Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 645/2011

Urteil vom 12. März 2012
II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Karlen, Donzallaz, Stadelmann, nebenamtlicher Bundesrichter Locher,
Gerichtsschreiber Kocher.

Verfahrensbeteiligte
Kantonales Steueramt Zürich,
Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich,
Beschwerdeführer,

gegen

Y.________ AG, Beschwerdegegnerin,
vertreten durch Herrn lic. iur. Piero Flückiger.

Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern 1.1. - 31.12.2007,

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Kammer, vom 29. Juni 2011.

Sachverhalt:

A.
Die Y.________ AG (hienach: die Steuerpflichtige) wurde 1981 gegründet und konnte bis 2004 das Holdingprivileg gemäss Steuerrecht des Kantons Zürich beanspruchen. Nachdem sie nie über Grundeigentum verfügte, hatte sie keine Gewinnsteuer, sondern lediglich die ermässigte Kapitalsteuer für Holdinggesellschaften zu entrichten. Ab der Steuerperiode 2005 erfüllte sie die Voraussetzungen für die Gewährung des Holdingprivilegs nicht mehr.

B.
Für die Steuerperiode 2007 deklarierte die Steuerpflichtige einen Reingewinn von Fr. 559'098.-- sowie noch nicht verrechnete Vorjahresverluste in Höhe von Fr. 586'286.--. Dementsprechend wies sie in der Steuererklärung einen steuerbaren Reingewinn von null aus. Mit Einschätzungsentscheid vom 2. Dezember 2009 setzte das kantonale Steueramt Zürich den steuerbaren Reingewinn für die Staats- und Gemeindesteuern indessen auf Fr. 559'000.-- fest und liess mithin den geltend gemachten Verlustvortrag unberücksichtigt, anders als im Fall der direkten Bundessteuern, wo das Steueramt den steuerbaren Reingewinn unter Anrechnung des Verlustvortrages auf null festlegte. Das kantonale Steueramt Zürich hielt dafür, dass Vorjahresverluste, die unter dem Regime des Holdingstatus entstanden waren, nicht mit (steuerbarem) Gewinn, der nach Übergang zur ordentlichen Besteuerung angefallen ist, verrechenbar seien.

C.
Die hiegegen erhobene Einsprache wies das kantonale Steueramt am 30. Juni 2010 ab, worauf sich die Steuerpflichtige an die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich wandte, die deren Rekurs am 28. Oktober 2010 ebenso abwies. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die hiegegen erklärte Beschwerde mit Entscheid vom 29. Juni 2011, versandt am 22. Juli 2011, teilweise gut, hob den angefochtenen Entscheid auf und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an das kantonale Steueramt zurück.

D.
Gegen dieses Urteil erhebt das kantonale Steueramt mit Eingabe vom 25. August 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 30. Juni 2010 sei zu bestätigen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Steuerpflichtige schliessen auf Abweisung, während die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) die Gutheissung der Beschwerde beantragt.

Erwägungen:

1.
1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 29 Examen - 1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
1    Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
2    En cas de doute quant à sa propre compétence, il procède à un échange de vues avec l'autorité dont la compétence lui paraît entrer en ligne de compte.
BGG) und mit freier Kognition (BGE 137 III 417 E. 1).

