Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 810/2017

Arrêt du 16 août 2018

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Aubry Girardin et Haag.
Greffière : Mme Kleber.

Participants à la procédure
A.________,
recourant,

contre

Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, route de Berne 46, 1014 Lausanne.

Objet
Impôt cantonal et communal du canton de Vaud (sauf soustraction), impôt fédéral direct, 2003, 2007, 2008, 2009, 2011,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 17 août 2017 (FI.2017.0011).

Faits :

A.
A.________ (ci-après aussi: le contribuable), né en 1934, exerce à B.________ en qualité d'indépendant la profession d'agent d'affaires breveté.

B.

B.a. Période fiscale 2003
Par décision de taxation du 6 avril 2005, l'Office d'impôt du district de Morges a fixé le revenu imposable de A.________ pour la période fiscale 2003 à 146'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) et à 154'000 fr. pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Elle a arrêté à 383'000 fr. la fortune imposable.
Le 4 mai 2005, A.________ a formé une réclamation contre cette décision, qu'il a déclarée maintenir le 17 juin 2005.
Le 29 février 2016, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a émis une nouvelle détermination des éléments imposables. A.________ a maintenu sa réclamation.
Par décision sur réclamation du 10 janvier 2017, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation. Elle a fixé le revenu imposable à 76'500 fr. pour les ICC, à 83'601 fr. pour l'IFD, et la fortune imposable à 411'000 fr.

B.b. Période fiscale 2007
Par décision de taxation du 13 novembre 2012, l'Administration cantonale a fixé le revenu imposable de A.________ pour la période fiscale 2007 à 196'400 fr. pour les ICC, à 200'800 fr. pour l'IFD (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), et sa fortune imposable à 348'000 fr. Par rapport à la déclaration d'impôt du contribuable déposée le 14 octobre 2008, l'Administration cantonale a repris, tant dans le revenu imposable que dans la fortune imposable, un montant de 47'374 fr. pour des travaux en cours non comptabilisés, somme correspondant à 1/8 e du chiffre d'affaires réalisé au cours de l'année 2007.
Le 14 décembre 2012, A.________ a formé une réclamation contre cette décision.
Le 29 février 2016, l'Administration cantonale a notifié au contribuable une nouvelle détermination des éléments imposables, arrêtant le revenu imposable à 242'400 fr. pour les ICC, à 246'700 fr. pour l'IFD et la fortune imposable à 349'000 fr. Selon le nouveau calcul, la reprise pour travaux en cours s'élevait à 48'784 fr. A.________ a maintenu sa réclamation.
Par décision sur réclamation du 10 janvier 2017, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation.

B.c. Périodes fiscales 2008, 2009 et 2011
Pour la période fiscale 2008, A.________ a déclaré, le 16 octobre 2009, un revenu imposable de 154'125 fr. et une fortune imposable de 310'595 fr.
Pour la période fiscale 2009, A.________ a déclaré, le 10 septembre 2010, un revenu imposable de 110'361 fr. et une fortune imposable de 376'824 fr.
Pour la période fiscale 2011, A.________ a déclaré, le 1 er octobre 2012, un revenu imposable de 131'958 fr. et une fortune imposable de 319'600 fr.
Le 8 octobre 2013, l'Administration cantonale a effectué un contrôle des comptes de l'activité indépendante de A.________, notamment en relation avec les périodes fiscales 2008, 2009 et 2011.
Après avoir demandé à plusieurs reprises à la fin de l'année 2013 et au cours de l'année 2014 au contribuable de produire des pièces justificatives, l'Administration cantonale, a, le 30 avril 2015, sommé celui-ci de fournir les pièces sollicitées, en le rendant attentif au fait qu'en cas d'inexécution, elle procéderait à une taxation d'office. A.________ n'a pas produit les documents demandés et n'a pas voulu se rendre à l'entrevue proposée par l'Administration cantonale.
Le 29 février 2016, l'Administration cantonale a notifié au contribuable trois décisions de taxation d'office pour les périodes fiscales 2008, 2009 et 2011 et lui a infligé des amendes pour violation des obligations de procédure pour chaque période. Pour 2008, elle a retenu un revenu imposable de 180'000 fr. pour les ICC, de 184'400 fr. pour l'IFD et une fortune imposable de 354'000 fr. Pour 2009, elle a arrêté le revenu imposable à 169'800 fr. pour les ICC, à 174'300 fr. pour l'IFD et la fortune imposable à 427'000 fr. Pour 2011, elle a fixé le revenu imposable à 157'800 fr. pour les ICC, à 162'100 fr. pour l'IFD et la fortune imposable à 352'000 fr. Pour chaque période fiscale, l'Administration cantonale a prononcé une amende de 500 fr. pour les ICC et de 250 fr. pour l'IFD.
Le 31 mars 2016, A.________ a formé des réclamations contre les décisions de taxation d'office. Le 4 avril 2016, il a formé réclamation contre les prononcés d'amende (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF).
Par décision sur réclamation du 10 janvier 2017, l'Administration cantonale a rejeté les réclamations formées contre les décisions de taxation du 29 février 2016, qu'elle a traitées comme des décisions de taxation ordinaires (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), et a déclaré irrecevables les réclamations formées à l'encontre des prononcés d'amendes (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF).

