Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 810/2017

Arrêt du 16 août 2018

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Aubry Girardin et Haag.
Greffière : Mme Kleber.

Participants à la procédure
A.________,
recourant,

contre

Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, route de Berne 46, 1014 Lausanne.

Objet
Impôt cantonal et communal du canton de Vaud (sauf soustraction), impôt fédéral direct, 2003, 2007, 2008, 2009, 2011,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 17 août 2017 (FI.2017.0011).

Faits :

A.
A.________ (ci-après aussi: le contribuable), né en 1934, exerce à B.________ en qualité d'indépendant la profession d'agent d'affaires breveté.

B.

B.a. Période fiscale 2003
Par décision de taxation du 6 avril 2005, l'Office d'impôt du district de Morges a fixé le revenu imposable de A.________ pour la période fiscale 2003 à 146'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) et à 154'000 fr. pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Elle a arrêté à 383'000 fr. la fortune imposable.
Le 4 mai 2005, A.________ a formé une réclamation contre cette décision, qu'il a déclarée maintenir le 17 juin 2005.
Le 29 février 2016, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a émis une nouvelle détermination des éléments imposables. A.________ a maintenu sa réclamation.
Par décision sur réclamation du 10 janvier 2017, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation. Elle a fixé le revenu imposable à 76'500 fr. pour les ICC, à 83'601 fr. pour l'IFD, et la fortune imposable à 411'000 fr.

B.b. Période fiscale 2007
Par décision de taxation du 13 novembre 2012, l'Administration cantonale a fixé le revenu imposable de A.________ pour la période fiscale 2007 à 196'400 fr. pour les ICC, à 200'800 fr. pour l'IFD (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), et sa fortune imposable à 348'000 fr. Par rapport à la déclaration d'impôt du contribuable déposée le 14 octobre 2008, l'Administration cantonale a repris, tant dans le revenu imposable que dans la fortune imposable, un montant de 47'374 fr. pour des travaux en cours non comptabilisés, somme correspondant à 1/8 e du chiffre d'affaires réalisé au cours de l'année 2007.
Le 14 décembre 2012, A.________ a formé une réclamation contre cette décision.
Le 29 février 2016, l'Administration cantonale a notifié au contribuable une nouvelle détermination des éléments imposables, arrêtant le revenu imposable à 242'400 fr. pour les ICC, à 246'700 fr. pour l'IFD et la fortune imposable à 349'000 fr. Selon le nouveau calcul, la reprise pour travaux en cours s'élevait à 48'784 fr. A.________ a maintenu sa réclamation.
Par décision sur réclamation du 10 janvier 2017, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation.

B.c. Périodes fiscales 2008, 2009 et 2011
Pour la période fiscale 2008, A.________ a déclaré, le 16 octobre 2009, un revenu imposable de 154'125 fr. et une fortune imposable de 310'595 fr.
Pour la période fiscale 2009, A.________ a déclaré, le 10 septembre 2010, un revenu imposable de 110'361 fr. et une fortune imposable de 376'824 fr.
Pour la période fiscale 2011, A.________ a déclaré, le 1 er octobre 2012, un revenu imposable de 131'958 fr. et une fortune imposable de 319'600 fr.
Le 8 octobre 2013, l'Administration cantonale a effectué un contrôle des comptes de l'activité indépendante de A.________, notamment en relation avec les périodes fiscales 2008, 2009 et 2011.
Après avoir demandé à plusieurs reprises à la fin de l'année 2013 et au cours de l'année 2014 au contribuable de produire des pièces justificatives, l'Administration cantonale, a, le 30 avril 2015, sommé celui-ci de fournir les pièces sollicitées, en le rendant attentif au fait qu'en cas d'inexécution, elle procéderait à une taxation d'office. A.________ n'a pas produit les documents demandés et n'a pas voulu se rendre à l'entrevue proposée par l'Administration cantonale.
Le 29 février 2016, l'Administration cantonale a notifié au contribuable trois décisions de taxation d'office pour les périodes fiscales 2008, 2009 et 2011 et lui a infligé des amendes pour violation des obligations de procédure pour chaque période. Pour 2008, elle a retenu un revenu imposable de 180'000 fr. pour les ICC, de 184'400 fr. pour l'IFD et une fortune imposable de 354'000 fr. Pour 2009, elle a arrêté le revenu imposable à 169'800 fr. pour les ICC, à 174'300 fr. pour l'IFD et la fortune imposable à 427'000 fr. Pour 2011, elle a fixé le revenu imposable à 157'800 fr. pour les ICC, à 162'100 fr. pour l'IFD et la fortune imposable à 352'000 fr. Pour chaque période fiscale, l'Administration cantonale a prononcé une amende de 500 fr. pour les ICC et de 250 fr. pour l'IFD.
Le 31 mars 2016, A.________ a formé des réclamations contre les décisions de taxation d'office. Le 4 avril 2016, il a formé réclamation contre les prononcés d'amende (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).
Par décision sur réclamation du 10 janvier 2017, l'Administration cantonale a rejeté les réclamations formées contre les décisions de taxation du 29 février 2016, qu'elle a traitées comme des décisions de taxation ordinaires (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), et a déclaré irrecevables les réclamations formées à l'encontre des prononcés d'amendes (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).

C.
Contre la décision de l'Administration cantonale du 10 janvier 2017, A.________ a formé recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), qui l'a rejeté par arrêt du 17 août 2017.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle subsidiaire du recours constitutionnel, A.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, principalement d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 17 août 2017 ainsi que la décision de l'Administration cantonale du 10 janvier 2017 et, subsidiairement, de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite l'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur le recours, ainsi que sur la requête d'effet suspensif, et se réfère aux considérants de son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet de la requête d'effet suspensif et du recours. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt du Tribunal cantonal du 17 août 2017, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. A.________ a déposé des observations finales, dans lesquelles il maintient ses conclusions.
Par ordonnance présidentielle du 5 octobre 2017, la II e Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.
Le Tribunal cantonal a rendu un seul arrêt valant tant pour l'IFD que pour les ICC du recourant, ce qui est en principe admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss), dès lors qu'il ressort clairement dudit arrêt que le litige porte sur les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262; arrêt 2C 576/2016 du 6 mars 2017 consid. 1.1 non publié in ATF 143 IV 130). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher au recourant d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264).

2.

2.1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendue par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF). Il a pour objet les taxations du recourant en matière d'IFD et d'ICC pour les périodes fiscales 2003, 2007, 2008, 2009 et 2011. Comme ce domaine relève du droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte (cf. aussi art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
Partant, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable (art. 113
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 113 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours constitutionnels contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance qui ne peuvent faire l'objet d'aucun recours selon les art. 72 à 89.
LTF a contrario).

2.2. Dans ses conclusions, le recourant demande sans autre précision l'annulation de l'arrêt attaqué, subsidiairement le renvoi de la cause au Tribunal cantonal, alors que le Tribunal fédéral a un pouvoir général de réforme (cf. art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF). On comprend toutefois à la lecture du recours que le recourant estime que la prescription est acquise pour quatre des cinq périodes fiscales concernées (2003, 2007, 2008 et 2009) et qu'il s'oppose, en tout état, à la reprise pour "travaux en cours" en lien avec la période fiscale 2007, ainsi qu'à trois reprises effectuées par l'Administration cantonale et confirmées par le Tribunal cantonal s'agissant des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011 (réduction de l'amortissement autorisé d'un véhicule; refus de prendre en compte un forfait pour frais de représentation et refus de la déduction d'un abonnement demi-tarif CFF). Il convient partant de ne pas se montrer trop formaliste (cf. ATF 137 II 313 consid. 1.3 p. 137) et d'admettre la conclusion en annulation de l'arrêt querellé.

2.3. En revanche, la conclusion tendant à l'annulation de la décision sur réclamation de l'Administration cantonale du 10 janvier 2017 est irrecevable, en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (cf. ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543). A cela s'ajoute que le recourant perd de vue qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral de contrôler les décisions de l'Administration cantonale, mais de vérifier si le Tribunal cantonal a correctement appliqué le droit. Les critiques du recourant dirigées contre l'Administration cantonale, sur un ton souvent vindicatif, n'ont pas leur raison d'être devant le Tribunal fédéral.

2.4. Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF), par le destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF). Il convient donc d'entrer en matière, sous la réserve qui précède (consid. 2.3).

3.

3.1. D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (arrêt 2C 826/2015 du 5 janvier 2017 consid. 2 non publié in ATF 143 I 73). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si un tel moyen a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 138 I 232 consid. 3 p. 237).

3.2. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375).

II. Prescription

4.
Le recourant soutient que la prescription est acquise pour les périodes fiscales 2003, 2007, 2008 et 2009. Il s'agit d'une question que le Tribunal fédéral revoit librement, tant pour l'IFD que pour les ICC, à moins que, s'agissant de ceux-ci, elle soit uniquement régie par le droit cantonal (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4 p. 172; arrêt 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4).

