ce propos, on peut s'étonner de l'argumentation de la recourante qui mentionne le fait qu'elle est représentée par le même mandataire que ses administrateurs. Cet argument n'est aucunement pertinent, dans la mesure où l'avocat est soumis au secret professionnel. Finalement, l'autorité précédente a également raison lorsqu'elle explique que les dispositions légales applicables à la contribuable, qui est une personne morale, ne sont pas les mêmes que celles qui s'appliquent aux époux, qui sont des personnes physiques. Dans ces conditions, on ne peut qu'écarter le
grief de formalisme excessif de la recourante et refuser de joindre sa cause avec celle des époux Y.________.

3.

3.1. L'objet de la contestation porté devant le Tribunal fédéral est déterminé par l'arrêt attaqué. L'objet du litige, délimité par les conclusions des parties (art. 107 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 107 Entscheid - 1 Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
1    Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
2    Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat.
3    Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen oder der internationalen Amtshilfe in Steuersachen als unzulässig, so fällt es den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels. Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen ist es nicht an diese Frist gebunden, wenn das Auslieferungsverfahren eine Person betrifft, gegen deren Asylgesuch noch kein rechtskräftiger Endentscheid vorliegt.96
4    Über Beschwerden gegen Entscheide des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195497 entscheidet das Bundesgericht innerhalb eines Monats nach Anhebung der Beschwerde.98
LTF), ne saurait s'étendre au-delà de l'objet de la contestation. Par conséquent, devant le Tribunal fédéral, le litige peut être réduit, mais ne saurait être ni élargi, ni transformé par rapport à ce qu'il était devant l'autorité précédente, qui l'a fixé dans le dispositif de l'arrêt entrepris (et qui est devenu l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral; ATF 142 I 155 consid. 4.4.2 p. 156 et les références).

3.2. En l'occurrence, la Cour de justice, après avoir constaté la péremption du droit de taxer pour l'année 2002, aussi bien en matière d'IFD que d'ICC, a confirmé le jugement du Tribunal administratif de première instance en tant que celui-ci, en raison d'un bénéfice nul, excluait toute imposition des années 2011, 2012 et 2013 en matière d'IFD et d'ICC sur le bénéfice. En outre, l'autorité précédente a également confirmé la prescription des amendes relatives aux années 2002 et 2003, ainsi que l'annulation de l'amende pour l'année 2008, 2011 et 2012 en raison du fait que l'Administration fiscale n'avait pas respecté les dispositions légales applicables, respectivement en raison de l'absence de bénéfice pour les années 2011 et 2012.

3.3. La Cour de justice a pour le surplus été amenée à statuer sur divers éléments, déterminés par les conclusions des deux parties recourantes devant elle. Après avoir traité des griefs formels de la contribuable recourante (jonction de causes, violation du droit d'être entendue), elle a rejeté la conclusion restante de l'Administration fiscale (celle-ci ayant retiré une seconde conclusion le 2 août 2018), qui ne fait dès lors plus l'objet du présent litige. L'autorité précédente a ensuite examiné les griefs de la recourante, notamment la contestation des reprises en lien avec la répartition des charges mixtes relatives au jardin, à la cour et au parking de l'immeuble appartenant à l'administrateur et actionnaire de la société (surfaces extérieures). A ce propos, la Cour de justice a constaté que l'Administration fiscale, qui s'est rendue à deux reprises sur les lieux, avait dûment expliqué quels éléments elle avait pris en compte dans le calcul des surfaces commerciales et privées s'agissant de la répartition des charges mixtes extérieures. Elle a relevé que la recourante n'avait pas apporté d'éléments probants supplémentaires permettant de conclure au caractère manifestement erroné des surfaces prises en compte par
l'Administration fiscale. Considérant que la recourante ne faisait que présenter ses propres calculs et sa propre vision des faits, sans apporter d'éléments nouveaux, l'autorité précédente a conclu en retenant que l'Administration fiscale n'avait pas excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation. Elle a ensuite jugé que la recourante remplissait les éléments constitutifs des infractions de soustraction d'impôt et de tentative de soustraction d'impôt et qu'il ne se justifiait pas de réduire la quotité de l'amende. Elle a finalement considéré que rien ne s'opposait à ce qu'il soit statué sur l'infraction de tentative de soustraction d'impôt en parallèle de la procédure de taxation.

3.4. Dans son recours au Tribunal fédéral, présentant son propre calcul, la contribuable demande en substance que la répartition des charges mixtes relatives à l'extérieur de l'immeuble soit de 90,3% commerciale et 9,7% privée, subsidiairement, à toute le moins, de respectivement 78,1% et 21,9%. Elle conteste en outre l'existence de l'élément subjectif de l'infraction de soustraction d'impôt et demande à défaut une réduction de la quotité de l'amende. Elle est encore d'avis que les amendes pour tentatives de soustraction d'impôt ne sauraient être prononcées avant que les décisions de taxation soient entrées en force.

3.5. Demeure par conséquent litigieux les rappels d'impôt pour les années 2003 à 2007 en matière d'IFD et d'ICC, la taxation du bénéfice (IFD et ICC) 2008 à 2010 et du capital (ICC) 2008 à 2013, ainsi que les amendes (IFD et ICC) prononcées pour soustraction d'impôt des années 2004 à 2007 et pour tentative de soustraction d'impôt des années 2009 et 2010. S'agissant de ces périodes fiscales, compte tenu des griefs de la recourante, il convient par conséquent d'examiner si la répartition des charges mixtes de 52,58% de part commerciale et 47,42% de part privée retenue par la Cour de justice doit être confirmée et si la recourante a agi intentionnellement, le cas échéant s'il convient de réduire la quotité de son amende et s'il est possible de prononcer une amende pour tentative de soustraction d'impôt.
En outre, la Cour de justice a d'ores et déjà constaté la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour l'année 2002. Elle a également confirmé le jugement du Tribunal administratif de première instance en tant que celui-ci a constaté la prescription de l'action pénale pour les années 2002 et 2003. Ces éléments, hors de l'objet de la contestation, ne sauraient par conséquent faire l'objet du présent litige, raison pour laquelle il n'y a pas à les examiner.