C.
Contre la décision de l'Administration cantonale du 10 janvier 2017, A.________ a formé recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), qui l'a rejeté par arrêt du 17 août 2017.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle subsidiaire du recours constitutionnel, A.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, principalement d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 17 août 2017 ainsi que la décision de l'Administration cantonale du 10 janvier 2017 et, subsidiairement, de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite l'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur le recours, ainsi que sur la requête d'effet suspensif, et se réfère aux considérants de son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet de la requête d'effet suspensif et du recours. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt du Tribunal cantonal du 17 août 2017, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. A.________ a déposé des observations finales, dans lesquelles il maintient ses conclusions.
Par ordonnance présidentielle du 5 octobre 2017, la II e Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.
Le Tribunal cantonal a rendu un seul arrêt valant tant pour l'IFD que pour les ICC du recourant, ce qui est en principe admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss), dès lors qu'il ressort clairement dudit arrêt que le litige porte sur les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262; arrêt 2C 576/2016 du 6 mars 2017 consid. 1.1 non publié in ATF 143 IV 130). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher au recourant d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264).

2.

2.1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) rendue par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF). Il a pour objet les taxations du recourant en matière d'IFD et d'ICC pour les périodes fiscales 2003, 2007, 2008, 2009 et 2011. Comme ce domaine relève du droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF) et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte (cf. aussi art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
Partant, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable (art. 113
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 113 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Verfassungsbeschwerden gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72-89 zulässig ist.
LTF a contrario).

2.2. Dans ses conclusions, le recourant demande sans autre précision l'annulation de l'arrêt attaqué, subsidiairement le renvoi de la cause au Tribunal cantonal, alors que le Tribunal fédéral a un pouvoir général de réforme (cf. art. 107 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 107 Entscheid - 1 Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
1    Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
2    Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat.
3    Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen oder der internationalen Amtshilfe in Steuersachen als unzulässig, so fällt es den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels. Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen ist es nicht an diese Frist gebunden, wenn das Auslieferungsverfahren eine Person betrifft, gegen deren Asylgesuch noch kein rechtskräftiger Endentscheid vorliegt.96
4    Über Beschwerden gegen Entscheide des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195497 entscheidet das Bundesgericht innerhalb eines Monats nach Anhebung der Beschwerde.98
LTF). On comprend toutefois à la lecture du recours que le recourant estime que la prescription est acquise pour quatre des cinq périodes fiscales concernées (2003, 2007, 2008 et 2009) et qu'il s'oppose, en tout état, à la reprise pour "travaux en cours" en lien avec la période fiscale 2007, ainsi qu'à trois reprises effectuées par l'Administration cantonale et confirmées par le Tribunal cantonal s'agissant des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011 (réduction de l'amortissement autorisé d'un véhicule; refus de prendre en compte un forfait pour frais de représentation et refus de la déduction d'un abonnement demi-tarif CFF). Il convient partant de ne pas se montrer trop formaliste (cf. ATF 137 II 313 consid. 1.3 p. 137) et d'admettre la conclusion en annulation de l'arrêt querellé.

2.3. En revanche, la conclusion tendant à l'annulation de la décision sur réclamation de l'Administration cantonale du 10 janvier 2017 est irrecevable, en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (cf. ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543). A cela s'ajoute que le recourant perd de vue qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral de contrôler les décisions de l'Administration cantonale, mais de vérifier si le Tribunal cantonal a correctement appliqué le droit. Les critiques du recourant dirigées contre l'Administration cantonale, sur un ton souvent vindicatif, n'ont pas leur raison d'être devant le Tribunal fédéral.

2.4. Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF), par le destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF). Il convient donc d'entrer en matière, sous la réserve qui précède (consid. 2.3).

3.

3.1. D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (arrêt 2C 826/2015 du 5 janvier 2017 consid. 2 non publié in ATF 143 I 73). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si un tel moyen a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 138 I 232 consid. 3 p. 237).

3.2. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375).

II. Prescription

4.
Le recourant soutient que la prescription est acquise pour les périodes fiscales 2003, 2007, 2008 et 2009. Il s'agit d'une question que le Tribunal fédéral revoit librement, tant pour l'IFD que pour les ICC, à moins que, s'agissant de ceux-ci, elle soit uniquement régie par le droit cantonal (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4 p. 172; arrêt 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4).

4.1. Selon l'art. 120 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
première phrase LIFD, le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. La prescription ne court cependant pas ou est suspendue pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision (art. 120 al. 2 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD). Par ailleurs, un nouveau délai de prescription commence à courir lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt (art. 120 al. 3 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, toutes les mesures des autorités tendant à la fixation de la prétention fiscale et portées à la connaissance du contribuable, de mêmes que de simples lettres ou injonctions, interrompent le délai de prescription (ATF 139 I 64 consid. 3.3 p. 68; 137 I 273 consid. 3.4.3 p. 281; 126 II 1 consid. 2c p. 3; arrêt 2C 1098/2014 du 1 er décembre 2015 consid. 5.1). Le Tribunal fédéral a notamment mentionné comme acte interruptif de la prescription l'annonce ou l'accomplissement d'un contrôle des livres (ATF 126 II 1 consid. 2c p. 3).
Enfin, la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale (art. 120 al. 4
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD).

4.2. L'art. 47 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 47 Verjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre, bei Stillstand oder Unterbrechung der Verjährung spätestens 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre, bei Stillstand oder Unterbrechung der Verjährung spätestens 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode.
2    Steuerforderungen verjähren fünf Jahre, nachdem die Veranlagung rechtskräftig geworden ist, bei Stillstand oder Unterbrechung der Verjährung jedoch spätestens zehn Jahre nach Ablauf des Jahres, in dem die Steuern rechtskräftig festgesetzt worden sind.
LHID retient pour sa part que le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
L'art. 170 de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 (LI/VD; RS/VD 642.11) a par ailleurs un contenu similaire à l'art. 120
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD. La question de la prescription peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et les ICC.