4.1. Selon l'art. 120 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
première phrase LIFD, le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. La prescription ne court cependant pas ou est suspendue pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision (art. 120 al. 2 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD). Par ailleurs, un nouveau délai de prescription commence à courir lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt (art. 120 al. 3 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, toutes les mesures des autorités tendant à la fixation de la prétention fiscale et portées à la connaissance du contribuable, de mêmes que de simples lettres ou injonctions, interrompent le délai de prescription (ATF 139 I 64 consid. 3.3 p. 68; 137 I 273 consid. 3.4.3 p. 281; 126 II 1 consid. 2c p. 3; arrêt 2C 1098/2014 du 1 er décembre 2015 consid. 5.1). Le Tribunal fédéral a notamment mentionné comme acte interruptif de la prescription l'annonce ou l'accomplissement d'un contrôle des livres (ATF 126 II 1 consid. 2c p. 3).
Enfin, la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale (art. 120 al. 4
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD).

4.2. L'art. 47 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 47 Prescription - 1 Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
1    Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
2    Les créances d'impôt se prescrivent par cinq ans à compter de l'entrée en force de la taxation; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force.
LHID retient pour sa part que le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
L'art. 170 de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 (LI/VD; RS/VD 642.11) a par ailleurs un contenu similaire à l'art. 120
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD. La question de la prescription peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et les ICC.

4.3. En l'occurrence, pour la période fiscale 2003, la prescription du droit de procéder à la taxation est suspendue depuis le 4 mai 2005, date du dépôt de la réclamation du recourant relative à cette période fiscale, soit moins de cinq ans après la fin de la période fiscale en cause. Il n'y a donc pas eu "d'interruption de la prescription après son échéance" comme le fait valoir le recourant, qui confond au surplus suspension et interruption de la prescription. Quant au droit absolu de procéder à la taxation, il ne parviendra à échéance que le 31 décembre 2018.
Pour la période fiscale 2007, la prescription est suspendue depuis le 14 décembre 2012, date du dépôt de la réclamation du recourant relative à cette période fiscale. La suspension étant intervenue avant le délai de cinq ans, qui arrivait à échéance le 31 décembre 2012, le droit de procéder à la taxation n'est pas prescrit. La prescription absolue n'est pas non plus acquise (échéance le 31 décembre 2022).
Pour ces deux périodes fiscales, la prescription n'est par conséquent pas acquise, ni en matière d'IFD, ni en matière d'ICC.

4.4. Pour les périodes fiscales 2008 et 2009, la première décision de taxation n'a été rendue que le 29 février 2016, alors que le délai de prescription de cinq ans à compter de la fin de la période fiscale arrivait à échéance le 31 décembre 2013, respectivement le 31 décembre 2014. Cela étant, comme l'a à juste titre souligné l'autorité précédente, le contrôle des comptes de l'activité indépendante du recourant, intervenu dans les locaux de l'intéressé le 8 octobre 2013, soit moins de cinq ans après la fin des périodes fiscales en cause, a eu pour effet d'interrompre la prescription et un nouveau délai de cinq ans a commencé à courir. La décision du 29 février 2016 est partant intervenue dans les délais; la prescription est en outre suspendue depuis la réclamation du recourant le 31 mars 2016. Par ailleurs, la prescription absolue n'est pas atteinte. Pour ces deux périodes fiscales, la prescription n'est donc pas acquise, ni pour l'IFD, ni pour les ICC.
Le droit de procéder à la taxation n'est enfin pas prescrit s'agissant de la période fiscale 2011, ce que le recourant ne conteste pas.

III. Période fiscale 2003

5.
Pour la période fiscale 2003, le recourant fait uniquement valoir la prescription. Ainsi qu'il a été vu, celle-ci n'est pas acquise. Il convient donc de confirmer l'arrêt entrepris en tant qu'il porte sur cette période, tant pour l'IFD que pour les ICC, attendu que si le Tribunal fédéral applique le droit d'office (cf. art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), il n'examine, compte tenu de l'exigence de motivation figurant à l'art. 42 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF, en principe que les griefs invoqués (cf. ATF 142 I 135 consid. 1.5 p. 144).

IV. Impôt fédéral direct, périodes fiscales 2007, 2008, 2009 et 2011

6.
Pour la période fiscale 2007, le recourant estime que l'autorité fiscale a de manière arbitraire ajouté à son revenu des travaux en cours à hauteur de 1/8 e du chiffre d'affaires. Il fait valoir qu'en tant qu'agent d'affaires breveté, il serait tenu de facturer périodiquement ses honoraires, par le biais de relevés intermédiaires. Il n'y aurait pas d'autre règle de facturation des affaires en cours, pour lesquelles les honoraires ne pourraient de toute façon pas être déterminés.

6.1. Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD).