4.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêt 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 3 et les références).
En matière d'IFD, la LIFD, entrée en vigueur le 1 er janvier 1995, est ainsi applicable aux périodes litigieuses. L'ICC est régi par la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM/GE; RSGE D 3 15), par la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc/GE; RSGE D 3 17), ainsi que par la LHID, entrée en vigueur le 1 er janvier 1993, avec un délai pour les cantons au 31 décembre 2000 pour adapter leur législation (art. 72 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72 Anpassung der kantonalen Gesetzgebungen - 1 Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
1    Die Kantone passen ihre Gesetzgebung den Bestimmungen dieses Gesetzes auf den Zeitpunkt von deren Inkrafttreten an. Der Bund nimmt bei der Festlegung des Zeitpunkts der Inkraftsetzung Rücksicht auf die Kantone; er lässt ihnen in der Regel eine Frist von mindestens zwei Jahren für die Anpassung ihrer Gesetzgebung. 222
2    Nach ihrem Inkrafttreten finden die Bestimmungen dieses Gesetzes direkt Anwendung, wenn ihnen das kantonale Steuerrecht widerspricht. 223
3    Die Kantonsregierung erlässt die erforderlichen vorläufigen Vorschriften.
LHID).

5.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 p. 171) tant pour l'IFD que l'ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4 p. 172; arrêts 2C 333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C 12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV 136).

5.1. L'art. 152 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
1    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
2    Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
1    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
2    Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
LIFD; cf. ATF 140 I 68 consid. 6.1 p. 73). Les art. 61 al. 1 et 3 LPFisc/GE et 53 al. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et l'ICC.
En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt a été notifié à la recourante en novembre 2012 pour l'IFD et l'ICC 2002 à 2007. Le délai de péremption de dix ans des art. 152 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
1    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
2    Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
LIFD, 61 al. 1 LPFisc/GE et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté. En revanche, s'agissant du délai de péremption relatif au droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année fiscale 2003 (art. 152 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
1    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
2    Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
LIFD, 61 al. 3 LPFisc/GE et 53 al. 3 LHID), celui-ci est survenu à la fin de la période fiscale 2018, si bien qu'à l'instar de l'année fiscale 2002, le droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année 2003 est également périmé. Pour le droit de procéder au rappel d'impôt des années 2004 à 2007, celui-ci n'est ni prescrit, ni périmé.

5.2. S'agissant du droit de taxer les années fiscales 2008 à 2013 (ces années n'ayant pas fait l'objet d'un rappel d'impôt), l'art. 120 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
phr. 1 LIFD, respectivement les art. 22 al. 1 phr. 1 LPFisc/GE et 47 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 47 Verjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre, bei Stillstand oder Unterbrechung der Verjährung spätestens 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre, bei Stillstand oder Unterbrechung der Verjährung spätestens 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode.
2    Steuerforderungen verjähren fünf Jahre, nachdem die Veranlagung rechtskräftig geworden ist, bei Stillstand oder Unterbrechung der Verjährung jedoch spätestens zehn Jahre nach Ablauf des Jahres, in dem die Steuern rechtskräftig festgesetzt worden sind.
LHID, disposent que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Aux termes de l'art. 120 al. 2 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD, respectivement 22 al. 2 let. a LPFisc/GE, la prescription ne court pas ou est suspendue pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision. En outre, selon les art. 120 al. 3 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
et d LIFD et 22 al. 3 let. a et d LPFisc/GE, un nouveau délai de prescription commence à courir (a) lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt, ainsi que (d) lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
En l'occurrence, s'agissant de l'année 2008, l'Administration fiscale, dès l'année 2009, a régulièrement sollicité la recourante pour que celle-ci lui remette des documents ou se soumette à des actes d'instruction. Elle a notamment requis des informations sur diverses dépenses les 9 septembre 2009 et 15 septembre 2010. Elle a informé la recourante d'un contrôle de ses locaux en relation avec cette période fiscale en avril 2012. Un nouveau contrôle est ensuite intervenu fin octobre 2012. Le 8 avril 2014, l'Administration fiscale a taxé la recourante pour l'année 2008, celle-ci ayant formé réclamation le 9 mai 2014. Compte tenu de ce déroulement des faits et en application des art. 120 al. 2 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
et al. 3 let. a LIFD, ainsi que 22 al. 2 let. a et al. 3 let. a LPFisc/GE, le délai de prescription a recommencé à courir, respectivement cessé de courir.
Pour les années 2009 à 2012 (s'agissant des années 2011 et 2012 uniquement imposition du capital propre en matière d'ICC), l'Administration fiscale a informé la recourante de l'ouverture d'une procédure pénale pour tentative de soustraction d'impôt le 15 avril 2014. On peut se demander si les art. 120 al. 3 let. d
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD et 22 al. 3 let. d LPFisc/GE s'appliquent également à la tentative de soustraction de l'art. 176
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 176 Versuchte Steuerhinterziehung - 1 Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
1    Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
2    Die Busse beträgt zwei Drittel der Busse, die bei vorsätzlicher und vollendeter Steuerhinterziehung festzusetzen wäre.
LIFD (art. 70 LPFisc/GE), bien qu'ils fassent expressément référence à la soustraction d'impôt consommée prévue à l'art. 175
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD (art. 69 LPFisc/GE). Si un auteur le préconise (cf. PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2015, n. 38 ad art. 120
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD), cette question peut être laissée ouverte puisque, comme le relèvent d'autres auteurs (cf. MASMEJEAN-FEY/VIANIN, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Noël/Aubry Girardin [éd.], 2 e éd. 2017, n. 19 ad art. 120
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD), l'information de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt constitue une mesure par laquelle l'autorité fiscale signale au contribuable sa volonté de procéder par la suite à sa taxation et relève ainsi de toute façon d'un cas d'application de l'art. 120 al. 3 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD, respectivement
de l'art. 22 al. 3 let. a LPFisc/GE (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.3 p. 68 et les références).
Ainsi, en informant la recourante de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2009 à 2012 le 15 avril 2014, l'Administration fiscale a fait courir un nouveau délai de prescription, raison pour laquelle aucune de ces années fiscales n'est prescrite à ce jour. S'agissant finalement de la période fiscale 2013 (uniquement imposition du capital propre en matière d'ICC), l'Administration fiscale a taxé la recourante en mars 2016. Celle-ci ayant élevé réclamation le 13 avril 2016, cela exclut toute prescription.

