Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 998/2021

Arrêt du 12 mai 2022

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux
Aubry Girardin, Présidente, Donzallaz et Beusch.
Greffier : M. Dubey.

Participants à la procédure
A.________ Sàrl,
représentée par Maître Fabrice Kuhn
et Maître Olivier Thévoz, Avocats,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne.

Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (1er trimestre 2011 -
4e trimestre 2014) : taxation par voie d'estimation,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 3 novembre 2021 (A-1558/2020).

Faits :

A.
La société A.________ Sàrl (ci-après : la contribuable), dont le siège est à U.________, a pour but « l'exploitation de snack et saveur du sud, principalement des spécialités orientales, le commerce d'une ou plusieurs boucheries-charcuterie et de tout assortiment de produits à base de viande hallal en Suisse, d'un service traiteur; importation et commerce de boissons et produits alimentaires; service de restauration, organisation de manifestations et exploitations de salles de banquets ».
Elle est immatriculée au registre des assujettis TVA depuis le 10 février 2009.
A l'occasion d'un contrôle dans les locaux de la contribuable en date des 17 et 18 août 2016 et portant sur les périodes fiscales s'étendant du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2014, l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC) a constaté des anomalies dans la comptabilité de la contribuable, relevant des erreurs dans la détermination du droit à la déduction de l'impôt préalable tant en faveur de la contribuable qu'en faveur de l'AFC. Elle a par conséquent reconstitué les chiffres d'affaires par voie d'estimation.
Le 12 février 2019, suite à divers échanges de courriers, l'AFC a rendu une décision formelle pour les périodes fiscales précitées, fixant le montant des reprises TVA dues par la recourante à 40'752 fr. plus intérêts moratoires dès le 31 août 2013 (échéance moyenne).
Par courrier du 15 mars 2019, la contribuable a déposé une réclamation contre la décision rendue le 12 février 2019 par l'AFC concluant, à l'annulation du point n° 1.1 de la notification d'estimation portant sur la correction d'impôt au titre du redressement du chiffre d'affaires pour 56'815 fr. et au remboursement par l'AFC du montant de 16'063 fr. dû à titre de correction de la déduction de l'impôt préalable (point n° 2.1 de la même notification d'estimation).
Par décision sur réclamation du 12 février 2020, l'AFC a admis partiellement la réclamation de la contribuable et réduit le montant des reprises fiscales à 29'915 francs. Cette réduction résultait de l'application par l'AFC d'un coefficient d'expérience de marge brute pour le calcul estimatif du chiffre d'affaires du secteur restaurant-snack de 53,2% en lieu et place du taux de 60% retenu dans sa décision initiale du 12 février 2019. Elle résultait du tableau suivant :



Période fiscale_ ________________ ____2011 ____2012 ____2013 ____2014

Impôt dû_sur Ch.A._ ____________ __72'240 __80'547 __89'386 __81'330

Corr. due au contrôle._ _________ __11'178 __19'287 __15'984 __10'366

Corr. due par décision._ ________ - 2'627_ - 3'029_ - 3'004_ - 2'177_

Total impôt dû_ ________________ __80'791 __96'805 _102'366 __89'519

_____ _____ _____ _____

Déd. de l'imp. préal. déclarée_ __34'602 __31'938 __44'453 __54'527

Corr. due au contrôle_ __________ ___8'905 ___8'433 - 957_ _ - 318_ _

Corr. due par décision_ _________ _______0 _______0 _______0 _______0

Total déd. imp. préal. autorisée_ __43'507 __40'371 __43'495 __54'209

Montant créance fisc. par pér._ __37'284 __56'434 __58'871 __35'310

Diff. entre impôt dû_et déclaré_ - 354_ _ ___7'825 __13'937 ___8'507

Total en faveur de l'AFC_ ________ _____ _____ _____ __29'915

B.
Par recours du 16 mars 2020 auprès du Tribunal administratif fédéral, la contribuable a conclu à l'annulation de la décision du 12 février 2020. Plus spécifiquement, elle a conclu principalement à ce qu'il soit constaté qu'elle ne doit aucun complément de TVA pour les périodes fiscales 2011 à 2014 et qu'elle a droit à un remboursement de 16'063 fr. à titre de correction en sa faveur de la déduction de l'impôt préalable; subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée à l'AFC pour qu'elle redéfinisse un taux de marge applicable au secteur restaurant-snack de la recourante qui se situe, selon elle, nettement en dessous de 53,2%.

