Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

1C 491/2020

Arrêt du 10 mai 2021

Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Kneubühler, Président,
Müller et Merz.
Greffier : M. Tinguely.

Participants à la procédure
A.________, représentée par Mes Nicolas Jeandin et Steve Alder,
recourante,

contre

Commune de Choulex, chemin des Briffods 13, 1244 Choulex, représentée par Me Jean-Marc Siegrist, avocat,
Département du territoire de la République et canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8.

Objet
Autorisation de construire hors zone à bâtir,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice
de la République et canton de Genève,
Chambre administrative, du 4 août 2020
(ATA/723/2020 - A/3107/2016-LCI).

Faits :

A.
A.________ est propriétaire de la parcelle n° 1891 de la Commune de Choulex (GE), d'une surface de 945 m², située en zone agricole, au nord du village de Choulex. Elle comporte un chalet de 75 m² construit en 1939 avec cuisine, salon, chambre, réduit, salle de bain et WC, combles non aménagés et cave. Le 22 novembre 2014, la propriétaire a demandé au département cantonal compétent l'autorisation de rénover la maison et de l'agrandir de 7,3 m² à l'intérieur et de 26 m² à l'extérieur (prolongation de la toiture). Par décision du 10 août 2016, le département a accordé l'autorisation.

B.
La Commune de Choulex (ci-après: la commune) a recouru contre cette décision. Elle admettait que la mère de la constructrice avait eu son domicile légal entre 1984 et 2010 dans le bâtiment litigieux; toutefois, les employés et voisins pouvaient attester que la maison était occupée à peine quelques week-ends par année.
Par jugement du 18 janvier 2017, le Tribunal administratif de première instance (TAPI) a rejeté le recours. Le bâtiment était en parfait état et les éléments du dossier faisaient apparaître qu'il était occupé en permanence; l'agrandissement était mesuré et il n'y avait pas de changement d'affectation.

C.
Par arrêt du 30 janvier 2018, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours formé par la Commune, après avoir renoncé à l'audition de témoins requise par les parties afin de démontrer l'usage (temporaire ou permanent) du bâtiment. L'autorisation délivrée en 1939 concernait une maison de vacances, mais le département avait admis, la même année, une affectation en tant qu'habitation. Indépendamment de la nature temporaire ou non de l'occupation par les propriétaires successifs, le caractère habitable avait été conservé et les travaux n'avaient pas pour objet de modifier l'affectation prévue.

D.
Statuant par arrêt 1C 118/2018 du 12 mars 2019, le Tribunal fédéral a admis le recours formé par la Commune contre l'arrêt du 30 janvier 2018. Dès lors qu'il ne pouvait pas être établi avec certitude qu'une affectation en habitation permanente avait été autorisée à l'origine, en 1939, la question de l'usage effectif du bâtiment apparaissait déterminante au sens des art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700) et 42 al. 3 let. c de l'ordonnance fédérale sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1). Dans ce contexte, les instances cantonales ne pouvaient pas faire l'économie des moyens de preuves proposés par la commune recourante et par l'intimée, qui toutes deux avaient demandé l'audition de témoins dans le but d'accréditer leurs thèses quant à l'usage effectif du bâtiment jusqu'alors, à savoir l'utilisation de celui-ci comme maison de week-end selon la Commune, respectivement comme habitation permanente selon l'intimée. Le grief de la Commune tiré d'une violation de son droit d'être entendue était donc fondé, ce qui conduisait à l'annulation de l'arrêt cantonal. Il appartenait ainsi aux instances cantonales, à qui la cause devait être renvoyée, de procéder à
l'administration des preuves requises avant de rendre une nouvelle décision (cf. arrêt 1C 118/2018 précité consid. 2.6).

E.
Par arrêt du 28 mai 2019, la Cour de justice a annulé le jugement du TAPI du 18 janvier 2017 et a renvoyé la cause à cette juridiction pour qu'elle procède aux actes d'instruction nécessaires, puis qu'elle prononce un nouveau jugement.
Après avoir notamment auditionné divers témoins, le TAPI a rejeté, par jugement du 21 janvier 2020, le recours que la Commune avait formé contre l'autorisation de construire délivrée le 10 août 2016.
Statuant par arrêt du 4 août 2020, la Cour de justice a admis le recours de la Commune contre ce jugement. Celui-ci a été annulé, de même que l'autorisation de construire du 10 août 2016.

F.
A.________ forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 4 août 2020. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que le jugement du TAPI du 21 janvier 2020 est confirmé. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision.
Invitée à se déterminer, la Commune conclut au rejet du recours. Le Département cantonal du territoire demande pour sa part l'admission du recours. La Cour de justice et l'Office fédéral du développement territorial (ARE) renoncent à formuler des observations, ce dernier relevant toutefois que l'arrêt du 4 août 2020 ne prêtait pas le flanc à la critique.
Aux termes d'un échange ultérieur d'écritures, les parties persistent dans leurs conclusions respectives.