1.2 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die direkten Steuern des Kantons Zürich. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
. BGG in Verbindung mit Art. 73
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
, 86 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
lit. d und Abs. 2 BGG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde des gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
BGG legitimierten Beschwerdeführers ist grundsätzlich einzutreten.
1.3
1.3.1 Nach Art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
BGG steht die Beschwerde an das Bundesgericht offen gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Endentscheide). Rückweisungsentscheide, ebenso wie Rechtsmittelentscheide gegenüber solchen, fallen an sich unter die Zwischenentscheide (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteile 2C 475/2011, 2C 476/2011 vom 13. Dezember 2011 E. 2.1, mit Hinweisen). Verbleibt der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, indessen kein eigener Entscheidungsspielraum und dient die Rückweisung einzig der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten, handelt es sich um einen Endentscheid (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteile 2C 258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.1, in: StE 2009 B 96.21 Nr. 14; 2C 596/2007 vom 24. Juni 2008 E. 1.2, in: RDAF 2008 II S. 390).
Der angefochtene Entscheid beendet das Verfahren zwar nicht, sondern die Sache geht zu neuem Entscheid an das kantonale Steueramt zurück. Dabei hat das Steueramt ergänzende Sachverhaltsabklärungen vorzunehmen und die Möglichkeit des Verlustvortrags näher abzuklären. Damit stellt der Rückweisungsentscheid keinen (Quasi)-Endentscheid, sondern einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
BGG dar (vgl. Urteil 2C 905/2011 vom 8. November 2011 E. 2.1).
1.3.2 Selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide können beim Bundesgericht, selbst wenn mit ihnen über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden wird, lediglich unter den Voraussetzungen von Art. 92
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 92 Décisions préjudicielles et incidentes concernant la compétence et les demandes de récusation - 1 Les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
1    Les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation peuvent faire l'objet d'un recours.
2    Ces décisions ne peuvent plus être attaquées ultérieurement.
oder 93 BGG angefochten werden (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127). Gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
BGG, der hier im Vordergrund steht, ist die Beschwerde zulässig, soweit die selbständig eröffneten Vor- und Zwischenentscheide einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können. Dieser Nachteil muss rechtlicher Natur sein (BGE 134 III 188 E. 2.1 S. 190; 133 IV 139 E. 4 S. 141).
Die selbständige Anfechtbarkeit des Zwischenentscheids ergibt sich im vorliegenden Fall daraus ab, dass der Rückweisungsentscheid die Vorinstanz - je nach Ergebnis der vorzunehmenden Abklärungen - zu einer aus ihrer Optik unrichtigen Veranlagung verpflichten kann. Dies kommt praxisgemäss einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur gleich (so u.a. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 128, 133 II 409 E. 1.2 S. 412, 133 V 477 E. 5.2 S. 483 ff.). Entscheidend hiefür ist, dass die Verwaltung, die gemäss Rückweisungsentscheid einen ihr nicht genehmen Entscheid zu erlassen hat, zu dessen späterer Anfechtung mangels formeller Beschwerde nicht befugt wäre, sodass im Ergebnis der allenfalls rechtswidrige Entscheid keiner bundesgerichtlichen Überprüfung unterzogen werden könnte (BGE 133 V 477 E. 5.2.4 S. 484). Damit sind die Voraussetzungen gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
BGG erfüllt und ist das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2011, das einen Zwischenentscheid darstellt, selbständig anfechtbar.

1.4 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
und 96
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 96 Droit étranger - Le recours peut être formé pour:
a  inapplication du droit étranger désigné par le droit international privé suisse;
b  application erronée du droit étranger désigné par le droit international privé suisse, pour autant qu'il s'agisse d'une affaire non pécuniaire.
BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 105 Alcool - La législation sur la fabrication, l'importation, la rectification et la vente de l'alcool obtenu par distillation relève de la compétence de la Confédération. Celle-ci tient compte en particulier des effets nocifs de la consommation d'alcool.
). Dies ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden ist (Art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
BV) oder dessen Feststellung unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze zustande gekommen ist (BGE 135 II 145 E. 8.1 S. 153; Urteil 2C 747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 1.2). Zudem muss aufgezeigt werden, dass die Behebung des Mangels für das Verfahren entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
BGG).