5.3. Avant le 1 er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien art. 184 al. 1 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LIFD [RO 1991 1184] cum art. 333 al. 6 let. b
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 333 - 1 Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen.
1    Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen.
2    In den anderen Bundesgesetzen werden ersetzt:
a  Zuchthaus durch Freiheitsstrafe von mehr als einem Jahr;
b  Gefängnis durch Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe;
c  Gefängnis unter sechs Monaten durch Geldstrafe, wobei einem Monat Freiheitsstrafe 30 Tagessätze Geldstrafe zu höchstens 3000 Franken entsprechen.
3    Wird Haft oder Busse oder Busse allein als Höchststrafe angedroht, so liegt eine Übertretung vor. Die Artikel 106 und 107 sind anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974509 über das Verwaltungsstrafrecht. Eine Übertretung ist die Tat auch dann, wenn sie in einem anderen Bundesgesetz, welches vor 1942 in Kraft getreten ist, mit einer Gefängnisstrafe bedroht ist, die drei Monate nicht übersteigt.
4    Vorbehalten sind die von Absatz 2 abweichenden Strafdauern und Artikel 41 sowie die von Artikel 106 abweichenden Bussenbeträge.
5    Droht ein anderes Bundesgesetz für ein Verbrechen oder Vergehen Busse an, so ist Artikel 34 anwendbar. Von Artikel 34 abweichende Bemessungsregeln sind nicht anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht. Ist die Busse auf eine Summe unter 1 080 000 Franken begrenzt, so fällt diese Begrenzung dahin. Ist die angedrohte Busse auf eine Summe über 1 080 000 Franken begrenzt, so wird diese Begrenzung beibehalten. In diesem Fall ergibt der bisher angedrohte Bussenhöchstbetrag geteilt durch 3000 die Höchstzahl der Tagessätze.
6    ...510
6bis    Wird eine Tat mit Freiheitsstrafe oder Geldstrafe mit einer Mindestanzahl Tagessätzen bedroht, so gilt diese Untergrenze auch für die Mindestanzahl Tage Freiheitsstrafe.511
7    Die in andern Bundesgesetzen unter Strafe gestellten Übertretungen sind strafbar, auch wenn sie fahrlässig begangen werden, sofern nicht nach dem Sinne der Vorschrift nur die vorsätzliche Begehung mit Strafe bedroht ist.
CP, en relation avec l'ATF 134 IV 328). Pour sa part, la poursuite de la tentative de soustraction se prescrivait par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction avait été commise (ancien art. 184 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
et al. 2 LIFD). Depuis le 1 er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LIFD). S'agissant de la tentative de soustraction, la poursuite pénale se prescrit toujours par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise (art. 184 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LIFD). Selon l'art. 184 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LIFD actuellement en vigueur, la
prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 182 Allgemeines - 1 Nach Abschluss der Untersuchung erlässt die zuständige kantonale Behörde eine Verfügung und eröffnet sie der betroffenen Person schriftlich.275
1    Nach Abschluss der Untersuchung erlässt die zuständige kantonale Behörde eine Verfügung und eröffnet sie der betroffenen Person schriftlich.275
2    Gegen letztinstanzliche kantonale Entscheide kann beim Bundesgericht nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005276 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden. Die Strafgerichtsbarkeit ist ausgeschlossen.277
3    Die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und das Beschwerdeverfahren gelten sinngemäss.
4    Der Kanton bezeichnet die Amtsstellen, denen die Verfolgung von Steuerhinterziehungen und von Verletzungen von Verfahrenspflichten obliegt.
LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 58 Verjährung der Strafverfolgung - 1 Die Strafverfolgung wegen Verletzung von Verfahrenspflichten verjährt drei Jahre und diejenige wegen versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden.
1    Die Strafverfolgung wegen Verletzung von Verfahrenspflichten verjährt drei Jahre und diejenige wegen versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden.
2    Die Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung verjährt zehn Jahre nach Ablauf:
a  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 56 Abs. 1);
b  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 56 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 56 Abs. 4).
3    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 57bis Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
, al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1 er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt:
1    Die Strafverfolgung verjährt:
a  bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden;
b  bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf:
b1  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1),
b2  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3).
2    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1 er janvier 2017 (art. 72s
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 72s
LHID; cf. art. 77 LPFisc/GE dont l'al. 2 diffère de l'art. 58 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 58 Verjährung der Strafverfolgung - 1 Die Strafverfolgung wegen Verletzung von Verfahrenspflichten verjährt drei Jahre und diejenige wegen versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden.
1    Die Strafverfolgung wegen Verletzung von Verfahrenspflichten verjährt drei Jahre und diejenige wegen versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden.
2    Die Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung verjährt zehn Jahre nach Ablauf:
a  der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 56 Abs. 1);
b  des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 56 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 56 Abs. 4).
3    Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 57bis Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat.
LHID). En vertu des art. 205f
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 205f Übergangsbestimmung zur Änderung vom 26. September 2014 - Für die Beurteilung von Straftaten, die in Steuerperioden vor Inkrafttreten der Änderung vom 26. September 2014 begangen wurden, ist das neue Recht anwendbar, sofern dieses milder ist als das in jenen Steuerperioden geltende Recht.
LIFD et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1 er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C 333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8.2; 2C 12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV 136).
En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée reprochée à la recourante au cours des périodes fiscales 2004 à 2007 ne s'est pas prescrite, dès lors que l'Administration fiscale a rendu une décision le 8 avril 2014 pour ces années, soit avant le délai de dix ans après la fin des périodes fiscales en cause. En application de l'ancien droit, la poursuite pénale des périodes fiscales 2004 à 2007 ne s'est pas non plus prescrite, dès lors que le 22 novembre 2012, l'Administration fiscale a informé la contribuable de l'ouverture de la procédure.
S'agissant de la poursuite pénale pour l'infraction de tentative de soustraction d'impôt reprochée à la recourante pour les périodes fiscales 2009 et 2010, le délai de prescription n'a pas encore commencé à courir, dès lors qu'en cas de litige, cela ne sera le cas qu'à partir du moment où le Tribunal fédéral aura statué sur ladite procédure (arrêt 2C 724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 6.4 et les références).

