Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C_318/2009
{T 0/2}

Arrêt du 10 décembre 2009
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Müller, Président,
Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière: Mme Kurtoglu-Jolidon.

Parties
A.X.________ et B.X.________,
tous les deux représentés par Me Alain Steullet, avocat,
recourants,

contre

Service des contributions du canton du Jura,
rue de la Justice 2, 2800 Delémont,
Commission cantonale des recours en matière d'impôts du canton du Jura, case postale 2059, 2800 Delémont 2.

Objet
Impôt fédéral direct et impôt cantonal 2004 et 2005,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Chambre administrative, du 6 avril 2009.

Faits:

A.
Les époux X.________ sont domiciliés dans le canton du Jura. Le 11 mai 2007, le Service des contributions de ce canton (ci-après: le Service des contributions) leur a prétendument expédié sous pli simple deux avis de taxation fixant le revenu et la fortune imposables pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 2004, respectivement 2005, ainsi que deux enveloppes contenant les bordereaux d'impôts y relatifs (deux documents par enveloppe). Les contribuables ont déclaré n'avoir jamais reçu ces documents.

B.
Le 6 juillet 2007, le Service des contributions a envoyé aux recourants un rappel portant sur les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2004 pour un montant de 19'414 fr. 80 et un pour la période fiscale 2005 de 21'502 fr. 45, ainsi que des rappels relatifs à l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2004 et 2005 s'élevant à 2'281 fr., respectivement 3'282 fr. Le 10 août 2007, en l'absence de paiement des recourants, ledit Service leur a expédié, sous pli recommandé, quatre sommations (impôt fédéral direct et impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 2004, respectivement 2005). Les contribuables ne contestent pas avoir reçu ces rappels et les sommations.

Les contribuables n'ayant pas donné suite aux injonctions de paiement, le Service cantonal des contributions leur a fait notifier deux commandements de payer le 21 septembre 2007, soit un pour l'impôt fédéral direct 2004 et un pour l'impôt fédéral direct 2005. Deux autres commandements de payer pour les impôts cantonaux et communaux 2004, respectivement 2005, leur ont été notifiés le 26 septembre 2007. Les recourants ont formé opposition à l'encontre de ces commandements de payer. Le 26 septembre 2007, ils ont également envoyé une réclamation au Service des contributions. Par décision du 2 octobre 2007, celui-ci l'a déclarée tardive et, partant, irrecevable.

Le 1er septembre 2008, la Commission cantonale des recours du canton du Jura (ci-après: la Commission cantonale des recours) a admis le recours de A.X.________ et B.X.________ et a renvoyé le dossier au Service des contributions pour qu'il statue sur la réclamation formée par les recourants contre les taxations relatives à l'impôt fédéral direct et aux impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 2004 et 2005.

Le 7 octobre 2008, le Service des contributions a recouru auprès de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) contre cette décision. Par arrêt du 6 avril 2009, celle-ci a admis le recours, annulé la décision du 1er septembre 2008 de la Commission cantonale des recours et constaté que la décision d'irrecevabilité du Service des contributions du 2 octobre 2007 était entrée en force.

C.
A.X.________ et B.X.________ déposent un recours en matière de droit public contre ce jugement cantonal. Ils demandent, sous suite de frais et dépens, d'admettre le recours, d'annuler l'arrêt du 6 avril 2009 de la Chambre administrative du Tribunal cantonal, de "constater que la décision de la CCR du 1er septembre 2008 relative aux années fiscales 2004 et 2005 (IFD et impôt d'Etat) est entrée en force et ordonné au Service des contributions de statuer sur la réclamation formée par les recourants contre la taxation pour les années fiscales 2004 et 2005". Enfin, ils requièrent le renvoi du dossier à la Chambre administrative pour statuer sur le sort des frais et dépens de la procédure cantonale.

Le Service des contributions conclut au rejet du recours sous suite de frais. La Commission cantonale des recours a renoncé à déposer des observations. Le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions demandent la confirmation de l'arrêt attaqué et le rejet du recours.

Considérant en droit:

1.
1.1 Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
lettre a LTF) par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lit. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF), le recours ne tombe pas sous le coup d'une des exceptions mentionnées à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF) et en la forme prévue (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF), par les destinataires de la décision attaquée qui ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF), il est en principe recevable comme recours en matière de droit public; cette voie de recours est également ouverte par les art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors que le recours concerne la notification d'une décision de taxation et le délai de réclamation à son encontre, soit des matières harmonisées.