6.2. Selon le principe de la périodicité de l'impôt sur le revenu, l'impôt dû pour une période fiscale donnée se calcule sur la base du revenu réalisé et des frais tombant durant cette période. Ce principe implique que l'on attribue un revenu à la période fiscale au cours de laquelle il a été réalisé. L'attribution d'un revenu à une période fiscale s'effectue ainsi selon le principe de la réalisation, qui y est lié (cf. ATF 137 II 353 consid. 6.4.4 p. 364; arrêts 2C 784/2017 du 8 mars 2018 consid. 7.4; 2C 683/2013 du 13 février 2014 consid. 6.3, résumé in RDAF 2015 II 88). Selon la jurisprudence, un revenu est réalisé lorsqu'une prestation est faite au contribuable ou que ce dernier acquiert une prétention ferme sur laquelle il a effectivement un pouvoir de disposition (cf. ATF 113 Ib 23 consid. 2e p. 26; 105 Ib 238 consid. 4a p. 242; arrêts 2C 784/2017 du 8 mars 2018 consid. 7.5; 2C 445/2015 du 26 août 2016 consid. 6.3.3; 2C 1050/2015 du 13 juin 2016 consid. 2.2; 2C 454/2015 du 1 er avril 2016 consid. 4.1). En règle générale, l'acquisition d'une prétention est déjà considérée comme un revenu dans la mesure où son exécution ne paraît pas incertaine. Ce n'est que si cette exécution paraît d'emblée peu probable que le moment de la
perception réelle de la prestation est pris en considération (ATF 113 Ib 23 consid. 2e p. 26; 105 Ib 238 consid. 4a p. 242; arrêt 2C 152/2015 du 31 juillet 2015 consid. 4.3). Dans le cas d'honoraires résultant de contrats de mandat, la prétention est acquise au moment où le mandat confié a été porté à son terme, ou, pour simplifier, au moment de la facturation (cf. arrêts 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2, in RF 68 2013 714; 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.1, in RDAF 2011 II 418). Pour pouvoir se baser sur la facturation, il est cependant nécessaire que celle-ci ne soit pas artificiellement retardée (cf. arrêts 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2; 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.1).
Dans ce contexte, un problème particulier se pose en lien avec les travaux ou activités en cours, soit des prestations non encore terminées, en particulier dans les contrats portant sur une longue période. Sur le principe, ces travaux en cours doivent être comptabilisés (cf. arrêts 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2 à 5.2.4; 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.1 et 4.2; 2A.196/1988 du 30 août 1989 consid. 3b; ROBERT DANON, in Commentaire de la LIFD, 2 e éd. 2017, n o 94 ad art. 58; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4 e éd. 2012, §7, n o 71; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, n o 69 ad art. 18
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD; cf. l'ancien art. 666 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
CO [RO 1992 733], abrogé avec la révision du 23 décembre 2011 [RO 2012 6679] et les actuels art. 959a al. 1 let. d
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 959a - 1 L'actif du bilan est présenté par ordre de liquidité décroissante; il comporte au moins les postes ci-après, indiqués séparément et selon la structure suivante:
1    L'actif du bilan est présenté par ordre de liquidité décroissante; il comporte au moins les postes ci-après, indiqués séparément et selon la structure suivante:
1  actif circulant:
1a  trésorerie et actifs cotés en bourse détenus à court terme,
1b  créances résultant de la vente de biens et de prestations de services,
1c  autres créances à court terme,
1d  stocks et prestations de services non facturées,
1e  actifs de régularisation;
2  actif immobilisé:
2a  immobilisations financières,
2b  participations,
2c  immobilisations corporelles,
2d  immobilisations incorporelles,
2e  capital social ou capital de la fondation non libéré.
2    Le passif du bilan est présenté par ordre d'exigibilité décroissante; il comporte au moins les postes ci-après, indiqués séparément et selon la structure suivante:
1  capitaux étrangers à court terme:
1a  dettes résultant de l'achat de biens et de prestations de services,
1b  dettes à court terme portant intérêt,
1c  autres dettes à court terme,
1d  passifs de régularisation;
2  capitaux étrangers à long terme:
2a  dettes à long terme portant intérêt,
2b  autres dettes à long terme,
2c  provisions et postes analogues prévus par la loi;
3  capitaux propres:
3a  capital social ou capital de la fondation, le cas échéant ventilé par catégories de droits de participation,
3b  réserve légale issue du capital,
3c  réserve légale issue du bénéfice,
3d  réserves facultatives issues du bénéfice,
3e  propres parts du capital, en diminution des capitaux propres,
3f  bénéfice reporté ou perte reportée en diminution des capitaux propres,
3g  bénéfice de l'exercice ou perte de l'exercice en diminution des capitaux propres.
3    Le bilan ou l'annexe font apparaître d'autres postes si ceux-ci sont importants pour l'évaluation du patrimoine ou de la situation financière par des tiers ou si cela répond aux usages dans le secteur d'activité de l'entreprise.
4    Les créances et les dettes envers les détenteurs de participations directes et indirectes, envers les organes et envers les sociétés dans lesquelles l'entreprise détient une participation directe ou indirecte sont présentées séparément dans le bilan ou dans l'annexe.
et 958b
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 958b - 1 Les charges et les produits sont présentés conformément aux principes de la délimitation périodique et du rattachement des charges aux produits.
1    Les charges et les produits sont présentés conformément aux principes de la délimitation périodique et du rattachement des charges aux produits.
2    Si les produits nets des ventes des biens et des prestations de services ou les produits financiers ne dépassent pas 100 000 francs, il est possible de déroger au principe de la délimitation périodique et d'établir une comptabilité de dépenses et de recettes.
3    Si les comptes ne sont pas présentés en francs, le cours moyen de l'exercice est déterminant pour établir la valeur fixée à l'al. 2.798
CO). La difficulté tient toutefois à la manière de calculer le revenu généré (cf. arrêts 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.3; 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.2 et 4.3; 2P.3/2002 du 3 avril 2002 consid. 2c). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, les activités en cours doivent être évaluées à leur valeur de production ("coût de revient") et non à celle de leur facturation prévue, sauf en cas de retard artificiel dans celle-ci (cf. arrêt
2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.3). Le "coût de revient" peut toutefois être défini de manière plus ou moins précise. Au niveau cantonal, il est souvent fait recours à des évaluations forfaitaires (voir, pour des exemples, arrêt 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.3).