4.3. En l'occurrence, pour la période fiscale 2003, la prescription du droit de procéder à la taxation est suspendue depuis le 4 mai 2005, date du dépôt de la réclamation du recourant relative à cette période fiscale, soit moins de cinq ans après la fin de la période fiscale en cause. Il n'y a donc pas eu "d'interruption de la prescription après son échéance" comme le fait valoir le recourant, qui confond au surplus suspension et interruption de la prescription. Quant au droit absolu de procéder à la taxation, il ne parviendra à échéance que le 31 décembre 2018.
Pour la période fiscale 2007, la prescription est suspendue depuis le 14 décembre 2012, date du dépôt de la réclamation du recourant relative à cette période fiscale. La suspension étant intervenue avant le délai de cinq ans, qui arrivait à échéance le 31 décembre 2012, le droit de procéder à la taxation n'est pas prescrit. La prescription absolue n'est pas non plus acquise (échéance le 31 décembre 2022).
Pour ces deux périodes fiscales, la prescription n'est par conséquent pas acquise, ni en matière d'IFD, ni en matière d'ICC.

4.4. Pour les périodes fiscales 2008 et 2009, la première décision de taxation n'a été rendue que le 29 février 2016, alors que le délai de prescription de cinq ans à compter de la fin de la période fiscale arrivait à échéance le 31 décembre 2013, respectivement le 31 décembre 2014. Cela étant, comme l'a à juste titre souligné l'autorité précédente, le contrôle des comptes de l'activité indépendante du recourant, intervenu dans les locaux de l'intéressé le 8 octobre 2013, soit moins de cinq ans après la fin des périodes fiscales en cause, a eu pour effet d'interrompre la prescription et un nouveau délai de cinq ans a commencé à courir. La décision du 29 février 2016 est partant intervenue dans les délais; la prescription est en outre suspendue depuis la réclamation du recourant le 31 mars 2016. Par ailleurs, la prescription absolue n'est pas atteinte. Pour ces deux périodes fiscales, la prescription n'est donc pas acquise, ni pour l'IFD, ni pour les ICC.
Le droit de procéder à la taxation n'est enfin pas prescrit s'agissant de la période fiscale 2011, ce que le recourant ne conteste pas.

III. Période fiscale 2003

5.
Pour la période fiscale 2003, le recourant fait uniquement valoir la prescription. Ainsi qu'il a été vu, celle-ci n'est pas acquise. Il convient donc de confirmer l'arrêt entrepris en tant qu'il porte sur cette période, tant pour l'IFD que pour les ICC, attendu que si le Tribunal fédéral applique le droit d'office (cf. art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF), il n'examine, compte tenu de l'exigence de motivation figurant à l'art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF, en principe que les griefs invoqués (cf. ATF 142 I 135 consid. 1.5 p. 144).

IV. Impôt fédéral direct, périodes fiscales 2007, 2008, 2009 et 2011

6.
Pour la période fiscale 2007, le recourant estime que l'autorité fiscale a de manière arbitraire ajouté à son revenu des travaux en cours à hauteur de 1/8 e du chiffre d'affaires. Il fait valoir qu'en tant qu'agent d'affaires breveté, il serait tenu de facturer périodiquement ses honoraires, par le biais de relevés intermédiaires. Il n'y aurait pas d'autre règle de facturation des affaires en cours, pour lesquelles les honoraires ne pourraient de toute façon pas être déterminés.

6.1. Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
LIFD).