1.5 Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen an sich mit freier Kognition, ebenso, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen auf Willkür (zum Ganzen BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; Urteile 2C 519/2011 vom 24. Februar 2012 E. 1.3.1; 2C 272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 1.3; 2C 188/2008 vom 19. August 2008 E. 4.2, in: RDAF 2008 II S. 216).
Dies ist hier der Fall, nachdem Art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG den Kantonen einen recht weiten Gestaltungsspielraum belässt (ERNST HÖHN, Holding- und Domizilgesellschaften gemäss StHG, in: Höhn/Athanas [Hrsg.], Das neue Bundesrecht über die direkten Steuern, 1993, S. 253; ROBERT WALDBURGER, Holding- und Domizilprivileg im Steuerharmonisierungsgesetz, 1996, S. 19 ff.). Nach Auffassung des Bundesrats ist es Sache des kantonalen Gesetzgebers, die steuerlichen Konsequenzen festzulegen im Falle, dass eine Kapitalgesellschaft ihr bisheriges Holdingprivileg endgültig verliert (Botschaft vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer, BBI 1983 III 1 ff., insb. 117; vgl. auch Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, Kommission Steuerharmonisierung, Harmonisierung des Unternehmenssteuerrechts, 1995, S. 111; FRANK LAMPERT, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, S. 57; MARKUS REICH, in: Reich/Duss, Unternehmensumstrukturierungen im Steuerrecht, 1996, S. 53; MARCO DUSS/JULIA VON AH/FRANK RUTISHAUSER, in: Zweifel/Athanas, Kommentar StHG, 2. Aufl., 2002, N. 123 zu Art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG). Das Bundesgericht kann daher die hier anstehenden
Konsequenzen eines Verlusts des Holdingprivilegs durch die Behörden des Kantons Zürich nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel der Willkür überprüfen.

1.6 Soweit die Anwendung kantonalen Rechts gerügt wird, kann im Wesentlichen geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundesrecht (Art. 95 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG), hier namentlich gegen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze (BGE 137 V 143 E. 1.2 S. 145; 134 II 349 E. 3 S. 351). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht freilich nur unter Rüge- und Begründungsvorbehalt (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; zum Ganzen Urteile 2C 519/2011 vom 24. Februar 2012 E. 1.3.2; 2C 468/2011, 2C 469/2011 vom 22. Dezember 2011 E. 1.2.3). Der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen im Sinne von Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG gilt insofern nicht (Urteil 2C 119/2009 vom 29. Mai 2009 E. 1.2.1). Die bundesgerichtliche Praxis verlangt, dass die Verfassungsverletzung "klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids" dargelegt wird (Urteile 2C 812/2010 vom 23. März 2011 E. 1.2 und 1C 155/2007 vom 13. September 2007 E. 1.2; BGE 133 III 393 E. 6 S. 397 mit Hinweisen). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 136 II 489 E. 2.8 S. 494 mit Hinweisen).
Diesen Begründungsanforderungen vermag die Beschwerdeschrift nicht in allen Teilen zu genügen, zeigt sie doch nicht in hinreichender Weise auf, inwiefern die von der Vorinstanz gewählte Lösung geradezu willkürlich sein soll. Die Frage kann jedoch letztlich offen bleiben, da die Beschwerde ohnehin abgewiesen werden muss.

2.
2.1 Entgegen ihren Vorinstanzen bejaht das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich im angefochtenen Urteil die Frage danach, ob die Steuerpflichtige ihre noch unter dem Holdingstatus erzielten Vorjahresverluste mit Gewinnen, die nach dem Übergang zur ordentlichen Steuerpflicht entstanden sind, zur Verrechnung bringen könne. Zu diesem Ergebnis kommt es hauptsächlich aufgrund der gesetzessystematischen Überlegung, wonach das Holdingprivileg im Sinne von § 73 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1), das einer davon betroffenen Gesellschaft Gewinnsteuerfreiheit ("entrichten keine Gewinnsteuer") garantiert, sich erst bei der Steuerberechnung auswirke. Die Möglichkeit der Verlustverrechnung beschlage aber die Bemessung des steuerbaren Reingewinns und setze deshalb vor der Steuerberechnung ein, weshalb der Wechsel von der Holdingbesteuerung zur ordentlichen Besteuerung keinen Einfluss auf den steuerbaren Reingewinn habe.