C.
Par arrêt du 3 novembre 2021, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours que la contribuable avait interjeté contre la décision rendue le 12 février 2020 par l'AFC. L'estimation de l'AFC n'étant critiquable ni dans son principe ni quant à son résultat, la décision entreprise devait être confirmée.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la contribuable demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 3 novembre 2021 par le Tribunal administratif fédéral et de constater qu'elle ne doit aucun supplément de TVA pour les périodes fiscale 2011 à 2014. Subsidiairement, elle conclut à que l'AFC redéfinisse, sur renvoi, un taux de marge qui se situe nettement au-dessous de 53,2%.
Le Tribunal administrait fédéral renonce à déposer des observations sur recours. Après avoir signalé la prescription des créances d'impôt pour l'année 2011 et informé que le nouveau montant de la créance fiscale s'élevait à 30'269 fr. au lieu de 29'915 fr. en raison des effets de la prescription sur l'excédent d'impôt préalable en faveur de la contribuable, l'AFC conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens. La contribuable n'a pas répliqué.

Considérant en droit :

1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF), émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), le recours en matière de droit public est recevable.

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral et du droit international (art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
et b et 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF. Il n'est toutefois pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés, sauf en présence d'une violation du droit évidente (cf. ATF 142 I 99 consid. 1.7.1; 140 III 86 consid. 2; aussi arrêt 2C 630/2018 du 7 août 2018 consid. 3.1).

3.
Le Tribunal fédéral examine la conformité au droit fédéral et international de l'arrêt attaqué en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF; ATF 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF).
En l'occurrence, la recourante présente un exposé des faits de la cause sans se référer aux conditions de l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF. Une telle façon de procéder - en tant qu'elle remet en question les faits retenus dans l'arrêt attaqué comme devant une autorité d'appel - ne répond pas aux exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF et est, partant, inadmissible devant le Tribunal fédéral. Les diverses critiques que la recourante formule au travers de son mémoire de recours à l'encontre de l'établissement des faits opéré par le Tribunal administratif fédéral ne seront ainsi pas examinées (cf. arrêts 2C 110/2019 du 9 décembre 2019 consid. 2 et 2C 872/2015 du 1er août 2016 consid. 2). Le Tribunal fédéral traitera les violations du droit alléguées par la recourante à la seule lumière des faits constatés dans l'arrêt attaqué.

4.
Le litige porte sur le principe de la taxation par estimation, ainsi que sur l'estimation du chiffre d'affaires, en particulier sur la marge brute retenue par l'autorité intimée pour reconstituer ce chiffre pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2014.

5.
La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) et son ordonnance d'exécution du 27 novembre 2009 (OTVA, RS 641.201) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2010. Le présent litige porte sur des périodes fiscales postérieures à cette date; la LTVA et l'OTVA sont par conséquent seules applicables, tant au fond qu'en ce qui concerne la procédure (cf. art. 112
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
et 113
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA).

I. Prescription

6.
L'art. 42 al. 6
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA prévoit que le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née. La prescription du droit de taxer survenue en cours de procédure devant le Tribunal fédéral doit être prise en considération d'office (ATF 138 II 169 consid. 3.2. et 3.4; arrêt 2C 263/2020 du 10 décembre 2021 consid. 6 prévu pour la publication). En l'espèce la droit de taxation s'est éteint pour la période fiscale 2011.
La paralysie complète du droit de fixer la créance fiscale prévue par l'art. 42 al. 6
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA vaut pour l'ensemble de la créance fiscale, c'est-à-dire non seulement pour la fixation de la part d'impôt soustraite, mais également pour la part d'excédent de l'impôt préalable relative à la période fiscale prescrite. En conséquence, la conclusion de l'autorité intimée tendant à ce que le montant de la créance fiscale soit fixé à 30'269 fr. est rejetée.

II. Choix de la taxation par voie d'estimation

7.

7.1. Dans le système de la TVA prévaut le principe de l'auto-taxation : la taxation et le paiement de l'impôt sont en principe assurés par vis-à-vis de l'Administration fédérale dans le délai légal prévu, et en la forme prescrite, la créance fiscale (art. 71 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 71 Remise du décompte - 1 L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
1    L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
2    Si l'assujettissement prend fin, le délai commence à courir à partir de ce moment.
LTVA). Il doit tenir ses livres comptables de manière à ce que tous les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 70 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
LTVA).

7.2. La jurisprudence a déjà souligné que l'activité de restauration, telle que celle qui est proposée par le recourant, est une activité dans laquelle les contre-prestations se font le plus souvent par le biais de paiements en liquide. Dans ce cas de figure, il est attendu du contribuable qu'il tienne avec rigueur son livre de caisse en y inscrivant systématiquement les mouvements de liquidités et en en vérifiant quotidiennement le contenu. Celui qui exploite une entreprise dont l'activité présente des mouvements intensifs de liquidités et qui n'effectue pas de contrôle quotidien de sa caisse, ni ne tient avec rigueur un livre de caisse, accepte qu'il en résulte une imposition fixée par estimation (cf. arrêts 2C 885/2019 du 5 mars 2020 consid. 5.2; 2C 530/2019 du 23 janvier 2020 consid. 4.3.1; 2C 261/2019 du 15 août 2019 consid. 2.3.1 et les références; 2C 950/2015 du 11 mars 2016 consid. 4.3 et les références).

7.3. Selon l'art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation. L'Administration fédérale a le droit et le devoir de procéder à une estimation des chiffres d'affaires ainsi que de l'impôt et de l'impôt préalable dans le cadre de son pouvoir d'appréciation (taxation par voie d'estimation) dans deux hypothèses : premièrement, lorsque la personne assujettie n'a pas observé son devoir d'enregistrer et de conserver les pièces ou lorsque les éléments nécessaires à la taxation ne ressortent pas de ses livres comptables et documents ou lorsque la comptabilité, pour d'autres raisons (formelles), n'offre aucune garantie quant à sa véracité; deuxièmement, lorsque les résultats découlant de la comptabilité, même tenue correctement du point de vue formel, ne correspondent manifestement pas à la réalité (arrêts 2C 885/2019 du 5 mars 2020 consid. 5.3; 2C 530/2019 du 23 janvier 2020 consid. 4.1.3; 2C 595/2016 du 11 janvier 2017 consid. 3.2.3; 2C 1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.2).

7.4. Le Tribunal fédéral examine librement (art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF) si les conditions d'une taxation par estimation sont remplies (arrêts 2C 29/2021 du 5 octobre 2021 consid. 3.1.3; 2C 715/2013 du 13 janvier 2014 consid. 3.2).

7.5. En l'espèce, l'instance précédente a constaté, avec l'autorité intimée, l'absence de journal de caisse, des irrégularités grossières du compte « Caisse » ainsi que des ajustements de plusieurs centaines de milliers de francs en relation avec les caisses enregistreuses. Ainsi, le solde du compte « Caisse » était souvent négatif, conduisant la fiduciaire de la recourante à comptabiliser à plusieurs reprises des ajustements dudit compte pour un montant total de 140'600 fr. au moyen de l'écriture « Caisse » (au débit) à « Chiffre d'affaires » (au crédit). De même, les relevés des émetteurs de cartes de crédit pour les ventes encaissées par le biais de ce moyen de paiement ne concordaient pas avec les recettes encaissées par cartes de crédit et enregistrées sur les caisses enregistreuses selon les bandes de contrôle de celles-ci. Ces deux éléments permettaient déjà à eux seuls de considérer la comptabilité de la recourante comme dénuée de force probante (comme l'a déjà jugé le Tribunal fédéral dans ses arrêts 2C 82/2014 du 6 juin 2014 consid. 4.2; 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 4.2), si bien que l'Administration fédérale était fondée à procéder à une estimation du chiffre d'affaires de la société et l'instance précédente a
confirmé à juste titre ce principe.

7.6. Réitérant le grief qu'elle avait déjà formulé devant l'instance précédente, la recourante objecte que sa fiduciaire avait corrigé les problèmes de comptabilisation soulevés par l'AFC lors de son contrôle en procédant à des ajustements, dans le cadre ordinaire de l'établissement des comptes annuels, qui ont eu pour effet d'augmenter son chiffre d'affaires imposable et attesté que la comptabilité ajustée permettait d'avoir une « vision chronologique correcte et complète des transactions liées à la gestion des activités représentées par les ventes tant de la boucherie que du snack ». Cette objection est inopérante, comme l'a jugé à bon droit l'instance précédente. En effet, avec une telle argumentation, la recourante n'explique pas pourquoi le compte de caisse accusait un solde négatif (créditeur), alors que, par nature, son solde est nécessairement débiteur (arrêts 2C 885/2019 du 5 mars 2020 consid. 5.5; 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 4.2). Au surplus, elle n'expose pas non plus concrètement en quoi l'instance précédente aurait violé l'interdiction de l'arbitraire en refusant d'accorder un caractère probant à une expertise privée ajustant le solde du compte « Caisse », alors que ces ajustements ne reposent sur aucune
pièce comptable.
Comme l'Administration fédérale était fondée à procéder à une estimation du chiffre d'affaires de la société pour ces motifs déjà, il n'est pas nécessaire d'examiner si la deuxième hypothèse prévue par l'art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA est également remplie.

III. Méthode de taxation par voie d'estimation

8.
Il reste à examiner si l'instance précédente pouvait confirmer l'estimation par l'autorité de taxation du chiffre d'affaires de la recourante.

8.1. Le Tribunal fédéral examine avec un plein pouvoir de cognition si l'instance précédente a utilisé une méthode d'évaluation appropriée (arrêts 2C 29/2021 du 5 octobre 2021 consid. 3.1.3; 2C 812/2013/2C 813/2013 du 28 mai 2014 consid. 2.4.2; 2C 715/2013 du 13 janvier 2014 consid. 3.2). Toutefois, le Tribunal fédéral accorde aux autorités fiscales une certaine marge d'appréciation dans le choix de la méthode d'évaluation, raison pour laquelle le Tribunal fédéral s'impose une certaine retenue dans son contrôle à cet égard (cf., en matière d'impôts directs, les arrêts 2C 548/2020 du 3 mai 2021 consid. 3.2.3; 2C 495/2017 / 2C 512/2017 du 27 mai 2019 consid. 10.1, in : RDAF 2019 II p. 547).

8.2. Lorsqu'elle procède à une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, comme le prescrit l'art. 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède dans les limites de son pouvoir d'appréciation. Elle doit tenir compte de toutes les circonstances dont elle a connaissance. En ce sens, elle doit certes procéder à une estimation prudente, mais n'est cependant pas tenue, en cas de doute, de retenir les hypothèses les plus favorables à l'assujetti. Au contraire, il s'agit d'éviter que l'assujetti qui a rempli son devoir de collaboration ne soit tenu de payer des impôts plus élevés que celui dont un contrôle ultérieur de la comptabilité est impossible pour des motifs qui lui sont imputables. La violation de devoirs de procédure ne doit pas être récompensée (arrêts 2C 885/2019 du 5 mars 2020 consid. 6.1; 2C 530/2019 du 23 janvier 2020 consid. 4.1.4; 2C 595/2016 du 11 janvier 2017 consid. 3.2.4; 2C 1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.3).

8.3. En l'occurrence, l'instance précédente a constaté, en comparant le total des charges directes liées à l'achat de marchandises au total du chiffre d'affaires au net, que les coûts d'achat des marchandises pour chaque période contrôlée n'avaient pas varié. En conséquence, l'autorité intimée pouvait estimer les marges brutes séparément pour chacune des deux activités de la recourante, l'activité de boucheries-épicerie et l'activité de snack-restaurant : pour la première activité, sur un total de 36 types de produits vendus, la marge moyenne s'élevait 29,43%; pour la deuxième activité, un coefficient d'expérience fondé sur un échantillon national a été fixé à 60% dans un premier temps, puis, à 53,2%, pour tenir compte des critiques émises par la recourante dans sa réclamation. Enfin, l'addition des deux marges obtenues, soit celle de la partie boucheries-épicerie et celle de la partie snack-restaurant, sous la rubrique « Total marges brutes calculées » permettait d'établir le montant de marges brutes selon la comptabilité de la recourante. Après répartition du montant ainsi obtenu entre le taux normal et le taux réduit sur la base de la comptabilité de la recourante et addition des montants de TVA en découlant, l'autorité intimée
était arrivée à un montant total d'impôt de 45'078 fr. 09. Réduit de l'impôt préalable supplémentaire en faveur de la recourante de 16'062 fr. 92, le montant de la créance fiscale totale pour les périodes 2011 à 2014 s'élevait finalement à 29'915 fr. 17.
La recourante s'oppose à l'estimation confirmée par l'instance précédente.