6.2. Selon le principe de la périodicité de l'impôt sur le revenu, l'impôt dû pour une période fiscale donnée se calcule sur la base du revenu réalisé et des frais tombant durant cette période. Ce principe implique que l'on attribue un revenu à la période fiscale au cours de laquelle il a été réalisé. L'attribution d'un revenu à une période fiscale s'effectue ainsi selon le principe de la réalisation, qui y est lié (cf. ATF 137 II 353 consid. 6.4.4 p. 364; arrêts 2C 784/2017 du 8 mars 2018 consid. 7.4; 2C 683/2013 du 13 février 2014 consid. 6.3, résumé in RDAF 2015 II 88). Selon la jurisprudence, un revenu est réalisé lorsqu'une prestation est faite au contribuable ou que ce dernier acquiert une prétention ferme sur laquelle il a effectivement un pouvoir de disposition (cf. ATF 113 Ib 23 consid. 2e p. 26; 105 Ib 238 consid. 4a p. 242; arrêts 2C 784/2017 du 8 mars 2018 consid. 7.5; 2C 445/2015 du 26 août 2016 consid. 6.3.3; 2C 1050/2015 du 13 juin 2016 consid. 2.2; 2C 454/2015 du 1 er avril 2016 consid. 4.1). En règle générale, l'acquisition d'une prétention est déjà considérée comme un revenu dans la mesure où son exécution ne paraît pas incertaine. Ce n'est que si cette exécution paraît d'emblée peu probable que le moment de la
perception réelle de la prestation est pris en considération (ATF 113 Ib 23 consid. 2e p. 26; 105 Ib 238 consid. 4a p. 242; arrêt 2C 152/2015 du 31 juillet 2015 consid. 4.3). Dans le cas d'honoraires résultant de contrats de mandat, la prétention est acquise au moment où le mandat confié a été porté à son terme, ou, pour simplifier, au moment de la facturation (cf. arrêts 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2, in RF 68 2013 714; 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.1, in RDAF 2011 II 418). Pour pouvoir se baser sur la facturation, il est cependant nécessaire que celle-ci ne soit pas artificiellement retardée (cf. arrêts 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2; 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.1).
Dans ce contexte, un problème particulier se pose en lien avec les travaux ou activités en cours, soit des prestations non encore terminées, en particulier dans les contrats portant sur une longue période. Sur le principe, ces travaux en cours doivent être comptabilisés (cf. arrêts 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2 à 5.2.4; 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.1 et 4.2; 2A.196/1988 du 30 août 1989 consid. 3b; ROBERT DANON, in Commentaire de la LIFD, 2 e éd. 2017, n o 94 ad art. 58; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4 e éd. 2012, §7, n o 71; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, n o 69 ad art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
LIFD; cf. l'ancien art. 666 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
CO [RO 1992 733], abrogé avec la révision du 23 décembre 2011 [RO 2012 6679] et les actuels art. 959a al. 1 let. d
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 959a - 1 Unter den Aktiven müssen ihrem Liquiditätsgrad entsprechend mindestens folgende Positionen einzeln und in der vorgegebenen Reihenfolge ausgewiesen werden:
1    Unter den Aktiven müssen ihrem Liquiditätsgrad entsprechend mindestens folgende Positionen einzeln und in der vorgegebenen Reihenfolge ausgewiesen werden:
1  Umlaufvermögen:
1a  flüssige Mittel und kurzfristig gehaltene Aktiven mit Börsenkurs,
1b  Forderungen aus Lieferungen und Leistungen,
1c  übrige kurzfristige Forderungen,
1d  Vorräte und nicht fakturierte Dienstleistungen,
1e  aktive Rechnungsabgrenzungen;
2  Anlagevermögen:
2a  Finanzanlagen,
2b  Beteiligungen,
2c  Sachanlagen,
2d  immaterielle Werte,
2e  nicht einbezahltes Grund-, Gesellschafter- oder Stiftungskapital.
2    Unter den Passiven müssen ihrer Fälligkeit entsprechend mindestens folgende Positionen einzeln und in der vorgegebenen Reihenfolge ausgewiesen werden:
1  kurzfristiges Fremdkapital:
1a  Verbindlichkeiten aus Lieferungen und Leistungen,
1b  kurzfristige verzinsliche Verbindlichkeiten,
1c  übrige kurzfristige Verbindlichkeiten,
1d  passive Rechnungsabgrenzungen;
2  langfristiges Fremdkapital:
2a  langfristige verzinsliche Verbindlichkeiten,
2b  übrige langfristige Verbindlichkeiten,
2c  Rückstellungen sowie vom Gesetz vorgesehene ähnliche Positionen;
3  Eigenkapital:
3a  Grund-, Gesellschafter- oder Stiftungskapital, gegebenenfalls gesondert nach Beteiligungskategorien,
3b  gesetzliche Kapitalreserve,
3c  gesetzliche Gewinnreserve,
3d  freiwillige Gewinnreserven,
3e  eigene Kapitalanteile als Minusposten,
3f  Gewinnvortrag oder Verlustvortrag als Minusposten,
3g  Jahresgewinn oder Jahresverlust als Minusposten.
3    Weitere Positionen müssen in der Bilanz oder im Anhang einzeln ausgewiesen werden, sofern dies für die Beurteilung der Vermögens- oder Finanzierungslage durch Dritte wesentlich oder aufgrund der Tätigkeit des Unternehmens üblich ist.
4    Forderungen und Verbindlichkeiten gegenüber direkt oder indirekt Beteiligten und Organen sowie gegenüber Unternehmen, an denen direkt oder indirekt eine Beteiligung besteht, müssen jeweils gesondert in der Bilanz oder im Anhang ausgewiesen werden.
et 958b
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 958b - 1 Aufwände und Erträge müssen voneinander in zeitlicher und sachlicher Hinsicht abgegrenzt werden.
1    Aufwände und Erträge müssen voneinander in zeitlicher und sachlicher Hinsicht abgegrenzt werden.
2    Sofern die Nettoerlöse aus Lieferungen und Leistungen oder die Finanzerträge 100 000 Franken nicht überschreiten, kann auf die zeitliche Abgrenzung verzichtet und stattdessen auf Ausgaben und Einnahmen abgestellt werden.
3    Erfolgt die Rechnungslegung nicht in Franken, so ist zur Festlegung des Wertes gemäss Absatz 2 der Jahresdurchschnittskurs massgebend.784
CO). La difficulté tient toutefois à la manière de calculer le revenu généré (cf. arrêts 2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.3; 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.2 et 4.3; 2P.3/2002 du 3 avril 2002 consid. 2c). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, les activités en cours doivent être évaluées à leur valeur de production ("coût de revient") et non à celle de leur facturation prévue, sauf en cas de retard artificiel dans celle-ci (cf. arrêt
2C 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.3). Le "coût de revient" peut toutefois être défini de manière plus ou moins précise. Au niveau cantonal, il est souvent fait recours à des évaluations forfaitaires (voir, pour des exemples, arrêt 2C 157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.3).