1.2 Lorsque, comme en l'espèce, les questions juridiques à trancher sont réglées de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal (cf. infra consid. 3 et 4), on peut admettre que l'autorité cantonale de dernière instance rende une seule et même décision qui ne fasse pas de distinction dans son dispositif entre les deux catégories d'impôts, à condition toutefois que les considérants ne laissent planer aucun doute sur le fait que la décision vaut aussi bien pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonaux et communaux (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Une telle décision peut ensuite logiquement être portée devant le Tribunal fédéral dans un seul recours, pour autant que la motivation s'en prenne clairement tant à l'impôt fédéral direct qu'aux impôts cantonaux et communaux (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s., précisant la jurisprudence développée à l'ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511). Le présent recours remplit ces exigences.

1.3 D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Selon l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de dispositions de droit cantonal que si ces griefs ont été soulevés et motivés (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254). Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209).

2.
En l'espèce, en application des règles sur le fardeau de la preuve, le Tribunal cantonal a jugé que le Service des contributions n'avait pas prouvé à suffisance de droit que les taxations du 11 mai 2007 avaient été notifiées aux recourants. Il ressort par contre des faits retenus par ledit Tribunal que ceux-ci ont reçu les rappels du 6 juillet 2007 et les sommations du 10 août 2007.

Il s'agit ainsi de définir, à partir de ces éléments, si la réclamation du 26 septembre 2007 à l'encontre des décisions de taxation du 11 mai 2007 était ou non tardive.
I. Impôt fédéral direct

3.
3.1 L'art. 116 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 116 Eröffnung - 1 Verfügungen und Entscheide werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten.
1    Verfügungen und Entscheide werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten.
2    Ist der Aufenthalt eines Steuerpflichtigen unbekannt oder befindet er sich im Ausland, ohne in der Schweiz einen Vertreter zu haben, so kann ihm eine Verfügung oder ein Entscheid rechtswirksam durch Publikation im kantonalen Amtsblatt eröffnet werden.
LIFD prévoit que "les décisions et les prononcés sont notifiés au contribuable par écrit et doivent indiquer les voies de droit".

Selon l'art. 132 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden.
3    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
LIFD, le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les trente jours suivant sa notification. Le délai commence à courir le lendemain de la notification (art. 133 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 133 Fristen - 1 Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
1    Die Frist beginnt mit dem auf die Eröffnung folgenden Tage. Sie gilt als eingehalten, wenn die Einsprache am letzten Tag der Frist bei der Veranlagungsbehörde eingelangt ist, den schweizerischen PTT-Betrieben233 oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung im Ausland übergeben wurde. Fällt der letzte Tag auf einen Samstag, Sonntag oder staatlich anerkannten Feiertag, so läuft die Frist am nächstfolgenden Werktag ab.
2    Eine unzuständige Amtsstelle überweist die bei ihr eingereichte Einsprache ohne Verzug der zuständigen Veranlagungsbehörde. Die Frist zur Einreichung der Einsprache gilt als eingehalten, wenn diese am letzten Tag der Frist bei der unzuständigen Amtsstelle eingelangt ist oder den schweizerischen PTT-Betrieben234 übergeben wurde.
3    Auf verspätete Einsprachen wird nur eingetreten, wenn der Steuerpflichtige nachweist, dass er durch Militär- oder Zivildienst, Krankheit, Landesabwesenheit oder andere erhebliche Gründe an der rechtzeitigen Einreichung verhindert war und dass die Einsprache innert 30 Tagen nach Wegfall der Hinderungsgründe eingereicht wurde.235
LIFD).

3.2 La loi ne contient aucune autre disposition qui traiterait de manière spécifique des vices de notification. S'agissant de la loi sur l'impôt fédéral direct, il est ainsi difficile, voire impossible, de déterminer dans quelle mesure les règles fédérales de procédure peuvent être complétées par un droit cantonal complémentaire (Danielle Yersin, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, no 123 ad Remarques préliminaires). Dans un arrêt ancien (ATF 111 Ib 201), le Tribunal fédéral l'avait admis.