6.
Se prévalant d'arbitraire et de la maxime inquisitoire et citant en particulier les art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., ainsi que 112 al. 1 let. b LTF, la recourante conteste en premier lieu l'établissement des faits effectué par la Cour de justice.

6.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 99 - 1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
1    Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
2    Neue Begehren sind unzulässig.
LTF).
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 142 III 48 consid. 4.1.1 p. 52 s.; 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299 et les références). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299 et les références).

6.2. En l'occurrence, la recourante estime que l'autorité précédente n'a pas suffisamment établi les faits en relation avec la question de la répartition des charges mixtes. Selon elle, il n'est en particulier pas possible de comprendre le calcul effectué par l'Administration fiscale et confirmé par la Cour de justice, celle-ci ne reprenant en particulier jamais les divers éléments de ce calcul. Par ailleurs, elle est également d'avis que, même si l'Administration fiscale a procédé à plusieurs visites de l'immeuble, la Cour de justice ne pouvait pas renoncer à effectuer un transport sur place, respectivement expliquer que des plans se trouvaient au dossier et ne rien décrire dans l'arrêt quant aux composantes du calcul de répartition des charges mixtes. La recourante se plaint finalement du fait que l'autorité précédente n'a pas établi ce qu'étaient sa conscience et sa volonté dans le cadre de l'infraction de soustraction d'impôt.

6.3. La Cour de justice a repris la répartition des charges effectuée par l'Administration fiscale. Elle a ainsi confirmé la quote-part de 47,42%/52,58%, déterminée sur la base des mètres carrés affectés à l'activité commerciale des deux parcelles constituant l'immeuble en cause. Elle a retranscrit le tableau suivant:

Part privée m2 % Part commerciale m2 %
Parcelle n° 270 8'059 Manufacture 3'059
Parcelle n° 271 (cour) 700 Part commerciale sur parcelle n° 271 (cour) 400
Annexe Versoix 476
Total 8759 Total 3'935
- Manufacture (part commerciale) 3'059 - Surface sol bâtiment commercial parcelle n° 270 367
- Bois (exclu du calcul) 2'200 - Surface sol bâtiment commercial Versoix 266
- Part commerciale sur parcelle n° 271 (cour) 400
- Surface sol maison privée 122
2' 47.
Total surface privée 3'302 52.58
978 42

S'agissant de ces chiffres, la Cour de justice a considéré que l'Administration fiscale avait expliqué les éléments qu'elle avait pris en compte, ainsi que les surfaces retenues dans ses calculs. Celle-ci s'est en outre rendue à deux reprises sur place et s'est fondée sur le registre foncier et sur les plans transmis par la recourante. Sur le vu de ces éléments et procédant à une appréciation anticipée du moyen de preuve demandé, l'autorité précédente a estimé qu'un transport sur place n'était pas nécessaire. Quant à l'élément subjectif de l'infraction de soustraction d'impôt, la Cour de justice a jugé que la recourante " ne pouvait ignorer la nécessité d'opérer une séparation entre ce qui relevait des aspects commerciaux et privés, ce d'autant qu'elle a affirmé durant la procédure qu'elle savait très bien séparer les frais privés des siens et qu'elle n'avait de loin pas pris en charge l'intégralité de ceux de la famille ". L'autorité précédente en a déduit que, dans ces circonstances, " l'on ne voit pas pour quel autre motif que pour obtenir une taxation moins élevée elle pouvait considérer que la prise en charge de nombreux frais privés de la famille pouvait avoir un caractère commercial ".

6.4. En l'occurrence, la Cour de justice a repris les éléments de fait déterminés par l'Administration fiscale relatifs aux surfaces disponibles pour la recourante et celles disponibles, à titre privé, pour ses actionnaires/administrateurs. Elle a expliqué que ces éléments avaient été déterminés sur la base de la vision locale effectuée par l'autorité de première instance, ainsi que sur les plans à disposition et les extraits du registre foncier. On ne voit par conséquent pas en quoi retenir une répartition de 47,42% de part privée et 52,58% de part commerciale dans l'utilisation de l'immeuble en cause serait arbitraire. Les explications de la recourante à ce propos ne permettent pas d'arriver à une autre conclusion. Celle-ci, en se fondant notamment sur des faits qui n'ont pas été retenus par l'autorité précédente, se contente bien plus de présenter ses propres calculs et d'affirmer péremptoirement que ceux effectués par l'Administration fiscale et repris par la Cour de justice ne sont pas pertinents. Elle méconnaît en outre les développements pourtant clairs effectués par les autorités cantonales, qui ont exclu le bois du calcul, lorsqu'elle explique que personne ne se rend jamais dans ce bois. Ainsi, et pour autant que ses
explications remplissent les conditions de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, ce qui est douteux, la répartition des charges mixtes effectuée par l'autorité précédente n'est nullement arbitraire. En outre, dans la mesure où la Cour de justice a procédé à une appréciation anticipée des preuves, il ne saurait être question de violation du droit d'être entendu (cf. arrêt 2C 492/2017 du 20 octobre 2017 consid. 5.3). Finalement, et pour autant qu'il s'agisse d'une question d'établissement des faits, sur le vu des motifs de l'autorité précédente reproduits ci-dessus, on ne voit pas non plus en quoi celle-ci aurait établi l'élément subjectif de l'infraction de soustraction d'impôt sans qu'il soit possible de comprendre la conscience et la volonté de la recourante.

6.5. Entièrement mal fondé, les griefs d'établissement inexact des faits et de violation du droit d'être entendu doivent être écartés. Le Tribunal fédéral vérifiera ainsi la correcte application du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.

I. Impôt fédéral direct (rappel d'impôt et taxation)

7.

7.1. Aux termes de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel d'impôt est soumis à des conditions objectives. Il faut d'abord qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Le rappel d'impôt suppose ensuite l'existence d'un motif de rappel. A cet égard, l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
LIFD envisage en premier lieu la découverte de moyens de preuve ou de faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Le rappel d'impôt ne peut porter que sur les points pour lesquels l'autorité fiscale dispose de nouveaux éléments (arrêt 2C 760/2017 du 15 juin 2018
consid. 6.1 et les références).

7.2. Aux termes de l'art. 57
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn.
LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les distributions dissimulées de bénéfice (let. b 5 e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les références).
La question de savoir s'il existe une disproportion entre la prestation fournie par la société et la contre-prestation qu'elle en retire se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (" Drittvergleich ") : il s'agit d'examiner si la prestation aurait été accordée, dans la même mesure, à un tiers étranger à la société, soit de vérifier si le principe de pleine concurrence (" Dealing at arm's length ") a été respecté (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s. et les références).

7.3. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt entrepris qu'entre 2004 et 2010 (années pertinentes en l'espèce s'agissant de l'IFD), la recourante a porté en déduction de ses bénéfices l'entier des frais liés à l'entretien des extérieurs de la propriété de son actionnaire. A juste titre, la recourante ne conteste pas qu'il s'agisse-là d'une prestation fournie sans contre-prestation et qu'elle n'aurait à aucun moment effectué une prestation semblable en faveur d'un tiers. La recourante conteste uniquement la part des charges liées aux extérieurs de l'immeuble dont la Cour de justice a confirmé la déductibilité, c'est-à-dire 52,58% pour toutes les années en cause. Elle mentionne cependant elle-même qu'il s'agit d'une question d'appréciation et pas directement d'une question de droit. Or, une telle question est uniquement examinée sous l'angle de l'arbitraire par le Tribunal fédéral. La recourante, en se fondant en grande partie sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt contesté, se contente à ce propos de présenter ses propres vision et appréciation des faits et de proposer un autre calcul de la répartition des charges que celui retenu par l'autorité précédente (cf. consid. 6.4 ci-dessus). Il y a ainsi lieu de confirmer que seuls
52,58% des charges d'entretien des extérieurs de l'immeuble appartenant à l'actionnaire de la recourante pouvaient être supportés par celle-ci entre 2004 et 2010 et que ce ne sont que les montants effectivement acquittés, correspondant à ce pourcentage, qui pouvaient être déduits du bénéfice de la recourante, le surplus constituant des charges n'étant pas justifiées par l'usage commercial. Le grief de violation des art. 57
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn.
et 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD doit ainsi être écarté.

II. Impôt fédéral direct (soustraction)

8.
Dans ses griefs relatifs à l'infraction de soustraction d'impôt consommée, la recourante conteste en premier lieu avoir agi de manière fautive. S'il fallait tout de même retenir sa culpabilité, elle requiert une diminution de la quotité de son amende. En relation avec l'infraction de tentative de soustraction d'impôt, la recourante conteste la possibilité de prononcer une peine, faute de procédure de taxation entrée en force.

8.1. Selon l'art. 175
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD, est notamment puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète (al. 1); en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2). Pour qu'il y ait soustraction au sens de cette disposition, il faut donc qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier.

8.1.1. En l'espèce, les déclarations fiscales des années 2004 à 2007 de la recourante étaient incomplètes au sens de l'art. 124 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 124 Steuererklärung - 1 Die zuständige Steuerbehörde fordert die Steuerpflichtigen durch öffentliche Bekanntgabe, durch persönliche Mitteilung oder durch Zustellung des Formulars auf, die Steuererklärung einzureichen. Auch Steuerpflichtige, die weder eine persönliche Mitteilung noch ein Formular erhalten haben, müssen eine Steuererklärung einreichen.220
1    Die zuständige Steuerbehörde fordert die Steuerpflichtigen durch öffentliche Bekanntgabe, durch persönliche Mitteilung oder durch Zustellung des Formulars auf, die Steuererklärung einzureichen. Auch Steuerpflichtige, die weder eine persönliche Mitteilung noch ein Formular erhalten haben, müssen eine Steuererklärung einreichen.220
2    Die steuerpflichtige Person muss die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen, persönlich unterzeichnen und samt den vorgeschriebenen Beilagen fristgemäss der zuständigen Steuerbehörde einreichen.221
3    Der Steuerpflichtige, der die Steuererklärung nicht oder mangelhaft ausgefüllt einreicht, wird aufgefordert, das Versäumte innert angemessener Frist nachzuholen.
4    Bei verspäteter Einreichung und bei verspäteter Rückgabe einer dem Steuerpflichtigen zur Ergänzung zurückgesandten Steuererklärung ist die Fristversäumnis zu entschuldigen, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Landesabwesenheit, Krankheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung oder Rückgabe verhindert war und dass er das Versäumte innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe nachgeholt hat.222
LIFD, puisqu'elles présentaient des déductions trop importantes et, partant des bénéfices imposables insuffisants. En 2012, l'Administration fiscale s'est aperçue de l'existence de ces déductions après que les taxations des années 2004 à 2007 furent toutes entrées en force. Par conséquent, les éléments objectifs de la soustraction réprimée à l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD sont réunis, la base d'imposition ayant été indûment réduite et l'impôt acquitté étant de ce fait insuffisant, ce qui n'est au demeurant pas contesté.