6.3. Les indépendants ne tenant pas de comptabilité commerciale doivent présenter un état des actifs et des passifs et un relevé de leurs recettes et dépenses (cf. art. 125 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 125 Beilagen zur Steuererklärung - 1 Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
1    Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
a  Lohnausweise über alle Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit;
b  Ausweise über Bezüge als Mitglied der Verwaltung oder eines anderen Organs einer juristischen Person;
c  Verzeichnisse über sämtliche Wertschriften, Forderungen und Schulden.
2    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR223: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.224
3    Zudem haben Kapitalgesellschaften und Genossenschaften das ihrer Veranlagung zur Gewinnsteuer dienende Eigenkapital am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht auszuweisen. Dieses besteht aus dem einbezahlten Grund- oder Stammkapital, den in der Handelsbilanz ausgewiesenen Reserven aus Kapitaleinlagen nach Artikel 20 Absätze 3-7, den offenen und den aus versteuertem Gewinn gebildeten stillen Reserven sowie aus jenem Teil des Fremdkapitals, dem wirtschaftlich die Bedeutung von Eigenkapital zukommt.225
LIFD dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2015 applicable au cas d'espèce et, depuis le 1 er janvier 2016, art. 125 al. 2 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 125 Beilagen zur Steuererklärung - 1 Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
1    Natürliche Personen müssen der Steuererklärung insbesondere beilegen:
a  Lohnausweise über alle Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit;
b  Ausweise über Bezüge als Mitglied der Verwaltung oder eines anderen Organs einer juristischen Person;
c  Verzeichnisse über sämtliche Wertschriften, Forderungen und Schulden.
2    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR223: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.224
3    Zudem haben Kapitalgesellschaften und Genossenschaften das ihrer Veranlagung zur Gewinnsteuer dienende Eigenkapital am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht auszuweisen. Dieses besteht aus dem einbezahlten Grund- oder Stammkapital, den in der Handelsbilanz ausgewiesenen Reserven aus Kapitaleinlagen nach Artikel 20 Absätze 3-7, den offenen und den aus versteuertem Gewinn gebildeten stillen Reserven sowie aus jenem Teil des Fremdkapitals, dem wirtschaftlich die Bedeutung von Eigenkapital zukommt.225
LIFD). Sous l'angle du moment de la réalisation du revenu, il est admis que les indépendants qui ne sont pas astreints à la tenue d'une comptabilité commerciale et qui n'en tiennent pas une peuvent choisir la méthode de l'encaissement (dite "Ist-Methode"), selon laquelle un revenu est réputé réalisé au moment de l'encaissement seulement (cf. ATF 105 Ib 238 consid. 4a p. 242; arrêts 2C 1015/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.7.1; 2C 404/2013 du 2 mai 2014 consid. 3.3.5, in RDAF 2014 II 513; 2A.338/1998 du 11 février 2000 consid. 2a, in RF 55 2000 500).

6.4. En l'occurrence, il résulte de l'arrêt entrepris que le recourant n'a joint à sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2007 qu'un détail de ses recettes et dépenses professionnelles. Il n'a pas fait parvenir un état de ses actifs et passifs. Le recourant n'a pas indiqué de travaux en cours.
Selon les faits de l'arrêt entrepris, le recourant aurait pu opter pour la méthode de l'encaissement, car il n'avait pas l'obligation de tenir une comptabilité commerciale. Le recourant a toutefois confirmé qu'il appliquait le principe de la facturation pour établir sa comptabilité. Par conséquent, les travaux en cours auraient dû être comptabilisés et l'autorité fiscale était fondée à procéder à une reprise sur ce point. Le fait que le recourant soit tenu de facturer périodiquement ses honoraires et s'acquitte de cette obligation n'y change rien, dans la mesure où il n'est pas établi dans l'arrêt attaqué que ces factures intermédiaires auraient couvert l'intégralité des travaux réalisés au cours de la période fiscale 2007. L'allégation contraire du recourant est appellatoire et ne peut donc être prise en considération (cf. supra consid. 3.2). Enfin, on relèvera qu'il n'est pas question d'imposer deux fois le même revenu comme le prétend le recourant, mais uniquement de tenir compte des revenus générés durant chaque période fiscale, étant relevé qu'il résulte du dossier (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF) que l'Administration cantonale a tenu compte l'année suivante (période fiscale 2008) des montants ajoutés au titre des travaux en cours
durant la période fiscale 2007.

6.5. Ainsi qu'il a été vu, la difficulté en lien avec les travaux en cours réside dans la manière de les estimer. En l'occurrence, à défaut d'indications fournies par le recourant sur ses travaux en cours, l'Administration cantonale a arrêté à un 1/8 e du chiffre d'affaires le montant de ces travaux, ce que le Tribunal cantonal a confirmé. Le recourant, qui s'en prend essentiellement au principe de la reprise des activités en cours dans le chiffre d'affaires, relève que ce montant est arbitraire, mais ne fait pas valoir, ni ne démontre qu'il ne correspondrait pas à l'activité déployée, de sorte que l'arrêt entrepris peut être confirmé sur ce point.

6.6. Il suit de ce qui précède que le recours doit être rejeté en ce qui concerne l'IFD de la période fiscale 2007.

7.
Pour les périodes fiscales 2008, 2009 et 2011, le recourant se plaint de la manière dont l'amortissement de son véhicule a été calculé par l'Administration cantonale et du refus de celle-ci de prendre en compte deux déductions, l'une pour frais de représentation et l'autre pour des frais d'abonnement CFF.

