Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

1C 653/2019

Arrêt du 15 décembre 2020

Ire Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Chaix, Président,
Kneubühler, Jametti, Haag et Merz.
Greffière : Mme Tornay Schaller.

Participants à la procédure
A.________, représentée par
Me Stéphane Voisard, avocat,
recourante,

contre

A.B.________ et B.B.________, représentés par
Me Jean-Michel Conti, avocat,
intimés,

Section des permis de construire du canton du Jura, rue des Moulins 2, 2800 Delémont.

Objet
Permis de construire,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton
du Jura, Cour administrative, du 6 novembre 2019
(ADM 44 / 2019).

Faits :

A.
A.B.________ et B.B.________ sont propriétaires de la parcelle n° 2044 du registre foncier de la commune de Grandfontaine, sise en zone à bâtir centre A (CA) au sens du règlement communal sur les constructions (RCC) approuvé le 11 mai 2011 par le Service de l'aménagement du territoire du canton du Jura. Ce bien-fonds, de forme triangulaire, est ceinturé d'une haie sur les côtés ouest et nord-est.
Par décision du 21 août 2018, la Section des permis de construire du canton du Jura a délivré à A.B.________ et B.B.________ un permis de construire sur la parcelle précitée une maison familiale - avec poêle, velux, pompe à chaleur externe, couvert à voitures et atelier de bricolage/remise de jardin en annexe, pergola climatique -, sous réserve du respect des directives contenues dans les autorisations délivrées. A titre de conditions, il est en particulier indiqué que la largeur sur la route de la place en bitume sera de 10 m au maximum et qu'une arborisation sera conservée de part et d'autre de la largeur sur la route de la place bitumée permettant de limiter la présence visuelle de cette surface bitumée. Ces deux conditions découlent de la prise de position du 22 mars 2018 de la sous-commission de la Commission des paysages et des sites du Département de l'environnement du canton du Jura (ci-après: CPS) qui a préavisé, dans cette mesure positivement, le projet. Il convient de préciser que, dans un premier temps, la CPS avait émis un préavis défavorable, avant que les constructeurs retravaillent le projet en conséquence.
Par décision du même jour, la Section des permis de construire a rejeté l'opposition de A.________, propriétaire d'une parcelle voisine. Elle a encore ratifié la décision de l'autorité communale du 3 novembre 2017 accordant une dérogation à l'art. 71 al. 3 RCC concernant la réalisation d'une terrasse bioclimatique à toit plat.
A.________ a recouru contre la décision du 21 août 2018 auprès de la Juge administrative du Tribunal de première instance du canton du Jura. Après avoir procédé à une inspection des lieux ainsi qu'à l'audition des parties et de la Commission des paysages et des sites, celle-ci a rejeté le recours, dans la mesure de sa recevabilité, par jugement du 19 mars 2019.

B.
Par arrêt du 6 novembre 2019, la Cour administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours déposé par A.________ contre le jugement du 19 mars 2019.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 6 novembre 2019 et la décision du 21 août 2018 et de constater que la parcelle n° 2044 ne peut demeurer en zone à bâtir et doit être déclassée en zone agricole. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause au Tribunal de première instance.
Par ordonnance du 17 janvier 2020, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif, présentée par la recourante.
Par décision du 21 septembre 2020, le Département de l'environnement du canton du Jura a approuvé la planification cantonale des zones réservées, mise à l'enquête publique le 20 février 2020: la parcelle n° 2044 ne figure pas parmi les 17 parcelles sises dans la commune de Grandfontaine classées en zones réservées.
Invités à se déterminer, les intimés ont conclu à l'irrecevabilité du recours, voire à son rejet. La Section des permis de construire a conclu au rejet du recours. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) et l'Office fédéral du développement territorial (ARE) ont déposé des observations. Un deuxième et un troisième échanges d'écritures ont eu lieu, au terme desquels les parties ont maintenu leurs positions respectives.

Considérant en droit :

1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF), le recours en matière de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que propriétaire d'une parcelle directement voisine du projet litigieux, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation (ATF 140 II 214 consid. 2.1 p. 218). Elle a donc en principe qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public étant remplies, il convient d'entrer en matière.

2.
Dans un grief d'ordre formel, la recourante se plaint d'un établissement inexact des faits (art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
LTF).
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). La recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358).
La recourante reproche à l'instance précédente d'avoir retenu que la haie qui ceinture presque de manière continue la parcelle n° 2044 ne pouvait a priori servir de lieu de nidification pour la chouette Chevêche. Elle soutient aussi qu'il est erroné d'affirmer que la parcelle litigieuse serait entourée par des bâtiments déjà construits. Ces éléments sont cependant sans incidence sur l'issue du litige (voir infra consid. 3.6.2 et 4.2.2).
Le grief d'établissement inexact des faits doit donc être rejeté.

3.
Sur le fond, la recourante fait d'abord grief au Tribunal cantonal de violer l'art. 18
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
de la loi fédérale du 1 er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) et l'art. 14
SR 451.1 Ordinanza del 16 gennaio 1991 sulla protezione della natura e del paesaggio (OPN)
OPN Art. 14 Protezione dei biotopi - 1 La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
1    La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
2    La protezione dei biotopi è segnatamente assicurata:
a  da misure per la tutela e, se necessario, per il ripristino delle loro particolarità e della loro diversità biologica40;
b  da manutenzione, cure e sorveglianza per assicurare a lungo termine l'obiettivo della protezione;
c  da misure organizzative che permettano di raggiungere lo scopo della protezione, di riparare i danni esistenti e di evitare danni futuri;
d  dalla delimitazione di zone-cuscinetto sufficienti dal punto di vista ecologico;
e  dall'elaborazione di dati scientifici di base.
3    I biotopi degni di protezione sono designati sulla base:
a  dei tipi di ambienti naturali giusta l'allegato 1, caratterizzati in particolare da specie indicatrici;
b  delle specie vegetali e animali protette giusta l'articolo 20;
c  dei pesci e crostacei minacciati giusta la legislazione sulla pesca;
d  delle specie vegetali e animali minacciate e rare, enumerate negli Elenchi rossi pubblicati o riconosciuti dall'UFAM;
e  di altri criteri, quali le esigenze legate alla migrazione delle specie oppure il collegamento fra i biotopi.
4    I Cantoni possono adattare gli elenchi conformemente al capoverso 3 lettere a-d alle particolarità regionali.
5    I Cantoni prevedono un'adeguata procedura d'accertamento, che permetta di prevenire eventuali danni a biotopi degni di protezione oppure violazioni delle disposizioni dell'articolo 20 relative alla protezione delle specie.
6    Un intervento di natura tecnica passibile di deteriorare biotopi degni di protezione può essere autorizzato solo se è indispensabile nel luogo previsto e corrisponde ad un'esigenza preponderante. Per la valutazione del biotopo nell'ambito della ponderazione degli interessi, oltre al fatto che l'oggetto debba essere degno di protezione giusta il capoverso 3, sono determinanti in particolare:
a  la sua importanza per le specie vegetali e animali protette, minacciate e rare;
b  la sua funzione compensatrice per l'economia della natura;
c  la sua importanza per il collegamento dei biotopi degni di protezione;
d  la sua particolarità biologica o il suo carattere tipico.
7    L'autore o il responsabile di un intervento su un biotopo degno di protezione deve essere tenuto a prendere provvedimenti per assicurarne la migliore protezione possibile, la ricostituzione oppure almeno una sostituzione confacente.
de l'ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage (OPN; RS 451.1), qui imposeraient de protéger la haie sise sur la parcelle litigieuse.

3.1. En vertu de l'art. 78 al. 4
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 78 Protezione della natura e del paesaggio - 1 La protezione della natura e del paesaggio compete ai Cantoni.
1    La protezione della natura e del paesaggio compete ai Cantoni.
2    Nell'adempimento dei suoi compiti, la Confederazione prende in considerazione gli obiettivi della protezione della natura e del paesaggio. Ha cura dei paesaggi, dei siti caratteristici, dei luoghi storici nonché dei monumenti naturali e culturali; quando l'interesse pubblico lo richieda, li conserva integri.
3    Può sostenere gli sforzi volti a proteggere la natura e il paesaggio nonché, per contratto o per espropriazione, acquistare o salvaguardare opere d'importanza nazionale.
4    Emana prescrizioni a tutela della fauna e della flora e a salvaguardia dei loro spazi vitali nella loro molteplicità naturale. Protegge le specie minacciate di estinzione.
5    Le paludi e i paesaggi palustri di particolare bellezza e importanza nazionale sono protetti. Non vi si possono costruire impianti né procedere a modifiche del suolo. Sono eccettuate le installazioni che servono a preservare lo scopo protettivo o l'utilizzazione agricola già esistente.
Cst., la Confédération est autorisée à légiférer sur la protection de la faune et de la flore et sur le maintien de leur milieu naturel dans sa diversité. L'art. 18 al. 1
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
LPN dispose que la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées.
L'art. 18 al. 1bis
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
LPN énumère les biotopes qu'il y a lieu de protéger tout particulièrement: les rives, les roselières et les marais, les associations forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses. La notion de biotope se rapporte à un espace vital suffisamment étendu, exerçant une certaine fonction (ATF 121 II 161 consid. 2b/bb p. 163 s. et la jurisprudence citée; arrêt 1C 739/2013 du 17 juin 2015 consid. 5.1 in RDAF 2016 I 357 et in DEP 2015 724).
La législation fédérale contient des prescriptions spéciales pour les biotopes d'importance nationale (cf. art. 18a
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18a - 1 Sentiti i Cantoni, il Consiglio federale determina i biotopi d'importanza nazionale. Stabilisce la situazione di questi biotopi e indica gli scopi della protezione.
1    Sentiti i Cantoni, il Consiglio federale determina i biotopi d'importanza nazionale. Stabilisce la situazione di questi biotopi e indica gli scopi della protezione.
2    I Cantoni disciplinano la protezione e la manutenzione dei biotopi d'importanza nazionale. Prendono tempestivamente gli opportuni provvedimenti e badano alla loro esecuzione.
3    Sentiti i Cantoni, il Consiglio federale può fissare termini per ordinare i provvedimenti protettivi. Se un Cantone, nonostante diffida, non ordina tempestivamente i provvedimenti di protezione richiesti, il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni59 può attuare direttamente i provvedimenti necessari e addossare al Cantone una parte adeguata dei costi.
LPN, art. 16
SR 451.1 Ordinanza del 16 gennaio 1991 sulla protezione della natura e del paesaggio (OPN)
OPN Art. 16 Designazione dei biotopi d'importanza nazionale - 1 La designazione dei biotopi d'importanza nazionale nonché la definizione degli scopi della protezione e la determinazione dei termini per ordinare i provvedimenti protettivi giusta l'articolo 18a LPN sono disciplinate in particolari ordinanze (inventari).
1    La designazione dei biotopi d'importanza nazionale nonché la definizione degli scopi della protezione e la determinazione dei termini per ordinare i provvedimenti protettivi giusta l'articolo 18a LPN sono disciplinate in particolari ordinanze (inventari).
2    Gli inventari non sono esaustivi; saranno regolarmente riesaminati ed aggiornati.
et 17
SR 451.1 Ordinanza del 16 gennaio 1991 sulla protezione della natura e del paesaggio (OPN)
OPN Art. 17 Protezione e manutenzione dei biotopi d'importanza nazionale - 1 I Cantoni, previa consultazione dell'UFAM, disciplinano i provvedimenti di protezione e di manutenzione dei biotopi d'importanza nazionale e ne regolano il finanziamento.
1    I Cantoni, previa consultazione dell'UFAM, disciplinano i provvedimenti di protezione e di manutenzione dei biotopi d'importanza nazionale e ne regolano il finanziamento.
2    e 3 ...43
OPN); ces dispositions ne sont manifestement pas applicables en l'espèce. Les cantons doivent cependant aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18b - 1 I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
1    I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
2    Nelle regioni sfruttate intensivamente all'interno e all'esterno degli insediamenti, i Cantoni provvedono a una compensazione ecologica con boschetti campestri, siepi, cespugli ripuali o altra vegetazione conforme alla natura e al sito. Deve essere tenuto conto degli interessi dell'utilizzazione agricola.
LPN). La protection des biotopes d'importance régionale et locale ancrée à l'art. 18b
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18b - 1 I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
1    I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
2    Nelle regioni sfruttate intensivamente all'interno e all'esterno degli insediamenti, i Cantoni provvedono a una compensazione ecologica con boschetti campestri, siepi, cespugli ripuali o altra vegetazione conforme alla natura e al sito. Deve essere tenuto conto degli interessi dell'utilizzazione agricola.
LPN est une tâche fédérale déléguée aux cantons par la Confédération (ATF 133 II 220 consid. 2.2 p. 223; NINA DAJCAR, in Keller/Zufferey/Fahrländer, Kommentar NHG, 2 ème éd., 2019, N 5 ad art. 18b
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18b - 1 I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
1    I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
2    Nelle regioni sfruttate intensivamente all'interno e all'esterno degli insediamenti, i Cantoni provvedono a una compensazione ecologica con boschetti campestri, siepi, cespugli ripuali o altra vegetazione conforme alla natura e al sito. Deve essere tenuto conto degli interessi dell'utilizzazione agricola.
LPN).
Les critères déterminants pour qualifier les biotopes sont ceux de l'art. 14 al. 3
SR 451.1 Ordinanza del 16 gennaio 1991 sulla protezione della natura e del paesaggio (OPN)
OPN Art. 14 Protezione dei biotopi - 1 La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
1    La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
2    La protezione dei biotopi è segnatamente assicurata:
a  da misure per la tutela e, se necessario, per il ripristino delle loro particolarità e della loro diversità biologica40;
b  da manutenzione, cure e sorveglianza per assicurare a lungo termine l'obiettivo della protezione;
c  da misure organizzative che permettano di raggiungere lo scopo della protezione, di riparare i danni esistenti e di evitare danni futuri;
d  dalla delimitazione di zone-cuscinetto sufficienti dal punto di vista ecologico;
e  dall'elaborazione di dati scientifici di base.
3    I biotopi degni di protezione sono designati sulla base:
a  dei tipi di ambienti naturali giusta l'allegato 1, caratterizzati in particolare da specie indicatrici;
b  delle specie vegetali e animali protette giusta l'articolo 20;
c  dei pesci e crostacei minacciati giusta la legislazione sulla pesca;
d  delle specie vegetali e animali minacciate e rare, enumerate negli Elenchi rossi pubblicati o riconosciuti dall'UFAM;
e  di altri criteri, quali le esigenze legate alla migrazione delle specie oppure il collegamento fra i biotopi.
4    I Cantoni possono adattare gli elenchi conformemente al capoverso 3 lettere a-d alle particolarità regionali.
5    I Cantoni prevedono un'adeguata procedura d'accertamento, che permetta di prevenire eventuali danni a biotopi degni di protezione oppure violazioni delle disposizioni dell'articolo 20 relative alla protezione delle specie.
6    Un intervento di natura tecnica passibile di deteriorare biotopi degni di protezione può essere autorizzato solo se è indispensabile nel luogo previsto e corrisponde ad un'esigenza preponderante. Per la valutazione del biotopo nell'ambito della ponderazione degli interessi, oltre al fatto che l'oggetto debba essere degno di protezione giusta il capoverso 3, sono determinanti in particolare:
a  la sua importanza per le specie vegetali e animali protette, minacciate e rare;
b  la sua funzione compensatrice per l'economia della natura;
c  la sua importanza per il collegamento dei biotopi degni di protezione;
d  la sua particolarità biologica o il suo carattere tipico.
7    L'autore o il responsabile di un intervento su un biotopo degno di protezione deve essere tenuto a prendere provvedimenti per assicurarne la migliore protezione possibile, la ricostituzione oppure almeno una sostituzione confacente.
et 6
SR 451.1 Ordinanza del 16 gennaio 1991 sulla protezione della natura e del paesaggio (OPN)
OPN Art. 14 Protezione dei biotopi - 1 La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
1    La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
2    La protezione dei biotopi è segnatamente assicurata:
a  da misure per la tutela e, se necessario, per il ripristino delle loro particolarità e della loro diversità biologica40;
b  da manutenzione, cure e sorveglianza per assicurare a lungo termine l'obiettivo della protezione;
c  da misure organizzative che permettano di raggiungere lo scopo della protezione, di riparare i danni esistenti e di evitare danni futuri;
d  dalla delimitazione di zone-cuscinetto sufficienti dal punto di vista ecologico;
e  dall'elaborazione di dati scientifici di base.
3    I biotopi degni di protezione sono designati sulla base:
a  dei tipi di ambienti naturali giusta l'allegato 1, caratterizzati in particolare da specie indicatrici;
b  delle specie vegetali e animali protette giusta l'articolo 20;
c  dei pesci e crostacei minacciati giusta la legislazione sulla pesca;
d  delle specie vegetali e animali minacciate e rare, enumerate negli Elenchi rossi pubblicati o riconosciuti dall'UFAM;
e  di altri criteri, quali le esigenze legate alla migrazione delle specie oppure il collegamento fra i biotopi.
4    I Cantoni possono adattare gli elenchi conformemente al capoverso 3 lettere a-d alle particolarità regionali.
5    I Cantoni prevedono un'adeguata procedura d'accertamento, che permetta di prevenire eventuali danni a biotopi degni di protezione oppure violazioni delle disposizioni dell'articolo 20 relative alla protezione delle specie.
6    Un intervento di natura tecnica passibile di deteriorare biotopi degni di protezione può essere autorizzato solo se è indispensabile nel luogo previsto e corrisponde ad un'esigenza preponderante. Per la valutazione del biotopo nell'ambito della ponderazione degli interessi, oltre al fatto che l'oggetto debba essere degno di protezione giusta il capoverso 3, sono determinanti in particolare:
a  la sua importanza per le specie vegetali e animali protette, minacciate e rare;
b  la sua funzione compensatrice per l'economia della natura;
c  la sua importanza per il collegamento dei biotopi degni di protezione;
d  la sua particolarità biologica o il suo carattere tipico.
7    L'autore o il responsabile di un intervento su un biotopo degno di protezione deve essere tenuto a prendere provvedimenti per assicurarne la migliore protezione possibile, la ricostituzione oppure almeno una sostituzione confacente.
OPN. Selon l'art. 14 al. 3
SR 451.1 Ordinanza del 16 gennaio 1991 sulla protezione della natura e del paesaggio (OPN)
OPN Art. 14 Protezione dei biotopi - 1 La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
1    La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
2    La protezione dei biotopi è segnatamente assicurata:
a  da misure per la tutela e, se necessario, per il ripristino delle loro particolarità e della loro diversità biologica40;
b  da manutenzione, cure e sorveglianza per assicurare a lungo termine l'obiettivo della protezione;
c  da misure organizzative che permettano di raggiungere lo scopo della protezione, di riparare i danni esistenti e di evitare danni futuri;
d  dalla delimitazione di zone-cuscinetto sufficienti dal punto di vista ecologico;
e  dall'elaborazione di dati scientifici di base.
3    I biotopi degni di protezione sono designati sulla base:
a  dei tipi di ambienti naturali giusta l'allegato 1, caratterizzati in particolare da specie indicatrici;
b  delle specie vegetali e animali protette giusta l'articolo 20;
c  dei pesci e crostacei minacciati giusta la legislazione sulla pesca;
d  delle specie vegetali e animali minacciate e rare, enumerate negli Elenchi rossi pubblicati o riconosciuti dall'UFAM;
e  di altri criteri, quali le esigenze legate alla migrazione delle specie oppure il collegamento fra i biotopi.
4    I Cantoni possono adattare gli elenchi conformemente al capoverso 3 lettere a-d alle particolarità regionali.
5    I Cantoni prevedono un'adeguata procedura d'accertamento, che permetta di prevenire eventuali danni a biotopi degni di protezione oppure violazioni delle disposizioni dell'articolo 20 relative alla protezione delle specie.
6    Un intervento di natura tecnica passibile di deteriorare biotopi degni di protezione può essere autorizzato solo se è indispensabile nel luogo previsto e corrisponde ad un'esigenza preponderante. Per la valutazione del biotopo nell'ambito della ponderazione degli interessi, oltre al fatto che l'oggetto debba essere degno di protezione giusta il capoverso 3, sono determinanti in particolare:
a  la sua importanza per le specie vegetali e animali protette, minacciate e rare;
b  la sua funzione compensatrice per l'economia della natura;
c  la sua importanza per il collegamento dei biotopi degni di protezione;
d  la sua particolarità biologica o il suo carattere tipico.
7    L'autore o il responsabile di un intervento su un biotopo degno di protezione deve essere tenuto a prendere provvedimenti per assicurarne la migliore protezione possibile, la ricostituzione oppure almeno una sostituzione confacente.
OPN, les biotopes sont désignés comme étant dignes de protection notamment sur la base des espèces végétales et animales rares et menacées, énumérées dans les Listes rouges publiées ou reconnues par l'OFEV (let. d) et d'autres critères, tels que les exigences des espèces migratrices ou la connexion des sites fréquentés par les espèces (let. e).

3.2. L'art. 18 al. 1ter
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
LPN prévoit que si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat. L'alinéa 1ter exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au biotope, qu'une pesée générale de tous les intérêts soit effectuée. Si, sur cette base, le biotope ne l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le remplacement adéquat (cf. art. 14 al. 7
SR 451.1 Ordinanza del 16 gennaio 1991 sulla protezione della natura e del paesaggio (OPN)
OPN Art. 14 Protezione dei biotopi - 1 La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
1    La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
2    La protezione dei biotopi è segnatamente assicurata:
a  da misure per la tutela e, se necessario, per il ripristino delle loro particolarità e della loro diversità biologica40;
b  da manutenzione, cure e sorveglianza per assicurare a lungo termine l'obiettivo della protezione;
c  da misure organizzative che permettano di raggiungere lo scopo della protezione, di riparare i danni esistenti e di evitare danni futuri;
d  dalla delimitazione di zone-cuscinetto sufficienti dal punto di vista ecologico;
e  dall'elaborazione di dati scientifici di base.
3    I biotopi degni di protezione sono designati sulla base:
a  dei tipi di ambienti naturali giusta l'allegato 1, caratterizzati in particolare da specie indicatrici;
b  delle specie vegetali e animali protette giusta l'articolo 20;
c  dei pesci e crostacei minacciati giusta la legislazione sulla pesca;
d  delle specie vegetali e animali minacciate e rare, enumerate negli Elenchi rossi pubblicati o riconosciuti dall'UFAM;
e  di altri criteri, quali le esigenze legate alla migrazione delle specie oppure il collegamento fra i biotopi.
4    I Cantoni possono adattare gli elenchi conformemente al capoverso 3 lettere a-d alle particolarità regionali.
5    I Cantoni prevedono un'adeguata procedura d'accertamento, che permetta di prevenire eventuali danni a biotopi degni di protezione oppure violazioni delle disposizioni dell'articolo 20 relative alla protezione delle specie.
6    Un intervento di natura tecnica passibile di deteriorare biotopi degni di protezione può essere autorizzato solo se è indispensabile nel luogo previsto e corrisponde ad un'esigenza preponderante. Per la valutazione del biotopo nell'ambito della ponderazione degli interessi, oltre al fatto che l'oggetto debba essere degno di protezione giusta il capoverso 3, sono determinanti in particolare:
a  la sua importanza per le specie vegetali e animali protette, minacciate e rare;
b  la sua funzione compensatrice per l'economia della natura;
c  la sua importanza per il collegamento dei biotopi degni di protezione;
d  la sua particolarità biologica o il suo carattere tipico.
7    L'autore o il responsabile di un intervento su un biotopo degno di protezione deve essere tenuto a prendere provvedimenti per assicurarne la migliore protezione possibile, la ricostituzione oppure almeno una sostituzione confacente.
OPN; ALEXANDRA GERBER, Protection des biotopes et compensation écologique en territoire urbanisé, DEP 2018 p. 503 ch. 2 et p. 505 s. ch. 4).
Aux termes de l'art. 14 al. 6
SR 451.1 Ordinanza del 16 gennaio 1991 sulla protezione della natura e del paesaggio (OPN)
OPN Art. 14 Protezione dei biotopi - 1 La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
1    La protezione dei biotopi deve assicurare la sopravvivenza della flora e della fauna selvatiche indigene, in particolare unitamente alla compensazione ecologica (art. 15) e alle disposizioni sulla protezione delle specie (art. 20).
2    La protezione dei biotopi è segnatamente assicurata:
a  da misure per la tutela e, se necessario, per il ripristino delle loro particolarità e della loro diversità biologica40;
b  da manutenzione, cure e sorveglianza per assicurare a lungo termine l'obiettivo della protezione;
c  da misure organizzative che permettano di raggiungere lo scopo della protezione, di riparare i danni esistenti e di evitare danni futuri;
d  dalla delimitazione di zone-cuscinetto sufficienti dal punto di vista ecologico;
e  dall'elaborazione di dati scientifici di base.
3    I biotopi degni di protezione sono designati sulla base:
a  dei tipi di ambienti naturali giusta l'allegato 1, caratterizzati in particolare da specie indicatrici;
b  delle specie vegetali e animali protette giusta l'articolo 20;
c  dei pesci e crostacei minacciati giusta la legislazione sulla pesca;
d  delle specie vegetali e animali minacciate e rare, enumerate negli Elenchi rossi pubblicati o riconosciuti dall'UFAM;
e  di altri criteri, quali le esigenze legate alla migrazione delle specie oppure il collegamento fra i biotopi.
4    I Cantoni possono adattare gli elenchi conformemente al capoverso 3 lettere a-d alle particolarità regionali.
5    I Cantoni prevedono un'adeguata procedura d'accertamento, che permetta di prevenire eventuali danni a biotopi degni di protezione oppure violazioni delle disposizioni dell'articolo 20 relative alla protezione delle specie.
6    Un intervento di natura tecnica passibile di deteriorare biotopi degni di protezione può essere autorizzato solo se è indispensabile nel luogo previsto e corrisponde ad un'esigenza preponderante. Per la valutazione del biotopo nell'ambito della ponderazione degli interessi, oltre al fatto che l'oggetto debba essere degno di protezione giusta il capoverso 3, sono determinanti in particolare:
a  la sua importanza per le specie vegetali e animali protette, minacciate e rare;
b  la sua funzione compensatrice per l'economia della natura;
c  la sua importanza per il collegamento dei biotopi degni di protezione;
d  la sua particolarità biologica o il suo carattere tipico.
7    L'autore o il responsabile di un intervento su un biotopo degno di protezione deve essere tenuto a prendere provvedimenti per assicurarne la migliore protezione possibile, la ricostituzione oppure almeno una sostituzione confacente.
OPN, une atteinte d'ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s'impose à l'endroit prévu et qu'elle correspond à un intérêt prépondérant. Pour l'évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu'il soit digne de protection selon l'al. 3, sont notamment déterminantes son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares (let. a), son rôle dans l'équilibre naturel (let. b), son importance pour la connexion des biotopes entre eux (let. c) et sa particularité ou son caractère typique (let. d).

3.3. Dans le canton du Jura, l'art. 7 let. c de la loi du 16 juin 2010 sur la protection de la nature et du paysage (LPNP; RS/JU 451) prévoit que les monuments naturels peuvent faire l'objet d'une mesure de protection. L'art. 8 al. 2 LPNP précise que les monuments naturels sont des objets botaniques, comprenant notamment les groupes d'arbres et d'arbustes (bosquets) ainsi que les haies. Une procédure de mise sous protection par l'établissement d'inventaires est prévue (art. 12 ss LPNP). En outre, les mesures nécessaires à la protection des objets d'importance locale sont prises par les communes dans le cadre de leur plan d'aménagement local (art. 12 al. 2 LPNP).
Nonobstant ces procédures, l'art. 39 al. 1 LPNP dispose que les haies et bosquets situés hors de la zone à bâtir sont protégés et doivent subsister dans leur vocation naturelle et paysagère. Il en découle dès lors que les haies hors de la zone à bâtir sont protégées, même si elles ne sont pas expressément mentionnées dans un inventaire et quelle que soit leur valeur écologique (RJJ 2010 p. 219 consid. 5.3).

3.4. Dans la commune de Grandfontaine, dans le cadre de la protection du patrimoine naturel communal, l'art. 17 al. 1 RCC prévoit que les surfaces et objets désignés par le plan de zones sont protégés de manière spécifique selon les indications du RCC. L'art. 18 RCC rappelle qu'en vertu des législations fédérale et cantonale sur la protection de la nature et de la chasse, toutes les haies et tous les bosquets situés sur le territoire communal en zone agricole sont protégés (al. 1). A l'intérieur des autres zones, sont sous la surveillance de l'autorité communale, les haies et les bosquets mentionnés au plan de zones (al. 2).

3.5. En l'occurrence, dans un premier temps, le Tribunal cantonal a relevé que la parcelle litigieuse se situait dans un site d'importance régionale selon l'ISOS mais était située en dehors du périmètre de sauvegarde des sites bâtis. Il a jugé que les haies situées à l'intérieur de la zone à bâtir n'étaient pas protégées ipso facto par la loi cantonale (art. 39 al. 1 LPNP) et que, par conséquent, il appartenait aux communes de désigner les haies dignes de protection au sein de la zone à bâtir, dans le cadre de leur plan d'aménagement local. La cour cantonale a alors constaté que la haie litigieuse n'était pas mentionnée dans le plan d'affectation communal et ne faisait dès lors l'objet d'aucune protection particulière en vertu de l'art. 18 al. 2 RCC: les dispositions réglementaires de la zone à bâtir centre A ne prévoyaient aucune mesure particulière relative à la sauvegarde, à la protection et au maintien de la haie.
Dans un second temps, l'instance précédente a considéré que la construction d'un accès d'une largeur de 10 m maximum au milieu de la haie située au nord-est et bordant la route communale ne constituait pas une violation du règlement communal. Elle a rappelé que la Commission cantonale des paysages et des sites avait préavisé positivement la construction d'un accès bitumé de 10 m maximum, estimant que celle-ci n'entamait pas la préservation de la haie. Elle a ajouté que l'autorité communale devait par ailleurs pouvoir bénéficier d'une marge d'appréciation quant à l'aménagement de ses espaces publics: or celle-ci avait favorablement préavisé le projet. Le Tribunal cantonal a encore relevé que l'Office de l'environnement du canton du Jura se contentait de préciser que le plan d'aménagement des abords devait respecter l'art. 62 RCC relatif aux aménagements extérieurs, sans imposer une exigence en lien avec la préservation de la haie. Il a souligné aussi que la Section des permis de construire avait confirmé, après avoir consulté l'Office cantonal de l'environnement, que la chouette Chevêche, inféodée aux vergers à haute tige, n'était pas présente sur la parcelle litigieuse. Il a considéré enfin que, même si tel devait être le cas, la
haie était maintenue en partie, de telle sorte que sa nidification ne serait pas remise en cause.

3.6. Le Tribunal cantonal a considéré à tort que la question de la protection de la haie devait être examinée uniquement à l'aune des dispositions de droit cantonal et communal applicables par le renvoi de l'art. 18b
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18b - 1 I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
1    I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
2    Nelle regioni sfruttate intensivamente all'interno e all'esterno degli insediamenti, i Cantoni provvedono a una compensazione ecologica con boschetti campestri, siepi, cespugli ripuali o altra vegetazione conforme alla natura e al sito. Deve essere tenuto conto degli interessi dell'utilizzazione agricola.
LPN. Il y a en effet lieu de prendre en considération les dispositions de droit fédéral qui revêtent une portée propre et qui sont d'application directe (Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse - Etude de droit matériel, thèse, 2008, p. 97). L'obligation de protéger les biotopes d'importance régionale et locale découle directement et impérativement du droit fédéral (cf. ATF 139 II 271 consid. 9.2 p. 274; 133 II 220 consid. 2.2 p. 223; 121 II 161 consid. 2b/bb p. 163 s.).
Par ailleurs, l'art. 18 al. 1ter
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
LPN n'exige pas que les biotopes dignes de protection soient formellement désignés. Il est en revanche possible de déterminer leur existence et leur emplacement lors de la procédure de planification ou encore au stade de l'autorisation de construire (arrêt 1A.173/2001 du 26 avril 2002 consid. 4.3 in ZBl 2003 166 et DEP 2002 468 et les références citées; SIDI-ALI, op. cit., p. 102; cf. aussi GERBER, op. cit., p. 504 ch. 2).

3.6.1. Pour l'Office fédéral de l'environnement, la parcelle litigieuse abrite un grand nombre de vieux arbres âgés à grand potentiel de cavités naturelles propices à la nidification de la chouette Chevêche et de plusieurs autres espèces spécialisées; elle s'inscrit dans un réseau de haies et d'arbres clairsemés qui relient une grande partie de la surface de la commune, représentant un reste du paysage bocager traditionnel. L'OFEV soutient que la haie - tout comme la parcelle dans sa globalité - sont d'une certaine importance pour le maintien à Grandfontaine de la chouette Chevêche, espèce rare et menacée, dont la conservation devrait être traitée avec une priorité élevée. Il affirme avoir connaissance de trois couvées confirmées, en 2018 à Grandfontaine et expose que la parcelle litigieuse fait partie du territoire de chasse de ces trois couples nicheurs.
Au contraire, pour l'Office cantonal de l'environnement, la haie en question ne présente pas les qualités requises pour permettre la nidification de la chouette Chevêche car il s'agit d'une haie monospécifique composée exclusivement de charmes présentant des anciennes traces d'écimage et ne comportant aucune cavité propice à l'espèce.

3.6.2. Plusieurs éléments plaident en faveur de la qualification de la haie litigieuse comme digne de protection au sens des art. 18 al. 1bis
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
LPN et 14 al. 3 let. d OPN. Il est ainsi admis que la présence de la chouette Chevêche, espèce rare figurant sur la Liste rouge des oiseaux nicheurs établie par l'OFEV en 2010 dans la catégorie "en danger", est référencée dans le périmètre de Grandfontaine. Les avis de l'Office fédéral de l'environnement et de l'Office cantonal de l'environnement divergent cependant quant à la qualité de la haie litigieuse pour la nidification de ce rapace.
Il faut toutefois tenir compte d'autres paramètres. D'abord, le règlement communal a placé la parcelle litigieuse en zone constructible en 2011. Or, comme le relève à juste titre l'OFEV, lorsqu'il s'agit de protéger des biotopes à l'intérieur de la zone à bâtir, il convient de prendre en considération les intérêts à une utilisation à des fins de construction conforme au plan de zone en vigueur (ATF 116 Ib 203 consid. 5g p. 213), de même que l'intérêt à la sécurité du droit (arrêt 1A.113/2005 du 17 janvier 2006 consid. 1.2).
Ensuite, la situation est particulière en l'espèce car la haie est conservée sur un linéaire qui correspond aux 5/6 de sa longueur initiale, soit à plus de 83 %: la suppression de la haie a été limitée à 10 m.
S'ajoute à cela que le côté nord-est de la haie borde la route communale et que son côté ouest jouxte la maison de la recourante, de sorte que la haie ne se trouve pas dans un environnement naturel exempt de construction et d'installation.
Enfin, lorsqu'il s'agit de biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18b - 1 I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
1    I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
2    Nelle regioni sfruttate intensivamente all'interno e all'esterno degli insediamenti, i Cantoni provvedono a una compensazione ecologica con boschetti campestri, siepi, cespugli ripuali o altra vegetazione conforme alla natura e al sito. Deve essere tenuto conto degli interessi dell'utilizzazione agricola.
LPN), les cantons disposent d'une importante marge d'appréciation pour déterminer quels sont les "espaces vitaux suffisamment étendus" dignes de protection, car le droit fédéral ne prévoit pas - comme il le fait notamment pour les forêts (cf. art. 3
SR 921.0 Legge federale del 4 ottobre 1991 sulle foreste (Legge forestale, LFo) - Legge forestale
LFo Art. 3 Conservazione della foresta - L'area forestale non va diminuita.
de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts [LFo; RS 921.0]) ou pour la végétation des rives (art. 21
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 21 - 1 La vegetazione ripuale (canneti, giuncheti, vegetazioni golenali e biocenosi forestali) non dev'essere dissodata, sotterrata né altrimenti annientata.
1    La vegetazione ripuale (canneti, giuncheti, vegetazioni golenali e biocenosi forestali) non dev'essere dissodata, sotterrata né altrimenti annientata.
2    Nella misura consentita dalle circostanze, i Cantoni provvedono alla messa a dimora di vegetazione ripuale sulle rive che ne sono sprovviste o, per lo meno, alla realizzazione delle condizioni necessarie alla sua crescita.67
LPN) - la protection de l'ensemble des biotopes (ATF 133 II 220 consid. 2.3 p. 223; 121 II 161 consid. 2a/bb p. 163). En effet, l'imprécision de la notion d' "espace vital suffisamment étendu" et la diversité des situations rencontrées au niveau cantonal - élément jouant un rôle capital dans l'appréciation de l'importance régionale et locale d'un biotope - font qu'il est impossible de dégager directement du droit fédéral un concept uniforme d'espace vital digne de protection, applicable de la même manière à l'ensemble du territoire de la Confédération et ne laissant ainsi aux cantons aucune marge d'appréciation. Sinon, les biotopes d'importance régionale et locale bénéficieraient d'une plus grande protection que ceux d'importance nationale, qui ne sont protégés, eux, qu'après avoir été inventoriés
comme tels par le Conseil fédéral (art. 18a
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18a - 1 Sentiti i Cantoni, il Consiglio federale determina i biotopi d'importanza nazionale. Stabilisce la situazione di questi biotopi e indica gli scopi della protezione.
1    Sentiti i Cantoni, il Consiglio federale determina i biotopi d'importanza nazionale. Stabilisce la situazione di questi biotopi e indica gli scopi della protezione.
2    I Cantoni disciplinano la protezione e la manutenzione dei biotopi d'importanza nazionale. Prendono tempestivamente gli opportuni provvedimenti e badano alla loro esecuzione.
3    Sentiti i Cantoni, il Consiglio federale può fissare termini per ordinare i provvedimenti protettivi. Se un Cantone, nonostante diffida, non ordina tempestivamente i provvedimenti di protezione richiesti, il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni59 può attuare direttamente i provvedimenti necessari e addossare al Cantone una parte adeguata dei costi.
LPN) (ATF 116 Ib 203 p. 212).
Dans ce contexte, le Tribunal fédéral examine librement si les cantons remplissent correctement la tâche fédérale qui leur a été déléguée. Toutefois, il laisse aux autorités cantonales une marge de manoeuvre dans l'interprétation et l'application de concepts juridiques indéterminés (à l'instar des notions juridiques indéterminées contenues dans l'art. 18 al. 1bis
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
LPN "qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel" et "qui présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses"). Par conséquent, le Tribunal fédéral fait preuve de retenue lorsqu'il s'agit de déterminer si l'habitat en question doit être qualifié de "biotope d'importance régionale ou locale". En particulier, le Tribunal fédéral tient compte du fait que les autorités cantonales et communales ont une meilleure connaissance et une meilleure vue d'ensemble des circonstances locales (ATF 118 Ib 485 consid. 3d p. 490; arrêts 1A.143/2006 du 20 décembre 2006 consid. 4.1 et 1A.29/2003 du 9 juillet 2003 consid. 5.1; NINA DAJCAR, in Keller/Zufferey/Fahrländer, Kommentar NHG, 2ème éd., 2019, N 6 ad art. 18b
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18b - 1 I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
1    I Cantoni provvedono alla protezione e alla manutenzione dei biotopi d'importanza regionale e locale.
2    Nelle regioni sfruttate intensivamente all'interno e all'esterno degli insediamenti, i Cantoni provvedono a una compensazione ecologica con boschetti campestri, siepi, cespugli ripuali o altra vegetazione conforme alla natura e al sito. Deve essere tenuto conto degli interessi dell'utilizzazione agricola.
LPN).
Au vu de ce qui précède, il convient de respecter la marge de manoeuvre dont a disposé le canton, au stade de l'autorisation de construire, lorsque, tenant compte de tous les éléments de fait et de tous les intérêts en jeu, il a décidé que la suppression de 10 m de la haie litigieuse située en bordure de la route communale ne portait pas atteinte aux objectifs de protection prévus aux art. 18 ss
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
LPN. Cela se justifie ici d'autant plus que le canton a bénéficié d'une excellente connaissance des lieux. En effet, après s'être rendue sur place, la Commission des paysages et des sites avait, en janvier 2018, formulé un préavis négatif et demandé aux constructeurs de revoir leur projet en conservant et en valorisant les éléments végétaux existants. Elle a par la suite accordé son préavis positif au projet modifié, à condition que seuls 10 m de la haie soient supprimés. Elle a enfin participé à l'inspection locale organisée par la Juge administrative du Tribunal de première instance, en mars 2019.
Pour ces différents motifs, du fait de la retenue que s'impose le Tribunal fédéral dans l'examen des circonstances locales, la cour cantonale n'a pas violé les art. 18
SR 451 Legge federale del 1o luglio 1966 sulla protezione della natura e del paesaggio (LPN)
LPN Art. 18 - 1 L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1    L'estinzione di specie animali e vegetali indigene dev'essere prevenuta mediante la conservazione di spazi vitali sufficienti (biotopi) e altri provvedimenti adeguati. Nel prendere questi provvedimenti sarà tenuto conto degli interessi agricoli e forestali degni di protezione.
1bis    Devono essere segnatamente protetti le zone ripuali, le praterie a carice e le paludi, le fitocenosi forestali rare, le siepi, i boschetti in terreni aperti, i prati secchi e altri siti che nell'equilibrio naturale hanno una funzione compensatrice o presentano condizioni favorevoli alle biocenosi.56
1ter    Se, tenuto conto di tutti gli interessi, non è possibile evitare che gli interventi tecnici pregiudichino biotopi degni di protezione, chi opera l'intervento prende misure speciali onde assicurarne la migliore protezione possibile, il ripristino o una sostituzione confacente.57
2    Nella lotta contro gl'insetti, specialmente con sostanze velenose, si baderà a non compromettere le specie animali e vegetali meritevoli di protezione.
3    La Confederazione può promuovere, in luoghi idonei, la riacclimazione di specie che allo stato selvaggio sono estinte, o in pericolo d'estinguersi, in Svizzera.
4    Sono riservate la legislazione federale sulla caccia e la protezione degli uccelli e quella sulla pesca.
LPN et 14 OPN, en confirmant la suppression de 10 m de haie en bordure de la route communale.

4.
La recourante reproche ensuite au Tribunal cantonal de refuser de réexaminer le plan d'affectation local de Grandfontaine et ainsi de violer l'art. 21 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 21 Obbligatorietà e adattamento - 1 I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
1    I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
2    In caso di notevole cambiamento delle circostanze, i piani d'utilizzazione sono riesaminati e, se necessario, adattati.
LAT (contrôle préjudiciel des plans), le principe de concentration (art. 1 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 1 Scopi - 1 Confederazione, Cantoni e Comuni provvedono affinché il suolo sia utilizzato con misura e i comprensori edificabili siano separati da quelli non edificabili.5 Essi coordinano le loro attività d'incidenza territoriale e ordinano l'insediamento in vista di uno sviluppo armonioso del Paese. Essi tengono conto delle condizioni naturali, come pure dei bisogni della popolazione e dell'economia.
1    Confederazione, Cantoni e Comuni provvedono affinché il suolo sia utilizzato con misura e i comprensori edificabili siano separati da quelli non edificabili.5 Essi coordinano le loro attività d'incidenza territoriale e ordinano l'insediamento in vista di uno sviluppo armonioso del Paese. Essi tengono conto delle condizioni naturali, come pure dei bisogni della popolazione e dell'economia.
2    Essi sostengono con misure pianificatorie in particolare gli sforzi intesi a:
a  proteggere le basi naturali della vita, come il suolo, l'aria, l'acqua, il bosco e il paesaggio;
abis  promuovere lo sviluppo centripeto degli insediamenti preservando una qualità abitativa adeguata;
b  realizzare insediamenti compatti;
bbis  creare e conservare le premesse territoriali per le attività economiche;
c  promuovere la vita sociale, economica e culturale nelle singole parti del Paese e decentralizzare adeguatamente l'insediamento e l'economia;
d  garantire una sufficiente base di approvvigionamento del Paese;
e  garantire la difesa nazionale;
f  promuovere l'integrazione degli stranieri e la coesione sociale.
let. abis LAT) et l'impératif de réduction des zones à bâtir surdimensionnées (art. 15 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 15 Zone edificabili - 1 Le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni.
1    Le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni.
2    Le zone edificabili sovradimensionate devono essere ridotte.
3    L'ubicazione e le dimensioni delle zone edificabili vanno coordinate al di là dei confini comunali, rispettando gli scopi e i principi della pianificazione del territorio. In particolare occorre conservare le superfici per l'avvicendamento delle colture e rispettare la natura e il paesaggio.
4    Un terreno può essere assegnato a una zona edificabile se:
a  è idoneo all'edificazione;
b  sarà prevedibilmente necessario all'edificazione, urbanizzato ed edificato entro 15 anni, anche in caso di sfruttamento coerente delle riserve interne d'utilizzazione delle zone edificabili esistenti;
c  le superfici coltive non sono frazionate;
d  la sua disponibilità è garantita sul piano giuridico; e
e  l'assegnazione consente di attuare quanto disposto nel piano direttore.
5    La Confederazione e i Cantoni elaborano congiuntamente direttive tecniche per l'assegnazione di terreni alle zone edificabili, segnatamente per il calcolo del fabbisogno di tali zone.
LAT).

4.1. Selon la jurisprudence, le contrôle incident ou préjudiciel d'un plan d'affectation dans le cadre d'une procédure relative à un acte d'application est en principe exclu. Un tel contrôle est néanmoins admis, à titre exceptionnel, lorsque les conditions d'un réexamen des plans au sens notamment de l'art. 21 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 21 Obbligatorietà e adattamento - 1 I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
1    I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
2    In caso di notevole cambiamento delle circostanze, i piani d'utilizzazione sono riesaminati e, se necessario, adattati.
LAT sont réunies (cf. ATF 144 II 41 consid. 5.1 p. 44; 121 II 317 consid. 12c p. 346). Aux termes de l'art. 21 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 21 Obbligatorietà e adattamento - 1 I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
1    I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
2    In caso di notevole cambiamento delle circostanze, i piani d'utilizzazione sono riesaminati e, se necessario, adattati.
LAT, lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans d'affectation feront l'objet des adaptations nécessaires; une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 21 Obbligatorietà e adattamento - 1 I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
1    I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
2    In caso di notevole cambiamento delle circostanze, i piani d'utilizzazione sono riesaminati e, se necessario, adattati.
LAT peut être purement factuelle (modifications topographiques, mouvements démographiques, changement de comportements, développement économique, évolution des besoins de transport, situation des finances publiques, menace sur un paysage ou un site, modification des conditions d'équipement), mais également d'ordre juridique, comme une modification législative, une révision du plan directeur ou même une évolution de la jurisprudence (cf. ATF 144 II 41 consid. 5.1 p. 44 s. et les références citées; 127 I 103 consid. 6b p. 105).

4.1.1. L'art. 21 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 21 Obbligatorietà e adattamento - 1 I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
1    I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
2    In caso di notevole cambiamento delle circostanze, i piani d'utilizzazione sono riesaminati e, se necessario, adattati.
LAT prévoit un examen en deux étapes: la première déterminera si les circonstances se sont sensiblement modifiées au point de justifier un réexamen du plan: si le besoin s'en fait réellement sentir, il sera adapté, dans une seconde étape (cf. ATF 144 II 41 consid. 5.1 p. 44 s.; 140 II 25 consid. 3 p. 29 et la référence à Peter Karlen, Stabilität und Wandel in der Zonenplanung, PBG-aktuell 4/1994 p. 8 ss; arrêt 1C 222/2019 du 4 septembre 2020 consid. 4.1.1).
L'art. 21 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 21 Obbligatorietà e adattamento - 1 I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
1    I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
2    In caso di notevole cambiamento delle circostanze, i piani d'utilizzazione sono riesaminati e, se necessario, adattati.
LAT exprime un compromis entre la nécessité de l'adaptation régulière des plans, d'une part, et l'exigence de la sécurité du droit, d'autre part. Cette disposition tend à assurer à la planification une certaine stabilité, sans laquelle les plans d'aménagement ne peuvent remplir leur fonction. La stabilité des plans est un aspect du principe, plus général, de la sécurité du droit, qui doit permettre aux propriétaires fonciers, comme aux autorités chargées de mettre en oeuvre la planification, de compter sur la pérennité des plans d'affectation. Ceux-ci doivent toutefois être révisés lorsque les circonstances déterminantes se sont modifiées depuis leur adoption (ATF 132 II 408 consid. 4.2 p. 413; 128 I 190 consid. 4.2 p. 198 et les arrêts cités; arrêt 1C 98/2018 du 7 mars 2019 consid. 5.1 in DEP 2019 340).
Le Tribunal fédéral examine librement cette question, en s'imposant néanmoins une certaine retenue lorsqu'il s'agit de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 140 I 168 consid. 4.2.1 p. 173; 119 Ia 362 consid. 3a p. 366).

4.1.2. La réduction de zones à bâtir surdimensionnées relève d'un intérêt public important (cf. ATF 144 II 41 consid. 5.2 p. 45; 128 I 190 consid. 4.2 p. 198 s. et la référence à l'ATF 120 Ia 227 consid. 2c p. 233), susceptible d'avoir, sur le principe, le pas sur l'intérêt public à la stabilité des plans ainsi que sur les intérêts privés des propriétaires concernés (cf. ATF 144 II 41 consid. 5.2 p. 45; arrêt 1P.139/1992 du 20 décembre 1993 consid. 7e et les arrêts cités). La réalisation de cet objectif, expressément prévu par la novelle du 15 juin 2012 (art. 15 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 15 Zone edificabili - 1 Le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni.
1    Le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni.
2    Le zone edificabili sovradimensionate devono essere ridotte.
3    L'ubicazione e le dimensioni delle zone edificabili vanno coordinate al di là dei confini comunali, rispettando gli scopi e i principi della pianificazione del territorio. In particolare occorre conservare le superfici per l'avvicendamento delle colture e rispettare la natura e il paesaggio.
4    Un terreno può essere assegnato a una zona edificabile se:
a  è idoneo all'edificazione;
b  sarà prevedibilmente necessario all'edificazione, urbanizzato ed edificato entro 15 anni, anche in caso di sfruttamento coerente delle riserve interne d'utilizzazione delle zone edificabili esistenti;
c  le superfici coltive non sono frazionate;
d  la sua disponibilità è garantita sul piano giuridico; e
e  l'assegnazione consente di attuare quanto disposto nel piano direttore.
5    La Confederazione e i Cantoni elaborano congiuntamente direttive tecniche per l'assegnazione di terreni alle zone edificabili, segnatamente per il calcolo del fabbisogno di tali zone.
LAT), entrée en vigueur le 1 er mai 2014, ne saurait cependant constituer le seul critère pertinent pour déterminer la nécessité d'entrer en matière sur une demande de révision d'un plan d'affectation, dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire (cf. arrêt 1C 387/2016 du 1 er mai 2017 consid. 4.4).
En effet, le régime transitoire de l'art. 38a al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 38a Disposizioni transitorie della modifica del 15 giugno 2012 - 1 I Cantoni adattano i propri piani direttori ai requisiti di cui agli articoli 8 e 8a capoverso 1 entro cinque anni dall'entrata in vigore della modifica del 15 giugno 2012.
1    I Cantoni adattano i propri piani direttori ai requisiti di cui agli articoli 8 e 8a capoverso 1 entro cinque anni dall'entrata in vigore della modifica del 15 giugno 2012.
2    Fino all'approvazione dell'adattamento del piano direttore da parte del Consiglio federale non è consentito al Cantone interessato di aumentare la superficie complessiva delle zone edificabili delimitate con decisione passata in giudicato.
3    Scaduto il termine di cui al capoverso 1, non è ammessa la delimitazione di nuove zone edificabili finché il Cantone interessato non ha ottenuto l'approvazione dell'adattamento del piano direttore da parte del Consiglio federale.
4    I Cantoni disciplinano entro cinque anni dall'entrata in vigore della modifica del 15 giugno 2012 un'adeguata compensazione di vantaggi e svantaggi rilevanti secondo i requisiti dell'articolo 5.
5    Scaduto il termine di cui al capoverso 4, non è ammessa la delimitazione di nuove zone edificabili finché il Cantone interessato non dispone di un'adeguata compensazione secondo i requisiti dell'articolo 5. Il Consiglio federale designa tali Cantoni dopo averli sentiti.
LAT ne prohibe pas la mise en oeuvre de planifications d'affectation existantes conformes à la LAT ni ne préjuge des parcelles qui seront concernées par le redimensionnement de la zone à bâtir; ce choix relève dans une large mesure du pouvoir d'appréciation des autorités locales de planification (cf. art. 2 al. 3
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 2 Obbligo di pianificare - 1 Confederazione, Cantoni e Comuni elaborano e coordinano le pianificazioni necessarie ai loro compiti d'incidenza territoriale.
1    Confederazione, Cantoni e Comuni elaborano e coordinano le pianificazioni necessarie ai loro compiti d'incidenza territoriale.
2    Essi tengono conto delle incidenze territoriali della loro altra attività.
3    Le autorità incaricate di compiti pianificatori badano di lasciare alle autorità loro subordinate il margine d'apprezzamento necessario per adempiere i loro compiti.
LAT et art. 2
SR 700.1 Ordinanza del 28 giugno 2000 sulla pianificazione del territorio (OPT)
OPT Art. 2 Pianificazione e coordinazione di attività d'incidenza territoriale - 1 Quando si tratta di pianificare le attività d'incidenza territoriale, le autorità, in vista dello sviluppo territoriale auspicato, esaminano in particolare:
1    Quando si tratta di pianificare le attività d'incidenza territoriale, le autorità, in vista dello sviluppo territoriale auspicato, esaminano in particolare:
a  quanto territorio è necessario per l'attività;
b  quali alternative e varianti entrano in considerazione;
c  se l'attività è compatibile con gli scopi e i principi della pianificazione del territorio;
d  quali possibilità sono date di utilizzare il suolo in modo misurato e riguardoso dell'ambiente nonché di migliorare l'assetto dell'insediamento;
e  se l'attività è compatibile con piani e prescrizioni vigenti di Confederazione, Cantoni, regioni e Comuni in merito all'utilizzazione del suolo, in particolare con i piani direttori e di utilizzazione.
2    Le autorità accertano le ripercussioni delle loro attività d'incidenza territoriale e provvedono tempestivamente all'informazione reciproca.
3    Esse coordinano le attività d'incidenza territoriale che si escludono, si intralciano, si condizionano o si completano a vicenda.
et 3
SR 700.1 Ordinanza del 28 giugno 2000 sulla pianificazione del territorio (OPT)
OPT Art. 3 Ponderazione degli interessi - 1 Se dispongono di margini d'azione nell'adempimento e coordinamento dei compiti d'incidenza territoriale, le autorità ponderano i diversi interessi. In tale contesto:
1    Se dispongono di margini d'azione nell'adempimento e coordinamento dei compiti d'incidenza territoriale, le autorità ponderano i diversi interessi. In tale contesto:
a  verificano gli interessi in causa;
b  valutano gli interessi verificati considerandone in particolare la compatibilità con lo sviluppo territoriale auspicato e con le implicazioni possibili;
c  tengono conto di tali interessi nel migliore modo possibile, sulla base della loro valutazione.
2    Nella motivazione delle decisioni esse presentano la ponderazione degli interessi.
OAT) (ATF 144 II 41 consid. 5.2 p. 45 s. et la jurisprudence citée; arrêt 1C 598/2019 du 19 juin 2020 consid. 2.1).
Dès lors, pour que l'entrée en vigueur de la novelle du 15 juin 2012 puisse justifier un contrôle préjudiciel de la planification, il faut que s'y ajoutent d'autres circonstances, notamment la localisation de la parcelle par rapport à la zone à bâtir existante, le niveau d'équipement de la parcelle et la date d'entrée en vigueur du plan d'affectation (ATF 144 II 41 consid. 5.2 p. 45 s. et la jurisprudence citée).

4.2. En l'espèce, il n'est pas contesté que la zone à bâtir de la commune de Grandfontaine est surdimensionnée. La présence d'une zone à bâtir dépassant les besoins des 15 ans à venir n'est cependant, à elle seule, pas suffisante pour justifier un contrôle incident de la planification en vigueur et, plus spécialement à remettre en cause le caractère constructible de la parcelle en question.

4.2.1. La recourante fait d'abord valoir que l'adoption du plan directeur cantonal par le Conseil fédéral a été conditionnée à une réduction rapide et massive de la zone à bâtir du canton. Il est vrai que le plan directeur cantonal révisé a été approuvé par le Conseil fédéral le 1 er mai 2019 avec plusieurs réserves, dont notamment l'exigence de réduire rapidement les zones à bâtir non construites dévolues à l'habitat (réduction de 230 hectares des zones à bâtir non construites d'ici 2030). Il a été précisé que les régions concernées avaient jusqu'au 31 décembre 2021 pour élaborer un plan directeur régional et les communes jusqu'au 31 décembre 2024 pour réviser leur plan d'aménagement local. Le Conseil fédéral a en outre conditionné son approbation à la création de zones réservées cantonales sur les secteurs de zones dévolues à l'habitat susceptibles de devoir faire l'objet d'une réduction, que le canton devait mettre à l'enquête au plus tard lors du premier trimestre 2020. Par décision du 21 septembre 2020, le Département de l'environnement du canton du Jura a approuvé la mise en zones réservées de 17 parcelles de la commune de Grandfontaine: il apparaît cependant - indépendamment de la recevabilité de cette pièce nouvelle (art.
99 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
LTF) - que la parcelle n° 2044 n'y figure pas. Quoi qu'en dise la recourante, le document du Service du développement territorial cantonal qui classe, en 2015, la parcelle en question en degré de priorité 2 parmi les parcelles susceptibles d'être dézonées perd ainsi de sa pertinence, ce d'autant plus qu'il s'agissait de "priorité 2" et non pas de "priorité 1".
Il y a encore lieu de prendre en compte le fait que lors de l'approbation du plan directeur cantonal révisé par le Conseil fédéral en mai 2019, la procédure de permis litigieuse était en cours depuis octobre 2017. L'Office du développement territorial cantonal souligne en outre que, dans le cadre de son approbation du plan directeur cantonal, afin de garantir le redimensionnement des zones à bâtir des communes surdimensionnées, la Confédération n'a pas exigé une surveillance des permis de construire, comme elle l'a par exemple demandé à d'autres cantons; elle y a expressément renoncé dans le cadre d'échanges avec le canton du Jura.
Par ailleurs, comme l'a retenu la cour cantonale, le plan d'aménagement local de Grandfontaine a été approuvé le 11 mai 2011 et peut donc être qualifié de récent: il avait 6 ans au moment du dépôt de la demande de permis litigieuse et l'horizon des 15 ans prévu à l'art. 15
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 15 Zone edificabili - 1 Le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni.
1    Le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni.
2    Le zone edificabili sovradimensionate devono essere ridotte.
3    L'ubicazione e le dimensioni delle zone edificabili vanno coordinate al di là dei confini comunali, rispettando gli scopi e i principi della pianificazione del territorio. In particolare occorre conservare le superfici per l'avvicendamento delle colture e rispettare la natura e il paesaggio.
4    Un terreno può essere assegnato a una zona edificabile se:
a  è idoneo all'edificazione;
b  sarà prevedibilmente necessario all'edificazione, urbanizzato ed edificato entro 15 anni, anche in caso di sfruttamento coerente delle riserve interne d'utilizzazione delle zone edificabili esistenti;
c  le superfici coltive non sono frazionate;
d  la sua disponibilità è garantita sul piano giuridico; e
e  l'assegnazione consente di attuare quanto disposto nel piano direttore.
5    La Confederazione e i Cantoni elaborano congiuntamente direttive tecniche per l'assegnazione di terreni alle zone edificabili, segnatamente per il calcolo del fabbisogno di tali zone.
LAT n'était de loin pas atteint. L'autorité communale a certes adressé aux propriétaires fonciers un courrier le 28 décembre 2017, indiquant que le plan d'aménagement local devra être modifié au plus tard en 2022, afin de correspondre aux exigences d'un nouveau plan directeur régional et que cette modification impliquera le déclassement en zone agricole de certaines parcelles. Cependant, la procédure de permis de construire était déjà en cours à ce moment et l'autorité communale a préavisé positivement le projet des recourants, considérant ainsi que la parcelle litigieuse n'était pas sujette au redimensionnement de la zone à bâtir. Ce choix, qui relève dans une large mesure de son pouvoir d'appréciation, doit être respecté.