Considérant en droit :

1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice cantonale. En tant que destinataire du refus du permis de construire portant sur la rénovation et l'agrandissement de l'habitation sise sur la parcelle dont elle est la propriétaire, elle peut se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elle bénéficie dès lors de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF. Les autres conditions de recevabilité étant au surplus réunies, il convient d'entrer en matière.

2.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir considéré que les travaux envisagés ne pouvaient pas être autorisés au regard des art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT et 42 OAT.

2.1. Aux termes de l'art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT, hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise (al. 1). L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement (al. 2).
Le champ d'application de l'art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT est restreint aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées conformément au droit matériel en vigueur à l'époque, mais qui sont devenues contraires à l'affectation de la zone à la suite d'une modification de la législation ou des plans d'aménagement (cf. art. 41
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 41 Champ d'application de l'art. 24c LAT - 1 L'art. 24c LAT est applicable aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral (constructions et installations érigées selon l'ancien droit).
1    L'art. 24c LAT est applicable aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral (constructions et installations érigées selon l'ancien droit).
2    Il n'est pas applicable aux constructions et installations agricoles isolées et inhabitées.
OAT). La date déterminante est en principe celle du 1er juillet 1972, date de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 8 octobre 1971 sur la protection des eaux contre la pollution, qui a introduit le principe de la séparation du territoire bâti et non bâti (ATF 129 II 396 consid. 4.2.1; arrêt 1C 162/2019 du 25 novembre 2019 consid. 3.1 et les références citées).

2.2. Selon l'art. 42 al. 1
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
OAT, une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré, au sens de l'art. 24c al. 2
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT, lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel, sous réserve des améliorations d'ordre esthétique.
La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances (art. 42 al. 3
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
, 1
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
ère phrase, OAT). Tel est le cas lorsque la modification projetée sauvegarde dans ses traits essentiels les dimensions ainsi que l'apparence extérieure du bâtiment et qu'elle n'entraîne pas d'effets nouveaux notables sur l'affectation du sol, l'équipement et l'environnement. La transformation doit être d'importance réduite par rapport à l'état existant de l'ouvrage (ATF 127 II 215 consid. 3a; 123 II 256 consid. 4; arrêt 1C 480/2019 du 16 juillet 2020 consid. 4.1).
La transformation envisagée doit en particulier respecter les limites chiffrées fixées par l'art. 42 al. 3 let. a
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
et b OAT. L'art. 42 al. 3 let. c
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
OAT - entré en vigueur le 1er novembre 2012 - précise encore que "les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire". Cette dernière disposition s'inscrit dans la volonté d'éviter que les bâtiments habités de manière temporaire soient réaffectés, au titre de l'art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT, à un usage d'habitation permanent. La démolition-reconstruction d'un bâtiment initialement habité de manière temporaire entraîne une modification importante de son utilisation, de même que l'installation d'un chauffage dans une construction jusque-là non chauffée ou le raccordement au réseau électrique d'une construction précédemment non raccordée (arrêt 1C 118/2018 du 12 mars 2019 consid. 2.4; Office fédéral du développement territorial, Rapport explicatif en lien avec la révision partielle de l'OAT, octobre 2012, ad art. 42
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
OAT, p. 10; cf. également RUDOLF MUGGLI, in Commentaire pratique LAT: Construire hors zone à bâtir, 2017, n. 33 ad art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT).

2.3. En substance, après avoir examiné le contenu des témoignages recueillis par le TAPI, ensuite de l'arrêt de renvoi 1C 118/2018 du 12 mars 2019, la cour cantonale a retenu que la maison de la recourante avait jusqu'alors été utilisée comme une habitation temporaire, principalement à la belle saison. Or, les travaux envisagés, au regard de leur nature et de leur coût, visaient à la rendre habitable à l'année, consacrant ainsi une modification importante de son utilisation. Les travaux ne respectaient ainsi pas l'identité de la construction et ne pouvaient donc pas être autorisés en vertu des art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT et 42 al. 1 et 3 let. c OAT (cf. arrêt attaqué, consid. 6 p. 22).

2.4. Si, dans son précédent arrêt, le Tribunal fédéral avait certes relevé que les critères qualitatifs et quantitatifs du projet de transformation n'étaient alors pas litigieux (cf. arrêt 1C 118/2018 précité consid. 2.7), il n'en demeure pas moins que, dans l'hypothèse où une utilisation temporaire de l'habitation devait être constatée après l'administration des moyens de preuve proposés par les parties, la cour cantonale devait encore déterminer si les travaux projetés impliquaient une modification importante de son utilisation initiale au sens de l'art. 42 al. 3 let. c
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
OAT. Dans ce contexte, contrairement à ce que soutient la recourante, on ne voit pas que la cour cantonale a méconnu la portée de l'arrêt de renvoi, en violation de l'art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF.

2.5. La recourante critique le raisonnement de l'autorité précédente, contestant en particulier que les travaux envisagés permettaient une modification importante de l'utilisation de la maison. Invoquant un établissement arbitraire des faits, elle fait en particulier grief à la cour cantonale de ne pas avoir considéré que l'habitation est en l'état déjà habitable à l'année, disposant de tout le confort nécessaire à cette fin.

2.5.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF. Selon l'art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358; 139 II 373 consid. 1.6 p. 377). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; arrêt 2C 793/2018 du 13 mars 2019 consid. 2).
S'agissant de l'appréciation des preuves et des constatations de fait, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266).

2.5.2. L'autorité précédente a retenu que la maison de la recourante était déjà dotée des équipements principaux permettant son habitation (chambre à coucher, cuisine, toilettes, salle de bain) et qu'elle était de surcroît reliée au réseau électrique et à l'eau courante. Elle n'était en revanche actuellement pas équipée d'un système de chauffage central fonctionnel (cf. arrêt attaqué, consid. 6 p. 21).

2.5.3. Comme cela ressort de l'arrêt de renvoi (cf. arrêt 1C 118/2018 précité consid. 2.5 et 2.6), en l'absence d'éléments permettant d'établir si une utilisation permanente avait été valablement autorisée au moment de sa construction en 1939, le critère décisif pour déterminer, le cas échéant, si les travaux envisagés devaient répondre aux exigences de l'art. 42 al. 3 let. c
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
OAT, se rapportait à l'utilisation effective de la maison - permanente ou temporaire - qui en avait été faite jusqu'alors par ses propriétaires successifs.
Sur ce point, quand bien même la mère de la recourante y avait été formellement domiciliée entre 1984 et son décès, survenu en 2010, l'autorité précédente n'a pas versé dans l'arbitraire en considérant, au regard des témoignages recueillis, que la maison n'avait servi qu'à une habitation temporaire. Ainsi, le frère de la recourante, B.________, né en 1966, avait expliqué que ses parents avaient acquis la maison lorsqu'il était enfant, soit dans le courant des années 1970, sans se souvenir de l'année exacte. La famille passait alors à Choulex uniquement les week-ends et les vacances, vivant le reste du temps dans son appartement de Chêne-Bougeries (GE). Ses parents n'avaient jamais envisagé de déménager dans la maison de Choulex ce qui tenait déjà à l'exiguïté des lieux pour une famille de quatre personnes. C.________, concierge depuis 2000 de l'école de Choulex - située à proximité de la maison -, qui avait effectué des travaux d'entretien pour le compte des parents de la recourante, avait pour sa part indiqué qu'ils n'y dormaient pas et qu'il ne les avait quasiment jamais rencontrés en hiver. Selon D.________, maire de la Commune de 1995 à 2011 - la mairie se trouve également à proximité de la maison -, les parents n'y dormaient
pas, ce qui allait également dans le sens du courrier du 29 octobre 2016 de E.________, amie d'enfance de la mère de la recourante. Par ailleurs, s'agissant des précédents propriétaires, en l'occurrence les époux G.________, deux anciens maires de la Commune (F.________ et D.________) avaient expliqué que ceux-là ne résidaient pas non plus dans l'habitation de façon permanente, puisqu'ils y vivaient entre six et huit mois par année (selon F.________) et qu'ils n'y dormaient pas (selon D.________; arrêt attaqué, consid. 6 p. 21).