7.1. A titre liminaire, il est relevé que, bien que l'Administration cantonale a rendu initialement des décisions de taxation d'office s'agissant des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011, elle a, dans sa décision sur réclamation du 10 janvier 2017, requalifié celles-ci de taxations ordinaires et n'a partant pas soumis la réclamation du recourant aux conditions formelles de l'art. 132 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD (cf., sur ces conditions, ATF 123 II 552 consid. 4c p. 557). Elle ne s'est pas non plus limitée à l'examen de l'éventuel caractère manifestement inexact de ses décisions (cf. art. 132 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
première phrase LIFD). Le Tribunal cantonal n'est pas revenu sur ce point et a examiné librement les critiques du recourant. Il en sera partant fait de même.

7.2. Le recourant se plaint de la manière dont l'Administration cantonale a calculé l'amortissement de son véhicule, acquis selon les faits de l'arrêt entrepris le 2 septembre 2009. Il estime que l'amortissement d'un bien se calcule toujours sur la valeur "initiale" et non pas sur la valeur résiduelle.

7.2.1. En droit fiscal, les amortissements sont admis en déduction du bénéfice imposable pour autant que, s'agissant de personnes physiques, le contribuable exerce une activité indépendante, et que le bien amorti appartienne à sa fortune commerciale (art. 27 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
et 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 27 Allgemeines - 1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
1    Bei selbständiger Erwerbstätigkeit werden die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten abgezogen.
2    Dazu gehören insbesondere:
a  die Abschreibungen und Rückstellungen nach den Artikeln 28 und 29;
b  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf Geschäftsvermögen;
c  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
d  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 entfallen;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
3    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.72
4    Sind Sanktionen nach Absatz 3 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.73
let. a et 28 LIFD). Ils doivent être justifiés par l'usage commercial et correspondre à une dépréciation réelle des actifs (ATF 132 I 175 consid. 2.2 p. 178). L'amortissement ordinaire devrait correspondre à la dépréciation réelle du bien, qui peut varier d'un exercice à l'autre. Toutefois, la méthode consistant à répartir l'amortissement en fonction de la durée probable de vie de l'actif peut être utilisée pour des raisons de simplification (cf. art. 28 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 28 Abschreibungen - 1 Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR74, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind.75
1    Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR74, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind.75
2    In der Regel werden die Abschreibungen nach dem tatsächlichen Wert der einzelnen Vermögensteile berechnet oder nach ihrer voraussichtlichen Gebrauchsdauer angemessen verteilt.
3    Abschreibungen auf Aktiven, die zum Ausgleich von Verlusten aufgewertet wurden, können nur vorgenommen werden, wenn die Aufwertungen handelsrechtlich zulässig waren und die Verluste im Zeitpunkt der Abschreibung nach Artikel 31 Absatz 1 verrechenbar gewesen wären.
LIFD). L'amortissement mathématique peut se présenter sous deux formes: l'amortissement linéaire se calcule sur la valeur d'acquisition ou sur le prix de revient, de sorte que le montant de l'amortissement est constant d'année en année; l'amortissement dégressif est basé sur la valeur comptable résiduelle. Le montant de l'amortissement sera ainsi plus élevé au cours des premières années d'utilisation (ATF 132 I 175 consid. 2.2 p. 178). En principe, les taux d'amortissement admis sur le plan fiscal sont fixés
par les autorités fiscales; tel est le cas pour l'impôt fédéral direct (cf. Administration fédérale des contributions, Notice A 1995 relative aux amortissements sur les valeurs immobilisées des entreprises commerciales). Selon cette notice, l'amortissement pour un véhicule à moteur est de 40 % sur la valeur comptable résiduelle; en cas d'amortissement sur la valeur d'acquisition, le taux est de 20 %.

7.2.2. Il découle de ce qui précède que, contrairement à ce que soutient le recourant, il est parfaitement admissible de calculer l'amortissement d'un bien sur la valeur comptable résiduelle. Le montant de l'amortissement retenu par l'Administration cantonale, correspondant à 40 % de la valeur résiduelle, se révèle même plus favorable au recourant qu'un calcul fondé sur la valeur d'acquisition, car le véhicule venait d'être acheté en 2009 et le taux d'amortissement admis est plus bas. Pour le surplus, le recourant ne prétend pas qu'il existerait en l'occurrence des motifs justifiant un amortissement plus élevé que celui retenu par l'Administration cantonale pour son véhicule. Le grief du recourant ne peut donc qu'être rejeté.

7.3. S'agissant du forfait pour frais de représentation, le recourant fait uniquement valoir que ce forfait a toujours été admis par l'Administration cantonale lors de précédentes taxations. Il invoque la protection de la bonne foi (art. 5 al. 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 5 Grundsätze rechtsstaatlichen Handelns - 1 Grundlage und Schranke staatlichen Handelns ist das Recht.
1    Grundlage und Schranke staatlichen Handelns ist das Recht.
2    Staatliches Handeln muss im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein.
3    Staatliche Organe und Private handeln nach Treu und Glauben.
4    Bund und Kantone beachten das Völkerrecht.
Cst.) et l'interdiction de l'arbitraire (art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst.).
Selon la jurisprudence constante, les décisions de taxation n'ont en principe d'effet que pour la période fiscale qu'elles concernent et ne lient pas l'autorité de taxation pour les périodes ultérieures (ATF 140 II 157 consid. 8 p. 167 et les arrêts cités). Par conséquent, le fait que l'autorité de taxation ait pu admettre lors de périodes fiscales antérieures un forfait pour frais de représentation ne pouvait constituer l'assurance qu'il en irait toujours de même.
Au demeurant, il résulte de l'arrêt entrepris que les frais du recourant ayant trait à des frais de représentation ont déjà été pris en considération au titre des frais généraux effectifs. Le recourant ne le conteste pas, de sorte qu'on ne voit pas pour quelle raison l'Administration cantonale aurait dû admettre en sus le forfait pour frais de représentation. Le grief est donc rejeté.