8.1.2. L'infraction de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD comprend un élément subjectif: elle doit avoir été commise intentionnellement ou par négligence. En tant qu'elle suppose des qualités psychiques dont sont dépourvues les personnes morales, la faute au sens de cette disposition ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (art. 181
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 181 - 1 Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst.
1    Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst.
2    Werden im Geschäftsbereich einer juristischen Person Teilnahmehandlungen (Anstiftung, Gehilfenschaft, Mitwirkung) an Steuerhinterziehungen Dritter begangen, so ist Artikel 177 auf die juristische Person anwendbar.
3    Die Bestrafung der handelnden Organe oder Vertreter nach Artikel 177 bleibt vorbehalten.
4    Bei Körperschaften und Anstalten des ausländischen Rechts und bei ausländischen Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit gelten die Absätze 1-3 sinngemäss.
LIFD; ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 90 s.). Comme susmentionné, la recourante maintient ne pas avoir agi fautivement en déduisant de son bénéfice imposable des charges qui n'étaient pas justifiées par l'usage commercial. Elle estime à ce propos que ses organes ont rempli ses déclarations d'impôt seuls et que ceux-ci ignoraient la nécessité de séparer les charges privées des charges de la société. Pour eux, toutes les charges d'entretien de l'immeuble devaient être supportées par la société.

8.1.3. Les notions d'intention et de négligence de l'art. 175
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD sont identiques à celles de l'art. 12 al. 2
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 12 - 1 Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht.
1    Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht.
2    Vorsätzlich begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt.
3    Fahrlässig begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist.
et 3
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 12 - 1 Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht.
1    Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht.
2    Vorsätzlich begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt.
3    Fahrlässig begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist.
CP (dans sa version applicable depuis le 1 er janvier 2008). Ainsi, agit intentionnellement quiconque commet un crime ou un délit avec conscience et volonté. L'auteur agit déjà intentionnellement lorsqu'il tient pour possible la réalisation de l'infraction et l'accepte au cas où celle-ci se produirait (art. 12 al. 2
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 12 - 1 Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht.
1    Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht.
2    Vorsätzlich begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt.
3    Fahrlässig begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist.
CP). En outre, commet un crime ou un délit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle (art. 12 al. 3
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 12 - 1 Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht.
1    Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht.
2    Vorsätzlich begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt.
3    Fahrlässig begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist.
CP), par quoi l'on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.3 p. 91 et les références). Etablir la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). En revanche, vérifier si l'autorité s'est fondée sur
la notion exacte d'intention (ou de négligence) est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement (arrêt 2C 129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 9.1 et les références).

8.1.4. En l'espèce, il ressort des faits de l'arrêt entrepris que les organes de la recourante ont affirmé durant la procédure qu'ils savaient très bien séparer les frais commerciaux de leurs propres frais et que la société n'avait de loin pas pris en charge l'intégralité de ceux de la famille. Il ressort également de l'arrêt précité le fait que, lors d'un contrôle TVA de la recourante intervenu en 2005, les organes de celle-ci ont été rendus attentifs au sujet de la nécessité de procéder à une séparation entre les frais privés et les frais commerciaux. Sur la base de ces éléments, on ne saurait faire grief à la Cour de justice d'avoir retenu que la recourante avait agi intentionnellement ou, à tout le moins, par dol éventuel. Le fait d'avoir été avertie de l'obligation de procéder à la séparation des biens privés et commerciaux et le fait que ses organes aient eux mêmes affirmé savoir procéder à une telle séparation suffit à reconnaître l'élément subjectif de l'infraction. Sur la base de ces faits, la recourante devait reconnaître que les frais d'entretien de la piscine ou de la cour extérieure de l'immeuble n'avaient aucun caractère commercial. Le fait que ses organes aient, comme elle l'affirme, une formation de gemmologue et
aucune connaissances en droit comptable ou fiscal n'y change rien. Ceux-ci sont en effet administrateurs de la recourante depuis de très nombreuses années et bénéficient de ce fait d'une grande expérience, élément qui, ajouté à ceux présentés ci-dessus, exclut toute notion de négligence.

8.2.

8.2.1. Le montant de l'impôt soustrait constitue le premier élément de fixation de la peine. Celle-ci doit ensuite être fixée selon le degré de faute de l'auteur. En présence d'une infraction intentionnelle sans circonstances particulières, l'amende équivaut en règle générale au montant de l'impôt soustrait. En cas de faute grave, l'amende doit donc en principe être supérieure à une fois l'impôt soustrait et peut être au plus triplée (cf. art. 175 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD). La quotité précise de l'amende doit par ailleurs être fixée en tenant compte des dispositions de la partie générale du CP. Ainsi, conformément à l'art. 106 al. 3
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 106 - 1 Bestimmt es das Gesetz nicht anders, so ist der Höchstbetrag der Busse 10 000 Franken.
1    Bestimmt es das Gesetz nicht anders, so ist der Höchstbetrag der Busse 10 000 Franken.
2    Das Gericht spricht im Urteil für den Fall, dass die Busse schuldhaft nicht bezahlt wird, eine Ersatzfreiheitsstrafe von mindestens einem Tag und höchstens drei Monaten aus.
3    Das Gericht bemisst Busse und Ersatzfreiheitsstrafe je nach den Verhältnissen des Täters so, dass dieser die Strafe erleidet, die seinem Verschulden angemessen ist.
4    Die Ersatzfreiheitsstrafe entfällt, soweit die Busse nachträglich bezahlt wird.
5    Auf den Vollzug und die Umwandlung der Busse sind die Artikel 35 und 36 Absatz 2 sinngemäss anwendbar.151
CP, l'amende doit être fixée en tenant compte de la situation de l'auteur, afin que la peine corresponde à la faute commise. Les principes régissant la fixation de la peine prévus à l'art. 47
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 47 - 1 Das Gericht misst die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters.
1    Das Gericht misst die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters.
2    Das Verschulden wird nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden.
CP s'appliquent. En droit pénal fiscal, les éléments principaux à prendre en considération sont le montant de l'impôt éludé, la manière de procéder, les motivations, ainsi que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur. Les circonstances atténuantes de l'art. 48
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 48 - Das Gericht mildert die Strafe, wenn:
a  der Täter gehandelt hat:
a1  aus achtenswerten Beweggründen,
a2  in schwerer Bedrängnis,
a3  unter dem Eindruck einer schweren Drohung,
a4  auf Veranlassung einer Person, der er Gehorsam schuldet oder von der er abhängig ist;
b  der Täter durch das Verhalten der verletzten Person ernsthaft in Versuchung geführt worden ist;
c  der Täter in einer nach den Umständen entschuldbaren heftigen Gemütsbewegung oder unter grosser seelischer Belastung gehandelt hat;
d  der Täter aufrichtige Reue betätigt, namentlich den Schaden, soweit es ihm zuzumuten war, ersetzt hat;
e  das Strafbedürfnis in Anbetracht der seit der Tat verstrichenen Zeit deutlich vermindert ist und der Täter sich in dieser Zeit wohl verhalten hat.
CP sont aussi applicables par analogie en droit pénal fiscal (pour tout ce qui précède, ATF 144 IV 136 consid. 7.2.1 s. et les références).