6.3. Les indépendants ne tenant pas de comptabilité commerciale doivent présenter un état des actifs et des passifs et un relevé de leurs recettes et dépenses (cf. art. 125 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
LIFD dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2015 applicable au cas d'espèce et, depuis le 1 er janvier 2016, art. 125 al. 2 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 125 Annexes - 1 Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
1    Les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment:
a  les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante;
b  les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale;
c  l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes.
2    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO224: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.225
3    Pour la taxation de l'impôt sur le bénéfice, les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives doivent en outre indiquer, à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, le montant de leur capital propre. Ce capital propre comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves issues d'apports de capital visées à l'art. 20, al. 3 à 7, portées au bilan commercial, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés ainsi que la part des fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.226
LIFD). Sous l'angle du moment de la réalisation du revenu, il est admis que les indépendants qui ne sont pas astreints à la tenue d'une comptabilité commerciale et qui n'en tiennent pas une peuvent choisir la méthode de l'encaissement (dite "Ist-Methode"), selon laquelle un revenu est réputé réalisé au moment de l'encaissement seulement (cf. ATF 105 Ib 238 consid. 4a p. 242; arrêts 2C 1015/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.7.1; 2C 404/2013 du 2 mai 2014 consid. 3.3.5, in RDAF 2014 II 513; 2A.338/1998 du 11 février 2000 consid. 2a, in RF 55 2000 500).

6.4. En l'occurrence, il résulte de l'arrêt entrepris que le recourant n'a joint à sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2007 qu'un détail de ses recettes et dépenses professionnelles. Il n'a pas fait parvenir un état de ses actifs et passifs. Le recourant n'a pas indiqué de travaux en cours.
Selon les faits de l'arrêt entrepris, le recourant aurait pu opter pour la méthode de l'encaissement, car il n'avait pas l'obligation de tenir une comptabilité commerciale. Le recourant a toutefois confirmé qu'il appliquait le principe de la facturation pour établir sa comptabilité. Par conséquent, les travaux en cours auraient dû être comptabilisés et l'autorité fiscale était fondée à procéder à une reprise sur ce point. Le fait que le recourant soit tenu de facturer périodiquement ses honoraires et s'acquitte de cette obligation n'y change rien, dans la mesure où il n'est pas établi dans l'arrêt attaqué que ces factures intermédiaires auraient couvert l'intégralité des travaux réalisés au cours de la période fiscale 2007. L'allégation contraire du recourant est appellatoire et ne peut donc être prise en considération (cf. supra consid. 3.2). Enfin, on relèvera qu'il n'est pas question d'imposer deux fois le même revenu comme le prétend le recourant, mais uniquement de tenir compte des revenus générés durant chaque période fiscale, étant relevé qu'il résulte du dossier (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF) que l'Administration cantonale a tenu compte l'année suivante (période fiscale 2008) des montants ajoutés au titre des travaux en cours
durant la période fiscale 2007.