3.3 Un principe général du droit (exprimé notamment à l'art. 49
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 49 Mangelhafte Eröffnung - Aus mangelhafter Eröffnung, insbesondere wegen unrichtiger oder unvollständiger Rechtsmittelbelehrung oder wegen Fehlens einer vorgeschriebenen Rechtsmittelbelehrung, dürfen den Parteien keine Nachteile erwachsen.
LTF) veut que l'absence d'indication ou l'indication erronée des moyens de droit à l'encontre d'une décision, ainsi que l'absence de notification ou une notification irrégulière ne peut entraîner de préjudice pour le destinataire concerné. Ce principe découle des règles de la bonne foi, qui imposent des devoirs à l'autorité dans la conduite d'une procédure (ATF 123 II 231 consid. 8b p. 238). Ainsi, le destinataire d'un prononcé administratif ou judiciaire déficient n'a pas à subir les conséquences d'un acte imputable aux seules autorités. En particulier, il n'a pas à être restreint dans l'une des multiples modalités de son droit d'être entendu à la suite d'un tel vice de notification. Cette règle est toutefois limitée par le principe de la bonne foi, principe auquel l'administré est lui aussi tenu. Il n'est en effet pas contesté qu'une partie qui connaît ou doit connaître l'existence d'un prononcé la concernant mais qui n'entreprend aucune démarche pour en obtenir la communication agit de manière contraire à la bonne foi. Elle doit en effet faire preuve de diligence (ATF 129 II 193 consid. 1 p. 197; 119 IV 330 consid. 1c p. 332 ss) et est tenue de se renseigner sur
l'existence et le contenu de la décision dès qu'elle peut en soupçonner le prononcé à défaut de quoi elle risque de se voir opposer l'irrecevabilité de son recours pour cause de tardiveté (arrêt du Tribunal fédéral des assurances I 663/99 du 4 mai 2000 consid. 2a et les références citées). Ce principe vaut pour tous les domaines du droit, notamment pour le droit administratif, et il a été repris par la jurisprudence en matière d'impôt fédéral direct (RDAT 2000 I n. 14t p. 655 consid. 3b/, 2P.434/1998; RDAT 1999 II n. 19t p. 360 consid. 4b/bb/, 2P.144/1998 et les arrêts cités).

Le Tribunal fédéral a, à plusieurs reprises, jugé que le délai de recours est respecté lorsque le recourant agit dans les trente jours à compter du moment où il pouvait de bonne foi prendre connaissance de la décision contestée (ATF 102 Ib 91 consid. 4 p. 95; 98 Ib 13 consid. 4 p. 17; 96 I 686 consid. 1d p. 691).

3.4 En l'espèce, il ressort des faits retenus par le Tribunal cantonal que les recourants ont bel et bien reçu les rappels du 6 juillet 2007 puis les sommations du 10 août 2007. Ces documents ne reprenaient pas le détail des décisions de taxation. Les rappels se référaient toutefois expressément aux périodes fiscales 2004 et 2005 et mentionnaient l'impôt auquel ils correspondaient, soit, par exemple, "Rappel 2004 (impôt fédéral direct)" et "Rappel 2004 (impôt cantonal, communal et ecclésiastique)". En outre, ils portaient sur le solde d'impôt à verser. Les sommations du 10 août 2007 faisaient également référence aux années fiscales et impôts concernés, soit, par exemple, "Sommation 2004 (impôt fédéral)" et "Sommation 2004 (impôt cantonal, communal et ecclésiastique)". Elles reprenaient aussi les montants dus mentionnés dans les rappels du 6 juillet 2007, en se référant au surplus à ceux-ci. Fondée sur des règles d'expérience, le Tribunal cantonal a estimé que les rappels datés du vendredi 6 juillet 2007 avaient été reçus par les recourants les premiers jours de la semaine suivante, alors que les sommations du mardi 10 juillet 2007 l'avaient été dans la semaine.

Les éléments susmentionnés démontrent que le contenu des rappels et des sommations ne laissait aucun doute sur l'émission de décisions de taxation. Or, dans de telles circonstances, le principe de la bonne foi, respectivement celui de l'interdiction de l'abus de droit faisait obligation aux contribuables de se renseigner sur l'existence et le contenu de ces décisions dont ils ne pouvaient ignorer l'existence. Ainsi, dès réception des rappels du 6 juillet 2007, les contribuables se devaient d'interpeller le Service des contributions afin de s'enquérir du sens d'un rappel, dans la mesure où ils n'avaient pas reçu la décision de taxation, ce qu'ils n'ont pas fait. Ils n'ont à nouveau pas réagi lors de la réception des sommations expédiées le 10 août 2007. En écrivant au Service des contributions le 26 septembre 2007 seulement, soit deux mois et demi après avoir reçu les rappels et un mois et demi après les sommations, les recourants n'ont pas respecté le principe de la bonne foi.