8.2.2. En l'occurrence, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle affirme avoir été sanctionnée deux fois pour la même faute, une amende ayant été prononcée contre elle et une autre contre ses administrateurs. S'agissant de deux personnes différentes, cela ne justifie aucunement une réduction de la quotité de la peine. Bien plus, comme l'a jugé la Cour de justice, en fixant la peine aux deux tiers de l'impôt soustrait, il ne saurait être question d'excès ou d'abus du pouvoir d'appréciation de l'Administration fiscale. Celle-ci a pris en compte tous les éléments présentés ci-avant, en particulier le caractère intentionnel de l'infraction, ainsi que la durée durant laquelle la recourante a trompé les autorités fiscales et les montants soustraits pour fixer la peine. Sa bonne collaboration a en outre également été considérée. S'agissant de l'argument de la recourante relatif à une substitution de motifs effectuée par l'Administration fiscale dans sa décision sur réclamation en relation avec le motif de la "double faute", on ne voit pas où elle désire en venir. Ce motif n'étant pas pertinent quant à la fixation de la peine, comme l'a relevé l'autorité précédente, il n'y a pas à examiner son incidence.

8.3. Aux termes de l'art. 176
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 176 Versuchte Steuerhinterziehung - 1 Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
1    Wer eine Steuer zu hinterziehen versucht, wird mit Busse bestraft.
2    Die Busse beträgt zwei Drittel der Busse, die bei vorsätzlicher und vollendeter Steuerhinterziehung festzusetzen wäre.
LIFD, celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende (al. 1). L'amende est fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (al. 2). La tentative de soustraction se situe entre les actes préparatoires d'une soustraction, qui ne sont pas punissables, et la soustraction consommée (art. 175
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD), qui l'est. Le comportement illicite réprimé correspond, sur le plan objectif, à celui de la soustraction fiscale au sens de l'art. 175
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD. Dans la procédure de taxation, il suffit que le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète et qui n'est pas conforme à la vérité au sens de l'art. 124 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 124 Steuererklärung - 1 Die zuständige Steuerbehörde fordert die Steuerpflichtigen durch öffentliche Bekanntgabe, durch persönliche Mitteilung oder durch Zustellung des Formulars auf, die Steuererklärung einzureichen. Auch Steuerpflichtige, die weder eine persönliche Mitteilung noch ein Formular erhalten haben, müssen eine Steuererklärung einreichen.220
1    Die zuständige Steuerbehörde fordert die Steuerpflichtigen durch öffentliche Bekanntgabe, durch persönliche Mitteilung oder durch Zustellung des Formulars auf, die Steuererklärung einzureichen. Auch Steuerpflichtige, die weder eine persönliche Mitteilung noch ein Formular erhalten haben, müssen eine Steuererklärung einreichen.220
2    Die steuerpflichtige Person muss die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen, persönlich unterzeichnen und samt den vorgeschriebenen Beilagen fristgemäss der zuständigen Steuerbehörde einreichen.221
3    Der Steuerpflichtige, der die Steuererklärung nicht oder mangelhaft ausgefüllt einreicht, wird aufgefordert, das Versäumte innert angemessener Frist nachzuholen.
4    Bei verspäteter Einreichung und bei verspäteter Rückgabe einer dem Steuerpflichtigen zur Ergänzung zurückgesandten Steuererklärung ist die Fristversäumnis zu entschuldigen, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Landesabwesenheit, Krankheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung oder Rückgabe verhindert war und dass er das Versäumte innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe nachgeholt hat.222
LIFD. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts avant que la décision de taxation ne soit entrée en force, car, ensuite, la soustraction est consommée (arrêt 2C 722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 9.2 et les références).

8.4. La recourante soutient qu'une tentative de soustraction ne peut être établie qu'une fois la taxation entrée en force et que les amendes, si elles devaient être maintenues, ne pourraient être prononcées qu'une fois la taxation définitivement arrêtée.
Une fois de plus, la recourante ne saurait être suivie. On relèvera d'abord, en renvoyant à ce qui a été mentionné ci-dessus en relation avec l'infraction de soustraction d'impôt (cf. consid. 8.1 ci-dessus), que la recourante remplit les conditions objectives et subjectives de l'infraction de tentative de soustraction d'impôt. Elle a en particulier procédé à de fausses déclarations pour les années 2009 et 2010 et ces périodes fiscales n'ont pas encore fait l'objet de taxations définitives. Pour le surplus, on ne voit pas où elle désire en venir avec son affirmation relative à l'entrée en force des taxations. On ne peut que constater que les taxations 2009 et 2010 entrent en force avec le présent arrêt et que, de ce fait, c'est de manière pleinement justifiée que l'autorité précédente a confirmé la condamnation de la recourante.
S'agissant de la quotité de le peine, il peut également être renvoyé à ce qui a été présenté précédemment (cf. consid. 8.3 ci-dessus).