7.4. Pour ce qui a trait à l'abonnement CFF, le recourant se plaint de ce qu'il n'a pas été pris en compte dans ses frais généraux.
Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a retenu que le recourant n'avait pas démontré que l'abonnement CFF servait exclusivement à ses transports professionnels.
Le recourant se contente de prétendre le contraire, sans démontrer en quoi la constatation du Tribunal cantonal serait inexacte ou arbitraire, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'écarter du constat de l'autorité cantonale (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF; cf. supra consid. 3.2). Il résulte par ailleurs de l'arrêt entrepris que le recourant disposait d'un véhicule commercial (cf. aussi supra consid. 6.2), ce qui n'est pas contesté par l'intéressé. Dans ces conditions, on ne voit pas pour quel motif la déduction pour l'abonnement CFF aurait dû être admise au titre des charges déductibles de l'activité indépendante. Le grief du recourant doit donc être rejeté.

7.5. Le recourant ne conteste pas le prononcé d'irrecevabilité contenu dans la décision sur réclamation du 10 janvier 2017 s'agissant des amendes qui lui ont été infligées pour les trois périodes fiscales susmentionnées. Il n'y a donc pas lieu de revenir sur ce point.

7.6. Il suit de ce qui précède que recours doit être rejeté en ce qui concerne l'IFD des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011.

V. Impôt cantonal et communal

8.