2.2 Es ist dem Beschwerdeführer beizupflichten, dass die vorinstanzliche Begründung zu kurz greift. Obschon Art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG im 2. Abschnitt des 2. Kapitels (Gewinnsteuer) mit dem Titel "Steuerberechnung" ("Calcul de l'impôt"; "Calcolo dell'imposta") steht, geht es insbesondere in Art. 28 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
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SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG um Fragen der Steuerbemessung bzw. des Steuerobjekts. Art. 28 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG bzw. § 73 Abs. 1 StG/ZH nimmt nämlich nicht nur Beteiligungserträge, wo bei einer Holdinggesellschaft in der Tat eine Mehrfachbelastung resultiert, von der Gewinnsteuer aus, sondern befreit ebenso nicht vorbelastete andere Erträge. Dadurch steckt ein "systemwidriges Element" in diesem Besteuerungskonzept (ZUPPINGER/BÖCKLI/LOCHER/REICH, Steuerharmonisierung, 1983, S. 259) bzw. führt es insoweit zu einer problematischen "Privilegierung" (daher auch die Bezeichnung "Holdingprivileg" für Art. 28 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG). Die Auffassung der Vorinstanz, die Verlustverrechnung sei unabhängig von Art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG immer gleich vorzunehmen, lässt sich damit jedenfalls nicht aus der Gesetzessystematik ableiten. Fraglich ist jedoch, ob sich dieses Ergebnis nicht aus anderen Überlegungen herleiten lässt. Weil das StHG ein Rahmen- oder Grundsatzgesetz ist, dessen Regelungsdichte je nach
Gegenstand variiert, ist auslegungsweise zu ermitteln, welcher Gestaltungsspielraum dem kantonalen Gesetzgeber verbleibt (DANIELLE YERSIN, Harmonisation fiscale: procédure, interprétation et droit transitoire, in: RDAF 59/2003 II 1 ff., insbesondere S. 8 f.).

2.3 Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut der Bestimmung. Vom klaren, d.h. eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, u.a. dann, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn der Norm wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit andern Vorschriften ergeben. Eine historisch orientierte Auslegung ist für sich allein nicht entscheidend. Anderseits vermag aber nur sie die Regelungsabsicht des Gesetzgebers (die sich insbesondere aus den Materialien ergibt) aufzuzeigen, welche wiederum zusammen mit den zu ihrer Verfolgung getroffenen Wertentscheidungen verbindliche Richtschnur des Gerichts bleibt, auch wenn es das Gesetz mittels teleologischer Auslegung oder Rechtsfortbildung veränderten, vom Gesetzgeber nicht vorausgesehenen Umständen anpasst oder es ergänzt (zur Publikation bestimmtes Urteil 9C 727/2010 vom 27. Januar 2012 E. 3.4.1; Urteil 2C 712/2011 vom 19. Januar 2012 E. 3.5; BGE 137 V 13 E. 5.1 S. 17 mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen. Sind mehrere Lösungen
denkbar, ist jene zu wählen, die der Verfassung entspricht (Urteil 2C 761/2007 vom 23. Juni 2008 E. 3.1, in: StE 2008 B 72.19 Nr. 9, mit Hinweisen).

3.
3.1 Nach dem Beschwerdeführer spricht bereits der Wortlaut von Art. 25 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
StHG (bzw. § 70 Abs. 1 StG/ZH und Art. 68
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 68 - L'impôt sur le bénéfice des sociétés de capitaux et des sociétés coopératives est de 8.5 % du bénéfice net.
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]) dafür, dass nur Verluste, welche im ordentlichen Regime angefallen sind, zur Verrechnung gebracht werden dürfen. Der erwähnte Art. 25 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
StHG lautet:
Vom Reingewinn der Steuerperiode werden nur Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 31 Abs. 2) vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.
Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).
Dall'utile netto del periodo fiscale sono dedotte le perdite dei sette esercizi commerciali che precedono il periodo fiscale (art. 31 cpv. 2), sempreché non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'untile netto imponibile di tali anni.
Der Beschwerdeführer hält also dafür, dass nur Verluste absetzbar seien, die bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns der Vorjahre nicht berücksichtigt werden konnten. Bei Holdinggesellschaften sei aber gar kein steuerbarer Reingewinn zu ermitteln, weshalb auch keine Verluste berücksichtigt werden könnten. Dabei übersieht er, dass die Begriffe (gesamter) "Reingewinn" und "steuerbarer Reingewinn" rein technische Ausdrücke sind, um zu klären, ob die Vorjahresverluste von einem Ergebnis abgezogen sind oder nicht (vgl. Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, a.a.O., S. 99 f.). Der Begriff "steuerbarer Reingewinn" bringt mithin nur eine Grössenordnung zum Ausdruck und vermag darüber, ob dieser Reingewinn tatsächlich auch steuerlich erfasst wurde, nichts auszusagen. Dass dem so ist, erhellt auch aus den Steuererklärungsformularen der Beschwerdegegnerin. Die Steuerdeklaration von Holdinggesellschaften erfolgt nämlich mit dem allgemeinen Steuererklärungsformular, das auch von den Kapitalgesellschaften und Genossenschaften verwendet wird, die der ordentlichen Steuerpflicht unterliegen (vgl. Urteil SB.2002.00012 des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. September 2002 E. 4d). In jedem Fall hat die steuerpflichtige Gesellschaft
den "Reingewinn" und die Grösse "steuerbarer Reingewinn" anzugeben, d.h. selbst dort, wo dieser Reingewinn aufgrund des Holdingprivilegs gar nicht steuerlich erfasst wird. Die Möglichkeit der Verlustverrechnung bereits aufgrund dieser "grammatikalischen Überlegungen" auszuschliessen, greift zu kurz.

3.2 Ebenso wenig kann daraus, auf welche Weise dieser Statuswechsel unter dem vorharmonisierten Recht behandelt wurde, etwas für den vorliegenden Fall abgeleitet werden. Damals war bei Verlust des Holdingprivilegs und Übergang zur ordentlichen Besteuerung eine Zwischeneinschätzung vorzunehmen, was zur Gegenwartsbemessung führte. Damit fiel eine Verlustanrechnung gleichsam "automatisch" weg (vgl. REINMANN/ZUPPINGER/SCHÄRRER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, Band III, 1969, N. 208 zu § 45 aStG/ZH). Unter dem harmonisierten Recht bewirkt der Statuswechsel gerade keine Zäsur mehr bezüglich der zeitlichen Bemessung, sondern es besteht insoweit Kontinuität. Allerdings dürften diese Erfahrungen aus der Vergangenheit einige Kantone zum Schluss verleitet haben, unter dem neuen Recht ändere bezüglich Verlustverrechnung beim Statuswechsel nichts (vgl. die bei CHRISTOPH NIEDERER/ANDREA SCHERRER, Vortrag von Verlusten beim Systemwechsel von der privilegierten zur ordentlichen Besteuerung, in: ST 85/2011, S. 296 ff., insb. Fn. 2 und 3, wiedergegebenen Resultate einer Umfrage bei den Kantonen; siehe auch ETIENNE JUNOD, Die steuersystematische Realisation: Ein Überblick mit Gegenüberstellungen bei den direkten Steuern, in: StR 61/2006 S. 110
ff., insb. 120; WEIDMANN/GROSSMANN/ZIGERLIG, Wegweiser durch das st. gallische Steuerrecht, 6. Aufl., 1999, S. 333). Ein solcher Schluss ist nicht überzeugend, zumal schon der Bundesrat in der Botschaft über die Steuerharmonisierung zu Recht darauf hinwies, es sei Sache der kantonalen Gesetzgebung, "die Folgerungen aus dem endgültigen Verlust des Holdingprivilegs" zu ziehen (BBI 1983 III 1 ff., insb. 117; vgl. auch Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, a.a.O., S. 111; LAMPERT, a.a.O., S. 57; REICH, a.a.O., S. 53). Nur zwei Kantone befolgten aber diesen Rat und schufen Gesetzesnormen zur Regelung der Verlustanrechnung nach einem Statuswechsel (§ 65 Abs. 4 des Steuergesetzes des Kantons Zug vom 25. Mai 2000 [BGS 632.1], Art. 84b Abs. 2 Satz 2 der Loi d'impôt des Kantons Jura vom 26. Mai 1988 [RS/JU 641.11]).

3.3 Einige Kantone lassen es ausdrücklich zu, stille Reserven, die unter dem Holdingstatus entstanden sind, vor dem Übergang zur ordentlichen Besteuerung in der Steuerbilanz erfolgsneutral offen zu legen (DUSS/VON AH/RUTISHAUSER, a.a.O., N. 125a zu Art. 28
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG; gemäss NIEDERER/SCHERRER, a.a.O., S. 298 Fn. 3 ist der Kreis jener Kantone sogar noch weiter). So hält die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden in ihrer Dienstanleitung zum Steuergesetz, Weisung Nr. 8/2006 vom 1. Januar 2008 (Art. 88-99/Art. 30 VV), zum Thema Statuswechsel bei Holdinggesellschaften in Ziff. 3.3.4 fest: "Die während der Zeit als Holdinggesellschaft entstandenen stillen Reserven können vor dem Übergang zur ordentlichen Besteuerung in der Steuerbilanz offengelegt werden. (...) Verluste aus Geschäftsjahren, für welche das Holdingprivileg beansprucht wurde, können nach dem Übergang zur ordentlichen Besteuerung nicht zur Verrechnung gebracht werden". Eine nahezu gleichlautende Praxisfestlegung hat die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden erlassen. Danach können die offen gelegten stillen Reserven später steuerfrei realisiert werden. Unter dieser Voraussetzung erscheint es als vertretbar, ebenso wenig Verlustvorträge, die unter dem Holdingstatus entstanden
sind, nach dem Übergang zur ordentlichen Besteuerung noch zu berücksichtigen. Diese Lösung behandelt damit Gewinne und Verluste, die unter dem Holdingstatus entstanden sind, richtigerweise gleich (d.h. sie bleiben unberücksichtigt). Es ist dies auch die Lösung, welche der Kanton Jura in Art. 84b Abs. 2 seines Steuergesetzes vorsieht. Solange aber eine solche Gleichbehandlung von Gewinnen und Verlusten nicht gewährleistet ist, erscheint es sachlich haltbar, auch frühere Verlustvorträge noch zu berücksichtigen. Dies ist im Kanton Zürich der Fall, weil stille Reserven nur im handelsrechtlich erlaubten Umfang, d.h. lediglich bis zur Höhe der Anschaffungskosten, offengelegt werden dürfen (RICHNER/FREI/KAUFMANN/ MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., 2006, N. 24 zu § 73 StG/ZH). Damit können im Kanton Zürich im Falle der Realisierung von Kapitalgewinnen auf Beteiligungen durchaus stille Reserven steuerlich erfasst werden, die an sich bereits unter dem Holdingstatus entstanden sind. Dies trifft auch vorliegend zu, werden doch die Beteiligungen der Steuerpflichtigen zu Anschaffungspreisen, allenfalls unter Bildung von Wertberichtigungen, aktiviert. In diesem Fall erscheint es aber auch als vertretbar,
entsprechende Verlustvorträge noch steuerlich zu berücksichtigen (THOMAS KUNZ, Das Holdingprivileg: Auseinandersetzung mit steuerlichen Sonderfragen, in: StR 59/2004 S. 650 ff. bzw. S. 724 ff., insb. S. 738 f.; LAMPERT, a.a.O., S. 57 f.; NIEDERER/SCHERRER, a.a.O., S. 296 ff.).

3.4 Schliesslich führt der Beschwerdeführer "verfahrensrechtliche und praktische Gründe" an, die gegen eine Berücksichtigung des Verlustvortrags sprechen sollen. Aufgrund von Art. 28 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 28 Cas particuliers - 1 Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou participe pour 10 % au moins au bénéfice et aux réserves d'une autre société ou possède une participation représentant une valeur vénale d'au moins un million de francs, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net des participations et le bénéfice net total.142 Le rendement net des participations correspond au revenu de ces participations diminué des frais de financement y relatifs et d'une contribution de 5 % destinée à la couverture des frais d'administration, sous réserve de la preuve de frais d'administration effectifs inférieurs ou supérieurs à ce taux. Sont réputés frais de financement les intérêts passifs ainsi que d'autres frais économiquement assimilables à des intérêts passifs.143
1bis    Les cantons peuvent étendre la réduction aux bénéfices en capital provenant de participations et au produit de la vente de droits de souscription y relatifs si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou si elle avait un droit fondé sur 10 % au moins du bénéfice et des réserves d'une société et que la société de capitaux ou la société coopérative a détenu la participation pendant un an au moins. Si la participation est tombée au-dessous de 10 % à la suite d'une aliénation partielle, la réduction ne peut être accordée sur chaque bénéfice résultant d'une aliénation ultérieure que si la valeur vénale des droits de participation s'élevait à un million de francs au moins à la fin de l'année fiscale précédant l'aliénation.144
1ter    Le produit de l'aliénation n'entre en compte pour la réduction que dans la mesure où il est supérieur au coût d'investissement. Les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.145
1quater    En ce qui concerne les sociétés mères de banques d'importance systémique au sens de l'art. 7, al. 1, de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB)146, ne sont pas pris en compte pour le calcul du rendement net au sens de l'al. 1 les frais de financement et la créance inscrite au bilan à la suite du transfert au sein du groupe des fonds provenant des instruments d'emprunt visés aux art. 11, al. 4, ou 30b, al. 6 ou 7, let. b, LB et approuvés par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers pour répondre aux exigences réglementaires.147
2    à 5 ...148
6    Il ne peut être prévu d'autres dérogations au régime ordinaire du calcul de l'impôt fixé à l'art. 27.
StHG müsse keine Verrechnung von Gewinnen mit Vorjahresverlusten vorgenommen werden. Nach der Auffassung des Verwaltungsgerichts müssten Gewinne und Verluste, welche unter dem Holdingregime angefallen sind, nachträglich rekonstruiert werden. Dem stehe die Rechtskraft der "Nullveranlagungen" bezüglich der Gewinne während Dauer des Holdingstatuts entgegen. Diese Bedenken vermögen mit der Steuerpflichtigen nicht zu überzeugen, zumal die vortragbaren Verluste ohnehin für die Zwecke der direkten Bundessteuer laufend nachzuführen und zu dokumentieren sind. Auch bei Betriebsgesellschaften wird die Höhe der Verluste erst geprüft, wenn sie mit Gewinnen verrechnet werden sollen, d.h. auch für zurückliegende Steuerperioden (vgl. Urteile 2C 375/2010 vom 22. März 2011 E. 2, in: StE 2011 A 24.43.1 Nr. 21; 2C 220/2009 vom 10. August 2009 E. 8.1, in: StR 64/2009 S. 886, insb. 890 f., je mit Hinweisen). Praxisgemäss fehlt es nämlich an einem Feststellungsinteresse, wenn eine Steuerperiode klarerweise mit Verlust abschliesst und von der steuerpflichtigen
Gesellschaft nur verlangt wird, es sei die Höhe der auf das Folgejahr vortragbaren Verluste festzustellen (Urteil 2C 292/2009 vom 26. März 2010 E. 1.3, in: StR 65/2010 S. 683 f.). Genau gleich verhält es sich aber hier, und irgendeine "rechtskräftige Verfügung" steht dem nicht entgegen. lm Übrigen ist es Sache der Steuerpflichtigen, die Höhe der früheren Verluste als steuermindernde Tatsache darzutun. Entsprechend verlangt die Vorinstanz in E. 2.4 zu Recht, das kantonale Steueramt habe diese Verluste noch zu überprüfen und abzuklären, ob sie nicht mit - wenn auch nicht zur Besteuerung herangezogenen - Gewinnen unter dem Holdingstatus zu verrechnen seien.

4.
Zusammenfassend vermag der Beschwerdeführer nicht aufzuzeigen, dass die Lösung der Vorinstanz geradezu unhaltbar ist und sich damit als willkürlich erweist. Vielmehr lassen sich - wenn auch aus anderen Gründen, als nach der Vorinstanz - durchaus sachliche Gründe für dieses Vorgehen anführen. Allerdings sind diese Verlustvorträge mit der Vorinstanz zunächst noch vom kantonalen Steueramt zu verifizieren. Die Rückweisung an dieses ist damit durchaus gerechtfertigt.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.

5.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der Kanton Zürich, der Vermögensinteressen verfolgt, kostenpflichtig (Art. 65 f
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
. BGG). Er hat der Steuerpflichtige für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.

2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.

3.
Der Kanton Zürich hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.

4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 12. März 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Kocher