2.5.4. A ce stade, s'il n'est pas contesté que le projet respecte les limites prévues par l'art. 42 al. 3 let. a
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
et b OAT, il reste encore à déterminer si les travaux envisagés permettent une modification importante de l'utilisation du bâtiment habité initialement de manière temporaire (cf. art. 42 al. 3 let. c
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
OAT), au mépris de l'identité de la construction (cf. art. 42 al. 1
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
OAT). L'examen global requis dans ces circonstances permet notamment de prendre en compte la nature et l'intensité de son utilisation, ainsi que le coût des travaux, qui reflète souvent l'ampleur de l'intervention (RUDOLF MUGGLI, in Commentaire pratique LAT: Construire hors de la zone à bâtir, 2017, n. 28 ad art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT).
A cet égard, l'autorité précédente a pris en considération le coût des travaux envisagés (520'000 fr., alors que la valeur vénale estimée du bien était de 380'000 fr.), qui dénotait selon elle une volonté de procéder à une transformation conséquente du bâtiment existant. Elle a également rappelé qu'outre à un léger agrandissement de la surface brute de plancher utile, les travaux visaient à la démolition de murs intérieurs, à la réfection du toit et à la pose de panneaux solaires, ce qui avait notamment pour but, à bien comprendre la cour cantonale, de modifier sensiblement l'enveloppe thermique du bâtiment. La recourante avait par ailleurs déjà procédé en octobre 2017, sans qu'une autorisation de construire lui avait été délivrée en l'état, à la démolition, puis à la reconstruction de la terrasse extérieure, pour lesquelles une excavation particulièrement importante avait été réalisée. Il ressort encore de l'arrêt entrepris que la recourante avait refusé d'approuver la proposition de la Commune intimée tendant à la constitution d'une servitude de droit public, à teneur de laquelle l'usage de la maison devait impérativement demeurer occasionnel en dépit de son agrandissement et de l'amélioration de son confort (cf. arrêt attaqué,
consid. 6 p. 22).
Dans ces circonstances, la cour cantonale pouvait considérer que les travaux envisagés dans le cadre de l'autorisation de construire sollicitée avaient pour but de permettre à la recourante de vivre à l'année en sa maison de campagne, ceci dans un confort significativement accru par rapport à la situation qui prévalait jusqu'alors, ce qui était propre à modifier de manière importante l'utilisation du bâtiment en cause, qui avait initialement été habité de manière temporaire, durant les vacances et en fin de semaine, principalement à la belle saison. Compte tenu de l'ampleur du projet et des améliorations conséquentes que celui-ci visait à apporter au bâtiment, peu importe que, comme le soutient la recourante, son équipement actuel est en soi déjà suffisant, moyennant l'utilisation de radiateurs d'appoint (radiateurs à infra-rouge) durant les mois d'hiver ou encore de boilers pour obtenir de l'eau chaude, pour y permettre une habitation à l'année.

2.5.5. Au surplus, dans la mesure où les travaux faisant l'objet de l'autorisation de construire litigieuse, déposée en 2016, ne sont pas susceptibles d'être autorisés, il n'y a pas matière à examiner si ceux effectués en 2017 excluaient déjà une telle autorisation, au motif que les possibilités offertes par l'art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT ne pouvaient être utilisées qu'une seule fois (cf. arrêt 1C 347/2014 du 16 janvier 2015 consid. 3.5; cf. également arrêt 1C 118/2018 précité consid. 2.7).

2.6. La cour cantonale n'a ainsi pas violé l'art. 24c
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24c Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone - 1 Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
1    Hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise.
2    L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement.60
3    Il en va de même des bâtiments d'habitation agricoles et des bâtiments d'exploitation agricole qui leur sont contigus et ont été érigés ou transformés légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral. Le Conseil fédéral édicte des dispositions pour éviter les conséquences négatives pour l'agriculture.61
4    Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage.62
5    Dans tous les cas, les exigences majeures de l'aménagement du territoire doivent être remplies.63
LAT, ni l'art. 42
SR 700.1 Ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT)
OAT Art. 42 - 1 Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
1    Une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l'identité de la construction ou de l'installation et de ses abords est respectée pour l'essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique.48
2    Le moment déterminant pour l'appréciation du respect de l'identité est l'état de la construction ou de l'installation au moment de l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible.49
3    La question de savoir si l'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel est à examiner en fonction de l'ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées:
a  à l'intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60 % , la pose d'une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l'intérieur du volume bâti existant;
b  un agrandissement peut être réalisé à l'extérieur du volume bâti existant si les conditions de l'art. 24c, al. 4, LAT sont remplies; l'agrandissement total ne peut alors excéder ni 30 % ni 100 m2, qu'il s'agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes); les agrandissements effectués à l'intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié;
c  les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l'utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.50
4    Ne peut être reconstruite que la construction ou l'installation qui pouvait être utilisée conformément à sa destination au moment de sa destruction ou de sa démolition et dont l'utilisation répond toujours à un besoin. Le volume bâti ne peut être reconstruit que dans la mesure correspondant à la surface admissible au sens de l'al. 3. L'al. 3, let. a n'est pas applicable. Si des raisons objectives l'exigent, l'implantation de la construction ou de l'installation de remplacement peut légèrement différer de celle de la construction ou de l'installation antérieure.51
5    Les installations solaires visées à l'art. 18a, al. 1, LAT, ne sont pas prises en compte dans l'examen selon l'art. 24c, al. 4, LAT.52
OAT, en refusant d'autoriser les travaux projetés par la recourante.

3.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, qui succombe. Le Département en est exempté (art. 66 al. 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Quant à la Commune intimée, elle n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge de la recourante. Il n'est pas alloué de dépens.

3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la Commune de Choulex, au Département du territoire de la République et canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et à l'Office fédéral du développement territorial.

Lausanne, le 10 mai 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Kneubühler

Le Greffier : Tinguely