4.2.2. La recourante estime ensuite que la situation spatiale de la parcelle n° 2044 constituerait une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 21 Obbligatorietà e adattamento - 1 I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
1    I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
2    In caso di notevole cambiamento delle circostanze, i piani d'utilizzazione sono riesaminati e, se necessario, adattati.
LAT. Elle soutient que son développement contreviendrait au principe du développement du milieu bâti vers l'intérieur.
On peut suivre la recourante lorsqu'elle soutient que la parcelle n'est "pas bordée de toute part de terrains construits". En effet, au nord de la parcelle litigieuse, de l'autre côté de la route, se trouvent des parcelles en zone agricole et au sud-ouest se situe un bien-fonds sis dans le périmètre de protection des vergers. Il n'en demeure pas moins que le bien-fonds en question est entouré au nord-ouest par la parcelle n° 454 sur laquelle se trouve la maison de la recourante et au sud-est par le bien-fonds n° 2023 sur lequel est construit une villa. La parcelle litigieuse se situe de surcroît sur une langue de terrain d'ores et déjà bâtie bordant la route communale "Sur Chenal" en direction du nord-ouest, qui permet la jonction entre le centre historique du village et le quartier situé au nord, assurant ainsi une continuité du bâti. Comme le relève la recourante, la parcelle litigieuse se trouve à la limite nord-ouest de la zone de centre A. Dans la mesure où cette zone jouxte la zone d'habitation A (HA) qui est aussi constructible, cela n'a cependant aucune incidence. Quoiqu'en dise l'Office fédéral du développement territorial, la parcelle en question dispose en outre d'un accès routier puisqu'elle se trouve au bord de la
route communale. La parcelle litigieuse, qui se trouve déjà à l'intérieur du tissu bâti et en bordure de route, ne constitue ainsi pas une petite zone constructible isolée, de sorte qu'il ne s'impose pas a priori d'en exclure toute construction.
S'ajoute à cela que, comme le relèvent le Tribunal cantonal et l'Office du développement territorial cantonal, la restitution à la zone agricole de cette parcelle triangulaire ceinturée d'une haie ne paraît pas fondée, d'un point de vue urbanistique.

4.3. Aussi n'apparaît-il pas évident, au regard non seulement de la localisation de la parcelle qui se situe entre deux parcelles construites le long d'une route, mais aussi de ce qu'elle ne figure pas parmi les zones réservées approuvées par le canton en septembre 2020, à supposer cet aspect du recours recevable (art. 99 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
LTF), que la parcelle des intimés doive être exclue de la zone à bâtir; il n'y a partant pas lieu d'interférer dans le processus de planification locale, pour lequel les autorités communales bénéficient d'un large pouvoir d'appréciation (cf. supra consid. 4.1.2). Le Tribunal cantonal n'a ainsi violé ni les art. 21 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 21 Obbligatorietà e adattamento - 1 I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
1    I piani d'utilizzazione vincolano ognuno.
2    In caso di notevole cambiamento delle circostanze, i piani d'utilizzazione sono riesaminati e, se necessario, adattati.
et 15 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 15 Zone edificabili - 1 Le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni.
1    Le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni.
2    Le zone edificabili sovradimensionate devono essere ridotte.
3    L'ubicazione e le dimensioni delle zone edificabili vanno coordinate al di là dei confini comunali, rispettando gli scopi e i principi della pianificazione del territorio. In particolare occorre conservare le superfici per l'avvicendamento delle colture e rispettare la natura e il paesaggio.
4    Un terreno può essere assegnato a una zona edificabile se:
a  è idoneo all'edificazione;
b  sarà prevedibilmente necessario all'edificazione, urbanizzato ed edificato entro 15 anni, anche in caso di sfruttamento coerente delle riserve interne d'utilizzazione delle zone edificabili esistenti;
c  le superfici coltive non sono frazionate;
d  la sua disponibilità è garantita sul piano giuridico; e
e  l'assegnazione consente di attuare quanto disposto nel piano direttore.
5    La Confederazione e i Cantoni elaborano congiuntamente direttive tecniche per l'assegnazione di terreni alle zone edificabili, segnatamente per il calcolo del fabbisogno di tali zone.
LAT, ni le principe de concentration (art. 1 al. 2
SR 700 Legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (Legge sulla pianificazione del territorio, LPT) - Legge sulla pianificazione del territorio
LPT Art. 1 Scopi - 1 Confederazione, Cantoni e Comuni provvedono affinché il suolo sia utilizzato con misura e i comprensori edificabili siano separati da quelli non edificabili.5 Essi coordinano le loro attività d'incidenza territoriale e ordinano l'insediamento in vista di uno sviluppo armonioso del Paese. Essi tengono conto delle condizioni naturali, come pure dei bisogni della popolazione e dell'economia.
1    Confederazione, Cantoni e Comuni provvedono affinché il suolo sia utilizzato con misura e i comprensori edificabili siano separati da quelli non edificabili.5 Essi coordinano le loro attività d'incidenza territoriale e ordinano l'insediamento in vista di uno sviluppo armonioso del Paese. Essi tengono conto delle condizioni naturali, come pure dei bisogni della popolazione e dell'economia.
2    Essi sostengono con misure pianificatorie in particolare gli sforzi intesi a:
a  proteggere le basi naturali della vita, come il suolo, l'aria, l'acqua, il bosco e il paesaggio;
abis  promuovere lo sviluppo centripeto degli insediamenti preservando una qualità abitativa adeguata;
b  realizzare insediamenti compatti;
bbis  creare e conservare le premesse territoriali per le attività economiche;
c  promuovere la vita sociale, economica e culturale nelle singole parti del Paese e decentralizzare adeguatamente l'insediamento e l'economia;
d  garantire una sufficiente base di approvvigionamento del Paese;
e  garantire la difesa nazionale;
f  promuovere l'integrazione degli stranieri e la coesione sociale.
let. abis LAT), en renonçant à procéder à un contrôle préjudiciel du plan d'affectation communal.

5.
Il s'ensuit que le recours est rejeté aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 65 Spese giudiziarie - 1 Le spese giudiziarie comprendono la tassa di giustizia, l'emolumento per la copia di atti scritti, le spese per le traduzioni in o da una lingua non ufficiale e le indennità versate a periti e testimoni.
1    Le spese giudiziarie comprendono la tassa di giustizia, l'emolumento per la copia di atti scritti, le spese per le traduzioni in o da una lingua non ufficiale e le indennità versate a periti e testimoni.
2    La tassa di giustizia è stabilita in funzione del valore litigioso, dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti.
3    Di regola, il suo importo è di:
a  200 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  200 a 100 000 franchi nelle altre controversie.
4    È di 200 a 1000 franchi, a prescindere dal valore litigioso, nelle controversie:
a  concernenti prestazioni di assicurazioni sociali;
b  concernenti discriminazioni fondate sul sesso;
c  risultanti da un rapporto di lavoro, sempreché il valore litigioso non superi 30 000 franchi;
d  secondo gli articoli 7 e 8 della legge del 13 dicembre 200223 sui disabili.
5    Se motivi particolari lo giustificano, il Tribunale federale può aumentare tali importi, ma al massimo fino al doppio nei casi di cui al capoverso 3 e fino a 10 000 franchi nei casi di cui al capoverso 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Elle versera en outre une indemnité de dépens aux intimés, qui ont procédé avec l'aide d'un mandataire professionnel (art. 68 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.

3.
Une indemnité de dépens de 4'000 francs est allouée aux intimés à la charge de la recourante.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et des intimés, à la Section des permis de construire du canton du Jura, à la Cour administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura, à l'Office fédéral de l'environnement et à l'Office fédéral du développement territorial.

Lausanne, le 15 décembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Chaix

La Greffière : Tornay Schaller