8.4. En premier lieu, invoquant l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. et l'art. 29
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 29 - Les parties ont le droit d'être entendues.
PA, elle se plaint de son droit d'être entendue en ce que l'autorité précédente n'aurait pas expliqué pour quels motifs elle s'écartait des expertises produites en procédure, sinon parce qu'il s'agissait d'expertises privées (mémoire de recours, ch. 31 p. 11). Ce grief doit être rejeté.
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique et d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (cf. ATF 145 I 167 consid. 4.1; 142 III 48 consid. 4.1.1). L'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1; 140 I 285 consid. 6.3.1 et les arrêts cités).
En l'occurrence, la recourante indique elle-même que l'instance précédente a considéré que les expertises comportaient des incohérences et des inexactitudes. Il s'ensuit que l'instance précédente n'a pas écarté les expertises privées produites par la recourante uniquement parce qu'elles avaient une origine privée. Il ressort du reste de l'arrêt attaqué que cette dernière a examiné les rapports en cause (cf. arrêt attaqué consid. 4.3.1 et 4.3.2).

8.5. La recourante soutient ensuite que l'instance précédente a mal apprécié le contenu des expertises, s'agissant notamment des prix de certaines marchandises, marchandises qui n'auraient au surplus pas été attribuées à la bonne activité pour calculer la marge. L'instance précédente aurait également critiqué, parmi d'autres éléments, le fait que les fiches de calcul établies par l'expert étaient basées sur une quantité de produits carnés supérieure aux pratiques et usages de la branche, considérant que ces quantités étaient par définition invérifiables. La recourante en conclut qu'aucun élément concret ne permet de douter que les constatations des deux experts seraient inexactes. En résumé, tous les griefs formulés par la recourante à l'encontre de la méthode d'estimation choisie par l'autorité intimée sont dirigés contre l'appréciation par l'instance précédente des preuves que sont les expertises déposées par la recourante.
La recourante perd de vue à cet égard que l'appréciation des preuves par l'instance précédente ne peut faire l'objet que d'un grief de violation de l'interdiction de l'arbitraire. En effet, selon la jurisprudence, il n'y a lieu de sanctionner l'appréciation des preuves par l'instance précédente que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 136 III 552 consid. 4.2).
En l'occurrence, la recourante n'invoque pas l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves ni n'expose concrètement en quoi l'instance précédente aurait apprécié de manière insoutenable les expertises produites, de sorte que ses griefs ne répondent pas aux exigences de motivation accrues en matière de violation des droits constitutionnels posées par l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF (cf. consid. 3). En conséquence, les critiques de la recourante relatives à l'estimation de la marge brute par l'instance précédente, qui ne concernent que l'appréciation des expertises, ne peuvent être examinées. Il s'ensuit que l'allégation du caractère manifestement erroné de la taxation par estimation ne peut pas l'être non plus, la recourante n'ayant pas formulé ni développé d'autres griefs à cet égard. Le recours doit par conséquent être rejeté sur ce point également.

9.
En confirmant le droit de procéder à une taxation par estimation et la méthode d'estimation du chiffre d'affaires de la recourante au moyen d'une marge brute de 53,2%, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral.

10.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours. L'arrêt rendu le 3 novembre 2021 est annulé en ce qui concerne la créance de l'autorité intimée pour la période fiscale 2011. Il est confirmé pour le surplus.
N'obtenant que partiellement gain de cause, la recourante doit supporter une partie des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'est pas perçu de frais judiciaires auprès de l'autorité intimée puisque l'admission partielle du recours repose sur la survenance de la prescription durant la procédure devant le Tribunal fédéral (arrêt 2C 263/2020 du 10 décembre 2021 consid. 7). Pour la même raison, les dépens à allouer à la recourante (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF) seront pris en charge par la Caisse du Tribunal fédéral. Etant donné que la prescription de la créance fiscale de la période fiscale 2011 n'était pas encore acquise au moment où l'arrêt attaqué a été rendu et que, sans la survenance de la prescription, le recours aurait également dû être rejeté pour la période fiscale 2011, il convient de renoncer à une nouvelle répartition des frais et indemnités en instance précédente (arrêts 2C 263/2020 du 10 décembre 2021 consid. 7; 2C 562/2020 du 21 mai 2021 consid. 14.2).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt rendu le 3 novembre 2021 est annulé en ce qui concerne la créance de l'autorité intimée pour la période fiscale 2011. Il est confirmé pour le surplus.

2.
Les frais de justice réduits, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
Une indemnité de dépens réduite, arrêtée à 1'500 fr., à la charge de la Caisse du Tribunal fédéral, est allouée à la recourante.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lausanne, le 12 mai 2022

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

La Présidente : F. Aubry Girardin

Le Greffier : Dubey