6.5. Ainsi qu'il a été vu, la difficulté en lien avec les travaux en cours réside dans la manière de les estimer. En l'occurrence, à défaut d'indications fournies par le recourant sur ses travaux en cours, l'Administration cantonale a arrêté à un 1/8 e du chiffre d'affaires le montant de ces travaux, ce que le Tribunal cantonal a confirmé. Le recourant, qui s'en prend essentiellement au principe de la reprise des activités en cours dans le chiffre d'affaires, relève que ce montant est arbitraire, mais ne fait pas valoir, ni ne démontre qu'il ne correspondrait pas à l'activité déployée, de sorte que l'arrêt entrepris peut être confirmé sur ce point.

6.6. Il suit de ce qui précède que le recours doit être rejeté en ce qui concerne l'IFD de la période fiscale 2007.

7.
Pour les périodes fiscales 2008, 2009 et 2011, le recourant se plaint de la manière dont l'amortissement de son véhicule a été calculé par l'Administration cantonale et du refus de celle-ci de prendre en compte deux déductions, l'une pour frais de représentation et l'autre pour des frais d'abonnement CFF.

7.1. A titre liminaire, il est relevé que, bien que l'Administration cantonale a rendu initialement des décisions de taxation d'office s'agissant des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011, elle a, dans sa décision sur réclamation du 10 janvier 2017, requalifié celles-ci de taxations ordinaires et n'a partant pas soumis la réclamation du recourant aux conditions formelles de l'art. 132 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1).
3    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
LIFD (cf., sur ces conditions, ATF 123 II 552 consid. 4c p. 557). Elle ne s'est pas non plus limitée à l'examen de l'éventuel caractère manifestement inexact de ses décisions (cf. art. 132 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1).
3    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
première phrase LIFD). Le Tribunal cantonal n'est pas revenu sur ce point et a examiné librement les critiques du recourant. Il en sera partant fait de même.

7.2. Le recourant se plaint de la manière dont l'Administration cantonale a calculé l'amortissement de son véhicule, acquis selon les faits de l'arrêt entrepris le 2 septembre 2009. Il estime que l'amortissement d'un bien se calcule toujours sur la valeur "initiale" et non pas sur la valeur résiduelle.

7.2.1. En droit fiscal, les amortissements sont admis en déduction du bénéfice imposable pour autant que, s'agissant de personnes physiques, le contribuable exerce une activité indépendante, et que le bien amorti appartienne à sa fortune commerciale (art. 27 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
et 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
let. a et 28 LIFD). Ils doivent être justifiés par l'usage commercial et correspondre à une dépréciation réelle des actifs (ATF 132 I 175 consid. 2.2 p. 178). L'amortissement ordinaire devrait correspondre à la dépréciation réelle du bien, qui peut varier d'un exercice à l'autre. Toutefois, la méthode consistant à répartir l'amortissement en fonction de la durée probable de vie de l'actif peut être utilisée pour des raisons de simplification (cf. art. 28 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 28 Amortissements - 1 Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO74, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.75
1    Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition qu'ils soient comptabilisés ou, en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO74, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements.75
2    En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments.
3    Les amortissements opérés sur des actifs qui ont été réévalués afin de compenser des pertes ne sont admis que si les réévaluations étaient autorisées par le droit commercial et que les pertes pouvaient être déduites conformément à l'art. 31, al. 1, au moment de l'amortissement.
LIFD). L'amortissement mathématique peut se présenter sous deux formes: l'amortissement linéaire se calcule sur la valeur d'acquisition ou sur le prix de revient, de sorte que le montant de l'amortissement est constant d'année en année; l'amortissement dégressif est basé sur la valeur comptable résiduelle. Le montant de l'amortissement sera ainsi plus élevé au cours des premières années d'utilisation (ATF 132 I 175 consid. 2.2 p. 178). En principe, les taux d'amortissement admis sur le plan fiscal sont fixés
par les autorités fiscales; tel est le cas pour l'impôt fédéral direct (cf. Administration fédérale des contributions, Notice A 1995 relative aux amortissements sur les valeurs immobilisées des entreprises commerciales). Selon cette notice, l'amortissement pour un véhicule à moteur est de 40 % sur la valeur comptable résiduelle; en cas d'amortissement sur la valeur d'acquisition, le taux est de 20 %.

7.2.2. Il découle de ce qui précède que, contrairement à ce que soutient le recourant, il est parfaitement admissible de calculer l'amortissement d'un bien sur la valeur comptable résiduelle. Le montant de l'amortissement retenu par l'Administration cantonale, correspondant à 40 % de la valeur résiduelle, se révèle même plus favorable au recourant qu'un calcul fondé sur la valeur d'acquisition, car le véhicule venait d'être acheté en 2009 et le taux d'amortissement admis est plus bas. Pour le surplus, le recourant ne prétend pas qu'il existerait en l'occurrence des motifs justifiant un amortissement plus élevé que celui retenu par l'Administration cantonale pour son véhicule. Le grief du recourant ne peut donc qu'être rejeté.

7.3. S'agissant du forfait pour frais de représentation, le recourant fait uniquement valoir que ce forfait a toujours été admis par l'Administration cantonale lors de précédentes taxations. Il invoque la protection de la bonne foi (art. 5 al. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 5 Principes de l'activité de l'État régi par le droit - 1 Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
1    Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
2    L'activité de l'État doit répondre à un intérêt public et être proportionnée au but visé.
3    Les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi.
4    La Confédération et les cantons respectent le droit international.
Cst.) et l'interdiction de l'arbitraire (art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst.).
Selon la jurisprudence constante, les décisions de taxation n'ont en principe d'effet que pour la période fiscale qu'elles concernent et ne lient pas l'autorité de taxation pour les périodes ultérieures (ATF 140 II 157 consid. 8 p. 167 et les arrêts cités). Par conséquent, le fait que l'autorité de taxation ait pu admettre lors de périodes fiscales antérieures un forfait pour frais de représentation ne pouvait constituer l'assurance qu'il en irait toujours de même.
Au demeurant, il résulte de l'arrêt entrepris que les frais du recourant ayant trait à des frais de représentation ont déjà été pris en considération au titre des frais généraux effectifs. Le recourant ne le conteste pas, de sorte qu'on ne voit pas pour quelle raison l'Administration cantonale aurait dû admettre en sus le forfait pour frais de représentation. Le grief est donc rejeté.

7.4. Pour ce qui a trait à l'abonnement CFF, le recourant se plaint de ce qu'il n'a pas été pris en compte dans ses frais généraux.
Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a retenu que le recourant n'avait pas démontré que l'abonnement CFF servait exclusivement à ses transports professionnels.
Le recourant se contente de prétendre le contraire, sans démontrer en quoi la constatation du Tribunal cantonal serait inexacte ou arbitraire, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'écarter du constat de l'autorité cantonale (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF; cf. supra consid. 3.2). Il résulte par ailleurs de l'arrêt entrepris que le recourant disposait d'un véhicule commercial (cf. aussi supra consid. 6.2), ce qui n'est pas contesté par l'intéressé. Dans ces conditions, on ne voit pas pour quel motif la déduction pour l'abonnement CFF aurait dû être admise au titre des charges déductibles de l'activité indépendante. Le grief du recourant doit donc être rejeté.

7.5. Le recourant ne conteste pas le prononcé d'irrecevabilité contenu dans la décision sur réclamation du 10 janvier 2017 s'agissant des amendes qui lui ont été infligées pour les trois périodes fiscales susmentionnées. Il n'y a donc pas lieu de revenir sur ce point.

7.6. Il suit de ce qui précède que recours doit être rejeté en ce qui concerne l'IFD des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011.

V. Impôt cantonal et communal

8.