III. Impôts cantonal et communal

9.
Concernant les conditions du rappel d'impôt, les art. 53 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden.
2    Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist.
3    Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht.
4    Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.196
phr. 1 LHID et 59 al. 1 LPFisc/GE correspondent à l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
LIFD (cf. arrêt 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 7.3 et les références). En outre, selon l'art. 24 al. 1 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LHID, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. L'art. 12 LIPM/GE, en particulier l'art. 12 let. a et d LIPM/GE, qui correspond sur ce point à l'art. 58 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
et b LIFD, est conforme à la loi sur l'harmonisation fiscale (cf. arrêt 2C 11/2018 du 10 décembre 2018 consid. 11 et les références). Par conséquent, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct concernant le rappel d'impôt et la déduction des frais d'entretien des immeubles s'appliquent aussi à l'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales sous examen (rappel d'impôt et taxation). En outre, d'un point de vue des impôts cantonal et communal, les dispositions de la LHID (art. 56 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 56 Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1bis    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Steuerbehörden bei der Feststellung der hinterzogenen Vermögens- und Einkommenselemente vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.200
1ter    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 1bis auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.201
2    Wer Steuern zu hinterziehen versucht, wird mit einer Busse bestraft, die zwei Drittel der bei vollendeter Begehung auszufällenden Busse beträgt.
3    Wer zu einer Steuerhinterziehung anstiftet, Hilfe leistet oder als Vertreter des Steuerpflichtigen vorsätzlich eine Steuerhinterziehung bewirkt oder an einer solchen mitwirkt, wird ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit des Steuerpflichtigen mit Busse bestraft und haftet solidarisch für die hinterzogene Steuer. Die Busse beträgt bis zu 10 000 Franken, in schweren Fällen oder bei Rückfall bis zu 50 000 Franken.
3bis    Zeigt sich eine Person nach Absatz 3 erstmals selbst an und sind die Voraussetzungen nach Absatz 1bis Buchstaben a und b erfüllt, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen und die Solidarhaftung entfällt.202
4    Wer Nachlasswerte, zu deren Bekanntgabe er im Inventarverfahren verpflichtet ist, verheimlicht oder beiseite schafft, in der Absicht, sie der Inventaraufnahme zu entziehen, sowie
5    Zeigt sich eine Person nach Absatz 4 erstmals selbst an, so wird von einer Strafverfolgung wegen Verheimlichung oder Beiseiteschaffung von Nachlasswerten im Inventarverfahren und wegen allfälliger anderer in diesem Zusammenhang begangener Straftaten abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Widerhandlung keiner Steuerbehörde bekannt ist; und
b  die Person die Verwaltung bei der Berichtigung des Inventars vorbehaltlos unterstützt.204
et 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 56 Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1bis    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Steuerbehörden bei der Feststellung der hinterzogenen Vermögens- und Einkommenselemente vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.200
1ter    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 1bis auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.201
2    Wer Steuern zu hinterziehen versucht, wird mit einer Busse bestraft, die zwei Drittel der bei vollendeter Begehung auszufällenden Busse beträgt.
3    Wer zu einer Steuerhinterziehung anstiftet, Hilfe leistet oder als Vertreter des Steuerpflichtigen vorsätzlich eine Steuerhinterziehung bewirkt oder an einer solchen mitwirkt, wird ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit des Steuerpflichtigen mit Busse bestraft und haftet solidarisch für die hinterzogene Steuer. Die Busse beträgt bis zu 10 000 Franken, in schweren Fällen oder bei Rückfall bis zu 50 000 Franken.
3bis    Zeigt sich eine Person nach Absatz 3 erstmals selbst an und sind die Voraussetzungen nach Absatz 1bis Buchstaben a und b erfüllt, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen und die Solidarhaftung entfällt.202
4    Wer Nachlasswerte, zu deren Bekanntgabe er im Inventarverfahren verpflichtet ist, verheimlicht oder beiseite schafft, in der Absicht, sie der Inventaraufnahme zu entziehen, sowie
5    Zeigt sich eine Person nach Absatz 4 erstmals selbst an, so wird von einer Strafverfolgung wegen Verheimlichung oder Beiseiteschaffung von Nachlasswerten im Inventarverfahren und wegen allfälliger anderer in diesem Zusammenhang begangener Straftaten abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Widerhandlung keiner Steuerbehörde bekannt ist; und
b  die Person die Verwaltung bei der Berichtigung des Inventars vorbehaltlos unterstützt.204
LHID) et du droit cantonal genevois (art. 69 et 70 LPFisc/GE) relatives à la soustraction d'impôt ont des teneurs et une portée similaires à celles de la LIFD (cf. arrêt 2C 125/2018 du 24
septembre 2018 consid. 10.1). Il s'ensuit que les motifs qui ont conduit à l'admission partielle du recours en matière d'impôt fédéral direct (dans la mesure où la période fiscale 2003 est prescrite) s'appliquent également en matière d'impôt cantonal et communal. Les griefs de la recourante doivent par conséquent être écartés pour le surplus.

10.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours, tant en matière d'IFD que d'ICC. Succombant dans une très large mesure, la recourante doit supporter la plus grande partie des frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF), le solde étant à la charge du canton de Genève, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
et 4
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). En tant qu'il succombe partiellement, le canton de Genève sera condamné à verser à la recourante des dépens réduits (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF), aucun dépens ne lui étant alloué (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF). Il ne se justifie en outre pas de répartir autrement les frais de la procédure antérieure (cf. art. 67
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen.
LTF), puisqu'au moment du prononcé de l'arrêt entrepris, la période fiscale 2003 n'était pas encore prescrite.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et l'arrêt de la Cour de justice du 21 août 2018 est annulé dans la mesure où il a trait à la période fiscale 2003. Le recours est rejeté pour le surplus.

2.
Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal et l'arrêt de la Cour de justice du 21 août 2018 est annulé dans la mesure où il a trait à la période fiscale 2003. Le recours est rejeté pour le surplus.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'500 fr., sont mis pour 5'000 fr. à la charge de la recourante, et pour 500 fr. à la charge du canton de Genève.

4.
La canton de Genève versera à la recourante la somme de 500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.

5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 17 avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

Le Greffier : Tissot-Daguette