8.1. La notion de revenu imposable de la LHID et du droit cantonal correspond à celle de la loi sur l'impôt fédéral direct (cf. art. 7
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 7 Grundsatz - 1 Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, insbesondere solche aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit, aus Vermögensertrag, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, aus Vorsorgeeinrichtungen sowie aus Leibrenten. Die vom Arbeitgeber getragenen Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung16, einschliesslich Umschulungskosten, stellen unabhängig von deren Höhe keine steuerbaren Einkünfte dar. Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 50 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.17 Die Kantone können eine höhere Besteuerung vorsehen.18 19
1    Der Einkommenssteuer unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, insbesondere solche aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit, aus Vermögensertrag, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, aus Vorsorgeeinrichtungen sowie aus Leibrenten. Die vom Arbeitgeber getragenen Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung16, einschliesslich Umschulungskosten, stellen unabhängig von deren Höhe keine steuerbaren Einkünfte dar. Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 50 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.17 Die Kantone können eine höhere Besteuerung vorsehen.18 19
1bis    Ein bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten im Sinne von Artikel 4a des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 196520 über die Verrechnungssteuer an die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erzielter Vermögensertrag gilt in dem Jahr als realisiert, in welchem die Verrechnungssteuerforderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 und 1bis des BG vom 13. Okt. 1965 über die Verrechnungssteuer).21
1ter    Erträge aus rückkaufsfähigen Kapitalversicherungen mit Einmalprämie sind im Erlebensfall oder bei Rückkauf steuerbar, ausser wenn diese Kapitalversicherungen der Vorsorge dienen. Als der Vorsorge dienend gilt die Auszahlung der Versicherungsleistung ab dem vollendeten 60. Altersjahr des Versicherten auf Grund eines mindestens fünfjährigen Vertragsverhältnisses, das vor Vollendung des 66. Altersjahres begründet wurde. In diesem Fall ist die Leistung steuerfrei.22
2    Leibrenten sowie Einkünfte aus Verpfründung sind zu 40 Prozent steuerbar.23
3    Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen gemäss Kollektivanlagengesetz vom 23. Juni 200624 (KAG) werden den Anlegern anteilsmässig zugerechnet; Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen mit direktem Grundbesitz sind nur steuerbar, soweit die Gesamterträge die Erträge aus direktem Grundbesitz übersteigen.25
4    Steuerfrei sind nur:
a  der Erlös aus Bezugsrechten, sofern die Vermögensrechte zum Privatvermögen gehören;
b  Kapitalgewinne auf beweglichem Privatvermögen; vorbehalten bleibt Artikel 12 Absatz 2 Buchstaben a und d;
c  Vermögensanfall infolge Erbschaft, Vermächtnis, Schenkung oder güterrechtlicher Auseinandersetzung;
d  der Vermögensanfall aus rückkaufsfähiger privater Kapitalversicherung, ausgenommen aus Freizügigkeitspolicen. Absatz 1ter bleibt vorbehalten;
e  Kapitalzahlungen, die bei Stellenwechsel vom Arbeitgeber oder von Einrichtungen der beruflichen Vorsorge ausgerichtet werden, wenn sie der Empfänger innert Jahresfrist zum Einkauf in eine Einrichtung der beruflichen Vorsorge oder zum Erwerb einer Freizügigkeitspolice verwendet;
f  Unterstützungen aus öffentlichen oder privaten Mitteln;
g  Leistungen in Erfüllung familienrechtlicher Verpflichtungen, ausgenommen die vom geschiedenen, gerichtlich oder tatsächlich getrennt lebenden Ehegatten erhaltenen Unterhaltsbeiträge sowie die Unterhaltsbeiträge, die ein Elternteil für die unter seiner elterlichen Sorge stehenden Kinder erhält;
h  der Sold für Militär- und Schutzdienst sowie das Taschengeld für Zivildienst;
hbis  der Sold der Milizfeuerwehrleute bis zu einem nach kantonalem Recht bestimmten jährlichen Betrag für Dienstleistungen im Zusammenhang mit der Erfüllung der Kernaufgaben der Feuerwehr (Übungen, Pikettdienste, Kurse, Inspektionen und Ernstfalleinsätze zur Rettung, Brandbekämpfung, allgemeinen Schadenwehr, Elementarschadenbewältigung und dergleichen); ausgenommen sind Pauschalzulagen für Kader, Funktionszulagen sowie Entschädigungen für administrative Arbeiten und für Dienstleistungen, welche die Feuerwehr freiwillig erbringt;
i  Zahlungen von Genugtuungssummen;
k  Einkünfte aufgrund der Bundesgesetzgebung über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung;
l  die Gewinne, die in Spielbanken mit Spielbankenspielen erzielt werden, die nach dem Geldspielgesetz vom 29. September 201730 (BGS) zugelassen sind, sofern diese Gewinne nicht aus selbstständiger Erwerbstätigkeit stammen;
lbis  die einzelnen Gewinne bis zu einem Betrag von 1 Million Franken oder zu einem nach kantonalem Recht bestimmten höheren Betrag aus der Teilnahme an Grossspielen, die nach dem BGS zugelassen sind, und aus der Online-Teilnahme an Spielbankenspielen, die nach dem BGS zugelassen sind;
lter  die Gewinne aus Kleinspielen, die nach dem BGS zugelassen sind;
m  die einzelnen Gewinne aus Lotterien und Geschicklichkeitsspielen zur Verkaufsförderung, die nach Artikel 1 Absatz 2 Buchstaben d und e BGS diesem nicht unterstehen, sofern die nach kantonalem Recht bestimmte Grenze nicht überschritten wird;
n  Einkünfte aufgrund des Bundesgesetzes vom 19. Juni 202035 über Überbrückungsleistungen für ältere Arbeitslose.
LHID dans sa teneur en vigueur à la période fiscale litigieuse [RO 1991 1256]; art. 21 al. 1 LI/VD). Il en va de même s'agissant des obligations qui s'imposent aux contribuables notamment lorsque le revenu provient d'une activité lucrative indépendante (art. 42 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 42 Verfahrenspflichten des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen.
1    Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen.
2    Er muss auf Verlangen der Veranlagungsbehörde insbesondere mündlich oder schriftlich Auskunft erteilen, Geschäftsbücher, Belege und weitere Bescheinigungen sowie Urkunden über den Geschäftsverkehr vorlegen.
3    Natürliche Personen mit Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und juristische Personen müssen der Steuererklärung beilegen:
a  die unterzeichneten Jahresrechnungen (Bilanzen, Erfolgsrechnungen) der Steuerperiode; oder
b  bei vereinfachter Buchführung nach Artikel 957 Absatz 2 OR186: Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben, über die Vermögenslage sowie über Privatentnahmen und -einlagen der Steuerperiode.187
4    Die Art und Weise der Führung und der Aufbewahrung der Dokumente nach Absatz 3 richtet sich nach den Artikeln 957-958f OR.188
LHID; art. 175 LI/VD [dans leur teneur en vigueur avant le 1 er janvier 2016]). Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer aux impôts cantonal et communal de la période fiscale 2007. Il y a donc aussi lieu de rejeter le recours pour ce qui a trait aux ICC de cette période fiscale.

8.2. S'agissant des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011, les règles relatives aux déductions revendiquées par le recourant ont un contenu similaire en matière d'impôts cantonal et communal à celles exposées en matière d'IFD (cf. art. 10 al. 1 let. a
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 10 Selbständige Erwerbstätigkeit - 1 Als geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten werden namentlich abgezogen:
1    Als geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten werden namentlich abgezogen:
a  die ausgewiesenen Abschreibungen des Geschäftsvermögens;
b  die Rückstellungen für Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist, oder für unmittelbar drohende Verlustrisiken;
c  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf dem Geschäftsvermögen;
d  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
e  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 8 Absatz 2 entfallen;
f  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
g  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
1bis    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.74
1ter    Sind Sanktionen nach Absatz 1bis Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.75
2    Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 15) vorangegangenen Geschäftsjahren können abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Einkommens dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.76
3    Mit Leistungen Dritter, die zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung erbracht werden, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Einkommen verrechnet werden konnten.
4    Die Absätze 2 und 3 gelten auch bei Verlegung des steuerrechtlichen Wohnsitzes oder des Geschäftsortes innerhalb der Schweiz.77
LHID; art. 31 et 32 LI/VD). Il peut donc également être renvoyé à ce qui précède. Partant, le recours doit être rejeté en tant qu'il concerne les ICC des périodes fiscales 2008, 2009 et 2011.

VI. Issue du litige, frais et dépens

9.
En résumé, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, tant en ce qui concerne l'IFD que les ICC des périodes fiscales 2003, 2007, 2008, 2009 et 2011.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
et 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2003, 2007, 2008, 2009 et 2011.

2.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2003, 2007, 2008, 2009 et 2011.

3.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge du recourant.

5.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 16 août 2018

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

La Greffière : Kleber