8.1. La notion de revenu imposable de la LHID et du droit cantonal correspond à celle de la loi sur l'impôt fédéral direct (cf. art. 7
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 7 Principe - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.16 Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée.17 18
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participatio
1bis    En cas de vente de droits de participation, au sens de l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé19, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, le revenu de la fortune est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance d'impôt prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, de la LF du 13 oct. 1965 sur l'impôt anticipé).20
1ter    Les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique sont imposables, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus, en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée.21
2    Les rentes viagères et les revenus provenant de contrats d'entretien viager sont imposables à raison de 40 %.22
3    Chacun des investisseurs ajoute à ses propres éléments imposables sa part du revenu de placements collectifs au sens de la loi du 23 juin 2006 sur les placements collectifs (LPCC)23; le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe est uniquement imposable lorsque l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles.24
4    Sont seuls exonérés de l'impôt:
a  le produit de l'aliénation des droits de souscription, lorsque les droits patrimoniaux font partie de la fortune privée du contribuable;
b  les gains en capital réalisés sur des éléments de la fortune privée du contribuable. L'art. 12, al. 2, let. a et d, est réservé;
c  les dévolutions de fortune ensuite d'une succession, d'un legs, d'une donation ou de la liquidation du régime matrimonial;
d  les versements provenant d'assurances de capitaux privées susceptibles de rachat, à l'exception des polices de libre-passage. L'al. 1ter est réservé;
e  les prestations en capital versées par l'employeur ou par une institution de prévoyance professionnelle lors d'un changement d'emploi, lorsque le bénéficiaire les réinvesti dans le délai d'un an dans une institution de prévoyance professionnelle ou les utilise pour acquérir une police de libre-passage;
f  les subsides provenant de fonds publics ou privés;
g  les prestations versées en exécution d'une obligation fondée sur le droit de la famille, à l'exception de la pension alimentaire que le conjoint divorcé, séparé judiciairement ou de fait obtient pour lui-même et des contributions d'entretien que l'un des parents reçoit pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale;
h  la solde du service militaire et l'indemnité de fonction pour service de protection civile, ainsi que l'argent de poche des personnes astreintes au service civil;
hbis  la solde des sapeurs-pompiers de milice, jusqu'à concurrence d'un montant annuel déterminé par le droit cantonal, pour les activités liées à l'accomplissement de leurs tâches essentielles (exercices, services de piquet, cours, inspections et interventions, notamment pour le sauvetage, la lutte contre le feu, la lutte contre les sinistres en général et la lutte contre les sinistres causés par les éléments naturels); les indemnités supplémentaires forfaitaires pour les cadres, les indemnités supplémentaires de fonction, les indemnités pour les travaux administratifs et les indemnités pour les prestations fournies volontairement ne sont pas exonérées;
i  les versements à titre de réparation du tort moral;
k  les revenus perçus en vertu de la législation fédérale sur les prestations complémentaires à l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité;
l  les gains provenant des jeux de casino exploités dans les maisons de jeu et autorisés par la loi fédérale du 29 septembre 2017 sur les jeux d'argent (LJAr)29, pour autant que ces gains ne soient pas issus d'une activité lucrative indépendante;
lbis  les gains unitaires jusqu'à concurrence d'un montant d'un million de francs ou du montant supérieur fixé dans le droit cantonal provenant de la participation à un jeu de grande envergure autorisé par la LJAr et de la participation en ligne à des jeux de casino autorisés par la LJAr;
lter  les gains provenant d'un jeu de petite envergure autorisé par la LJAr;
m  les gains unitaires jusqu'au seuil fixé dans le droit cantonal provenant de jeux d'adresse ou de loteries destinés à promouvoir les ventes qui ne sont pas soumis à la LJAr selon l'art. 1, al. 2, let. d et e, de cette loi.
n  les revenus perçus en vertu de la loi fédérale du 19 juin 2020 sur les prestations transitoires pour les chômeurs âgés34.
LHID dans sa teneur en vigueur à la période fiscale litigieuse [RO 1991 1256]; art. 21 al. 1 LI/VD). Il en va de même s'agissant des obligations qui s'imposent aux contribuables notamment lorsque le revenu provient d'une activité lucrative indépendante (art. 42 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 42 Obligations du contribuable - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO186: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.187
4    Le mode de tenue et de conservation des documents visés à l'al. 3 est régi par les art. 957 à 958f CO.188
LHID; art. 175 LI/VD [dans leur teneur en vigueur avant le 1 er janvier 2016]). Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer aux impôts cantonal et communal de la période fiscale 2007. Il y a donc aussi lieu de rejeter le recours pour ce qui a trait aux ICC de cette période fiscale.

8.2. S'agissant des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011, les règles relatives aux déductions revendiquées par le recourant ont un contenu similaire en matière d'impôts cantonal et communal à celles exposées en matière d'IFD (cf. art. 10 al. 1 let. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 10 Activité lucrative indépendante - 1 Les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment:
1    Les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment:
a  les amortissements justifiés d'éléments de la fortune commerciale;
b  les provisions constituées pour couvrir des engagements dont le montant est encore indéterminé ou d'autres risques de pertes imminentes;
c  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, qui ont été comptabilisées;
d  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
e  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 8, al. 2;
f  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
g  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.73
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.74
2    Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale au sens de l'art. 15 peuvent être déduites pour autant qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années concernées.75
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du revenu peuvent être soustraites des prestations de tiers destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du domicile au regard du droit fiscal ou du lieu d'exploitation de l'entreprise à l'intérieur de la Suisse.76
LHID; art. 31 et 32 LI/VD). Il peut donc également être renvoyé à ce qui précède. Partant, le recours doit être rejeté en tant qu'il concerne les ICC des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011.

VI. Issue du litige, frais et dépens

9.
En résumé, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, tant en ce qui concerne l'IFD que les ICC des périodes fiscales 2003, 2007, 2008, 2009 et 2011.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2003, 2007, 2008, 2009 et 2011.

2.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2003, 2007, 2008, 2009 et 2011.

3.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge du recourant.

5.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 16 août 2018

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

La Greffière : Kleber