Au vu de ce qui précède, les recourants ont tardé à requérir la notification formelle des décisions de taxation dont ils devaient connaître l'existence. Ils ne peuvent dès lors bénéficier d'un délai élargi, découlant d'une notification irrégulière, pour le dépôt de leur réclamation. C'est ainsi à bon droit que celle du 26 septembre 2007 a été déclarée tardive et, partant, irrecevable. Le recours doit ainsi être rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôts cantonal et communal.

4.
4.1 Comme la loi sur l'impôt fédéral direct, l'art. 41 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 41 Verfahrensrechte des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
1    Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
2    Die vom Steuerpflichtigen angebotenen Beweise müssen abgenommen werden, soweit sie geeignet sind, die für die Veranlagung erheblichen Tatsachen festzustellen.
3    Veranlagungsverfügungen werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten. Andere Verfügungen und Entscheide sind ausserdem zu begründen.
LHID dispose que les décisions de taxation sont notifiées au contribuable par écrit et doivent indiquer les voies de droit; les autres décisions et prononcés doivent en outre être motivés. Selon l'art. 48
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 48 Einsprache - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
1    Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben.
2    Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen.
3    Im Einspracheverfahren hat die Veranlagungsbehörde die gleichen Befugnisse wie im Veranlagungsverfahren.
4    Die Veranlagungsbehörde entscheidet gestützt auf die Untersuchung über die Einsprache. Sie kann alle Steuerfaktoren neu festsetzen und, nach Anhören des Steuerpflichtigen, die Veranlagung auch zu dessen Nachteil abändern.
LHID, le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les trente jours qui suivent sa notification.

L'art. 41
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 41 Verfahrensrechte des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
1    Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
2    Die vom Steuerpflichtigen angebotenen Beweise müssen abgenommen werden, soweit sie geeignet sind, die für die Veranlagung erheblichen Tatsachen festzustellen.
3    Veranlagungsverfügungen werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten. Andere Verfügungen und Entscheide sind ausserdem zu begründen.
LHID ne mentionne pas de manière exhaustive les droits de procédure des contribuables (Martin Zweifel, in Zweifel/Athanas, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2ème éd., 2002, no 2 ad art. 41
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 41 Verfahrensrechte des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
1    Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
2    Die vom Steuerpflichtigen angebotenen Beweise müssen abgenommen werden, soweit sie geeignet sind, die für die Veranlagung erheblichen Tatsachen festzustellen.
3    Veranlagungsverfügungen werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten. Andere Verfügungen und Entscheide sind ausserdem zu begründen.
LHID). Se pose ainsi la question de savoir s'il doit être complété par les normes ad hoc du droit cantonal, tout en relevant que la loi sur l'harmonisation a restreint les compétences des cantons pour la mise en oeuvre du droit cantonal de procédure, la procédure faisant partie des domaines harmonisés (art. 39 ss
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 39 Amtspflichten - 1 Die mit dem Vollzug der Steuergesetze betrauten Personen sind zur Geheimhaltung verpflichtet. Vorbehalten bleibt die Auskunftspflicht, soweit hiefür eine gesetzliche Grundlage im Bundesrecht oder im kantonalen Recht besteht.
1    Die mit dem Vollzug der Steuergesetze betrauten Personen sind zur Geheimhaltung verpflichtet. Vorbehalten bleibt die Auskunftspflicht, soweit hiefür eine gesetzliche Grundlage im Bundesrecht oder im kantonalen Recht besteht.
2    Die Steuerbehörden erteilen einander kostenlos die benötigten Auskünfte und gewähren einander Einsicht in die amtlichen Akten. Ist eine Person mit Wohnsitz oder Sitz im Kanton aufgrund der Steuererklärung auch in einem andern Kanton steuerpflichtig, so gibt die Veranlagungsbehörde der Steuerbehörde des andern Kantons Kenntnis von der Steuererklärung und von der Veranlagung.
3    Die Behörden des Bundes, der Kantone, Bezirke, Kreise und Gemeinden erteilen den mit dem Vollzug der Steuergesetze betrauten Behörden auf Ersuchen hin alle Auskünfte, die für die Anwendung dieser Gesetze erforderlich sind. Sie können diese Behörden von sich aus darauf aufmerksam machen, wenn sie vermuten, dass eine Veranlagung unvollständig ist.
4    ...183
LHID).

Au demeurant, les garanties de procédure minimales des art. 29
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
et 30
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 30 Gerichtliche Verfahren - 1 Jede Person, deren Sache in einem gerichtlichen Verfahren beurteilt werden muss, hat Anspruch auf ein durch Gesetz geschaffenes, zuständiges, unabhängiges und unparteiisches Gericht. Ausnahmegerichte sind untersagt.
1    Jede Person, deren Sache in einem gerichtlichen Verfahren beurteilt werden muss, hat Anspruch auf ein durch Gesetz geschaffenes, zuständiges, unabhängiges und unparteiisches Gericht. Ausnahmegerichte sind untersagt.
2    Jede Person, gegen die eine Zivilklage erhoben wird, hat Anspruch darauf, dass die Sache vom Gericht des Wohnsitzes beurteilt wird. Das Gesetz kann einen anderen Gerichtsstand vorsehen.
3    Gerichtsverhandlung und Urteilsverkündung sind öffentlich. Das Gesetz kann Ausnahmen vorsehen.
Cst. complètent de manière subsidiaire une législation cantonale fragmentaire (Martin Zweifel, op. cit., no 1 ad art. 41
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 41 Verfahrensrechte des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
1    Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
2    Die vom Steuerpflichtigen angebotenen Beweise müssen abgenommen werden, soweit sie geeignet sind, die für die Veranlagung erheblichen Tatsachen festzustellen.
3    Veranlagungsverfügungen werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten. Andere Verfügungen und Entscheide sind ausserdem zu begründen.
LHID).

4.2 Selon l'art. 157 de la loi jurassienne d'impôt du 26 mai 1988 (ci-après: la loi jurassienne d'impôt ou LI; RS/JU 641.11), dans sa teneur en 2007, le contribuable et la commune intéressée peuvent adresser au Service des contributions une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les trente jours qui suivent sa notification. La loi jurassienne du 30 novembre 1978 de procédure et de juridiction administrative et constitutionnelle (code de procédure administrative) (ci-après: le code de procédure administrative ou CPA; RS/JU 175.1) règle la procédure de décision aux art. 83 ss CPA. En particulier, elle prévoit à l'art. 87 al. 1 CPA que l'autorité notifie sa décision aux parties par écrit, si nécessaire sous pli recommandé ou par un agent public ou d'une autre manière. Enfin, l'art. 89 CPA énonce le principe voulant qu'une notification irrégulière n'entraîne aucun préjudice pour les parties. Ce principe complète ainsi la règle générale de l'art. 41 al. 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 41 Verfahrensrechte des Steuerpflichtigen - 1 Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
1    Der Steuerpflichtige kann die Akten, die er eingereicht oder unterzeichnet hat, einsehen. Die übrigen Akten stehen ihm nach Ermittlung des Sachverhaltes offen, soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen.
2    Die vom Steuerpflichtigen angebotenen Beweise müssen abgenommen werden, soweit sie geeignet sind, die für die Veranlagung erheblichen Tatsachen festzustellen.
3    Veranlagungsverfügungen werden dem Steuerpflichtigen schriftlich eröffnet und müssen eine Rechtsmittelbelehrung enthalten. Andere Verfügungen und Entscheide sind ausserdem zu begründen.
LHID, dans la mesure où cet article est sommaire (ATF 133 II 114 consid. 3.2 p. 116 a contrario) et ne parle pas de notification irrégulière.

4.3 Le principe de la bonne foi, en sa qualité de principe général du droit, s'applique également en droit cantonal. La jurisprudence du Tribunal fédéral le reprend d'ailleurs en matière d'impôts cantonaux et communaux dans le cadre de recours tardifs (RDAT 1997 I n. 32t p. 533 consid. 5a, 2P.163/1995 et les arrêts cités).

4.4 Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives au comportement des recourants contraire au principe de la bonne foi et à la tardiveté de la réclamation s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonaux et communaux.

Par conséquent, le recours doit également être rejeté en tant qu'il concerne lesdits impôts.

5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonaux et communaux.

Succombant, les recourants doivent supporter, solidairement entre eux, les frais judiciaires (art. 65
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
et 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge des recourants solidairement entre eux.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Service des contributions, à la Commission cantonale des recours en matière d'impôts et à la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct.

Lausanne, le 10 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon